税務訴訟資料第２６２号－１００（順号１１９５０）
東京地方裁判所平成●●年(○○)第●●号更正の請求拒否通知処分取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
平成２４年５月１１日棄却・控訴
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
金丸和弘
大石篤史
小島義博
小山浩
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
麹町税務署長
霜山明夫
被告指定代理人
森本利佳
奥田芳彦
村上広行
藁谷貴弘
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
麹町税務署長が原告に対し平成２１年４月１３日付けでした、原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税に係る更正の請求については更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要等
不動産の売買等を目的とする株式会社である原告は、横浜市西区Ｂ地区（以下「Ｂ地区」という。）に多数の土地を所有していたが、それらの土地の一部（後記するＣとＤ。以下、これらの各土地を併せて「本件土地」という。）について、固定資産から棚卸資産である販売用不動産に振り替える会計処理をした上で、売却した。
本件は、本件土地の上記の譲渡について、特定の資産の買換えの場合の課税の特例を定めた租税特別措置法（平成１９年法律第６号附則１条１４号に係る改正前のもの。以下「措置法」という。）６５条の７第１項の規定（この規定又はこの規定が定める制度を、改正の前後を問わず、以下「本件特例」という。）の適用の有無が争われている事案であり、原告は、本件事業年度の法人税につき、本件特例の適用があることを前提として、いわゆる圧縮損１７７億３２４７万０３３２円を損金の額に算入する一方で、その適用がないとした場合の調整額としてこれと同額を益金の額に算入する内容の確定申告をした後に、上記の調整額は益金の額に算入すべきものではなかったとして更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたところ、麹町税務署長から、本件土地はその各譲渡の時点でいずれも棚卸資産であったので、本件土地の譲渡に本件特例の適用はないとして、更正をすべき理由がない旨の通知（本件通知処分）を受けたため、その取消しを求めている。
１ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」に記載したとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告
原告は、不動産の所有、管理及び貸借、不動産の売買、仲介及び鑑定等を目的とする株式会社である。
(2) 本件土地の譲渡に至る経緯等
ア Ｂ地区の土地の取得
(ア) 原告は、昭和５８年３月、Ｅ株式会社から、Ｂ地区に所在する約２０万平方メートルの土地を代金４８６億４２７０万円で購入した。
(イ) Ｂ地区においては、昭和５８年以降、Ｆ公団（当時）を事業の主体とする土地区画整理事業等が行われており、原告は、その所有する土地について、昭和６３年４月、Ｂ地区の８箇所の街区（２４、２５、３３、３４、３８ないし４０及び４７。以下、これらの街区については、「Ｃ街区」のようにいう。）内の土地の全部又は一部を土地区画整理事業における仮換地として指定された。
(ウ) 原告は、前記(イ)の仮換地の指定の前後において、Ｂ地区の土地に賃貸用建物を建設して、賃料収入を得ることで投資の回収を図る旨の計画（この計画を、以下「当初の計画」ということがある。）を有しており、昭和６３年５月、前記(イ)で取得した土地の全てを有形固定資産として計上する会計処理をした。
(エ) なお、本件土地は、その一部が建設業者向けの資材置場等の貸地として利用されていたが、後記する本件ビル及び本件マンションの建設が始まるまで更地のままであった。
イ Ｃ街区の土地の譲渡
(ア) 原告は、いわゆるバブル崩壊による地価の値下がりに伴う賃料相場の下落によって原告の業績が下降したことを理由の一つとして、当初の計画を変更してＣ街区の土地を第三者に売却することとし、平成１０年３月３１日、Ｃ街区の土地を有形固定資産から棚卸資産である販売用不動産に振り替える会計処理をした。
(イ) 原告は、平成１０年９月、Ｇ株式会社（当時）に対し、Ｃ街区の土地の一部を更地のまま譲渡（以下、この譲渡を「第１回譲渡」という。）をし、平成１１年６月２９日、麹町税務署長に対し、第１回譲渡につき本件特例を適用した内容の平成１１年３月期（平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度をいい、他の事業年度についても同様にいう。）の法人税の確定申告書（以下、この申告書による確定申告を「第１回譲渡に係る確定申告」という。）を提出した。
これに対し、麹町税務署長は、平成１１年３月期の法人税につき平成１１年１１月から平成１２年３月にかけていわゆる税務調査をしたが、通則法２４条に規定する更正をしなかった。
(ウ) 原告は、前記(イ)の第１回譲渡の後、Ｃ街区の残りの土地（以下「Ｃ」という。）についても、更地のまま譲渡すべく販売・営業活動をしていたが、バブル崩壊後の景気の低迷等のため売却交渉は難航し、平成１７年６月３０日、Ｃにオフィス及び商業用ビル（以下「本件ビル」という。）を建設しテナントを入居させた上で売却する旨の方針を決定し、本件ビルを建設した上で、平成２０年２月２９日、Ｈ投資法人との間で、Ｃ及び本件ビルを譲渡する旨の契約を締結し、同年３月２４日、これらを同法人に引き渡した。
ウ Ｄ街区の土地の譲渡
(ア) 原告は、Ｄ街区の土地についても、前記イ(ア)に述べた理由等から、固定資産に計上されている未稼働のビル事業用地等について用途方針を検証し、Ｄ街区の土地に今後ビルを建設する予定がないことから、当初の計画を変更して、Ｄ街区の土地にマンション等を建設して第三者に売却することとし、平成１４年３月２９日、Ｄ街区の土地を有形固定資産から棚卸資産である販売用不動産に振り替える会計処理をした。
(イ) 原告は、平成１６年３月、Ｄ街区の土地に２棟の分譲マンションを建設する計画を策定し、平成１９年２月、１棟目の分譲マンションを建設し、これを購入者に引き渡した。
(ウ) 原告は、Ｄ街区のうち前記(イ)の分譲マンションに係る部分の残りの土地（以下「Ｄ」という。）に２棟目の分譲マンション（以下「本件マンション」という。）を建設し、本件事業年度中にこれを購入者に引き渡した。
(3) 本件通知処分等の経緯
ア 原告は、本件事業年度の法人税につき、あらかじめ東京国税局に対して第１回譲渡に係る本件特例の適用についての取扱いを踏まえて確認をした際の回答の内容を受けて、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、本件土地の譲渡につき本件特例の適用があることを前提として圧縮損１７７億３２４７万０３３２円を損金の額に算入する一方で、その適用がないとした場合の調整額としてこれと同額を益金の額に算入する等した内容の確定申告（以下「本件確定申告」といい、この確定申告において原告が平成２０年６月３０日に麹町税務署長に提出した確定申告書〔甲２〕を「本件確定申告書」という。）をした。その後、原告は、本件土地の譲渡につき本件特例の適用があるとの前提の下に、通則法２３条１項１号に基づき、同別表の「更正の請求」欄記載のとおり本件更正請求をし、これに対し、麹町税務署長は、同別表の「通知処分」欄記載のとおり本件通知処分をした。
イ その後の本件通知処分についての審査請求、麹町税務署長が原告に対して平成２２年３月３１日付けでした本件事業年度の法人税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに審査裁決の経緯は、別表１の「審査請求」欄、「更正処分」欄及び「審査請求裁決」欄に、それぞれ記載されているとおりである。
(4) 本件訴えの提起
原告は、平成２２年１１月３０日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 被告が主張する原告の本件事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき税額等原告の本件事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき税額に係る被告の主張は、後記４に掲げるほか、別紙２「本件更正処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
４ 争点及びこれに関する当事者の主張
本件の争点は、その各譲渡の時点でいずれも棚卸資産であった本件土地の譲渡に本件特例の適用があるか否かであり、具体的には、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義が争われているところ、これに関する当事者の主張の要点は、以下のとおりである。
（原告の主張の要点）
(1) 本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義の解釈に当たっては、いわゆる二重利得法の考え方が妥当すること
以下のアないしカに述べるところからすれば、本件特例にはいわゆる二重利得法の考え方が妥当するから、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義については、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解釈すべきである。
ア 二重利得法が正当な解釈として受け入れられていること
不動産業者が長期間固定資産として保有していた土地を、販売を目的として宅地造成等の加工を加えて棚卸資産に転化した上で譲渡した事案において、当該譲渡によって発生する譲渡益について、最高裁判所は、譲渡益の中に固定資産として所有されていた期間の増加益（キャピタル・ゲイン）が含まれており、当該増加益（キャピタル・ゲイン）については、その性質に応じて譲渡所得として課税すべき（このように、ある譲渡益について、固定資産の譲渡による譲渡所得と棚卸資産の譲渡による事業所得とに二分して課税する考え方を、以下「二重利得法」という。）とし、所得税法３３条の解釈として、二重利得法が妥当することを認めた（最高裁平成●●年(○○)第●●号同８年１０月１７日第一小法廷判決・税務訴訟資料２２１号８５頁参照。以下、この判決を「本件最高裁判決」という。）。
二重利得法は、有力な租税法学説として受け入れられていたところ、上記のとおり本件最高裁判決においても明確に採用されたものであって、極めて正当な解釈となっている。
イ 本件最高裁判決における二重利得法の考え方は本件特例の解釈にもその射程が及ぶこと本件最高裁判決の採用した二重利得法の考え方は、所得税法の領域に限定されるものではなく、法人税法の領域でも妥当する。
すなわち、本件最高裁判決の理解として、土地等の譲渡益の中には、潜在的に固定資産の時に生じた増加益が含まれているとの事実認定に関する部分は、所得税法とは無関係であり、法人税法の領域においても妥当することは当然である。
よって、所得税法に限らず、税法が固定資産の増加益に対する課税と棚卸資産の増加益に対する課税とを区別している場合には、当該税法においても、それらの各増加益を区分して、当該税法を適用すべきことになる。
本件特例の適用については、まさに二重利得法の考え方が妥当するということができ、このことは、所得税法３３条の特例であって二重利得法が適用されることが明らかな措置法３７条と本件特例の趣旨が同じであることからも明らかといえる。
ウ 本件特例に二重利得法が妥当しないとすることはその立法趣旨と矛盾するものであり、二重利得法の考え方により本件特例を解釈することがその政策目的の実現を達成するものであること
(ア) 本件特例は、昭和３８年度の税制改正によって導入された制度であるが、その立案担当者の指摘（甲２１参照）からも明らかなとおり、本件特例は、その創設当時から、被告が指摘する再生産規模の縮小の防止のみならず、遊休資産が他に譲渡されることにより当該資産が有効に活用されることを含む土地の有効利用を図るため、他の資産を取得し、それを事業の用に供することを条件として、土地を含む事業用資産の譲渡によるキャピタル・ゲインに対する税負担を大幅に軽減することによって、資産の凍結効果を緩和し、もって資産の譲渡を促進し、経済活動の活性化と国民経済の発展を図ることをも目的としていた（甲２０の乙東京大学名誉教授の法律意見書参照）。
そして、本件特例については、数次にわたる改正がされているところ、そのうち昭和４４年度の税制改正による改正においては、それまでの本件特例が廃止されて改めて本件特例が創設されるに至り、土地の有効利用の促進や土地取引の活性化といった土地政策又は国土政策が本件特例の趣旨・目的としてより一層強く打ち出されたものであって、平成３年度の税制改正で一旦廃止された後、平成６年度の税制改正で経済対策の一環として復活し、その後の平成１０年度の税制改正では、土地税制の大幅な緩和に伴って、上記のような観点から内容が現行のように拡充され、適用の要件が緩和されたものである。
このように、本件特例は、遊休資産を含む事業用資産について生じたキャピタル・ゲインに対する税負担を大幅に軽減する（繰り延べる）ことで、課税の持つ資産の凍結効果を緩和ないし軽減することをもって、資産の買換えを促進することにより、土地の有効利用の促進や土地取引の活性化を図ることを目的とするものである。
(イ) そして、本件特例に二重利得法が妥当しないとすることは、直ちに販売可能な固定資産についてのみ本件特例が適用されることを意味し、販売困難と見込まれるような固定資産については、そもそも棚卸資産に転化すること自体が阻害されることを意味することになるのであって、かかる結果は、本件特例の立法趣旨と正面から矛盾するものである。
むしろ、二重利得法の考え方によって、本件特例にいう「棚卸資産を除く」との部分を「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解釈することにより、①課税繰延べの技術を用いて、当面の税負担を大幅に減少させることができ、課税の持つ凍結効果を大幅に軽減ないし緩和し、資産の譲渡と代替資産の取得を刺激・奨励することとなる、②現状のままでは譲渡の困難な事業用土地を棚卸資産に転換し、開発・造成等を加えて譲渡するインセンティブとして強く働き、土地の供給の促進と土地取引の活性化という政策目的の実現に役立つ、③所有目的を販売目的に変更したものの、地価の下落等の状況の下で売り惜しんでいた棚卸資産としての土地についても、より有望な資産に買い換えるインセンティブが働くといったことが期待でき、二重利得法の考え方は、本件特例の政策目的の実現に役立ち、制度の趣旨・目的に適合するものということができる。
(ウ) なお、租税法規の解釈は、原則として文理解釈によるべきであるが、文理解釈によって規定の意味内容を明らかにすることが困難な場合や、文理解釈による帰結が明らかに不合理である等の場合には、趣旨解釈をする必要がある。特に、一定の政策目的を実現するために、公平負担の原則を多少とも犠牲にして、特定の納税者グループあるいは特定種類の取引を優遇することを内容とする租税特別措置においては、原則として文理解釈によるべきではあるものの、できるだけその規定の政策目的の実現に役立つような解釈をすることが求められる。
そして、仮に文理解釈から二重利得法による解釈を導き出すことが困難であるとしても、被告の主張する解釈によると、本件特例の趣旨・目的に適合しない明らかに不合理な結果が生じることになり、そのような帰結を導く立法がされたとは考えられない。
したがって、仮に文理解釈から二重利得法による解釈を導き出すことが困難であるとしても、本件特例の趣旨解釈として、合理的な帰結を導くことのできる二重利得法の考え方による解釈が採用されるべきである。
エ 被告も、所得の発生の源泉により、課税関係を決するという考え方を採っていたこと原告は、平成１２年３月、Ｃを譲渡した場合の本件特例の適用に関して東京国税局調査第一部調査審理課（以下「調査審理課」という。）に事前に照会をし、同課から、担当の調査官を通じて、本件特例の適用の有無につき「発生した譲渡益の源泉が固定資産・棚卸資産のいずれの状態で発生したか、に着目している。」旨の回答を得た（甲６、１８及び１９参照）。
このように、被告は、上記の時点では、本件訴えにおける原告の主張と同一の見解を示していたのであって、このことも、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義に係る原告の主張が正当なものであることを示すものといえる（なお、被告は、本件通知処分において見解を変更したが、変更した合理的根拠を提示できていない。）。
また、前提事実２(2)イ(イ)のとおり、原告は、第１回譲渡（平成１０年９月のＣ街区の土地の一部の譲渡）について本件特例の適用があることを前提とした内容での第１回譲渡に係る確定申告をしたが、これに対し、いわゆる税務当局は、税務調査をしたにもかかわらず、何ら問題を指摘していなかったものであり、このことも、被告が二重利得法の考え方を採用していたことを裏付けるものである。
オ 二重利得法の考え方による本件特例の解釈は文理解釈として十分に成り立つものであること
ある土地が棚卸資産か固定資産かは、販売目的で所有しているか否かにより決まるため、保有期間中における所有目的の変更により、当初は固定資産であった土地が、ある時点以降は棚卸資産に転化するという事態が生じ得る。
このように所有目的が変更された土地をその取得時から譲渡時までの期間を通じてみると「固定資産でもあり棚卸資産でもあった資産」であるということができるところ、このような土地が、本件特例にいう「棚卸資産を除く」における「棚卸資産」に当たるか否かは、必ずしも文言上一義的に明確とはいえない。本件特例は、単に「棚卸資産を除く」と規定するのみで、その該当性を譲渡時の所有目的に従って判断するのか、あるいは保有期間中の所有目的に従って判断するのかを明記しておらず、文理上はいずれの解釈も成り立ち得る。
そして、二重利得法の考え方は、後者の解釈に立ち、本件特例にいう「棚卸資産を除く」について、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解釈すべきであるとするものであり（甲２０参照）、かかる解釈が文理解釈として十分に成り立ち得ることは、本件最高裁判決のほか、二重利得法の考え方による解釈が是認されている措置法３７条１項と本件特例とが共通する文言を用いていることによっても裏付けられるところである。
カ 二重利得法の考え方は所得の性質に適合した課税を実現できる合理的な解釈であること以上に述べたとおり、二重利得法の考え方は本件特例の文理解釈として十分に成立するものであり、かつ、本件特例の趣旨・目的に適合するものであるが、さらに、二重利得法の考え方による本件特例の解釈は、所得の性質に適合した課税を実現できる点においても合理的な解釈といえる。
すなわち、キャピタル・ゲインは、所有者の意思によらない外部的条件の変化に起因する資産価値の増加益であり、他方、棚卸資産の売却による営業利益は、納税者の営業活動等の人的努力と活動に起因する価値の増加益であって、法人税法が原則としてキャピタル・ゲインと営業利益を区別することなく課税しているとしても、上記のとおり、両者は所得の性質としては全く異なるものである。
そして、本件のように、当初は固定資産として所有した後、所有目的を販売目的に変更して棚卸資産に転化させた上で譲渡した場合、この譲渡益には、「固定資産の増加益」と「棚卸資産の増加益」の２種類の所得が含まれており、前者はまさにキャピタル・ゲインであり、後者は営業利益であって、それらは全く性質の異なる所得である。この２種類の所得は、所有目的の変更を境目にして明確に区別でき、しかも、「固定資産の増加益」は、資産が棚卸資産として譲渡された事実によってその性質が変更されることもない。
そこで、法人税法においても、所得税と同様に２つの種類の所得に対して異なる取扱いを定めている場合には、それぞれの性質に適合した課税を実現することが合理的であり、これに着目した課税理論である二重利得法は極めて合理的であるということができる（なお、本件においては、本件土地が棚卸資産に転化した時点から譲渡の時点までに地価が下落しているが、この場合は、譲渡益全額が固定資産の増加益となり、課税上も、譲渡益全額が固定資産の増加益であることを前提とした取扱いがされることになる。）。
(2) 被告の主張について
被告は、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義の解釈に当たって、二重利得法が妥当するとは認められない旨を主張するが、前記(1)で述べたところのほか、以下のアないしオに述べるとおりであって、理由がない。
なお、甲２０の乙東京大学名誉教授の法律意見書においては、二重利得法の考え方による解釈について、「買換特例規定の拡大解釈ではなく、規定の文理及び趣旨・目的に適合した合理的解釈である」、「取引の実体と規定の趣旨・目的に最もよく適合したオーソドックスな解釈論」であり「現行法の文理解釈ないし趣旨解釈によって導きだされる合理的で妥当な解釈であって、買換特例の拡大解釈ではない」と述べられているところである。
ア 本件通達２について
被告は、原告が争ってもいない本件通達２を本件特例の解釈として正当であるとした上で、本件土地について同通達の規定する事情が認められないことをもって、本件土地の譲渡に本件特例の適用がない旨を主張する。
しかし、本件特例が適用される範囲が本件通達２に限られる根拠は一切示されていないし、そもそも通達は租税法の法源でもないのであるから、法令が要求している以上の義務を通達によって納税者に課すことがあってはならないと同時に、法令上の根拠なしに通達限りで納税義務を免除したいり軽減することも許されない。
むしろ、本件通達２は、譲渡時に棚卸資産であっても、本件特例の適用を認めるべき場合の一例を例示したものであって、その考え方をふえんすれば、二重利得法の考え方に帰着するものであることは明らかといえる。
イ 被告の解釈では、納税者間の不公平や租税回避を引き起こすといった欠陥があること被告の主張する本件特例の解釈は、譲渡時という一時点に着目し、本件通達２に定める特別な事情がある場合を除き、その時に棚卸資産であったか否かという一事をもって、本件特例の適用の可否を全て決する考え方である。
この考え方によれば、譲渡時という一時点において販売目的を有していたか否かにより、本件特例が適用される納税者と一切適用が認められない納税者が生じることとなり、著しい不公平を生じるものであって、明らかに不合理である。また、逆に、棚卸資産として保有していた土地を譲渡前に固定資産に振り替えて譲渡すれば、棚卸資産としての保有に係る増加益部分を含む譲渡益の全てについて、本件特例の適用が認められることになるところ、これは必要以上の優遇措置を認めるものであって、正当性及び妥当性を欠く上、租税回避を引き起こしかねないものでもある。
ウ 被告の挙げる裁判例は被告の主張の根拠とならないこと
被告は、本件特例と同様の規定である措置法６４条１項に係る裁判所の判断（大阪高等裁判所平成１３年４月１７日判決・税務訴訟資料２５０号順号８８８５。以下「大阪高裁判決」という。）をその主張の根拠として挙げるが、同判決と本件とは事案を大きく異にしており、その判示内容は本件について参考となり得るものではない。
エ 二重利得法の考え方による取扱いは判断基準を不明確にするとはいえず、国税関係諸法の体系に適合しないともいえないこと
被告は、二重利得法の考え方では、事案ごとに資産の性質の判断が区々となってしまい、判断基準は極めて不明確かつ曖昧なものとなり、大量の同種事案の画一的な処理が要請される国税関係諸法の体系にも適合しない旨を主張する。
しかし、所得税においては既に二重利得法の考え方に従った取扱いがされているのであるから、法人税において不都合が生じるとはいえないし、むしろ所得税と同様の取扱いとすることは国税関係諸法の体系にも適合するものといえる。
実質的にも、二重利得法の考え方によれば、棚卸資産に転化した時点及びその時点での時価を認定する必要があるが、棚卸資産への転化時期については、客観的事実や会計帳簿の記載から認定することができるし、時価の認定についても、固定資産税評価額その他の評価方法を利用すればよく特別の困難を伴うことはない。
オ 原告の主張に従っても本件特例に基づく計算が困難になることはないこと
被告は、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義を原告の主張するように解するのであれば、圧縮基礎取得価額に関する規定（措置法６５条の７第１５項３号）において、按分計算等の具体的な計算方法に係る規定が定められてしかるべきであるが、そのような規定は定められていないとして、二重利得法の考え方による解釈が文理解釈で許容される範囲を超えている旨を主張する。
しかし、前記(1)カでも述べたように、二重利得法の考え方により、「譲渡に係る対価の額」とは、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の増加益を除く譲渡に係る対価の額」と解釈することになるのであるから、按分計算等の必要はなく、圧縮限度額の計算が複雑になるものではない。このことは、本件特例と同じく、譲渡対価を計算の基礎として課税繰延べの額を計算する措置法３７条１項（同項における「収入金額」。本件特例に関する「譲渡に係る対価の額」に対応。）において、特別な計算規定を要することなく、二重利得法の考え方に従って課税繰延べの金額を算定することが解釈として認められていることや、本件通達２に関する原告の主張に対して被告が反論をなし得ていないことからも裏付けられる。
(3) まとめ
以上のとおり、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義については、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解釈すべきであるところ、本件土地の増加益は、その全てが本件土地が固定資産であった時期に生じたものであるから、その譲渡に本件特例が適用されることは明らかである。
よって、本件通知処分は違法であり、取り消されるべきものである。
（被告の主張の要点）
(1) 本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義について
以下のアないしウに述べるとおり、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義については、譲渡する資産がその譲渡の時点において棚卸資産ではないことを意味するものと解すべきであり、この解釈は、文理に従った当然の解釈であるとともに、本件特例の趣旨・目的にも沿うものといえる。
ア 租税法の解釈の在り方等
租税法規の解釈は、原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈をすることは許されず、特に、措置法の特例規定は、本来課されるべき税額を政策的な見地から特に軽減するものであるから、租税負担公平の原則に照らし、その解釈は厳格にされるべきものであり、条文の文言を離れて、みだりに実質的妥当性や個別事情を考慮して、拡張解釈ないし類推解釈をすることは許されない。
資産が譲渡された場合には、原則的にはその譲渡による収益は、譲渡日を含む事業年度の益金の額に算入されるべきであるところ、本件特例は、設備更新による産業設備の合理化、工場移転による産業立地の改善等企業基盤の強化拡充及び企業資本の有効利用を図るという政策目的に即して、所定の要件を満たす譲渡資産と買換資産を限定的に定め、その買換えについて特例的に課税の繰延べを図ろうとする制度である。上記に掲げた政策目的に一応合致するような資産の買換えであればどのような場合にもその適用が認められるというものではなく、あくまで政策目的に即して明文の規定に定められた適用要件の範囲内で認められるものと解すべきである。
イ 本件特例の文言及び趣旨からみて、当該資産が譲渡時点において棚卸資産である場合には本件特例は適用されるべきではないこと
本件特例の適用対象を定める措置法６５条の７第１項においては、「その有する資産（棚卸資産を除く。）で同項の表の各号の上欄に掲げるものの譲渡をした場合において」と明確に規定されており、その文理からは、譲渡する資産が、その譲渡の時点において、棚卸資産であるという性質（所有目的）を有していると評価される場合には、そもそも同項の適用の対象外であるとしか解せないものである。そして、本件通達２も、ある資産の譲渡が、譲渡の時点において、実質的には固定資産として所有されていた資産の譲渡と同視し得るような特別の事情がある場合に、上記の規定の文理解釈として許容される範囲内で、その課税上の取扱いを定めたものである（なお、本件通達２は、二重利得法の適用を認め、その具体的場合を例示したものではなく、上記のとおり、文理解釈の範囲内において、実情に即した取扱いを明確化したものであって、本件特例の解釈として正当なものというべきであるところ、本件土地の譲渡について、本件通達２に定める事情は認められない。）。
したがって、原告の主張するような、譲渡の時点において、棚卸資産として所有されていたことが明らかな資産の譲渡であっても、過去の一定の期間において固定資産として保有されていたものであれば、その期間の増加益に限っては本件特例の対象となるといった課税上の取扱いを導くことは、上記の規定の文理解釈からは無理であるといわざるを得ない。また、本件特例が棚卸資産の譲渡をその適用の対象から除外している趣旨は、販売を目的として所有する資産である棚卸資産の譲渡については、設備更新による産業設備の合理化、工場移転による産業立地の改善等企業基盤の強化拡充及び企業資本の有効利用といった本件特例の目的と直接関連するものではなく、その譲渡益は法人本来の経常的な事業に基づく通常の利益であって、この利益までも本件特例によって課税の繰延べを認める必要はないとされたことによるものである。
このことからすれば、当該資産の譲渡の時点における性質に基づいて、それが棚卸資産か否かを判断することは、上記の法令の趣旨にも沿うものである（なお、この解釈が納税者間の不公平や租税回避といった不当な結果を引き起こすことはない。）。また、当該資産が棚卸資産となった経緯には様々なものが想定されることから、譲渡の時点をその性質決定の判断起点としなければ、事案ごとにその判断は区々となってしまい、その判断基準は極めて不明確かつ曖昧なものとなり、大量かつ回帰的に発生する同種事案の画一的な処理が要請される国税関係諸法の体系にも適合しない。
以上については、大阪高裁判決からも相当と認められる（なお、同判決は、棚卸資産か否かの時的要件は譲渡時において判断する旨を規範として判決したものである。）ところであり、こうした裁判例に照らせば、本件特例においても、譲渡する資産が棚卸資産でないとの性質を有しているかにつき判断する時点は、譲渡の時点と解するのが相当である。
ウ 原告の主張に従えば本件特例に基づく計算が困難になること
本件特例は圧縮記帳により課税の繰延べを図る制度であるところ、その圧縮限度額（課税の繰延べが認められる金額）は、措置法６５条の７第１項の規定のとおり、圧縮基礎取得価額に差益割合を乗じて計算した金額の１００分の８０に相当する金額とされている。そして、圧縮基礎取得価額及び差益割合の意義について定めた措置法６５条の７第１５項３号及び４号の規定は、圧縮限度額について、譲渡資産の譲渡に係る対価の総額を基礎として計算する旨を規定しているところ、これは、本件特例の政策目的に合致したものと認められる。
一方、原告が主張するように、本件特例を適用できる譲渡対価の範囲が棚卸資産ではない資産として所有していた期間の譲渡益であると解するのであれば、上記の計算規定において、その部分の譲渡益を切り出すために、対象となる譲渡対価をいつの時点でどのように計算した金額とするか、あるいは、譲渡対価及び譲渡原価の按分計算をどのような方法で行うかの規定が置かれてしかるべきであると考えられるが、現行法にはそのような計算規定は一切定められていない。
かかる点に鑑みても、本件特例は、譲渡の時点で棚卸資産であるか否かによってその適用対象となるか否かが定まり、適用の対象となった資産の譲渡対価及び帳簿価額について、そのままの額を使用して圧縮限度額を計算することを予定しているものというべきであって、法令に規定されていない按分計算を解釈で創設するのは、文理解釈で許容される範囲を超えているというべきである（なお、本件通達２が適用される場合は、譲渡時に新たに付加された価値の分を計算し、これを譲渡対価から差し引いて、固定資産の譲渡対価と取り扱うものにすぎないから、特段の按分計算を要するものではない。）。
(2) 原告の主張について
原告は、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義について、二重利得法の考え方に従い、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解釈すべきである旨を主張するが、前記(1)で述べたところのほか、以下のアないしウに述べるとおりであって、理由がない。
ア 原告が引用する裁判例について
原告は、本件最高裁判決が二重利得法の考え方を採用しており、その射程は本件特例の解釈にも及ぶ旨を主張する。
しかし、二重利得法の考え方は、所得税法が所得の性質に応じて種類を区分している趣旨に着目し、あくまで同法３３条の解釈論として問題となったものであるところ、本件最高裁判決がその結論を維持したその原審である高松高等裁判所平成６年３月１５日判決・税務訴訟資料２００号１０６７頁も、所得税法が、個人の担税力に応じた課税をするために、個人が得た個々の所得を単純に総合するのではなく、所得の性質に応じて給与所得・事業所得・譲渡所得等の１０種類の所得に区分し、各々の所得に適合した所得金額を計算した上で合計をするという仕組みを採っていることを前提としたものにすぎない。所得税法が所得の種類を区分して課税方法を定めている趣旨と、本件特例が棚卸資産の譲渡を除いている趣旨とが異なることは明白であるし、また、措置法３７条１項と本件特例の立法趣旨・条文構造が同じであるから二重利得法の考え方が本件特例に妥当するかのごとく結論付けることにも論理の飛躍がある。
イ 本件特例の趣旨・目的に係る原告の主張は広きにすぎ、また、二重利得法の考え方が妥当しないとすることが立法趣旨と矛盾するものでもないこと
原告は、本件特例の趣旨が土地の有効利用の促進や土地取引の活性化にある旨を主張するが、本件特例の趣旨は、前記(1)イで述べたとおりであって、原告の主張する本件特例の趣旨・目的は、その文言に照らして広きに過ぎるというべきである。棚卸資産の販売の活性化に関しては、それが土地の有効利用の促進等に資することがあったとしても、そもそも本件特例の目的とするところではないと考えるのが、本件特例から導かれる当然の帰結というべきである。
なお、本件特例に係る措置法６５条の７第１項１６号は、原告も指摘するとおり、各年度の政策目的に応じて改正されているが、いずれの改正においても、一貫して適用対象譲渡資産の範囲から棚卸資産は除かれているのであって、各年度の税制改正が本件特例の制度創設時から規定されている「棚卸資産を除く」の意義の解釈についてまで影響を与えていると解することはできない。
ウ 原告の報告書（甲６）や平成１１年３月期の税務調査において更正処分をしなかったことにより、本件土地の譲渡に本件特例が適用されるものではないこと
原告は、その従業員の作成に係る報告書（甲６）を根拠に、調査審理課が平成１２年３月時点において本件特例の適用について原告と同一の見解を示していた旨を主張するが、そもそも、調査審理課がいかなる事実関係を前提として、いかなる回答をしたのかは判然としない。
また、原告は、第１回譲渡に係る確定申告について、税務当局が更正処分をしなかったことを指摘するが、税務当局が更正処分をしなかったからといって、本件特例の適用を認めるとする公式見解を述べたものということはできないし、本件特例が適用されるか否かの判断に影響を及ぼすものともいえない。
(3) まとめ
以上述べたとおり、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の「棚卸資産」に当たるか否かは、あくまで対象となる譲渡資産の譲渡時点における性質に基づいて判断されるべきものであるから、その譲渡の時点において棚卸資産であった本件土地の譲渡に本件特例の適用はない。したがって、原告が、本件確定申告において、本件特例の適用があることを前提として圧縮損１７７億３２４７万０３３２円を損金の額に算入するとともに、その適用がない場合の調整額としてこれと同額を益金の額に算入したことに誤りはなく、本件更正請求は認められないから、本件通知処分は適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義について
(1) 本件特例の文理及び趣旨からの検討
本件特例（措置法６５条の７第１項）は、別紙１「関係法令の定め」２(1)のとおり、その適用の対象となる資産の譲渡について、「その有する資産（棚卸資産を除く。〔中略〕）で同表の各号の上欄に掲げるもの（括弧内略）の譲渡」をいう旨を定めるところ、ここでいう「棚卸資産を除く」の意義については、当該資産の譲渡の時点において棚卸資産であるものを除く旨をいうものと解するのが、その文言に即した解釈であることは明らかであり、本件特例における圧縮限度額の計算に係る規定その他措置法６５条の７のその余の部分の規定をみても、上記において除かれる棚卸資産の範囲を当該資産の取得の当時若しくはそれ以後の事情等により限定し、又は当該棚卸資産の譲渡に係る収益の範囲を限定する等する定めはなく、上記と別異に解すべき根拠となるべきものは見当たらない。
また、法人税法は、法人の有する資産の販売及び有償による譲渡に係るものを含む当該事業年度の収益の額を基礎に当該事業年度の所得の金額を計算するのを原則としているところ（同法２２条）、本件特例の趣旨は、上記の原則及び販売を目的として所有される棚卸資産に係るいわゆる譲渡益は当該法人の本来的な事業から生ずる通常の収益であることを踏まえた上で、特定の政策上の配慮から、法人の有する棚卸資産以外の一定の資産について、上記の原則の例外として、その譲渡に係る収益につき課税の特例制度を設け、いわゆる圧縮記帳等の方法により譲渡益について課税の繰延べを認めたものであると解される。そうすると、本件特例について、その趣旨を考慮しても、あえてその文言の文理を離れ、上記に述べたところと別異に解すべきとする根拠は見いだし難いというほかない。
(2) 原告の主張について
ア 原告は、①二重利得法の考え方は所得税法の解釈として本件最高裁判決において採用されており、その射程は法人税に係る本件特例にも及ぶ、②本件特例の趣旨は、企業の再生産規模の縮小の防止のみならず、課税の持つ資産の凍結効果を緩和して経済活動の活性化と国民経済の発展を図ることにもあり、このことは平成６年度及び平成１０年度の税制改正の在り方からも明らかであるから、二重利得法の考え方を踏まえて本件特例を解釈することは、本件特例の制度の趣旨・目的に適合する趣旨解釈といえるのみならず、所得の性質に応じた課税を実現できる合理的なものということができる、③税務当局も、かつて、所得の発生の源泉により課税関係を決するという原告と同様の考え方を採っていた、④本件通達２は、本件特例に二重利得法の考え方が適用されることを認めたものと解すべきである、⑤棚卸資産に当たるか否かをその譲渡の時点のみを基準に判断することは、納税者間の不公平や租税回避等の不当な結果を引き起こすことになる、⑥二重利得法の考え方に従った本件特例の解釈は、文理解釈として十分成り立つものであり、これに基づく取扱いをしても、判断基準が不明確になるであるとか、圧縮限度額の計算が複雑になるといったことはない等とし、もって、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義について、「所有目的の変更により棚卸資産となった以後の当該資産を除く」と解すべきである旨を主張する。
しかし、前記(1)に述べたところを前提に検討すれば、以下に述べるとおり、このような原告の主張は、いずれも採用することができないものというべきである。
イ すなわち、前記ア①の点について、原告の挙げる本件最高裁判決は、原告も自認するとおり、所得税法３３条に関する事案についてのものであるところ、所得税法においては、資産の譲渡による所得を譲渡所得とする（同法３３条１項）とともに、棚卸資産の譲渡その他営利を目的として継続的に行なわれる資産の譲渡による所得は譲渡所得に含まれないものとしており（同条２項１号）、固定資産の譲渡による所得と棚卸資産の譲渡による所得とを別個の種類の所得に区分して課税する制度が採用されているのに対し、既に述べたとおり、法人税法においてはそのような区分はされていない。
このような所得税法と法人税法との課税上の構造における差異に照らせば、本件最高裁判決が、二重利得法の考え方を所得税法３３条の解釈論として採用したものであると解するとしても、同判決は、本件とは事案を異にし、本件に適切でないことは明らかというほかないから、同判決があることをもって、法人税法に係る本件特例に二重利得法の考え方が妥当することの根拠とすることは適切とはいい難いものである。
ウ 次に、前記ア②の点について検討すると、確かに、①昭和３８年度の税制改正において本件特例が創設された際の立案担当者が、本件特例が設けられた趣旨について、資本の活用を図る意味や企業の遊休資産の活用を図る意味が含まれる旨を指摘していたこと（甲２１）や、②平成１０年度の税制改正の立案担当者が、本件特例の改正の狙いの一つとして、土地の有効利用の促進や土地取引の活性化を挙げていたこと（甲１５）等、本件特例の趣旨に関する原告の主張に一部沿う事実が認められる。
しかし、前記(1)に述べたところ及び措置法６５条の７に本件特例の適用の対象から除外される棚卸資産の譲渡又はそれに係る収益の範囲を限定する文言は存在しないことを前提に検討すれば、上記①の指摘は、本件特例の適用によって固定資産の譲渡に係る収益について課税の繰延べを認めることが、結果として遊休資産の活用等に資する面がある旨を述べたにすぎないものと解されるし、上記②の点についても、本件特例が、昭和３８年度の税制改正によって創設されて以降、一貫して、その適用の対象から棚卸資産の譲渡を一律に除外していることからすれば、前記(1)に述べた当裁判所の判断を左右するものとはいい難い。
エ 前記ア③の点については、仮に、原告において調査審理課の担当の調査官からその主張するとおりの回答（甲６参照）を得たものであるとしても、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の解釈に当たって、当裁判所がそのような事実に拘束される理由はないから、第１回譲渡に係る確定申告に対し更正処分がされなかったことを含めて、原告が前記ア③で主張する点は、前記(1)で述べた当裁判所の判断を左右すべき事情とはいえない。
オ 前記ア④の点についても、前記(1)で述べたところのほか、別紙１「関係法令の定め」３(2)の本件通達２の内容からすれば、本件通達２は、法人が従来固定資産として使用していた土地を譲渡するに当たり、譲渡を容易にし、あるいはより有利な条件で譲渡するための手段として、集合住宅等を建築し、又は当該土地の区画形質の変更等を行って分譲した場合について、その実質において棚卸資産に該当しない土地の譲渡と同視し得ることがあるとして、本件特例の趣旨に鑑み、当該譲渡を棚卸資産の譲渡に該当しないものとして取り扱う旨を定めたものと解されるのであって、その譲渡の時点において棚卸資産に当たる資産の譲渡について、原告の主張するような課税をすることをその趣旨ないし目的とするものと解するのは困難といわざるを得ない。
カ 前記ア⑤の点についても、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義が前記(1)のとおりである以上、そのような措置法６５条の７の規定する要件を満たすか否かにより本件特例の適用の有無が決せられることは、法のもとより予定するところというべきものであって、そのことをもって、納税者間の公平を害するものであるということはできないことは明らかである（なお、原告は、棚卸資産であったものを譲渡の直前に固定資産に振り替えて譲渡するといった租税回避を引き起こす旨も主張するが、これは、当該資産が固定資産であるか棚卸資産であるかに関する事実認定の問題であるから、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義を原告の主張するように解すべきことの根拠となるものとはいい難い。）。
キ このほか、前記ア⑥の点については、これまで述べたところに照らせば、あえて本件特例の文言の文理や趣旨を離れて上記のとおり解すべき理由は見いだし難いというほかない。
(3) 小括
以上述べたところによれば、原告のその余の主張を考慮したとしても、本件特例にいう「棚卸資産を除く」の意義については、当該資産の譲渡の時点において棚卸資産であるものを除く旨をいうものと解するのが相当である。
２ 本件通知処分の適法性
前記１に述べたとおり、その譲渡の時点において棚卸資産である資産の譲渡について本件特例の適用はないところ、前提事実(2)ア(エ)、同イ(ア)及び(ウ)並びにウ(ア)及び(ウ)によれば、本件土地は、その各譲渡の時点において、いずれも棚卸資産であったと認められるから、本件土地の譲渡については本件特例の適用はないというべきである。
したがって、原告が、本件確定申告において本件土地の譲渡につき本件特例の適用があることを前提として圧縮損１７７億３２４７万０３３２円を損金の額に算入する一方で、その適用がないとした場合の調整額としてこれと同額を益金の額に算入したことは、通則法２３条１項１号所定の更正の事由に該当しないから、本件更正請求について更正をすべき理由がないとしてされた本件通知処分は適法である。
第４ 結論
以上の次第であって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
関係法令の定め
１ 国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）の定め通則法２３条１項は、納税申告書を提出した者は、次の各号の一に該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し同法２４条〔更正〕又は２６条〔再更正〕の規定による更正〔以下同法２３条において「更正」という。〕があった場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨を定めている。
１号当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し更正があった場合には、当該更正後の税額）が過大であるとき。２号及び３号省略
２ 措置法の定め
(1) 措置法６５条の７第１項（本件特例）は、法人（清算中の法人を除く。以下同法第３章第６節第４款〔６５条の７ないし６６条の２〕において同じ。）が、昭和４５年４月１日から平成２３年３月３１日まで（６５条の７第１項の表の１６号の上欄に掲げる資産にあっては、平成１０年１月１日から平成２０年１２月３１日まで）の期間内に、その有する資産（棚卸資産を除く。以下同款において同じ。）で同表の各号の上欄に掲げるもの（その譲渡につき同法６３条１項の規定の適用がある土地等〔土地又は土地の上に存する権利をいう。以下同法６５条の９までにおいて同じ。〕を除く。以下この同法６５条の７において「譲渡資産」という。）の譲渡をした場合において、当該譲渡の日を含む事業年度において、当該各号の下欄に掲げる資産の取得をし、かつ、当該取得の日から１年以内に、当該取得をした資産（同条４項及び１２項並びに同法６５条の８第１４項及び１５項を除き、以下同法６５条の７及び６５条の８において「買換資産」という。）を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用に供したとき（当該事業年度において当該事業の用に供しなくなったときを除く。）又は供する見込みであるときは、当該買換資産につき、その圧縮基礎取得価額（当該買換資産の取得価額と当該買換資産に係る譲渡資産の譲渡に係る対価の額のうち、いずれか少ない方をいう。同法６５条の７第１５項３号参照）に差益割合（当該譲渡資産の当該譲渡に係る対価の額のうちに、当該対価の額から当該譲渡資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した金額の占める割合をいう。同項４号）を乗じて計算した金額の１００分の８０に相当する金額（以下同条１項及び９項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときに限り、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨を定めている。
１６号国内にある土地等、建物又は構築物で、当該法人により取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間が１０年を超えるもの（上欄）
国内にある土地等、建物、構築物若しくは機械及び装置又は国内にある鉄道事業の用に供される車両及び運搬具のうち政令で定めるもの（下欄）
その余の号省略
(2) 措置法２条２項２３号は、棚卸資産について、法人税法２条２０号に規定する棚卸資産をいう旨を、同号は、棚卸資産について、商品、製品、半製品、仕掛品、原材料その他の資産（有価証券を除く。）で棚卸しをすべきものとして政令で定めるもので一定のものを除くものをいう旨を、法人税法施行令１０条は、棚卸資産について、商品がこれに含まれるとする旨（１号）を、それぞれ定めている。
(3) 措置法２条２項２４号は、固定資産について、法人税法２条２２号に規定する固定資産をいう旨を、同号は、固定資産について、土地（土地の上に存する権利を含む。）、減価償却資産、電話加入権その他の資産で政令で定めるものをいう旨を、法人税法施行令１２条は、固定資産について、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち、①土地（土地の上に存する権利を含む。１号）、②同令１３条各号に掲げる資産、③電話加入権及び④①ないし③に掲げる資産に準ずるものとする旨を、それぞれ定めている。
３ 租税特別措置法関係通達（昭和５０年２月１４日、直法２－２（例規）国税庁長官通達。以下「措置法通達」という。）の定め（争いなし）
(1) 措置法通達６５の７(1)－１（以下「本件通達１」という。）は、措置法６５条の７から６５条の９までの規定は、法人税法２条２０号に規定する棚卸資産については適用がないのであるが、不動産売買業を営む法人の有する土地又は建物で、当該法人が使用し、若しくは他に貸し付けているもの（販売の目的で所有しているもので、一時的に使用し又は他に貸し付けているものを除く。）又は当該法人が具体的な使用計画に基づいて使用することを予定し相当の期間所有していることが明らかであるものは、棚卸資産には該当しないことに留意する旨を定めている。
(2) 措置法通達６５の７(1)－２（以下「本件通達２」という。）は、法人が従来固定資産として使用していた土地を譲渡するに当たり、当該土地に集合住宅等を建築し、又は当該土地の区画形質の変更等を行って分譲した場合における当該土地の分譲は、棚卸資産の譲渡に該当しないものとして取り扱うが、その分譲に当たり、その土地について宅地造成を行った場合におけるその造成により付加された価値に対応する部分の譲渡については、この限りでない旨を定めている。以上
（別紙２）
本件更正処分の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき税額は、別表２「本件事業年度の所得金額及び納付すべき税額」記載のとおりであり、各金額の根拠は次のとおりである（なお、この別紙において、以下に掲げる順号は、別表２のものである。）。
(1) 所得の金額（順号⑪）
８８９億４４０４万７１２２円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 申告所得金額（順号①）
８８３億９９７０万７２４５円
上記金額は、本件確定申告書に記載された所得の金額と同額である。
イ 所得の金額に加算すべき金額（順号⑥）
５億７１６０万８４９７円
上記金額は、次の(ア)ないし(エ)の金額の合計額である。
(ア) マネジメント収入計上漏れ（順号②）
３億９２７万２６２０円
上記金額は、マネジメント契約に基づき原告が受託した業務のうち、本件事業年度において原告の役務提供が完了している業務に係るものであり、本件事業年度の益金の額に算入される金額である。
(イ) 請負工事利益計上漏れ（順号③）
９９０１万９９５５円
上記金額は、「Ｉビル入居関連Ｂ工事」に係る請負工事利益の額１億５８３４万４９５５円と、原告が本件事業年度の所得の金額の計算上、同工事に係る請負工事利益として計上した金額５９３２万５０００円との差額であり、同工事は平成１９年９月２８日（本件事業年度中）に完了して引渡しがされているため、本件事業年度の益金の額に算入される金額である。
(ウ) 固定資産税等のうち損金の額に算入されない金額（順号④）１億６２８３万１０９８円上記金額は、原告が固定資産税・都市計画税として損金の額に算入した金額のうち、原告が土地及び建物を取得するに当たり、当該取得日以降の期間に対応する固定資産税・都市計画税相当額として売主に支払っていたものであり、土地及び建物の取得に要した費用であると認められ、それぞれの取得価額に含めるべきものであり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(エ) 雑損の過大計上額（順号⑤）
４８万４８２４円
上記金額は、原告の平成１９年３月１日から平成２０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税について、本件更正処分により同課税期間の課税売上割合が増加することにより、消費税法３０条１項の規定による控除をすることができる消費税額及び当該控除をすることができる金額に係る地方消費税額に相当する金額が増加し、これに伴い原告が損金の額に算入していた当該消費税額及び当該地方消費税額が過大となったものであり、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（順号⑩）
２７２６万８６２０円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の金額の合計額である。
(ア) 固定資産除却関連損の損金算入額（順号⑦）
１３３３万５４５６円
上記金額は、Ｊビルの建替えにおいて、立退きをするいわゆるテナントに原告が支払った移転補償費２億９００３万７７７５円（消費税及び地方消費税を含む。）のうち、仮払消費税として経理した金額であり、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
原告は、上記移転補償費について、資産譲渡等に該当するものとして、１３３３万５４５６円を仮払消費税とし、残額２億７６７０万２３１９円を固定資産除却関連損とする税抜経理をしていたところ、当該取引は、消費税法４条１項に規定する事業者がした資産の譲渡等に該当せず、消費税の課税の対象とならないものである。
(イ) 貸倒引当金の繰入限度超過額の加算過大（順号⑧）
３８８万４６６４円
上記金額は、原告が一括評価金銭債権にかかる貸倒引当金の繰入限度超過額として本件事業年度の所得の金額に加算した２億１２４９万１８９１円と、前記イ(ア)、(イ)及び本件事業年度の前事業年度の平成２２年３月３１日付け更正処分により増加した期末一括評価金銭債権の額９億３４１万１８７円に基づき算出された繰入限度超過額２億８６０万７２２７円との差額であり、所得の金額に過大に加算されていることから、所得の金額から減算されるものである。
(ウ) 事業税の損金算入額（順号⑨）
１００４万８５００円
上記金額は、本件事業年度の前事業年度の平成２１年６月３０日付け更正処分により、当該前事業年度の所得の金額が増加したことに伴い生じた事業税相当額であり、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
(2) 所得の金額に対する法人税額（順号⑫）
２６６億８３２１万４１００円
上記金額は、前記(1)の所得の金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額）に法人税法６６条１項に定める税率を乗じて計算した金額である。
(3) 法人税額の特別控除額（順号⑬）
２０６万９７０８円
上記金額は、本件確定申告書に記載された措置法４２条の１２第１項の規定による教育訓練費の増加額に係る法人税額の特別控除額である。
(4) 控除所得税額等（順号⑭）
２１億９８８７万４８５９円
上記金額は、本件確定申告書に記載された法人税法６８条１項（ただし、平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）の規定により所得に対する法人税の額から控除される所得税額である。
(5) 納付すべき税額（順号⑮）
２４４億８２２６万９５００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)及び(4)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
(6) 既に納付の確定した本税額（順号⑯）
２４３億１８９６万７５００円
上記金額は、本件確定申告書に記載された納付すべき法人税額と同額である。
(7) 差引納付すべき法人税額（順号⑰）
１億６３３０万２０００円
上記金額は、前記(5)の金額から前記(6)の金額を差し引いた金額であり、本件更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
２ 本件更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税に係る所得の金額及び納付すべき税額は、前記１で述べたとおりであり、これらの金額は、本件更正処分における本件事業年度の法人税に係る所得の金額及び納付すべき税額といずれも同額であるから、本件更正処分は適法である。以上
別表１本件各処分の経緯
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
過少申告加算税
確定申告 20・６・30
88,399,707,245円
24,318,967,500円
－
更正の請求 20・11・25
70,667,236,913円
18,999,226,200円
－
通知処分 21・４・13
更正の請求に対してその更正を
すべき理由がない旨の通知処分
－
審査請求 21・６・12
70,667,236,913円
18,999,226,200円
－
更正処分 22・３・31
88,944,047,122円
24,482,269,500円
16,330,000円
審査請求裁決 22・６・１
（棄却）
－
別表２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11950.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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