税務訴訟資料第２６４号－８３（順号１２４６４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号損害賠償請求事件
国側当事者・国（京橋税務署長）
平成２６年４月２５日棄却・確定
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
渡邉穣
同
荒川雄二郎
同
榎木智浩
同補佐人税理士
西村善朗
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
（処分行政庁京橋税務署長）
上記指定代理人
木村智博
同
木村快
同
糸賀定雄
同
三浦一樹
同
酒井武
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、４億５８５７万５２００円及びこれに対する平成２３年６月２８日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、会計上特別損失に計上した株式の評価損について所得金額に誤って１５億２８５８万３６０６円を過大に計上したため、４億５８５７万５２００円の法人税を過大に納付しているとして、法人税の減額更正処分を求める旨の嘆願書を数回にわたり提出し（以下「本件嘆願」という。）、京橋税務署長において減額更正処分の根拠たるべき事実が存在することを客観的に認識し得る状況になり、同署長は減額更正処分を行う義務を負ったのに、減額更正処分が行われなかったと主張して、被告に対し、国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求として、還付されたはずの過大納税額４億５８５７万５２００円及びこれに対する損害賠償請求権発生の日の翌日である平成２３年６月２８日から支払済みまで民法所定年５分の割合による遅延損害金の支払を求めた事案である。
１ 争いのない事実等（証拠によって認定した事実については末尾に証拠を掲記する。その余は争いのない事実である。）
(1) 当事者等
ア 原告は、昭和２５年１月●日に設立され、眼鏡、コンタクトレンズ、光学機器および補聴器の製造、販売等を目的とする株式会社であったが、平成２１年４月、上記事業等を１００パーセント子会社である株式会社Ｊに移管し、現在は、株式会社Ｊ及び上記事業等に相当する業務を営む外国会社の株式又は持分を保有することにより、当該会社の事業活動を支配又は管理することを目的とする、いわゆる持株会社で、Ｋに株式を上場している。乙税理士は、原告から、本件嘆願の手続を受託した者である。丙（以下「丙経理部長」という。）は、本件当時、原告の経理部長であった者である。
イ 本件嘆願については、乙税理士が、平成２２年１２月１日から平成２３年６月６日まで嘆願書、添付資料及び更正の請求書を提出し、東京国税局が嘆願書と添付資料を、京橋税務署長は更正の請求書を受理し、東京国税局が統一の窓口となって、その内容を確認した上、乙税理士に対して内容の説明や追加資料の提出を求める等の質問検査権を行使して調査を実施した。丁（以下「丁統括官」という。）、戊（以下「戊総括主査」という。）及びＢ（以下「Ｂ調査官」とい、丁統括官と戊総括主査と併せて「担当者」という。）は、東京国税局の職員である。
更正処分は、その処分を行う際におけるその国税の納税地を所轄する税務署長が行うものとされ（国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）３０条）、本件では、京橋税務署長がこれにあたる。
ウ なお、以下では特に断りのない限り、乙税理士や丙経理部長の行為を便宜上「原告」の行為とし、京橋税務署長や担当者の行為を便宜上「被告」の行為として記載する。
(2) 確定申告書の提出
原告は、第５８期（平成１７年４月１日～平成１８年３月３１日。以下「平成１８年３月期」という。）、第５９期（平成１８年４月１日～平成１９年３月３１日。以卞「平成１９年３月期」という。）、第６０期（平成１９年４月１日～平成２０年３月３１日。以下「平成２０年３月期」といい、平成１８年３月期及び平成１９年３月期とあわせて「本件各事業年度」という。）の法人税に関する確定申告書を被告に提出した。
(3) 確定申告書の記載内容
原告は、本件各事業年度の法人税の確定申告書において、決算上、以下の有価証券（以下「本件各株式」という。）の評価損（以下「本件各評価損」という。）として計上した金額のうち、以下の金額を本件各事業年度の所得に加算した。
期
有価証券
金額
平成１８年
３月期
Ｃ（以下「Ｃ」という。）株式（以下「平成１８年Ｃ株
式」という。）
317,657,865円
平成１８年
３月期
Ｄ（以下「Ｄ」という。）株式（以下「平成１８年Ｄ株
式」という。）
71,706,866円
平成１９年
３月期
株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）株式（以下「平成１
９年Ｅ株式」という。）
218,675,084円
平成１９年
３月期
株式会社Ｆ（以下「Ｆ」という。）株式（以下「平成１
９年Ｆ株式」という。）
28,514,045円
平成２０年
３月期
Ｇ（以下「Ｇ」という。）株式（以下「平成２０年Ｇ株
式」という。）
843,807,937円
平成２０年
３月期
Ｅ株式（以下「平成２０年Ｅ株式」という。）
38,795,045円
平成２０年
３月期
Ｆ株式（以下「平成２０年Ｆ株式」という。）
1,435,954円
平成２０年
３月期
Ｈ（以下「Ｈ」という。）株式（以下「平成２０年Ｈ株
式」という。）
7,990,810円
所得への加算合計額
1,528,583,606円
(4) 損金算入要件
本件各株式は、いずれも上場されておらず、取引相場もないため、法人税法上、本件各評価損を損金算入するためには、以下の要件を具備する必要がある（以下、当該要件を「損金算入要件１」などと称する。）。
ア 損金算入要件１
損金経理によりその有価証券の帳簿価額を減額したこと（法人税法３３条２項）。
イ 損金算入要件２
事業年度終了日の発行法人の１株又は１口当たりの純資産価額が、取得時に比して概ね５０％以上下回ることとなったこと（法人税法３３条２項、法人税法施行令（以下単に「施行令」という。）６８条１項２号ロ、法人税基本通達（以下単に「通達」という。）９－１－９(2)）。
ウ 損金算入要件３
当該有価証券の当該事業年度終了時の価額がその時の帳簿価額の概ね５０％以上下回ることとなったこと（法人税法３３条２項、施行令６８条１項２号ロ、通達９－１－１１、９－１－７）。
エ 損金算入要件４
近い将来その有価証券の価額の回復が見込まれないこと（法人税法３３条２項、施行令６８条１項２号ロ、通達９－１－７）。
(5) 本件嘆願
原告は、被告に対し、平成２２年１２月１日以降、数回にわたり、本件各事業年度等の法人税申告について過大申告があるため、減額更正の処理を求める旨の嘆願書等を提出した（甲２の１～２の２６）。
(6) 被告による判定
担当者は、平成２３年６月２７日、本件各評価損につき、損金算入要件を充足していない旨の判定表（以下「本件判定表」という。）を作成し、同年７月５日、東京国税局を訪れた丙経理部長と乙税理士に対し、本件嘆願には応じられない旨告知した（乙８ないし１６、弁論の全趣旨）。
(7) 関連規定
ア 施行令６８条
法人税法３３条２項に規定する政令で定める事実は、物損等の事実（次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める事実であって、当該事実が生じたことにより当該資産の価額がその帳簿価額を下回ることとなったものをいう。）及び法的整理の事実（更生手続における評定が行われることに準ずる特別の事実をいう。）とする。
二有価証券次に掲げる事実
イ １１９条の１３第１号から第３号まで（売買目的有価証券の時価評価金額）に掲げる有価証券（１１９条の２第２項２号に掲げる株式又は出資に該当するものを除く。）の価額が著しく低下したこと。
ロ イに規定する有価証券以外の有価証券について、その有価証券を発行する法人の資産状態が著しく悪化したため、その価額が著しく低下したこと。
ハ ロに準ずる特別の事実
イ 通達による規定
(ア) 通達９－１－７
施行令６８条１項２号イに規定する「有価証券の価額が著しく低下したこと」とは、当該有価証券の当該事業年度終了の時における価額がその時の帳簿価額のおおむね５０％相当額を下回ることとなり、かつ、近い将来その価額の回復が見込まれないことをいうものとする。
（注２）本文の回復可能性の判断は、過去の市場価格の推移、発行法人の業況等も踏まえ、当該事業年度終了の時に行うのであるから留意する。
(イ) 通達９－１－９
施行令６８条１項２号ロに規定する「有価証券を発行する法人の資産状態が著しく悪化したこと」には、次に掲げる事実がこれに該当する。
(2) 当該事業年度終了の日における当該有価証券の発行法人の１株又は１口当たりの純資産価額が当該有価証券を取得した時の当該発行法人の１株又は１口当たりの純資産価額に比しておおむね５０％以上下回ることとなったこと。
（注） (2)の場合においては、次のことに留意する。
１ 当該有価証券の取得が２回以上にわたって行われている場合又は当該発行法人が募集株式の発行等若しくは株式の併合等を行っている場合には、その取得又は募集株式の発行等若しくは株式の併合等があった都度、その増加又は減少した当該有価証券の数及びその取得又は募集株式の発行等若しくは株式の併合等の直前における１株又は１口当たりの純資産価額を加味して当該有価証券を取得した時の１株又は１口当たりの純資産価額を修正し、これに基づいてその比較を行う。
２ 当該発行法人が債務超過の状態にあるため１株又は１口当たりの純資産価額が負（マイナス）であるときは、当該負の金額を基礎としてその比較を行う。
(ウ) 通達９－１－１１
通達９－１－７は、施行令６８条１項２号ロに掲げる有価証券の価額が著しく低下したことの判定について準用する。
２ 争点
(1) 損金算入要件の充足の有無
本件各評価損が損金算入要件１及び３を充足していること及び、平成２０年Ｅ株式、平成２０年Ｆ株式、平成２０年Ｈ株式の評価損が損金算入要件２を充足していることについては当事者に争いがない。よって、損金算入要件に関する争点は、①平成２０年Ｅ株式、平成２０年Ｆ株式、平成２０年Ｈ株式以外の本件各株式についての評価損が損金算入要件２を充足するか否か、②本件各評価損が損金算入要件４を充足するか否かである。
ア 損金算入要件２の充足の有無（争点１）
(ア) 平成１８年Ｃ株式（争点１－１）
(イ) 平成１８年Ｄ株式（争点１－２）
(ウ) 平成１９年Ｅ株式（争点１－３）
(エ) 平成１９年Ｆ株式（争点１－４）
(オ) 平成２０年Ｇ株式（争点１－５）
イ 損金算入要件４の充足の有無（争点２）
(2) 減額更正処分をしなかったことが国家賠償法上違法といえるか（争点３）
(3) 損害額（争点４）
３ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点１－１（平成１８年Ｃ株式）について
（原告の主張）
ア 純資産価額の修正事由
通達９－１－９(2)注１では、「株式の発行『等』を行っている場合」に純資産価額の修正計算を行うとされており、純資産価額の修正事由は、例示列挙されているにすぎない。純資産価額の修正計算を行う趣旨は、有価証券の取得が複数回にわたって行われている場合、当該有価証券の１株あたりの純資産価額が変動するため、都度修正を求めた点にある。払込資本が、資本金と準備金のいずれに振り分けられようと、１株当たりの純資産価額は増加するのであり、資本準備金のみが増加する増資がなされた場合も、純資産価額の修正事由に該当する。その場合の計算は以下の方法によるべきである。
【計算方法】
（旧株式取得時の純資産価額×旧株式数＋準備金増資額）／旧株数
イ 損金算入要件２の充足
前記計算方法によると、平成１８年Ｃ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時が３４ユーロ、平成１８年３月期の終了日が５．４９ユーロとなり、５０％以上下落している。よって、損金算入要件２を充足する。
（被告の主張）
ア 純資産価額の修正事由について
通達９－１－９(2)注１は、有価証券の取得が２回以上にわたって行われている場合、法人が取得して保有している株式の数に変動があるため、都度、純資産価額を修正する旨規定したものである。株式の発行を伴わず、資本準備金のみが増加する増資は、法人が取得して保有する株式数の増減が生じないから、修正事由にあたらない。原告は、根拠なく通達の定めと異なる算定方法で計算しており、不当である。
イ 損金算入要件２の不充足
平成１８年Ｃ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時が△９．２ユーロ、平成１８年３月期の終了日が５．４９ユーロとなり、５０％以上下落しているとはいえない。よって、損金算入要件２を充足していない。
(2) 争点１－２（平成１８年Ｄ株式）について
（原告の主張）
ア 平成元年２月期の資本金額
平成元年２月期における、平成１８年Ｄ株式の貸借対照表上の資本金額は２ポンド、親会社借入金は４９万９９９８ポンドとなっている。しかし、原告は、資本金５０万ポンドの会社の設立を企図していたのであり、その旨取締役会で決議がなされ、５０万ポンドは出資金ないし資本金として送金されている。現地の法律事務所が、単純なミスにより、資本金を２ポンドとして会社を設立してしまったにすぎない。損金算入要件２の趣旨は、投資家の有する資本持分の変動を正確に反映する点にあり、原告は５０万ポンドを出資金ないし資本金として送金している以上、平成１８年Ｄ株式の資本金額は５０万ポンドとして計算すべきである。
イ 損金算入要件２の充足
平成１８年Ｄ株式の１株当たりの純資産価額は、資本金額を５０万ポンドとして計算すると、株式取得時が０．２ポンド、平成１８年３月期の終了日が０．０９９ポンドとなり、５０％以上下落している。よって、損金算入要件２を充足する。
（被告の主張）
ア 平成元年２月期の資本金額について
法人の資産状況等は、高度の信用性が認められている計算書類から認定すべきである。平成元年２月の貸借対照表上、資本金額は２ポンドとされている以上、設立時の資本金額は２ポンドとして計算すべきである。原告主張のように単純なミスがあったのであれば、借入金と資本金とは、その性質が全く異なる以上、貸借対照表の訂正があってしかるべきであるが、訂正はなされていない。
イ 損金算入要件２の不充足
平成１８年Ｄ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時後の増資による修正をした価額が△５万０６４７ポンド、平成１８年３月期の終了日が０．０９９ポンドとなり、５０％以上下落しているとはいえない。よって、損金算入要件２を充足していない。
(3) 争点１－３（平成１９年Ｅ株式）について
（原告の主張）
ア 事業年度終了日の純資産価額の算出方法
平成１９年３月期の事業年度終了日における平成１９年Ｅ株式の１株当たりの純資産価額は、平成１８年２月期の決算書類（以下「平成１８年決算書類」という。）ではなく、平成１９年２月期の決算書類（以下「平成１９年決算書類」という。）に基づいて算出すべきである。
イ 損金算入要件２の充足
平成１９年Ｅ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時が５５４１円、平成１９年３月期の終了日が１９７８円となり、５０％以上下落している。よって、損金算入要件２を充足する。
（被告の主張）
ア 事業年度終了日の純資産価額の算出方法について
通達９－１－１３(4)では、当該事業年度終了日に最も近い日における株式発行法人の１株当たりの純資産価額等を参酌するとされており、最も近い事業年度末の財務諸表に基づいて損金算入要件２を判断すれば、明らかに不合理でない限り、その判断を認めるべきである。本件では、原告が、損金算入要件２を判断した時点（平成１９年４月１０日）で入手していた決算書のうち、平成１９年３月に最も近いものは平成１８年決算書類である。よって、平成１８年決算書類に基づいて算出すべきである。
イ 損金算入要件２の不充足
平成１９年Ｅ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時後の増資により修正をした価額が５５４１円、平成１９年３月期の終了日が１万３７３４円となり、５０％以上下落しているとはいえない。よって、損金算入要件２を充足していない。
(4) 争点１－４（平成１９年Ｆ株式）について
（原告の主張）
ア 翌期に生じた前期損益修正損について
平成１９年Ｆ株式の１株あたりの純資産価額は、Ｆの平成１８年７月期の純資産価額に基づき算出される。Ｆの、平成１９年７月期の損益計算書には、前期損益修正損として４億２０４０万２０００円が計上されており、平成１８年７月期の貸借対照表上に計上されている純資産価額は同額分過大に計上されていた。Ｆの、平成１８年７月期の純資産価額を算出するにあたっては、翌期（平成１９年７月期）に生じた前期損益修正損を勘案すべきである。
イ 損金算入要件２の充足
平成１９年Ｆ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時が１７３円、前期損益修正損を反映した平成１９年３月期の終了日が△１万３３７８円となり、５０％以上下落している。よって、損金算入要件２を充足する。
（被告の主張）
ア 翌期に生じた前期損益修正損について
法人税法上、課税所得の計算は、継続企業の原則に従い、当期において生じた収益と、費用・損失とを対応させ、その差額概念として所得を算出する建前となっている（通達２－２－１６参照）。平成１９年７月期に計上された前期損益修正損は、同事業年度において、平成１８年７月期以前の損益計算が、その後過大であると判明したことにより生じた過年度の過大利益の修正にすぎず、あくまで平成１９年７月期の損失に計上すべきである。仮に、原告主張のとおりに解すると、数年前に遡って損金算入要件２の再判定を行うこととなり、課税関係が著しく不安定となる。
イ 損金算入要件２の不充足
平成１９年Ｆ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時後の増資により修正をした価額が３２０７円、平成１９年３月期の終了日が２３９７円となり、５０％以上下落しているとはいえない。よって、損金算入要件２を充足していない。
(5) 争点１－５（平成２０年Ｇ株式）について
（原告の主張）
ア 普通株式と種類株式Ｃは異なる銘柄
法人が他の法人の発行する複数の種類の株式を有する場合、権利内容等からみて、株式が同一の価額で取引が行われるものと認められる場合を除き、原則として、それぞれ異なる銘柄として１株あたりの帳簿価格を算出するものとされている（通達２－３－１７）。原告は、Ｇについて、普通株式のほか種類株式Ｃを保有しているところ、種類株式Ｃは残余財産分配請求権につき普通株式に優先するため、両株式が同一の価額で取引が行われるとはいえない。よって両株式は、別個に１株当たりの純資産価額を算出すべきである。
イ 種類株式Ｃの純資産価額の算出方法
設立時に普通株式を新規発行する際、新株取得直前の１株あたりの純資産価額は、普通株式の１株あたりの払込価額とされている。これは、設立時には普通株式に対応する直前期の種類資本がないためである。種類株式Ｃも、新規発行時には直前期の種類資本Ｃがないのだから、種類株式Ｃを新規発行した当初の新株取得直前の１株あたりの純資産価額は、種類株式Ｃの１株あたりの払込価額たる１豪ドルとすべきである。
ウ 損金算入要件２の充足
平成２０年Ｇ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時が、０．５豪ドル、平成２０年３月期の終了日が０．１９豪ドルとなり、５０％以上下落している。よって、損金算入要件２を充足する。
（被告の主張）
ア 普通株式と種類株式Ｃは同一銘柄
普通株式と種類株式Ｃは、いずれも、市場価額がない点、Ｇは、原告の完全子会社であり、発行済株式は全て原告が保有している点で同一である。両株式は、株式の権利内容が異なるものであるとしても、同一の者が全ての株式を継続して保有している限り、異なる価額で取引が行われるとはいえず、かえって、同一の価額で取引がなされているとみることができる。よって、両株式は同一の銘柄として純資産価額を算出すべきである。
イ 種類株式Ｃの純資産価額の算出方法について
原告主張の算出方法は、税法等において定められているわけではなく、独自の処理方法を主張しているにすぎない。
ウ 損金算入要件２の不充足
平成２０年Ｇ株式の１株当たりの純資産価額は、株式取得時後の増資により修正をした価額が△１２６１豪ドル、平成２０年３月期の終了日が０．２６豪ドルとなり、５０％以上下落しているとはいえない。よって、損金算入要件２を充足していない。
(6) 争点２（損金算入要件４の充足の有無）について
（原告の主張）
ア 納税者による回復可能性の判断は不要
損金算入要件４に関し、施行令６８条１項２号ロは「その価額が著しく低下したこと」とし、通達９－１－７の本文は「近い将来その価額の回復が見込まれないこと」としており、これらは客観的な状態を要件として規定している。よって、納税者が回復可能性の有無についての判断を行ったか否かは要件とならない。
被告は、通達９－１－７（注２）を根拠に納税者による回復可能性の判断が必要としているが、同通達は、国税庁長官が各国税局等の職員を名宛人に発した命令であるから、通達９－１－７（注２）に記載の点に留意すべき主体は、税務署職員等であり、納税者ではない。通達９－１－７（注２）は、単に客観的な回復可能性の有無の判断基準時が事業年度終了時であることを注意的に喚起するものにすぎない。
被告は、国税庁作成の平成２１年４月付け「上場有価証券の評価損に関するＱ＆Ａ」と題する書面（甲１０。以卞「本件Ｑ＆Ａ」という。）を根拠に回復可能性の判断が必要としているが、本件Ｑ＆Ａは、納税者が損金算入要件４を満たすと判断して有価証券の評価損を計上した場合に、どういった基準であれば税務当局によって合理的であるとして尊重されうるのかを示したガイダンスにすぎない。よって、納税者による判断がなされていない場合や、納税者から合理的な判断基準が示されない場合に損金算入要件４を満たさないといった結論を導くものではない。
被告は、回復可能性の判断が必要であることは実務上の取扱いである旨主張するが、本件とは別の更正通知書における更正の理由では、納税者が回復可能性の判断を行ったか否かは特段考慮されておらず、実務上の取扱いとはいえない。
イ 回復可能性の判断を行っている
原告は、「金融商品会計に関する実務指針」（以下「会計指針」という。）に準拠して、発行会社が債務超過の状態にある場合又は２期連続で損失を計上し、かつ、翌期もそのように予想される場合、その株価には回復可能性がないという判断基準を用いて回復可能性の有無を判断した。発行会社が子会社の場合には、当該発行会社の将来の中期事業計画も考慮した上で、中期事業計画終了時点の純資産価額（実質価額）の下落が固定的であって、近い将来、帳簿価額の５０％程度までの回復の見込みのない状態にあることが、監査法人の判断により客観的に確認できる場合には、その株価には回復可能性がないという判断基準を用いて回復可能性の有無を判断した。
被告は、税務上も回復可能性が認められないと判断したのであれば、本件各評価損を所得金額に加算することはない旨主張する。しかし、原告は、損金算入要件４を満たすと判断したものの、他の損金算入要件を満たさないと判断したがために評価損を計上しなかったにすぎない。
（被告の主張）
ア 納税者による回復可能性の判断は必要
通達９－１－７は、法人の恣意的な所得計算を排除するという観点から、回復見込みの判断が必要としている。本件Ｑ＆Ａでも、「回復可能性の判断は、あくまでも各事業年度末時点において合理的な判断基準に基づいて行うものです」等と記載されており、通達９－１－７（注２）の記載は、納税者が、株価の回復可能性についての判断を各事業年度末時点において実際に行うことが要求されることを意味している。また、それが実務上定着した扱いである。
原告は、通達の名宛人は税務署職員等である旨主張する。しかし、通達は、法人税等の法令解釈について一般的な取扱い方針を定めたものであるところ、有価証券評価損を損金の額に算入するか否かを判断する主体はまずもって納税者であるから、通達９－１－７（注２）の主体も納税者である。
イ 回復可能性の判断をしていない
原告は、本件各評価損につき、会計上の減損処理について検討しているが、税務上の損金算入に関する検討資料は作成していない。原告の税務担当者及び顧問税理士は、税務上の有価証券の評価損の損金算入の可否に関し十分な判断基準・知識を持ち合わせていなかったため、検討を行わずに、本件各評価損を所得の金額に加算している。原告は、本件各事業年度終了時において、法人税法上、本件各評価損を損金の額に算入することが認められるか否かの検討を行っていない。
仮に、会計上の判断と同様、税務上の判断もしたのであれば、確定申告書において本件各評価損を所得金額に加算するはずはなく、損金として算入するはずである。
(7) 争点３（減額更正処分をしなかったことが国家賠償法上違法といえるか）について（原告の主張）
ア 損金算入要件に関する義務違反
担当者は、乙税理士の説明を受け、損金算入要件２を充足することを認識し得たのに通達を誤って理解するなどして平成１８年Ｃ株式、平成１８年Ｄ株式、平成１９年Ｅ株式、平成１９年Ｆ株式、平成２０年Ｇ株式は、損金算入要件２を満たさないとの誤った判断をしており、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしたとはいえない。
担当者は、損金算入要件４の判定にあたり、①回復可能性のないことについて納税者が用いた合理的な判断基準が示される限りにおいては、その判断を尊重し、当該基準が合理的か否かという観点から当該基準に基づいて回復可能性が認められるかを判定し、②納税者が用いた判断基準が明らかでない場合、過去の市場価格の推移等を総合考慮して、損金算入要件４の充足性を判定する注意義務を負っていた。しかるに、担当者は、税務上、株価の回復可能性がないと判断したのであれば本件各評価損を所得金額に加算することはないとの誤った経験則を適用して、損金算入要件４を充足しないと判断しており、前記注意義務に違反する。
イ 更正義務違反
納税者からの嘆願を受け、担当者が当該嘆願に基づく課税標準等や税額等に関する調査をするとともに、関係資料の収集をしたのであれば、担当者は、京橋税務署長に対し、嘆願に係る課税標準等や税額等が適正であるかを吟味し、報告する義務を負うとともに、京橋税務署長は、担当者の報告に誤りがないか精査し、実態に即した適正な課税標準等に基づく税額等に更正するという注意義務を負っていた（通則法２４条）。
担当者は、原告からの嘆願により、本件各株式が損金算入要件を全て充足していることを認識し得たにもかかわらず、それを充足しないと判断し、その旨報告を受けた京橋税務署長は、同報告に誤りがないか精査せず、減額更正処分を行わず、漫然とこれを放置しており、注意義務違反がある。
（被告の主張）
ア 損金算入要件に関する義務違反について
本件各評価損は、損金算入要件２ないし損金算入要件４を充足していない。
同要件を充足しているか否かは、法令解釈上の疑義の問題であるところ、仮に、公務員の行為が結果的に法令の解釈・適用を誤ったものであったとしても、ある事項に関する法律解釈について複数の解釈が考えられ、そのいずれについても相当の根拠が認められる場合において、公務員がそのうちの一つの解釈に基づいて行為をした場合等には、国家賠償法上違法や過失が認められることはない。損金算入要件２及び４について、従前、実務上特に疑いを差し挟む解釈がなされたことはなく、その当否が取消訴訟で争われたこともない。担当者は、法人税法の解釈として合理性を有し、実務上定着した解釈である通達を当てはめ、通達に直接記載のない部分については、通達の他の定めに照らして相応の根拠が認められる解釈に基づいて判断しており、職務上通常尽くすべき注意義務違反があったとはいえない。
イ 更正義務違反について
(ア) 本件各評価損は、いずれも損金算入要件の全てを充足していないから、京橋税務署長が減額更正処分をしなかったことにつき、違法性はない。
(イ) 仮に、本件各評価損が法人税法上、損金算入されるとしても、京橋税務署長が本件嘆願にかかる減額更正処分を行わなかったことが国家賠償法上違法となるのは、京橋税務署長が職務上尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件嘆願に係る減額更正処分をしなかった場合に限られる。
本件嘆願は、京橋税務署長の職権発動を促すものにすぎず、これに基づき京橋税務署長が何らかの処分をすべき法令上の規定は存在しない。本件嘆願に基づき、京橋税務署長が原告に対して負担する職務上の法的義務はそもそも存在しない。
仮に、本件嘆願に基づき、京橋税務署長が何らかの法的義務を負うとしても、本件では、担当者は、乙税理士との間で何度も面談するなどし、原告から提出された資料を十分検討した上で、本件各評価損を所得の金額に加算したことに誤りはないと判断し、京橋税務署長は、「その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるとき」に当たらないことから、減額更正処分は認められないと判断している。よって、京橋税務署長は、職務上尽くすべき注意義務を尽くしている。
(8) 争点４（損害額）について
（原告の主張）
原告は、所得金額を１５億２８５８万３６０６円過大計上してしまったことにより、法人税４億５８５７万５２００円を過大納付した。京橋税務署長が減額更正処分をしないことにより、原告は４億５８５７万５２００円の還付を受けることができていないのだから、原告には同額の損害が発生している。
（被告の主張）
争う。
第３ 争点に対する判断
１ 前提事実
(1) 原被告間の交渉
ア 乙税理士と丙経理部長は、東京国税局で、被告に対し、平成２２年１２月１日、嘆願書（甲３の１）を提出した。同嘆願書には、本件各事業年度の法人税に係る確定申告につき更正の請求をしておらず、かつ、更正の請求をすることができる期間を経過しているが、これは、本件各事業年度当時は本件Ｑ＆Ａが発表されておらず、株価の回復可能性に関する判断ができなかったためであり、嘆願による減額更正処理をお願いしたい旨記載されている。これに対し被告は、今さらなぜこのような請求をしているのか、決算当時の判断では税務上損金にならないとして自己否認したのではないか、本件Ｑ＆Ａにより評価損の取扱いが変わったわけではないなどと回答した（甲２の１、乙１６第４頁、証人乙２、３頁）。
イ 被告は、原告に対し、同月７日、自己否認した当時の判断資料が欲しいので、どういった場合に評価損を加算するかの社内ルール等を提出するよう依頼した。これに対し原告は、同月２４日、概ね以下のとおり回答した（甲２の３、乙１６第４頁）。
① 本件各評価損について、会計上の減損処理に関する資料は、監査対応上必要なので作成したが、税務上の損金算入の可否に関する検討資料は作成していない。
② 会計上の減損処理の計算が税務上も評価損として容認されるか否かについては、会計指針及び関連する法人税の法令及び通達を嘆願等の請求レベルで比較検討することにより「株価の回復可能性」について一定の判断を下すことが可能であった。それが実際に行われたならば、関連する法人税法等について網羅的に吟味して検討したプロセスを示す資料の形跡が残されているはずであるが、それらは全く存在せず、投資銘柄別の評価書等が作成された気配もない。検討が実際に行われたのであれば、ある銘柄については税務上否認し、他の銘柄については容認するという結果となっていたはずであるが、実際には、会計上の減損処理を税務上一律に自己否認しているだけである。
③ 当時の原告の税務担当者及び顧問税理士は、税務上の有価証券の評価損の損金算入の可否に関し、十分な判断基準又は知識を持ち合わせていなかったため、検討自体行わずに、申告上、本件各評価損を安易に所得の金額に加算したものといえる。
ウ 原告は、被告に対し、平成２３年２月２１日、「税務意見書」と題する書面（甲２の６）を提出した。同書面には、概ね、被告は申告時の判断として法人がより保守的に考えて自己加算したことを重視しているが、帳簿価額を損金経理により減額し、他の要件さえ満たせば、加算した理由が何かは関係ない、課税要件はあくまで客観的なものであり、被告の主張のように主観的な要件で判断すべきではない旨記載されている。被告は、法令適用の誤りが明らかにならない以上、基本的に嘆願及び更正の請求を認めるつもりはない旨回答した（乙１６第６頁、７頁）。
エ 被告は、原告に対し、同年３月２８日、①有価証券評価損を計上する場合の社内ルール等の有無（ペーパーの有無）、②株価の回復可能性の判断基準の有無、③本件各評価損を所得の金額に加算した理由等を問うた。これに対し原告は、①については、社内ルール等は特になく、会計士からの要請等により判断資料を作成し計上等している旨回答した。②については、判断基準等のペーパーはなく、経理の担当が海外事業部の担当者に聞いたりして判断していたようであり、子会社であることから担当としては回復可能性の判断（業績見通し等）は甘くなりがちであったと思われる旨回答した。③については、税理士に相談等し、税務調査で否認されるのも影響が大きいことから、より保守的に判断して自己否認していた旨回答した（乙１６第８頁）。
(2) 被告による判定
担当者は、同年６月２７日、本件各評価損の全てにつき、回復可能性がないことについての原告の具体的社内ルールはなく、確定申告当時には、原告が個々に当時の有価証券評価損の回復可能性を判断して申告加算していることを理由に、損金算入要件４を充足しない旨の判定を行った（乙８ないし１５）。
２ 争点２（損金算入要件４の充足の有無）について
(1) 本件Ｑ＆Ａの記載
本件Ｑ＆Ａには、概ね以下の記載がある。
ア 上場株式の事業年度末における株価が帳簿価額の５０％相当額を下回る場合における評価損の損金算入に当たっては、株価の回復可能性についての検証を行う必要があるが、回復可能性がないことについて法人が用いた合理的な判断基準が示される限りにおいては、その基準が尊重される（Ｑ１のＡ）。
イ 評価損の損金算入が認められるためには、株価の回復可能性に関する検証を行う必要があるが、どのような場合に「近い将来回復が見込まれない」といえるかが問題となる。株価の回復可能性の判断のための画一的な基準を設けることは困難だが、法人の側から、過去の市場価格の推移や市場環境の動向、発行法人の業況等を総合的に勘案した合理的な判断基準が示される限りにおいては、税務上その基準は尊重される。法人が、独自に株価の回復可能性に係る合理的な判断を行うことは困難な場合もあるため、発行法人に係る将来動向や株価の見通しについて、専門性を有する客観的な第三者の見解があれば、これを合理的な判断の根拠のひとつとすることも考えられる。具体的には、専門性を有する第三者である証券アナリストなどによる個別銘柄別・業種別分析等を用いて、当該株価が近い将来回復しないことについての根拠が提示されるのであれば、これらに基づく判断は合理的な判断であると認められるものと考えられる（Ｑ１の解説）。
ウ 株価の回復可能性の判断をするための形式基準を新規に策定又は変更した場合、当該新規基準等につき、監査法人のチェックを受けた上、継続的に使用することを前提とすれば、当該新規基準等に基づく判断は、合理的なものとして取扱うことができる（Ｑ２の解説）。
エ 通達９－１－７（注）２にもあるとおり、株価の回復可能性の判断は、あくまでも各事業年度末時点において合理的な判断基準に基づいて行うものである（Ｑ３の解説）。
(2) 会計指針による定め
会計指針には、概ね以下の記載がある。
ア 有価証券の減損処理（会計指針９１項）
売買目的有価証券以外の有価証券のうち時価のあるものについて、時価が著しく下落したときは、回復する見込みがあると認められる場合を除き、当該時価をもって貸借対照表価額とし、評価差額を減損処理しなければならない（甲２の３の３頁）。
「回復する見込みがある」と認められるときとは、株式の場合、時価の下落が一時的なものであり、期末日後おおむね１年以内に時価が取得原価にほぼ近い水準にまで回復する見込みのあることを合理的な根拠をもって予測できる場合をいう。この場合の合理的な根拠は、個別銘柄ごとに、株式の取得時点、期末日、期末日後における市場価格の推移及び市場環境の動向等を総合的に勘案して検討することが必要である。ただし、株式の時価が過去２年間にわたり著しく下落した状態にある場合や、株式の発行会社が債務超過の状態にある場合又は２期連続で損失を計上しており、翌期もそのように予想される場合には、通常は回復する見込みがあるとは認められない（甲２の３の３頁）。
イ 時価を把握することが極めて困難と認められる株式の減損処理（会計指針９２項、２８５項）
時価を把握することが極めて困難と認められる株式は、当該株式の発行会社の財政状態の悪化により実質価額が著しく低下したときは、相当の減額を行い、評価差額は減損処理しなければならない。「著しく低下したとき」とは、少なくとも株式の実質価額が取得原価に比べて５０％程度以上低下した場合をいう。ただし、回復可能性が十分な証拠によって裏付けられる場合には、期末において相当の減額をしないことも認められる（甲２の４の４頁）。
子会社や関連会社等の株式については、実質価額が著しく低下したとしても、事業計画等を入手して回復可能性を判定できることもあるため、回復可能性が十分な証拠によって裏付けられる場合には、期末において相当の減額をしないことも認められるとした。ただし、事業計画等は実行可能で合理的なものでなければならず、回復可能性の判定は、おおむね５年以内に回復すると見込まれる金額を上限として行うものとする。回復可能性は毎期見直すことが必要であり、その後の実績が事業計画等を下回った場合など、事業計画等に基づく業績回復が予定どおり進まないことが判明したときは、その期末において減損処理の要否を検討しなければならない（甲２の４の５頁）。
(3) 納税者による回復可能性の判断の要否について
ア 法人税法は、資産の評価損の損金算入を原則として認めず、災害による著しい損傷により資産の価額がその帳簿価額を下回ることとなる等の例外的な場合のみ、損金算入を認めている（法人税法３３条１項、２項）。そうすると、同法が定める例外的な場合は、限定的に解すべきであって、資産価値の減少が災害による著しい損傷と同程度の事態でその減少状態は一時的又は回復の見込みがないとはいえない状態をいうものではなく、固定的で回復の見込みのない状態ないしはそれに準ずるような状態であることを要すると解するべきである。有価証券の「価額が著しく低下した」（施行令６８条１項２号ロ）とは、有価証券の資産価値がその帳簿価額に比べ異常に減少しただけでは足りず、その減少が固定的であって近い将来回復の見込みのない状態にあることを要する。
イ 通達９－１－７は、「有価証券の価額が著しく低下したこと」とは、当該有価証券の当該事業年度終了の時における価額がその時の帳簿価額の概ね５０％相当額を下回ることとなり、かつ、近い将来その価額の回復が見込まれないことをいう旨規定しているが、前記アの解釈に照らし、具体的判断基準として合理性を有するものと解される。そこで、さらに進んで、近い将来有価証券の価額の回復が見込まれないことにつき納税者が判断する必要があるか否かにつき検討する。
ウ 近い将来有価証券の価額の回復が見込まれないという要件は、客観的な状況をいうものとは解されず、納税者による将来の予測であるから、納税者が恣意的に同要件を充足したと判断することで、容易に利益操作、租税回避を行うことが可能となるため、これを可及的に防止する必要がある。他方、将来の予測に関する要件であるがゆえ、いかなる場合に回復の見込みがないといえるかについての画一的な基準を客観的に設けることは困難である。納税者が合理的な判断基準を自ら定めるか（もちろん、いったん定めた判断基準を恣意的に変更することは許されない。）、合理的な判断の根拠があれば、それに基づいて回復可能性がないと判断した場合には、同要件を充足すると判断するのが合理的であると考えられる。通達９－１－７（注２）は、これを前提とした基準であると解することができ、本件Ｑ＆Ａは、そのような趣旨で記載されていると解される。損金算入要件４を充足するためには、申告する納税者が第一次的に株価の回復可能性につき判断を行う必要があると解され、その判断は、判断当時に定められていた合理的な判断基準あるいは合理的な根拠に基づいて行うことが必要であると解される。納税者による回復可能性の判断という事情は考慮不要であるとの原告の主張は採用することができない。
(4) 原告による判断の有無
ア 原告は、損金算入要件４の判定において、①発行会社が債務超過の状態にある場合又は２期連続で損失を計上し、かつ、翌期もそのように予想される場合、その株価には回復可能性がないという判断基準を用いて回復可能性の有無を判断した、②発行会社が子会社の場合には、当該発行会社の将来の中期事業計画も考慮した上で、中期事業計画終了時点の純資産価額（実質価額）の下落が固定的であって、近い将来、帳簿価額の５０％程度までの回復の見込みのない状態にあることが、監査法人の判断により客観的に確認できる場合には、その株価には回復可能性がないという判断基準を用いて回復可能性の有無を判断した旨主張する。
イ しかし、本件各事業年度の確定申告にあたって原告が検討した資料（甲２の７、乙８～１５）を通覧しても、本件各株式の発行会社が債務超過の状態にあるか否か、２期連続で損失を計上しているか否か等につき検討したことはうかがわれない。
申告当時原告の経理チームのチーフであったＩは、陳述書（甲２２）にて、平成１８年Ｃ株式、平成１８年Ｄ株式、平成２０年Ｇ株式に関し、短期・中期の事業計画や、海外子会社の経営改善に関する役員会の決定等の資料を提示して監査法人と協議した結果、業績回復の可能性はないとの結論に至った旨記載している。原告が、真実、回復可能性の判断を行ったのであれば、取締役会議事録等の検討資料（甲２の２４の２頁ないし４頁）が提出されてしかるべきであるが、そのような証拠は提出されていない。会計指針では回復可能性が減損処理の除外事由として例外的な定めがされているから、会計上評価損計上すべきとの判断がなされたからといって、回復可能性の判断がされたと直ちには認めることはできない。同陳述書の記載を直ちに採用することはできない。
以上より、原告は、事後的に、回復可能性の判断をした旨主張しているにすぎないといえ、原告が、会計指針による会計上の減損処理をした際、本件各評価損に回復可能性がない旨の判断を行ったとは認められず、これを認めるに足りる証拠もない。
かえって、原告は、被告に対し、回復可能性について検討したプロセスを示す資料の形跡は全く存在せず、投資銘柄別の評価書等が作成された気配もない旨回答していること等からすれば（前記１(1)イ）、原告は、本件各評価損につき、回復可能性がない旨の判断をしていないと認められる。そもそも、本件各評価損につき、原告が、回復可能性はないと判断したのであれば、その金額の大きさからしても本件各評価損を所得金額に加算することはないのであり、本件各評価損を加算処理していること自体、原告が回復可能性がない旨の判断をしていないことを裏付けている。この点につき、原告は、回復可能性はないと判断していたが、損金算入要件２を充足しないと判断して加算処理をしたにすぎない旨主張する。しかし、平成２０年Ｅ株式及び平成２０年Ｆ株式については、損金算入要件２を充足すると判断しているにもかかわらず（甲２の７の１３頁及び１５頁、甲２１の７頁、甲２２の４頁、８頁及び９頁）、減損処理をしていないから、原告の主張は採用することができない。
(5) 以上より、本件各評価損につき、損金算入要件４を充足しているとは認められないから、争点１を検討するまでもなく、本件各事業年度の法人税の減額更正処分をすべき理由があるとは認められない。
３ 争点３（減額更正処分をしなかったことが国家賠償法上違法といえるか）について
(1) 国家賠償法１条１項は、国又は地方公共団体の公権力の行使に当たる公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背して当該国民に損害を加えたときに、国又は地方公共団体がこれを賠償する責任を負うことを規定するものであるから、公権力の行使に当たる公務員の行為に国賠法１条１項にいう「違法」があるというためには公務員が、当該行為によって損害を被ったと主張する者に対して負う職務上の法的義務に違反したと認められることが必要であり、さらに、原告主張に係る各処分等に客観的に違法というべき瑕疵があったとしても、そのことから直ちに国家賠償法１条１項にいう違法があったとの評価を受けるものではなく、当該公務員が資料を収集し、これに基づき法律要件事実を認定、判断する上において、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と前記各処分をしたと認め得るような事情があることが必要である（最高裁昭和●●年(○○)第●●号昭和５３年１０月２０日第二小法廷判決・民集３２巻７号１３６７頁、最高裁昭和●●年(○○)第●●号昭和６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁、最高裁昭和●●年(○○)第●●号平成元年６月２９日第一小法廷判決・民集４３巻６号６６４頁等参照）。
(2) 原告は、本件各評価損は、損金算入要件２ないし４を充足しており、被告は、減額更正処分をすべきであったにもかかわらず、担当者は、損金算入要件２ないし４を充足していないとの判断をし、京橋税務署長は、減額更正処分をしなかったため、国家賠償法上違法である旨主張する。しかし、前記２で判断したとおり、本件各評価損は、損金算入要件４を充足しておらず、税額等の計算が法律の規定に従っていなかった等（通則法２４条）とは認められないため、担当者が、本件各評価損は損金算入要件の全ては充足していないと判断したことや、京橋税務署長が、減額更正処分を行わなかったことにつき、国家賠償法上の違法性があるとは認められない。
４ よって、その余の争点を判断するまでもなく、原告の請求には理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３９部
裁判官中村雅人
裁判長裁判官小野洋一及び裁判官小川理津子は、転補につき署名押印することができない。
裁判官 中村雅人
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12464.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。