税務訴訟資料第２６２号－１０４（順号１１９５４）
横浜地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税等更正処分取消請求事件
国側当事者・国（戸塚税務署長）
平成２４年５月２３日棄却・確定
判決
原告
有限会社Ａ
同代表者取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
船橋俊司
同
今村有希
同訴訟復代理人弁護士星原正明
同補佐人税理士
田中潤
同
長谷川博
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
戸塚税務署長小方和典
被告指定代理人
長澤範幸
同
茅野純也
同
綿引英明
同
加藤晴康
同
神谷明夫
同
多田英里
同
木村快
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 戸塚税務署長が原告に対し平成１８年６月３０日付けでした平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２０年１１月２５日付け裁決（以下「本件裁決」という。）により一部取り消された後のもの）のうち、納税すべき税額８５１万６２００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、本件裁決により一部取り消された後のもの）のうち９万８０００円を超える部分を取り消す。
２ 戸塚税務署長が平成１８年６月３０日付けで原告に対してした平成１６年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、本件裁決により一部取り消された後のもの）のうち納付すべき税額２５１万９０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、本件裁決により一部取り消された後のもの）のうち１５万９５００円を超える部分を取り消す。
３ 戸塚税務署長が平成１８年６月３０日付けで原告に対してした平成１６年６月１日から平成１７年６月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分（ただし、本件裁決により一部取り消された後のもの）のうち納付すべき消費税額３８３万２３００円を超える部分、納付すべき地方消費税額９５万８０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、本件裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の骨子
本件は、原告が、平成１５年に別紙物件目録記載１の各土地（以下「本件土地１」という。）並びに本件土地１上の中古構築物（以下「本件中古構築物１」という。）を、平成１６年に同目録記載２の各土地（以下「本件土地２」といい、本件土地１と併せて「本件各土地」という。）並びに本件土地２上の中古構築物等（以下「本件中古構築物等２」といい、本件中古構築物１と併せて「本件各中古構築物等」という。）を、順次買い受けたとして、平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度（以下「平成１６年６月期」という。）及び同年７月１日から平成１７年６月３０日までの事業年度（以下「平成１７年６月期」という。）において、本件各中古構築物等に係る減価償却費を損金の額に算入して法人税の確定申告を行うとともに、本件各中古構築物等の取得の対価に係る消費税相当額を控除対象仕入税額に含めて平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの課税期間に係る消費税等の確定申告を行ったところ、処分行政庁が、原告において有償取得したのは本件各土地のみであり、本件各中古構築物等は無償取得したものであるから、本件各中古構築物等に係る減価償却費相当額を損金の額に算入することはできず、また、本件各中古構築物等取得の対価に係る消費税相当額を控除対象仕入税額に含めることもできないとして、法人税及び消費税等の更正処分等（以下「本件各処分」という。）を行い、国税不服審判所長も審査請求に対する本件裁決において本件各中古構築物等の売買代金を不当に低く評価して本件各処分の一部しか取り消さなかったことが違法であるとして、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分の取消しを求めた事案である。
２ 基礎となる事実（当事者間に争いのない事実、当裁判所に顕著な事実、各項末尾掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告は、昭和５４年７月２日、非鉄金属、屑鉄及び廃品等の回収を事業目的として設立された有限会社であり、昭和５８年ころ以降、産業廃棄物収集運搬業の許可を得た上、産業廃棄物の減量及び無毒化を内容とする実質的な中間処理業を営み、昭和６２年ころ以降原告肩書地に事務所兼作業施設を構えてきたが、平成１２ないし１３年ころ以降、近隣住民から騒音、振動、埃などの公害を理由として作業施設の操業停止や移転を求められ、その後、横浜市から、作業施設についての建築基準法違反を理由とする是正勧告（除却）を受け、１０トントラック１１台が駐車できる事業用地を探していた（甲３３、乙３、５、原告代表者本人）。
(2) 本件土地１の売買経緯等
ア 原告は、株式会社Ｂ（代表取締役乙。以下「Ｂ」という。）が原告肩書地から自動車で約１０分の距離にあって周辺に農地があり、かつ、市街化調整区域内にある本件土地１を借入金返済のため売却しようとしていたことから、上記事業用地に好適であるとしてこれを買い受けることとし、平成１５年１１月ころ、本件土地１を対象物件とし、その登記簿上の地積に一坪当たり１７万円を乗じて算出した４８７５万円を代金とし、引渡し及び所有権移転登記申請手続完了の期限を平成１５年１１月中旬ころとし、それと同時に同代金の支払をする旨の記載があるものの、本件中古構築物１を売買物件の表示欄に記載していない、Ｂ持参の土地売買契約書（以下「本件売買契約書１」という。）を交わした（以下「本件売買１」という。甲１ないし３、７、２８ないし３０、３３、乙３ないし５、原告代表者本人、弁論の全趣旨）。
イ Ｂは、平成１５年１２月１５日ころ、原告に対し、同日付けの本件売買１を原因とする本件土地１の所有権移転登記手続を行い、かつ、本件土地１並びに本件中古構築物１を引き渡し、原告は、同日ころ、訴外株式会社Ｃ銀行戸塚支店（以下「Ｃ銀行」という。）に対し、本件中古構築物１については担保物権の設定手続をせず、本件土地１について極度額５２８０万円の根抵当権を設定した上、Ｃ銀行から、借入金使途を「土地（駐車場）購入資金」として４８００万円を借り入れるなどして、Ｂに対し、前記売買代金を支払った（甲２、３、３３、３５の１、２、乙３、５、原告代表者本人、弁論の全趣旨）。
ウ 原告は、同日付けで、本件売買１に係る代金４８７５万円を一旦固定資産台帳の土地勘定に全額記載した後、本件中古構築物１が本件土地１上の門扉、塀、ピッド及びコンクリート舗装地面であるとして、その取得価額を合計１４１７万５０００円と算定し（別表の１ないし３項原告の主張欄参照）、土地勘定から構築物勘定へ振り替えた（甲８、乙１、原告代表者本人）。
(3) 本件土地２の売買経緯等
ア 原告は、平成１６年半ばころ、Ｂとの間で、本件土地１の近隣にあり、かつ、市街化調整区域内にある本件土地２を更に買い受けることとして、本件土地２を対象物件とし、その登記簿上の地積に一坪当たり１７万円を乗じて算出した６１５４万円を代金とし、引渡し及び所有権移転登記申請手続完了の期限を平成１６年中とし、それと同時に同代金の支払をする旨の記載があるものの、本件中古構築物等２を売買物件の表示欄に記載していないＢ持参の土地売買契約書（以下「本件売買契約書２」という。）を交わした（以下「本件売買２」といい、本件売買１と併せて「本件各売買」という。甲４、７、３０、３３、乙３、原告代表者本人）。
イ Ｂは、平成１６年６月２８日ころ、原告に対し、同日付けの本件売買２を原因とする本件土地２の所有権移転登記手続を行い、かつ、本件中古構築物等２を引き渡し、原告は、同日ころ、Ｃ銀行に対し、本件中古構築物等２については担保物権の設定手続をせず、本件土地２について極度額６０００万円の根抵当権を設定した上、Ｃ銀行から、借入金使途をリサイクル用品の保管及び資材置場用途の「土地購入資金」として６０００万円を借り入れるなどして、Ｂに対し、前記売買代金を支払った（甲５、６、３３、３６の１、２、乙３、５、原告代表者本人、弁論の全趣旨）。
ウ 原告は、同日付けで、本件売買２に係る代金６１５４万円を一旦土地勘定に全額記載した上で、本件中古構築物等２が門扉、塀、アスファルト舗装地面、車庫・作業場、２Ｆ資材置場及び地下室であるとして、その取得価額を合計３９３７万５０００円と算定し、うち１１０２万円５０００円（別表の５ないし７項原告の主張欄参照）を土地勘定から構築物勘定へ、うち２８３５万円（別表の８ないし１２項原告の主張欄参照）を建物附属設備勘定へ、それぞれ振り替えた（甲８、９、乙１、原告代表者本人）。
(4) 法人税及び消費税の納付経緯
ア 平成１６年６月期の法人税に係る確定申告の内容
原告は、平成１６年８月３１日、前記(2)及び(3)の各ウのとおり、土地勘定から構築物勘定へ振り替えた金額を各減価償却資産の取得価額とし、いずれの資産についても、償却方法を定率法（法人税法施行令５３条１号（平成１９年政令８３条による改正前のもの））により、耐用年数を６年として減価償却費を計算し、平成１６年６月期につき合計３６８万４４４６円を損金の額に算入した上、所得金額を２５７２万８６１８円とし、納付すべき税額を７０７万８４００円とする法人税の確定申告をし、同金員を納付した（甲８、弁論の全趣旨）。
イ 平成１６年度の消費税に係る確定申告の内容
原告は、平成１６年８月３１日、本件各中古構築物等の取得価額とした５３５５万円（別表の１ないし３項及び５ないし１０項の合計価額）に係る消費税２０４万円を控除対象仕入税額として、課税標準に係る消費税額から控除し、原告が納付すべき消費税の額を３７７万５１００円とし、納付すべき地方消費税の額を９４万３７００円（納付すべき消費税等の額合計４７１万８８００円）とする確定申告をし、同金員を納付した（甲９、弁論の全趣旨）。
ウ 平成１７年６月期の法人税に係る確定申告の内容
原告は、平成１７年８月３１日、前記アと同じ減価償却費の計算方法に基づき、平成１７年６月期につき合計１５９０万７１０６円を損金の額に算入した上、所得金額を４７２万５２５６円とし、納付すべき税額を１０３万９５００円とする法人税の確定申告をし、同金員を納付した（甲１０、弁論の全趣旨）。
(5) 減価償却資産の申告
原告は、平成１７年２月７日、横浜市泉区長に対し、本件各中古構築物等のうち、別表の８ないし１０項の物件を除いたものにつき、初めて減価償却資産申告書を提出し、固定資産（償却資産）税を納付した（甲１１、１３、原告代表者本人）。
(6) 本件各処分
処分行政庁は、平成１８年６月３０日、本件各土地の売買代金には、本件各中古構築物等の価額が含まれない等の理由に基づき、以下の各決定をし、原告に通知した（甲１４ないし１６、弁論の全趣旨）。
ア 本件処分１
平成１６年６月期の法人税について、原告所得金額を３１８０万６３６４円（前記(4)アの確定申告における所得金額２５７２万８６１８円＋本件各中古構築物等の取得価額合計５３５５万円について減価償却費損金算入額３６８万４４４６円＋使途不明の支払手数料１８０万円＋架空のコンサルタント料１５０万円－損金額に算入される更正処分により増加した事業税額９０万６７００円）と認定し、納付すべき税額を９６２万１７００円（上記認定に係る所得金額に対する国税通則法１１８条１項（１０００円未満端数切捨て）及び法人税法６６条（税率の定め）に基づく税額８９０万１８００円＋使途不明の支払手数料１８０万円に対する租税特別措置法６２条２項に基づく税額７２万円－平成１６年６月期の法人税の確定申告書に記載された所得税額等８９円につき、国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）と、差引納付すべき法人税額を２５４万３４００円とする法人税の更正決定並びに過少申告加算税２０万９０００円（過少申告加算税対象額２０９万円に国税通則法６５条１項に基づき１００分の１０を乗じた額）及び重加算税１５万７５００円（国税通則法６８条１項、同法施行令２８条１項に基づく重加算税対象額４５万円に１００分の３５を乗じた額）の各賦課決定（以下、併せて「本件処分１」という。）。
イ 本件処分２
同期の消費税について、課税標準額を４億６７２４万３０００円と認定し、これに対する消費税率１００分の４を乗じた消費税額１８６８万９７２０円から控除対象仕入税額１２８１万７３９９円を控除した納付すべき消費税額を５８７万２３００円とし、差引納付すべき消費税額２０９万７２００円とし、納付すべき消費税額を課税標準額として地方税法７２条の８３に基づき１００分の２５を乗じて譲渡割額を１４６万８０００円とし、差引納付すべき譲渡割額を５２万４３００円とし、差引納付すべき消費税等の額２６２万１５００円の賦課をする税の更正決定並びに過少申告加算税２５万５０００円（過少申告加算税対象額２５５万円に国税通則法６５条１項に基づき１００分の１０を乗じた額）及び重加算税２万４５００円（国税通則法６８条１項、同法施行令２８条１項に基づく重加算税対象額７万円に１００分の３５を乗じた額）の各賦課決定（以下、併せて「本件処分２」という。）
ウ 本件処分３
平成１７年６月期の法人税について、原告の所得金額を２５３８万８８１２円（前記(4)ウの確定申告における課税所得金額４７２万５２５６円＋本件中古構築物等取得の無償性に基づく減価償却費の損金不算入額１５９０万７１０６円＋使途不明の支払手数料８０万円＋損金に算入されない外注費の額２１万９５２５円＋仕入れの過大記載額４３４万９６２５円－事業税認容額６１万２７００円）と認定し、納付すべき税額を７２９万６２００円（課税所得金額に対する法人税額６９７万６４００円＋使途不明の支払手数料に対する税額３２万円－同ウの確定申告における所得税額１１６円）とし、差引納付すべき法人税額を６２５万６９００円とする税の更正決定並びに過少申告加算税８７万６５００円（過少申告加算税対象額６１９万円に国税通則法６５条１項に基づき１００分の１０を乗じた額）及び重加算税２万１０００円（国税通則法６８条１項、同法施行令２８条１項に基づく重加算税対象額６万円に１００分の３５を乗じた額）の各賦課決定（以下「本件処分３」という。）
(7) 本件裁決の経緯
原告は、国税不服審判所長に対し、平成１８年８月２３日に本件処分１及び本件処分３について審査請求を、同月２９日に本件処分２について異議申立て（平成１８年１０月４日にみなす審査請求となった。）をしたところ、国税不服審判所長は、上記審査請求等を併合し、平成２０年１１月２５日、本件各売買の代金に本件各中古構築物等の対価が含まれると認定した上、本件各中古構築物等の価額を７０７万６１８４円（固定資産税評価額や相続税評価額等の公的機関による評価額を基準として算定することができず、他に適正な価額を算出する方法を見いだし難い状況から、Ｂが採用した本件各中古構築物等の価額を当該本件各中古構築物等の建築時における取得価額から減価償却費を差し引く算定方法に基づく別表本件裁決の認定欄記載１ないし４についての価額１８０万０３５４円及び同５ないし１２についての価額５２７万５８３０円の合計）、平成１６年６月期において記載されるべき減価償却費の総額を３２万９４７０円、平成１７年６月期において記載されるべき減価償却費の総額を１４９万１７２２円と評価して、以下のアないしウのとおり、本件各処分の一部を取り消す旨の本件裁決をし、原告に通知した（甲１７）。
ア 平成１６年６月期の法人税について、所得金額を３１４７万６８９４円と認定し、納付すべき税額を９５２万２７００円（取消額９万９０００円）、過少申告加算税を１９万９０００円（取消額１万円）、重加算税を１５万７５００円とする。
イ 同期の消費税等について、課税標準額が４億６７２４万３０００円である旨の原処分の認定を維持しつつ、納付すべき消費税の額を５６０万２７００円（取消額２６万９６００円）、納付すべき地方消費税の額を１４０万０６００円（取消額６万７４００円）、過少申告加算税２２万１０００円（取消額３万４０００円）、重加算税を２万４５００円とする。
ウ 平成１７年６月期の法人税について、所得金額を２３９５万７９９０円と認定し、納付すべき税額を６７４万６９００円（取消額４２万９３００円）、過少申告加算税を７９万４０００円（取消額６万４５００円）、重加算税を２万１０００円とする。
(8) 原告は、平成２１年５月２７日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
第３ 争点及びこれに関する当事者の主張
１ 本件審理の対象ないし本件に対する裁決の拘束力の有無
（原告の主張）
本件の審理の対象は、本件裁決によって一部取消変更された後の本件各処分（実質的な減額再更正処分）であって、総額主義、すなわち、それが当該課税処分によって確定された税額の適否であり、処分行政庁の認定等に誤りがあっても、確定された税額が総額において処分時に客観的に定まっている税額を上回らなければ当該課税処分は適法と解することは、処分行政庁に蒸し返しの自由を認めるという点で憲法３１条の手続的正義の観点から疑問があり、被告が本件各処分の適法性の主張を維持している点は失当である。
また、裁決の主文と不可分な理由には、国税通則法１０２条の規定により拘束力が生じるというべきであるから、被告が、訴訟において、総額主義や裁決と異なる理由を主張すること（理由の差替え）は拘束力に反し違法であり、しかも総額主義の採用と同様憲法３１条の適正手続に反し、許されない。
そうすると、被告が本件各構築物等取得の無償性ないし本件裁決を下回る取得価額を主張することは許されない。
（被告の主張）
課税処分の取消訴訟における実体上の審理の対象は、当該課税処分によって確定された税額の適否であり、処分行政庁の認定等に誤りがあっても、確定された税額が総額において処分時に客観的に定まっている税額を上回らなければ当該課税処分は適法と解される（最高裁平成４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁）。
また、裁決の拘束力（国税通則法１０２条１項）は、裁決によって原処分が取り消され又は変更された場合には、原処分庁を含む関係行政庁が、同一の事情の下で当該裁決によって排斥された原処分の理由と同じ理由で同一人に対し再び同一内容の処分をすることが許されないということにとどまるのであり、裁決を経た後の課税処分取消訴訟において、被告が裁決と異なる金額を主張することも、裁決理由中の判断と異なる主張をすることも当然に許される（大阪高裁平成１４年１０月１０日判決・訟務月報５０巻７号２０６５頁、東京地裁昭和６３年４月２０日判決・行政事件裁判例集３９巻３・４号３０２頁）。
そうすると、被告は、本件において、(1)本件各中古構築物等取得の無償性、又は(2)①本件各中古構築物等の売買代金総額が７０７万６１８４円を、②平成１６年６月期において記載されるべき減価償却費の総額が３２万９４７０円を、③平成１７年６月期において記載されるべき減価償却費の総額が１４９万１７２２円を、それぞれ上回るものではなく、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分が適法であることを主張立証すべきであり、かつ、それで足りる。
２ 本件各中古構築物等が無償取得されたものであるか否か
（被告の主張）
本件各中古構築物等は、以下に示す理由から明らかなとおり、無償で取得したものであるから、減価償却費の額は０円となり、また、本件各中古構築物等の取得に係る支払対価は０円であるから、控除対象仕入税額として課税標準額に対する消費税額から控除される消費税額も０円となる。
(1) 本件中古構築物１取得の無償性
ア 本件売買契約書１には、本件中古構築物１を売買の対象とする記載がなく、原告とＢは、本件売買１の交渉過程においても、本件中古構築物１について何ら交渉しなかった（乙２）。
イ 本件土地１上には、本件売買１当時、フェンス囲い、砕石敷及び砂置場が存在したが、フェンス囲いは産業廃棄物中間処理作業時に発生する騒音や飛散等を防ぐ特別な設備ではなく、砂置場は産業廃棄物の中間処理用に製作された特殊な処理溝ではなく、原告が主張するようなコンクリート張りの地面はなかったのであるから（乙２、６）、それ自体単独で売買の対象になるような固有の価値を持つ構築物であったとはいえないのであり、本件土地１はいわば更地同然であった。
ウ Ｂは、本件売買１当時、本件土地１上の「構築物については価値があるものとは思っていなかった」から、「本件売買１により本件土地１だけを売り渡した旨の認識」を有していた。
エ 原告は、横浜市から是正勧告を受けるなどして、Ｃ銀行に対し、原告所有の１０トントラック１１台を駐車できる本件土地１を買い受ける旨述べて融資を受け、本件売買１をしたのであり（乙５）、本件中古構築物１に特段の価値を見いだす状況ではなかった。
オ 原告が本件売買１当時に本件中古構築物１について１４１７万５０００円もの価値を見いだしていたのであれば、平成１６年度償却資産申告書に含めて平成１６年１月３１日までに申告するはずであるところ（地方税法３８３条）、原告は、平成１７年度の償却資産申告書において、本件中古構築物１を新規取得した旨の申告をした（甲１１）。
(2) 本件中古構築物等２取得の無償性
ア 本件売買契約書２には、本件中古構築物等２を売買の対象とする記載がなく、原告とＢは、本件売買２の交渉過程においても、本件中古構築物等２について何ら交渉しなかった。
イ 本件土地２上には、本件売買２当時、Ｂが取得した別表本件裁決の認定欄記載５ないし１２の各構築物が存在したが、いずれも、それら自体単独で売買の対象になるような固有の価値など持たないものであり、そのうち鉄骨造作業所はＢが平成１１年５月に２３３万円余で築造した簡易なもので、地下室は当初から漏水により浸水し全く使えなかったものであり、他の構築物も産業廃棄物の中間処理作業に有益な設備ではない（乙２、３、５、６）。
ウ Ｂは、本件売買２当時、本件土地２上の「構築物については価値があるものとは思っていなかった」から、本件売買２により「本件土地２だけを売り渡した」と認識している。
エ 原告は、本件売買２当時の本件土地２上の各構築物の状況が、本件売買１当時の本件土地１上の各構築物の状況と異なるものであったにもかかわらず、本件売買２においても、Ｂに対し、本件売買１の売買代金を参考として、坪１７万円で買い受ける旨の申込みをしたのであり（乙３）、本件中古構築物等２に特段の価値を認めていなかった。
（原告の主張）
本件各中古構築物等は、本件各売買の目的物であり、それぞれ有償で取得したものである。
すなわち、本件各売買が本件各土地上にある本件各中古構築物等をその対象外としているとはみることができず、本件各売買契約書記載の売買代金がそれぞれ各土地及び各中古構築物等の合計価額とみるのが相当である。
殊に、原告は、産業廃棄物の中間処理業を営む者であるところ、平成１２ないし１３年ころ以降、近隣住民から操業停止ないし移転を求められ、横浜市から違反建築等を理由とする是正勧告を受けていた上、中間処理業では、本件各土地内の処理溝であるピッド、騒音や飛散防止用に本件各土地の周囲に張り巡らされている門扉及び塀、重量のあるトラックが入構しても陥没しない地面のコンクリート張りやアスファルト敷き、車庫、資材置場などから構成される本件各中古構築物等を利用する必要性があった上、本件各土地は建物の建てられない市街化調整区域内にあるから、原告としては、本件各中古構築物等を本件各土地と一体として取得する価値があるのに対し、単に本件各土地を更地の状態で取得する必然性はない。
さらに、本件各土地の適正な時価は坪５万ないし６万円であり（甲３３、原告代表者）、本件各売買において、売買価額の算定の基礎としている坪１７万円という金額は、Ｂと原告が、本件各中古構築物等の価値ないし価額を考慮して定めたものである。
３ 本件各中古構築物等の取得価額は、本件裁決の認定額を上回るか否か
（被告の主張）
(1) まず、本件各中古構築物等の時価の算定については、非木造非住宅の建設工事費デフレーターが平成１１年度に９９．７であったのに対し、平成１５年度に９８．１、平成１６年度に９９．１であって（乙８、９）、さほど変化がなく、他に、本件各中古構築物等の再取得価額が変動したことを示す要因が認められず、本件各中古構築物等の当初の取得価額と本件各売買時点における再取得価額との間にそれほど大きな差異が生じていないと認められるから、法人税基本通達（平成１９年課法２－３による改正前のもの。以下同じ。）９－１－３及び同通達９－１－１９（乙１１）の趣旨に基づき、本件各中古構築物等のＢによる新築時の取得価格を再取得価格とみなして、その取得時から売買取引時までの期間について定率法により償却を行ったものとした場合に計算される未償却残額（以下「本件未償却残額」という。）に相当する金額をそのまま本件各中古構築物等に係る時価とすることに合理性がある。
そこで、上記算定方法により時価を算定すると、Ｂの本件中古構築物１の取得価額は合計２５０万円、本件各中古構築物等２の取得価額は合計８６０万１４８０円であり、各構築物ごとに法定耐用年数（甲１７）を用い、償却方法として定率法を採用して、順次事業年度ごとの減価償却費相当額及び事業年度末の帳簿価額相当額を求めた上で、本件未償却残額を算定すると、本件中古構築物１については１１９万１３９６円、本件中古構築物等２については３８０万３８２１円となり、その合計額は４９９万５２１７円となるから、本件裁決が認定した７０７万６１８４円を下回る。
これに対し、原告は、Ｂの取得価額が自己建築によるものであるから、その利益相当分が上乗せされなければ、正当な取得価額にはならない旨主張するが、本件各売買の実態によると、本件各中古構築物等の取得価額を超えてＢに生じた利益はすべて本件各土地の売却に起因するものと考えられるから、本件各中古構築物等の売却に係るＢの利益を勘案する必要はないというべきである。
(2) 次に、原告は、Ｂの用途から原告の用途に組み替えた上で、本件各中古構築物等を中古資産として取得したことから、減価償却資産の耐用年数等に関する省令（平成１９年財務省令第２１号による改正前のもの。以下「耐用年数省令」という。）３条１項２号ロ及び同条４項の規定により算出された耐用年数（本件裁決で認定された耐用年数と同じ。甲１７）を用いて、定率法により平成１６年６月期の本件各中古構築物等に係る減価償却費を求めると、総額は２０万４０１１円となり、本件裁決が認定した３２万９４７０円を下回る（なお、原告は本件各中古構築物等のいずれの資産についても、耐用年数を一律に６年として減価償却費を算定しているが、減価償却資産に係る耐用年数は、資産の種類や構造、用途等に応じて、耐用年数省令別表１に定める耐用年数を基礎として償却されるべきであるから、資産の種類や構造又は用途にかかわらず一律に同じ耐用年数を基礎として減価償却費を算定することはできず、また耐用年数を６年とした根拠も明らかでない）。
(3) 上記(2)と同じ方法により平成１７年６月期の本件各中古構築物等に係る減価償却費を算定すると、総額は９９万６２９２円となり、この金額は、本件裁決が認定した１４９万１７２２円を下回る。
(4) 以上に対し、原告の主張する本件各中古構築物等の価額算定方法とその正当性に関する主張は、以下のとおり、いずれも失当である。
ア 原告は、本件各土地が通常の時価で売買されたことを前提として本件各売買代金から本件各土地の価額を控除して本件各中古構築物等の価額を求めるという算定方法（以下「土地差引法」という。）が正当であると主張する。
しかしながら、まず、本件各土地の売買代金は、原告とＢの間の合意によって個別に決まるものであって、現実に当事者間で成立した個々の土地の売買代金が、その時点における路線価等を基に算出したその土地の評価額と一致するとは限らないから、本件各土地についてこのような評価額を算出したところで、本件各土地の売買価格が直ちに明らかになるわけではない。殊に、原告が、本件各売買当時の本件各土地の路線価を０．８で除して算定した額が本件各土地の時価として正当であるとした上で、本件各売買における代金総額から同価額を減じて算出した本件各中古構築物等の価額は、原告が主張する価額とは大きくかけ離れたものである（本件中古構築物１については２０４４万９１０５円増、約１４４％、本件中古構築物等２については９９４万６０２１円減、約２５％もの開差がある。）。また、原告は、本件売買１当時、近隣住民から激しい苦情を受けていた上、賃借地上の中間処理施設が違反建築であったために横浜市から是正勧告を受けており、他に移転しなければならないという強いプレッシヤーを受けていたところ、本件各土地は、市街化調整区域内にあり将来的にも近隣が住宅街になる可能性が極めて少なく、しかも、原告事務所から車で１０分ほどの距離にある原告にとって好都合で魅力的な物件であったというのであるから、仮に、そのような状況があったとすれば、原告が本件各土地を相場よりも高額で買い受ける特別な事情があったというべきである。
そうすると、原告が当該数式を基本として本件各中古構築物等の価額を求めたとは到底認められない。
イ 次に、Ｂは、平成１１年５月ころに本件各中古構築物等を取得した際の材料代及び人工代を算出した、建物科目計２３３万１８８０円及び構築物科目８７６万９６００円の合計１１１０万１４８０円を固定資産台帳に記載しており（乙２）、事実と異なる低い取得価額を記載する理由はないから、同記載額は正当な取得価額であると考えられ、しかも、本件各中古構築物等は本件各売買当時には４年又は５年程度Ｂの事業用に供されて物理的に劣化し、同取得価額よりも減価していたことが明らかであるところ、原告が確定申告において記載した本件各中古構築物等の取得価額は合計５３５５万円であって、Ｂの取得価額のおよそ４．８倍にもなっており、この一事だけをもってしても、原告が記載した本件各中古構築物等の取得価額が正当なものではないことが明らかである。
他方、Ｂは、平成１１年ころ、本件土地１（現況田、ただし一部８６㎡の地目は畑）について坪１０万円（地目畑部分につき坪３０万円）で、本件土地２（現況田）について坪１０万円で、それぞれ買い受け（乙３）、その後、自ら土盛り及び土留めをした上整地して利用価値を高めたのであるから、本件各土地は、本件各売買当時、大きく増価していたということができ、Ｂ元代表取締役が知人の不動産会社から周辺の売買例を聞いた上、坪１５万円程度になる可能性があると認識していたのは合理的である。
しかも、原告は、本件売買１に至った動機が前記アのとおりであると主張している。
そうすると、原告の主張するような土地差引法は、全く合理性を欠くというべきである。
ウ さらに、原告は、有限会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）作成の本件各中古構築物等についての合計見積額５６２２万７５００円（甲１８の１、２）が原告主張の取得価額の根拠であると主張する。
しかしながら、そもそも、Ｄ社による見積額は、本件各中古構築物等の再調達価格であり、本件各中古構築物等がＢ取得後４ないし５年間にわたりその事業用に供されていた中古資産で減価していたことを考慮しないものであって、原告が本件各中古構築物等の取得価額として再調達価格を根拠とすること自体不合理である。また、本件各中古構築物等の取得価額の根拠を再調達価格とすることは、本件各中古構築物等を原告の廃棄物処理事業にそのまま転用できるものであったことを理由として本件各中古構築物等の対価を含めた本件各売買の代金を合意した旨の主張とも矛盾する。しかも、前記見積額は、Ｂの取得価額１１１０万１４８０円の５倍以上であり、前記のとおりデフレーターにさほどの変化がないこと及びＤ社の種々の数量、単位及び単価の根拠が不明であること（甲１８の１、２）に照らせば、適正な再調達価格を算出したものとは到底考えられない。原告は、Ｂの取得価額を検証しようのないものであると反論するが、Ｂは、建設の際に使った材料代と人工代に基づいて減価償却資産台帳に同取得価額を記載したのであり、それが自己建設の実態に基づき法人税法施行令５４条１項２号に沿った額であることがうかがわれ正確なものということができるから、前記原告の主張は失当である。
さらに、原告は、本件各中古構築物等の取得価額の記載に当たって、同見積額に自由自在に大幅な修正を加えており、その修正理由にも合理的な裏付けはなく、その修正が恣意的であると評価せざるを得ず（例えば、「Ｄ社見積の５０％相当を現場管理費等として計上した。」、「本件売買１の塀と同価値とみなした」などとし、根拠が不明である。）、同見積額を基礎としたとはもはやいえないものとなっている。
エ 後記の原告の主張(5)の計算方法は、区分所有建物の専有部分の売買のように買主が一つの契約で建物部分と土地部分を共に買い受けることが明白な事情下にある事案についてのものであるのに対し、本件各売買では、本件各中古構築物等が売買対象であることが明白でないのであるから、これを本件各中古構築物等の価額の掲載方法として採用することはできないと考えられる。また、不動産鑑定士丙作成の意見書（以下「丙意見書」という。甲３０、３１）による本件各中古構築物等の価額は、耐用年数を一律２０年と査定した点で不合理である上、原告主張の取得価額と比較すると、本件中古構築物１については２１８万８２５０円（１５％）減、本件中古構築物等２については７１８万５７５０円（１７％）減であり、それぞれの差額が生じた根拠が不明であって、原告主張額が正当であることの根拠とはなり得ない。また、丙意見書は、前記のとおり合理的根拠を欠くＤ社による見積額を基礎としつつ、これを査定するという手法を採っており、合理的根拠を欠くといわざるを得ない。
(5) したがって、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分は、いずれも適法である。（原告の主張）
(1) 本件各中古構築物等の価額は、土地差引法で計算すべきであるところ、本件各土地の時価は、路線価が一般に時価（公示価格）の８割と理解されていることから、当時の路線価から算出できる。その結果は、以下のとおり、本件中古構築物１が３６４２万４１０５円であり、本件中古構築物等２が２９４２万８９７９円である。
ア ４８７５万円－路線価９８６万０７１６円÷０．８＝３６４２万４１０５円
イ ６１５４万円－路線価３２１１万１０２１円÷０．８＝２９４２万８９７９円
(2) 本件中古構築物１については、上記(1)アの計算結果と原告主張の価額１４１７万５０００円とに大きな差があるようにみえるが、これは、本件土地１が原告の事業に必要な施設を備えており、場所的近接性からも魅力的な土地であったため、土地について相場よりかなり高額で買い受けたことによるものであり、本件中古構築物１の時価との差額は結局土地代金として上乗せさせられたものであるから、原告の主張は正当である。
(3) 本件中古構築物等２については、上記(1)イの計算結果と、原告主張の価額３９３７万５０００円との間にそれほど齟齬はない。
(4) さらに、原告は、Ｄ社の本件各土地の図面（甲２８、２９）に基づく工事単価を集積した見積額（甲１８の１、１８の２）を基礎に本件各中古構築物等の取得価額を記載したのであって、同価額には正当性が認められる。
被告は、Ｂの取得価額を根拠として上記正当性を否定するが、同取得価額は、減価償却資産の元帳すら提出されていない以上その妥当性を検証しようのないものであり、しかも、本件各中古構築物等がＢの自己建築によるもので減価償却資産の購入の場合に比べて低くなる点（法人税法施行令５４条１項）を無視していて不合理である。
なお、Ｄ社の見積額をＢによる新築時の取得価格とした場合、新築時から本件各売買までの期間について、償却を行ったものとした場合に計算される未償却残額は、本件売買１については平成１５年１２月時点で９８５万１２８１円、本件売買２については平成１６年６月の時点で２７１４万１３５８円となる。
(5) また、土地及び中古構築物等が代金内訳の明示のないまま一括して売買された場合には、土地及び中古構築物を直接法により個別に時価評価した額の和と売買代金総額との差額について直接法による個々の時価の比率により按分計算する方法（以下「直接法による時価比率に基づく按分法」という。）も合理的であるところ、丙意見書によると、本件中古構築物１の価額は８２７万６０００円、本件中古構築物等２の価額は２７４７万５０００円であり、これを基礎として、上記計算をすると、本件中古構築物１は１７０７万２０００円、本件中古構築物等２は３４１５万８０００円となり（甲３０、３１）、原告の主張価額は、上記計算方法による価額と大差がないから、合理的である。
(6) 以上から、本件裁決が認定した減価償却費の損金不算入額を０円として計算すると、平成１６年６月期における納付すべき法人税額は８５１万６２００円、過少申告加算税額は９万８０００円であり、平成１７年６月期における納付すべき法人税額は２５１万９０００円、過少申告加算税額は１５万９５００円である。また、平成１６年６月期における消費税額は３８３万２３００円、納付すべき地方消費税額は９５万８０００円、過少申告加算税額は０円である。したがって、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分は違法であるから、その取消しを求める。
第４ 争点に関する当裁判所の判断
１ 本件の審理の対象ないし本件に対する裁決の拘束力の有無
課税処分の取消訴訟における実体上の審理の対象は、当該課税処分によって確定された税額の適否であり、処分行政庁の認定等に誤りがあっても、確定された税額が総額において処分時に客観的に定まっている税額を上回らなければ当該課税処分は適法と解され（最高裁平成４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁）、しかも、国税通則法１０２条１項は、「裁決は、関係行政庁を拘束する。」と規定するにとどまるところ、行政処分の審査請求手続と行政処分の取消訴訟手続とは全く別個の手続であり、裁決を経た後の課税処分の取消訴訟において、課税庁が裁決で認定された金額と異なる主張をすることも、裁決理由中の判断と異なる主張を行うことも許されないとする理由はないものといわねばならない。そうすると、被告は、(1)本件各中古構築物等取得の無償性又は(2)①本件各中古構築物等の売買代金総額が７０７万６１８４円を、②平成１６年６月期において記載されるべき減価償却費の総額が３２万９４７０円を、③平成１７年６月期において記載されるべき減価償却費の総額が１４９万１７２２円を、それぞれ上回るものではないことを主張立証することができ、かつ、かかる主張立証がされれば、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分は適法であるというべきである。
原告の課税処分の取消訴訟における実体上の審理の対象及び裁決の拘束力に関する解釈は、独自の見解であり、これを採用することはできない。
２ 本件各中古構築物等が無償取得されたものであるか否か
(1) 本件中古構築物１について
ア 被告は、本件中古構築物１が、前記第２の２(2)アのとおり本件売買契約書１に売買対象物件として記載されておらず、原告がＣ銀行に示した同(2)イの資金使途から外れ、証拠（乙２、３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂと原告との間の明示的な売買交渉の対象とされず、Ｂ代表取締役乙（以下「乙社長」という。）が平成１８年３月２３日財務事務官に対し、「構築物については価値のあるものとは思っていなかった。」旨の申述をしたこと、しかも、そのうちフェンス囲いが産業廃棄物の中間処理作業時に発生する騒音や飛散等を防ぐ特別な設備ではなく、砂置場が産業廃棄物の中間処理用に製作された特殊な処理溝ではなく、本件土地全面を舗装するコンクリートはなく砕石敷しかなかったことが認められることから、原告の事業に有用で固有の価値を持つものであったとはいえず、同２(5)のとおり原告が平成１６年度償却資産申告書にこれを記載しなかったのは原告もその価値を認めていなかったためであるとして、本件売買１の対象物件ではなく、原告が無償で取得した物である旨主張する。
イ そして、本件中古構築物１が本件売買１当時それら自体として独立の経済的価値があったとは直ちにいうことができない。しかしながら、証拠（乙２、６）及び弁論の全趣旨によれば、別表の３及び４項の構築物は、本件土地１に原告所有の１０トントラックで産業廃棄物を搬入し一時保管する上でなお有用な状態であることが認められ、かつ、その性質上、地面に締め固められて物理的に付着し容易に分離ないし移動し得ないものであり、継続的に本件土地１に付着せしめた状態で使用されることにより、本件土地１の価値を高めるその構成部分というべきものである。次に、同１ないし３項の各構築物は、いずれも本件土地１とともにＢが所有していた物であることについて当事者間に争いがなく、かつ、本件土地１の排他的占有又は駐車場若しくは動産の保管その他の事業用途による使用収益の継続に役立てられていた物であって、原告の事業用途、すなわち、１０トントラック１１台の駐車及び保管、産業廃棄物の散逸防止及び一時保管の限りで転用できるものであったことは、その構造上明らかである。そうすると、本件各中古構築物１は、原告にとって本件土地１の一部として又はその経済的効用を高める物として、本件土地１とともにその所有権移転がされるについて一定の対価支払に値するもの、すなわち、売り渡されるべき価値のあるものであったといわなければならず、反面、原告とＢが本件中古構築物１について本件売買契約書１の売買物件として明記せず、しかも、明示的な売買交渉をしなかったことは、必ずしも本件中古構築物１が本件売買１の対象物件であることを否定する要素ではないというべきである。
また、原告が本件売買１の代金を調達するに当たり借入金使途を「土地（駐車場）購入資金」としていたことは前記第２の２(2)イのとおりであり、乙社長が本件中古構築物１の経済的価値について否定的な申述をしたことは前示アのとおりであり、Ｃ銀行が本件中古構築物１につき担保として取得する手続をしなかったことは前記第２の２(2)イのとおりである。しかしながら、証拠（甲３３、乙２、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、原告が本件中古構築物１についてその内心において自らの事業に転用できると見込み、本件売買１後にそれを自らの事業用途に活用していること、他方、Ｂがその取得当時から本件売買１当時までの間本件中古構築物１を固定資産台帳（減価償却資産明細書）に記載し続けたことが認められるから、原告及びＢが本件売買１当時本件中古構築物１に全く経済的価値がない旨の認識をしていたとは考えられない。次に、原告が、Ｃ銀行に対し本件土地１につき根抵当権を設定した当時、本件土地１及び本件中古構築物１の所有権を有していたことについて当事者間に争いがなく、別表の４項本件裁決の認定欄記載の砕石敷が付加物（民法３７０条）であったということができ、同１ないし４項の各構築物がＢ所有時に引き続き本件土地１上で原告の事業用途に活用され始めていたことは前示のとおりで、これらは本件土地１の従物というべきであり（民法８７条１項）、本件土地１に対する根抵当権設定の効力が及ぶから（同条２項）、独立して担保取得の手続をとる必要がなかったことは明らかである。さらに、本件中古構築物１がいずれも原告にとって本件土地１の経済的価値を高めるものであることは前示のとおりであり、証拠（乙３）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂ取締役丁（以下「丁取締役」という。）が本件各中古構築物等について、「現状のまま引き渡した後は、原告がそれを取り壊すなり利用するなりご自由にという感覚」であったことが認められることと前示アの乙社長の申述とを総合すると、Ｂは、原告が本件中古構築物１をその事業に転用できれば前示の経済的価値が生かされるため、全く無価値であるとまではいえないものの、原告が本件中古構築物等をその事業用に転用できない場合にはその経済的価値がなく、かえって収去費用相当額を土地売買代金から減額されること等をおそれていたため、乙社長が前示アの申述をしたに過ぎないというべきである。
他方、被告の主張する本件土地１の無償取得がいかなる私法上の法律原因に基づくものなのかは不明である。仮に、それが、Ｂが原告に対し、本件売買１とは別に、本件中古構築物１を黙示的に贈与し又はその所有権を放棄したことであるとすれば、かかる黙示の意思表示（表示行為）を認めるに足りる客観的な証拠は何らなく、前記の被告が根拠とする認定事実のみから黙示の贈与契約の成立又は所有権放棄の意思表示を推認するに足りないことも前示各事実に照らし明らかである。
そして、本件中古構築物１を本件売買１の対象物件から除外した上、Ｂが原告から新たにその占有権原を取得してその所有権を維持するということは、本件売買１のような事業用地の売買においては取引通念上あり得ないから、本件中古構築物１を本件売買１の対象物件から除外するということは、とりもなおさず、Ｂが本件売買１に基づく売主の引渡債務の履行として本件各中古構築物１の収去義務を負うことと解するのが自然であるところ、原告が本件中古構築物１を自らの事業用途に転用する目的があったことは前示のとおりであり、証拠（甲３３、乙２、３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂが負債の返済に窮していたため、原告との本件売買１の交渉過程で本件中古構築物１の収去費用負担を強いられることを恐れてその取扱いについてあえて触れなかったことが認められるから、原告がＢに対し本件中古構築物１の収去を求める意思及びＢがこれに応じる意思など毛頭なかったというべきである。
以上の各事実を総合すると、Ｂと原告が、本件土地１に本件中古構築物１が存する現状有姿の状態で、各物件の代金内訳を明示せずに本件中古構築物１を本件土地１とともに売り渡したことを推認できるというべきである。
(2) 本件中古構築物等２について
ア 被告は、本件中古構築物等２が、前記第２の２(3)アのとおり本件売買契約書２に売買対象物件として記載されておらず、証拠（乙２、３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、明示的な売買交渉の対象ともされず、乙社長が平成１８年３月２３日財務事務官に対し「価値のあるものとは思っていなかった。」ものである旨の申述をしたこと、本件中古構築物１と同様に産業廃棄物の中間処理作業用の特別な設備ではないことが認められるから、固有の価値を持つものであったとはいえず、しかも、本件中古構築物１と異なる資産であるにもかかわらず、同(3)アのとおり本件土地２の売買代金が本件土地１と同様に坪１７万円に面積を乗じて算出されたのは原告が本件中古構築物等２に固有の価値を認めていなかったためであるとして、本件売買２の対象物件ではなく、原告が無償で取得した物であると主張する。
イ そして、本件中古構築物等２が本件売買２当時それら自体として独立の経済的価値があったとは直ちにいうことができない。しかしながら、本件売買２当時、別表の７項の構築物は、本件土地２に原告所有の１０トントラックを駐車し、それによって同８及び１０項の構築物に動産（前記第２の２(3)イ記載のリサイクル用品及び資材等）を搬入する上で経済的に有用であり、かつ、本件土地２に物理的に付着して容易に分離ないし移動し得ないものであり、継続的に本件土地２に付着せしめた状態で使用されることにより、本件土地２の価値を高めるその構成部分というべきものである。次に、同５、６及び８ないし１２項の各構築物は、本件土地２とは独立しているものの、いずれも本件土地２とともにＢが所有していた物であったことについて当事者間に争いがなく、かつ、同５及び６項の各構築物は本件土地２の排他的占有又は大型自動車若しくは動産の保管等に役立てられ、同８、１１及び１２項の各構築物は、本件土地２上の作業場所としての価値を付加し、同１０項の構築物は、本件土地２に天日に晒されても差し支えのない動産の保管場所としての価値を付加する物であって、原告にとってその事業用途の一部に転用できるものであったことは、本件中古構築物１と同様その構造上明らかである。そうすると、本件中古構築物等２は、原告にとって、本件土地２の一部として又はその経済的効用を高める物として、本件土地２とともにその所有権移転がされるについて一定の対価支払に値するもの、すなわち、売り渡されるべき価値のあるものであったといわなければならず、反面、原告とＢが本件中古構築物等２について本件売買契約書２の売買物件として明記せず、しかも、明示的な売買交渉をしなかったことは、必ずしも本件中古構築物等２が本件売買２の対象物件であることを否定する要素ではないというべきである。
また、乙社長が財務事務官に対し本件中古構築物等２の経済的価値について否定的な申述をしたことは前示アのとおりであり、Ｃ銀行が本件中古構築物等２につき担保としての取得手続をしなかったことは前記第２の２(3)イのとおりである。しかしながら、証拠（甲３３、乙２、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、原告が本件中古構築物等２についてその内心において自らの事業に転用できると見込んでいたこと、他方、Ｂがその取得当時から本件売買２当時までの間本件中古構築物等２を固定資産台帳（減価償却資産明細書）に記載し続けたことが認められるから、原告及びＢが本件売買２当時本件中古構築物等２に経済的価値がない旨の認識をしていたとは考えられない。次に、本件中古構築物等２が、いずれも、本件土地２の付加物又は従物であることは前示の性状から明らかで、本件土地２に対する根抵当権設定の効力が及ぶと解されるから、独立して担保取得の手続をとる必要がなかったことは明らかである。さらに、本件中古構築物等２がいずれも原告にとって本件土地２の経済的価値を高めるものであることは前示のとおりであり、乙社長の前示アの申述は前示(1)イと同趣旨に過ぎないというべきである。
他方、被告の主張する本件土地２の無償取得がいかなる私法上の法律原因に基づくものなのかは不明である。仮に、それが、Ｂが原告に対し、本件売買２とは別に、本件中古構築物等２を黙示的に贈与し又はその所有権を放棄したことであるとすれば、かかる黙示の意思表示（表示行為）を認めるに足りる客観的な証拠は何らなく、前記の被告の主張に沿う認定事実のみから黙示の贈与契約の成立又は所有権放棄の意思表示を推認するに足りないことも前示各事実に照らし明らかである。
そして、本件中古構築物等２を本件売買２の対象物件から除外した上、Ｂが原告から新たにその占有権原を取得してその所有権を維持するということは、本件売買２のような事業用地の売買においては取引通念上あり得ないから、本件中古構築物等２を本件売買２の対象物件から除外するということは、とりもなおさず、Ｂが本件売買２に基づく売主の引渡債務の履行として本件中古構築物等２の収去義務を負うことと解するのが自然であるところ、原告が本件中古構築物等２を自らの事業用途に転用する目的があったことは前示のとおりであり、他方、証拠（甲３３、乙２、３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂが本件売買１に基づく売買代金を株式会社Ｃ銀行及び株式会社Ｅ銀行に対する借入金債務の弁済に充当してもなおＥ銀行から残債務の返済を迫られていたため、原告との本件売買２の交渉過程で本件中古構築物等２の収去費用負担を強いられることを恐れてその取扱いについても本件売買１の交渉過程と同様にあえて話に出さなかったことが認められるから、原告がＢに対し本件中古構築物等２の収去を求める意思及びＢがこれに応じる意思など毛頭なかったというべきである。
以上の各事実を総合すると、Ｂと原告が、本件土地２に本件中古構築物等２が存する現状有姿の状態で、各物件の代金内訳を明示せずに本件中古構築物等２を本件土地２とともに売り渡したことを推認できるというべきである。
３ 本件各中古構築物等の取得価額は、本件裁決の認定額を上回るか否か
(1)ア本件各中古構築物等売買代金の額が本件各売買上明示されなかったことは当事者間に争いがなく、このような場合には、当事者の合理的意思として、その時価をもって代金額とするのが相当であると解されるところ、証拠（乙８、９）及び弁論の全趣旨によれば、非木造非住宅の建設工事費デフレーターがＢによる新築取得時である平成１１年度に９９．７であったのに対し、本件売買１当時である平成１５年度に９８．１、本件売買２当時である平成１６年度に９９．１であってさほど変化がないことが認められ、しかも、他に本件各中古構築物等の再取得価額が変動したことを示す要因が認められないから、その算定方法としては、本件各中古構築物等のＢによる新築時の取得価格を再取得価格とみなして、本件未償却残額に相当する金額をそのまま本件各中古構築物等に係る時価とする方法が合理的と考えられる（法人税基本通達９－１－３及び同通達９－１－１９。乙１１）とする被告の主張は、相応の合理性を備えたものと解される。
イ そして、同方法により本件各中古構築物等の時価を算定すると、証拠（甲１７、乙２）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂが平成１１年５月ころに本件各中古構築物等を取得した際の材料代及び人工代を算出し、建物科目計２３３万１８８０円及び構築物科目８７６万９６００円の合計１１１０万１４８０円を固定資産台帳（減価償却資産明細書）に記載し（これを本件中古構築物１と本件中古構築物等２に振り分けると、前者が合計２５０万円、後者が合計８６０万１４８０円である。）、各構築物の種類に対応する法定耐用年数を用い、定率法を採用して、順次事業年度ごとの減価償却費相当額及び事業年度末の帳簿価額相当額を求めた上で、本件未償却残額を算定すると、本件中古構築物１については１１９万１３９６円、本件中古構築物等２については３８０万３８２１円となり、その合計額は４９９万５２１７円となることが認められる。また、Ｂが事実と異なる低い取得価額を記載すれば、本件各中古構築物等に係る減価償却費及び本件各中古構築物等の取得の対価に係る控除対象仕入税額が低額となり、本来負担すべき税額を超過する法人税並びに消費税及び地方消費税の納付を余儀なくされるから、かかる事実と異なる記載をするとは考え難く、他方、それが自己建設の実態に基づき法人税法施行令５４条１項２号に沿った額であることがうかがわれるから、同記載額は正当な取得価額であるということができる。そうすると、前記台帳記載の本件各中古構築物等の取得価額合計は、本件裁決の認定額合計７０７万６１８４円を下回る。なお、証拠（乙３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂが大型のＵ字型側溝というイメージで別表記載９の地下室を試作したものの、その部品のジャンクション部分からの漏水が酷かったため当初から全く使えず、売り物にならなかったため、これを在庫として保管していたものに過ぎず、これを固定資産台帳に記載しなかったことが認められ、これについては、無価値と評価するのが相当である。
これに対し、原告は、Ｂの取得価額が自己建築によるものであるから、その利益相当分が上乗せされなければ、正当な取得価額にはならない旨主張するが、上記が正当な価額と解されることは前示のとおりであり、また、仮に平均的な現場管理費率と利益率との和を著しく超過するものということのできる４割を付加したとしても、その合計額は、本件裁決の認定価額を下回るのであるから、同主張は失当といわざるをえない。
ウ 次に、原告は、Ｂの用途から原告の用途に組み替えた上で、本件各中古構築物等を中古資産で取得したことは前示のとおりであるところ、証拠（甲１７）及び弁論の全趣旨によれば、各構築物ごとに耐用年数省令３条１項２号ロ及び同条４項の規定により算出された耐用年数（本件裁決で認定された耐用年数と同じ）を用いて、定率法により平成１６年６月期の本件各中古構築物等に係る減価償却費を求めると、総額は２０万４０１１円となることが認められ、同金額は、本件裁決が認定した３２万９４７０円を下回る。
エ さらに、証拠（甲１７）及び弁論の全趣旨によれば、前示ウと同じ方法により平成１７年６月期の本件各中古構築物等に係る減価償却費を算定すると、総額は９９万６２９２円となることが認められ、同金額は、本件裁決が認定した１４９万１７２２円を下回る。
(2) 以上に対し、原告は、本件各中古構築物等の取得価額が別表１ないし３及び５ないし１０項原告の主張欄記載のとおりであると主張し、以下の裏付けを述べる。
ア まず、原告は、土地差引法、すなわち、本件各売買当時の本件各土地の路線価を０．８で除して算定した額を本件各土地の時価とみなした上、本件各売買における代金総額から同価額を減じる算定方法によると、本件中古構築物１が３６４２万４１０５円であり、本件中古構築物等２が２９４２万８９７９円であって、原告の主張する取得価額を裏付けるものであるという。
しかしながら、証拠（乙２、３、原告代表者本人）及び弁論の全趣旨によれば、本件各土地の現況がＢによる取得当時に田で、その買受代金が坪１０万円（本件土地１の一部８６㎡は地目畑で坪３０万円）であったところ、Ｂがその取得後に土盛り、土留め及び整地をして利用価値を高めた上本件中古構築物等を建設したのであって、本件各土地が本件各売買当時大きく増価していたということができること、乙社長が知人の不動産会社から周辺の売買例を聞き坪１５万円程度で売れる可能性があると認識し、それより少しでも高く売り借入金をより多く弁済したいと考えていたこと及び原告代表者も本件各売買当時にＢによる本件各土地の増価を認識していたことが認められる上、原告が事業用地を速やかに取得する必要性に迫られていたことは前記第２の２(1)のとおりであり、しかも、本件各土地が原告肩書地から自動車で行くこのできる市街化調整区域内にありその周辺には本件各売買当時でも農地がある状況であったことは同２(2)アのとおりで、多少の騒音が生じても周辺住民から苦情を受ける可能性が低く、原告にとり絶好の物件であったということができるのであって、本件各土地のみの買受代金が坪１７万円と定められても何ら不思議ではない状況であったということができる。それにもかかわらず、路線価を基礎として本件各土地の時価を算定し土地差引法を適用することは、路線価と本件各土地との個別格差及び取引の実情を全く無視するもので、著しく不合理であるといわねばならない。
他方、本件各中古構築物等は、本件各売買当時、既に４年又は５年程度Ｂの事業用に供されて物理的に劣化し、同取得価額よりも減価していたことが明らかであるところ、原告が確定申告において記載した本件各中古構築物等の取得価額は合計５３５５万円であって、Ｂの取得価額のおよそ４．８倍であるから、原告の記載した本件各中古構築物等の取得価額が正当なものであるとは到底いえない。
イ 次に、原告は、Ｄ社の合計見積額５６２２万７５００円をその主張の裏付けとしている。
しかしながら、まず、Ｄ社による見積額は、本件各中古構築物等の再調達価格であり、本件各中古構築物等がＢ取得後４ないし５年間その事業に供されていた中古資産であって減価していることを考慮しないもので不合理である。次に、再調達価格を本件各中古構築物等の取得価額の根拠とすることは、本件各中古構築物等を原告の廃棄物処理業の一部にそのまま転用できるものであったことを理由として本件各中古構築物等の対価を含めた本件各売買の代金を合意したことが前示２のとおりであることとも矛盾する。さらに、前記見積額は、Ｂの取得価額１１１０万１４８０円の５倍超であること、前示のとおりデフレーターにさほどの変化がないこと及びＤ社の種々の数量、単位及び単価の根拠が不明であることに照らせば、適正な再調達価格を算出したものとはいえない。しかも、原告は、本件各中古構築物等の取得価額の記載に当たって、前記見積額に自由自在に大幅な修正を加えており、もはやこれを基礎としたとはいえないものである。したがって、前記見積額を原告の主張する取得価額の裏付けというには到底足りないというべきである。
ウ さらに、原告は、直接法による時価比率に基づく按分法を適用する丙意見書の算定結果を原告の主張の裏付けとする。
しかしながら、まず、証拠（甲３０、３１）及び弁論の全趣旨によれば、丙意見書が、本件各中古構築物等の耐用年数を一律２０年と査定したことが認められるところ、耐用年数を一律２０年として減価償却費を記載することは、減価償却資産に係る耐用年数が資産の種類や構造、用途等に応じて、耐用年数省令別表１に定める耐用年数を基礎として償却されるべきものであることに反し、かつ、耐用年数を２０年とした根拠も明らかでない。次に、上記各証拠及び弁論の全趣旨によれば、丙意見書による本件各中古構築物等の取得価額の算定結果を原告主張の取得価額と比較すると、本件中古構築物１については２１８万８２５０円（１５％）減、本件中古構築物等２については７１８万５７５０円（１７％）減であるにもかかわらず、各差額が生じた根拠について説明のないことが認められる。さらに、前記各証拠及び弁論の全趣旨によれば、丙意見書がＤ社による見積額を基礎とし、同見積対象項目のうち本来本件各中古構築物等に含めるべきでない項目を除外し、又は、過大部分を減額修正するという手法を採っていることが認められるところ、Ｄ社による見積額自体が失当であることは前示イのとおりであり、殊に、その前提となる種々の数量、単位及び単価の根拠についてすら不明である以上、丙意見書の査定手法を適用すること自体失当であるといわざるを得ない。
エ したがって、原告の主張する本件各中古構築物等の取得価額は、合理的な評価に裏付けられるものとは到底いうことができず、他方、被告の主張に沿った前示の時価の算定は相応の合理性を備えたものと解されるのであって、これに代わる本件裁決が認定した時価の金額を超える額の合理的な算定方法の提示がない以上、本件裁決により一部取り消された後の本件各処分は適法であるというべきである。
４ 結論
以上によると、原告の請求は、いずれも理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり、判決する。
横浜地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官 佐村浩之
裁判官 日下部克通
裁判官 小堀瑠生子
別紙物件目録及び別表本件各中古構築物等の取得価額省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11954.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。