税務訴訟資料第２６５号－１７（順号１２６００）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税課税処分取消請求事件
国側当事者・国（横浜中税務署長）
平成２７年２月５日一部認容・確定
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士別紙１代理人等目録記載１（１）のとおり
同補佐人税理士別紙１代理人等目録記載１（２）のとおり
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁横浜中税務署長
土橋智幸
同指定代理人別紙１代理人等目録記載２のとおり
主文
１ 処分行政庁が原告に対して平成２１年７月３１日付けでした原告の平成１９年３月１日から平成２０年２月２９日までの事業年度分の法人税の更正処分のうち、所得金額６５億１６４１万３４５１円、納付すべき税額１９億４７８２万２１００円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は、これを１０分し、その７を原告の負担とし、その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成２１年７月３１日付けでした原告の平成１９年３月１日から平成２０年２月２９日までの事業年度分の法人税の更正処分のうち、所得金額６０億９１０４万１６７１円、納付すべき税額１８億２０２１万０５００円を超える部分並びに重加算税及び過少申告加算税（ただし、１０１３万８０００円を超える部分）の各賦課決定処分を取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対して平成２１年７月３１日付けでした原告の平成１９年３月１日から平成２０年２月２９日までの課税期間の更正処分のうち、納付すべき消費税額につきマイナス（還付金の額に相当する金額）３１万１８４０円を超える部分、納付すべき地方消費税額につきマイナス（還付金の額に相当する金額）７万７９６０円を超える部分及び過少申告加算税（ただし、３９万６５００円を超える部分）の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
（１）不動産業を営む原告は、株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）との間において、原告が所有していた沖縄県中頭郡Ｆ所在の土地（別紙２「物件目録（Ｆ）」記載１ないし３の土地。以下、これらの土地を併せて「Ｆ土地」という。）上に、賃貸用共同住宅（以下「Ｆ建物」といい、Ｆ土地と併せて「Ｆ物件」という。）を建設した上で、Ｆ土地については原告からこれを買い受けたＥが単独の売主となり、Ｆ建物については原告及びＥが売主となり、それぞれ同一の譲受人に売却する事業（以下「Ｆ事業」という。）を共同で行う旨の協定（以下「Ｆ事業基本協定」という。）を締結した。
原告は、原告の平成１９年３月１日から平成２０年２月２９日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）において、Ｅから受領したＦ土地の売買代金を「前受金」として経理処理した（なお、原告は、後述するとおり、ＥがＦ土地を原告から買い受けて、Ｆ土地の名義を原告からＥに移転した行為が、Ｆ事業における内部取引にすぎず、実質は担保目的であると主張している。）。
（２）原告は、株式会社Ｇ（以下「Ｇ」という。）との間において、乙が所有していた別紙３「物件目録（Ｈ）」（なお、別紙において用いた略称は、以下の本文においても用いることとする〔他の別紙についても同じ。〕。）記載１（１）のＨ⑤土地及び同目録記載２（１）・（２）のＨ建物（以下、Ｈ建物とＨ⑤土地を併せて「Ｈ譲渡土地建物」という。）を取得し、Ｈ建物を取り壊した上で、Ｈ⑤土地に戸建住宅を建築して分譲するという内容の共同事業協定（以下「原告・Ｇ共同事業協定」といい、同協定に基づく事業を「Ｈ事業」という。）を締結した。なお、原告は、別紙４「物件目録（Ｉ）」記載１（１）・（２）・（４）の各土地及び同目録記載２の各建物（以下、併せて「Ｉ事業物件」という。）も取得しているところ、これらの土地の位置関係は、別紙５「Ｉ・Ｈ物件」記載のとおりである。
Ｇは、原告・Ｇ共同事業協定に基づき、原告から支払われた金員を原資として、Ｊ株式会社（以下「Ｊ」という。）に対し、合計１億６０００万円（以下「本件振込金員」という。）を支払った。原告は、本件振込金員のうち、原告・Ｇ共同事業協定における原告の事業割合（９５％）相当額である１億５２００万円（以下「本件金員」という。）を本件事業年度の損金の額に算入した（なお、原告は、後述するとおり、本件振込金員について、別紙３記載の各物件〔以下、併せて「Ｈ物件」という。〕の付着権利の抹消に関連する費用として支払われたものであると主張している。）。
（３）本件は、処分行政庁が、①Ｅとの間でされたＦ土地の名義移転は売買に当たり、これにより生じた利益の額を本件事業年度における原告の益金の額に算入すべきである、②本件振込金員は、Ｈ物件の付着権利の抹消に関連する費用として支払われたものとは認められず、本件金員は、原告の平成１８年３月１日から平成１９年２月２８日までの事業年度（以下「前事業年度」という。）におけるＪに対する寄附金（法人税法３７条）に該当し、本件事業年度の損金の額に算入することはできない、③本件振込金員の支払に関する原告の行為は、隠ぺい又は仮装（国税通則法６８条１項）に該当するとして、㋐本件事業年度の法人税に係る更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分（以下、併せて「本件法人税賦課決定処分」といい、本件法人税更正処分と併せて「本件法人税更正処分等」という。別表１「本件法人税更正処分等の経緯」の「本件法人税更正処分等」欄参照）、㋑同年３月１日から平成２０年２月２９日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）における消費税及び地方消費税（以下、併せて「消費税等」という。）に係る更正処分（以下「本件消費税更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税賦課決定処分」といい、本件消費税更正処分と併せて「本件消費税更正処分等」という。別表２「本件消費税更正処分等の経緯」の「本件消費税更正処分等」欄参照）を行ったことに対し、原告が、本件法人税更正処分等及び本件消費税更正処分等（以下、併せて「本件各処分」という。）は明らかな事実誤認に基づくものであり、違法であるなどと主張して、本件各処分の一部の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは、別紙６「関係法令等の定め」記載のとおりである。
３ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は、当事者間に争いのない事実である。）
（１）当事者等
ア 原告は、平成８年１２月●日に設立されたマンション及び建売住宅の企画及び設計、不動産の売買、仲介、賃貸、管理及び鑑定等を目的とする株式会社であり、Ｋ証券取引所に株式を上場している。なお、原告の代表取締役である甲（以下「甲」という。）は、Ｅの元社員（平成３年入社、平成８年退社）である。［甲３６〔１、２頁〕、乙３］
イ Ｅは、昭和２年８月●日に設立された不動産の売買、仲介、賃貸、管理及び鑑定等を目的とする株式会社である。［乙４］
ウ Ｇ（平成１９年８月２９日に株式会社Ｍへと商号変更）は、平成１１年６月●日に設立された不動産の売買、賃貸、管理及びその仲介等を目的とする株式会社であり、平成１８年当時の代表取締役は、丙（以下「丙」という。）であった。［乙６８の１・２］
エ Ｊは、不動産の売買、仲介、管理等を目的として設立された株式会社であり、平成１８年当時の代表取締役は、丁（以下「丁」という。）であった。Ｊは、平成２０年１月●日に解散し、丁が代表清算人となって会社清算の上、同年４月●日清算結了の登記がされている。丁は、現在、株式会社Ｎの代表取締役をしている。［甲３８〔１頁〕、乙１０２］オ（ア）戊こと戊（以下「戊」という。）は、Ｏが所有していたＨ物件及び別紙４記載１（１）ないし（４）の各土地（以下、併せて「Ｉ土地」という。）に根抵当権を設定していた人物である。
（イ）株式会社Ｐ（以下「Ｐ」という。）は、東京都世田谷区を本店所在地とし、昭和３８年７月●日に設立された不動産の売買及び管理業務等を目的とする株式会社である。Ｐの代表取締役は、戊の甥であるＱであり、上記本店所在地は戊の住所地と同じである。なお、戊は、Ｐの元取締役である。［乙７９、弁論の全趣旨］
カ 株式会社Ｒ（以下「Ｒ」という。）は、平成１２年５月●日に設立された不動産の売買・仲介・賃貸・管理及びコンサルタント業務等を目的とする株式会社であり、平成１７年及び平成１８年当時の代表取締役は、Ｓ（以下「Ｓ」という。）であった。なお、Ｓは、Ｅの元社員である、［甲３６〔９頁〕、乙８０の１・２］
キ 株式会社Ｔ（以下「Ｔ」という。）は、平成１１年６月●日に設立された不動産の売買、仲介等を目的とする株式会社であり、代表取締役は、Ｕ（以下「Ｕ」という。）である。Ｕは、Ｅの元社員（昭和６２年入社、平成１１年退社）であり、同年５月頃から平成１９年５月まで、原告の非常勤取締役であった。［甲３６〔１ないし３頁〕、乙３、８２、８３の１・２］
ク 株式会社Ｖ（以下「Ｖ」という。）は、平成１７年２月●日に設立された不動産の売買、仲介等を目的とする、原告の１００％子会社であり、代表取締役は、Ｗ（以下「Ｗ」という。）である。なお、Ｗは、Ｅの元社員（昭和５７年入社、平成１６年３月退社）である。［甲３９〔１頁〕、乙９９の１・２］
ケ Ｘ（以下「Ｘ」という。）は、不動産業に従事して、Ｈ物件及びＩ土地の付着権利の整理に関与した人物である。なお、Ｘは、平成１７年分及び平成１８年分の所得税の確定申告書において、Ｔからの給与所得を申告していた。［乙８７の１・２］
（２）Ｆ事業に関する事実経緯
ア Ｆ事業基本協定の締結
（ア）原告は、平成１９年５月２２日、Ｅとの間において、①Ｆ土地のうち別紙２記載１（１）ないし（３）の各土地（以下、併せて「Ａ敷地」という。）及び同記載２の土地（以下「Ｂ敷地」という。）に係る共同事業基本協定書（以下「基本協定書（Ａ・Ｂ）」という。）、②同記載３の土地（以下「Ｃ敷地」という。）に係る共同事業基本協定書（以下「基本協定書（Ｃ）」といい、基本協定書（Ａ・Ｂ）と併せて「Ｆ事業各基本協定書」という。）を作成して、Ｆ事業基本協定を締結した。
（イ）Ｆ事業各基本協定書には、その前文において、原告所有のＦ土地に賃貸用共同住宅（Ｆ建物）を建設し、Ｆ土地は原告より土地を買い受けるＥが、Ｆ建物は原告及びＥが、それぞれ同一の譲受人に売却する事業（Ｆ事業）を共同で実施するに当たり、Ｆ事業基本協定を締結する旨が記載されているほか、以下の内容の定めがある（基本協定書（Ａ・Ｂ）と基本協定書（Ｃ）の文言は、事業比率等の数額以外は同一である。）。［甲４の１・２］
ａ 事業比率（２条）
Ｆ事業における事業比率（以下「Ｆ事業比率」という。）は、次のとおりとする。なお、Ｅが建築建物の新築工事に係る原価（以下「建物原価」という。）を負担するなどの場合、７条の定める共同事業推進協定書においてＦ事業比率を変更することを妨げない。
（ａ）基本協定書（Ａ・Ｂ）原告７５％Ｅ２５％
（ｂ）基本協定書（Ｃ）原告５８％Ｅ４２％
ｂ 費用負担（３条）
Ｆ事業の遂行に伴い発生する諸費用は、Ｆ事業比率に応じて負担する。ただし、原価のうち、①Ｆ土地の代金及びＦ土地に係る原価（以下、併せて「土地原価」という。）は、Ｅが負担し、②建物原価は、原告及びＥが次の算式により算定される建物売主比率に応じて負担し、③その他の費用は、原告及びＥがＦ事業比率に応じて負担する。なお、建物売主比率は、Ｆ事業の新築工事請負契約締結時までに決定してＦ事業の終了時まで運用するものとし、建物原価等に要する消費税等は、原告及びＥが建物売主比率に応じて負担する。
（ａ）原告の建物売主比率（％）＝｛（建物原価＋土地原価）×Ｆ事業比率（原告分）×０．０１｝÷建物原価（小数点第２位未満四捨五入）×１００
（ｂ）Ｅの建物売主比率（％）＝１００－原告の建物売主比率（％）
ｃ 諸費用の支払・精算（４条）
Ｆ事業に伴い発生する諸費用の支払・精算は次のとおり行う。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12600.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。