税務訴訟資料第２６４号－１１６（順号１２４９７）
松山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（今治税務署長、国税不服審判所長）
平成２６年７月２日棄却・確定
判決
原告
Ａ漁業共同組合
同代表者代表理事
甲
同訴訟代理人弁護士
秦清
同
本田兆司
同
足立修一
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
今治税務署長
小松健作
裁決行政庁
国税不服審判所長
畠山稔
被告指定代理人
中尾真和
同
金子長年
同
川原久志
同
諏訪洋一
同
白石忠
同
上岡渉
同
菊池俊幸
同
阿部義弘
同
熊田利彦
同
尾上幸男
同
松本博文
同
大矢根寛
同
原川幹生
同
宇野典和
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 今治税務署長が原告に対して平成２１年７月２８日付けでした、平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を４２８８万４３５６円、過少申告加算税の額を１３４万２５００円と、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を３１０９万２３５８円、過少申告加算税の額を１００万１０００円と、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を１３９７万１７９８円、過少申告加算税の額を４２万８５００円と、平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の総所得金額を５９９万６０５０円、過少申告加算税の額を１４万８５００円とする各更正処分のうち、総所得金額がそれぞれ２００万１４１２円、－１３８万９３７４円、３０万０９６８円、１０５万７４００円を超える部分及び納付すべき税額がそれぞれ３６万７２００円、－７万３５２４円、－６７５８円、１２万７２００円を超える部分並びに各賦課決定処分を取り消す。
２ 国税不服審判所長が平成２３年１月１１日付けでした、平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度及び平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の各法人税の更正処分に対する各審査請求の裁決を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、漁業協同組合である原告のした、平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１６年１２月期」という。）、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１７年１２月期」という。）、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１９年１２月期」という。）、平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２０年１２月期」といい、平成１６年１２月期、平成１７年１２月期、平成１９年１２月期と併せて「本件各事業年度」という。）の各法人税の確定申告について、今治税務署長が、原告が砂利採取業者等から受領した海面使用料等は原告に帰属するものであり、雑収入の計上漏れがあるなどとして、更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）をし、原告が審査請求をしたが棄却されたことから、原告が、被告に対し、本件各処分（ただし、申告額を超える部分に限る。）及び審査請求棄却裁決の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
(1) 法人税法２２条
（１項）内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
（２項）内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
（３項）内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。
① 当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額
② 前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
③ 当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
(2) 租税特別措置法関係
ア 租税特別措置法（以下「措置法」という。）６４条１項７号
国若しくは地方公共団体（その設立に係る団体で政令で定めるものを含む。）が行い、若しくは土地収用法３条に規定する事業の施行者がその事業の用に供するために行う公有水面埋立法の規定に基づく公有水面の埋立て又は当該施行者が行う当該事業の施行に伴う漁業権、入漁権その他水の利用に関する権利又は鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し、又は採取する権利を含む。）の消滅（これらの権利の価値の減少を含む。）により、補償金又は対価を取得する場合
イ 租税特別措置法関係通達６４(2)－２９（以下「本件通達」という。）
漁業協同組合又は漁業協同組合連合会（以下、本件通達において「組合等」という。）が、その有する共同漁業権、特定区画漁業権又は入漁権（以下、本件通達において「共同漁業権等」という。）の消滅又はその価値の減少（以下、本件通達において「消滅等」という。）により措置法６４条１項７号に掲げる補償金又は対価（以下、本件通達において「補償金等」という。）を取得した場合において、当該補償金等の額の全部又は一部を当該共同漁業権等の範囲内において漁業を営む権利を有する組合員に対して当該権利の消滅等による補償として配分することとしているため、その配分をする日と当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過する日とのいずれか早い日まで仮受金として経理しているときは、これを認める。この場合において、当該補償金等の交付を受けた日から３年を経過した日において配分が確定していない金額があるときは、当該金額については、同日において組合等が収用等により取得した補償金等であるものとして措置法６４条から６５条の２までの規定を適用する。
(3) 砂利採取法
砂利採取業者は、砂利の採取を行おうとするときは、当該採取に係る砂利採取場ごとに採取計画を定め、当該砂利採取場の所在地を管轄する都道府県知事の認可を受けなければならない（１６条）。また、都道府県知事等は、当該認可の申請があった場合において、当該申請に係る採取計画に基づいて行う砂利の採取が他人に危害を及ぼし、公共の用に供する施設を損傷し、又は他の産業の利益を損じ、公共の福祉に反すると認めるときは、同条の認可をしてはならない（１９条）。
(4) 愛媛県海砂利採取認可要綱（以下「本件要綱」という。乙３０）
愛媛県は、砂利採取法の規定を受け、本件要綱を定めている。本件要綱は、海砂利の採取計画の認可基準として「関係漁業協同組合の同意」を得ていることを挙げ、この同意を知事の認可要件の１つと定めている（本件要綱６条(3)ウ）。
(5) 法人税基本通達９－７－２０
法人が交際費、機密費、接待費等の名義をもって支出した金銭でその費途が明らかでないものは、損金の額に算入しない。
３ 争いのない事実等
(1) 原告は、愛媛県今治市に所在する漁業協同組合であり、Ⓔ第ｍ号ないし第ｎ号の５つの共同漁業権を有する。
(2) 本件各処分の経緯等（別紙１「課税の経緯等（法人税）」）
ア 原告は、本件各事業年度において、別紙２－１ないし４「雑収入の内訳」に記載された砂利採取業者その他の業者（以下「本件砂利採取業者等」という。）から受領した海面使用料及び海難事故による事故の相手方等から受領した損害賠償名目の金員（以下、これらを併せて「本件海面使用料」という。）、本件砂利採取業者等から受領した砂利採取に係る砂船監視料（以下「本件砂船監視料」という。）並びに船舶の衝突事故により海上へ流出したチップの回収作業等に伴い受領したチップ回収料（以下「本件チップ回収料」といい、これと本件海面使用料及び本件砂船監視料を併せて、「本件海面使用料等」という。）について、これらを仮受金として経理処理した上、このうち原告の組合員への配分金は損金に算入されるものとして、これを控除し、同別紙中の「収益計上済み額」欄記載の金額を収益として計上した。
イ 原告は、今治税務署長に対し、本件各事業年度について別紙１「課税の経緯等（法人税）」の「確定申告」欄のとおりの所得金額、納付すべき税額を記載した法人税の確定申告書を、それぞれ法定申告期限までに提出した。
ウ 今治税務署長は、原告に対する法人税等調査を実施し、本件海面使用料等は原告に帰属する雑収入であり、原告の組合員への配分金は損金に算入されないとして、雑収入の計上漏れがあることなどを理由として、平成２１年７月２８日、本件各処分をした。
エ 原告は、本件各処分を不服として、平成２１年９月２８日、今治税務署長に対し異議申立てをしたが、同署長は、同年１２月２２日付けでこれを棄却するとの決定をした。
オ 原告は、上記異議棄却決定を不服として、平成２２年１月１９日、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが、同所長は、平成２３年１月１１日付けでこれを棄却するとの裁決をし（以下「本件裁決」という。）、原告は、同月１５日頃、その裁決書の送達を受けた。
(3) 本件海面使用料等について
ア 本件海面使用料のうち砂利採取に係るもの（以下「本件海面使用料①」という。）及び本件砂船監視料は、原告が、別紙２－１ないし４の「支払者」のうちの砂利採取業者（以下「本件砂利採取業者」という。）から受領した金員であるが、当該各金員に係る砂利採取が行われた海域は、それぞれ愛媛県今治市Ｇの地先（別紙４「本件砂利採取区域等関係位置図」の「ａ」の部分。以下「本件砂利採取区域ａ」という。）、及び同市Ｊの地先（同別紙の「ｂ」の部分。以下「本件砂利採取区域ｂ」といい、本件砂利採取区域ａと併せて「本件各砂利採取区域」という。）にある。いずれも他の漁業協同組合の有する共同漁業権の漁場区域内にあるが、当該共同漁業権の免許の際には、愛媛県知事により、全部又は一部の範囲について原告からの入漁を拒んではならないという制限条件が付されており、本件各砂利採取区域は、上記制限条件の適用される範囲に含まれるものであった。
イ 本件海面使用料のうち海面の使用に関するもの（以下「本件海面使用料②」という。）は、愛媛県今治市ｊ地先などの漁場の海面を、船舶の接岸、生け簀の設置、船舶の進水等のために使用する業者から受領したもので、上記漁場は、原告が共同漁業権の免許を受けた海域に含まれるものであった。
ウ 本件海面使用料のうち海難事故に関するもの（以下「本件海面使用料③」という。）及び本件チップ回収料は、原告が共同漁業権を有する海域その他の海域で発生した海難事故に関し、原告が受領した金員であった。
４ 争点及び当事者の主張
なお、次の(1)ないし(4)に掲げるほか、本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙５「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである。
(1) 本件海面使用料等が、法人税法２２条１項所定の「益金」に算入されるか。（被告の主張）
ア 資本等取引以外の取引によって生じた収益は、営業取引によるものか営業外取引によるものか、合法的なものか不法なものか、有効なものか無効なものか、金銭の形態をとっているかその他経済的利益の形態をとっているか等の別なく、益金を構成する。
本件海面使用料等は、法的に原告に帰属するものであり、本件海面使用料等の性質、共同漁業権の性質に照らしても、原告に帰属していると解すべきであり、さらに、原告における経理処理の状況に照らしても、原告の収益として取り扱うべきものである。以下に敷衍する。
イ 本件海面使用料等の帰属
(ア) 法的な帰属
本件海面使用料等は、原告ないし原告の委任を受けたＢ漁業協同組合協議会（以下「協議会」という。）と本件砂利採取業者等との間で締結された契約ないし同意等に基づいて、原告に支払われたものであり、当該契約ないし同意の当事者は原告である。本件海面使用料等の性質は、次のとおり、原告が本件砂利採取業者等と契約ないし同意等を行ったことに対する対価であり、個々の組合員の漁業補償金としての性質を有していない。さらに、本件海面使用料等の配分の有無、配分金額等を決定しているのは原告である。これらを併せ考えると、本件海面使用料等は、法的に原告に帰属するものと認められる。
(イ) 本件海面使用料等の趣旨及び性質等
本件砂利採取業者が、本件各砂利採取区域における砂利採取計画について愛媛県知事の認可を得るには、その要件の一つとして本件要綱が定める「関係漁業協同組合」である原告の同意を得る必要がある。また、原告の同意を得ることで、砂利採取に際し、原告やその組合員とのトラブルを回避するなど円滑な事業遂行を期待することができる。本件海面使用料①は、このような同意の対価として支払われたものであるから、原告に帰属する。なお、砂船監視料はこれに付随して支払われたものであるから、これと同様である。
本件海面使用料②は、原告の有する共同漁業権の漁場区域内にある海面の使用に関するものであり、海面使用契約の締結並びに海面使用料の請求及び受領がいずれも原告名義でされているところ、原告の有する共同漁業権の管理は、原告の組合としての目的事業であることや本件海面使用料等が個々の原告組合員に対する損失補償でないことを併せ考慮すれば、本件海面使用料②は、原告が共同漁業権を有する海面の使用に対する対価と認められる。
本件海面使用料③は、原告の有する共同漁業権の漁場区域内で起きた海難事故により原告の有する共同漁業権に生じた損害の賠償として支払われたものであり、本件チップ回収料は、原告が行ったチップ回収作業の対価として支払われたものである。
(ウ) 共同漁業権の性質
共同漁業権及び入漁権の帰属主体は、共同漁業の免許を受けた、あるいは入漁権があると指定された漁業組合であるから、共同漁業権の消滅等の対価としての漁業補償金は、漁業協同組合に帰属する。
ウ 本件海面使用料等の原告における経理状況
原告は、総勘定元帳（仮受金勘定）において、本件海面使用料等やその他の原告の経済活動によって受領した金額を併せて経理処理し、その一部につき収益として指導事業雑収入への振替等をし、決算期末残高から、組合員等に配分する目的で、一部を未払金に振り替えていたのであるから、本件海面使用料等と組合員に配分したとする金員の間に同一性は認められない。原告が、通常総会による組合員の承認を得る前に、原告独自の判断で、原告の赤字補塡等の目的で、本件海面使用料等について仮受金勘定から未払金勘定や雑収益勘定等に振替経理をしていること、通常総会では、配分金の算定根拠などの説明も質疑もなされることなく満場一致で承認されており、その配分に関する承認は形式的なものであること、個々の組合員への配分額につき組合員の事前の了承はない上、本件砂利採取海域等で許可漁業及び自由漁業を行っているかどうかにかかわらず、正組合員に一律に配分していることなどからすると、本件海面使用料等は、原告の裁量によって原告が自由に配分可能な金員であり、原告が本件海面使用料等について管理処分権限を有していることは明らかである
（原告の主張）
ア 本件海面使用料等の帰属
(ア) 本件海面使用料等は、原告に帰属するものではない。次に述べるとおり、原告は、漁業者である原告の組合員の代理人として、本件砂利採取業者等との間で砂利採取等に伴う漁業補償契約を締結し、本件海面使用料等を受領し、組合員へ配分してきたものであり、本件海面使用料等は、漁業者の漁業権行使が制限されることに対する漁業補償として、個々の組合員に帰属するものである。
(イ) 本件海面使用料①に係る砂利採取が行われた海域は、原告が共同漁業権を有する海域ではない。本件海面使用料②に係る海面使用が行われた海域は、原告が共同漁業権を有する海域であるが、原告は、共同漁業を営むものではない。本件海面使用料③に係る海難事故が発生した海域は、一部に原告が共同漁業権を有する海域を含むが、原告はそこで共同漁業を営むものではなく、他は原告が共同漁業権を有する海域ではない。本件海面使用料等に係る海域において、原告の共同漁業権の一部が消滅又は変更されるものではなく、また、原告は共同漁業を営んでおらず、その行使が制限されるものでもないから、原告が砂利採取業者等から漁業補償を得る地位にないことは明らかである。上記砂利採取等があったのは、いずれも原告の組合員が許可漁業及び自由漁業（以下「許可漁業等」という。）を営む海域であり、組合員が、その漁業権等の行使に制限を受け、法的権利を侵害されるのであるから、本件海面使用料等は、原告の組合員の漁業損失に対する補償の趣旨で支払われたものである。
また、本件海面使用料等①は、砂利採取に対する同意の対価でもない。本件要綱は、海砂利採取により被害を受ける漁民が多数に及び被害の程度にも差があるため、全ての漁民から個別に同意をとり統一的解決を図るのは事実上不可能であることから、政策的、便宜的に同意の主体を関係漁業協同組合として、組合員の過半数の賛成で同意を得られるようにしたものにすぎず、関係漁業協同組合を直接の権利者とするものでも、これに同意権を与えたものでもない。
原告の組合員は、原告に対し、明示又は黙示に、砂利採取業者等との漁業補償契約の締結及び補償金の受領、配分について委任し、あるいは追認していた。
本件海面使用料等は、組合員の総意に基づいて配分されたものであり、原告がその権限に基づいて裁量的に配分したものではない。砂利採取業者等との交渉について、原告にある程度の裁量があることは当然であるし、原告が、組合員の事前の了承なく、本件海面使用料等を他の目的に費消しても、組合員が承認すれば足りる。また、本件海面使用料等の配分が、一律にされたことが不合理であるとはいえない。
イ 本件通達等
(ア) 本件通達は、国等から漁業補償金等が支払われる場合について定めたものであるが、本件海面使用料等は、組合員の漁業操業への支障を填補する漁業補償金であり、私企業から支払われる場合でも、その補償金としての性質は同一であるから、同様に、仮受金処理が認められるべきである。
(イ) 国税庁長官は、昭和２９年７月３日、神戸港及び坂出港における共同漁業権の取消しに伴い漁業協同組合が交付を受けた補償金の取扱いについて、その確定の日を含む事業年度の益金に算入するが、これを組合員に交付した場合、当該補償金等から経費を控除した残額を限度として、当該組合の損金に算入すること、組合が経費を控除した残額を組合員に対して交付するために仮勘定で経理した場合には、その経理を認めること、組合員が交付を受けた金額は、組合員に雑所得として課税すること等を内容とする通達（以下「昭和２９年通達」という。）を発した。
昭和２９年通達は、①国税庁長官が、昭和３４年２月２日、名古屋国税局の「漁業協同組合が電力会社から受け入れる漁業補償金の取扱いについて」と題する上申に対し、昭和２９年通達と同様の取扱いをするよう指示し（以下「昭和３４年国税庁指示」という。）、②高松国税局長が、昭和４０年１月２６日、備讃瀬戸海域において運輸省が実施する航路整備事業及び香川県が実施する臨海工業用土地造成事業に伴う漁業の消滅及び損失の補償につき、許可漁業も、共同漁業権、入漁権その他の権利として、その消滅に関し、昭和２９年通達と同様に取り扱い、各組合員に分配金額が確定した時を課税時期とすると回答し（以下「本件高松局回答」という。）、③熊本国税局長が、昭和４０年７月２４日、漁業権を有する海域を他人に使用させることに伴い交付を受ける補償金につき、昭和２９年通達に基づいて処理するものと回答した（以下「本件熊本局回答」といい、昭和２９年通達、昭和３４年国税庁指示、本件高松局回答及び本件熊本局回答を併せて、「本件個別通達」という。）とおりに運用されてきた。
そして、国税庁長官が、昭和５０年２月１４日に発した、個別通達は原則としてそのまま存続することとしつつ、一般に適用があると認められる個別通達は、その表現を一般通達の表現に改めた上この通達に収録し、従来の個別通達を廃止することにしたとの通達「租税特別措置法関係通達（法人税編）の制定について」（以下「昭和５０年通達」という。）を経て、本件個別通達は、その表現が一般通達の表現に改められ、本件通達に引き継がれたものである。
したがって、本件海面使用料等については、本件個別通達によって、組合員への配分がされるまでは仮勘定経理が認められるから、原告の益金には算入されない。
(ウ) 大洲税務署は、ｑ漁業協同組合に対し、昭和５６年３月期の確定申告の際、組合員への配分金について、仮受金から取り崩して益金に計上するとともに、これを損金にも計上する修正申告をするよう税務指導し、同漁業協同組合はこれに応じ、その後も同様の申告をしてきたところ、大洲税務署と同じ国税局管内にある今治税務署も、原告が昭和５０年代から平成１５年までの二十数年にわたって、原告が本件砂利採取業者等から受領した金員を仮勘定経理し、組合員への配分金を益金から控除（損金計上）するという本件通達に沿った法人税の取扱いを認めてきた。本件各処分は、これまでの取扱いに反するものである。
（被告の反論）
ア 本件海面使用料等が原告の組合員に対する損失補償金ではないこと
次に述べるような点からすると、本件海面使用料等は、原告組合員の漁獲減少を補償する損失補償金であるとはいえない。
本件海面使用料等の金額の算定に当たり、砂利採取、海面使用、海難事故等によって原告ないし個々の組合員が被るおそれのある損失の程度が考慮された事実は認められず、原告組合員の損失を補塡する補償金であるとの原告の主張と整合しない。
本件海面使用料等の各組合員への配分は、それぞれの組合員が営む漁業の種類による損害額の違いや、本件各砂利採取区域内の砂利採取等によって許可漁業の行使制限を受ける可能性がある組合員が原告組合員全体の２割程度にすぎないことを考慮せず、本件各砂利採取区域で操業していない正組合員にも操業している正組合員と同様に一律の金額を配分しているところ、これらの事実が、本件海面使用料等の性格が組合員の損失補償金であることと整合しないのは明らかである。
原告は、本件海面使用料等から、直接的には個々の組合員の利益につながらない目的（原告の赤字の補塡のための資金や今治市が計画している漁業集落排水事業積立金への支出など）のために、少額とはいえない支出をしており、かつ、各組合員は、それを通常総会において形式的かつ事後的に承認しているにすぎない。このような本件海面使用料等の使途状況は、本件海面使用料等の性格が組合員の損失補償金であることと整合しない。
原告が、本件砂利採取業者等と本件海面使用料等に関する損失補償契約等に係る交渉、同契約等の締結、金員の受領及び受領した金員の処理を行うに当たり、事前に原告の組合員の委任を受けていた事実は認められず、原告が組合員らの代理人として本件海面使用料等を受領したとは認められない。
イ 本件通達等の適用がないこと
(ア) 本件通達
本件通達は、国や地方公共団体等が行う事業のために、漁業権等の消滅等の対価として支払う補償金（措置法６４条１項７号）について定めたものであるところ、措置法６４条の趣旨は、法人の所有する資産について、公共のため又は社会福祉のために、土地収用法等に基づきされた強制的な譲渡に伴い生じた益金の額に課税することは、その譲渡が法人の自由な意思に反するものである等適当でないことから、その譲渡益について課税の特例措置を講ずることにある。
本件海面使用料等は、原告が自らの判断に基づいて本件砂利採取業者等と契約ないし合意をした上で、原告が主体的に決定した額の金員を受領したものであり、国若しくは地方公共団体が行う公共のため又は社会福祉のため等、法令に基づき行われる事業により法人の自由な意思に反して取得する補償金とは認められないから、措置法６４条１項７号に該当する補償金とは認められず、本件通達は適用されない。
(イ) 本件個別通達
本件個別通達が過去に存在していたとしても、少なくとも本件更正処分対象年度である平成１６年１２月期ないし平成２０年１２月期には既に廃止されているから、本件各更正処分対象年度において、同通達を本件海面使用料等に適用する余地はない。
原告は、昭和５０年通達によれば、本件個別通達がその表現を一般通達の表現に改めて本件通達に引き継がれたと主張するが、本件通達は、前記のとおり、国や地方公共団体等が行う事業により取得する漁業権等の消滅等の対価としての補償金に係る特例措置を規定したものであり、本件熊本局回答等の取扱いがそのまま本件通達に引き継がれ、その後も運用されてきたとの主張には根拠がない。
昭和２９年通達が存在していたとしても、同通達は、国が行う共同漁業権の消滅補償の取扱いについての照会に対する回答であり、本件海面使用料等とはその前提が異なる。また、本件熊本局回答が存在していたとしても、同回答は、ｒ漁協指導連合会の該当照会についてのみ有効であり、本件海面使用料等が支払われた趣旨等の事実関係が異なる。したがって、これらの判断結果が直ちに本件海面使用料等の取扱いに当てはまるものではない。
本件高松局回答には、原告主張のような「組合員への分配のための仮受金経理」に基づく取扱いをするとの文言はなく、原告の主張は失当である。
ウ 今治税務署の取扱い
砂利採取業者から砂利採取等によって交付を受けた漁業補償金について、今治税務署長が、原告主張のような税務指導を行った事実はない。
今治税務署長は、平成１３年１２月期以降の原告の確定申告に対し、原告の受領した砂利補償金を含む漁業補償金から組合員への配分金額を控除する取扱いを認めていない。平成１２年１２月期以前の原告の確定申告に対し、今治税務署長がどのような課税処理を行ったかについては、確定申告書の保存期間が経過し確認できないが、原告の受領した漁業補償金額を原告の益金と指摘しなかったとしても、そのことが直ちに、本件海面使用料等の法的性質を認定した上で、原告の所得として課税しない旨の黙示の意向を表明したことを示すわけではない。
(2) 組合員への配分金が、法人税法２２条１項所定の「損金の額」に算入されるか。（原告の主張）
ア 前記のとおり、本件通達等によれば、本件海面使用料等のうち組合員に配分する金額は、仮勘定経理が認められ、その配分した金員は損金として原告の所得から控除されるから、本件海面使用料等が原告の益金となる補償金に当たるとしても、そのうち組合員へ配分された金額は、原告の損金として控除されるべきである。
イ 本件各更正処分は、本件海面使用料等から組合員へ配分した金額を損金とすることなく、本件海面使用料等の全額を原告の収益として課税する一方で、組合員への配分金については、組合員の雑所得として課税することになるものであり、違法な二重課税に該当する。（被告の主張）
ア 本件海面使用料等に本件通達等が適用されないことは、前記のとおりである。
本件海面使用料等は、そもそも砂利採取事業等に対する同意の対価であって、これを原告の組合員が取得する根拠がないばかりか、本件海面使用料等は、当該組合員の漁獲高や同人が砂利採取事業等によって受ける損失との関連性が認められないこと、本件海面使用料等のうち組合員に対して配分されたとする配分金、増資金及び集落排水事業積立金の支出先の組合員の氏名、支払日及び支払金額を確認することができなかったことなどの事情に照らせば、原告が組合員に配分したとする金員は、法人税基本通達９－７－２０の費途不明金に該当する。
イ 法人と個人は異なる納税主体であるから、組合員に配分されたとする金員を原告の損金として認めない一方で、当該金員を各組合員個人の所得税の対象となる金員とすることが、二重課税であり違法であるとはいえない。
（原告の反論）
原告の組合員への配分金は費途不明金ではない。今治税務署は、各組合員の取得した砂利補償金等に関し、組合員の収益補償金とする税務調査をしており、これを費途不明金とする原告に対する調査など一度もなかった。また、原告は、総会議事録を開示して、正組合員一人当たりの配分額を明らかにしており、今治税務署は、過去には、これらに基づいて、組合員への配分金額を損金として課税処理していたのであるから、組合員への配分金額を費途不明金であるとする被告の主張は不当である。
(3) 信義則違反等
（原告の主張）
砂利採取等に伴い漁業協同組合が砂利採取業者等から受領する海面使用料等のうち組合員に配分された金員について、漁業協同組合の収益として課税処分をした事例は他にはないと思われる。そうであるとすると、本件各更正処分は、著しく不公平・不平等なものであり、租税平等主義、憲法１４条１項に反する違憲、違法なものである。
今治税務署は、本件海面使用料等に関し、少なくとも二十数年間、仮受金計上を容認し、原告の収益ではなく、組合員個人の収益であるとの見解を示し、原告は過失なくこれを信じてそのように運用してきたものである。しかるに、今治税務署は、突然、組合員への配分金についても原告の収益とする見解に変更し、本件各更正処分をしたものであり、信義則又は禁反言の原則に違反する。
上記のような取扱いの変更は、納税義務者を変更したことになり、課税要件法定主義に反する。また、国税庁長官が発する解釈通達によって統一的な解釈が示されたわけでもなく、他府県において本件のような漁業補償金について課税された例もないのに、今治税務署だけが上記のように解釈することは、統一的解釈を要する課税要件明確主義に反する。さらに、漁業補償金について、これまで漁業協同組合への課税をすべきであるのにしていなかったということは、慣習法としての行政先例法が形成されていたと解されるから、これを変更するには法改正が必要である。仮に、行政先例法が形成されていたと解されないとしても、行政庁が納税者に有利な解釈・適用を広く一般的に行い、これを是正する措置を執っていない場合は、合法性の制約原理により、課税処分を行うことはできない。
（被告の主張）
他の税務署が、本件海面使用料等と同様の性格を有する金員について、漁業協同組合の益金ではないとの取扱いをしていたとしても、法的には当該金員が漁業協同組合に帰属する以上、租税法律主義の立場からは、信義則の適用が認められる場合でない限り、むしろ他の税務署の扱いが是正されるべきなのであって、他の税務署の課税処分の例によって、本件海面使用料等が原告の益金に含まれるか否かが左右されるものではなく、租税平等主義に反するものともいえない。
信義則の適用によって課税処分を違法とするには、税務官庁が納税者に対して、信頼の対象となる公的見解を表示したことが必要であるところ、前記のとおり、今治税務署長が、原告に対し、本件海面使用料等が原告組合員に帰属するとの公的見解を示した事実はなく、本件各更正処分が信義則等に反するものとはいえない。
本件各更正処分は、本件海面使用料等が法人税法２２条１項に規定する明確な課税要件に基づいてされた適法な処分であり、租税法律主義に反するものではない。また、今治税務署長が、過去の税務調査において、本件海面使用料等の法的性質を認定した上で、原告に対し、本件海面使用料等を原告の課税対象としない旨を明示した事実は認められず、このことについて、行政先例法の成立はなく、納税者に有利な解釈適用を広く一般に行っていたという事実もない。
(4) 本件裁決の違法性
（原告の主張）
本件裁決には、原告の主張を的確に取り上げないまま、実質的審査をせずに裁決をした違法がある。
（被告の主張）
国税不服審判所長は、原告の主張の要旨を「請求人の主張」として的確に取り上げた上、十分な審理を尽くして判断しているところであり、本件裁決に何ら違法はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記争いのない事実等、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
(1) 本件海面使用料①及び本件砂船監視料
ア 有限会社Ｃ、Ｄ株式会社、株式会社Ｅ及びＦ株式会社は、愛媛県知事の認可を受け、かねてから、愛媛県今治市Ｇの地先（以下「Ｇ地先」という。）の海域の一部（本件砂利採取区域ａ）において砂利採取を行っていた。
また、Ｈ株式会社及びＩ有限会社は、愛媛県知事の認可を受け、かねてから、愛媛県今治市Ｊの地先（以下「Ｊ地先」という。）の海域の一部（本件砂利採取区域ｂ）において砂利採取を行っていた。（争いがない）
イ 本件各砂利採取区域においては、それぞれ、次のとおり共同漁業権が免許されていた。すなわち、Ｋ漁業協同組合に対しては、愛媛県越智郡Ｌ地先（現在の同県今治市Ｌ地先をいう。）を漁場とする共同漁業等（Ⓔ第ｔ号。以下「Ｌ地先共同漁業権」という。）の、Ｍ漁業協同組合（現在のＮ漁業協同組合）に対しては、愛媛県越智郡Ｏ地先（現在の同県今治市Ｏ地先）を漁場とする共同漁業権等（Ⓔ第Ⓕ、同Ⓐ号。以下「Ｏ地先共同漁業権」という。）の各免許がされ、当該各免許には、漁場海域の全部又は一部につき、原告からの入漁を拒んではならない旨の制限が付されていた（乙２３）。
ウ 原告は、Ｋ漁業協同組合との間で、Ｌ地先共同漁業権に係る「協定書」（乙２６）を、Ｎ漁業協同組合との間で、Ｏ地先共同漁業権に係る「入漁に関する覚書」（乙２７）をそれぞれ交わして、各組合が共同漁業権を有する漁場に原告が入漁することに関する取決めをした。また、原告は、上記各組合に対し、各組合が共同漁業権を有する漁場に入漁する原告組合員の名簿及び原告組合長の誓約書を添えて、入漁申請書を提出していた（乙２８、２９）。
エ 本件各事業年度における、本件砂利採取業者の砂利採取認可申請について、本件砂利採取業者は、砂利採取法及び本件要綱に基づき、それぞれ、愛媛県知事に対して「採取計画認可申請書」を提出した。これらの各申請書には、原告名義の同意書（以下「本件同意書」という。）が添付されていた。本件同意書には、いずれも、本件砂利採取業者が本件砂利採取を行うことについて、原告が異議なく同意する旨記載され、原告の記名及び押印がされていた。（以上、乙３１ないし３６（枝番を含む。））
オ 本件砂利採取業者は、原告に対し、別紙２－１、２の「本件海面使用料」欄及び「本件砂船監視料」欄に掲げる各金員を、株式会社Ｐ銀行宮窪支店の原告代表理事組合長甲名義の普通預金口座（以下「本件Ｐ銀行口座」という。）又はＱ連合会Ⓑ支所の原告名義の口座（以下「本件信漁連口座」といい、本件Ｐ銀行口座と併せて「本件各振込口座」という。）へ振り込んで支払った（乙３７、３８（枝番を含む。））。なお、別紙２－１、２のＲ株式会社からの本件海面使用料及び本件砂船監視料は、同社が他社と共同出資して設立したＦ株式会社の砂利採取について支払われたものである（乙３９、４０）。
カ 本件砂利採取業者は、愛媛県の指導に基づき、砂利採取の認可を受けるためには、本件要綱に定める「関係漁業協同組合の同意」に当たるものとして、原告から本件同意書の発行を受ける必要があると考えており、また、副次的には、本件各砂利採取区域において砂利採取を行う際に原告やその組合員との間で生じる可能性のあるトラブルを回避し、あるいは、原告の組合員との間でトラブルが生じた場合には、原告を介して解決を図ることを期待して、原告の同意を得るために、採取する砂利の量などを基準として原告が請求する本件海面使用料①や本件砂船監視料を原告に支払っていた（乙８３ないし８５）。
キ 原告は、本件砂利採取業者から振り込まれた上記金員を仮受金として経理処理した（乙４１の１、２）。
ク なお、平成１８年８月３１日当時、原告の組合員の総隻数は３５０隻であり、このうち本件砂利採取区域ａへ入漁している隻数は３８隻、本件砂利採取区域ｂへ入漁している隻数は４０隻であった（乙８２）。
(2) 本件海面使用料②
ア 愛媛県知事は、原告に対して、愛媛県今治市ｊ地先などを漁場とする共同漁業権等の免許を与えていた（Ⓔ第ｍないしｎ号。乙２２、２４）。
イ Ｓ株式会社、Ｔ株式会社、Ｕ株式会社、Ｖ株式会社、Ｗ協同組合、Ｘ有限会社、有限会社Ｙ、有限会社Ｚ及び有限会社Ⓒ、（以下「本件海面使用業者」という。）は、船舶の接岸、生け簀の設置、船舶の進水等の理由で、原告が共同漁業権を有する上記漁場の海面を使用していた（乙５１ないし５４）。
ウ 本件海面使用業者は、原告に対し、別紙２－１ないし２－４の「本件海面使用料」欄に掲げる各金員を本件Ｐ銀行口座への振り込み又は現金により支払った（乙４１の１ないし４、４９及び５０（枝番を含む。））。なお、原告は、Ｓ株式会社、Ｕ株式会社、Ｖ株式会社、Ｗ協同組合、有限会社Ⓒ、Ｘ有限会社及び有限会社Ｚに対し、海面使用料の名目で請求書（乙４２ないし４８（枝番を含む。））を送付しており、有限会社Ⓒ及びＸ有限会社に対して発行した、同名目での領収書（乙４９、５０（枝番を含む。））も存在する。
エ 原告は、本件海面使用業者から支払を受けた上記各金員を仮受金として経理処理した（乙４１の１ないし４）。
(3) 本件海面使用料③及び本件チップ回収料
ア 協議会は、Ｂ内の●漁業協同組合の海域で事故などがあった際、その窓口として交渉し、和解金の受領及び各組合への分配をしている（乙５８）。
イ Ⓓ有限会社（以下「Ⓓ」という。）は、協議会との間で、平成１６年１月●日、Ⓓ所有のｄ丸が他船と衝突して沈没した事故（以下「ｄ丸事故」という。）に関する協定を締結し、沈没船であるｄ丸の船骸撤去及び積荷抜取りの義務の免除を条件として、ｄ丸事故に関する全ての漁業損害への補償として和解金５０００万円を協議会に支払うことを約した。同協定においては、将来、協議会以外の者から関係者に対し、ｄ丸事故に関して何らかの請求がされた場合には、協議会が、自らの費用と責任において解決することとされている。（乙５６）
協議会は、Ⓓから支払を受けた上記和解金から、原告に対する分配金として、平成１６年３月３日、２００万円を本件信漁連口座に振り込んで支払った。なお、ｄ丸事故の起きた海域は、原告が共同漁業権を有する海域ではなかった。（乙３８の１、乙５７、５８）
ウ ｅ有限会社（以下「ｅ」という。）は、原告との間で、平成１９年７月●日、ｅ所有のｆ丸が走錨して、原告が共同漁業権を有する磯に引っ掛かり、揚錨できず錨鎖を切断した件（以下「ｆ丸事故」という。）に関する和解協定を締結し、ｆ丸事故に関する一切の損害賠償として、４９０万円を支払うことを約した。同和解協定においては、将来、原告以外の者（組合員を含む。）から関係者に対し、ｆ丸事故に関して何らかの請求がされた場合には、原告は、自らの費用と責任において解決することとされている。（乙５５）
ｅは、原告に対し、同月２６日、上記和解協定書に基づき、４９０万円を本件Ｐ銀行口座に振り込んで支払った（乙３７の２）。
エ ｇ有限会社（以下「ｇ」という。）は、協議会との間で、平成２０年４月●日、ｇ所有のｈ丸が他船と衝突して転覆し、燃料油及び積載物である木材チップが流出・拡散するとともに、ブルドーザー等が海底に落下した事故（以下「ｈ丸事故」という。）に関する協定を締結し、ｈ丸事故に係る損害の賠償として、３０００万円を協議会に支払うことを約した。同協定においては、将来、協議会以外の者から関係者に対し、ｈ丸事故に関して何らかの請求がされた場合には、協議会は、自らの費用と責任において解決するものとされている。（乙５９、１００）
協議会は、ｇから支払を受けた３０００万円から、原告に対する漁業損害分配金として、平成２０年５月２０日、４５０万円を本件信漁連口座に振り込んで支払った（乙３８の４、乙６１）。
オ 原告は、上記イの分配金２００万円、上記ウの損害賠償金４９０万円及び上記エの漁業損害分配金４５０万円を、いずれも仮受金として経理処理した（乙４１の１、３、４）。
カ 原告は、協議会に対し、平成２０年１月１８日付けで、ｈ丸事故に関する損害賠償手続、交渉、協定書その他の文書の作成締結及び損害賠償金の受領につき委任する旨の委任状を作成・交付したが、ｄ丸事故に関する委任状は作成されていない。なお、上記委任状には、委任事項として、「本書作成者及び傘下構成組合並びに該構成組合員らが蒙った、漁業等損害に関する損害賠償手続き、交渉等の一切の件」、「上記損害賠償金受領の件」との記載がある（乙６０、８７）。
キ 協議会は、ｇ及びｉ株式会社に対し、平成１９年１１月２８日付け、同月３０日付け及び同年１２月１１日付けで、ｈ丸事故の際に流出した木材チップの回収作業（以下「本件回収作業」という。）に関するチップ回収料等を請求した。協議会は、上記２社から支払を受けたチップ回収料等から、原告に対し、本件回収作業の実働費支払額として、平成１９年１２月１７日に８４６万２２００円、同月２０日に１９２万円、平成２０年１月２９日に２５１０万２９２０円の合計３５４８万５１２０円を本件信漁連口座に振り込んで支払った（乙３８の３、４、乙５８、６１ないし６６）。
原告は、上記金員を仮払金（減算処理）又は仮受金として経理処理した（乙４１の４、５）。
(4) 仮受金勘定の期末における処理等
ア 原告は、本件海面使用料等の配分につき、仮受金勘定の期末残高から組合員への配分金として未払金勘定へ振り替えた上で、組合員に金銭を支払っていた。その配分金額の決定方法は、まず、理事会で原案を決定し、次いで、役員評議員会議で評議決定した上、当該決定が通常総会に報告されるというものであった。（乙６７ないし７４）
原告は、本件海面使用料等の受領及び組合員への配分について、事前に組合員から委任状の提出を受けていなかった（乙７９、８０）。
イ 原告は、平成１６年１２月期末において、仮受金勘定から５３２１万円を配分金（正組合員３１３名×１７万円）として未払金勘定に振り替えた上、平成１７年３月１０日に開催された通常総会で、上記配分金について報告し、承認を得た（乙４１の１、乙７１、７５）。
原告は、平成１７年１２月期末において、仮受金勘定から３１００万円を配分金（正組合員３１０名×１０万円）として未払金勘定に振り替えた上、平成１８年３月１８日に開催された通常総会で、上記配分金について報告し、承認を得た（乙４１の２、乙７２、７６）。
原告は、平成１９年１２月期末において、仮受金勘定から２６１０万円を配分金（正組合員２９０名×９万円）として未払金勘定に振り替えた上、平成２０年３月８日に開催された通常総会で、上記配分金について報告し、承認を得た（乙４１の３、乙７３、７７）。
原告は、平成２０年１２月期末において、仮受金勘定から２８８０万円を配分金（正組合員２８８名×１０万円）として未払金勘定に振り替えた上、平成２１年３月１４日に開催された通常総会で、上記配分金について報告し、承認を得た（乙４１の４、乙７４、７８）。
ウ 雑収入勘定等への振替
原告は、仮受金勘定から、平成１６年１２月期末に２１９０万円を、平成１７年１２月末に１７００万円を、それぞれ赤字補塡金として雑収益勘定に振り替えた上、その後に開催された通常総会でこれを報告し、承認を得た（乙４１の１、２、乙７５、７６）。
原告は、平成１６年１２月期末に、仮受金勘定から１５６５万円を今治市が計画している漁業集落排水事業に対応するための集落排水積立金（正組合員３１３名×５万円）として、未払金勘定に振り替えた上、その後に開催された通常総会でこれを報告し、承認を得た（乙４１の１、乙７５）。
原告は、平成２０年１２月期末に、正組合員からの増資があったものとして、仮受金勘定から１４３５万円を未払金勘定に振り替えて、備考欄に増資と記載し、その後に開催された通常総会で、正組合員一人当たり５万円を配分した上で、その配分金をそのまま原告の増資に充てた処理について報告し、承認を得た（乙４１の４、乙７８）。
２ 争点(1)（本件海面使用料等が、法人税法２２条１項所定の「益金」に該当するか。）について
(1) 「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。」とされているから（法人税法２２条２項）、本件海面使用料等が、原告の取引に係る収益に当たる場合には、原則として、法人税法２２条１項所定の「益金」に該当すると解される。以下、個別に検討する。
(2) 本件海面使用料①及び本件砂船監視料について
ア 本件海面使用料①は、本件砂利採取業者が、砂利採取の認可を受けるための要件の一つとして、原告から本件同意書を得るために（副次的には、事業の円滑な遂行に資するという目的もある。）、原告からの請求に応じて支払ったものであるから、これらは、本件砂利採取業者と原告との合意に基づいて支払われたものといえる。合意の当事者、これら金員の請求者、受領者は、いずれも原告である。したがって、特段の事情がない限り、当該取引に係る法律関係は、原告に帰属しているものと認めるべきである。
本件海面使用料①が、原告の組合員に対する個別の漁業補償であると認められる場合には、原告が、組合員に代わって本件砂利採取業者との合意等をしたとみる余地も出てくる。しかし、本件海面使用料①の額を定めるについて、個々の組合員の受ける漁業損害を査定するなどした事実はなく、原告は、受領した本件海面使用料①を仮受金として経理処理しているものの、他の取引によって受けた金員と区別することなく、仮受金の期末における残高から、本件各砂利採取区域内で操業しているかどうかも問わず、正組合員に一律の金額で配分していることからすると、本件海面使用料①が、組合員に対する個別の漁業補償であって、原告が組合員に代わってその交渉をし、補償金を受領した上、組合員に配分したものであるとみることはできない。
なお、海砂利採取等によって、漁獲高の減少や操業に対する制限などの不利益を受けるのは個々の漁業者であり、「組合は、その行う事業によってその組合員又は会員のために直接の奉仕をすることを目的とする」（水産業協同組合法４条）ものであるという実質関係に照らすと、漁業補償としての性質を有する金員は、究極的には個々の漁業者に配分されるべきであるといえるとしても、漁業協同組合自身も法人（同法５条）として、独立の権利義務の帰属主体となり得るのであるから、上記の実質的な関係から直ちに、全ての権利義務が直接組合員に帰属すると解することはできない。当該取引が組合に帰属するのか、個々の組合員に帰属するのかという問題は、取引の名義等の外形的・客観的な部分を中心とする取引当事者の合理的意思解釈によって判断すべきである。そして、当該取引が漁業協同組合に帰属する場合にも、上記の実質関係を課税関係に反映させ、究極的な利益の配分先となる個々の組合員にのみ課税し、漁業協同組合には課税しないものとするには、租税特別措置法等の別段の定めを必要とするといわざるを得ない。
本件海面使用料①につき、前記特段の事情があるとは認められないから、当該取引に係る法律関係は、原告に帰属するものと認められる。
イ 本件砂船監視料は、本件海面使用料①に付随して支払われたものであり、その合意、請求、受領等が原告名義で行われていることやその配分等は、本件海面使用料①と同様である。加えて、これには漁業補償金としての性質もないと考えられることからすると、これが原告の取引に係る収益に当たることは明らかである。
ウ 原告は、本件海面使用料①につき、それが同意に対する対価とはいえないとして、原告が本件各砂利採取区域に共同漁業権を有しないことや、当該区域で砂利採取を行う法的地位がないことなどを主張する。
しかし、本件海面使用料①に係る取引が原告に帰属するかどうかを判断する上で、当該金員と原告の受ける損害等との間に対価性があるかどうかはそれほど大きな意味を持たない。本件海面使用料①について、原告の組合員が受ける漁業被害等に対する補償の必要性を背景として、個々の組合員が直接補償交渉等を行うことが現実的に困難であることなどから、原告が本件砂利採取業者と合意等をし、それを後に組合員に還元するという実質的な関係があるとしても、既に述べたとおり、取引の帰属自体は、外形的・客観的な部分を中心として判断されるべきものであって、上記のような実質的な関係があることによって、原告の組合員が取引主体として行ったものであると認められるものではないから、原告の主張は採用できない。
また、共同漁業権等の性質論から、直ちに一定の結論を導き出すことも困難である。共同漁業権及び入漁権の帰属主体が、共同漁業の免許を受けた、あるいは入漁権があると指定された漁業協同組合であり、個々の組合員は、当該漁業権等の帰属する漁業協同組合という団体の構成員としての地位に基づき、漁業行使権を有するという関係を前提としても、法形式としては、組合が自己に帰属する共同漁業権等に対する補償を受けた上で、究極的な利益の帰属主体となるべき組合員にこれを配分するという方法も、個々の組合員が各人の漁業行使権に対する補償を直接受けるが、その交渉等は、帰属する団体が代理して行うという方法も、いずれも可能なのであって、結局は、当該取引の効果をどちらに帰属させる意思で行われたかによって決すべき問題だからである。
原告は、同意に対する対価について、砂利採取業者間で金額の多寡が生じるのは不自然であるとか、当該同意料の算定方法、算定基準もなく、その金額が高額にすぎることなどからすれば、本件海面使用料①を同意の対価と考えるのは不合理であるなどと主張するが、これらの点が、本件海面使用料①に係る取引の帰属に関する前記判断を左右するものではないことは、これまでに説示したところから明らかである。
(3) 本件海面使用料②について
本件海面使用料②に係る契約の締結並びに海面使用料の請求及び受領が、いずれも原告名義でされていることからすると、特段の事情がない限り、当該取引に係る法律関係は、原告に帰属するものと認めるべきである。本件海面使用料②は、原告の有する共同漁業権の漁場区域内にある海面の使用に関するものであり、原告の有する共同漁業権の管理は、原告の組合としての目的事業であることからすると、前記と同様に、原告の組合員の漁業行使権に対する制限等に対する補償の必要性が背景にあることを前提としても、当該取引が原告に帰属するものとしてされること自体には、何らの問題がない。
そして、本件海面使用料②に関し、原告の組合員の個別の損失等を査定するなどして、個々の配分額を決定するなどの取扱いは一切されておらず、他の収支とも混同した仮受金勘定の期末残高から、各組合員に一律の配分金が支払われていることなどに照らすと、これを個別の損失補償と見ることは困難であり、前記特段の事情があるとは認められないから、本件海面使用料②は、原告に帰属する取引に係る収益に当たると認められる。
原告は、原告が自ら上記海域で共同漁業を営んでいるものではなく、海面使用等により原告の共同漁業権の行使に制限を受けるものではないなどと主張するが、原告の共同漁業権に対する抽象的な制限があることに基づいて、原告が補償を求めることや、本件海面使用業者が、原告やその組合員とのトラブルを避ける等の目的のために、海面使用に対する対価を原告に支払い、原告がこれを受領することは何ら不合理ではない。そもそも、漁業者である個々の組合員への補償を背景としつつ、対外的には、原告が自己に帰属するものとして海面使用料の支払を受けることも可能なのであるから、いずれにせよ、原告の上記主張は採用できない。
(4) 本件海面使用料③及び本件チップ回収料について
ア ｄ丸事故及びｈ丸事故に係る本件海面使用料③は、いずれも協議会が各船会社との間で協定を締結して和解金等を受領したものであるところ、原告は、協議会に対し、上記各協定の締結に先立って、協定締結等に関する委任をしていたと認められる。この点につき、原告は、ｈ丸事故に関する委任状を作成・交付しているものの、ｄ丸事故に関する委任状を協議会に提出していない。しかし、協議会は、Ｂ内の●漁業協同組合の海域で事故などがあった際、その窓口として交渉し、和解金の受領及び各組合への分配をする団体であり、これまで構成員を代理して、同様の協定を多数締結してきたことからすると、ｄ丸事故に関する委任状は、協議会の担当者も述べるとおり、単にこれを提出させるのを失念していたにすぎないものと認められる（乙８７）。
協議会が上記各協定に基づき支払を受けた金員については、速やかに、協議会を構成する各漁業協同組合の組合長の協議により分配額が決定されて、現実に各漁業協同組合に分配されているが、原告へ分配後の処理については、仮受金として処理されただけで、個々の組合員に速やかに分配されることはなく、他の収支とも混同した仮受金勘定の期末残高から、各組合員に一律の配分金が支払われたにすぎない。
このようなことからすると、協議会が前記各協定に基づき船会社から支払を受けた和解金等から、原告への分配額として支払われた金員は、原告の取引に係る収益に当たると解され、これを個々の組合員の取引に係る収益とみることはできない。
なお、ｈ丸事故が生じた海域は、原告が共同漁業権及び事実上の入漁の利益を有する海域内のいずれかで生じたものである可能性が高いものの（乙１００）、ｄ丸事故の生じた海域は、原告が共同漁業権を有する海域ではない。しかし、上記各事故によって、原告が共同漁業権を有する海域に漁業被害が及ぶ可能性があり、原告の共同漁業権が侵害され得るものと認められることからすると、原告が、自己に帰属する共同漁業権に対する補償の趣旨で、上記各協定を締結したということには、何ら問題がない。また、既に述べたとおり、漁業者である個々の組合員への補償を背景としつつ、原告が自己に帰属するものとして協議会からの配分を受けることは可能なのであるから、当該事故が原告の共同漁業権の区域内であるかどうかが、直ちに取引の帰属に影響するものではない。また、前記各協定に、将来、協議会以外の者から関係者に対し、何らかの請求がされた場合には、協議会は、自らの費用と責任において解決するなどの条項が置かれているのは、協定の当事者が協議会であるためであり、これが、協議会から原告への分配金の帰属に関する前記判断を直ちに左右するものではない。
原告が協議会へ提出したｈ丸事故に関する委任状の委任事項には、委任状作成者である原告のみならず、構成組合員らが被った漁業損害に関する損害賠償請求手続等が含まれているが、これは、協議会が原告からの委任に基づいて補償交渉をまとめれば、何らかの形でその構成員に補償金が事実上配分され、個々の組合員が、別途、個別に補償を求めることはないという実情に鑑み、万一そのようなことがあった場合には、原告において説得等をして、船会社に直接請求されないようにするという事実上の効果を狙ったものと考えられる。したがって、この点も、協議会からの分配金の帰属を直接左右するものではない。
イ ｆ丸事故に関する協定の締結や和解金等の請求・受領が、いずれも原告名義でされていることからすると、特段の事情のない限り、当該取引に係る法律関係は、原告に帰属すると認めるべきである。
ｆ丸事故は、原告が共同漁業権を有する海域で生じたものであるから、原告の有する共同漁業権の管理の一環として、原告がそれに関する補償交渉をすることは自然なことである。これが共同漁業権の範囲内で行う原告の組合員の受ける損害を背景として行われたものであるとしても、それだけで、直ちに当該取引の帰属が個々の組合員になるというものではない。
前記協定に先だって、原告の組合員が個別に原告に交渉等を委任したなどの事情はなく、ほかに上記特段の事情が存在すると認めるに足りる証拠はない。なお、上記協定において、原告の組合員から同事故に関する何らかの請求がされた場合に、原告が、自己の責任と費用で解決する旨の条項が置かれているのは、当該協定の当事者が原告であって原告の組合員個人ではないことと整合的である。これは、個々の組合員からの請求行為等があった場合には、原告がこれに対する説得等をすることにより、ｅに対し直接請求がされることのないようにするという事実上の効果を狙ったものと考えられる。
原告が上記海域で共同漁業を営むものかどうかや、海面使用等により原告の共同漁業権の行使に制限を受けるかどうかという点が、上記協定等の取引の帰属に関する判断を直ちに左右するものでないことは、前記と同様である。
ウ 本件チップ回収料は、原告が行った本件回収作業の対価と認められるから、原告に帰属するものと認められる。なお、原告の組合員の中にチップ回収作業等に従事した者がいたとしても、その都度、原告からその報酬等を受けていたのであれば、その作業の主体は原告であるというべきである。
(5) 委任ないし追認について
本件海面使用料等につき、原告が組合員からの委任に基づき、組合員の代理人として、本件砂利採取業者等との合意等をし、あるいは、事後的に組合員が追認することにより、本件砂利採取業者等と原告との法律関係を組合員に帰属させたものとみられる場合には、原告に帰属する取引に当たらないと解する余地がある。しかし、原告の組合員が、原告に対して委任状を交付した事実はなく、それ以外の方法で、合意等に先立って、交渉や金員の請求等について原告に委任をしたと認めるべき事実関係も存在しない。
組合員への配分額は、まず、原告の理事会で配分金額の原案が決定され、当該原案について役員・評議員の合同会議で評議決定がされた上で、当該決定が通常総会において報告され、組合員の承認を得ることによって金額が確定する。しかし、原告の理事会は、本件海面使用料等からなる仮受金勘定から、組合員の事前の同意を得ることなく、原告の赤字補塡や今治市の漁業集落排水事業に対応するための積立金などへの支出をしている。にもかかわらず、総会では、これらの本件海面使用料等の配分や使途について、組合員から個別に質問や意見が出ることもなく、満場一致で承認されている。本件海面使用料等の組合員への配分の有無及びその金額は、原告の裁量に委ねられていて、原告の財政状態いかんによっては、組合員に配分しないという選択もあり得るような扱いがされていた。このようなことからすると、本件海面使用料等が、当然に各組合員に配分することが予定されていたとは認められず、そもそも原告の組合員自身も、本件海面使用料等が本来的に自己に帰属するものであるとの認識を有していたとは認められない。
したがって、原告の組合員による明示又は黙示の委任があったと認めることはできないし、組合員の総会での承認をもって、原告が本件砂利採取業者等とした合意等の法律関係を、組合員個人に帰属させる趣旨で追認したものと解することもできない。
(6) 本件通達等の適用の有無について
ア 本件通達
原告は、本件通達によれば、その事業の用に供するため国等が漁業協同組合に対し支出する補償金等と同様に、本件海面使用料等の仮受金処理が認められるべきであると主張する。
しかし、措置法６４条１項の趣旨は、公共性を有する収用等に伴い、法人がその有する資産を収用されるなどして代替資産を取得した場合は、それが法人の自由な意思に反するものである上、一般の譲渡等と同様に課税すると、企業経営維持のための再投資（代替資産の取得）を阻害する結果となることから、税法上、特別に優遇措置を講じたものと解されるのに対し、本件海面使用料等は、原告又は原告の委任を受けた協議会が、自らの判断に基づいて契約ないし合意をした上で、その金員を受領したものであって、公共のために法人の意思に反して収用等がされた場合に取得する補償金とはその性質が異なるものであるから、これらを同列に論じることはできない。
イ 本件個別通達
原告は、本件海面使用料等のうち組合員に交付する金額については、本件個別通達により仮勘定経理が認められるべきであると主張する。
しかし、平成１６年１２月期ないし平成２０年１２月期において、本件個別通達が効力を有していたとは認められない。少なくとも、本件個別通達は、共同漁業権等の消滅等による補償金の仮勘定経理に関する一般的取扱いを定めた本件通達が発せられたことによって、これに整理統合され効力を失ったものと考えられる。
したがって、公共性を有する収用等に伴う漁業補償金等に当たらない本件海面使用料等につき、本件個別通達を適用して、仮勘定経理を認めることはできない。なお、仮に本件個別通達の効力があるとしても、本件個別通達は、それぞれその対象とする補償金等に限定して適用されるべきものであって、その前提となる事実関係の異なる本件海面使用料等に当然に適用されると解することはできない。
ウ よって、本件通達又は本件個別通達により、本件海面使用料等を原告の収益から除外する仮勘定経理が認められるべきであるとする原告の主張は採用できない。
(7) 今治税務署の取扱いについて
原告は、民間業者の海面使用等に伴う漁業補償金等につき、原告が仮受金として処理していたことに関し、今治税務署長が一度たりともその問題を指摘しなかったことから、本件海面使用料等についても、これと同様のものであり仮受金処理が認められるべきであると主張するが、今治税務署長が上記問題を指摘しなかったというだけで、その仮受金処理を是認したことになるものではない。また、今治税務署長が、組合員の所得調査として、本件海面使用料等の配分額を照会したことをうかがわせる証拠はないものの、仮に今治税務署長がそのような照会をしていたとしても、それをもって、本件海面使用料等が組合員に帰属することや、同金員の仮受金処理を認めたことになるものではない。
また、原告は、愛媛県が、組合員から委任を受けて取得した漁業補償金を組合員に公正に配分することを指導し、原告も、この指導に従って本件海面使用料等を組合員に配分してきたとして、本件海面使用料等についての仮受金処理が正当であると主張するが、前記のとおり、本件海面使用料等は、原告がその組合員から委任を受けて取得した組合員に対する漁業補償金に該当しないから、原告の主張はその前提を欠くというべきである。
したがって、原告の上記主張には理由がない。
(8) 他の漁業協同組合に対する課税処分等について
原告は、本件海面使用料等と同質の金員について、他の漁業協同組合の益金として課税した例はないと主張する。
しかし、漁業協同組合が業者から受領した金員が、漁業協同組合と組合員のいずれに帰属するのかは、当該金員の支払われた趣旨、当該金員の性格等によって、個別に定まるものであるから、他の漁業協同組合において課税対象となっていない金員が、本件海面使用料等と全く同じ性質のものであると断定できなければ、他の漁業協同組合に対する課税処分例の有無を論じることに意味はない。仮に、他の漁業協同組合における本件海面使用料等と同質の金員について、仮受金としての処理が認められ、当該漁業協同組合の益金として課税されていない例があったとしても、これまでに述べたとおり、本件海面使用料等が原告に帰属すると認められる以上、租税法律主義の観点からは、信義則の適用が認められる場合でない限り、他の例こそが是正されるべきものであって、これにより本件海面使用料等を益金から除外すべきということにはならない。
したがって、原告の主張は採用できない。
(9) 以上によれば、本件海面使用料等は、いずれも原告の取引に係るものであって、砂利採取業者等から原告に支払われた時点で確定的に原告に帰属するものと認められるから、その全額が原告の収益と認められ、法人税法２２条１項にいう「益金の額」に算入されるものと認められる。
３ 争点(2)（組合員への配分金が、法人税法２２条１項所定の「損金の額」に算入されるか）について
(1) 本件海面使用料等について、本件通達や本件個別通達が適用されると解することができないことは、前記のとおりである。
したがって、本件海面使用料等のうち原告の組合員に配分された金員について、損金として原告の所得から控除すべきものとはいえない。
(2) 本件海面使用料等は、前記のとおり、原告の各組合員に帰属するものではなく、原告に帰属するものと認められるところ、原告から各組合員への配分金が、原告の事業と直接的な関連性を有する費用と見ることは困難である。そして、本件海面使用料等のうち組合員に対して配分されたとする配分金、増資金及び集落排水事業積立金の支出先の組合員の氏名、支払日及び支払金額を確認することができなかったことからすると（乙８０）、原告が組合員に配分したとする金員は、法人税基本通達９－７－２０の費途不明金に該当するというべきである。
(3) 原告は、組合員への配分金を損金とすることなく、本件海面使用料等の全額を原告の収益として課税する一方で、組合員への配分金を組合員の所得として課税することは、違法な二重課税に該当すると主張する。
しかし、法人と個人とは異なる納税主体であり、それぞれについて課税要件が備わっている以上、本件海面使用料等の全額を原告の収益として課税する一方で、それを原資として原告が組合員に配分した金員について、組合員個人の所得として課税することが、違法な二重課税に当たるとはいえない。
(4) したがって、組合員への配分金は、法人税法２２条１項にいう「損金の額」に算入されないというべきである。
４ 争点(3)（信義則違反等）について
(1) 原告は、砂利採取等に伴い漁業協同組合が受領した漁業補償金に関し、漁業者に配分された金員についてまで、漁業協同組合の収益として課税した例は他にはないと思われるので、本件各更正処分は、租税平等主義及び憲法１４条１項に違反すると主張する。
しかし、仮に、他の漁業協同組合が取得した本件海面使用料等と同質の金員について、組合員への配分金を損金として控除することが認められ、当該補償金の全額について課税された例がなかったとしても、これまで述べたとおり、本件海面使用料等が、原告に帰属するものとして原告の益金に該当し、組合員への配分金を原告の損金に算入する根拠がないことからすれば、むしろそのようなものに課税していない他の例こそが改められるべきなのであって、同様の課税例がないことから直ちに、本件各更正処分が、租税平等主義や憲法１４条１項に違反するというものではない。
(2) 原告は、本件各更正処分は、今治税務署の従前の取扱いと異なるもので、信義則又は禁反言の原則に違反すると主張する。
しかし、今治税務署長が、原告が本件砂利採取業者等から受領した金員につき、本件通達等の適用があることを明示又は黙示に示して、原告の仮勘定経理を認めてきたなどの事実を認めるに足りる的確な証拠はない、単に、今治税務署長が、過去において、本件海面使用料等と同質の金員について仮受金として処理することの問題を指摘しなかったというだけで、本件海面使用料等について課税しないとの意向を明示又は黙示に表明したものとはいえず、ほかに、原告に対してそのような公的見解の表示があったと認めるに足りる証拠はない。したがって、本件各更正処分について、租税法律主義及び租税平等主義の要請を犠牲にしてもなお納税者の信頼を保護しなければ正義に反するなどの特別な事情があると認めることはできないから、本件各課税処分が信義則又は禁反言の原則に反するとはいえない。
(3) 原告は、今治税務署の過去の取扱いを変更することが納税義務者の変更に当たり、課税要件法定主義に反すると主張するが、本件各更正処分は、原告に対する課税要件が備わっているとして課税をしたものにすぎず、法律の根拠に基づかずに納税義務者を変更したものではないから、原告の上記主張は失当である。
また、これまで他の税務署長が指摘していなかった点を指摘することが、課税要件明確主義に反するものといえないことは明らかである。
さらに、前記のとおり、今治税務署長が、原告が本件砂利採取業者等から受領した金員につき、本件通達等の適用があることを明示又は黙示に示して、原告の仮勘定経理を認めてきたとの事実を認めるに足りる証拠はなく、他の税務署長が上記のような取扱いを示していたことを示す的確な証拠もないことからすると、そのような行政先例法が形成されていたといえないことはもとより、納税者に有利な解釈適用を広く一般に行っていたとも認められないから、原告の主張はその前提を欠くというべきである。
(4) したがって、信義則違反等に関する原告の主張は、いずれも採用できない。
５ 本件各処分の適法性について
以上によれば、本件海面使用料等は、その取得した事業年度の原告の益金に算入されるべきものであり、組合員に対する配分金を損金に算入することはできないから、本件各事業年度の法人税の計算は、別紙５「本件処分の根拠及び適法性」に記載のとおりとなる。
よって、本件処分等はいずれも適法である。
６ 争点(4)（本件裁決の違法性）について
原告は、本件裁決には、原告の主張を的確に取り上げないまま、実質的審査をせずに裁決をした違法があると主張するが、本件裁決の裁決書（乙２０）によれば、国税不服審判所長は、原告の主張の要旨を的確に取り上げた上で、それに対する判断を示しており、原告の主張について実質的審査を怠ったとは認められない。
ほかに本件裁決に固有の瑕疵があることを認めるに足りる証拠はないから、本件裁決は適法である。
７ 結語
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
松山地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官森實将人
裁判官岡本陽平
裁判官村井美樹子
課税の経緯等（法人税）
別紙１
（単位：円）
区分
確定申告
修正申告等
更正処分等
異犠申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成17年2月18日
平成21年6月5日
平成21年7月28日
平成21年9月28日
平成21年12月22日
平成22年1月19日
平成23年1月11日
所得金額
253,593
2,001,412
42,884,356
納付すべき税額
△17,265
367,200
9,361,500
平成
年
月期
過少申告加算税の額
38,000
1,342,500
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
年月日
平成18年2月24日
平成21年6月5日
平成21年7月28日
平成21年9月28日
平成21年12月22日
平成22年1月19日
平成23年1月11日
所得金額
△1,727,302
△1,389,374
31,092,358
納付すべき税額
△73,524
△73,524
6,766,700
平成
年
月期過少申告加算税の額
1,001,000
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
年月日
平成20年2月28日
平成21年6月5日
平成21年7月28日
平成21年9月28日
平成21年12月22日
平成22年1月19日
平成23年1月11日
所得金額
300,968
13,971,798
納付すべき税額
△72,758
△6,758
3,000,800
平成
年
月期
過少申告加算税の額
6,000
428,500
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
年月日
平成21年2月27日
平成21年6月5日
平成21年7月28日
平成21年9月28日
平成21年12月22日
平成22年1月19日
平成23年1月11日
所得金額
1,057,400
5,996,050
納付すべき税額
△105,280
127,200
1,213,800
平成
年
月期過少申告加算税の額
23,000
148,500
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
（注）「所得金額」欄の△印は欠損金額を、「納付すべき税額」欄の△印は所得税額等の還付金額を示す。別紙２－１から別紙２－４まで、別紙３及び別紙４省略
別紙５本件各処分の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 平成１６年１２月期
(1) 所得金額
４２８８万４３５６円
上記金額は、次のアないしウの金額の合計金額から、エないしクの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
２００万１４１２円
上記金額は、原告が平成２１年６月５日付けで提出した平成１６年１２月期の法人税の修正申告書（以下「平成１６年１２月期修正申告書」という。）に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ
４７５４万６３８０円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)合計金額である。
(ア) 本件海面使用料
４１６４万０５００円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から海面使用料として受領した金額及びＢ漁業協同組合協議会から損害賠償金名目で受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－１）。
(イ) 本件砂船監視料
５８３万４１７２円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から砂船監視料として受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－１）。
(ウ) 雑収入の益金
７万１７０８円
上記金額は、上記(イ)本件砂船監視料から生じた仮受消費税等の金額２９万１７０８円から後記エに係る消費税等相当額２２万円を控除した金額であり、当該金額について、消費税が課税されないこととなったために、当期の法人税の計算上益金の額に算入すべき金額である。
ウ 繰越欠損金の損金算入額の過大額
６６７万６５９８円
上記金額は、今治税務署長が平成１６年７月６日付けで原告に対して行った平成１５年１２月期の法人税の更正処分（ただし平成１６年１２月６日付け異議決定書において一部取消された後のもの。）に伴い、平成１６年１２月期において控除できる繰越欠損金の額は０円となるため、平成１６年１２月期修正申告書による繰越欠損金の当期控除額６６７万６５９８円が過大となったことから、当期の法人税の計算上、所得の金額に加算すべき金額である。
エ 警戒業務従事手当ての損金算入額
４４０万００００円
上記金額は、原告が、上記イ(イ)本件砂船監視料に係る警戒業務従事手当てとして支出した金額の合計額４６２万円から消費税等相当額２２万円を控除した金額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
オ 共済掛金の損金算入額
１４６万２４４６円
上記金額は、原告が平成１６年１月３１日に１１０万１６００円、平成１６年４月３０日に３６万０８４６円をそれぞれ、共済掛金として支出した金額の合計額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
カ 寄附金の損金不算入過大額
１５万０５８８円
上記金額は、原告が平成１６年１２月期に支出した寄附金のうち、法人税法３７条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）及び同法施行令７３条（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。）の規定に基づき計算された損金算入限度額を超過する金額が０円となることから（別紙３）、平成１６年１２月期修正申告書による損金不算入額１５万０５８８円が過大となるため、当期の法人税の計算上、所得の金額から減算すべき金額である。
キ 納税充当金損金不算入過大額
１万０２００円
上記金額は、平成１６年１２月期修正申告書に記載された、「当期利益」として所得金額に加算した金額１万０２００円であり、原告が所得金額に過大に加算（損金不算入）した額であるため、当期の法人税の計算上、所得の金額から減算すべき金額である。
ク 事業税損金算入額
７３１万６８００円
上記金額は、今治税務署長が平成１６年７月６日付けで原告に対して行った平成１５年１２月期の法人税の更正処分（ただし異議決定書により一部取消された後のもの。）に伴う増加所得金額１億１６９６万２６５０円に対する事業税相当額であり、当期の法人税の計算上、所得の金額から減算されるべき金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
９４３万４４８０円
上記金額は、前記(1)の所得金額４２８８万４０００円（国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条３項（平成１８年法律第１０号で改正前のもの。）及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１８年法律１０号（平成１９年１月１日施行）により廃止される前のもの。以下「負担軽減措置法」という。）１６条に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
７万２９２５円
上記金額は、平成１６年１２月期修正申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(4) 納付すべき法人税額
９３６万１５００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
２ 平成１７年１２月期
(1) 所得金額
３１０９万２３５８円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計金額から、ウないしカの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
△１３８万９３７４円
上記金額（△印は欠損金額を示す。）は、原告が平成２１年６月５日付けで提出した平成１７年１２月期の法人税の修正申告書（以下「平成１７年１２月期修正申告書」という。）に記載された欠損金額である。
イ 雑収入の計上漏れ
４０９８万１２３５円
上記金額は、次の(ア)及び(エ)の合計金額である。
(ア) 本件海面使用料
３６２３万９０００円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から海面使用料として受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－２）。
(イ) 本件砂船監視料
４７２万２９７２円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から砂船監視料として受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－２）。
(ウ) 雑収入の益金
１万６８６３円
上記金額は、上記(イ)本件砂船監視料から生じた仮受消費税等の金額２３万６１４８円から後記ウに係る消費税等相当額２１万９２８５円を控除した金額であり、当該金額について、消費税等が課税されないこととなったために、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
(エ) 還付利子税
２４００円
上記金額は、平成１７年１月２８日に原告が受領した還付利子税であり、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ウ 警戒業務従事手当ての損金算入額
４３８万５７１５円
上記金額は、原告が、上記イ(イ)本件砂船監視料に係る警戒業務従事手当てとして支出した金額の合計額４６０万５０００円から消費税等相当額２１万９２８５円を控除した金額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
エ 共済掛金の損金算入額
１４３万４８８８円
上記金額は、原告が平成１７年２月１日に１０８万３２４０円、平成１７年５月２日に３５万１６４８円をそれぞれ、共済掛金として支出した金額の合計額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
オ 未納事業税の減算額
１万２６００円
上記金額は、平成１７年１２月期修正申告書に記載された未納事業税の金額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
カ 事業税の損金算入額
２６６万６３００円
上記金額は、上記１の平成１６年１２月期の法人税の更正処分に伴う増加所得金額４０８８万２９４４円に対する事業税相当額であり、当期の法人税の計算上、所得の金額から減算されるべき金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
６８４万０２４０円
上記金額は、前記(1)の所得金額３１０９万２０００円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条３項（平成１８年法律第１０号で改正前のもの。）及び負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
７万３５２４円
上記金額は、平成１７年１２月期修正申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(4) 納付すべき法人税額
６７６万６７００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
３ 平成１９年１２月期
(1) 所得金額
１３９７万１７９８円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計金額から、ウ及びエの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
３０万０９６８円
上記金額は、原告が平成２１年６月５日付けで提出した平成１９年１２月期の法人税の修正申告書（以下「平成１９年１２月期修正申告書」という。）に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ
４２１４万２８９５円
上記金額は、次の(ア)及び(ウ)の合計金額である。
(ア) 本件海面使用料
８３２万１１５０円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から海面使用料として受領した金額及びｅ有限会社から損害賠償金名目で受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－３）。
(イ) 本件チップ回収料
３３７９万５３５３円
上記金額は、原告がＢ協議会からチップ回収作業及び油防除作業に伴って受領した金額のうち、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－３）。
(ウ) 雑収入の益金
２万６３９２円
上記金額は、上記(イ)本件チップ回収料から生じた仮受消費税等の金額１６８万９７６７円から後記ウに係る消費税等相当額１０３万４８７５円及び本件消費税等更正処分によって納付すべき消費税等の額６２万８５００円を控除した金額であり、当該金額について、消費税等が納付されないこととなったために、当期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である。
ウ 警戒船費用及びチップ回収費用（以下「チップ回収費用等」という。）の損金算入額２０６９万７５１５円
上記金額は、原告が、チップ回収費用等として支出した金額の合計額２１７３万２３９０円から消費税等相当額１０３万４８７５円を控除した金額であり、当期の法人税の計算上、損金の額に算入すべき金額である。
エ 繰越欠損金の損金算入額の増加額
７７７万４５５０円
上記金額は、今治税務署長が平成２１年７月２８日付けで原告に対して行った平成１８年１２月期の法人税の更正処分に伴い、平成１９年１２月期において控除できる繰越欠損金の額は１２２３万６２５０円となるため、平成１９年１２月期修正申告書に記載された繰越欠損金の当期控除額４４６万１７００円との差額であり、当期の法人税の計算上、所得金額から減算すべき金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
３０７万３６２０円
上記金額は、前記(1)の所得金額１３９７万１０００円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条３項（平成２０年法律第２３号で改正前のもの。）に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
７万２７５８円
上記金額は、法人税額から控除される所得税額等の額であり、平成１９年１２月期修正申告書に記載された事業年度において控除することができる所得税額等の合計額と同額である。
(4) 納付すべき法人税額
３００万０８００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
４ 平成２０年１２月期
(1) 所得金額
５９９万６０５０円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計金額から、ウ及びエの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
１０５万７４００円
上記金額は、原告が平成２１年６月５日付けで提出した平成２０年１２月期の法人税の修正申告書（以下「平成２０年１２月期修正申告書」という。）に記載された所得金額である。
イ 雑収入の計上漏れ
５８１万３６５０円
上記金額は、原告が砂利採取業者等から海面使用料として受領した金額及びＢ協議会から損害賠償金名目で受領した金額のうち、平成２０年１２月期の法人税の計算上、益金の額に算入すべき金額である（別紙２－４）。
ウ 当期利益の転記誤り
３万２０００円
上記金額は、平成２０年１２月期修正申告書に記載した当期利益２５９万６９７９円と貸借対照表及び損益計算書に記載された原告の当期利益２５６万４９７９円の差額であり、過大に転記されているため、当期の法人税の計算上、所得金額から減算されるべき金額である。
エ 事業税の損金算入額
８４万３０００円
上記金額は、上記３の平成１９年１２月期の法人税の更正処分に伴う増加所得金額１３６７万０８３０円に対する事業税相当額であり、当期の法人税の計算上、所得の金額から減算されるべき金額である。
(2) 所得金額に対する法人税額
１３１万９１２０円
上記金額は、前記(1)の所得金額５９９万６０００円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に法人税法６６条３項（平成２２年法律第６号で改正前のもの。）に規定する税率（１００分の２２）を乗じた金額である。
(3) 控除所得税額等
１０万５２８０円
上記金額は、平成２０年１２月期修正申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額等の額である。
(4) 納付すべき法人税額
１２１万３８００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 平成１６年１２月期
原告が平成１６年１２月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次のアとイの合計額１３４万２５００円である。
ア 通則法６５条１項の規定に基づく金額
８９万９０００円
上記金額は、平成１６年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額８９９万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
イ 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
４４万３５００円
上記金額は、平成１６年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額９３７万８７００円（ただし、同項の規定により、新たに納付すべき法人税額８９９万４３００円に当該更正処分前に提出された平成１６年１２月期修正申告書に係る累積増差税額である３８万４４００円を加算した金額）のうち、期限内申告税額に相当する金額である５万５６６０円又は５０万円のうちいずれか多い金額である５０万円を控除した金額８８７万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
２ 平成１７年１２月期
原告が平成１７年１２月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次のアとイの合計額１００万１０００円である。
ア 通則法６５条１項の規定に基づく金額
６８万４０００円
上記金額は、平成１７年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額６８４万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
イ 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
３１万７０００円
上記金額は、平成１７年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額６８４万０２００円（ただし、同項の規定により、新たに納付すべき法人税額６８４万０２００円）のうち、期限内申告税額に相当する金額である０円又は５０万円のうちいずれか多い金額である５０万円を控除した金額６３４万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
３ 平成１９年１２月期
原告が平成１９年１２月期の法人税の更正処分に係る加算税の額は、次のアとイの合計額４２万８５００円である。
ア 通則法６５条１項の規定に基づく金額
３０万００００円
上記金額は、平成１９年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額３００万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
イ 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
１２万８５００円
上記金額は、平成１９年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額３０７万３５００円（ただし、同項の規定により、新たに納付すべき法人税額３００万７５００円に当該更正処分前に提出された平成１９年１２月期修正申告書に係る累積増差税額である６万６０００円を加算した金額）のうち、期限内申告税額に相当する金額である０円又は５０万円のうちいずれか多い金額である５０万円を控除した金額２５７万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
４ 平成２０年１２月期
原告が平成２０年１２月期の法人税の更正処分に係る過少申告加算税（通則法６５条）の額は、次のアとイの合計額１４万８５００円である。
ア 通則法６５条１項の規定に基づく金額
１０万８０００円
上記金額は、平成２０年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１０８万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の１０の割合を乗じた金額である。
イ 通則法６５条２項の規定に基づく加算額
４万０５００円
上記金額は、平成２０年１２月期の法人税の更正処分により新たに納付すべき法人税額１３１万９０００円（ただし、同項の規定により、新たに納付すべき法人税額１０８万６６００円に当該更正処分前に提出された平成２０年１２月期修正申告書に係る累積増差税額である２３万２４００円を加算した金額）のうち、期限内申告税額に相当する金額である０円又は５０万円のうちいずれか多い金額である５０万円を控除した金額８１万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、１００分の５を乗じた金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12497.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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