税務訴訟資料第２６２号－２２３（順号１２０７３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号裁決取消請求事件（第１事件）、平成●●（○○）第●●号追加的併合事件（第２事件）
国側当事者・国（国税不服審判所長、江戸川南税務署長）
平成２４年１０月１７日棄却・控訴
判決
第１事件及び第２事件原告（以下「原告」という。）
甲
第１事件及び第２事件被告（以下「被告」という。）
国
同代表者法務大臣田中慶秋
裁決行政庁国税不服審判所長
生野考司
処分行政庁江戸川南税務署長
西山公造
被告指定代理人右田直也
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
国税不服審判所長が平成２３年１０月１２日付けでした、原告の平成２０年分の所得税につき江戸川南税務署長が行った更正をすべき理由がない旨の通知処分（平成２２年１０月２０日付けでされた異議決定によりその一部が取り消された後のもの。）に対する原告の審査請求を棄却する旨の裁決を取り消す。
２ 第２事件
江戸川南税務署長が平成２２年６月２３日付けでした、原告の平成２０年分の所得税に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分（平成２２年１０月２０日付けでされた異議決定によりその一部が取り消された後のもの。）を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、平成２０年分の所得税について、いわゆる分離長期譲渡所得の金額を２０５８万５０００円、納付すべき所得税の額を３０７万１１００円として確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした後、分離長期譲渡所得の金額及び納付すべき所得税の額をいずれも零円と更正をすべき旨の請求（以下「本件更正の請求」という。）をしたところ、江戸川南税務署長から、更正をすべき理由がない旨の通知を受け、これについてした異議申立て（以下「本件異議申立て」という。）について、その一部を取り消す旨の決定（以下「本件異議決定」といい、これにより一部が取り消された後の上記通知に係る処分を「本件通知処分」という。）を受けたが、なお不服があるとし、審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたものの、国税不服審判所長から本件審査請求を棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）を受けた。
本件は、原告が、本件通知処分は原告の平成２０年中の分離長期譲渡所得の金額を計算するに当たり資産の取得費の額を過少なものとしている違法があるなどと主張して、本件裁決の取消しを求め（第１事件）、また、本件通知処分の取消しを求めたもの（第２事件。以下、第１事件に係る訴訟と併せて「本件訴え」という。）である。
１ 関係法令の定め
(1) 所得税法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下同じ。）
ア ２２条２項
総所得金額は、第２章第２節（２３条から６８条まで。各種所得の金額の計算）の規定により計算した次に掲げる金額の合計額（７０条１項若しくは２項（純損失の繰越控除）又は７１条１項（雑損失の繰越控除）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）とする。一利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額、譲渡所得の金額（３３条３項１号（譲渡所得の金額の計算）に掲げる所得に係る部分の金額に限る。）及び雑所得の金額（これらの金額につき６９条（損益通算）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の合計額
二（略）
イ ３３条３項
譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額。以下３３条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。
一資産の譲渡（３３条２項の規定に該当するものを除く。同条３項２号において同じ。）でその資産の取得の日以後５年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）二資産の譲渡による所得で３３条３項１号に掲げる所得以外のもの
(2) 租税特別措置法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下同じ。）
ア ３１条
(ア) ３１条１項
個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利（以下租税特別措置法３２条までにおいて「土地等」という。）又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下同条までにおいて「建物等」という。）で、その年１月１日において所有期間が５年を超えるものの譲渡（所得税法３３条１項に規定する建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下租税特別措置法３２条までにおいて同じ。）をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法３３条３項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額とし、同法３２条１項に規定する短期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同項後段の規定にかかわらず、当該計算した金額を限度として当該損失の金額を控除した後の金額とする。以下租税特別措置法３１条１項及び３１条の４において「長期譲渡所得の金額」という。）に対し、長期譲渡所得の金額（同法３１条３項３号の規定により読み替えられた所得税法７２条から８７条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下租税特別措置法３１条の３までにおいて「課税長期譲渡所得金額」という。）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、所得税法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなす。
(イ) ３１条２項
租税特別措置法３１条１項に規定する所有期間とは、当該個人がその譲渡をした土地等又は建物等をその取得（建設を含む。）をした日の翌日から引き続き所有していた期間として政令で定める期間をいう。
(ウ) ３１条３項
租税特別措置法３１条１項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。一所得税法２条１項３０号から３４号の３までの規定の適用については、同項３０号中「山林所得金額」とあるのは、「山林所得金額並びに租税特別措置法３１条１項（長期譲渡所得の課税の特例）（同法３１条の２（優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）又は３１条の３（居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）に規定する長期譲渡所得の金額（以下「長期譲渡所得の金額」という。）」とする。
二所得税法６９条の規定の適用については、同条１項中「譲渡所得の金額」とあるのは「譲渡所得の金額（租税特別措置法３１条１項（長期譲渡所得の課税の特例）に規定する譲渡による譲渡所得がないものとして計算した金額とする。）」と、「各種所得の金額」とあるのは「各種所得の金額（長期譲渡所得の金額を除く。）」とする。
三所得税法７１条から８７条までの規定の適用については、これらの規定中「総所得金額」とあるのは、「総所得金額、長期譲渡所得の金額」とする。
四所得税法９２条及び９５条の規定の適用については、同法９２条１項中「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び租税特別措置法３１条１項（長期譲渡所得の課税の特例）」と、「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び租税特別措置法３１条１項に規定する課税長期譲渡所得金額の合計額」と、同条２項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、同項に規定する課税長期譲渡所得金額に係る所得税額」と、所得税法９５条中「その年分の所得税の額」とあるのは「その年分の所得税の額及び租税特別措置法３１条１項（長期譲渡所得の課税の特例）の規定による所得税の額」とする。
五前各号に定めるもののほか、所得税法第２編第５章（１０４条から１５１条まで）の規定による申請又は申告に関する特例その他租税特別措置法３１条１項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
イ ３５条１項
個人が、その居住の用に供している家屋で政令で定めるものの譲渡（当該個人の配偶者その他の当該個人と政令で定める特別の関係がある者に対してするもの及び所得税法５８条の規定又は租税特別措置法３３条から３３条の４まで、３７条、３７条の４、３７条の７若しくは３７条の９の２から３７条の９の４までの規定の適用を受けるものを除く。以下同法３５条において同じ。）若しくは当該家屋とともにするその敷地の用に供されている土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。以下同条において同じ。）をした場合又は災害により滅失した当該家屋の敷地の用に供されていた土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡若しくは当該家屋で当該個人の居住の用に供されなくなったものの譲渡若しくは当該家屋で当該個人の居住の用に供されなくなったものとともにするその敷地の用に供されている土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡を、これらの家屋が当該個人の居住の用に供されなくなった日から同日以後３年を経過する日の属する年の１２月３１日までの間にした場合には、当該個人がその年の前年又は前々年において既に同条１項又は３６条の２、３６条の５、４１条の５若しくは４１条の５の２の規定の適用を受けている場合を除き、これらの全部の資産の譲渡に対する同法３１条又は３２条の規定の適用については、次に定めるところによる。
一租税特別措置法３１条１項中「長期譲渡所得の金額（」とあるのは、「長期譲渡所得の金額から３０００万円（長期譲渡所得の金額のうち３５条１項の規定に該当する資産の譲渡に係る部分の金額が３０００万円に満たない場合には当該資産の譲渡に係る部分の金額とし、同項２号の規定により読み替えられた３２条１項の規定の適用を受ける場合には３０００万円から同項の規定により控除される金額を控除した金額と当該資産の譲渡に係る部分の金額とのいずれか低い金額とする。）を控除した金額（」とする。
二租税特別措置法３２条１項中「短期譲渡所得の金額（」とあるのは、「短期譲渡所得の金額から３０００万円（短期譲渡所得の金額のうち３５条１項の規定に該当する資産の譲渡に係る部分の金額が３０００万円に満たない場合には、当該資産の譲渡に係る部分の金額）を控除した金額（」とする。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告による資産の譲渡
原告は、平成１９年６月２７日、その所有に係る別紙２物件目録記載１の土地及び同記載２の建物（以下「本件建物」といい、これらを総称して「本件不動産」という。）を、Ａ株式会社に対し、代金を１億５２１０万円として譲渡（以下「本件譲渡」という。）をし、同社は、平成２０年３月１０日、本件不動産につき、同社を登記名義人とする所有権の移転の登記をした。（甲１、乙１）
なお、本件不動産については、①平成２年７月１１日、同日売買を原因とする乙（以下「乙」という。）から株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）に対する所有権の移転の登記が、②平成３年１０月２８日、同月２５日売買を原因とするＢから株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）に対する所有権の移転の登記が、③同月２８日、同月２５日譲渡担保を原因とするＣからＤ株式会社（以下「Ｄ」という。）に対する所有権の移転の登記が、④平成９年１０月３１日、同月３０日競売による売却を原因とするＤから株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）に対する所有権の移転の登記が、⑤平成１０年４月２８日、同日売買を原因とするＥから丙（以下「丙」という。）に対する所有権の移転の登記が、⑥平成１５年１１月２６日、真正な登記名義の回復を原因とする丙から原告に対する所有権の移転の登記が、それぞれされていた。（乙４、乙５の１・２）
(2) 本件訴えの提起に至る経緯
ア 原告は、平成２１年３月１１日、江戸川南税務署長に対し、平成２０年分の所得税について、総所得金額（雑所得の金額）を２６万９０９４円、上記(1)の本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額を２０５８万５０００円、納付すべき所得税の額を３０７万１１００円とする確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を提出して、本件確定申告をした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「確定申告」欄参照。）。（乙２）
なお、上記の長期譲渡所得の金額は、本件不動産を平成１０年３月１２日にＥから購入代金を６６０１万５０００円として取得したとした上で、その他の費用を含めた取得費の額を居住部分につき４７３４万３３３４円及び事業用部分につき５３６７万１６６６円とし、譲渡に要した費用の額を居住用部分につき３４万円及び事業用部分につき１６万円として、計算されたものである。（乙３）
イ 原告は、平成２１年１０月２６日付けで、江戸川南税務署長に対し、平成２０年分の所得税について、本件不動産の取得費の額は、①原告のＢへの貸付金２０００万円（以下「本件貸付金」という。）、②Ｂに本件不動産を譲渡した乙の所得税を原告が乙に代わって納付した額６５３９万７３００円（以下「本件代位納付税額」という。）及び③原告がＥから丙名義で本件不動産を買い受けた際の売買代金（以下「本件売買代金」といい、これに係る売買契約を、以下「本件売買契約」という。）の価額８０００万円等の合計２億１５３９万７３００円であるとして、長期譲渡所得の金額を零円、納付すべき所得税の額を零円とする本件更正の請求をした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「更正の請求」欄参照。）。（甲１、乙１）
なお、本件更正の請求に係る更正請求書に添付された「更正の請求をするに至った事情」と題する書面には、ａ原告は、平成２年、本件不動産の当時の所有者であった乙から、その売却につき依頼を受け、Ｂに話を持ち込んだところ、両者の間で取引が成立した、ｂその後、Ｂは、資金繰りのために乙から８０００万円を借り受ける一方で、上記ａの売却に係る乙の負担する所得税のうち８２００万円余を代位納付することとなり、原告は自己資金２０００万円（上記①の本件貸付金）を含む１億円をＢに貸し付けるとともに、本件貸付金等を保全するために本件建物に入居した、ｃその後、Ｂはその主要取引先の破綻により上記ｂの所得税の代位納付を継続することが困難となったため、原告は、Ｂの懇願を受けて、平成４年３月３１日までに、上記ｂの所得税のうち６５３９万７３００円（上記②の本件代位納付税額）を代位納付した、ｄ原告は、平成９年１０月３０日に本件不動産を競売により取得したＥから、同年１１月半ば頃、立ち退きを求められ、その後の平成１０年３月初め、これを８０００万円で買い取るよう求められて、同額を丙からの４０００万円の借入金等により支払って（上記③の本件売買代金）、当初は登記名義を丙に移転した等の旨が記載されていた。（乙４）
ウ 江戸川南税務署長は、本件更正の請求について、平成２２年６月２３日付けで、更正をすべき理由がない旨の通知をした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「更正をすべき理由がない旨の通知処分」欄参照。）。
エ 原告は、平成２２年８月２０日付けで、江戸川南税務署長に対し、上記ウの通知に係る処分について、本件不動産につきＢから原告への所有権移転登記はされていないものの、原告は、Ｂから所有権移転登記に必要な書類一式を受領するとともに、本件建物に入居して喫茶店を営業し、現実に引渡しも受けていたのであるから、これをＢから取得したことは明らかであり、また、Ｅへの８０００万円の本件売買代金の支払については、売買価額を同額とする売買契約書がある等として、本件異議申立てをした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「異議申立て」欄参照。）。（乙４）
これに対し、江戸川南税務署長は、平成２２年１０月２０日付けで、別表１「本件通知処分の経緯」中の「異議決定」欄記載のとおり、社会保険料控除の金額の誤りを理由に上記ウの通知に係る処分の一部を取り消す本件異議決定をした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「異議決定」欄参照。）。（乙４）
オ 原告は、平成２２年１１月４日付けで、国税不服審判所長に対し、本件異議決定を経た後の本件通知処分になお不服があるとして、①Ｂは、平成２年５月頃、原告の仲介により、乙から本件不動産を５億円で購入し、その際、資金繰りの必要のため、原告から１億円の融資を受けることとし、原告は、自己資金２０００万円（本件貸付金）及び乙から同年７月頃に借り入れた８０００万円をＢに貸し付け、Ｂは、本件不動産を譲渡担保として、所有権移転登記に必要な書類を原告に交付し、その引渡しもした、②また、原告は、乙との間で、上記①の借入金の返済に代えて、原告が乙の本件不動産の譲渡に係る所得税を納付する旨を合意し、平成４年３月末までに、６５３９万７３００円（本件代位納付税額）を代位納付した、③Ｂに対する上記①の１億円の貸付金のうち、自己資金を原資とした部分である２０００万円（本件貸付金）及び原告が乙に代わって乙の所得税を納付した部分である６５３９万７３００円（本件代位納付税額）については、その全額が回収不能となっているから、その合計金額８５３９万７３００円（以下「本件Ｂ回収不能額」という。）については、長期譲渡所得の金額の計算上、資産の取得費として控除されるべきである、④Ｅと原告との間の本件不動産に係る本件売買契約の売買代金（本件売買代金）は８０００万円であった（本件売買契約の締結については、原告は、売買価額を８０００万円とする売買契約書（以下「本件第１契約書」という。）のほかに、Ｅ側からの求めに応じて公表用と称する売買価額を６６０１万５０００円とする売買契約書（以下「本件第２契約書」という。）を作成したが、真実の売買価額は８０００万円であり、実際に８０００万円を支払っている。）から、長期譲渡所得の金額の計算上、８０００万円が資産の取得費として控除されるべきであるとして、本件審査請求をしたところ、同所長は、平成２３年１０月１２日付けで、本件審査請求を棄却する旨の本件裁決をした（別表１「本件通知処分の経緯」中の「審査請求」及び「審査裁決」欄参照。）。（甲１、乙１）
カ 原告は、平成２４年１月２４日、本件裁決の取消しの訴え（第１事件）を提起し、同年２月１６日、本件通知処分の取消しの訴え（第２事件）を上記第１事件に係る訴訟に併合して提起した。（当裁判所に顕著な事実）
３ 本件更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
後記５に掲げるほか、別紙３「本件通知処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
４ 争点（第１事件及び第２事件）
(1) 本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上、本件貸付金及び本件代位納付税額を資産の取得費の額に算入することができるか。
(2) 本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上、資産の取得費の額に算入されるべき本件売買代金の金額はいくらか。
５ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 争点(1)（本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上、本件貸付金及び本件代位納付税額を資産の取得費の額に算入することができるか）について
（原告の主張の要点）
ア 前記２(2)オ①ないし③のとおり、原告は、Ｂに対して貸し付けた１億円の担保として本件不動産を譲り受けたものであり、上記１億円の貸付金のうち、本件Ｂ回収不能額（本件貸付金及び本件代位納付税額）について、その全額が回収不能となっているから、本件Ｂ回収不能額は、長期譲渡所得の金額の計算上、資産の取得費として控除されるべきである。
イ 原告は、平成２年７月１１日に融資の保全のために本件建物を喫茶店兼住居として使用することとなり、その後の１８年間、他人に対して本件不動産に係る賃料を支払ったことはないが、これは、本件不動産が自分のものであったからである。また、Ｂは、原告に対し、白紙委任状その他本件不動産の所有権の登記名義人の変更に必要な書類を交付しており、原告は、これを大切に保管しているほか、江戸川南税務署にも提出している。原告が、Ｂとの売買（代金１億円）により、本件不動産の所有権を取得したことは間違いない。
（被告の主張の要点）
ア 原告は、平成１０年、本件不動産を丙名義でＥから取得したとも主張しているところ、Ｂに対して貸し付けた１億円の担保として本件不動産を譲り受けたとの主張は、これと明らかに両立し得ないものである。
イ 原告が主張するような高額の金銭の貸付けをし、その際に譲渡担保が設定されたのであれば、通常、譲渡担保を原因とする所有権の移転の登記がされるはずであるところ、本件不動産の所有権の登記名義人は、平成３年１０月２５日売買を原因としてＢからＣに移転し、さらに、同日譲渡担保を原因として同社からＤに移転しているのみであり、本件不動産について、原告を登記名義人とする譲渡担保を原因とする所有権の移転の登記がされた事実は認められない。このことに加えて、上記のとおり、高額の金銭の貸付けを行い、その際に譲渡担保を設定しているのであれば、これらを証する契約書等の書面が作成されているはずであるが、原告は、その主張する事実関係を立証する証拠を何ら提出していない。また、本件代位納付税額を納付したのは、原告ではなく有限会社Ｆ（以下「Ｆ」という。）であると認められるから、原告が、平成４年３月までに、乙に代わって本件代位納付税額を納付したとする事実が認められないことも明らかである。
以上のとおり、原告の主張は何ら証拠に基づかないものであるのみならず、原告の他の主張との矛盾を含むものであり、到底信用できるものではなく失当である。かえって、客観的な証拠によれば、原告がＢから本件不動産の所有権を譲渡担保の設定を受けたことを原因として取得した事実や原告が乙に代わって本件代位納付税額を納付した事実は認められず、原告がＢに１億円を貸し付けていないことは明らかというべきである。
(2) 争点(2)（本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上、資産の取得費の額に算入されるべき本件売買代金の金額はいくらか）
（原告の主張の要点）
ア 前記２(2)オ④のとおり、本件売買契約における真実の本件売買代金の額は８０００万円であり、原告は、実際にＥに対し、８０００万円を支払っているのであるから、長期譲渡所得の金額の計算上、８０００万円が資産の取得費として控除されるべきである。また、本件第１契約書に対応する領収書は最初から作成していないが、これは、本件第１契約書に係る契約がいわゆる裏契約である以上、常識と考える。
イ 本件確定申告の段階で、本件売買契約に係る真実の売買代金額を出せなかったのは事情があったためである。原告としては、今の気持ちでは、本件確定申告の際、全ての経費を数字として書き入れ、確定所得申告をしておけば良かったと切実に感じている。
（被告の主張の要点）
以下のことからすると、原告がＥから本件第１契約書に記載されていたとする売買代金額（８０００万円）をもって本件不動産を取得したとは到底認められず、原告の平成２０年分の所得税について、長期譲渡所得の金額の計算上、当該金額を資産の取得費とすることはできない。
ア 原告は、自身がＥとの間で作成したとする本件第１契約書を証拠として提出しておらず、その存在自体に極めて疑義がある。
イ Ｅが丙宛てに作成した受領書（乙６）及び領収証（乙７）によれば、Ｅは、平成１０年３月１２日付けで、本件売買契約の手付金として１０００万円を、また、同年４月２８日付けで残代金として５６０１万５０００円をそれぞれ受領したことが認められるところ、これらの合計金額６６０１万５０００円は、原告が本件確定申告書に添付した本件内訳書（乙３）に記載したＥに支払ったとする本件売買代金の金額と一致する。
ウ 原告が真実の本件売買代金の額であると主張する金額（８０００万円）と上記受領書（乙６）及び領収証（乙７）に記載された各金額の合計額（６６０１万５０００円）との差額（１３９８万５０００円）について、Ｅがこれを受領したことを裏付ける証拠は見当たらない。なお、上記受領証及び領収証が丙宛てに作成されているのは、原告が本件不動産を丙名義により取得したためであると思料される。
エ 原告は、本件第１契約書に記載されていたとする売買代金額８０００万円が真実の本件売買代金の額であるというのであれば、本件確定申告書において、長期譲渡所得の金額の計算上、当該金額を購入代金として資産の取得費に計上すれば足りるところ、原告はこれを計上していなかった上、本件更正の請求に至るまで、真実の本件売買代金の額が８０００万円であったことや本件第１契約書の存在を一切主張していなかったのであり、このような原告の態度は、本件第１契約書に記載されていたとする売買代金額が真実であったとすれば、著しく不自然なものである。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)について
(1) 原告は、①平成２年５月頃、Ｂに対して１億円を貸し付ける旨Ｂと合意し、同年７月頃、８０００万円を乙から借り入れた上、これに自己資金を加えた１億円をＢに貸し付け、その際、Ｂが本件不動産に譲渡担保を設定したため、Ｂから、本件不動産の所有権の移転の登記に必要な書類を受領するとともに、本件不動産の引渡しを受けた、②原告と乙との間で、上記の借入金の返済に代えて、本件不動産の譲渡に係る乙の所得税を乙に代わって原告が納付する旨の合意がなされたため、原告が、平成４年３月末までに、乙に代わって本件代位納付税額を納付した旨主張する。
(2) しかしながら、本件において、原告とＢとの間で原告の主張する時期にその主張するような金銭の貸借及び本件不動産を目的とする譲渡担保の設定の合意がされたことを的確に裏付ける契約書等の証拠ないし事情は見当たらない。
ところで、証拠（甲１、乙１）によれば、原告は、上記の主張を裏付けるものとして、本件審査請求に係る手続において、国税不服審判所に対し、①委任状、②登記事項に変更及びある事項の登記がないことの証明書並びに③根抵当権設定契約証書を提出したが、①上記委任状は、「登記義務者」欄等にＢの記名押印があるものの、「年月日」、「登記権利者」、「受任者」及び「委任事項」の各欄はいずれも空欄であり、②上記登記事項に変更及びある事項の登記がないことの証明書は、Ｂの登記事項に変更がないこと及び代表者の代表権の制限に係る登記がないことを証明するものにすぎず、③上記根抵当権設定契約証書は、「根抵当権設定者兼債務者」欄にＢの記名押印が、「債務者」欄にＢの記名があるものの、「契約日」、「契約の相手方」及び「根抵当物件の表示」欄はいずれも空欄であったことが認められる。
このように、上記委任状及び根抵当権設定契約証書は、いずれも未完成の書類であるだけでなく、上記の各書類には原告が設定を受けた旨を主張する譲渡担保について何らの記載もないものである。
この点に関し、原告は、本件不動産につき仮に当時Ｂから原告への所有権の移転の登記をしていれば、原告がＢの債務を負うことも十分にあったから、当初から原告名義にしておくことは原告にとってメリットがなかったと主張する趣旨と解されるが（第１事件の訴状に添付された本件裁決に係る裁決書の写しの６頁の書き込み参照）、本件不動産の所有権の移転の登記がされたことから原告が上記のように本来は負う理由のないＢの債務につき責任を負うこととなる根拠は明らかではなく、前提事実(2)に認定したような本件更正の請求及びその後の不服申立ての手続における原告の主張の内容の変遷等にも照らすと、一件記録によっても、原告の主張するような貸借契約及び譲渡担保契約の成立を認めるには足りないというほかない。
(3) また、証拠（甲１、乙１、乙４、乙５の１・２）によれば、本件代位納付税額を納付したのは、原告ではなく、原告が代表取締役ではあるものの、飽くまで法人格としては別の主体であるＦであることが認められ、他に原告が本件代位納付税額を納付したことを認めるに足りる証拠はない。
(4) 以上に述べたように、原告が平成２年頃の譲渡担保の設定により本件不動産を取得したとは認め難く、このことを前提として本件Ｂ回収不能額が本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上取得費の額に算入されるべきものとする原告の主張を採用し難いことは明らかであり、また、上記の前提を離れて、本件Ｂ回収不能額が本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上取得費の額に算入されるべきものと解する根拠も、見当たらないというほかない。
２ 争点(2)について
(1) 原告は、競売により本件不動産を取得したＥから本件不動産を購入する旨の合意（本件売買契約）をし、その売買代金額を８０００万円とする旨が記載された本件第１契約書を作成したのであって、真実の本件売買代金の額は８０００万円であり、実際にＥに対し、８０００万円を支払っているのであるから、長期譲渡所得の金額の計算上、真実の本件売買代金の額である８０００万円が資産の取得費として控除されるべきである旨主張する。
(2) 証拠（甲１、乙１、乙３、乙６、乙７）及び弁論の全趣旨によれば、①本件においては、本件不動産の売買代金額を８０００万円とする旨が記載された本件第１契約書及びこれを６６０１万５０００円とする旨が記載された本件第２契約書が存在すること、②本件第１契約書と本件第２契約書は、本件不動産の売買代金額以外の点は全て同じ内容であり、売主をＥ、買主を丙、契約日を平成１０年３月１２日とし、売買代金の支払については、契約日に手付金１０００万円を、本件不動産の引渡し及び所有権移転登記の手続完了と同時に残代金を一括で支払う旨の記載があること、③Ｅが同日付けで作成した丙宛ての受領書（乙６）には、本件不動産の売買代金の手付金として１０００万円を受領した旨の記載があること、④Ｅが同年４月２８日付けで作成した丙宛ての領収証（乙７）には、本件不動産の残代金として５６０１万５０００円を領収した旨の記載があること、⑤原告は、本件内訳書（乙３）において、本件不動産の購入代金を６６０１万５０００円と記載し、これを本件確定申告書に添付していることが認められる。
(3) このように、Ｅが受領したことを書面（乙６、７）で認めている金額と本件第２契約書に記載されている本件不動産の売買代金額とは一致し、原告自身も本件第２契約書記載の金額を前提とした本件確定申告をしていたのであって、本件第１契約書の記載と矛盾する複数の客観的証拠及び原告自身の行動がある上、Ｅが上記６６０１万５０００円に加えて１３９８万５０００円を本件不動産の売買代金として受け取ったことを裏付ける的確な証拠もないことも併せ考慮すると、本件第１契約書の存在を前提に一件記録を参照しても、本件売買代金の金額が８０００万円であると認めるには足りないというべきである。なお、原告は、本件第１契約書の内容に沿った領収証等は作成していないところ、それは本件第１契約書の内容が裏契約である以上、常識である旨主張するが、仮に、原告の主張するところを前提としたとしても、上記判断は直ちに左右されるものではないというべきである。
したがって、原告の平成２０年分の所得税について、本件譲渡に係る長期譲渡所得の金額の計算上、原告の主張する８０００万円を資産の取得費の額に算入することはできないというべきであり、これに反する原告の主張は採用することができない。
３ 本件通知処分の適法性について
以上に述べたところのほか、証拠（甲１、乙１ないし４）及び弁論の全趣旨によれば、本件通知処分の根拠及びその適法性については、別紙３に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
４ 本件裁決の取消しを求める点について
原告は、本件裁決が取り消されるべきものである旨主張する。
しかしながら、本件裁決は、本件通知処分についての審査請求に対してされた裁決であるところ、裁決の取消しの訴えにおいて違法事由として主張することができるのは、裁決固有の瑕疵に限られ、処分の違法を理由として取消しを求めることはできない（行政事件訴訟法１０条２項）。
本件においては、原告が本件裁決の瑕疵として指摘するものは、本件通知処分の違法事由であり、裁決固有の瑕疵についての主張はされていないのであって、他に本件裁決の適法性に問題があることをうかがわせる証拠ないし事情は見当たらず、本件裁決は適法というべきである。原告の主張は採用することができない。
第４ 結論
よって、原告の請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官石村智
裁判官福渡裕貴
（別紙１）
指定代理人目録
髙橋直樹、片野美千子、宇野憲之、橋本健、小野由美子、古嶋敬三、石井正
別紙２及び別表２－１、２－２省略
（別紙３）
本件通知処分の根拠及び適法性
１ 本件通知処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の平成２０年分の所得税の課税標準等及び税額等は、次の(1)ないし(6)のとおりである。
(1) 総所得金額（別表２－１の①欄の金額）
２６万９０９４円
前記金額は、所得税法２２条２項１号に基づき計算した原告の平成２０年分の所得税に係る総所得金額であり、本件確定申告書に記載された金額（本件確定申告書第一表⑨欄の金額）と同額である。
(2) 長期譲渡所得の金額（別表２一１の②欄及び２－２の⑥欄の金額）
２０５８万５０００円
前記金額は、原告が、平成２０年中に、原告の所有に係る本件不動産をＡ株式会社に対して譲渡（本件譲渡）したことについて、所得税法３３条３項並びに租税特別措置法３１条及び３５条に基づき計算した長期譲渡所得の金額であり、次のアの金額からイないしエの各金額を控除した後の金額である。
なお、前記長期譲渡所得の金額は、本件確定申告書に記載された金額（本件確定申告書第三表づ欄の金額）及び原告が本件確定申告書に添付した本件不動産に係る「譲渡所得の内訳書」（乙３。以下「本件内訳書」という。）に記載された金額（本件内訳書３面（上部に「居住用部分」との記載があるもの）下部の「Ｅ譲渡所得金額（Ｃ－Ｄ）」欄の金額）と同額である。
ア 譲渡による収入金額（別表２－２の①欄の金額）
１億５２１０万円
前記金額は、本件譲渡における本件不動産の譲渡の対価の金額であり、本件確定申告書に記載された金額（本件確定申告書第三表㋝欄の金額）及び本件内訳書に記載された金額（本件内訳書２面「①譲渡価額」欄の金額）と同額である。
イ 取得費の額（別表２－２の②欄の金額）
１億０１０１万５０００円
前記金額は、所得税法３３条３項に規定する本件不動産の取得費の額であり、本件内訳書に記載された金額（本件内訳書３面（上部に「居住用部分」及び「事業用部分」と記載されているもの）の各「②取得費」欄の金額の合計額）と同額である。
ウ 譲渡に要した費用の額（別表２－２の③欄の金額）
５０万円
前記金額は、所得税法３３条３項に規定する本件不動産の譲渡に要した費用の額であり、本件内訳書に記載された金額（本件内訳書３面（上部に「居住用部分」及び「事業用部分」と記載されているもの）の各「③譲渡費用」欄の金額の合計額）と同額である。
エ 特別控除額（別表２－２の⑤欄の金額）
３０００万円
前記金額は、租税特別措置法３５条１項１号による居住用財産の譲渡所得の特別控除の金額であり、本件内訳書に記載された金額（本件内訳書３面（上部に「居住用部分」と記載されているもの）下部の「Ｄ特別控除額」欄の金額）と同額である。
(3) 所得控除の金額の合計額（別表２－１の③欄の金額）
３９万４８００円
前記金額は、社会保険料控除の金額１万４８００円及び基礎控除の金額３８万円の合計額である。
(4) 課税総所得金額（別表２－１の④欄の金額）
０円
前記金額は、前記(1)の総所得金額２６万９０９４円から前記(3)の所得控除の金額の合計額３９万４８００円を控除した後の金額である。
(5) 課税長期譲渡所得金額（別表２－１の⑤欄の金額）
２０４５万９０００円
上記金額は、前記(3)の所得控除の金額の合計額３９万４８００円を上記(1)の総所得金額２６万９０９４円から控除してもなお控除しきれなかった金額１２万５７０６円を、前記(2)の長期譲渡所得の金額２０５８万５０００円から控除した後の金額（ただし、国税通則法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下「通則法」という。）１１８条１項により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(6) 納付すべき所得税の額（別表２－１の⑨欄の金額）
３０６万８８００円
前記金額は、租税特別措置法３１条１項に基づき、前記(5)の課税長期譲渡所得金額２０４５万９０００円に、１００分の１５の税率を乗じて計算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
２ 本件通知処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の平成２０年分の所得税に係る納付すべき所得税の額は、前記１(6)のとおり、３０６万８８００円であり、本件通知処分における原告の納付すべき所得税の額と同額であるから、本件通知処分は適法である。
以上
別表１本件通知処分の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正の請求
更正をすべき理由が
ない旨の通知処分
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月
日平成21年3月11日
平成21年10月26日
平成22年6月23日
平成22年8月20日
平成22年10月20日
平成22年11月4日
平成23年10月12日
総所得金
額①
269,094
269,094
269,094
269,094
269,094
269,094
内訳
雑所得の金
額②
269,094
269,094
269,094
269,094
269,094
269,094
分離長期譲渡所得
（一般分）の金額③
20,585,000
20,585,000
20,585,000
所得控除の額の合計額④
380,000
380,000
380,000
380,000
394,800
380,000
課税総所得金額（①－④
）⑤
課税分離長期譲渡所得金額⑥
20,474,000
20,474,000
20,459,000
課税総所得金額に対する税額⑦
課税分離長期譲渡所得金額
に対する税
額⑧
3,071,100
3,071,100
3,068,850
算出税額の合計額
（⑦＋⑧
）⑨
3,071,100
3,071,100
3,068,850
納付すべき税
額⑩
3,071,100
3,071,100
3,068,800
棄却
（注）１⑥欄の金額は、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
２ ⑩欄の金額は、１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12073.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。