税務訴訟資料第２６４号－１１５（順号１２４９６）
松山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（大洲税務署長、国税不服審判所長）
平成２６年７月２日棄却・確定
判決
原告
Ａ漁業協同組合
同代表者代表理事
甲
同訴訟代理人弁護士
秦清
同
本田兆司
同
足立修一
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
大洲税務署長
中本照義
裁判行政庁
国税不服審判所長
畠山稔
被告指定代理人
中尾真和
同
金子長年
同
川原久志
同
諏訪洋一
同
白石忠
同
上岡渉
同
菊池俊幸
同
阿部義弘
同
熊田利彦
同
尾上幸男
同
松本博文
同
大矢根寛
同
原川幹生
同
宇野典和
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 大洲税務署長が原告に対して平成２１年６月２９日付けでした、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を８０５１万５１９９円、過少申告加算税の額を２０１万７０００円と、平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を５９６３万８７５２円、過少申告加算税の額を１５６万２５００円と、平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を７６４４万０２４４円、過少申告加算税の額を１７５万円とする各更正処分のうち、総所得金額がそれぞれ１４５２万８５９１円、９１９万７３９５円、１７７３万２８７９円を超える部分及び納付すべき税額がそれぞれ３１０万３９００円、１９６万３８００円、３６６万８５００円を超える部分並びに各賦課決定処分を取り消す。
２ 国税不服審判所長が、平成２２年１２月１７日付けでした、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度、平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度及び平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の各法人税の更正処分に対する各審査請求の裁決を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、漁業協同組合である原告のした、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「平成１６年３月期」という。）、平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度（以下「平成１７年３月期」という。）及び平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度（以下「平成１８年３月期」といい、平成１６年３月期、平成１７年３月期と併せて「本件各事業年度」という。）の各法人税の確定申告について、大洲税務署長が、原告が砂利採取業者等から受領した漁業協力金等は原告に帰属するものであり、雑収入の計上漏れがあるなどとして、更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）をし、原告が審査請求をしたが棄却されたことから、原告が、被告に対し、本件各処分（ただし、申告額を超える部分に限る。）及び審査請求棄却裁決の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
(1) 法人税法
ア ２２条１項
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
イ ２２条２項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
ウ ２２条３項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。
① 当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに凖ずる原価の額
② 前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
③ 当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
エ ３７条３項（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）
内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の資本等の金額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
オ ３７条７項
寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきものを除く。）をした場合における当該金銭等の額による。
(2) 租税特別措置法関係
ア 租税特別措置法（以下「措置法」という。）６４条１項７号
国若しくは地方公共団体（その設立に係る団体で政令で定めるものを含む。）が行い、若しくは土地収用法３条に規定する事業の施行者がその事業の用に供するために行う公有水面埋立法の規定に基づく公有水面の埋立て又は当該施行者が行う当該事業の施行に伴う漁業権、入漁権その他水の利用に関する権利又は鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し、又は採取する権利を含む。）の消滅（これらの権利の価値の減少を含む。）により、補償金又は対価を取得する場合
イ 租税特別措置法関係通達６４(2)－２９（以下「本件通達」という。）
漁業協同組合又は漁業協同組合連合会（以下、本件通達において「組合等」という。）が、その有する共同漁業権、特定区画漁業権又は入漁権（以下、本件通達において「共同漁業権等」という。）の消滅又はその価値の減少（以下、本件通達において「消滅等」という。）により措置法６４条１項７号に掲げる補償金又は対価（以下、本件通達において「補償金等」という。）を取得した場合において、当該補償金等の額の全部又は一部を当該共同漁業権等の範囲内において漁業を営む権利を有する組合員に対して当該権利の消滅等による補償として配分することとしているため、その配分をする日と当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過する日とのいずれか早い日まで仮受金として経理しているときは、これを認める。この場合において、当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過した日において配分が確定していない金額があるときは、当該金額については、同日において組合等が収用等により取得した補償金等であるものとして措置法６４条から６５条の２までの規定を適用する。
(3) 砂利採取法
砂利採取業者は、砂利の採取を行おうとするときは、当該採取に係る砂利採取場ごとに採取計画を定め、当該砂利採取場の所在地を管轄する都道府県知事の認可を受けなければならない（１６条）。また、都道府県知事等は、当該認可の申請があった場合において、当該申請に係る採取計画に基づいて行う砂利の採取が他人に危害を及ぼし、公共の用に供する施設を損傷し、又は他の産業の利益を損じ、公共の福祉に反すると認めるときは、同条の認可をしてはならない（１９条）。
(4) 愛媛県海砂利採取認可要綱（以下「本件要綱」という。乙１６）
愛媛県は、砂利採取法の規定を受け、本件要綱を定めている。本件要綱は、海砂利の採取計画の認可基準として「関係漁業協同組合の同意」を得ていることを挙げ、この同意を知事の認可要件の１つと定めている（本件要綱６条(3)ウ）。
(5) 愛媛県漁業調整規則（以下「本件規則」という。乙１９）４５条
漁業権の設定されている漁場内において岩礁を破砕し、又は土砂若しくは岩石を採取しようとする者は、知事の許可を受けなければならず、当該許可を受けようとする者は、申請書に当該漁場に係る漁業権を有する者の同意書を添え、知事に提出しなければならない。
(6) 水産業協同組合法７２条
合併後存続する組合又は合併によって設立した組合は、合併によって消滅した組合の権利義務（当該組合がその行う事業に関し、行政庁の許可、認可その他の処分に基づいて有する権利義務を含む。）を承継する。
３ 争いのない事実等
(1) 原告は、愛媛県ｄに所在する漁業協同組合であり、昭和●年●月●日にＡ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ及びａの各漁業協同組合（以下「各旧漁業協同組合」といい、各旧漁業協同組合の地区を、それぞれ、「Ａ地区」、「Ｖ地区」、「Ｗ地区」、「Ｘ地区」、「Ｙ地区」、「Ｚ地区」、「ａ地区」という。）の合併により新設された。原告は、水産業協同組合法７２条に基づき、各旧漁業協同組合の権利義務を承継し、漁業法６条２項に規定する共同漁業権を有している。原告の組合員は、同法８条１項の規定に基づき、漁業を営む権利を有している。
(2) 本件各処分の経緯等（別紙１「課税の経緯等（法人税）」）
ア 原告は、本件各事業年度において、別紙４－１①ないし③に記載された砂利採取業者（以下「本件砂利採取業者」という。）又は建設業者（以下「本件建設業者」といい、本件砂利採取業者と併せて「本件砂利採取業者等」という。）から受領した漁業協力金等（以下「本件漁業協力金等」という。）について、これらを仮受金として経理処理した上、このうち原告の組合員への配分金は損金に算入されるものとして、これを控除し、同別紙中の「既に雑収入等に計上した額」欄記載の金額を収益として計上した。
また、原告は、別紙４－２ないし９に記載された入漁料、地区負担金、駐車場収入、傭船料収入、取引先からの寸志、統計調査員手当、トラフグ報償費、青海苔販売手数料の名目で受領した各金員（以下「本件入漁料等」という）について、原告に帰属する収益に当たらないなどの考えから、これらを収益として計上していなかった。
イ 原告は、大洲税務署長に対し、本件各事業年度について、別紙１「課税の経緯等（法人税）」の「確定申告」欄のとおりの所得金額、納付すべき税額を記載した法人税の確定申告書を、それぞれ法定申告期限までに提出した（乙３ないし５）。
ウ 大洲税務署長は、原告に対する法人税調査を実施し、本件漁業協力金等及び本件入漁料等は原告に帰属する雑収入であり、原告の組合員への配分金は損金に算入されないとして、雑収入の計上漏れがあることなどを理由として、平成２１年６月２９日、本件各処分をした。
エ 原告は、本件各処分を不服として、平成２１年８月２８日、大洲税務署長に対し異議申立てをしたが、同署長は、同年１１月２５日付けでこれを棄却するとの決定をした（乙７の１ないし３、乙８）。
オ 原告は、上記異議棄却決定を不服として、平成２１年１２月２５日、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが、同所長は、平成２２年１２月１７日付けでこれを棄却するとの裁決をし、原告は、同月２７日、その裁決書の送達を受けた（乙９、１０、弁論の全趣旨）。
４ 争点及び当事者の主張
なお、次の(1)ないし(7)に掲げるほか、本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙１０「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
(1) 本件漁業協力金等が、法人税法２２条１項所定の「益金の額」に算入されるか。（被告の主張）
ア 資本等取引以外の取引によって生じた収益は、営業取引によるものか営業外取引によるものか、合法的なものか不法なものか、有効なものか無効なものか、金銭の形態をとっているかその他経済的利益の形態をとっているか等の別なく、益金を構成する。
イ 本件漁業協力金等は、次のとおり、法的に原告に帰属するものであり、本件漁業協力金等の性質、共同漁業権の性質に照らしても、原告に帰属していると解すべきである。
(ア) 法的な帰属
本件漁業協力金等は、原告と本件砂利採取業者等との間で締結された契約ないし同意等に基づいて、原告に支払われたものであり、当該契約ないし同意の当事者は原告である。本件漁業協力金等の性質は、次のとおり、原告が本件砂利採取業者等と契約ないし同意等を行ったことに対する対価であり、個々の組合員の漁業補償金としての性質を有していない。さらに、本件漁業協力金等の配分の有無、配分金額等を決定しているのは原告である。これらを併せ考えると、本件漁業協力金等は、法的に原告に帰属するものと認められる。
(イ) 本件漁業協力金等の趣旨及び性質等
本件砂利採取業者が、本件各砂利採取区域における砂利採取計画について愛媛県知事の認可を得るには、その要件の一つとして本件要綱が定める「関係漁業協同組合」である原告の同意を得る必要がある。また、原告の同意を得ることで、砂利採取に際し、原告やその組合員とのトラブルを回避するなど円滑な事業遂行を期待することができる。
本件建設業者が原告の有する共同漁業権（ｅ第ｆ号共同漁業権。以下「本件共同漁業権」という。）の区域内で各種の工事を実施する場合、原告自身やそこで漁業を営む組合員との間でトラブルを生じることが当然に予想されるところ、本件建設業者が原告の同意を得ることは、将来原告との間で生じる可能性のあるトラブルを回避し、原告の組合員との間で何らかのトラブルが生じた場合に原告を介して解決を図ることを期待できるという意味で、円滑な工事の実施のために大きな意味を有している。
本件漁業協力金等は、上記のような同意に対する対価として支払われたものであると認められる。
(ウ) 共同漁業権の性質
共同漁業権の帰属主体は、共同漁業の免許を受けた漁業協同組合であり、本件漁業協力金等を受領する起因となった砂利採取又は工事の実施（以下「砂利採取等」という。）が、原告の有する本件共同漁業権の区域内で行われたことからすれば、本件漁業協力金等は原告に帰属する。
（原告の主張）
ア 本件漁業協力金等の帰属
(ア) 本件漁業協力金等は、原告に帰属するものではない。次に述べるとおり、原告は、漁業者である原告の組合員の代理人として、本件砂利採取業者等との間で、砂利採取等に伴う漁業補償契約を締結し、本件漁業協力金等を受領し、組合員へ配分してきたものであり、本件漁業協力金等は、漁業者の漁業行使権が制限されることに対する漁業補償として、個々の組合員に帰属するものである。
(イ) 本件砂利採取業者等による砂利採取等がされた海域は、原告が本件共同漁業権を有する海域であるが、砂利採取等により原告の共同漁業権の一部が消滅し、又は変更されるものではなく、また、原告は共同漁業を営んでおらず、その行使を制限されるものでもないから、原告は本件砂利採取業者等から漁業補償を受ける地位にはない。上記砂利採取等があったのは、Ａ地区の漁業者らが共同漁業権を行使する海域であり、原告組合員が許可漁業及び自由漁業（以下「許可漁業等」という。）を行う海域である。原告は、７地区の漁業協同組合の合併により設立されたものであるが、各旧漁業協同組合が有していた財産権や共同漁業権の権益は、各地区の漁業者によって設立された地区漁業者団体を通じて管理され、漁業補償金等の配分が行われており、各地区漁業者団体の共同漁業権に伴う権益は、各地区漁業者の固有の財産権であり、原告組合員全ての財産権ではないから、本件漁業協力金等も、原告の収益に該当するものではない。
本件漁業協力金等は、砂利採取等に対する同意の対価ではない。本件要綱は、砂利採取等による影響を受ける組合員が多数に上ることから、政策的、便宜的に同意の主体を関係漁業協同組合としたものにすぎず、関係漁業協同組合を直接の権利者とするものでも、これに同意権を与えたものでもない。
原告は、砂利採取等の開始に先立ち、漁業権行使に影響を受けるおそれのある組合員から、砂利採取に係る同意書を取り付けている。また、原告は、砂利採取業者等から漁業補償金を受領するに当たり、当初は総会の議決等によって、組合員たる漁業者から明示又は黙示の委任を受けていたが、愛媛県から、委任状による委任を受けて行うようにとの行政指導を受け、平成１０年４月１日付けで当時の組合長乙が（甲３８の１）、また、組合長交代に伴い、平成１６年４月１日付けで原告組合長甲が（甲３８の２）、それぞれ委任状（以下、これらを併せて「本件委任状」という。）により、漁業補償金の請求、受領、配分等について、将来にわたり一括して委任を受けた。なお、原告が漁業補償契約を締結するたびに７００名を超える組合員全員から委任状を取ることは非現実的なことであり、委任状がないからといって、委任がないことにはならない。原告組合員は、従前の漁業補償金に関する取扱いを前提とし、総会決議などを通じて、原告に対し、明示又は黙示に、砂利採取業者等との漁業補償契約の締結及び補償金の受領、配分について委任し、あるいは追認していたものである。
砂利採取が行われた海域は、原告が共同漁業権を有する海域内にあるが、同海域では、合併前より共同漁業権を有するＡ地区の漁業者が共同漁業権を行使することができ、Ｖ地区の漁業者も、合併前に入漁が認められていた経緯から、これを行使することができるものの、ａ地区を除くＹ地区外４地区の漁業者は、許可漁業等を行うことができるにとどまる。そのため、砂利採取に伴う漁業補償金は、各地区によりその金額が異なり、ａ地区の漁業者には配分しないこととした。これは、本件漁業協力金等が漁業権等の行使制限に対する損失補償であることを示すものである。そして、漁業の種類が同じであることから、各地区の組合員への配分を一律の金額としたのは当然である。また、補償額を決定するに当たり、各組合員の漁獲量の違いなどを考慮した個別の損失額を算定することは著しく困難又は不可能であるから、本件漁業協力金等の金額の算定方法が、工事契約金額の２パーセントなどとされていることが、漁業補償であることと整合しないとはいえない。
イ 本件通達等について
(ア) 本件通達は、国等から漁業補償金等が支払われる場合について定めたものであるが、本件漁業協力金等は、組合員の漁業操業への支障を填補する漁業補償金であり、私企業から支払われる場合でも、その補償金としての性質は同一であるから、同様に、仮受金処理が認められるべきである。
(イ) 国税庁長官は、昭和２９年７月３日、神戸港及び坂出港における共同漁業権の取消しに伴い漁業協同組合が交付を受けた補償金の取扱いについて、その確定の日を含む事業年度の益金に算入するが、これを組合員に交付した場合、当該補償金等から経費を控除した残額を限度として、当該組合の損金に算入すること、組合が経費を控除した残額を組合員に対して交付するために仮勘定で経理した場合には、その経理を認めること、組合員が交付を受けた金額は、組合員に雑所得として課税すること等を内容とする通達（以下「昭和２９年通達」という。）を発した。
昭和２９年通達は、①国税庁長官が、昭和３４年２月２日、名古屋国税局の「漁業協同組合が電力会社から受け入れる漁業補償金の取扱いについて」と題する上申に対し、昭和２９年通達と同様の取扱いをするよう指示し（以下「昭和３４年国税庁指示」という。）、②高松国税局長が、昭和４０年１月２６日、備讃瀬戸海域において運輸省が実施する航路整備事業及び香川県が実施する臨海工業用土地造成事業に伴う漁業の消滅及び損失の補償につき、許可漁業も、共同漁業権、入漁権その他の権利として、その消滅に関し、昭和２９年通達と同様に取り扱い、各組合員に分配金額が確定した時を課税時期とすると回答し（以下「本件高松局回答」という。）、③熊本国税局長が、昭和４０年７月２４日、漁業権を有する海域を他人に使用させることに伴い交付を受ける補償金につき、昭和２９年通達に基づいて処理するものと回答した（以下「本件熊本局回答」といい、昭和２９年通達、昭和３４年国税庁指示、本件高松局回答及び本件熊本局回答を併せて、「本件個別通達」という。）とおりに運用されてきた。
そして、国税庁長官が、昭和５０年２月１４日に発した、個別通達は原則としてそのまま存続することとしつつ、一般に適用があると認められる個別通達は、その表現を一般通達の表現に改めた上この通達に収録し、従来の個別通達を廃止することにしたとの通達「租税特別措置法関係通達（法人税編）の制定について」（以下「昭和５０年通達」という。）を経て、本件個別通達は、その表現が一般通達の表現に改められ、本件通達に引き継がれたものである。
したがって、本件漁業協力金等については、本件個別通達によって、組合員への配分がされるまでは仮勘定経理が認められるから、原告の益金には算入されない。
(ウ) 大洲税務署長は、本件砂利採取業者等から受領した本件漁業協力金等について、３年間の仮勘定経理をし、組合員への配分金の損金算入をすることなく確定申告をした原告に対し、仮受金を取り崩して組合員へ配分した金額を益金に算入するとともに、配分金額を損金にも計上する修正申告をするよう指導した。
また、大洲税務署長は、本件砂利採取業者等から原告が受領した本件漁業協力金等のうち、各組合員に配分された額について、各組合員の所得として申告するよう指導するため、原告に対し、昭和５７年から約２０年間にわたって、「個人別所得明細書」と題する文書を示して、個々の組合員への配分額を照会してきた。原告は、大洲税務署長に対し、各組合員への具体的な配分額を明らかにし、大洲税務署は、漁業協力金等が個々の組合員の所得であるとして修正申告を求める一方、原告の仮勘定経理について何らの是正措置をとってこなかった。
(エ) 宇和島税務署長は、Ｂ漁業協同組合が、昭和５８年４月１日から昭和５９年３月３１日の事業年度の法人税の確定申告に際し、砂利採取業者などから交付を受けた海面使用料等を組合員に配分する予定で仮受金処理していたが、３年間の仮受金経理期間を徒過したものについて、組合員への配分予定額を同組合の益金として計上して修正申告するよう指導したが、組合員への配分後は、組合員への配分額について減額更正の請求に応じて税金の還付をした。
（被告の反論）
ア 本件漁業協力金等が原告に組合員に対する損失補償金ではないこと
次に述べるような点からすると、本件漁業協力金等は、原告組合員の漁獲減少を補償する損失補償金であるとはいえない。
本件漁業協力金等の金額の算定に当たり、砂利採取や各工事等によって被る漁業被害の金額等が考慮された形跡はない。
本件漁業協力金等の各組合員への配分は、それぞれの組合員が営む漁業の種類や規模等を考慮せず、原告の従業員などの漁業に従事していない者にも配分している。
本件委任状作成後に新たに原告に加入した組合員も相当数いたにもかかわらず、これらの新規組合員について、原告が同様の委任を受けた証拠はなく、本件委任状と本件漁業協力金等との関係は不明である。また、漁業協同組合における総会は、団体としての漁業協同組合の意思決定機関であるから、総会決議をもって、組合員が漁業協同組合に委任や追認をしたと解することはできない。
イ 本件通達等の適用がないこと
(ア) 本件通達
本件通達は、国や地方公共団体等が行う事業のために、漁業権等の消滅等の対価として支払う補償金（措置法６４条１項７号）について定めたものであるところ、措置法６４条の趣旨は、法人の所有する資産について、公共のため又は社会福祉のために、土地収用法等に基づきされた強制的な譲渡に伴い生じた益金の額に課税することは、その譲渡が法人の自由な意思に反するものである等適当でないことから、その譲渡益について課税の特例措置を講ずることにある。
本件漁業協力金等は、原告が自らの判断に基づいて本件砂利採取業者等と契約ないし合意をした上で、原告が主体的に決定した額の金員を受領したものであり、国若しくは地方公共団体が行う公共のため又は社会福祉のため等、法令に基づき行われる事業により、法人の自由な意思に反して取得する補償金とは認められないから、措置法６４条１項７号に該当する補償金とは認められず、本件通達は適用されない。
(イ) 本件個別通達
本件個別通達が過去に存在していたとしても、少なくとも本件各更正処分対象年度である平成１６年３月期から平成１８年３月期には既に廃止されているから、本件各更正処分対象年度において、同通達を本件漁業協力金等に適用する余地はない。
原告は、昭和５０年通達によれば、本件個別通達がその表現を一般通達の表現に改めて本件通達に引き継がれたと主張するが、本件通達は、前記のとおり、国や地方公共団体等が行う事業により取得する漁業権等の消滅等の対価としての補償金に係る特例措置を規定したものであり、本件個別通達の取扱いがそのまま本件通達に引き継がれ、その後も運用されてきたとの主張には根拠がない。
昭和２９年通達が存在していたとしても、同通達は、国が行う共同漁業権の消滅補償の取扱いについての照会に対する回答であり、本件漁業協力金等とはその前提が異なる。また、本件熊本局回答が存在していたとしても、同回答は、Ｃ連合会の該当照会についてのみ有効であり、本件漁業協力金等が支払われた趣旨等の事実関係が異なる。したがって、これらの判断結果が、直ちに本件漁業協力金等の取扱いに当てはまるものではない。
本件高松局回答には、原告主張のような「組合員への分配のための仮受金経理」に基づく取扱いをするとの文言はなく、原告の主張は失当である。
ウ 大洲税務署の取扱い
大洲税務署長が、原告に対し、組合員への配分金額を原告の収益として計上するとともに、損金にも算入するよう税務指導し、昭和２９年通達又は本件通達に準拠した取扱いがされていたとの事実は、確認することができない。仮に、大洲税務署長から原告に対し、組合員への配分総額を原告の収益として計上するよう指導があったとすれば、それは、大洲税務署長が、「漁業補償料」について、本件通達等による仮受金経理は認められず、原告に帰属することを前提にして、その旨、税務指導したことになるから、昭和２９年通達に凖拠しているとの原告の主張は失当である。
また、原告主張のように、大洲税務署長が、原告に対し、砂利採取等によって交付を受けた金員から組合員に配分した金員について、「収益補償金」として組合員の所得調査を行っていたとしても、それは、適正公平な課税に資する参考資料として活用するためのものにすぎず、本件漁業協力金等が組合員に帰属する「収益補償金」に該当することを前提として、原告への照会をしたわけではない。
エ 他の税務署の取扱い
原告は、宇和島税務署長のＢ漁業協同組合に対する税金還付の例を主張するが、漁業協同組合が業者から受領した金員が、漁業協同組合と組合員のいずれに帰属するのかは、当該金員の支払われた趣旨、当該金員の性格等によって、個別に定まるものであるから、他の漁業協同組合に対する課税処分の例によって、本件漁業協力金等の帰属主体が左右されるものではない。
(2) 本件入漁料等が原告に帰属し、法人税法２２条１項所定の「益金の額」に算入されるか。（原告の主張）
ア 本件入漁料等は、合併前の各旧漁業協同組合単位で設立した民法上の任意組合（法人格なき社団）の事業活動で生じた収入である。原告は、合併により同任意組合の事業まで承継したものではないから、これらの事業に関する収入は、原告に帰属するものではない。したがって、本件入漁料等は、原告の益金の額に算入すべきではない。
イ また、本件入漁料等のうち、統計調査員手当等は、原告の職員が個人の資格で委託を受けた市場調査に対する報酬として支払われたものであるから、原告に帰属するものではない。（被告の主張）
ア 各旧漁業協同組合で行われていた事業活動は、原告の事業活動として承継されている。法人税の課税対象となる所得金額は、その法人の活動により生じた収益及び費用を、支店・支所の活動にかかわらず、一つの法人に帰属するものとして合算して、算出されることとなる。よって、本件入漁料等は原告に帰属する。
イ 統計調査員手当等は、一旦、原告の職員の銀行口座に入金されるものの、その報酬額の全額が原告口座に入金され、原告の活動費用のために出金、費消されていること、また、当該調査の成果物は、勤務時間内に専ら原告の保有する資料を基に作成されていることなどからすれば、当該入金は原告の収益とすべきものである。
(3) 組合員への配分金（別紙６－１ないし３）は、法人税法２２条１項所定の「損金の額」に算入されるか。
（原告の主張）
ア 本件通達等によれば、本件漁業協力金等のうち組合員に配分する金額は、仮勘定経理が認められ、その配分した金額は、損金として原告の所得から控除されるから、仮に、本件漁業協力金等が原告の益金に当たるとしても、そのうち組合員に配分された金額は、損金として控除されるべきである。
イ 本件各処分は、組合員への配分金額を損金とすることなく、本件漁業協力金等の全額を原告の収益として課税する一方で、組合員への配分金については、組合員の雑所得として課税することになるものであり、違法な二重課税に該当する。
（被告の主張）
ア 本件漁業協力金等に本件通達等が適用されないことは、前記のとおりである。
組合員への配分金は、寄附金に該当し、法人税法３７条により損金算入が制限される。本件漁業協力金等は、①そもそも砂利採取等を行うことに対する原告の同意の対価であって、これを原告の組合員らが取得する根拠はないこと、②当該組合員の漁獲高や漁業従事の有無に関係なく一律に配分されており、組合員が受ける損失との関連性が認められないこと、③原告の事業と直接的に関連性のない支出であること及び④組合員への配分の有無は原告の経営状況等、原告の判断で配分金額や配分の実施が決まっており具体的な配分基準はないことなどを考慮すれば、原告が組合員に対して支払った本件漁業協力金等の配分に係る支出は、組合員の被った損害などの対価ではなく、法人税法２２条３項１号ないし３号のいずれにも該当せず、寄附金に該当するものとして処理される。
イ 法人と個人は異なる納税主体であるから、組合員に配分されたとする金員を原告の損金として認めない一方で、当該金員を各組合員個人の所得税の対象となる金員とすることが、二重課税であり違法であるとはいえない。
（原告の反論）
本件漁業協力金等は組合員に帰属すべきものであるから、これを組合員に配分しても、寄附金には該当しない。また、仮に、本件漁業協力金等が原告に帰属するものであるとしても、これが組合員に配分されなければ、現実には砂利採取を行えないという事態を招き得るものであり、原告の事業に直接関係のある漁業者に対し、やむを得ず配分されたものであり、事業上必要な経費として、損金算入が認められる。
(4) 信義則違反等
（原告の主張）
大洲税務署長は、長年にわたり、漁業者に配分した漁業補償金が原告の収益ではなく、漁業者個人の収益であるとの見解を示し、そのように運用してきたものであるから、原告が、大洲税務署長の上記見解や税務処理を信頼してもやむを得ない。しかるに、大洲税務署長は、突然、漁業補償金が原告の収益であるとする見解に変更したのであるから、本件各更正処分は、信義則又は禁反言の原則に違反する。
砂利採取業者等の砂利採取等に伴い漁業協同組合が受領する漁業補償金について、漁業者に配分された漁業補償金を、漁業協同組合の収益として課税処分を行った事例は他にはなく、被告もこれを是認してきた。それにもかかわらずされた本件各更正処分は、不公平な課税処分であり、租税平等主義、憲法１４条１項に反する違憲、違法なものである。
租税法の改正がないにもかかわらず、上記のように取扱いを変更することは、納税者の課税予測可能性を奪うものであり、課税要件法定主義に違反する。また、国税庁長官が発する解釈通達によって統一的な解釈が示されているものではなく、他府県において本件のような漁業補償金に課税された例もないのであるから、大洲税務署だけがこれを原告の収益と取り扱うのは、課税要件明確主義に反する。
従前から本件のような課税処分を行うべきであったが、それがされていなかったということは、慣習法としての行政先例法が形成されていたと解される。また、仮に行政先例法として成立していないとしても、行政庁が納税者に有利な解釈・適用を広く一般的に行い、これを是正する措置を執っていない場合は、合法性の制約原理により、課税処分を行うことはできない。（被告の主張）
漁業協同組合が業者から受領した金員が漁業協同組合と組合員のいずれかに帰属するかは、当該金員の支払われた趣旨、すなわち当該金員の性格によって、個別に決まるものであり、他の漁業協同組合に対する課税処分の例によって本件漁業協力金等の帰属主体が左右されるものではないから、租税平等主義違反に関する原告の主張には理由がない。
信義則の適用によって課税処分を違法とするには、税務官庁が納税者に対して、信頼の対象となる公的見解を表示したことが必要であるところ、大洲税務署長が、原告に対し、本件漁業協力金等が原告の組合員に帰属するとの公的見解を示した事実はないから、本件各更正処分が信義則等に反するとはいえない。
本件各更正処分は、本件漁業協力金等が法人税法２２条１項、２項等に規定する明確な課税要件に基づいてされた適法な処分であり、租税法律主義に反するものでない。また、大洲税務署長が、過去の税務調査において本件漁業協力金等の法的性質を認定した上で、原告に対し、本件漁業協力金等を原告の課税対象としない旨を明示した事実は認められず、このことについて、行政先例法の成立はなく、かつ、納税者に有利な解釈適用を広く一般に行っていたという事実もない。
(5) 本件裁決の違法性
（原告の主張）
本件裁決には、原告の主張を的確に取り上げないまま、実質的審査をせずに裁決をした違法がある。
（被告の主張）
国税不服審判所長は、原告の主張の要旨を「請求人の主張」として的確に取り上げた上、十分な審理を尽くして判断しているところであり、本件裁決に何ら違法はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記争いのない事実等、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
(1) 砂利採取に係る本件漁業協力金等について
ア 原告は、愛媛県知事から、平成６年４月１日から平成１６年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２６年３月３１日までの各１０年間、愛媛県●●地先の海域における共同漁業の免許（ｅ第ｆ号、本件共同漁業権）を受けている（乙１３及び１４）。
また、原告が行う事業には、原告の有する共同漁業権、特定区画漁業権及び入漁権の管理が含まれている（乙１５）。
イ 有限会社Ｄ及び有限会社Ｅ（本件砂利採取業者）は、本件各事業年度において、本件共同漁業権が免許されている海域内で、砂利採取を行っていた（以下「本件砂利採取」という。）。本件砂利採取業者は、愛媛県知事に対し、本件要綱に基づき本件砂利採取に係る「採取計画認可申請書」を、毎年２回６か月ごとにそれぞれ提出しており、これらの申請書には、本件砂利採取業者が砂利採取することについて原告が異議なく同意する旨が記載され、原告の記名押印がされた同意書が添付されている（乙１７、１８（枝番を含む。））。
また、本件砂利採取業者は、本件各事業年度を通じて、本件規則４５条に基づく知事の許可を受けている（乙２０、２１（枝番を含む。））。
ウ 原告は、漁業補償交渉委員会を設置して、毎年１回、本件砂利採取業者（平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度については、これにＦ有限会社が加わっていた。）と本件砂利採取に係る本件漁業協力金等の年間金額（翌年４月１日から翌々年３月３１日までのもの）を協議して決定していた。
平成１４年１２月２日開催の同委員会では、本件砂利採取業者から、「企業努力はしておるが赤字経営で増額は難しい。」などの発言があり、漁業補償交渉委員会の議長が、これを受けて、「業者の経営内容等を考え現状維持にしてはどうか。」と発言し、結局、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度分につき、３社で９６００万円で交渉が妥結した。なお、その後、Ｆ有限会社が砂利採取を中止したため、原告が受領したのは２社分の６４００万円にとどまった。（乙２２の１、弁論の全趣旨）
平成１５年１２月２日開催の同委員会では、本件砂利採取業者から、「残庫を抱えておる経営内容で倒産寸前であり１０％の減額を切望した」、「赤字経営であり何とか助けていただくようお願いする」などの発言があり、これを受けて漁業補償交渉委員会の議長が、「業者の経営状況を考慮いたし要望を受け入れてはどうか。」と発言し、結局、平成１６年３月期分につき、２社で５７６０万円で交渉が妥結した（乙２２の２）。
平成１６年１１月３０日開催の同委員会では、本件砂利採取業者から、「赤字経営であり現状維持でお願いしたい」との発言があり、これを受けて、漁業補償交渉委員会の議長が、「県は平成１８年３月をもって（砂利採取を）全面禁止する方針を決定しており約２７年間共存共栄でやってきた、又、最終年度でもあり業者側の要望を受け入れてはどうか」などと発言し、結局、平成１７年３月期分につき、２社で５７６０万円で交渉が妥結した（乙２２の３）。
エ 漁業補償交渉委員会が本件砂利採取業者と妥結した内容は、その後の原告の理事会に報告され、これを受けて、原告が平成１７年３月期及び平成１８年３月期の本件砂利採取に同意するとの理事会決議がされた（乙２３の１、２）。
オ 本件砂利採取業者は、原告に対し、上記ウで妥結した金額を１２か月に分割した金額を、毎月、株式会社Ｇ銀行長浜支店の原告名義の普通預金口座（口座番号）に振
り込んで（一部は現金で）支払った（乙２４、別紙４－１①ないし③参照）。
(2) 工事施工に係る本件漁業協力金等について
ア 株式会社Ｈは、原告を関係組合とするＩ協議会との間で、①ｂ整備事業に伴う防波堤工事に関して、株式会社Ｈが迷惑料として上記工事請負額の２パーセントをＩ協議会に支払うこと、②Ｉ協議会は、関係組合から上記工事の同意を得るなど当該工事の円滑な推進に協力することなどを約する契約を締結した。原告は、上記契約に係る契約書に関係漁業協同組合として記名押印した上、愛媛県ｇ地方局建設部宛の、上記工事の施工に同意する旨の同意書を作成した。（乙２５、２６）
Ｉ協議会は、原告に対し、株式会社Ｈから受領した迷惑料から、原告への配分金を支払ったほか、ほぼ全額を関係漁業協同組合に配分した（乙２７）。
イ 株式会社Ｈ、株式会社Ｊ、株式会社Ｋ、有限会社Ｌ、株式会社Ｍ、Ｎ株式会社、株式会社Ｏ、Ｐ株式会社、Ｑ株式会社、株式会社Ｒ及びＳ株式会社（本件建設業者）は、国等から受注した沿岸の道路復旧工事等の施工を行うに当たって、上記各工事の施工に関し、各々、原告が記名押印した原告名義の同意書を受領していた（乙２８ないし７９）。
ウ 本件建設業者は、それぞれ、工事請負契約の契約金額（税抜金額）の２パーセントないし６パーセントに相当する金額を、前記Ｇ銀行長浜支店の原告名義口座又は株式会社Ｔ銀行長浜支店の原告名義の普通預金口座（口座番号）に振り込んで支払った（乙２
４、２８ないし８０、別紙４－１①ないし③）。
(3) 原告の経理処理
原告は、本件漁業協力金等を仮受金（漁業補償金・諸口等）として経理処理した上、そのうちの一部を雑収益等に振り替える経理処理をした（争いがない。別紙４－１①ないし③参照）。
また、原告は、入金を受けた本件漁業協力金等から、原告の各支所へ配分した金額について、仮受金の減少として経理処理していた（争いがない。）。
(4) 本件漁業協力金等の組合員等への配分
ア 原告が受領した本件砂利採取に係る本件漁業協力金等は、まず原告が、各支所及び原告に対する配分割合を決め、これに基づき配分を受けた各支所が、配分委員会を設置するなどして各支部所属の組合員へ配分していた。
平成１６年３月期の配分割合は、Ａ地区に６３パーセント、その他の各支所に合計１７パーセント、原告に残りの２０パーセントとされた。原告は、原告に配分された上記２０パーセント相当額だけを収益に計上した（乙８５）。
イ 原告は、前記(1)オのとおり本件砂利採取業者から支払われた本件漁業協力金等を、毎月、上記配分割合に沿って、各支所の別段預金等に入金し、各支所は、３か月に一度、各組合員に配分した（争いがない。）。
ウ Ｙ支所においては、組合員でない丙ほか１４名に対しても、本件漁業協力金等が配分されている（争いがない。）。
エ Ａ地区の組合員は、平成１６年３月期中に、上記アの配分割合に基づき配分を受けた分配金から、船主に一律１０万円、従事者に一律１万円の割当てで配分を受けた（争いがない。）。
なお、配分を受けた組合員には、漁業を営んでいない原告の職員も含まれていた。
また、前記(2)ウのとおり、本件建設業者と協議決定した工事施工に係る本件漁業協力金等が、前記Ｇ銀行長浜支店若しくはＴ銀行長浜支店の原告名義の預金口座に入金され、その後、原告はそれぞれ当該金額の５０パーセントないし１００パーセントの間の金員を、工事場所が属する各支所の預金口座に振り込み、その残額を原告の収益の額に計上した（争いがない。）。
オ 原告は、正組合員宛てに、平成１６年８月２３日付けの通知書（乙９７）で、法人税額等に係る資金負担を理由として、本件漁業協力金等の配分を一時保留することを正組合員に対して通知した上、平成１６年度第２回理事会（乙２３の２）において了解を得て、平成１６年６月より後の配分を保留している（争いがない。）。
ただし、その後においても、組合員からの要望により、一部について仮払金として支出している金員が存在する（別紙６－２、３。争いがない。）。
(5) 原告代表者は、本件各処分に対する異議申立てに係る調査の担当者に対し、本件漁業協力金等について、以下の趣旨の供述をした。
ア 工事施工に係る本件漁業協力金等の計算根拠は、目安になる表みたいなものはなく、新しい橋より上が水面として１．５パーセントで海面が２．５パーセントと決めたが、それ以前は川が２パーセントで海面が４パーセントとしており、この割合は本件建設業者と各支所の代表が交渉によりお互いの合意をして決める。その際、漁民の反発が大きいときは率が高くなる（乙９８）。
イ 本件砂利採取に係る本件漁業協力金等の配分方法については、まず各地区に対する配分割合を決め、次に各地区において配分委員会等により各漁業者に支払い、各地区の漁業者への配分は、経営者と従事者などで区別するほかは一律であり、この配分方法は平成１６年３月期ないし平成１８年３月期においても同様である（乙９９）。
ウ 本件砂利採取に係る本件漁業協力金等の組合員への配分は、平成１６年６月１０日が最後である（乙９４）。
エ ただし、Ｖ地区・Ｘ地区については、平成１８年３月期に、本件砂利採取にかかる本件漁業協力金等の一部を仮払金として支払っている（乙９９）。
２ 争点(1)（本件漁業協力金等が、法人税法２２条１項所定の「益金の額」に算入されるか。）について
(1) 「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。」とされているから（法人税法２２条２項）、本件漁業協力金等が、原告の取引に係る収益に当たる場合には、原則として、法人税法２２条１項所定の「益金」に該当すると解される。以下、個別に検討する。
(2)ア本件漁業協力金等のうち本件砂利採取業者から受領した漁業補償金は、本件要綱に基づく砂利採取の認可を受けるための要件の一つとして、原告からの同意書を得るために（副次的には、事業の円滑な遂行に資するという目的もある。）、原告（漁業補償交渉委員会）との協議により定まった金額を支払ったものであるから、これらは、本件砂利採取業者と原告との合意に基づいて支払われたものといえる。合意の当事者及び金員の受領者は、いずれも原告であるから、特段の事情がない限り、当該取引に係る法律関係は、原告に帰属しているものと認めるべきである。
イ 本件漁業協力金等のうち工事施工に関するものについて
ｂ整備事業に伴う防波堤工事に関し、株式会社Ｈが迷惑料として支払った金員は、Ｉ協議会との間で締結された契約に基づき、同協議会に支払われたものである。しかし、同協議会は、株式会社Ｈから受領した迷惑料から、原告への配分金を支払ったほか、そのほぼ全額を関係漁業協同組合に配分していることからすると、上記契約は、原告ほか関係漁業協同組合の委任に基づき締結されたものであって、同契約に基づく迷惑料中原告に配分された金員は、それが各組合員に帰属すると認められる特段の事情のない限り、原告に帰属するものと認めるべきである。
ウ 上記以外の本件建設業者が支払った本件漁業協力金等については、工事請負契約の契約金額（税抜金額）の２パーセントないし６パーセントに相当する金額が、前記Ｇ銀行長浜支店又は前記Ｔ銀行長浜支店の原告名義の預金口座に振り込まれ、その多くについて原告名義の同意書が発行されている。本件建設業者は、各種の工事を原告の有する共同漁業権の漁場区域において施工するに当たり、原告の有する共同漁業権の漁場区域に何らかの影響を及ぼすおそれがあり、原告やそこで漁業を営む原告組合員との間でトラブルを生じることが当然に予想されることから、原告の同意を得ることで、将来原告との間で生じる可能性のあるトラブルを回避し、原告組合員との間で何らかのトラブルが生じた場合にも、原告を介して解決を図ることを期待して、上記金員の支払をしたものと認められる。
合意の当事者及び金員の受領者はいずれも原告であると認められるから、当該取引に係る法律関係は、特段の事情のない限り、原告に帰属しているものと認めるべきである。
(3) そこで、上記特段の事情の有無につき検討する。
ア 本件漁業協力金等が、原告の組合員に対する個別の漁業捕償であると認められる場合には、原告が、組合員に代わって本件砂利採取業者等との合意等をしたとみる余地も出てくる。
まず、砂利採取等によって、漁獲高の減少や操業に対する制限などの不利益を受けるのは個々の漁業者であり、「組合は、その行う事業によってその組合員又は会員のために直接の奉仕をすることを目的とする」（水産業協同組合法４条）ものであるという実質関係に照らすと、漁業補償としての性質を有する金員は、究極的には個々の漁業者に配分されるべきであるといえる。原告内部での配分において、砂利採取海域で共同漁業権を行使することのできるＡ地区や入漁権のあるＶ地区に多く配分され、許可漁業を行う権利すらないａ地区には全く配分されないといった区別がされているのは、このような実質関係に配慮した結果であると考えられる。しかし、上記の実質的な関係があるからといって、そのことから直ちに、対外的な全ての権利義務が、直接、組合員に帰属すると解すべきことになるものではない。漁業協同組合自身も、法人（同法５条）として独立の権利義務の帰属主体となり得るのであるから、当該取引が組合に帰属するのか、個々の組合員に帰属するのかという問題は、取引の名義等の外形的・客観的な部分を中心とする取引当事者の合理的意思解釈によって判断すべきである。そして、当該取引が漁業協同組合に帰属する場合にも、上記の実質関係を課税関係に反映させ、究極的な利益の配分先となる個々の組合員にのみ課税し、漁業協同組合には課税しないものとするには、租税特別措置法等の別段の定めを必要とするといわざるを得ない。
砂利採取に伴う漁業補償金の額は、専ら本件砂利採取業者及び原告の経営状況を考慮してされた交渉により妥結されたものであって、個々の組合員の受ける漁業損害を査定するなどした事実はない。また、工事施工に伴う本件漁業協力金等についても、それが工事請負契約の契約金額（税抜金額）の２パーセントないし６パーセントとされたのは、専ら原告と本件建設業者との交渉によるものであって、各組合員の漁業損失が個別に考慮された形跡はない。そして、本件漁業協力金等の配分について、原告は、各地区において、経営者と従事者などで区別するほかは、組合員の漁業の種類、規模等にかかわらず、漁業を営んでいない者まで含めて、一律に配分している。このようなことからすると、これを組合員に対する個別の漁業補償であるとみるのは困難である。
イ 平成１０年４月１日付け及び平成１６年４月１日付けの本件委任状（甲３８の１、２）には、「国や地方自治体並びに民間企業等による消滅・実害・影響等に係る損失補償等に関し」、「下記権限を将来にわたって委任します。」、「１各種漁業補償並びにこれらに準ずる補償等についての交渉及び契約の締結をする権限」、「３受領した補償金の管理並びに配分等に関する権限」などの記載があることから、本件委任状は、原告の組合員が組合長に対し、本件砂利採取業者等との漁業補償契約の締結、補償金の受領及び配分に関する委任をしたものと見られるのではないかが問題となる。
しかし、平成１６年３月３１日時点での原告の組合員数は７５６名であるのに（乙９３）、平成１６年４月１日付け委任状に記名のある組合員数は３７８名にすぎない（甲３８の２）ことや、平成１０年４月１日付け委任状に記名のある組合員数は５０７名であり（甲３８の１）、同委任状の作成後に新たに原告に加入した組合員も多数いたと認められるのに、平成１６年４月１日付け委任状が作成されるよりも前の平成１６年３月期に原告が受領した本件漁業協力金等に係る契約の締結、補償金の受領、配分等に関し、新規加入者の委任を受けたことをうかがわせる証拠はないこと、本件砂利採取業者等との間の契約締結に当たり、本件委任状を交渉の相手方に示すなどした上で、原告が、個々の組合員のためにすることを示して契約を締結したことは何らうかがわれないことなどからすると、本件委任状が、本件漁業協力金等が個々の組合員に個別の漁業補償に当たることを前提にして、対外的な交渉等を原告の組合長に委任するために作成されたものとは認められず、せいぜい、原告の内部問題として、補償金額の決定からその配分等に至るまで、組合長に一任するという意思表明にすぎないと考えられる。
なお、総会決議による承認は、原告の意思決定機関としての決議であるから、これをもって、原告と個々の組合員の権利義務に関する追認行為と解することもできない。
したがって、本件漁業協力金等が原告の組合員に対する個別の漁業補償であることを前提とするような、委任や追認があるとは認められない。
ウ 本件漁業協力金等を配分するに当たって、原告は、組合員の事前の合意なく比率等を決定した上、平成１６年３月期においては、砂利採取に係る本件漁業協力金等のうち２０パーセントに相当する金額を、工事施工に係る本件漁業協力金等のうち、最も多い場合では５０パーセントに相当する金額を原告の収益に計上するなど、本件漁業協力金等に係る交渉、契約締結等に要した経費等にとどまらない額の金員を自らに留保し、さらに、平成１６年８月２３日付けで、組合員に対する配分を一時保留することを決定したり、組合員からの要望により一部組合員に対してのみ保留を解除したりしている。
このように、本件漁業協力金等の各組合員に対する配分の有無及び金額は、原告の裁量に委ねられており、原告の財政状態等によっては、組合員に配分しないという事態もあり得るものとされていたことがうかがわれる。本件漁業協力金等について、原告は、各組合員に配分することを当然に予定しておらず、また、組合員においても、これが当然に自己に帰属するものとの認識までは有していなかったと認められる。
(4) 以上のとおり、本件漁業協力金等の配分において実質関係に配慮した部分があるとしても、それは徹底されておらず、対外的・客観的観点からの前記推認を覆すに足りる特段の事情があるとは認められない。
(5) 本件通達等の適用の有無について
ア 本件通達
原告は、本件通達によれば、その事業の用に供するため国等が漁業協同組合に対し支出する補償金等と同様に、本件漁業協力金等の仮受金処理が認められるべきであると主張する。
しかし、措置法６４条１項の趣旨は、公共性を有する収用等に伴い、法人がその有する資産を収用されるなどして代替資産を取得した場合は、それが法人の自由な意思に反するものである上、一般の譲渡等と同様に課税すると、企業経営維持のための再投資（代替資産の取得）を阻害する結果となることから、税法上、特別に優遇措置を講じたものと解されるのに対し、本件漁業協力金等は、原告ないしその委任を受けた前記協議会が、自らの判断に基づいて契約ないし合意をした上で、その金員を受領したものであって、公共のために法人の意思に反して収用等がされた場合に取得する補償金とはその性質が異なるものであるから、これらを同列に論じることはできない。
イ 本件個別通達
原告は、本件漁業協力金等のうち組合員に交付する金額については、本件個別通達により仮勘定経理が認められるべきであると主張する。
しかし、本件各事業年度において、本件個別通達が効力を有していたとは認められない。少なくとも、本件個別通達は、共同漁業権等の消滅等による補償金の仮勘定経理に関する一般的取扱いを定めた本件通達が発せられたことによって、これに整理統合され効力を失ったものと考えられる。
したがって、公共性を有する収用等に伴う漁業補償金等に当たらない本件漁業協力金等につき、本件個別通達を適用して、仮勘定経理を認めることはできない。なお、仮に本件個別通達の効力があるとしても、本件個別通達は、それぞれその対象とする補償金等に限定して適用されるべきものであって、その前提となる事実関係の異なる本件漁業協力金等に当然に適用されると解することはできない。
ウ よって、本件通達等により、本件漁業協力金等を原告の収益から除外する仮勘定経理が認められるべきであるとする原告の主張は採用できない。
(6) 大洲税務署の取扱いについて
原告は、大洲税務署長から、漁業協力金等の仮受金からの取崩し、益金計上及び配分金の損金計上を指導され、それに従って修正申告書（甲５２の２）を作成・提出したと主張する。しかし、上記修正申告書が、原告主張のような大洲税務署長の指導に基づき作成されたものであると認めるに足りる証拠はない。なお、仮に過去に大洲税務署長が上記のような指導をした事実があったとしても、それが本件通達に照らして相当とはいえないものである場合には、これを是正するために指導内容を変更することも許されるべきである。
また、原告は、大洲税務署長が原告に対し、原告が砂利採取業者等から受領した漁業補償金の個々の組合員に対する配分額を照会してきたことなどをもって、これは、同署長が原告の受領した漁業補償金を各組合員の所得として認識してきたことを示すと主張する。しかし、本件漁業協力金等が、直接組合員に帰属する場合も、いったん原告に帰属した上で組合員に配分される場合も、結果的に組合員の所得を構成することには変わりがないのであるから、大洲税務署長が、組合員個人の確定申告に関する調査として、組合員への配分金に関する調査をしていたとしても、それをもって、本件漁業協力金等が各組合員に帰属することや原告における仮受金勘定を是認したということになるものではない。
(7) 他の漁業協同組合に対する課税処分例について
原告は、本件漁業協力金等と同質の金員について、他の漁業協同組合の益金として課税した例はないと主張する。
しかし、漁業協同組合が業者から取得した金員が、漁業協同組合と組合員のいずれに帰属するのかは、当該金員の支払われた趣旨、当該全員の性格によって個別に決まるものであるから、他の漁業協同組合において課税対象となっていない金員が、本件漁業協力金等と全く同じ性質のものであると断定できなければ、他の漁業協同組合に対する課税処分例の有無を論じることに意味はない。仮に、他の漁業協同組合における本件漁業協力金等と同質の金員について、仮受金としての処理が認められ、当該漁業協同組合の益金として課税されていない例があったとしても、本件漁業協力金等が原告に帰属すると認められる以上、租税法律主義の観点からは、信義則の適用が認められる場合でない限り、他の例こそが是正されるべきものであって、これにより本件漁業協力金等を益金から除外すべきということにはならない。
したがって、原告の主張は採用できない。
(8) 以上によれば、本件漁業協力金等は、いずれも原告の取引に係るものであって、その全額が原告の収益と認められるから、法人税法２２条１項にいう「益金の額」に算入される。
３ 争点(2)（本件入漁料等が原告に帰属し、法人税法２２条１項所定の「益金の額」に算入されるか。）についてへ
(1) 前記争いのない事実のとおり、原告は、Ａ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ及びａの各旧漁業協同組合の合併により新設されたところ、水産業協同組合法７２条の規定により、合併により存続する組合又は合併により設立した組合は、合併によって消滅した組合の権利義務を承継するから、合併前の各旧漁業協同組合が行ってきた事業に係る権利義務は、合併によって設立された組合である原告に包括的に帰属する。そして。内国法人は、法人格ごとに納税義務を負い、法人税の課税対象となる所得金額は、支店・支所の活動によるものを含め、その法人の活動により生じた収益及び費用を合算して算出されるものであるから、本件入漁料等が原告に帰属するものであれば、当然に原告の益金に算入されることとなる。
(2) 原告は、本件入漁料等について、合併前の旧漁業協同組合単位で設立した民法上の任意組合の事業活動で生じた収益であり、原告に帰属するものではないと主張する。そして、この任意組合について、原告は、旧漁業協同組合が有していた財産権や共同漁業権の権益を保持し、地先海域を管理するために、各地区で漁業者団体を設立し、役員を選出し、総会を開催し、各地区の漁業者に対する配分等を行い、各地区団体の代表者名義による預金口座を開設してきたと主張する。
しかし、各地区において、原告から独立した存在としての任意団体の設立総会等が開催されたことは何らうかがわれない上、前記のとおり、旧漁業協同組合に帰属していた権利義務は、合併により当然に原告に承継されるのであるから、その権利等の一部を各地区の任意団体に帰属させようとするのであれば、原告から任意団体への承継等の手続がとられる必要があるが、そのような手続がとられた形跡もない（乙９９）。また、原告が、地区の漁業者団体が存在する根拠として主張する平成１４年度の決算報告書（甲４５）は、ａ組合の作成名義であるが、その表題部分には、「Ａ漁協ａ支部」と記載されており、原告の一部門にすぎないことをも示している。このほか、地区ごとに支部代表者名義等による預貯金口座が開設されていることは認められるものの（乙８６ないし９１、１１０ないし１１８）、共同漁業権がもともと旧漁業協同組合単位であったことに配慮して、本件漁業協力金等の配分が旧漁業協同組合単位で行われていることなどから、各地区において、ある程度自治的な運営がされているにすぎないと考えられることからすると、このような預貯金が、任意組合の存在を裏付けるものとまではいえない。そして、当該任意団体が、原告から独立した取引主体として、個別に確定申告をしているといった事実も認められない。
このようなことからすると、原告の主張するような任意団体が、原告から独立したものとして存在すると認めるに足りる証拠はないといわざるを得ないから、原告の上記主張は採用できない。
(3) 統計調査手当等について、原告は、原告の職員が個人の資格で委託を受けた市場調査に対する報酬として支払われたものであるから、原告に帰属するものではないと主張する。
しかし、統計調査員手当等は、職員個人宛に支払われるものの、それをとりまとめて、職員代表丁名義の貯金口座に入金されており、そこから原告の職員の福利厚生費等に費消されていることや（乙１１６）、当該調査の成果物は、原告の職員が、その勤務時間内に、原告の保有する資料を基にして作成したものであることなどからすると、原告の職員が、原告の職務として行った業務の対価として支払われたものと認められるから、原告の収益と認めるのが相当である。
(4) 以上のとおりであるから、別紙４－２ないし９に記載の本件入漁料等は、その全額が原告の収益と認められ、法人税法２２条１項の「益金の額」に算入される。
なお、原告の預貯金から出金された金員のうち、原告の費用と認められるもの（別紙７－１ないし３）は、原告の所得の計算上、損金の額に算入すべきものと認められる。
４ 争点(3)（組合員への配分金（別紙６－１ないし３）は、法人税法２２条１項所定の「損金の額」に算入されるか。）
(1) 本件漁業協力金等について、本件通達等が適用されないことは前記のとおりであるから、本件漁業協力金等のうち組合員へ配分された金額について、本件通達等を適用して、原告の損金に算入することはできない。
(2) 本件漁業協力金等は、前記のとおり、原告の各組合員に帰属するものではなく、原告に帰属するものと認められるところ、原告から各組合員への配分金が、原告の事業と直接的な関連性を有する費用と見ることは困難であるから、上記配分金は、原告にとって、対価性のない金銭の支出であると認められる。
法人のするこのような対価性のない支出は、「寄附金」として、一定の限度額を超える部分は損金に算入されない（法人税法３７条１項、同法施行令７３条）。すなわち、その名義にかかわらず、金銭その他の資産又は経済的利益の贈与又は無償の供与のような対価性のない支出には、法人の事業と関連性を有し、その収益を生み出すのに必要な経費といえるものと、単なる利益処分の性質を有するにすぎないものとがあるが、ある法人の行った対価性のない支出のうち、どれだけが費用の性質をもち、どれだけが利益処分の性質をもつものかを客観的に判定することは困難であることから、法は、事業活動の費用であることが明らかな同条７項括弧書きの支出を例外として寄附金から除くとともに、行政的便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金算入限度額を設けたものと解される。
本件漁業協力金等のうち組合員へ配分された金額は、法人税法３７条及び同法施行令７３条の規定に基づき算出される損金算入限度額についてのみ損金として算入され、それを超える部分の金額は、損金不算入額として、原告の所得金額に加算すべきである（企業会計上の費用として控除されていることから、法人税の計算に当たり所得金額に加算される。）。
(3) 原告は、仮に、本件漁業協力金等が原告に帰属するものであるとしても、これが組合員に配分されなければ、現実には砂利採取を行えないという事態を招き得るものであり、原告の事業に直接関係のある漁業者に対し、やむを得ず配分されたものであり、事業上必要な経費として、損金算入が認められるべきであると主張する。
しかし、上記配分金が、法人税法３７条７項の括弧書きにいう「広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきもの」に当たるとはいえない。
(4) また、原告は、組合員への配分金を損金とすることなく、本件漁業協力金等の全額を原告の収益として課税する一方で、組合員への配分金を組合員の所得として課税することは、違法な二重課税に該当すると主張する。
しかし、法人と個人とは異なる納税主体であり、それぞれについて課税要件が備わっている以上、本件漁業協力金等の全額を原告の収益として課税する一方で、それを原資として原告が組合員に配分した金員について、組合員個人の所得として課税することが、違法な二重課税に当たるとはいえない。
５ 争点(4)（信義則違反等）について
(1) 原告は、大洲税務署長が、長年にわたり、漁業者への配分金が原告の収益ではなく漁業者個人の収益であるとの見解を示し、そのように運用しながら、突然、原告の収益であるとする見解に変更して本件各更正処分をしたのは、信義則又は禁反言の原則に違反すると主張する。
しかし、大洲税務署長が、原告が本件砂利採取業者等から受領した金員につき、本件通達等の適用があることを明示又は黙示に示して、原告の仮勘定経理を認めてきたなどの事実を認めるに足りる的確な証拠はない。単に、大洲税務署長が、過去において、本件漁業協力金等と同質の金員について仮受金として処理することの問題を指摘しなかったというだけでは、本件漁業協力金等について課税しないとの意向を明示又は黙示に表明したものとはいえない。なお、大洲税務署長が、漁業協力金等の仮受金からの取崩し、益金計上及び配分金の損金計上を指導し、原告がそれに従って修正申告書（甲５２の２）を作成・提出したとの事実を認めることはできないものの、仮にそのような事実があったとしても、それが本件通達に照らして相当とはいえないものである場合には、これを是正するために指導内容を変更することも許されると解すべきことは、前記のとおりであって、租税法律主義及び租税平等主義の要請を犠牲にしてもなお納税者の信頼を保護しなければ正義に反するなどの特別な事情があると認めることはできない。
したがって、本件各課税処分が信義則又は禁反言の原則に反するとはいえない。
(2) 原告は、砂利採取業者等の砂利採取等に伴い漁業協同組合が受領する漁業補償金について、漁業者に配分された漁業補償金を、漁業協同組合の収益として課税処分を行った事例は他にはなく、被告もこれを是認してきたとして、本件各更正処分は不公平な課税処分であり、租税平等主義、憲法１４条１項に違反し、また、上記のような取扱いの変更は課税要件法定主義、課税要件明確主義に違反するほか、合法性の制約原理により課税処分を行うことはできないなどと主張する。
しかし、仮に、他の漁業協同組合が取得した本件漁業協力金等と同質の金員について、組合員への配分金を損金として控除することが認められ、当該補償金の全額について課税された例がなかったとしても、これまで述べたとおり、本件漁業協力金等が、原告に帰属するものとして原告の益金に該当し、組合員への配分金を原告の損金に算入する根拠がないことからすれば、むしろそのようなものに課税していない他の例こそが改められるべきなのであって、同様の課税例がないことから直ちに、本件各更正処分が、租税平等主義や憲法１４条１項に違反するというものではない。
また、本件各更正処分は、原告に対する課税要件が備わっているとして課税をしたものにすぎず、法律の根拠に基づかずに納税義務者を変更したものではないから、課税要件法定主義に反するとの原告の主張は失当であり、これまで他の税務署長が指摘していなかった点を指摘することが、課税要件明確主義に反するものといえないことも明らかである。
さらに、前記のとおり、大洲税務署長が、原告が本件砂利採取業者等から受領した金員につき、本件通達等の適用があることを明示又は黙示に示して、原告の仮勘定経理を認めてきたとの事実を認めるに足りる証拠はなく、他の税務署長が上記のような取扱いを示していたことを示す的確な証拠もないことからすると、そのような行政先例法が形成されていたといえないことはもとより、納税者に有利な解釈適用を広く一般に行っていたとも認められないから、合法性の制約原理に関する原告の主張は、その前提を欠くというべきである。
(3) したがって、信義則違反等に関する原告の主張は、いずれも採用できない。
６ 本件各処分の適法性について
以上によれば、本件漁業協力金等及び本件入漁料等に係る金額は、その取得した事業年度の原告の益金に算入されるべきものであり、組合員に対する配分金は、寄附金の損金算入限度額を超えて損金に算入することはできないから、本件各事業年度の法人税の計算は、別紙１０「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりとなる。
よって、本件各処分はいずれも適法である。
７ 争点(7)（本件裁決の違法性）について
原告は、本件裁決には、原告の主張を的確に取り上げないまま、実質的審査をせずに裁決をした違法があると主張するが、本件裁決の裁決書（乙１０）によれば、国税不服審判所長は、原告の主張の要旨を的確に取り上げた上で、それに対する判断を示しており、原告の主張について実質的審査を怠ったとは認められない。
ほかに本件裁決に固有の瑕疵があることを認めるに足りる証拠はないから、本件裁決は適法である。
８ 結語
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
松山地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官森實将人
裁判官岡本陽平
裁判官村井美樹子
別紙１
課税の経緯等（法人税）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成16年6月28日平成21年6月29日平成21年8月28日平成21年11月25日平成21年12月25日平成22年12月17日所得金額
14,528,591
80,515,199
納付すべき税額
3,103,900
17,621,100
平成
年
月期
過少申告
加算税の額
－
2,017,000
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
年月
日平成17年6月27日平成21年6月29日平成21年8月28日平成21年11月25日平成21年12月25日平成22年12月17日所得金額
9,197,395
59,638,752
納付すべき税額
1,963,800
13,060,800
平成
年
月期
過少申告
加算税の額
－
1,562,500
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
年月
日平成18年6月28日平成21年6月29日平成21年8月28日平成21年11月25日平成21年12月25日平成22年12月17日所得金額
17,732,879
76,440,244
納付すべき税額
3,668,500
16,584,300
平成
年
月期
過少申告
加算税の額
－
1,750,000
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
（注）「所得金額」欄の△印は欠損金額を、「納付すべき税額」欄の△印は所得税額等の還付金額を示す。別紙２～別紙９省略
別紙１０本件格処分の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 平成１６年３月期
(1) 所得金額（別紙２参照）
８０５１万５１９９円
上記金額は、次のアないしウの金額の合計金額から、エないしカの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
１４５２万８５９１円
上記金額は、平成１６年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１６年３月期確定申告書」という。他の事業所得についても同様に表記する。）に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ（別紙３）
７３１７万２９６１円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の合計金額である。
(ア) 漁業協力金等
６４４７万６８３５円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から補償金等の名目で受領した金額のうち、雑収入等として申告していた金額を控除したものであり、原告に帰属すると認められ、雑収入の計上漏れとして当期の所得金額に加算すべき金額である。
その内訳は、別紙４－１①のとおりである。
(イ) 入漁料・調査受託料及びその他雑収入
７６１万２９１６円
上記金額は、原告が他の漁業者から入漁料等として受領した金額など、平威１６年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－２ないし８のとおりである。
(ウ) 受託販売手数料
１０８万３２１０円
上記金額は、原告が株式会社Ｕから青海苔販売手数料として受領した金額のうち、雑収入等として申告していた金額を控除したものであり、原告に帰属すると認められ、平成１６年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－９のとおりである。
ウ 寄附金の損金不算入額
８６７４万６０１６円
上記金額は、原告が平成１６年３月期に支出した寄附金のうち、法人税法３７条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）及び同法施行令７３条（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき計算された損金算入限度額を超過する金額であり、同期の法人税の計算上、損金の額に算入されない金額である。
その寄附金の額の損金算入限度額及び限度超過額については、別紙５のとおりである。
エ 寄附金の損金算入額
８７８６万４９３１円
上記金額は、原告が平成１６年３月期に組合員及びその関係者に対して本件漁業協力金等の分配として支出した金額であり、寄附金の計上漏れとして当期の損金の額に算入されるべきものである。
その内訳は、別紙６のとおりである。
オ 損金の額に算入されていない雑費
６９万８７３８円
上記金額は、原告が平成１６年３月期に支出した金額の内、損金の額として認められる金額である。
その内訳は、別紙７－１のとおりである。
カ 事業税
５３６万８７００円
上記金額は、原告が平成１５年３月期の更正処分に伴い増加する事業税相当額であり、平成１６年３月期で損金の額に算入される金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
１７７１万３３００円
上記金額は、前記(1)の所得金額８０５１万５１９９円（国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条３項（平成１８年３月法律第１０号による改正前のもの。）及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年法律第１０号（平成１９年１月１日施行）により廃止される前のもの。以下「負担軽減措置法」という。）１６条に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
９万２１６３円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(4) 納付すべき法人税額
１７６２万１１００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
２ 平成１７年３月期
(1) 所得金額（別紙２参照）
５９６３万８７５２円
上記金額は、次のアないしエの金額の合計金額から、オないしクの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
９１９万７３９５円
上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ（別紙３参照）
５７３６万６１４３円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の合計金額である。
(ア) 漁業協力金等
５５９２万１２５０円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から補償金等の名目で受領した金額のうち、雑収入として申告していたものを控除した金額であり、原告に帰属するものと認められ、雑収入の計上漏れとして当期の所得金額に加算すべき金額である。
その内訳は、別紙４－１②のとおりである。
(イ) その他雑収入
９万９９７０円
上記金額は、原告が取引先からの寸志として受領した金額など平成１７年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－６及び７のとおりである。
(ウ) 受託販売手数科
１３４万４９２３円
上記金額は、原告が株式会社Ｕから青海苔販売手数料として受領した金額のうち、雑収入等として申告していた金額を控除したものであり、原告に帰属すると認められ、平成１７年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－９のとおりである。
ウ 消費税等の還付金額
３万８７００円
原告の平成１６年６月２５日付け平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日の課税期間に係る消費税及び地方消費税についての更正処分により、還付を受けるべき消費税額等である。
エ 寄附金の損金不算入額
１２５９万６４５７円
上記金額は、原告が平成１７年３月期に支出した寄附金のうち、法人税法３７条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）及び同法施行令７３条（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。）の規定に基づき計算された損金算入限度額を超過する金額であり、同期の法人税の計算上、損金の額に算入されない金額である。
その寄附金の額の損金算入限度額及び限度超過額については、別紙５のとおりである。
オ 寄附金の損金算入額
１３４６万５０００円
上記金額は、原告が平成１７年３月期に組合員及びその関係者に対して本件漁業協力金等の分配として支出した金額であり、寄附金の計上漏れとして当期の損金の額に算入されるべきものである。
その内訳は、別紙６のとおりである。
カ 損金の額に算入されていない雑費
１４４万０２４３円
上記金額は、原告が平成１７年３月期に支出した金額の内、損金の額として認められる金額である。
その内訳は、別紙７－２のとおりである。
キ 事業税
４３５万５１００円
上記金額は、原告が平成１６年３月期の更正処分に伴い増加する事業税相当額であり、平成１７年３月期で損金の額に算入される金額である。
ク 仮払税金の損金算入額
２９万９６００円
上記金額は、原告が平成１７年３月期において仮払税金で経理した消費税及び地方消費税と法人税利子税の金額であり、損金の額に算入すべき金額である。
その内訳は別紙８のとおりである。
(2) 所得金額に対する法人税額
１３１２万０３６０円
上記金額は、前記(1)の所得金額５９６３万８７５２円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条３項（平成１８年３月法律第１０号による改正前のもの。）及び負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
５万９４９１円
上記金額は、平成１７年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(4) 納付すべき法人税額
１３０６万０８００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
３ 平成１８年３月期
(1) 所得金額（別紙２参照）
７６４４万０２４４円
上記金額は、次のアないしウの金額の合計金額から、エないしカの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
１７７３万２８７９円
上記金額は、平成１８年３月期確定申告書に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ（別紙３参照）
６４５０万６９５０円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の合計金額である。
(ア) 漁業協力金等
６２４９万４０００円
上記金額は、原告が本件砂利採取業者等から補償金等の名目で受領した金額のうち、雑収入として申告していたものを控除した金額であり、原告に帰属するものと認められ、雑収入の計上漏れとして当期の所得金額に加算すべき金額である。
その内訳は、別紙４－１③のとおりである。
(イ) その他雑収入
１１万１４００円
上記金額は、原告が取引先からの寸志として受領した金額など平成１８年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－６及び７のとおりである。
(ウ) 受託販売手数料
１９０万１５５０円
上記金額は、原告が株式会社Ｕから青海苔販売手数料として受領した金額のうち、雑収入等として申告していた金額を控除したものであり、原告に帰属すると認められ、平成１８年３月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
その内訳は、別紙４－９のとおりである。
ウ 寄附金の損金不算入額
４０５万２１２４円
上記金額は、原告が平成１８年３月期に支出した寄附金のうち、法人税法３７条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）及び同法施行令７３条（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。）の規定に基づき計算された損金算入限度額を超過する金額であり、同期の法人税の計算上、損金の額に算入されない金額である。
その寄附金の額の損金算入限度額及び限度超過額については、別紙５のとおりである。
エ 寄附金の損金算入額
５１２万８３００円
上記金額は、原告が平成１８年３月期に組合員及びその関係者に対して本件漁業協力金等の分配として支出した金額であり、寄附金の計上漏れとして当期の損金の額に算入されるべきものである。
その内訳は、別紙６のとおりである。
オ 損金の額に算入されていない雑費
１３９万４３０９円
上記金額は、原告が平成１８年３月期に支出した金額の内、損金の額として認められる金額である。
その内訳は、別紙７－３のとおりである。
カ 事業税
３３２万９１００円
上記金額は、原告が平成１７年３月期の更正処分に伴い増加する事業税相当額であり、平成１８年３月期で損金の額に算入される金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
１６８１万６８００円
上記金額は、前記(1)の所得金額７６４４万０２４４円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条３項（平成１８年３月法律第１０号による改正前のもの。）及び負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 法人税額の特別控除額
１７万０１７３円
上記金額は、情報通信機器等を取得した場合に法人税額から控除される金額であり、平成１８年３月期確定申告書に記載された金額と同額である。
(4) 控除所得税額等
６万２２６９円
上記金額は、平成１８年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(5) 納付すべき法人税額
１６５８万４３００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)及び(4)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性（別紙９）
１ 平成１６年３月期
原告が平成１６年３月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次の(1)と(2)の合計額２０１万７０００円である。
(1) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
１４５万１０００円
上記金額は、平成１６年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１４５１万７２００円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
(2) 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
５６万６０００円
上記金額は、平成１６年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１４５１万７２００円のうち、平成１６年３月期確定申告書における納付すべき法人税額３１９万６０６３円又は５０万円のうちいずれか多い金額を控除した金額（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
２ 平成１７年３月期
原告が平成１７年３月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次の(1)と(2)の合計額１５６万２５００円である。
(1) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
１１０万９０００円
上記金額は、平成１７年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１１０９万７０００円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
(2) 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
４５万３５００円
上記金額は、平成１７年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１１０９万７０００円のうち、平成１７年３月期確定申告書における納付すべき法人税額又は５０万円のうちいずれか多い金額を控除した金額（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
３ 平成１８年３月期
原告が平成１８年３月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次の(1)と(2)の合計額１７５万円である。
(1) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
１２９万１０００円
上記金額は、平成１８年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１２９１万５８００円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
(2) 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
４５万９０００円
上記金額は、平成１８年３月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１２９１万５８００円のうち、平成１８年３月期確定申告書における納付すべき法人税額又は５０万円のうちいずれか多い金額を控除した金額（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12496.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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