税務訴訟資料第２６４号－１６（順号１２３９７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（目黒税務署長）
平成２６年１月２７日棄却・確定
判決
原告
Ａ合資会社
同代表者代表社員
甲
同訴訟代理人弁護士
眞鍋淳也
松永貴之
大沼洋一
山口知子
植田統
中村春樹
同補佐人税理士
宮塚昌子
水野昭三
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
目黒税務署長
平川良治
被告指定代理人
澁谷美保
木村快
藤井志乃
松丸憲司
殖栗健一
佐々木大介
小西雄貴
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
目黒税務署長が平成２３年１月２８日付けでした原告の平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）のうち所得の金額７６０万８４９５円及び納付すべき税額１６７万３０００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、原告が、その所有に係る別紙１「物件目録」記載１ないし４の各土地（いずれも分筆後のもの。以下「本件土地１」のようにいい、総称するときは、「本件各土地」という。）のうち、本件土地１ないし３について、都市計画法５９条２項による都市計画事業の認可を受けて東京都が施行するＢ都市計画道路事業（以下「本件事業」という。）の事業の用に供するため東京都に買い取られてその対価（以下総称して「本件売買代金」という。）を取得し、また、本件土地３と元は１筆の土地を成していた本件土地４について、本件土地３に係る上記の買取りに伴う残地に対する補償金（以下「本件残地補償金」という。）を取得して、これらを原告の平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２１年１２月期」という。）の収益の額に含まれるものとし同事業年度の益金の額に算入して平成２１年１２月期の法人税の確定申告（以下「平成２１年度確定申告」という。）をしたところ、目黒税務署長が、本件売買代金及び本件残地補償金に係る収益の額は本件事業年度の益金の額に算入すべきであるとして本件更正処分等をしたため、本件更正処分のうち本件事業年度の法人税の確定申告（以下「本件確定申告」という。）に係る所得の金額及び納付すべき法人税の額を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
関係法令等の定めについては、別紙２「関係法令等の定め」に記載のとおりである（なお、同別紙で定めた略称は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実、括弧内掲記の証拠又は弁論の全趣旨により容易に認定できる事実及び当裁判所に顕著な事実）
(1) 原告
原告は、不動産の賃貸、金銭の貸付け等を目的とする合資会社であり、本件各土地を所有し又は所有していた者である。
(2) 本件各土地をめぐる状況等
ア 本件各土地に係る原告と東京都との間の売買契約の締結等
(ア) 東京都は、平成１７年１０月２７日、本件事業につき、都市計画法８５条の２及び都市計画法施行令５９条の３第１項の規定により国土交通大臣から権限の委任を受けた関東地方整備局長の認可を受けた（乙６の１・２）。
(イ)ａ原告は、平成２０年１１月１３日、東京都の間で、①原告が東京都に対して本件土地１ないし３を本件事業の事業用地として売り渡す旨（１条）、②売買代金は、本件土地１について１２７５万７２３４円、本件土地２について６８２万７２２３円、本件土地３について１１５３万９０２０円とする旨（１条）、③本件土地１ないし３の所有権は、売買契約締結と同時に原告から東京都に移転するものとする旨（３条）、④東京都は、本件土地１ないし３の所有権の移転の登記の嘱託を売買契約締結後速やかに行い、原告は、同契約締結後直ちに同登記に必要な書類を東京都に提出する旨（４条）、⑤東京都は、原告に対し、本件売買代金を本件土地１ないし３の所有権の移転の登記がされた後、原告の請求のあった日から３０日以内に支払う旨（２条）、⑥本件土地１ないし３上にある建物等の所有者が東京都と別途締結する物件移転補償契約に基づいて物件移転を完了したときに、原告から東京都に対し本件土地１ないし３の引渡しがあったものとする旨（５条）等を内容とする売買契約（以下「本件各売買契約」といい、本件各売買契約に係る契約書（甲４ないし６）を「本件各売買契約書」という。）を締結した。
ｂ 原告は、平成２０年１１月１３日、東京都との間で、東京都が、本件各売買契約により本件土地３を買い取ることによって本件土地４に損失が生ずるとして、本件残地補償金２０万４９３５円を、原告と別途に締結する売買契約に基づく所有権の移転の登記が完了した後、原告の請求があった日から３０日以内に支払う旨（３条）等を内容とする残地に関する補償契約（以下「本件残地補償契約」といい、本件残地補償契約に係る契約書を「本件残地補償契約書」という。乙４の別紙７参照。）を締結した。
イ 本件各売買契約が締結される直前の本件各土地の権利関係等
本件各土地は、いずれも原告が所有し又は所有していたものであるところ、本件各売買契約が締結される直前の本件各土地に係る権利関係等は、次のようなものであった。
(ア) 本件土地１については、原告と乙（以下「乙」という。）との間で、乙が本件土地１を賃借する旨等を内容とする契約が締結されており、本件土地１上には乙が所有する建物が存在していた。なお、本件土地１に隣接し、乙が原告から賃借していた土地については、原告は、平成２０年１２月１２日付けで、乙との間で、乙が上記土地について有していた借地権を原告に譲渡すること等を内容とする契約を締結した。
(イ) 本件土地２は、本件土地１に隣接する私道として利用されていた土地であり、借地権等は設定されていなかった。
(ウ) 本件土地３及び４は、隣接する一団の土地であるところ、原告と丙（以下「丙」といい、乙と総称するときは「本件各借地人」という。）との間で、丙が本件土地３及び４を賃借する旨等を内容とする契約が締結されており、本件土地３上には丙が所有する建物が存在し、同建物には３名の借家人（以下総称して「本件各借家人」という。）が居住していた。なお、本件土地４については、原告は、平成２０年１２月１０日付けで、丙との間で、丙が本件土地４について有していた借地権を原告に譲渡すること等を内容とする契約を締結した。
ウ 本件各売買契約が締結された後の経過等
(ア) 原告は、平成２０年１１月１３日、東京都に対し、本件土地１ないし３に係る所有権の移転の登記の各申請に必要な書類（登記原因証明情報、登記承諾書及び印鑑証明書。乙４の別紙１ないし３）を交付した。なお、上記の各登記承諾書には、「この土地には、所有権以外の権利の登記は、ありません。」と記載されていた。また、原告は、同日、東京都に対し、日付を空欄にした本件売買代金及び本件残地補償金の支払を求める旨が記載された各請求書（乙４の別紙４ないし６及び８）に押印をした上で提出した（乙４、２８）。
(イ) 東京都は、平成２０年１２月１７日に本件土地３に係る本件土地４との分筆及び所有権の移転の登記を、同月２６日に本件土地１及び２に係る所有権の移転の登記をそれぞれ嘱託し、いずれも同年１１月●日売買を原因としてその登記を受けた（乙７ないし９）。
(ウ) 東京都は、原告が提出した前記(ア)の各請求書に日付を記入した上、原告に対し、平成２１年１月８日に本件残地補償金を、同月１６日に本件土地１及び２の売買に係る売買代金を、同年２月９日に本件土地３の売買に係る売買代金をそれぞれ支払った（乙１０）。
エ 東京都と本件各借地人との間の借地権の消滅等に関する契約の締結とその履行状況等
(ア) 東京都は、平成２０年１１月１３日、本件各借地人との間で、①本件各売買契約により本件土地１及び３の所有権が東京都に移転したときに本件各借地人の借地権が消滅する旨、②上記①により借地権が消滅し、かつ、東京都が別途本件各借地人と締結する物件移転補償契約に基づいて物件移転が完了したときに、本件土地１及び３に係る明渡しがあったものとする旨等を内容とする本件土地１及び３に係る借地権消滅補償契約をそれぞれ締結する（乙４の別紙９及び１０参照）とともに、本件各借地人は平成２１年３月３１日までに本件土地１及び３上にある建物、工作物等を移転し、移転を完了したときは、その旨を東京都に届け出て確認を受けなければならない旨等を内容とする物件移転補償契約（以下総称して「本件各物件移転補償契約」といい、本件各物件移転補償契約に係る契約書を「本件各物件移転補償契約書」という。乙４の別紙１１及び１２参照）をそれぞれ締結した。なお、本件各物件移転補償契約書に記載はないものの、本件各物件移転補償契約の対象である建物の所有者が「移転期限延長願」を東京都に提出し、当該建物の所有者と東京都の間で移転期限延長契約が締結された場合には、上記の物件移転補償契約に定められた移転期限の延長が認められるものとされていた。（乙４）
(イ)ａ本件土地１上にある建物の所有者である乙は、平成２０年１２月１９日、東京都に対し、「移転期限延長願」（乙４の別紙１３）を提出し、平成２１年３月３０日、東京都との間で、本件土地１上にある物件を移転させる期限を平成２２年３月３１日に延長する旨の契約（乙４の別紙１４参照）を締結した。
本件土地１上にある建物は、平成２１年７月７日に取り壊され、乙は、平成２２年３月３１日、東京都に対し、本件土地１上にある物件の移転が完了した旨の届出（乙４の別紙１５参照）をし、同日、東京都による確認を受けた。（甲１１、乙２、４、１１）
ｂ 本件土地３上にある建物の所有者である丙は、平成２１年３月１２日、東京都に対し、「移転期限延長願」（乙４の別紙１６参照）を提出し、同月１６日、東京都との間で、本件土地３上にある物件を移転させる期限を同年６月３０日に延長する旨の契約（乙４の別紙１７参照）を締結した。
本件土地３上にある建物は、同月２０日に取り壊され、丙は、同月２３日、東京都に対し、本件土地３上にある物件の移転が完了した旨の届出（乙４の別紙１８参照）をし、同月２４日東京都による確認を受けた。（甲１２、１３、乙３の１・２、４）
オ 東京都と本件各借家人との間の立ち退きに関する契約の締結とその履行状況等
(ア) 東京都は、平成２０年１１月１２日、本件各借家人との間で、①本件各借家人は、本件土地３上にある建物から立ち退くものとする旨、②東京都は、本件各借家人に対して動産移転料、借家人補償及び移転雑費を補償金として支払う旨、③本件各借家人は、平成２１年３月３１日までに立ち退きを完了しなければならず、立ち退きが完了したときは、その旨を東京都に届け出て、確認を受けなければならない旨等を内容とする立ち退き補償契約（乙４の別紙１９ないし２１参照）をそれぞれ締結した。なお、上記の立ち退き補償契約に係る契約書に記載はないものの、同契約を締結した借家人が「立ちのき期限延長願」を東京都に提出し、当該借家人と東京都の間で立ち退き期限延長契約が締結された場合には、上記の立ち退き補償契約に定められた立ち退き期限の延長が認められるものとされていた。（乙４）
(イ) 本件各借家人は、平成２１年２月１１日、同年４月１日及び同年４月６日にそれぞれ本件土地３上にある建物から立ち退きを完了し、それぞれ東京都に立ち退きが完了した旨の届出（乙４の別紙２２ないし２８参照）をし、同月１０日までに東京都による確認を受けた（乙４）。
(3) 原告が所有していた本件各土地以外の土地に係る譲渡の契約等
原告は、東京都に対し、本件事業に基づき、別表１の「順号」欄１ないし６記載の各土地（各土地の略称は同「土地」欄に、所在及び地番は同「所在・地番」欄に、地積は同「地積」欄にそれぞれ記載されているとおりである。なお、同別表で定めた略称は、以下においても用いることとする。）を売却し、東京都が上記の各土地の所有権の移転の登記を受け、上記の各土地上にあった建物は全て取り壊されているところ、同譲渡に係る契約日、所有権が移転した日等の詳細は、別表１記載のとおりである。また、土地ＢないしＥに係る売買契約の締結の際に作成された各売買契約書（乙１４、１７、２０、２３）に記載された条項は、本件各売買契約書のそれと金額の点を除き全く同一である。（乙１４ないし２５（枝番のあるものは枝番を含む。））
(4) 原告の法人税の確定申告
ア 原告は、平成２１年２月１８日、目黒税務署長に対し、所得の金額を７６０万８４９５円、納付すべき法人税の額を１６７万３０００円等とする本件事業年度の法人税の確定申告（本件確定申告）をした。原告は、同申告に係る確定申告書（乙１。以下「本件確定申告書」という。）において、土地Ａないし土地Ｆの譲渡に係る収益の額の合計金額５７４９万０７５５円を益金の額に算入するとともに、租税特別措置法６５条の２第１項に基づき５０００万円を損金の額に算入した。また、原告は、本件確定申告書に添付した別表十(五)（収用換地等及び特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除に関する明細書）に、支払者を東京都再開発事業所長とする「平成２０年分公共事業用資産の買取り等の証明書」（以下本件各土地に係るものを併せて「本件証明書」という。）を貼付しているところ、そのうち土地ＡないしＦに関する本件証明書の「買取等年月日」欄には、別表１「買取等年月日」欄記載のとおり、いずれも平成２０年中の日付が記載されていた。なお、本件確定申告においては、本件売買代金及び本件残地補償金に係る収益の額は、本件事業年度の益金の額に算入されていない。
イ 原告は、平成２２年２月１７日、目黒税務署長に対し、平成２１年度確定申告をした。原告は、平成２１年度確定申告に係る申告書（乙１０。以下「平成２１年度確定申告書」という。）において、本件売買代金３１１２万３４７７円、本件残地補償金２０万４９３５円及び土地Ｇの売買代金３３０万０７３５円の合計３４６２万９１４７円から本件各土地及び土地Ｇに係る帳簿価額の合計額である１万１８９３円を控除した金額である３４６１万７２５４円を固定資産の譲渡等に係る収益の額として益金の額に算入するとともに、同額を平成２２年法律第６号による改正前の租税特別措置法６４条の２第１項に基づいて特別勘定を設ける方法により経理して損金の額に算入した。また、原告は、平成２１年度確定申告書に添付した別表十三(四)（収用換地等に伴い、取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書）に、上記の各土地に係る本件証明書を貼付しているところ、そのうち本件各土地に係る本件各売買契約に関する本件証明書の「買取等年月日」欄には、いずれも「Ｈ２０．１１．１３」と記載されていた。
(5) 本件更正処分等の経緯
ア 本件更正処分等
目黒税務署長は、平成２３年１月２８日付けで、原告に対し、原告の本件事業年度の法人税の所得の金額を３８９２万５８１８円、納付すべき法人税の額を１１０３万６７００円とする旨等の本件更正処分等をした。
イ 審査請求及び裁決
原告は、本件更正処分等を不服として、平成２３年３月２４日付けで、国税不服審判所長に対し、審査請求（以下「本件審査請求」という。）をした。
これに対して、国税不服審判所長は、平成２４年２月１５日付けで、本件審査請求を棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をし、原告は、その頃、裁決書謄本の送付を受けた（甲３、弁論の全趣旨）。
(6) 訴えの提起
原告は、平成２４年８月１３日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件更正処分等の根拠及び適法性
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記第３の４において述べるほか、別紙３「本件更正処分等の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
４ 争点
本件における争点は、本件売買代金及び本件残地補償金に係る収益の額を原告の法人税の確定申告において益金の額に算入して計上すべき時期であり、当事者の主張の要点は、次のとおりである。
（被告の主張の要旨）
(1) 法人税は、原則として各事業年度の所得の金額に対して課税され（法人税法２１条）、各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされる（同法２２条１項）ところ、当該益金の額は、別段の定めのあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で同条５項に定める資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とされ（同条２項）、当該収益の額は、「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」（以下「公正処理基準」という。）に従って計算されるものとされている（同条４項）。
所得の発生の時点は所得の実現の時点を基準とすべきであり、原則として、財貨の移転や役務の提供等によって債権が確定したときに収益が発生するとの考え（権利確定主義）の下、法人税法上の収益の計上時期については、基本通達２－１－２及びこれを準用する同２－１－１４のほか、同２－１－１以下に詳細な定めが置かれている。これによれば、固定資産である土地の譲渡が行われた場合の収益の計上に当たっては、原則として「引渡しがあった日」の属する事業年度の益金の額に算入するのであるが、外見上は引渡しがいつ行われ収益がいつ実現したか必ずしも明らかでないような場合は、取引に関する諸事情を考慮し、固定資産の現実の支配の移転時期に照らして「引渡しがあったものとされる日」、すなわち「引渡しの日として合理的であると認められる日」として認定し、かかる収益を計上することが公正処理基準に適合した会計処理であると解される。外見上、引渡しの時期が明らかでない場合の収益計上の時期について、譲渡対象となった土地に係る「現実の支配」が移転したときに引渡しがあったものと判断するのが相当である旨判示した裁判例（東京地裁平成９年１０月２７日判決・行政事件裁判例集４８巻１０号７７８頁（乙２７））もある。
(2)ア次のとおり、本件は、外見上、「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当するというべきである。
(ア) 本件各売買契約においては、代金支払（２条）、所有権の移転（３条）、所有権の移転登記（４条）及び土地の引渡し（５条）の日がそれぞれ異なっており、「引渡しがあった日」が客観的に明白であるとは認められない。
(イ) 次のとおり、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日は、飽くまで本件各借地人から東京都に対する物件の明渡しが完了した日を意味するにすぎないのであり、原告が、その日がいつであるのか正確に把握しているとは認められず、その日が明らかであるとはいえないことから、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日が「引渡しがあった日」と同義であるとは到底認められない。
ａ 物件移転補償契約は、飽くまで東京都と物件所有者との契約であるため、東京都は、物件所有者と土地所有者が異なる場合に、土地所有者に対して当該物件移転補償契約の契約書の写しを交付することはない。また、東京都は、物件所有者との間で移転期限延長契約を締結した場合であっても、土地所有者に対して当該移転期限延長契約書の写しを交付することはない。
ｂ 本件においても、東京都は、本件各物件移転補償契約書（乙４の別紙１１及び１２）並びにその後に本件各借地人との間で締結した移転期限延長契約に係る契約書（乙４の別紙１４及び１７）につき、原告にこれらの書面の写しを交付していない。また、本件土地１及び３の上にあった各物件の移転完了の際に、本件各借地人が本件各物件移転補償契約書４条２項に基づき、東京都へ届出を行い、東京都がその旨の確認をしたが、本件土地１及び３の所有者であった原告が東京都とともに上記の各物件の移転が完了したことを確認したことはなかった。
したがって、本件各売買契約書５条にいう物件移転補償契約の当事者は、飽くまで本件各借地人と東京都であって、原告はその当事者ではないため、原告に移転期限が平成２１年３月３１日と記載された本件各物件移転補償契約書の写しが交付されることはないし、原告は、その後に東京都と本件各借地人との間で合意された移転期限の延長手続にも一切関与しておらず、移転期限延長契約書の写しの交付を受けたこともない。
イ 本件は、外見上、「引渡しがあった日」が明らかでないから、取引に関する諸事情を考慮し、当該不動産の現実の支配がいつ移転したかを判断し、その現実の支配が移転した時期をもって当該不動産の引渡しがあったものと判断すべきである。
本件においては、本件各売買契約の締結日である平成２０年１１月１３日において、①本件土地１ないし３の所有権が原告から東京都に移転するものとされていること、②本件土地１ないし３の所有権移転登記の申請に必要な書類が原告から東京都へ提出され、東京都に対する所有権移転登記の嘱託が、本件土地１及び２については同年１２月２６日に、本件土地３については同月１７日にそれぞれ受け付けられていること、③原告は、同年１１月１３日に本件土地１ないし３の譲渡代金の請求書を東京都に提出しており、本件売買代金の支払請求権が発生していること、④原告の本件土地１ないし３に係る平成２１年分の固定資産税の納税義務は発生していないこと、⑤本件証明書の「買取等年月日」欄に、本件各売買契約の締結日である「平成２０年１１月１３日」との記載がある（なお、東京都は、一般的な案内として、確定申告をする年度の判断に当たっては、本件証明書と同じ書式である「平成年分公共事業用資産の買取り等の証明書」の「買取等年月日」欄の日付が「土地の買取りが行われた日」であるとして、当該日付の該当する年度に申告を行うことを説明している。）こと、⑥東京都は、本件土地１ないし３の所有権に基づき、本件土地１ないし３の上にある物件の移転及び立ち退きについて、本件各借地人及び本件各借家人との間で契約を締結した上、個々の借地人又は借家人との関係において、各物件の移転期限及び立ち退き期限の延長につき、東京都の判断において、東京都の管理支配の下で行われており、原告はこれに関与していないことが認められる。
これらの事情を総合的に考慮すれば、本件土地１ないし３の現実の支配が原告から東京都に移転したのは、本件各売買契約の締結日である平成２０年１１月１３日であり、同日が「引渡しがあったものとされる日」、すなわち「引渡しの日として合理的であると認められる日」であるとするのが相当であるから、本件土地１ないし３の譲渡益は、本件事業年度の収益の額に計上すべきものである。
ウ 本件残地補償金は、東京都が本件土地３を買収することによって残地となる本件土地４の価値が減じることから、残地となる本件土地４に係る補償として支払われるものである（土地収用法７４条１項）。原告は、平成２０年１１月１３日付けで、東京都との間で、本件土地３に係る売買契約と同時に、東京都が同売買契約により残地となる本件土地４について生じる損失に対する補償金の支払うことを内容とする本件残地補償契約を締結するとともに、東京都に対し、日付を空欄にした本件残地補償金の請求書を発行している。本件残地補償契約においては、東京都は、本件各売買契約に基づく土地の所有権の移転登記完了後、原告の請求があった日から３０日以内に本件残地補償金を支払うこととされているから、本件土地３の売買に係る譲渡益の収入すべき権利が確定したと同時に、本件残地補償金の収入すべき権利も確定したものと認められる。
したがって、本件残地補償金は、本件土地３に係る譲渡益と同様、本件事業年度の収益の額に計上すべきこととなる。
(3) 原告の主張に対する反論
ア 被告が外見上引渡しがあった日が明らかでない場合に係るものとして指摘した裁判例（前掲東京地裁平成９年１０月２７日判決）について、原告は、①不動産販売業を営む法人に係るものであって、収用等があった場合の代替資産の圧縮記帳（租税特別措置法６４条、６４条の２、６５条）や所得の特別控除（同法６５条の２）の適用がない資産の譲渡に係るものであり、上記のような課税の特例が適用される本件にそのまま当てはまるものではない、②不動産販売業者が土地の譲渡とともに同土地の上に存する賃貸中の建物を現状有姿のまま引き渡す取引において、各契約当事者の給付が段階的に複数回に分けて行われ、外見上は土地の引渡しがいつ行われ収益がいつ実現したかが明らかでない場合に該当する事案であり、本件土地１ないし３の譲渡とは取引の状況が全く異なるものである旨主張する。
しかしながら、棚卸資産の引渡しの日の判定基準は、固定資産の引渡しの日の判定基準においても準用されており、これらに係る基本通達の定め（基本通達２－１－１、同２－１－１４）は公正処理基準として認められているのであって、売買対象地が棚卸資産であるか固定資産であるかという資産の区分によって変わるものではないから、被告が指摘した裁判例が棚卸資産の引渡しの日の判定基準を示したものであるとしても、その考え方は固定資産である土地についても当てはまる。そして、本件は、外見上「引渡しがあった日」が明らかでない土地の譲渡であるというべきであるから、上記裁判例と同様の判断をするのが相当である。
したがって、原告の主張は失当である。
イ 原告は、本件土地１及び３について、本件各売買契約書５条にそれらの引渡しの時期は明確に定められている旨、本件土地２について、本件土地１と一体であり、本件土地１の収益計上時期が同土地の引渡しのあった平成２１年１２月期であるから、本件土地２の収益計上時期も同じと考えるのが相当である旨それぞれ主張する。
しかしながら、次のとおり、原告の主張は失当である。
(ア) 外見上、土地の引渡しがいつ行われ収益がいつ実現したかが必ずしも明らかでない場合、取引に関する諸事情を考慮して、当該土地の現実の支配がいつ移転したかを総合的に判断し、その時期をもって当該土地の引渡しがあったものと判断するのが相当であるところ、前記(2)において述べたところによれば、本件各売買契約については、引渡しの時期は本件事業年度であるというべきである。
(イ) 東京都は、本件各借地人との間で、借地権消滅補償契約（乙４の別紙９及び１０）並びに物件移転補償契約（乙４の別紙１１及び１２）を締結するとともに、本件各借家人との間で立ち退き補償契約（乙４の別紙１９ないし２１）を締結しているところ、東京都は、これらの契約を、本件土地１ないし３の所有者として締結しているものと認められ、原告はこれに何ら関与していないから、本件各借地人から東京都への建物等の物件移転の完了をもって原告から東京都に対する本件土地１ないし３の引渡しがあったものと認定することは相当ではない。また、東京都は、本件各借地人との間で、平成２０年１１月１３日に借地権消滅補償契約を締結しており、同契約の３条には、「借地権は、（中略）土地売買契約により、この土地の所有権が甲（東京都）に移転したときに消滅するものとする」旨定められていることから、同日時点で、本件土地１及び３に設定されていた借地権は消滅していると認められるのであり、本件各物件移転補償契約４条の定めは、飽くまで東京都と本件各借地人との間で土地の明渡しについて定めたものであって、法人税法上の本件土地１ないし３の収益の計上時期の認定に影響を及ぼすものではない。
したがって、本件各売買契約書５条の定めから、本件土地１ないし３の引渡しの時期を認定するのは不合理である。
(ウ)ａ土地ＢないしＥについて、譲渡代金の受領日は、本件事業年度に属する日であるが、別表１の「平成２０年１２月期／本件事業年度収益計上」欄の「建物取壊日」欄記載のとおり、建物の取壊日は平成２１年１月１日以降の日付となっているところ、土地ＢないしＥに係る各物件移転補償契約書には、同土地の上にある建物等を同年３月３１日までに移転しなければならず、上記期限までに建物等の移転が完了しないときは、原告は当該建物等の所有権を放棄し、東京都が当該建物等を撤去することができる旨が規定されており、原告の主張によれば、土地ＢないしＥの物件移転が完了し、かかる土地につき東京都の使用収益が可能となるのは同日であることから、その収益の計上時期は、本件土地１ないし３に係る主張と同様、平成２１年１２月期となるはずであるが、原告は、本件確定申告書において土地ＢないしＥに係る収益を本件事業年度に計上しているのであって、本件土地１ないし３に係る主張とはそごするものである。
ｂ 原告は、平成２１年度確定申告書の別表十三(四)（収用換地等に伴い取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書）に、本件土地１ないし３に係る収益に係る金員の受領口座の預金通帳の写しを添付してその下方に同通帳に入金された本件各土地に係る譲渡代金又は残地補償金について「売買代金の支払いが行われたのは、２１事業年度分になりましたので、当年分として申告いたします」と記載していることからも、建物等の取壊日に基づく東京都の使用収益の開始時点を引渡しの日として収益計上したのではなく、単に譲渡代金の受領日を基準として、現金主義に基づいて本件各土地に係る収益を計上していたことが推認されるところ、法人税法上の収益計上は、権利確定主義によるべきであり、現金主義に基づく収益計上は、公正処理基準に適合するものとは認められない。
ウ 原告は、本件各借地人から本件土地１、３及び４に係る平成２０年１２月分までの地代を受領しているから、同月までは本件土地１、３及び４の使用収益をしており、東京都にこれらの土地の使用収益権が移転するのは、平成２１年１月１日以降である旨主張する。
しかしながら、原告が、本件土地１、３及び４に係る平成２０年１２月分までの地代を受領していたのは、飽くまで原告と本件各借地人との間の上記の土地に係る各賃貸借契約の履行を受けていたものにすぎず、本件各売買契約に基づき本件土地１ないし３に係る現実の支配が原告から東京都に移転したこととは関係がないから、原告の主張は理由がない。
エ 原告は、本件土地３及び４は元々同じ地番であったが、本件土地３の収用のために平成２０年１２月１７日に分筆されたものであり、本件土地３の収益の計上時期が平成２１年１２月期である以上、本件土地４の収益の計上時期も本件土地３と同様に平成２１年１２月期と考えるのが相当である旨主張する。
しかしながら、原告と東京都との間の本件土地３に係る売買契約により残地となった本件土地４の価額が減じることから、原告は、本件各売買契約と同時に本件残地補償契約を締結し、東京都に対して請求書を発行しているのであり、本件土地３の売買に係る譲渡益の収入すべき権利が確定したと同時に、本件残地補償金の収入すべき権利も確定したものと認められるから、本件残地補償金は、本件土地３の譲渡代金と同様に本件事業年度の収益の額に計上すべきであることは明らかであり、原告の主張は失当である。
オ(ア) 原告は、東京都では、借地上の建物がある場合、土地の所有者と借地権者からの買取りは一体として取り扱っているから、借地上の建物のある底地売買の場合も建物と切り離して処理を考えるべきではなく、自用地の上に建物がある場合と同様に考えるべきであって、建物の取壊日を引渡しがあった日の属する事業年度による土地の収益計上が認められることは明らかである旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約と本件各物件移転補償契約は飽くまでそれぞれ契約当事者を異にする別個の契約であり、本件において、土地の所有者と借地権者からの買取りが一体として取り扱われていないことは明らかである上、東京都は、本件各物件移転補償契約の契約当事者ではない原告に対し、手続上、物件移転期限及び延長後の期限が記載された書類を交付することはなく、また、実際に物件移転が完了した後に原告との間において物件移転の完了の事実を確認することもないから、原告が所有する本件土地１ないし３の買収と本件各借地人が所有する建物の移転補償が同時期に行われていることは、建物の取壊日を本件土地１ないし３の引渡しの日とする理由にはならない。
したがって、原告の主張は理由がない。
(イ) 原告は、公刊物に登載された２つの事例（甲１８、１９）を引用し、収益の計上時期について、建物の取壊日をもって引渡しがあった日の属する事業年度と認められることは明らかである旨主張する。
しかしながら、原告が指摘する事例は、いずれも、土地の引渡しの日自体のみを問題とするものではなく、収益計上時期等を引渡しの日とするか、あるいは契約日とするかを問題とするものであるのに対し、本件は、そもそも引渡しの日自体が争われているから、本件と争点を異にするものである。そして、原告が指摘する上記の事例は、いずれも、土地の所有者自身が建物の所有者となっており、売主が建物の明渡し期限及び延長後の期限を当然に知り得る立場にあるのに対し、本件においては、本件土地１又は３の上の建物の所有者である本件各借地人や本件土地３の上の建物に居住する本件各借家人が存しており、土地の所有者である原告が、物件移転期限、立ち退き期限及びこれらの延長後の期限を客観的に知り得る立場になかったから、その判断の前提となる土地及び建物の所有者等の関係当事者並びにそれぞれの契約内容について、原告が指摘する上記の事例と本件とは事情を異にするものである。さらに、原告が指摘する上記の事例は、いずれも土地及び建物の所有者である売主が、自らの管理支配に基づいてその明渡しの期限までに建物を撤去することがその前提となっているのに対し、本件においては、本件各売買契約と別途に締結された本件各物件移転補償契約及び東京都と本件各借家人との間で締結された立ち退き補償契約に基づき、東京都の管理支配の下、居住者の立ち退き及び建物の明渡しをさせるものであるから、建物の明渡しの方法についても、原告が指摘する上記の事例と本件とは前提となる事実関係を異にするものである。
したがって、原告の主張は理由がない。
(ウ) 原告は、本件各売買契約書５条においては、土地の引渡時期は土地の上にある建物、工作物等の物件移転が完了したときである旨原告と東京都との間で明確に引渡し時期が定められているところ、これによれば、基本通達２－１－２で認められる引渡しの日（土地、建物等の不動産の販売を想定して、相手方において使用収益ができることとなった日）と本件各売買契約書５条の土地の引渡しの意味が全く同趣旨であることは明らかである旨主張する。
しかしながら、東京都は、原告に対し、手続上、当初の物件移転期限及び延長後の期限が記された書類を交付することはなく、また、実際に物件移転が完了した後に、本件各売買契約の当事者である原告と東京都との間において、物件移転の完了の事実を互いに確認することもないから、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日とは、飽くまで本件各借地人から東京都に対する物件の明渡しが完了した日を意味するにすぎないと解され、これを法人税法基本通達２－１－２にいう譲渡人による「引渡し」と同義に解することはできず、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日を直ちに本件各土地の引渡しの日と認めることは相当ではない。
カ(ア) 原告は、本件各売買契約においては、①所有権の移転及び移転登記の目的が、東京都以外の第三者が土地の所有者に対して、有利な条件で高く買い取り、転売されるなどのおそれがあり、その紛争を防止するために早急に第三者に対する対抗要件を具備することにあること、②一般的な売買であれば、売買契約時に手付金として売買代金の１０～２０％の金員の授受があるが、本件では全くその授受がないこと、③登記のときに売買代金の支払が全くないことなどから、本件が仮に外見上「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当したとしても、所有権の移転及び所有権の移転登記により「現実の支配」が移転したとはいえない旨主張する。
しかしながら、本件土地１ないし３に係る所有権の移転及び移転登記の事実は、その目的から見ても、東京都の本件土地１ないし３の所有権を確実なものとした上で、本件土地１ないし３に係る「現実の支配」を東京都に移転するために行われたことを裏付けるものである。また、本件売買代金の入金の有無はその収益計上の時期を決定づけるものではなく、たとえ現金の収入がなくても、当該代金は、いわゆる権利確定主義に基づき、その収入すべき権利が確定した時点で計上すべきであるから、本件各売買契約書の締結時及び所有権移転登記時に譲渡代金の支払がないという事実は、所有権の移転及び移転登記により「現実の支配」が移転したとはいえないとの原告の主張の根拠となるものではない。
(イ) 原告は、原告が本件土地１ないし３について平成２１年分の固定資産税の納税義務を負わないからといって、「現実の支配」が移転されているとはいえない旨主張する。
しかしながら、固定資産税の納税義務の消滅という事実が「現実の支配」の移転を判断するための一つの要素となり得るものであることは明らかである。
(ウ) 原告は、収用等があった場合の固定資産の収益計上時期として、東京国税局税務相談室の質疑応答事例（甲１４）を指摘し、「契約日又は実際の引渡し日（収用権を背景とする譲渡であっても、固定資産の譲渡であるから引渡し日又は契約日いずれの日としても差し支えない）」との解釈が正しい旨主張する。
しかしながら、上記の質疑応答事例は、その前提事実が明らかでないことから本件に適用し得るものであるか否かさえ判然としないものである。また、その内容を見ても、収益計上時期を契約日又は実際の引渡しの日のいずれの日としても差し支えないとするものであって、本件において、収益計上時期として認められる引渡しの日がいつであるかが争点であり、被告が、本件各売買契約の締結日である平成２０年１１月１３日が「引渡しがあった日」であると主張していることに照らすと、上記の質疑応答事例は、原告の主張を裏付けるものとはならない。
(エ) 本件各売買契約に係る請求書の発行の日付は空欄であったところ、原告は、実際には平成２１年１月初旬頃に東京都に請求し、全て平成２１年１２月期に本件売買代金の支払がされていることから、原告から東京都に対する本件売買代金の支払請求権は、平成２１年１２月期に発生したことが明らかである旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約に係る請求書の日付欄を記載したのは、東京都の担当者であり、原告が、平成２１年１月初旬頃に本件売買代金の支払を東京都に請求した事実は認められず、原告の上記の主張を裏付ける証拠も何ら提出されていないことに鑑みれば、本件売買代金の支払請求権が平成２１年１２月期に発生したものとは認められない。キ(ア) 原告は、本件各借地人から本件土地１又は３上の建物を取り壊した日を把握したことを根拠に、原告は、東京都において使用収益ができることとなった日、すなわち、引渡し日を把握しているため、本件については、外見上、「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当するとすることは誤りである旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約においては、代金支払、所有権の移転、所有権の移転登記及び土地の引渡しの日がそれぞれ異なっているのであるから、本件は、代金の支払と同時に不動産を引き渡し、所有権移転登記が行われ、取引が一時に完了する場合のように「引渡しがあった日」が客観的に明白であるとは認められない。このことは、原告が本件土地１及び３上の各建物等の取壊日を認識していたか否かに何ら左右されないから、このことをもって直ちに、本件の「引渡しがあった日」が明らかであるとはいえず、原告の主張は理由がない。
(イ) 次のような事情からも、本件が「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当するというべきである。
ａ 原告は、あたかも本件各売買契約に係る手続上、当然に本件各借地人から建物の取壊しに係る各書類を入手したかのように主張するが、これらの各書類は、飽くまで、別途、原告と本件各借地人との間で締結した借地権買戻しのための借地権売買契約（乙１２、１３参照）の中で定められた手続において、原告へ交付されたものにすぎない。
ｂ 原告は、東京都に対する土地の引渡しが完了したと解される時期について、主張を変遷させているところ、これは、原告が本件各物件移転補償契約上の物件移転期限及び立ち退き期限に係る延長契約が締結されていたという事実を知り得なかったことを自認するものである。
ｃ 原告は、土地建物等の不動産の譲渡についての相手方の使用収益ができることとなった日を引渡しの時期とすべきである旨主張するところ、その根拠となる意見書（甲２０）の記載を前提とすれば、原告は、本件各借地人から本件土地１又は３の上の建物や工作物等の取壊しを確認し得る関係にあったために物件移転の時期を特定することができたにすぎず、借地人とそのような関係になかった場合には物件移転を完了した時期を特定できないことを認めているのであり、原告が本件各借地人から本件土地１又は３上の建物や工作物等の取壊しを確認し得る関係にあったという事情は、飽くまで本件における個別的事情であるにすぎないから、このような事情を客観的に判断されるべき物件移転の時期を特定するための判断の基礎とするべきではない。また、そもそも、本件において、物件移転の時期がいつであるのかを、原告が本件土地１又は３上の建物や工作物等の取壊しの時期を本件各借地人から確認することにより認識できたか否かと結びつけて判断の基礎とすることに必然性はない。
ク 原告は、平成２４年９月２８日に原告訴訟代理人等が東京都都市整備局再開発事務所からした聴取に係る聴取報告書（甲９）の内容を前提に、被告が同年１１月にした調査に係る調査報告書（乙４）において、本件各売買契約書５条に定める土地の引渡しの意味と趣旨の調査報告をしていないのは、被告の調査の結果が上記の聴取報告書（甲９）の内容と同様の結果でありこれを否定できなかったことによるものと推測できるから、本件各売買契約書５条の土地の引渡しとは、東京都により土地の使用収益が実際に開始できることになる時点であることを被告も黙認しているのであり、これと基本通達２－１－２にいう譲渡人による引渡しは、相手方において使用収益ができることになったという点で全く同じ意味である旨主張するが、次のとおり、上記の聴取報告書（甲９）の内容を前提としてされた原告の主張は理由がなく、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」は、東京都において土地の使用収益ができる時点を定めたものではなく、基本通達２－１－２にいう譲渡人による「引渡し」と同義に解することはできないというべきである。
(ア) 原告と東京都が平成２０年１１月１３日付けで本件各売買契約を締結したことによって、本件土地１ないし３の所有権が原告から東京都に移転したことから、東京都は、その支配管理の下、本件土地１ないし３の上に存する物件（建物、工作物等）の明渡しを完了させ、本件土地１ないし３を更地の状態にしたものである。また、東京都は、原告に対し、手続上、当初の物件移転期限及び延長後の期限が記された書類を交付することはなく、実際に物件移転が完了した後に本件各売買契約の当事者である原告と東京都との間において物件移転の完了の事実を互いに確認したこともなかったものである。
これらの事情に鑑みれば、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日とは、飽くまで本件各借地人から東京都に対する物件の移転、すなわち物件の明渡しが完了した日を意味するものにすぎないというべきであるところ、被告はこのことを一貫して主張しており、原告の主張を黙認するものではない。
(イ) 前記(ア)の聴取報告書（甲９）には、東京都都市整備局再開発事務所から聴取した内容として、「第５条の物件移転補償契約に基づき、物件移転を完了したときに、乙（原告）から甲（東京都）に対し引渡しがあったものとしているのは、その時点で東京都の用地係から事業財産管理係に管理が移転し、土地の使用収益が実際に開始できると考えているからである」と記載されている。
しかしながら、被告は、平成２４年１１月２日に資料調査をした際、東京都の担当者から、東京都が事業用地の買収を実施する際の一般的な手続の流れとともに、上記の聴取報告書の記載の意味するところを確認した上で、買収した事業用地の管理が事業用地を取得する部署（事業課まちづくり用地担当係）から事業用財産を管理する部署（管理課事業財産係）に替わることは、東京都都市整備局再開発事務所の部内手続にすぎないから、事業用財産を管理する部署に事業用地の管理が移転しなければ東京都が本件土地１ないし３を使用することができないと考えているものではない旨の回答を得ていたところ、平成２５年７月、再度、東京都の担当者に事情聴取をした結果、上記回答と同様の回答を得たものである（乙３０）。
このように、上記の聴取報告書（甲９）に記載されている内容は、被告が東京都の担当者から聴取した内容と異なるものであるから、正確性を欠くものというべきである。ケ(ア) 原告は、本件土地１ないし３の譲渡に係る収益の計上基準について、土地建物等のようにそれぞれ個性のある、そして単発的臨時的な固定資産の譲渡の場合には法人税法上、個々に引渡しの基準で申告するか売買契約の効力発生日で申告するかについて基準の選択適用が認められ、収益の計上時期の選択は法人の自由裁量に委ねられるものであるかのように主張する。
しかしながら、収益の計上時期の選択を法人の自由裁量に委ねるものであるかのような原告の主張は、合理的な理由に基づくものではない上、判例（最高裁平成●●年（○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁。以下「最高裁平成５年判決」という。）やその原審において示された判断（その中では、実現した収益の計上時期を法人の自由裁量に委ねることは、税法が要請する「課税の公平」を害するものであって認められるものではないことが明らかにされている。）と相いれないものといわざるを得ない。
(イ) 原告は、質疑応答事例（甲１５）を根拠に、固定資産の譲渡に係る収益の計上時期については、個々の土地ごとに法人の選択が認められるから、土地ＢないしＥについては契約日基準を採用し、本件土地１ないし３については引渡し基準を採用したものである旨主張する。
しかしながら、原告が指摘する質疑応答事例（甲１５）は、それぞれ個性のある単発的臨時的な固定資産の譲渡に係るものであるのに対し、本件土地１ないし３及び土地ＢないしＥの各譲渡は、同一の事業（本件事業）に基づく一連の取引であり、上記の質疑応答事例とは前提となる事実関係を異にするから、本件土地１ないし３及び土地ＢないしＥの各譲渡に係る収益計上時期について、上記の質疑応答事例と同様に考えることはできない。そして、原告が土地ＢないしＥに係る譲渡益の収益の計上時期につき契約日を基準としたのであれば、契約日において収益が実現したと判断したものと解されるから、同一の事業（本件事業）に基づく取引である本件各土地についても同様に、本件各売買契約の締結日を含む本件事業年度において収益計上すべきこととなるのであって、本件土地１ないし３に係る譲渡益の収益の計上時期と土地ＢないしＥに係る譲渡益の収益の計上時期を異なる事業年度とすべき合理的な理由は認められない。
したがって、原告の主張は理由がない。
(ウ) 原告は、平成２１年度確定申告書の添付資料に「売買代金の支払いが行われたのは、２１事業年度分になりましたので、当年分として申告いたします」と記載している（前記イ(ウ)ｂ）のは、税理士の事務スタッフが解釈を誤って記載したものであり、原告としては現金主義に基づく収益計上を行っておらず、本件各借地人から建物等の取壊日を確認して計上したものである旨主張する。
しかしながら、本件確定申告書及び平成２１年度確定申告書の各記載内容を検討すれば、原告は、本件事業に係る本件土地１ないし３及び土地ＡないしＧの各譲渡について、単に売買代金等の受領日を基準として収益を計上していたことが推認されるから、原告の主張は事実を誤認した上でされたものというほかない。また、原告は、平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２２年１２月期」という。）の法人税の確定申告書においても、本件事業に係る収益を計上しているところ、その添付書類として、平成２１年度確定申告書と同様に、売買対象地に係る収益である金員の受領口座の預金通帳の写しを添付しており、その下方には、通帳に入金された売買対象地に係る譲渡代金について「契約日は２１．１１．１６日ですが補償金の入金は上記のとおり２２．１．７日及び２２．２．１日ですので当期分として申告します。」と記載されていて（乙２９）、やはり譲渡代金の受領日を基準として収益を計上していたことが十分に推認されるのであって、本件事業年度ないし平成２２年１２月期に至るまで一貫して譲渡代金の受領日を基準として収益を計上していたことがうかがわれるのであり、建物等の取壊日を基準とした会計処理を行っていないから、原告の主張は失当である。
（原告の主張の要旨）
(1)ア法人税法２２条２項は、各事業年度の益金の額に算入すべき金額は、資産の販売等に係る収益の額とする旨規定し、同条４項は、収益の額は、公正処理基準に従って計算されるものとする旨規定している。そして、公正処理基準によれば、収益は、その実現があったとき、すなわち、その収益すべき権利が確定したときの属する事業年度の益金の額に算入すべきものと解される。また、法人税基本通達２－１－１４は、固定資産の譲渡による収益の額はその引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入する旨定め、原則として引渡し日基準により収益計上すべき旨定めており、この通達の定めは、上記にいう公正処理基準について具体的に示したものと考えられる。そして、その引渡しの日について、土地、建物等の不動産の販売を想定して相手方において使用収益ができることとなった日が例示されているから、土地建物等の不動産の譲渡についての相手方の使用収益ができることとなった日を引渡しの日とすべきである（甲２０）。
イ 被告は、外見上、引渡しの時期が明らかでない場合の収益計上の時期について、譲渡対象となった土地に係る「現実の支配」が移転したときに引渡しがあったものと判断するのが相当である旨判示した裁判例（前掲東京地裁平成９年１０月２７日判決）を指摘するが、同裁判例は、不動産販売業を営む法人の保有する棚卸資産に係るものであって、収用等があった場合の代替資産の圧縮記帳（租税特別措置法６４条、６４条の２、６５条）や所得の特別控除（同法６５条の２）の適用がない資産の譲渡に係るものであり、上記のような課税の特例が適用される固定資産に係る本件にそのまま当てはまるものではない。また、被告が外見上引渡しがあった日が明らかでない場合に係るものとして指摘する上記の裁判例は、不動産販売業者が土地の譲渡とともに土地の上に存する賃貸中の建物を現状有姿のまま引き渡す取引において、各契約当事者の給付が段階的に複数回に分けて行われ、外見上は土地の引渡しがいつ行われ収益がいつ実現したかが明らかでない場合に該当する事案であり、本件土地１ないし３の譲渡とは取引の状況が全く異なるものである。
(2)ア(ア) 本件各売買契約書（甲４ないし６）５条には、「（土地の引渡し）」の標目の後、「この土地は、この土地の上にある建物、工作物等の所有者が甲（東京都）と別途に締結する物件移転補償契約に基づき、物件移転を完了したときに、乙（原告）から甲に対し引渡しがあったものとする。」と記載され、土地の引渡時期が、土地の上にある建物、工作物等の物件移転が完了したときであることが明確に記載されているところ、この規定は、土地上の建物、工作物等の所有者が取壊し等により、土地上の建物、工作物等の物件移転を完了しないと東京都が実際に土地の使用収益を開始することができないために引渡時期について東京都と原告の間で定めたものと解される。そして、本件各物件移転補償契約書４条１項には「乙（本件各借地人）は、この物件（地上の建物、工作物等）を、平成２１年３月３１日までに移転しなければならない。」と、同契約書５条１項には、「乙（本件各借地人）は、前条１項の移転期限までにこの物件の移転を完了しないときは、移転を完了しないこの物件の所有権を甲（東京都）のために放棄する。」と、同条２項には、「甲（東京都）は、前項の規定により、乙（本件各借地人）が所有権を放棄した物件を撤去することができる。」とそれぞれ定めている。
本件土地１の上の工作物等の取壊しは、同年７月７日に、本件土地３上の工作物等の取壊しは、同年６月２０日に、それぞれ行われているところ、原告は、本件土地１の上の建物が同年７月１４日に、本件土地３の上の建物が同年６月２０日にそれぞれ取り壊されたことを知り、この時点で東京都が実際に土地の使用収益を開始することができるようになり、引渡しが完了したと解されるから、本件土地１及び３の譲渡益の計上時期は平成２１年１２月期となる。また、本件土地２は、本件土地１と隣接し、乙等が私道として利用していた部分であり、本件土地１と一体のものとして、本件土地１の譲渡益の計上時期と同じ平成２１年１２月期に譲渡益を計上すべきものと考えるのが相当である。
したがって、本件各売買契約書において明確に引渡時期について東京都と原告が合意し、それによる引渡時期が平成２１年度となるにもかかわらず、本件各売買契約の締結年月日及び移転登記日並びに本件証明書の日付がいずれも本件事業年度に属する日であるからといって、本件土地１ないし３の引渡しを本件事業年度中にあったものとするのは、明らかに東京都と原告との間の上記の合意に反するから、本件土地１ないし３の譲渡益の計上時期を本件事業年度とするのは、法人税法２２条２項、４項に反することが明らかである。なお、原告は、本件各借地人から、本件土地１及び３の地代を平成２０年１２月分まで受領しており、東京都が本件土地１及び３を使用収益するのは平成２１年１月１日以降であったから、本件土地１及び３に係る使用収益権の移転は、平成２１年１２月期であると考えるのが相当である。
(イ) 本件土地３と本件土地４は元々同じ地番であったが本件土地３の収用のために平成２０年１２月１７日に分筆されたものであって、本件土地４は本件土地３と一体のものであり、本件土地３の収益計上時期が引渡しのあった平成２１年１２月期である以上、本件残地補償金の収益計上時期も平成２１年１２月期と考えるのが相当である。また、原告は、丙から本件土地４の地代を平成２０年１２月分まで受領しており、東京都が本件土地４を使用収益するのは平成２１年１月１日以降であったから、本件土地４に係る使用収益権の移転は、平成２１年１２月期であると考えるのが相当である。
イ(ア) 東京都では、借地上の建物のある底地売買のみならず、自用地の上に建物がある場合の土地売買の両方に、本件各売買契約書と同様の書式を使用しているところ、借地上の建物がある場合、土地の所有者から単独で収用したり、借地権者から借地上の建物を単独で収用したりすることは行っておらず、土地の所有者と借地権者からの買取りは一体として取り扱っている（甲１６、１７参照）。このように、借地上の建物のある底地売買の場合も、建物と切り離して処理を考えるべきではなく、自用地の上に建物がある場合と同様に考えるべきである。
(イ) そして、公刊物に登載された次のような事例に照らせば、建物がある土地の取引等においては、建物の取壊日を引渡しがあった日として、その日の属する事業年度による土地の収益計上が認められることは明らかである。
ａ 土地の所有権移転登記に必要な権利証等を交付したことをもって土地の引渡しがあったと認定することはできず、土地の上にある建物を取り壊して土地の事実上の管理権を相手方に移管した時をもって土地の引渡しが行われたとみるべきであるとされた譲渡所得に関する税務処理の事例（甲１８）
ｂ 土地収用法による土地売買に関する契約書に、「土地に従業員寮が存するときは、その物件を取壊し、撤去するものとする」、「平成２２年４月２０日までに土地の引渡しを受ける」などの定めがある場合に、平成２２年４月２０日の属する事業年度である平成２３年３月期の収益に計上すべきであるとされた法人税の税務処理の事例（甲１９）
(ウ) 本件各売買契約書５条においては、原告と東京都との間で明確に引渡し時期が定められているところ、これは、土地上の建物、工作物等の所有者が取壊し等により土地上の建物、工作物等の物件移転を完了しないと東京都が実際に土地の使用収益を開始することができないために設けられたものであり、基本通達２－１－２で認められる引渡しの日（土地、建物等の不動産の販売を想定して、相手方において使用収益ができることとなった日）と本件各売買契約書５条の土地の引渡しの意味は全く同趣旨であることは明らかである。
ウ 次のような事情によれば、本件各売買契約による本件土地１ないし３の譲渡が、仮に、外見上、「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当したとしても、現実の支配の移転時期は本件事業年度ではなく平成２１年１２月期であることは明らかである。また、本件土地３の引渡しが平成２１年１２月期である以上、本件残地補償金を平成２１年１２月期の収益の額に計上すべきことは明らかである。
(ア) 本件各売買契約においては、①所有権の移転及び移転登記の目的が、東京都以外の第三者が土地の所有者に対して、有利な条件で高く買い取り、転売されるなどのおそれがあり、その紛争を防止するために早急に第三者に対する対抗要件を具備することにあること、②一般的な売買であれば、売買契約時に手付金として売買代金の１０～２０％の金員の授受があるが、本件では全くその授受がないこと、③登記のときに売買代金の支払が全くないことなどから、所有権の移転及び所有権の移転登記により「現実の支配」が移転したとはいえない。
(イ) 固定資産税の納税義務者はその年の１月１日の所有者であり、この場合の所有者とはその年の１月１日現在登記がされている者が所有者とされて課税されるところ、本件土地１ないし３については、本件事業年度に東京都に所有権の移転登記がされているために、原告が形式的に平成２１年分の固定資産税の納税義務を負っていないにすぎないのであり、原告が本件土地１ないし３について平成２１年分の固定資産税の納税義務を負わないからといって、「現実の支配」が移転されているとはいえないことは明らかである。
(ウ) 本件証明書の買取等年月日は平成２０年１１月１３日と記載されているが、この記載は本件各売買契約の契約日を一律に記載しているにすぎないし、東京都による一般的な案内として、本件証明書の「買取等年月日」欄記載の日付に該当する年度に申告を行うことを説明しているとしても、引渡日を含む年度に申告することが認められているから、上記のような記載や一般的な案内が収益計上の年度に影響を与えないことは明らかである。また、平成１４年６月作成の東京国税局税務相談室の質疑応答事例（甲１４）によると、収用等があった場合の固定資産の収益計上時期として、「特別な事情がない限り契約日（収用権を背景とする譲渡の場合には、一般的に契約日に引渡しは完了し、その後は使用貸借的な関係となる）」との解釈は誤っており、「契約日又は実際の引渡し日（収用権を背景とする譲渡であっても、固定資産の譲渡であるから引渡し日又は契約日いずれの日としても差し支えない）」との解釈が正しいとされている。
(エ) 本件各売買契約に係る請求書の発行の日付は空欄であり、原告は、実際には平成２１年１月初旬頃に東京都に請求しているところ、原告の請求のあった日から３０日以内に売買代金を支払う旨の定めがあり、実際には全て平成２１年１２月期に売買代金の支払がされている。このことから、原告から東京都に対する本件売買代金の支払請求権は、平成２１年１２月期に発生したことが明らかである。
(3) 被告の主張に対する反論
ア(ア) 原告は、本件土地１ないし３に借地人が存在するため、物件移転に直接関与するものではなく、物件移転について東京都とともに完了の確認をしたことはないが、原告は、本件土地１につき乙から家屋の滅失登記の登記完了証の写し（甲１１）を入手したり、本件土地３につき丙から家屋（全部）滅失届書の写し（甲１２）及び家屋取壊証明書の写し（甲１３）を入手したりすることにより、本件土地１及び３上の建物、工作物等の物件移転が完了し、東京都が実際に当該土地の使用収益を開始する日を把握していたのであるから、外見上、「引渡しがあった日」が明らかでない場合に該当するとすることは誤りである。
(イ) 被告は、本件土地１ないし３については、東京都と本件各借地人との間で、物件移転や立ち退きに係る契約を締結しているものと認められ、原告はこれらの契約に何ら関与していないから、本件各借地人から東京都への建物等の物件移転の完了をもって、原告から東京都へ引渡しがあったものと認定することは相当でない旨主張する。
しかしながら、原告は、借地人から建物が取り壊された日の情報を得て、本件各売買契約書５条に定める「物件移転を完了したとき」を認識し、平成２１年１２月期に本件土地１ないし３が原告から東京都に対し引渡しがあったものとしたのである。本件各売買契約書（甲４ないし６）は、原告と東京都が締結したものであり、明確に土地の引渡しの時期を合意し、原告が、本件各借地人に確認することにより引渡しの時期を認識しているから、原告が、物件移転や立ち退きに係る契約に何ら関与していないからといって、原告から東京都への引渡しがあったものと認定することが相当でないとするのは明らかな誤りである。
(ウ) 被告は、基本通達にいう「引渡しがあった日」が明らかな例として、代金の支払と同時に不動産を引き渡し、所有権移転登記が行われ、取引が一時に全て完了する場合を挙げ、その上で、本件各売買契約は、代金支払、所有権の移転登記、土地の引渡しの日がそれぞれ異なっているから、「引渡しのあった日」が客観的に明白であるとは認められない旨主張する。
しかしながら、「引渡しがあった日」が明らかでない場合とは、山林や原野等の土地の譲渡で、その引渡しの日が一般の引渡日の判定基準によっては明らかではないような特殊な場合をいうところ（乙２６）、本件各売買契約は山林や原野等の土地の譲渡ではなく、取引が一時に完了しないことをもって「引渡しがあった日」が客観的に明白でないとするのは明らかに誤りであって、本件については明白な引渡しの事実、時点が認められるから、「引渡しがあった日」が明らかでない場合には該当しない。
イ(ア) 被告は、本件各売買契約書５条の定めから本件土地１ないし３の引渡しの時期を認定することは不合理である旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約書５条には、土地の引渡時期が土地の上にある建物、工作物等の物件移転が完了したときであることが明確に記載されており、その趣旨は、平成２４年９月２８日に原告訴訟代理人等が東京都都市整備局再開発事務所から聴取したところによると、その時点で東京都の用地係から事業財産管理係に管理が移転し、東京都としては土地の使用収益が実際に開始できると考えていることにあるというのであるから（甲９）、被告の主張は誤りである。
(イ) 被告は、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日は、本件土地１ないし３の譲受人である東京都に対し物件の明渡しが完了した日を意味するにすぎないから、これを基本通達２－１－２にいう譲渡人による「引渡し」と同様に解することができず、本件各売買契約書５条にいう「引渡し」の日を直ちに本件土地１ないし３の「引渡し」の日と認めることは相当でない旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約書５条の規定が、借地上の場合の底地人と自用地の上に建物がある場合の土地の所有者とで区別なく使用されていることからすると、これは引渡しにより東京都が土地の使用収益が実際に開始できることになるという使用収益基準を意図したものであるといえる（甲９）。被告は、平成２４年１１月に東京都都市整備局再開発事務所に対して長時間の聴取をしているにもかかわらず、本件において最も重要な調査事項である本件各売買契約書５条にいう引渡しの意味と趣旨の調査報告をしていない（乙４）ところ、これは、その内容が原告訴訟代理人等による聴取報告書（甲９）と同様のものでありこれを否定することができなかったからと推測できるのであり、被告も、本件各売買契約書５条にいう土地の引渡しとは東京都により土地の使用収益が実際に開始できることになる時点であることを黙認しているといえる。
そうすると、基本通達２－１－２において「２－１－１の場合において、（中略）引渡しの日がいつであるかについては、例えば…相手方において使用収益ができることとなった日…によるものとする」と定められ、同通達の解説（乙２６）において、上記通達では土地、建物等の不動産の販売の場合を想定して相手方の使用収益開始を基準とする引渡しの日の判定基準が例示されている旨が記載されていることからすれば、本件各売買契約書５条にいう土地の引渡しと基本通達２－１－１にいう「引渡しがあった日」は、相手方において使用収益ができることになったという点で全く同じ意味であることは明らかであるから、本件各売買契約においては、本件各売買契約書５条によって本件各売買契約に係る引渡しの事実及び時点は明らかであって、「引渡しがあった日」が明らかでない場合には該当しないことは明白である。
(ウ) 被告は、平成２５年７月に東京都都市整備局再開発事務所から聴取したところとして、事業財産係に土地の管理が移転しないと東京都が土地を利用できないわけではない、本件各売買契約書５条にいう土地の引渡しの意味につき原告訴訟代理人等が聴取したとするところ（甲９。前記(3)イ(ア)参照）は、用地の取得担当部署から土地の管理担当部署への担当部署が替わったという内部的な意味でしかない旨が記載された調査報告書（乙３０）を証拠として提出する。
しかしながら、東京都都市整備局再開発事業所は、平成２４年９月２８日の原告訴訟代理人等との面談時に、本件各売買契約書５条の引渡しにより事業財産係で管理できるようになり、この時点で東京都は使用収益できることになると考えている旨を明確に述べ（甲９、２１参照）、原告訴訟代理人もこの点を繰り返し確認している。さらに、原告訴訟代理人が平成２５年９月１７日に同事務所の担当者に電話で確認したところ、同人は、本件各売買契約書５条の引渡しの意味は通常の用法の意味であり、引渡しにより東京都が土地の使用収益を開始できるようになる旨を同人以外の者が原告訴訟代理人等との面談時（甲９）に述べ、また、被告側の再聴取（乙３０）に際しても述べた旨を述べている（甲２２）。にもかかわらず、被告の上記の調査報告書（乙３０）にはこの点が一切触れられていない。
被告は、東京都都市整備局再開発事務所が本件各売買契約書５条による引渡しにより東京都が使用収益できると解釈していることが、本件訴えにおいて極めて不利に働くため、従前の平成２４年１１月の調査に係る調査報告書（乙４）でもこれに触れず、原告が上記の点を指摘したことに対しても、平成２５年７月の調査に係る調査報告書（乙３０）において、事業財産係に土地の管理が移転しないと東京都が土地を使用できないわけではない旨を誘導によって答えさせたものと考えられる。
したがって、被告は、本件各売買契約書５条の引渡しの意味が、基本通達２－１－２に定める引渡しの日の判定との関係で本件訴えの重要な争点であるにもかかわらず、東京都再開発事務所が、本件各売買契約書５条の引渡しにより東京都が土地の使用収益を実際に開始できるようになったと解釈していることをあえて積極的に触れていないことは明らかである。
ウ(ア) 被告は、本件土地１ないし３の買取りと本件各借地人が所有する建物の移転補償が同時期に行われていても、土地の所有者と借地権者がそれぞれ別個の契約を交わしており、土地の所有者と借地権者からの買取りが一体として取り扱われていないことから、建物の取壊日を本件土地１ないし３の引渡しの日とする理由にはならない旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約書５条の「物件移転を完了したときに、乙（原告）から甲（東京都）に対し引渡しがあったものとする。」との規定が、底地の所有者と自用地の上に建物がある場合の土地の所有者とで区別なく使われているのは、東京都が実際に土地の引渡しを受け土地の使用収益を実際に開始するためである。そうすると、東京都の収用事業において、底地と借地権を切り離して使用収益することは不可能であり、土地の所有者と借地権者がそれぞれ個別の契約を交わしていることは、土地の所有者と借地権者からの買取りが一体であることに何ら影響を及ぼすものではない。
したがって、本件土地１ないし３の買取りと本件各借地人が所有する建物の移転補償が同時期に行われており（甲１６、１７）、土地の所有者と借地権者からの買取りが一体として取り扱われているのであるから、建物の取壊日を本件土地１ないし３の引渡しの日とすることは妥当である。
(イ) 被告は、原告が前記(2)イにおいて引用する２つの事例（甲１８、１９）は、いずれも本件と前提となる事実関係等を異にするものであるから、これらの事例に基づく原告の主張は理由がない旨主張する。
しかしながら、本件各売買契約書５条の「物件移転を完了したときに、乙（原告）から甲（東京都）に対し引渡しがあったものとする。」との規定は、底地の所有者と自用地の上に建物がある場合の土地の所有者を同様に扱っているところ、これは、東京都が土地の使用収益が実際に開始できる日にその区別はないと考えているからである（甲９）。そして、底地の所有者が物件移転期限、立ち退き期限及びこれらの延長後の期限等の知り得ない情報があったとしても、物件移転を完了した事実のみ知り得れば、基本通達２－１－１の「引渡しがあった日」を客観的に認識するには十分である。
そうすると、原告が指摘する事例（甲１８、１９）は、いずれも、自用地の事例ではあるが、底地の所有者の場合も自用地の上に建物がある場合の土地の所有者の場合も、引渡しの時点は物件移転を完了したときであるというべきところ、本件の場合も、建物の取壊日等が客観的に認識でき、物件の引渡しの完了時である引渡しの日を十分認識できるのであるから、上記の事例と前提となる事実は全く異ならないというべきである。
エ(ア) 被告は、原告が本件確定申告書において土地上の建物の取壊日が平成２１年１月１日以後であった土地ＢないしＥに係る収益を計上していたことをもって、原告は東京都による使用収益の開始時点を基準として収益の計上を行っておらず、原告の主張と本件確定申告及び平成２１年度確定申告の内容がそごする旨主張する。
しかしながら、原告が土地ＢないしＥの土地の収益を本件事業年度に申告したのは、東京都による本件土地１ないし３の使用収益の開始時点を基準としてそれを計上したものではない。基本通達２－１－１４によると、固定資産の譲渡による収益の計上時期は、その引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入するのが原則であり、法人の選択により法人が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力の発生の日の属する事業年度の益金の額に算入しているときはこれを認めるとされており、土地ＢないしＥの土地の収益については、この容認規定の選択により、固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日の属する事業年度である本件事業年度に申告したのである。このように引渡しの基準で申告するか、売買契約の効力発生日で申告するかは、法人の選択であり、特に制限する規定はないし、土地建物等のようにそれぞれ個性のある、そして単発的臨時的な固定資産の譲渡の場合には法人税上上記のような選択をすることが認められると解されている（甲１５）。なお、原告の平成２１年度確定申告書の別表十三(四)（収用換地等に伴い取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書）には、本件土地１ないし３の譲渡に係る収益である金員の受領口座の預金通帳の写しが添付されており、その下方に、通帳に入金された本件売買代金又は本件残地補償金について「売買代金の支払いが行われたのは、２１事業年度分になりましたので、当年分として申告いたします」と記載されているが、これは、税理士の事務スタッフが解釈を誤って記載してしまい、税理士も削除を失念したものであって、原告が現金主義に基づいて本件各土地に係る収益を計上したのではなく、本件各借地人から建物等の取壊しの日を確認した上で、平成２１年１２月期に収益計上したものである。
したがって、被告の主張は誤りである。
(イ) 被告は、実現した収益の計上時期を法人の自由裁量に委ねることは、税法が要請する課税の公平を害するものであって、認められるものではない旨主張する。
しかしながら、本件売買代金を平成２１年度の益金として計上したのは自由裁量によるものではなく、基本通達２－１－１という公正処理基準に従ったものである。固定資産は、棚卸資産と異なり、そもそも売買されることが予定されておらず、仮に売買によって損益が生ずる場合、固定資産の売却は企業にとって臨時的、偶発的なものであるから、会計処理基準を継続的に採用することは要求されていないところ、固定資産の譲渡による収益は、基本通達２－１－１の定めを原則としながら、土地、建物その他これらに類する資産である場合において、法人が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日の属する事業年度の益金の額に算入しているときはこれを認めることとされており（基本通達２－１－１４）、一の固定資産である土地の譲渡につき当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日の属する事業年度の益金の額に算入した場合には、他の全ての固定資産である土地の譲渡について当該固定資産の引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入することができないとは法令に規定されていない以上、譲渡する固定資産ごとに基準を選択することができるものと解されるのであって、主観的な判断で縮小解釈をしてこれに制限を加えることは、租税法律主義に反する。
本件各売買契約は、公共団体による強制的な譲渡であり、譲渡人の意思で行われたものではない突発的な譲渡であって、臨時性、偶発性が強いものであるから、譲渡する土地ごとに基準を選択することができるものと解するのが相当である。
このことは、「問答式土地建物等の譲渡をめぐる税務」（甲１５）の「固定資産の契約効力発生基準と引渡基準による収益計上の可否」の項目の「答」において、二つの固定資産につき異なる基準を適用することの可否について、健全な会計処理基準の観点からすれば問題もあるが、法人税法上は認められると思われる旨が記載され、さらに、「解説」において、「棚卸資産で同一の製品、商品である場合に収益計上基準を恣意的に選択することは合理的とはいえないでしょう。ただ、本件の土地建物等のようにそれぞれ個性のある、そして単発的臨時的な固定資産の譲渡の場合には、必ずしも好ましい処理とはいえないものの、契約効力発生の日による収益計上基準が認められている以上、ご質問のような、代金の入金状況の相違に応じて異なる会計処理も法人税法上、積極的に否認するということにはならないと考えます。」と記載されていることからも裏付けられる。
(ウ) 被告は、本件土地１ないし３及び土地ＢないしＥの買収は、本件事業に基づく一連の取引で、それぞれ個性ある単発的臨時的な固定資産の譲渡ではないから、前記(ア)の質疑応答事例（甲１５）と同様に解する前提を欠く旨主張する。
しかしながら、譲渡人においてはその譲渡がされるまでそれぞれの土地を個別独立的に使用収益してきたものであり、単発的臨時的であることに相違なく、一連の収用事業における取引というのは単に買収側の事情にすぎないから、被告の主張は採用することができないものである。
(エ) 被告は、最高裁平成５年判決を挙げ、前記の(ア)及び(イ)の原告の主張が同判決に反する旨主張するが、同判決は、棚卸資産の収益計上時期について争われた判例であり、本件各売買契約のような固定資産の収益計上時期が適法か否かの判断とは全く異なる判例であるから、これを被告が挙げること自体妥当ではない。
第３ 当裁判所の判断
１ 収益の額を益金の額に算入して計上すべき事業年度の判断について
法人税法上、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、同法２２条５項に定める資本等取引以外の取引に係る当該事業年度の収益の額とするものとされ（同条２項）、当該事業年度の収益の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準（公正処理基準）に従って計算すべきものとされている（同条４項）。したがって、ある収益の額をどの事業年度の益金の額に算入して計上すべきかは、公正処理基準に従って判断すべきであり、これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入の原因となる権利（収入すべき権利）が確定した時の属する事業年度の益金の額にその額を算入して計上すべきであると解される（最高裁平成５年判決参照）。また、基本通達２－１－１４及びこれにおいてその例によるものとされている同２－１－２には、それぞれ別紙２「関係法令等の定め」の第２の２及び３のとおりの内容が定められているところ、これらは、上記の公正処理基準に従い、固定資産の譲渡に係る収益の額の計上時期について上記に述べた権利確定主義を採用し、その収益の額をいつ益金の額に算入して計上すべきかを具体的に示したものであって、法人税法２２条４項の趣旨にも適合するものと解するのが相当である。
そして、不動産の譲渡の取引においては、代金の支払と同時に当該不動産の引渡しや所有権の移転の登記がされることにより取引が一時に完了し、基本通達２－１－１４にいう「引渡しがあった日」が客観的に明白な場合がある一方、諸般の事情から各契約当事者の給付等が段階的に複数回に分けてされ、外見上は上記の「引渡しがあった日」や収益が実現したといえる日が必ずしも明らかでない場合も生ずるが、後者のような場合には、契約上買主に所有権がいつ移転するものとされているかということだけではなく、代金の支払に関する約定の内容及び実際の支払の状況、登記関係書類や建物の鍵等の引渡しの状況、危険負担の移転時期、当該不動産から生ずる果実の収受権や当該不動産に係る経費の負担の売主から買主への移転時期、所有権の移転の登記の時期等の取引に関する諸事情を考慮し、当該不動産の現実の支配がいつ移転したかを判断し、上記の現実の支配が移転した時期をもって、当該不動産に係る上記の「引渡しのあった日」であると判断するのが相当である。
以上に反する原告の主張は全て採用することができない。
２ 本件土地１ないし３に係る基本通達２－１－１４にいう「引渡しがあった日」について前提事実に述べたように、本件各売買契約においては、代金の支払（２条）、所有権の移転（３条）、所有権の移転の登記（４条）及び土地の引渡し（５条）をするものとされる日がそれぞれ異なっているから、その定めの内容自体から、基本通達２－１－１４にいう「引渡しがあった日」が客観的に明白であるとは認められないというべきである（なお、原告は、本件各売買契約書５条の文言等により本件土地１ないし３の引渡しの日及びその趣旨は明確であるから、上記の「引渡しがあった日」も客観的に明白である旨主張し、これに沿う証拠（甲９、２１、２２）を提出するが、これまでに述べたところに照らし、採用することができない。）。
そして、①本件各売買契約の締結日である平成２０年１１月１３日に本件土地１ないし３の所有権が原告から東京都に移転するものと定められている（本件各売買契約書３条）こと、②本件各売買契約書４条２項には、原告は本件各売買契約締結後直ちに東京都に対し本件土地１ないし３の所有権の移転の登記に係る手続に必要な書類を提出しなければならない旨が定められていたところ、実際に、本件各売買契約の締結日である同日に原告から東京都に対して本件土地１ないし３の所有権の移転の登記を嘱託するために必要な書類が提出され、本件土地３については同年１２月１７日に、本件土地１及び２については同月２６日に、それぞれ同年１１月●日売買を原因とする所有権の移転の登記がされていること、③本件各売買契約書２条には、東京都は、本件土地１ないし３の所有権の移転の登記が完了した後原告の請求のあった日から３０日以内に本件売買代金を支払うものとする旨が定められていたところ、実際に、原告は、東京都に対し、本件各売買契約の締結日に本件売買代金に係る請求書を提出したこと、④本件土地１ないし３の所有権が上記①のとおり原告から東京都に移転し、上記②のとおり同年１２月１７日又は同月２６日に所有権の移転の登記が完了したことに伴い、それ以後は、本件土地１ないし３に係る固定資産税等の公租公課を東京都が負担することになったこと（同契約書９条。甲４ないし６、乙４）、⑤東京都は、同年１１月１３日以降、本件各借地人及び本件各借家人との間で、本件土地１及び３上にある物件の移転及び立ち退きについてそれぞれ個別の契約を締結したほか、各物件の移転期限及び立ち退き期限の延長も合意している反面、原告はこれらの点に全く関与していないことの各事情を総合して考慮すると、本件土地１ないし３の現実の支配は平成２０年１１月１３日に原告から東京都に移転したものと認められ、同日が本件土地１ないし３に係る基本通達２－１－１４にいう「引渡しがあった日」であると認めるのが相当であって、このように認定判断することは、原告が、本件土地１ないし３と同様に本件事業年度において本件各売買契約と全て同じ内容（ただし、金額は除く。）の売買契約を東京都との間で締結し、土地上にある建物等の移転の日が平成２１年１２月期又は平成２２年１２月期に属する日であった土地ＢないしＥについて、その売買代金に係る収益の額を本件事業年度の益金の額に算入すべきものとして確定申告をしていることとも整合する。したがって、東京都による本件土地１ないし３の各買取りの対価として原告が取得した本件売買代金に係る収益の額は、本件事業年度の益金の額に算入すべきものと認めるのが相当である。
３ 原告の主張について
(1) 原告は、本件各売買契約書５条は、土地上の建物、工作物等の所有者がそれらを取り壊すなどしてそれらの物件移転を完了させない限り東京都が実際に土地の使用収益を開始することができないために土地の引渡時期を東京都と土地の所有者との間で明確に定める趣旨の規定であるところ、同条が、本件土地１ないし３の引渡しについて、本件土地１ないし３の上にある建物等の移転が完了したときに原告から東京都に引渡しがあったものとする旨定めているのは、基本通達２－１－１４にいう「引渡しがあった日」と同趣旨のものである旨主張する。
しかしながら、法人税法その他の関係法令並びに基本通達２－１－２及び同２－１－１４の各文言、内容等に照らし、基本通達にいう「引渡し」が専ら固定資産の現実の引渡しによる占有の移転のみを意味するものであると解すべき法令上の根拠は見いだし難く、原告が主張するように解すべき事情等も格別見当たらない上、前記２に述べた①ないし⑤の事情を前提とすれば、東京都は平成２０年１１月１３日以降本件土地１ないし３を現実に支配し、他方、原告は、同日に本件売買代金の支払請求権を確定した権利として取得したものといえるから、原告が指摘するような本件土地１及び３上にある建物等の移転等が完了する時期の一事をもって、直ちに前記２に述べた認定判断が左右されるとまではいい難いというべきである。
したがって、原告の主張は採用することができない。
(2) 原告は、一の固定資産である土地の譲渡につきその収益の額を当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日の属する事業年度の益金の額に算入した場合には、他の全ての固定資産である土地の譲渡についてその収益の額を当該固定資産の引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入することができない旨の法令の規定がない以上、譲渡する固定資産ごとにその収益の額を益金の額に算入すべき事業年度を定める基準を選択することができるものと解されることを前提として、本件各売買契約による収入すべき権利が確定した時を本件土地１ないし３の東京都による使用収益が開始された時とし、土地ＢないしＥに係る各売買契約による収入すべき権利が確定した時を同各売買契約の契約日とすることも許されている旨主張する。
しかしながら、原告が主張するような解釈や処理を積極的に許容していると解すべき法令上の根拠は格別見当たらない上、収益は、その実現があった時の属する事業年度の益金の額にその額を算入して計上すべきものであり、その権利の実現が未確定であるにもかかわらずこれを収益として計上したり、既に確定した収入すべき権利を現金の回収を待って収益として計上したりするなどの会計処理は、公正処理基準に適合するものとは認め難いものというべきである（最高裁平成５年判決参照）。そして、前提事実に述べたとおり、原告が指摘する取引（本件各売買契約及び土地ＢないしＥに係る各売買契約）は、いずれも、本件事業年度において締結された同一事業に係る同一の内容（ただし、金額は除く。）の売買契約であるから、特段の事情がない限り、これらの取引に係る収入すべき権利が確定した時も同一の時期となるものと推認することができるところ、原告は、本件各売買契約と土地ＢないしＥに係る各売買契約との間で収入すべき権利が確定した時が異なることを基礎付ける事情について何ら主張立証しておらず、他に上記推認を覆すに足りる事情等も格別見当たらない（原告が指摘する事例（甲１４、１５）は、いずれも本件とは事案を異にするか、又はその具体的内容等が明らかではないものであって、既に述べたところを直ちに左右するに足りるものとはいい難い。）。
したがって、本件各売買契約と土地ＢないしＥに係る各売買契約との間で収入すべき権利が確定した時を異なるものとしてそれらに係る収益を計上する会計処理は、公正処理基準に適合するものとはいえないというべきであるから、これと異なる前提に立つ原告の主張は採用することができないというべきである。
(3) 原告は、①本件各売買契約における所有権の移転及びその登記の目的が、東京都以外の第三者が土地の所有者に対して有利な条件で高く買い取って転売するなどの紛争を防止するために早急に第三者に対する対抗要件を具備することにあったこと、②手付金の授受がないこと、③所有権の移転の登記をするときに売買代金が全く支払われていないこと、④原告が本件土地１及び３の上にあった建物等が取り壊された日を本件各借地人から書面を入手するなどして把握していること、⑤原告が本件各借地人から本件土地１及び３の地代を平成２０年１２月分まで受領していること、⑥東京都が原告に対して本件売買代金を実際に支払ったのは全て平成２１年１２月期に属する日であったこと、⑦東京都が、借地上の建物がある底地売買のみならず、自用地の上に建物がある場合の土地売買についても、本件各売買契約書と同様の書式を使用し、土地の所有者と借地権者からの買取りを一体として取り扱っていること、⑧建物の取壊日を引渡しがあった日として収益計上が認められた複数の事例（甲１８、１９）があること等、原告から東京都に対して本件土地１ないし３に係る現実の支配の移転ないし実質的な支配管理の変動が生じた時期が平成２１年１２月期に属する日（本件土地１及び２につき、平成２１年７月７日、本件土地３につき同年６月２０日）であることを裏付ける事情が認められることから、本件土地１ないし３の譲渡に係る収益の計上時期は、平成２１年１２月期である旨主張する。
しかしながら、原告が指摘する上記①ないし⑦の各事情は、いずれも原告から東京都に対する本件土地１ないし３に係る現実の支配が移転したこと又は原告のいう実質的な支配管理の変動が生じたことを受けた事後の事情であるか、そもそも現実の支配の移転又は実質的な支配管理の変動の認定に影響を与えない事情であるにすぎず、既に述べた認定判断を左右する事情とはいい難い。また、原告が指摘する上記⑧の事例も、本件とは事案を異にするか、又はその具体的内容等が明らかではないものであって、既に述べたところを直ちに左右するに足りるものとまではいい難いというべきである。
したがって、原告の主張は採用することができない。
４ 本件土地４に係る本件残地補償金について
前提事実に述べたとおり、①本件土地４は、本件土地３と一団の土地を成していたところ、本件土地３を東京都が原告から買い取った結果、残地となったこと、②本件残地補償金は、本件土地３を東京都が原告から買い取った結果生ずる損失を補償する性質のものであること、③原告は、本件各売買契約の締結の日と同日である平成２０年１１月１３日、東京都との間で本件残地補償契約を締結したこと、④原告は、上記③の契約の締結と同時に、東京都に対し、本件残地補償金の支払を求める旨が記載された請求書を提出したこと、⑤本件残地補償契約書３条には、東京都は、本件土地３に係る売買契約に基づく所有権の移転の登記が完了した後原告の請求があった日から３０日以内に、原告に対して本件残地補償金を支払うものとする旨が定められているところ、同年１２月１７日に本件土地３の所有権の移転の登記がされたこと等の各事情を踏まえると、本件残地補償金は、同年１１月１３日の属する事業年度の収益の額に当たるものとみるのが相当であって、本件においてこれと異なる認定判断をすべき証拠ないし事情は見当たらない。
そうすると、本件残地補償金は、本件事業年度の益金の額に算入すべきものと認めるのが相当である。以上と異なる原告の主張は全て採用することができない。
５ 本件更正処分等の適法性について
これまで述べたところに加えて、本件全証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件更正処分等の根拠及びその適法性については、別紙３に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
第４ 結論
以上の次第であって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官品川英基
裁判官福渡裕貴
（別紙１）
物件目録
１ 所在東京都豊島区
地番●●番●●
地目宅地
地積６６．１９平方メートル
２ 所在東京都豊島区
地番●●番●●
地目宅地
地積２１．０４平方メートル
３ 所在東京都豊島区
地番●●番●●
地目宅地
地積６４．４７平方メートル
４ 所在東京都豊島区
地番●●番●●
地目宅地
地積２．２９平方メートル
以上
（別紙２）
関係法令等の定め
第１ 法人税法の定め
１ 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めている。
２ 法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を定めている。
３ 法人税法２２条４項は、同条２項に規定する当該事業年度の収益の額及び同条３項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定めている。
第２ 法人税法基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５（例規）国税庁長官通達。以下「基本通達」という。乙２６）の定め
１ 基本通達２－１－１は、棚卸資産の販売による収益の額は、その引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入する旨を定めている。
２ 基本通達２－１－２は、基本通達２－１－１の場合において、棚卸資産の引渡しの日がいつであるかについては、例えば、出荷した日、相手方が検収した日、相手方において使用収益ができることとなった日、検針等により販売数量を確認した日等当該棚卸資産の種類及び性質、その販売に係る契約の内容等に応じその引渡しの日として合理的であると認められる日のうち法人が継続してその収益計上を行うこととしている日によるものとする旨、この場合において、当該棚卸資産が土地又は土地の上に存する権利であり、その引渡しの日がいつであるかが明らかでないときは、次に掲げる日のうちいずれか早い日にその引渡しがあったものとすることができる旨を定めている。
(1) 代金の相当分（おおむね５０％以上）を収受するに至った日
(2) 所有権移転登記の申請（その登記の申請に必要な書類の相手方への交付を含む。）をした日
３ 基本通達２－１－１４は、固定資産の譲渡による収益の額は、別に定めるものを除き、その引渡しがあった日の属する事業年度の益金の額に算入するが、その固定資産が土地、建物その他これらに類する資産である場合において、法人が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日の属する事業年度の益金の額に算入しているときはこれを認める旨を定めている。また、（注）として、上記の取扱いによる場合において、固定資産の引渡しの日がいつであるかについては、基本通達２－１－２の例による旨を定めている。
以上
（別紙３）
本件更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき法人税の額は、次に述べるとおりである。
(1) 所得の金額（別表２順号③）
３８９２万５８１８円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 申告に係る所得の金額（別表２順号①）
７６０万８４９５円
上記金額は、原告が本件確定申告書の「所得金額又は欠損金額」欄に記載した所得の金額と同額である。
イ 益金の額に算入すべき固定資産の譲渡等に係る収益の額（別表２順号②、別表３順号③の「合計」欄）
３１３１万７３２３円
上記金額は、本件売買代金及び本件残地補償金の合計額である３１３２万８４１２円（別表３順号①「譲渡代金又は残地補償金」の「合計」欄に記載された金額）から、本件各土地に係る帳簿価額の合計額である１万１０８９円（別表３順号②「帳簿価額」の「合計」欄に記載された金額）を差し引いた金額であり、法人税法２２条２項により益金の額に算入すべき金額である。
(2) 所得に対する法人税の額（別表２順号④）
１１０３万７５００円
上記金額は、前記(1)の所得の金額３８９２万５０００円（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法６６条１項及び平成２２年法律第６号による改正前の法人税法６６条２項に規定する税率（所得の金額が８００万円までについては１００分の２２、それを超える金額については１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
(3) 所得税額の控除（別表２順号⑤）
７０７円
上記金額は、平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法６８条（ただし、同条２項については、平成２０年法律第２３号による改正前のもの）の規定により法人税の額から控除される所得税の額として、原告が本件確定申告書の「法人税額から控除される所得税額」欄に記載した金額と同額である。
(4) 納付すべき法人税の額（別表２順号⑥）
１１０３万６７００円
上記金額は、上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(5) 既に納付の確定した法人税の額（別表２順号⑦）
１６７万３０００円
上記金額は、原告が本件確定申告書の「法人税額」欄に記載した金額と同額である。
(6) 差引納付すべき法人税の額（別表２順号⑧）
９３６万３７００円
上記金額は、上記(4)の金額から上記(5)を差し引いた金額である。
２ 本件更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の所得の金額及び納付すべき法人税の額は前記１のとおりであり、この金額は、本件更正処分における本件事業年度の所得の金額及び納付すべき法人税の額（別表４の「更正処分」欄参照）と同額であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告は、本件売買代金及び本件残地補償金の金額を原告の本件事業年度の法人税の額の計算の基礎とせず、本件事業年度の所得の金額及び法人税の額を過少に申告していたものであり、過少に申告したことについて、通則法６５条４項に規定する正当な理由は存しない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、同条１項に基づき、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額（上記１(6)）である９３６万円（同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて計算した金額９３万６０００円と、同法６５条２項の規定に基づき、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額につき期限内申告税額に相当する金額である１６７万３７０７円を超える部分に相当する税額７６８万円（同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５を乗じて計算した金額３８万４０００円の合計額である１３２万円となる。
４ 本件賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、前記３のとおりであり、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表４の「更正処分」欄参照）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
以上
別表１～３省略
別表４本件事業年度の法人税に係る経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告
加算税
確定申告
21・２・18
7,608,495
1,673,000
－
更正処分
23・１・28
38,925,818
11,036,700
1,320,000
異議申立て
－
同上決定
－
（直接審査請求）
審査請求
23・３・24
7,608,495
1,673,000
同上裁決
24・２・15
（棄却）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12397.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。