税務訴訟資料第２６２号－４２（順号１１８９２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分義務付け請求事件
国側当事者・国（品川税務署長）
平成２４年２月２８日却下・確定
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
渡邉穣
同訴訟復代理人弁護士長家広明
高垣勲
髙田智美
同補佐人税理士
西村善朗
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
品川税務署長
町井裕
同指定代理人
宇波なほ美
茅野純也
倭文宣人
田中正美
田中力
主文
１ 本件訴えを却下する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
品川税務署長は、原告の平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税につき、原告に対し、所得金額、法人税額、課税留保金額、課税留保金額に対する税額、法人税額計、差引所得に対する法人税額及び納付すべき法人税額を別紙記載の各金額とする更正をせよ。
第２ 事案の概要
本件は、本件事業年度の法人税につき国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）２３条１項の更正の請求期間を経過した後に請負による収益の帰属の時期の計算誤りによる過大申告を理由として更正の嘆願を行ったもののこれに応じた更正を受けることができなかった原告が、品川税務署長は上記第１記載の法人税の更正（以下「本件更正」という。）をすべきであるにかかわらずこれをしないと主張し、品川税務署長の所属する国を被告とする行政事件訴訟法３条６項１号の非申請型の義務付けの訴えとして、品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき原告に対し本件更正をすべき旨を命ずることを求める事案である。
１ 前提事実（顕著な事実、争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、号証番号の枝番は、特に必要がない限り省略する。以下同じ。）
(1) 原告は、製薬会社等から請け負った臨床試験の実施等を業とする株式会社である。
(2) 本件事業年度の法人税の確定申告
原告は、平成１７年６月３０日、品川税務署長に対し、本件事業年度の法人税につき、所得金額を１３億９２６６万７９８０円、納付すべき法人税額を４億５１９５万３８００円とする確定申告をした。なお、法人税法７４条１項によれば、内国法人は、各事業年度終了の日の翌日から２か月以内に確定申告書を提出しなければならないものとされているが、原告は、平成１４年３月２９日、芝税務署長に対し、申告期限の延長の特例の申請書を提出し、これにより、原告の法人税の確定申告書の提出期限は、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度以後の各事業年度において、１か月延長されていた。（甲１）
(3) 本件事業年度の決算訂正
原告は、関東財務局長に対し、平成１７年６月２７日、本件事業年度の有価証券報告書を提出したが、平成２１年６月に証券取引等監視委員会から本件事業年度以降の連結決算において不適切な会計処理が行われた可能性がある旨の指摘を受け、同年７月に設置された第三者委員会の調査の結果、平成２２年３月１２日付けで、本件事業年度の売上げの中に売上げに計上することが適切でないものが含まれているなど不適切な会計処理が行われている旨の報告がされたことから、本件事業年度の決算を訂正し（以下、この訂正を「本件決算訂正」という。）、平成２２年３月１５日、金融商品取引法２４条の２第１項の規定による有価証券報告書の訂正報告書を提出した。（甲２、甲６の１０、甲７の４、甲１８）
(4) 本件事業年度の法人税の更正の嘆願
原告は、平成２２年４月１２日付けで、東京国税局の担当者に対し、本件事業年度の法人税につき、仮装経理による法人税の過大申告１１億７８５１万２１４３円並びに販売費及び一般管理費ほかの計算誤りを理由として更正を求める嘆願書を提出し、同書面は、同月１３日に受理された。原告は、同年５月２７日、東京国税局の担当者に対し、上記嘆願の理由を「仮装経理による法人税の過大申告」から「請負による収益の帰属の時期の計算誤りによる法人税の過大申告」に変更する旨の書面をファクシミリ送信した。（甲３、４、６）
(5) 本件事業年度の法人税の更正
品川税務署長は、平成２２年６月２９日付けで、原告に対し、本件事業年度の法人税につき、所得金額を１３億５６８０万９９３３円、減少する法人税額を１２８２万２２００円とする更正をした。この更正は、子会社株式評価損の損金算入額の誤りなど前記(4)の請負による収益の帰属の時期の計算誤りによる法人税の過大申告１１億７８５１万２１４３円とは異なる点を理由とするものであった。（甲５）
(6) 原告は、平成２２年６月２９日、本件訴えを提起した。
２ 争点
本件の争点は、①本件訴えの適否、具体的には、本件訴えは更正の請求の排他性により不適法であるか否か（争点１の１）、本件において更正がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあるということができるか否か（争点１の２）、本件において損害を避けるため他に適当な方法がないということができるか否か（争点１の３）、本件訴えは品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税について更正をする権限を有しないことにより不適法であるか否か（争点１の４）、②品川税務署長は原告の本件事業年度の法人税につき更正をすべきであるか否か（争点２）である。
３ 当事者の主張の要旨
(1) 本案前の主張
ア 原告
(ア) 更正の請求の排他性（争点１の１）について
被告は、国税通則法２３条１項１号の更正の請求の排他性によれば、納税義務者において、更正の請求の手続によることなく、職権による更正を求める義務付けの訴えにより、申告内容を利益に変更することは許されないと主張するが、国税通則法には、行政事件訴訟法３７条の２の適用を除外する明文規定は存在せず、無名抗告訴訟として解釈論上許容されているにすぎなかった義務付けの訴えを訴訟要件、本案勝訴要件を明定することにより活用しやすいものとし、国民の権利利益を救済する手段の拡充を図った同条の趣旨に照らすと、義務付けの訴えを提起することができるか否かは同条の要件該当性の判断において行うとするのが立法者の意思である。そして、被告が主張する更正の請求の排他性は同条１項の補充性の要件の中で検討されるべき事項であって、納税者は、更正の請求期間が経過した後であっても、行政事件訴訟法３７条の２の要件を満たす限り、非申請型の義務付けの訴えを提起することができるというべきである。
また、仮に行政事件訴訟法３７条の２の要件該当性の判断とは別に更正の請求の排他性と義務付けの訴えの提起の適法性との関係を検討する必要があるとしても、課税庁は、国税通則法２４条の規定に基づき、更正の請求期間が経過した後に更正をする義務を負う場合があるのであって、そのような場合には、義務付けの訴えの提起は否定されないと解すべきである。すなわち、同法２３条は、納税者の側に認められた更正の請求という是正手段を期間的に制約するものにすぎず、課税庁の更正義務の範囲を画するものではないところ、課税庁は、租税法律主義の一内容である合法性の原則により、租税法規に適合する課税をする義務を負う。課税庁の更正権限が義務を伴うことは、同法２４条及び２５条が「更正する」、「決定する」としていることからも明らかである。そして、課税庁が税務調査の結果、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にある場合には、課税庁は更正をする具体的な義務を負うことになり、そのような場合に提起された義務付けの訴えは適法なものとなると解すべきである。本件において、原告は、嘆願書や添付資料の提出、担当者との面談、電話協議等を通じて、課税庁に対し、更正をすべき事実を提示し、課税庁は、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にあったのであり、また、後記(ウ)のとおり、本件においては、更正の請求期間内に更正の請求をすることを期待することができない事情があったのであるから、本件訴えが同法２３条により不適法とされることはないというべきである。
(イ) 更正がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあること（争点１の２）
更正の請求は、法定申告期限から１年以内に限りすることができるが、本件においては、既に更正の請求をすることができる期間は経過している。更正については、法定申告期限から５年間することができるが、更正をすることができる期間が経過すると、法人税額が確定し、品川税務署長は、更正をすることができない。本件においては、更正をすることができる期間は、平成２２年６月３０日をもって経過した。原告は、その前に本件訴えを提起したが、本件訴えに係る請求が認容されて本件更正がされない限り、同日の経過をもって、別紙のとおり法人税の更正を受けて３億８０００万円余りの還付を受ける機会を確定的に喪失するものであるから、重大な損害を生ずるおそれがある。
(ウ) 損害を避けるため他に適当な方法がないこと（争点１の３）
本件では、独立した第三者委員会による事後的な調査を経て、平成２２年３月１２日に不適切な会計処理を指摘する調査報告書が提出され、これによって初めて更正の原因となる事実が判明したのであり、このような事実が判明した時点においては、更正の請求期間は既に経過していた。そのため、原告は、更正の嘆願という手段により更正を求めたが、これに応じた更正はされず、更正の請求期間が経過することとなったのであって、損害を避けるためには本件訴えを提起するほかに適当な方法がなく、補充性の要件は満たされているというべきである。
被告は、更正の請求という制度が存在することを理由に、損害を避けるため他に適当な方法がないということはできないと主張するが、更正の請求期間が経過した後は更正の請求をすることができないのであるから、更正の請求期間が経過した後は補充性の要件が満たされると解すべきである。また、仮に更正の請求期間が経過したことのみでは補充性の要件は満たされないとしても、更正の原因が発覚した時点においては既に更正の請求期間が経過しており、更正の請求の機会が与えられなかったのと実質的に同視することができる場合には、補充性の要件は満たされると解すべきである。さらに、被告は、非申請型の義務付けの訴えは法令上の申請権がそもそも認められていない者を救済するための例外的な訴訟類型であって、法令上の申請権が認められている者でその請求期間を徒過して法令上の申請権を行使することができなくなったものを救済する訴訟類型であるとは解されないと主張するが、非申請型の義務付けの訴えの原告を法令上の申請権がそもそも認められていない者に限定する理由はなく、法令上の申請権が認められている者であっても、その権利行使の機会が与えられていないに等しく、権利救済の必要性が高い場合には、その者が非申請型の義務付けの訴えを提起することは否定されるべきではない。そして、本件においては、独立した第三者委員会による事後的な調査を経て初めて不適切な会計処理が行われていることが判明し、これを受けて、原告は、過大に計上されていた本件事業年度の売上げを訂正し、有価証券報告書の訂正報告書を提出したのであって、その時点においては既に更正の請求期間が経過しており、原告には更正の請求の機会が与えられなかったのと実質的に同視することができ、権利救済の必要性が高いというべきである。
(エ) 品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税について更正をする権限を有しないこと（争点１の４）について
被告は、品川税務署長が本件事業年度の法人税の更正をする権限を有しないことから、本件訴えは不適法なものであると主張するが、当初適法であった訴えが５年間の更正の期間の経過により突然不適法となるというのは不当であり、裁判を受ける権利を侵害する。納税者が課税庁による更正の義務付けを求めて訴えを提起し、当該訴訟に現れた資料によって更正をすべきことが判明した場合には、更正をすることが課税庁の義務であり、租税法律関係の早期安定を図るという要請は後退し、適正な課税を求める利益が優先されるし、また、更正をめぐって既に紛争状態が生じている以上、永続した事実状態は存在せず、更正がされたとしても法的安定性が害されることはないというべきである。本件においては、原告から嘆願書及びその添付書類が提出されたことにより、原告と品川税務署長は、更正をするか否かに関する論争に入っていたのであり、その時点において、資料が散逸するおそれもなくなっていたともいうことができる。そうすると、義務付けの訴えの提起後は５年間の更正の期間の制限は及ばないと解すべきであり、本件訴えは、５年間の更正の期間が経過する前に提起されたものであるから、国税通則法７０条２項１号は適用されず、適法なものである。
イ 被告
(ア) 更正の請求の排他性（争点１の１）
法人税については申告納税制度が採用されている（法人税法７４条、国税通則法１６条２項１号）ところ、国税通則法は、申告納税制度の下においては納付すべき税額は納税者のする申告により確定することを原則とし（１６条１項１号）、一方、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であるときなど一定の場合には、一定の期間に限り、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができると規定している（２３条１項）。このように、法人税法及び国税通則法は、法人税について申告納税制度を採用し、納税者が申告内容を自己に有利に是正する手段として更正の請求という特別の方法を定める一方、当該更正の請求について要件及び期間制限を設けているのであるが、その趣旨は、法人税の課税標準等の決定については最もその事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は期間制限を設けた上で法律が特に認めた場合に限るという建前にすることにより、租税法律関係の速やかな確定及び法的安定性を図るという要請に応じ、他方で、納税義務者に対しても過当な不利益を強いることのないよう配慮することにあると解される。以上のような法人税法及び国税通則法の趣旨に照らせば、納税者が申告内容を自己に有利に是正するためには、原則として更正の請求という法が特に認めた手段によるべきであって、他の救済手続によることは許されないと解すべきである（更正の請求の排他性。最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。
そして、更正の請求の排他性によれば、納税義務者において、更正の請求の手続によることなく、職権による更正を求める義務付けの訴えにより、申告内容を利益に変更することは許されないと解すべきであって、本件訴えは、更正の請求によらずに申告内容を自己に有利に是正するものであり、国税通則法に照らして不適法というべきである。なお、原告は、嘆願書や添付資料の提出、担当者との面談、電話協議等を通じて、課税庁に対し、更正をすべき事実を提示し、課税庁は、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にあったと主張するが、品川税務署長は、原告が提出した嘆願書等から更正をする根拠となる事実を確認することができなかった。
(イ) 更正がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあるということはできないこと（争点１の２）について
行政事件訴訟法３７条の２第１項にいう「重大な損害」を生ずるか否かを判断するに当たっては、損害の回復の困難の程度を考慮するものとし、損害の性質及び程度並びに処分の内容及び性質をも勘案するものとすると定められている（同条２項）。
これを本件についてみると、原告が本件訴えにおいて更正がされないことにより生ずると主張している損害は、原告が本件事業年度の法人税として既に納付した金員が還付されないという意味でのいわば消極的な財産的損害にすぎず、このような損害は、それが一般的にみて多額であるとしても、「重大な損害」であるということはできない。また、このような損害は、原告が法定の期間内に更正の請求をすることができたにもかかわらず、更正の請求をせずに法定の期間を徒過したことにより、自ら生じさせたものであるから、更正がされないことにより生ずるものということはできない。
(ウ) 損害を避けるため他に適当な方法がないということはできないこと（争点１の３）について
申告内容を自己に有利に是正する手続については、更正の請求（国税通則法２３条１項１号）が法定されていること及び更正の請求の排他性からすれば、更正の請求期間の経過前においては、当然に、更正の請求をすることが損害を避けるための適当な方法であると考えられるから、職権による更正を求める義務付けの訴えを提起することはできないと解すべきである。また、更正の請求期間の経過後であっても、非申請型の義務付けの訴えは、法令上の申請権がそもそも認められていない者を救済するための例外的な訴訟類型であって、法令上の申請権が認められている者でその請求期間を徒過して法令上の申請権を行使することができなくなったものを救済する訴訟類型であるとは解されないこと、更正の請求の制度を設けつつその請求期間及び要件を限定して租税法律関係の法的安定を図った法人税法及び国税通則法の趣旨によれば、義務付けの訴えにより職権による更正を求めることは「損害を避けるため他に適当な方法がない」ということができないと解すべきである。
原告についても、国税通則法２３条１項１号に基づく更正の請求をすることで一定の処分を求める機会が与えられていたのであるから、本件訴えは「損害を避けるため他に適当な方法がないとき」に該当しないことは明らかである。
原告は、本件においては、独立した第三者委員会による事後的な調査を経て初めて不適切な会計処理が行われていることが判明し、これを受けて、原告は、過大に計上されていた本件事業年度の売上げを訂正し、有価証券報告書の訂正報告書を提出したのであって、その時点においては既に更正の請求期間が経過していたから、原告には更正の請求の機会が与えられなかったのと実質的に同視することができ、権利救済の必要性が高いと主張するが、このような事情は原告の内部事情にすぎず、原告に更正の請求の機会が実質的に与えられていなかったということはできない。
(エ) 品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税について更正をする権限を有しないこと（争点１の４）
国税通則法７０条２項１号は、納付すべき税額を減少させる更正又は賦課決定は、その更正に係る国税の法定申告期限から５年を経過する日まで、することができる旨規定しているところ、本件事業年度の法人税の法定申告期限は平成１７年６月３０日であり、品川税務署長は、平成２２年６月３０日を経過した後においては本件事業年度の法人税につき更正をすることはできない。
義務付けの訴えは、義務付けを求める行政行為に処分性が認められること及び当該処分を行う権限が行政庁にあることを当然の前提とするところ、品川税務署長は、平成２２年６月３０日を経過した後においては、本件事業年度の法人税の更正をする権限を有しないのであるから、本件訴えは不適法なものである。
(2) 本案の主張
ア 原告
品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき更正をすべきであること（争点２）
(ア) 原告は、第三者委員会の調査の結果、本件事業年度の収益に計上されていた請負代金１１億７８５１万２１４３円（Ｂ株式会社（以下「Ｂ社」という。）から請け負った「Ｃ臨床試験」実施業務ほか５件の臨床試験実施業務の請負代金の合計額。以下、この請負代金の売上げを「本件売上げ」という。）については収益計上の要件の一つである「役務の提供の完了」の事実が欠けていること等が明らかになったことから、本件決算訂正により、収益の帰属の時期の計算誤りによる売上げの過大計上等を訂正した。そして、このことにより、原告の本件事業年度の法人税の課税所得の金額は１１億４２６５万４１５６円減少し、原告の本件事業年度の法人税については、別紙のとおり、所得金額２億１４１５万５８３７円、納付すべき法人税額５１３８万８６００円であることとなった。
(イ) 課税庁の更正義務について
課税庁は、租税法律主義の一内容である合法性の原則により、租税法規に適合する課税をする義務を負い、国税通則法２４条により、税務調査を実施するか否かの裁量を付与される反面、税務調査の結果、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にある場合には、更正をする具体的な義務を負うこととなるところ、本件において、原告は、嘆願書や添付資料の提出、担当者との面談、電話協議等を通じて、東京国税局の担当者等課税庁の側に対し、更正をすべき事実を提示しており、品川税務署長は、課税庁の側が原告に対し提出資料の内容説明や追加資料の提出を求めるなどしてした税務調査の結果、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にあるのであるから、法人税法２２条２項、４項という租税法規に適合させるべく、別紙記載のとおり法人税の更正をする義務を負うというべきである。
特に、法人税法２２条４項は、法人の収益、費用等の額は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるべき旨を規定している。原告は、●●証券取引所一部上場企業であり、一般に公正妥当な会計処理の基準に従った適正な会計処理を行わなければならないという社会的要請に従って、本件決算訂正を行い、かつ、監査法人による厳格な監査手続によりその妥当性の検証を受け、訂正した有価証券報告書を公表したのであるから、品川税務署長は、法人税法２２条２項、４項という租税法規に適合させるべく、本件決算訂正の内容に合わせて原告の過大売上げを減額し、別紙のとおり法人税の更正をする義務を負うというべきである。
(ウ) 本件においては、品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき別紙のとおり更正をすべきであることが国税通則法２４条の規定から明らかであると認められるのであって、行政事件訴訟法３７条の２第５項の本案勝訴要件を満たすというべきである。
また、仮に、課税庁は、税務調査の結果、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にある場合であっても、更正をするか否かの裁量を付与されているとしても、更正をすべき事実が明白な本件においては更正をしないことを正当化する理由はなく、品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき別紙のとおり更正をしないことがその裁量権の範囲を超え又はその濫用となると認められるのであって、行政事件訴訟法３７条の２第５項の本案勝訴要件を満たすというべきである。
(エ) 被告の主張について
被告は、仮に原告がＢ社ほかの注文者との間の請負契約に定められたとおりの臨床実験を行わないなど役務の提供が不十分であったことが真実であるとしても、現に何らかの役務提供が存在し、契約当事者双方が役務提供が十分に完了していると認識して、これに基づき検収書の授受をしている以上、収入実現の可能性が高度であると認められるのであって、本件売上げについてその収入すべき権利が確定した時とは、遅くとも原告が上記各注文者から各調査報告書に係る検収書を受領したその日をいうと解すべきであると主張するが、第三者委員会の調査報告書によれば、本件では治験業務が満足に行われておらず、Ｂ社ほかの注文者に各請負に係る成果物として提出された調査報告書は偽造データを記載して体裁を整えただけのものであるとともに、その調査報告書すら平成１７年３月末日までに提出されていなかったのであって、「何らかの役務提供」すら存在しない。上記各注文者は、原告又は原告の関連会社から資金提供を受け、又は別取引による実質的な対価関係が成立していたために原告との間の請負契約を解除するなどしていないにすぎず、原告の役務提供が仕事として完成していると認識しているためにそのような態度に出ているものではない。権利確定主義の観点からすると、本件売上げは、本件事業年度において確定しておらず、同事業年度の収益として認識することができない。
被告は、仮に原告とＢ社ほかの注文者との間の請負契約について解除等の事由が生じたとしても、これにより生じた損失の額は当該事由の発生した事業年度において損金の額に算入されることになり、本件事業年度に遡って売上高が減額されるものではないと主張するが、このような取扱いは、収益計上の要件を満たし税法上収益として認識される収益について事後的にその修正原因が生じた場合にされるものであるところ、本件売上げは、未確定であり、権利確定主義により収益として認識されるものではなく、そもそも認識されない収益について、それを遡って処理するか、それとも後発的事象が発生した時点で処理するかという問題は生じ得ない。
被告は、本件決算訂正は公正処理基準に従った会計処理と認められるものではなく、本件決算訂正をもって本件事業年度における本件売上げの収益計上が否定されるものではないと主張するが、原告は、本件売上げを本件事業年度の売上げから取り消すべく、会社法上の決算についても、特別損益処理方式（企業会計原則注解１２参照）に基づき、平成２２年３月期の計算書類上、本件売上げ分を特別損失（前期損益修正損）として一括処理しているのであって、原告の決算訂正は会社法上も完了している。
被告は、原告が提出した資料はいずれも本件売上げを本件事業年度の収益として計上することを否定する根拠となるものではないと主張するが、本件売上げについては原告の役務提供がされておらず、成果物たる調査報告書の提出すら本件事業年度中に行われていないことは、原告が提出した資料から容易に読み取ることができるのであって、本件売上げが収益計上の要件を欠き更正をすべき事実を客観的に確認することができたというべきである。
イ 被告
品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき更正をすべきであるということはできないこと（争点２）について
(ア) 原告は、Ｂ社ほかの注文者に対し、各請負に係る成果物として調査報告書を提出し、本件事業年度中である平成１７年２月２８日又は同年３月３１日に、上記各注文者から、各調査報告書に係る検収書を受領し、その日（検収書を受領した日）に、各請負に係る代金である本件売上げを売上げに計上した。原告は、その後、上記各注文者から、業務委託金として本件売上げを全額受領している。
(イ) 法人税法上の収益について
ａ 益金の意義
法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨規定し、同条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨規定している。このように、同項は、益金を取引に係る収益として観念しているが、このことは、法人税法が原則として実現した利益のみが所得であるという考え方を採用し、未実現の利益を課税の対象から除外していることを意味する。しかし、実現した利益は原則として全て益金に含まれるというのがこの規定の趣旨であり、その意味で、法人税法においても所得概念は包括的に構成されていると解すべきである。したがって、取引によって生じた収益は、営業取引によるものか営業外取引によるものか、合法なものか不法なものか、有効なものか無効なものか、金銭の形態を採っているかその他の経済的利益の形態を採っているか等の別なく、益金を構成すると解すべきである。
ｂ 収益の年度帰属
法人税法は、法人の収益をどの年度において計上すべきかについて一般的な定めを置いていないが、企業会計上は、発生主義（現実の収入がなくても所得が発生した時点を基準とする考え方）によって損益を認識すべきものとされているので（企業会計原則第２損益計算書原則１）、発生主義が、原則として一般に公正妥当な会計処理基準であり、法人所得の計算についても妥当すると解すべきである。そして、所得の発生の時点については、所得の実現の時点を基準とすべきであり、原則として、財貨の移転や役務の提供などによって債権が確定したときに収益が発生すると解すべきである（権利確定主義）。したがって、収益は、その実現があったとき、すなわち、その収入すべき権利が確定したときの属する年度の益金に計上すべきであり（最高裁平成●●年（○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁参照）、これが一般に公正妥当と認められる会計処理基準に適合するものである。
(ウ) 前記(イ)のとおり、法人税法上の収益及びその年度帰属については、一般に公正妥当と認められる会計処理基準として、その収入すべき権利が確定したときの属する年度の益金に計上すべきであるところ、これを本件についてみると、本件売上げを生ずる取引はいずれも請負であり、その実施期間はいずれも契約締結日から平成１７年２月２８日又は同年３月３１日までとされている。そして、請負による報酬請求権は、民法上、原則として目的物の引渡しの時に、目的物の引渡しを要しない場合には仕事の完了の時に発生するものと解されているところ、本件売上げは、いずれも原告が、Ｂ社ほかの注文者に対し各請負に係る成果物として調査報告書を提出し、同年２月２８日又は同年３月３１日に上記各注文者から各調査報告書に係る検収書を受領したことに基づいて、検収書を受領したその日において計上されたものである。そうすると、本件売上げについて役務の提供により請負代金債権が確定した時は、遅くとも原告が上記各注文者から各調査報告書に係る検収書を受領した同年２月２８日又は同年３月３１日であると認めることができ、本件売上げは、法人税法上、いずれも遅くとも同年２月２８日又は同年３月３１日において、すなわち、これらの日の属する事業年度である本件事業年度において、収益として認識され、益金に計上されるべきものである。
(エ) 原告の主張について
原告は、本件売上げについては収益計上の要件の一つである「役務の提供の完了」の事実が欠けていることから、本件事業年度の収益として計上すべきではないと主張するが、Ｂ社ほかの注文者は、原告から、各請負に係る成果物として調査報告書の提出を受けて、平成１７年２月２８日又は同年３月３１日に、原告に対し、各調査報告書に係る検収書を交付した上、本件売上げを全額支払い、その後、役務の提供が十分ではなかったことを理由として、契約を解除したり、本件売上げの返還請求や損害賠償請求をしてはいない。そして、原告も、上記各日に上記各注文者から各調査報告書に係る検収書を受領したことに基づいて、検収書を受領したその日において本件売上げを計上し、本件売上げを全額受領していたのであるから、各請負については契約当事者の双方がその役務の提供は十分に完了しているという認識であったことは明らかである。そうすると、仮に原告がＢ社ほかの注文者との間の請負契約に定められたとおりの臨床実験を行わないなど役務の提供が不十分であったことが真実であるとしても、現に何らかの役務提供が存在し、契約当事者双方が役務提供が十分に完了していると認識し、これに基づき検収書の授受をしている以上、収入実現の可能性が高度であると認められるのであって、本件売上げについてその収入すべき権利が確定したときとは、遅くとも原告が上記各注文者から各調査報告書に係る検収書を受領したその日をいうと解すべきである。したがって、本件売上げは、本件事業年度の収益として同事業年度における益金の額に算入すべきものである。
また、仮に原告とＢ社ほかの注文者との間の請負契約について解除等の事由が生じたとしても、これにより生じた損失の額は、当該事由の発生した事業年度において損金の額に算入されることになり（法人税基本通達２－２－１６）、本件事業年度に遡って売上高が減額されるものではない。これは、法人税における課税所得の計算は、いわゆる継続企業の原則に従い、当期において生じた収益と当期において生じた費用、損失とを対応させ、その差額概念として所得を測定するという建前になっており、この場合の当期の収益又は費用、損失については、その発生原因が何であるかを問わず、当期において生じたものであれば全て当期に属する損益として認識するという考え方が採られ、仮に既往に計上した売上高について当期に契約解除等があった場合でも、その契約解除等は、当期に売上げの取消しによる損失が発生する原因にすぎないとみることになるからである。
原告は、本件決算訂正によって収益の帰属の時期の計算誤りによる売上げの過大計上等を訂正したことにより、原告の本件事業年度の法人税の課税所得の金額は１１億４２６５万４１５６円減少したと主張するが、本件決算訂正は公正処理基準に従った会計処理と認められるものではなく、本件決算訂正をもって本件事業年度における本件売上げの収益計上が否定されるものではない。すなわち、有価証券報告書及び訂正報告書の制度は、金融商品取引法に規定されているものであるところ、この制度は、企業内容等の開示の制度を整備するとともに、金融商品等の取引等を公正にし、有価証券の流通を円滑にするほか、資本市場の機能の十全な発揮による金融商品等の公正な価格形成等を図り、もって国民経済の健全な発展及び投資者の保護に資することを目的とするものである。そして、本件決算訂正は、あくまでも金融商品取引法の規定に従った有価証券報告書の訂正であり、投資者の保護に資すること等を目的としてするものであって、過年度の商法上の決算の訂正を要求し、過年度の法人税法上の収益計上を否定するものではない。また、本件売上げは、法人税法上、本件事業年度の収益として計上されるべきものであることは、前記(ウ)のとおりであり、これが一般に公正妥当な会計処理基準に適合することに加えて、前記(イ)ａのとおり、取引によって生じた収益は、有効なものか無効なものかの別なく、益金を構成すると解すべきであるところ、原告は、現に、本件売上げを全額受領し、Ｂ社ほかの注文者から請負契約を解除されるなどしていないのであるから、そもそも本件事業年度の収益に計上した本件売上げについて何らかの税務処理をすべき状況にあるものではないこと（なお、仮に上記各注文者から請負契約を解除されるなどしたとしても、それにより生じた損失が本件事業年度に遡って処理されるものではないことは、上記のとおりである。）からすれば、本件決算訂正は公正処理基準に従った会計処理と認められるものではなく、本件決算訂正をもって本件事業年度における本件売上げの収益計上が否定されるものではないことは明らかである。
原告は、嘆願書や添付資料の提出等を通じて、東京国税局の担当者等課税庁の側に対し、更正をすべき事実を提示しており、品川税務署長は、税務調査の結果、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にあると主張するが、原告が提出した資料は、いずれも本件売上げを本件事業年度の収益として計上することを否定する根拠となるものではなく、品川税務署長が本件売上げを減額する内容の更正をすべき理由はないのであって、客観的に更正をすべき事実を確認し得る状況にあるということはできない。
原告は、本件では治験業務が満足に行われておらず、Ｂ社ほかの注文者に各請負に係る成果物として提出された調査報告書は偽造データを記載して体裁を整えただけのものであるとともに、その調査報告書すら平成１７年３月末日までに提出されていなかったのであって、「何らかの役務提供」すら存在しないと主張するが、検収とは、納品された品が注文どおりであることを確かめた上で受け取ることをいい、検収書は、注文者が請負人の仕事を確認し、請負契約で定められていた仕事が完成したと認識した上で、請負人に対して交付するものであるから、注文者から請負人に対し検収書の交付がされているということからは、注文者及び請負人において請負人の仕事が完成したと認識し、実際に引渡しが行われ又は仕事が完成したことが推認されるというべきである。そして、本件においては、Ｂ社ほかの注文者から原告に対し検収書が交付されていることのほかに、原告自身も検収書を受領した日に本件売上げを収益として計上していたこと、原告が本件売上げを全額受領していること、Ｂ社ほかの注文者が原告との間の請負契約を解除するなどしていないことによれば、原告及びＢ社ほかの注文者は、各請負に係る成果物である調査報告書に係る検収書の交付がされた時において、原告の役務提供が完了したと認識しており、実際に原告の役務提供が完了していたことが推認される。
第３ 当裁判所の判断
１ 更正の請求の排他性（争点１の１）及び損害を避けるため他に適当な方法がないこと（争点１の３）について
(1) 義務付けの訴えは、一定の処分がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあり、かつ、その損害を避けるため他に適当な方法がないときに限り、提起することができる（行政事件訴訟法３７条の２第１項）ところ、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等が国税に関する法律の規定に従っていなかったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であるときには、国税通則法２３条１項１号の規定に基づき、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等につき更正をすべき旨の請求をすることができるのであるから、申告書に記載した課税標準等が国税に関する法律の規定に従っていなかったことによって当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であることを理由として税務署長が更正をすべき旨を命ずることを求める非申請型の義務付けの訴えについては、当該更正がされないことにより生ずるおそれがある損害を避けるため他に適当な方法として、更正の請求があるということができるのであって、上記非申請型の義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３７条の２第１項の補充性の要件（「その損害を避けるため他に適当な方法がないとき」の要件）を欠く不適法なものというべきである。
(2) もっとも、更正の請求は、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内という更正の請求期間内に限りすることができる（国税通則法２３条１項柱書き）ものであるから、更正の請求期間が経過した場合にはすることができなくなる。しかし、この場合に、実際には更正の請求をすることができないことを理由に上記補充性の要件を満たすものとし、税務署長が更正をすべき旨を命ずることを求める非申請型の義務付けの訴えを提起することが、その点において不適法なものとなることはないとした上で、客観的な課税標準の認識等に誤りがあったことが認定されたときには税務署長において職権による更正をする義務があると解するとすると、国税通則法２３条１項が、課税標準等の決定についてはその間の事情に最も通じている納税義務者自身の申告に基づいてするものとする申告納税制度の下において、租税法律関係の速やかな確定とその法的安定を図る見地から、納税義務者自身が作成提出した確定申告書の記載内容が過大であるという過誤は法律が特に定めた是正方法である更正の請求によって是正しなければならないものとした上で、更正の請求期間を限定した趣旨に正面から反することになる（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。このことは、更正の請求期間が経過した場合に、更正の請求をし、期間徒過を理由として更正をすべき理由がない旨の通知を受けた上で、その通知の取消しの訴えと税務署長が更正をすべき旨を命ずることを求める申請型の義務付けの訴えとを提起したときには、行政事件訴訟法３７条の３第１項２号の「当該処分が取り消されるべきものであり、又は無効若しくは不存在であること」という訴訟要件を欠く結果、申請型の義務付けの訴えを不適法なものとして却下すべきこととなることとの間の権衡からしても明らかである。
なお、職権による更正をするかどうかは税務署長の裁量に委ねられているものとし、更正をしないことがその裁量権の範囲の逸脱又はその濫用に当たる場合に限り税務署長において職権による更正をする義務があると解するとすれば、更正の請求期間が経過した場合に更正の義務付けの訴えを提起することを許しても更正の請求期間を限定した趣旨に正面から反することにはならないということもできなくはないが、そのように解する場合には、次のような問題が生ずる。すなわち、国税通則法２４条による更正の前提となる調査をするかどうかは税務署長の裁量に委ねられていると解されるところ、職権による更正の義務付けの訴えが適法であるとすると、このような訴訟が提起され原告による主張立証が行われているのに調査をしないということが許されるのかという問題が生ずるし、客観的な課税標準の認識等に誤りがあったことが認定されたときであっても職権による更正をするかどうかは税務署長の裁量に委ねられていると解することについては、租税法律主義の一内容である合法性の原則と整合するのか、裁量権の範囲の逸脱又はその濫用に当たる場合の判断基準を合理的に示せるのかという問題も生ずる。
この点について、前記最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決にいう、確定申告書の記載内容の錯誤が客観的に重大かつ明白であって、更正の請求以外に確定申告書の記載内容の過誤の是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合に限り、税務署長が更正をすべき旨を命ずることを求める非申請型の義務付けの訴えを提起することが許されるという考え方もあり得なくはないが、このような特段の事情がある場合には、当該更正がされないことにより生ずるおそれがある損害を避けるため他に適当な方法として、確定申告のうち錯誤に係る部分の無効を前提に誤納金の返還を求める公法上の不当利得返還の訴え又は未納付の租税債務の不存在確認の訴えがあるということができるのであって、上記非申請型の義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３７条の２第１項の補充性の要件を欠く不適法なものであることになる。
以上によれば、更正の請求期間が経過した場合であっても、税務署長が更正をすべき旨を命ずることを求める非申請型の義務付けの訴えは、前記補充性の要件を欠く不適法なものと解するのが相当である。
(3) 原告の主張について
原告は、課税庁は国税通則法２４条の規定に基づき更正の請求期間が経過した後に更正をする義務を負う場合があるのであって、そのような場合には義務付けの訴えの提起は否定されないと解すべきであると主張するところ、申告書に記載した課税標準等が国税に関する法律の規定に従っていなかったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であることが明らかになったときには、租税法律主義の一内容である合法性の原則から、税務署長において職権による更正をする義務があるとしても、更正の請求に期間制限を課した趣旨に照らせば、そのことにより上記期間制限の趣旨に反して非申請型の義務付けの訴えの訴訟要件が満たされることになるものではないというべきである。
原告は、本件においては、独立した第三者委員会による事後的な調査を経て初めて不適切な会計処理が行われていることが判明したのであって、その時点においては既に更正の請求期間が経過しており、原告には更正の請求の機会が与えられなかったのと実質的に同視することができ、権利救済の必要性が高いというべきであると主張するが、申告納税制度を採用する法人税法の下においては、法人税の課税標準等は、第１次的には、その間の事情に最も通じている納税義務者自身の申告に基づいて確定するのであり、法は、納税義務者が申告の準備をするのに必要な期間を考慮して一定の申告期限を設け、納税義務者がその期限内に十分な検討をした上で申告をすることを予定しているものであるところ、原告の上記主張に係る事情は原告の内部事情にすぎず、原告には更正の請求の機会が実質的に与えられていなかったということはできない。
２ 以上によれば、その余の点（争点１の２及び争点１の４）について判断するまでもなく、本件訴えは不適法なものであるということになる。
３ 品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき更正をすべきであるということはできないこと（争点２）について
(1) なお、訴訟の経過に鑑み、品川税務署長は原告の本件事業年度の法人税につき更正をすべきであるか否かについても検討する。
法人税法上、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資本等取引以外の取引に係る当該事業年度の収益の額とするものとされ（２２条２項）、当該事業年度の収益の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとするとされている（同条４項）のであって、ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきであり、これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入すべき権利が確定した時の属する年度の益金に計上すべきものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁参照）。請負報酬は、物の引渡しを要する場合は仕事の目的物の引渡しと同時に、物の引渡しを要しない場合は約定の仕事を完成した後に、支払わなければならない（民法６３３条）のであって、仕事の目的物の引渡し又は約定の仕事の完成により、特約のない限り、仕事の目的物の所有権等が注文者に移転し、請負人は、注文者に対し、約定の報酬を請求することができることとなるから、請負報酬については、物の引渡しを要する場合は仕事の目的物の引渡しの時に、物の引渡しを要しない場合は約定の仕事を完成した時に、現実の収入がなくても、その収入すべき権利が確定し、その時の属する年度の益金に計上すべきものとなるというべきである。
これを本件についてみると、弁論の全趣旨によれば、原告は、本件事業年度中である平成１７年２月２８日又は同年３月３１日に、Ｂ社ほかの注文者から、各調査報告書に係る検収書を受領し、その日（検収書を受領した日）に、各請負に係る代金である本件売上げを計上したこと、原告は、その後、上記各注文者から、業務委託金として本件売上げを全額受領していること、上記各注文者は、役務の提供が十分ではなかったことを理由として、契約を解除したり、本件売上げの返還請求や損害賠償請求をしてはいないことを認めることができるのであって、これらの事実によれば、本件事業年度当時、原告と上記各注文者との間においては、各請負に係る成果物である調査報告書の引渡しは既に行われたものとして取り扱われており、原告は、上記各注文者に対し、本件売上げを請求することができるものとされていたと認めることができる。そして、そうであるとすると、本件売上げは原告の本件事業年度の益金に計上すべきものであることになるから、品川税務署長が原告の本件事業年度の法人税につき原告に対し本件更正をすべきであるということはできないことになる。
(2) 原告の主張について
原告は、第三者委員会の調査報告書によれば、本件では治験業務が満足に行われておらず、Ｂ社ほかの注文者に各請負に係る成果物として提出された調査報告書は偽造データを記載して体裁を整えただけのものであるとともに、その調査報告書すら平成１７年３月末日までに提出されていなかったのであり、本件売上げについては収益計上の要件の一つである「役務の提供の完了」の事実が欠けており、品川税務署長は原告の本件事業年度の法人税につき原告に対し本件更正をする義務を負うと主張するが、一般に、人の担税力を増加させる利得は全て所得を構成し、ある利得が所得であるか否かは、その利得の原因を成す行為や事実の法的評価を離れて、実現した経済的成果に即して判定すべきであるから、仮に本件において原告の上記主張に係る事情があるとしても、そのために本件売上げが原告の本件事業年度の益金に計上すべきものではなくなるものではなく、実際に、Ｂ社ほかの注文者が役務の提供が十分ではなかったことを理由として契約を解除するなどし、経済的成果が消滅したときに、それに応じた処理をすることができることとなるにとどまるものである。
(3) 以上のとおり、仮に本件訴えが適法であったとしても、原告の請求は棄却を免れないこととなる。
第４ 結論
よって、本件訴えは不適法であるからこれを却下することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 川神裕
裁判官 内野俊夫
裁判官 日暮直子
別表省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11892.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報58巻8号3020頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。