税務訴訟資料第２６３号－１７７（順号１２３０１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正及び加算税賦課決定取消請求事件
国側当事者・国（北沢税務署長）
平成２５年１０月３日一部認容・棄却・確定
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士加々美博久
鈴木教夫
被告
国
同代表者法務大臣谷垣禎一
処分行政庁
北沢税務署長
赤平英治
被告指定代理人高橋康夫
滝澤衆
木村快
中嶋明伸
肥海智紀
横田美代子
主文
１ 北沢税務署長が原告の平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日までの事業年度の法人税について平成２３年４月２７日付けでした更正処分のうち所得金額１０００万１５６１円及び納付すべき税額２３２万４６００円を超える部分、並びに同日付けでした過少申告加算税賦課決定処分のうち１８万５０００円を超える部分を取り消す。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
北沢税務署長が原告の平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日までの事業年度の法人税について平成２３年４月２７日付けでした更正処分のうち所得金額２３０万１５６１円及び納付すべき税額４７万０５００円を超える部分、並びに同日付けでした過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 原告は、平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について、貸倒損失として３億８６４２万４２３６円を計上した（以下「本件貸倒損失」という。）上で、所得金額を２３０万１５６１円、納付すべき税額を４７万０５００円とする確定申告（以下「本件確定申告」という。）を行った。北沢税務署長（以下「処分行政庁」という。）は、本件確定申告について、本件貸倒損失の計上を否認し、所得金額を３億８８７２万５７９７円、納付すべき税額を１億１５９４万１８００円とする更正処分（以下「本件更正処分」という。）を行い、過少申告加算税を１７２９万５０００円とする賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。また、本件更正処分及び本件賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）を行った。
本件は、原告が、本件更正処分のうち本件確定申告における申告額を上回る部分及び本件賦課決定処分の取消しを求めている事案である。
２ 前提事実
以下の事実は、当事者間に争いがないか、証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められるか、又は当裁判所に顕著である。
(1) 原告等について
ア 原告は、昭和●年●月●日に設立された株式会社であり、道路用、橋梁用、港湾用及び建築用のコンクリート製品の製造販売を目的としている（乙１）。なお、原告の本件事業年度末における資本金及び出資金の金額は１億円以下であった。
イ 乙（以下「乙」という。）は、原告の代表取締役の地位にあったが、平成１９年２月●日に原告の代表取締役を退任するとともに取締役を辞任した。乙の長男である甲（以下「甲」という。）は、平成１８年１月●日に原告の代表取締役に就任した（乙１）。
なお、乙は、平成１９年２月●日に取締役を辞任した後、原告の使用人となり、その後、平成２０年３月３１日に原告を退職した（乙１及び３）。
ウ Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）は、乙の妻である丙（以下「丙」という。）が代表取締役、甲及び甲の姉である丁（以下「丁」という。）が取締役を務め、甲の親族が取締役の全てを務める法人である（乙４）。
なお、丙は、原告において、平成１９年２月●日まで取締役、同日から同年３月●日まで監査役を務め、その後は原告の使用人となった（乙１）。
(2) 原告が本件確定申告において本件貸倒損失として損金の額に算入した金銭債権ついて
ア 本件貸倒損失として損金の額に算入した金銭債権の額
原告が本件確定申告において本件貸倒損失として損金の額に算入した乙に対する金銭債権の額は、３億８６４２万４２３６円（以下、原告の乙に対する債権のことを「本件貸付金等」という。）であり（乙２）、原告が作成した総勘定元帳における本件貸付金等の内訳は、短期貸付金が８８３３万２０９１円、未収入金が１億２４９７万２４１５円、長期貸付金が１億７３１１万９７３０円である（乙５）。
イ 本件貸付金等の発生の経緯について
本件貸付金等のうち短期貸付金は、乙が交際費などに該当する経費として原告から支出したもののうち、領収証等のない支出について、原告の乙に対する貸付金として計上したものである（乙６）。本件貸付金等のうち未収入金は、上記短期貸付金に係る利息である（乙６）。本件貸付金等のうち長期貸付金は、乙が後記(3)アの経緯でＣ信用金庫（以下「Ｃ信用金庫」という。）から借り入れた４億円の借入残金３億０１２１万８６３０円を返済するために、原告が、後記(3)エのとおり、平成１９年１２月５日に、乙名義の預金口座に振り込んだことにより発生したものであり（乙５、７及び８）、後記(5)ウのとおり、平成２０年３月３１日に、乙に対する退職慰労金の額１億７２２０万円から既に同人に仮払いしていた金員や税金等の合計４４１０万１１００円を差し引いた１億２８０９万８９００円と上記振込額とを相殺した後の金額である（乙５及び６）。
ウ 原告の乙に対する金銭債権の残高の推移について
本件事業年度中の乙に対する短期貸付金の推移は、別表の「短期貸付金残高」欄のとおりである（乙１０）。そして、原告は、本件事業年度中に、乙に対して追加の貸付け又は貸付金の回収を行っていない（乙５）。
なお、本件貸付金等のうち長期貸付金については、本件事業年度に発生し、かつ、本件事業年度において貸倒損失として損金の額に算入しているため、原告が平成２１年１月２３日に処分行政庁に提出した本件事業年度分の法人税の確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）に添付された勘定科目内訳書に記載がない。
(3) 乙のＣ信用金庫からの借入れ及びその返済の経緯について
ア 乙は、平成１３年１２月２１日に、原告からの借入金の一部を返済するために、Ｃ信用金庫から返済期限を平成３３年１２月３１日として４億円を借り入れ（以下、乙がＣ信用金庫から借り入れた４億円を「本件借入金」という。乙１１）、そのうち、３億７０００万円を原告に対して支払った（乙１２）。
イ 当時原告の取締役であった丙及び同じく原告の取締役であった甲は、平成１３年１２月２１日、本件借入金の借入れについて連帯保証をした（乙１１。以下、これによって発生したＣ信用金庫の丙及び甲に対する保証債権のことを「本件各保証債権」という。）。
ウ 平成１３年１２月２１日、乙を債務者、原告及びＢを根抵当権設定者兼連帯保証人、Ｃ信用金庫を根抵当権者とし、極度額４億円、被担保債権の範囲を信用金庫取引による債権及び民法３９８条の２第３項による手形上、小切手上の債権として、原告及びＢが各所有する土地、建物を共同担保とする根抵当権が設定された（乙１３及び１４の１ないし１３）。
エ 原告は、平成１９年１２月５日、乙の銀行口座に３億０１２１万８６３０円を振込送金した（乙７。以下、この振込みを「本件振込み」という。）。
同日、本件借入金の元金残額３億０１１１万０３５５円及び最終利息１０万８２７５円の合計３億０１２１万８６３０円が乙名義の預金口座からＣ信用金庫に送金されて返済され（以下、この返済を「本件返済」という。）、これにより本件借入金は完済された（乙１５）。
(4) 乙が保有する株式の贈与
ア 原告の株式
原告の発行する株式（以下「原告株式」という。）を譲渡により取得するには、取締役会の承認を得なければならないところ（乙１）、原告は、平成１９年５月１３日に開催した取締役会において、乙が保有する原告株式１万７８００株のうち８００株を丙に、１万１０００株を甲に、残る６０００株を乙の長女であり原告の取締役である丁に譲渡することを承認する旨の決議（以下「本件承認決議」という。）を行った（以下、甲、丙及び丁を併せて「甲ら」という。）（乙１８）。
なお、上記取締役会が開催された平成１９年５月１３日当時、原告の取締役は、甲、丁及び甲の妻である戊であり、親族のみで構成され、当該取締役会には、これら親族が出席した（乙１８）。
イ Ｂの株式
Ｂの発行する株式（以下「Ｂ株式」という。）を譲渡するには、取締役会の承認を得なければならないところ（乙４）、Ｂは、平成１９年５月１３日に開催した取締役会において、乙が保有するＢ株式１万２８００株のうち８００株を丙に、６０００株を甲に、残る６０００株を丁に譲渡することを承認する旨の決議を行った（乙１９）。
なお、上記取締役会が開催された同日当時、Ｂの取締役は甲らであり、親族のみで構成され、当該取締役会には、これら親族が出席した（乙１９）。
ウ 乙の贈与
乙は、平成１９年５月１５日、甲との間で乙の保有する原告株式及びＢ株式（以下、乙が保有していた原告株式及びＢ株式のことを「本件各株式」という。）の一部（株式数は上記ア及びイ記載のとおり。）を甲に贈与する旨の贈与契約を締結し、同日、甲に対し、本件各株式の一部を贈与した（乙２０ないし２２）。
また、乙は、同日、丙及び丁に対し、本件各株式の一部（株式数は上記ア及びイ記載のとおり。）を贈与した（乙２３及び２４。以下、本項記載の乙から甲らに対する本件各株式の贈与のことを「本件株式贈与」という。）。原告株式の１株当たりの単価は３５７０円、Ｂ株式の１株当たりの単価は１５６０円であり、乙が甲らに贈与した株式の財産の価額の合計額は８３５１万４０００円であった（乙２２ないし２４）。
(5) 乙に対する退職慰労金の支給
ア 原告は、平成１９年５月１５日に臨時株主総会を開催し、乙に対し１億７２２０万円の退職慰労金を支給する旨の決議を行った（乙２５）。
イ 原告は、上記アの臨時株主総会に先立つ平成１９年５月９日、乙に対し退職慰労金の仮払金として１０００万円を支払っていた（乙３）。
ウ 乙は、平成２０年３月３１日に原告及びＢを退職した（乙３）。
上記ア記載の乙に対する退職慰労金１億７２２０万円は、上記イ記載の仮払金１０００万円、退職慰労金に係る所得税等の税金３３８３万１５００円、及び、乙が原告に支払うべき給与に係る住民税に相当する金額２６万９６００円を差し引き、残額１億２８０９万８９００円は、前記(2)イに記載した本件貸付金等のうちの長期貸付金の一部返済として相殺された（乙３及び５)
(6) 乙の収入
乙の平成１９年の収入は１２９０万８３９６円であり、その内訳は原告からの給与収入が６９０万円、Ｂからの給与収入が３５０万円及び社会保険庁からの年金収入が２５０万８３９６円であった（乙２６）。
乙の平成２０年の収入は４６０万８３９６円であり、その内訳は原告からの給与収入が１２０万円、Ｂからの給与収入が９０万円及び社会保険庁からの年金収入が２５０万８３９６円であった（乙２７）。
(7) 原告と乙との間の訴訟等
ア 原告と乙は、平成２０年４月１５日、原告が乙に対して有する金銭債権について和解契約（以下「原告・乙和解契約」という。）を締結した。
原告・乙和解契約の主な内容は以下のとおりである（乙３０）。
(ア) 原告と乙は、乙の原告に対する昭和４１年より現在までの借入金の合計が８０６３万２０９１円であり、借入金の利息が現在まで１億２４９７万２４１５円であることを確認する。
(イ) 原告と乙は、乙がＣ信用金庫から借り入れていた３億０１２１万８６３０円を平成１９年１２月５日に原告が返済したことを認め、乙が原告に対し同額の求償債務があることを認める。
(ウ) 乙は、原告が乙に支払うべき退職慰労金１億７２２０万円から、平成１９年５月９日に支払った一部仮払金１０００万円並びに平成２０年４月１０日に乙から徴収し北沢税務署及び杉並区役所へ納税した３４１０万１１００円を差し引いた１億２８０９万８９００円と、乙の原告に対する上記(イ)の求償債務とを相殺することを認める。
(エ) 原告と乙は、上記(ア)と(イ)の残金の乙の債務の支払について、平成２０年４月３０日までに協議する。
(オ) 上記(エ)の期限までに支払について合意に至らないときは、乙は原告に対し３億７８７２万４２３６円を一時に支払う。
(カ) 上記(オ)の合意ができないときは、乙に対し上記(オ)の合計金額につき、平成２０年５月１日から支払済みに至るまでの年５分の割合による遅延損害金を付加する。
イ 原告は、原告と乙との間において、平成２０年４月３０日までに乙の原告に対する金銭債務の支払いについて合意に至らなかったことから、同年６月５日、乙を被告として、東京地方裁判所へ提訴した（乙３１及び３２。以下「原告・乙訴訟」という。）。
なお、原告・乙訴訟における原告の請求の趣旨は、３億７８７２万４２３６円及びこれに対する平成２０年５月１日より支払済みに至るまで年５分の割合による金員の支払を求めるものであり、請求原因は、要旨以下の内容であった。
(ア) 乙は、昭和４１年より平成２０年４月１５日までの間に、原告から８０６３万２０９１円の借入れを行った。
(イ) 上記(ア)の利息は、１億２４９７万２４１５円である。
(ウ) 乙は、Ｃ信用金庫から３億０１２１万８６３０円を借り入れていたが、平成１９年１２月５日、原告が乙に代わりこの全額を返済した。
(エ) 原告と乙は、原告が乙に支払うべき退職慰労金１億７２２０万と上記(ウ)の乙の原告に対する債務と対当額で相殺した。
(オ) 原告と乙は、平成２０年４月１５日、上記(ア)、(イ)及び(ウ)の相殺後の残金の確認をし、その支払について平成２０年４月３０日までに協議し、合意に至らないときは３億７８７２万４２３６円を一時に支払うこと、及びこの場合、平成２０年５月１日から支払済みに至るまで、年５分の割合による遅延損害金を付加して支払う旨の和解が成立した。
(カ) しかし、原告と乙との間で平成２０年４月３０日までに返済の合意がなされなかった。
ウ 東京地方裁判所は、被告である乙が口頭弁論期日に出頭せず、また、答弁書や準備書面を提出していないことから請求原因事実を争うことを明らかにしないものとして、これを自白したものとみなし、平成２０年８月●日、原告の請求を認める旨の判決をした（乙３３）。
エ 原告・乙訴訟において原告の訴訟代理人を務めたＥ弁護士は、平成２０年９月１９日付けで、原告に対し、乙に強制執行をしても回収の見込みがない旨の報告を行った（乙３４）。
(8) 原告の本件事業年度における法人税の確定申告の内容について
ア 原告は、本件確定申告書に添付された決算報告書において、前記(2)ア記載の本件貸倒損失３億８６４２万４２３６円を計上し、本件事業年度の当期純利益は２億７０５７万５２５０円としていた（乙２）。
イ 原告は、平成２１年１月２３日、当期純利益２億７０５７万５２５０円を基に法人税法所定の計算を行い（乙２）、所得金額２３０万１５６１円、納付すべき税額４７万０５００円とする本件確定申告書を処分行政庁に提出した（乙２）。なお、本件確定申告における控除税額として３万５６５９円が存在する。
(9) 本件各処分の経緯等
ア 処分行政庁は、平成２３年４月２７日、原告に対し、本件確定申告に関し、所得金額を３億８８７２万５７９７円、納付すべき税額を１億１５９７万７５００円とする本件更正処分を行い、過少申告加算税を１７２９万５０００円とする本件賦課決定処分を行った（本件各処分）。
本件更正処分に記載された更正の理由は、
「貸倒損失として損金の額に算入されない金額
原告は、本件事業年度において、原告の前代表取締役である乙に対する短期貸付金の額８８３３万２０９１円、未収入金の額１億２４９７万２４１５円及び長期貸付金の額１億７３１１万９７３０円の合計額３億８６４２万４２３６円について、回収不能であるから同額を貸倒損失として、損金の額に算入しています。
しかしながら、①長期貸付金の額１億７３１１万９７３０円については、乙の金融機関からの借入金（以下「当初借入金」といいます。）を、物上保証人である原告が代位弁済したものであるところ、資力を有すると認められる当初借入金の連帯保証人に対して求償権を行使することにより長期貸付金に係る担保物の処分がなされていないこと、また、②乙には、平成２０年に原告からの給与収入及び年金収入があることからすると、本件事業年度終了の時において、本件貸付金等の全額が回収できないことが明らかであったとは認められません。
したがって、原告が本件事業年度の損金の額に算入した貸倒損失の金額３億８６４２万４２３６円は、本件事業年度の損金の額に算入されませんので、同額を本件事業年度の所得金額に加算しました。
加算金額３億８６４２万４２３６円」
というものである。
イ 原告は、平成２３年６月２３日、処分行政庁に対し、本件各処分に対する異議申立てをした。処分行政庁は、同年８月２３日、上記異議申立てを棄却した。
ウ 原告は、平成２３年９月１６日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求める審査請求をした。国税不服審判所長は、平成２４年９月１２日、原告の上記審査請求を棄却した。
(10) 本件訴えの提起
原告は、平成２４年１１月３０日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著）。
(11) 乙に対する破産手続の経緯
原告は、平成２５年２月５日、乙の債権者として、東京地方裁判所に対し、乙について破産手続開始の申立てを行った（甲１３）。
東京地方裁判所は、上記申立てについて同年３月●日、乙が支払不能の状態にあることを認め、乙について破産手続を開始する旨の決定をした（甲１８）。
東京地方裁判所は、同年７月８日、上記破産手続について、破産財団をもって手続費用を支弁するのに不足すると認められるとして、破産手続を廃止する旨の決定をした（甲１７）。
３ 本件に関係する法令の規定の概要は、別紙「関係法令の定め」記載のとおりである。
４ 争点
本件の争点は、本件各処分の適法性の有無であり、その実質は本件貸倒損失の有無及び金額であるが、具体的な争点は以下のとおりである。
(1) 本件貸付金等の額
(2)ア本件返済は原告による代位弁済か
イ 原告による本件各保証債権の代位行使の可否
(3) その他の回収可能性の有無
５ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点(1)（本件貸付金等の額）について
（原告）
原告が本件貸倒損失を計上した平成２０年１１月３０日の時点において、原告が乙に対して有していた債権（本件貸付金等）の金額は、短期貸付金が８８３３万２０９１円、未収入金が１億２４９７万２４１５円及び長期貸付金が１億７３１１万９７３０円の合計３億８６４２万４２３６円である。
（被告）
原告の平成１９年１１月期の法人税確定申告書に添付された勘定科目内訳書における、原告の乙に対する短期貸付金の額は８０６３万２０９１円であり、本件事業年度中には原告は乙に対して新たな貸付けを行っていないから、本件貸付金等のうち、短期貸付金の額は８０６３万２０９１円である。同金額と原告が主張する短期貸付金の金額（８８３３万２０９１円）との差額である７７０万円については、本件貸付金等の額として認めることはできない。したがって、本件貸付金等の額は３億７８７２万４２３６円である。
(2) 争点(2)ア（本件返済は原告による代位弁済か）について
（被告）
本件返済は、本件振込みによって原告が乙の口座に入金した金銭が、乙の口座からＣ信用金庫の口座に振り替えられたことにより行われたものであるが、本件返済は原告が自ら決定し、原告所有の不動産の売却資金を原資として行われるなど、その実質においては原告がＣ信用金庫に返済したものである。
そうすると、本件返済は、本件借入金について、実質的には原告が乙のために行ったものであり、原告による代位弁済（以下、被告が主張するこの代位弁済を「本件代位弁済」という。）に当たる。
（原告）
本件返済が原告による代位弁済（本件代位弁済）であるという被告の主張は争う。本件返済は、乙が乙名義の銀行口座から、Ｃ信用金庫に口座振替による送金をすることによってしたものであるから、本件返済は、乙がＣ信用金庫に対して行ったものであり、原告が行ったものではない。
(3) 争点(2)イ（原告による本件各保証債権の代位行使の可否）について（被告）
原告は、本件借入金について連帯保証をしていたのであり、本件代位弁済をするについて正当な利益を有する者（民法５００条）であるから、本件代位弁済によって、Ｃ信用金庫の乙に対する本件借入金に係る貸付債権を当然に代位行使することができる。そうすると、原告は、Ｃ信用金庫の貸付債権に付されていた丙及び甲に対する保証債権（本件各保証債権）を行使することができる。
原告が本件各保証債権を行使した事実は認められないところ、これを行使して本件貸付金等の回収を図ることができるから、本件事業年度において、本件貸付金等の全額が回収不能になっていたとはいえない。
（原告）
本件返済は、原告のＣ信用金庫に対する代位弁済ではないから、原告は、Ｃ信用金庫の丙及び甲に対する本件各保証債権を代位行使することはできないのであって、原告が本件各保証債権を行使して丙及び甲から本件貸付金等を回収することはできない。
(4) 争点(3)（その他の回収可能性の有無）について
（被告）
本件においては、下記の事情が存在することに照らせば、社会通念上、本件貸付金等の全額が本件事業年度において回収不能であったということはできない。
ア 原告は、平成１９年５月１５日時点において、乙に対して１億８８１８万５１８７円の債権を有していたところ、原告の臨時株主総会で同日に支給が決議された乙に対する退職慰労金から所得税等を控除した残額である１億２８３６万８５００円と相殺しても５９８１万６６８７円の債権が残ることになる。このような状況において、乙は、原告及びＢの各取締役会の承認の下、譲渡制限株式である本件各株式（財産の価額は合計８３５１万４０００円。）を甲らに対して贈与（本件株式贈与）した。
このように、原告は、乙の株式贈与を容認していた上、本件株式贈与について詐害行為取消権を行使して取消しを求めることもしておらず、真摯な債権回収の努力をしていなかった。
イ 上記ア記載のとおり、原告の乙に対する本件貸付金等は、平成１９年５月１５日時点において、乙に対する退職慰労金を控除した後でも５９８１万６６８７円が残る状況であったところ、乙は同年２月●日に取締役を退任し原告の使用人となったために収入が減少した上、上記アのとおり、同年５月１５日には本件株式贈与をして財産を減少させたのであるから、原告は、乙に対する債権の回収が困難であることを同日時点において十分に予測できたということができる。
それにもかかわらず、原告は、乙に対し、平成１９年５月１５日以降も同年１１月２６日まで合計３０３６万２４１９円の貸付け（以下「本件追加貸付け」という。）を続け、その約１年後である平成２０年１１月３０日には本件貸倒損失の計上を行っているのであり、極めて不自然である。
ウ 乙の平成２０年の収入は４６０万８３９６円であり、乙が原告を退職した後の収入は公的年金（平成２０年で２５０万８３９６円）のみであると考えられる。しかし、乙は丙と同居し、丙は平成２０年において、原告及びＢから合計８４０万円の収入があったのであるから、夫婦として生活するには十分な収入があったということができる。
このような状況であれば、同族会社である原告においては、家族間で協議するなどして、乙に公的年金収入を原資とした合理的な返済計画を立てて分割返済をさせれば、本件事業年度末日において本件貸付金等を一部でも回収できたということができ、本件貸付金等の全額が回収不能であったとはいえない。
（原告）
被告の主張を争う。以下の事情を考慮すれば、本件事業年度末において、本件貸付金等の全額が回収不能であったと認められるべきである。
ア 本件各株式は譲渡制限株式であるため、本件各株式を取得しようとする者は、原告又は甲らしかいない。そして、甲らは乙から有償で本件各株式を譲り受けることを検討したが、代金を用意することができずに断念した。また、原告が自己株式として有償取得することについても、乙に発生する配当所得に係る税負担及び原告に発生する源泉所得税を手当てする見通しが立たなかったために実現できなかったものである。このような状況において、より少ない資金で、円滑な事業継続を図るために株式を譲渡する方法を検討した結果、甲らに本件各株式を贈与することとなったのであり、本件株式贈与及びこれに対する原告取締役会の承認は、何ら不自然な行為ではない。
イ 原告が、平成１９年５月１５日以降に行った本件追加貸付けについては、原告の業績悪化に伴い、乙に対する役員報酬の支払ができなくなったところ、乙が本件借入金についてＣ信用金庫に対して返済ができないこととなると、原告についても信用不安が生じるため、やむを得ず原告が乙に対して返済のための資金を貸し付けていたものであり、不自然な貸付けではない。
なお、本件追加貸付けのうち、平成１９年１０月２４日に行われた１８８万３０００円の貸付けについては、本件借入金の返済に充てられていないが、会計上の都合で計上されただけで現実に原告から乙に貸し付けられたものではない。同年９月７日、同月２０日の３０万円、４０万円の貸付けについても同様に本件借入金の返済に充てられてはいないが、これらは、いずれも乙が原告のキャッシュカードを利用して原告の当座預金口座から引き出したものを原告の乙に対する貸付けとして処理したものであり、原告が自ら決定して貸し付けたものではない。
ウ 被告は、乙と丙には、平成２０年において、合計で１３００万円もの収入があるから、同族会社である原告においては、家族間で協議して合理的な返済計画を立てて分割返済を行えば、本件貸付金等の一部でも回収することが期待できると主張する。しかし、原告は同族会社ではあるものの、乙は甲に原告の経営権（株式及び代表取締役の地位等。以下、同様の意味で用いる。）を譲渡するまでの間、原告の実権を握り、甲の発言を全く聞かずに何事も自己の判断で決めてしまう状況にあった。乙は、本件株式贈与によって原告の経営権を甲に譲渡した後も、乙及び丙は甲の話を全く聞かず、家族間で本件貸付金等の返済について協議するような状況ではなかった。
また、乙は、平成２０年３月末に原告及びＢを退職し、その後は年金収入（平成２０年は２５０万８３９６円）しかなかったところ、年金収入は差押えの対象とはならない。また、丙は乙とは別人格であり、丙の収入や財産を差し押さえることはできないから、丙に収入があることをもって本件貸付金等が回収可能であるということはできない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（本件貸付金等の額）について
前記前提事実(2)ウ記載のとおり、本件貸付金等のうちの短期貸付金については、平成１９年１１月２６日に貸付けが行われ、同日時点における残額が８０６３万２０９１円となったこと、本件事業年度（平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日）中は新たな短期貸付金の貸付けが行われていないことは当事者間に争いがない。また、原告は、平成１９年１１月２６日の上記貸付けの後、同月３０日までの間に乙に対して短期貸付金の貸付けを行った旨の主張はしていないから、同月２６日の上記貸付けの後、本件事業年度末に至るまで、新たな短期貸付金が貸し付けられたことはなかったものと認められる。そうすると、本件事業年度末における短期貸付金の額は８０６３万２０９１円であったと認められ、これを超える額の短期貸付金が存在したとは認めることができない。
そして、本件事業年度末において、本件貸付金等のうち、未収入金は１億２４９７万２４１５円、長期貸付金は１億７３１１万９７３０円であったことは当事者間に争いがないところ、これらの金額に短期貸付金を含めた合計は３億７８７２万４２３６円であるから、本件事業年度末における本件貸付金等の額は３億７８７２万４２３６円であったと認められ、これを超える本件貸付金等が存在したとは認めることができない。
２ 争点(2)ア（本件代位弁済の成否）について
(1) 被告は、本件返済について、実質的には原告がしたものであり、本件代位弁済が成立すると主張するのに対し、原告は、本件振込みによって原告が乙に長期貸付金を貸し付けたものであり、本件返済それ自体は乙が行ったものであるとして本件代位弁済の成立を否定しているので、これについて検討する。
(2) 前記前提事実、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件借入金の借入れや本件返済等に関する経緯として、以下の事実が認められる。
ア 原告は、平成１３年１２月頃、資金繰りが逼迫していたため、原告の当時の主要取引銀行であったＤ銀行に融資を申し込んだものの、当時の原告の資金状況の下では７年間程度の短期貸付けしか受けることができなかった。そこで、原告がＣ信用金庫に相談したところ、Ｃ信用金庫は、原告に対し、原告が乙に当時有していた貸付金が不良債権とみなされる状態にあったため、原告の債務者区分も「破綻懸念先」となっており、新たな追加融資をすることはできないが、Ｃ信用金庫が原告及びＢが所有する不動産を担保として乙に対して融資を行い、当該金員を乙の原告に対する債務の弁済に充てるなどの条件であれば、乙に対する長期貸付け（最長２０年）をすることができる旨告げた。
上記提案を受け、乙は、同月２１日、Ｃ信用金庫から４億円の本件借入金の融資を受けた。丙、甲、原告及びＢは、本件借入金の借入れについて連帯保証をした。また、原告及びＢは、その所有する各不動産上に、前提事実(3)ウ記載のとおり、本件借入金に係るＣ信用金庫の乙に対する貸付債権を担保するための根抵当権（物上保証）を設定した（甲１５）。
イ Ｂは、平成１７年９月、Ｃ信用金庫の同意を得た上で、上記ア及び前提事実(3)ウ記載の根抵当権（ただし、Ｂが所有する不動産について設定されていたものに限る。）を解除した（甲１５）。
ウ 乙は、本件借入金に係るＣ信用金庫の乙に対する貸付債権を担保するために原告が根抵当権を設定している（上記ア）原告所有不動産の資産価値が本件借入金の金額を上回っていたにもかかわらず、Ｃ信用金庫から新たな融資を受けることができなかった。このため、原告は、平成１９年１２月頃、Ｃ信用金庫との取引を清算しようと考えた。そこで、原告は所有していた不動産を売却し、同月５日、当該売却代金のうち、本件借入金の残額であった３億０１２１万８６３０円（本件借入金の残元金及び最終利息の合計額）を乙の銀行口座に振り込み、乙は同金員を原資として同額をＣ信用金庫に送金した。これによって、本件借入金は完済された（甲１５、乙７、１５及び１７）。
エ Ｃ信用金庫は、本件返済を受けて、原告所有不動産に対する根抵当権設定登記の解除による抹消に応じたほか、本件借入金に係る金銭消費貸借契約書等の証書を乙に返却した。また、Ｃ信用金庫は、代位弁済が行われた場合、代位弁済をした者に対して代位弁済証を交付することを通常の取り扱いとしているが、本件返済においては、Ｃ信用金庫が代位弁済証を交付することはなかった（乙３）。
オ 原告・乙和解契約においては、原告及び乙が、原告が本件借入金を返済したこと及び乙が原告に対する同返済に係る求償債務を負うことを認める旨の条項が存在する。また、原告は、原告・乙訴訟の訴状の請求原因において、原告が乙に代わって本件借入金を返済した旨主張していた（乙３０、３１。前記前提事実(7)参照。）。
(3) 以上の事実関係を前提として検討すると、本件返済は、代位弁済が成立するために必要となる要件である、原告による債権者（Ｃ信用金庫）に対する返済という事実を欠いている上、本件返済の相手方であるＣ信用金庫も代位弁済であるとは認識していなかったことがうかがわれるところであるから、本件代位弁済の成立を認めることはできない。
被告が指摘する点について検討すると、確かに、本件返済については、主に原告の事業上の都合から原告が決定し、原告の主導の下に行われたことがうかがわれるところであるし、その原資も原告が所有する不動産を売却して得た資金が充てられているから、原告が本件返済において中心的な存在であったことは否定し難い。しかし、資金提供者が債務者に貸付けを行い、この貸付金を原資として債務者が債権者に弁済することは一般的に行われているところ、このような場合においても、弁済原資を用意しているのは資金提供者であり、当該貸付けを行うか否かについても資金提供者が決定するのであるから、代位弁済を行う場合においても、弁済原資を貸し付ける場合においても、代位弁済を行う者又は資金提供者が重要な存在となることは変わらないというべきであり、本件返済における原告の役割は、本件代位弁済の成立を直ちに肯定すべき事情とはいえない。また、原告・乙和解契約及び原告・乙訴訟の請求原因を見ると（上記(2)オ）、原告及び乙は、本件返済は原告によるＣ信用金庫に対する代位弁済であると考えていたことがうかがわれるが、原告と乙の間においては、貸付債権又は代位弁済による求償債権のいずれが成立するかはさして重要な問題ではなく、これについて慎重に検討せずに代位弁済として扱ったとしても不自然とはいえないから、かかる事情は本件代位弁済の成立を直ちに肯定すべきものとはいえない。さらに、弁済原資の貸付又は代位弁済のいずれであるかは、返済を受けた債権者との関係では、代位弁済であったとすれば代位行使の対象となる保証債権又は担保権等を保存しておく義務の有無を左右するなどの影響があるし、当該債務について保証又は物上保証した者との関係においても、求償権を行使され、或いは保証債権又は担保権を代位行使される可能性の有無を左右するなどの影響があるのであるから、弁済原資の貸付又は代位弁済のいずれであるかは、これら影響を受ける者からも認識できる事情によって客観的に決定される必要があるところ、本件においては、返済を受けたＣ信用金庫並びに本件借入金に係る債務を保証した丙及び甲においても、本件代位弁済が成立すると認識していたことを認めるべき事情はないから、本件代位弁済の成立を認めるべき特別の事情があるということもできない。
(4) 以上によれば、本件返済が原告による代位弁済であるとは認めることができない。したがって、本件代位弁済の存在を前提とする被告の主張はいずれも理由がなく、原告は、本件借入金に係るＣ信用金庫の乙に対する貸付債権を代位行使することはできないから、これに基づいて丙及び甲に対する保証債権を行使することもできない。
よって、原告が本件各保証債権を行使し得ることを理由として、本件事業年度末において、本件貸付金等の回収可能性が存在したということはできない。
３ 争点(3)（その他の回収可能性の有無）について
(1) 法人の各事業年度の所得の金額の計算において、金銭債権の貸倒損失を法人税法２２条３項３号にいう「当該事業年度の損失の額」として当該事業年度の損金の額に算入するためには、当該金銭債権の全額が回収不能であることを要すると解される。そして、その全額が回収不能であることは客観的に明らかでなければならないが、そのことは、債務者の資産状況、支払能力等の債務者側の事情のみならず、債権回収に必要な労力、債権額と取立費用との比較衡量、債権回収を強行することによって生ずる他の債権者とのあつれきなどによる経営的損失等といった債権者側の事情、経済的環境等も踏まえ、社会通念に従って総合的に判断されるべきものである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月２４日第二小法廷判決・民集５８巻９号１６３７頁参照）。
(2) 前記前提事実、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、乙の資産状況、本件株式贈与、本件貸付金等の回収等に関する事情として、以下の事実が認められる。
ア 本件事業年度末における乙の資産状況
本件事業年度末（平成２０年１１月３０日）における乙の資産の状況としては、乙は生活費程度の現金を所持しているものの、他にまとまった資産を保有しておらず、本件貸付金等の弁済に供せる程の資産は存在しなかった（乙３４）。
イ 乙及び丙の収入等
乙の平成１９年の収入は１２９０万８３９６円であり、その内訳は、原告からの給与収入が６９０万円、Ｂからの給与収入が３５０万円、公的年金収入が２５０万８３９６円であった。乙の平成２０年の収入は４６０万８３９６円であり、その内訳は、原告（平成２０年３月３１日退職）からの給与収入が１２０万円、Ｂ（同日退職）からの給与収入が９０万円、公的年金収入が２５０万８３９６円であった。
丙の平成１９年の収入は１３９５万円であり、その内訳は、原告からの給与収入が６９０万円、Ｂからの給与収入が７０５万円であった（乙２８）。丙の平成２０年の収入は８５９万００９８円であり、その内訳は、原告からの給与収入が１２０万円、Ｂからの給与収入が７２０万円、公的年金収入が１９万００９８円であった（乙２９）。
乙と丙は、本件事業年度末において、同居して生活していた。
ウ 本件株式贈与についての経緯
(ア) 原告及びＢにおいては、平成１８年１０月頃以降、乙から甲らに対して本件各株式を譲渡するほか、原告の代表取締役を乙及び甲から甲のみにすることなどの経営権の譲渡を円滑に行うことが課題となっていた（甲１９、２０）。
(イ) 甲らは、まず、本件各株式を乙から甲らが有償で取得することを検討したが、本件各株式の評価額が合計８３５１万４０００円であることが判明し、甲らはかかる金額を用意することが不可能であったため、甲らが乙から本件各株式を有償で取得することは見送られた。
次に、甲らは、本件各株式を、原告が乙から有償で取得することを検討したが、この場合、乙が原告から受け取る対価は譲渡所得ではなく配当所得とみなされることとなり、乙に合計１７６６万８２００円の税負担が、原告に１３６４万１３６４万２８００円の源泉税の負担が見込まれるところ、原告において、これを捻出できる可能性がなかったため、断念された。
そこで、甲らは、本件各株式の贈与を受けることを検討した結果、甲らが合計９３９万円の贈与税を支払う必要が生じるものの、甲らはこの金額であれば捻出可能であったため、甲らが乙から本件各株式の贈与を受ける方法により原告及びＢの経営権の譲渡を受けることとなった（甲１９、２０）。
エ 原告における乙の勤務状況等
(ア) 甲は、本件株式贈与が行われた頃には、乙が原告において絶対的な支配権を有し、原告の資産を欲しいままに消費してきたため、早期に原告における乙の影響力を排除する必要があると考えていた。しかし、他方で、原告及びＢの大口取引先等の対外関係については、乙から引継ぎを受ける必要が存在したため、乙が平成１９年２月●日に原告の取締役を退任した後も、約１年間は原告及びＢの使用人となることとなった（甲２２の３）。
(イ) 乙は、平成１９年２月●日に原告の取締役を退任した後も、引き続き原告の絶対的な支配権を有するかのように振る舞い、甲の話を聞くことなどはしなかった。甲は、同年３月１日以降、乙に対し、口頭で本件貸付金等の返済を求めたこともあったが、乙はこれに取り合おうとしなかった（甲２２の３）。
(3)ア被告は、乙は平成２０年３月３１日に原告を退職するまでは、平成２０年において原告及びＢから合計２１０万円の給与収入があり、原告を退職した後も平成２０年において２５０万８３９６円の公的年金による収入があったのであるし、乙の配偶者である丙は平成２０年において原告及びＢから８００万円以上の給与収入を得ていたほか公的年金による収入もあったから、同族会社である原告においては、家族間で協議するなどして合理的な返済計画を立てさせれば乙の公的年金を原資として継続的に本件貸付金等を回収することは可能であり、本件事業年度末において本件貸付金等の全額が回収不能であったとはいえないと主張する。
イ しかし、前記認定事実エ(ア)記載のとおり、原告及びＢにおいては、平成１９年２月●日まで中心的に経営に当たっていた乙から原告の取引先との対外関係等について甲らが引継ぎを受ける必要が存在したと認められるところ、乙の原告又はＢに対する給与債権等の差押えを行えば、乙からかかる協力を得ることが困難となることが予想されるから、原告が乙の給与債権等に対する差押えを行うことは、事業運営の観点から事実上困難といわざるを得ない。また、前記認定事実エ(イ)記載のとおり、甲は、乙に対し、口頭で本件貸付金等の返済を求めたものの、乙がこれに取り合わなかったことが認められるし、対外関係の引継ぎを円滑に受けるためには、乙に対して本件貸付金等の返済を強く求めることにも限界があると考えられるところである。そうすると、かかる事情の下においては、原告が乙の原告及びＢに対する給与債権について強制執行をしなかったこと、及び、乙に対して口頭で本件貸付金等の返済を求める以上に強固な返済要求をしなかったことをもって、原告が乙に対する本件貸付金等の回収をあえて放棄したと評価できるものではない。
ウ また、乙が平成２０年３月３１日に原告及びＢを退職した後について、乙は公的年金の支給を受けているけれども、公的年金は差し押さえることができず（国民年金法２４条、厚生年金保険法４１条１項）、公的年金からの回収は乙の任意の協力を得て行う以外に方法がない。そうすると、公的年金については、債務者において、任意に弁済を行わない場合には差押えを受けるという心理的圧力が微弱であるということができるし、前記認定事実エ(イ)記載のとおり、甲は乙に対して本件貸付金等の返済を求めたものの、乙はこれに取り合わなかったことを考慮すると、原告において、乙の公的年金を原資として本件貸付金等の回収をすることは事実上困難というほかない。加えて、乙の年金収入は１か月当たり約２１万であることがうかがわれる（乙３４）ところ、かかる金額は本件貸付金等の金額（３億７８７２万４２３６円。前記１の判断のとおり。）との比較において甚だ僅少といわざるを得ない（仮に、上記公的年金の全額を本件貸付金等の返済に充てたとしても、全額の返済には１５０年以上かかることとなる。）から、仮に乙の年金収入を原資とした本件貸付金等の一部の回収が実現できたとしても、返済としての実効性は極めて弱いといわざるを得ない。
以上の事情を考慮すると、乙に公的年金による収入が存在することをもって、本件貸付金等の回収可能性が存在するということはできないし、原告が家族間の協議等によって、公的年金を原資として乙から本件貸付金等を継続的に回収することなどしていないとしても、これをもって原告が債権回収の努力をあえて放棄しているということもできない。そして、丙は乙の配偶者ではあっても乙とは別人格を有しているから、丙に原告及びＢからの給与収入が存在することをもって、上記結論が左右されるものではない。
(4)ア被告は、本件株式贈与並びにこれに対する原告及びＢの取締役会がした各承認について、本件各株式は乙の主要な財産であったから、本件各株式を対価を得ずに贈与したのは不自然であり、これを承認したのも本件貸付金等を回収する機会を放棄したものであると主張する。
イ そこで検討すると、前記認定事実ウ記載のとおり、平成１８年１０月頃以降、原告及びＢにおいては、乙から甲らに対して経営権を譲渡することが課題となっていたことが認められる。そして、原告及びＢの株式は会社法２条１７号が規定する譲渡制限株式であること、原告は法人税法２条１項１０号が規定する同族会社に当たることは争いがなく、原告は主に親族によって経営される非公開会社であるということができるところ、このような性質を有する原告においては、乙から甲らに対する原告の経営権の円滑な譲渡を意図することは社会的にも相応の合理性を有するということができる。
そして、甲らは、甲らが本件各株式を乙から有償で取得することを検討したものの、甲らは本件各株式の合計評価額である８３５１万４０００円を捻出することはできなかったため、これを断念し、贈与税は発生するもののより少ない負担で本件各株式を譲渡できる方法として、本件株式贈与を選択したと認められる（前記認定事実ウ）ところ、かかる選択は格別不自然とはいい難いから、本件株式贈与及び本件承認決議をもって、原告があえて本件貸付金等の回収を放棄したとはいうことができない。
ウ(ア) 被告は、原告が、本件貸付金等を回収するため、原告が本件各株式を有償で取得し、当該代金をもって本件貸付金等の返済に充てるべきであったのに、原告はこれを怠った上、本件承認決議をすることによって本件株式贈与による乙の財産の移転を可能とし、本件貸付金等の回収を行う機会を放棄したなどと主張する。
しかし、原告が本件各株式の有償譲渡を受けた場合には、原告及び乙に合計３１３１万１０００円の税負担が発生するところ、特に原告においてかかる税負担を行う金銭的余力はなかったと認められ（前記認定事実ウ(イ)）、原告が本件各株式を有償取得することは困難であったといわざるを得ないし、原告が本件各株式を取得すると、乙から甲らに対する原告及びＢの経営権の譲渡という目的を達することはできないから、原告が本件各株式を有償取得しなかったことをもって、原告が本件貸付金等の回収の機会をあえて放棄したと評価できるものではない。
もっとも、本件各株式は乙の主要な資産であったことがうかがわれるから、原告としては、本件承認決議をせずに上記原告株式を乙の資産にとどめておき、これに対する強制執行をするなどして本件貸付金等の回収を図ることも想定されないではない。しかし、本件各株式のような譲渡制限株式については、第三者がこれを取得しようとすることは通常では考えにくく換価性が乏しいため、上記強制執行の実効性は疑わしいといわざるを得ない。また、原告については、乙から甲らに対し、円滑な経営権の譲渡を行う必要性があったと認められることは上記のとおりであるところ、原告のような同族会社においてかかる経営権の円滑な譲渡を行う必要性が存在し得ることは社会通念上あながち否定すべきものでもないから、本件株式贈与を行うことは、本件貸付金等の回収の観点からは必ずしも有用でないとしても、上記の経営権の譲渡を実現させるという観点からはやむを得ないところがあり、原告が本件承認決議を行ったことが、本件貸付金等の回収の機会をあえて放棄した不自然なものであるとか、社会的に許容されないと断ずべきものではない。
(イ) 被告は、甲らが本件各株式の全てを有償取得するための資金を用意することはできなかったとしても、贈与税の支払に充てる資金があったのであるから、それによって本件各株式の一部でも有償で取得するべきであったと主張する。
しかし、本件株式贈与の前後においては、原告及びＢの経営権の円滑な譲渡が課題となっていたと認められるところ、このような状況において、甲らが、本件各株式の全体を有償取得することができない場合に、本件貸付金等の回収のために、本件各株式の一部のみを有償で取得しなかったからといって、直ちに非難されるべきものとはいえず、原告が本件貸付金等の回収の機会をあえて放棄したとまでいうべきものではない。
(ウ) 被告は、このほかにも、本件株式贈与について、原告は本件株式贈与を受けた甲らに対する詐害行為取消権を行使して、本件株式贈与を取り消すことができたのに、これを行使していないから、本件事業年度末において、本件貸付金等の全額が回収不能とはいえないなどとも主張する。しかし、被告は、本件株式贈与について、原告が詐害行為取消権を行使する要件が満たされていることなどについて具体的に主張を行っていないから、原告が本件株式贈与を詐害行為として取り消し得るとは認めることができず、本件貸付金等が回収不能であったと認めることを妨げる主張とはいえない。
(5) 被告は、原告が、乙に対し、本件株式贈与が行われた平成１９年５月１５日以降も同年１１月２６日までの間に合計３０３６万２４１９円の貸付け（本件追加貸付け）を続け、その約１年後である平成２０年１１月３０日には本件貸倒損失の計上を行っているのであって極めて不自然であり、社会通念上、同日時点において、本件貸付金等が回収不能となっていたとはいえないなどと主張する。
ア 本件追加貸付けのうち、平成１９年９月７日付けの３０万円、同月２０日付けの４０万円、同年１０月２４日付けの１８８万３０００円を除く貸付けについては、乙のＣ信用金庫に対する本件借入金の返済資金として貸し付けたものであると認められる（甲２０）ところ、仮に乙のＣ信用金庫に対する本件借入金の返済が滞れば、乙が本件借入金についての期限の利益を喪失し、本件借入金について連帯保証している原告も一括での返済を求められる可能性があったといえるから、原告としても、乙が本件借入金を約定に従って返済している状態が維持される必要性があったということができる。
そうすると、本件追加貸付けのうち、上記部分を除いた部分（本件借入金の返済原資として貸し付けた部分。）については、原告が乙に貸付けを行ったことが不自然ということはできない。
イ 本件追加貸付けのうち、平成１９年９月７日付けの３０万円及び同月２０日付けの４０万円については、乙がキャッシュカードを所持していた原告の当座預金口座から、乙が原告の承認を得ずに引き出した現金について、原告の乙への貸付金として扱ったことがうかがわれ（甲２０)、原告が任意に乙に貸付けをしたものとは認められない。そうすると、上記貸付けについて、原告が回収の可能性がないことを認識しながらあえてこれを行ったと評価することはできない。
ウ 本件追加貸付けのうち、平成１９年１０月２４日付けの１８８万３０００円については、帳簿上は同日貸付けが行われたこととされているものの、これは会計上の必要から、帳簿上の処理としてされているだけであり、実際には当該部分に相当する貸付けは遅くとも平成１８年１１月３０日には行われていたことがうかがわれる（甲２０）から、当該貸付けの存在をもって原告が乙に回収の見込みがない貸付けを行ったということはできない。
エ 以上によれば、本件追加貸付けについては、原告がこれを行ったことに相当な理由があるか、又は原告が回収可能性がないことを認識しながらあえてこれを行ったと評価することはできないから、本件追加貸付けの存在によって、本件貸付金等が回収不能であったと判断することが妨げられるものではない。
(6) 以上のとおりであるところ、前記認定事実(2)アのとおり、乙は、本件事業年度末である平成２０年１１月３０日時点において、本件貸付金等の返済に供せる程の資産を有していなかったことが認められるから、同日時点において、本件貸付金等の全額が回収不能となっていたことが認められる。
４ まとめ
以上によれば、原告は、本件事業年度において、本件貸付金等を損金計上することができる。もっとも、前記１のとおり、本件事業年度末における本件貸付金等の金額は３億７８７２万４２３６円であると認められるから、これを超える額を損金計上することはできない。そうすると、本件更正処分は所得金額１０００万１５６１円、納付すべき税額２３２万４６００円（法人税法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。）６６条１項、２項、国税通則法１１８条１項、１１９条１項）を超えない範囲では適法であるが、これを超える部分については違法であるから取り消されるべきである。また、本件更正処分に伴う過少申告加算税に関する本件賦課決定処分は、１８万５０００円（国税通則法６５条１項、１１８条３項）を超えない範囲では適法であるが、これを超える部分については違法であるから取り消されるべきである。そうすると、本件各処分の取消しを求める原告の請求は上記限度において理由があるから認容すべきであるが、その余については理由がないから棄却すべきである。
なお、訴訟費用については、原告の敗訴部分が請求全体との比較において僅少であるため、民事訴訟法６１条、６４条を適用して、全額を被告の負担とする。
よって、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官川神裕
裁判官佐野義孝
裁判官瀬戸信吉
（別紙）
関係法令の定め
１ 所得の金額の計算に関する法人税法の規定
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とし、このうち、損金の額に算入すべき金額は、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価等の原価の額、②当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用の額、③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものとされ、これらの金額は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算すべきものとされる（法人税法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下同じ。）２２条１項、３項及び４項）。
２ 税額の計算に関する法人税法等の規定
(1) 内国法人である普通法人等に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、各事業年度の所得の金額に３０％の税率を乗じて計算した金額とされるが、普通法人のうち各事業年度終了の時において資本金の額若しくは出資金の額が一億円以下であるものの各事業年度の所得の金額のうち年８００万円以下の金額については、同項の規定にかかわらず、２２％の税率によるものとされる（法人税法６６条１項、２項）。
(2) 国税（印紙税及び附帯税を除く。）の課税標準（その税率の適用上課税標準から控除する金額があるときは、これを控除した金額。）を計算する場合において、その額に千円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てる（国税通則法１１８条１項）ものとされる。国税（自動車重量税、印紙税及び附帯税を除く。）の確定金額に百円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てるものとされる（同法１１９条１項）。
３ 過少申告加算税の計算に関する国税通則法の規定
(1) 期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額に１０％を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課するものとされる（国税通則法６５条１項）。
(2) 過少申告加算税を含む附帯税の額を計算する場合において、その計算の基礎となる税額に一万円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てるものとされる(同法２条４号、１１８条３項)。
別表平成19年11月期の短期貸付金の推移
（単位：円）
年月日
借方
（貸付額）
貸方
（返済額）
短期貸付金残高
平成18年11月期末残額
50,269,672
平成18年12月29日
1,000,000
－
51,269,672
平成19年 1月 4日
1,700,000
－
52,969,672
平成19年 1月 5日
50,000
－
53,019,672
平成19年 1月31日
1,700,000
－
54,719,672
平成19年 2月28日
1,750,000
－
56,469,672
平成19年 3月12日
243,100
－
56,712,772
平成19年 3月26日
500,000
－
57,212,772
平成19年 3月27日
1,800,000
－
59,012,772
平成19年 4月 2日
2,000,000
－
61,012,772
平成19年 5月 1日
2,200,000
－
63,212,772
平成19年 5月31日
2,000,000
－
65,212,772
平成19年 6月29日
2,170,174
－
67,382,946
平成19年 7月23日
2,133,229
－
69,516,175
平成19年 8月31日
2,133,229
－
71,649,404
平成19年 9月 7日
300,000
－
71,949,404
平成19年 9月20日
400,000
－
72,349,404
平成19年 9月27日
2,133,229
－
74,482,633
平成19年10月24日
1,883,000
－
76,365,633
平成19年10月29日
2,133,229
－
78,498,862
平成19年11月26日
2,133,229
－
80,632,091
平成●●年（○○）第●●号更正及び加算税賦課決定取消請求事件
更正決定
原告
Ａ株式会社
被告
国
上記事件について、当裁判所が平成２５年１０月３日に言い渡した判決に明白な誤りがあるから、当裁判所は、職権により、次のとおり決定する。
主文
１ 上記判決の主文第１項中「過少申告加算税賦課決定処分のうち１８万５０００円を超える部分」とあるのを「過少申告加算税賦課決定処分のうち２５万２０００円を超える部分」と更正する。
２ 上記判決３０頁１５行目から１７行目にかけて「本件賦課決定処分は、１８万５０００円（国税通則法６５条１項、１１８条３項）を超えない範囲では適法である」とあるのを「本件賦課決定処分は、２５万２０００円（国税通則法６５条１項、２項、１１８条３項）を超えない範囲では適法である」と更正する。
平成２５年１０月７日
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 川神裕
裁判官 佐野義孝
裁判官 瀬戸信吉
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2013/pdf/12301.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。