税務訴訟資料第２６３号－５２（順号１２１７６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（目黒税務署長）
平成２５年３月２２日棄却・控訴
判決
原告
甲
原告
乙
原告ら訴訟代理人弁護士
矢作和彦
原告ら補佐人税理士
赤坂光則
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
目黒税務署長
佐々木辰男
被告指定代理人
長谷川健太郎
ほか別紙指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 目黒税務署長が原告甲に対し平成２１年８月３１日付けでなした平成１８年分所得税の更正処分（以下「本件更正処分１」という。）のうち総所得金額零円及び還付金の額５５６万０１８０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分１」といい、本件更正処分１と併せて「本件処分１」という。）はいずれも取り消す。
２ 目黒税務署長が原告乙に対し平成２１年８月３１日付けでなした平成１８年分所得税の更正処分（以下「本件更正処分２」という。）のうち総所得金額零円及び還付金の額４８４万１０５８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分２」といい、本件更正処分２と併せて「本件処分２」という。）はいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、平成１８年に丙（以下「丙」という。）に対して保有していた有限会社Ａ（以下「Ａ」という。）の株式の①２５００株を譲渡した原告甲（以下「原告甲」という。）及び②１５００株を譲渡した原告乙（以下「原告乙」という。）が、処分行政庁から、当該譲渡の対価としてＡが有限会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）に対して有していた貸付金等の債権をもってする収入があったにもかかわらず同年分の所得税の確定申告において当該譲渡による譲渡所得の金額を総所得金額に算入していなかったとして本件処分１及び２を受けたことから、これらの取消しを求めている事案である。
１ 前提となる事実（当事者間に争いのない事実、括弧内掲記の証拠又は弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実及び当裁判所に顕著な事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告らと関係者間の従前の関係等について
ア(ア) Ａは、遊技場（ぱちんこ店）の経営とこれに附帯する不動産管理業務を目的とする有限会社である。丁（以下「丁」という。）は、昭和４７年にＡ及びＢを設立し、これらの代表取締役に就任した。Ａの社員の構成と各社員の保有する出資の口数は、丁が９５００口、原告甲が２５００口、原告乙が１５００口、戊（以下「戊」という。）が１５００口であった。
丙は、丁の配偶者であったＣ（以下「Ｃ」という。）の弟であり、大学在学中の昭和４１年から丁の経営するぱちんこ店で働き始め、大学卒業後も引き続き丁の下で働いていた。丁とＣは、昭和６１年１０月に離婚した。Ｃは、昭和６２年５月、丁との間の子である原告ら及び戊とともに、有限会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）を設立し、丁が経営していたぱちんこ店の近くにぱちんこ店を開業した。また、原告らは、Ａ及びＢの取締役であったにもかかわらずＤの経営を重視したため、Ａ及びＢの経営が苦しくなり、これにより、丁は、原告らに対して不信感を強め、丙を次第に重用するようになった。
（甲８の１、９、証人丙）
(イ) 丁は、平成６年９月５日、丙に対し、Ａの出資３０００口を譲渡し、同日に開催されたＡの社員総会においてそれを承認する決議がされた。また、丁の提案により、同日に開催されたＡの社員総会において丙がＡの取締役に選任された。さらに、丁は、平成７年８月１日、丙に対し、Ａの出資５０００口を譲渡し、同日に開催されたＡの社員総会においてそれを承認する決議がされた。これにより、丙は、Ａの出資の口数の過半数を取得した。（甲９）
イ(ア) 原告らは、平成９年１０月、Ａ及びＢを被告として、丙を取締役に選任するものとした社員総会の決議が不存在であるとし、当該決議が不存在であることの確認を求める訴えを提起するとともに、丙の両社の取締役としての職務の執行の停止を求める仮処分（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、同第●●号事件）を申し立てた（甲８の１、乙５）。当該紛争については、平成●年●月●日、原告ら、Ａ、Ｂ、丙及び丁との間で、以下の内容の条項を含む裁判上の和解が成立した（乙５。なお、以下に掲げる条項は、乙５のものである。）。
ａ 丁は、原告らに対し、原告らが丁に対して特定の店舗を賃貸すること等を条件として、Ｂの経営権を譲渡する（１項）。
ｂ 丙は、Ｂの取締役を辞任する（６項）。
ｃ 原告らは、Ａの取締役を辞任する（７項）。
ｄ 原告らは、丁に対し、ＢがＡ及び丁に対して平成●年●月●日現在において次の債務を負担していることを確認し、これらを、平成１１年７月１日以降、毎月合計最低５０万円以上を返済することを確認する。ただし、受領した金員を以下の債務中のいずれに充当するかは、丁が指定する（９項）。
(a) Ａに対する借入債務（以下「本件貸付金等債権」という。９項１号）
① 残元金２億３５７４万９０９６円
② ①に対する未払利息２１９６万２３０１円
(b) 丁に対する借入債務（９項２号）
残元金７７４４万３９４０円
(c) 丁に対する未払賃料債務（平成●年●月●日までの分。９項３号）６４７３万１９２６円
(イ) さらに、平成１１年２月１５日、大要、丙と丁がＡの経営権を、原告らがＢの経営権をそれぞれ取得するという内容の合意がされ、これを受けて、同日、原告らはＡの取締役を辞任し、同年５月２９日、戊は取締役を解任されたが、同人は特段異議を述べなかった。一方、丙は、Ｂの取締役を辞任した。（甲８の１、９、１０、証人丙）
ウ 丁は、Ｅ株式会社（以下「Ｅ」という。）から鉄道高架下（以下「本件高架下」という。）を賃借していた（この賃貸借に係る契約を、以下「本件高架下賃貸借契約」という。）ところ、本件高架下に別紙物件目録１記載(1)の建築物（以下「本件高架下建築物１」という。）を築造し、本件高架下建築物１については、平成７年１１月●日に昭和２９年１２月日不詳新築を原因として表示の登記がされ、平成７年１１月●日に丁名義で所有権の保存の登記がされた。また、丁は、本件高架下に別紙物件目録１記載(2)の建築物（以下「本件高架下建築物２」といい、本件高架下建築物１と併せて「本件高架下建築物」という。）を築造し、本件高架下建築物２については、同年１２月●日に昭和３９年１２月日不詳新築を原因として表示の登記がされ、平成７年１２月●日に丁名義で所有権の保存の登記がされた。丁及びＡは、平成１２年３月、本件高架下賃貸借契約の賃借人の名義を丁のままにしておくと丁が死亡した際に原告らが賃借権の相続を主張して再びＡの経営に介入するおそれがあったこと等から、丁からＡにその賃借人の名義を変更した（なお、平成１４年１２月に本件高架下賃貸借契約の賃借人の名義は丁に戻された。）。そして、平成１２年４月以降、本件高架下賃貸借契約に係る賃料はＡ名義で支払われることとなった（平成１４年１２月以降も同じ。）。なお、Ａは、丁に対し、本件高架下建築物の賃料の名目で、平成９年１月分までは月額３１５万円（税込み）を、同年２月分から平成１２年３月分までは月額２１０万円（税込み）を支払っていたが、同年４月分以降については上記賃料名目の金員を支払っていなかった。これに関し、丁は、Ａを被告として、本件高架下建築物の未払賃料の支払を求めるとともに、同建築物の明渡し等を求める訴え（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号等事件）を提起した。東京地方裁判所は、平成１８年７月１３日、丁とＡとの間における本件高架下建築物に係る賃貸借契約の存在を認定した上で、丁は同賃貸借契約の賃料の減額を了解したのであるから、Ａが賃料未払の債務不履行をしたとは認められない等として、丁の請求をいずれも棄却する判決を言い渡した。（甲９）
エ 丁は、平成１５年５月３０日、原告らと弁護士数人を連れてＡの事務所を訪れ、帳簿類、いわゆる銀行印等を持ち去り、Ａの経営を混乱させた。
Ａは、平成１５年９月１６日、臨時社員総会を開催し、丁を取締役から解任する旨の決議をし、丙は、丁から譲り受けた８０００口の出資を保有する前提でこれに賛成した。しかし、議長であった丁は、上記８０００口の出資の丙への譲渡を認めず、解任案の否決を宣言した。丙は、平成１６年１月２０日、丁及びＡを被告として、丁がＡの取締役でないことの確認を求める訴え（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）を提起したところ、東京地方裁判所は、平成●年●月●日、丙のＡに対する請求を認容し、丁に対する請求に係る訴えの部分を却下する判決を言い渡した。Ａは、この判決に対して控訴（東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）を提起したが、東京高等裁判所は、平成●年●月●日、控訴を棄却する判決を言い渡し、その後、上記の丙の勝訴判決が確定した。（甲８の１及び２、９)
オ Ｅは、平成１７年１０月１１日、丁に対し、本件高架下賃貸借契約を鉄道事業遂行上の必要性を理由に平成１８年３月３１日をもって終了させると通知した（甲９）。
カ 丁は、平成１７年、丙及びその妻であるＦ（以下「Ｆ」という。）を被告として、別紙物件目録２記載の土地及び建物についてされていた横浜地方法務局小田原支局平成１０年３月●日受付第５３９８号根抵当権設定登記の抹消登記手続を求める訴え（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）を提起した。東京地方裁判所は、平成１８年５月１２日、丁の上記請求をいずれも棄却する判決を言い渡した。（甲１０）
(2) Ａ、丙、Ｆ及び丁は、平成１８年１２月２日、以下の内容の基本合意書（以下「本件基本合意書」という。）による合意をした（甲６。なお、以下に掲げる条項は、甲６のものである。）。
ア 丁は、その有するＡの株式１５００株の全部を丙に譲渡する（２条１項）。
イ 丁は、原告ら及び戊が有するＡの株式５５００株の全部について、これらの者をして、ＡがＢに対して有する本件貸付金等債権（同日において総額２億９７１３万９１５８円であった。弁論の全趣旨）の全部を丁に譲渡することを条件として、これを丙に譲渡させるものとする。なお、丙は、かかる株式の譲受けにつきあらかじめ承諾する（２条２項）。
ウ 原告ら及び戊が丙に対し上記イの株式の譲渡をしたときは、Ａは、丁に対し、本件貸付金等債権を譲渡する。なお、丁は、譲り受けた本件貸付金等債権を原告ら及び戊に対しそのまま譲渡するものとする(２条３項）。
エ 丙及びＦは、その有するＢの株式の全部を丁に譲渡する（２条４項）。
(3) 丁と原告ら及び戊とは、平成１８年１２月２日、以下の内容の合意書（以下「本件合意書」という。）による合意をした（甲７。なお、以下に掲げる条は、甲７のものである。）。
ア 丁は、本件貸付金等債権について、これをＡから譲り受け、そのまま原告ら及び戊に譲渡する（１条）。
イ 上記アの譲渡の実行と引換えに、原告ら及び戊は、本件基本合意書の定めに基づき、それぞれ有するＡの株式の全部（合計５５００株）を丙に譲渡する（２条）。
ウ 本件貸付金等債権については、上記イの定めにより放出する株式の数に応じた割合で、原告ら及び戊の各人に帰属するものとする（３条）。
(4) 原告ら及び戊は、平成１８年１２月１４日付けで、本件基本合意書２条２項の定めに基づき、ＡがＢに対して有する本件貸付金等債権を丁に譲渡することを条件として、原告ら及び戊の保有するＡの株式全部を丙に譲渡し（この譲渡を、以下「本件株式譲渡」といい、この際に作成した書面２通（作成名義人が原告甲のものと原告乙のもの）を、以下「本件株式譲渡証書」という。）、丙は、同日付けで、「平成１８年１２月２日付けにて締結された基本合意書２条に基づき、甲、乙および戊が有する有限会社Ａの株式５５００株の全部について、同人らから私に対する株式譲渡証書（３通）を正に受領いたしました。」と記載した受領書（以下「本件受領書」という。）を丁に交付した。（乙３の１及び２、４、弁論の全趣旨）。
(5) 原告らは、法定申告期限内に平成１８年分の所得税の確定申告書をそれぞれ提出したが、当該各申告において、上記(4)のＡの株式の譲渡に係る所得の金額は総所得金額に算入されておらず、総所得金額はいずれも零円とされ、還付金の額として、次のとおりとされていた（乙１、２）。
ア 原告甲について５５６万０１８０円
イ 原告乙について４８４万１０５８円
(6)ア処分行政庁は、平成２１年８月３１日、原告甲に対し、Ａの株式の譲渡に係る所得が申告漏れとなっていたとして、以下のとおり、本件処分１をした（甲１の１）。
(ア) 新たに納付すべき税額９２４万３１００円
(イ) 差し引き納付すべき税額１４８０万３２００円
(ウ) 過少申告加算税２１９万５０００円
イ 処分行政庁は、平成２１年８月３１日、原告乙に対し、Ａの株式の譲渡に係る所得が申告漏れとなっていたとして、以下のとおり、本件処分２をした（甲１の２）。
(ア) 新たに納付すべき税額３９５万２２００円
(イ) 差し引き納付すべき税額８７９万３２００円
(ウ) 過少申告加算税１２９万３５００円
(7) 原告らは、平成２１年１０月２９日、東京国税局長に対し、本件処分１及び２についてそれぞれ異議申立てをした（甲２の１及び２、甲４の１及び２）。
東京国税局長は、同年１２月２２日、上記各異議申立てをいずれも棄却する決定をした（甲３の１及び２）。
(8) いずれも平成２２年１月２２日、国税不服審判所長に対し、原告甲は本件処分１になお不服があるとして、原告乙は、本件処分２になお不服があるとして、それぞれ審査請求（以下「本件審査請求」という。）をした（甲４の１及び２）。
国税不服審判所長は、平成２３年１月１８日付けで、本件審査請求をいずれも棄却する裁決をした（甲５）。
(9) 原告らは、平成２３年７月２１日、当裁判所に対し、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
２ 本件処分１及び２の根拠及び適法性についての被告の主張
本件処分１及び２の根拠及び適法性についての被告の主張は、次の３に述べるところのほか、別紙「本件処分１及び２の根拠及び適法性についての被告の主張」記載のとおりである。
３ 争点及び当事者の主張の要点
(1) 本件株式譲渡について原告らが対価を収入したか（争点１）
ア 被告の主張の要点
(ア) 本件について、①本件基本合意書が作成・締結された目的は、丁及び丙において、Ｅとの立ち退き交渉に当たり、両者の権利関係を整理し、Ｅから得る補償金を最大化する方が得策であると考え、ＡとＢとを完全に分離した上で、Ｅからの補償金の分配方法などについても取り決め、それまでの丁と丙との間の紛争を一挙に解決することにあったこと、②丁の代理人であるＧ弁護士（以下「Ｇ弁護士」という。）は、本件基本合意書及び本件合意書を作成するに当たり、丙の代理人であるＨ弁護士（以下「Ｈ弁護士」という。）と交渉してその内容について合意した上、原告らの同意も得ており、本件基本合意書及び本件合意書の内容は、丁、原告ら及び丙のそれぞれの要求を反映させた内容になっていること、③本件基本合意書及び本件合意書は同じ日付で作成されているところ、いずれも、Ｇ弁護士が丁の代理人として作成し、丁の代理人として記名押印していること、④本件基本合意書とは別に本件合意書が作成された理由は、Ａを巡る紛争はもともと丁と丙の間の紛争であり、原告ら及び戊と丙との間には過去にＡ及びＢの経営権を巡って争いがあったことから、Ｇ弁護士が、原告ら及び戊が本件基本合意書の当事者とならない方が良いと考えたこと及び本件基本合意書の当事者ではない原告ら及び戊に本件基本合意書の内容を確実に履行してもらうためにすぎなかったこと、⑤本件基本合意書において、丁を通じて原告ら及び戊が本件貸付金等債権を取得すると規定されたのは、原告ら及び戊が保有するＡの株式を手放すことについて、丁が原告ら及び戊を説得しやすくするためにすぎなかったことなどの事情に加え、⑥丙は、本件基本合意書２条について、一つの条項でも欠けたら合意は成り立たないと考えていたこと（乙７）などからすれば、本件基本合意書及び本件合意書は、相互に密接な関連性を有し、当初から本件基本合意書及び本件合意書が一体のものとして成立し機能することが予定され、そのいずれか一つの条項でも履行されない場合には、関係当事者が本件基本合意書及び本件合意書を締結した目的が達成できないものであったと認められる。
そして、本件基本合意書及び本件合意書の締結に至る経緯を前提として、本件基本合意書及び本件合意書の文言並びに当事者が達成しようとしていた経済的・社会的目的などからすれば、本件基本合意書及び本件合意書により、全体として次の内容の契約が丁、原告ら及び戊、丙並びにＡの間で締結されたものと認めるのが、契約当事者の合理的意思解釈に合致する。
ａ 丁が丙に、丁所有のＡ株式１５００株を譲渡する。
ｂ 丙は、丁に、丙が所有するＢ株式６００株を譲渡する。
ｃ 原告ら及び戊は、丙に、原告ら及び戊が所有するＡ株式５５００株を譲渡し、丁を経由して下記ｄの本件貸付金等債権をＡ株式の譲渡の対価として譲り受ける。
ｄ 丙は、原告ら及び戊から上記ｃの株式の譲渡を受け、その対価として、丁を経由して、Ａから取得した本件貸付金等債権を原告ら及び戊に譲渡する。
以上からすれば、本件基本合意書及び本件合意書により、私法上、丁は、Ａ株式１５００株を丙に譲渡する対価としてＢ株式６００株を取得し、原告ら及び戊は、Ａ株式を丙に譲渡する対価として、Ａから取得した本件貸付金等債権を丙から丁を介して、原告ら及び戊の所有する株式数（原告甲につき２５００株、原告乙及び戊につき１５００株）に応じて原告ら及び戊の所有する株式総数５５００株に占める割合でそれぞれ取得することを内容とする三面契約が成立したものと認めるのが相当である。
(イ) 原告らの主張に対する反論
ａ Ｇ弁護士は、本件基本合意書について、「息子達が持っている（有）Ａ社株式５５００株と（有）Ｂに対して持っている債権が個々に対価関係にある訳ではありません。」と述べつつも、「つまり、丁及び息子達が丙へ譲渡した（有）Ａ社株式７０００株と丙が丁及び息子達へ譲渡した（有）Ｂ社株式６００株及び（有）Ａが（有）Ｂに対して持っている債権などの記載事項の全てをもって対価と捉えることになります。」（乙６・４枚目）と述べており、原告らと丙との間でＡ株式の無償による譲渡契約、Ａないし丁と原告らとの間で本件貸付金等債権の無償による譲渡契約がそれぞれ別個に成立したなどとは評価していない。
むしろ、本件基本合意書及び本件合意書が作成された経緯等並びにＧ弁護士の回答内容を併せ考えれば、Ｇ弁護士は、本件基本合意書及び本件合意書について、実体法上、丁がＡ株式１５００株を丙に譲渡する対価としてＢ株式６００株を取得し、原告ら及び戊は、Ａ株式を丙に譲渡する対価として、Ａから取得した本件貸付金等債権を丙から丁を介して原告ら及び戊の所有する株式数に応じて原告ら及び戊の所有する株式総数５５００株に占める割合でそれぞれ取得することを内容とする三面契約に該当することを認めているといえる。
ｂ 丙及びＡにおける経理処理に係る原告らの主張について
(a) 原告らは、丙が、Ａ株式を額面の７００万円と評価して三面契約の経理処理を行っていることを根拠に原告らが取得したＡ株式の価額が５５０万円にすぎないと主張するが、丙が評価したＡ株式の価額は、単にその額面金額を基にしたものであり、何ら合理的な算定根拠に基づくものではないから、丙のＡ株式に係る処理を根拠とする原告らの主張には理由がない。
その点をおくとしても、丙は、丁に支払うべきＡ株式とＢ株式の額面額の差額６４０万円について、Ａに負担させ、本件貸付金等債権をもって支払に充てた上、Ａが負担した金額相当の債務と丙のＡに対する貸付金を相殺処理しているが、Ａは、上記相殺処理が行われた後のＡの法人税に係る税務調査において、雪谷税務署の職員から、Ａから丙を経由して原告ら及び戊へされた本件貸付金等債権の譲渡は、丙が負担すべきＡ株式の取得代金をＡが丙に代わって負担したものであるからＡの丙に対する本件貸付金等債権の譲渡に係る譲渡損（雑損失）の計上は認められない旨の指摘を受け、顧問税理士を始めとする複数の税理士らによる助言を踏まえ、これに従い、Ａは、譲渡された本件貸付金等債権相当額がＡから丙に対する貸付金債権であることを前提とした内容の法人税の修正申告書を提出し、同貸付金について金銭消費貸借契約書を作成している（乙１０・２枚目）。
そうすると、Ａ及び丙は、Ａ株式の対価として本件貸付金等債権相当額が原告らに譲渡されたことを前提にした処理をしているといえるから、原告らの上記主張には理由がない。
(b) 原告らは、Ａが、本件貸付金等債権について、前記(a)で述べたとおりＡ株式とＢ株式の額面額の差額６４０万円とを相殺処理により減額した上で、残額を雑損失処理していることを理由に、Ａにおいて本件貸付金等債権の価額を零円ないし６４０万円と評価していると主張するが、Ａは、本件貸付金等債権について、全額を益金の金額に算入する処理を行っているから、原告らの上記主張はその前提を欠く。なお、原告らは、Ａの経理処理上、Ａが本件貸付金等債権を丙に対する貸付金として処理されたことはないなどと主張するが、丙が支払うべきＡ株式の取得代金については、Ａからの借入金として処理されていることは明らかである。
(c) 仮に、原告らが主張するように、原告らと丙との間でＡ株式の無償での譲渡契約が成立しており、これとは別個に、Ａないし丁と原告らとの間で本件貸付金等債権の無償での譲渡契約が成立しているのであれば、私法上は、原告らから丙へのＡ株式の贈与があったと評価できるから、丙は当該贈与に係る贈与税の申告が必要となるところ、丙がそのような内容の税務申告をした事実はない。
また、原告らが主張するように、Ａから丁への本件貸付金等債権の無償譲渡及び丁から原告らへの同債権の無償譲渡がされたとすれば、Ａは、本件貸付金等債権を丁ないし原告らに対する寄附金として処理すべきところ、Ａにおいてそのような内容の処理はされていない。
ｃ 本件基本合意書において、Ｆの所有するＢ株式や根抵当権の解除等も契約の対象となっているとの原告らの主張について
本件基本合意書においては、Ｆの所有するＢ株式を丁に譲渡することも合意内容となっているところ、Ｆが丁にＢ株式を譲渡することが契約の内容となっていたとしても、原告ら及び戊がＡ株式を譲渡する対価として本件貸付金等債権を取得したことに変わりはないから、既に述べた三面契約の解釈に何ら影響を与えるものではない。また、本件基本合意書においては、Ａ株式、Ｂ株式及び本件貸付金等債権の帰属以外に、丁、原告ら及び戊並びに丙の間のトラブルの解決方法等についても合意されているが、それらは、Ａ株式、Ｂ株式及び本件貸付金等債権の譲渡に関する契約と直接関係するものではないから、上記の三面契約の解釈に影響を与えるものではない。
ｄ Ａ株式と本件貸付金等債権の額面額に係る原告らの主張について
(a) 原告らは、丙が譲り受けたＡ株式と譲り渡したＢ株式の評価額の差額６４０万円について、丙のＡに対する貸付金と相殺処理を行っており、これは明らかに被告の主張と異なると主張する。
しかし、丙が評価したＡ株式及びＢ株式の価額は、単にそれぞれの額面金額を基にしたものであり、何ら合理的な算定根拠に基づくものではないし、Ａは、丙のＡ株式の取得対価として本件貸付金等債権が丙を介して原告らに譲渡されたことを前提にした処理をしているから、丙のＡ株式に係る処理を根拠とする原告らの主張には理由がない。
(b) 原告らは、丙がＡから本件貸付金等債権を借り入れる処理や、Ａが本件貸付金等債権をＡの丙に対する貸付金とする処理のいずれも契約書が作成されず、返済方法も合意されていないなど極めて不自然かつ実体の伴わない処理であり、具体的な契約内容は不明であると主張する。
しかしながら、丙は、Ａの経理処理に関し、金銭消費貸借契約書（乙１０の別添１）及び臨時株主総会議事録（乙１０の別添２）を雪谷税務署所部職員に対し提出しているから、上記処理が実体を伴わないものであるとはいえず、原告らの主張は前提を誤るものであって理由がない。
(c) 原告らは、Ａが被告が主張するような処理を行ったのは、従来のように本件貸付金等債権を雑損失として処理すると、丙はＡから本件貸付金等債権を譲り受けたと認定され、役員賞与となり、Ａは本件貸付金等債権について損金算入が認められず、法人税の課税対象とされてしまうことになるから、丙は税務当局の主張を前提として課税されないような処理を後付けで行ったものと考えられることなどからすれば、被告の主張は極めて不自然であると主張する。
しかしながら、Ａは、法人税に係る税務調査において、雪谷税務署所部職員から、Ａから丙を経由して原告ら及び戊へされた本件貸付金等債権の譲渡は、丙が負担すべきＡ株式の取得代金をＡが丙に代わって負担したものであるからＡの丙に対する本件貸付金等債権の譲渡に係る雑損失の計上は認められない旨の指摘を受け、顧問税理士を始めとする複数の税理士らによる助言を踏まえ、飽くまで自らの意思でこれに従い、譲渡された本件貸付金等債権相当額は、Ａから丙に対する貸付金であることを前提とした内容の法人税の修正申告書を提出し、同貸付金について金銭消費貸借契約書を作成している（乙１０・１及び２枚目）。
なお、Ａが雪谷税務署所部職員に提出した金銭消費貸借契約書（乙１０・３枚目）及び臨時株主総会議事録（乙１０・４枚目）の作成日付は「平成２３年４月２５日」とされているものの、Ａの経理処理は、平成１８年１２月にＡから丙に対する貸付金が生じたことを前提に修正されたものであり、上記法人税の修正申告書も同処理を前提としたものである。
したがって、丙が税務当局の主張を前提として課税されないような処理を後付けで行ったとはいえず、丙が既に述べた三面契約について上記経理処理をしたことが上記の三面契約に係る被告の主張の不合理性を裏付ける事情になるとはいえない。
イ 原告らの主張の要点
以下のとおり、原告らが本件貸付金等債権を譲り受けたのは、丁と丙との間の様々な紛争を解決する方法の中の一つの手続であり、本件株式譲渡の対価としてではない。
(ア) 本件基本合意書及び本件合意書が作成された経緯
本件株式譲渡は、本件基本合意書及び本件合意書に基づいて行われたものであるところ、本件基本合意書及び本件合意書が作成された経緯は、大要、以下のとおりである。Ａの株主であり代表取締役であった丁は、同社の取締役であった丙に対し、丙が既に高齢であった丁を巧みに操り、Ａの株式の過半数を取得するなど、丁の持つＡの株主権や経営権、更には丁の個人資産を不当に取得し又は取得しようとしたとして、様々な訴訟を提起していた。
かかる訴訟を経て、利害が鋭く対立する関係にあった丁と丙との間で、丙がＡを完全支配し、丁がＢを完全支配することで、両者を切り離し、両者間の紛争を最終的に解決すべく、本件基本合意書及び本件合意書が締結された。そして、その中で、Ａが保有していた本件貸付金等債権を譲渡することにより、Ｂを、丙が完全支配することになるＡの管理下から外す処理を行うことになったのである。
このように、原告らが本件貸付金等債権を譲り受けたのは、あくまで丁と丙との間の様々な紛争を解決するべく、ＢとＡを完全に切り離すためのものであって、本件株式譲渡の対価とする趣旨ではない。
かかる事実は、本件基本合意書において、本件株式譲渡と本件貸付金等債権の譲渡のみが規定されているのではなく、Ａ、丙、Ｆ、丁を巡る様々な紛争についての解決方法が合意されており、また、未解決の問題についても列挙し、当事者間で誠意をもって協議を行うものとされており、本件株式譲渡や本件貸付金等債権譲渡は、その中の一つとして他の事項とは別個独立のものとして規定されているにすぎないことからも、明らかである。
(イ) 本件基本合意書の内容
本件基本合意書２条４項によれば、丙及びＦはその有するＢの全ての株式を丁に譲渡することとされており、本件株式譲渡と同時に行われるのは本件貸付金等債権の譲渡だけではなく、丙及びＦが所有するＢ株式の丁に対する譲渡も行われている。
さらに、本件基本合意書３条によれば、Ａ株式の譲渡と引換えに、丙及びＦは、Ａ株式の譲渡と同時に丁の資産の根抵当権負担の除去を行うこととされている。
そして、本件基本合意書では、Ａ、丙、Ｆ、丁を巡る様々な紛争について解決方法が合意されており、また、未解決の問題についても列挙した上で、当事者間で誠意をもって協議を行うものとされており、Ａ株式の譲渡や本件貸付金等債権の譲渡については、その中の一つとして規定されているにすぎない。
このように、本件基本合意書の内容に鑑みても、Ａの丁に対する本件貸付金等債権の譲渡が原告らの丙に対するＡ株式の譲渡の対価として行われたものでないことは、明らかである。
以上の事実から、一つ一つの個々の合意内容は別個独立して成立していると考えるべきである。
(ウ) 本件合意書の目的
本件合意書について、Ｇ弁護士は、「基本合意書成立の後で、息子達から基本合意書の内容を聞いていない等と言われたら話しが全て台無しになるので、法的安定性を確保するため、私が丁の代理人として息子達との間でしっかり書類を取ったもの」であるとしている（乙６・４頁）。すなわち、本件合意書は、Ｇ弁護士が、本件基本合意書の当事者ではない原告らに対し、飽くまで、本件基本合意書の内容を理解させ、その実行に協力させる目的で作成したものであり、本件基本合意書の実行を担保するという本件基本合意書とは異なる目的で作成された本件基本合意書から全く独立したものである。
このように、本件合意書は、飽くまで本件基本合意書の実行を担保するために別個独立して合意したものにすぎず、本件基本合意書と関連してはいても一体となるものではなく、ましてや、かかる合意書までも併せ読み込んで、本件貸付金等債権の譲渡がＡ株式の譲渡対価であると理解することなど到底できない。
(エ) 各契約の当事者
本件貸付金等債権の譲受けが本件株式譲渡の対価でないことは、本件株式譲渡の当事者は丁、原告ら及び戊と丙とであるが、本件貸付金等債権の譲渡の当事者は丁（又は原告ら及び戊）とＡとであり、そもそも当事者が異なることからも明らかである。
また、本件基本合意書２条２項には、本件株式譲渡の対価として原告らが本件貸付金等債権を譲り受けるとは一切規定されておらず、あくまでＡが本件貸付金等債権の全部を丁に譲渡することを条件として原告ら及び戊が丙に対して本件株式譲渡を行うこととされているにすぎない。
本件において課税の前提としていかなる契約が成立しているかを検討するに際しては、当然ながら、本件基本合意書等の当事者が合意した書面の記載に忠実に解釈するべきであって、租税法律主義から、法律の根拠なしに、課税のための法形式の解釈は許されるべきではない。
したがって、本件基本合意書、本件合意書及び本件株式譲渡証書（乙３の１及び２）から、原告らと丙との間でＡ株式の無償での譲渡契約が成立し、また、これとは別個に、Ａないし丁と原告らとの間で本件貸付金等債権の無償での譲渡契約が成立していると解すべきである。
なお、本件貸付金等債権の譲渡はＡ株式の譲渡の「対価」とされているのではなく、飽くまで「条件」とされているにすぎず、両者を関連付けることはできない。
(オ) 本件基本合意書の作成当事者の意思等
本件基本合意書について、丁の代理人として作成に携わったＧ弁護士は、「第２条の記載事項は同意のための前提条件で、個々の事項の何と何が対価関係にあるというわけではない」と明言している（乙６・２頁）。また、Ｇ弁護士は、東京国税局の担当官からの、「基本合意書の第２条の記載事項については、第２項及び第３項の記載内容を見ると、息子達の持っている（有）Ａ株式５５００株と（有）Ａが（有）Ｂに対して持っている債権が対価関係にあるように読み取れるのですが」との問いに対して、「息子達が持っている（有）Ａ株式５５００株と（有）Ａが（有）Ｂに対して持っている債権が個々に対価関係にある訳ではありません。」と明確にこれを否定している（乙６・４頁）。そして、Ｇ弁護士は、本件基本合意書について、２条以外にも「基本合意書の第１条に記載の（Ｅ対応）や第３条に記載の（根抵当の解除）なども重要な条件でした」としている（乙６・３頁）。以上の事実から、本件基本合意書の作成当事者は、Ａ株式の譲渡と本件貸付金等債権の譲渡が対価関係にあるとは全く考えていなかったことが明らかであり、むしろ、個々の契約は個々の契約として合意（成立）し、その上で当事者間の紛争を解決させたと考えるのが妥当である。
(カ) 本件基本合意書等の規定等
本件基本合意書２条３項、本件合意書１条及び原告らの本件株式譲渡証書によれば、本件貸付金等債権はＡが丁に対して譲渡するものとされており、丙がＡから本件貸付金等債権を取得するなどとはどこにも記載されていない。
そもそも被告が主張するような丙がＡから「本件貸付金等債権を借り入れる」などという法形式は極めて不自然で実態も不明確であり、このような極めて不自然な法形式を当事者が選択するなど通常はあり得ない。当然、Ａから丙に本件貸付金等債権が譲渡された等の通知は債務者であるＢには一切されていない。
このように、当事者間の合意内容を明記している本件基本合意書及び本件合意書の規定からは、丙がＡから本件貸付金等債権を取得したなどという事実は認められず、また、そもそもかかる極めて不自然な形式を当事者が選択したなどと解する余地は全くない。
(キ) 丙の認識
丙は、本件基本合意書に基づく処理の後、譲り受けたＡ株式合計７０００株を額面で総額７００万円と評価し、また、譲り渡したＢ株式を額面で６０万円と評価し、差額の６４０万円については、丙のＡに対する貸付金と相殺処理している（乙７・４頁）。かかる処理を前提とすれば、原告ら及び戊の保有株式５５００株の価額は合計５５０万円にすぎず、このように丙は、原告ら及び戊から譲り受けたＡ株式を本件貸付金等債権の額面額とは大きく懸け離れた５５０万円と評価し、また、Ａが丁側に本件貸付金等債権を譲渡したことをもってＡが丙のために立替払をしたものとの前提に立って、Ａ株式の譲渡と本件貸付金等債権の譲渡とを何ら関連付けることなく、経理処理をしている。以上の事実から、丙は、本件貸付金等債権の譲渡はＡ株式の譲渡対価ではなく、むしろＡによる本件貸付金等債権の譲渡とＡ株式の譲渡を別個のものと認識していたことは明らかである。
(ク) Ａの認識
Ａは、本件貸付金等債権について、Ａ株式の額面額とＢ株式の額面額の差額６４０万円について相殺処理により減額した上で、残金全額３億０２４９万４１１２円を雑損失処理している（乙７・４頁）。
すなわち、Ａにおいて、丙に対するＡ株式の譲渡とＡによる本件貸付金等債権の譲渡とが対価関係にあるような処理は全くなされておらず、むしろ、上記相殺後の本件貸付金等債権の残額全額を雑損失処理していることから明らかなとおり、本件貸付金等債権の対価は零（ないし丙に対する貸付金の６４０万円の相殺処理に鑑みて実質的には６４０万円）として処理しているのである。
まして、被告が主張するように、①Ａが丙に対して本件貸付金等債権を貸し付け、②本件貸付金等債権をＡ株式５５００株の取得価額の対価として費消したものであるから、Ａの処理としては、本件貸付金等債権をＡの丙に対する貸付金とした等という処理は一切なされていない。
したがって、Ａは、本件貸付金等債権の譲渡はＡ株式の譲渡対価ではなく、むしろ本件貸付金等債権の譲渡とＡ株式の譲渡を別個のものと認識していたことは明らかである。
(ケ) Ａの株式価値と本件貸付金等債権の額面額
本件貸付金等債権の譲渡がＡ株式の譲渡の対価であるならば、両者の価値は均衡しているのが通常である。特に、原告ら及び戊と丙は強く利害対立をしている関係であり、かかる間での取引であればなおさらのことである。
しかしながら、丙は、譲り受けたＡ株式合計７０００株を額面で総額７００万円と評価しており、かかる処理を前提とすれば、原告ら及び戊の保有株式の価額は合計５５０万円にすぎない。
また、Ａの平成１９年９月期における決算報告書上の純資産額は６６５４万１９５９円である。しかるに、Ａの発行済株式総数は１万５０００株であり、１株当たりの純資産額は４４３６円となる。そうすると、原告甲の保有Ａ株式２５００株の価額は１１０９万円、原告乙の保有Ａ株式１５００株の価額は６６５万４０００円、戊の保有Ａ株式１５００株の価額は６６５万４０００円となり、このように、上記３名が保有するＡ株式を合わせたとしても、その価額は２４３９万８０００円にすぎない。
もっとも、上記純資産額はＡ株式の時価ではなく、Ａの資産を時価で評価すれば、前払金はそもそも資産性が認められず、有形固定資産も価値のある資産としては評価できず、その他電話加入権等も資産としては評価できない等、Ａが実質的に債務超過である（株式の価値が零である）ことは明らかである。
以上のとおり、Ａ株式の価値と本件貸付金等債権の額面額とは大きく懸け離れており、通常、このように経済的価値が大きく懸け離れたものを譲渡対価とすることは考えられない。
(コ) 被告の主張の不自然性
被告が主張する三面契約は、丙が本件貸付金等債権を取得するに当たって、①Ａから本件貸付金等債権を借り入れ、②本件貸付金等債権をＡ株式５５００株の取得価額の対価として費消したものであるから、Ａの処理としては、本件貸付金等債権をＡの丙に対する貸付金としたものである旨の主張を前提とする。
しかし、丙は、譲り受けたＡ株式を額面で７００万円と評価し、他方で、譲り渡したＢ株式を額面で６０万円と評価し、差額の６４０万円について丙のＡに対する貸付金と相殺処理を行っており、このような丙の行った処理は明らかに被告の主張と異なるものである。なお、丙がＡの発行済株式総数の過半数を保有しており、原告ら及び戊はいわゆる少数株主にすぎずその株式は売却可能性に乏しかったことからすれば、実務上、少数株主が保有する株式の評価として額面を用いることには十分に合理性が認められる。
そもそも、丙が平成２３年に修正申告をする際にされた、従前の経理処理を改めて、本件貸付金等債権を借り入れるという処理も、本件貸付金等債権をＡの丙に対する貸付金とする処理も、いずれも極めて不自然かつ実体の伴わない処理であり、具体的な契約内容は全く不明である。
Ａから丙に対して本件貸付金等債権を貸し付ける根拠は全くなく、当事者間で契約書も存在しないものと考えられ、ましてや、Ａの丙に対する貸付金の返済方法も合意されていないと考えられるなど、被告の上記主張の法律関係は全く不明である。
Ａがかかる極めて不自然な処理を行ったのは、税務当局が主張するように本件貸付金等債権の譲渡とＡ株式の譲渡が対価関係にあるという前提に立つならば、従前の処理のままでは丙がＡから本件貸付金等債権を譲り受けたと認定され、丙は本件貸付金等債権が役員報酬であるとみなされ、給与所得課税の対象となり、また、Ａにおいては、本件貸付金等債権について損金算入が認められず、法人税の課税対象とされてしまうことになる。そして、かかる指摘を受けていた当時、原告らは税務当局と係争中で、原告らの主張が受け入れられていなかったことから、丙は、上記税務当局の主張を前提とした上で、課税されないような処理を後付けで行ったものと考えられるのである。
(サ) 前記(コ)に述べた丙による修正申告に係る金銭消費貸借契約書（乙１０の別添１）の締結日（平成２３年４月２５日）及び金銭の貸付日（前同日）が本件基本合意書等の締結日と全くかけ離れていること、明らかに返済能力のない丙に無担保で２億９７１３万９１５８円もの大金を貸し付けることなど商慣習法上到底考えられないこと、Ａには貸付けを行う資金がないこと、返済期日に返済する予定もないこと等に鑑みれば、上記金銭消費貸借契約は明らかに有効ではなく、何らの事実を証明するものでない。
(2) 原告らの譲渡所得に係る収入金額は本件貸付金等債権の額面額を原告らの保有していたＡの株式の数に応じてあん分したものであるか（争点２)
ア 被告の主張の要点
(ア) 所得税３６条１項は、「金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもって収入する場合」の収入すべき金額は、「その金銭以外の物又は権利その他の経済的な利益の価額」によることと規定し、同条２項は、現金以外の資産その他の経済的利益は、原則、権利を取得したときにおける収入時の時価で評価されるとしていることから、原告らのＡ株式の譲渡に係る収入金額は、本件貸付金等債権の取得時の価額（時価）となる。
これを本件についてみると、債権は、債務者に破産等の事由が生じ、債権が回収不能となるような事態が発生しない限り、債権額全額を債務者に訴求できるものであるところ、Ｂにおいては、平成１９年４月期ないし平成２２年４月期において、毎年、営業利益を計上し、長期借入金の額も年々減少していること、平成１９年４月期ないし平成２３年４月期の決算書上、一貫して本件貸付金等債権の全額が原告ら及び戊からの借入金として計上されていること及び平成１９年４月期から平成２３年４月期まで相当額の役員報酬を支払っており、特に、平成２２年４月期及び平成２３年４月期においては、原告らに対し１２００万円という高額な役員報酬を支払っていることが認められ、原告らが本件貸付金等債権を取得した当時及びその後においても本件貸付金等債権の債務者であるＢに破産等の事由が生じ、債権が回収不能となるような事態が発生していたとは認められない。したがって、原告らが本件貸付金等債権を取得した当時及びその後においても原告らは本件貸付金等債権の全額につきＢに訴求することが可能であったと認められるから、原告らのＡ株式の譲渡に係る収入金額は、本件貸付金等債権の全額である２億９７１３万９１５８円である。
(イ) 原告らの主張に対する反論
ａ Ａの貸倒引当金の処理についての原告らの主張に理由がないこと
原告らは、Ａは平成１８年９月期の決算までに、本件貸付金等債権のうち２億９３３２万９３９４円について、法人税法５２条１項等に基づき、個別評価金銭債権に係る貸倒引当金に繰入れ処理をしており、これに基づき所轄税務署に対し確定申告を行っているが、これに対して何らの更正処分も行われていないから、本件貸付金等債権の評価額は零である旨主張する。
法人税法は、将来発生することが予測される費用について、一定の要件に該当するときには個別評価金銭債権に係る貸倒引当金として損金算入を認めているところ（法人税法５２条１項）、Ａの平成１８年９月期決算までに、本件貸付金等債権のうち、２億９３３２万９３９４円について、個別評価金銭債権に係る貸倒引当金に繰入れ処理され、特別損失に計上されていることが認められるものの、当該貸倒引当金は、Ａの決算上、各事業年度の翌期に毎期洗替えされている。そして、平成２０年９月期において、本件貸付金等債権は、雑損失として損金処理したものの、その後、その全額が益金の金額に算入される処理に訂正されている（乙９・２枚目）。
したがって、原告らの上記主張は誤った前提によるものであって、理由がない。
ｂ 本件貸付金等債権の回収の優劣を述べる原告らの主張に理由がないこと
原告らは、本件貸付金等債権は、人的担保も物的担保も設定されていない無担保債権であり、返済された実績もなく、人的担保や物的担保が設定された取引金融機関の貸付金債権とは保全状況が全く異なる債権であり、また、Ａ株式の譲渡後は株主である原告らの債権となり、かかるいわば身内の債権は、取引金融機関などの外部債権者の債権に比べて、回収において劣後することは慣習上自然かつ通常のことであるから、経済的な価値が認められない旨主張する。
原告らの上記主張の趣旨は判然としないが、そもそも、原告らがいうところの「身内の債権」が、取引金融機関の有する債権と比較して法的に劣後しているとは認められない。また、仮に、慣習上、原告らのいう「身内の債権」が他の債権よりも事実上回収において劣後することがあるとしても、飽くまで人的関係に基づき事実上回収が劣後するにすぎず、本件貸付金等債権の価額に何ら影響するものではないし、Ｂは、現に事業を継続しており、今後も事業を継続し、収益を得ることにより、債務の返済資金を獲得し、債務を支払うことが十分可能であることが優に認められるから、本件貸付金等債権の経済的な資産価値がないとの原告らの主張には理由がない。
イ 原告らの主張の要点
百歩譲って、原告らが本件株式譲渡の対価として本件貸付金等債権を譲り受けたものとしても、以下のとおり、本件貸付金等債権の経済的な資産価額は零であり（所得税法３６条２項）、したがって、原告らに本件貸付金等債権の譲渡による譲渡所得は生じない。
(ア) Ｂの経営状況
ａ 本件貸付金等債権の債務者であるＢの資産負債の状況は、帳簿価額で以下のとおりである。
(a) 平成１６年４月期約１億９２７０万円の債務超過（甲１１の１）
(b) 平成１７年４月期約１億７９００万円の債務超過（甲１１の２)
(c) 平成１８年４月期約１億８８００万円の債務超過（甲１１の３)
(d) 平成１９年４月期約１億７０００万円の債務超過（甲１１の４)
ｂ Ｂは相当長期間にわたり大幅な債務超過の状態で、債務超過解消の目途も全く立っていなかった。
また、Ｂの損益状況は、平成１９年４月期は約４９００万円の営業利益を計上しているが（甲１１の４）、平成１６年４月期は約１７００万円の営業損失（甲１１の１）、平成１７年４月期は約１６７万円の営業損失（甲１１の２）、平成１８年４月期は約３８６６万円の営業損失（甲１１の３）を計上している。
そして、本件貸付金等債権については全く返済されていないばかりか、貸付金も未払金も平成１８年４月期まで徐々に増加している状態であり（甲５別表３、甲１１の１ないし４)、平成１９年４月期にはＢについて借入金や未払賃料等を支払う能力がなく、新規に発生する賃料を支払うことも困難な経営状況であるとして、債務免除が実施されるに至っている（甲１２）。
被告は、本件基本合意書に基づく処理が行われた後、Ｂの経営状況が従前より改善されていることに言及するが、かかる被告の主張は、権利を取得したときにおける収入時の時価とその後の事情を混同するものであり、採用できない。
Ｂの経営状況は、本件貸付金等債権の譲渡等が行われた後、原告らがＢの株主権及び経営権を確保し、経営努力を行ったために改善の兆しを見せているのである。役員報酬についても同様であるが、実際には役員報酬は全額が支払われているわけではなく、むしろ原告甲に対する未払金は平成２１年４月期から平成２３年４月期にかけて４８１万４１９０円増加し、原告乙に対する未払金は８２４万７４９５円増加している。それにもかかわらず、本件貸付金等債権に対する返済はいまだに一切されておらず、かかるその後の返済状況に鑑みても、平成１８年１２月当時、本件貸付金等債権について一括で全額の返済を行うことは到底不可能な状況である。
加えて、仮に本件貸付金等債権に対する返済を見込むとしても、相当長期間の分割返済とするほかないことは明白である、しかるに、平成１８年１２月当時の時価評価としては、事業継続性等、様々な要素を加味しつつ、現在価値に割り引いた金額とされるべきであり、そうすると、本件貸付金等債権の時価評価としては、限りなく零に近い金額しか算定されない。
(イ) 貸倒引当金の計上
本件貸付金等債権は平成１０年２月頃までＡが経営難にあったＢに貸付けを行ったことで発生したものであるが、その後も、Ｂの経営状況は改善せず、本件貸付金等に対する返済は一切されていない。
また、Ａは、平成１８年９月期の決算までに、本件貸付金等債権のうち２億９３３２万９３９４円について、法人税法５２条１項、法人税法施行令９６条２項及び法人税基本通達１１－２－６に基づき、個別評価金銭債権に係る貸倒引当金に繰入処理をしている（甲１３）。
そして、Ａは、所轄税務署に対し、平成１８年９月期の確定申告において、本件貸付金等債権の評価額をおよそ零として確定申告を行っているが、これに対して、何らの更正処分も行われていない。
平成２０年９月期には、税務の専門家である税理士の意見に基づき、本件貸付金等債権から６４０万円を差し引いた残額の全額について、回収不能であるとする雑損失処理を行っている。このように、税務の専門家である税理士の判断によっても本件貸付金等債権の経済的価値が認められないとされていたのである。
かかるＡにおける本件貸付金等債権の貸倒処理及びこれに対する税務当局の対応並びに税理士の見解に基づく上記雑損失処理の状況に鑑みても、本件貸付金等債権に経済的価値が認められないことは明らかである。
(ウ) 担保の状況等
本件貸付金等債権は、人的担保も物的担保も設定されていない無担保債権であり、返済された実績もなく、人的担保や物的担保が設定された取引金融機関の貸付金債権とは保全状況が全く異なる債権である。
また、本件貸付金等債権は、元々はグループ会社であったＡの債権であり、その譲渡後は株主である原告らの債権となるのであり、このようないわば身内の債権は、取引金融機関を始めとする外部債権者の債権に比べて、その回収において劣後することは実務慣習上ごく自然かつ通常のことである。
そして、現に、本件貸付金等債権は、第三者へ売却したり担保に差し入れたりして資金調達することのできる価値のあるものではない。
かかる本件貸付金等債権の保全状況及び性質に鑑みても、本件貸付金等債権に経済的な価値が認められるべきものでないことは明らかである。
(エ) 本件基本合意書の作成当事者の認識等
Ｇ弁護士は、「（有）Ａが債権を放棄するとしなかったのは、債権を丁に渡す方が、より穏当な処理である判断したから」であるとしており、また、「丙も有限会社Ｂから貸付金を回収することは不可能だと思っていたためか」、「債権譲渡については、あっさりと了解してくれました。」としている。
すなわち、丙及び原告らを含む本件基本合意書の作成に関わった当事者は、本件貸付金等債権について経済的な価値を見いだしていなかったのである。
そもそも、原告らと丙は強く利害対立のある当事者であり、かかる間で経済的価値のある債権を容易に手放すわけがない。
また、本件基本合意書には、本件貸付金等債権の譲渡金額等は一切記載されていないが、これは当事者が本件貸付金等債権を零又は備忘価格程度と評価していたからにほかならない。
(オ) Ａ及び丙の認識
丙によれば、Ａにおいては、Ａ株式の額面額７００万円とＢ株式の額面額６０万円の差額６４０万円をＡが負担したものとして、丙からの借入金と相殺処理により減額されている。かかる処理は、丙に譲渡されたＡ株式を額面で総額７００万円と評価し、丙から丁に譲渡されたＢ株式を額面で総額６０万円と評価し、その差額である６４０万円を丙が丁側に支払う必要があるところ、Ａが本件貸付金等債権を丁に譲渡したことをもって丁側に対して６４０万円の立替払をしたものとし、かかるＡの６４０万円分の負担について丙のＡに対する貸付金の一部返済とみなしたということを意味する。
その上で、本件貸付金等債権の残額３億０２４９万４１１２円全額について雑損失処理されており、関係当事者は本件貸付金等債権の回収可能性を全く認めていないことが分かる。
したがって、関係当事者が、本件貸付金等債権の譲渡をもってＡが６４０万円の負担をしたと理解したことからすれば、本件貸付金等債権の経済的価値を６４０万円と評価していたともいえるが、本件貸付金等債権の残額の全額を雑損失処理していることからすれば、本件貸付金等債権の経済的価値を零と評価していたと認められる。
(カ) 本件貸付金等債権に対する返済状況等
被告はＢの経営改善をるる主張するが、本件貸付金等債権の債務者であるＢについて、確かに営業利益は従前より改善しているものの、かかる被告の主張は、権利を取得したときにおける収入時の時価とその後の事情を混同するものである。
本件貸付金等債権の譲渡等が行われた平成１８年１２月当時、Ｂは大幅な債務超過であり、それまで何年もの間、営業利益を計上できていなかったのである。Ｂの経営状況は、本件貸付金等債権の譲渡等が行われた後、原告らがＢの株主権及び経営権を確保し、経営努力を行ったために、改善されたのである。役員報酬についても同様であり、本件貸付金等債権の譲渡等が行われた後、原告らがＢの株主権及び経営権を確保し、経営努力を行ったことで、役員報酬を計上できるようになったものであるが、実際には役員報酬は全額が支払われているわけではなく、むしろ原告甲に対する未払金は平成２１年４月期から平成２３年４月期にかけて４８１万４１９０円増加し、原告乙に対する未払金は８２４万７４９５円増加している。
それにもかかわらず、本件貸付金等債権に対する返済はいまだに一切なされておらず、かかるその後の返済状況に鑑みても、平成１８年１２月当時、本件貸付金等債権について一括で全額の返済を行うことは到底不可能な状況である。
また、仮に本件貸付金等債権に対する返済を見込むとしても、相当長期間の分割返済とするほかないことは明白である。しかるに、平成１８年１２月当時の時価評価としては、事業継続性等、様々な要素を加味しつつ、現在価値に割り引いた金額とされるべきであり、そうすると、本件貸付金等債権の時価評価としては、限りなく零に近い金額しか算定されない。
かかる事実からも、本件貸付金等債権の時価は零であると評価されるべきである。
(キ) Ａ株式の時価
被告が主張するように、本件貸付金等債権の譲渡がＡ株式の譲渡対価であるならば、両者の価値は均衡しているのが通常である。特に、原告ら及び戊と丙は強く利害対立をしている関係であり、かかる間での取引であればなおさらのことである。
しかるに、丙は、譲り受けたＡ株式７０００株を額面７００万円と判断して経理処理を行っており、かかる処理を前提とすれば、原告ら及び戊の保有株式の価額は合計５５０万円にすぎない。
また、Ａの平成１９年９月期における決算報告書上の純資産額は６６５４万１９５９円であり、Ａの１株当たりの純資産額は４４３６円である。そして、原告ら及び戊が保有するＡ株式を合わせたとしても、その価額は２４３９万８０００円にすぎない。
もっとも,上記純資産額はＡ株式の時価ではなく、Ａの資産を時価で評価すれば、前払金はそもそも資産性が認められず、有形固定資産も価値のある資産としては評価できず、その他電話加入権等も資産としては評価できない等、Ａが実質的に債務超過である（株式の価値が零である）ことは明らかである。
以上のとおり、Ａ株式の価値と本件貸付金等債権の額面額とは大きく懸け離れており、このような事実からしても、本件貸付金等債権の時価が額面額２億９７１３万９１５８円であるなど、到底あり得ない。
(ク) 本件貸付金等債権の額面額を時価とすることの不合理さ
仮に本件貸付金等債権の経済的価値が額面額そのものであるとすれば、貸付金等債権について一切返済がなされず、遅延利息が増加すればするほど、当該貸付金債権の経済的価値が増すことになる。本件貸付金等債権についても、一度も元金及び利息の返済がなされておらず、未払金が年々増加しているが、かかる返済遅延の状況が続くにつれて、遅延利息を含む債権の合計額は増加しており、返済遅延の状態が続けば続くほど債権の経済的価値（時価）が上がるということになる。
しかしながら、このような、返済が滞れば滞るほど、その経済的価値が増すような結論が不合理であることは一見して明らかである。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件株式譲渡について原告らが対価を収入したか）について
(1) 認定事実
括弧内掲記の証拠によれば、以下の事実（以下「認定事実」という。）を認めることができる。
ア Ａ、丙、Ｆ及び丁は、丁においてはＧ弁護士を、その余の者においてはＨ弁護士をそれぞれ代理人として、本件基本合意書による合意をしたものであるが、その際、前提事実(2)記載のもの以外にも、以下のとおりの内容を合意した（甲６。なお、以下に掲げる条項は、甲６のものである。)。
(ア) Ｅ対応
本件高架下に関しては、第一にＡの事業体としての存続を確保すること、第二に補償に係る経済的利益の最大化を図ることを基本方針としてＥとの間で交渉に当たるものとし、丁は、Ａがその交渉窓口となることにつき承諾する（１条１項本文）。
(イ) 根抵当権の解除
丙及びＦは、丁に対し、丁、原告ら及び戊が２条（前提事実(2)）に定める株式の譲渡をするのと引換えに、別紙物件目録２記載の土地及び建物につき、横浜地方法務局小田原支局平成１０年３月●日受付第５３９８号根抵当権設定登記の目的である根抵当権を解除し、速やかに同登記の抹消登記手続を行う（３条）。
(ウ) その他の論点
Ａ、丙及びＦ並びに丁の間において整理ないし解決すべき権利義務関係として双方から提示された次の論点が存在すること（これ以外に論点が存在することを排除するものではない。）を認識し、解決可能なものから順次速やかに合理的な解決を図るべく、誠意をもって協議を行うものとする。（４条）
ａ 丁のＡからの離脱に伴う分離の問題
ｂ 丁がＡのＩ事務所から本店に移動させた書類等のうち未返還のものの返還の問題
ｃ Ａの帳簿に計上されている金銭債権の確認及び処理の問題
ｄ 丁のＡの取締役の退任に関わる精算の問題
ｅ その他丁とＡとの間の過去の金銭その他の利益の移転に関する問題
ｆ 丁が使用しているＡ名義の自動車の返還問題
イ 丙は、平成２１年４月１３日、東京国税局課税第一部資料調査第二課の財務事務官に対し、大要以下のとおり申述した（乙７）。
(ア) 本件基本合意書を作成する際、丙は自らの代理人であるＨ弁護士に対し、ＡからＢや丁にお金を払うようにしないでほしい旨伝えた。
また、丙は、Ｈ弁護士に対し、ＡとＢを完全に分離するため、双方の債権債務が発生しないようにしてほしい旨伝えた。
(イ) 本件基本合意書２条について
ａ 丁がＡから解任されていることもあり、Ａの株式について丁、原告ら及び戊の名義が丁に残ると後に紛争となるおそれがあるため、丁の株式を丙に移動することにした。これに伴い、丙からは、本件貸付金等債権と丙名義のＢの株式を丁に移動することとした。なお、丙が受け取ったＡ株式は７０００株で、丙が渡したＢ株式は６００株であった。
ｂ 本件基本合意書２条の４つの項目は、一つでも欠けたら合意は成り立たなかったと思う。
ｃ 本件基本合意書において、原告ら及び戊は合意の相手となっていなかったため、本件基本合意書２条に記載されている株式の移動を確実に行うために、本件株式譲渡証書を作成した。Ａの株式について、過去に何度も原告ら及び戊との間で問題が生じていたため、原告ら及び戊は本件株式譲渡証書を、丙はこれについての本件受領書を作成したものである。
ｄ 税金処理について
丙が受け取ったＡの株式７０００株を額面で７００万円と判断し、丙が手放したＢの株式６００株を額面で６０万円と判断した。本件基本合意書に基づき、本来丙が丁に支払うべきＡとＢの株価の差額６４０万円については、実際には丁に対し支払っていないが、Ａが負担してくれたという意味もあり、丙がＡに貸し付けていた貸付金と相殺処理をした。具体的には、平成２０年９月３０日にＡの長期借入金科目で６４０万円を相殺処理している。併せて、ＡがＢに対して持っている本件貸付金等債権から６４０万円を引いた合計３億０２４９万４１１２円を雑損失処理している。
ウ Ｇ弁護士は、平成２１年４月２１日、東京国税局課税第一部資料調査第二課の財務事務官に対し、大要以下のとおり申述した（乙６、弁論の全趣旨）。
(ア) Ａは本件高架下においてぱちんこ店を営業していたところ、平成１８年に、本件高架下の立ち退きに関する問題について丁と丙との間で立ち退き交渉についてお互いに協力するため早期に紛争を解決することとなり、それまでの丁と丙との間の紛争を解決する目的で、両名の権利義務関係を確定して紛争解決を図るための方針を定めたのが本件基本合意書である。
(イ) Ｇ弁護士は、丁の意向を全面的に受けて本件基本合意書を作成し、また、原告ら及び戊も関係者であるので、本件基本合意書の内容について説明を行い、同意を得た。
(ウ) 丁は、丙との間の裁判ではずっと敗訴しており、その当時控訴中だったので、非常に不利な状況の中で、比較的有利な条件で丙と紛争解決の合意をすることができたのは、渡りに船という感じであり、正に天の配剤とでもいうべきことであった。
(エ) 本件基本合意書については、その記載事項の全ての記載事項をもって機能するものであり、２条の記載事項は合意のための前提条件で、個々の事項の何と何が対応関係にあるというわけではない。
本件基本合意書の２条を各項に分けたのは、それぞれが合意の前提条件であることを意味している。
(オ) Ａの株式については、丙が丁、原告ら及び戊の所有するＡの株式全部が欲しいと強く主張していたので、丁の意向として、同人の責任で原告ら及び戊の有していた株式も含め、７０００株を集めて丙に渡すことになった。そのため、本件基本合意書の当事者である丁の有している１５００株の譲渡について２条１項に記載し、原告ら及び戊の有している５５００株について同条２項に記載した。
(カ) 原告ら及び戊は、丙との権利関係を完全にきれいにするためにＡの株式を手放すことが必要であれば株式の譲渡に同意するが、権利関係の解消には本件貸付金等債権をきれいにすることが一番重要であり、Ａの株式を手放すための絶対条件であると主張していた。そのため、交渉の当事者である丁がＡから債権を譲り受け、丁から原告ら及び戊へとそのまま譲渡することを２条２項及び３項に記載した。丁を通して原告ら及び戊が債権を取得するようにしたのは、原告ら及び戊に対してＡ株式を手放すことを説得するため、より確実に債権譲渡が履行されることを明記したものである。なお、Ａが債権を放棄することとしなかったのは、債権を丁側に渡す方が、より穏当な処理であると判断したからである。丙もＢから本件貸付金等債権を回収することは不可能であると思っていたためか、丁、原告ら及び戊の保有するＡ株式を全て渡すことを条件に、本件貸付金等債権を譲渡することについてはあっさりと了解してくれた。
(キ) 丙の有しているＢの株式を全部奪いたいという丁の意向があったため、Ｂの株式譲渡について２条４項に規定した。
(ク) 本件基本合意書においては、丁、原告ら及び戊が丙へ譲渡したＡ株式７０００株と、丙が丁、原告ら及び戊へ譲渡したＢ株式６００株及び本件貸付金等債権などの記載事項の全てをもって、対価ととらえることとなる。
(ケ) 本件基本合意書は、丁と丙を当事者として紛争を解決するために作成された合意事項であり、本件基本合意書成立の後で原告ら及び戊から本件基本合意書の内容を聞いていない等と言われると全て台無しになるので、法的安定性を確保するため、Ｇ弁護士が、丁の代理人として、原告ら及び戊との間でしっかり書類を取ったものが本件合意書である。
(コ) Ｇ弁護士は、本件基本合意書の合意事項について税金面での検討はしていない。また、丁からも、Ｇ弁護士に対して税金面での意向や相談はなかった。丁が税理士等の専門家に相談していたか否かについては知らない。
エ Ａは、平成２３年４月２５日、丙との間で、以下の内容の金銭消費貸借契約（以下「本件貸金契約」という。）を締結した（乙１０・別添１。なお、以下に掲げる条項は、乙１０・別添１のものである。）。
(ア) Ａは、丙に対し、以下の約定で金銭を貸し付け、その元本額を交付し、丙はこれを受領した（１条）。
ａ 元本２億９７１３万９１５８円（１条(1)）
ｂ 借入日平成２３年４月２５日(１条(2))
ｃ 返済期日平成２５年４月２４日（１条(3)）
ｄ 利息元本に対して年利２．５％（１条(4)）
(イ) 丙は、平成２５年４月２４日に元本及び利息の全額を一括してＡの指定する金融機関口座へ振り込む方法で弁済する（３条）。
オ 丙は、平成２４年３月６日、東京国税局課税第一部国税訟務官室の財務事務官に対し、大要以下のとおり申述した（乙１０）。
(ア) 本件基本合意書、本件合意書及び最終合意書と題する書面を作成する際、Ａの経理処理について、丙が譲り受けたＡの株式と譲渡したＢの株式をそれぞれ額面で評価し、原告ら及び戊に支払うべきＡ株式の譲受けに係る債務をＡのＢに対する債権と相殺した。その後、平成２０年９月期において、相殺後の本件貸付金等債権と未収利息を雑損失として処理した。
(イ) その後、Ａの法人税に係る税務調査において、上記(ア)の処理について、雪谷税務署の担当官から、丙が原告ら及び戊から取得したＡ株式５５００株の取得代金は、ＡがＢに対して有していた本件貸付金等債権を原告ら及び戊に譲渡することによって、Ａが丙に代わって支払ったものであるから、雑損失として処理した金額は、丙に対する賞与又は貸付金とすべきである旨指摘を受けた。
(ウ) そこで、顧問税理士や他の知り合いの税理士に相談し検討した結果、丙が支払うべきＡ株式の取得代金をＡから借り入れたとして、本件貸金契約に係る契約書及び臨時株主総会議事録を作成した。
(エ) また、顧問税理士や他の知り合いの税理士に相談し検討した結果、当時、本件審査請求についての裁決において、原告ら及び戊は丙にＡ株式を譲渡する対価として本件貸付金等債権を取得したとの判断がされたと聞いていたこともあり、雪谷税務署の担当官の上記指摘を受け入れ、この指摘に沿ってＡの当初の経理について修正し、平成１８年１２月にＡから丙に対する貸付金が生じたとして、平成２０年９月期に損金処理した雑損失を益金に算入するとともに、同貸付金に係る貸付金利息について、平成１９年９月期ないし平成２２年９月期の法人税の修正申告を行った。
(2) 検討
ア 原告ら及び戊によるそれぞれの保有していたＡの株式の丙への譲渡（本件株式譲渡）は、直接には、平成１８年１２月１４日付けで丙との間でされた、本件株式譲渡証書及びこれらに対する本件受領書による合意に基づくものであるところ（なお、証拠（乙４、７）によれば、上記の際に戊と丙との間でも本件株式譲渡証書と同旨の書面が作成されたものと認められる。）、本件株式譲渡証書においては、Ａが本件基本合意書２条２項の定めに基づき本件貸付金等債権を丁に対して譲渡することを条件として、丙に対してそれぞれの保有するＡの株式を譲渡するものとされていたものである（前提事実(4)）。
ところで、上記のように本件株式譲渡の前提とされた同月２日の本件基本合意書による合意については、①合意の当事者は、丁（その代理人はＧ弁護士）、Ａ、丙及びＦ（以上３名の代理人はＨ弁護士）であったところ、Ａについては当時は丙が代表取締役であって（証人丙）、実質的には丁と丙との間でそれぞれの代理人を通じて交渉が進められたものと推認されること、②丙の主たる関心は、ＡとＢを完全に分離することにあり、丁、原告ら及び戊の保有するＡの株式を全部取得することを希望していたこと（認定事実イ(ア)、ウ(オ)）、③一方、Ｇ弁護士は、丁の代理人として、丁の意向を全面的に受けて本件基本合意書を作成し、また、関係者である原告ら及び戊にも本件基本合意書の内容について説明を行い、同意を得ていたところ（認定事実ウ(イ)）、原告ら及び戊は、丙との権利関係の解消には本件貸付金等債権の処理をすることがＡの株式を手放すための絶対条件であると主張していたため（なお、丙は、その証言中で、本件株式譲渡を受けるに際してＧ弁護士から本件貸付金等債権を譲渡してほしいという話があったことを認めている。）、Ｇ弁護士としては、原告ら及び戊がＡの株式を手放すことを説得するため、より確実に債権譲渡が履行されることを明記する趣旨で、丙との交渉当事者である丁がＡから本件貸付金等債権を譲り受け、丁から原告ら及び戊へそのまま譲渡することを、本件基本合意書２条２項（丁は、Ａが本件貸付金等債権を丁に譲渡することを条件として、原告ら及び戊をしてそれぞれの保有するＡの株式を丙に譲渡させる旨のもの。前提事実(2)イ）及び３項（Ａは、原告ら及び戊がそれぞれの保有するＡの株式を丙に譲渡したときは、丁に対して本件貸付金等債権を譲渡するものとし、丁は、譲り受けた本件貸付金等債権を原告ら及び戊に対してそのまま譲渡するものとする旨のもの。前提事実(2)ウ）を記載したこと（認定事実ウ(カ)）、④Ｇ弁護士は、原告ら及び戊が合意の当事者となっていない本件基本合意書による合意の法的安定性を確保するため、これと同一の日付けで、丁の代理人として、原告ら及び戊との間で、本件合意書による合意をしたのであり（認定事実ウ(ケ)、甲７）、これにおいては、丁は、本件貸付金等債権をＡから譲り受け、そのまま原告ら及び戊に譲渡するものとし、原告ら及び戊は、これと引換えに、本件基本合意書の定めに基づき、それぞれの保有するＡの株式を丙に譲渡する旨が定められていたこと（前提事実(3)）、⑤丙においても、原告ら及び戊が本件基本合意書による合意の当事者ではなかったことから、Ａの株式につき原告ら及び戊との間で過去に何度も問題が生じていたことを踏まえ、本件基本合意書２条に定められた株式の移動を確実に行うため、原告ら及び戊から本件株式譲渡証書を徴求し、自らは本件受領書を作成したものであること（認定事実イ(イ)ｃ）といった事情が存在するところである。
そして、丙においても、既に述べた本件基本合意書２条２項の定めの内容について、その証言中で述べているとおり、「やはりメインと言いますか、大事なことなので、有限会社ＡがＢに対する貸付金と、私には丁の株式を譲渡されるという、そこは非常に大きい問題の１つであったので、そこら辺はやっぱり条件として付けたわけですね。」、「やはりそれがまとまらないと、まあ全体的なこともあるんですけれども、それがまとまらないとやはり合意にならないわけですから。」といった認識を有していたことも考慮すると、本件株式譲渡証書及びこれらに対する本件受領書による合意によってされた本件株式譲渡については、①本件基本合意書による合意によって、丁が、Ａの保有していた本件貸付金等債権を、原告ら及び戊から丙への本件株式譲渡がされることとの条件付きで既に取得していたことを前提に、②原告らにおいて、本件株式譲渡をすることにより、本件貸付金等債権を、本件基本合意書による合意を前提とした本件合意書による合意に従い丁から取得することとなることが、一体として合意の内容を成していたものと認めるのが相当である。
イ この点に関し、丙は、その証言中で、本件株式譲渡を受けることとＡの代表取締役として本件貸付金等債権を丁に譲渡することとの対価関係を明確に認識していたわけではない旨を述べ、本件基本合意書には丁側と丙側との紛争に係る他の事項についての合意もされているところであって（認定事実ア）、Ｇ弁護士も本件基本合意書による合意はそれに記載された事項の全てをもって機能するものと認識していたところであるが（認定事実ウ(エ)及び(ク)）、既に述べたとおり、本件株式譲渡は、直接には、その目的とされたＡの株式を保有していた原告ら及び戊と丙との間で本件株式譲渡証書及びこれらに対する本件受領書による合意がされたことによって譲渡当事者間で成立したものであって、当該合意においては、本件株式譲渡証書及び本件受領書の記載の内容のほか、これらの前提となった本件基本合意書及び本件合意書の記載の内容にも照らし、原告らにおいて本件貸付金等債権を取得することが一体として内容を成していたと認めるのが相当であって、当該合意が成立する過程における当事者の動機等のいかんによって、上記の認定判断が直ちに左右されるものとは解し難い。
また、丙及びＡは、本件株式譲渡がされた後の当初の経理処理において、上記に述べたところとは異なる前提に立つ処理をしていたものであるが（認定事実イ(イ)ｄ、オ(ア)）、このような経理処理は、丙及びＡの依頼していた税理士の判断によってされたものであり（証人丙）、この点はひとまずおくとしても、これらの者が後に上記の経理処理を改めたこと（認定事実エ、オ(エ)、乙９、１０）にも照らし、上記の当初の経理処理のいかんによって本件株式譲渡の合意の既に述べたような客観的な内容が直ちに左右されると認めるべき根拠は見いだし難いところである。
原告らは、本件株式譲渡の目的であるＡの株式と本件貸付金等債権との間の価額における均衡に問題があることを指摘するが、本件株式譲渡が原告らを含む丁側とＡを含む丙側との間の長年にわたる紛争を早期に解決する一環としてされたとの事情（前提事実(1)、認定事実ア、イ及びウ、証人丙）を考慮すると、本件株式譲渡については、通常の商取引とは異なる事情の下にされたものと認めるのが相当であり、原告らの上記の指摘は、既に述べた認定判断を直ちに左右するものとは解し難い。
２ 争点２（原告らの譲渡所得に係る収入金額は本件貸付金等債権の額面額を原告らの保有していたＡの株式の数に応じてあん分したものであるか）について
(1) 事実関係
本件証拠（各認定事実の末尾に掲記する。）によれば、Ｂの決算報告書には、以下の記載があることが認められる。
ア 平成１５年５月１日から平成１６年４月３０日まで（第３２期）
(ア) 資産の部の合計額６億８６１７万８３６６円
(イ) 負債の部の合計額８億７８８７万７２０７円（うち長期借入金４億９９６２万５０３６円）
(ウ) 資本の部の合計額－１億９２６９万８８４１円
(エ) 売上総利益２億４９０７万１８７４円
(オ) 営業損失１７０万１８１６円
(カ) 経常利益１９４５万８４６１円
(キ) 当期利益２６９万９８８８円
(ク) 前期繰越損失２億１３７４万８７２９円
(ケ) 当期未処理損失２億１１０４万８８４１円
(コ) 役員報酬２１００万円
（甲１１の１、証人丙）
イ 平成１６年５月１日から平成１７年４月３０日まで（第３３期）
(ア) 資産の部の合計額６億９２３７万２７８３円
(イ) 負債の部の合計額８億７１３０万４１１１円（うち長期借入金４億６７１５万１０３６円）
(ウ) 資本の部の合計額－１億７８９３万１３２８円
(エ) 売上総利益２億５９２８万２００７円
(オ) 営業損失１６６万９２３５円
(カ) 経常利益２３０４万５５７８円
(キ) 当期利益１３７６万７５１３円
(ク) 前期繰越損失２億１１０４万８８４１円
(ケ) 当期未処理損失１億９７２８万１３２８円
(コ) 役員報酬２１００万円
（甲１１の２、証人丙）
ウ 平成１７年５月１日から平成１８年４月３０日まで（第３４期）
(ア) 資産の部の合計額６億６１６７万２７６２円
(イ) 負債の部の合計額８億４９６７万２８３６円（うち長期借入金４億３０１４万３０３６円）
(ウ) 資本の部の合計額－１億８８００万００７４円
(エ) 売上総利益２億２１６６万８５２２円
(オ) 営業損失３８６６万１７５０円
(カ) 経常利益１５０万４３７２円
(キ) 当期損失９０６万８７４６円
(ク) 前期繰越損失１億９７２８万１３２８円
(ケ) 当期未処理損失２億０６３５万００７４円
(コ) 役員報酬２１００万円
（甲１１の３、証人丙）
エ 平成１８年５月１日から平成１９年４月３０日まで（第３５期）
(ア) 資産の部の合計額３億４２４１万６１１４円
(イ) 負債の部の合計額５億１２２９万９３１５円（うち長期借入金３億００１５万７０９６円）
(ウ) 純資産の部の合計額－１億６９８８万３２０１円
(エ) 売上総利益２億１８２６万８１２９円
(オ) 営業利益４９０２万７０１２円
(カ) 経常利益３億３２０６万０６４４円
(キ) 当期利益１８１１万６８７３円
(ク) 役員報酬１３３３万２０９６円
（甲１１の４、証人丙）
オ 平成１９年５月１日から平成２０年４月３０日まで（第３６期）
(ア) 資産の部の合計額３億５４６６万１７６４円
(イ) 負債の部の合計額５億２６２７万９７３７円（うち長期借入金２億７０１０万４４１９円）
(ウ) 売上総利益２億５０６２万５３４８円
(エ) 営業損失８７３２万７４４３円
(オ) 経常損益１億１１８２万３４０２円
(カ) 当期損益－１７７万７４５３円
(キ) 繰越損益－１億８９９６万７９７３円
（甲５、乙８)
カ 平成２０年５月１日から平成２１年４月３０日まで（第３７期）
(ア) 資産の部の合計額３億７１１１万７５５７円
(イ) 負債の部の合計額５億２７４９万３９６７円（うち長期借入金２億４６１０万４４１９円）
(ウ) 純資産の部の合計額－１億５６３７万６４１０円
(エ) 売上総利益２億９８５５万３８２０円
(オ) 営業利益９９０４万７２６８円
(カ) 経常利益１億１９１８万８３９７円
(キ) 当期利益１５２４万１５６３円
(ク) 役員報酬６００万円
（甲１４の１）
キ 平成２１年５月１日から平成２２年４月３０日まで（第３８期）
(ア) 資産の部の合計額３億４７６９万０８９９円
(イ) 負債の部の合計額４億７２７４万１４５７円（うち長期借入金２億３６８３万６４１９円）
(ウ) 純資産の部の合計額－１億２５０５万０５５８円
(エ) 売上総利益３億２３６５万７１７４円
(オ) 営業利益８４６０万６７５８円
(カ) 経常利益１億１６８４万４１２８円
(キ) 当期利益３１３２万５８５２円
(ク) 役員報酬２４００万円
（甲１４の２)
ク 平成２２年５月１日から平成２３年４月３０日まで（第３９期）
(ア) 資産の部の合計額３億１１９６万９３５６円
(イ) 負債の部の合計額４億７４３３万３６２０円（うち長期借入金２億３６８３万６４１９円）
(ウ) 純資産の部の合計額－１億６２３６万４２６４円
(エ) 売上総利益２億０６１５万０１８９円
(オ) 営業損失１２４０万６６１０円
(カ) 経常利益７１４万９８００円
(キ) 当期損失３７３１万３７０６円
(ク) 役員報酬２４００万円
（甲１４の３)
(2) 検討
所得税法３６条１項は、「金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもって収入する場合」の収入すべき金額は、「その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額」によるものと規定し、同条２項は、上記価額は「当該物若しくは権利を取得し、又は当該利益を享受する時における価額」（いわゆる時価）によって評価するものと定めている。
原告らは、Ｂが相当長期にわたり大幅な債務超過の状態であり、債務超過解消の目途も全く立っていなかったこと等から、本件貸付金等債権の時価評価は限りなく零に近い金額であると主張する。
ところで、平成１８年１２月に本件株式譲渡がされる前のＢのいわゆる財務状況については、前記(1)アないしウ（第３２期から第３４期まで）に記載したとおりであり、毎事業年度において１億７８００万円余ないし１億９２００万円余のいわゆる債務超過の結果となっていたものであるが、そのような結果については、長期借入金の金額が４億３０００万円余ないし５億円弱に及んでいたことによるものであり、そのうちの相当の部分を本件貸付金等債権が占めていたものと推認される。一方、そのような中で、Ｂにおいては、上記の各事業年度において２億２０００万円余ないし２億６０００万円弱の売上総利益を得、相当額の役員報酬を計上した上で、営業損失は、第３４期は３８００万円余に及んだものの、第３２期及び第３３期は１７０万円前後にとどまり、経常利益として、第３２期は１９００万円余、第３３期は２３００万円余、第３４期においても１５０万円余を得、最終的に、第３４期は９００万円余の当期損失となったが、第３２期及び第３３期においては、２７０万円弱及び１４００万円弱の当期利益を得ていたものである。その上で、本件株式譲渡がされた第３５期に含まれる平成１９年１月１０日には、本件基本合意書による合意に基づきＢの株式を取得した丁において、合計２億６０００万円余のＢに対する債権の放棄がされ（甲１２）、これに伴って、第３５期においては、長期借入金の金額は３億円余に減少し、その大部分は本件貸付金等債権であると推認される状態になる一方（なお、このことは、第３７期ないし第３９期の決算報告書（甲１４の１ないし３）の各「借入金及び支払利子の内訳書」からも明らかにうかがわれる。）、第３５期から第３９期までにおいて、売上総利益は２億円余ないし３億２０００万円余であり、相当額の役員報酬を計上した上で、１２００万円余の営業損失となった第３９期を除き、４９００万円余ないし９９００万円余の営業利益を得、当期損失となった第３６期（１７０万円余）及び第３９期（３７００万円余）を除き、１５００万円余ないし３１００万円余の当期利益を得ていたものである。このような経営状況の下において、Ｂについて、いわゆる倒産等に至ることが見込まれる事情が具体的に存在することをうかがわせる証拠等は見当たらない。Ａにおいては、平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度において、当時はＡが保有していた本件貸付金等債権の債権額におおむね相当する金額につき貸倒引当金を計上して法人税の確定申告をしていたものであるが（甲１３、乙９）、この処理については、次の事業年度にいわゆる洗替えの処理がされていたもので（乙９)、既に述べたような上記の時期におけるＢの収支の状況に照らすと、ＡとＢとの間の紛争の存在を背景に事実上回収に問題があるものとして取り扱われていたものと推認され、そのことをもって、Ｂの経営の状況につき既に述べたところが直ちに左右されるものとは解し難い。
本件貸付金等債権の本件株式譲渡当時の価額をいわゆる額面額をもって評価することを不合理とする原告らのその余の主張についても、本件株式譲渡がされるに至った事情の既に述べたような特殊性や、本件株式譲渡により本件貸付金等債権の債権者となった原告らのＢとの関係における地位（いずれもＢの役員である。甲１４の１ないし３、弁論の全趣旨）、Ａ及び丙における既に述べたような経理処理の変遷等を考慮すると、いずれも採用することができないというべきである。
そうすると、原告らの本件株式譲渡による譲渡所得に係る収入金額については、本件貸付金等債権の額面額を原告らがそれぞれ保有していたＡの株式の数に応じてあん分したものとなる（前提事実(3)ウ参照）と認めるのが相当である。
３ 以上に述べたところのほか、弁論の全趣旨によれば、本件処分１及び２の根拠及び適法性については、別紙「本件処分１及び２の根拠及び適法性についての被告の主張」記載のとおり認めるのが相当である。
第４ 以上の次第で、原告らの請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官福渡裕貴
裁判官横井靖世
（別紙）
指定代理人目録
市原久幸
山口克也鈴木吉憲
梶山清児
森田
敦
小西加津奈
（別紙）
本件処分１及び２の根拠及び適法性についての被告の主張
本件訴えにおいて被告が主張する原告らの平成１８年分の所得税に係る課税標準等及び税額等は、別表１ないし４に記載のとおりであり、その計算根拠の詳細は、次のとおりである。
１ 原告甲について
(1) 原告甲に係る本件更正処分１の根拠
ア 株式等に係る譲渡所得の金額（別表１の順号１欄の金額、別表２の順号３欄の金額）１億２８３１万００９２円
上記金額は、租税特別措置法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下「措置法」という。）３７条の１０の規定に基づき計算したＡの株式の譲渡による譲渡所得の金額であり、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した後の金額である。
(ア) 収入金額（別表２の順号１欄の金額）１億３５０６万３２５４円
上記金額は、本件貸付金等債権の金額（２億９７１３万９１５８円）に平成１８年１２月２日の直前において原告甲が保有していたＡの株式２５００株が原告ら及び戊が保有していた同社の株式の総数５５００株に占める割合を乗じて算出した金額である。
(イ) 取得費（別表２の順号２欄の金額）６７５万３１６２円
上記金額は、昭和４６年８月２６日付け国税庁長官通達「租税特別措置法（譲渡所得・山林所得関係）の取扱いについて」（直資４－５ほか。平成１８年１２月１９日付け課資３－１２ほかによる改正前のもの。以下「措置法通達」という。）３７の１０－１４の定めにより、上記(ア)の金額１億３５０６万３２５４円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
イ 所得控除の金額の合計額（別表１の順号２欄の金額）１２９万２９８２円
上記金額は、社会保険料控除の額８５万９９８２円、生命保険料控除の額５万円、損害保険料控除の額３０００円及び基礎控除の額３８万円の合計額であり、原告甲が平成１９年３月１４日付けで目黒税務署長に提出した平成１８年分の所得税の確定申告書（乙１。以下「原告甲所得税申告書」という。）に記載したそれぞれの金額の合計額（乙１・１枚目・㉕欄）と同額である。
ウ 株式等に係る課税譲渡所得の金額（別表１の順号３欄の金額）
１億２７０１万７０００円
上記金額は、上記アの株式等に係る譲渡所得の金額１億２８３１万００９２円から上記イの所得控除の金額の合計額１２９万２９８２円を控除した後の金額（ただし、国税通則法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
エ 納付すべき税額（別表１の順号７欄の金額）１３３６万７３００円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の金額を控除した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額（別表１の順号４欄の金額）１９０５万２５５０円
上記金額は、上記ウの株式等に係る課税譲渡所得の金額１億２７０１万７０００円に、措置法３７条の１０第１項の規定する税率１００分の１５を乗じて計算した金額である。
(イ) 定率減税額（別表１の順号５欄の金額）１２万５０００円
上記金額は、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税法及び法人税法の負担軽減措置に関する法律（ただし、平成１８年法律第１０号による廃止前のもの。以下「負担軽減措置法」という。）６条２項の規定により算出した定率減税額である。
(ウ) 源泉徴収税額（別表１の順号６欄の金額）５５６万０１８０円
上記金額は、原告甲が原告甲所得税申告書に記載した源泉徴収税額（乙１・１枚目・㊳欄）と同額である。
(2) 原告甲に係る本件更正処分１の適法性
被告が主張する原告甲の納付すべき税額は、上記(1)エで述べたとおり、１３３６万７３００円であるところ、原告甲に係る本件更正処分１における納付すべき税額９２４万３１００円は、これを下回るから、上記被告主張額の範囲内で行われた原告甲に係る本件更正処分１は、適法である。
(3) 原告甲に係る本件賦課決定処分１の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告甲に係る過少申告加算税額及びその計算根拠は、次のとおりである。
ア 通則法６５条１項により計算した金額１４８万円
上記金額は、原告甲に係る本件更正処分１により差し引き納付すべきこととなった税額１４８０万円（甲１の１・１枚目の「本税の額」欄の金額。なお、通則法１１８条３項の規定により１万円未満を切り捨てた後のもの。）に、通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
イ 通則法６５条２項により加算する金額７１万５０００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、原告甲に係る本件更正処分１により差し引き納付すべきこととなった税額１４８０万３２００円のうち、５０万円を超える部分に相当する税額１４３０万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額である。
ウ 原告甲に係る過少申告加算税の額２１９万５０００円
上記金額は、通則法６５条１項及び２項の規定に基づき、上記アの金額１４８万円に、上記イの金額７１万５０００円を加算した金額である。
(4) 原告甲に係る本件賦課決定処分１の適法性
上記(2)で述べたとおり原告甲に係る本件更正処分１は適法であり、被告が本件訴えで主張する原告甲に係る過少申告加算税は、上記(3)に記載したとおり２１９万５０００円であるところ、原告甲において、同人に係る本件更正処分１により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実が同処分前における税額の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項にいう正当な理由があるとは認められないから、原告甲に係る本件賦課決定処分１は、適法である。
２ 原告乙について
(1) 原告乙に係る本件更正処分２の根拠
ア 株式等に係る譲渡所得の金額（別表３の順号１欄の金額）７６９８万６０５５円上記金額は、措置法３７条の１０の規定に基づき計算したＡの株式の譲渡による譲渡所得の金額であり、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した後の金額である。
(ア) 収入金額（別表４の順号１欄の金額）８１０３万７９５２円
上記金額は、本件貸付金等債権の金額２億９７１３万９１５８円に、平成１８年１２月２日の直前において原告乙が保有していたＡの株式１５００株が原告ら及び戊が保有していた同社の株式の総数５５００株に占める割合を乗じて算出した金額である。
(イ) 取得費（別表４の順号２欄の金額）４０５万１８９７円
上記金額は、措置法通達３７の１０－１４の定めにより、上記(ア)の金額８１０３万７９５２円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
イ 所得控除の金額の合計額（別表３の順号２欄の金額）１０８万４６９８円
上記金額は、社会保険料控除の額６５万１６９８円、生命保険料控除の額５万円、損害保険料控除の額３０００円及び基礎控除の額３８万円の合計額であり、原告乙が平成１９年３月１４日付けで目黒税務署長に提出した平成１８年分の所得税の確定申告書（乙２。以下「原告乙所得税申告書」という。）に記載したそれぞれの金額の合計額（乙２・１枚目・㉕欄）と同額である。
ウ 株式等に係る課税譲渡所得の金額（非上場分）（別表３の順号３欄の金額）７５９０万１０００円
上記金額は、上記アの株式等に係る譲渡所得の金額から上記イの所得控除の金額の合計額１０８万４６９８円を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
エ 株式等に係る譲渡所得の金額（上場分）(別表３の順号４欄の金額）２５万９０００円上記金額は、上場株式等に係る譲渡所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
オ 納付すべき税額（別表３の順号１０欄の金額）（別表３の順号１０欄の金額）６４２万６７００円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額から(ウ)、(エ)及び(オ)の金額を控除した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額（非上場分）（別表３の順号５欄の金額）１１３８万５１５０円
上記金額は、上記ウの株式等に係る課税譲渡所得の金額（非上場分）７５９０万１０００円に、措置法３７条の１０第１項の規定する税率１００分の１５を乗じて計算した金額である。
(イ) 株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額（上場分）（別表３の順号６欄の金額）１万８１３０円
上記金額は、上記エの株式等に係る課税譲渡所得の金額（上場分）２５万９０００円に、措置法３７条の１１第１項の規定する税率１００分の７を乗じて計算した金額である。
(ウ) 配当控除の額（別表３の順号７欄の金額）１万０４６７円
上記金額は、原告乙が原告乙所得税申告書に記載した配当所得の金額２０万９３３５円（乙２・１枚目・⑤欄）に所得税法９２条１項の規定により算出した税額控除額である。
(エ) 定率減税額（別表３の順号８欄の金額）１２万５０００円
上記金額は、負担軽減措置法６条２項の規定により算出した定額減税額である。
(オ) 源泉徴収税額（別表３の順号９欄の金額）４８４万１０５８円
上記金額は、原告乙が、原告乙所得税申告書に記載した源泉徴収税額（乙２・１枚目・㊳欄）と同額である。
(2) 原告乙に係る本件更正処分２の適法性
被告が主張する原告乙の納付すべき税額は、上記(1)のオで述べたとおり、６４２万６７００円であるところ、原告乙に係る本件更正処分２における納付すべき税額３９５万２２００円は、これを下回るから、上記被告主張額の範囲内で行われた原告乙に係る本件更正処分２は、適法である。
(3) 原告乙に係る本件賦課決定処分２の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告乙に係る過少申告加算税額及びその計算根拠は、次のとおりである。
ア 通則法６５条１項により計算した金額８７万９０００円
上記金額は、原告乙に係る本件更正処分２により差し引き納付すべきこととなった税額８７９万円（甲１の２・１枚目の「本税の額」欄の金額。なお、通則法１１８条３項の規定により１万円未満を切り捨てた後のもの。）に、通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
イ 通則法６５条２項により加算する金額４１万４５００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、原告乙に係る本件更正処分２により差し引き納付すべきこととなった税額８７９万３２００円のうち、５０万円を超える部分に相当する税額８２９万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額である。
ウ 原告乙に係る過少申告加算税の額１２９万３５００円
上記金額は、通則法６５条１項及び２項の規定に基づき、上記アの金額８７万９０００円に、上記イの金額４１万４５００円を加算した金額である。
(4) 原告乙に係る本件賦課決定処分２の適法性
上記(2)で述べたとおり原告乙に係る本件更正処分２は適法であり、被告が本件訴えで主張する原告乙に係る過少申告加算税は、上記(3)に記載したとおり１２９万３５００円であるところ、原告乙において、同人に係る本件更正処分２により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実が、同処分前における税額の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項にいう正当な理由があるとは認められないから、原告乙に係る本件賦課決定処分２は、適法である。
別紙物件目録１及び２省略
別表１所得税額等の計算（原告甲）
（単位：円）
株式等に係る譲渡所得の金額（別表２の３欄）
128,310,092
所得控除の金額の合計額
1,292,982
株式等に係る課税譲渡所得の金額
127,017,000
株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額
19,052,550
定率減税額
125,000
源泉徴収税額
5,560,180
納付すべき税額（４－５－６）
13,367,300
過少申告加算税
2,195,000
（注1）３欄の金額は、1000 円未満の端数を切り捨てた後の金額である。（注2）７欄の金額は、100 円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
別表２株式等に係る譲渡所得の金額の計算（原告甲）
（単位：円）
譲渡収入金額
135,063,254
取得費
6,753,162
譲渡所得金額（１－２）
128,310,092
別表３所得税額等の計算（原告乙）
（単位：円）
株式等に係る譲渡所得の金額（別表４の３欄）
76,986,055
所得控除の金額の合計額
1,084,698
株式等に係る課税譲渡所得の金額（非上場分）
75,901,000
株式等に係る課税譲渡所得の金額（上場分）
259,000
株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額（非上場分）
11,385,150
株式等に係る課税譲渡所得の金額に対する税額（上場分）
18,130
税額控除
10,467
定率減税額
125,000
源泉徴収税額
4,841,058
納付すべき税額（５＋６－７－８－９）
6,426,700
過少申告加算税
1,293,500
（注1）３及び４欄の金額は、1000 円未満の端数を切り捨てた後の金額である。（注2） 10 欄の金額は、100 円未満の端数を切り捨てた後の金額である。別表４株式等に係る譲渡所得の金額の計算（原告乙・非上場分）
（単位：円）
譲渡収入金額
81,037,952
取得費
4,051,897
譲渡所得金額（１－２）
76,986,055
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12176.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。