税務訴訟資料第２６２号－１９６（順号１２０４６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号過少申告加算税賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（西脇税務署長事務承継者芝税務署長）
平成２４年９月２５日認容・確定
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
宮崎裕子
森大樹
被告
国
同代表者法務大臣
滝実
処分行政庁
西脇税務署長事務承継者
芝税務署長
今田繁雄
同指定代理人
関根英恵
森本利佳
岡田智辰
松丸憲司
多田英里
野村智子
吉留伸吾
主文
１ 処分行政庁が平成２１年９月２９日付けで原告に対してした原告の平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度の法人税の過少申告加算税賦課決定処分（ただし、処分行政庁が平成２１年９月２９日付けで原告に対してした変更決定処分後のもの）を取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文同旨
第２ 事案の概要
本件は、半導体基板の製造及び設計開発等を主たる事業とする株式会社である原告が、機械及び装置の増加償却（法定耐用年数を基準とした償却限度額を上回る減価償却を行うこと）の特例の適用要件である増加償却の「届出書」の提出を行っていないにもかかわらず、増加償却の特例を適用して法人税額を算出した上で、平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の確定申告書を提出したものの、その後、法人税法上増加償却を行うことができないので減価償却費の償却限度超過額が生じていたとして修正申告書を提出したところ、処分行政庁が原告に対して法人税の過少申告加算税賦課決定処分をしたことから、上記修正申告書の提出は「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」（国税通則法６５条５項）に該当するので、原告に対して過少申告加算税を賦課することはできないと主張して、上記賦課決定処分（ただし、処分行政庁による変更決定処分後のもの）の取消しを求める事案である。
１ 争いのない事実
(1) 当事者等
原告は、半導体基板の製造及び設計開発等を主たる事業とする株式会社であり、アメリカ合衆国アイダホ州に本店を有するＢ社（以下「Ｂ」という。）の１００パーセント子会社である。本件訴え提起後に、原告が本店所在地を兵庫県西脇市内から肩書地に移転したことにより、原告の法人税に係る事務は西脇税務署長から芝税務署長に承継された。
(2) 法人税法における減価償却制度及び増加償却の特例
ア 法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の固定資産の価値減少額である減価償却費は損金の額に算入されるところ（法人税法２２条３項）、具体的に損金の額に算入される金額は、当該法人が当該事業年度において減価償却費として損金経理をした金額のうち、当該法人が当該資産について選定した償却の方法に基づき計算した金額（償却限度額）に達するまでの金額とされている（同法３１条１項、法人税法施行令５８条）。
イ 法人税法における機械及び装置の耐用年数は、その業界におけるモデルプラントの１日の平均的な使用時間を基礎に算定されているところ、法人が超過操業を行い、その有する機械及び装置の実際の使用時間が業界における平均的な使用時間を著しく超えているような場合には、その機械及び装置の損耗が通常よりも早く進むこととなるので、当該損耗に応じた減価償却を行うことを可能とするために、減価償却に係る償却限度額の計算の特例として、損耗の程度に応じて通常の償却限度額より多い金額を償却限度額として取り扱うことができるという増加償却の制度が設けられている（法人税法３１条６項、法人税法施行令６０条、法人税法施行規則２０条及び２０条の２）。
法人税法施行令６０条は、増加償却の特例の適用を受けるための要件として、法人税の確定申告書の提出期限までに増加償却の「届出書」を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない旨規定している。
(3) 原告による確定申告等
原告は、平成２０年１１月２８日、西脇税務署長に対し、原告の本件事業年度の法人税について、減価償却費の計算における増加償却の特例を適用した上で、別表の「確定申告」欄記載の内容の確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を提出した。
原告が本件事業年度において増加償却の特例の適用を受けるためには、本件確定申告書の提出期限である平成２０年１１月３０日までに、西脇税務署長に対し、本件事業年度における増加償却の「届出書」（以下「本件届出書」という。）を提出しなければならなかったが、原告は、上記期限までに、西脇税務署長に対して本件届出書を提出しなかった。そのため、原告は、本件事業年度において、増加償却の特例の適用を受けることができず、本件確定申告書において算出していた減価償却費の金額には償却超過額が生じていた。
なお、原告は、平成１６年４月１日から同年８月３１日までの事業年度（以下「平成１６年８月期」という。）以降、本件事業年度の直前の事業年度までの各事業年度において、法人税の確定申告書の提出に先立ち、増加償却の「届出書」を西脇税務署長に対して提出していた。また、原告は、地方税法に基づき、固定資産税に係る償却資産申告書を西脇市役所に提出していたところ、同申告書には、法人税法に基づく増加償却の「届出書」の写しを添付していた。
(4) 原告に対する調査
大阪国税局の調査担当者（以下「本件調査担当者」という。）は、平成２１年７月２１日、原告の本店事務所に臨場して、法人税及び消費税に係る臨場調査を開始し、同年８月２１日までの間、臨場調査を実施した（以下「本件臨場調査」という。）。
(5) 原告による修正申告等
原告は、本件臨場調査中の平成２１年７月２８日、西脇税務署長に対し、本件事業年度について、増加償却の特例の適用を否定して所得額を再計算した上で、別表の「修正申告」欄記載の内容の修正申告書（以下「本件修正申告書」という。）を提出し、その後、本件調査担当者に対し、本件修正申告書を提出した旨を口頭で通知した。
本件調査担当者は、原告から上記口頭通知を受けた時点では、原告が本件届出書の提出をしていなかったことに気付いていなかった。
(6) 原告に対する過少申告加算税賦課決定処分等
西脇税務署長は、平成２１年９月２９日付けで、原告に対し、本件事業年度の法人税について、別表の「賦課決定処分」欄記載の内容の過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）を行うとともに、損金不算入となる役員給与の額があること、本件修正申告書で算出されている減価償却費の償却超過額が過大であることなどを理由として、別表の「更正処分等」欄記載の内容の法人税減額更正処分及び過少申告加算税変更決定処分（以下「本件変更決定処分」という。）を行った。
なお、原告は、上記減額更正処分の根拠及び適法性並びに本件賦課決定処分の計算関係については争っていない。
(7) 審査請求及び訴え提起等
原告は、平成２１年１１月２７日、本件賦課決定処分（ただし、本件変更決定処分後のもの。以下同じ。）の取消しを求めて審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２２年１０月１９日付けで、原告の審査請求を棄却する旨の裁決をした。
原告は、平成２３年４月１９日、本件賦課決定処分の取消しを求める本件訴訟を提起した。
２ 争点
本件修正申告書の提出が、過少申告加算税の適用除外要件とされる「その提出が、その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」（国税通則法６５条５項）に該当するか否か。
３ 争点に関する当事者の主張
(1) 原告の主張
ア 国税通則法６５条５項の解釈
国税通則法６５条５項にいう「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」という要件については、税務職員がその申告に係る国税についての調査に着手して、その申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見し、これによりその後の調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうということが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階（以下「客観的確実時期」という。）に達した後に、納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し修正申告書を提出したものでないことをいうとする解釈（以下「客観的確実性説」という。）が裁判例において定着している。国税通則法６５条５項の趣旨は、納税者の自発的な修正申告を奨励すること及び税務行政コストを軽減することにあるところ、上記の解釈は、同条項の趣旨に合致する妥当なものである。
イ 本件における当てはめ
本件においては、原告は、本件届出書の提出を失念していたことに自ら気付き、延滞税の発生を止めるため速やかに本件修正申告書を提出したものである。そして、本件修正申告書を提出した時点では、本件調査担当者は本件届出書が提出されていないことを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を何ら発見していなかったし、増加償却に関する調査はもとより、減価償却額の計算の検証も行われていなかったから、いわゆる客観的確実時期に達していなかった。
ウ まとめ
したがって、本件修正申告書の提出は「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に該当するから、原告に過少申告加算税を賦課した本件賦課決定処分は違法である。
(2) 被告の主張
ア 国税通則法６５条５項の要件該当性の判断枠組み
国税通則法６５条５項にいう「更正があるべきことを予知してされたもの」という要件は、そもそも納税者の主観的認識に係るものであり、客観的・一義的に判断することが難しいため、課税実務においては、個々の事案ごとに、税務調査の内容、検討対象として収集した資料の内容、調査の進捗状況、修正申告に至った経緯、納税者の具体的言動等の個別具体的な事情を総合考慮して事実認定を行い、修正申告書の提出が上記要件に当たるか否かを判断せざるを得ない。
そして、税務調査の実態としては、納税者は、税務調査が開始されれば、その時点で更正を予知するのがむしろ通常であるから、税務調査が開始された後に修正申告書が提出された場合については、特別の事情がない限り、更正を予知して行ったものと考えるべきである。国税通則法６５条に係る課税実務の運営指針である「法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」は、「通則法第６５条第５項の規定を適用する場合において、その法人に対する臨場調査…（中略）…等により、当該法人が調査のあったことを了知したと認められた後に修正申告書が提出された場合の当該修正申告書の提出は、原則として、同項に規定する『更正があるべきことを予知してされたもの』に該当する。」と定めており、課税実務においては、臨場調査等の具体的調査が行われた後に提出された修正申告書は、原則として、調査により更正を予知して提出されたものとして取り扱っている。
イ 本件届出書の不提出が発覚することは確実であったこと
(ア) 減価償却資産に係る調査においては、まず、減価償却資産の現物を確認して減価償却資産に係る事実関係を確定した上で、決算上及び税務申告上の減価償却費の計算をし、最終的に損金の額に算入した減価償却費の額の適否を検討するという一連の過程をたどるのが通常であり、特段の事情がない限り、損金の額に算入した減価償却費の額の適否という最終段階に至らないままに、減価償却費に係る調査が途中で終了することはない。そして、増加償却は減価償却費に係る償却限度額の計算の特例であるから、減価償却費の計算が正しく行われているかを確認する過程で、増加償却についても確認することになり、これに伴い増加償却割合が記載されている増加償却の「届出書」を確認することが必要になる。
また、減損損失とは、企業会計上の概念であり、ある資産が稼働していないことをもって会計上価値がないものとして当該資産の取得価額を減額することにより、損失として計上することをいうところ、法人税法上は、資産の評価損を計上する理由が限定されており、同法上の根拠に基づかない減損損失を損金の額に算入することは認められないので、会計上は損失とされた減損損失であっても、確定申告書において所得金額に加算しなければならないとされている。そして、減損損失の金額に誤りがあることが分かれば、法人税法上損金算入される減価償却費の額を算出するために、償却限度額の計算をやり直すことになるので、増加償却を適用した場合の償却限度額を計算する過程で、増加償却の「届出書」も確認することになる。
(イ) 原告は、本件確定申告書において、会計上減損損失として計上した金額よりも過大な金額を償却額計算の基礎となる金額に加算して償却限度額の計算を行い、過大な減価償却費を損金の額に算入していたところ、この部分は償却限度超過額として、所得金額に加算すべきものであった。
本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるよりも前に、原告担当者に対し、減損損失の会計処理について質問し、会計伝票の提出を求めるなどして調査を進めており、減損損失の会計処理に誤りがあることを把握していた。そして、減損損失の誤りについて調査すれば、当然に、増加償却を適用した場合の償却限度額の計算等をやり直すことになるところ、その計算を行うためには、増加償却割合を記載した増加償却の「届出書」を確認することが必要となる。
そうすると、本件調査担当者は、減損損失の会計処理に誤りがあることを把握したことにより、その後、増加償却を適用した場合の償却限度額の計算等をやり直すために「届出書」の有無を必ず確認することになるから、本件届出書の不提出が発覚することは確実であったというべきである。
また、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるよりも前に、本件確定申告書において減価償却費が計上されていた遊休設備に係る調査、損益計算書と本件確定申告書における減価償却費の金額の差異に係る調査、減価償却資産の現物確認及び稼働状況の確認の申入れを行うなど、減価償却計算の適否に係る調査を開始しており、本件修正申告書の提出時点では本件届出書の不提出に気付いていなかったとしても、その後、減価償却計算の適否を確認する過程で、増加償却割合が記載された本件届出書を確認し、本件届出書の不提出が発覚することは確実であった。
ウ 原告は本件届出書の不提出が発覚する可能性を認識していたこと
原告の担当者は、本件調査担当者が減損損失に係る会計伝票の提出を求めたことにより、上記会計伝票を確認して減損損失の会計処理に誤りがあったことを把握したはずであるにもかかわらず、本件修正申告書が提出された後まで上記会計伝票を提出していないところ、上記会計伝票はコンピュータから容易に出力することができるから、原告担当者は上記会計伝票の提出を意図的に避けていたと考えざるを得ない。このような原告担当者の行動は、本件調査担当者が行っていた減損損失に係る調査が進行することにより、増加償却割合が記載された本件届出書の不提出が指摘されることをおそれたためであると推認される。また、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるより前に、原告担当者に対し、減価償却資産全般に対する現物確認調査の申入れをしており、原告担当者は、本件臨場調査が減価償却に係る調査に及んでいることを認識していた。
そうすると、原告担当者は、本件臨場調査の内容や進捗状況からして、本件修正申告書を提出するより前に、本件臨場調査において本件届出書の不提出が発覚することを予知していたというべきである。
エ 本件修正申告書提出までの原告の行動は更正を予知していたことを推認させること原告担当者は、本件修正申告書を提出する前に、本来の提出先ではない西脇市役所に本件届出書の提出の有無を確認しており、本件届出書の提出の有無を西脇税務署に確認することを避けていた。
また、原告担当者は、本件修正申告書を提出した後、本件調査担当者に対し、本件臨場調査が増加償却の適用に直接関係する減価償却費の調査に及んでいたか否かを質問し、その回答をＩＣレコーダーで録音しようとした。
上記のような本件修正申告書提出前後の原告の行動は、原告が更正を予知していたことを強く推認させるものというべきである。
オ まとめ
以上のとおり、本件調査担当者が本件臨場調査において既に減価償却費の適否に係る調査を行っていた上、原告が本件届出書の提出の有無を確認するに当たり、本来の提出先である西脇税務署に直接確認することを意図的に避けていたことに加え、本件修正申告書提出直後の原告の行動等の具体的な事情を総合考慮すると、本件修正申告書の提出が本件臨場調査により「更正があるべきことを予知してされたもの」に当たることは明らかである。
なお、仮に原告の主張する客観的確実性説によったとしても、本件修正申告書の提出前に、本件調査担当者は、申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見しており、客観的確実時期に達していたから、本件修正申告書の提出が「更正があるべきことを予知してされたもの」に当たることは明らかである。すなわち、本件調査担当者は、本件修正申告書の提出より前に、本件確定申告書のみならず、固定資産台帳や減価償却費明細等の資料を収集していたところ、これらの資料は減価償却費の適否を検討するための重要な資料であって、上記イのとおり、減価償却費の適否に係る一連の調査を行う過程では本件届出書を確認することが確実であることからすれば、上記各資料は、申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料に当たるというべきである。また、上記イ及びウのとおり、本件臨場調査においては既に減価償却費の適否に係る調査が進行しており、その調査の過程で本件届出書の不提出が判明することは確実であったから、客観的確実時期に達していたというべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 過少申告加算税の制度は、過少申告により納税義務に違反した者に加算税を課することによって、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げることを目的とするものであるから、当初の申告において過少申告がされれば、その後修正申告書の提出があった場合でも、原則として、過少申告加算税は賦課されることになる（国税通則法６５条１項）。
一方、国税通則法６５条５項は、過少申告がされた場合であっても、その後修正申告書の提出があり、その提出が「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」は、過少申告加算税を賦課しない旨定めているところ、これは、課税庁において課税標準を調査する等の事務負担等を軽減することができることも勘案して、自発的に修正申告を決意し修正申告書を提出した者に対しては例外的に加算税を賦課しないこととし、もって納税者の自発的な修正申告を歓迎し、これを奨励することを目的とするものと解される。
そして、国税通則法６５条５項が、「調査があったことにより」更正があるべきことを予知したか否かによって、過少申告加算税を賦課するか否かを決することとしていることからすれば、当該調査が納税者の修正申告の自発性の否定につながる内容のものであること、すなわち当初申告が不適正であることの発見につながる調査があったことが要件となっているものと解すべきであり、また、「更正があるべきことを予知し」たとは、単に更正がされる主観的なあるいは一般的抽象的な可能性があるにとどまらず、更正がされることについて客観的に相当程度の確実性がある段階に達した後に、更正に至るべきことを認識したことをいうとするのが相当である。
そうすると、上記のような国税通則法６５条１項及び同条５項の趣旨や文言に照らすと、同項にいう「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」とは、税務職員が申告に係る国税についての調査に着手し、その申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見し、これによりその後の調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうということが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階（いわゆる「客観的確実時期」）に達した後に、納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し修正申告書を提出したものでないことをいうものと解するのが相当である。
これに対し、被告は、調査開始後に修正申告書が提出された場合については、特別の事情がない限り、更正を予知して行ったものと考えるべきである旨主張する。しかし、国税通則法６５条５項は、その文言上、一般に調査開始後に修正申告書が提出された場合にも適用され得ることが明らかであるから、調査開始後は修正申告書を提出しても同条項が原則として適用されないという前提における解釈は相当とはいえず、また、およそ調査開始後に修正申告書が提出された場合には当該修正申告書の提出は更正を予知してされたものであるという経験則が存在するともいえないから、この点についての被告の主張には与することができない。
また、被告は、税務調査の内容、検討対象として収集した資料の内容、調査の進捗状況、修正申告に至った経緯、納税者の具体的言動等の個別具体的な事情を総合考慮して事実認定を行い、修正申告書の提出が「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないとき」に当たるか否かを判断すべきであると主張するところ、被告が主張するような事情は、上記のとおり、個別具体的な事案において、修正申告がされたときにいわゆる「客観的確実時期」が到来していたか否か、納税者がやがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し修正申告書を提出したものでないといえるか否かを判断する上での判断材料として位置付けるのが相当である。
２ そこで、本件において、本件調査担当者が本件確定申告書における申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見し、これによりその後の調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうということが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階（いわゆる客観的確実時期）に達した後に、原告がやがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し本件修正申告書を提出したものでないといえるか否かについて検討する。
(1) 前記争いのない事実及び証拠（各文末に掲記する。なお、証拠を掲記しない事実は当事者間に争いがない事実である。）によれば、本件臨場調査及び本件修正申告書の提出に関し、以下の各事実が認められる。
ア 大阪国税局の担当者は、平成２１年７月３日、原告の財務担当部長に対し、同月２１日から、法人税及び消費税の調査を行う旨の電話連絡をした。
イ 本件調査担当者は、平成２１年７月１５日、原告の本店事務所を訪問し、原告の経理部の課長であった乙（以下「乙」という。）及びその部下である丙（以下「丙」といい、乙と併せて「乙ら」という。）に対し、調査の際に必要な書類等を記載した事前準備依頼書（以下「本件依頼書」という。）及び調査において確認する事項を例示列挙した書面（以下「本件確認事項書面」という。）を交付し、同月２１日の臨場予定日までに本件依頼書に記載した書類一式を準備するよう依頼した。
本件依頼書には、準備すべき書類として、直前２事業年度の固定資産台帳及び償却台帳並びに本件確定申告書等が記載され、また、本件確認事項書面には、調査項目として、減損損失についての減算理由や遊休設備償却費の具体的根拠等の７項目が記載されていた（甲３、４）。
ウ 丙は、平成２１年７月２１日（火）の朝、本件調査担当者が臨場する前に、本件臨場調査に備えて準備した資料を確認していたところ、通常は本件確定申告書の控えを綴ったバインダーの中に綴られているはずの本件届出書の控えが綴られていないことに気付き、乙にその旨を伝えた（甲１１、１２、乙６）。
エ 本件調査担当者は、平成２１年７月２１日（火）、原告の本店事務所に臨場して本件臨場調査を開始し、乙らから、本件確定申告書に加え、固定資産台帳、減価償却費明細及び増加償却レポート等（以下、併せて「本件固定資産台帳等」という。）の書類の提出を受けた。
なお、増加償却レポートとは、原告が法人税法施行令６０条に基づいて毎年作成しているものであり、増加償却の要件を満たしていることを確認することができるように、装置ごとの超過使用時間集計その他の償却金額の計算に必要な全てのデータを記載した資料である。オ(ア) 丙は、平成２１年７月２２日（水）及び同月２３日（木）、本件臨場調査に対応しつつ、その合間の時間に本件届出書の控えを探したが、本件届出書を発見することができず、本件届出書に代表取締役の印を押印するために必要な社内決裁書類も確認したが、本件届出書に係る社内決裁書類を発見することができなかった（甲１２）。
(イ) 乙は、平成２１年７月２４日（金）午前、原告の顧問税理士事務所である税理士法人Ｄ（以下「Ｄ」という。）に電話をし、仮に本件事業年度の法人税の確定申告に当たって本件届出書を提出していなかった場合にどうなるかを相談したところ、本件届出書を追加提出することは認められないので延滞税が日々発生すること、過少申告加算税を賦課される可能性があることなどの説明を受けた（甲１８）。
また、乙は、平成２１年７月２４日（金）午後、社内記録を自ら確認した結果、本件届出書の提出を失念していることをほぼ確信し、同日深夜、Ｂの国際税務担当者に対して、本件届出書の提出を失念した可能性が高く、この場合には増加償却の特例が適用されないので、法人税を追加納付しなければならない旨を電話で報告した（甲１１、１６）。そして、乙は、丙に対し、固定資産税納付のために西脇市役所に提出した償却資産申告書に本件届出書の写しが添付されているかについて、平成２１年７月２７日（月）の朝に西脇市役所で確認するよう指示した（甲１１、１２）。
(ウ) 乙は、平成２１年７月２５日（土）、原告の財務担当部長に本件届出書の提出を失念した可能性が高いことを説明し、Ｂの国際税務担当者から、Ｄと相談の上、対応方針を決定するとの連絡を受けた（甲１１、１４）。
また、乙は、平成２１年７月２６日（日）、原告の資金管理担当者に電話をし、本件届出書の提出を失念した可能性が高いことを説明して、法人税の修正申告をした場合の納税資金の手配が可能であるかを確認したところ、資金手配は速やかに可能である旨の回答を得た（甲１１、１５）。
(エ) 丙が平成２１年７月２７日（月）朝に西脇市役所において償却資産申告書に本件届出書が添付されていないことを確認した後、Ｂの国際税務担当者、原告の財務担当部長、乙ら及びＤの担当者が参加して電話会議が開かれ、Ｄから、本件届出書を追加提出しても増加償却は認められないであろうことが説明され、乙は、Ｂに対し、延滞税の増加を止めるために速やかに修正申告をすべきである旨主張した（甲１１、１２、１４、１６、１８）。その後、Ｂは、速やかに修正申告をすべきである旨のＤからの助言を踏まえて、修正申告及び追加納税をすることを決定し、平成２１年７月２８日（火）未明、乙に対し、電子メールで修正申告及び追加納税を指示した（甲１１、１２、１４、１６）。
また、丙は、上記電話会議終了後、本件修正申告書の作成及び納税の準備を行い、平成２１年７月２７日（月）夕方、原告代表者に事情を報告し、本件修正申告書に署名してもらった（甲１１、１２、１４）。
(オ) 丙は、Ｂから修正申告の指示があったことを受け、平成２１年７月２８日（火）午前、本件修正申告書を西脇税務署長に提出するとともに、約１０億６０００万円の法人税の追加納税手続を行った（甲７、１１、１２、１４、１５）。
カ 本件調査担当者は、本件臨場調査において、平成２１年７月２７日（月）までの間に、国外関連者との取引内容、経営指導料等の一般管理費や開発費の計上処理、Ｂとの取引に関する移転価格の算定方法、販売先に対する売上リベートの計上処理等について調査していた（甲１１、１２、乙１、６、８）。
また、本件調査担当者は、平成２１年７月２７日（月）までの間に、減価償却資産に係る調査として、減損損失の減算理由に関する質問及び乙らに依頼して提出してもらった関係資料の確認、遊休資産設備償却費の具体的根拠に関する質問及び乙らに依頼して提出してもらった関係資料の確認、損益計算書上の減価償却費と本件確定申告書上の減価償却費の金額の差異理由に関する質問、国外関連者であるＣ社から原告が購入した製造装置の移転価格の妥当性に関する質問及び当該装置の現物の確認依頼等を行っていた（甲４、１１から１３まで、１８、２０の１及び２、２４、乙１、５から８まで、１１）。ただし、本件調査担当者は、本件確定申告書における増加償却の特例の適用が法令の定める要件を充足しているか否か、あるいは増加償却計算が適正であるか否かについては、乙らに対して資料を求めたり質問をしたりするなどの具体的な調査は行っていなかった（甲１１、１２、乙６、８）。
なお、平成２１年７月２７日（月）までに行われた調査においては、丙が減損損失について伝票の金額と決算書の金額に３２万３０３４円の差額が生じていたことに気付いて本件調査担当者に告げたことを除けば、本件確定申告書における減価償却資産に係る申告内容に不適切な点は発見されていなかった（甲９、２４、乙６、８、１１）。
キ 乙らは、平成２１年７月２８日（火）午後、本件調査担当者に対し、同日午前中に本件修正申告書を提出したことを説明したが、この時点まで、本件調査担当者は、原告が本件届出書を提出していなかったことに気付いていなかった。
乙は、本件調査担当者に対して本件修正申告書を提出したことを説明するに当たり、ＩＣレコーダーで録音する旨告げた上で、最初に、本件臨場調査においては減価償却方法についてまだ調査していないことを確認する旨の質問をしたが、本件調査担当者からは明確な回答が得られなかった（甲１１、１８、乙６）。
(2) まず、上記認定事実によれば、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるより前に、本件臨場調査において、本件確定申告書及び本件固定資産台帳等（以下、併せて「本件確定申告書等」という。）を収集していたことが認められるところ、本件調査担当者が本件確定申告書等を収集していたことをもって、いわゆる客観的確実時期、すなわち本件確定申告書における申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見し、これによりその後の調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうということが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に達していたといえるか否かについて検討する。
ア 上記認定事実及び証拠（甲２、５、６、乙４）によれば、本件確定申告書には、減価償却額の計算に関する明細書が含まれていたほか、添付されている計算書類中の個別注記表には、機械及び装置について増加償却を実施している旨の記載があったこと、本件固定資産台帳等には原告が所有する機械及び装置に係る減価償却費等が記載されており、特に増加償却レポートには増加償却額の計算に必要なデータが記載されていたことがそれぞれ認められ、これらの事実によれば、本件調査担当者が本件確定申告書等を調査すれば、原告が増加償却の特例を適用した上で本件確定申告書を提出したことは容易に判明したものといえる。
イ しかし、原告が本件事業年度において増加償却の特例を適用したことについて、「届出書」提出という要件以外の適用要件が欠落していたことをうかがわせる証拠は存在せず、原告は、本件届出書を提出していなかったことのみをもってこの特例の要件を満たさないことになり、ひいては本件確定申告書における申告が不適正なものとなったものと認められるから、本件においていわゆる客観的確実時期に達していたというためには、本件届出書の不提出が発見されるであろうことが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に達していたことが必要であるというべきである。
そして、証拠（甲２、５、６、乙４）及び弁論の全趣旨によれば、増加償却の特例の適用要件であるところの増加償却の「届出書」の提出の有無については、本件確定申告書等に何ら記載がなく、また、確定申告書や固定資産台帳等に上記「届出書」の有無を記載したり、これを添付したりすることは法令等により求められていないことが認められるから、本件調査担当者が本件確定申告書等を調査しても、原告が本件届出書を提出していないことが必ずしも判明するわけではない。また、実際に、上記認定事実のとおり、本件調査担当者は、本件確定申告書等を収集していたにもかかわらず、乙らから本件修正申告書を提出したことを説明されるまで、本件届出書が提出されていないことについて何ら気付いてなかっただけでなく、本件届出書の提出の有無や増加償却計算の適否について関心を示し、これに関する質問や資料提出依頼をすることもなかったのである。そして、そもそも本件調査担当者において、本件修正申告書が提出される前に、本件確定申告書等を確認したことなどをきっかけとして、増加償却の特例の適用要件が充足されているか否か、あるいは増加償却計算が適正であるか否かについて調査しようと考えるに至っていたことをうかがわせる証拠も存在しない。
ウ したがって、本件確定申告書等は、本件届出書が提出されていないことを発見するに足る資料とはいえないし、本件届出書の提出の有無について調査する端緒となる資料ともいえないから、本件調査担当者が本件確定申告書等を収集していたことをもって、いわゆる客観的確実時期に達していたということはできないというほかない。
(3) 次に、上記認定事実によれば、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるより前に、本件確定申告書等の資料を収集するとともに、減損損失や遊休資産設備償却費等の減価償却計算の適否に係る調査を行っていたことが認められるところ、本件調査担当者がこのような減価償却計算の適否に係る調査を行っていたことをもって、いわゆる客観的確実時期に達していたといえるか否かについて検討する。
ア 上記(2)イで述べたとおり、本件においていわゆる客観的確実時期に達していたというためには、本件届出書の不提出が発見されるであろうことが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階にあったことが必要であるというべきである。
そして、上記認定事実によれば、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出された時点までに、増加償却の特例の適用要件が充足されているか否か、あるいは増加償却計算が適正であるか否かに関する調査を行っていなかったことが認められるだけでなく、本件調査担当者において、増加償却の特例の適用要件が充足されているか否か等について調査する必要があると考えていたことをうかがわせる証拠は存在しない。
また、上記認定事実によれば、本件調査担当者は、本件修正申告書が提出されるより前に、減価償却計算の適否に係る調査を行っており、減損損失に関する金額に差額が生じていることを把握していたことが認められるものの、減損損失に関する金額に差額が生じていることを把握したのは、原告担当者である丙からその旨告げられたからであって、本件調査担当者が自ら調査をして発見したものではないし、減損損失以外の減価償却資産に関係する申告内容に不適切な点を発見していたわけでもない。
そうすると、本件調査担当者が、減損損失や遊休資産設備償却費等の減価償却計算の適否に係る調査を行っていたからといって、更に調査を進めて償却限度額の再計算を行い、ひいては本件届出書の確認をすることになることが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に至っていたとは到底いうことができず、単にそのような一般的抽象的可能性があったにすぎない状況にあったというべきである。そして、このように申告が不適正であることの発見につながる一般的抽象的可能性を有するにすぎない程度の調査がされていたにとどまる段階で、いわゆる客観的確実時期に達していたものと認めることは、上記１で述べたとおり、国税通則法６５条５項の趣旨や文言に照らして相当ではない。
イ したがって、本件調査担当者が減価償却計算の適否に係る調査を行っていたとしても、本件修正申告書が提出された時点では、本件届出書の不提出が発見されるであろうことが客観的に相当程度確実であったとは認められないから、いわゆる客観的確実時期には達していなかったものというべきである。
(4) 上記(2)及び(3)で述べたところによれば、本件においては、本件調査担当者の調査により、本件届出書の不提出が発見されるであろうことが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に達する前に本件修正申告書が提出されたものと認められるところ、さらに、以下に述べるとおり、原告は、やがて更正に至るべきことを認識した上で修正申告を決意し本件修正申告書を提出したものではないと認められる。
ア すなわち、前記争いのない事実及び上記認定事実によれば、本件修正申告書の提出に至る経緯に関し、①原告は、平成１６年８月期以降、毎事業年度、増加償却の届出書を西脇税務署長に提出していたが、本件事業年度については本件届出書の提出を失念していたところ、平成２１年７月２１日に本件臨場調査に備えて準備した資料を確認したことによって、本件届出書の提出を失念している可能性があることに偶然気付いたこと、②原告は、本件届出書を提出したかを確認するのと並行して、平成２１年７月２６日には、修正申告をした場合の納税資金の手配が可能であることを確認し、同月２７日には、本件届出書の不提出が確実になったことから、顧問税理士事務所の助言を踏まえ、親会社であるＢに対して、延滞税の増加を止めるために速やかに修正申告をすべきである旨主張するとともに、本件修正申告書の提出に向けた準備を開始したこと、③原告は、平成２１年７月２８日、Ｂから修正申告の指示があった後すぐに、本件修正申告書を提出するとともに追加納税手続を行ったことがそれぞれ認められる。
このような経緯からすれば、原告は、本件臨場調査そのものによって本件届出書の不提出に気付いたものではないし、不提出に気付いた後は、延滞税の発生を止めるため、可及的速やかに本件修正申告書の提出及び追加納税を行ったものと認められるから、原告は、本件臨場調査における具体的な調査とは直接関係することなく、本件修正申告書の提出をしたものということができる。
イ 一方、上記認定事実によれば、原告担当者である乙らは、減価償却計算の適否に関連する質問への回答や資料の提出をしたり、製造装置の現物確認依頼を受けたりしたことにより、本件調査担当者が減価償却計算の適否に係る調査を行っていることを認識していたと認められる。
また、上記認定事実によれば、乙らは、平成２１年７月２４日には本件届出書を提出していないことをほぼ確信していたが、本件修正申告書を提出するまで、そのことを本件調査担当者に告げなかったことが認められるところ、これは、乙らが、本件届出書の不提出を告げれば、そのことを理由に更正がされ過少申告加算税を賦課される可能性があると考えていたからであると推認される。
しかしながら、上記(2)イで述べたとおり、原告が本件事業年度において増加償却の特例を適用したことについて、「届出書」提出という要件以外の適用要件が欠落していたことをうかがわせる証拠は存在せず、原告は、本件届出書を提出していなかったことのみをもって増加償却の特例の適用要件を満たさないことになり、ひいては本件確定申告書における申告が不適正なものとなったものであるから、本件において、原告がやがて更正に至るべきことを認識していたというためには、本件届出書の提出という要件を欠いていることが発見されて更正に至るであろうことを原告が認識して修正申告を決意し修正申告書を提出したことが必要であるというべきである。
そして、上記(3)アで述べたとおり、本件修正申告書提出時においては、本件調査担当者が本件届出書の確認をすることになることが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に至っていたとは到底いうことができず、単にそのような一般的抽象的可能性があったにすぎない状況にあったというべきであり、しかも乙らは、本件修正申告書を提出する前に、本件調査担当者から、増加償却の特例の適用要件が充足されているか否かや増加償却計算が適正であるか否かについて質問等をされることは全くなかったことからするならば、乙らにおいて、「届出書」の提出という要件を欠くことが発見されていずれ更正に至るであろうことを認識して本件修正申告書を提出したとは認められない。
ウ これに対し、被告は、原告担当者が減損損失に関する会計伝票の提出を意図的に避けていたことからすれば、本件届出書の不提出が発覚する可能性を認識していたというべきである旨主張する。
しかし、上記認定事実のとおり、丙は、自ら進んで、本件調査担当者に対して減損損失に関する金額に差額が生じていたことを告げており、同人作成の陳述書（甲２４）にも、意図的に会計伝票の提出を引き延ばしたことはない旨記載されているところ、他に、丙において、減損損失に関する調査が進行することを妨げるために会計伝票の提出を意図的に避けていたことを認めるに足りる証拠はないから、被告の上記主張は採用することができない。
エ また、被告は、原告が本件修正申告書を提出する前に、本来の提出先ではない西脇市役所に本件届出書の提出の有無を確認しており、本件届出書の提出の有無を西脇税務署に確認することを避けていたことからすれば、原告が更正を予知していたことが推認される旨主張する。
確かに、上記認定事実によれば、原告担当者である乙は、平成２１年７月２４日に顧問税理士事務所から過少申告加算税を賦課される可能性があることを聞いていたほか、丙に対し、法人税を担当する西脇税務署ではなく固定資産税を担当する西脇市役所において、本件届出書の提出の有無を確認するよう指示したことが認められる。
しかし、これらの事実からは、乙が、本件臨場調査中に西脇税務署に本件届出書の提出の有無を直接確認すれば、それをきっかけにして本件届出書の不提出が発覚して法人税の更正がされ過少申告加算税を賦課される可能性があると考えていたことが推認されるものの、乙が、直接西脇税務署に確認すれば上記のような可能性があると考えていたからといって、本件臨場調査の進展に伴って本件調査担当者が本件届出書の不提出に気付き、更正されることを乙が予知していた事実まで推認することはできないのであるから、被告の上記主張は採用することができない。
オ さらに、被告は、原告担当者が、本件修正申告書を提出した後、本件調査担当者に対し、本件臨場調査が増加償却の適用に直接関係する減価償却費の調査に及んでいたか否かを質問し、その回答をＩＣレコーダーで録音しようとしたことからすれば、原告が更正を予知していたことが推認される旨主張する。
確かに、上記認定事実によれば、原告担当者である乙は、本件修正申告書を提出したことを本件調査担当者に説明した際、増加償却の特例に関する調査が始まっていないことについての言質をとって、これをＩＣレコーダーに録音しようとしたことが認められる。しかし、乙が、会話をＩＣレコーダーで録音しようとしたのは、まさに本件修正申告書を提出した後に、過少申告加算税の適用除外要件である国税通則法６５条５項該当性が問題になることを慮り、いまだ増加償却の特例の適用に関する調査が開始されていないことを記録化しようとしたからであると推認されるのであり、仮に、乙が、既に増加償却の特例の適用に関する調査が開始されており、本件届出書の不提出が発見されることが相当程度確実であると認識していたのであれば、そのような録音による記録化を試みることは考えられないから、乙が録音を試みたことは、むしろ、本件届出書の不提出が発見されることが相当程度確実であるとは認識していなかったことを示すものというべきであって、被告の上記主張は採用することができない。
カ したがって、原告は、本件臨場調査により本件届出書の不提出が発覚し、ひいては更正に至ることが相当程度確実であると認識しつつ修正申告を決意し本件修正申告書を提出したものではないと認められる。
３ 以上によれば、原告は、本件調査担当者において本件確定申告書における申告が不適正であることを発見するに足るかあるいはその端緒となる資料を発見し、これによりその後の調査が進行し先の申告が不適正で申告漏れの存することが発覚し更正に至るであろうということが客観的に相当程度の確実性をもって認められる段階に達する前に、自発的に修正申告を決意し本件修正申告書を提出したものであると認められるから、本件修正申告書の提出は「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない」というべきである。
したがって、本件においては、国税通則法６５条５項により、原告に対して過少申告加算税を賦課することはできないから、原告に過少申告加算税を賦課した本件賦課決定処分は違法というべきである。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由があるからこれを認容することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 定塚誠
裁判官 竹林俊憲
裁判官 馬場俊宏
別表
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
賦課決定処分
更正処分等
審査請求
裁決
年月日
平成20年11月28日
平成21年7月28日
平成21年9月29日
平成21年9月29日
平成21年11月27日平成22年10月19日
所得金額
2,837,902,880
6,380,907,261
－
6,201,828,611
納付すべき法人税額
785,979,700
1,848,881,200
－
1,795,157,500
過少申告加算税の額
－－
116,866,500
108,807,000
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12046.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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