税務訴訟資料第２６５号－３０（順号１２６１３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（宇都宮税務署長）
平成２７年２月２６日一部認容・確定
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士井上康一
矢向孝子
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁宇都宮税務署長
吉池正一
同指定代理人木上寛子
齋藤誠密
青木典一
前山静夫
馬田茂喜
泉絢也
主文
１ 処分行政庁が平成２３年５月２７日付けでした原告の平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち、所得金額４９１万６２３０円、納付すべき法人税額６１万８９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 処分行政庁が平成２３年５月２７日付けでした原告の平成２０年８月分の源泉徴収に係る所得税の納税告知処分及び不納付加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 被告は、原告に対し、３０９０万７１４８円及びうち４２９万５２００円に対する平成２３年５月２８日から、うち１４万４２７５円に対する同年１１月２３日から、うち２１４９万３１４８円に対する平成２４年１月７日から、うち４９７万４５２５円に対する同年４月６日から各支払済みまで、平成２５年１２月３１日までについては年４．３％の割合、平成２６年１月１日から同年１２月３１日までについては年１．９％の割合、平成２７年１月１日から同年１２月３１日までについては年１．８％の割合、平成２８年１月１日以降については年７．３％の割合又は租税特別措置法９３条２項に規定する特例基準割合（ただし、当該特例基準割合に０．１％未満の端数があるときは、これを切り捨てたもの）のいずれか低い割合による各金員を支払え。
４ 訴訟費用は被告の負担とする。
５ この判決は、被告に対する判決書の正本の送達の日から１４日を経過したときは、第３項に限り、仮に執行することができる。ただし、被告が３１００万円の担保を供するときは、その仮執行を免れることができる。
事実及び理由
第１ 請求
主文第１項ないし第４項と同旨
第２ 事案の概要
本件は、原告が、原告の創業者である乙（以下「本件役員」という。）が平成１９年８月３１日に原告の代表取締役を辞任して非常勤取締役となったこと（以下「本件分掌変更」という。）に伴い、本件役員に対する退職慰労金として２億５０００万円（以下「本件退職慰労金」という。）を支給することを決定し、平成２０年８月２９日、その一部である１億２５００万円（以下「本件第二金員」という。）を本件役員に支払い、平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度（以下「平成２０年８月期」といい、他の事業年度についても、その終期により同様に表記することとする。）に係る法人税について、本件第二金員が退職給与に該当することを前提として本件第二金員を損金の額に算入し、また、原告が源泉徴収に係る所得税（以下「源泉所得税」という。）を納付するに際し、本件第二金員が退職所得（所得税法３０条１項）に該当することを前提として計算した源泉所得税額を納付したところ、処分行政庁から、本件第二金員は退職給与に該当せず損金の額に算入することはできないとして、法人税更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件過少申告加算税賦課処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を受け、また、本件第二金員は退職所得に該当しないとして、本件第二金員が賞与であることを前提に計算される源泉所得税額と原告の納付額との差額について納税の告知処分（以下「本件告知処分」という。）及び不納付加算税の賦課決定処分（以下「本件不納付加算税賦課処分」といい、本件告知処分と併せて「本件告知処分等」という。）を受けたことから、原告が、処分行政庁の所属する国を被告として、本件更正処分等及び本件告知処分等（以下、併せて「本件各処分」という。）の取消しを求めるとともに、本件告知処分等に基づき、源泉所得税並びに源泉所得税に係る不納付加算税及び延滞税として充当され又は原告が納付した金額（以下、上記充当ないし納付された源泉所得税等を併せて「本件納付金等」という。）の返還を求める事案である。
１ 関係法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは、別紙１「関係法令等の定め」記載のとおりである（別紙において定義した略語等は、本文においても用いることとする。）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は、当事者間に争いのない事実である。）
（１）当事者等
ア（ア）原告は、昭和５１年３月●日にＬ市を本店所在地として設立された、生産性向上化のための自動専用機、治工具の開発及び設計製作、一般機械及び構造物の設計、計算、スケッチ、工業デザイン等の請負、航空機、自動車、造船等の生産設備、試験装置、風洞模型、立体モデル等の設計製作及び販売等を目的とする株式会社である。［乙１、２］
（イ）平成１９年８月期及び平成２０年８月期の各期末における原告の発行済株式総数は、９万５０００株であり、そのうち、現在の代表取締役である甲（本件役員の子。以下「甲」という。）が５万１７５０株を、丙（本件役員の子〔甲の兄〕。以下「丙」といい、甲と併せて「甲ら」という。）が２万８５００株を、本件役員が１万株を、丁（本件役員の妻〔甲らの母〕。以下「丁」という。）が４７５０株を、それぞれ保有していた。［乙３の１・２］
（ウ）原告の平成１９年８月期における取締役は、本件役員、丁（ただし、平成１８年１０月３０日に退任）及び甲らであり、平成２０年８月期における取締役は、本件役員及び甲らであった。［乙２］
イ（ア）本件役員は、昭和３４年１２月、戊（以下「戊」という。）及びＢ（以下「Ｂ」という。）と共に、Ｃ有限会社（以下「本件有限会社」という。）を設立した後、昭和５１年３月、原告を創業した。［甲１３、乙２０］
（イ）本件役員は、原告の設立時から平成１９年８月３１日までの間、原告の代表取締役の地位にあったが、同日付けで原告の代表取締役を辞任して、原告の非常勤取締役となった（本件分掌変更）。
（２）原告の役員退職慰労金に関する規程等
ア 原告は、役員の退職慰労金について、以下の内容を含む役員退職慰労金規程（以下「本件退職慰労金規程」という。）を定めている。［乙１３］
（ア）退職した役員に支給すべき退職慰労金は、次の各号のうち、いずれかの額の範囲内とする。［第２条］
① 本件退職慰労金規程により取締役会が決定し、株主総会で承認された額。
② 本件退職慰労金規程により計算すべき旨の株主総会の決議に従い、取締役会の協議で決定した額。
（イ）役員の退職慰労金の額は、次の算式によって得たものとする。［第３条］
① 退職慰労金の額
＝退任時の報酬月額×役員在任年数×最終役位係数
② 各役位別の役位係数は次のとおりとする。
会長３．０
社長４．０
副社長２．５
専務１．５
常務１．２
取締役１．０
常務監査役１．０
ただし、役位及び報酬月額に変更がある場合には、役員任期中の最高位をもって、最終役位とする。上記以外の役位については、取締役会が決定し、株主総会で承認された額を慰労金とする。
③ 役員在任年数には、本件有限会社の役員勤続年数の１／２を合算する。
（ウ）役員報酬とは、名目のいかんを問わず、毎月定まって支給されるものの総額をいう。［第４条］
（エ）役員在任年数は、１か年を単位とし、端数は月割とする。ただし、１か月未満は１か月に切り上げる。［第５条］
（オ）役員の非常勤期間については、原則として、退職慰労金算出の際の役員在任年数から除く。ただし、特別の場合は、取締役会で別に定めることができる。［第７条］
（カ）取締役会は、特に功績顕著と認められる役員に対しては、第３条により算出した金額に５０％を超えない範囲、また、創業役員に対しては１００％を超えない範囲で加算することができる。［第８条］
（キ）退職慰労金の支給時期は、株主総会での承認又は株主総会直後の取締役会での決定後２か月以内とする。ただし、経済界の景況、会社の業績いかん等により、当該役員又はその遺族と協議の上、支給の時期、回数、方法について別に定めることができる。［第１１条］
イ 原告は、平成１９年８月１０日、本件退職慰労金の計算に関し、同日付け「退職慰労金の計算」と題する書面（乙１４。以下「本件計算書」という。）を作成しており、その内容は、別紙２記載のとおりである。［乙１４］
（３）本件分掌変更に伴う原告の本件役員への金員の支払状況等
ア 原告は、本件役員に対し、本件分掌変更の直前（平成１９年８月分）までは、月額８７万円の役員報酬を支給していたが、本件分掌変更後（同年９月分以降）は、月額４０万円の役員報酬を支給している。
イ（ア）原告は、平成１９年８月３１日、本件役員に対し、本件退職慰労金の一部として、７５００万円（以下「本件第一金員」といい、本件第二金員と併せて「本件各金員」という。）を支払った。
（イ）ａ原告は、本件第一金員が法人税法上の退職給与に当たるとして、本件第一金員を平成１９年８月期における損金の額に算入して法人税の確定申告をした。
ｂ 原告は、本件第一金員が所得税法上の退職所得に当たるとして、本件第一金員に対する源泉所得税１３２１万９２００円を算出し、平成１９年９月６日、同額を納付した。
（ウ）原告の平成１９年８月３１日現在の貸借対照表における現金及び預金の残高は、合計３８７８万５５２３円であった。原告の平成１９年８月期の損益計算書には、退職金として７５００万円（本件第一金員）のみが計上されており、本件退職慰労金から本件第一金員を差し引いた残額１億７５００万円（以下「本件退職慰労金残額」という。）は、平成１９年８月期の損金として計上されておらず、上記貸借対照表において未払金等として計上されてもいない。［甲５の１・２、乙１６の１］
ウ（ア）原告は、平成２０年８月２９日、本件役員に対し、本件退職慰労金の一部として、本件第二金員（１億２５００万円）を支払った（以下、本件退職慰労金から本件各金員を差し引いた残額５０００万円を「本件残額５０００万円」という。）。
（イ）ａ原告は、本件第二金員が法人税法上の退職給与（同法３４条１項）に当たるとして、本件第二金員を平成２０年８月期における損金の額に算入して、別表１「本件更正処分等の経緯」の「確定申告」欄のとおり法人税の確定申告をした（以下、原告が、本件第二金員について、実際に支給した日の属する事業年度〔平成２０年８月期〕における費用に算入した会計処理を「本件会計処理」という。）。
ｂ 原告は、本件第二金員が所得税法上の退職所得に当たるとして、本件第二金員に対する源泉所得税２２０３万２０００円を算出し、平成２０年９月８日、同額を納付した。
（ウ）原告の平成２０年８月３１日現在の貸借対照表における現金及び預金の残高は、合計７０４８万８８００円であった。［乙１７］
（４）原告に対する税務調査等
ア 宇都宮税務署のＤ特別国税調査官（以下「Ｄ特官」という。）及びＥ上席国税調査官（以下「Ｅ係官」という。）は、平成２２年４月１３日、原告に対する税務調査（以下「本件税務調査」といい、本件税務調査の担当職員を「本件担当係官」という。）を開始した。［乙２５、弁論の全趣旨］
イ 原告は、平成２２年６月３日、取締役会を開催して、本件退職慰労金の額を２億５０００万円から２億２０００万円に減額する旨の決議（以下「本件減額取締役会決議」といい、上記２億２０００万円から本件各金員を差し引いた残額２０００万円を「本件残額２０００万円」という。）をし、その頃、上記取締役会の議事録を本件担当係官に提出した。［乙２１、弁論の全趣旨］
ウ 原告は、平成２２年６月２１日、処分行政庁に対し、本件退職慰労金の金額が過大ではなく、適正である旨を記載した同日付けの上申書を提出した。［甲１１］
エ Ｅ係官は、平成２２年６月下旬、原告の顧問税理士であるＦ税理士（以下「Ｆ税理士」という。）に電話をし、本件税務調査が延期事案となる旨を連絡した。なお、税務署の定期異動に伴い、この頃、本件税務調査の担当者がＥ係官からＧ上席国税調査官に変更となった。［甲１７、乙２９、証人Ｄ〔１、６頁〕、弁論の全趣旨］
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12613.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。