税務訴訟資料第２６２号－９３（順号１１９４３）
東京地方裁判所平成●●年(○○)第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（相馬税務署長）
平成２４年４月２７日認容・確定
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士山下清兵衛
大森浩司
同訴訟復代理人弁護士田代浩誠
同補佐人税理士
丁
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
相馬税務署長
鈴木義典
被告指定代理人
緒方由紀子
菊池豊
大石稔
藤田義明
德光雅健
主文
１ 相馬税務署長が原告に対し平成１９年２月１４日付けでした、別紙１「処分目録」記載１～４の各処分をいずれも取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文と同旨
第２ 事案の概要等
１ 事案の要旨
本件は、いわゆる畜産農家である原告が、平成１５年及び平成１６年中の肉用牛の売却により生じた事業所得につき租税特別措置法（以下「租特法」という。）２５条１項（平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する課税の特例が適用されることを前提として、平成１５年分及び平成１６年分の所得税の確定申告をしたところ、相馬税務署長が、原告に対し、上記肉用牛の一部については上記の規定の要件を満たさないとして、上記の各所得税に係る各更正処分（別紙１「処分目録」記載１及び３参照。以下、個々の更正処分を、それぞれ「１５年分更正処分」又は「１６年分更正処分」といい、これらを総称して、以下「本件各更正処分」という。）及び各過少申告加算税の賦課決定処分（同別紙記載２及び４参照。以下、個々の過少申告加算税の賦課決定処分を、それぞれ「１５年分賦課決定処分」又は「１６年分賦課決定処分」といい、これらを総称して「本件各賦課決定処分」という。また、本件各更正処分と本件各賦課決定処分とを併せて「本件各処分」という。）をしたことについて、本件各処分の取消し（ただし、本件各更正処分につき原告が取消しを求める範囲は、同別紙記載１及び３のとおりであり、１６年分更正処分の取消請求については、原告の平成１６年分の所得税の確定申告の内容〔別表１－２「本件更正処分等の経緯（平成１６年分）」の「確定申告」欄参照〕に照らすと、原告の請求は一部請求ということになると解される。）を求める事案である。
２ 関係法令等の定め
別紙２「関係法令等の定め」に記載したとおりである（同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1)ア原告は、昭和３７年頃から畜産業に携わるようになり、昭和４４年頃以降は肉用牛の肥育のみを行い、その後、平成２１年１１月の時点では、福島県双葉郡Ａ村内の「Ａ牧場」及び「Ｂ牧場」（第三者が所有する土地及び建物を原告が借り受けて使用）、同郡Ｐ町内の「Ｃ牧場」（通称はＤ牧場）並びに同県田村郡Ｅ村内の「Ｅ牧場」（通称はＦ牧場）、「Ｇ牧場」等において、合計約３５００頭～４５００頭の肉用牛を飼育しており、平成２３年３月１１日に発生した東日本大震災の影響により所有していた全ての肉用牛を処分するまで畜産業を営むなどしていた者（屋号はＨ）であって、平成１５年及び平成１６年当時、租特法２５条１項に規定する「農業を営む個人」に該当する者であった（甲９、原告本人、弁論の全趣旨。上記において名称を掲げた牧場を総称して「本件各牧場」という。）。
イ 乙（以下「乙」という。）は、平成７年２月１０日に設立された有限会社Ｉ（その商号は、同年１０月には「農業生産法人有限会社Ｏ」に、平成１０年１月には「有限会社Ｏ」に、平成１２年８月には「有限会社Ｉ」に、それぞれ変更されている。以下、その時期を問わず「Ｉ」という。）の代表取締役の地位にあった者である（甲２、３、９、１６、１７、２４、３３、３４）。乙は、もともとは産業廃棄物処理の仕事をしていたところ、黒毛和牛の預託事業を始めたとして、平成６年頃、畜産業を営む原告に協力を要請した（甲９、原告本人）。
ウ 乙は、平成２２年１月２７日、東京地方裁判所において、組織的な犯罪の処罰及び犯罪収益の規制等に関する法律違反の罪（いわゆる組織的詐欺の罪）により、懲役１２年に処する旨の判決の宣告を受け、その後、同判決は確定したところ（乙に係る刑事事件を、以下「乙刑事事件」といい、乙刑事事件の判決を、第１審判決及び控訴審判決を特に区別することなく、以下「乙刑事事件判決」という。）、乙刑事事件判決において認定された罪となるべき事実の要旨は、乙が、Ｉの従業員らと共謀し、同社の活動として、代表取締役である乙の指揮命令に基づき、平成１５年６月～平成１９年１０月にかけて、顧客から牛の購入、飼育、販売等に係る預託契約金の名目で合計３億４０３０万円弱をだまし取ったというものである（甲２４、３４、弁論の全趣旨）。
(2) 原告とＩは、平成１０年３月１９日、東京法務局所属の公証人に嘱託して、次のような趣旨の定め等が記載された「素牛の導入等に関する契約公正証書」（甲２。以下「１０年公正証書」という。）を作成させた。なお、素牛（もとうし）とは、肥育開始前の子牛のことをいう。
ア １条（契約の締結）
Ｉは平成７年２月１０日付けで会社成立したところ、その発起人組合代表であった乙において、Ｉの名義をもって、その成立に先立つ平成６年１１月１日、原告との間で、２条以下の条項に従い、素牛の導入等に関する契約を締結した。
イ ２条（素牛の導入及び出荷）
Ｉは、原告に対し、素牛の導入及びＩが所有する牛の出荷を全て依頼する。
ウ ３条（素牛の導入）
(ア) １項Ｉは、原告が導入する素牛の代金が現金取引であることを承知し、原告から素牛の導入の報告があり次第、原告に対し、素牛の代金を支払う。
(イ) ２項Ｉは、原告から素牛の導入の報告を受けても、素牛の代金全額の支払を終えるまでは、その素牛が原告の牛であることを承認する。
(ウ) ３項Ｉは、素牛の代金の支払ができなくなった場合には、その牛につき、原告が第三者への売却その他一切の処分を行うことができ、かつ、その牛の処分を行うに当たっては、売却代金の決定を含め、何らＩの同意を要しないことを承認する。
(エ) ４項Ｉは、３条２項の状態であっても、素牛を導入した日から、飼料代及び管理に要する全ての費用を負担する。
エ ４条（出荷販売）
(ア) １項原告は、Ｉからその所有する牛の出荷を依頼された場合には、その出荷販売を原告の名義で行い、出荷販売代金については、出荷販売先より原告の口座に入金するものとする。
(イ) ２項及び３項原告は、Ｉの出荷販売代金をその月末で整理し、翌月の１５日までにＩの口座に入金する（２項）。ただし、Ｉの原告に対する未払金（Ｉが原告に依頼した素牛の代金、Ｉが支払うべきものをその依頼によって原告が立て替えた立替金）があるときは、Ｉの出荷販売代金をその支払うべき未払金に入金充当して差引きすることにより、Ｉの未払金の支払をするものとする（３項）。
(3) 原告とＩは、平成１４年７月３１日、東京法務局所属の公証人に嘱託して、次のような趣旨の定め等が記載された「素牛の導入等に関する債務確認並びに代物弁済契約公正証書」（甲３。以下「１４年公正証書」という。）を作成させた。
ア いわゆる前文
債権者である原告と債務者であるＩは、平成１４年３月２９日、１条以下の条項に従い、「素牛の導入等に関する債務確認並びに代物弁済契約」を締結した。
イ １条（債務確認）
原告とＩは、平成７年から平成１４年３月２９日までの間に、Ｉの依頼により原告が立て替えた金員が６億円になっていることを確認する。
ウ ２条（代物弁済・付帯条項）
(ア) １項Ｉは、平成１４年３月２９日、原告の承諾を得て、Ｉが原告に対して負担する１条記載の債務の履行に代え、Ｉ所有の①土地合計１１９筆（甲３の別紙添付一～五）、②牛３２００頭（前記(1)アの「Ａ牧場」〔本場〕、「Ｂ牧場」、「Ｃ牧場」、「Ｅ牧場」及び「Ｇ牧場」において肥育されている牛の全部。甲３の別紙添付六の１）及び③「Ａ牧場」（本場）、「Ｃ牧場」、「Ｅ牧場」及び「Ｇ牧場」の建物の全部（甲３の別紙添付六の２～５）を原告に給付し、原告は、代物弁済としてその給付を受けた。
(イ) ２項原告が立て替えた金員は、Ｉが支払わなければならないＩの牛舎の造成工事代金、素牛代金、飼料代金、その他の物品購入代金等である。
(ウ) ３項Ｉが素牛及び飼料等を原告の名義をもって購入しているため、平成１４年３月２９日以降に買い入れられた素牛についても、２条１項の各物件に含まれるものとする。
(エ) ４項Ｉが原告の名義をもって素牛及び飼料を購入しているうちは、Ｉの原告に対する債務が増えるため、１４年公正証書に係る契約は、平成１４年３月２９日以降においてもその効力が継続するものとする。
エ ３条（所有権移転・引渡し）
Ｉは、２条１項の各物件の所有権を移転し、かつ、その引渡しをし、原告は、上記各物件の所有権を取得し、かつ、その引渡しを受けた。ただし、平成１４年３月２９日以降に買い入れられる素牛の所有権は、その買入れの時点で原告に移転するものとする。
オ ４条（原告の物件処分）
原告は、２条１項の各物件を第三者に対する売却その他一切の処分をすることができるものであり、その処分をするに当たり、Ｉから何らの同意も要しないものとする。
カ ５条（契約解除）
Ｉが、原告の立て替えた金員を全額原告に対して支払い又は返還し、かつ、Ｉの名義をもって素牛及び飼料等の管理、牛の出荷その他牧場経営に関する一切を自立して実施できるようになったときは、Ｉは、１４年公正証書に係る契約を解除し、２条１項の各物件の所有権を回復することができるものとする。
(4) 原告とＩは、平成１５年１月１４日付けで、次のような趣旨の定め等が記載された「契約書」（乙４の１。以下「１５年契約書①」といい、同契約書に係る契約を「１５年契約①」という。）を取り交わした。
ア １条（売買契約の締結）
Ｉは、原告に対し、１５年契約書①添付の素牛導入明細書に記載された肉用牛２１９０頭（以下「１５年契約書①肉用牛」という。）を、代金２億３０００万円で売り渡し、原告はこれを買い受けた（１項～３項）。
イ ２条（所有権移転）
１５年契約書①肉用牛の所有権は、１５年契約①の締結と同時にＩから原告に移転するものとする。
ウ ３条（Ｉの債務の確認）
Ｉが、原告に対し、平成１５年１月１４日現在、合計１億７０７１万８９１２円の債務を負っていることを確認する（１項及び２項）。
エ ４条（相殺）
Ｉと原告は、平成１５年１月１４日をもって、前記アの原告のＩに対する売買代金債務と前記ウのＩの原告に対する債務とを対当額で相殺することに合意する。
オ ６条（再売買予約）
(ア) １項原告とＩは、１５年契約①肉用牛につき再売買を予約し、Ｉが原告に対し、６条２項記載の金額を支払い、かつ、売買完結の意思表示をしたときは、１５年契約①肉用牛のうち売買完結の意思表示の時点においてなお原告の所有に属している牛について再売買の効力を生ずるものとする。
(イ) ２項６条１項の再売買代金は、「金円－（販売された牛の代金－運送費
及び諸経費）」とする。なお、「販売された牛」とは、売買完結の意思表示の時までに原告から第三者に対して販売されてしまった牛のことをいう。
(5) 原告とＩは、いずれも平成１５年５月１日付けで、①次のアのような趣旨の定め等が記載された「牛預託契約書」（乙１０。以下、この契約書を「牛預託契約書」といい、この契約書に係る契約を「牛預託契約」という。）及び②次のイのような趣旨の定め等が記載された「契約書」（甲８。以下「１５年契約書②」といい、同契約書に係る契約を「１５年契約②」という。）を、それぞれ取り交わした。
ア 牛預託契約書
(ア) ２条（預託場所と預託頭数）
原告がＩに対して牛を預託する場所は、Ａ牧場、Ｂ牧場、Ｅ（Ｆ牧場、Ｇ牧場）、Ｐ町（Ｃ牧場）の全牛舎とし、預託する牛の頭数は、これらの牛舎で肥育されている牛の全頭とする。
(イ) ３条（預託期間）
ａ １項原告がＩに対して牛を預託する期間は、平成１５年５月１日からとし、Ｉが、独自で、素牛、エサ、その他牛の肥育に関わる一切の経費の支払ができるようになるまでとする。
ｂ ２項及び３項（省略）
(ウ) ５条
ａ １項原告の肥育事業に関し、Ｉは、原告の牛を預託している牧場における作業にＩの従業員を従事させ、Ｉの従業員は、原告の指示に従うものとする。
ｂ ２項（省略）
ｃ ３項飼育費、共済金、治療費、薬品代、敷料、燃料、電気料及び修理費は、原告の負担とする。
イ １５年契約書②
(ア) １条（売買契約の締結）
Ｉは、原告に対し、Ｉが所有する全ての肉用牛を、代金２億３０００万円で売り渡し、原告はこれを買い受けた（１項～３項）。
(イ) ２条（所有権移転）
１条記載の肉用牛の所有権は、１５年契約②の締結と同時にＩから原告に移転するものとする。
(ウ) ３条（Ｉの債務の確認）
Ｉが、原告に対し、平成１５年５月１日現在、合計２億３０００万円の債務を負っていることを確認する（１項及び２項）。
(エ) ４条（相殺）
Ｉと原告は、平成１５年５月１日をもって、前記(ア)の原告のＩに対する売買代金債務と前記(ウ)のＩの原告に対する債務とを対当額で相殺することに合意する。
(オ) ６条（再売買予約）
ａ １項原告とＩは、１条記載の肉用牛につき再売買を予約し、Ｉが原告に対し、６条２項記載の金額を支払い、かつ、売買完結の意思表示をしたときは、上記肉用牛のうち売買完結の意思表示の時点においてなお原告の所有に属している牛について再売買の効力を生ずるものとする。
ｂ ２項６条１項の再売買代金は、「金円－（販売された牛の代金－運送費
及び諸経費）」とする。なお、「販売された牛」とは、売買完結の意思表示の時までに原告から第三者に対して販売されてしまった牛のことをいう。
(6) 原告とＩは、次のような趣旨の定め等が記載された、①平成１５年１２月２５日付け「契約書」（乙４の２。以下「１５年契約書③」といい、同契約書に係る契約を「１５年契約③」という。）、②平成１６年３月３１日付け「契約書」（乙４の３。以下「１６年契約書①」といい、同契約書に係る契約を「１６年契約①」という。）、③同年５月３１日付け「契約書」（乙４の４。以下「１６年契約書②」といい、同契約書に係る契約を「１６年契約②」という。）及び④同年８月３０日付け「契約書」（乙４の５。以下「１６年契約書③」といい、同契約書に係る契約を「１６年契約③」という。また、上記①～③の各契約書と１６年契約書③を併せて「１６年契約書③等」といい、上記①～③の各契約と１６年契約③を併せて「１６年契約③等」という。）を、それぞれ取り交わした（便宜上、１６年契約書③等の定めについてまとめて判示する。）。
ア １条（売買契約の締結）
Ｉは、原告に対し、１６年契約書③等添付の各素牛導入明細書にそれぞれ記載された肉用牛（合計１２４７頭。各契約書の内訳は、それぞれ次の(ア)～(エ)に記載したとおり。以下「１６年契約書③等肉用牛」という。）を、それぞれ次の(ア)～(エ)に記載した代金で売り渡し、原告はこれを買い受けた（１項～３項）。
(ア) １５年契約書③２１０頭、代金４３０９万３８９０円
(イ) １６年契約書①３７０頭、代金３９２９万４５２９円
(ウ) １６年契約書②３８９頭、代金３８９５万０７５９円
(エ) １６年契約書③２７８頭、代金２３００万３７０３円
イ ２条（所有権移転）
１６年契約書③等肉用牛の所有権は、１６年契約③等の各締結と同時にＩから原告に移転するものとする。
ウ ３条（Ｉの債務の確認）
Ｉが、原告に対し、１６年契約③等の各締結日現在、次の債務を負っていることを確認する（１項及び２項）。
(ア) １５年契約書③４３０９万３８９０円
(イ) １６年契約書①３９２９万４５２９円
(ウ) １６年契約書②３８９５万０７５９円
(エ) １６年契約書③金額の記載なし
エ ４条（相殺）
Ｉと原告は、１６年契約③等の各締結日をもって、前記アの原告のＩに対する売買代金債務と前記ウのＩの原告に対する債務とを対当額で相殺することに合意する。
オ ６条（再売買予約）
(ア) １項原告とＩは、１６年契約③等肉用牛につき再売買を予約し、Ｉが原告に対し、６条２項記載の金額を支払い、かつ、売買完結の意思表示をしたときは、１６年契約③等肉用牛のうち売買完結の意思表示の時点においてなお原告の所有に属している牛について再売買の効力を生ずるものとする。
(イ) ２項６条１項の再売買代金は、「金円－（販売された牛の代金－運送費
及び諸経費）」とする。なお、「販売された牛」とは、売買完結の意思表示の時までに原告から第三者に対して販売されてしまった牛のことをいう。
(7) 原告は、平成１５年及び平成１６年中に、租特法２５条１項１号に規定する「家畜取引法２条３項に規定する家畜市場、中央卸売市場その他政令で定める市場」において肉用牛の売却を行った。
(8)ア原告の平成１５年分の所得税に係る①確定申告、②原告による更正の請求及びこれを受けてされたいわゆる減額更正処分、③１５年分更正処分及び１５年分賦課決定処分並びに④上記③についての審査請求（以下「本件審査請求」という。）及び同審査請求についての裁決の経緯は、別表１－１「本件更正処分等の経緯（平成１５年分）」の㋐「確定申告」欄（上記①について）、㋑「更正の請求」欄及び「減額更正」欄（上記②について）、㋒「更正処分等」欄（上記③について）並びに㋓「審査請求」欄及び「審査裁決」欄（上記④について）に、それぞれ記載されているとおりである。
イ 原告の平成１６年分の所得税に係る①確定申告、②１６年分更正処分及び１６年分賦課決定処分並びに③上記②についての審査請求及び同審査請求についての裁決の経緯は、別表１－２「本件更正処分等の経緯（平成１６年分）」の㋐「確定申告」欄（上記①について）、㋑「更正処分等」欄（上記②について）並びに㋒「審査請求」欄及び「審査裁決」欄（上記③について）に、それぞれ記載されているとおりである。
(9) 原告は、平成２０年９月２６日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
４ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張並びにこれに対する原告の主張本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙３「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」に記載されているとおりであり、これに対する原告の主張（同別紙の第１に対する認否）は、別紙４「別紙３における被告の主張に対する原告の主張」に記載されているとおりである（別紙３で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
５ 争点
(1) 本件免税特例が適用される肉用牛の範囲を本件各通達が定めるように２か月以上飼育要件を満たすものに限定することの適否（争点１）
(2) ２か月以上飼育要件の意義（争点２）
(3) 本件係争肉用牛が本件免税特例の適用される肉用牛に該当するか否か（争点３）
(4) 租特法２５条２項の規定に従って原告の平成１５年分及び平成１６年分の総所得金額に係る所得税の額を計算することの可否（争点４）
６ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 本件免税特例が適用される肉用牛の範囲を本件各通達が定めるように２か月以上飼育要件を満たすものに限定することの適否（争点１）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 租特法２５条１項には「飼育」との文言しかなく、そこから被告の主張（本件各通達）のように画一的な処理を求める２か月以上飼育要件を読み取ることは、不可能である。すなわち、同項１号の農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」との文言からは、上記各通達のように単なる肉用牛の移動を主体とした売却を排除するということを読み取ることはできないと思われる。また、同条の趣旨に鑑みても、同項にいう「飼育」の解釈として許され得るのは、飼育の実態がない肉用牛につき同項の適用を排除するとの解釈を導くところまでであって、それ以上に、同条の趣旨を根拠として、画一的な線引きによって飼育の有無をみなし認定するとの解釈論を導くことは、文言解釈の限界を超えるものといわざるを得ない。同項の「飼育」という文言に、２か月以上飼育要件という画一的な処理を要請する加重要件を読み込むことは、課税要件の明確性に違反する租税法律主義（憲法８４条）違反の解釈論である。
(イ) 被告の主張（本件各通達）のように租特法２５条１項につき２か月以上飼育要件のような画一的要件を加重してしまうと、肉用牛生産者が、経営難によって２か月未満の飼育で売却を余儀なくされた場合でも、同項の適用を排除してしまうことになり、かえって同項の目指した肉用牛生産者の経営安定という趣旨に反する事態を招くことになってしまう。また、単なる肉用牛の移動を主体とした取引というのは、同項が別に定める「農業を営む個人」という要件によって、そのほとんどを排除することができ（単なる家畜商など肉用牛の飼育に携わらない者は「農業を営む個人」に該当しないことになるため。）、かつ、それでも排除できない取引については、「飼育」要件の認定に当たって、飼育に必要な設備の有無及び飼育に必要なエサ代等の負担の有無を考慮するとの判断基準を採用すれば、容易に判断できるものである。そうすると、同項の「飼育」という文言に２か月以上飼育要件という画一的加重要件を読み込むことは、同項の趣旨との合理的関連性を有しないというべきである。したがって、かかる画一的加重要件に基づき、２か月未満の飼育の場合に同項の適用を排除することは、合理的差別の限界を超えた不平等な取扱いといわざるを得ず、憲法１４条に違反するものである。
(ウ) 本件免税特例の制度が創設された趣旨は、肉用牛の需要の増加に伴う供給不足や、これに伴う各種弊害を防ぐために、税制面から肉用牛の増産の促進を図ろうとするものである。このような制度趣旨に照らせば、重要視すべきは、肉用牛の増産促進に資するかであって、肉用牛の飼育期間の長短は肉用牛の増産促進とは無関係である。むしろ、飼育期間が短い肉用牛の売却や、単なる肉用牛の移動を主体とした売却であっても、肉用牛の流通の活性化などにより肉用牛の増産促進に役立つから、このような売却などを排除することに経済的合理性はない。とすれば、本件免税特例の対象を一定期間以上飼育した肉用牛に限定すべきものとしている本件各通達は、本件免税特例の制度の目的を逸脱するものである。たとえ上記各通達に定める「２ヶ月」という期間が通常の飼育期間に比して極端に短いとしても、それは、単なる移動を主体とした売却であることについての判断材料になり得るものにすぎず、また、法律には全く存在しない加重要件として、一定期間以上の飼育を義務付けるものであることに変わりはない。
イ 被告の主張の要点
(ア) 本件免税特例の制度は、昭和４２年改正により創設されたものであり（旧租特法２５条の２）、牛肉需要の増加に伴う供給不足や、牛肉資源の減少及び牛肉価格の高騰といったこれに伴う弊害を解消・防止するため、肉用牛の売却による農業所得について免税措置を設けることによって、税制面から肉用牛の増産を図ることを目的とするものである（乙７の２）。また、本件免税特例は、昭和５６年法律第１３号による租特法の改正（以下「昭和５６年改正」という。）によりその一部が改められたものであるところ（同法２５条１項参照）、同改正は、最近の飼育農家の中には、一般家庭用の肉用牛の生産から業務用の肉用牛への生産志向傾向が見られ、上記のような本件免税特例の制度趣旨にそぐわない面が生ずる一方、従来は免税対象とされていなかった乳用の雌牛が、最近の酪農過剰の状況を反映して、肉用化として飼育生産される傾向も高くなってきたという状況を考慮したものである。
(イ) 前記(ア)において述べたような本件免税特例の趣旨に照らすと、肉用牛の飼育期間が極端に短く、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得までを本件免税特例の対象とする必要はなく、措置法２５条１項に規定する農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」を一定期間以上飼育した肉用牛に限定することは、同項の解釈として相当なものである。
そして、一般に、素牛を食肉用として出荷するためには、健康的に太らせる必要があり、そのため肥育農家においてある程度長期間飼育することが当然の前提である。そこで、肉用牛の通常の飼育期間をみると、肥育牛の場合、平成１５年～平成１７年の農業経営統計調査報告「畜産物生産費」（農林水産省大臣官房統計部）における去勢若齢肥育牛（和牛などの肉用種の肥育牛）、乳用雄肥育牛（乳用種の肥育牛）及び交雑種肥育牛（和牛と乳用種の雑種の肥育牛）の肥育期間（ここでは飼育期間と同義）の全国平均年数（平成１４年度～平成１６年度）は、おおむね１５～２０か月程度である（乙３０の１～３）から、２か月というのは、肥育牛の平均的な肥育期間と比べても１割～１割強程度にすぎず、客観的に見て飼育期間として極めて短い期間であることが明白である。したがって、２か月以上飼育要件を満たさない肉用牛の売却は、単なる肉用牛の移動を主体とした売却とみなしても不合理ではなく、本件各通達の定めるようにそれによる所得を本件免税特例の適用の対象外とすることは、措置法２５条１項に規定する農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」の解釈として、十分に合理性が認められるというべきである。
(2) ２か月以上飼育要件の意義（争点２）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 素牛の飼育は、①素牛飼育に係る役務の提供及び②素牛の導入・管理に費消する金銭の提供という２つの側面から成り立っている。そして、いわゆる委託飼育では、受託者が果たす役割は、本来、上記①のみであるが、素牛の導入・管理の費用を委託者に負担してもらえず、受託者がその全てを立替払している場合、受託者の果たす役割は、上記①及び②の双方に及ぶ。つまり、かかる肉用牛について、その所有権を立替払した金員に係る代物弁済によって取得すると、当該肉用牛に係る飼育の実態は、他の飼育者が行っている飼育の実態と何ら変わらないという状態になる。加えて、上記飼育の実態は、代物弁済の時期がいつになろうと変わるものではない。したがって、他の飼育者の平等という点に照らすと、素牛の導入・管理に必要な金銭を立替払してきた受託者がその所有権を立替払した金員に係る代物弁済によって飼育してきた肉用牛の所有権を取得した場合には、代物弁済の時期に関係なく租特法２５条１項の適用があるというべきである。
(イ) 租特法２５条１項の文言上、肉用牛の所有権は売却の時点でしか要求されていない。むしろ、「飼育」との文言から分かるとおり、同項の適用に当たっては、飼育の実態があるかということが最も重要である。
(ウ) 租特法２５条の趣旨は、肉用牛の増産を税制面から支えること（乙７の２）、具体的には、肉用牛飼育頭数の維持・増加、肉用牛生産者の経営安定といったことを税制面から支えることである（乙３８の１）。それゆえ、肉用牛の売却が単なる肉用牛の移動を主体とした取引でしかない場合には、上記の趣旨が当たらず、同条１項を適用するべきではないと解し得るが、委託飼育の受託者が立替払をした金員に係る代物弁済により所有権を取得した素牛を売却する場合は、前記(ア)において述べたとおり、実質的に素牛を飼育してきた者による当該素牛の売却にほかならず、単なる肉用牛の移動を主体とした取引とはいい難いものである。したがって、かかる売却に同項を適用しても、同条の趣旨に反するものではなく、むしろ、同項を適用して免税とすることは、委託飼育の受託者が安心して立替払をすることができる状況を生み、結果的に委託飼育の受託者の担い手の増加をもたらすことから、前記のような同条の趣旨に大いに貢献するものである。
(エ) 以上に述べたところからすれば、素牛の導入・管理に必要な金銭を立替払してきた受託者がその所有権を立替払した金員に係る代物弁済によって飼育してきた肉用牛の所有権を取得した場合において、本件各通達に定める２か月以上飼育要件は、肉用牛の実質的な飼育を開始したとき、すなわち、前記(ア)①及び②の双方を始めたときから当該肉用牛の売却までの期間が２か月以上であることを意味するものと解すべきである。
イ 被告の主張の要点
措置法２５条は、肉用牛の売却による事業所得に対する課税の特例を定めた規定であるところ、「事業所得」とは、自己の計算と危険において独立して営まれ、営利性、有償性を有し、かつ、反復継続して遂行する意思と社会的地位とが客観的に認められる業務から生ずる所得をいう。そして、肉用牛を市場に売却する場合、売却代金は当該肉用牛の所有者に帰属するが、当該肉用牛の死亡等の理由で売却に至らなかったなどの危険もまた当該肉用牛の所有者が負担するから、「自己の計算と危険において」肉用牛を売却したといえるのは、当該肉用牛の所有者が売却した場合に限られ、肉用牛の売却による事業所得は当該肉用牛の所有者に帰属すると解すべきである。したがって、本件免税特例を受ける者は、措置法２５条で規定された肉用牛の所有者に限られるから、本件各通達に定める２か月以上飼育要件は、当該肉用牛の所有者が２か月以上これを飼育した場合を指すものというべきである。
(3) 本件係争肉用牛が本件免税特例の適用される肉用牛に該当するか否か（争点３）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 本件係争肉用牛は導入時より原告が所有かつ飼育していること
ａ 本件係争肉用牛の請求書の宛名が原告となっており（甲２０の１～１１参照）、その代金も原告の口座から支払われていること（甲２１の１～３参照）からすれば、本件係争肉用牛は、全て原告が自身の名前で売買契約を締結し、自ら代金等の支払をすることによって素牛として導入したものである。また、平成１４年３月２９日の時点におけるＩの原告に対する素牛代、飼料代等の未払金が６億円にまでふくらんでいることから分かるように（甲３）、Ｉは、原告に対し、本件係争肉用牛についての導入代金を一切支払ってこなかった。以上からすれば、本件係争肉用牛は、いずれも、素牛として導入された時点から、当然に原告が所有権を取得しているものであり、このことは、Ｉが素牛の代金全額の支払を終えるまでその素牛は原告の所有である旨が定められた１０年公正証書に係る契約の３条２項（前提事実(2)ウ(イ)）からも明らかである。
ｂ また、原告は、本件係争肉用牛を素牛として導入した時点から、そのエサ代等を全て支払うともに、飼育についての役務提供行為も一手に引き受けて行ってきたものである（甲２５～２８、原告本人）。
ｃ １５年係争肉用牛は、遅くとも平成１４年１２月２８日までに素牛として導入されたものであるところ（甲５の１～７７、乙４の１添付の「素牛導入明細書」）、原告が平成１５年中に肉用牛を売却したのは、同年５月６日～６月２７日である（別紙３・第１の１(1)ア(ア)ｃ(a)及び別表２並びに甲１の別表３）から、争点１及び２における被告の主張を前提としても、１５年係争肉用牛は、２か月以上飼育要件を満たしている。また、１６年係争肉用牛は、別紙６の「取得年月日」欄にそれぞれ記載されている年月日に導入されたものであるところ（甲４の１～４５、１１）、これらが売却された年月日は別紙５の「売却年月日」欄及び別紙６の「売却年月日（争いなし）」欄に記載されているとおりであるから（甲１の別表２）、争点１及び２における被告の主張を前提としても、１６年係争肉用牛もまた、２か月以上飼育要件を満たしている。
(イ) １４年公正証書に係る契約による本件係争肉用牛の確定的所有権の取得
ａ 仮に、本件係争肉用牛を素牛として導入した時点において原告がその所有権を取得するものではなかったとしても、以下に述べるとおり、原告は、１４年公正証書（甲３）に係る契約によって、本件係争肉用牛の所有権を確定的に取得したものである。また、その飼育の状況は、前記(ア)ｂのとおりである。したがって、本件係争肉用牛は、２か月以上飼育要件を満たしているものというべきである。
(a) １４年公正証書に係る契約には、Ｉが、その債務の代物弁済として、Ｉが所有する牛の全部（平成１４年３月２９日以降に買い入れられる素牛も含む。）の所有権を原告に移転する旨の定めがされているところ（前提事実(3)ウ及びエ）、同契約は、現実に締結され、その履行もされているものである（甲９、原告本人）。このことは、同契約の相手方当事者である乙（Ｉの代表者）自身が、いわゆる検察官面前調書（甲３５、３６）において、明確に述べているところである。
(b) 乙の検察官面前調書には、①１４年公正証書に係る契約（代物弁済契約）によって、Ｉは、牛、牛舎等の一切を失ったこと（甲３５の１頁、３６の５頁）、②１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③（乙４の１～５）に係る契約（１５年契約①及び②並びに１６年契約①～③という売買契約）は、締結されていないこと（甲３５の４～６頁）という、供述者である乙に不利に働く内容が記載されている。乙４の１～５（甲３６の資料４～８）からすれば、乙においては、１４年公正証書に係る契約は現実には実行されず、１５年契約①及び②並びに１６年契約①～③の方が実際には締結・実行されたものであり、Ｉは、１６年契約書③（乙４の５）が取り交わされた平成１６年８月３０日までは、預託者との約定どおり預託を受ける牛を購入、飼育していたから、少なくとも同日までは詐欺の意図はなかった旨述べてもよさそうである。しかし、乙は、そのような供述はせず、上記①のとおり１４年公正証書に係る契約により、Ｉは、牛の所有権や牛舎等を完全に失い、預託者との約定どおりに牛を購入・飼育することが不可能となったものであり、乙においてもそのことを認識していたとの内容を自白しているのである。このように、甲３５及び３６は、自己の有利に働かせることが可能な書類の証拠価値を否定して、自身の犯罪を自白した供述調書である上、乙が、本件訴えとの利害関係が一切ない状況下で、検察官に対して供述したものであって、その供述内容の信用性は極めて高い。
(c) 甲１６（平成１４年３月３１日付けの名義変更届）は、原告が、牛の飼育に関する填補事業の窓口に対し、同事業に係る加入者（契約者）の名義をＩから原告に変更する旨を届け出たものである。１４年公正証書に係る契約の日付（同月２９日）の直後に提出されたかかる名義変更届の存在は、同契約が現実に締結・実行され、Ｉに係る素牛の所有権が同日以降確定的に原告に帰属することになったことを示すものである。
(d) １４年公正証書に係る契約の締結・実行によって、Ｉの全ての牛の所有権が、平成１４年３月２９日以後、確定的に原告に帰属することになったことは、乙刑事事件判決においても認定されており（甲２４の９頁及び１６頁）、同判決は確定しているところである（前提事実(1)ウ）。
ｂ 次のとおり、被告がその主張の根拠としている証拠は、いずれも被告の主張を基礎付けるものとはいえないものというべきである。
(a) 乙４の１～５（１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③）は、原告が、１４年公正証書の存在を知らなかった丙（Ｉ及び原告と飼料等の取引をしていた会社の担当者。以下「丙」という。）の指導に従って、同公正証書と「ダブル」であればより安心であろうと考え、乙に対して署名を求めた書類にすぎず（原告本人）、これをもって、Ｉから原告への所有権移転を企図したというものではないのであって、上記各契約書に係る契約は存在しない。このことは、前記ａ(b)のとおり極めて高い信用性があるというべき乙の検察官面前調書にも明示されている（甲３６の５頁）。
(b) 丁税理士（原告補佐人。以下「丁」又は「丁税理士」という。）が代表社員を務めるＪ税理士法人の作成に係る帳簿書類（乙１１の１～３、１４、１６、１７の１～３、２０の１・２、２１の１・２、２２、２３）については、同事務所が、１４年公正証書の存在や１５年契約①及び②並びに１６年契約①～③の不存在を知らないまま、乙４の１～５（１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③）を基に作成したものであって、結果的に事実を反映しない帳簿となってしまったものである（証人丁）。このような事態が生じてしまったことは、市場における通常の牛の売却では売買契約書が作成されないという畜産業界の実務慣行に照らすと、不自然なことではない（証人丁）。
(c) 原告の妻が作成した帳簿（乙６の１～３。以下「本件各牛管理帳」という。）についても、既に述べたところに照らせば、真実を反映していない誤った帳簿であるというべきである。原告の妻は、法律及び会計の専門家ではなく、このような誤った帳簿が作成されてしまったとしても、何ら不自然なものではない。
(d) 牛預託契約書（乙１０）は、乙との関係を完全に切ることにした原告が、Ｉの従業員を守るために便宜的に交わした書面にすぎず、これによって牛預託契約が締結されたことはないし、同契約と同時並行的にＩから原告へ素牛の所有権の移転がされたこともない（原告本人）。
(e) 乙２４（国税実査官の戊〔以下「戊実査官」という。〕作成の実査官調査報告書）は、原告の署名・押印入りの質問応答書ではないし、原告がその内容に同意を与えた書面でもなく、その２枚目下から６行目以降には、原告が話していない内容が記載されている（原告本人）。乙２４は、その内容の信用性が極めて低い証拠といわざるを得ない。
(f) 乙２５は、原告において、関係を切ったにもかかわらず「お金を払うから、近く行きますから」などとしつこく連絡を寄越す乙に対し、「これだけのお金を払えるのか」と提示して同人を追い払う趣旨で作成したものであって、本件係争肉用牛の所有権がＩにあることを示すような書類ではない。なお、乙２５において、平成１５年５月１日以前と以後とを分けているのは、同日をもって、Ｉにおいては、たとえ金を持ってきたとしても、素牛の所有権を取得できないこととし、原告においてＩと完全に手を切ることにしたという経緯があったためである（原告本人）。
(g) 乙２８（本件審査請求の手続における原告側の反論書）には、１４年公正証書に係る契約において牛と同様に代物弁済の対象とされている同公正証書別紙添付三記載の各土地について、同公正証書２条１項記載のとおりにＩへの立替金債権の代物弁済により取得したとの認識はない旨の記載がある（乙２８の２～３頁）が、丁税理士において、代物弁済によって上記各土地は取得したが、その後、これを売却した代金を乙に貸し付けたものであり、当該貸付金がいまだ返済されない状態にあるため、経済的利益から見たときは、上記各土地は取得できなかったも同然だったということを伝えようとして、誤って上記のような記載をしてしまったものにすぎない（証人丁）。
(h) 原告が１４年公正証書に係る契約後もＩ宛ての請求書（乙２９、４６の１～４、７５の１～２０）を作成していたのは、同契約には、Ｉが原告の立て替えた金員を全て支払うなどしたときには同契約を解除して素牛の所有権を回復することができる旨の定めがあり（前提事実(3)カ）、乙においては、原告に対し、繰り返し金を払う旨述べていたことから、現実にかかる事態が生じたときに備えていたものである。そのため、上記のようなＩ宛ての請求書は、原告がＩと完全に手を切るべく、乙に対し、今後は上記の定めの適用はない旨の意思表示をした平成１５年５月１日以降は作成されていない（原告本人）。したがって、乙７５の１～２０の存在及び同日以降はかかる請求書が作成されていない事実は、被告の主張の根拠となるものではない。
ｃ 被告の主張が信義則に違反するものであること
被告（国）は、乙刑事事件の公判においては、原告とＩの乙において１４年公正証書に係る契約が成立し、その履行がされた旨を主張していた（甲３３）にもかかわらず、本件訴えにおいては、これとは真逆である、同契約は成立しておらず、仮に成立していたとしても履行されていないとの主張をしているものであり、このような被告の訴訟行為は、国家の正義に反するものというほかない。上記のような本件訴えにおける被告の主張は、信義則に反し、許されないものである。
なお、被告は、上記の点について、乙刑事事件と本件訴えでは証拠関係が異なるなどと弁解するが、公訴の提起及び更正処分は、いずれも国が自ら起こしたアクションであり、自身で獲得した一切の証拠を精査してこれらを行っているものである以上、証拠関係が異なるなどという言い訳は許されない。仮に、被告が主張するとおり証拠関係が異なるのだとすると、被告において、事件ごとに意図的に自己の主張に都合が悪い証拠を隠匿することで裁判所を欺罔しているということにほかならない。
(ウ) 本件係争肉用牛については、原告の所有権取得時期が被告主張のとおりであっても２か月以上飼育要件が満たされているというべきこと
争点２に関して述べたとおり（前記(2)ア）、素牛の導入・管理に必要な金銭を立替払してきた受託者がその所有権を立替払した金員に係る代物弁済によって飼育してきた肉用牛の所有権を取得した場合において、本件各通達に定める２か月以上飼育要件は、肉用牛の実質的な飼育を開始したときから当該肉用牛の売却までの期間が２か月以上であることを意味するものと解すべきところ、これまで述べたところからすれば、本件係争肉用牛は、いずれもこれを満たすものというべきである。
(エ) 小括
本件係争肉用牛は、前記(ア)～(ウ)のとおり２か月以上飼育要件を満たすものであるとともに、本件免税特例が適用されるための他の要件も全て満たしているものというべきである。したがって、本件係争肉用牛は、本件免税特例の適用される肉用牛に該当する。
イ 被告の主張の要点
(ア) 本件係争肉用牛の飼育期間がいずれも２か月未満であること
ａ １５年分係争肉用牛の飼育開始日
平成１５年１月１４日付けの１５年契約書①（乙４の１）では、Ｉが原告に対し１５年契約書①肉用牛を２億３０００万円で売り渡し、１５年契約①と同時にその所有権がＩから原告に移転する旨定められ（前提事実(4)ア及びイ）、原告の和牛仕入高勘定には、同日に２億３０００万円が計上されている（乙１１の２）が、次に述べるところからすれば、１５年分係争肉用牛を含む１５年契約書①肉用牛の所有権がＩから原告に移転し、原告が飼育を開始したのは、同年５月１日からであるものというべきである。
(a) １５年契約書①に貼付された付箋（乙４の１）及び乙２５には、平成１５年５月１日に１５年契約①を実行した旨の記載があり、また、原告は、戊実査官に対し、同旨のことを述べている（乙２４）上、原告とＩは、同日から原告がＩに牛を預託する旨の牛預託契約を締結している（乙１０）。これらは、当事者の意思としては、同日に、１５年契約①に基づき１５年契約書①肉用牛の所有権が移転するものであることを示している。
(b) 平成１５年４月２７日までに出荷又は死亡した牛については、１５年契約①に基づく売買の対象から除かれていること（乙４の１添付の素牛導入明細書）に加え、同明細書の最終頁の「頭数」欄の１０～１４の牛は、同年４月１９日にＩが仕入れた牛であること（乙２９）に照らすと、１５年契約①に基づいてＩから原告に売り渡される牛が確定したのは、同年４月２７日以降であると考えられる。これらもまた、当事者の意思としては、同年５月１日に、１５年契約①に基づき１５年契約書①肉用牛の所有権が移転するものであることを示している。
(c) 原告の牛の販売収入は、平成１５年５月以降に急増しているのであり（乙５の１～３）、このことは、同月になって、原告が所有する牛の頭数が急増したことを示すものである。
(d) 平成１５年分の本件各牛管理帳の５月１日の「入」欄には、相殺分の数量として「２１９０」と記載されているが、これ以前に原告がＩから牛を導入した旨の記載はない（乙６の１・２）。このことは、原告において、同年５月１日から、１５年契約書①肉用牛を自己が所有する牛として管理を開始したことを示すものである。
(e) ２１９０頭もの牛（１５年契約書①肉用牛）を飼育するためには、相応の人員、飼料等が必要となる。しかるに、①平成１５年５月１日以降、原告は、その所有する牛をＩに預託し、Ｉの従業員がその飼育に従事しているところ（前提事実(5)ア参照）、同日以前において、原告が牛の飼育のための使用人を雇用したり、外部に牛の飼育を預託したりした事実はない（乙１４、１５の１・２、１６の１・２）。②また、原告の飼料等の仕入金額は、平成１５年１月～４月には合計３７１万３１２１円（１月当たりの平均額９２万８２８０円）であったのが、同年５月～１２月には合計２億２５５２万６３７２円（１月当たりの平均額２８１９万０７９７円）と急増している（乙１７の２・３、１８、１９の１～６、２０の１・２）一方、Ｉの飼料等の仕入金額は、同年１月～４月には合計１億５４１４万６８５５円（１月当たりの平均額３８５３万６７１４円）であったのが、同年５月～１２月には合計１億０４５９万０１０７円（１月当たりの平均額１３０７万３７６３円）と大幅に減少している（乙２１の１・２、２２）。原告は、同年５月から人員及び飼料等の費用を負担しているものであって、このことも、１５年契約書①肉用牛について、原告が同月１日から自己の所有する牛として飼育を開始したことを裏付けるものである。
ｂ １６年分係争肉用牛の飼育開始日
①１６年契約書③等（乙４の２～５）では、Ｉは、原告に対し、１６年契約書③等肉用牛を各契約書記載の金額で売り渡し、各契約締結と同時にその所有権が原告に移転する旨が定められており（前提事実(6)）、②平成１５年分及び平成１６年分の本件各牛管理帳（乙６の２・３）や和牛仕入高勘定（乙１１の２・３）にも、各契約日に、原告がＩから牛を導入した旨が記載され、又は上記の各契約書記載の金額に相当する額が計上されている。③また、原告は、戊実査官に対し、平成１５年５月１日に売買契約が実行されたのはＩ所有の牛の一部についてであり、その後も立替金の返済が滞る状態が続いたため、更に４回の牛の売買契約を締結した旨述べている（乙２４）。④さらに、Ｉは、平成１６年８月まで自ら飼料等を仕入れており（乙２１の１・２、２２）、Ｉが原告に宛てた同月３０日付けの誓約書（乙２７）には、同日になるまでは、Ａ・Ｅ・Ｇ・Ｃの全牛舎にいる牛の一部はＩの牛であると読み取れる記載もある。
以上からすれば、１６年分係争肉用牛は、１６年契約③等に基づき、それぞれの契約締結日（別紙５の「飼育開始日」欄に記載された日）に、Ｉから原告に所有権が移転するとともに、原告が飼育を開始したものというべきである。
ｃ 小括
前記ａのとおり、原告が１５年分係争肉用牛の飼育を開始した日は、平成１５年５月１日であり、その飼育を終了した日（売却日）は、別表２のとおり同月２７日～同年６月２７日であるから、原告が１５年分係争肉用牛を飼育した期間は、いずれも２か月に満たない。また、前記ｂのとおり、原告が１６年分係争肉用牛の飼育を開始した日は、別紙５の「飼育開始日」欄に記載された日であり、その飼育を終了した日（売却日）は、同別紙の「飼育終了日」欄に記載された日（別紙６の「売却年月日」欄の日付と同一）であるから、原告が１６年分係争肉用牛を飼育した期間は、いずれも２か月に満たない。したがって、本件係争肉用牛は、いずれも２か月以上飼育要件を満たさない。
(イ) １０年公正証書の３条２項は担保のための条項であること
ａ 原告は、１０年公正証書の３条２項（前提事実(2)ウ(イ)）等を根拠として、原告がＩからの依頼を受けて導入した素牛については、導入代金が未払であり、原告に所有権が帰属している旨主張する。
ｂ しかし、１０年公正証書の１条には、平成６年１１月１日に「素牛の導入等に関する契約」を締結したと記載されているが、同日付けの契約書は見当たらず、原告自身、同契約書を作成したか否か記憶が定かでない（原告本人）上、上記契約が締結されたという日から公正証書作成まで約３年４か月が経過しているなど、１０年公正証書の記載事項や内容が真実か否かについては、慎重な検討を要する。
そして、本件各牛管理帳や総勘定元帳の「和牛仕入高〔４６１〕」勘定に、１０年公正証書の３条２項に基づき肉用牛を取得した旨の記載がないこと（乙６の１、１１の１）に加えて、①１４年公正証書の作成後に１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③が作成されていること、②１５年契約書①に貼付された付箋（乙４の１）及び乙２５には、平成１５年５月１日に１５年契約①を実行した旨の記載があり、原告は、戊実査官に対しても、これと同旨のことを述べている（乙２４）こと、③原告作成の平成１８年６月２１日付け書面（乙２６）にも、「牛の売買契約書は乙社長から私に『金はすぐ出来るから、金は来週は大丈夫だからすぐ払いますから、甲さん契約して、牛を押さえておいて下さい』と言う乙社長の話によって、売買契約書を締結したものです。」と記載されていること、④原告の帳簿書類等から検討すると、素牛の頭数、売却代金の管理等の点において、原告が、Ｉから委託を受けて導入した素牛と、原告自身の営む肉用牛の飼育事業用として導入した素牛を明確に区別していることが明らかであることからすれば、１０年公正証書の３条２項は、素牛代金の支払を担保する趣旨で設けられた条項であって、Ｉが素牛代金の支払をしないことをもって当然に素牛の所有権が原告に帰属することを確認・合意した条項でないことが明らかである。
(ウ) １４年公正証書に記載された代物弁済契約は、履行されていないか、その成立自体に疑問が持たれるものであること
ａ 原告は、ＫのＬ氏から、乙は危険な人だから公正証書にしておいた方がよいとアドバイスされ１４年公正証書を作成した旨供述する一方、その後、丙から、Ｉとの関係で乙４の１～５の各売買契約書（１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③）の作成を強く指導されたときには、「公正証書というのは、あらゆるものできくんだと思って…金庫さ、しまいぱなしにしておいた」、上記の公正証書以外に上記の各売買契約書を「ダブルでやった方が間違いない」と思い、公正証書のことを丙に話さなかった旨供述する。
しかし、原告が、上記の各売買契約書の作成に当たり、１４年公正証書の存在を丙に教示しなかったことや、公正証書が「あらゆるものにきく」と認識していながら、必要がないはずの上記の各売買契約書を作成したことについて、合理的な説明はされていない。また、原告は、丁税理士から、原告の帳簿の記帳に当たっては、関係する手持ちの資料を全て提示するよう日頃から指導され、これに従って資料を提示していた（甲３２、証人丁）にもかかわらず、１４年公正証書（甲３）及び１５年契約書②（甲８）に限っては提示しなかったことになるが、その理由についても合理的な説明は一切されていない。以上からすれば、１４年公正証書の作成経緯に関する原告の上記供述は、信用できない。
ｂ １４年公正証書に記載された代物弁済契約がそもそも成立していないか、仮に成立していたとしても履行されていないことは、前記(イ)ｂ①～④の事実、乙２８（Ｊ税理士法人作成の本件審査請求の手続における原告側の反論書）には、同公正証書に係る契約において牛と同様に代物弁済の対象とされている同公正証書別紙添付三記載の各土地について、同公正証書２条１項記載のとおりにＩへの立替金債権の代物弁済による取得したとの認識はない旨の記載があること（乙２８の２～３頁）や、次に述べる原告の帳簿の記帳状況等からも明らかである。
(a) 本件各牛管理帳（乙６の１～３）及び原告の勘定元帳の「和牛仕入高〔４６１〕」勘定（乙１１の１～３）には、原告主張の取得日（平成１４年３月２９日）にＩから肉用牛を取得した旨の記載はなく、むしろ本件各牛管理帳には、乙４の１～５に係る各売買契約（１５年契約①については、平成１５年５月１日の取得）により取得した旨が記帳されている（乙６の２・３）。
(b) 原告の主張によれば、平成１４年３月２９日以降は、Ｉが導入した肉用牛は全部原告が所有することになるはずであるが、同年４月１月～平成１５年４月３０日の間に、Ｉが導入した肉用牛２４１０頭が市場に販売されていながら（乙１３の別表１）、当該肉用牛の販売額は原告の補助元帳の「販売収入個人販売収入〔８１０－０３〕」勘定（乙５の１・２）に記帳されていない。
(c) 前記(ア)ａ(e)のとおり、原告が、平成１４年に、多数の肉用牛飼育のために使用人を雇用するなどした事実はなく、また、同年３月２９日以降、原告の飼料等の仕入額が大幅に増加したり、Ｉの飼料等の仕入額が大幅に減少したりとの事情も認められない。
(d) １４年公正証書の３条の内容（前提事実(3)エ）がそのとおり履行されているとすれば、原告において素牛の代金をＩに請求する権利も必要性もないはずであるが、原告は、平成１５年１月１６日～同年４月１９日の間、１３回にわたり、Ｉに対し、素牛代金を請求している（乙２９、４６の１～４、７５の１～２０）。
(e) 前記(ア)ａ(b)のとおり、平成１５年４月２７日までに出荷又は死亡した牛は、１５年契約①の対象となる牛から除かれている。
ｃ なお、原告は、乙刑事事件における「国」の主張と本件訴えにおける被告の主張に食違いがあるとして、１４年公正証書に記載された代物弁済契約がそもそも成立していないか、仮に成立していたとしても履行されていないとの主張が信義誠実の原則に反する旨主張する。
しかし、乙刑事事件と本件訴えでは、訴訟の対象も事実認定の基礎とすべき証拠関係も異なるところ、被告は、飽くまで、本件訴えにおける証拠関係の下で、原告に対する課税処分の当否につき、その内容の基礎となる原告の会計処理、ひいては、同会計処理から明らかである原告の認識を踏まえて、上記のように主張しているのであって、原告の上記主張には、理由がない。
(4) 租特法２５条２項の規定に従って原告の平成１５年分及び平成１６年分の総所得金額に係る所得税の額を計算することの可否（争点４）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 租特法２５条は、肉用牛の増産や流通の円滑化を趣旨とするものであるところ、２か月未満しか肉用牛の飼育をしていなかったとしても、その飼育それ自体は肉用牛の増産に資することであるから、かかる２か月未満の飼育に対しては、免税とまではいかないものの税につき一定の恩恵を与えることが、上記のような同条の趣旨に合致する。それゆえ、飼育期間が２か月未満の肉用牛についても同条２項の規定の適用があるようにするために、２か月以上飼育要件は、同条１項のいわゆる柱書の「免税対象飼育牛」との要件の中に読み込むべきである。
(イ) 昭和５６年通達（乙８の２）を見れば分かるとおり、課税実務では、本件各通達において定める２か月以上飼育要件を、租特法２５条１項のいわゆる柱書の「免税対象飼育牛」という要件の中に読み込んできたものであり、それだからこそ、２か月以上飼育要件によって同項の適用が排除された肉用牛については同条２項の適用があるとの運用がされてきたものである（甲３２の６頁第４及び別紙２、甲３８）。
２か月以上飼育要件を同条１項１号の「飼育した」との要件の中に読み込む解釈は、被告が本件訴えにおいて初めてした課税実務に反する主張である。前記(ア)のような同条の趣旨からすれば、上記要件は、「免税対象飼育牛」の要件の中に読み込むのが正しいというべきである。
(ウ) 以上のとおりであるから、仮に、争点１～３における原告の主張が採用されないとしても、原告の平成１５年分及び平成１６年分の総所得金額に係る所得税の額については、租特法２５条２項の規定に従ってこれを算定すべきである。
イ 被告の主張の要点
(ア) 租特法２５条２項は、同項の規定する特例を適用することのできる対象者、対象肉用牛、適用年分、売却方法等については、同条１項の規定を受けているのであって、同条２項の適用要件は、同条１項の適用要件と同じである。したがって、前記(1)イにおいて述べたところを前提とすれば、同項を適用する肉用牛についても２か月以上飼育要件が必要となることは明らかである。
(イ)ａ租特法２５条１項に規定する本件免税特例の対象となる肉用牛は、農業を営む当該個人が飼育した租特法２５条３項肉用牛で、①家畜改良増殖法３２条の２第１項の規定による農林水産大臣の承認を受けた同項に規定する登録規程に基づく政令で定める登録がされている肉用牛又は②売却価額が１００万円未満である肉用牛であるところ、租特法２５条１項は、上記①及び②の租特法２５条３項肉用牛を「免税対象飼育牛」としており、昭和５６年改正により同条１項に規定されることとなった「免税対象飼育牛」は、農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」に含有されるその一部にすぎない。また、前記(1)イ(ア)のとおり、昭和５６年改正は、農家の肉用牛の飼育形態が本件免税特例の本来の制度趣旨にそぐわない面があることから、同条の適用対象となる肉用牛に一定の制約を加えたものであって、昭和４２年改正により創設された制度の趣旨に変更はなく、その対象となる、農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」そのものを変更したものではない。
ｂ 昭和４３年通達（昭和４２年畜産局長照会）と昭和５６年通達（昭和５６年畜産局長照会）を比べると、両者の構成には、内容についての大きな変化はなく、昭和５６年改正に伴う文言の変更がされているのみである。
昭和５６年通達が前提としている昭和５６年畜産局長照会の「２免税対象飼育牛
について」の項目の記載は、措置法２５条１項で規定している肉用牛を前提としているものであり、同項に規定する本件免税特例の対象となる肉用牛は、農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」であることから、同項目は、農業を営む「当該個人が飼育した肉用牛」に関する記載であることが明らかである。また、同照会の前文の第１段落中の「本措置」との記載は、前後の記載内容からみて同条全体を示すものと解されること、同照会の標題が同条の見出しと一致していることからすれば、同照会は、同条全体の課税の特例を適用するに当たっての取扱いについてのものであり、①農業を営む者、②免税対象飼育牛の前提である（農業を営む）当該個人が飼育した肉用牛についての解釈等を記載したものであるというべきである。
ｃ なお、昭和５６年８月１１日付け５６畜Ａ第３３８０号農林水産省畜産局長通達（乙３１の１）の記載も、これまで述べたところを裏付けるものである。
(ウ) 以上からすれば、前記アのような原告の主張には、理由がない。
なお、そもそも原告は、①措置法２５条２項の課税の特例を受けようとする旨を１５年分申告書及び１６年分申告書に記載しておらず、②同項に規定する税額計算の明細書を処分行政庁（税務署長）に提出しておらず、同項の課税の特例を受けることはできない（同条４項）。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件係争肉用牛が本件免税特例の適用される肉用牛に該当するか否か（争点３）について
(1) 原告が本件係争肉用牛の所有及び飼育を始めた時期について
ア 前提事実、後掲の括弧内の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
(ア) 原告は、乙から、平成６年頃、黒毛和牛の預託事業を始めたとして協力を要請され、Ｉは、乙らによって平成７年２月に設立された。同社においては、その顧客に対し、預託契約金を支払うことにより、同社が所有する牛の中から同社が指定し、耳標を付して特定された牛の所有者となることができ、当該牛の飼育は同社が受託して行い、預託期間満了時には、顧客から同社が当該牛を買い取るものとし、その代金は、預託契約金に一定の率による売却利益の配当である「還元割当金」を加えた「満了金」になると説明しており、以上を「Ｍ」と称していた（甲９、２４、３３～３５）。しかし、同社には、その設立当初から、素牛の購入、飼育及び飼育した牛の販売を行うための部署等が存在しておらず（なお、同社は、牛を購入するのに必要な家畜商の免許を受けていなかった。）、これらの業務は、原告（Ｈ）がこれを行っており（ただし、素牛の導入代金、飼料代、牧場で働く従業員の給与等の諸経費はＩが支払うものとされていた。）、また、同社から原告に対しては、同社と上記「Ｍ」に係る顧客との間の個々の預託契約の内容は知らされず、原告がその独自の判断において素牛を仕入れていた（甲９、２４、３３、３４、原告本人）。
(イ) 前記(ア)のとおり、原告とＩの間においては、素牛の導入代金、飼料代、牧場で働く従業員の給与等の諸経費は同社が支払うものとされていたが、同社は、平成７、８年頃の素牛の導入代金は何度か支払ったものの、その後、上記諸経費の支払を全くしなくなり、原告が同社に代わって立替払をした素牛の導入及び飼育のための諸経費の総額は、平成１４年３月２９日の時点において６億円以上にのぼることとなった（甲３、７、９、２４、３３、３４、３６、証人丙、原告本人）。原告は、いわゆるえさ会社であるＫの元支店長である知人から、Ｉとの契約関係について公正証書を作成しておいた方がよいとの助言を受け、同社と共に公証人に嘱託して、１４年公正証書を作成することとした（原告本人）。
(ウ)ａＮ株式会社（以下「Ｎ」という。）は、原告の紹介により、平成８年９月から、Ｉに対し、飼料等を販売するようになった。その後、Ｉが債務不履行を繰り返したため、Ｎは、Ｉとの間で、平成９年１２月から平成１０年１０月にかけて、４回にわたり、債権保全を目的として、買戻し特約付きの牛の売買契約（ＮがＩに対する売掛金債権相当額で牛を買い取り、その代金債権と上記売掛金債権とを相殺処理するなどとするもの）を締結したが、その後もＩの債務不履行が続いたため、Ｎは、原告及びＩの同意を得た上で、平成１１年１０月頃、飼料等の売却先を原告に変更した（甲７、９、証人丙、原告本人）。
ｂ ＮにおけるＩ及び原告との取引の担当者であった丙は、Ｎに対する支払を誠実に行っていた原告が、その支払のために出荷に最適な時期に至らない牛を売却せざるを得ないなど飼育者としては苦しい状況にあると考え、原告においてＩに対する債権を保全することができるようになどという思いから、原告に対し、前記ａのＮとＩの間の売買契約の契約書等を参考にして作成した契約書のひな形を交付して、Ｉと売買契約書を取り交わすことを指導し、原告は、このような丙からの指導を受けて、Ｉとの間において、１５年契約書①～③及び１６年契約書①～③を取り交わした（甲７、９、３６、証人丙、原告本人）。丙が、１５年契約書①（乙４の１）が作成されていたにもかかわらず、１５年契約書②（甲８）を重ねて作成させたのは、１５年契約書①には飼育されていた素牛の一部の明細書しか添付されていなかったためであり、１５年契約書③及び１６年契約書①～③（乙４の２～５）を重ねて作成させたのは、原告とＩの間において、後日紛争が生じないようにという念のための措置であった（甲７、証人丙）。なお、原告は、以上のような指導を丙から受けた際には、丙に対し、既に１４年公正証書が作成されている旨の説明はしておらず、丙がそのことを知ったのは、平成１８年６月頃のことであった（甲７、９、証人丙、原告本人）。
イ(ア) 前提事実のとおり、①原告とＩの嘱託により作成された１０年公正証書には、原告とＩ（その発起人組合代表であった乙）が、平成６年１１月１日、Ｉは、㋐原告から素牛の導入の報告があり次第、代金を支払うものとするが、㋑素牛の代金全額の支払を終えるまでは、それが原告の牛であることを承認し、㋒Ｉにおいて素牛の代金の支払ができなくなった場合には、その牛につき、Ｉの同意なくして原告が売却その他一切の処分を行うことができることを承認するなどの約定の下、素牛の導入等に関する契約を締結した旨などが定められており（前提事実(2)）、②また、同じく原告とＩの嘱託により作成された１４年公正証書には、㋐Ｉは、原告に対し、平成１４年３月２９日、Ｉの原告に対する６億円の立替金債務に代えて、本件各牧場において肥育されている牛の全部（３２００頭）、本件各牧場（Ｂ牧場を除く。）の建物等の物件を原告に代物弁済し、その引渡しを終えたこと、㋑同日以降に買い入れられた素牛についても、上記㋐のとおり代物弁済として原告に給付された物件の中に含まれ、その所有権は、買入れの時点において原告に移転すること、㋒Ｉは、原告に対して上記㋐の債務全額を支払い、かつ、Ｉの名義をもって牧場経営に関する一切を自立して実施できるようになったときは、同公正証書に係る契約を解除し、前記㋐の所有権を回復することができる旨などが定められている（前提事実(3)）ところ、上記のような各公正証書の記載内容は、前記アにおいて述べた原告とＩの関係の実態とよく符合するものということができる。
(イ)ａ乙刑事事件に係る乙の検察官面前調書（甲３５～３７）には、①Ｉは、平成１４年３月に締結した１４年公正証書に係る契約（原告への代物弁済）により、牛も牛舎も全て失ってしまい、それ以降は、牛の導入・肥育・売却といった事業は一切していなかったこと、②平成１５年５月には、代物弁済により原告に譲渡した牛等を取り戻すことができなくなったこと（前提事実(3)カにおいて判示した同公正証書の５条の定めを念頭に置いた記載であると解される。）、③同公正証書が作成された後に原告とＩの間で取り交わされた１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③（甲３６の資料４～８）を見ると、Ｉ所有の牛をこれらの契約書に係る契約（１５年契約①及び③並びに１６年契約①～③）によって原告に売り渡したような内容となっているが、実際はそうではなく、そこで売り渡したようになっている牛は、１４年公正証書に係る契約によって甲所有となっていたものであったものであり、乙としては、当該牛が原告の所有であることは間違いがなく、何の損もなさそうであったので、原告に求められるまま契約書に押印したこと、④Ｉが原告に宛てた平成１６年８月３０日付けの誓約書（乙２７、甲３６の資料９）には、同日以降、牛が原告の所有であり、Ｉの牛がそれ以降いないなどと記載されているが、それは、１６年契約書③とつじつまを合わせただけであると思われることなどが記載されている。
ｂ そして、乙刑事事件判決の判示（甲２４、３４）や同事件における検察官の主張（甲３３）を見ても、同事件の公判において、乙が、Ｉがその所有する牛の所有権を原告に譲渡した時期に関する上記ａのような検察官面前調書の記載内容それ自体については、これを争ったような事情はうかがわれず、かえって、乙は、乙刑事事件の公判において、捜査段階では、検察官に対し、記憶に基づいて正確に話し、それを調書に記載してもらっており、自分は、その内容を見て、自己が述べたとおりに記載されているのを確認した上で、検察官面前調書に署名指印した旨述べていたものである（甲３３）。このような同事件の公判における乙の態度に加え、Ｉがその所有する牛の所有権を原告に譲渡した時期に関する上記ａ①～④のような検察官面前調書の記載は、同事件における公訴事実（罪となるべき事実。前提事実(1)ウ）との関係では、乙において、詐欺の故意を一部否認する根拠とすることも可能であると考えられる客観的資料の内容（例えば、１６年契約書③の記載に従えば、Ｉは、平成１６年８月３０日までは、少なくとも「Ｍ」に係る牛の一部は所有していたということになる。）が事実とは異なるとして、自己にとってより不利益となり得る事実（１４年公正証書の記載どおり、平成１４年３月２９日以降、Ｉが全ての牛の所有権を失ったこと）を認めたものであり、乙において、あえて自己に不利益な虚偽の事実を述べなければならなかったような事情も見当たらないことも併せ考慮すれば、上記ａ①～④のような乙の検察官面前調書の記載内容の信用性は、極めて高いものというべきである（なお、同刑事事件においては、検察官も、捜査段階における乙の供述内容の信用性は高い旨主張しており〔甲３３〕、乙刑事事件判決も、これに沿った事実を認定した上で、判断を下しているものである〔甲２４、３４〕。）。
(ウ) 争点３に関する原告の供述等（甲９、原告本人）の内容は、前記(イ)のような乙の検察官面前調書の内容や、１５年契約書①～③及び１６年契約書①～③（乙４の１～５、甲８）の作成経緯等について丙が述べるところ（甲７、証人丙）と整合するものということができる。また、原告において、１４年公正証書に係る契約日（平成１４年３月２９日）の直後である同年３月３１日付けで、牛の飼育に関する填補事業の窓口に対し、同事業に係る加入者（契約者）の名義をＩから原告に変更する旨を届け出ており、乙もこの手続をとることに協力していること（甲１６、１７）も、上記のような乙の検察官面前調書の内容及び原告の供述（甲９、原告本人）と整合するものである。
ウ(ア) この点、被告は、①１４年公正証書が作成された後に１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③が取り交わされていること、②１５年契約書①に貼付された付箋（乙４の１）及び乙２５には、平成１５年５月１日に１５年契約①を実行した旨の記載があり、原告は、戊実査官に対しても、これと同旨を述べている（乙２４）こと、③原告作成の平成１８年６月２１日付け書面（乙２６）にも、「牛の売買契約書は乙社長から私に『金はすぐ出来るから、金は来週は大丈夫だからすぐ払いますから、甲さん契約をして、牛を押さえておいて下さい』と言う乙社長の話によって、売買契約書を締結したものです。」と記載されていること、④原告の帳簿書類等を見ると、素牛の頭数、売却代金の管理等の点において、原告は、Ｉから委託を受けて導入した素牛と、原告自身の営む肉用牛の飼育事業用として導入した素牛を明確に区別しているものというべきであり、また、上記帳簿書類等には、原告において上記①に係る売買契約により１５年契約書①肉用牛又は１６年契約書③等肉用牛を取得したことを示す記載があること、⑤原告は、Ｉに対し、平成１５年１月１６日～同年４月１９日の間、１３回にわたり素牛代金を請求していること（乙２９、４６の１～４、７５の１～２０）、⑥乙２８（Ｊ税理士法人作成の本件審査請求の手続における原告側の反論書）には、同公正証書に係る契約において牛と同様に代物弁済の対象とされている同公正証書別紙添付三記載の各土地について、同公正証書２条１項記載のとおりにＩへの立替金債権の代物弁済により取得したとの認識はない旨の記載があることなどを根拠として、１４年公正証書に係る契約（代物弁済契約）は、履行されていないか、その成立自体に疑問が持たれるなどと主張する。しかし、以下に述べるとおり、これまで述べたところを前提に検討すると、このような被告の主張は、いずれも採用することができないものというべきである。
(イ) すなわち、前記(ア)①の点については、前記ア(ウ)のような１５年契約書①及び③並びに１６年契約書①～③の作成経緯、前記イ(イ)のような乙の検察官面前調書の内容と、これらの契約書の作成経緯についての原告の供述等（甲９、原告本人）を総合すれば、これらの契約書は、長年にわたり牛の飼育一筋に従事し、法律や会計についての十分な専門知識を有していない原告が、丙からの助言を受けたこともあり、１４年公正証書に係る契約（代物弁済契約）の内容を重ねて確認するための念書的なものとして、丙から受領した契約書のひな形をそのまま用いて、Ｉの代表者である乙に対しその作成を求め、乙においても、その作成によって特に不利益はないものと考えて、これに応じたにすぎないものと理解するのが相当であって（このことを前提とすれば、原告が、丙から上記各契約書の作成を指導された際に、同人に対し、１４年公正証書の存在等について話さなかったとしても、あながち不自然なものとはいえない。）、１４年公正証書に係る契約の成立や、その履行を否定する根拠となるものとはいい難い。
(ウ) 次に、前記(ア)②及び③の点につき検討すると、前記イ(イ)のような乙の検察官面前調書の内容及び原告の供述等（甲９、原告本人）に照らせば、㋐被告指摘の１５年契約書①に貼付された付箋（乙４の１）及び乙２５の各記載については、原告において、平成１５年５月１日をもってＩとは完全に手を切り、それ以降は１４年公正証書の５条の定め（前提事実(3)カ）に基づく素牛の取戻しを認めないこととしたという趣旨をいうものと見るのが相当であり、㋑乙２６の記載については、前記(イ)において述べたとおり、１４年公正証書に係る契約を前提として、念書的なものとして１５年契約書①等を作成した旨を述べたものと解するのが相当である（なお、乙２６については、原告は、本人尋問中で、Ｉの顧問弁護士に対して経緯を説明するために作成したものである旨述べている。）。㋒さらに、乙２４（実査官調査報告書）は、原告においてその記載内容を確認したものでも、その正確性を認める趣旨でこれに署名押印をしたようなものでもないことは、その形式上も、原告本人の供述からも明らかであって、乙の検察官面前調書の記載（前記イ(イ)）などを超える高い証拠価値を有するものとまでは評価することができないものといわざるを得ない。
(エ) 前記(ア)④の点については、前記イにおいて述べたところと、丁税理士の証言（甲３２、証人丁）及び原告の供述等（甲９、原告本人）を総合すると、㋐原告の帳簿書類等のうちＪ税理士法人の作成に係るものについては、丁税理士において、１４年公正証書の存在を知らないまま作成されたものと認めるのが相当であって（前記のとおり原告が法律や会計についての十分な専門知識を有していないというべきことなどに鑑みれば、原告において、丁税理士に対し、同公正証書を示すことを失念していたとしても、あながち不自然とはいえないというべきである。）、その記載をもって、１５年契約書①肉用牛及び１６年契約書③等肉用牛の所有関係を正確に反映したものであるものとはいえず、㋑また、原告の妻（本件全証拠によっても、同人が法律や会計の専門知識を有していたことは、何らうかがわれない。）の作成に係るものについては、乙からの債務の清算の意向の表明がなおあったことを踏まえ、そのような事情が生じた場合の保険関係の所要の手続に備えて、Ｉとの関係を最終的に解消することとするまで、Ｉ宛ての請求書を準備しておいた旨の原告の本人尋問における説明は、相応に首肯するに足りる合理性を有しており、原告のこのような考え方を前提に、原告の妻が関係する帳簿上の取扱いをしていたものであるとの見方も十分にできるものであって、Ｉにおいても、Ｍが存在するとの外形を保つために、原告との間で牛の飼育の委託関係が継続しているかのような処理をすることが可能な書面の授受等を望み、債務の清算の意向の表明もそのための一環としてされていたものとうかがわれること（甲３６、３７）からすれば、被告指摘の原告の帳簿書類等の記載は、いずれも、１５年契約書①肉用牛及び１６年契約書③等肉用牛の所有関係及び飼育の状況を確定する上で、決定的な証拠価値を有するものとまでは評価し難いものというべきである。
(オ) 前記(ア)⑤の点についても、前記イ及び(エ)において述べたところと原告の供述等（甲９、原告本人）を総合すると、原告において、Ｉが１４年公正証書の５条の定めに基づいて牛の所有権を取り戻す可能性があることを念頭において、同社に対する素牛代金の請求書を発行していたが、前記(ウ)のとおり、Ｉと完全に手を切り、上記の定めに基づく牛の所有権の取り戻しには応じないこととした後は、そのような請求書の発行を取りやめたものと見るのが相当であって、１４年公正証書に係る契約の成立や、その履行を否定する根拠となるものとはいい難い。
(カ) 前記(ア)⑥の点についても、乙２８は原告自身が作成したものではないことに加えて、被告指摘の乙２８の記載についての丁税理士の説明（証人丁。前記第２の６(3)ア(イ)ｂ(g)）に照らせば、上記記載をもって、１４年公正証書に係る契約の成立や、その履行を否定する決定的な根拠となるものとはいい難い。
エ(ア)ａ以上に述べたところ及び証拠（甲５の１～７７、６の１～５、７～９、１１、２４、３３～３７、乙４の１～５、証人丙、原告本人）を総合すれば、原告は、１４年公正証書に係る契約の定めに基づいて、①１５年契約書①肉用牛のうち原告が平成１５年５月６日～６月２７日の間に売却した肉用牛の一部である１５年分係争肉用牛に該当しないことが明らかな同年４月１９日に導入された５頭の素牛（乙４の１の一番最後に添付されている素牛導入明細書の「頭数」欄１０～１４に記載されているもの。これらのうち、個体識別番号
、、
及び
の４頭については、同年１１月に売却され
たものと認められ〔甲６の１・３～５〕、また、個体識別番号
の
素牛についても、原告において上記４頭と殊更異なる時期に売却しなければならなかったような事情は何らうかがわれないことに照らし、上記４頭と同様に同年１１月頃に売却されたものと推認するのが相当である。）を除くものについては、遅くとも平成１４年１２月２８日までに、②１６年分係争肉用牛については、別紙６の「取得年月日」欄にそれぞれ記載されている年月日に、それぞれその所有権を取得するとともに、その飼育を開始したものと認められる。
ｂ そして、①１５年分係争肉用牛は、前記ａ①の括弧内の肉用牛を除く１５年契約書①肉用牛のうち原告が平成１５年５月６日～６月２７日の間に売却した肉用牛の一部であること、②１６年分係争肉用牛が売却された年月日は、別紙５の「飼育終了日」欄及び別紙６の「売却年月日（争いなし）」欄に記載されているとおりであるから、本件係争肉用牛は、いずれも、２か月以上飼育要件を満たすものであると認められ、以上のような認定、判断を左右するに足りる証拠はない（これまでに認定したような本件係争肉用牛の所有関係及び飼育状況に照らせば、これらの肉用牛が、租特法２５条１項１号にいう「当該個人が飼育した肉用牛」に該当することは明らかであるものというべきである。）。
(イ) そして、これまで認定したところ、本件全証拠及び弁論の全趣旨に照らせば、本件係争肉用牛については、本件免税特例を適用するための他の要件も全て認められるものというべきである。
(ウ) したがって、争点１及び２について検討するまでもなく、本件係争肉用牛については、本件免税特例の適用があるものというべきである（そうすると、争点４についてもまた、判断する必要がないということになる。）。
２ 本件各処分の適法性について
(1) 原告の平成１５年分の所得税に係る総所得金額及び納付すべき税額について
ア 総所得金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額から(ウ)の金額を控除した金額である１３６９万９０９７円である。
(ア) 事業所得の金額は、当事者間に争いのない①営業等所得の金額１２９８万４０７８円及び②農業所得の金額３２１万６０７４円の合計額である１６２０万０１５２円である（前記１において述べたところからすれば、１５年係争肉用牛の売却については、いずれも本件免税特例の適用があるというべきであるから、被告主張の免税非適用農業所得〔別紙３「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」第１の１(1)ア(ア)ｃ〕は、認めることができない。）。
(イ) ①不動産所得の金額が０円であること、②雑所得の金額が２万０４００円であること、③総合長期譲渡所得の金額が５２万７４２２円であることは、いずれも当事者間に争いがない。
(ウ) 純損失等の繰越控除額が３０４万８８７７円であることは、当事者間に争いがない。
イ 所得控除の金額の合計額が２４８万６４１０円であることは、当事者間に争いがない。
ウ 課税総所得金額は、前記アの総所得金額１３６９万９０９７円から前記イの所得控除の金額の合計額２４８万６４１０円を控除した後の金額である１１２１万２０００円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。第３の２において以下同じ。）である。
エ 納付すべき税額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた後の金額である１８８万３６００円（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。第３の２において以下同じ。）である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額は、前記ウの課税される総所得金額１１２１万２０００円に所得税法８９条１項所定の税率（改正前負担軽減措置法４条の特例を適用したもの。第３の２において以下同じ。）を乗じて算出した金額である２１３万３６００円である。
(イ) 定率減税額が２５万００００円であることは、当事者間に争いがない。
(2) 原告の平成１６年分の所得税に係る総所得金額及び納付すべき税額について
ア 総所得金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である１２２１万２４９４円である。
(ア) 事業所得の金額は、当事者間に争いのない農業所得の金額である１２１９万６７９４円である（前記１において述べたところからすれば、１６年係争肉用牛の売却については、いずれも本件免税特例の適用があるというべきであるから、被告主張の免税非適用農業所得〔別紙３「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」第１の１(2)ア(ア)ｂ〕は、認めることができない。）。
(イ) ①不動産所得の金額が０円であること及び②雑所得の金額が１万５７００円であることは、いずれも当事者間に争いがない。
イ 所得控除の金額の合計額が２０７万３９９０円であることは、当事者間に争いがない。
ウ 課税総所得金額は、前記アの総所得金額１２２１万２４９４円から前記イの所得控除の額の合計額２０７万３９９０円を控除した後の金額である１０１３万８０００円である。
エ 納付すべき税額は、次の(ア)の金額から(イ)の各金額を差し引いた後の金額である２９万５４００円である。
(ア) 課税総所得金額に対する税額は、前記ウの課税される総所得金額１０１３万８０００円に所得税法８９条１項所定の税率を乗じて算出した金額である１８１万１４００円である。
(イ) ①定率減税額が２５万００００円であること、②予定納税額が１２６万６０００円であることは、いずれも当事者間に争いがない。
(3) 本件各処分の適法性について
ア 前記(1)及び(2)で述べたところからすれば、①１５年分更正処分のうち平成１７年５月１１日付け減額更正処分に係る総所得金額１３６９万９０９７円（別表１－１「本件更正処分等の経緯（平成１５年分）」の「減額更正」欄に対応する「総所得金額」欄〔順号①〕記載の金額）、納付すべき税額１８８万３６００円（同別表の「減額更正」欄に対応する「納付すべき税額」欄〔順号⑫〕記載の金額）を超える部分（別紙１「処分目録」記載１）及び②平成１６年更正処分のうち原告の確定申告に係る総所得金額１２２１万２４９４円（別表１－２「本件更正処分等の経緯（平成１６年分）」の「確定申告」欄に対応する「総所得金額」欄〔順号①〕記載の金額）、納付すべき税額２９万５４００円（同別表の「確定申告」欄に対応する「納付すべき税額」欄〔順号⑪〕記載の金額）を超える部分（別紙１「処分目録」記載３）は、いずれも違法なものであるというべきである。
イ また、前記アからすれば、本件各賦課決定処分（別紙１「処分目録」記載２及び４）もまた違法なものであるというべきである。
３ 結論
以上の次第であって、原告の各請求は、いずれも理由があるからこれらを認容することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
処分目録
１ 原告の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１３６９万９０９７円、納付すべき税額１８８万３６００円を超える部分
２ 原告の平成１５年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分
３ 原告の平成１６年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１２２１万２４９４円、納付すべき税額１５６万１４００円を超える部分
４ 原告の平成１６年分の所得税に係る過少申告加算税賦課決定処分
以上
（別紙２）
関係法令等の定め
１ 租特法の定め
(1) 租特法２５条１項は、農業（所得税法２条１項３５号に規定する事業をいう。以下同じ。）を営む個人が、昭和５６年から平成１７年までの各年において、租特法２５条１項各号に掲げる売却の方法により当該各号に定める肉用牛を売却した場合において、その売却した肉用牛が全て免税対象飼育牛（家畜改良増殖法３２条の２第１項の規定による農林水産大臣の承認を受けた同項に規定する登録規程に基づく政令で定める登録がされている肉用牛又はその売却価額が１００万円未満である肉用牛に該当するものをいう。以下同じ。）であるときは、当該個人のその売却をした日の属する年分のその売却により生じた事業所得に対する所得税を免除する旨を定めている。
ア １号家畜取引法２条３項に規定する家畜市場、中央卸売市場その他政令で定める市場において行う売却当該個人が飼育した肉用牛
イ ２号農業協同組合又は農業協同組合連合会のうち政令で定めるものに委託して行う売却当該個人が飼育した生産後１年未満の肉用牛
(2) 租特法２５条２項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）は、同条１項に規定する個人が、同項に規定する各年において、同項各号に掲げる売却の方法により当該各号に定める肉用牛を売却した場合において、その売却した肉用牛のうちに免税対象飼育牛に該当しないものが含まれているとき（その売却した肉用牛が全て免税対象飼育牛に該当しないものであるときを含む。）は、当該個人のその売却をした日の属する年分の総所得金額に係る所得税の額は、所得税法第２編第２章から第４章までの規定（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律〔以下「所得税等負担軽減措置法」という。〕４条及び５条の規定を含む。）により計算した所得税の額によらず、次に掲げる金額の合計額とすることができる旨を定めている。
ア １号その年において租特法２５条１項各号に掲げる売却の方法により売却した当該各号に定める肉用牛のうち免税対象飼育牛に該当しないものの売却価額の合計額に１００分の５を乗じて計算した金額
イ ２号その年において租特法２５条１項各号に掲げる売却の方法により売却した当該各号に定める肉用牛に係る事業所得の金額がないものとみなして計算した場合におけるその年分の総所得金額につき、所得税法第２編第２章第４節、第３章及び第４章の規定（所得税等負担軽減措置法４条及び５条の規定を含む。）により計算した所得税の額に相当する金額
(3) 租特法２５条３項（平成１６年法律第１４号による改正〔平成１６年４月１日施行〕前のもの。以下「改正前租特法２５条３項」という。）は、同条１項及び２項に規定する肉用牛とは、農業災害補償法１１１条１項（平成１５年法律第９１号による改正〔平成１６年４月１日施行〕前のもの。以下「改正前農業災害補償法１１１条１項」という。）に規定する肉用牛等（乳牛の雌のうち政令で定めるものを含み、牛の胎児を除く。）をいう旨を定めている。
なお、改正前農業災害補償法１１１条１項にいう肉用牛等とは、乳牛の雌及び種雄牛以外の牛並びに肉牛の胎児を指すものとされている。
(4) 現行の租特法２５条３項（改正前租特法２５条３項と特に区別することなく、単に以下「租特法２５条３項」ということもある。）は、同条１項及び２項に規定する肉用牛とは、農業災害補償法１１１条１項に規定する肉用牛等及び乳牛の雌等（政令で定めるものを除く。）をいう旨を定めている（改正前租特法２５条３項又は租特法２５条３項に定める租特法２５条１項及び２項に規定する肉用牛を総称して、以下「租特法２５条３項肉用牛」という。）。
なお、農業災害補償法１１１条１項にいう肉用牛等とは、乳牛の雌等（乳牛の雌及び農林水産省令で定める乳牛の子牛等）及び種雄牛以外の牛並びに乳牛以外の牛の胎児を指すものとされている。
(5) 租特法２５条４項は、同条１項又は２項の規定は、確定申告書に、これらの規定の適用を受けようとする旨及びこれらの規定に規定する事業所得の明細に関する事項の記載があり、かつ、これらの規定に規定する肉用牛の売却が同条１項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他財務省令で定める事項を証する書類の添付がある場合に限り適用する旨を定めている。
(6) 租特法２５条５項前段は、税務署長は、同条４項の記載又は添付がない確定申告書の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の証する書類の提出があった場合に限り、同条１項又は２項の規定を適用することができる旨を定めている。
(7) なお、昭和４２年法律第２４号による租特法の改正（以下「昭和４２年改正」という。）により創設された租特法２５条の２（以下「旧租特法２５条の２」という。乙７の１。昭和４７年法律第１４号による改正により２５条に繰り上げられた。）は、農業を営む個人が、その飼育した肉用牛（農業災害補償法１１１条１項〔当時施行のもの〕にいう肉用牛をいう。）を所定の期間内に所定の市場において売却した場合には、政令で定めるところにより、当該個人のその売却をした日の属する年分のその売却により生じた事業所得に対する所得税を免除する旨（１項）などを定めていた。
２ 所得税法の定め
所得税法２条１項３５号は、特別農業所得者とは、その年において農業所得（米、麦、たばこ、果実、野菜若しくは花の生産若しくは栽培又は養蚕に係る事業その他これに類するものとして政令で定める事業から生ずる所得をいう。以下同じ。）の金額が総所得金額の１０分の７に相当する金額を超え、かつ、その年の９月１日以後に生ずる農業所得の金額がその年中の農業所得の金額の１０分の７を超える者をいう旨を定めている。
３ 所得税法施行令の定め
所得税法施行令１２条は、所得税法２条１項３５号に規定する政令で定める事業は、次の(1)～(3)に掲げる事業とする旨を定めている。
(1) １号米、麦その他の穀物、馬鈴しょ、甘しょ、たばこ、野菜、花、種苗その他のほ場作物、果樹、樹園の生産物又は温室その他特殊施設を用いてする園芸作物の栽培を行う事業
(2) ２号繭又は蚕種の生産を行う事業
(3) ３号主として前記(1)及び(2)に規定する物の栽培又は生産をする者が兼営するわら工品その他これに類する物の生産、家畜、家きん、毛皮獣若しくは蜂（はち）の育成、肥育、採卵若しくはみつの採取又は酪農品の生産を行う事業
４ 通達の定め
(1) 昭和４３年１月２３日付け直審（所）５（例規）・直審（法）６国税庁長官通達「租税特別措置法第２５条の２および第６７条の３に規定する肉用牛の売却に係る所得の課税の特例に関する所得税および法人税の取扱いについて」（乙８の１。以下「昭和４３年通達」という。）の定め昭和４３年通達は、旧租特法２５条の２等に規定する課税の特例の取扱いについて、昭和４２年１２月９日付け４２畜Ａ第６８９５号農林省畜産局長照会（同通達の別紙２。以下「昭和４２年畜産局長照会」という。）に対して同照会のとおり取り扱うとの回答をした旨のものであるところ、同照会は、「２肉用牛の範囲について」との項目において、「肉用牛の飼養期間が極端に短かく、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得までを本措置の対象とする必要はないので、対象を一定期間以上飼養した肉用牛に限定して差支えないが、その期間は２ヶ月以上とすることとすること。」などとしている。
(2) 昭和５６年８月６日付け直所５－６・直法２－１０国税庁長官通達「租税特別措置法第２５条及び第６７条の３に規定する肉用牛の売却に係る所得の課税の特例に関する所得税及び法人税の取扱いについて」（乙８の２。以下「昭和５６年通達」といい、昭和４３年通達と併せて「本件各通達」という。）の定め
昭和５６年通達は、租特法２５条等に規定する課税の特例の取扱いについて、同年７月１日付け５６畜Ａ第３３８０号農林水産省畜産局長照会（同通達の別紙２。以下「昭和５６年畜産局長照会」という。）に対して同照会のとおり取り扱うとの回答をした旨のものであるところ、同照会は、「２免税対象飼育牛の範囲について」との項目において、「免税措置の対象となる肉用牛は、種雄牛及び子牛の生産の用に供された乳牛の雌以外の牛であって、売却価額が１００万円未満のもの又は政令で定める登録がなされているものとされている。」とした上で、「肉用牛の飼養期間が極端に短かく、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得までを本措置の対象とする必要はないので、対象を一定期間以上飼養した肉用牛に限定して差支えないが、その期間は２ヶ月以上とすることとする。」などとしている（本件各通達に定める飼育期間を２か月以上とする旨の要件を、以下「２か月以上飼育要件」という。）。
以上
（別紙３）
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本件において主張する原告の平成１５年分及び平成１６年分の各所得税に係る総所得金額及び納付すべき税額は、次のとおりである。
(1) １５年分更正処分
ア 総所得金額
８０３４万９３６３円
上記金額は、次の(ア)～(エ)の各金額の合計額から(オ)の金額を控除した金額である。
(ア) 事業所得の金額
８２８５万０４１８円
上記金額は、次のａ～ｃの各金額の合計額である。
ａ 営業等所得の金額
１２９８万４０７８円
上記金額は、原告が平成１５年分の所得税に係る確定申告書（乙２の１。以下「１５年分申告書」という。）に記載した営業等所得の金額と同額である。
ｂ 農業所得の金額
３２１万６０７４円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した農業所得の金額と同額である。
ｃ 免税非適用農業所得の金額
６６６５万０２６６円
上記金額は、次の(a)の金額から(b)の金額を差し引いた後の金額である。
(a) 収入金額
１億１６７５万６０２８円
上記金額は、原告とＩが締結した１５年契約①に基づき、原告が平成１５年５月１日にＩから取得した１５年契約①肉用牛２１９０頭（乙４の１に添付されている平成１４年１２月２８日付け素牛導入明細書〔甲５の７６と同じもの。〕の付箋の記載、乙６の２・１頁の５月１日の「入」欄の記載〔「相殺分」〕の頭数）のうち、原告における飼育期間が２か月未満であるため租特法２５条１項各号に規定する「当該個人が飼育した肉用牛」に該当せず（本件各通達参照）、同項に規定する課税の特例（平成１７年法律第２１号による同項の改正の前後を問わず、以下「本件免税特例」という。また、同条については、改正の前後を問わず、単に「租特法２５条」ということがある。）の適用がない平成１５年中に売却された肉用牛２６９頭（以下「１５年分係争肉用牛」という。）に係る売却金額である。
原告は、平成１５年５月１日から同年６月２９日までの間において合計４０１頭の肉用牛を売却しているところ（乙５の２・１頁及び２頁、乙６の２・１頁及び２頁）、当該肉用牛の個別の取得時期は不明であることから、４０１頭のうち１３２頭（同年１月１日現在の肉用牛の頭数である１５６頭から、同年４月３０日までの間に売却された２４頭を差し引いた頭数。乙６の２・１頁）については、原告が平成１４年１２月３１日以前に購入し、平成１５年４月３０日現在も引き続き保有していた肉用牛を売却したものとみなし、残りの２６９頭について、１５年契約①肉用牛の売却分と認められるものとして、１５年分係争肉用牛に係る売却金額を算出したものである（別表２参照）。
(b) 必要経費の金額
５０１０万５７６２円
上記金額は、次のⅰ～ⅳの各金額の合計額である。
ⅰ肉用牛仕入原価
２６９０万５８９３円
上記金額は、１５年契約①肉用牛の取得代金２億３０００万円（前提事実(4)ア）のうち、１５年分係争肉用牛の仕入原価となる金額であり、同取得代金を１５年契約①肉用牛の頭数である２１９０頭で除して算出した１頭当たりの単価１０万５０２３円に、１５年分係争肉用牛の頭数である２６９頭を乗じた上、いわゆる税抜金額とするために１．０５で除して算出したものである。
ⅱ飼料等仕入原価
３９０万６４４４円
上記金額は、原告の平成１５年分の飼料等仕入額２億２２５６万２３９４円（１５年分申告書〔乙２の１〕３枚目の「各所得の内訳書」の「Ｂ．各所得の経費配分」と題する表の「直接費、共通費合計」欄中の「農業」欄に対応する「飼料等仕入」欄に記載されている金額）に占める１５年分係争肉用牛の飼育に要した金額である（別表３及び別表４参照）。
ⅲ支払手数料
８０２万９９１９円
上記金額は、原告の平成１５年分の支払手数料５６１７万９２５６円（１５年分申告書〔乙２の１〕３枚目の「各所得の内訳書」の「Ｂ．各所得の経費配分」と題する表の「直接費、共通費合計」欄中の「農業」欄に対応する「支払手数料」欄に記載されている金額。以下「１５年分手数料」という。）を、原告の平成１５年分の肉用牛の総出荷頭数１８８２頭で除して算出した１頭当たりの単価２万９８５１円に、１５年分係争肉用牛の頭数である２６９頭を乗じて算出した金額である。
ⅳその他の経費
１１２６万３５０６円
上記金額は、１５年分手数料以外の原告の平成１５年分の農業に係る販売一般管理費のうち１５年分係争肉用牛の売却に対応する金額である（別表６－１参照）。
(イ) 不動産所得の金額
０円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した不動産所得の金額と同額である。
(ウ) 雑所得の金額
２万０４００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した雑所得の金額と同額である。
(エ) 総合長期譲渡所得の金額
５２万７４２２円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した総合長期譲渡所得の金額と同額である。
(オ) 純損失等の繰越控除額
３０４万８８７７円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した「本年分で差し引く繰越損失額」の金額と同額である。
イ 所得控除の金額の合計額
２４８万６４１０円
上記金額は、次の(ア)～(カ)の各金額の合計額である。
(ア) 医療費控除の金額
１２万７４１０円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した医療費控除の金額と同額である。
(イ) 社会保険料控除の金額
１５３万４０００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した社会保険料控除の金額９３万４０００円に、原告が平成１５年中に支払った農業者年金の保険料の金額６０万００００円を加えた金額である（乙１の１参照）。
(ウ) 生命保険料控除の金額
５万００００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した生命保険料控除の金額と同額である。
(エ) 損害保険料控除の金額
１万５０００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した損害保険料控除の金額と同額である。
(オ) 配偶者控除の金額
３８万００００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した配偶者控除の金額と同額である。
(カ) 基礎控除の金額
３８万００００円
上記金額は、原告が１５年分申告書に記載した基礎控除の金額と同額である。
ウ 課税される総所得金額
７７８６万２０００円
上記金額は、前記アの総所得金額８０３４万９３６３円から前記イの所得控除の金額の合計額２４８万６４１０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法〔以下「通則法」という。〕１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
エ 納付すべき税額
２６０６万８９００円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
(ア) 課税される総所得金額に対する税額
２６３１万８９４０円
上記金額は、前記ウの課税される総所得金額７７８６万２０００円に所得税法８９条１項（所得税等負担軽減措置法〔平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下「改正前負担軽減措置法」という。〕４条の特例を適用したもの。以下同じ。）を乗じて算出した金額である。
(イ) 定率減税額
２５万００００円
上記金額は、改正前負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(2) １６年分更正処分
ア 総所得金額
２億７６２８万４６６５円
上記金額は、次の(ア)～(ウ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得の金額
２億７６２６万８９６５円
上記金額は、次のａ及びｂの各金額の合計額である。
ａ 農業所得の金額
１２１９万６７９４円
上記金額は、原告が平成１６年分の所得税に係る確定申告書（以下「１６年分申告書」という。）に記載した農業所得の金額と同額である。
ｂ 免税非適用農業所得の金額
２億６４０７万２１７１円
上記金額は、次の(a)の金額から(b)の金額を差し引いた後の金額である。
(a) 収入金額
４億２０７５万５８５０円
上記金額は、原告とＩが前提事実(6)のとおり締結した１６年契約③等に基づき、原告が各契約日にＩから取得した１６年契約③等肉用牛合計１２４７頭のうち、原告における飼育期間が２か月未満であるため租特法２５条１項各号に規定する「当該個人が飼育した肉用牛」に該当せず（本件各通達参照）、本件免税特例の適用がない平成１６年中に売却された肉用牛８２８頭（その内訳は、別紙５「本件１６年分免税非適用肉用牛一覧」及び別紙６の各「個体識別番号」欄にそれぞれ記載されているとおり。以下「１６年分係争肉用牛」といい、１５年分係争肉用牛と併せて「本件係争肉用牛」という。）に係る売却金額である。
(b) 必要経費の金額
１億５６６８万３６７９円
上記金額は、次のⅰ～ⅴの各金額の合計額である。
ⅰ肉用牛仕入原価
８７６８万２３０９円
上記金額は、１６年契約③等肉用牛の取得代金の合計１億４４３４万２８８１円
（前提事実(6)ア(ア)～(エ)）のうち、１６年分係争肉用牛の仕入原価となる金額であり、各取得代金を各取得頭数で除して算出した１頭当たりの単価にそれぞれ本件免税特例の適用がない平成１６年中に売却された肉用牛の頭数を乗じた上、いわゆる税抜金額とするために１．０５で除して算出したものである（別表５参照）。
ⅱ飼料等仕入原価
８７４万０１５４円
上記金額は、原告の平成１６年分の飼料等仕入額４億０７８７万９２７５円（乙３の「経費」欄中の「飼料費」欄に記載されている金額）に占める１６年分係争肉用牛の飼育に要した金額である（別表３及び別表４参照）。
ⅲ支払手数料
２６９０万００６４円
上記金額は、原告の平成１６年分の支払手数料９２２６万５２２０円（乙３の「経費」欄中の「支払手数料」欄に記載されている金額。以下「１６年分手数料」という。）を、原告の平成１６年分の肉用牛の総出荷頭数２８４０頭で除して算出した１頭当たりの単価３万２４８８円に、１６年分係争肉用牛の頭数である８２８頭を乗じて算出した金額である。
ⅳその他の経費
３３０６万２１４１円
上記金額は、前記ⅰ～ⅲ以外の必要経費のうち１６年分係争肉用牛の売却に対応する金額である（別表６－２参照）。
ⅴ青色申告特別控除額
２９万９０１１円
上記金額は、事業所得に係る青色申告特別控除額３０万５８８５円（乙３の「青色申告特別控除額」欄に記載されている金額）のうち１６年分係争肉用牛の売却収入金額から控除すべき金額であり、同青色申告特別控除額３０万５８８５円から農業所得（前記ａ）の算出において控除された金額６８７４円を控除した金額である。
(イ) 不動産所得の金額
０円
上記金額は、原告が１６年分申告書に記載した不動産所得の金額と同額である。
(ウ) 雑所得の金額
１万５７００円
上記金額は、原告が１６年分申告書に記載した雑所得の金額と同額である。
イ 所得控除の金額の合計額
２０７万３９９０円
上記金額は、原告が１６年分申告書に記載した「所得から差し引かれる金額」の合計額と同額である。
ウ 課税される総所得金額
２億７４２１万００００円
上記金額は、前記アの総所得金額２億７６２８万４６６５円から前記イの所得控除の金額の合計額２０７万３９９０円を控除した後の金額である。
エ 納付すべき税額
９７４５万１７００円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の金額を差し引いた後の金額である。
(ア) 課税される総所得金額に対する税額
９８９６万７７００円
上記金額は、前記ウの課税される総所得金額２億７４２１万００００円に所得税法８９条１項所定の税率を乗じて算出した金額である。
(イ) 定率減税額
２５万００００円
上記金額は、改正前負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(ウ) 予定納税額
１２６万６０００円
上記金額は、原告の平成１６年分の所得税に係る第１期及び第２期の予定納税額の合計金額である。
２ 本件各更正処分の適法性
(1) 被告が本件において主張する、①原告の平成１５年分の所得税に係る総所得金額は８０３４万９３６３円（前記１(1)ア）、納付すべき税額は２６０６万８９００円（前記１(1)エ）であり、②原告の平成１６年分の所得税に係る総所得金額は２億７６２８万４６６５円（前記１(2)ア）、納付すべき税額は９７６５万１７００円（前記１(2)エ）である。
(2) これに対し、本件各更正処分における原告の総所得金額及び納付すべき税額は、別表１－１及び１－２の各「更正処分等」欄にそれぞれ対応する各「総所得金額」欄（別表１－１及び１－２の各「①」）及び「納付すべき税額」欄（別表１－１の「⑫」、別表１－２の「⑪」）のとおりであり、いずれも上記(1)の総所得金額及び納付すべき税額の範囲内である。したがって、本件各更正処分は、いずれも適法である。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
前記第１のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、所得金額等を過少に申告したことについて通則法６５条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）４項に規定する正当な理由があるとは認められない。
したがって、本件各更正処分により原告が新たに納付すべきことになった税額を基礎として、次のとおり過少申告加算税の額を計算してなされた本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
１ １５年分賦課決定処分に係る過少申告加算税
３００万３５００円
上記金額は、①通則法６５条１項の規定に基づき、１５年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２０７１万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）を基礎となる金額とし、これに１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２０７万１０００円に、②同法６５条２項の規定に基づき、上記更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２０７１万５８００円のうち期限内申告税額２０６万３６００円を超える部分に相当する金額１８６５万円を基礎となる金額とし、これに１００分の５の割合を乗じて算出した金額９３万２５００円を加算した金額である。
２ １６年分賦課決定処分に係る過少申告加算税
１４２４万７０００円
上記金額は、①通則法６５条１項の規定に基づき、１６年分更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９５５０万円を基礎となる金額とし、これに１００分の１０の割合を乗じて算出した金額９５５万００００円に、②同法６５条２項の規定に基づき、上記更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９５５０万６４００円のうち期限内申告税額１５６万１４００円を超える部分に相当する金額９３９４万円を基礎となる金額とし、これに１００分の５の割合を乗じて算出した金額４６９万７０００円を加算した金額である。
以上
（別紙４）
別紙３における被告の主張に対する原告の主張
１ 本件各更正処分の根拠（別紙３の第１の１）について
(1) １５年更正処分（別紙３の第１の１(1)）について
ア 総所得金額（別紙３の第１の１(1)ア）は、争う。
総所得金額は、次の(ア)及び(イ)に掲げた各金額（(ア)は原告主張額）の合計額から(ウ)の金額を控除した金額である１３６９万９０９７円である。
(ア) 事業所得の金額（別紙３の第１の１(1)ア(ア)）は、争う。
事業所得の金額は、次のａ～ｃの各金額（ｃは原告主張額）の合計額である１６２０万０１５２円である。
ａ 営業所得の金額が１２９８万４０７８円であること（別紙３の第１の１(1)ア(ア)ａ）は、争わない。
ｂ 農業所得の金額が３２１万６０７４円であること（別紙３の第１の１(1)ア(ア)ｂ）は、争わない。
ｃ 免税非適用農業所得の金額は、強く争う。
原告が平成１５年中にした肉用牛の売却は、全て租特法２５条１項が規定する本件免税特例の要件を具備しているから、この金額は０円である。
(イ) ①不動産所得の金額が０円であること（別紙３の第１の１(1)ア(イ)）、②雑所得の金額が２万０４００円であること（同(ウ)）、③総合長期譲渡所得の金額が５２万７４２２円であること（同(エ)）は、いずれも争わない。
(ウ) 純損失等の繰越控除額が３０４万８８７７円であること（別紙３の第１の１(1)ア(オ)）は、争わない。
イ 所得控除の金額の合計額が２４８万６４１０円であること（別紙３の第１の１(1)イ）は、争わない。
ウ 課税される総所得金額（別紙３の第１の１(1)ウ）は、争う。
課税される総所得金額は、前記アの総所得金額１３６９万９０９７円から前記イの所得控除の金額の合計額２４８万６４１０円を控除した後の金額である１１２１万２０００円（１０００円未満の端数金額は切捨て。）である。
エ 納付すべき税額（別紙３の第１の１(1)エ）は、争う。
納付すべき税額は、次の(ア)の金額（原告主張額）から(イ)の金額を差し引いた後の金額である１８８万３６００円（ただし、１００円未満の端数金額は切捨て。）である。
(ア) 課税される総所得金額に対する税額が２６３１万８９４０円であること（別紙３の第１の１(1)エ(ア)）は、争う。
課税される総所得金額に対する税額は、前記ウの課税される総所得金額１１２１万２０００円に所得税法８９条１項所定の税率（改正前負担軽減措置法４条の特例を適用したもの。）を乗じて算出した金額である２１３万３６００円である。
(イ) 定率減税額が２５万００００円であること（別紙３の第１の１(1)エ(イ)）は、争わない。
(2) １６年更正処分（別紙３の第１の１(2)）について
ア 総所得金額（別紙３の第１の１(2)ア）は、争う。
総所得金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額（(ア)は原告主張額）の合計額である１２２１万２４９４円である。
(ア) 事業所得の金額（別紙３の第１の１(2)ア(ア)）は、争う。
事業所得の金額は、次のａ及びｂ（ｂは原告主張額）の合計額である１２１９万６７９４円である。
ａ 農業所得の金額が１２１９万６７９４円であること（別紙３の第１の１(2)ア(ア)ａ）は、争わない。
ｂ 免税非適用農業所得金額（別紙３の第１の１(2)ア(ア)ｂ）は、強く争う。
原告が平成１６年中にした肉用牛の売却は、全て租特法２５条１項が規定する本件免税特例の要件を具備しているから、この金額は０円である。
(イ) ①不動産所得の金額が０円であること（別紙３の第１の１(2)ア(イ)）及び②雑所得の金額が１万５７００円であること（同(ウ)）は、いずれも争わない。
イ 所得控除の金額の合計額が２０７万３９９０円であること（別紙３の第１の１(2)イ）は、争わない。
ウ 課税される総所得金額（別紙３の第１の１(2)ウ）は、争う。
課税される総所得金額は、前記アの総所得金額１２２１万２４９４円から前記イの所得控除の金額の合計額２０７万３９９０円を控除した後の金額である１０１３万８０００円（１０００円未満の端数金額は切捨て。）である。
エ 納付すべき税額（別紙３の第１の１(2)エ）は、争う。
納付すべき税額は、次の(ア)の金額（原告主張額）から(イ)及び(ウ)の金額を差し引いた後の金額である２９万５４００円（１００円未満の端数金額は切捨て。）である。
(ア) 課税される総所得金額に対する税額（別紙３の第１の１(2)エ(ア)）は、争う。
課税される総所得金額に対する税額は、前記ウの課税される総所得金額１０１３万８０００円に所得税法８９条１項所定の税額（改正前負担軽減措置法４条の特例を適用したもの。）を乗じて算出した金額１８１万１４００円である。
(イ) ①定率減税額が２５万００００円であること（別紙３の第１の１(2)エ(イ)）及び②予定納税額が１２６万６０００円であること（同(ウ)）は、いずれも争わない。
２ 本件各更正処分の適法性（別紙３の第１の２）について
争う。
以上
別表５・６及び別表２～６－２省略
別表１－１
本件更正処分等の経緯（平成１５年分）
（単位：円）
確定申告
更正の請求
減額更正
更正処分等
審査請求
審査裁決
平成16年3月11日
平成17年3月10日
平成17年5月11日
平成19年2月14日
平成19年4月13日
平成20年4月1日
総所得金
額①
13,699,097
13,699,097
13,699,097
70,971,838
13,699,097
事業所得の金額②
16,200,152
16,200,152
16,200,152
73,472,893
16,200,152
不動産所得の金額③
雑所得の金
額④
20,400
20,400
20,400
20,400
20,400
総合長期譲渡所得の金額⑤
527,422
527,422
527,422
527,422
527,422
内訳
純損失の繰越控除額⑥
3,048,877
3,048,877
3,048,877
3,048,877
3,048,877
所得控除の額の合計額⑦
1,886,410
2,486,410
2,486,410
2,486,410
2,486,410
課税される総所得金額⑧
11,812,000
11,212,000
11,212,000
68,485,000
11,212,000
課税される総所得金額
に対する税
額⑨
2,313,600
2,133,600
2,133,600
22,849,450
2,133,600
定率減税
額⑩
250,000
250,000
250,000
250,000
250,000
申告納税
額⑪
2,063,600
1,883,600
1,883,600
22,599,400
1,883,600
納付すべき税
額⑫
2,063,600
1,883,600
1,883,600
22,599,400
1,883,600
過少申告加算税の額⑬
－－－
3,003,500
棄却
別表１－２
本件更正処分等の経緯（平成１６年分）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
審査請求
審査裁決
平成17年3月10日
平成19年2月14日
平成19年4月13日
平成20年4月1日
総所得金
額①
12,212,494
271,825,640
12,212,494
事業所得の金額②
12,196,794
271,809,940
12,196,794
不動産所得の金額③
内訳
雑所得の金
額④
15,700
15,700
15,700
所得控除の額の合計額⑤
2,073,990
2,073,990
2,073,990
課税される総所得金額⑥
10,138,000
269,751,000
10,138,000
課税される総所得金
額に対する税
額⑦
1,811,400
97,317,870
1,811,400
定率減税
額⑧
250,000
250,000
250,000
申告納税
額⑨
1,561,400
97,067,800
1,561,400
予定納税
額⑩
1,266,000
1,266,000
1,266,000
納付すべき税
額⑪
295,400
95,801,800
295,400
過少申告加算税の額⑫
－
14,247,000
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11943.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。