税務訴訟資料第２６３号－１６１（順号１２２８５）
松山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正等取消請求事件
国側当事者・国（松山税務署長）
平成２５年９月４日棄却・確定
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
Ｂ
同訴訟代理人弁護士
白石喜徳
同
安藤潔
同
永井卓也
同補佐人税理士
中西雄二
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
松山税務署長
眞鍋春吉
被告指定代理人
中尾真和
同
速水広昭
同
川原久志
同
上岡渉
同
金子長年
同
島岩尚慶
同
菊池俊幸
同
阿部義弘
同
熊田利彦
同
尾上幸男
同
松本博文
同
大矢根寛
主文
原告の請求をいずれも棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
松山税務署長が平成２２年１２月１４日付けでした原告に対する法人税の更正処分のうち、平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の所得金額１１４８万２６５６円及び納付すべき税額２４１万９３００円を超える部分並びに同日付けでした過少申告加算税賦課決定のうちこれに対応する部分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、愛媛県が土地収用法に定める事業の用に供するために原告所有の土地を取得した際に、原告に対し支払った土地売買代金等合計１億４３４５万１２８７円（以下「本件売買代金等」という。）について、原告が、租税特別措置法（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６５条の２第１項による所得の特別控除の特例（以下「本件特例」という。）を適用して法人税の確定申告をしたところ、松山税務署長は、本件売買代金等のうち自動車保管場所補償金等の名義で取得した金員は本件特例の対象とならないとして、法人税の更正（以下「本件更正」という。）及び過少申告加算税の賦課決定（以下「本件賦課決定」といい、本件更正と併せて「本件更正等」という。）をしたため、原告が、本件更正等は本件特例の適用を誤った違法なものであると主張して、本件更正等の一部取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは、別紙１のとおりである。なお、別紙１での定義は、以下の本文及び別紙２以下でも使用する。
３ 前提事実（後掲各証拠及び弁論の全趣旨等より明らかである。）
(1) 原告は、松山市に本店を有し、Ｆ業を営み、資本金５０００万円で、青色申告の承認を受けた、同族会社の株式会社である（甲１の１、乙１の１、弁論の全趣旨）。
(2) 原告は、松山市●●の土地（宅地４４５．７４平方メートル及び公衆用道路１８.００平方メートルの合計４６３.７４平方メートル。以下「本件土地」という。）を所有し、来客用駐車場として使用していた（争いがない。）。本件土地には最大で２８台の自動車を駐車することができた（甲８）。
(3) 愛媛県は、土地収用法に定める事業である「Ｃ緊急整備工事」（以下「本件事業」という。）の用に供するため、平成２１年１月１６日、原告との間で、本件土地の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結し、愛媛県及び原告は、下記の記載がある同日付けの売買契約書を取り交わした（乙４）。なお、下記別表第２には、「物件その他通常受ける損失補償の表示」として、「工作物移転料」、「移転雑費補償金」、「自動車保管場所補償金」との記載がある。記
￥１４３，４５１，２８７－
愛媛県が施行するＣ緊急整備工事のために必要な土地について所有者Ａ株式会社を甲とし、愛媛県を乙として、下記条項により土地売買に関する契約を締結する。
第１条甲は、甲の所有に係る別表第１に掲げる土地（引用者注：本件土地）を乙に売り渡し、土地に質権、抵当権又は先取特権が設定されており、又は存するときは、当該権利を消滅させ、かつ、土地に物件（移転することにつき甲が権原を有しないものを除く。）が存するときは、当該物件を移転するものとする。
２ 乙は、下記内訳による頭書の金額を甲に支払うものとする。
頭書の金額の内訳
土地代金
￥７６，５４０，２７８－
別表第２に掲げる物件の移転料
及び同表に掲げるその他通常受け
る損失の補償金（甲が負担するこ
ととなる消費税及び地方消費税相
当額を含む。）
¥６６，９１１，００９－
(4) 愛媛県中予地方局長が、平成２１年６月１日付けで作成した収用証明書には、「買取り等に係る資産」（本件土地）の「買取り等の金額」が宅地４４５.７４平方メートルの金額７５６４万２０７８円、公衆用道路１８.００平方メートルの金額８９万８２００円（合計７６５４万０２７８円。以下「本件売買代金」という。）であること、「取壊し又は除去をしなければならなくなった資産」として本件土地上の「工作物一式」があり、その「工作物移転料」（以下「本件工作物移転料」という。）が２２９万３１０９円であること、その他に「移転雑費補償金」（以下「本件移転雑費補償金」という。）が６万０７００円及び自動車保管場所補償金（以下「本件補償金」という。）が６４５５万７２００円であることなどの記載がある（乙５）。
(5) 原告は、平成２１年１１月２６日、松山税務署長に対し、原告の本件事業年度の法人税について、本件売買代金等の全額に本件特例の適用があるものとして、別紙２の「確定申告○A 」
欄のとおりの計算により，本件売買代金等１億４３４５万１２８７円から本件土地の帳簿価額４７７２万９４３０円を控除した残額より少ない額である５０００万円の特別控除を損金に算入し、原告の所得金額を１１４８万２６５６円、納付すべき税額を２４１万９３００円として、確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした（甲１の１、２、乙１の１、２）。
(6) 松山税務署長は、本件売買代金等のうち、本件移転雑費補償金、本件補償金は本件特例にいう補償金等に該当しないことなどを主な理由として、平成２２年１２月１４日、原告の本件事業年度の法人税について、別紙２の「更正処分○
B 」欄のとおりの計算により、本件売買代金
７６５４万０２７８円及び本件工作物移転料２２９万３１０９円の合計７８８３万３３８７円から本件土地の帳簿価額４７７２万９４３０円を控除した残額である３１１０万３９５７円を本件特例の特別控除額とした上で、原告の所得金額を２９８０万３１９９円、納付すべき税額を７９１万５６００円とする本件更正をした上、過少申告加算税の額を６９万９５００円とする本件賦課決定をした（本件更正等、甲２）。
(7) 本件における課税処分の経緯は別紙３のとおりである。
原告は、平成２４年１１月２８日頃、本件更正等に係る原告の審査請求を棄却する裁決のあったことを知り（甲４、弁論の全趣旨）、平成２４年５月２３日、本件訴えを提起した（当裁判所に明らかである。）。
４ 課税処分の根拠
被告の主張する課税処分の根拠は別紙４のとおりである。なお、別紙４での定義は以下の本文でも使用する。
５ 争点及び当事者の主張
本件の争点は、本件補償金が、本件土地の対価として、本件特例にいう補償金等に該当するかどうかである。
（原告の主張）
(1) 本件補償金は、原告と愛媛県との間で行われた本件土地に関する価格交渉の結果として決定された、本件土地の対価の一部であるというのがその実体であり、本件補償金はいわゆる対価補償金に該当するから、本件特例の適用がある。原告と愛媛県との間では、価格交渉において、売買代金の総額の話合いのみがされ、代金のうち、どの部分が土地の対価であり、どの部分が自動車保管場所補償金であるかといった内訳の話合いは一切されておらず、「自動車保管場所補償金」との名称は愛媛県が後付けしたものにすぎない。愛媛県の担当者も、原告補佐人税理士からの問合わせに対し、本件補償金が本件土地の対価であることを明言していた。
(2) また、自動車保管場所補償金のように、収用等される資産の対価補償金以外の補償金について本件特例の適用がないのは、当該補償金は収益の減少あるいは経費の補填として支払われるものであって、損益が零となるから所得の特別控除を認める必要性がないことにある。しかしながら、本件土地は、駐車場としての格別の設備等を有しない更地であって、原告には、本件土地以外の駐車場により自動車の収容能力が十分にあり、本件土地の買取りに起因した収益の減少や経費の支出はなかった。したがって、本件補償金は、原告の収益の減少や経費支出の補填として支払われたものではなく、本件土地の対価の一部として支払われたものであったというべきである。
(3) さらに、愛媛県においては、「土地等の取得等により土地等の権利者について通常生ずる損失」（愛媛県損失補償基準５９条）について補償することを定め、また、自動車保管場所補償金は、用対連補償要領の定めに従い支払われることとなっている。しかしながら、上記(2)のように、原告においては本件土地の買取りにより「損失」は生じていないから、愛媛県損失補償基準５９条の適用はないというべきである。また本件土地は、原告がＦ業を営む１２階建の建物との間に道路及び他人の土地等を挟んだ場所にあり、用対連補償要領に定める「平家又は二階建の店舗等と一団の土地内にある保管場所」には当たらないから、本件補償金は、同要領に定める自動車保管場所補償金の支出要件を充足しないものであった。したがって、本件補償金は自動車保管場所補償金に該当するものではない。
(4) 加えて、駐車場の移転先とされた土地の所有者は、駐車場の移転方法として予定されていた立体駐車場の建設に反対していたから、駐車場の移転は実現不可能なものであった。
(5) 以上の点からすれば、本件補償金は、自動車保管場所補償金としての外形が取られているものの、その実質を有するものではなく、本件土地の対価として支払われたものというべきである。
(6) したがって、本件確定申告のとおり、原告の本件事業年度の所得金額は１１４８万２６５６円、納付すべき税額は２４１万９３００円となるから、本件更正のうちこれらの金額を超える部分及び本件賦課決定は違法である。
（被告の主張）
(1) 本件補償金は、本件土地の対価としてではなく、自動車保管場所の機能回復を目的とする補償金として支払われたものであり、本件特例の適用はない。原告は、愛媛県との間で売買代金の内訳についての話合いはなく、自動車保管場所補償金との名称は愛媛県が後付けしたものであると主張するが、原告と愛媛県の担当者との本件土地売買に関する交渉経緯や、本件売買契約に係る契約書の記載に反するものであるし、愛媛県が本件土地の買取代金の一部を自動車保管場所補償金との名目で別途支払う理由はない。仮に、愛媛県の一担当者が原告に対し原告主張のような回答をしたとしても、本件更正等の適法性に影響するものではない。
(2) また、原告は、原告に本件補償金に対応する収益の減少や経費の支出がなかったことを理由に本件補償金が本件土地の対価である旨主張するが、原告には、本件土地の買取りにより、原告のＦ業に必要不可欠な来客用の駐車場が減少することによる「損失」が存在し、本件補償金は、自動車保管場所の移転に要する費用を補填する目的で支払われたものである。原告が本件補賞金に対応した経費の支出をしたかどうかといった事情が、本件補償金の性質に影響を与えるものとはいえない。
(3) 本件補償金は、原告において本件土地の買取りにより来客用駐車場が減少するなどの「通常生ずる損失」があるものとして、愛媛県損失補償基準及び用対連補償要領に基づき、その金額も適正妥当なものとして算定され、原告に支払われたものであるから、自動車保管場所補償金としての実質を有するものである。原告は、本件土地が「平家又は二階建の店舗等と一団の土地内にある保管場所」に当たらないというが、道路や他人の土地を挟んでいても、「一団の土地」と評価されることはあるし、「平家又は二階建の店舗等」はあくまで基本形態を例示したものにすぎず、三階建以上の建物について、用対連補償要領の適用が否定されるものではない。
(4) 加えて、原告は、駐車場の移転先の土地の所有者が、立体駐車場の建設に反対しており、駐車場の移転は実現不可能なものであったと主張するが、原告の上記主張は、駐車場の移転が不可能であったとする客観的根拠を欠くものである。駐車場の移転先とされていた土地の共有者の一人であるＤ（原告の専務取締役）は、原告と愛媛県との本件売買の交渉に参加しており、同人及びもう一人の共有者である同人の妻のＥは、駐車場の移転や移転方法として同人らの土地に立体駐車場を建設する予定であることを知っていたはずである。その上で、原告は本件売買契約を締結したのであるから、上記両名が立体駐車場の建設に反対の意思を有していたとは考えられない。
(5) 以上によれば、本件補償金は、本件土地の買取りによって、原告において、来客用駐車場が減少するという損失が発生することから、同駐車場の機能回復のための費用を補償する目的で支払われたものであり、本件特例にいう補償金等に該当するものとはいえない。本件売買代金等のうち、本件特例の対象となるのは、措置法６４条１項２号に当たる本件売買代金７６５４万０２７８円及び同法６４条２項２号に当たる本件工作物移転料２２９万３１０９円の合計７８８３万３３８７円であり、本件特例による特別控除の額は、上記合計金額から本件土地の帳簿価額である４７７２万９４３０円を控除した３１１０万３９５７円であるから、これをもとに原告の本件事業年度の法人税額を計算すると、別紙４の第１のとおりとなり、過少申告加算税の額は同第２のとおりとなるから、これらと同額である本件更正等は適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 収用等の場合の所得の特別控除について
法人の有する資産について収用等があった場合には、税務上、所得の特別控除が特例として適用される。これは、収用等による資産の譲渡は、土地収用法その他の法律の規定を背景として、法人の意思にかかわらず行われるものであるから、その譲渡益に対して直ちに課税するというのは実情に合わず、また、直ちに課税するとすれば、法人において新たな資産の取得ができなくなり、法人の事業の継続を困難にするおそれがあることによる。また、土地収用法その他の法律による資産の収用等は、公共目的のために行われるのであるから、その目的を効率的に達成するために、税制上の特例を設けておくことが有効である。そこで、法人の有する資産が収用等され、法人が補償金等を取得した場合に、措置法６５条の２第１項所定の要件を満たしているときには、５０００万円と譲渡益の額とのいずれか少ない金額を損金の額に算入することができるとされている（本件特例）。
このような趣旨からして、収用等の場合の所得の特別控除の特例が適用される補償金等は、名義のいかんを問わず、原則として資産の収用等の対価たる金額に限られている（措置法６４条３項）。
一方、対価以外の収益補償金（事業について減少することとなる収益又は生ずることとなる損失の補填に充てるものとして交付を受ける補償金）、経費補償金（休廃業等により生ずる事業上の費用の補填等に充てるものとして交付を受ける補償金）、移転補償金（資産の移転に要する費用の補填に充てるものとして交付を受ける補償金）等については、本件特例の適用は認められない。これは、対価補償金以外の補償金は、収益の減収分あるいは経費支出の補填として支払われるものであり、通常は収益の減少分あるいは経費支出と補償金とが対応し、損益は零となるから、所得の特別控除を認める必要性がないためである。
２ 本件補償金が本件特例にいう補償金等に該当するかについて
(1) 前提事実、証拠（乙１１）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 愛媛県は、本件土地の代金額を算定するに当たり、①不動産鑑定士が作成した本件土地の近傍類地（以下「標準地」という。）の宅地に係る平成１６年１０月１日時点の土地価格に関する鑑定評価書で、同土地の１平方メートル当たりの単価が１７万円と評価されていること、②不動産鑑定士が作成した不動産調査（意見）書で、平成１６年１０月以降の各年の標準地に係る土地価格の変動率（時点修正率）が、それぞれ０ないしマイナス１．２パーセントとされていること、③平成２０年１１月１日時点の標準地の宅地に係る価格査定表で、時点修正の結果、同土地の１平方メートル当たりの単価が１６万６４００円とされていることなどを参考として、本件土地の買取価格を算定した。その結果、本件土地の価格は、宅地４４５.７４平方メートルの金額が７５６４万２０７８円、公衆用道路１８.００平方メートルの金額が８９万８２００円の合計７６５４万０２７８円と決定された。
イ 愛媛県は、①原告が本件土地を来客用駐車場として利用しており、本件土地の買取りによりまとまった数の駐車場が減少することになること、②本件土地は原告のＦ建物、社員寮敷地、その他駐車場と営業上一体として利用され、用対連補償要領に定める「一団の土地」に当たり、同要領の「業務用建物敷地内にある保管場所」が収用される場合の例に該当することから、原告に対し、本件補償金の支払をすることを決定した。そして、愛媛県は、本件土地の駐車場の機能回復を、一団の土地である社員寮敷地に立体駐車場を設置する方法によることとし、補償コンサルタント会社の算定した立体駐車場施設設置費等を基にして、本件補償金の額を６４５５万７２００円と決定した。
(2) 以上の認定事実によれば、本件土地の代金額は、愛媛県損失補償基準９条に定める「正常な取引価格」として、不動産鑑定士の評価等を基に客観的かつ適正に算定されたものであり、他方、本件補償金は、本件土地の買取りにより原告の保有する駐車場が減少することに伴い生ずる損失、すなわち、本件土地の取得によって原告に生ずる「通常生ずる損失」を補償する目的で支払われたものであって、その金額も、用対連補償要領に基づく駐車場の機能回復のための移動方法等を考慮して決定された適正なものと認められる。
そうすると、本件売買代金は本件土地の対価として、本件補償金は本件土地の買取りによって失われる駐車場の機能回復に要する費用を補償する趣旨のものとして、それぞれ支払われたものと認められ、このことは、本件売買契約に係る契約書の記載とも合致する。したがって、本件補償金は、本件特例にいう補償金等には当たらないというべきである。
３ 原告の主張について
(1) 原告は、本件売買代金等については、その総額のみの話合いが行われ、内訳についての話合いは一切行われなかったのであり、本件補償金についての「自動車保管場所補償金」という名称は、愛媛県が後付けしたものであると主張するが、上記認定事実及び本件売買契約に係る契約書の記載に照らし、採用できない。原告は、愛媛県の担当者が原告補佐人税理士からの問合わせに対し、本件補償金が本件土地の対価であると明言したとも主張するが、愛媛県の担当者が上記認定事実のとおり土地の対価とは明確に区別して駐車場の機能回復に要する費用の補償としての処理がされている本件補償金について、原告主張のような説明をするとは到底考えられない。
(2) また、原告は、原告について本件土地の買取りに起因する収益の減少や経費の支出がなかったことをもって、本件補償金は自動車保管場所補償金としての実質を有するものではなかったとも主張する。そもそも、原告主張のように駐車場の機能回復の必要性がなかったとすれば、本件土地の買取りの対価として正常な取引価格により算定された土地代金に加えて、本件補償金を受け取ることのできなかったはずの原告が、このような主張をすること自体の不当性をひとまず措くとしても、前記認定のとおり、駐車場の機能回復の必要性があるものとして立体駐車場の設置費用を補償する目的で本件補償金が支払われている以上、原告が、本件補償金の取得後、立体駐車場を建設するなどせず、本件補償金に対応した経費の支出をしなかったからといって、そのことによって本件補償金の性質が本件土地の対価に変わるはずがないのは自明のことであるから、原告の上記主張は採用できない。
(3) さらに、原告は、本件土地が、原告の営業する三階建以上のＦのある敷地と道路等を挟んで存在することなどから、用対連補償要領に定める「平屋又は二階建の店舗等と一団の土地内にある保管場所」に該当しないとして、本件補償金は自動車保管場所補償金の支払要件を満たさないものであるから、その実質は本件土地の対価の一部であると主張する。この点についても、本件補償金を受け取っておきながら、自らその支給要件を欠くとの主張をすることの不当性をひとまず措くとして、証拠（甲７。なお、甲７は国土交通省の定める自動車保管場所補償実施要領について記載したものであるが、同要領と用対連補償要領とはその趣旨や補償内容が変わるものではないとされており、同要領は用対連補償要領の解釈に当たり参考となるものである。）によれば、「一団の土地」は、原則として連続している土地をいうが、保管場所と建物等のある土地との間に道路等があって連続している土地でない場合であっても、業種等によっては保管場所の確保の検討を要することがあるので、その場合には用対連補償要領に準じて取扱う必要があるとされていることが認められ、結局、「一団の土地」は、建物等のある土地と収用等される土地とが位置的に連続している場合に限定されるものではないことが認められる。原告は、Ｆ業を営み、本件土地を来客用の駐車場として利用していたことに照らせば、本件土地は、原告のＦ建物等と営業上一体として利用され、用対連補償要領にいう「業務用建物と機能的に一体利用されている一団の土地」に該当するというべきである。また、用対連補償要領によれば、「平家又は二階建の店舗等」はあくまで例示であって、三階建以上の建物の場合には、建物を再築してまで自動車の保管場所を確保することが標準とは考えにくく、他に検討すべき事項が必要とされるために上記例示がされたものにすぎず、これに該当しない場合も具体的な実情に照らして妥当な補償となるよう適正に運用することとされているのであるから、原告の所有するＦが三階建以上の建物であることをもって、本件土地について用対連補償要領の基準に該当しないということはできない。したがって、本件補償金が用対連補償要領の要件を満たさないとの原告の上記主張は採用できない。
そもそも、仮に本件補償金が用対連補償要領に定める要件を満たさないのに支払われたものであったとしても、そのことをもって、本件補償金が本件土地の対価の一部と評価されることになるものではないから、原告の主張は、この点においても失当である。
(4) 加えて、原告は、駐車場の移転が予定されていた土地の所有者が立体駐車場の建設に反対していたことから、駐車場の移転が実現不可能なものであったとも主張するが、駐車場の移転が予定されていた土地の共有者であるＤは原告の代表取締役であり他の共有者であるＥは同人の妻であるから、これらの者が駐車場の移転に反対していたとはにわかに考え難い上、仮にそのような事実があったとしても、そのような事情が本件補償金の性質に影響を与えるものとはいえないから、原告の上記主張は採用できない。
４ 本件売買代金、本件工作物移転料、本件移転雑費補償金が本件特例にいう補償金等に該当するかについて
(1) 本件売買代金
前記認定によれば、本件売買代金は、本件事業のために売買されることとなった土地の代金として支払われたものであり、措置法６４条１項２号にいう「資産について買取りの申出を拒むときは土地収用法等の規定に基づいて収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき」に該当することから、本件特例にいう補償金等に該当する。
(2) 本件工作物移転料
証拠（乙６）によれば、本件土地上にはバリカー、車止め、三柱式看板及び壁付平看板などの工作物が存在していたこと、及びこれらは本件売買契約に当たり原告において移転義務のある物件であることが認められる。そうすると、本件工作物移転料は、上記工作物の移転義務に係る対価であると認められ、弁論の全趣旨によれば、原告は、本件土地の引渡しの前提として、上記工作物を除去したものと認められるから、本件工作物移転料は、措置法６４条２項２号にいう、本件土地が同条１項２号の規定に該当することとなったことに伴い「土地の上にある資産につき、土地収用法等の規定に基づく収用をし、若しくは取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合に」対価等を取得するときに当たり、本件工作物について、収用等による譲渡があったものとみなされる結果、本件特例にいう補償金等に該当する。
(3) 本件移転雑費補償金
弁論の全趣旨によれば、本件移転雑費補償金は、駐車場の移転に要する経費の補償として支払われたものと認められ、本件土地の対価補償金には該当しないから、本件特例にいう補償金等には当たらない。
５ 本件更正等の適法性について
(1) 原告の取得した本件売買代金及び本件工作物移転料について、本件特例を適用し、原告の本件事業年度の法人税の税額を計算すると、別紙４の第１のとおり、所得金額２９８０万３１９９円、納付すべき税額７９１万５６００円となり、本件更正の各金額はこれらと同額であるから、本件更正は適法である。
(2) 前記(1)によれば、原告は、本件事業年度の法人税について納付すべき税額を過少に申告したものであることになるところ、本件更正に基づき新たに納付すべきとされた税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正前の税額の計算の基礎とされていないことについて、通則法６５条４項に規定する正当な理由があるとは認められない。したがって、過少申告加算税の額は、別紙４の第２のとおり６９万９５００円となり、本件賦課決定と同額であるから、本件賦課決定は適法である。
６ よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
松山地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官森實将人
裁判官岡本陽平
裁判官村井美樹子
（別紙１)
関係法令等の定め
１ 法人税法２２条１項の定め
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
２ 措置法６４条（収用に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例）の定め
(1) 法人の有する資産で次の各号に該当するものが当該各号に掲げる場合に該当することとなった場合において、当該法人が当該各号に規定する補償金、対価又は清算金の額の全部又は一部に相当する金額をもって当該各号に規定する収用、買取り、換地処分、権利変換、買収又は消滅（以下「収用等」という。）のあった日を含む事業年度において当該収用等により譲渡した資産と同種の資産その他のこれに代わるべき資産として政令で定めるもの（以下「代替資産」という。）の取得をし、当該代替資産につき、その取得価額に補償金、対価若しくは清算金の額から当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した残額の当該補償金、対価若しくは清算金の額に対する割合を乗じて計算した金額（以下「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する（１項）。
ア 資産が土地収用法等の規定に基づいて収用され、補償金を取得する場合（１号）
イ 資産について買取りの申出を拒むときは土地収用法等の規定に基づいて収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき（２号）
(2) 法人の有する資産が次の各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、１項の規定の適用については、１号の場合にあっては同号に規定する土地等、２号の場合にあっては同号に規定する土地の上にある資産について、収用等による譲渡があったものとみなす。この場合においては、１号又は２号に規定する補償金又は対価の額をもって、同項に規定する補償金、対価又は清算金の額とみなす（２項）。
ア 土地等が土地収用法等の規定に基づいて使用され、補償金を取得する場合において、当該使用に伴い当該土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合に該当するとき（１号）
イ 土地等が１項１号若しくは２号若しくは２項１号の規定に該当することとなったことに伴い、その土地の上にある資産につき、土地収用法等の規定に基づく収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合において、これらの資産の対価又はこれらの資産の損失に対する補償金で政令に定めるものを取得するとき（２号）
(3) １項１号に規定する補償金の額は、名義がいずれであるかを問わず、資産の収用等の対価たるものをいうものとし、収用等に際して交付を受ける移転料その他当該資産の収用等の対価たる金額以外の金額を含まないものとする（３項）。
３ 措置法６５条の２（収用等の場合の所得の特別控除）の定め
法人の有する資産で６４条１項各号に規定するものがこれらの規定に該当することとなった場合（６４条２項の規定により同項１号に規定する土地等又は同項２号に規定する土地の上にある資産につき収用等による譲渡があったものとみなされた場合を含む。）において、当該法人が収用等により取得したこれらの規定に規定する補償金、対価若しくは清算金（以下「補償金等」という。）の額又は資産（以下「交換取得資産」という。）の価額が、当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中に収用等により譲渡した資産のいずれについても６４条から６５条までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と５０００万円とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する（１項）。
４ 租税特別措置法関係通達（法人税編）６４(2)－８（ひき家補償等の名義で交付を受ける補償金）の定め
土地等の収用等に伴い、起業者から当該土地等の上にある建物又は構築物をひき家し又は移築するために要する費用として交付を受ける補償金であっても、その交付を受ける者が実際に当該建物又は構築物を取り壊したときは、当該補償金は、当該建物又は構築物の対価補償金に当たるものとして取り扱う。
５ 「愛媛県土木部の公共事業の施行に伴う損失補償基準」（以下「愛媛県損失補償基準」という。）の定め
(1) この基準は、愛媛県土木部の公共事業に必要な土地等の取得等に伴う損失の補償の基準を定め、もって事業の円滑な遂行と損失の適正な補償の確保を図ることを目的とする(１条）。
(2) 取得する土地に対しては、正常な取引価格をもって補償するものとする（８条）。
(3) ８条の正常な取引価格は、近傍類地の取引価格を基準とし、これらの土地及び取得する土地について、土地価格形成上の諸要素を総合的に比較考量して算定し、取引が行われた事情、時期等に応じて適正な補正を加え、当該土地を一般の取引における通常の利用方法に従って利用し得るものとして評価するものとし、土地所有者がその土地に対して有する主観的な感情価値及び土地所有者又は特定の第三者がその土地を特別の用途に用いることを前提として生ずる価値は、考慮しないものとする(９条）。
(4) 取得に係る土地等に建物等で取得しないものがあるときは、当該建物等を通常妥当と認められる移転先に、通常妥当と認められる移転方法によって移転するのに要する費用を補償するものとする（２８条）。
(5) 土地等の取得によって土地等の権利者について通常生ずる損失は、これを補償するものとする（５９条）。
６ 「自動車の保管場所の確保に要する費用の補償取扱要領」（以下「用対連補償要領」という。）の定め
(1) 本要領は、一団の土地の一部が収用等されたことにより自動車の保管場所が使用できなくなった場合について適用する。
(2) 補償対象の保管場所は、居住用建物又は業務用建物と機能的に一体利用されている一団の土地（以下「一団の土地」という。）内に存在し、かつ現に自動車の保管場所の用に供せられており、引き続き同一目的に供せられると見込まれる保管場所をいう。
(3) 一団の土地内にある保管場所の一部又は全部が収用等される場合において次の例示における用途毎の条件を満たす範囲を限度として補償を行うものとする。なお、本例示は基本形態を示したもので、これに該当しない場合は個々の具体的な実情に照らして妥当な補償になるよう適正に運用するものとする。
［業務用建物敷地内にある保管場所の場合］
平家又は二階建の店舗等と一団の土地内にある保管場所のみが収用等される場合
（別紙２）
（単位：円）
確定申告Ⓐ
更正処分Ⓑ
⑥
47,729,430
47,729,430
⑧
50,000,000
31,103,957
⑨
18,896,043
特別控除額
収用換地等の場合の所得の特別控除
過大額（⑧の（Ａ－Ｂ））
計（①～④の計）譲渡益の額（⑤－⑥）
収用換地等の場合の所得の特別控除に関する計算
移転雑費補償金③
60,700
本件補償金④
64,557,200
項目
2,293,109
（注）特別控除額（⑧欄）は、５０００万円と譲渡益の額（⑦欄）とのいずれか低い金額である。
⑤
143,451,287
78,833,387
譲渡資産の帳簿価額⑦
95,721,857
31,103,957
取得した補償金等の額土地の買取価額①
76,540,278
76,540,278
工作物移転料②
2,293,109
（別紙３）
（単位：円）
確定申告
本件更正処分等
審査請求
裁決
平成21年11月26日
平成22年12月14日
平成23年1月14日
平成23年11月16日
平成
年
月期過少申告
加算税の額
平成２１年９月期法人税に係る課税の経緯
所得金額
11,482,656,
29,803,199
全部の取消し
棄却
2,419,300
7,915,600
699,500
納付すべき税額
区分
年月日
（別紙４)
課税処分の根拠
第１ 本件更正の根拠
１ 所得金額２９８０万３１９９円
上記金額は、次の(1)及び(2)の合計金額から次の(3)ないし(5)の合計金額を控除した金額である。
(1) 繰越欠損金控除前の申告所得金額１億０４１９万６９２９円
上記金額は、本件確定申告に記載された繰越欠損金控除前の所得金額である。
(2) 収用換地等の場合の所得の特別控除額過大額１８８９万６０４３円
上記金額は、原告が、本件確定申告において、措置法６５条の２第１項の規定（本件特例）を適用し、損金の額に算入した特別控除額５０００万円のうち、本来、本件特例が適用されず損金の額に算入できない金額であり、本件事業年度の所得金額に加算すべき金額である。
(3) 支払手数料の損金算入額２１万０８９５円
上記金額は、原告が信販会社へ支払ったクレジット手数料等４４２万８８０５円に係る仮払消費税相当額であり、本件事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
(4) 雑損失（消費税等の納付差額）の計上漏れ１０５円
上記金額は、上記(3)の仮払消費税相当額２１万０８９５円と、消費税等の計算上、当該金額を仕入税額控除から減算して再計算し算出された「差引納付すベき消費税等の合計税額」２１万１０００円との差額１０５円であり、雑損失として本件事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
(5) 繰越欠損金の当期控除額９３０７万８７７３円
上記金額は、法人税法５７条の規定に基づき、平成２０年９月期から繰り越された繰越欠損金のうち当期控除額として損金の額に算入できる金額である。
２ 納付すべき法人税額７９１万５６００円
上記金額は、次の(1)の金額から(2)の金額を控除した金額について、国税通則法（以下「通則法」という。）１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた金額である。
(1) 所得金額に対する法人税額７９８万０９００円
上記金額は、上記１の所得金額２９８０万３１９９円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条１項及び２項の規定（措置法４２条の３の２による読み替え後の税率）を適用して計算した金額である。
(2) 控除所得税額等６万５２３１円
上記金額は、本件確定申告に記載された、法人税額から控除される所得税額等の金額である。
３ 既に納付の確定した法人税額２４１万９３００円
上記金額は、原告の本件確定申告に記載された納付すべき法人税額である。
４ 差引納付すべき法人税額５４９万６３００円
上記金額は、前記２の金額から前記３の金額を差し引いた後の金額である。
第２ 本件賦課決定の根拠
過少申告加算税の額６９万９５００円
上記金額は、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額５４９万６３００円（次表「過少申告加算税の税額の計算」①欄・通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に通則法６５条１項及び２項の割合をそれぞれ適用して算出した６９万９５００円（次表⑬欄）である。
（単位：円）
平成２１年９月期
①
5,496,300
確定申告分②
2,419,300
控除されるべき所得税等
③
65,231
計（②＋③）④
2,484,531
⑤
2,484,531
⑥
3,011,769
加算税の基礎となる税額（①）
（１万円未満の端数切捨て）
⑦
5,490,000
加算税の割合⑧
10%
加算税の額（⑦×⑧）
⑨
549,000
加算税の基礎となる税額（⑥）
（１万円未満の端数切捨て）
⑩
3,010,000
加算税の割合⑪
5%
加算税の額（⑩×⑪）
⑫
150,500
⑬
699,500
期限内
申告税
額
通常分
加重分
過少申告加算税の額（⑨＋⑫）
区分
本件更正処分に係る本税の額
④の金額と５０万円のいずれか多い金額
①－⑤の金額
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12285.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。