税務訴訟資料第２６３号－３６（順号１２１６０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号租税特別措置法の通達無効確認及び修正申告取消し請求事件
国側当事者・国（八王子税務署長）
平成２５年３月６日却下・棄却・確定
判決
原告
甲
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
八王子税務署長
被告指定代理人
日向輝彦
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち別紙２請求目録記載１ないし３の各請求に係る部分を却下する。
２ 本件訴えのその余の部分に係る原告の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
別紙２請求目録記載のとおり。
第２ 事案の概要
原告は、平成２１年９月８日にいずれも原告の所有に係る別紙３物件目録記載１ないし４の各土地（いずれも当時。以下、総称して「本件土地」という。）ほかの土地をその敷地の用に供する土地としていた別紙３物件目録記載５の家屋（当時。以下「本件建物」という。）の一部を取り壊して本件土地を更地にした上で、平成２２年１０月２６日に本件土地の売却に係る契約（以下「本件売買契約」という。）を締結し（ただし、本件土地の所有権の移転時期は平成２３年１月●日）、本件土地の譲渡による譲渡所得について居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得に係る課税の特例につき定める租税特別措置法３１条の３の適用がある等との前提の下に、いわゆる分離長期譲渡所得の金額を２０４２万５０００円とし、納付すべき所得税の額を２０４万２５００円として平成２３年分の所得税の確定申告（以下「本件確定申告」という。）をしたところ、八王子税務署の職員から、①本件土地の譲渡による譲渡所得については、同条の適用はなく、同法３１条１項に定める税率が適用されること、②本件土地に対して課される平成２３年度の固定資産税及び都市計画税（以下「固定資産税等」という。）の一部を精算するものとして本件売買契約の当事者間において授受された金員の額は本件土地の譲渡による譲渡所得に係る総収入金額に算入すべきであることを前提とした修正申告のしょうよう（以下「本件しょうよう」という。）を受けたため、八王子税務署長に対し、本件しょうようの内容に従った修正申告（以下「本件修正申告」という。）をし、本件修正申告をすることにより増加することになった税額１０５万６８００円の納付（以下「本件納付」という。）をした。
本件は、原告が、①本件しょうようは国税庁長官の通達である「租税特別措置法（山林所得・譲渡所得）の取扱いについて」（昭和４６年８月２６日付け直資４－５ほか国税庁長官通達。以下「措置法通達」という。）３１の３－５（居住用土地等のみの譲渡）及び「消費税法基本通達の制定について」（平成７年１２月２５日付け課消２－２５ほか国税庁長官通達。以下「消費税法基本通達」といい、措置法通達と総称するときは「本件通達」という。）１０－１－６（未経過固定資産税等の取扱い）を前提としているとして、これらの定めがいずれも無効であることの確認、②本件しょうようが行政処分であることを前提として、本件しょうようの取消し、③被告が本件納付に係る金員に相当する利益を法律上の原因なく受けているとして、不当利得の返還請求権に基づき、本件納付に係る金員と同額である１０５万６８００円及びこれに対する本件納付の日からの遅延損害金の支払並びに④本件納付及び本件修正申告によって精神的損害を被ったとして、国家賠償法１条１項に基づき、３０万円の支払をそれぞれ求める事案である。
１ 関係法令等の定め（以下「関係法令等の定め」という。）
(1) 所得税法３３条（譲渡所得）３項
譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。
一資産の譲渡（３３条２項の規定に該当するものを除く。同条３項２号において同じ。）でその資産の取得の日以後５年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）二資産の譲渡による所得で３３条３項１号に掲げる所得以外のもの
(2) 租税特別措置法
ア ３１条（長期譲渡所得の課税の特例）１項
個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利（以下租税特別措置法３２条までにおいて「土地等」という。）又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下同条までにおいて「建物等」という。）で、その年１月１日において所有期間が５年を超えるものの譲渡（所得税法３３条１項に規定する建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下租税特別措置法３２条までにおいて同じ。）をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法３３条３項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額とし、租税特別措置法３２条１項に規定する短期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同項後段の規定にかかわらず、当該計算した金額を限度として当該損失の金額を控除した後の金額とする。以下同法３１条１項及び３１条の４において「長期譲渡所得の金額」という。）に対し、長期譲渡所得の金額（同法３１条３項３号の規定により読み替えられた所得税法７２条から８７条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下租税特別措置法３１条の３までにおいて「課税長期譲渡所得金額」という。）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、所得税法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
イ ３１条の３（居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例）
(ｱ) ３１条の３第１項（ただし、平成２３年法律第８２号による改正前のもの。）個人が、その有する土地等又は建物等でその年１月１日において租税特別措置法３１条２項に規定する所有期間が１０年を超えるもののうち居住用財産に該当するものの譲渡（当該個人の配偶者その他の当該個人と政令で定める特別の関係がある者に対してするもの及び所得税法５８条の規定又は租税特別措置法３１条の２、３３条から３３条の３まで、３６条の２、３６条の５、３７条、３７条の４、３７条の５（同条５項１号を除く。）、３７条の６、３７条の７若しくは３７条の９の２から３７条の９の５の規定の適用を受けるものを除く。以下同法３１条の３において同じ。）をした場合（当該個人がその年の前年又は前々年において既に同条１項の規定の適用を受けている場合を除く。）には、当該譲渡による譲渡所得については、３１条１項前段の規定により当該譲渡に係る課税長期譲渡所得金額に対し課する所得税の額は、同項前段の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する額とする。
一課税長期譲渡所得金額が６０００万円以下である場合当該課税長期譲渡所得金額の１００分の１０に相当する金額
二（略）
(ｲ) ３１条の３第２項
租税特別措置法３１条の３第１項に規定する居住用財産とは、次に掲げる家屋又は土地等をいう。
一当該個人がその居住の用に供している家屋で政令で定めるもののうち国内にあるもの
二租税特別措置法３１条の３第２項１号に掲げる家屋で当該個人の居住の用に供されなくなったもの（当該個人の居住の用に供されなくなった日から同日以後３年を経過する日の属する年の１２月３１日までの間に譲渡されるものに限る。）
三租税特別措置法３１条の３第２項１号及び２号に掲げる家屋及び当該家屋の敷地の用に供されている土地等
四当該個人の租税特別措置法３１条の３第２項１号に掲げる家屋が災害により滅失した場合において、当該個人が当該家屋を引き続き所有していたとしたならば、その年１月１日において同法３１条２項に規定する所有期間が１０年を超える当該家屋の敷地の用に供されていた土地等（当該災害があった日から同日以後３年を経過する日の属する年の１２月３１日までの間に譲渡されるものに限る。）
(3) 地方税法
ア ３４３条（固定資産税の納税義務者等）１項
固定資産税は、固定資産の所有者（中略）に課する。
イ ３５９条（固定資産税の賦課期日）
固定資産税の賦課期日は、当該年度の初日の属する年の１月１日とする。
(4) 措置法通達３１の３－５（居住用土地等のみの譲渡。甲１)
租税特別措置法３１条の３第２項１号又は２号に掲げる家屋を取り壊し、当該家屋の敷地の用に供されていた土地等を譲渡した場合（その取壊し後、当該土地等の上にその土地等の所有者が建物等を建設し、当該建物等とともに譲渡する場合を除く。）において、当該譲渡した土地等が次に掲げる要件の全てを満たすときは、当該土地等は同項に規定する居住用財産に該当するものとして取り扱う。ただし、当該土地等のみの譲渡であっても、その家屋を引き家して当該土地等を譲渡する場合の当該土地等は同項に規定する居住用財産に該当しない。
ア 当該土地等は、当該家屋が取り壊された日の属する年の１月１日において所有期間が１０年を超えるものであること。
イ 当該土地等は、当該土地等の譲渡に関する契約が当該家屋を取り壊した日から１年以内に締結され、かつ、当該家屋をその居住の用に供さなくなった日以後３年を経過する日の属する年の１２月３１日までに譲渡したものであること。
ウ 当該土地等は、当該家屋を取り壊した後譲渡に関する契約を締結した日まで、貸付けその他の用に供していないものであること。
(5) 消費税法基本通達１０－１－６（未経過固定資産税等の取扱い。甲２）固定資産税、自動車税等の課税の対象となる資産の譲渡に伴い、当該資産に対して課された固定資産税、自動車税等について譲渡の時において未経過分がある場合で、その未経過分に相当する金額を当該資産の譲渡について収受する金額とは別に収受している場合であっても、当該未経過分に相当する金額は当該資産の譲渡の金額に含まれるのであるから留意する。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告による資産の譲渡
原告は、平成２０年５月３１日、相続により本件建物及びその敷地の一部の用に供されていた本件土地の所有権を取得した。原告は、平成２１年９月８日、本件建物の一部を取り壊して本件土地を更地にした上、同月●日、本件建物につき、同月８日一部取壊しを原因とする所在及び床面積の変更に係る登記の申請をし、その旨の登記がされたほか、本件建物の家屋番号が「●●」に変更された（乙２、３の２ないし５）。
原告は、平成２２年１０月２６日、Ａ株式会社との間で、本件土地を代金２２５６万０７３７円で売却する旨の契約（本件売買契約）を締結し、平成２３年１月●日、本件土地につき、同日売買を原因として同社を登記名義人とする所有権の移転の登記がされた。また、本件売買契約に係る契約書（不動産売買契約証書。甲７）には、次のような記載がある（甲７、乙３の２ないし５)
第４条買主は売買代金の残金として、下記金額を平成２３年１月３１日までに売主に支払うものとする。
残金金１９，５６０，７３７円
第５条本物件の所有権は前条の売買代金残金の授受と同時に、売主から買主へ移転する。第１４条本物件についての公租公課、およびその他の負担金については宛名名義のいかんにかかわらず、第５条の所有権移転の日をもって区分し、その前日までに相当する部分は売主の負担、その日以降に相当する部分は買主の負担とし、第４条の売買代金残金の授受の際、これを精算するものとする。（以下略）
なお、上記契約書とは別に、「平成２２年度固定資産税・都市計画税（清算）額計算書」と題する書面が作成されているところ、同書面には、「(1) 清算期間」として「期間平成２３年１月２５日～平成２３年１２月３１日」、「固定資産税都市計画税分負担額２４９，４８７円」等の記載がある（甲８）。
(2) 本件訴えの提起に至る経緯
ア 原告は、平成２４年２月１３日、八王子税務署長に対し、平成２３年分の所得税について、上記(1)の本件土地の譲渡による長期譲渡所得（以下「本件譲渡所得」という。）の金額を２０５４万３８９８円とし、納付すべき所得税の額を２０４万２５００円とする確定申告書を提出して、本件確定申告をした。
なお、本件譲渡所得の金額は、本件売買契約の締結の際に合意された本件土地に対して課される平成２３年度の固定資産税等の精算に関する合意（以下「本件精算合意」という。）に基づいて原告が収受した金員（以下「本件固定資産税等精算金」という。）が譲渡所得の金額の計算上総収入金額に算入されないことを前提として計算された金額が記載されたものであり、上記納付すべき所得税の額は、本件譲渡所得につき、租税特別措置法３１条の３による居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例が適用されることを前提として計算された金額が記載されたものである（甲５、乙５）。
イ 八王子税務署の職員は、平成２４年９月１２日付けで、①本件固定資産税等精算金は譲渡所得の金額の計算上総収入金額に算入されるものであるにもかかわらずその計上漏れがあること及び②本件売買契約が本件土地を更地とすべく本件建物の一部が取り壊された日（平成２１年９月８日）から１年を経過した後に締結されているために本件土地の譲渡による譲渡所得については租税特別措置法３１条の３を適用することができないことを理由として、原告に対し、上記①及び②の点を前提とした修正申告をするようしょうよう（本件しょうよう）をする書面を送付するとともに、しょうようする内容に沿った修正申告書の案を併せて送付した（甲６、乙１、６）。
ウ 原告は、平成２４年９月１８日、本件しょうようによりしょうようされた内容に従い、新たに納付すべき税額１０５万６８００円を納付し、同月１９日、八王子税務署長に対し、平成２３年分の所得税の修正申告書の提出（本件修正申告）をした（甲６、乙６）。
エ 原告は、平成２４年１０月１８日、本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
３ 争点
(1) 本案前の争点
ア 本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分の適法性
イ 本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分の適法性
(2) 本案の争点
原告の不当利得及び国家賠償法に基づく各請求の成否
４ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 争点(1)について
（原告の主張の要点）
ア 本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分について本件通達は、本件しょうようの根拠となっており、本件修正申告に伴って発生した過少申告加算税及び延滞税の課税処分の前提にもなっているため、国民の法律上の地位ないし権利義務関係に直接的な影響を及ぼしていると解される。
したがって、本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分は適法である。
イ 本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分について
①修正申告のしょうように対応しなければ滞納処分を受けることとなり、これを回避するために対応せざるを得なかったこと、②本件しょうように対応した本件修正申告により、過少申告加算税及び延滞税の課税処分を受けたこと、③修正申告のしょうように処分性がないとすると、通達課税の違憲性を争う途が絶たれることからすると、修正申告のしょうようから過少申告加算税及び延滞税の課税処分に至るまでの一連の行為全体として、処分性があるというべきである。
したがって、本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分は適法である。
（被告の主張の要点）
ア 本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分について通達は、上級の行政機関が下級の行政機関の権限行使を指図するために組織法上の監督権に基づいて発する行政組織内部での命令であって、行政組織内部では拘束力を有するものの、国民は直接これに拘束されるものではないから、これにより直接国民の権利義務を形成し又はその範囲を確定するものではなく、行政事件訴訟法３条２項にいう処分とはいえない。したがって、本件訴えのうち本件通達の関係部分が無効であることの確認を求める請求に係る部分は、いずれも処分性の要件を欠き、不適法である。
イ 本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分について
修正申告をしょうようする行為は、税務調査の過程で把握された申告上の誤りについて、納税者自らが修正申告書を提出することにより当該誤りを是正することを促すため、税務官庁により行われる強制力のない事実上の行為である。また、修正申告をしょうようする内容の記載がされた書面についても、何らかの法律効果を生じさせるものではない。そうすると、修正申告をしょうようすることが、公権力の行使としての処分とはいえないことはもとより、これと同視し得る場合にも該当しないことは明らかである。
したがって、本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分は、処分性の要件を欠く不適法なものである。
(2) 争点(2)について
（原告の主張の要点）
ア 措置法通達３１の３－５が無効であること
租税特別措置法３１条の３第２項は、「居住用財産」の定義に関し、条文の構成上１号ないし４号は独立した内容となっていると解され、本件売買契約の場合は、同項２号及び３号の規定により、軽減税率の適用を受けることができると解される。
ところが、措置法通達３１の３－５イは、法律に明文の規定がないにもかかわらず、軽減税率の適用を「当該土地等の譲渡に関する契約が当該家屋を取り壊した日から１年以内に締結され」と特例の適用条件を絞り込んでいる。
納税者は法律の解釈に従い行動する以上、一般国民が知り得ない通達により課税要件を絞り込むことは、憲法８４条に反し違憲であり、また、東京高裁の裁判例（東京高裁平成●年（○○）第●号、同第●号平成７年１１月２８日判決・行政事件裁判例集４６巻１０・１１号１０４６
頁）の趣旨に照らして許されないから、同通達の定めは無効である。
イ 消費税法基本通達１０－１－６が無効であること
消費税基本通達１０－１－６は、資産の譲渡に伴い当該資産に対して課された固定資産税について譲渡の時において日割り計算し未経過分を譲受人から収受した場合の金額は、譲渡価格に含まれるとするが、資産の所有権に基づき課税される固定資産税について譲渡後は譲受人が負担すべきであり、１月１日現在の所有権者である譲渡人が負担することとなる固定資産税を譲渡の時において日割り計算し精算のために収受した金額は、資産の譲渡に基因しそれと因果関係のある給付であるが、その対価はそのまま固定資産税の未経過部分に充当されるものであるから、資産の譲渡に基因する経済的な利益はなく、これを当該資産の譲渡の金額に含めるということは、公平な税負担の趣旨に反し、固定資産税を譲渡価額に含め課税することは、二重課税に該当する。また、通達により課税要件として追加することは、憲法８４条に反し、違憲であり、当該通達は無効である。
ウ 不当利得返還請求について
本件しょうようが取り消されることにより、修正申告の効力が失われれば、法律上の原因なく所得税１０５万６８００円を納付したことになるから、民法７０３条、７０４条により、不当利得の返還を求めることができるというべきである。
エ 国家賠償請求について
無効な本件通達に基づく本件しょうようは違法な行為であり、これを受けたことにより生じた財産的損害及び精神的損害を金員に換算すると３０万円は下らないから、国家賠償法１条１項に基づき、その賠償を求めることができるというべきである。
（被告の主張の要点）
ア 不当利得返還請求について
(ｱ) 本件通達の効力の有無と不当利得返還請求権の成否が無関係であること
ａ 本来、居住用財産である家屋の敷地の用に供されている土地等のみの譲渡については、災害により家屋が滅失した場合を除き、租税特別措置法３１条の３が適用される余地はないから、措置法通達３１の３－５の効力の有無にかかわらず、本件売買契約について同条が適用される余地はない。
ｂ 消費税法基本通達は、消費税法に係る取扱いを定めたものであり、所得税の取扱いに直接適用されるものではないから、消費税法基本通達の効力の有無は、本件とは何ら関係がない。
また、固定資産税等に係る精算金の授受は、当事者間の契約によって初めて生じる債権債務関係に基づいてなされるものであって、その実質は売買条件にほかならないから、かかる固定資産税等に係る精算金は、資産の売買（譲渡）に基因し、それと因果関係のある給付であるといえるところ、本件固定資産税等精算金も本件土地の売却に基因してそれと因果関係にある給付であることになるから、所得税法３３条３項及び３６条１項所定の総収入金額に算入されると解するのが相当である。
なお、原告は、１月１日現在の所有者である譲渡人が負担する固定資産税等を譲渡の時において日割り計算し精算のために収受した金額を当該資産の譲渡の金額に含めるのは、公平な税負担の趣旨に反する旨主張するが、固定資産税等に係る精算金を総収入金額に算入することは合理的である上、かかる取扱いは、いかなる納税者に対しても異なるところはないから、公平な税負担の趣旨に反するものでもない。また、原告は、固定資産税等に係る精算金を譲渡価額に含めて課税することは二重課税に該当する旨も主張するが、固定資産税等に係る精算金に対しては、譲渡所得として所得税が課税されているのみであるから、いかなる意味においても固定資産税等に係る精算金を二重に評価して課税したものと評価される余地はない。
(ｲ) 民法に基づいて不当利得の返還請求をすることができないこと
国税通則法５６条は、国税局長等は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下、総称して「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならないとしているところ、還付金等の還付制度が、公法上の原因に基づいて生じた結果の調整を図るための制度であり、還付請求権は公権としての性質を有しており、対等な私人間の公平を図ることを本来の趣旨とする民法上の不当利得制度とは性質を異にするものであるから、還付金等の還付については、専ら租税法所定の還付手続が適用され、民法上の不当利得に関する規定の適用又は準用ないし類推適用の余地がないものと解するのが相当である。加えて、所得税法が、所得税について申告納税方式を採用し（国税通則法１６条１項１号、所得税法１２０条）、申告に係る課税標準等又は税額等の過誤の是正について更正の請求（国税通則法２３条１項）等の特別の規定を設けたのは、所得税の課税標準等の決定については最もその間の事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限る建前とすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべきであるとする国家財政上の要請に応ずるものであり、納税義務者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと認めたからにほかならないと解されるから、納税者の申告がされた場合に、納税者がその額が過大であったとして是正を求めるためには、原則として更正の請求によらなければならず、他の救済手続によることはできないというべきである。
イ 国家賠償請求について
原告は、本件修正申告に関する八王子税務署長又は同税務署の職員の何らかの行為が違法であるとして、国家賠償法１条１項に基づき、慰謝料の支払を求めていると解されるが、原告の主張によっても、違法事由が明らかになっていないから、原告の主張は失当である。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)について
(1) 本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分の適法性について本件通達は、いずれも、その内容に照らし、国税庁長官が、その権限に基づき、国税局長に対し、国税庁の所掌事務について、租税特別措置法又は消費税法を含む関係法令の解釈及びその運用に係る命令又は示達をするために発したものと認められる（甲１、２、弁論の全趣旨）。また、通達は、一般に、法規の性質を有するものではなく、行政機関内部において命令又は示達をするためのものにすぎないから（国家行政組織法１４条２項参照）、当該行政機関の所管に係る諸機関及び職員がそれに拘束されることはあっても、一般の国民が直接これに拘束されるものではなく、このことは、通達の内容が、法令の解釈や取扱いに関するもので、国民の権利義務に重大な関わりを持つようなものである場合においても別段異なるところはない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４３年１２月２４日第三小法廷判決・民集２２巻１３号３１４７頁参照。）。以上と異なる前提に立つ原告の主張は、採用することができない。そして、無効等確認の訴え（行政事件訴訟法３条４項）の対象となり得る行政行為は、同条２項の行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為、すなわち、その行為によって、直接国民の権利義務を形成し又はその範囲を確定することが法律上認められているものでなければならない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２９日第一小法廷判決・民集１８巻８号１８０９頁参照）ところ、上記のような本件通達の形式及び内容並びに通達一般の性質に照らすと、本件通達がそのようなものであるとは認められず、他に、本件通達がそのようなものであることを認めるに足りる事情等も格別見当たらないから、本件訴えのうち本件通達の関係部分の無効確認を求める請求に係る部分は、不適法なものとして却下を免れないというべきである。
(2) 本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分の適法性について処分の取消しの訴え（行政事件訴訟法３条２項）の対象となり得る行政行為は、行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為であって（同項）、上記(1)に述べたとおり、その行為によって、直接国民の権利義務を形成し又はその範囲を確定することが法律上認められているものでなければならないところ、税務署の職員が行う修正申告のしょうようが、そのようなものであると認めるに足りる法令上の根拠等は格別見いだし難い。以上と異なる前提に立つ原告の主張は、採用することができない。
したがって、本件訴えのうち本件しょうようの取消しを求める請求に係る部分は、不適法なものとして却下を免れないというべきである。
２ 争点(2)について
(1) 不当利得返還請求について
ア 租税特別措置法３１条の３の適用について
前記関係法令等の定め（第２の１参照）のとおり、租税特別措置法３１条の３第２項の規定を前提とすれば、現に居住用財産である家屋の敷地の用に供されていない土地等を譲渡した場合に同条１項の適用があるのは、災害により当該家屋が滅失したときに限られることになるところ、措置法通達３１の３－５は、当該家屋の所有者が当該家屋を取り壊してその敷地の用に供されていた土地等のみを譲渡した場合であっても、なお当該土地等が当該家屋の敷地の用に供されているものと見ることができるような事情があるときには、当該土地等を同条２項に規定する居住用財産に該当するものと解釈するとの考え方を示したものである。もっとも、前提事実(1)に述べたとおり、原告は、平成２１年９月８日に本件建物の一部を取り壊して本件土地を更地にした上、その後１年以上経過した平成２２年１０月２６日に本件土地を売却しているのであるから、措置法通達３１の３－５に示された考え方によっても、本件土地については「居住用財産」（同法３１条の３第２項）に該当するとはいえず、災害により家屋が滅失したわけでもないから、同項４号に定めるものにも該当しないというべきである。
そうすると、措置法通達３１の３－５が効力を有するか否かにかかわらず、本件土地の譲渡による譲渡所得について、同法３１条の３第１項を適用する余地はないというべきであり、他に当該譲渡所得について同項の適用があることを認めるに足りる証拠ないし事情等は見当たらない。これと異なる前提に立つ原告の主張は、採用することができない。したがって、当該譲渡所得について同項の適用がないことにより原告が納付すべき税額が増加した部分に関し、被告が法律上の原因なく利益を受けたとも認められないというべきである。
イ 固定資産税等に係る精算金の扱いについて
譲渡所得に対する課税は、資産の値上りによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に、これを清算して課税する趣旨のもの（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁参照）であり、売買等によりその資産の移転が対価の受入れを伴うときは、上記増加益は対価のうちに具体化されるので、これを課税の対象としてとらえるもの（最高裁昭和●●年（○○）第●号同４３年１０月３１日第一小法廷判決・裁判集民事９２号７９７頁参照）である。他方、固定資産税等は、固定資産の所有の事実に担税力を認めて課される一種の財産税（固定資産税）又は都市計画事業等によって土地又は家屋の所有者がそれらの利用価値の増大、価格の上昇等の利益を受けることに着目して課される目的税（都市計画税）であって、その賦課期日（当該年度の初日の属する年の１月１日）における土地又は家屋の所有者を納税義務者として課されるもの（地方税法３４３条１項、３５９条、７０２条、７０２条の６）であり、当該賦課期日後に所有者の異動が生じたとしても、新たに所有者となった者が当該賦課期日を基準として課される固定資産税等の納税義務を負担することはなく、当該固定資産税等を納付した当該固定資産税等の課税客体である土地又は家屋の譲渡人について、１年のうち譲渡日から当該譲渡日が属する年の１２月３１日までの間の日数の占める割合による固定資産税等の税額に相当する額の譲受人に対する求償権が発生することの根拠となる法令の規定も見当たらない。
これらの事情に加え、固定資産税等の納付に係る費用は、資産の維持又は管理に要する費用であって、資産の譲渡に要した費用に当たるとは解されないことに照らすと、固定資産税等に係るいわゆる精算金の授受は、当該固定資産税等の課税客体である土地又は家屋に係る売買契約の当事者間において、当該精算金の授受に関し当該売買契約の締結に伴ってされる合意によって初めて生じる債権債務関係に基づいてされるものであって、当該資産の維持又は管理に要する費用の負担を考慮して譲渡の対価の金額を調整するもので、実質的にその一部を成すものと認めるのが相当であり、譲渡所得の金額の計算に係る所得税法３３条３項にいう「総収入金額」に算入されるべきものと解するのが相当である。消費税法基本通達１０－１－６の定めは、上記と同様の理解に立つものと考えられるが、あくまで消費税法の規定の解釈に係るものであって、所得税に関する法令の解釈に直接に関係するものではない。以上と異なる前提に立つ原告の主張は、いずれも採用することができない。
したがって、本件精算合意により原告が支払を受けた本件固定資産税等精算金の額は、本件土地の譲渡による譲渡所得の金額の計算上総収入金額に算入すべきものであるから、そのことによって原告が納付すべき税額が増加した部分に関し、被告が法律上の原因なく利益を受けたとも認められないというべきである。
ウ まとめ
以上によれば、その余の点について判断するまでもなく、不当利得の返還請求権に基づき本件納付に係る金員と同額である１０５万６８００円の返還等を求める原告の請求は、理由がない。
(2) 国家賠償請求について
既に述べたところを前提とすれば、本件しょうようは適正な修正申告をすることをしょうようするものであって、違法な公権力の行使であるとはいえず、他に、八王子税務署長又は八王子税務署の職員が、原告に対し、違法に公権力の行使をしたと認めるに足りる証拠ないし事情等も見当たらない。
したがって、その余の点について判断するまでもなく、国家賠償法１条１項に基づく原告の請求は、理由がない。
第４ 結論
よって、本件訴えのうち別紙２請求目録記載１ないし３の各請求に係る部分は不適法であるからこれを却下し、本件訴えのその余の部分に係る原告の請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官福渡裕貴
裁判官藤井秀樹
（別紙１）
指定代理人目録
山口克也、林智彦、宇野憲之、橋本健、小野由美子
（別紙２）
請求目録
１ 「租税特別措置法（山林所得・譲渡所得）の取扱いについて」（昭和４６年８月２６日付け直資４－５ほか国税庁長官通達）３１の３－５（居住用土地等のみの譲渡）が無効であることの確認を求める請求
２ 「消費税法基本通達の制定について」（平成７年１２月２５日付け課消２－２５ほか国税庁長官通達）１０－１－６（未経過固定資産税等の取扱い）が無効であることの確認を求める請求
３ 八王子税務署職員が平成２４年９月１２日付けで原告に対してした修正申告のしょうようの取消しを求める請求
４ 次の各金銭の支払の請求
(1) 被告は、原告に対し、１０５万６８００円及びこれに対する平成２４年９月１８日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
(2) 被告は、原告に対し、３０万円を支払え。
（別紙３）
物件目録
１ 所在
広島市西区
地番
●●
地目
宅地
地積
１１９．８０平方メートル
２ 所在
広島市西区
地番
●●
地目
宅地
地積
２６．４６平方メートル
３ 所在
広島市西区
地番
●●
地目
宅地
地積
８．２１平方メートル
４ 所在
広島市西区
地番
●●
地目
宅地
地積
５２．３４平方メートル
５ 所在
広島市西区●●、●●、●●、●●
家屋番号●●
種類
居宅
構造
木造瓦葺平屋建
床面積
１４８．３６平方メートル
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12160.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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