税務訴訟資料第２６３号－６６（順号１２１９０）
神戸地方裁判所平成●●年（○○）第●●号租税債務不存在確認等請求事件
国側当事者・国（兵庫税務署長）
平成２５年３月２９日却下・棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
関戸一孝
同
武田純
同
佐々木章
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
兵庫税務署長
松村克徳
被告指定代理人
梅本大介
同
松本淳
同
吉田崇
同
天野宜紀
同
田井地かすみ
同
喜多祐二
同
中村嘉造
同
村田義久爾
同
中島孝一
同
川本祐子
同
雨嶋通明
主文
１ 本件訴えのうち兵庫税務署長に対して原告の平成１１年分ないし平成１６年分の所得税に係る納付すべき税額をそれぞれ別紙記載の金額に更正することの義務付けを求める部分をいずれも却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 請求１
(1) 主位的請求
ア 兵庫税務署長が、原告の平成１１年分ないし平成１６年分の所得税に係る各更正の請求に対して、平成１８年１１月１３日付けでした更正をすべき理由がない旨の通知処分をいずれも取り消す。
イ 兵庫税務署長は、原告の平成１１年分ないし平成１６年分の所得税に係る納付すべき税額を別紙のとおりいずれも更正せよ。
(2) 予備的請求１
被告は、原告に対し、７４６２万６８００円及びこれに対する平成１７年１１月２９日から支払済みまで年４分７厘の割合による金員を支払え。
(3) 予備的請求２
被告は、原告に対し、１億１５５８万３１０９円及びこれに対する平成１７年１１月２９日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
２ 請求２
被告は、原告に対し、３３０万円及びこれに対する平成１７年１１月２８日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
１ 要旨
本件は、かつて税理士業を営んでいた原告が、兵庫税務署長に対し、自身の平成１１年分ないし平成１６年分（以下、これらの年分を併せて「本件各年分」という。）の所得税に係る平成１７年１１月２８日付け修正申告（以下、「本件修正申告」といい、これに係る申告書を「本件修正申告書」という。）は大阪国税局査察部の国税査察官（以下、「査察官」といい、同査察部を単に「査察部」という。）などから強要されたもので無効であり、また、原告の所得を正確に反映したものでもないなどとして、本件各年分の所得税に係る更正の請求をしたところ、兵庫税務署長からいずれも更正すべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）をされたことから、被告に対し、(1)請求１として、①主位的に、本件通知処分の取消し及び本件各年分の所得税につき原告の主張する「真実の所得に基づく税額」（その内容は、平成１３年分ないし平成１５年分（以下「告発年分」という。）については後記別件刑事事件において大阪国税局が原告を告発した際に作成した修正損益計算書を基礎として売上計算部分等に修正を施したものであり、それ以外の年分（以下「対象外年分」という。）については、原告がいう自主的修正申告（本件各年分の所得税に係る原告の修正申告のうち本件修正申告を除くものをいう。以下同じ。）に基づく税額である。）による更正処分の義務付け（以下「本件義務付けの訴え」という。）を求め（主位的請求）、②予備的に、(ア)本件修正申告及び原告がいう自主的修正申告は意思表示の欠缺により無効であるとして、不当利得返還請求権に基づき、本件各年分の所得税の本税部分として原告が納付した金額のうち原告の「真実の所得に基づく税額」を上回る部分に係る誤納金７４６２万６８００円の返還及びこれに対する平成１７年１１月２９日から支払済みまで年４分７厘の割合による還付加算金の支払を求め（予備的請求１）、上記主位的請求・予備的請求１がいずれも認められない場合には、(イ)査察官が誤った所得計算に基づく誤った内容の本件修正申告書の提出を原告に強要するなどした違法行為によって本来支払わなくてよい所得税等合計１億１５５８万３１０９円を支払うことを余儀なくされたとして、国家賠償法（以下「国賠法」という。）１条１項に基づき、上記額に係る損害賠償及びこれに対する同日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求め（予備的請求２）、これらと併せて、被告に対し、(2)請求２として、国賠法１条１項に基づき、上記②(イ)の違法行為によって原告が受けた精神的苦痛等に係る損害賠償（３３０万円。その内訳は慰藉料３００万円及び弁護士費用３０万円である。）及びこれに対する上記②(イ)同様の遅延損害金の支払（ただし、起算日は同月２８日である。）を求める事案である。
２ 関連法令の定め
(1) 国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）
ア ２３条
１項納税申告書を提出した者は…当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等…につき更正をすべき旨の請求をすることができる。
２項
納税申告書を提出した者…は、次の各号の一に該当する場合…には、１項の規定にかかわらず、当該各号に掲げる期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求…をすることができる。…
３号その他当該国税の法定申告期限後に生じた前２号に類する政令で定めるやむを得ない理由があるとき当該理由が生じた日の翌日から起算して２月以内
イ ７０条５項
偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れ、若しくはその全部若しくは一部の税額の還付を受けた国税…についての更正決定等…は、…次の各号に掲げる更正決定等の区分に応じ、当該各号に定める期限又は日から７年を経過する日まで、することができる。
２号課税標準申告書の提出を要する国税に係る賦課決定当該申告書の提出期限
(2) 国税通則法施行令（以下「施行令」という。）６条１項
法２３条２項３号に規定する政令で定めるやむを得ない理由は、次に掲げる理由とする。３号帳簿書類の押収その他やむを得ない事情により、課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき帳簿書類その他の記録に基づいて国税の課税標準等又は税額等を計算することができなかった場合において、その後、当該事情が消滅したこと。
３ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがない。）
(1) 当事者
原告は、昭和４４年１月にＡ税理士会（現在のＢ税理士会）に税理士登録を行って以降、税理士業を営んできた者であるが、平成●年●月●日付けで税理士登録を抹消する旨の届出を行い、その後、税理士業を廃業した。
(2) 本件修正申告に至るまでの、原告の所得税に係る申告経緯等
ア 原告は、本件各年分に係る所得税につき、兵庫税務署長に対し、いずれも法定申告期限（平成１３年分を除きいずれも翌年の３月１５日までであり、平成１３年分については平成１４年３月１７日までである。）内に確定申告をしたが、その後、兵庫税務署及び大阪国税局による調査を受けたため、平成１５年１２月４日から平成１７年８月１０日までの間、数度にわたって修正申告（原告がいう自主的修正申告）を行った（なお、平成１２年分は、上記調査前にも修正申告がされている。）。
上記修正申告の内容は別表１の各「修正申告」欄記載のとおりであり、同修正申告に至る経緯は次のとおりである（なお、平成１７年１月１４日に行われた平成１１年分ないし平成１５年分の所得税に係る修正申告及び平成１７年７月２０日に行われた告発年分の所得税に係る修正申告は、増加する所得の内容を明らかにしないまま行われたものである。）。（甲５５、５６の各１、５７ないし５９の各１・２、弁論の全趣旨）
イ(ア) 平成１５年１１月１１日ころ、当時原告が税理士業を営んでいた神戸市兵庫区内の事務所（以下「原告事務所」という。）に兵庫税務署の職員（以下、同税務署の職員の外、税務署の職員一般を指して「税務職員」ということがある。）が訪れ、原告の平成１２年分ないし平成１４年分の所得税について税務調査が行われた。原告は、税務職員の慫慂（勧奨）に応じ、平成１５年１２月４日、平成１２年分ないし平成１４年分の所得税の修正申告をした。
(イ) 査察部は、平成１６年１１月１８日、原告が告発年分の所得税を脱税したという疑いで原告事務所及び原告の自宅等に犯則調査に入り、原告が保有する帳簿書類等を差し押さえた。その後、原告は、同月２２日に告発年分、同年１２月８日に平成１２年分、平成１６年１２月１５日に平成１１年分、平成１７年１月１４日に平成１１年分ないし平成１５年分の所得税の修正申告をした。
(ウ) 査察部は、平成１７年６月１７日、原告事務所において犯則調査を行い、事務所内にあった書類等を領置した。
(エ) 原告は、同年７月２０日に告発年分、平成１７年８月１０日に平成１６年分の所得税の修正申告をした。
(3) 本件修正申告の経緯等
ア 原告は、平成１７年１１月７日、担当検事の乙（以下「乙検事」という。）から神戸地方検察庁（以下「神戸地検」という。）に呼び出された上、告発年分に係る所得税の脱税の疑いで、任意の取調べを受けた。
イ 原告は、同月８日、告発年分に係る所得税法違反の被疑事実で乙検事に逮捕され、同日、原告の事務所や自宅において神戸地検及び査察部の合同捜索を受けて帳簿書類等が差し押さえられた。原告は、同月９日から同年１２月８日に至るまでの間、神戸拘置所（以下「拘置所」という。）で勾留された（なお、起訴された同年１１月２８日までは接見等を禁止する処分が付されていた。）。
ウ 乙検事は、同年１１月１０日、１５日、２１日、２２日、２３日、２４日に原告を取り調べた。査察官丙（以下「丙査察官」という。）、同丁（以下「丁査察官」という。）及び同戊（以下「戊査察官」という。）は、同月２２日、２３日に拘置所を訪れて、原告の取調べを行った。丙査察官、丁査察官及び査察官Ｃ（以下、「Ｃ査察官」といい、後記別件刑事事件に係る原告の犯則調査を担当した上記各査察官を併せて「担当査察官ら」という。）は、同月２７日、拘置所を訪れて原告と面会し、Ｃ査察官作成に係る本件修正申告書の下書きを提示した。
エ 原告は、同日、本件修正申告書を作成し、本件修正申告書は、同月２８日付けで兵庫税務署長に提出された。その具体的な内容は、別表１の「本件修正申告」欄記載のとおりである。
オ 丁査察官は、同日、原告を所得税法違反の嫌疑で神戸地検の検察官に告発し、乙検事は、同日、所得税法違反の罪で当庁に原告を起訴した（以下「別件刑事事件」という。）。上記告発における原告の所得金額は、別件刑事事件の公訴事実における所得金額と同額である。（甲２５）
(4) その後の経緯
ア(ア) 当庁は、平成●年●月●日、別件刑事事件について下記の公訴事実どおりの事実を認定した上で、原告を懲役１年６月執行猶予４年、罰金１８００万円の刑に処することを内容とする有罪判決を言い渡し、同判決は、同月●日に確定した。（甲２、乙１４）
(イ) 別件刑事事件の公訴事実の要旨は、原告が自己の所得税を免れようと企て、①平成１３年分の総所得金額が８９５５万５３７６円で、これに対する所得税額が２１０５万５０００円であるのに、売上げの一部を除外し、架空の外注計算料及び給与賃金を計上するなどの方法により上記所得金額の一部を秘匿した上、同１４年３月１４日、兵庫税務署において、同税務署長に対し、同１３年分の総所得金額が２９０６万５３５７円で、これに対する所得税額は源泉徴収による所得税（以下「源泉所得税」という。）の額を控除すると１３２万６２６２円の還付を受けることとなる旨の内容虚偽の所得税確定申告書を提出し、そのまま法定納期限を徒過させ、もって、不正の行為により、同年分の所得税２２３８万１２００円を免れ、②平成１４年分の総所得金額が７９０２万３９２９円で、これに対する所得税額が１７７８万６２００円であるのに、前記同様の方法により上記所得金額の一部を秘匿した上、同１５年３月１３日、兵庫税務署において、同税務署長に対し、同１４年分の総所得金額が２３８３万００２９円で、これに対する所得税額は源泉所得税額を控除すると２６３万５１６２円の還付を受けることとなる旨の内容虚偽の所得税確定申告書を提出し、そのまま法定納期限を徒過させ、もって、不正の行為により、同年分の所得税２０４２万１３００円を免れ、③平成１５年分の総所得金額が６９７５万７４７１円で、これに対する所得税額が１２６２万３２００円であるのに、売上げの一部を除外し、前記同様の方法により上記所得金額の一部を秘匿した上、同１６年３月１５日、兵庫税務署において、同税務署長に対し、同１５年分の総所得金額が２３９７万４３９９円で、これに対する所得税額は源泉所得税額を控除すると４３１万９９２５円の還付を受けることとなる旨の内容虚偽の所得税確定申告書を提出し、そのまま法定納期限を徒過させ、もって、不正の行為により、同年分の所得税１６９４万３１００円を免れたというものであり、原告はこれを全て認めた。（乙１４、１７ないし１９）
イ 査察部が平成１６年１１月１８日に原告から押収した帳簿書類等は、平成１８年５月ころに原告に返還された。原告は、本件修正申告は原告に資料を検討する機会を与えないまま書き写しを強要されたものであって原告の所得を正確に反映していない誤りがあるなどとして、同年７月１８日付けで、別表１の各「更正の請求」欄に記載されたとおり本件各年分に係る更正の請求をしたが（以下「本件更正請求」という。）、兵庫税務署長は、同年１１月１３日付けで本件更正請求はいずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件通知処分）を行った。（弁論の全趣旨）
ウ 原告は、同年１２月１１日付けで本件通知処分の取消しを求める旨の異議申立てをしたが、兵庫税務署長は、平成１９年３月９日付けでいずれの異議申立ても棄却する旨決定した。
エ 原告は、国税不服審判所長に対し、同年４月９日付けで本件通知処分につき本件更正請求どおりの内容の更正処分をすることを求める旨の審査請求をしたが、国税不服審判所長は、同年９月１２日付けでいずれの審査請求も棄却する旨裁決し、同月１９日付けで裁決書の謄本を原告に送達した。
(5) 訴訟提起
原告は、平成２０年１月２１日、本件訴訟を提起した。（当裁判所に顕著）
４ 主たる争点
(1) 本件通知処分の適法性（主位的請求に関する争点。争点１）
(2) 本件義務付けの訴えの適法性（主位的請求に関する争点。争点２）
(3) 本件修正申告書の作成、提出に係る強要の有無（主位的請求を除く本件各請求に関する争点。争点３）
(4) 本件修正申告等の有効性（不当利得返還請求の当否）（予備的請求１に関する争点。争点４）
(5) 担当査察官らの行為等に関する国賠法上の違法性の有無（予備的請求２及び請求２に関する争点。争点５）
(6) 本件各年分の所得税につき兵庫税務署長が更正すべき（その結果、原告に返還すべき）本税額及び国家賠償請求に係る損害額（本件各請求に関する争点。争点６）
５ 主たる争点に関する当事者の主張
(1) 本件通知処分の適法性（主位的請求に関する争点。争点１）
【原告の主張】
ア(ア) 通則法２３条２項３号及び施行令６条１項３号は、更正の請求期間が経過した後に帳簿書類等が押収されている状況で修正申告を行った場合にも適用されるべきである。原告は、本件修正申告をした時点において帳簿書類等が押収されていたため、帳簿書類等の記録に基づいて国税の課税標準及び税額等を計算することができなかった。原告が帳簿書類等の返還を受けたのは、平成１８年５月１９日のことである。
したがって、帳簿書類等の返還から２か月以内に行われた本件更正請求は、通則法２３条２項３号の要件を満たし、いずれも適法であるから、これが不適法なものであるとしてなされた本件通知処分は違法である。
(イ) 本件修正申告は、課税庁の慫慂によるものであり、納税者が自主的に行う修正申告とは法的性質が異なるから、独自の救済が図られるべきである。課税庁は自らの便宜のために修正申告の慫慂を制度的・組織的に運用しており、その過誤について、納税者は無過失でも救済されないが、課税庁は故意・重過失があっても更正ができるという不均衡が生じている。このような実態に鑑みると、通則法１９条の「納税申告書を提出した者」には更正に代替する形式的な修正申告をした者は含まれず、通則法２３条１項の更正の請求期間の制限は慫慂による修正申告をした者には適用されないと解すべきである。この場合、通則法２３条３、４項を類推適用して、更正の請求期間を慫慂による修正申告の日から１年以内と解すべきである。
イ 被告の主張に対する反論（平成１１年分ないし平成１５年分）
(ア) 施行令６条１項３号において帳簿類等の押収が通則法２３条２項３号にいう「やむを得ない理由」の一つに挙げられている趣旨は、納税者の手元に帳簿書類等がない場合、申告書に記載する所得金額や税額を正確に計算することが不可能であって概算での申告にならざるを得ないことから、帳簿書類が返還された時点で改めて帳簿に基づいて正確な申告を行う機会を与える必要がある点に求められる。このような必要性は修正申告の場合であっても同様であるし、法文上時期的な限定は明記されていないから、修正申告時において帳簿書類等が押収されている場合には施行令６条１項３号に当たるというべきである。
(イ) 修正申告に係る更正の是非が問題となる場面は、課税庁の指示で提出させた修正申告書の内容に何らかの理由で誤りが発見された場合がほとんどであって、納税者が更正期限内に修正申告書を提出しなかったことによる制裁を課せられる理由はない。修正申告書のほとんどは、税務調査を経て課税庁からの慫慂に応じて提出されており、納税者において慎重に内容を検討して提出できるものではないから、施行令６条１項３号の場合を期限内の申告がなされた場合に限るとする被告の主張には理由がない。
ウ 被告の主張に対する反論（平成１６年分）
原告は、平成１６年１１月１８日から平成１８年５月１９日までの間、帳簿書類等を押収されていたところ、原告の平成１６年分の所得税の法定申告期限は平成１７年３月１５日であるから、平成１６年分に係る更正の請求に通則法２３条２項３号にいう「やむを得ない理由」が存在することは明らかである。押収された帳簿書類等は原告の１年間の売上高及び必要経費の全てを網羅する大量なものであって、原告が限られた時間内で閲覧してメモに転記するなどの方法によっては正しく税額を申告できるはずがない。
【被告の主張】
ア 本件更正請求は、いずれも本件各年分の所得税に関する法定申告期限から１年以上経過してなされたものであるから、通則法２３条１項の定める期限を徒過した不適法なものである。したがって、本件更正請求につき更正をすべき理由がないとした本件通知処分は適法である。
イ 原告の主張に対する反論（平成１１年分ないし平成１５年分）
通則法２３条１、２項の規定の趣旨及び規定の仕方に照らすと、同条２項にいう「納税申告書を提出した者」とは同条１項のそれと同義であると解されるところ、同条２項は、法定申告期限から１年以内に申告書を提出した者が当該申告の際に帳簿書類等が押収されているなどの事情があった場合において、更正の請求の期限経過後であっても例外的に更正の請求を認めることで、確定済の租税法律関係を変動した状況に適合させるための救済手続を設けたものである（同項３号、施行令６条１項３号）。しかるに、原告は、法定申告期限から１年を経過した後になって修正申告書を提出しているから、通則法２３条２項にいう「納税申告書を提出した者」には当たらず、このような者について同項３号の「やむを得ない理由」があると解する余地はない。
ウ 原告の主張に対する反論（平成１６年分）
通則法２３条２項３号、施行令６条１項３号の趣旨に照らすと、同号が定める事由は単に帳簿書類等が押収されていただけでは足りず、それによって納税者において税額等の計算ができなかった場合をいう。
本件において、原告は、平成１６年分の所得税の確定申告書を作成する際に押収された帳簿書類の開示を受けてこれを閲覧し、また、これと手元の資料とを併せ見ることで税額等を計算することができたから、同号が定める事由は認められない。
エ 原告は、本件修正申告が慫慂による修正申告であることから、独自の救済が図られるべきであるとするが、法令上「慫慂による修正申告」と「自主修正申告」を区別する規定はないのであって、原告の主張は、通則法の解釈を超えた立法論にすぎない。
(2) 本件義務付けの訴えの適法性（主位的請求に関する争点。争点２）
【原告の主張】
ア 本件義務付けの訴えの位置付け
本件義務付けの訴えのうち、平成１１年分については非申請型義務付けの訴え（行政事件訴訟法（以下「行訴法」という。）３条６項１号、３７条の２）であり、平成１２年分ないし平成１６年分については、第１次的には申請型義務付けの訴え（同法３条６項２号、３７条の３）として、第２次的には非申請型義務付けの訴えである。
イ 申請型義務付けの訴えについて（平成１２年分ないし平成１６年分）
前記(1)のとおり、本件更正請求は、適法であり、かつ、内容的にも認められるべきである。
ウ 非申請型義務付けの訴えについて（本件各年分）
(ア) 「損害を避けるため他に適当な方法がないとき」の要件（行訴法３７条の２第１項。以下「補充性の要件」という。）について
ａ 平成１２年分ないし平成１６年分について申請型義務付けの訴えが認められない場合、更正の請求期間経過後に本件のような課税庁の明らかな誤りが発見されたときの是正方法がない。そこで、このような場合には補充性の要件を満たすとして、平成１１年分だけでなく、上記各年分について非申請型義務付けの訴えが認められるべきである。
ｂ 被告は、更正の請求の排他性を根拠として補充性の要件を満たさないと主張するが、これは納税者が期間内に更正の請求をなし得たにもかかわらずこれを漫然と放置して期間を徒過した場合にのみ許される論理である。しかし、本件は法定の更正の請求期間経過後になされた修正申告の内容の誤りに関するものであって、原告が漫然と更正の請求期間を徒過したものではないし、本件修正申告は査察官の慫慂に応じてなされたものである。また、特に、源泉所得税に関する部分は、国税局において原告の処理方法が最高裁判例に反することを認識しつつ、あえて、原告の処理方法を踏襲して申告処理させたものであって、同部分に関する誤りは、国税局の重大な違法行為に基づいている。これらの事情からすれば、更正の請求の排他性を理由として本件義務付けの訴えが補充性の要件を満たさないと解することは、明らかに正義に反する。
(イ) 更正義務について
ａ 課税庁は、租税法律主義（憲法８４条）の手続的側面たる合法性の原則のもとで処分を租税法規に適合させる義務を負っていると解される。そこで、①課税庁の誤った指導（強要）に基づいて納税者が修正申告をした場合であって、②修正をさせた内容が客観的な所得金額と異なっており、しかも、③その誤りが納税者にとって著しく不利益であって、社会通念上放置することができず、かつ、④このような誤った指導（強要）を行ったことについて、課税庁の側に看過しがたい帰責事由があるという４要件（以下「原告主張の４要件」という。）が満たされる場合には、課税庁において職権更正義務が生じると解すべきである。
原告は、査察官によって本件修正申告書の下書きを示され、それをそのまま書き写す作業を強要されて本件修正申告をしたものであって（①）、本件修正申告における所得金額は、客観的な所得金額と大きく異なるものであった（②）。これによる税額の誤りは数千万円に及ぶものであるから、これを放置することは到底容認できないし（③）、査察官は、本件修正申告書の内容が誤っていることを認識しながら、その内容について告知せず、原告を積極的に誤った修正申告に導いたという重大な帰責事由がある（④）。
したがって、本件では原告主張の４要件が満たされているといえ、課税庁に職権更正義務があることは明らかである。
ｂ また、課税庁は、納税者の行った申告が税法上正当なものとして是認できるかをチェックする権限を有しているところ、税務行政の公正の見地に照らせば、職権更正を行い得る期間内において調査を行った結果、納税者が納付すべき正当な税額を認識した場合には、実体的に正しい税額に更正すべき義務があると解すべきである。
そして、査察官は、原告の査察に入った際に原告の所得額や控除されるべき源泉所得税額を正確に把握し、原告が納付すべき税額は原告がいう自主的修正申告すら下回るという事実を把握しているのであるから、上記義務が認められるというべきである。
(ウ) 除斥期間について
被告は、既に本件各年分に係る減額更正の期間が経過しているから義務付けの訴えは不適法である旨主張するが、これによれば、被告が訴訟に時間をかければかけるほど義務付けができなくなることを意味し、義務付けの訴えが法定された意味が失われる。課税庁は、最大で７年間、職権で更正をすることが許されているから、同期間内になされた更正の義務付けを求める訴えは当然に許されると解すべきであり、被告の主張は信義則に反する。【被告の主張】
ア 本件義務付けの訴えの位置付けについて
行訴法３条６項１号は「（次号に掲げる場合を除く。）」と規定しているのであるから、平成１２年分ないし平成１６年分の義務付けの訴えが同項１号の場合でもあり、同項２号の場合でもあるという原告の主張は、そもそもそれ自体失当である。本件義務付けの訴えのうち上記各年分に係る部分は同項２号に定める申請型義務付けの訴えと解すべきである。
イ 申請型義務付けの訴えについて（平成１２年分ないし平成１６年分）
上記(1)のとおり、本件通知処分はいずれも適法であって取り消されるべきものではないから、本件義務付けの訴えのうち、平成１２年分ないし平成１６年分に係る訴えは、申請型義務付けの訴えの訴訟要件を欠き、不適法である。
ウ 非申請型義務付けの訴えについて（本件各年分）
(ア) 補充性の要件について
ａ 非申請型義務付けの訴えは、上記の補充性を訴訟要件としているところ（行訴法３７条の２第１項）、通則法は更正の請求の制度を設けているから、同請求の期間が経過する前は、更正の請求が損害を避けるための適当な方法に当たるというべきであって、減額更正処分の義務付けの訴えは提起できない。そして、通則法が更正の請求という救済制度を設けつつ、その期間を限定して租税法律関係の法的安定を図っているという制度趣旨に鑑みると、更正の請求の期間経過後はもはや職権による減額更正処分を求めることはできないと解すべきであるから、かかる義務付けを求める訴えは補充性の要件を欠き不適法である。
ｂ 本件は、原告が自ら行っていた不適切な申告行為が犯則調査で露見したことを契機に是正されたものであり、これは原告自らが招いた事態である。すなわち、本件各年分における客観的な事業所得の金額は、別表１の各「本件修正申告」欄記載のとおりであるのに対し、原告が法定申告期限内に申告した本件各年分の事業所得は、別表１の各「確定申告」欄記載のとおりにすぎなかった。そうすると、犯則調査が更正の請求期間を経過した後になされ、当該調査を契機として原告が修正申告を行ったことにつき減額更正を求める義務付けの訴えを提起できないとしても、原告の権利が不当に奪われたものと評価することは到底できない。
(イ) 更正義務について
ａ 原告は、原告主張の４要件を満たす場合や課税庁が納税者の納付すべき正当な税額を認識した場合には、課税庁において職権更正義務が生じるなどと主張するが、かかる主張は、法令の根拠に基づかないものであるし、通則法が更正の請求の制度を設けつつ、その請求期間を限定して租税法律関係の安定を図った趣旨等を逸脱する独自の見解というほかないから、いずれも失当である。
ｂ また、そもそも義務付けの訴えは行政庁に当該処分をする権限があることを当然の前提とするものと解されるところ、本件各年分については既に通則法７０条が定める除斥期間を経過しているから、兵庫税務署長は、法令上、もはや更正を行うことができない。除斥期間について信義則の適用を論じる余地もない。したがって、本件義務付けの訴えは訴訟要件を欠く不適法なものである。
(3) 本件修正申告書の作成、提出に係る強要の有無（主位的請求を除く本件各請求に関する争点。争点３）
【原告の主張】
ア 本件修正申告書が作成された際の状況は次のとおりである。
(ア) 担当査察官らは、平成１７年１１月２７日、拘置所にいる原告のもとを訪れ、持参した修正申告書の下書きと修正申告用紙を出して、同下書きどおりに写し書きすることを迫った。原告が強く反発して下書きの内容について説明を求めたところ、Ｃ査察官は「上から指示されたとおり下書きしたが、中味は知らない。」と答え、丁査察官は「１１年から青色を取り消したＤ（原告の長男Ｄ。以下同じ。）の専給とＥ（原告の長女Ｅ。以下同じ。）の給与とＦ（株式会社Ｆ。以下同じ。）の外注費でそれ以上の説明は必要ない。」と答えた。
(イ) 原告が、担当査察官らの回答に納得せずに「修正する内容の確認もせずに、他人の下書きした修正申告書を写し書きすることはできない」旨を述べ、押し問答になった。そうすると、丁査察官は、「書かないのならば、検事に報告して再逮捕させる。それでよいのか。」と写し書きを強要してきた。原告は、乙検事から「黙って指印しなさい。反抗することは許されない。」と言われており、また、再逮捕・勾留は是非とも避けたかったので、上記下書きの内容が客観的所得ではないことがわかっていながら、担当査察官らの強要に屈服して、本件修正申告書の作成に応じることにした。
イ 原告が本件修正申告書を作成した当時、本件各年分の原告の所得税に係る帳簿書類等は全て査察部に押収されていた。担当査察官らは、分厚い書類を数時間で原告に確認させて上記の写し書きをするように迫ったものであるが、このような短時間で正確な内容確認などできるはずはない。
ウ 担当査察官らが、上記のように本件修正申告を原告に強要したのは、原告が後日所得金額や税額を争う手段を奪うとともに、被告が収集した証拠や情報では更正自体ができないことを認識していたためである。「税額計算の誤り」に気づいていた以上、控除漏れとなっている源泉所得税の金額を正確に特定しない限り、正しいほ脱税額は出てこないのであって、更正や刑事告発ができるはずもない。
【被告の主張】
ア 原告は自由な意思に基づき任意に本件修正申告書を作成、提出したのであって、その際、担当査察官らが強要したという事実はない。査察部は、損益計算法によって原告の所得を適正に算定していたし、上記当時、原告の所得税につき更正を行えるだけの十分な資料を準備していたことに加え、原告は、別件刑事事件で逮捕されて以降、所得税法違反の事実を認めていたのであるから、原告に本件修正申告を強要する理由はなかった。
また、原告は、担当査察官らに違法な慫慂を受けたとするが、そもそも、査察部は調査を行う部署であり課税庁ではないため、査察官が修正申告の慫慂を行うことはできず、犯則嫌疑者が修正申告の意向を示している場合に金額の教示を行うにとどめている。
イ 別件刑事事件において、原告の弁護人は、本件修正申告の過程について争わなかったばかりか、本件修正申告書の控えを証拠提出した上、弁論において本件修正申告及びこれに基づく所得税額等の追加納付をしたことを原告に有利な情状として主張していた。また、原告は、本件修正申告に応じて税額を納付済であることを理由とした保釈請求も行っている。
ウ Ｄが本件修正申告書提出日の朝に払戻しをしたことや同日中の追加納付及び原告の弁護人による上記納付を理由とする保釈請求などからすると、原告の関係者において本件修正申告書の宅下げを受けて、それを兵庫税務署に提出したものとみられる。
エ 以上によれば、査察官が、原告に対して本件修正申告書を作成するよう強要した事実がないことは明らかであり、原告は、自らの意思に基づき任意に本件修正申告書を作成し、関係者を通じて兵庫税務署に提出したというべきである。
(4) 本件修正申告等の有効性（不当利得返還請求の当否）（予備的請求１に関する争点。争点４）
【原告の主張】
ア 本件修正申告は、前記(3)【原告の主張】のとおり、違法な強要によって行われたものであるから無効である。
イ 心裡留保について
(ア) 後記(6)【原告の主張】のとおり、本件修正申告には「所得計算の誤り」（売上げの誤計上及び必要経費の過少計上）と「税額計算の誤り」（源泉所得税の処理の誤り）が存在するところ、「所得計算の誤り」に関しては、本件修正申告が担当査察官らに強要されて行ったものであって、これによって売上げや所得額を確定する意図は原告にはなく、このような事情を担当査察官らも認識していたといえるから、心裡留保の規定（民法９３条ただし書）が適用ないし類推適用されるべきである。
(イ) 税務申告のような公法上の意思表示について民法の意思表示理論の適用があるかという点については、錯誤が「客観的に明白且つ重大であって、前記所得税法の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情」がある場合には納税者の錯誤無効の主張が認められるとする判例（最高裁判所昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁。以下「昭和３９年判決」という。）が存在する。
本件修正申告が原告の意思に反するものであることは客観的に明白であり、また、後記(6)【原告の主張】のとおり、本件修正申告に存在する「所得計算の誤り」によって原告が支払を強要された金額も大きいから、本件修正申告に係る瑕疵は重大である。本件義務付けの訴えが認められないのであれば、原告を救済する他の手段はないし、上記のとおり、原告が身体拘束下にある状況を利用して十分な確認作業を取らせることもなく本件修正申告書の作成を強要したという被告の態度は、納税義務者の利益を著しく害するものである。
(ウ) よって、昭和３９年判決の要件を充足することは明らかであるといえ、本件修正申告は民法９３条ただし書の適用ないし類推適用により無効となる。
ウ 錯誤について
(ア) 所得税法上、源泉所得税について徴収、納付の義務を負う者は源泉徴収の対象となるべき所得の支払者とされ、その納税義務は、当該所得の受給者に係る申告所得税の納税義務とは別個のものとして成立、確定し、これと併存するものである（最高裁判所平成４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁。以下「平成４年判決」という。）。原告は、所得税法上控除すべき源泉所得税を顧客が控除せずに支払ってきたときは、自分でその分の税金を払えばよいと単純に考えていたところ、これは平成４年判決に反する処理であったから、「税額計算の誤り」について錯誤が存在したことは明らかである。
(イ) 上記の錯誤は法令に関する客観的な誤りであるところ、これによって原告が過大に支払うことになった税額は高額である。そして、本件では、担当査察官らが原告の申告には源泉所得税の控除漏れがあることを認識しながら、あえて告知せずに原告の申告の間違いにつけ込んだ対応を取っており、錯誤主張を認めなければ納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情が存在する。
したがって、昭和３９年判決の要件を充足するから、本件では錯誤無効の主張が認められるべきである。
(ウ) 原告がいう自主的修正申告について、「所得計算の誤り」に関しては意思表示の瑕疵が存在しないものの、上記の「税額計算の誤り」に関する錯誤は同様に存在したから、その点について一部無効となる。
エ 申告書の原本には納税者以外の者が手を加えてはならないところ、税務職員は本件修正申告書の記載事項を原告に無断で追加した。これは申告書の変造行為に当たるから、本件修正申告は法律上有効な申告と認めることができない。
オ まとめ
以上のとおり、本件修正申告及び原告がいう自主的修正申告により発生した租税債務のうち上記無効部分に基づく租税債務は存在しなかったことになるところ、被告が不当に利得した原告の所得税相当額（本税部分）は、後記(6)【原告の主張】のとおり７４６２万６８００円となる。
したがって、原告は、予備的請求１として、通則法５６条１項に基づき上記利得及びこれに対する平成１７年１１月２９日から支払済みまで年４分７厘の加算金の返還を求める。【被告の主張】
ア 前記(3)【被告の主張】のとおり、本件修正申告書は原告が自らの意思で任意に作成、提出したものであって、担当査察官らが本件修正申告書の作成、提出を強要したなどという事実は認められないから、本件修正申告は有効である。
イ 心裡留保について
修正申告について効果意思を想定するとすれば、その内容は、「修正申告書に記載した課税標準等又は税額等に基づいて、税額を確定させること」となり、修正申告をすることとした理由等は効果意思の内容に含まれないところ、原告が、本件修正申告書を作成、提出した時点において、修正申告の法的効果を発生させるという意思を有していたことは明らかであり、そこには何ら不一致は生じていない。原告が、「本当は修正申告の必要はない」と思っていたとか、「後日、納税義務の存在を争うつもり」であったなどとるる主張する点は、本件修正申告書の作成、提出に関する効果意思の内容とは何ら関連がなく、単なる縁由ないし動機をいうにすぎない。
したがって、本件修正申告について、心裡留保の規定の適用ないし類推適用を論じる前提が欠けていることは明らかである。
ウ 錯誤について
(ア) 平成４年判決に従うと、本件修正申告書に記載された源泉徴収されるべき税額に誤りがあったことは認める。
(イ) 原告は、自らの税理士業務に関して、源泉徴収された所得税額については自身の申告書で税額控除し、源泉徴収されていない所得税額については税額控除しないという取扱いを続けており、いずれにせよ自身の確定申告で全て精算されると認識し、このような認識に基づいて、本件各年分の所得税に係る確定申告及び修正申告をするに当たり、顧問先が源泉徴収せずに原告に対し支払った報酬については、あえて源泉徴収されるべき税額を控除することをせずに、確定申告及び修正申告を行っていた。
しかるに、本件修正申告においては、源泉所得税額に係る上記の原告の取扱いが維持されているところ、本件修正申告書に記載された控除されるべき源泉所得税額は、その直近の自身の修正申告における源泉所得税額から全く変更されていない。
そうすると、原告は、顧問先が源泉徴収せずに原告に対し支払った報酬については、源泉徴収されるべき税額を控除しないという内心的効果意思に基づいて、本件修正申告を行ったものというべきであり、そこに内心的効果意思と表示の不一致は認められないのであるから、原告が本件修正申告について錯誤に陥っていたとはいえない。
(ウ) 本件では、原告が、控除されるべき未徴収税額を計算することも、当該税額や内訳を確定申告書等に記載することも一切していなかったことから、査察部の調査が行われた当時から現時点に至るまで、控除されるべき源泉所得税額を正確に算定することが著しく困難な状況にあった。原告は、税務署に原告の収入を補足させないようにすることを企図していたものであることがうかがわれる。また、現時点では、本件各年分に係る各顧問先に対する国の徴収権は全て時効消滅しているから、原告が各顧問先から請求されるおそれはないところ、源泉徴収されるべきであった税額を原告に返還した場合、原告の所得税の一部について国が徴収できなくなり、その結果、原告が当該金額を利得する結果となる。本件では、源泉所得税額の取扱いに関して担当査察官らが強く指導した結果、原告が錯誤に陥ったものではない。
以上の点に照らすと、仮に錯誤が認められたとしても、本件について昭和３９年判決がいう「特段の事情」は存在しないというべきである。
(エ) 原告がいう自主的修正申告については、上記のとおり何ら錯誤が存在しない上、査察官による強い指導があったわけでもないから、昭和３９年判決がいう「特段の事情」は認められない。
エ 申告書は課税庁において事務処理に用いられることを前提としており、税務職員が電算処理のエラー防止のため補正を行うことは、当該申告書の性質上許容されている。税務職員が申告書に補正記入をする行為は、職務権限の範囲内であって変造に当たるものではない。
(5) 担当査察官らの行為等に関する国賠法上の違法性の有無（予備的請求２及び請求２に関する争点。争点５）
【原告の主張】
ア(ア) 前記のとおり、本件修正申告書は担当査察官らの強要により作成されたものであり、かかる強要行為は国賠法上違法である。
また、①担当査察官らが、故意により、原告に誤った内容の本件修正申告書（「所得計算の誤り」及び「税額計算の誤り」の両方を含む。）を作成させた行為、②被告の査察官ないし税務職員が、本件修正申告を完成させるために原告の同意なく本件修正申告書に記載事項を追加した行為は、いずれも国賠法上違法である。
(イ) ①の行為について
ａ 「所得計算の誤り」について
原告に対する犯則調査が行われていた当時、本件修正申告書に記載された所得金額の計算根拠となる損益計算書は存在しなかったし、犯則調査当時に作成された貸借対照表による所得金額は、本件修正申告書の所得金額と一致しない。このように、本件修正申告書記載の所得金額の記載は、客観的な裏付けを欠くものであり、原告から税額を争う手段をなくすために適当に作文されたものである。
また、本件修正申告書に記載された所得金額は、別件刑事事件で査察部が告発した所得金額（修正損益計算書に記載のもの）と一致しないものである。この点について、被告は、一部起訴しない処理をしたなどと反論するが、総額主義を前提にした訴訟構造上、ほ脱税額に関する立証を損益計算書に基づき行う場合には、総売上げから総経費を差し引いて、真実の所得を算出した上でほ脱税額を導くという処理をするのが一般的であって、一部立件を見送って所得計算をするということはできないはずである。さらに、所得を把握するためには売上げの入金時期（現金主義）ではなく売上げの発生時期（発生主義）をもって計上時期とすべきとされているところ、被告は、原告の所得を把握する際に、発生主義ではなく現金主義を採用している。このような不正確な計算方法によって、原告の売上高が過大に計上された。
ｂ 「税額計算の誤り」について
本件では、原告の確定申告及び原告がいう自主的修正申告につき本来控除されるべき源泉所得税額が控除されない過大申告になっていたところ、担当査察官らは、納税者に適正な税額を申告させるべき法的義務を負っているにもかかわらず、過大申告を認識しながらこのような「税額計算の誤り」をあえて無視した本件修正申告書の下書きを作成し、これを原告に写し書きさせることで原告を誤った税務申告に導いたのであって、かかる行為が違法性を有することは明らかである。
(ウ) ②の行為について
修正申告は申告等の内容を自己の不利益に変更することを確定させる申告であるから、その記載内容に補充等を行う権限を有しているのは納税者本人だけであり、課税庁において勝手に記載事項を書き換えたりすることは許されない。ところが、所得金額の合計欄にのみ数字が記入されていた本件修正申告書に、税務職員の手によって、勝手に「事業所得」、「不動産所得」、「給与所得」の３つに区分されて内訳が記入された。
そして、本件では、原告がいう自主的修正申告の段階では所得の種類を明示せずに総額で加算した所得金額を、全て事業所得に加算する旨の追加記載がされており、これにより増額部分について重加算税や事業税等が賦課されることとなるのであるから、原告の不利益は大きい。
イ また、担当査察官らは、査察の過程で原告が本来支払うべき正しい税額を把握したのであるから、正確な税額控除の計算に基づき、原告がいう自主的修正申告を下回る部分についても正しい税額に至るまで職権で減額更正を行うべき義務があるのに、かかる義務を怠ったという不作為の違法がある。
【被告の主張】
ア 修正申告の慫慂は、税務職員が、納税者に対し、既にされた申告の内容につき法律の規定に従ったものに是正することを促す事実上の行為にすぎず、助言又は指導の性質を有するものであるから、修正申告の強要等、納税者がその意に反して慫慂に服さざるを得なくなるなどの特段の事情がない限り、原則として国賠法上違法とならないというべきである（最高裁判所平成９年８月２９日第三小法廷判決・民集５１巻７号２９２１頁参照）。加えて、原告は、査察官がいわば行政サービスとして示した修正申告書の下書きの内容を確認し、これに沿った修正申告をすることを決め、自ら本件修正申告書を作成したものであるから、慫慂に比べて働きかけが少ないものである。
また、昭和３９年判決の趣旨に照らせば、税務職員が税額等を誤って計算した資料を示す行為は、当該申告書の記載内容の過誤が客観的に明白かつ重大であり、通則法及び所得税法の定めた方法以外にその是正を許さなければ納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合に限り、当該職員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したものとして、国賠法上の違法の評価を受けるというべきである。
イ(ア) 担当査察官らが原告に対して本件修正申告を強要していないことは前記(3)【被告の主張】のとおりであるから、これが国賠法上違法となることはない。
(イ) 担当査察官らが本件修正申告書の下書きを提示した行為について
ａ 「所得計算の誤り」について
原告の所得金額は別表２－１１のとおりであって（後記(6)【被告の主張】参照）、本件修正申告書記載の所得金額と一致するから、同所得金額は客観的に適正な金額である。
所得税法２３８条は、ほ脱の犯意が認められる所得部分に限定して刑事処分の対象としているが、ほ脱の犯意が認められない所得についても、修正申告の対象となることは当然である。したがって、刑事処分の対象とされていない所得金額があることをもって、本件修正申告における所得金額が真実の所得金額を超えた過大なものであるなどと結論づけることはできない。
ｂ 「税額計算の誤り」について
本件修正申告書には、確かに源泉所得税額の控除漏れが存在し、結果として、税額の記載に誤りがあったことは否定できない。しかし、原告は、税理士としての職業的、専門的知識を有しており、顧問先からの報酬が源泉徴収の対象となることを熟知していたにもかかわらず、顧問先が源泉徴収せずに原告に対して支払った報酬については、源泉徴収されるべき税額を控除することなく、確定申告及び修正申告を行っていた。源泉徴収の有無や税額は、出納帳や預金通帳には全く記載されず、請求書も一部しか把握されないなど、正確な源泉所得税額を算定することが著しく困難な状況にあった。そこで、査察官は、原告が行った直近の修正申告における源泉所得税額と同額が記載された修正申告書の下書きを作成したものであるが、「正当に徴収された又はされるべき所得税の額」の算定が著しく困難であったという上記の事情に照らせば、やむを得ない判断であったというべきである。
(ウ) 原告の同意なく本件修正申告書に記載事項を追加した行為
税務職員が本件修正申告書の一部に補正記入をしたのは、当該申告書の電算処理時のエラーを防止する目的であり、税務職員としての権限の範囲内の行為である。また、本件修正申告において確定する課税標準等や税額等は、本件修正申告書の第一表に記載された金額であり、同額は第五表に補正記入された額を上回るから、第一表記載の金額を前提として賦課されることとなる重加算税や事業税の額について、原告に不利益が生じることはない。
(エ) 以上より、担当査察官らの行為は、国賠法１条１項の適用上、違法ではない。
エ 前記(2)【被告の主張】ウ(イ)のとおり、職権更正義務に関する原告の主張は、法令上の根拠を欠く独自の見解であって、国賠法１条１項の適用上も、課税庁が職権で減額更正を行うべき職務上の法的義務を負うものではない。
オ なお、原告は、原告が納付した税額のうち原告がいう自主的修正申告に係る税額を下回る部分についても損害として主張するが、原告が自ら確定させた租税債務の内容がその後に行われた査察官の行為によって影響を受けることはあり得ないから、両者の間には因果関係がないことが明らかであって、原告がいう自主的修正申告に係る税額を下回る部分について、国家賠償請求が認められる余地はない。
(6) 本件各年分の所得税につき兵庫税務署長が更正すべき（その結果、原告に返還すべき）本税額及び国家賠償請求に係る損害額（本件各請求に関する争点。争点６）
【原告の主張】
ア 主張骨子
(ア) 本件各修正申告は、下記のとおり、売上げの誤計上や必要経費の過少計上などの「所得計算の誤り」が多数あって内容自体著しく不正確である上、本来控除すべき源泉所得税額を控除していないという「税額計算の誤り」もある。本件各年分の所得税に係る原告の「真実の所得に基づく税額」（兵庫税務署長が更正すべき税額）は、それぞれ別表１のとおりであるところ、本件各年分の所得税について原告が返還を求める本税額は、原告が本件修正申告に基づき支払った税額と上記「真実の所得に基づく税額」の差額７４６２万６８００円であり、その内訳は下表のとおりである（なお、原告は、下記ウの表記載のとおり「税額計算の誤り」の金額が合計２８１３万５４２０円であるとも主張しているが、更正すべき額等を計算する際に原告が用いている「税額計算の誤り」の金額は下表のとおりである。）。また、下表の「所得計算の誤り」欄及び「税額計算の誤り」欄記載の数字については、税額計算の際に端数の切捨て等が行われるため、これらを合計しても「合計誤り額」欄記載の数字とは一致しない。
対象年分
所得計算の誤り
税額計算の誤り
合計誤り額
平成１１年分
6,119,400
5,143,273
11,262,700
平成１２年分
8,329,440
5,341,679
13,671,100
平成１３年分
8,343,130
6,061,574
14,404,700
平成１４年分
8,155,170
4,753,080
12,908,200
平成１５年分
10,397,740
3,667,650
14,065,400
平成１６年分
6,397,300
1,917,354
8,314,700
合計
47,74,2140
26,884,610
74,626,800
（単位：円）
(イ) 国家賠償請求に係る損害額
担当査察官らが原告に対して本件修正申告をさせた行為が違法であることは、前記(5)【原告の主張】のとおりである。原告は、本件修正申告に基づいて上記の本税部分以外にも延滞税や市県民税、事業税など本来支払う必要のない税額を支払っているため、原告の国家賠償請求に係る損害額にはこれらが含まれる。その内訳は下表のとおりであり、合計は１億０５５８万３１０９円となるところ、これに弁護士費用（１０００万円）を足し合わせると、総合計額は１億１５５８万３１０９円となる。
また、原告は本件修正申告書の作成を強要されることによって著しい精神的苦痛を受けており、その損害額の合計は３３０万円（慰藉料３００万円と弁護士費用３０万円）である。
所得税の本税額
７４６２万６８００円
消費税額
６４万５０５０円
延滞税額
７０８万９５５９円
市県民税額
１６７７万３６００円
事業税額
６４４万８１００円
弁護士費用
１０００万００００円
合計額
１億１５５８万３１０９円
イ 「所得計算の誤り」について
(ア) 原告が主張する「所得計算の誤り」は、売上計算の誤りと必要経費の誤りである。
(イ) 売上計算の誤りについて
ａ 告発年分
告発年分について、原告には、起訴された金額を超える事業所得は存在しないから、本件修正申告書記載の金額と起訴された金額の差額は誤りである。また、被告は、上記起訴金額算定の起訴となった売上計算の一部に誤りがあったことを認めている。
ｂ 対象外年分
担当査察官らが原告に対して本件修正申告を強要した際、被告の査察官において正確な所得計算を行った形跡はない。本件修正申告書記載の所得金額を裏付ける資料は、損益計算法の観点からも財産増減法の観点からも存在しないのであって（対象外年分については貸借対照表も損益計算書も作成していない。）、このような申告書記載の金額が正当なものであろうはずがない。
したがって、対象外年分については、原告がいう自主的修正申告書記載の金額をもって計算せざるを得ない。
(ウ) 必要経費の誤りについて
ａ Ｆに対する外注計算料
Ｆは実在の会社であり、記帳業務を外部に業務委託することは何ら違法ではない。税務職員が行った調査において当該外注計算料が必要経費に当たることは認められていた。Ｆに対する外注計算料は、Ｆが所有するコンピュータ及び車等を原告の事業のために稼働させたランニングコストの対価としての支払であり、架空の外注計算料でないことは明らかである。
ｂ Ｇ（以下「Ｇ」という。）に対する給与
Ｇに対する告発年分の未払給与（合計６００万円）は正当な人件費であるから、必要経費として認められるべきものである。税務職員が行った調査において、当該給与は必要経費として認められている。また、査察部はＧの給与が架空である旨の査察官調査書を作成していないし、貸借対照表上、Ｇに対する給与は他の貸借科目に計上されていない。Ｇの供述は査察官の誘導によるものである。
(エ) まとめ
以上を踏まえて過大に計上されている所得金額を計算し直した結果及び所得金額の過大計上に関して減額されるべき税額を算定し直した結果は、別表３「原告が主張する「所得計算の誤り」」のとおりである。
ウ 「税額計算の誤り」について
本件修正申告書記載の源泉所得税額は、本来、原告が納税義務を負わない源泉所得税について控除していないという誤りがある。本来控除されるべきことが明らかな源泉所得税額及び本件修正申告における源泉所得税額との差額（「税額計算の誤り」）は次のとおりである。対象年分
本件修正申告
に係る源泉所
得税額（税理
士報酬に係る
もの）
本来控除されるべ
きことが明らかな
源泉所得税額（税
理士報酬に係るも
の）
差額
平成１１年分
10,015,947
14,778,227
-4,762,280
平成１２年分
10,072,345
15,334,019
-5,261,674
平成１３年分
7,847,100
14,300,861
-6,453,761
平成１４年分
8,080,959
12,808,701
-4,727,742
平成１５年分
7,756,868
11,854,035
-4,097,167
平成１６年分
8,779,263
11,612,059
-2,832,796
合計
52,552,482
80,687,902
-28,135,420
（単位：円）
【被告の主張】
ア 「所得計算の誤り」について
(ア) 査察部が、原告の事業所得に係る売上金額を算定した結果及び原告が架空計上していた給料賃金及び外注計算料について算定した結果は、それぞれ別表２－１～２－３のとおりである。これに加えて、査察部が本件各年分の事業所得等について当初の確定申告額から増加する金額を算定した結果は、別表２－１１の「増加所得」欄記載のとおりであり（その明細は、別表２－１～２－１０のとおりである。）、これに本件各年分の確定申告額（別表１参照）を合算した金額（別表２－１１の「合計」欄）は、本件修正申告における所得金額と一致する（別表１参照）。したがって、原告が主張する「所得計算の誤り」は存在しない。
(イ) 売上計算の誤りについて
ａ 告発年分
別件刑事事件ではほ脱の犯意が認められる所得部分に限定して刑事処分の対象としているが、ほ脱の犯意が認められない所得についても修正申告の対象となることは当然である。したがって、刑事処分の対象とされていない所得金額があることをもって、本件修正申告における金額が真実の所得金額を超えた過大なものであると結論づけることができないことは明らかである。
また、被告は別件訴訟（当庁平成●●年(○○)第●●号。重加算税の賦課決定処分の取消訴訟）において、一部の売上げの計上時期を見直す旨主張したが、これは、同事件係属後に、原告が犯則調査時には何ら主張していなかった事柄について大量の請求書等を提出してきたところ、上記別件訴訟においては、当該処分の適法性を基礎付けるため、当該処分に係る税額の範囲内で処分当時に存在したあらゆる事情を主張できることを踏まえ、訴訟上の主張として、一部の売上げの計上時期を見直すことにしたにすぎない。
ｂ 対象外年分
原告は、対象外年分に関して、原告がいう自主的修正申告の所得金額が真実の所得金額であることを前提に、本件修正申告における所得金額のうち上記金額を超える部分が過大であるなどと主張するが、原告がいう自主的修正申告がいかなる根拠に基づいているのかは不明である上、平成１１年分及び平成１２年分については直近の修正申告から機械的に１０００万円を増額した金額を総所得金額としているものであり、何ら合理的な根拠に基づくものではない。
(ウ) 原告が架空計上していた必要経費について
ａ Ｆに対する外注計算料
原告が計上していた外注計算料は、原告の妻Ｈが代表取締役を務めるＦに対して業務委託（記帳代行業務）をしたことに係る外注費として経費に計上されていたものである。しかし、当該業務委託が実体のないものであることは原告自身が認めていたし、原告の従業員や上記Ｈも、上記記帳代行業務を行っていたのがＦではなく原告の事務所の従業員であった旨述べている。
したがって、原告がＦに対する外注計算料を計上していた行為が、架空経費の計上にほかならないことは明らかである。
ｂ Ｇに対する給与
原告は、事務員であるＧに対する給与賃金として計上していた金額のうち追加支給分とされていた金額に関して自ら架空経費であることを認めていた上、Ｇも上記追加支給分を受領した事実はないと述べている。
したがって、原告がＧに対し追加で支給したとされている給与を経費として計上していた行為が、架空経費の計上にほかならないことは明らかである。
イ 「税額計算の誤り」について
(ア) 本件修正申告書の下書きに記載されていた源泉所得税の取扱いについて、査察部が行った税額算定の一部に誤りがあったことは認める。
(イ) 本件において本来控除されるべき源泉所得税額として一定の合理性を有すると考えられる金額は、下記「推計金額」欄のとおりである。本件修正申告において申告された税理士報酬に係る源泉所得税額から上記推計金額を差し引いた額（下記「差額」欄の合計２３１０万８２００円）が、本件の国家賠償請求に係る損害額を算定する基礎となり得ること自体は争わない。
対象年分
本件修正申告に係
る源泉所得税額
（税理士報酬にか
かるもの）
推計金額（税理
士報酬にかかる
もの）
差額
平成１１年分
10,015,947
13,824,383
-3,808,436
平成１２年分
10,072,345
14,374,801
-4,302,456
平成１３年分
7,847,100
13,505,684
-5,658,584
平成１４年分
8,080,959
12,064,502
-3,983,543
平成１５年分
7,756,868
11,115,331
-3,358,463
平成１６年分
8,779,263
10,775,981
-1,996,718
合計
52,552,482
75,660,682
-23,108,200
（単位：円）
ウ その他の損害について
(ア) 原告が本税以外で過大に支払った金額として主張する部分（延滞税、市県民税等）及び弁護士費用の金額については争う。原告の主張は何ら立証が伴っていない。
(イ) 原告が本件修正申告によって精神的苦痛を受けたとする点は争う。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件通知処分の適法性（主位的請求に関する争点。争点１）
(1)ア通則法２３条１項柱書きは、「納税申告書を提出した者は当該申告書に係る国税の法定の申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準又は税額等…につき更正をすべき旨の請求をすることができる。」と規定しているところ、本件更正請求が同項所定の期間を徒過していることは当事者間に争いがない（なお、原告が慫慂による修正申告には同項の適用がないと主張する点に対する判断は、後記(2)のとおりである。）。イ(ア) 通則法が更正の請求期間につき上記のような厳格な期間制限を設けた趣旨は、申告納税方式の国税については、納税義務者が、自己の管理、支配下において生じた課税の根拠等となる事実に基づき、自己の責任で行う確定申告により納付すべき税額が確定するという原則が採られているために、その誤りを是正するについて法的安定性の要請に基づき短期の期間制限が設けられても、納税義務者としてはやむを得ないと考えられる点にあるところ、同法２３条２項は、かかる申告時には予知し得なかった事態等が更正の請求期間経過後に生じた場合につき、納税義務者の権利救済の観点から、上記期間経過後であっても更正の請求がなし得る場合を定めた特則である。
(イ) このような法の趣旨及び同項３号が「その他当該国税の法定申告期限後に生じた」と規定して法定申告期限を時的基準としていると解されることに照らせば、同号を受けた施行令６条１項３号にいう「帳簿書類の押収…により、課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき帳簿書類その他の記録に基づいて国税の課税標準等又は税額等を計算することができなかった場合において、その後、当該事情が消滅したこと」とは、当該国税に係る期限内申告書の提出時点で同号所定の事情（帳簿書類の押収等により税額等の計算ができなかったこと）が存在し、法定申告期限後に当該事情が消滅した場合をいうものと解するのが相当である。以上に反する原告の主張は採用できない。
(ウ) また、通則法２３条２項が、同条１項の原則に対する例外として後発的事由に基づく特則を定めたものであることからすれば、同条２項及びこれを受けた施行令６条１項各号該当性はその文理に沿って厳格に解すべきであるから、同項３号に当たるというためには、帳簿書類の押収等がされていることにより、その他の資料からでは国税の課税標準等又は税額等を計算することが客観的に不可能であったことを要するというべきである。
ウ(ア) 平成１５年分までの所得税に係る本件更正請求
原告の帳簿書類等が押収されたのは平成１６年１１月１８日であるところ（前提事実(2)イ(イ)）、平成１５年分の所得税の法定申告期限は平成１６年３月１５日であるから、上記押収時点において既に原告の平成１１年分ないし平成１５年分の所得税に係る法定申告期限が経過していたことは明らかである。
したがって、原告の平成１５年分までの所得税に係る本件更正請求について施行令６条１項３号に該当する事由があるとはいえない。
(イ) 平成１６年分の所得税に係る本件更正請求
ａ 証拠（乙２４）によると、原告は平成１６年分の所得税の確定申告書を作成するに当たり、事務員２名が担当した顧問先以外の売上金額については、査察部に押収されていた出納帳を閲覧した上で１月から１０月分までの売上金額の合計額を出納帳からメモに転記して記録し、また、１１月及び１２月における税理士報酬の入金口座の入金額を確認して、これらの合計額を集計したこと、事務員２名が担当した顧問先以外の源泉所得税の額については、基本的には各顧問先が作成した「支払調書」及び集金代行業者から送付される「入金報酬明細リスト」に基づいて算定したこと、事務員２名が担当した顧問先に係る売上金額及び源泉所得税は、上記出納帳には記載されていなかったことから、専用の入金口座の入金額を確認したり事務員らに確認したりするなどして集計し、また、源泉所得税については顧問先が作成した「支払調書」等を基礎資料として算定したこと、経費については、事務所のコンピュータに保存されていたデータ等に基づいて、給与、租税公課及び減価償却費を実額で算出し、それ以外の経費は推計によって算出したことがそれぞれ認められる。また、証拠（乙４、６、３８）によると、上記出納帳は、現金での経費などの支払や売上げが記帳されていたもので、その記載によって売上げや経費の金額についておおむね把握できるものであったことが認められる。
ｂ 以上の事実に照らすと、原告は、平成１６年分の所得税については法定申告期限内において帳簿書類等を押収されていたものの、自らの売上げや経費の内容を把握できる出納帳を閲覧し、また、これと自己の手元にある資料等を併せ見ることで、その売上げや経費の金額について把握することが可能であったと考えられる。そして、原告の平成１６年分の所得税に係る更正の請求が通則法２３条２項３号、施行令６条１項３号を満たすものであることは、原告が立証責任を負うべき事項と解すべきところ、原告は、限られた時間内で出納帳を閲覧してメモに転記するなどの方法によっては正しく税額を申告できるはずがないなどと主張するものの、閲覧できた資料等からではどのような事実等を確認することができないのか、その結果、課税標準等又は税額等を計算できなかったのかなどの点について具体的な主張立証をしていない（上記のとおり、原告は帳簿書類等を閲覧することができたのであって、分からない点があれば再度閲覧を求めれば足りると考えられるから、原告が主張するような事情のみをもって課税標準等又は税額等の計算が客観的に不可能であったとは認められないものである。）。
ｃ したがって、原告の平成１６年分の所得税に係る本件更正請求については施行令６条１項３号に該当する事由があるとはいえないというべきである。
エ 以上より、本件更正請求は、いずれも通則法２３条２項３号により認められる請求には当たらない。
(2) 原告は、本件修正申告が課税庁の慫慂に応じて行われた修正申告であって通常の修正申告（自主修正申告）とは法的性質が異なるから、独自の救済が図られるべきであるなどとして、通則法２３条１項の期間制限は適用されず、更正の請求期間を慫慂による修正申告から１年以内と解すべき旨主張する。
しかし、更正の請求の要件を定めた規定である通則法２３条１項の「納税申告書を提出した者」とは、同項の文理及び規定の体裁上、少なくとも法定申告期限から１年以内に通則法１７条ないし１９条所定の申告書を提出した者に限られると解されるものの、それ以上には何ら限定が付されていない。また、通則法において、原告が主張するような「自主修正申告」と「慫慂による修正申告」とを区別する規定は一切存在しない。そうすると、原告の主張は現行法の解釈を超えたものといわざるを得ない。
(3) よって、本件更正請求はいずれも不適法であるから、これに対する更正の理由がない旨の本件通知処分はいずれも適法である。原告の主位的請求のうち本件通知処分の取消しを求める部分は理由がない。
２ 本件義務付けの訴えの適法性（主位的請求に関する争点。争点２）
(1) 申請型義務付けの訴えについて
原告は、本件義務付けの訴えのうち平成１２年分ないし平成１６年分については第１次的には行訴法３条６項２号の申請型義務付けの訴えであるとするが、かかる訴えは、上記各年分に係る本件通知処分が「取り消されるべきもの」であることが訴訟要件となるところ（同法３７条の３第１項２号）、前記のとおり本件通知処分はいずれも適法であって取り消されるべきものではない。
したがって、本件義務付けの訴えのうち申請型義務付けの訴えは不適法である。
(2) 非申請型義務付けの訴えについて
ア 原告は、平成１２年分ないし平成１６年分については、申請型義務付けの訴えが認められない場合に、第２次的に非申請型義務付けの訴えを提起するところ（なお、平成１１年分は非申請型のみである。）、被告は、行訴法３条６項１号かっこ書（「（次号に掲げる場合を除く。）」）を根拠として、上記訴えの提起が失当であると反論する。
行訴法は、国民の権利利益に関する実効的な救済手続の整備等を企図して、平成１６年法律第８４号による改正においてそれまで無名抗告訴訟として解釈論上許容されていた義務付けの訴えを明文で定めたところ、かかる法改正の趣旨に鑑みると、申請型義務付けの訴えと非申請型義務付けの訴えという類型を区別して類型毎に要件に差を設けた（同法３条６項１号かっこ書、３７条の２、３７条の３）のは、各訴えの類型毎の救済の必要性に着目して、適用される要件を明確に区別する趣旨であり、各訴えが併存することを一律に排する意味までは有さないと解するのが相当である。
したがって、法令に基づく申請がされているなど申請型義務付けの訴えの類型に適合する場合であっても、当該訴えが非申請型義務付けの訴えの訴訟要件を充足するならば、適法な訴えというべきである。
イ 義務付けの訴えは、名あて人とされた行政庁において裁判所から命ぜられた処分又は裁決をする権限があることを当然の前提（訴訟要件）とするものと解されるところ（行訴法３条６項柱書き）、通則法は、偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れたなどの場合における国税についての更正の権限が当該国税の法定申告期限から７年間の除斥期間に服することを規定している（７０条５項）。そして、本件訴訟は平成２０年１月２１日に提起されているところ（前提事実(5)）、訴訟提起時点において既に平成１１年分の所得税に係る上記除斥期間は経過しているから、少なくとも同年分に係る義務付けの訴えは、明らかに訴訟要件を欠く不適法なものである。
ウ(ア) 前記のとおり、通則法は更正の請求という制度を設けて、申告書に記載した課税標準等が国税に関する法律の規定に従っていなかったことにより当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であった場合に関して納税者の救済を図っているところ、これと同様の理由に基づき更正すべきことの義務付けを求める非申請型義務付けの訴えは、補充性の要件を欠く不適法なものである。
(イ) この点について、原告は、本件義務付けの訴えが更正の請求期間経過後になされた修正申告の内容の誤りに関するものであり更正の請求期間の徒過につき原告に非がないことや、本件修正申告が査察官の慫慂に応じたものであって「税額計算の誤り」は査察部の重大な違法行為に基づくことなどを主張して、補充性の要件を満たさないと解することは正義に反する旨主張する。
しかし、後記３(3)のとおり、本件修正申告は強要されたものと評価できず、むしろ、原告は、本件修正申告に応じる利益と不利益を比較衡量した上で本件修正申告に応じたものとみられるし、原告の確定申告時における納税額が著しく過少なものであったことは原告が主張する「真実の所得に基づく税額」に照らしても明らかであるから、更正の請求期間の徒過につき原告に全く非がないとはいえない。また、本件修正申告における源泉所得税に関する部分の誤り（「税額計算の誤り」）は原告がいう自主的修正申告にも同様に存在するところ、当該誤りとの関係においては、本件修正申告が原告に新たな不利益を課すものともいえない。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
(ウ) 原告は、合法性の原則などを根拠として、原告主張の４要件が満たされる場合には課税庁に職権更正義務が生じるなどとも主張する。
しかし、そもそも原告主張の４要件が満たされる場合に職権更正義務が生じるとする法的根拠がないし、仮にこのような義務が認められるとしても、更正の請求に期間制限を課した法の趣旨に照らせば、そのことから直ちに非申請型義務付けの訴えの訴訟要件が満たされるとはいえない。
エ したがって、本件義務付けの訴えのうち非申請型義務付けの訴えは、補充性の要件を欠き不適法である。
(3) よって、本件義務付けの訴えはいずれも不適法である。
３ 本件修正申告書の作成、提出に係る強要の有無（主位的請求を除く本件各請求に関する争点。争点３）
(1) 認定事実
前記前提事実、括弧内に掲記した証拠（なお、原告本人尋問の平成２２年１１月１８日実施分を「原告本人・前」、平成２４年１０月２３日実施分を「原告本人・後」という。）及び弁論の全趣旨によれば、本件修正申告書の作成、提出に至る経緯につき、次の事実が認められる（各証拠のうち下記認定事実に反する部分は採用できない。また、下記認定事実に反する原告本人の供述等を採用できない理由は後記(2)のとおりである。）。
ア 本件修正申告書作成前の査察官による取調べの状況等
(ア) 乙検事は、平成１７年１１月２１日ころに行った原告の取調べにおいて、査察官が原告の所得について質問する旨を伝えた。（甲１７、原告本人・前１４頁、弁論の全趣旨）担当査察官らは、同日ころ、乙検事から、原告が修正申告を提出したいという意向を示していることを伝えられ、修正申告の前段階として、原告に査察官調査書を確認してもらい、その旨を質問てん末書として徴してほしい旨の依頼を受けた。（乙１６５、証人丁２頁）
(イ) 丁査察官は、同月２２日、段ボール箱２箱分程度の査察官調査書（原告の告発年分の所得税に係る売上げや経費などの調査結果を科目別にまとめて金額を算定した書類）及び質問てん末書を持参して、丙査察官及び戊査察官と共に拘置所に赴き、午後１時過ぎから午後３時半ころまで、原告と面会した。原告は、拘置所内の取調室に入室するやいなや、担当査察官らに対し、「おまえら、何というひどいことをしてくれたんや」「これからおまえらと一生闘ってやるからな」などと激しい口調で怒鳴り付けた。（甲１７、乙１６５、原告本人・前１２、１３、１５頁、証人丁２５頁）
担当査察官らが、原告に対して持参した査察官調査書の確認を求めたところ、原告は、各科目を確認しながら意見を述べるとともに、上記調査書だけを見ても合っているかどうかわからないなどと申し立てた。また、査察官調査書に出納帳のコピーが添付されていたところ、原告は、「このコピーでは全体の金額が分からない」「こんなもん見ても合ってるかどうか分からへん」などと申し立て、担当査察官らが持参した査察官調査書の一部を確認したものの、金額確認を頑なに拒んだ。また、担当査察官らが原告に修正申告書を提出する意思があるか否かについて質問したところ、原告は、「今やっているのは、刑事の話であって、修正申告は行政上の話であり、今話すようなことではない」などと供述し、明確に修正申告を拒否する姿勢を示した。担当査察官らは、査察官調査書への署名指印を求めるのは無理であると判断して引き揚げた。（甲１７、４６、乙１６５、原告本人・前３１、４３、４４、４７頁、証人丁２～７頁。原告は、査察官調査書に出納帳のコピーが添付されていなかった旨供述するが、質問てん末書（乙１６０）では、出納帳を取り纏めたものとされている資料１―３の「明細」欄には頁数が付されており、ここから該当資料も一緒に示されたことが推認できる。）
担当査察官らが原告と面会した結果を乙検事に報告したところ、乙検事は、同日夕方の取調べで、原告に対して担当査察官らとのやりとりについて尋ね、同日の夕方から夜ころにかけて、担当査察官らに対し、原告が修正申告を提出したいという意思を示しているとして、もう一度拘置所に行くことを依頼した。（証人丁８、９頁）
(ウ) 丁査察官は、同月２３日、丙査察官及び戊査察官と共に再び拘置所に赴き、昼食休憩を含めて午前９時半過ぎから午後２時半ころまで原告と面会した。担当査察官らが、前日に示した査察官調査書を一から確認するように求めたところ、原告は、特に不平不満を述べることもなく確認に応じ、滞りなく確認作業を終えた。また、丁証人らが持参した出納帳の原本を原告に示したところ、原告は、査察官調査書記載の算定金額と出納帳の最後のぺージの合計金額を見比べた。（証人丁９～１１頁）
担当査察官らは、原告に対して予め作成していた質問てん末書（乙１６０ないし１６４）を示し、原告がその内容を確認した上で質問てん末書に署名指印した（なお、各書面末尾の「今まで述べられたことで、何か付け加えたり、訂正することはありませんか。」と記載された部分より前の部分は、担当査察官らにおいて面会以前に作成していたものであり、面会時に査察官が内容の読み聞かせをした上で、原告が署名指印したものである。）。（甲１７、乙１６０ないし１６４、証人丁１１～１３頁、原告本人・前１６、１７頁）
(エ) 原告は、同月２５日の乙検事の取調べにおいて、原告の収入について詳細に説明し、架空旅費交通費や架空外注計算料、アルバイトに対する架空給与賃金の計上等について説明するなどした。（乙７、８）
イ 本件修正申告書作成時の状況等
(ア) 担当査察官らは、同月２６日、乙検事から、同月２８日に原告の起訴をすることになったこと、起訴前に原告が修正申告を提出したいという意向を示していることなどを伝えられた上で、修正申告の下書きを持って拘置所に行くことを依頼された。（乙１６５、証人丁１３、１４、５４頁）
(イ) 丁査察官は、同月２７日、丙査察官及びＣ査察官と共に、本件各年分に係る原告の所得金額等を記載したＣ査察官作成の修正申告書の下書きなど、原告が修正申告書を作成するために必要な書類一式を持参して拘置所に赴き、昼食休憩を含め、午前９時半ころから午後２時ころまで原告と面会した。（甲１７、乙１６５、証人丁１４、１５頁）丙査察官は、原告に対し、対象外年分における増加所得の内容は、出納帳記載額と確定申告上の計上額との差額を売上除外額としていること、勤務実態のないＥに対する架空人件費を否認していること、Ｆに対する架空外注計算料を否認していること及び青色申告取消しに伴うＤの専従者給与を否認していることなどを説明したが、税額計算の根拠となる資料は示さなかった。このように、担当査察官らの取調べにおいて、原告が対象外年分の所得税に関する原資料を見る機会はなかった。
原告は、担当査察官らに対し、「これ、ほんまに金額合うてるのか」「認めたのは、検事が調書をとった平成１３年から平成１５年分の犯罪の期間だけや。そんなもん検事がおらんかったら、一発で飛ばすぞ」「検事がついとるからといって、他の年分まで便乗してむちゃくちゃな処理をしやがって」「平成１６年分更正する度胸あるか。還付請求出すぞ」などと声を荒げて、激しく抵抗したものの、そのうち、「修正申告をしないと検事を怒らせてしまい、また逮捕されてしまうとかなわん」「検事を怒らせたら釈放してもらえなくなるかもしれんから、今言ったことは、検事には黙っといてや」などと述べて、最終的には下書きどおりに本件修正申告書を作成した。その際、原告が平成１１年分及び平成１２年分に係る本件修正申告書の第五表「異動の理由」欄（地方税に関する欄である。）に「Ｃ写」と記載したため、担当査察官らは、当該記載を抹消するように指示し、原告も当該指示に応じて二重線で抹消した。また、原告は、本件各年分に係る本件修正申告書の第一表の「住所」欄に「舎」と記載した。担当査察官らは、原告が作成した本件修正申告書を原告に手渡し、取調べを終えた。（以上、甲１の１～１の７、１７、２６、乙１６５、３８７ないし３９２、３９５、原告本人・前２０、２１、４３、４９頁、証人丁１５～２３、４０、４１、５３、６３～６５頁）
原告は、同月２７日、本件修正申告書の作成後に乙検事の取調べを受け、本件修正申告書を作成したこと、本件修正申告書は接見を通じて弁護人に渡して兵庫税務署に提出してもらう予定であることなどを述べた。（乙９）
ウ 本件修正申告作成後の状況
(ア) 原告は，同月２８日の取調べにおいて、乙検事に対し、接見に来た弁護人に対して拘置所の係官を通じて本件修正申告書を渡してもらったこと、弁護人が本日中に兵庫税務署に修正申告に行って税金を納付してくれることになっていると聞いていることなどを述べたほか、乙検事との間で、①自分が修正申告に応じたのは本件の脱税の事実を反省するという気持ちから行ったことを認める旨、②検察官の心証を良くしたいという思いのもとに、仕方なく修正申告に応じたのではなく、納得の上で修正申告をした旨、③告発年分の脱税の事実だけ認めておけば済むと思って事実を認めたことを否定し、平成１１年からの修正申告にも応じている旨の問答を交わした。（甲１の２～１の７、１７、乙１０、３９５、原告本人・前３５頁）
(イ) 同日、原告の弁護人が本件修正申告書を兵庫税務署に提出し、Ｄが本件修正申告に伴い増加する所得税額等の追加納付（本件各年分の所得税の本税額として納付された額は２８４３万９０００円である。）を行った。原告の弁護人は、原告が上記のとおり修正申告に応じて納税済であることなどを理由として、当庁に対し、同日付け保釈請求を行った。その後、Ｄが、同年１２月７日に原告の本件各年分の所得税に係る重加算税４１５１万１０００円を見込み納付し、原告の弁護人は、上記見込み納付の点及び原告が同月６日にＩ協会に対して１０００万円の贖罪寄附をした点を保釈の理由に追加して、当庁に対し、同月７日付け保釈請求を行った。（乙３８２ないし３８６、３９４、原告本人・後２３～２５頁）
(ウ) 原告は、乙検事に宛てて、へりくだるのではなく、検察官と同じように、きびしい態度で取り調べてほしいことを査察官に言いたかったなどと記載した同年１１月２８日付けの書面を作成して、これを翌２９日に郵送した。また、原告は、同日、丙査察官、丁査察官及びＣ査察官に宛てて、取調べ中に雑言を発しことなどを詫びるなどの内容の「おわび状」と題する書面を郵送した。さらに、原告が同年１２月７日付け保釈請求の際に当庁に提出した「誓約書」と題する同月６日付け書面には、国税局とのこれまでのいきさつから国税局査察官の事情聴取になるとつい感情的になり、不適切な発言を繰り返したなどと記載されていた。（乙１１ないし１３）
(エ) 原告の弁護人は、別件刑事事件の手続において、弁論要旨として「被告人は、本件を深く反省し、税理士登録を抹消し、自ら修正申告・納税した。」と述べ、原告が平成１７年１１月２８日に本件修正申告を行い、これに基づく追加納税として同日中に２８４３万９０００円を納付したこと、本件各年分の所得税に係る重加算税として同年１２月７日に合計４１５１万１０００円を見込み納付したことを被告人に有利な情状に挙げた。（乙１９、２１の１～２１の６）
(2) 原告の供述等の信用性について
ア 本件各修正申告書の作成及び提出の経緯につき、原告は、本件修正申告は、乙検事から否認をすれば再逮捕して家族や取引先なども取り調べるなどと脅されていた状況下において、出納帳などの関係資料もほとんど確認させてもらえないままに、担当査察官らから下書きどおりに写すことを強要されて作成したものであり、これを兵庫税務署に提出したのも原告の意思ではない旨主張し、本人尋問における供述や陳述書の記載も、概ね上記主張に沿う内容である。これに対して、証人丁は、原告が供述するような強要行為の存在を明確に否定する証言をしている（証人丁１７、１８、６３、６４頁など）。
そこで、以下、原告の供述等の信用性について検討する。
イ(ア)ａ原告は、乙検事から、否認は許さない、家族や顧問先を取調べる、再逮捕するなどと脅され、本件修正申告の作成に応じるように言われた旨を供述し（原告本人・前８～１０頁、１６頁）、陳述書（甲１７の時系列表）の内容もこれに沿うものであるところ、確かに、前記認定(1)イ(イ)のとおり、本件修正申告書の作成時において、原告が、本件修正申告書の作成をしないと乙検事に怒られ、再逮捕されてしまうなどと述べていた事実が認められる。
ｂ しかし、上記のような取調べがあったとすれば、当然あったはずの原告の弁護人からの抗議をうかがわせる証拠はない。また、原告の供述等によれば、乙検事のみならず担当査察官らも、「再逮捕」という言葉を持ち出して、本件修正申告書の作成を強要したというのであるが（原告本人・前２０頁、甲１７）、同申告書作成後に原告が乙検事に対して送付した書面（乙１１）によれば、確かに、原告が乙検事の取調べを厳しいと感じていたことが認められるものの、同書面には担当査察官らの取調べに関して乙検事と同様の厳しさで取り調べて欲しかったとも記載されている（前記認定(1)ウ(ウ)）のであって、これによると乙検事の取調べにおいて、脅迫的言辞は存在しなかったことがうかがわれるとともに、乙検事と担当査察官らの取調べ態様が異なっていたことが推認できるのであって、上記供述内容は、これと必ずしも整合しない。さらに、別件刑事事件の公判においても、乙検事の取調べについて脅迫があった旨の主張は全くされていない（乙１９）。
ｃ 以上の点からすれば、この点に係る原告の供述等を直ちに信用することができないというべきである。
(イ)ａ原告は、担当査察官らの取調べにおいて、出納帳などの関係資料をほとんど見せてもらえず、用意された質問てん末書に１０分程度で即座に署名指印をした旨供述し（原告本人・前１７頁）、同内容の陳述書（甲１７の６、７頁）がある。
ｂ しかし、上記取調べ時に作成された質問てん末書の末尾の訂正の有無を問う文言の次に、事業主貸及び事業主借の科目について説明する文言の記載が付け加えられたこと（乙１６４）に照らせば、原告が、質問てん末書記載の内容について説明を受け、また、関連する資料等の開示を受けていたことが推認できる。
ｃ したがって、関係資料をほとんど見せてもらえなかったとする原告の供述等を信用することはできないというべきである。
(ウ)ａ原告は、担当査察官らから下書きを写すことを強要され、再逮捕するなどと脅されたため逆らえずに本件修正申告書を作成したとして、このような強要の痕跡を残すために本件修正申告書に「Ｃ写」、「舎」と記載した旨供述し（原告本人・前２０頁）、これと同内容の陳述書（甲１７の１１、１２頁）がある。
ｂ しかし、担当査察官らから強要を受けたという点は、上記(ア)の点からして直ちには信用できない上、本件修正申告書が、原告が拘置所においてＣ査察官の作成した下書きの内容を写して作成したものであることは争いがないものの、「Ｃ写」や「舎」という記載から原告がいうような強要の存在が直ちに読み取れるものではないし、「Ｃ写」の記載が抹消されていることも担当査察官らの強要を推認させるものではない。
また、原告の上記供述は、本件修正申告書作成後に行われた乙検事の取調べにおいて、仕方なく修正申告に応じたものではなく納得の上で修正申告をしたと原告が述べた旨の調書が作成されていること（前記認定(1)ウ(ア)）とも矛盾する。
これに加えて、後記(エ)のとおり、本件修正申告書は、作成日の翌日である平成１７年１１月２８日に原告自ら弁護人に手渡したことが認められるところ、本件修正申告書の作成を意に反して強要されたというのであれば、少なくとも弁護人に相談するのが通常と考えられるが、このような事情をうかがわせる証拠もない。
ｃ 以上の点からすれば、この点に係る原告の供述等を信用することはできないというべきである。
(エ)ａ原告は、本件修正申告書は担当査察官らが持ち帰り、原告の知らないうちに兵庫税務署に提出されたものであって、自分の意思で提出したものではない旨供述し（原告本人・後１～３頁）、これと同内容の陳述書（甲１７の１、１３頁）がある。
ｂ しかし、前記認定(1)ウ(ア)のとおり、原告は、乙検事に対し、本件修正申告書作成後に本件修正申告書は弁護人が接見に来た際に拘置所の係官を通じて渡してもらうことになっていると供述しており、原告の供述内容等は、これと整合しない。
ｃ したがって、この点に係る原告の供述等を信用することはできないというべきである。
(オ) これらに加え、原告が、別件刑事事件において本件修正申告に応じて追加納付を済ませていること、本件修正申告に伴い賦課される重加算税の支払として合計４１５１万１０００円を積極的に見込み納付して、これを別件刑事事件において有利な情状として積極的に主張していることなどを併せて考慮すれば、本件修正申告が強要されたもので自己の意思に基づくものではないとする原告の供述等は、信用することができないものといわざるを得ない。
(3) なお、原告は、上記強要が存在したことを推認させる事情として、被告には是非とも本件修正申告書を出させる理由があったこと、本件修正申告書には種々の誤りがあり、原告が自発的に応じるはずがないことなどを主張し、前記認定事実によっても、原告が本件修正申告を当初は嫌がっていたことは明らかであるし、脱税の裁判において更正を行った後に起訴をしたところ、裁判が混迷したとの乙検事の経験から（原告本人・前１８頁）、更正ではなくて修正申告を求めることも考えられるところである。しかし、乙検事や担当査察官らによる取調べにおいて違法な強要行為があったと認められないことは前記のとおりであって、むしろ、本件修正申告書作成後の対応をみれば、原告は、本件修正申告をしたことを自己に有利な事情として積極的に用いていることが顕著に認められ、別件刑事事件の公判廷においても本件修正申告については全く争っていない。このような事情を併せみれば、原告は、担当査察官らから示された下書きどおりの内容で修正申告を行うことによる刑事手続上の利益とそれによる不利益とを比較衡量した上で、本件修正申告書の作成、提出に至ったものと認めるのが相当である。
(4) まとめ
その他に、原告が主張する事実を認めるに足る的確な証拠はない。原告が、慣れない拘置所での生活と度重なる取調べによって精神的に追い込まれていたこと自体は否定しないが、そのような状況下において本件修正申告書が作成されたことをもって、直ちに強要があったということはできない。
以上より、本件修正申告書の作成、提出について、担当査察官らによる原告の意思決定の自由を奪う違法な強要行為があったという事実は認められず、本件修正申告書は原告の意思に基づき作成、提出されたものと評価できる。
４ 本件修正申告等の有効性（予備的請求１に関する争点。争点４）
(1) 前記３のとおり、本件修正申告が担当査察官らに強要されたものとは認められないから、これを理由として本件修正申告の無効をいう原告の主張は採用できない。
(2) 心裡留保（「所得計算の誤り」に関する主張）について
ア 原告は、本件修正申告について「所得計算の誤り」が存在することを同修正申告時点において認識しており、担当査察官らも原告がかかる認識を有していたことに気づいていたとし、このような場合において昭和３９年判決の基準を満たすときは心裡留保の規定の適用ないし類推適用が認められるべきであり、これによって、本件修正申告に係る「所得計算の誤り」の部分が無効になると主張する。
イ(ア) 所得税法が申告納税制度を採用して確定申告書記載事項の過誤を納税者に有利に是正するには更正の請求によることとした趣旨は、課税標準等の決定については最も事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた更正の請求による建前とすることが、租税債務を可及的速やかに確定すべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税義務者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと認めたからにほかならない（昭和３９年判決参照）。そして、更正の請求という特別の制度を設けて納税者の利益保護と租税法律関係の早期安定の要請との調和を図った法の趣旨に照らすと、昭和３９年判決がいう「所得税法の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情」が認められるというためには、当該納税義務者につき上記法的安定の要請を犠牲にしてもやむを得ないといえるほどの高度の要保護性が求められるというべきである。
(イ) そもそも心裡留保とは表意者において意思の欠缺を自ら認識している場合をいうのであって、類型的にみて、租税法律関係の早期安定の要請を犠牲にしてまで表意者を保護すべき必要性は低いというべきところ、原告が税務に関する専門的な知識を有する税理士であって本件修正申告の法的効果を熟知していたとみられることを併せみれば、このような原告を保護する必要性は極めて低いといわざるを得ない。また、本件修正申告書は、確かに刑事手続による身体拘束という特殊な状況下において査察官の下書きに基づき作成されたものであるが、前記３のとおり、その作成や提出に当たり担当査察官らの強要があったとは認められないことからすれば、かかる点をもって原告を保護すべき事情とみることもできない。
(ウ) 以上からすれば、原告が主張する本件修正申告に係る「所得計算の誤り」につき、昭和３９年判決がいう「特段の事情」があるとは認められないというべきである。
ウ したがって、原告の主張は、修正申告行為に係る心裡留保の規定の適用ないし類推適用の是非について論じるまでもなく、採用できない。
(3) 錯誤（「税額計算の誤り」に関する主張）について
ア 原告は、原告がいう自主的修正申告及び本件修正申告のいずれについても「税額計算の誤り」という錯誤が存在し、同錯誤は昭和３９年判決の要件を満たすとして、上記各修正申告に係る「税額計算の誤り」の部分が無効になると主張するところ、被告も上記各申告について源泉所得税の控除漏れに係る「税額計算の誤り」が存在すること自体は認めている。そこで、錯誤の存否の点はさておくとして、上記(2)同様、昭和３９年判決の要件に即して上記各修正申告に「特段の事情」が認められるかにつき検討する。
イ(ア) 既に確定した納付すべき税額の増額を目的とする修正申告は、増加した部分について効力を生じ、それ以前になされた確定申告、修正申告と併存するものである（通則法２０条）。
そうすると、「税額計算の誤り」を理由として本件修正申告のうち当該誤りに当たる部分を無効とした場合、当該無効部分に基づいてそれ以前になされた確定申告等から増加した税額部分の効力が失われることになると解されるが、本件で問題とされているのは税額控除の誤りであるところ、本件修正申告における源泉所得税額とそれ以前になされた原告がいう自主的修正申告における源泉所得税額はいずれも同額であって（甲１の２～７、乙３８７ないし３９２）、その差額は０円であるから、本件修正申告において上記誤りに基づき増加した税額部分は存在しないこととなる。
したがって、仮に、本件修正申告に係る「税額計算の誤り」について当該部分が無効になったとしても、原告がいう自主的修正申告に係る「税額計算の誤り」の無効も認められない限り誤納金は発生しないこととなる。すなわち、本件修正申告に係る「税額計算の誤り」の無効を主張することは、予備的請求１との関係においては、原告がいう自主的修正申告の無効を主張することに等しいというべきである。
(イ) そこで、原告がいう自主的修正申告について検討するに、これが自由意思に基づいて行われたことは原告自身認めているところであって、同修正申告について「税額計算の誤り」が生じた理由は、原告自身の過誤に基づくことが明らかである。しかるに、原告は、税務に関する専門的知識を有する税理士として自らの責任で本件各年分に係る所得税の申告をしていた者であって、他にこのような過誤が生じたことにつきやむを得ないと認めるに足る的確な証拠もないことに照らせば、被告の推計による源泉所得額に基づく「税額計算の誤り」部分が約２３００万円と多額に上ることを考慮してもなお、昭和３９年判決がいう「特段の事情」があるとは認め難いというべきである。
(ウ) 原告は、このような運用は実務的にもよく行われており、丁査察官も平成４年判決の存在を知らなかったとして、上記過誤をもたらした平成４年判決の不知について原告を責められないと主張する。しかし、丁査察官も知らないことをもって、長年にわたり所得税の税務申告に携わっていた原告が平成４年判決を知らないことを正当化できるものではないし、法律に基づかない実務的な運用なるもの（なお、原告自身、実務的な運用を確認したことはない旨供述する（原告本人・後９頁）。）を信用したにすぎない者を租税法律関係の早期安定の要請を犠牲にしてまで保護すべきであるとまではいえない。
ウ よって、原告には「特段の事情」が認められないから、上記各修正申告に係る錯誤の存否について論じるまでもなく、原告の主張は採用できない。
(4) 本件修正申告書への書込みについて
ア 原告は、本件修正申告書の記載事項が税務職員によって追加されているなどの点を具体的に指摘した上で、本件修正申告書が税務職員によって変造されたものであるとして、法律上有効な申告と認めることはできない旨主張する。
イ 証拠（乙３８７ないし３９２）及び弁論の全趣旨によれば、確かに、本件修正申告書が兵庫税務署に提出された後に平成１１年分ないし平成１５年分に係る本件修正申告書の「第五表」の「修正前の課税額」欄のうち「総合課税の所得金額」欄に鉛筆で書き込みがされていることが認められ、これが税務職員の行為であることについて当事者間に特に争いはない。しかし、国税庁においては、提出された申告書等に記入漏れ等がある場合、税務職員は納税者の承諾を得ることなく当該記入漏れ箇所の補完記入を行うものとする事務処理要領が定められており（乙３９７）、これは申告書について電算処理を行う関係上エラーを防止する観点から定められているものと解されるところ、大量に行われる租税徴収事務を円滑かつ合理的に行うためには、納税者の課税標準や税額等に実質的な影響を及ぼさないものである限り、上記のような事務も許容されてしかるべきである。
そして、本件修正申告書によって確定される原告の課税標準や税額等が「第一表」に記載された各金額等であることは明らかであるところ、税務職員が「第五表」の「修正前の課税額」欄に書き加えた事項が、原告の課税標準や税額等に実質的な影響を及ぼすものであるとは認め難い（原告は、原告がいう自主的修正申告において内訳を明示していなかった事業所得について勝手に内訳が書き加えられることにより、重加算税等が増額になる不利益を受けるなどとも主張するが、上記のとおり、原告の重加算税等の計算が「第一表」に記載された事項に従って行われることは明らかであり、所得の内訳の記載によって重加算税等が増額になる不利益を被るということはできない。）。
したがって、本件修正申告書について税務職員が行った記載事項の追加行為は、税務職員の権限内の行為といえる。
ウ よって、原告の主張は、その前提において採用できない。
(5) まとめ
以上のとおり、本件修正申告及び原告がいう自主的修正申告はいずれも無効とは認められないから、これらに基づき納付された所得税の本税相当額について法律上の原因が欠けるとはいえず、被告は、原告に対し、誤納金の還付義務等を負わない。
よって、原告の予備的請求１（請求１）は理由がない。
５ 担当査察官らの行為等に関する国賠法上の違法性の有無（予備的請求２及び請求２に関する争点。争点５）
(1) 国賠法１条１項にいう「違法」とは、国又は地方公共団体の公権力の行使に当たる公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背することをいい（最高裁判所昭和６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁）、公務員の行為が法の解釈を誤る違法なものであったとしても、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り、国賠法上違法の評価を受けるというべきである（最高裁判所平成５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁、最高裁判所平成１９年１１月１日第一小法廷判決・民集６１巻８号２７３３頁参照）。
(2) 担当査察官らの行為について
ア 原告は、担当査察官らの行為のうち、①原告に本件修正申告書の作成を強要した点、②本件修正申告書の誤り（本件修正申告書記載の所得計算が根拠のないもの（「所得計算の誤り」）であること及び原告の当初申告に多額の源泉所得税の控除漏れ（「税額計算の誤り」）があること）を認識しながら、原告に黙って本件修正申告書を作成させた点が違法である旨主張する。このうち、前記３で述べたとおり、本件修正申告書の作成について担当査察官らによる強要があったとは認められないから、上記①の主張は採用できない。そこで、以下、上記②の主張について検討する。
イ(ア) 上記行為に係る国賠法上の違法の判断基準として、被告は、①修正申告の慫慂が助言、指導の性質を有するものであることからすれば、修正申告の強要等納税者がその意に反してこれに服さざるを得なくなるなどの特段の事情がない限り、慫慂した内容の当不当にかかわらず、原則として、国賠法上違法とならないし、担当査察官らが本件修正申告書の下書きを示した行為は、慫慂ですらなく行政サービスとして税額等を計算した資料を示したものすぎないから、より一層働きかけが少ない、②昭和３９年判決の趣旨に照らせば、税務職員が税額等を誤って計算した資料を示す行為は、当該申告書の記載内容の過誤が客観的に明白かつ重大であり、通則法及び所得税法の定めた方法以外にその是正を許さなければ納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合に限り、当該職員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したものとして、国賠法上の違法の評価を受けるなどと主張する。
(イ) しかし、課税庁は、租税法律主義の下、課税要件が満たされている限り、租税の減免の自由等はなく、法律に則って算出された税額を徴収すべきとされており（合法性の原則）、納税者が適法な申告をしていない場合にはこれを更正する権限が認められている（通則法２４条）。このように、課税庁が行う修正申告の慫慂が、これに応じない場合には当然に更正処分等が予期される性質のものと解されることに照らせば、これを単純な助言、指導と同列に扱うのは相当ではないというべきである。また、査察官に更正の権限がないことは通則法２４条、３０条１項等の規定からも明らかであるが、犯則調査によって得た資料を課税処分に用いることも認められていること（最高裁判所昭和６３年３月３１日第一小法廷判決・訟月３４巻１０号２０７４頁）、担当査察官らも、原告が修正申告に応じない場合には税務署長に対して関係資料を開示する準備を整えていたと認められること（証人丁３２頁など）に照らせば、本件のような場合において、査察官が修正申告の参考として調査結果に基づき算定された税額を提示する行為は、修正申告の慫慂そのものではないにせよ、納税者との関係においては、実質的にそれに類する行為であったとみることができる。
また、原告が国賠法上の違法事由として主張する点は本件修正申告の無効事由として主張する点と一部共通しているところ（ア①の主張）、このような場合において国賠法上の違法性が認められるための要件を加重すべきであるとすることも理解できる。しかし、当該原告の主張①は上記のとおり採用できないものであるし、本件で特に争われている国賠法上の違法行為（原告の主張②）は、査察官において本件修正申告書の下書きの作成などのために行った調査判断等に関する注意義務違反であって、これに本件修正申告のような納税者の申告行為の有効性に係る昭和３９年判決の論理を援用する合理的理由はないというべきである。
(ウ) したがって、被告の上記主張はいずれも採用できない。
ウ 原告の主張②は、担当査察官らが計算した税額等に「所得計算の誤り」及び「税額計算の誤り」があったことを理由として、当該税額等が記載された本件修正申告書の下書きを原告に示した行為が国賠法上違法であることをいうものである。そこで、上記下書きの作成に至る経緯等について検討するに、括弧内に掲記した証拠、証人丁の証言、原告本人尋問の結果及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
(ア) 原告は、税理士として、多数の顧客から、月々の顧問料や税務調査立会料等の報酬等を得ていた。原告は、月々の顧問料については、おおむね源泉所得税を控除した金額を請求していたものの（乙１７０の１枚目など）、決算料や税務調査立会料等については、基本的に、本来であれば顧客が源泉徴収して納付すべき源泉所得税額も合わせた金額を請求し（乙１７０の３枚目など）、その支払を受けていた。（乙１６７ないし３３２）
(イ) 原告は、日々の取引を出納帳に逐一記載していたが、同出納帳には原告が雇用していたＧやＪが担当する顧問先に係る売上金額は記載されておらず、集金代行業者を通じて受領した売上金額は合計金額のみが記載されているだけで、全ての売上金額を網羅できるものではなかった上、同出納帳や原告の従業員が担当していた顧客からの入金を記帳していた預金通帳には、源泉徴収の有無や源泉所得税額は全く記載されていなかった。原告が使用していた請求書には「源泉所得税」欄が設けられていたものの、原告は、同欄に控除されるべき源泉所得税額を記載することなく交付していたりしていた。原告に対する犯則調査当時、査察部が把握できていた請求書は一部のみであった。また、原告から押収された資料のうち、原告の受任事務の履行完了日を特定できる記載は見当たらなかった。（乙３３ないし３８、１６７ないし３３２、弁論の全趣旨）
(ウ) 原告は、担当査察官に対し、顧問料収入について、過去からの慣習で、源泉徴収されている収入もあれば、されていない収入もあり、されていない収入は、手取額を顧問先と決めていた時のなごりであるが、除々に改善している、源泉徴収された税額については申告書で税額控除し、源泉徴収されていない税額については税額控除しないので、どちらにしても、自分の確定申告で全て精算されているというのが自分の認識である、源泉徴収されていない収入については、結果的に源泉所得税が含まれていたことになるなどと述べていた。（乙３５０、原告本人・後８、９頁）
(エ) 原告の顧問先も、査察部の調査に対して、税理士報酬に源泉徴収義務があることを知らなかったし、原告から特に指示や依頼を受けたこともなかった、仮に源泉徴収しなければならないとしても、口頭で決めた顧問料の中に含まれていると考えているなどと述べていた。（乙３５１ないし３５３）
(オ) 戊査察官は、原告が顧客に源泉徴収させていなかった所得税の金額について試算を試みたが、正確な金額は算出できなかった。査察部は、上記の調査結果を踏まえ、別件刑事事件で告発した原告の所得金額（以下「犯則所得」という。）を算出するに当たり、原告が顧客に源泉徴収させていなかった所得税をどのように取り扱うか検討した。（乙３８１、証人丁２４、２５、４７、４９、５２頁、弁論の全趣旨）
査察部は、①原告の顧客によって徴収・納付されていなかった源泉所得税については、原告の顧客から徴収することとし、原告の犯則所得を算出するに当たっては、当該源泉所得税額相当分を控除して算出するという処理方法と、②原告の顧客によって徴収・納付されていなかった源泉所得税については、原告の顧客から徴収せず、また、原告の犯則所得を算出するに当たってこれを控除しないという処理方法の２つを比較検討して、上記②の処理方法（以下「本件処理方法」という。）を採用するに至った。その際に検討した事情は、原告が、税理士でありながら、顧客に対して決算料等の請求を行うに当たり、あえて源泉所得税の控除を行わせず、これを含めた金額の支払を受けていたと疑われたこと、調査によって判明した原告の売上除外の実態等に照らすと、原告は、顧客が原告の税理士報酬等に係る源泉所得税を納付することによって、税務当局に自己の税理士報酬等を捕捉されることを免れようと意図し、上記のような源泉所得税の取扱いを行っていたのではないかとの疑いを否定することができなかったこと、仮に上記①の処理方法を採用すれば、本来、顧客に対して源泉徴収に関する指導を行うべき税理士の立場にある原告が、このような指導を行っていなかったばかりか、自らあえて源泉所得税の控除を行わずに報酬等を請求し、その支払を受けていたにもかかわらず、当該源泉所得税額相当分に関する処罰等を免れる結果となり、そのような状況を是認することは妥当でないことであった。（弁論の全趣旨）
(カ) 上記の検討を踏まえ、査察部は、原告の顧客によって徴収・納付されていなかった源泉所得税を控除せずに原告の犯則所得を算出した。担当査察官らは、本件処理方法を採用するという結論のみを伝えられ、Ｃ査察官が、本件処理方法に従って税額等を計算し、本件修正申告書の下書きを作成した。その結果、本件修正申告書の下書きに記載された控除されるべき源泉所得税額は、原告がいう自主的修正申告のそれと同額となった。（乙３８１、証人丁２４、２５、４９頁、）
エ 以上を踏まえて、まず、原告の主張②のうち「所得計算の誤り」について検討する。
(ア) 本件修正申告書に記載された原告の所得金額が適正に計算されたものではないとして原告が主に主張する点は、犯則調査当時に原告の所得金額の計算根拠となる損益計算書が存在しなかったこと、貸借対照表に基づく所得計算と本件修正申告書記載の所得金額が一致しないことの２点である。
(イ)ａしかし、まず、損益計算書については、乙３９３号証の別添のとおりであり、証人丁の証言（４２頁）によれば、犯則調査当時に損益計算書が存在していたことが認められる。次に、貸借対照表については、損益計算書と一致しないからといって、直ちに貸借対照表の記載が信用できないとはいえない。
ｂ また、原告は、本件修正申告書に記載された所得金額と、犯則所得とが一致しないことを理由に、修正損益計算書に記載された額を超える所得金額は過大計上であるとも主張しているが、所得税法２３８条において刑事処分の対象とされているのは「偽りその他不正の行為により１２０条１項３号…に規定する所得税の額につき所得税を免れ」ることであり、ほ脱の犯意又は因果関係によって同罪の成立範囲である脱税額が限定されることは明らかであって、修正損益計算書に記載された額を超える所得金額が過大計上であるとはいえない。
ｃ さらに、弁論の全趣旨によれば、担当査察官らは、原告の事業所得に係る売上金額を算定するに当たって、請求書等によって請求日が確認できたものは当該日を売上金額の計上時期とし、その他については、入金日を売上金額の計上時期としているところ、原告は、かかる被告の取扱いについて、現金主義を採用したものである旨論難する。
しかし、所得計算の基礎となる総収入金額は収入すべきことが確定した金額によるものと解されており（所得税法３６条１項）、本件のような税理士の報酬（委任契約の報酬）については、原則として受任事務の履行完了の日が事業所得の総収入金額の権利確定日になるとされている（所得税法基本３６－８(5)）。そして、上記認定事実によれば、原告の資料のうち受任事務の履行完了の日が直接記載されたものはなかったこと、請求書等が発行されたものについては請求日が確認できるが、査察部が把握できていた請求書等は一部だけであったことが認められ、これらの事情に照らせば、査察部において、請求日が確認できたものについては遅くともその日には業務を完了しているものとして当該日を売上金額の計上時期とし、その他については入金日を売上金額の計上時期としたことは、上記通達に沿った取扱いといえ、同通達の解釈が法令に違反したものであることの主張立証はない。
(ウ) 以上からすれば、原告が主張する点をもって、本件修正申告書の所得金額の記載が誤っているとか、これが誤っていることを知りながら担当査察官らが漫然と算定したなどの事情は認められないから、この点に係る原告の主張は採用できない。
オ 次に、原告の主張②のうち「税額計算の誤り」について検討する。
(ア) 本件処理方法が平成４年判決に沿うものでなかったことは、被告も認めるところである。そして、平成４年判決は、本件のような場合にどのような処理をすべきかについて直接判断を示したものではないが、平成４年判決が採用した、確定申告において記載すべき「源泉徴収された又はされるべき所得税の額」とは所得税法の源泉徴収の規定に基づき正当に徴収された又はされるべき所得税の額を意味するとの解釈は、本件においても同様に妥当すると解するのが相当である。したがって、本件処理方法は、平成４年判決が示した上記所得税法１２０条１項５号の解釈とは整合しないものである。
(イ)ａ担当査察官らが本件修正申告書の下書きを提示した行為は、上記(2)のとおり、慫慂に類する行為というべきところ、租税法の適用に当たっては合法性の原則が妥当することに照らせば、納税者に対する慫慂の内容は租税法規に適合するものであることが要請されるものの、前記(1)のとおり、公務員の行為が法の解釈を誤る違法なものであったとしても、それが国賠法上違法の評価を受けるのは、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限られる。
ｂ 前記認定事実及び弁論の全趣旨によれば、査察部が本件処理方法を採用するに当たっては、平成４年判決との整合性が問題となり、議論が重ねられたこと、原告の顧問先は、原告に対して支払う顧問報酬等について源泉徴収義務者であることを認識しておらず、原告からこの点に関する指示や指導を受けたことはなかったこと、原告は「過去からの慣習」を理由として顧問先から源泉所得税を徴収していなかったこと、原告が顧問先に交付する請求書には、源泉所得税額を記載する欄があったにもかかわらず、原告は、同欄に控除される源泉所得税額を記入することなく交付していたりしたこと、これらの結果、控除すべき源泉所得税額を正確に算出することは極めて困難であったこと、源泉所得税額を控除する取扱いをしたとしても本件各年分に係る原告の確定申告における納税額は著しく過少であったこと（本件において原告が自認する納付すべき税額と比べても、その差額は５０００万円を超える（前記第１の１(1)イ及び別表１の「確定申告」欄に係る「納付すべき税額」欄参照）。）が認められる。また、税理士報酬から源泉所得税額を控除している顧問先は、同一人に対する年中の支払金額の合計が５万円を超える場合は、翌年１月３１日までに「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」を所轄税務署長に提出する義務があるところ、税務署長は、当該支払調書の提出によって顧問先から税理士に対する支払金額及び源泉所得税額を把握することが可能となるものである（所得税法２０４条１項２号、２２５条１項３号、同法施行規則８４条２項４号参照）。これらの事情に照らせば、少なくとも原告に対する犯則調査当時、査察部において、原告が、顧問先に対して源泉所得税額を控除させないようにすることによって支払調書の提出が行われないようにし、原告の税理士報酬を補足させないことを企図していたと疑うことについて、相当の合理的根拠があったと認められる。
そして、上記の平成４年判決の考え方に従えば、控除されるべき源泉所得税額の取扱いは源泉徴収義務者との関係において解決すべきと考えられるものの、このような解釈が、本件のように、所得税法の源泉徴収の規定に基づき正当に徴収された又はされるべき所得税の額を税務署において客観的に算出することが困難であって、かかる事態が税理士として納税義務の適正な実現を使命とする（税理士法１条）原告自身の行為に起因していると合理的に疑われる場合においても等しく妥当するか否かについては、平成４年判決の判示するところではない。また、原告は従前から源泉所得税額は控除しないという取扱いで申告を続けていたことが認められるところ、税額控除は租税債権の一部を消滅させる事由であり、納税者がその具体的な額につき立証責任を負うべきと解される。
(ウ) 以上の点に照らせば、査察官が原告の犯則所得を査定する場合に、控除されるべき源泉所得税額を客観的に算定することができないことを理由として原告の従前の取扱いに従った処理方法（本件処理方法）を採用した行為につき、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と算定をしたという事情は認められないというべきである。そして、担当査察官らは、本件処理方法に基づく算定結果を記載した本件修正申告書の下書きを原告に提示するにつき、本件処理方法を採用した事情・理由は原告に一切話していないが（証人丁５１、５２頁）、担当査察官らにおいてこのような説明義務があると解される的確な法的根拠は認められず、当該提示行為についても、上記同様の理由により注意義務違反は認められないと解するのが相当である。
なお、原告は、査察部が原告に対する懲罰的処分として本件処理方法を採用したなどとも主張するが、本件全証拠に照らしても、原告がいうような懲罰的意図を推認することはできない。また、原告は、本件処理方法に基づいて算出した税額で原告を検察官に告発したことの違法をも主張するかのようであるが、上記のとおり、犯則所得の算出に当たり本件処理方法に基づき算定することは国賠法上違法とはいえないところ、これは告発（国税犯則取締法１２条の２）に向けられた準備行為とみられるから、上記同様、告発を行った担当査察官らの行為が違法とはいえない。
カ よって、担当査察官らの行為につき国賠法上の違法性は認められない。
(3) 税務職員の行為について
原告は、本件修正申告書が提出された後に追加記入された点を捉えて違法である旨主張するが、これが税務職員による適法な行為であることは前記４(4)で述べたとおりであるから、同主張は採用できない。
(4) 兵庫税務署長の行為について
ア 原告は、査察の過程で原告が本来支払うべき正しい税額を把握したのであるから、査察官において、正確な税額控除の計算に基づき、原告がいう自主的修正申告を下回る部分についても正しい税額に至るまで職権で減額更正を行うべき義務があり、かかる義務を怠ったという不作為の違法があるとして、原告がいう自主的修正申告を下回る税額部分についても損害賠償義務が発生する旨主張する。
しかし、更正の権限は納税地を所轄する税務署長が有するものであり、査察官にこのような権限がないことは法令上明らかであるから（通則法２４条、３０条１項）、原告の主張はこの点において明らかに失当である。
イ そこで、上記主張を、原告の納税地を所轄する兵庫税務署長の不作為の違法を主張するものと善解した上で検討するに、原告の請求に照らせば、原告が主張するような更正義務が発生するためには、その前提として、兵庫税務署長が、少なくとも本件修正申告の時点において、原告がいう自主的修正申告書に「税額計算の誤り」が存在することを認識していなければならないというべきであるが、これを認めるに足りる的確な証拠はない。
したがって、原告の主張は、いずれにせよ採用できない。
(5) まとめ
以上より、原告が問題とする担当査察官らの行為等はいずれも国賠法上違法とは評価できないから、その余の点について判断するまでもなく、原告の国家賠償請求は認められない（予備的請求２及び請求２はいずれも理由がない。）。
４ 結論
以上の次第で、本件訴えのうち兵庫税務署長に対して原告の本件各年分の所得税に係る納付すべき税額につき別紙記載の額に更正することの義務付けを求める訴えは不適法であるから却下することとし、原告のその余の請求は、争点６を判断するまでもなく、いずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
神戸地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官栂村明剛
裁判官福島かなえ
裁判官小西俊輔
（別紙）
原告が義務付けを求める、本件各年分の所得税に係る納付すべき税額
１ 平成１１年分の所得税１０１８万６６００円
２ 平成１２年分の所得税１１０９万１５００円
３ 平成１３年分の所得税１０７０万７３００円
４ 平成１４年分の所得税７７１万５２００円
５ 平成１５年分の所得税１６５万６９００円
６ 平成１６年分の所得税３６３万２５００円
以上
別表１
(単位：円)
年
申告・更正
等
確定申告
修正申告
修正申告
修正申告
修正申告
本件修正申告
更正の請求
通知処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
分
区分
H12.3.7
H16.12.15
H17.1.14
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
37,636,435
68,778,997
78,778,997
95,317,877
78,778,997
事業所得の金額
28,677,109
59,819,671
86,258,551
69,719,671
不動産所得の金額
3,679,326
3,679,326
3,779,326
3,779,326
給与所得の金額
5,280,000
5,280,000
5,280,000
5,280,000
107,000
11,629,900
15,329,900
21,449,300
15,329,900
H13.3.15
H13.4.2
H15.12.4
H16.12.8
H17.1.14
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
35,881,645
36,181,645
36,601,645
71,801,195
81,801,195
104,312,327
81,801,195
事業所得の金額
27,547,943
27,547,943
27,967,943
63,167,493
95,128,625
72,617,493
不動産所得の金額
3,215,702
3,215,702
3,215,702
3,215,702
3,765,702
3,765,702
配当所得の金額
300,000
300,000
300,000
300,000
300,000
給与所得の金額
5,118,000
5,118,000
5,118,000
5,118,000
5,118,000
5,118,000
△ 481,815
△ 445,815
△ 290,415
12,733,200
16,433,200
24,762,600
16,433,200
H14.3.14
H15.12.4
H16.11.22
H17.1.14
H17.7.20
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
29,065,357
30,615,297
71,840,389
81,840,389
91,840,389
99,161,269
83,779,991
事業所得の金額
21,903,718
23,453,658
64,678,750
89,750,398
74,369,120
不動産所得の金額
1,905,639
1,905,639
1,905,639
4,152,471
4,152,471
配当所得の金額
300,000
300,000
300,000
300,000
300,000
給与所得の金額
4,956,000
4,956,000
4,956,000
4,956,000
4,956,000
雑所得の金額
2,400
2,400
△ 1,326,262
△ 752,762
15,003,200
18,703,200
22,403,200
25,112,000
19,421,000
H15.3.13
H15.12.4
H16.11.22
H17.1.14
H17.7.20
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
23,830,029
27,506,574
57,703,438
67,703,438
77,703,437
87,411,734
69,726,319
事業所得の金額
17,154,789
20,831,334
51,028,198
80,006,407
62,320,992
不動産所得の金額
1,894,740
1,894,740
1,894,740
2,620,127
2,620,127
給与所得の金額
4,780,500
4,780,500
4,780,500
4,780,500
4,780,500
雑所得の金額
4,700
4,700
△ 2,635,162 △ 1,541,379
9,631,500
13,331,500
17,031,500
20,623,400
14,080,000
H16.3.15
H16.11.22
H17.1.14
H17.7.20
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
23,974,399
59,650,432
64,650,432
74,650,432
78,134,150
67,461,339
事業所得の金額
15,821,544
51,497,577
69,480,149
58,807,338
不動産所得の金額
1,646,605
1,646,605
2,210,301
2,210,301
配当所得の金額
618,750
618,750
550,000
550,000
給与所得の金額
5,887,500
5,887,500
5,887,500
5,887,500
雑所得の金額
6,200
6,200
△ 4,319,925
8,880,100
10,730,100
14,430,100
15,722,300
11,773,700
H17.3.15
H17.8.10
H17.11.28
H18.7.18
H18.11.13
H18.12.11
H19.3.9
H19.4.10
H19.9.12
総所得金額
50,874,221
50,874,221
68,165,101
45,592,261
事業所得の金額
36,472,342
36,472,342
53,213,222
30,640,382
不動産所得の金額
4,701,879
4,701,879
5,251,879
5,251,879
給与所得の金額
9,700,000
9,700,000
9,700,000
9,700,000
5,143,300
5,549,900
11,947,200
3,595,600
(注)「納付すべき税額」欄の△印の金額は、還付される税額を示すものである。棄却更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり棄却棄却棄却棄却棄却棄却棄却棄却棄却棄却更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正の請求のとおり更正をすべき理由がない旨の通知処分更正をすべき理由がない旨の通知処分更正をすべき理由がない旨の通知処分更正をすべき理由がない旨の通知処分更正をすべき理由がない旨の通知処分納付すべき税額
平成
年分平成
年分平成
年分
年月日
年月日
年月日
年月日
納付すべき税額
納付すべき税額
納付すべき税額
納付すべき税額
原告の所得税(本件各年分)に係る申告経緯等
年月日
平成
年分平成
年分平成
年分
年月日
納付すべき税額
更正をすべき理由がない旨の通知処分更正の請求のとおり棄却
別表２－１～２－１１及び別表３
省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12190.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。