税務訴訟資料第２６２号－２５４（順号１２１０４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（町田税務署長）
平成２４年１２月４日一部認容・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
伊藤茂昭
古川和典
白沢勇樹
伊藤茂昭訴訟復代理人弁護士太田孝彦
被告
国
同代表者法務大臣
滝実
処分行政庁
町田税務署長
前原真一
同指定代理人
関根英恵
森本利佳
長田光弘
清水一夫
田中正美
中藤修治
主文
１ 町田税務署長が原告の平成１８年６月１日から平成１９年５月３１日までの事業年度の法人税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち所得金額１億０５７１万９３３３円及び納付すべき税額２７１４万５８００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定のうち４５６万４０００円を超える部分を取り消す。
２ 町田税務署長が原告の平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの課税期間における消費税及び地方消費税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち納付すべき消費税額２３７万１８００円及び納付すべき譲渡割額５９万２９００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち４万２０００円を超える部分を取り消す。
３ 原告のその余の請求を棄却する。
４ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 主位的請求
(1) 町田税務署長が原告の平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの事業年度の法人税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち所得金額マイナス１３１０万４３１０円を超える部分及び納付すべき税額マイナス４０３万８９５０円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定を取り消す。
(2) 町田税務署長が原告の平成１８年６月１日から平成１９年５月３１日までの事業年度の法人税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち納付すべき税額マイナス１８５０万１９０６円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
(3) 主文第２項同旨
２ 予備的請求
(1) 町田税務署長が原告の平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの事業年度の法人税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち所得金額マイナス１３１０万４３１０円を超える部分及び納付すべき税額マイナス４０３万８９５０円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定を取り消す。
(2) 町田税務署長が原告の平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの課税期間における消費税及び地方消費税について平成２１年３月３１日付けでした更正処分のうち消費税の差引税額２４０万４２００円及び地方消費税の譲渡割額６０万１０００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち４万６０００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）の株式を保有していた原告が、Ｂと株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）との間で株式交換契約が締結された際、Ｂに対して平成１８年法律第８７号による改正前の商法（以下「旧商法」という。）３５５条１項に基づく反対株主の株式買取請求権を行使して、原告保有のＢの株式（以下「本件Ｂ株式」という。）を譲渡（以下「本件株式譲渡」という。）したことから、本件株式譲渡の対価の額（以下「本件株式譲渡価額」という。）の一部は法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のものをいう。以下同じ。）２４条１項４号の自己株式の取得として同法２３条１項１号の配当等の額とみなされる（以下、配当等の額とみなされる金額を「みなし配当額」という。）として、同条１項の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しないことができる旨の規定（以下、同項の規定を「受取配当金の益金不算入規定」という。）を適用して確定申告をしたところ、処分行政庁から、本件株式譲渡の対象は本件Ｂ株式ではなく株式交換により割り当てられたＣの株式（以下「本件Ｃ株式」という。）であるからみなし配当額は発生せず、本件株式譲渡による譲渡利益又は譲渡損失（以下「譲渡損益」という。）を益金又は損金の額に算入すべき時期は、原告が確定申告をした事業年度よりも１期前の事業年度であるとして、平成１８年５月期（平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの事業年度をいい、以下、他の事業年度についても同様の表現をする。）及び平成１９年５月期の法人税の各更正処分（以下、平成１８年５月期の法人税の更正処分を「平成１８年５月期法人税更正処分」、平成１９年５月期の法人税の更正処分を「平成１９年５月期法人税更正処分」、法人税の各更正処分を併せて「本件法人税各更正処分」という。）及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、平成１８年５月期の法人税の過少申告加算税の賦課決定処分を「平成１８年５月期法人税賦課決定処分」、平成１９年５月期の法人税の過少申告加算税の賦課決定処分を「平成１９年５月期法人税賦課決定処分」、法人税の各賦課決定処分を併せて「本件法人税各賦課決定処分」といい、本件法人税各更正処分と本件法人税各賦課決定処分を併せて、以下「本件法人税各更正処分等」という。）並びに平成１７年６月１日から平成１８年５月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分」といい、本件消費税等更正処分と併せて以下「本件消費税等更正処分等」といい、本件法人税各更正処分等と本件消費税等更正処分等を併せて「本件各処分」という。）を受けたことから、主位的請求として、本件株式譲渡の対象は本件Ｂ株式であり、本件株式譲渡に係る所得は平成１９年５月期に実現したから、本件株式譲渡に係る譲渡損益は平成１９年５月期の益金又は損金の額に算入すべきであり、原告は平成１９年５月期に本件株式譲渡に係る譲渡損益を益金の額に算入し、受取配当金の益金不算入額及び法人税法６８条１項の規定（以下「所得税額控除規定」という。）による所得税額控除額をそれぞれ記載して確定申告をしたのであるから、これを認めない本件各処分には本件株式譲渡の対象、本件株式譲渡に係る譲渡損益の算入時期並びに受取配当金の益金不算入規定及び所得税額控除規定の適用に関する事実誤認及び法令解釈の誤りがあるとして、本件各処分の取消しを求め、予備的請求として、本件株式譲渡の対象は本件Ｂ株式であるが、仮に本件株式譲渡に係る所得が平成１８年５月期に実現し本件株式譲渡に係る譲渡損益を平成１８年５月期の益金又は損金の額に算入すべきであるとしても、原告が平成１８年５月期に本件株式譲渡に係る譲渡損益を益金又は損金の額に計上せず、みなし配当額について受取配当金の益金不算入額及び所得税額控除額を記載して確定申告をしなかったことについてはやむを得ない事情があり、又は、平成１９年５月期に本件株式譲渡に係る譲渡損益を益金の額に算入し、みなし配当額について受取配当金の益金不算入額及び所得税額控除額を記載して確定申告をしたことにより、法人税法２３条６項所定の受取配当金の益金不算入規定の適用要件及び同法６８条３項所定の所得税額控除規定の適用要件がそれぞれ満たされているとして、本件各処分の取消しを求めている事案である。
２ 関係法令の定め等
別紙１のとおり。なお、別紙で用いた略称は、以下の本文においても用いることとする。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 当事者等
ア 原告は、昭和●年●月●日に設立された不動産の貸付及び管理等を目的とする株式会社である。原告の取締役であり、原告代表者の夫でもある乙（以下「乙」という。）は、原告の実質的な経営者である。（甲１）
イ Ｂは、昭和●年●月●日に設立された生鮮魚介類の販売等を目的とする株式会社である。乙は、昭和４７年６月２８日から平成１６年１０月２９日までの間、Ｂの代表取締役を務めていたが、同日、代表取締役を辞任するとともに、保有していたＢの株式の一部をＣに譲渡し、後記(4)の株式交換の効力発生の日までＢの株式６０万４８３６株を保有していた。（乙５、８の１及び２）
ウ Ｃは、昭和●年●月●日に設立された株式会社であるが（設立当時の商号は、Ｄ株式会社）、平成８年１月から外食事業を開始し、平成１６年１０月、原告及び乙ほか１０名のＢの株主からＢの株式３７０万１７８２株（平成１６年１０月２９日当時のＢの発行済み株式数５５４万９８９８株の約６６．７％）を取得してＢを子会社化した上で、平成●年●月●日に当時の商号である株式会社Ｅから株式会社Ｃに商号を変更するとともに、持株会社に移行した。（乙３、９、１０）
(2) ＢとＣとの間の株式交換契約及び原告による株式買取請求
ア Ｂは、平成１７年１２月１３日、Ｃとの間で、Ｃを完全親会社、Ｂを完全子会社とするため、Ｂの株式１株にＣの株式を平成１８年２月２１日に０．００５６株割り当てる（以下「本件株式交換」という。）という内容の株式交換契約（以下「本件株式交換契約」という。）を締結した。原告は、平成１７年１２月当時、Ｂの株式を５３万８９９９株保有していたため、原告が本件株式交換に応じたとすれば、Ｃの株式を３０１８．３９４４株割り当てられることになっていた。（甲８、乙４）
イ Ｂは、同日、Ｂの株主に対し、本件株式交換契約の承認を議題とする臨時株主総会を同月２８日に開催する旨の株主総会の招集通知を発送した。（乙１２）
ウ 原告は、同月１９日、Ｂに対し、本件株式交換に反対する旨の意思を通知するとともに、同月２８日に開催されたＢの臨時株主総会においても反対の意思を表明したが、上記株主総会に出席した株主の３分の２以上の賛成を得て、本件株式交換契約は承認された。（甲９、１０）
エ 原告は、平成１８年１月１４日、Ｂに対し、旧商法３５５条１項に基づき本件Ｂ株式について株式買取請求（以下「本件株式買取請求」という。）をした。（甲１１）
(3) 原告とＢとの間の価格協議
原告は、平成１８年２月８日に、ＢからＢの株式を１株当たり１９５６円で買い取る旨の打診を受けて以降、Ｂとの間で協議を重ね、同月２８日、Ｂとの間で買取価格の協議が整ったため、同年３月１０日に合意書の取交し及び代金決済を行うこととした。（甲１２）
(4) 本件株式交換の効力の発生
本件株式交換は、平成１８年２月２１日、その効力を生じた。
(5) 合意書の取交し及び代金決済
原告、Ｂ及びＣは、平成１８年３月１０日、「株式買取価格合意書」と題する書面（以下「本件合意書」といい、本件合意書を内容とする合意を「本件合意」という。）に各自が署名捺印し、Ｂは、同日、原告に対し、１０億５４２８万２０４４円を支払った。（甲１３ないし１５）
(6) 本件株式譲渡の対象株式及び源泉徴収義務の存否をめぐるＢとの認識の不一致原告は、平成１８年７月、本件株式譲渡の対象はＢの株式であり、Ｂから受領した株式の買取代金（以下「本件株式譲渡代金」という。）のうちみなし配当額に相当する部分の金額（以下「本件みなし配当額」という。）についてはＢに源泉徴収義務が存するものと考え、乙を通じてＢの担当者に対しその旨を告げた。Ｂは、顧問税理士に依頼し、東京国税局に本件合意書を持参して源泉徴収義務の存否を相談してもらったところ、東京国税局の担当者から、本件株式譲渡の対象はＢの株式ではなくＣの株式であると指摘されたため、以後、Ｂは、原告に対し、本件株式譲渡の対象はＣの株式であり、Ｂに源泉徴収義務はないと主張した。
(7) 課税処分の経緯等
ア 原告は、平成１８年７月３１日、平成１８年５月期の法人税について、本件株式譲渡代金を預り金として計上して確定申告をした。
イ 原告は、平成１９年７月３１日、平成１９年５月期の法人税について、本件みなし配当額及びＢが源泉徴収すべき金額をそれぞれ推定した上で、本件株式譲渡代金から本件みなし配当額を控除した金額を益金として計上し、受取配当金の益金不算入額を記載して確定申告をした。（甲２３）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/12104.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。