税務訴訟資料第２６２号－９０（順号１１９４０）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分取消等請求事件（甲事件）、平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分取消等請求事件（乙事件）、平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分取消等請求事件（丙事件）
国側当事者・国（西税務署長、住吉税務署長）
平成２４年４月２６日棄却・確定
判決
甲事件原告
Ａ株式会社
（以下「原告Ａ」という。）
同代表者代表取締役甲
乙事件原告Ｂ株式会社
（以下「原告Ｂ」という。）
同代表者代表取締役乙
丙事件原告Ｃ株式会社
（以下「原告Ｃ」という。）
同代表者代表取締役甲
上記三名訴訟代理人弁護士柴田信夫
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
甲事件処分行政庁
西税務署長
梶原元明
乙・丙事件処分行政庁
住吉税務署長
中田琢也
被告指定代理人
小河好美
同
松本淳
同
松帆芳和
同
瀬戸邦雄
同
原田久
同
一橋直美
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 甲事件
(1) 西税務署長が平成１７年９月１２日付けで原告Ａに対してした同原告の平成１１年６月１日から平成１２年５月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
(2) 西税務署長が平成１８年２月２７日付けで原告Ａに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ａの平成１１年６月１日から平成１２年５月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７００万２９８９円、納付すべき税額１４８万２３００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分（ただし、いずれも平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの）
イ 原告Ａの平成１２年６月１日から平成１３年５月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４８９３万４５５４円、納付すべき税額１４５６万７８００円を超える部分（ただし、平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの）及び重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ａの平成１３年６月１日から平成１４年５月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７７８万８２５２円、納付すべき税額１６８万７５００円を超える部分（ただし、平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの）及び重加算税賦課決定処分
エ 原告Ａの平成１４年６月１日から平成１５年５月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１４８４万３８５５円、納付すべき税額３８０万８５００円を超える部分（ただし、平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの）及び重加算税賦課決定処分
オ 原告Ａの平成１５年６月１日から平成１６年５月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４９１万９１４４円、納付すべき税額１０７万３２００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分（ただし、いずれも平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの）
(3) 西税務署長が平成１８年２月２７日付けで原告Ａに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ａの平成１１年６月１日から平成１２年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６９６万３０００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１７４万３４００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
イ 原告Ａの平成１２年６月１日から平成１３年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額８０５万０４００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２０１万２６００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ａの平成１３年６月１日から平成１４年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６６７万２１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６６万８０００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分
エ 原告Ａの平成１４年６月１日から平成１５年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１１７万２１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２９万３０００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分（ただし、平成２０年１０月１７日付け裁決により一部取り消された後のもの）
オ 原告Ａの平成１５年６月１日から平成１６年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１０６１万１７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２６５万２９００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
２ 乙事件
(1) 住吉税務署長が平成１７年９月５日付けで原告Ｂに対してした同原告の平成１１年９月１日から平成１２年８月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
(2) 住吉税務署長が平成１８年２月２８日付けで原告Ｂに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ｂの平成１１年９月１日から平成１２年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１０３万３９６７円、納付すべき税額２１万９０００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
イ 原告Ｂの平成１２年９月１日から平成１３年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４５９万０３９９円、納付すべき税額１００万１６００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ｂの平成１３年９月１日から平成１４年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額４７４万７１６２円、納付すべき税額１０４万１０００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
エ 原告Ｂの平成１４年９月１日から平成１５年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７６８万１９８２円、納付すべき税額１６８万８３００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
オ 原告Ｂの平成１５年９月１日から平成１６年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１６６６万４４３５円、納付すべき税額４３５万７８００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分（ただし、平成１９年１０月４日付け異議決定により一部取り消された後のもの）
(3) 住吉税務署長が平成１８年２月２８日付けで原告Ｂに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ｂの平成１１年９月１日から平成１２年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額２６０万１４００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額６５万０３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
イ 原告Ｂの平成１２年９月１日から平成１３年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額３９２万９８００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額９８万２４００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ｂの平成１３年９月１日から平成１４年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額３２９万５７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額８２万３９００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
エ 原告Ｂの平成１４年９月１日から平成１５年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額４８０万３４００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１２０万０８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分（ただし、平成１９年１０月４日付け異議決定により一部取り消された後のもの）
オ 原告Ｂの平成１５年９月１日から平成１６年８月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６６３万７２００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６５万９３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分（ただし、平成１９年１０月４日付け異議決定により一部取り消された後のもの）
３ 丙事件
(1) 住吉税務署長が平成１７年９月５日付けで原告Ｃに対してした同原告の平成１２年１０月１日から平成１３年９月３０日までの事業年度以後の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
(2) 住吉税務署長が平成１８年２月２８日付けで原告Ｃに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ｃの平成１２年１０月１日から平成１３年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額０円、納付すべき税額マイナス１５１２円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
イ 原告Ｃの平成１３年１０月１日から平成１４年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額マイナス１２０万４３３８円、納付すべき税額マイナス１９５円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ｃの平成１４年１０月１日から平成１５年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額マイナス２４万３８８８円、納付すべき税額マイナス１１２円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
エ 原告Ｃの平成１５年１０月１日から平成１６年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額５９４万８６８５円、納付すべき税額１３０万８５００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分
(3) 住吉税務署長が平成１８年２月２８日付けで原告Ｃに対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
ア 原告Ｃの平成１２年１０月１日から平成１３年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１０９万５１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２７万３７００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
イ 原告Ｃの平成１３年１０月１日から平成１４年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額９２万２５００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２３万０６００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
ウ 原告Ｃの平成１４年１０月１日から平成１５年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６７万９０００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６万９７００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
エ 原告Ｃの平成１５年１０月１日から平成１６年９月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額９３万１８００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２３万２９００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
第２ 事案の概要
甲事件は、青色申告承認を受けていた原告Ａが、①「Ｄ」（以下「Ｄ」という。）に管理料として支払っていた金員及び②原告Ａの取締役であった丙（以下「丙」という。）に対する役員退職慰労金（以下「本件退職金」という。）につきそれぞれ損金に算入して平成１１年６月１日から平成１２年５月３１日までの事業年度（以下「平成１２年５月期」といい、以後の事業年度も同様の方法で表す。）ないし平成１６年５月期の各事業年度（以下「本件Ａ各事業年度」という。）の法人税の確定申告をし、①が課税仕入れに該当するとして本件Ａ各事業年度に対応する課税期間（以下「本件Ａ各課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税の確定申告をしたところ、①は寄附金に該当するにもかかわらずこれを管理料に仮装していた、②は架空に計上されたなどとして、西税務署長から青色申告承認の取消処分（以下「本件Ａ青色申告承認取消処分」という。）、原告Ａの本件Ａ各事業年度に係る法人税並びに本件Ａ各課税期間に係る消費税及び地方消費税の各更正処分（これらを併せて、以下「本件Ａ更正処分」という。）、各重加算税賦課決定処分及び過少申告加算税賦課決定処分（これらを併せて、以下「本件Ａ賦課決定処分」という。）を受けたため、これらの処分（ただし、一部の処分については異議決定又は裁決で一部取り消された後のもの）の各取消しを求めた事案である。
乙事件は、青色申告承認を受けていた原告Ｂが、Ｄに管理料として支払っていた金員を損金に算入して平成１１年９月１日から平成１２年８月３１日までの事業年度（以下「平成１２年８月期」といい、以後の事業年度も同様の方法で表す。）ないし平成１６年８月期の各事業年度（以下「本件Ｂ各事業年度」という。）の法人税の確定申告をし、上記管理料の支払が課税仕入れに該当するとして本件Ｂ各事業年度に対応する課税期間（以下「本件Ｂ各課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税の確定申告をしたところ、上記金員は寄附金に該当するにもかかわらずこれを管理料に仮装していたなどとして、住吉税務署長から青色申告承認の取消処分（以下「本件Ｂ青色申告承認取消処分」という。）、原告Ｂの本件Ｂ各事業年度に係る法人税並びに本件Ｂ各課税期間に係る消費税及び地方消費税の各更正処分（これらを併せて、以下「本件Ｂ更正処分」という。）、各重加算税賦課決定処分（これらを併せて、以下「本件Ｂ賦課決定処分」という。）を受けたため、これらの処分（ただし、一部の処分については異議決定で一部取り消された後のもの）の各取消しを求めた事案である。
丙事件は、青色申告承認を受けていた原告Ｃが、Ｄに管理料として支払っていた金員を損金に算入して平成１２年１０月１日から平成１３年９月３０日までの事業年度（以下「平成１３年９月期」といい、以後の事業年度も同様の方法で表す。）ないし平成１６年９月期の各事業年度（以下「本件Ｃ各事業年度」という。）の法人税の確定申告をし、上記管理料の支払が課税仕入れに該当するとして本件Ｃ各事業年度に対応する課税期間（以下「本件Ｃ各課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税の確定申告をしたところ、上記金員は寄附金に該当するにもかかわらずこれを管理料に仮装していたなどとして、住吉税務署長から青色申告承認の取消処分（以下「本件Ｃ青色申告承認取消処分」という。）、原告Ｃの本件Ｃ各事業年度に係る法人税並びに本件Ｃ各課税期間に係る消費税及び地方消費税の各更正処分（これらを併せて、以下「本件Ｃ更正処分」という。）、各重加算税賦課決定処分（これらを併せて、以下「本件Ｃ賦課決定処分」という。）を受けたため、これらの処分の各取消しを求めた事案である。
１ 法令の定め等
(1) 法人税法（ただし、原告Ａの平成１２年５月期ないし平成１４年５月期、原告Ｂの平成１２年８月期ないし平成１４年８月期、原告Ｃの平成１３年９月期及び平成１４年９月期につき、平成１４年法律第７９号による改正前のもの、原告Ａの平成１５年５月期及び平成１６年５月期、原告Ｂの平成１５年８月期及び平成１６年８月期、原告Ｃの平成１５年９月期及び平成１６年９月期につき平成１８年法律第１０号による改正前のものをいう。以下同じ。）の定め
ア 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を、同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額のほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用の額及び当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものとする旨を、それぞれ定めている。
イ 法人税法３７条３項（平成１４年法律第７９号による改正前においては、同条２項。以下同じ。）は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の資本等の金額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額については、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を、同条７項（平成１４年法律第７９号による改正前においては、同条６項。以下同じ。）は、法人税法における寄附金の額については、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきものを除く。以下同じ。）をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与のときにおける価額によるものとする旨を、同条８項（平成１４年法律第７９号による改正前においては、同条７項。以下同じ。）は、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、前項の寄附金の額に含まれるものとする旨をそれぞれ定めている。
ウ 法人税法１２７条１項３号は、青色申告の承認を受けた内国法人につき、その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨定めている。
(2) 法人税法施行令（原告Ａの平成１２年５月期ないし平成１４年５月期、原告Ｂの平成１２年８月期ないし平成１４年８月期、原告Ｃの平成１３年９月期及び平成１４年９月期につき、平成１４年政令第２７１号による改正前のもの、原告Ａの平成１５年５月期及び平成１６年５月期、原告Ｂの平成１５年８月期及び平成１６年８月期、原告Ｃの平成１５年９月期及び平成１６年９月期につき平成２２年政令第５１号による改正前のものをいう。以下同じ。）の定め法人税法施行令７８条１項（平成１４年政令第２７１号による改正前においては、７８条。以下同じ。）は、法人税法３７条７項に規定する寄附金の支出は、各事業年度の所得の金額の計算については、その支払がされるまでの間はなかったものとする旨定めている。
(3) 消費税法の定め
消費税法２条１項１２号は、事業者が事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもので、同法７条１項及び８条１項等の規定により消費税が免除されるもの以外のものに限る。）を課税仕入れと定めているところ、同法３０条１項１号は、事業者（消費税の納税義務が免除される事業者を除く。）が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日が属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額につき課された又は課されるべき消費税額の合計額を控除する旨定めている。
(4) 国税通則法の定め
国税通則法６８条１項は、納税者が国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出したときは、重加算税を課する旨定めている。
(5) 事務運営指針の定め（乙１）
ア 国税庁長官の発出した平成１２年７月３日付け課法２－８ほか「法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」（以下「事務運営指針」という。）第１の１(2)は、以下の(ア)や(イ)の事実（以下「帳簿書類の隠匿、虚偽記載等」という。）がある場合には、国税通則法６８条１項に規定する隠ぺい又は仮装の事実が認められる旨定めている。
(ア) 帳簿、原始記録、証ひょう書類、貸借対照表、損益計算書、勘定科目内訳明細書、棚卸表その他決算に関係のある書類（以下「帳簿書類」という。）を、破棄又は隠匿していること（第１の１(2)①）
(イ) 帳簿書類の改ざん（偽造及び変造を含む。以下同じ。）、帳簿書類への虚偽記載、相手方との通謀による虚偽の証ひょう書類の作成、帳簿書類の意図的な集計違算その他の方法により仮装の経理を行っていること（第１の１(2)②）
イ 事務運営指針第１の３(4)は、確定した決算の基礎となった帳簿に、交際費等又は寄附金のように損金算入について制限のある費用を単に他の費用科目に計上している場合であって、当該行為が相手方との通謀又は証ひょう書類等の破棄、隠匿若しくは改ざんによるもの等でないときは、帳簿書類の隠匿、虚偽記載等に該当しない旨定めている。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨等により容易に認められる事実。なお、以下において、証拠番号は特記しない限り枝番を含む。）
(1) 当事者等
ア 原告Ａは、紙幣両替機等の販売業を営む株式会社である。
イ 原告Ｂは、警備業及び清掃業等を営む株式会社である。
ウ 原告Ｃは、ビルメンテナンス業を営む株式会社である。
エ Ｄは、平成●年●月●日に大阪府選挙管理委員会に設立届を提出した政治資金規正法上の政治団体であったが、平成●年●月●日に解散届を提出した。
オ 甲（以下「甲」という。）は、原告Ａ及び原告Ｃの代表取締役の地位にある者である。甲は、平成１７年１２月頃まで原告Ｂの代表取締役を務めており、また、Ｄの設立以来解散するまでの間、その代表者の地位にあった。
(2) 原告Ａの取引等
ア Ｅ株式会社（以下「Ｅ」という。）との取引
(ア) 販売特約店契約
ａ 原告Ａは、平成元年４月１日、貨幣処理機及び自動販売機の販売業等を営む株式会社であるＥとの間において、原告ＡがＥの販売特約店として、Ｅが取り扱う商品を原告Ａが買い受けて販売し、販売先から生じた苦情・請求については、すべて原告Ａの責任で処理・解決する旨の契約（以下「本件販売特約店契約」という。）を締結した（甲Ａ８）。
ｂ 原告Ａは、Ｄとの間で、原告Ａがパチンコ業界へ商品等を販売したことによって生じる一切のトラブルをＤが誠意をもって解決し、原告ＡはＤに販売管理費（原告Ａがパチンコ業界に販売した売上金額の１パーセントに当たる金額）を支払うことを内容とする平成元年５月２日付け覚書（以下「本件覚書」という。）を交わした（乙Ａ３）。
(イ) 営業権譲渡
ａ 原告Ａは、平成７年１０月１日、Ｅの子会社であったＦ株式会社（以下「Ｆ」という。）との間で、同社の商品を継続的に仕入れる旨の契約を締結するとともに、同じくＥの子会社であったＧ株式会社（以下「Ｇ」という。）との間で、同社に対し、Ｆから仕入れた商品を販売する旨の契約（以下、原告ＡがＦ及びＧとの間でそれぞれ締結した契約を併せて「原契約」という。）を締結した（弁論の全趣旨）。
ｂ 原告Ａは、平成１０年１２月２４日、Ｅ、Ｆ及びＧとの間で、原契約が同月３１日をもって終了し、以後は効力を失うものとした上で、原契約に基づく原告Ａの商品の仕入れ及び販売に関する権利を平成１１年１月１日にＥに譲渡する旨の契約（以下「本件営業権譲渡契約」といい、同契約に係る契約書を「本件営業権譲渡契約書」という。）を締結するとともに、Ｅとの間で、上記営業権譲渡の対価を８億円（消費税抜き）とし、Ｅが原告Ａに対し、契約後２週間以内に５０００万円を支払い、平成１１年１月以降平成１５年７月までの間、各年１月及び７月に７５００万円ずつを１０回にわたり支払うことを内容とする覚書（以下「本件営業権譲渡覚書」という。）を交わした（乙Ａ１、２）。
ｃ 原告Ａは、Ｄとの間で、本件覚書を改定し、原告ＡがＤに支払う販売管理費について、平成１０年１２月に２６２５万円を支払い、平成１１年１月から平成１５年７月までの間、各年１月及び７月に３９３７万５０００円ずつを１０回にわたり支払う（支払総額４億２０００万円）旨の平成１０年１２月２５日付け念書（以下「本件念書」という。）を交わした（乙Ａ４）。
(ウ) Ｄへの支払
原告Ａは、平成１２年５月期から平成１５年５月期にかけて各７５００万円を、平成１６年５月期に３７５０万円をＤに支払い（以下、これらの支出金を「本件Ａ支出金（Ｅ分）」という。）、平成１２年５月期ないし平成１６年５月期の各事業年度（本件Ａ各事業年度）の総勘定元帳に管理料として計上して損金に算入した。
イ 株式会社Ｈ（以下「Ｈ」という。）との取引
(ア) 販売取引契約
原告Ａは、平成９年５月１日付けで、パチンコ玉やコインの製造販売業等を営む株式会社であるＨとの間で、原告Ａが他２社から購入した遊戯用メダルをＨに販売する旨の契約を締結した（同契約に係る契約書を、以下「本件Ｈ契約書」という。乙Ａ５）。
(イ) Ｄとの契約
原告Ａは、Ｄとの間で、Ｄは原告Ａが販売するパチンコ業界、ゲーム業界に対して販売の紹介及び一切の協力を行い、販売したことによって生じるすべてのトラブルを誠意をもって解決し、これに対して原告Ａは、Ｈとの販売契約に基づく売買利益から支払手数料を控除した差引利益金額の５０パーセントを管理費としてＤに支払うことを内容とする平成９年５月１日付けの「管理費支払いに関する契約書」（以下「本件Ａ契約書」という。）を交わした（乙Ａ６）。
(ウ) Ｄへの支払
原告Ａは、Ｄに対し、平成１２年５月期に７７３３万２０８９円、平成１３年５月期に９８５３万７８０２円、平成１４年５月期に９３５３万４４９１円、平成１５年５月期に９０４４万７２５５円、平成１６年５月期に１億１３１０万６２０７円をそれぞれ支払い（以下、これらの支出金を「本件Ａ支出金（Ｈ分）」といい、本件Ａ支出金（Ｅ分）と併せて、以下「本件Ａ各支出金」という。）、本件Ａ各事業年度の総勘定元帳に管理料として計上して損金に算入した。
ウ 役員退職慰労金の支払
(ア) 甲の妻であった丙は、原告Ａの取締役であったところ、平成１３年２月１９日付けの丙名義の辞任届（以下「本件辞任届」という。）が存在し、同月２６日付けで同月１９日に丙が原告Ａの取締役を辞任した旨の登記がされている（甲Ａ１０の１、２）。
(イ) 原告Ａの平成１３年７月９日付け定時株主総会に係るものとして、全株主３名が出席した（委任状による出席を含む）旨、「退任取締役に対する退職慰労金贈呈の件」に係る議案につき、同年２月１９日をもって取締役を退任した丙に対し、在任中の労に報いるため役員退職慰労金２０００万円（本件退職金）を贈呈することが異議なく承認され、決議された旨、以上をもって同日の議事が終了した旨が各記載され、議長として代表取締役である甲の氏名が、出席取締役として丁（以下「丁」という。）、戊の氏名が記載され、その名下にそれぞれの押印がされた議事録（以下「本件議事録」という。）が存在する（甲Ａ１０の３）。
(ウ) 原告Ａは、平成１４年５月期の総勘定元帳に本件退職金を未払費用として計上して損金に算入した。
(エ) 原告Ａは、平成１８年３月２２日、丙に対し、２０００万円を振込送金により支払い、同日付けの丙名義の原告Ａ宛の受領書（以下「本件受領書」という。）には「金２，０００万円を退職金として正に受け取りました。」との記載がある（甲Ａ１０の４、５）。
エ その他の管理料の支払
原告Ａは、Ｄに対して、平成１３年５月期は３００万円、平成１５年５月期及び平成１６年５月期は各５００万円を各決算期末である各年５月中に支払い（以下、これらの支出金を「原告Ａその他支出金」という。）、総勘定元帳に管理料として計上して損金に算入した。
なお、原告Ａその他支出金がＤに対し対価関係なく支払われたものであり、寄附金に該当することについては争いがない。
(3) 原告Ｂの取引
ア 原告Ｂは、平成２年１０月２５日、Ｅとの間で、Ｅが所有するＫビルに関する警備業務及び清掃業務を１年当たり３８４０万円で受託する旨の契約を締結した。同契約に係る契約書には、原告Ｂが契約の履行を第三者に委託し又は請け負わせることを禁止する旨が記載されている。（乙Ｂ２）
イ Ｄとの契約
原告Ｂは、Ｄとの間で、Ｄが原告Ｂの行う警備業及び清掃業の業務上生じる一切のトラブルを誠意をもって解決し、同原告の業務が円滑に遂行できるよう協力する旨、これに対して原告ＢがＤに対し毎月１００万円を管理費として支払う旨定めた平成５年４月１日付け「業務管理委託契約書」（以下「本件Ｂ契約書」という。）を交わした（乙Ｂ１）。
ウ Ｄへの支払
原告Ｂは、Ｄに対し、平成１２年８月期から平成１６年８月期にわたり、毎月１００万円（消費税込み）、各期合計１２００万円（消費税込み）を支払い（以下、これらの支出金を「本件Ｂ支出金」という。）、平成１２年８月期ないし平成１６年８月期の各事業年度（本件Ｂ各事業年度）の総勘定元帳に管理費として計上し、このうち仮払消費税として処理した金額を控除した額（毎月９５万２３８１円、各期合計１１４２万８５７２円）を本件Ｂ各事業年度の損金に算入した。
エ その他の支払手数料の支払
原告Ｂは、Ｄに対して、平成１５年８月２９日に１００万円（消費税込み）、平成１６年８月３０日に２００万円（消費税込み）をそれぞれ支払い（以下、これらの支出金を「本件Ｂその他支出金」という。）、平成１５年８月期及び平成１６年８月期の総勘定元帳に支払手数料として計上し、このうち仮払消費税として処理した金額を控除した額（平成１５年８月期につき９５万２３８１円、平成１６年８月期につき１９０万４７６２円）を平成１５年８月期及び平成１６年８月期の損金に算入した。
なお、本件Ｂその他支出金がＤに対して対価関係なく支払われたものであり、寄附金に該当することについては争いがない。
(4) 原告Ｃの取引
ア 原告Ｃは、原告Ｂとの間で、同原告がＥから受託したＫビルに関する清掃業務につき受託する旨の契約を締結した（弁論の全趣旨）。
イ Ｄとの契約
原告Ｃは、Ｄとの間で、Ｄが原告Ｃの行う清掃業の業務上生じる一切のトラブルを誠意をもって解決し、同原告の業務が円滑に遂行できるよう協力する旨、これに対して原告ＣがＤに対し毎月５０万円を管理費として支払う旨の平成５年４月１日付け「業務管理委託契約書」（以下「本件Ｃ契約書」という。）を交わした（乙Ｃ１）。
ウ Ｄへの支払
原告Ｃは、Ｄに対し、平成１３年９月期から平成１６年９月期にわたり、毎月５０万円（消費税込み）、各期合計６００万円（消費税込み）を支払い（以下、これらの支出金を「本件Ｃ支出金」といい、本件Ａ各支出金及び本件Ｂ支出金と併せて、「本件各支出金」という。）、平成１３年９月期ないし平成１６年９月期の各事業年度（本件Ｃ各事業年度。本件Ａ各事業年度及び本件Ｂ各事業年度と併せて、以下「本件各事業年度」という。）の総勘定元帳に管理費として計上し、このうち仮払消費税として処理した金額を控除した額（毎月４７万６１９１円、各期合計５７１万４２９２円）を本件Ｃ各事業年度の損金に算入した。
(5) 原告らに対する各処分の経緯
ア 原告Ａ関係
(ア) 原告Ａは、青色申告の承認を受けて本件Ａ各事業年度において、別表１－１及び別表２－１の各「確定申告」欄及び「修正申告」欄記載のとおり、西税務署長に法人税並びに消費税及び地方消費税の確定申告書及び修正申告書を提出した。
(イ) 西税務署長は、平成１７年９月１２日、原告Ａに対し、「貴法人は、自平成１１年６月１日至平成１２年５月３１日事業年度において、実際には寄附金として処理すべき金額を、寄附金課税を免れるため、管理料科目に仮装して計上するなどの不正手段により、所得を隠ぺいし、過少な所得金額で申告していましたので、貴法人の帳簿書類の記載事項全体について真実性が認められません。」との理由で、平成１２年５月期以降の法人税の青色申告の承認を取り消す処分（本件Ａ青色申告承認取消処分）を行った（甲Ａ２）。
(ウ) 西税務署長は、平成１８年２月２７日、原告Ａに対し、別表１－１及び別表２－１の各「更正処分等」欄記載のとおり、法人税並びに消費税及び地方消費税の各更正処分（本件Ａ更正処分）並びに各重加算税及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件Ａ賦課決定処分）を行った（甲Ａ５）。
イ 原告Ｂ関係
(ア) 原告Ｂは、青色申告の承認を受けて本件Ｂ各事業年度において、別表１－２及び別表２－２の各「確定申告」欄記載のとおり、住吉税務署長に法人税並びに消費税及び地方消費税の確定申告書を提出した。
(イ) 住吉税務署長は、平成１７年９月５日、原告Ｂに対し、平成１２年８月期以降の法人税の青色申告の承認を取り消す処分（本件Ｂ青色申告承認取消処分）を行った。
(ウ) 住吉税務署長は、平成１８年２月２８日、原告Ｂに対し、別表１－２及び別表２－２の各「更正処分等」欄記載のとおり、法人税並びに消費税及び地方消費税の各更正処分（本件Ｂ更正処分）並びに各重加算税賦課決定処分（本件Ｂ賦課決定処分）を行った。
ウ 原告Ｃ関係
(ア) 原告Ｃは、青色申告の承認を受けて本件Ｃ各事業年度において、別表１－３及び別表２－３の各「確定申告」欄記載のとおり、住吉税務署長に法人税並びに消費税及び地方消費税の確定申告書を提出した。
(イ) 住吉税務署長は、平成１７年９月５日、原告Ｃに対し、平成１３年９月期以降の法人税の青色申告の承認を取り消す処分（本件Ｃ青色申告承認取消処分。本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ｂ青色申告承認取消処分と併せて、以下「本件各青色申告承認取消処分」という。）を行った。
(ウ) 住吉税務署長は、平成１８年２月２８日、原告Ｃに対し、別表１－３及び別表２－３の各「更正処分等」欄記載のとおり、法人税並びに消費税及び地方消費税の各更正処分（本件Ｃ更正処分。本件Ａ更正処分及び本件Ｂ更正処分と併せて、以下「本件各更正処分」という。）並びに各重加算税賦課決定処分（本件Ｃ賦課決定処分。本件Ａ賦課決定処分及び本件Ｂ賦課決定処分と併せて、以下「本件各賦課決定処分」という。）を行った。
(6) 本件訴訟に至る経緯
ア 原告らは、上記(5)の本件各青色申告承認取消処分、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分（これらの各処分を併せて、以下「本件各処分」という。）に対し、それぞれ異議申立てをしたところ、各処分行政庁は、別表１－１ないし１－３、別表２－１ないし２－３の各「異議決定」欄記載のとおり、本件Ａ更正処分、本件Ａ賦課決定処分及び本件Ｂ賦課決定処分の一部をそれぞれ取り消し、その余の申立てをいずれも棄却した（甲Ａ３、４、６、７）。
イ 原告らは、平成１９年１０月２９日、国税不服審判所長に対し、本件各処分（ただし、上記アの異議決定で一部取り消された後のもの）の各取消しを求めてそれぞれ審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成２０年１０月１７日付けで、別表１－１ないし１－３、別表２－１ないし２－３の各「裁決」欄記載のとおり、本件Ａ賦課決定処分の一部を取り消し、その余の請求をいずれも棄却し、同月２１日、原告らに対し、各裁決書の謄本を送達した（甲Ａ１、甲Ｂ１、甲Ｃ１）。
ウ 原告らは、平成２１年４月２０日、それぞれ甲事件、乙事件、丙事件に係る訴えを提起した（顕著な事実）。
(7) 被告の主張する税額等
被告の主張する本件各処分（ただし、(6)アの異議決定及び同イの裁決によって一部取り消された後のもの）の根拠は、別紙「本件各更正処分等の根拠」記載のとおりである。
３ 争点
(1) 本件各支出金が寄附金に当たるか（全事件について）
(2) 原告Ａが丙に対し、本件退職金の支払義務を負担したか（甲事件について）
(3) 本件各支出金及び本件退職金につき、隠ぺい・仮装の事実があったか。（全事件について）
(4) 本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分が信義則に反するか（甲事件について）
(5) 法人税に係る本件Ａ更正処分につき、理由の付記を要するか（甲事件について）
４ 争点に関する当事者の主張
(1) 本件各支出金が寄附金に当たるか
（被告の主張）
ア 本件Ａ支出金（Ｅ分）について
以下の各事実によれば、本件Ａ支出金（Ｅ分）は、原告ＡがＤの資金とするために無償で利益供与したものであって、寄附金に該当することは明らかである。
(ア) 原因なき支払であること
原告Ａの主張によれば、本件覚書は原告ＡとＥとの間のパチンコ業界に関する取引に関して生ずるトラブルの解決をＤに委託することを内容とするものであるところ、本件営業権譲渡契約により、原告ＡとＥの子会社とのパチンコ関連の商品販売に関する原契約は平成１０年１２月３１日をもって終了しており、原告Ａは契約関係から離脱しているのであるから、それ以後に原告ＡがＤに解決を依頼するようなトラブルが発生する余地はなく、Ｄがこれを解決することもあり得ない。それにもかかわらず、これ以降も原告ＡからＤに対する支払は継続していることからすれば、本件Ａ支出金（Ｅ分）はトラブル解決のために支払われたものではないことは明らかである。
原告Ａは、平成１１年１月１日以降もＥとの関係は継続していたと主張するが、Ｅの取締役らは、平成１０年１２月３１日をもって原告Ａとの代理店契約は終了した旨供述していること、本件営業権譲渡契約書及び本件営業権譲渡覚書には、Ｄの役務提供継続に関する約定は存在しないことからすれば、原告Ａの上記主張は事実に反する。また、営業権譲渡の対価を５年間の分割払としたことがＤによる役務提供が５年間継続される旨の合意の存在を示すものと解することはできず、Ｅとの間で甲個人の渉外顧問契約が継続していたことはＤによる役務提供があったことの根拠とはならない。
(イ) Ｄが具体的活動を行っていないこと
Ｄの会則（以下「本件会則」という。）の規定からすれば、Ｄはトラブルの解決を目的とする団体とは認められず、代表者である甲も質問てん末書において、Ｄは本件会則４条所定の事業以外の活動は行っていない、Ｄはトラブル発生の抑止力となっているだけで、直接何らかの役務を提供しているわけではない旨供述している上、Ｅの取締役らも、本件営業権譲渡契約締結後に原告Ａにトラブル解決を依頼したことはない旨供述している。また、Ｄの事務総局長であるＬ（以下「Ｌ」という。）も、Ｄの事業活動を何ら説明できておらず、原告ＡにおいてもＤによる役務提供の事実を示す資料を所持していない。
(ウ) 甲の供述
甲は、原告Ａの事業で得た収益を管理料としてＤに支払い、Ｄの運営費に充てていたと供述する一方、Ｄが具体的な役務提供活動を行っていないことを認めていたのであるから、原告Ａの売上げの一部をＤの資金源とするために本件覚書及び本件念書が作成されたことは明らかである。
(エ) 原告Ａが役務提供の裏付けとして示す資料はいずれも本件念書作成後におけるＤによる役務提供の事実を推認させるものではなく、岐阜県のゲーム店でのトラブルについては、Ｌが原告Ａの従業員として解決に当たったものであり、Ｄによる役務提供を示すものではない。また、本件覚書ではパチンコ業界への販売について生ずる一切のトラブルが対象とされており、ゲーム業界については対象に含まれていないことからすれば、ゲーム業界における取引が継続していたことからこれに関するトラブル処理業務をＤが行っていた旨の原告Ａの主張は失当である。
イ 本件Ａ支出金（Ｈ分）について
以下の各事実によれば、本件Ａ支出金（Ｈ分）は、原告ＡがＤの資金とするために無償で利益供与したものであって、寄附金に該当することは明らかである。
(ア) 上記ア(イ)のとおり、Ｄは原告Ａに対し、トラブル解決という役務提供を行っていない。
(イ) 本件Ｈ契約書にはＨが原告Ａに対しトラブルの解決を委託する旨の条項はなく、他にトラブルの解決を委託する旨の契約書も存在しない上、甲も質問てん末書において「パチンコ及びアミューズメント業界でのトラブル防止というような約束は、Ｈとの間ではたとえ口約束でもしていません」などと供述しており、Ｈが原告Ａに対しトラブルの解決を依頼した事実はない。
(ウ) Ｈの常務取締役らも、クレーム処理はＨ自身の業務であり、原告Ａにトラブル対応を依頼することはなかった旨供述している。
ウ 本件Ｂ支出金について
原告ＢがＥから請け負っている業務は、Ｋビルの常駐ビル管理であり、このようなビル管理において、警備員が処理できないほどのトラブルが生じるとは考えられないこと、原告ＢとＥの契約書では、原告Ｂが契約の履行について下請けを使用することが禁じられており、Ｄが下請けとして行動することは予定されていないこと、上記ア(イ)のとおり、Ｄはトラブル解決といった活動は行っていないことからすれば、本件Ｂ支出金は、原告ＢがＤの資金とするために無償で利益供与したものであって、寄附金に該当することは明らかである。
エ 本件Ｃ支出金について
原告Ｃは、原告Ｂから清掃業務を請け負っていたにすぎないところ、清掃業務においてパチンコ関連の取引で生じるようなトラブルが生じるとは考えられないこと、原告Ｃは、トラブルが発生し得ると主張するのみで、いかなるトラブルが発生するのか具体的な主張をしていないこと、上記ア(イ)のとおり、Ｄはトラブル解決といった活動は行っていないことからすれば、本件Ｃ支出金は、原告ＣがＤの資金とするために無償で利益供与したものであって、寄附金に該当することは明らかである。
（原告Ａの主張）
ア 本件Ａ支出金（Ｅ分）について
(ア) 原告ＡとＥの間では、本件営業権譲渡契約後も、原告Ａが営業権譲渡代金の支払を受けている限り、Ｅのためのトラブル解決を継続することが合意されていた。ここにいうトラブルとは、Ｅの製品の購入先から突きつけられるクレーム等のことであるから、営業権譲渡契約後も発生し得るものである。
また、本件営業権譲渡契約後も、ゲーム業界市場における総代理店契約は平成１７年まで継続中であったから、これに関するトラブル処理業務も継続していた。
被告は、原告ＡとＦ及びＧとの間の原契約が終了したことによって役務提供の余地がなくなったと主張するが、原契約は実在しない仮装の契約であり、Ｄの役務提供義務はあくまでも原告ＡとのＥとの間の本件販売特約店契約及び本件覚書に基づいて発生していたところ、これらの契約に基づく役務提供は平成１５年まで続いていたのであるから、被告の主張は失当である。
(イ) Ｄは実際にトラブル解決業務を行っており、岐阜県のゲーム店でのトラブルに関する報告書等、役務提供を裏付けるいくつかの資料も存在する。被告は、Ｄの事務総長であるＬが作成したトラブル解決報告書につき、Ｌが原告Ａの従業員として解決に当たったものにすぎないと主張するが、同報告書の記載からすれば、Ｄの事務総長であるＬがトラブル解決に当たり、原告Ａのために報告書を作成したことは明らかである。
そもそも、Ｄは、Ｅの依頼によりＥグループの企業防衛を目的として設立されたものであり、その実質はＥに関するトラブルを解決するための常設機関であった。ＥがＤの維持運営資金及び事務所を実質的に提供していたことからも、Ｄによるトラブル解決の役務提供が存在したことは明らかである。
(ウ) 被告がＤによる役務提供が存在しなかったことの根拠とする甲の質問てん末書は、国税査察官が一方的に作成したものに過ぎない。
役務提供に関する甲の供述が曖昧になっているのは、Ｄの役務提供の内容はその解決手段や方法について公然とすることがはばかられるものが多く、これを他言しないことやその記録を残さないことが関係者における暗黙かつ当然の了解事項であったためである。
イ 本件Ａ支出金（Ｈ分）について
Ｈは、ゲーム市場に参入するに当たって、パチンコ市場における原告Ａ及びＤの紛争処理実績を高く評価し、原告Ａに対し、Ｅと同様の関係構築を求めた。そこで、原告Ａは、Ｈとの間で、原告ＡがＨのゲーム用コイン等の用品の販売代理店となり、紛争の未然防止及び処理を請け負う旨の契約を締結した。そして、原告Ａは、Ｄに対し、紛争の未然防止及び処理業務を再委託し、対価として管理料を支払うこととなったのであり、Ｄへの支払は寄附金ではない。
（原告Ｂの主張）
原告Ｂは同和地区の近くにあるＫビルの建設及び完成後の警備・管理を目的として設立されたものであり、現に、ビル建設中も完成後も、発生したトラブルの処理及びトラブルの未然防止につきＤと協力してこれを解決処理してきた。したがって、本件Ｂ支出金は、Ｄによるセキュリティ業務の提供に対する対価として支払われたものである。
なお、そもそもＤはＥのセキュリティ業務を全般的に担うために設立されたものであるから、Ｄにセキュリティ業務を担当させることは、契約で禁じられた下請けとはまったく異なるものである。
以上のほか、Ｄが現にトラブルの解決に当たってきたこと等については、原告Ａの主張のとおりである。
（原告Ｃの主張）
原告Ｃは、原告ＢからＫビルの清掃業務を請け負っているところ、原告ＢがＤに対し同ビルのセキュリティ業務の対価を支払っていたことから、その業務の一部を請け負っていた原告ＣにおいてもＤに対するセキュリティ業務に対する対価を支払う義務を負っていた。
なお、被告は、清掃業務においてトラブルが発生するとは考えられないとするが、同和地区付近における巨大ビルの清掃業務が介入を受けトラブルの発生源となることは常識の範囲に属することであるから、被告の主張は失当である。
以上のほか、Ｄが現にトラブルの解決に当たってきたこと等については、原告Ａの主張のとおりである。
(2) 原告Ａが丙に対し、本件退職金の支払義務を負担したか
（被告の主張）
ア 以下の各事実によれば、本件退職金は原告Ａの運転資金とする等の目的で架空計上されたものといえる。
(ア) 丙は、平成１６年１２月１６日付けの質問てん末書において、本件辞任届作成の事実を否定するとともに、甲から告げられて初めて取締役を退任させられたことを知ったこと及び同日時点で退職金の支払を受けていないことを供述していること、本件辞任届の「丙」の印影と本件議事録にある丁名下の「丁」の印影が酷似していることからすれば、本件辞任届は丙以外の者によって偽造されたものであり、かつ、丙自身辞任届が作成されたことを知らなかったものと認められる。
(イ) 本件辞任届が偽造されたものであり、丙が取締役を辞任する旨の意思表示をした事実はないこと、甲は、質問てん末書において、会社の運転資金とするために本件退職金の支払を計上したものであり、原告Ａとして本件退職金を支払う意思がない旨供述していること、丙も原告Ａから退職金は出ないと聞いていたこと、原告Ａは本件退職金の支給決議をして以降、平成１７年５月期の決算時までの間に本件退職金を容易に支給することができたにもかかわらず、本件退職金の支払を行わず平成１４年５月３１日に計上して以来平成１７年５月期まで未払費用として計上し続けていたこと、甲は未払費用として計上し続けていたことにつき合理的説明をできていないことからすれば、本件議事録は内容虚偽のものというべきである。
(ウ) 丙は、役員在任中も多くとも月に１回程度出勤する程度であり、補助的な事務を不定期に行う以外は職務に従事しておらず、実質的に役員としての職務を執行していなかったのであるから、２０００万円という本件退職金の額は不相当に高額である。
(エ) 原告Ａは本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分を受けた直後である平成１８年３月２２日に突然丙の口座に２０００万円を振込送金したこと、振り込まれた２０００万円のうち半額の１０００万円については、甲からの求めに応じて丙から甲の口座へ振込送金されていることからすると、原告Ａは上記各処分を受け、本件退職金が架空計上ではなく実体を有するものであるとの外形を整えるために丙に対し２０００万円を支払ったものと推認される。
丙が本件受領書に署名押印したのは、本件退職金支払の外形を整えるための甲の求めに応じたものと考えられ、丙にとっては２０００万円の受領が重要であり、その名目は重要ではなかったと考えられることからすれば、退職金として受け取った旨の不動文字の訂正まで求めなかったとしても不自然ではないから、本件受領書の記載をもって丙に対する２０００万円の支払が本件退職金として支払われたものと認めることはできない。イ(ア) 原告Ａは、本件辞任届は役員退任登記手続のためにのみ作成されたものであり、中小企業においてはその作成が代筆に係るものであることは通常である旨主張するが、本件において丙は任期満了前に事実上解任されたものといえるところ、かかる取扱いはこのような手続的な問題や利害対立が想定される場合においても通用するとは考えられない。
(イ) 原告Ａは、本件議事録が内容虚偽のものではない旨主張するが、代表者である甲自身が支払意思のなかったことを自認している上、丙は辞任の意思表示をしていない以上、原告Ａが本件退職金を支払う根拠はなく、また、通常速やかに支払われる性質のものである退職金につき資力がありながら長期間にわたって未払費用に計上し続ける理由はないから、原告Ａが本件退職金を支払う意思を有していなかったことは明らかである。それに加え、本件辞任届は偽造されたものであり、丙は任期満了前に自身の知らないところで役員を退任させられているのであるから事実上の解任に当たるところ、本件議事録には本件退職金支給の前提となる丙の取締役解任決議はなく、定時株主総会であるにもかかわらず実際に行われた剰余金の配当及び役員賞与金の支給についての承認決議がない等の不自然な点があること、また、本件議事録で本件退職金の支給決議をしたのであれば平成１３年７月９日付けで未払費用に計上されるべきであるのに平成１４年５月３１日まで未払費用に計上されていないことからすれば、本件議事録は本件退職金計上の根拠とするためだけに作成されたと認められ、内容虚偽のものである。
(ウ) 原告Ａは、平成１８年３月２２日の振込みは本件退職金の振込みであり、支払が遅れたのは夫婦関係悪化による感情的なしこりが原因である旨主張するが、甲は、質問てん末書において上記ア(イ)のとおり供述しており、上記感情的なしこりには触れていないし、いずれ支払うとも述べていない。そもそも、退職金は、原告Ａが取締役を退任した者に対して支払うべき性質のものであり、甲と丙の関係によりその支給が左右されるという性質のものではない。
また、原告Ａは、本件退職金についても財産分与の対象として折半する合意があったと主張するが、丙が離婚成立後に取得した２０００万円についても離婚に伴う財産分与の対象とする旨合意したとは信じ難い上、そのような合意を裏付ける証拠も存在しない。
(エ) 原告Ａは、本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分を受けた後において外形を整えるために２０００万円を支払えば二重の損失を受けることになるためかかる行動をとることはあり得ないと主張するが、本訴において２０００万円の支払を根拠に本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分が取り消されれば取り消された部分に係る納付済み税額は還付加算金とともに還付されること、原告Ａの発行済株式の９０パーセントを保有する甲が丙から１０００万円を受け取っていることからすれば、２０００万円の支払によって二重の損失を被るものとはいえず、原告Ａにとってそのような行動は不合理なものではない。
そして、税務調査の際に原告Ａの税理士に対して本件退職金が架空計上である旨を指摘がされていたこと及び甲が本件退職金を支払う時点において本件退職金が否認の対象に含まれていることを了知していたことは明らかであるから、本件退職金が否認の対象に含まれているかが不明であり外形を整える前提に欠けるとの原告Ａの主張は失当である。（原告Ａの主張）
ア 丙は原告Ａの取締役を退職しており、それに基づき原告Ａが本件退職金の支払義務を負担したこと及び本件退職金が現実に支払われていることからすれば、原告Ａによる本件退職金の計上は架空のものではないことは明らかである。
イ 丙は、本件辞任届の作成事務に関与していないことを述べたにすぎず、本件辞任届作成の事実を否認しているわけではない。丙は、役員報酬の支給がされなくなったことにつき異議を述べておらず、本件辞任届提出後は出社もしなくなっているのであるから、取締役を退任することについて了承しているものであり、そうである以上、丙の代わりに原告Ａの事務員において本件辞任届を作成したことが偽造となるものではない。中小企業において、取締役退任登記手続のためだけに作成される辞任届が代筆によることは、通常のことである。
また、被告の主張ア(イ)で指摘されている甲の供述は、国税局の暴挙と丙の態度に対する反感から自棄を起こしたことによるもので、その供述内容は事実に反するものであるし、個人的感情に基づいてされたものであって、原告Ａの代表者としての立場でされたものではないから、かかる甲の供述が原告Ａによる本件退職金支払債務負担の事実に影響するものではない。
ウ 本件退職金は、平成１３年７月９日の定時株主総会において支給決議がされたが、甲は、丙との夫婦関係にしこりが生じていたことから本件退職金の支給をあえて遅らせていたにすぎず、原告Ａに本件退職金の支払義務が生じていたことに変わりはない。原告Ａに平成１４年５月期から平成１７年５月期まで十分な余裕資金が存在していたことは、本件退職金の支給決議をすることが十分に可能であったことを示すものである。
被告は、本件議事録につき、利益処分等の決算承認に関する記載がないこと及び丙の辞任に関し審議・承認された形跡がないことから、極めて不自然である旨主張するが、当該決議の時点で丙はすでに辞任しており、その効力は生じていたのであるから、辞任につき審議・承認する必要はなく、また、議事録は用途に従い議題別に複数作成されることがあるから、被告の主張する上記事実によって本件議事録の内容が虚偽であるということはできない。
エ 甲が本件退職金の半額の返還を求めたのは、丙との間で、本件退職金についても財産分与として折半するとの合意がされたためである。
丙に対する２０００万円の支払は原告Ａに対する各処分後に行われているが、本件退職金の損金計上が否認された場合に支払う税額は２０００万円よりも少ないはずであるし、２０００万円を支払えばこれを損金計上せずに算出された税額の支払との二重の損失を被る可能性もあるのであるから、外形を整えるために本来存在しない退職金を支払うことはあり得ない。そもそも、更正処分通知書には理由が全く付記されていなかったのであるから、原告Ａは、本件退職金が否認の対象に含まれているかを知らなかったのであり、外形を整えるための支払を行う前提に欠ける。
(3) 本件各支出金及び本件退職金につき、隠ぺい・仮装の事実があったか
（被告の主張）
ア 青色申告承認の取消事由である法人税法１２７条１項３号所定の隠ぺい・仮装については国税通則法６８条１項のそれと同義に解すべきであるところ、事務運営指針第１の１(2)②によれば、「帳簿書類の改ざん（偽造及び変造を含む）、帳簿書類への虚偽記載…その他の方法により仮装の経理を行っていること」がある場合には、国税通則法６８条１項の隠ぺい・仮装があるとされている。
イ 本件Ａ各支出金について
(ア) 原告Ａは、本来Ｄに対する寄附金として計上すべきであった本件Ａ各支出金につき、トラブル解決などの実態がないにもかかわらず架空の本件覚書、本件念書及び本件Ａ契約書（これらを併せて、以下「本件覚書等」という。）を作成して管理料として計上したのであるから、Ｄに対するトラブルの解決に係る管理料の支払として仮装したものと認められる。
甲は、本件覚書がＬの名義を無断で使用して一人で作成した架空のものであること及び政治資金規正法上の問題をクリアするため銀行送金していたことを供述するところ、かかる供述からも原告ＡとＤとの間にその記載どおりの合意が存在しないこと及びＤの運営資金とするために支払った寄附金を管理料に仮装経理したことは明らかである。
よって、本件Ａ各支出金につき、隠ぺい・仮装の事実が認められる。
(イ) 原告Ａは、本件Ａ各支出金が寄附金に当たるとしても、これを管理料に計上したことは単なる「科目違い」にすぎず、事務運営指針第１の３により帳簿書類の虚偽記載等に該当しない旨主張するが、同規定が適用されるには、「当該行為が相手方との通謀又は証ひょう書類等の破棄、隠匿若しくは改ざんによるもの等でない」ことが前提条件となるところ、「帳簿書類の改ざん」には、偽造及び変造も含まれる旨規定されており、架空の本件覚書等を作成することは、「証ひょう書類等の…改ざんによるもの等」に該当するから、原告Ａの主張は前提を欠き失当である。
また、原告Ａは、本件覚書等は「帳簿書類」に該当しないと主張するが、「帳簿書類」とは「帳簿、原始記録、証ひょう書類、貸借対照表、損益計算書、勘定科目内訳明細書、棚卸表その他決算に関係のある書類」をいい、本件覚書等はいずれも原始記録又は証ひょう書類その他決算に関係のある書類であるから、帳簿書類に該当するといえ、原告Ａの主張は失当である。
ウ 本件退職金について
原告Ａは、平成１４年５月期において丙に対して退職金を支払う意思がなかったにもかかわらず、その意思があるかのように仮装するため、本件辞任届を偽造し、内容虚偽の本件議事録を作成することによって本件退職金を未払費用として架空計上し、損金の額に算入しているところ、本件辞任届及び本件議事録は本件退職金の支払に関係する書類であるから、原始記録又は証ひょう書類その他決算に関係のある書類として「帳簿書類」（事務運営指針第１の１(2)①）に該当し、本件退職金について隠ぺい・仮装の事実が認められる。
エ 本件Ｂ支出金について
(ア) 原告Ｂは、本来Ｄに対する寄附金として計上すべきであった本件Ｂ支出金につき、トラブル解決などの実態がないにもかかわらず架空の本件Ｂ契約書を作成して管理料として計上したのであるから、Ｄに対するトラブルの解決に係る管理料の支払として仮装したものと認められる。
(イ) 前記イ(イ)のとおり、本件Ｂ契約書が「帳簿書類」に当たらず、また、「科目違い」の計上にすぎないとの原告Ｂの主張は失当である。
オ 本件Ｃ支出金について
(ア) 原告Ｃは、本来Ｄに対する寄附金として計上すべきであった本件Ｃ支出金につき、トラブル解決などの実態がないにもかかわらず架空の本件Ｃ契約書を作成して管理料として計上したのであるから、Ｄに対するトラブルの解決に係る管理料の支払として仮装したものと認められる。
(イ) 前記イ(イ)のとおり、本件Ｃ契約書が「帳簿書類」に当たらず、「科目違い」の計上にすぎないとの原告Ｃの主張は失当である。
（原告Ａの主張）
ア 本件Ａ各支出金について
(ア) 本件Ａ各支出金は、無償で利益供与したものではなく、販売管理業務という役務の対価として支出したものである。本件覚書等は、事務運営指針にいう「帳簿書類」には該当しない上、実在する取引を表象する文書であり、何ら架空のものではなく、そこに記載されている取引が寄附か管理料の支払かという点は、取引内容の評価の問題であって文書自体の架空性を示すものではない。甲は、自己契約あるいは双方代理となることを形式的に回避するために本件覚書のＤ代表者をＬ名義にしたと述べているにすぎず、合意が存在しないことを認めているとは到底いえないし、契約書を一人で作成したからといって直ちに合意が不存在となるわけではない。なお、甲が寄附金該当性について述べているのは、領収書の名目に関する注意点について供述しているものにすぎず、寄附金として送金していたことを示すものではない。
(イ) 仮に本件Ａ各支出金が寄附金に該当するとしても、それは「科目違い」の計上にすぎない。「寄附金のように損金算入について制限のある費用を単に他の費用科目に計上した場合」は、「隠ぺい・仮装」に該当しないことは、事務運営指針に明記されているところである。
被告は、「当該行為が相手方との通謀又は証ひょう書類等の破棄、隠匿若しくは改ざんによるもの等でない」との前提条件を満たしていないと主張するが、「改ざん」とは「字や文字を不当に直すこと」を意味し、架空の内容の書類を作成することはこれに含まれないため、本件においては「相手方との通謀又は証ひょう書類等の破棄、隠匿若しくは改ざん」のいずれも存在しないのであって、前提条件は満たしている。
イ 本件退職金について
本件退職金は何ら架空のものではない。
被告は、本件辞任届が偽造されたこと、本件議事録が虚偽記載であることを理由に隠ぺい・仮装が認められると主張するが、被告の主張する解釈を前提としても、本件辞任届及び本件議事録は決算関係書類に該当するものではないから、「帳簿書類」には含まれない。（原告Ｂの主張）
本件Ｂ契約書は架空のものではなく、真正な取引文書であるし、また、同契約書は「帳簿書類」ではなく、単なる「科目違い」にすぎないから、隠ぺい・仮装の事実はない。（原告Ｃの主張）
本件Ｃ契約書は架空のものではなく、真正な取引文書であるし、また、同契約書は「帳簿書類」ではなく、単なる「科目違い」にすぎないから、隠ぺい・仮装の事実はない。
(4) 本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分が信義則に反するか（原告Ａの主張）
ア 原告Ａは、平成元年から１５年間にわたり、Ｄに対する支出金の計上を継続し、３年ごとに行われる税務調査における質問でもその内容を明らかにしつつ説明を重ね、Ｄに対する支出金の計上について税務署の担当職員や税務署長、大阪国税局の統括官等の承認を繰り返し受けてきた。それにもかかわらず、今更になって本件Ａ各支出金を否認することは信義則に反する。
イ 最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・集民１５２号９３頁（以下「昭和６２年最判」という。）の射程は、特定の納税者に係る個別的事情が賦課決定の理由となる重加算税には及ばない。
ウ 以上から、本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分は信義則に反し違法である。
（被告の主張）
ア 本件においては、昭和６２年最判の法理に照らしても、税務署職員らによる公的見解の表示はない。この点、原告Ａは、３年ごとの税務調査において、税務署職員や税務署長、大阪国税局統括官らからＤに対する支出金の計上について承認を受けてきた旨主張するが、かかる主張を裏付ける事情はない上、仮に税務署職員等と面会した際に何らかの説明や回答を受けたとしても、それらが税務官庁の公的見解と評価できるものではない。したがって、本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分が信義則に反するものとは認められない。
イ 重加算税の賦課決定処分についても昭和６２年最判の射程が及ぶところ、重加算税の場合には納税者による隠ぺい・仮装が認められることが前提となるから、信義則法理の適用にはより一層慎重であるべきであり、要件を加重することはあっても緩和する余地は全くないから、原告Ａの主張は失当である。
(5) 法人税に係る本件Ａ更正処分につき、理由の付記を要するか
（被告の主張）
青色申告の承認の取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は青色申告書以外の申告書とみなされるところ、青色申告書以外の申告書に対する更正処分には理由を付記する必要はないから、青色申告が取り消された事業年度以降の法人税の更正処分通知書には理由付記を要しない。原告Ａに対しては本件Ａ青色申告承認取消処分により平成１２年５月期以後の青色申告の承認が取り消されていることから、それ以降の事業年度についての法人税の更正処分には理由を付記する必要はなく、平成１２年５月期以降の事業年度についての更正処分である法人税に係る本件Ａ更正処分について、更正の理由を付記する必要はない。（原告Ａの主張）
法人税に係る本件Ａ更正処分には、更正による税額及び重加算税額の記載があるだけで、その税額に至る理由については全く記載されていない。理由付記不備の瑕疵はその後に異議決定書及び審査請求の裁決書に理由が記載されても治癒されないから、法人税に係る本件Ａ更正処分は違法である。
本件Ａ青色申告承認取消処分と法人税に係る本件Ａ更正処分とは、実質的に同一の理由に基づくものであるから、先に本件Ａ青色申告承認取消処分がされたことによって法人税に係る本件Ａ更正処分について理由付記が要求されなくなるとすることは不当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（本件各支出金が寄附金に当たるか）について
(1) 認定事実
前記前提事実に加え、各項掲記の証拠によれば、以下の各事実が認められる。
ア Ｄの活動等
(ア) Ｄの会則（本件会則）には、「第２条（目的）」として、「本会は、良識ある調和のとれた国際社会と日本の民主的国家確立のために地球上の全ての民族と協力し、助けあい平和な人類の発展の為に寄与すると共に同胞の和を全世界に波及することを目的とする。」との、「第４条（事業）」として、「本会は第２条の目的を達成するために次の事業を行なう。ａ．情報交換の為の会議、広報活動ｂ．産業の開発、経済協力・流通活動ｃ．国際的文化流通・視察活動ｄ．人的交流を目的とした事業ｅ．経済・政治流通を円滑にするための講演会・研修会ｆ．その他第２条の目的を達成するため必要な事業」との各記載がある（乙２）。
(イ) 甲は、大阪国税局の調査に対し、Ｄは本件会則４条に記載された以外の活動は行っていない旨供述しており、また、甲がＥを相手方として提起した別件訴訟で提出した陳述書において、Ｄの設立経緯及び活動内容等を詳細に説明しているものの、Ｄが具体的なトラブル解決等の業務に従事していたことについては言及していない（甲Ａ２２、乙３）。
イ 原告ＡとＥの取引について
(ア) 原告Ａは、平成元年４月１日に本件販売特約店契約を締結して以降、Ｅの取り扱う商品を同社から買い受けて販売し、その販売先からの苦情等についても原告Ａにおいて処理しており、平成７年１０月１日からはＥとの間の取引に同社の子会社であるＦ及びＧを介入させることとし、原契約を締結して中間利益を得ていたところ、平成１０年１２月２４日に原契約における営業権をＥに譲渡する旨の本件営業権譲渡契約書を交わし、平成１１年１月１日以降は原告ＡとＥ及びその子会社との間のパチンコ業界における取引は終了した（乙Ａ１０、１１、原告Ａ及び原告Ｃ代表者甲本人尋問の結果（以下「甲供述」という。））。
(イ) 原告ＡとＤの間で交わされた本件覚書には、原告Ａがパチンコ業界に商品等を販売したことによって生じるトラブルをＤが誠意をもって解決し、原告Ａはパチンコ業界に販売した売上金額の１パーセントを販売管理費としてＤに支払う旨記載されている。
また、本件営業権譲渡契約書及び本件営業権譲渡覚書が交わされたことに伴い作成された本件念書では、本件覚書に基づき原告ＡがＤに対して支払う販売管理費の額を本件営業権譲渡覚書において合意された譲渡対価の半額に消費税を加えた額と改定するとしている。
(ウ) Ｅの取締役であるＩは、平成１７年２月１６日の大阪国税局による調査に対し、本件営業権譲渡契約により原契約を終了することとされた平成１１年１月１日以降においては、原告Ａ及び甲に対して販売先等との間のトラブルの解決を依頼したことは一度もない旨供述しており、同じくＥの取締役であるＭも、平成１６年１２月１６日の大阪国税局による調査に対し、平成６年４月以降に甲にトラブル解決を依頼したことはない旨供述している（乙Ａ１０、１１）。
ウ 原告ＡとＨの間の取引について
(ア) 本件Ｈ契約書には、原告Ａが他２社から購入した遊技用メダルをＨに販売する旨と、契約の有効期間が記載されているのみで、商品の販売に関して生じたトラブルの解決及び防止について原告Ａが請け負う旨の記載はないところ、原告ＡとＨの間でかかる合意が口頭でされた事実も存在しない（乙７、乙Ａ５）。
(イ) Ｈの取締役であるＪは、平成１７年３月２８日の大阪国税局による調査に対し、Ｈの販売したメダルに対する苦情の対応は自社の営業部において行っており、原告Ａに対して苦情処理、トラブルの解決を依頼したことは一度もない旨供述している（乙Ａ１３）。
(2) 法人税法は、一定金額を超える寄附金の額については損金に算入しないこととしているところ、その趣旨は、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金の額に算入するとすれば、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出えんによる法人の負担が法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当でないことから、これを是正することにあると解される。他方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、当該支出が費用の性質を有するか、又は利益処分の性質を有するかを客観的に判定することは困難であるため、法人税法は、行政的便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金算入限度額を設け、寄附金のうちその限度額の範囲内の金額を費用として損金の額に算入することを認め、それを超える部分の金額を損金の額に算入しないことにしたものと解される。
以上のような一定金額を超える寄附金の額の損金不算入の制度の趣旨及び法人税法３７条８項の規定の内容からすれば、同条７項に定める「寄附金」とは、民法上の贈与に限らず、経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的利益の供与をいうものと解すべきであり、ここにいう経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的利益の供与とは、金銭その他の資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものを指すと解するのが相当である。
(3) Ｄによるトラブル解決等の役務提供の有無
ア 前記(1)の認定事実ア、イ(ウ)、ウ(イ)に加え、甲は大阪国税局の調査に対しトラブル解決業務は甲個人又はＬらにおいて行っており、Ｄは直接何らかの役務を提供しているわけではないことを供述していること（乙５、６）、Ｄがトラブル解決等の業務を行っていたことを認めるに足りる的確な証拠は存在しないこと（原告Ａは、その提出した書証（甲Ａ１２、１４、１５、１８）をもってＤによる役務提供が存在したことの裏付けとするが、このうち甲Ａ１８号証については、報告書の名義は原告Ａである上、Ｌは、同報告書の事例につき、自身が原告Ａの渉外担当者としてＤとは関係なく個人で解決したものである旨供述していること（乙４）から、Ｄによる役務提供を裏付けるものとはいえず、また、他の書証については、Ｄが具体的なトラブル解決業務を行ったことをうかがわせるものではない。）によれば、Ｄは平成１１年以降、具体的なトラブル解決等の業務を行っていなかったものと認められる。
イ 原告Ａは、Ｄは平成１１年以降も年に数件のトラブル解決業務を行っていた旨主張し、甲はこれに沿う供述をするが（乙Ａ９、１２、甲供述）、一方で、甲は、上記のとおりＤが具体的なトラブル解決等の業務を行っていない旨を供述しているところ（乙５、６）、甲は、そのような供述をした理由につき、国税局職員の質問に対し適当に答えていたにすぎないと述べるのみであり（甲供述）、何ら合理的な説明をしていないこと、Ｄによる平成１１年以降の役務提供を裏付ける的確な証拠は存在しないことからすれば、甲の供述をもってＤが平成１１年以降に原告Ａに対し具体的な役務提供を行っていたと認めることはできない。
また、原告Ａは、Ｄの存在がトラブルを防止するための抑止力となっていたと主張し、甲はこれに沿う供述をするが（乙５、６、乙Ａ１２、甲供述）、Ｄがトラブル解決のための具体的な活動を行っているものではない以上、原告Ａ主張のような抑止力の存在をもってＤによる役務が提供されていたものと評価することはできない。
(4) 本件Ａ支出金（Ｅ分）について
ア 前記(3)のとおり、Ｄが平成１１年以降においてトラブル解決等の業務を行っていたものとは認められない上、原告Ａは、本件営業権譲渡契約により平成１０年１２月３１日をもってパチンコ業界におけるＥ及びその子会社との取引を終了し、実際に平成１１年以降はＥからトラブル解決の依頼を受けることはなかったというのであるから（前記(1)の認定事実イ）、原告Ａによるパチンコ業界への商品販売によって生ずるトラブルの処理について定める本件覚書に基づきＤが本件Ａ各事業年度において原告Ａに対し何らかの役務提供を行う根拠は存在しないというべきである。
イ 原告Ａは、原契約は仮装の契約にすぎず、Ｄの役務提供は原告ＡとＥとの間の本件販売特約店契約に関するものであったところ、本件営業権譲渡契約により原告Ａが原契約から離脱することとされた後も、営業権譲渡代金の支払が終了するまでは原告ＡがＥのためのトラブル解決業務を継続することが合意されており、また、Ｅとのゲーム業界に関する取引は続いており原告Ａはこれに関するトラブル処理業務を行っていたから、平成１１年以降もＤによる役務提供は存在した旨主張する。
そこで検討するに、Ｅは、昭和６２年７月１日以降平成１５年１２月３１日までの間、甲との間で甲がＥの渉外顧問となる旨の顧問契約を締結しており、また、トラブル解決業務を行うための事務所として大阪市西区及び東京都港区にある建物の一室をそれぞれ直接又は甲から賃借する等した上、平成１５年１２月３１日までの間原告Ａや甲、Ｄに使用させていたことが認められる（甲Ａ９、１３、２１、２２、乙Ａ１０）。しかしながら、Ｄが平成１１年以降において具体的なトラブル解決業務を行っていないことは前記(3)のとおりである上、本件営業権譲渡契約書には原契約終了後も原告Ａがトラブル解決業務を行うことに関する合意は記載されておらず、Ｅの取締役らは原告Ａとのパチンコ業界に係る取引関係を終了させるために本件営業権譲渡契約を締結した旨供述していること（乙Ａ１、１０）、上記顧問契約はあくまで甲個人との間の契約であり、事務所の提供も顧問契約の期間満了とともに終了することとされていること（甲Ａ９の３）からすれば、平成１１年以降もＤに対する事務所の提供が継続していたことを考慮しても、原告Ａの主張するようなトラブル解決業務に関する合意があったものと認めることはできない。また、本件覚書はパチンコ業界への販売を対象とするものであることからすれば、Ｅとの間でゲーム業界における取引が継続していたとしても、そのことから本件Ａ支出金（Ｅ分）が本件覚書に基づく支払ということはできないから、この点に関する原告Ａの主張は失当である。
ウ よって、本件Ａ支出金（Ｅ分）は、Ｄから原告Ａへの役務提供に対する対価として支払われたものではなく、かかる支払を行う合理的な理由があるとも認められないから、寄附金に該当すると解するのが相当である。
(5) 本件Ａ支出金（Ｈ分）について
Ｄが平成１１年以降においてトラブル解決等の業務を行っていなかったものと認められること（前記(3)）に加え、原告ＡとＨの間では、商品の販売に関して生じたトラブルの解決及び防止について原告Ａが請け負う旨の合意は存在せず（前記(1)の認定事実ウ）、Ｈとの取引に関して原告Ａがトラブル解決等の業務を行うことは予定されていなかったことからすれば、Ｄが本件Ａ各事業年度において原告Ａに対し本件Ａ契約書に基づいて何らかの役務提供を行う根拠は存在しないというべきである。
よって、本件Ａ支出金（Ｈ分）は、Ｄから原告Ａへの役務提供に対する対価として支払われたものではなく、かかる支払を行う合理的な理由があるとも認められないから、寄附金に該当すると解するのが相当である。
(6) 本件Ｂ支出金について
原告ＢはＥが所有するＫビルに関する警備業務及び清掃業務を同社から受託していたこと及び同受託に係る契約では第三者への委託及び下請けが禁じられていることが認められる（前記前提事実(3)ア）ところ、かかる原告Ｂの業務内容からすれば、第三者に解決を依頼する必要があるトラブルが発生するものとは通常認められない上、第三者への委託が禁じられている以上、Ｄにその業務を行わせることは想定されていないものというべきである。このことに加え、Ｄが平成１１年以降においてトラブル解決等の業務を行っていたものとは認められないこと（前記(3)）をも勘案すると、本件Ｂ各事業年度においてＤは原告Ｂに対しトラブル解決業務等の役務を提供していなかったものと認められる。
よって、本件Ｂ支出金は、Ｄから原告Ｂへの役務提供に対する対価として支払われたものではなく、かかる支払を行う合理的な理由があるとも認められないから、寄附金に該当すると解するのが相当である。
(7) 本件Ｃ支出金について
原告Ｃは原告Ｂが受託したＫビルに関する清掃業務につき、原告Ｂから受託していたことが認められるところ（前記前提事実(4)ア）、かかる原告Ｃの業務内容からすれば、第三者に解決を依頼する必要があるトラブルが発生するものとは通常認められない。このことに加え、Ｄが平成１１年以降においてトラブル解決等の業務を行っていたものとは認められないこと（前記(3)）をも勘案すると、本件Ｃ各事業年度においてＤは原告Ｃに対しトラブル解決業務等の役務を提供していなかったものと認められる。
よって、本件Ｃ支出金は、Ｄから原告Ｃへの役務提供に対する対価として支払われたものではなく、かかる支払を行う合理的な理由があるとも認められないから、寄附金に該当すると解するのが相当である。
(8) 以上によれば、本件各支出金は、いずれも法人税法３７条７項にいう寄附金に該当するものと認められるから、同条３項により認められる所定の損金算入限度額を除き、本件各事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金に算入することができないものというべきである。
２ 争点(2)（原告Ａが丙に対し、本件退職金の支払義務を負担したか）について
(1) 認定事実
前記前提事実に加え、各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の各事実が認められる。
ア 丙は、平成１３年頃まで、Ａの役員として月に１回程度出勤し、新人社員の教育を行っていた。甲は、同年２月頃、丙を原告Ａの取締役から退任させることとし、原告Ａの事務員に命じて丙が一身上の都合により原告Ａの取締役を辞任する旨の記載がされ、丙名下に「丙」名の押印がされた本件辞任届を作成させるとともに、丙の取締役辞任登記をした。丙は、平成１３年に甲から役員を外した旨を告げられて初めて原告Ａの取締役を退任したことを知った。（乙Ａ８、甲供述）
イ 原告Ａは、平成１３年５月期の未処分利益９４８万２１５０円につき、３５０万円を株主配当金として、５００万円を役員賞与金として処分し、その旨報告する原告Ａの平成１３年７月９日付け利益処分計算書が存するところ、本件議事録にはかかる利益処分は議案として記載されていない（甲Ａ１０の３、乙Ａ１６）。
ウ 原告Ａは、本件退職金につき、平成１４年５月期に未払費用として計上して以降、平成１７年５月期まで各年度の未払費用に計上していたところ、原告Ａの平成１４年５月期ないし平成１６年５月期の貸借対照表上における剰余金の額はいずれも３億円を超えており、現金及び預金の額はいずれも２億円を超えていた（甲Ａ１、乙Ａ１５）。
エ 甲と丙は、平成１７年２月３日に離婚したが、その際、財産分与として甲の個人所有財産を２分の１ずつで折半するとの合意をした。なお、同財産分与の合意に際しては、丙が本件退職金を受け取ることは合意内容に反映されていなかった。（甲供述、弁論の全趣旨）
オ 原告Ａは、本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分がされた後の平成１８年３月２２日、丙に対し、２０００万円を支払った。丙は、同日、本件受領書に署名押印するとともに、退職金２０００万円のうち財産分与として１０００万円を甲に支払う旨の記載がある同日付けの覚書に署名押印した。（甲Ａ１０の６）
カ 丙は、平成１８年９月２９日、上記オの２０００万円が振り込まれた口座から金員を引き出し、甲に対して１０００万円を支払った（甲Ａ１）。
(2) 検討
ア 前記前提事実(2)ウ及び前記(1)の認定事実アによれば、丙は原告Ａの取締役であったが、その業務内容は新入社員の教育等であり、月に１回程度しか出社していなかったこと、甲は、平成１３年２月頃、丙を取締役から退任させることとし、事前に丙の承諾を得ることなく事務員に指示して本件辞任届を作成し、丙の取締役辞任登記をしたこと、原告Ａにおいては、平成１３年７月９日付けの利益処分計算書が存在し、甲は当該利益処分について株主総会の承認を得た旨供述している（甲供述）ところ、同日付けの本件議事録では本件退職金の支給のみが議案とされており、株主総会の決議事項である利益処分に関する決議は一切記載されていないこと、この点に関し、甲は、２つの議題を決議するために別々の株主総会を開催した記憶はない旨供述していること（甲供述）、原告Ａには本件退職金を支払うのに十分な剰余金、とりわけ現金及び預金が存在したにもかかわらず、本件退職金に関する支給決議がされたとする平成１３年７月９日以降、本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分がされるまでの間４年半以上にわたって未払費用として計上されたままで支払がされなかったのに対し、本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分を受けた後１か月以内に支払がされていることがそれぞれ認められる。これらの事実によれば、原告Ａが本件退職金の支払義務を負ったかのような外形が存在するものの、本件辞任届は丙の事前の承諾なく作成され、本件議事録の内容にも不自然な点があり、支給決議がされた後も長期間支払がされないまま放置されているなど、本件退職金の支給決議が真にされたものであることを疑わせる事情が存在するものといえる。これに加え、甲と丙は平成７年頃から別居しており、平成１３年当時は顔を合わせることもなかったこと（甲Ａ２１、乙Ａ８、甲供述）、甲は大阪国税局の調査に対し、「会社の運転資金とするなどのために退職金の支払いを計上しました。しかし、この退職金のことについては、妻丙には一言も話してはおらず、Ａとして退職金を支払うつもりは一切ありません」と供述し、丙においても退職金は出ないと聞いていた旨供述していること（甲Ａ１、乙Ａ９）、原告Ａにおいて実際に本件退職金についての支給決議がされたのであれば、甲と丙の離婚に当たって財産分与の合意をする際に丙が受け取る本件退職金の存在が前提とされるのが自然であるにもかかわらず、当該財産分与の際に本件退職金が考慮された形跡はなく、一方で、原告Ａから丙に対し支払われた２０００万円のうち、１０００万円は支払の約６か月後に財産分与として甲に支払われていること（前記(1)の認定事実エ、カ）によれば、原告Ａは、丙に対して退職金を支払う意図はなく、本件退職金支給決議が存在しなかったにもかかわらず、その運転資金等に流用するため、丙に対して退職金を支払う旨の架空の本件議事録を作成して本件退職金の支払債務を負担したかのように装ったものと認めるのが相当である。
イ(ア) 原告Ａは、丙は辞任につき了承しているから本件辞任届が事務員により作成されたとしても偽造には当たらず、取締役辞任の効力が生じている以上は丙の取締役退任に関する決議がされていないことは当然であり、また、株主総会において議題ごとに別個の議事録を作成することは珍しいことではないから、本件議事録は内容虚偽のものではない旨主張する。しかしながら、丙が取締役の退任を追認しており、本件議事録が作成された時点において原告Ａの取締役を退任していたと評価されるとしても、このことによって、本件議事録は原告Ａが退職金支払債務を負担したかのように仮装するために作成したものとの上記認定は左右されない。
(イ) 原告Ａは、本件退職金につき４年半以上もの間支払をせず、甲が国税局の調査に対して丙に対し本件退職金の支払をするつもりはない旨供述したことについて、甲の丙に対する個人的な感情に基づくものにすぎず、原告Ａが本件退職金の支払義務を負担していたことに変わりはない旨主張する。しかし、甲は、自身の父が亡くなり４９日の法要が終わったことから、父への義理で取締役としていた丙を退任させることとし、父への配慮と義理から丙に対して退職金を支払うこととしたとする一方で、支給決議後も本件退職金の支払をしなかった理由につき、父が倒れてからずっと腹が立っていた、父の法事等における丙の態度に腹が立っていた等と供述するところ（甲供述）、かかる供述からすれば本件退職金の支給決議をした時点において丙に対する悪感情は発生しており、そもそも丙に対して退職金の支給決議をすることが不自然である上、そのような感情がある中で父への義理や配慮により本件退職金の支給決議をしたというのであれば、支給決議後に自身の感情を理由に支払を行わないというのは不合理である。また、甲は、国税局の調査における本件退職金を支払うつもりはない旨の発言をしたことにつき、丙に対して立腹していたためと供述するのみで、合理的な理由を説明できていない（甲供述）。これらによれば、本件議事録どおりの決議がされたとする甲の供述は信用できないから、原告Ａが本件退職金の支給決議を行い、その支払義務を負ったものと認めることはできない。
(ウ) 原告Ａは、原告Ａが丙に対して２０００万円の支払をしたことにつき、外形を整えるために支払をすることはあり得ない旨主張するが、甲は、国税局の調査において本件退職金の計上についての質問を受けていること（乙Ａ９）、本件Ａ更正処分及び本件Ａ賦課決定処分を受けるまで４年半以上もの間本件退職金の支払をしなかったのに対し、同各処分を受けて１か月以内に支払をしていること、税理士から本件Ａ更正処分を受けたことから本件退職金の支払をしておいた方がよい旨告げられてその支払をした旨供述していること（甲Ａ２１、甲供述）からすれば、甲は本件Ａ更正処分において本件退職金が否認の対象となっていることを認識した上で、本件退職金が架空のものではないとの外形を作出するために丙に対する支払をしたものと認められる。
ウ よって、原告Ａは、本件退職金支給決議が存在せず、本件退職金の支払義務を負っていないにもかかわらず、架空の本件議事録を作成し、未払費用に計上することによって本件退職金を架空計上したものと認められるから、本件退職金を平成１４年５月期の損金に算入することはできないものと解するのが相当である。
３ 争点(3)（本件各支出金及び本件退職金につき、隠ぺい・仮装の事実があったか）について
(1) 認定事実
前記前提事実及び証拠（甲Ａ２２、乙５ないし７、乙Ａ９、１２）によれば、以下の事実が認められる。
ア 甲は、本件各事業年度において原告らの代表取締役であるとともに、Ｄの代表者であった。
イ 甲は、Ｅとの間でＤの維持運営費として年間１億円以上の資金の提供を受ける旨の合意をし、その実行方法として原告ＡがＥとの取引によって得た利益の一部をＤに提供することとした（甲Ａ２２）。
ウ 甲は、Ｄを設立した際、当時の自治省等から、Ｄが寄付金名目で領収証を発行すると政治資金規正法に抵触する可能性がある旨の指摘を受けたため、原告ＡからＤへの資金提供について管理料を装うこととし、Ｄに年間で必要となる１億円の費用も考慮した上で、原告ＡがＤに対し販売管理費を支払う旨の本件覚書を作成した（乙５ないし７）。
エ 甲は、平成元年４月から平成１０年までの間、本件販売特約店契約に基づく取引による原告Ａの売上高のうち半分をＤに支払い、Ｄの維持運営費に充てていた。また、Ｄは、本件Ａ支出金（Ｅ分）の大部分を政治活動費及び構成員を動員した際の人件費に使っていた。（甲Ａ２２、乙Ａ１２）
(2)ア国税通則法６８条１項所定の重加算税の賦課要件である隠ぺい、仮装と、法人税法１２７条１項３号所定の青色申告の承認の取消要件としての隠ぺい、仮装は、各規定の文言・趣旨等に照らし、同義であると解するのが相当である。
よって、原告Ａの平成１２年５月期の法人税、原告Ｂの平成１２年８月期の法人税、原告Ｃの平成１３年９月期の法人税に係る各申告につき、国税通則法６８条１項所定の重加算税の賦課要件に該当する行為があれば、法人税法１２７条１項３号所定の青色申告の承認の取消要件にも該当し、本件各青色申告承認取消処分は理由があることになる。
イ 国税通則法６８条の規定する重加算税は、同法６５条から６７条までに規定する各種の加算税を課すべき納税義務違反が、課税要件事実を隠ぺいし、又は仮装する方法によって行われた場合に、行政機関の行政手続により違反者に課されるものであって、これによって、かかる方法の納税義務違反の発生を防止し、もって徴税の実を挙げようという趣旨に出た行政上の措置であり、違反者の不正行為の反社会性ないし反道徳性に着目してこれに対する制裁として科せられる刑罰とは趣旨、性質を異にするものである（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同４５年９月１１日第二小法廷判決・刑集２４巻１０号１３３３頁参照）。
したがって、国税通則法６８条１項による重加算税を課し得るためには、納税者が故意に課税標準等又は納税等の計算の基礎となる事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺい、仮装行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に際し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまで必要とするものではないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同６２年５月８日第二小法廷判決・裁判集民事１５１号３５頁参照）。
(3) 原告Ａ各支出金について
ア 前記前提事実(2)及び前記(1)の認定事実に加え、前記１で認定したとおり原告ＡがＤによる具体的な役務提供がないにもかかわらず本件Ａ各支出金を管理料名目で支払っていること、Ｄに対し何らの支払根拠がない本件Ａその他支出金を支払っていること（前記前提事実(2)エ）からすれば、原告Ａは、本件Ａ各事業年度において、Ｄの運営資金とするために本件Ａ各支出金の支払を行っていたもので、その実質が無償の利益供与であって寄附金に該当することを認識していたにもかかわらず、本件覚書等に基づく管理料の支払として総勘定元帳に費用として計上し、損金算入した上で所得金額を計算して確定申告をしていたものと認められる。
よって、原告Ａは、故意に国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装する（国税通則法６８条１項）とともに、帳簿書類に取引の一部を仮装して記載した（法人税法１２７条１項３号）というべきである。
イ 原告Ａは、本件覚書等は事務運営指針にいう「帳簿書類」に該当せず、また、本件Ａ各支出金の全額を管理料として損金算入したことは損金算入の上限がある寄附金につき単に他の費用科目に計上したものにすぎず、事務運営指針第１の３(4)により「仮装」には該当しない旨主張する。しかしながら、原告Ａは、平成１２年５月期の総勘定元帳において本件Ａ各支出金を費用に計上しているところ、総勘定元帳が「帳簿書類」に当たることは明らかである。また、原告Ａは、Ｄによる役務提供の事実が存在しないことを認識しながら寄附金名目での支出を避けるために費用として計上していたものであり、「証ひょう書類等の改ざん…等」をしたものであるから、事務運営指針第１の３(4)の適用の前提を欠くというべきである。
したがって、原告Ａの主張は失当である。
ウ よって、本件Ａ各支出金につき、国税通則法６８条１項及び法人税法１２７条１項３号所定の仮装があるものと認められる。
(4) 本件退職金について
前記２(2)で認定したとおり、原告Ａは、運転資金等に流用する目的で、本件退職金の支払義務を負っていないにもかかわらず、架空の本件議事録を作成し、架空の本件退職金を平成１４年５月期の総勘定元帳の費用に計上したものと認められるから、国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装した（国税通則法６８条１項）ものというべきである。
原告Ａは、本件議事録は帳簿書類に該当しないから、仮装行為は存在しない旨主張するが、架空の本件退職金を帳簿書類である総勘定元帳に費用として計上している以上、帳簿書類の改ざん等があることは明らかであるから、原告Ａの主張は失当である。
(5) 本件Ｂ支出金について
ア 前記前提事実(3)及び前記(1)の認定事実に加え、前記１で認定したとおり原告ＢがＤによる具体的な役務提供がないにもかかわらず本件Ｂ支出金を管理費名目で支払っていること、Ｄに対し何らの支払根拠がない本件Ｂその他支出金を支払っていること（前記前提事実(3)エ）からすれば、原告Ｂは、本件Ｂ各事業年度において、Ｄの運営資金とするために本件Ｂ支出金の支払を行っていたもので、その実質が無償の利益供与であって寄附金に該当することを認識していたにもかかわらず、本件Ｂ契約書に基づく管理費の支払として総勘定元帳に費用として計上し、損金算入した上で所得金額を計算して確定申告をしていたものと認められる。
よって、原告Ｂは、故意に国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装する（国税通則法６８条１項）とともに、帳簿書類に取引の一部を仮装して記載した（法人税法１２７条１項３号）というべきである。
イ 原告Ｂは、本件Ｂ契約書は事務運営指針にいう「帳簿書類」に該当せず、また、本件Ｂ支出金の全額を管理費として損金算入したことは損金算入の上限がある寄附金につき単に他の費用科目に計上したものにすぎず、事務運営指針第１の３(4)により「仮装」には該当しない旨主張するが、原告Ｂが本件Ｂ支出金を費用計上した総勘定元帳が帳簿書類に該当すること及びＤによる役務提供の事実が存在しないことを認識しながら寄附金名目での支出を避けるために費用として計上して「証ひょう書類等の改ざん…等」をしたものであって事務運営指針第１の３(4)の適用の前提を欠くことは前記(3)イと同様であるから、原告Ｂの主張は失当である。
ウ よって、本件Ｂ支出金につき、国税通則法６８条１項及び法人税法１２７条１項３号所定の仮装があるものと認められる。
(6) 本件Ｃ支出金について
ア 前記前提事実(4)及び前記(1)の認定事実に加え、前記１で認定したとおり原告ＣがＤによる具体的な役務提供がないにもかかわらず本件Ｃ支出金を管理費名目で支払っていることからすれば、原告Ｃは、本件Ｃ各事業年度において、Ｄの運営資金とするために本件Ｃ支出金の支払を行っていたもので、その実質が無償の利益供与であって寄附金に該当することを認識していたにもかかわらず、本件Ｃ契約書に基づく管理費の支払として総勘定元帳に費用として計上し、損金算入した上で所得金額を計算して確定申告をしていたものと認められる。
よって、原告Ｃは、故意に国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装する（国税通則法６８条１項）とともに、帳簿書類に取引の一部を仮装して記載した（法人税法１２７条１項３号）というべきである。
イ 原告Ｃは、本件Ｃ契約書は事務運営指針にいう「帳簿書類」に該当せず、また、本件Ｃ支出金の全額を管理料として損金算入したことは損金算入の上限がある寄附金につき単に他の費用科目に計上したものにすぎず、事務運営指針第１の３(4)により「仮装」には該当しない旨主張するが、原告Ｃが本件Ｃ支出金を費用計上した総勘定元帳が帳簿書類に該当すること及びＤによる役務提供の事実が存在しないことを認識しながら寄附金名目での支出を避けるために費用として計上して「証ひょう書類等の改ざん…等」をしたものであって事務運営指針第１の３(4)の適用の前提を欠くことは前記(3)イと同様であるから、原告Ｃの主張は失当である。
ウ よって、本件Ｃ支出金につき、国税通則法６８条１項及び法人税法１２７条１項３号所定の仮装があるものと認められる。
(7) 以上によれば、本件各支出金については国税通則法６８条１項及び法人税法１２７条１項３号所定の、本件退職金については国税通則法６８条１項所定の仮装があると認められる。
４ 争点(4)（本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分が信義則に反するか）について
(1) 原告Ａは、本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分には重大な信義則違反がある旨主張するところ、法律による行政の原理、特に租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、同法理の適用については慎重を期すべきことが要請されているというべきである。したがって、信義則の適用により本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分が違法となるのは、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお、本件Ａ青色申告承認取消処分及び本件Ａ賦課決定処分に係る課税を免れさせて納税者である原告Ａの信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に限られ、このような特別の事情が存するかどうかを判断するに当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後にその表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁のその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという観点からの検討が不可欠になるものと解すべきである（最高裁判所昭和●●年(○○)第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・集民１５２号９３頁参照）。
(2) 原告Ａは、平成元年から平成１５年間にわたり、Ｄに対する支出金を管理料として計上しており、税務調査等においてＤによる役務提供に関する税務署職員等の質問に対して回答し、その結果、当該支出につき損金算入することを承認されてきたと主張し、甲はこれに沿う供述をする（甲Ａ２１、甲供述）。
そこで検討するに、甲は、西税務署の統括官や署長に対しＤによる役務提供の事実について説明したところ、「わかりました」「了解しました」等の言葉によって承認された旨供述するが、一方で、その説明のための回答書等を準備したことはなく、また、「わかりました」以上の言葉があったかについて覚えていないなど曖昧な供述をしていること（甲供述）からすれば、甲の供述するとおりの事実を直ちに認めることはできない。その点を措いて、仮に甲の供述どおりのやりとりが存在し、かつ、本件Ａ青色申告承認取消処分がされるまでＤに対する管理料の支払に対する課税をしない状況が継続していたとしても、これらをもってＤに対する支出につき管理料として損金に算入することが認められる旨の公的見解が税務官庁によって表示されたものということはできない。
したがって、この点に関する原告Ａの主張は理由がない。
５ 争点(5)（法人税に係る本件Ａ更正処分につき、理由の付記を要するか）について前記３及び４で認定したところによれば、本件Ａ青色申告承認取消処分は適法にされたものと認められるところ、青色申告の承認が取り消されたときは、当該事業年度（当該取消処分によって遡及して青色申告承認を取り消すこととされた事業年度）開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は青色申告書以外の申告書とみなされるから（法人税法１２７条１項後段）、平成１２年５月期に遡って青色申告の承認を取り消す本件Ａ青色申告承認取消処分が適法である以上、原告Ａが本件Ａ各事業年度の法人税について提出した申告書は、青色申告書以外の申告書とみなされることとなり、その結果、これらに対する各更正処分は法人税法１３０条２項の適用を受けず、更正通知書には理由の付記を要しないこととなる。
よって、法人税に係る本件Ａ更正処分には理由付記を要しないから、この点に関する原告Ａの主張には理由がない。
６ 本件各更正処分の適法性
(1) 法人税について
前記１及び２のとおり、本件各支出金は寄附金に当たり、また、本件退職金を原告Ａの平成１４年５月期の損金に算入することはできないから、これを前提として各算出した原告らの法人税の各所得金額及び各納付すべき税額は、別紙「本件各更正処分等の根拠」記載のとおりと認められ（なお、原告らもこの計算過程を積極的に争っていない。）、法人税に係る本件各更正処分（ただし、本件Ａ更正処分につき平成１９年１０月５日付け異議決定によって一部取り消された後のもの）はいずれも適法である。
(2) 消費税及び地方消費税について
前記１のとおり、原告らが本件各事業年度においてＤから資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けた事実は認められないから、本件各支出金は消費税法上の課税仕入れに該当せず、これを前提として各算出した原告らの消費税及び地方消費税についての納付すべき税額は、別紙「本件各更正処分等の根拠」記載のとおりと認められ（なお、原告もこの計算過程を積極的に争っていない。）、消費税及び地方消費税に係る本件各更正処分はいずれも適法である。
７ 本件各賦課決定処分の適法性
上記６のとおり本件各更正処分は適法であるところ、前記３のとおり原告らは本件各支出金及び本件退職金について仮装行為をしたものと認められるから、原告らの本件各事業年度の重加算税及び過少申告加算税の額は、別紙「本件各更正処分等の根拠」記載のとおりと認められ、本件各賦課決定処分（ただし、本件Ａ賦課決定処分のうち、平成１２年５月期及び平成１６年５月期の法人税に係る部分については平成１９年１０月５日付け異議決定により一部取り消された後のもの、平成１５年５月期の消費税及び地方消費税に係る部分については平成２０年１０月１７日付け裁決により一部取り消された後のもの、本件Ｂ賦課決定処分のうち、平成１６年８月期の法人税に係る部分並びに平成１５年８月期及び平成１６年８月期の消費税及び地方消費税に係る部分については平成１９年１０月４日付け異議決定により一部取り消された後のもの）はいずれも適法である。
８ 結論
以上によれば、原告らの請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６５条１項本文、６１条を適用して、主文のとおり判決する。
大阪地方裁判所第７民事部
裁判長裁判官田中健治
裁判官尾河吉久
裁判官長橋正憲
（別紙）
本件各更正処分等の根拠
第１ 本件各更正処分の根拠
１ 本件Ａ更正処分
(1) 法人税に係る更正処分
法人税に係る本件Ａ更正処分（ただし、異議決定により一部が取り消された後のもの）の内訳は、以下で述べる各項目をとりまとめた別表３－１「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
ア 平成１２年５月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
７００万２９８９円
上記金額は、原告Ａの平成１２年５月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 未払寄附金の損金不算入額
４００万３２６４円
上記金額は、本件Ａ支出金（Ｈ分）で、平成１２年５月期に損金に計上した金額のうち、平成１２年５月期中に支払がされていないため、支払がされるまでの間はなかったものとされる寄附金（以下「未払寄附金」という。）に該当し、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 支出寄附金の損金算入額
２９６万３０５２円
上記金額は、平成１１年５月期に管理料として計上した本件Ａ支出金（Ｈ分）のうち、平成１１年５月期中には支出がなされていなかったが、平成１２年５月期において支出寄附金として損金に算入される金額である。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億４９２７万８９８０円
上記金額は、平成１２年５月期に管理料として計上した本件Ａ支出金（Ｅ分）７５００万円から振込手数料７３５円を控除した金額７４９９万９２６５円と、平成１２年５月期の損金として計上した本件Ａ支出金（Ｈ分）７７３３万２０８９円から上記(イ)の金額及び振込手数料８８２０円を控除し、上記(ウ)の金額を加算した金額７６２８万３０５７円の合計金額１億５１２８万２３２２円を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(オ) 所得金額
１億５７３２万２１８１円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)の金額を控除した金額である。
イ 平成１３年５月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
４８９３万４５５４円
上記金額は、原告Ａの平成１３年５月期の法人税の修正申告書に記載された所得金額である。
(イ) 未払寄附金の損金不算入額
４３２万１０３３円
上記金額は、本件Ａ支出金（Ｈ分）で、平成１３年５月期に損金に計上した金額のうち、平成１３年５月期中に支払がされていないため、未払寄附金に該当し、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 支出寄附金の損金算入額
４００万３２６４円
上記金額は、未払寄附金として平成１２年５月期の損金に算入されなかったが、平成１３年５月期中に支払がされたことにより、平成１３年５月期において支出寄附金として損金算入される金額である。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億７３７０万１２９２円
上記金額は、平成１３年５月期の損金として計上した本件Ａ支出金（Ｅ分）７５００万円と、本件Ａ支出金（Ｈ分）で平成１３年５月期の損金として計上した金額９８５３万７８０２円から上記(イ)の金額及び振込手数料８８２０円を控除し、上記(ウ)の金額を加算した金額９８２１万１２１３円及び本件Ａその他支出金で平成１３年５月期の損金として計上した金額３００万円の合計金額１億７６２１万１２１３円を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(オ) 支払手数料
１０１０万９９４４円
Ｈに対する支払手数料については、Ｈとの間の平成１２年１１月３０日付けの覚書によれば、年間取引数量を基礎とすべきであると認められるので、これによって算定されたＨの請求額（別表５「原告ＡのＨに対する支払手数料」の「Ｈ請求額」欄）と原告Ａの計上額との差額を、別表３－１の「支払手数料⑦」欄のとおり、支払手数料の過少計上分として損金の額に算入した。
(カ) 事業税の損金算入額
１５５２万３５００円
平成１２年５月期の法人税に係る本件Ａ更正処分により納付すべきこととなった原告Ａの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(キ) 所得金額
１億９７３２万０１７１円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)、(オ)及び(カ)の金額を控除した金額である。
ウ 平成１４年５月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
７７８万８２５２円
上記金額は、原告Ａの平成１４年５月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 未払寄附金の損金不算入額
５１２万６９００円
上記金額は、本件Ａ支出金（Ｈ分）で、平成１４年５月期に損金に計上した金額のうち、平成１４年５月期中に支払がされていないため、未払寄附金に該当し、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 支出寄附金の損金算入額
４３２万１０３３円
上記金額は、未払寄附金として平成１３年５月期の損金に算入されなかったが、平成１４年５月期中に支払がされたことにより、平成１４年５月期において支出寄附金として損金算入される金額である。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億６５３５万９８１７円
上記金額は、平成１４年５月期の損金として計上した本件Ａ支出金（Ｅ分）７５００万円と、本件Ａ支出金（Ｈ分）で平成１４年５月期の損金として計上した金額９３５３万４４９１円から上記(イ)の金額及び振込手数料９６６０円を控除し、上記(ウ)の金額を加算した金額９２７１万８９６４円の合計金額１億６７７１万８９６４円を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(オ) 役員退職慰労金
２０００万円
本件退職金の計上金額であり、架空のものとして損金不算入とした金額である。
(カ) 支払手数料
６５９万８０５２円
Ｈに対する支払手数料の金額であり、別表３－１の「支払手数料⑤」欄のとおり、Ｈからの請求書に基づいて算定した支払手数料の過大計上分を損金不算入とした。
(キ) 事業税の損金算入額
１５１５万３６００円
平成１３年５月期の法人税に係る本件Ａ更正処分により納付すべきこととなった原告Ａの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(ク) 所得金額
１億８５３９万８３８８円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)、(エ)、(オ)及び(カ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(キ)の金額を控除した金額である。
エ 平成１５年５月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
１４８４万３８５５円
上記金額は、原告Ａの平成１５年５月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 未払寄附金の損金不算入額
５８７万６５８３円
上記金額は、本件Ａ支出金（Ｈ分）で、平成１５年５月期に損金に計上した金額のうち、平成１５年５月期中に支払がされていないため、未払寄附金に該当し、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 支出寄附金の損金算入額
５１２万６９００円
上記金額は、未払寄附金として平成１４年５月期の損金に算入されなかったが、平成１５年５月期中に支払がされたことにより、平成１５年５月期において支出寄附金として損金算入される金額である。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億６７６１万２２０４円
上記金額は、平成１５年５月期の損金として計上した本件Ａ支出金（Ｅ分）７５００万円と、本件Ａ支出金（Ｈ分）で平成１５年５月期の損金として計上した金額９０４４万７２５５円から上記(イ)の金額及び振込手数料１万００８０円を控除し、上記(ウ)の金額を加算した金額８９６８万７４９２円及び本件Ａその他支出金で平成１５年５月期の損金として計上した金額５００万円の合計金額１億６９６８万７４９２円を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(オ) 支払手数料
２３３万１１０６円
Ｈに対する支払手数料の金額であり、別表３－１の「支払手数料⑦」欄のとおり、Ｈからの請求書に基づいて算定した支払手数料の過少計上分を損金の額に算入した。
(カ) 事業税の損金算入額
１７９２万２５００円
平成１４年５月期の法人税に係る本件Ａ更正処分により納付すべきこととなった原告Ａの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(キ) 所得金額
１億６２９５万２１３６円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)、(オ)及び(カ)の金額を控除した金額である。
オ 平成１６年５月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
４９１万９１４４円
上記金額は、原告Ａの平成１６年５月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 未払寄附金の損金不算入額
１２２３万８５００円
上記金額は、本件Ａ支出金（Ｈ分）で、平成１６年５月期に損金に計上した金額のうち、平成１６年５月期中に支払がされていないため、未払寄附金に該当し、損金の額に算入されない金額である。
(ウ) 支出寄附金の損金算入額
５８７万６５８３円
上記金額は、未払寄附金として平成１５年５月期の損金に算入されなかったが、平成１６年５月期中に支払がされたことにより、平成１６年５月期において支出寄附金として損金算入される金額である。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億４７９１万０５６６円
上記金額は、平成１６年５月期の損金として計上した本件Ａ支出金（Ｅ分）３７５０万円と、本件Ａ支出金（Ｈ分）で平成１６年５月期の損金として計上した金額１億１３１０万６２０７円から上記(イ)の金額及び振込手数料１万００８０円を控除し、上記(ウ)の金額を加算した金額１億０６７３万４２１０円及び本件Ａその他支出金で平成１６年５月期の損金として計上した金額５００万円の合計金額１億４９２３万４２１０円を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(オ) 支払手数料
４０６３万６９４６円
Ｈに対する支払手数料の金額であり、別表３－１の「支払手数料⑦」欄のとおり、Ｈからの請求書に基づいて算定した支払手数料の過少計上分を損金の額に算入した。
(カ) 事業税の損金算入額
１４９８万７８００円
平成１５年５月期の法人税に係る本件Ａ更正処分により納付すべきこととなった原告Ａの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(キ) 所得金額
１億０３５６万６８８１円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)、(オ)及び(カ)の金額を控除した金額である。
(2) 消費税及び地方消費税に係る更正処分
消費税法３０条１項は、仕入れに係る消費税額の控除について規定しているところ、同項の規定の適用を受けるためには、同法２条１項１２号にいう課税仕入れであること、つまり、他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けた事実が存することを要するが、原告ＡがＤから資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けた事実はないから、本件Ａ各支出金及び本件Ａその他支出金は、消費税法上の課税仕入れに該当しない。消費税及び地方消費税に係る本件Ａ更正処分の内訳は、別表４－１「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
２ 本件Ｂ更正処分
(1) 法人税に係る更正処分
法人税に係る本件Ｂ更正処分の内訳は、以下で述べる各項目をとりまとめた別表３－２「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
ア 平成１２年８月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
１０３万３９６７円
上記金額は、原告Ｂの平成１２年８月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
１１８３万１８２１円
上記金額は、平成１２年８月期の管理費として計上した本件Ｂ支出金で平成１２年８月期中に支払われた１２００万円（消費税込み）を、当期の寄附金として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
５７万１４２８円
上記(イ)の本件Ｂ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｂは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑収入
２８円
未払消費税等の増加額（別表２－２の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑収入の計上漏れとして、益金の額に算入した。
(オ) 所得金額
１２２９万４３８８円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)の金額を控除した金額である。
イ 平成１３年８月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
４５９万０３９９円
上記金額は、原告Ｂの平成１３年８月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
１１７９万８０２４円
上記金額は、平成１３年８月期の管理費として計上した本件Ｂ支出金で平成１３年８月期中に支払われた１２００万円（消費税込み）を、当期の寄附金として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
５７万１４２８円
上記(イ)の本件Ｂ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｂは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑損失
７２円
未払消費税等の増加額（別表２－２の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑損失の計上漏れとして、損金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
８５万２６００円
平成１２年８月期の法人税に係る本件Ｂ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｂの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
１４９６万４３２３円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)の金額を加算し、上記(ウ)、(エ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
ウ 平成１４年８月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
４７４万７１６２円
上記金額は、原告Ｂの平成１４年８月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
１１７９万６８１３円
上記金額は、平成１４年８月期の管理費として計上した本件Ｂ支出金で平成１４年８月期中に支払われた１２００万円（消費税込み）を、当期の寄附金として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
５７万１４２８円
上記(イ)の本件Ｂ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｂは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑収入
２８円
未払消費税等の増加額（別表２－２の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑収入の計上漏れとして、益金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
９１万７５００円
平成１３年８月期の法人税に係る本件Ｂ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｂの未納事業税の額であり、損金の額に算入した。
(カ) 所得金額
１５０５万５０７５円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
エ 平成１５年８月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
７６８万１９８２円
上記金額は、原告Ｂの平成１５年８月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
１２７４万８１６６円
上記金額は、平成１５年８月期の管理費として計上した本件Ｂ支出金で、平成１５年８月期中に支払われた１２００万円及び本件Ｂその他支出金で平成１５年８月期中に支払われた１００万円（いずれも消費税込み）の合計金額１３００万円を当期の寄附金の額として算出した損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
６１万９０４７円
上記(イ)の本件Ｂ支出金及び本件Ｂその他支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｂは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑収入
４７円
未払消費税等の増加額（別表２－２の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑収入の計上漏れとして、益金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
９１万４７００円
平成１４年８月期の法人税に係る本件Ｂ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｂの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
１８８９万６４４８円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
オ 平成１６年８月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
１６６６万４４３５円
上記金額は、原告Ｂの平成１６年８月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
１３６２万５９１１円
上記金額は、平成１６年８月期の管理費として計上した本件Ｂ支出金で、平成１６年８月期中に支払われた１２００万円及び本件Ｂその他支出金で平成１６年８月期中に支払われた２００万円（いずれも消費税込み）の合計金額１４００万円を当期の寄附金の額として算出した損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
６６万６６６６円
上記(イ)の本件Ｂ支出金及び本件Ｂその他支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｂは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑収入
６６円
未払消費税等の増加額（別表２－２の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑収入の計上漏れとして、益金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
１０６万９３００円
平成１５年８月期の法人税に係る本件Ｂ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｂの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
２８５５万４４４６円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
(2) 消費税及び地方消費税に係る更正処分
本件Ｂ支出金及び本件Ｂその他支出金は、原告ＢがＤから資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けた事実はないから、消費税法３０条１項の要件に該当せず、消費税法上の課税仕入れに該当しない。
消費税及び地方消費税に係る本件Ｂ更正処分の内訳は、別表４－２「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
３ 本件Ｃ更正処分
(1) 法人税に係る更正処分
法人税に係る本件Ｃ更正処分の内訳は、以下で述べる各項目をとりまとめた別表３－３「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
ア 平成１３年９月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、原告Ｃの平成１３年９月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
５８９万５１２３円
上記金額は、平成１３年９月期の管理費として計上した本件Ｃ支出金で平成１３年９月期中に支払われた６００万円（消費税込み）を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
２８万５７０８円
上記(イ)の本件Ｃ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｃは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑損失
９２円
未払消費税等の増加額（別表２－３の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑損失の計上漏れとして、損金の額に算入した。
(オ) 所得金額
５２６万９３６３円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(オ)の金額を控除した金額から、当事業年度に所得金額が発生したため、前期から繰り越した欠損金の当期控除額の増加額３３万９９６０円を差し引いた５２６万９３６３円となる。
イ 平成１４年９月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
△１２０万４３３８円
上記金額は、原告Ｃの平成１４年９月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
５９３万４７８６円
上記金額は、平成１４年９月期の管理費として計上した本件Ｃ支出金で平成１４年９月期中に支払われた６００万円（消費税込み）を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
２８万５７０８円
上記(イ)の本件Ｃ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｃは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑収入
８円
未払消費税等の増加額（別表２－３の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑収入の計上漏れとして、益金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
２９万２６００円
平成１３年９月期の法人税に係る本件Ｃ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｃの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
４１５万２１４８円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)及び(エ)の金額を加算し、上記(ウ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
ウ 平成１５年９月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
△２４万３８８８円
上記金額は、原告Ｃの平成１５年９月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
５９２万１７６０円
上記金額は、平成１５年９月期の管理費として計上した本件Ｃ支出金で平成１５年９月期中に支払われた６００万円（消費税込み）を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
２８万５７０８円
上記(イ)の本件Ｃ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｃは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑損失
９２円
未払消費税等の増加額（別表２－３の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑損失の計上漏れとして、損金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
２１万１０００円
平成１４年９月期の法人税に係る本件Ｃ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｃの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
５１８万１０７２円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)の金額を加算し、上記(ウ)、(エ)及び(オ)の金額を控除した金額である。
エ 平成１６年９月期における法人税の所得金額
(ア) 申告所得金額
５９４万８６８５円
上記金額は、原告Ｃの平成１６年９月期の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 寄附金の損金不算入額
５８２万７１８９円
上記金額は、平成１６年９月期の管理費として計上した本件Ｃ支出金で平成１６年９月期中に支払われた６００万円（消費税込み）を当期の寄附金の額として算出した寄附金の損金不算入額である。
(ウ) 仮払消費税等の損金算入額
２８万５７０８円
上記(イ)の本件Ｃ支出金は、Ｄに支払われた消費税込みの金額が寄附金と認められるので、後記(2)のとおり、消費税込みの金額が消費税法上の課税仕入れに該当しない金額となる。
しかしながら、原告Ｃは、税抜き経理を採用しているため、仮払消費税等として計上した金額を損金の額に算入していなかったので、当該仮払消費税等の金額を損金の額に算入した。
(エ) 雑損失
９２円
未払消費税等の増加額（別表２－３の「更正処分等」の「合計税額の増減額⑧」欄参照）と上記(ウ)の仮払消費税等の損金算入額との差額を雑損失の計上漏れとして、損金の額に算入した。
(オ) 事業税の損金算入額
２８万６２００円
平成１５年９月期の法人税に係る本件Ｃ更正処分により納付すべきこととなった原告Ｃの未納事業税の額であり、当該事業年度の損金の額に算入される。
(カ) 所得金額
１２６５万２１００円
上記金額は、上記(ア)の金額に上記(イ)の金額を加算し、上記(ウ)、(エ)及び(オ)の金額を控除した金額に、当期事業年度の確定申告で控除していた欠損金の当期控除額１４４万８２２６円を加算した１２６５万２１００円となる。
なお、当該欠損金は平成１４年９月期及び平成１５年９月期の確定申告で発生していたが、本件Ｃ更正処分により所得金額が生じたため、控除額が消滅したものである。
(2) 消費税及び地方消費税に係る更正処分
本件Ｃ支出金は、原告ＣがＤから資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けた事実はないから、消費税法３０条１項の要件に該当せず、消費税法上の課税仕入れに該当しない。
消費税及び地方消費税に係る本件Ｃ更正処分の内訳は、別表４－３「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠
１ 過少申告加算税の額は、原則として、修正申告又は更正に基づき新たに納付すべき税額いわゆる増差税額を計算の基礎とし、これに対し、１００分の１０の割合を乗じて計算される（平成１８年法律第１０号による改正前の国税通則法６５条１項）。
重加算税は、納税者が、その国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していた場合に、その過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に対して１００分の３５相当額が課される（国税通則法６８条１項）。
いわゆる過少申告があった場合に、その過少申告の内容が隠ぺい又は仮装に基づくものとそうでないものとに区分できるときには、重加算税の計算の基礎となる税額は、増差税額から隠ぺい又は仮装されていない事実だけに基づいて計算した税額を控除して計算される（隠ぺい又は仮装をした事実に基づく部分が上積み計算される）ことになる。
２ 本件Ａ賦課決定処分
(1) 法人税に係る賦課決定処分
原告Ａが本件Ａ各支出金及び本件退職金相当額を損金の額に算入して本件Ａ各事業年度の法人税の確定申告書を西税務署長に提出したことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
また、隠ぺい又は仮装に基づかない過少申告の部分については、過少申告加算税が賦課されることとなる。
そして、法人税に係る本件Ａ賦課決定処分（ただし、異議決定により一部が取り消された後のもの）の額は、別表３－１「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
(2) 消費税及び地方消費税に係る賦課決定処分
原告Ａは、寄附金である本件Ａ各支出金を管理料に科目仮装して本件Ａ各事業年度の総勘定元帳を作成し、これに基づいて作成した本件Ａ各課税期間の消費税及び地方消費税の確定申告書を西税務署長に提出していたものであり、このことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
また、隠ぺい又は仮装に基づかない過少申告の部分については、過少申告加算税が賦課されることとなる。
そして、消費税及び地方消費税に係る本件Ａ賦課決定処分（ただし、裁決によって一部が取り消された後のもの）の額は、別表４－１「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
３ 本件Ｂ賦課決定処分
(1) 法人税に係る賦課決定処分
原告Ｂが本件Ｂ支出金を損金の額に算入して本件Ｂ各事業年度の法人税の確定申告書を住吉税務署長に提出したことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
また、隠ぺい又は仮装に基づかない過少申告の部分については、過少申告加算税が賦課されることとなる。
そして、法人税に係る本件Ｂ賦課決定処分（ただし、異議決定によって一部が取り消された後のもの）の額は、別表３－２「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
(2) 消費税及び地方消費税に係る賦課決定処分
原告Ｂは、寄附金である本件Ｂ支出金を管理費に科目仮装して本件Ｂ各事業年度の総勘定元帳を作成し、これに基づいて作成した本件Ｂ各課税期間の消費税及び地方消費税の確定申告書を住吉税務署長に提出していたものであり、このことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
また、隠ぺい又は仮装に基づかない過少申告の部分については、過少申告加算税が賦課されることとなる。
そして、消費税及び地方消費税に係る本件Ｂ賦課決定処分（ただし、異議決定により一部が取り消された後のもの）の額は、別表４－２「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
４ 本件Ｃ賦課決定処分
(1) 法人税に係る賦課決定処分
原告Ｃが本件Ｃ支出金を損金の額に算入して本件Ｃ各事業年度の法人税の確定申告書を住吉税務署長に提出したことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
そして、法人税に係る本件Ｃ賦課決定処分の額は、別表３－３「法人税の更正処分の内訳」のとおりである。
(2) 消費税及び地方消費税に係る賦課決定処分
原告Ｃは、寄附金である本件Ｃ支出金を管理費に科目仮装して本件Ｃ各事業年度の総勘定元帳を作成し、これに基づいて作成した本件Ｃ各課税期間の消費税及び地方消費税の確定申告書を住吉税務署長に提出していたものであり、このことは、国税通則法６８条１項に規定する、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の一部を仮装し、その仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときに該当する。
そして、消費税及び地方消費税に係る本件Ｃ賦課決定処分の額は、別表４－３「消費税の更正処分の内訳」のとおりである。
別表１－１
課税の経緯（法人税）
【原告Ａ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成12年7月26日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日
平成20年10月17日
所得金額
7,002,989
161,034,742
157,322,181
納付すべき税額
1,482,300
47,612,000
45,498,400
過少申告加算税の額
－－－平成
年
月期
重加算税の額
－
16,142,000
確定申告のとおり
15,753,500
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成13年7月26日
平成13年12月6日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日
平成20年10月17日
所得金額
6,641,516
46,934,554
197,328,881
197,320,171
納付すべき税額
1,424,600
14,567,800
58,521,900
58,519,500
過少申告加算税の額
－
(810000)
－－平成
年
月期
重加算税の額
－
(2537500)
15,382,500
修正申告のとおり
15,382,500
修正申告のとおり
棄却
年月
日平成14年7月23日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日
平成20年10月17日
所得金額
7,788,252
185,407,928
185,398,388
納付すべき税額
1,687,500
54,956,300
54,953,600
過少申告加算税の額
－－－平成
年
月期
重加算税の額
－
18,641,000
確定申告のとおり
18,641,000
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成15年7月25日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日
平成20年10月17日
所得金額
14,843,855
162,962,090
162,952,136
納付すべき税額
3,808,500
48,244,200
48,241,200
過少申告加算税の額
－－－平成
年
月期
重加算税の額
－
15,550,500
確定申告のとおり
15,550,500
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成16年7月29日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日
平成20年10月17日
所得金額
4,919,144
103,576,835
103,566,881
納付すべき税額
1,073,200
30,423,800
30,420,800
過少申告加算税の額
－－－平成
年
月期
重加算税の額
－
10,272,500
確定申告のとおり
10,269,000
確定申告のとおり
棄却
別表１－２
課税の経緯（法人税）
【原告Ｂ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成12年10月30日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
1,033,967
12,294,388
納付すべき税額
219,000
3,039,900
過少申告加算税の額
－－平成
年
月期
重加算税の額
－
987,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成13年10月29日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
4,590,399
14,964,323
納付すべき税額
1,001,600
3,841,000
過少申告加算税の額
－－平成
年
月期
重加算税の額
－
990,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成14年10月30日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
4,747,162
15,055,075
納付すべき税額
1,041,000
3,873,200
過少申告加算税の額
－－平成
年
月期
重加算税の額
－
990,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成15年10月29日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
7,681,982
18,896,448
納付すべき税額
1,688,300
5,027,200
過少申告加算税の額
－－平成
年
月期
重加算税の額
－
1,165,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成16年10月28日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
16,664,435
28,554,446
28,554,446
納付すべき税額
4,357,800
7,924,800
7,924,800
過少申告加算税の額
－－
21,000
平成
年
月期
重加算税の額
－
1,246,000
確定申告のとおり
1,172,500
確定申告のとおり
棄却
別表１－３
課税の経緯（法人税）
【原告Ｃ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成13年11月30日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
5,269,363
納付すべき税額
△1,512
1,157,600
平成
年
月期
重加算税の額
－
402,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成14年11月27日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
△1,204,338
4,152,148
納付すべき税額
△195
913,200
平成
年
月期
重加算税の額
－
318,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成15年11月26日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
△243,888
5,181,072
納付すべき税額
△112
1,139,700
平成
年
月期
重加算税の額
－
395,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成16年11月29日
平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日
平成19年10月29日平成20年10月17日
所得金額
5,948,685
12,652,100
納付すべき税額
1,308,500
3,155,500
平成
年
月期
重加算税の額
－
644,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
別表２－１
課税の経緯（消費税等）
【原告Ａ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成12年7月26日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額① 2,698,314,000
2,698,314,000
消費税
額②
107,932,560
107,932,560
控除仕入税額③
100,969,517
98,023,868
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
6,963,000
9,908,600
課税標準となる消費税額⑤
6,973,800
9,919,400
消費税
地方
譲渡割
額⑥
1,743,400
2,479,800
合計税
額⑦
8,706,400
12,388,400
合計税額の増減額⑧
－
3,682,000
過少申告加算税の額⑨
－－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
1,288,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月日
平成13年7月26日平成13年12月6日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額① 2,844,809,000 2,844,809,000
2,844,809,000
消費税
額②
113,792,360
113,792,360
113,792,360
控除仕入税額③
107,747,301
105,755,185
102,272,555
消費税
差引税額（②－③）
（百円未満端数切捨て）④
6,058,300
8,050,400
11,533,100
課税標準となる消費税額⑤
6,058,300
8,050,400
11,533,100
消費税
地方
譲渡割
額⑥
1,514,500
2,012,600
2,883,200
合計税
額⑦
7,572,800
10,063,000
14,416,300
合計税額の増減額⑧
－
4,353,300
過少申告加算税の額⑨
－
(106000)
－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
(497000)
1,522,500
修正申告のとおり
棄却
修正申告のとおり
棄却
年月日
平成14年7月23日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額① 2,681,218,000
2,681,218,000
消費税
額②
107,248,720
107,248,720
控除仕入税額③
100,576,563
96,762,358
消費税
差引税額（②－③）
（百円未満端数切捨て）④
6,672,100
10,486,300
課税標準となる消費税額⑤
6,672,100
10,486,300
消費税
地方
譲渡割
額⑥
1,668,000
2,621,500
合計税
額⑦
8,340,100
13,107,800
合計税額の増減額⑧
－
4,767,700
過少申告加算税の額⑨
－
31,000
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
1,557,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月日
平成15年7月25日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額① 2,610,030,000
2,610,030,000
2,610,030,000
消費税
額②
104,401,200
104,401,200
104,401,200
控除仕入税額③
103,229,052
99,682,154
99,682,154
消費税
差引税額（②－③）
（百円未満端数切捨て）④
1,172,100
4,719,000
4,719,000
課税標準となる消費税額⑤
1,172,100
4,719,000
4,719,000
消費税
地方
譲渡割
額⑥
293,000
1,179,700
1,179,700
合計税
額⑦
1,465,100
5,898,700
5,898,700
合計税額の増減額⑧
－
4,433,600
4,433,600
過少申告加算税の額⑨
－－
12,000
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
1,550,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
1,505,000
年月日
平成16年7月29日
平成18年2月27日
平成18年4月24日
平成19年10月5日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額① 3,221,900,000
3,221,900,000
消費税
額②
128,876,000
128,876,000
控除仕入税額③
118,264,245
115,313,419
消費税
差引税額（②－③）
（百円未満端数切捨て）④
10,611,700
13,562,500
課税標準となる消費税額⑤
10,611,700
13,562,500
消費税
地方
譲渡割
額⑥
2,652,900
3,390,600
合計税
額⑦
13,264,600
16,953,100
合計税額の増減額⑧
－
3,688,500
過少申告加算税の額⑨
－－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
1,288,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
別表２－２
課税の経緯（消費税等）
【原告Ｂ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成12年10月30日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
220,321,000
220,321,000
消費税
額②
8,812,840
8,812,840
控除仕入税額③
6,211,424
5,754,281
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
2,601,400
3,058,500
課税標準となる消費税額⑤
2,601,400
3,058,500
消費税
地方
譲渡割
額⑥
650,300
764,600
合計税
額⑦
3,251,700
3,823,100
合計税額の増減額⑧
－
571,400
過少申告加算税の額⑨
－－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
199,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成13年10月29日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
236,735,000
236,735,000
消費税
額②
9,469,400
9,469,400
控除仕入税額③
5,539,532
5,082,389
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
3,929,800
4,387,000
課税標準となる消費税額⑤
3,929,800
4,387,000
消費税
地方
譲渡割
額⑥
982,400
1,096,700
合計税
額⑦
4,912,200
5,483,700
合計税額の増減額⑧
－
571,500
過少申告加算税の額⑨
－－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
199,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成14年10月30日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
266,717,000
266,717,000
消費税
額②
10,668,680
10,668,680
控除仕入税額③
7,372,955
6,915,813
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
3,295,700
3,752,800
課税標準となる消費税額⑤
3,295,700
3,752,800
消費税
地方
譲渡割
額⑥
823,900
938,200
合計税
額⑦
4,119,600
4,691,000
合計税額の増減額⑧
－
571,400
過少申告加算税の額⑨
－－平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
199,500
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成15年10月29日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
327,438,000
327,438,000
327,438,000
消費税
額②
13,097,520
13,097,520
13,097,520
控除仕入税額③
8,294,120
7,798,882
7,798,882
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
4,803,400
5,298,600
5,298,600
課税標準となる消費税額⑤
4,803,400
5,298,600
5,298,600
消費税
地方
譲渡割
額⑥
1,200,800
1,324,600
1,324,600
合計税
額⑦
6,004,200
6,623,200
6,623,200
合計税額の増減額⑧
－
619,000
619,000
過少申告加算税の額⑨
－－
4,000
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
213,500
確定申告のとおり
199,500
確定申告のとおり
棄却
事業年度
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成16年10月28日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
485,510,000
485,510,000
485,510,000
消費税
額②
19,420,400
19,420,400
19,420,400
控除仕入税額③
12,783,195
12,249,862
12,249,862
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
6,637,200
7,170,500
7,170,500
課税標準となる消費税額⑤
6,637,200
7,170,500
7,170,500
消費税
地方
譲渡割
額⑥
1,659,300
1,792,600
1,792,600
合計税
額⑦
8,296,500
8,963,100
8,963,100
合計税額の増減額⑧
－
666,600
666,600
過少申告加算税の額⑨
－－
9,000
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑩
－
231,000
確定申告のとおり
199,500
確定申告のとおり
棄却
別表２－３
課税の経緯（消費税等）
【原告Ｃ】
（単位：円）
事業年度
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成13年11月30日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
46,597,000
46,597,000
消費税
額②
1,863,880
1,863,880
控除仕入税額③
768,735
540,164
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
1,095,100
1,323,700
課税標準となる消費税額⑤
1,095,100
1,323,700
消費税
地方
譲渡割
額⑥
273,700
330,900
合計税
額⑦
1,368,800
1,654,600
合計税額の増減額⑧
－
285,800
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑨
－
98,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成14年11月27日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
66,470,000
66,470,000
消費税
額②
2,658,800
2,658,800
控除仕入税額③
1,736,202
1,507,631
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
922,500
1,151,100
課税標準となる消費税額⑤
922,500
1,151,100
消費税
地方
譲渡割
額⑥
230,600
287,700
合計税
額⑦
1,153,100
1,438,800
合計税額の増減額⑧
－
285,700
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑨
－
98,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成15年11月26日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
58,133,000
58,133,000
消費税
額②
2,325,320
2,325,320
控除仕入税額③
1,646,241
1,417,669
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
679,000
907,600
課税標準となる消費税額⑤
679,000
907,600
消費税
地方
譲渡割
額⑥
169,700
226,900
合計税
額⑦
848,700
1,134,500
合計税額の増減額⑧
－
285,800
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑨
－
98,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
年月
日平成16年11月29日平成18年2月28日
平成18年4月24日
平成19年10月4日平成19年10月29日平成20年10月17日
課税標準
額①
64,068,000
64,068,000
消費税
額②
2,562,720
2,562,720
控除仕入税額③
1,630,862
1,402,291
消費税
差引税額（②－③）
(百円未満端数切捨て) ④
931,800
1,160,400
課税標準となる消費税額⑤
931,800
1,160,400
消費税
地方
譲渡割
額⑥
232,900
290,100
合計税
額⑦
1,164,700
1,450,500
合計税額の増減額⑧
－
285,800
平成
年
月課税期間
重加算税の
額⑨
－
98,000
確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
別表３－１
法人税の更正処分の内訳
【原告Ａ】
（単位：円）
年分
項目
平成12年5月
平成13年5月
平成14年5月
平成15年5月
平成16年5月
申告所得金
額①
7,002,989
48,934,554
7,788,252
14,843,855
4,919,144
未払寄附金の損金不算入額②
4,003,264
4,321,033
5,126,900
5,876,583
12,238,500
寄附金の損金不算入額③
149,278,980
173,701,292
165,359,817
167,612,204
147,910,566
役員退職慰労
金④
20,000,000
加算
支払手数
料⑤
6,598,052
支出寄附金の損金算入額⑥
2,963,052
4,003,264
4,321,033
5,126,900
5,876,583
支払手数
料⑦
10,109,944
2,331,106
40,636,946
減算
事業税の損金算入額⑧
15,523,500
15,153,600
17,922,500
14,987,800
所得金額
（①＋（②～⑤）－（⑥～⑧））⑨
157,322,181
197,320,171
185,398,388
162,952,136
103,566,881
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）⑩
157,322,000
197,320,000
185,398,000
162,952,000
103,566,000
年8 0 0 万円相当額以下の金額⑪
8,000,000
8,000,000
8,000,000
8,000,000
8,000,000
年8 0 0 万円を超える金額⑫
149,322,000
189,320,000
177,398,000
154,952,000
95,566,000
法人税
額⑬
46,556,600
58,556,000
54,979,400
48,245,600
30,429,800
控除所得税
額⑭
58,120
36,412
25,772
4,323
8,969
差引所得に対する法人税額
（百円未満端数切捨て）⑮
46,498,400
58,519,500
54,953,600
48,241,200
30,420,800
既に納付の確定した本税額⑯
1,482,300
14,567,800
1,687,500
3,808,500
1,073,200
差引納付すべき税額⑰
45,016,100
43,951,700
53,266,100
44,432,700
29,347,600
重加算税対象法人税⑱
45,010,000
43,950,000
53,260,000
44,430,000
29,340,000
過少申告加算税対象法人税⑲
重加算
税⑳
15,753,500
15,382,500
18,641,000
15,550,500
10,269,000
過少申告加算
税あ
別表３－２
法人税の更正処分の内訳
【原告Ｂ】
（単位：円）
年分
項目
平成12年8月
平成13年8月
平成14年8月
平成15年8月
平成16年8月
申告所得金
額①
1,033,967
4,590,399
4,747,162
7,681,982
16,664,435
寄附金の損金不算入額②
11,831,821
11,798,024
11,796,813
12,748,166
13,625,911
加算
雑収
入③
仮払消費税等の損金算入額④
571,428
571,428
571,428
619,047
666,666
雑損
失⑤
減算
事業税の損金算入額⑥
852,600
917,500
914,700
1,069,300
所得金額
（①＋（②～③）－（④～⑥））⑦
12,294,388
14,964,323
15,055,075
18,896,448
28,554,446
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）⑧
12,294,000
14,964,000
15,055,000
18,896,000
28,554,000
年8 0 0 万円相当額以下の金額⑨
8,000,000
8,000,000
8,000,000
8,000,000
8,000,000
年8 0 0 万円を超える金額⑩
4,294,000
6,964,000
7,055,000
10,896,000
20,554,000
法人税
額⑪
3,048,200
3,849,200
3,876,500
5,028,800
7,926,200
控除所得税
額⑫
8,247
8,157
3,244
1,515
1,369
差引所得に対する法人税額
（百円未満端数切捨て）⑬
3,039,900
3,841,000
3,873,200
5,027,200
7,924,800
既に納付の確定した本税額⑭
219,000
1,001,600
1,041,000
1,688,300
4,357,800
差引納付すべき税額⑮
2,820,900
2,839,400
2,832,200
3,338,900
3,567,000
重加算税対象法人税⑯
2,820,000
2,830,000
2,830,000
3,330,000
3,350,000
過少申告加算税対象法人税⑰
210,000
重加算
税⑱
987,000
990,500
990,500
1,165,500
1,172,500
過少申告加算
税⑲
21,000
別表３－３
法人税の更正処分の内訳
【原告Ｃ】
（単位：円）
年分
項目
平成13年9月
平成14年9月
平成15年9月
平成16年9月
申告所得金
額①
△1,204,338
△243,888
5,948,685
寄附金の損金不算入額②
5,895,123
5,934,786
5,921,760
5,827,189
加算
雑収
入③
仮払消費税等の損金算入額④
285,708
285,708
285,708
285,708
雑損
失⑤
減算
事業税の損金算入額⑥
292,600
211,000
286,200
差引計
（①＋（②～③）－（④～⑥））⑦
5,609,323
4,152,148
5,181,072
11,203,874
繰越欠損金
額⑧
339,960
△1,448,226
所得金額（⑦－⑧
）⑨
5,269,363
4,152,148
5,181,072
12,652,100
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）⑩
5,269,000
4,152,000
5,181,000
12,652,000
年8 0 0 万円相当額以下の金額⑪
5,269,000
4,152,000
5,181,000
8,000,000
年8 0 0 万円を超える金額⑫
4,652,000
法人税
額⑬
1,159,180
913,440
1,139,820
3,155,600
控除所得税
額⑭
1,512
差引所得に対する法人税額
（百円未満端数切捨て）⑮
1,157,600
913,200
1,139,700
3,155,500
既に納付の確定した本税額⑯
△1,512
△195
△112
1,308,500
差引納付すべき税額
（百円未満端数切捨て）⑰
1,159,100
913,300
1,139,800
1,847,000
重加算税対象法人税⑱
1,150,000
910,000
1,130,000
1,840,000
重加算
税⑲
402,500
318,500
395,500
644,000
別表４－１
消費税の更正処分の内訳
【原告Ａ】
（単位：円）
課税期間
内訳
平成12課税期間平成13課税期間平成14課税期間平成15課税期間平成16課税期間課税標準額
① 2,698,314,000
2,844,809,000
2,681,218,000 2,610,030,000
3,221,900,000
消費税額
②
107,932,560
113,792,360
107,248,720
104,401,200
128,876,000
控除過大調整税額
③
13,297
課税仕入に係る支払対価の額（更正処分前）④ 2,649,090,275
2,776,073,619
2,640,134,608 2,709,762,451
3,101,842,492
（内旧税率適用分）
370,800
本件Ａ支出金（Ｈ分）
⑤
77,323,269
98,528,982
93,524,831
90,437,175
113,096,127
本件Ａその他支出金
⑥
3,000,000
5,000,000
5,000,000
支払手数料
⑦
△10,109,944
6,598,052
△2,331,106
△40,636,946
更正処分に係る
④からの控除額
小計
⑧
77,323,269
91,419,038
100,122,883
93,106,069
77,459,181
課税仕入に係る支払対価の額（④－⑧）
⑨ 2,571,767,006
2,684,654,581
2,540,011,725 2,616,656,382
3,024,383,311
課税貨物に係る消費税額
⑩
98,600
控除対象仕入税額
⑪
97,968,750
102,272,555
96,762,351
99,682,147
115,313,202
返還等対価に係る税額等
⑫
55,118
差引税額
（②＋③－⑪－⑫、100円未満の端数切捨て）⑬
9,908,600
11,533,100
10,486,300
4,719,000
13,562,500
合計税額の増減額
（消費税及び地方消費税）
⑭
3,682,000
4,353,300
4,767,700
4,433,600
3,688,500
重加算税対象税額
（１万円未満の端数切捨て）
⑮
3,680,000
4,350,000
4,450,000
4,300,000
3,680,000
過少申告加算税対象税額
（１万円未満の端数切捨て）
⑯
310,000
120,000
重加算税額
（⑮×35％）
⑰
1,288,000
1,522,500
1,557,500
1,505,000
1,288,000
過少申告加算税額
（⑯×10％）
⑱
31,000
12,000
※⑤本件Ａ支出金（Ｈ分）に係る振込手数料は、各課税期間の金額から控除している。
本件Ａ支出金（Ｅ分）は、原告において、課税仕入に該当しないものとして算定している。別表４－２
消費税の更正処分の内訳
【原告Ｂ】
（単位：円）
課税期間
内訳
平成12課税期間平成13課税期間平成14課税期間平成15課税期間平成16課税期間課税標準額
①
220,321,000
236,735,000
266,717,000
327,438,000
485,510,000
消費税額
②
8,812,840
9,469,400
10,668,680
13,097,520
19,420,400
控除過大調整税額
③
課税仕入に係る支払対価の額（更正処分前）④
163,049,882
145,412,729
193,540,094
217,720,669
335,558,883
（内旧税率適用分）
本件Ｂ支出金
⑤
12,000,000
12,000,000
12,000,000
12,000,000
12,000,000
本件Ｂその他支出金
⑥
1,000,000
2,000,000
更正処分に係る
④からの控除額
小計
⑦
12,000,000
12,000,000
12,000,000
13,000,000
14,000,000
課税仕入に係る支払対価の額（④－⑦）
⑧
151,049,882
133,412,729
181,540,094
204,720,669
321,558,883
課税貨物に係る消費税額
⑨
控除対象仕入税額
⑩
5,754,281
5,082,389
6,915,813
7,798,882
12,249,862
返還等対価に係る税額等
⑪
差引税額
（②＋③－⑩－⑪、100円未満の端数切捨て）⑫
3,058,500
4,387,000
3,752,800
5,298,600
7,170,500
合計税額の増減額
（消費税及び地方消費税）
⑬
571,400
571,500
571,400
619,000
666,600
重加算税対象税額
（１万円未満の端数切捨て）
⑭
570,000
570,000
570,000
570,000
570,000
過少申告加算税対象税額
（１万円未満の端数切捨て）
⑮
40,000
90,000
重加算税額
（⑭×35％）
⑯
199,500
199,500
199,500
199,500
199,500
過少申告加算税額
（⑮×10％）
⑰
4,000
9,000
別表４－３
消費税の更正処分の内訳
【原告Ｃ】
（単位：円）
課税期間
内訳
平成13課税期間
平成14課税期間
平成15課税期間
平成16課税期間
課税標準額
①
46,597,000
66,470,000
58,133,000
64,068,000
消費税額
②
1,863,880
2,658,800
2,325,320
2,562,720
控除過大調整税額
③
課税仕入に係る支払対価の額（更正処分前）④
20,179,305
45,575,328
43,213,829
42,810,144
（内旧税率適用分）
更正処分に係る④からの控除額
（本件原告Ｃ支出金）
⑤
6,000,000
6,000,000
6,000,000
6,000,000
課税仕入に係る支払対価の額（④－⑤）
⑥
14,179,305
39,575,328
37,213,829
36,810,144
課税貨物に係る消費税額
⑦
控除対象仕入税額
⑧
540,164
1,507,631
1,417,669
1,402,291
返還等対価に係る税額等
⑨
差引税額
（②＋③－⑧－⑨、100円未満の端数切捨て）⑩
1,323,700
1,151,100
907,600
1,160,400
合計税額の増減額
（消費税及び地方消費税）
⑪
285,800
285,700
285,800
285,800
重加算税対象税額
（１万円未満の端数切捨て）
⑫
280,000
280,000
280,000
280,000
重加算税額
（⑫×３５％）
⑬
98,000
98,000
98,000
98,000
別表５
原告ＡのＨに対する支払手数料
（単位：円）
事業年度
区分
平成12事業年度平成13事業年度平成14事業年度平成15事業年度平成16事業年度
① 確
定決算書計上額
16,537,679
7,628,710
12,933,054
② Ｈ
請求額
10,109,944
9,939,627
9,959,816
53,570,000
③ 差引過大又は過少計上額（①－②）
△10,109,944
6,598,052
△2,331,106
△40,636,946
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11940.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。