税務訴訟資料第２６５号－９４（順号１２６７７）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（東税務署長事務承継者北税務署長）
平成２７年６月１１日棄却・確定
判決
原告Ａ
同訴訟代理人弁護士元氏成保
同濱和哲
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁東税務署長事務承継者北税務署長
岡野学
被告指定代理人飛田由華
同徳山健一
同小銭慎司
同福田幸治
同安田里佳子
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
東税務署長が平成２３年３月１７日付けで原告に対してした平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税につき還付すべき税額が１３５０万５４１６円、地方消費税につき還付すべき譲渡割額が３３７万６３５４円をそれぞれ下回るとした部分、並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の課税期間（以下「本件課税期間」という。）中に、集合住宅として各居室が賃貸に供されていた別紙１物件目録記載の建物（以下「本件建物」という。）及びその敷地である同目録記載の土地（以下「本件土地」といい、本件土地と本件建物をあわせて、「本件土地建物」という。）を購入したが、本件課税期間中は本件建物の各居室（以下「本件各居室」という。）に係る賃貸人たる地位を本件土地建物の管理業務と併せて移転していたから賃料収入を得ていないとした上、本件土地建物の購入価額（合計額）から本件土地の価額を差し引いて算出された本件建物の価額を前提として、本件建物の価額と本件土地建物に係るコンサルティング業務委託契約（以下「本件コンサルティング契約」という。）に基づく報酬がいずれも仕入税額控除の対象に当たるとして消費税等の確定申告をした。これに対し、東税務署長は、①原告に賃料収入が帰属しこれが原告の非課税売上となる、②本件建物の価額が不当に高額なものとされ、仕入税額控除の計算の基礎となる課税仕入れに係る支払対価の額に誤りを来している、③本件コンサルティング契約に係る報酬の支払額は、平成２７年法律第９号による改正前の消費税法３０条７項に規定する請求書等の保存がないから仕入税額控除の対象とすることができないなどを理由に、消費税等の更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をした。本件は、原告が、本件更正処分等を不服として、その取消しを求める事案である。なお、原告は、東税務署長による本件更正処分等がされた後、所得税の納税地の変更に関する届出書を提出したため、原告の新納税地を所轄する北税務署長が、原告の旧納税地を所轄する東税務署長の事務を承継している。
１ 消費税法等の定め
別紙２消費税法等の定めの概要のとおりである（なお、同別紙中において用いた略語は以下においても同様に用いることとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実のほか、各項掲記の証拠（以下、枝番のあるものは特記なき限り枝番を全て含む。）及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
（１）当事者等
ア 原告は、一級建築士であり、建築士事務所を営む者である（乙２）。
原告は、平成１６年８月３日、西税務署長に対し、消費税課税事業者届出書を提出した（乙３）。
原告の平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの消費税の課税期間（本件課税期間）に係る基準期間は、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までである（以下「本件基準期間」という。）ところ、本件基準期間における消費税等の課税売上高は、１０００万円を超えていた（乙４）。
原告は、本件基準期間及び平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの消費税の課税期間の消費税等の確定申告において、課税売上割合を１００パーセントとして申告していた（乙４、５）。
イ Ｂ特定目的会社（以下「Ｂ・ＳＰＣ」という。）は、資産の流動化に関する法律に基づき設立された特定目的会社（ＳＰＣ）である（乙６）。
ウ 株式会社Ｃ（以下「Ｃ社」という。）は、不動産の売買、賃貸、管理及び仲介等を目的とする株式会社である（乙７）。
エ 株式会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）は、不動産の売買、賃貸、管理、仲介及びコンサルティング等を目的とする株式会社である（乙８）。
（２）本件土地建物
本件建物の構造は別紙１物件目録記載のとおりであって、１Ｋ（２０．８３平方メートルから２２．０２平方メートル）及び１ＬＤＫ（４２．８５平方メートルから４３．５０平方メートル）の間取りの全４８戸からなる共同住宅であり、賃貸に供されている、いわゆる賃貸マンション（名称を「Ｅ」（現在は「Ｆ」）とする。）である（平成２１年１１月●日時点における空室は１室にとどまる）（甲３、５、乙６、１２、１３）。
（３）本件土地建物に係る契約の経緯
ア 不動産コンサルティング業務委託契約の締結
原告は、平成２１年１１月１２日、Ｃ社との間で、不動産コンサルティング業務委託契約書（以下「本件コンサルティング契約書」という。）を取り交わし、本件土地建物（Ｅ）に関する諸調査及び事業監修業務に係るコンサルティング業務委託契約（本件コンサルティング契約）を締結した。本件コンサルティング契約の概要は、以下のとおりである。（乙９）
（ア）原告は、Ｃ社に対し、原告が取得しようとする本件土地建物について、諸調査及び事業監修を行うこと（以下「調査・監修業務」という。）を委託し、Ｃ社はこれを受託した。ただし、弁護士、税理士等の独占業務がある時はその独占業務、並びに宅地建物取引法上及び金融商品取引法上の媒介業務を除くものとする。（１条）
（イ）Ｃ社は、本件コンサルティング契約の目的を遂行するため、次の調査・監修業務を行う（以下、これらを総称して「本件コンサルティング業務」という。）。（２条）
ａ 賃貸マンション経営計画に関連する諸調査の実施
ｂ その他調査・分析
ｃ 有益的必要的改修工事の提案・監修
ｄ 施工業者の選定
ｅ 設備変更・更新の提案
ｆ サブリース等の提案
ｇ 上記に基づく事業計画の策定・監修
ｈ その他業務遂行に必要な事項に係る業務
（ウ）Ｃ社は、原則として、適宜本件コンサルティング契約に係る業務の進捗状況その他の事項について原告に報告しなければならない（１２条）。
（エ）監修業務の期間は本件コンサルティング契約締結日より、平成２２年６月３０日までとする（５条）。
（オ）原告は、Ｃ社に対し、本件コンサルティング契約の調査・監修業務の報酬として３５００万円（消費税を含む。）を支払うものとする（１０条１項）。
（カ）上記（オ）の報酬について原告はＣ社に対し次のとおり支払うものとする（１１条）。
平成２１年１１月末日まで２３００万円
業務完了時まで１２００万円
（キ）ａ原告及びＣ社は、本件コンサルティング契約締結後、原告からの追加業務（追加調査事項を含む。）の依頼及び社会経済的環境の変化その他の事由により、本件コンサルティング契約の内容を変更することが適当と判断したときは、相手方に対し、速やかにその旨を通知し、その変更についての協議を申し入れることができる（１３条１項）。
ｂ 上記ａの場合において、その変更に伴う報酬の改定について併せて協議するものとする（１３条２項）。
（ク）原告が本件土地建物を取得しないときは、本件コンサルティング契約は解除されるものとし、前記（オ）に定める報酬は発生しないものとする（１６条）。
イ 信託受益権の売買契約の締結
原告は、平成２１年１１月１３日、Ｂ・ＳＰＣとの間で、本件土地建物（Ｅ）に係る信託受益権売買契約書（以下「本件売買契約書」という。）を取り交わし、本件土地建物を信託不動産とする不動産信託に係る受益権に関する売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。本件売買契約には、概要、以下の条項が存する。（乙１０）
（ア）Ｂ・ＳＰＣは、Ｇ株式会社（なお、新商号を「Ｈ株式会社」とする。）とＢ・ＳＰＣとの間で締結された平成１５年９月３０日付け信託受益権売買契約書に基づいてＢ・ＳＰＣが取得した、Ｇ株式会社とＩ銀行株式会社（以下「Ｉ銀行」という。（信託受託者））との間で締結された平成１５年９月３０日付け信託契約（ただし、その後の変更を含む。）に基づく本件土地建物に係る信託受益権を４億２３５０万円で原告に売却し、原告は、受益権を取得した後、信託契約を解除することを目的として、これを買い受ける（１条１項）。
（イ）原告は、上記（ア）の売買代金全額を平成２１年１１月３０日までにＢ・ＳＰＣの指定する口座に送金するものとする（２条）。
（ウ）受益権は、原告が、上記（ア）の売買代金全額をＢ・ＳＰＣに支払った時にＢ・ＳＰＣから原告に移転し（５条１項）、この受益権移転と同時に、原告はＢ・ＳＰＣが有する信託契約上の委託者の地位及び受益者の権利義務を承継する（ただし、信託契約上、受益権の譲渡と共に移転しないとされているＧ株式会社の地位に基づき負担する責任、債務、義務等については除く。）（同条２項）。
（エ）Ｂ・ＳＰＣ及び原告は、信託不動産（本件土地建物）より生ずる賃料等の収益及び公租公課、賦課金等信託不動産に関して発生する費用について、いずれも譲渡実行日をもって区分するものとし、その前日までのものはＢ・ＳＰＣの計算に帰属し、その日以後（譲渡実行日を含む。）のものは原告の計算に帰属するものとする。なお、固定資産税・都市計画税及び償却資産税は、起算日を４月１日として平成２１年度課税明細書に基づき上記（ウ）に定める受益権の移転の時に精算するものとする。（１０条２項（一部抜粋））
（オ）Ｂ・ＳＰＣは、譲渡実行日に、既存テナントに支払うべき預かり保証金又は敷金（当該金銭が受領される名目いかんにかかわらず、預かり保証金又は敷金と認められる一切の金銭を含む。）の返還債務の合計金額に相当する金銭を、原告に引き渡すものとし、原告は本件売買契約書別紙の賃貸借契約目録記載の賃貸借契約における賃借人に対する賃貸人の地位（賃借人に対する敷金等預り金の返還債務を含む。）を承継するものとする（１５条１項）。
（カ）上記（オ）に規定する金銭の引渡しは、売買代金から当然に控除されるものとする（１５条２項）。
ウ 業務委託契約の締結
原告は、平成２１年１１月２６日、Ｄ社との間で、業務委託契約書（以下「本件業務委託契約書」という。）を取り交わし、本件土地建物に関する運営整理に係る業務委託契約（以下「本件業務委託契約」という。）を締結した。本件業務委託契約書には、概要、以下の条項が存する。（乙１１）
（ア）原告は、Ｄ社に対し、原告が平成２１年１１月●日付けで取得する予定の本件土地建物について、本件土地建物の適正な運営に係るリスクを回避することを目的とした運営整理業務を委託し、Ｄ社はこれを受託した（１項）。
（イ）Ｄ社は、本件業務委託契約の目的を遂行するため、賃借人との調整、家賃保証・火災保険等、賃借人の属性に係るリスクをする補完作業、建物・設備の不具合調査、入居者からのクレーム対応などの運営整理業務を行う（２項）。
（ウ）運営整理業務を行うに当たり、本件土地建物の賃借人（本件各居室の賃借人）と締結されている賃貸借契約については、Ｄ社が賃料を収益し、費用を負担するものとする（３項）。
（エ）上記（ア）に係る期間は原告が本件土地建物を取得した平成２１年１１月●日より平成２２年１月末日までとする（以下「本件業務委託期間」という。）（４項）。
（オ）本件業務委託期間終了後、原告は貸主として賃料を収益するものとする（５項）。
エ 本件売買契約に係る売買代金の精算
原告は、平成２１年１１月●日、Ｂ・ＳＰＣに対し、本件売買契約に係る売買代金４億２３５０万円に、原告が負担すべき固定資産税及び都市計画税の額７６万６６１６円を加算し、同日から同月３０日までの賃料等４３万４７３４円及び敷金・保証金１９０万円を控除して算定した精算金４億２１９３万１８８２円を支払った（乙６）。
なお、平成２１年１１月●日から同月３０日までの上記賃料等４３万４７３４円の内訳は、賃料３７万８６６７円、共益費３万７６００円、水道代１万１４６７円、駐車場代６６６７円及び駐車場代に係る消費税分３３３円である（乙６）。
オ 本件土地建物に係る所有権移転登記の状況
平成２１年１１月●日、本件土地建物につき、同日付け信託財産引継を原因として、Ｉ銀行から原告への所有権移転登記が経由された（乙１２、１３）。
なお、原告は、同日以降、少なくとも同年１２月３１日までの間、本件土地建物を所有していた（弁論の全趣旨）。
カ 本件各居室に係る賃借人に対する通知
（ア）原告は、平成２１年１１月●日、Ｈ株式会社（旧商号はＧ株式会社）との連名により、本件各居室に係る賃借人（駐車場の賃借人も含む。）に対し、同日付けで本件各居室に係る賃貸人たる地位がＨ株式会社から原告に移転した旨を記載した貸主変更通知書（以下「Ｈ変更通知書」という。）を配付して通知した（甲５）。
（イ）Ｈ変更通知書には、概要、以下のａないしｃの記載があるほか、旧貸主としてＨ株式会社、新貸主として原告、新貸主管理会社としてＣ社が記載されており、新しい入金先口座として「カ）Ｃ」名義の金融機関口座が記載されている（甲５、乙２８、２９）。
ａ Ｅ（本件各居室）は、信託受益者としてＩ銀行（旧所有者）が所有し、Ｈ株式会社（旧貸主）が本件各居室に係る賃借人に賃貸してきたが、旧所有者（Ｉ銀行）は、本件各居室の所有権を平成２１年１１月●日付けで原告（新貸主）に譲渡した。
ｂ 上記ａに伴い、同日をもって、本件各居室に係る賃借人との賃貸借契約（付随する覚書等の一切を含む。）に基づく賃貸人の地位は、新貸主に承継されることになった。
ｃ 平成２１年１２月分以降の賃料については、新貸主管理会社であるＣ社の銀行口座に振り込むようお願いする。なお、既に振込済みの場合は、旧貸主と新貸主及び管理会社の間で清算する。
キ Ｄ社による本件各居室に係る賃借人からの賃料等の収受
Ｄ社は、原告との間で締結した本件業務委託契約に基づいて、本件各居室に係る賃借人（なお、平成２１年１１月３０日付けで４０４号室が解約されたが、同年１２月１５日から従前空き室であった８０２号室に新たに入居があり、４０４号室は同月１７日から入居を伴わない一時的な賃貸（共益費の負担なし。）が行われた。）から、本件各居室に係る同年１２月分の賃料、共益費、水道代及び駐車場代（以下、これらを総称して「賃料等」といい、同年１１月●日から同年１２月３１日までのものを「本件賃料等」という。）を収受した。その内訳は、賃料２８４万８３２３円、共益費２７万６０００円、水道代８万５０９６円（税込み）、駐車場代５万２５００円（税込み）である。（甲１８、１９、乙６、４７、弁論の全趣旨）
ク 屋外広告看板の掲出に関する契約の締結
（ア）原告は、平成２１年１１月３０日、Ｃ社との間で、屋外広告掲出契約書を取り交わし、屋外広告看板の掲出に関する契約（以下「屋外広告掲出契約」という。）を締結した。屋外広告掲出契約書には、概要、以下の記載がある。（乙１４）
ａ 屋外広告掲出契約は、本件建物（Ｅ）屋上を設置場所とする原告所有の看板について、Ｃ社が取り扱う広告掲出のための看板広告を設置することを目的とする（第１条）。
ｂ Ｃ社は、毎月末日までに、使用料金として、１か月あたり２６万２５００円（税込み）を原告の指定する銀行口座に振り込む（第２条）。
ｃ Ｃ社は、屋外広告掲出契約の締結に際し、権利金７５万円（税込み）を原告に支払わなければならず、いかなる場合においても原告に対して返還請求することはできない（第３条）。
ｄ 屋外広告掲出契約の契約期間は、平成２１年１２月１日から平成２２年１１月３０日までとする（第４条）。
（イ）Ｃ社は、平成２１年１２月２８日付けの原告宛解約通知書により、屋外広告掲出契約（上記（ア））を平成２２年１月３１日に解約することとした（乙１５）。
ケ 建物管理委託契約の締結
原告は、平成２２年１月３０日、Ｃ社との間で建物管理委託契約書を取り交わし、同年２月１日から平成２３年１月３１日を委託期間とする、本件建物の管理に係る建物管理委託契約を締結した（乙１６）。
（４）本件訴訟に至る経緯
ア 消費税等の確定申告書の提出
原告は、平成２２年２月２０日、本件課税期間に係る消費税等の確定申告書（以下「本件消費税等確定申告書」という。）を東税務署長に提出した（乙１７）。
本件消費税等確定申告書に記載された申告内容は、以下のとおりである（別表１の「確定申告」欄参照）。
（ア）本件課税期間において原告に帰属する本件各居室に係る賃料収入はなく、「課税資産の譲渡等の対価の額」及び「資産の譲渡等の対価の額」をいずれも１５９３万８８４３円とし、課税売上割合を１００パーセントと算出して課税仕入れに係る消費税額の全額を控除している。
（イ）本件消費税等確定申告書に添付された仕入控除税額に関する明細書（以下「本件明細書」という。）には、本件課税期間における。固定資産等の取得状況」について、本件建物及び本件土地の取得価格として、それぞれ３億２７６０万１９３０円及び９３１８万１１８６円と記載されている（乙１７）。
イ 本件更正処分等
東税務署長は、平成２３年３月１７日付けで、本件課税期間の消費税等につき、本件更正処分等をした（甲１）。
本件更正処分等の内容は、以下のとおりである（別表１の「本件更正処分」欄参照）。
（ア）本件各居室に係る本件賃料等は、消費税法上、原告に帰属する。各金額については、別表４の「原処分額」欄①ないし⑤並びに別表４付表１及び２参照。なお、本件賃料等のうち、平成２１年１１月分の賃料等についてはＢ・ＳＰＣが東税務署長に提出した「賃料（非課税分）精算に関する明細書」（乙６）の各「買主帰属」欄記載の金額、同年１２月分の賃料等については賃料入金明細（乙６の「賃料」「共益費」「水道代」「駐車料」欄参照。ただし、４０４号室にかかる賃料等については、同年１１月に解約したため、１２月分には算入しない。）から算出したものである。
（イ）本件土地建物のうち本件建物部分の課税仕入れに係る支払対価の額は、本件土地建物の取得価額を固定資産税評価額で按分して算出すべきである。
（ウ）本件コンサルティング契約に係る報酬の支払額は、消費税法３０条７項に規定する請求書等の保存がないから仕入税額控除の適用ができない。
ウ 異議申立て
原告は、平成２３年５月３日、異議審理庁である東税務署長に対し、本件更正処分等を不服として異議申立てをしたが、東税務署長は、同年６月２７日、原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした（別表１の「異議申立て」欄及び「異議決定」欄参照）（乙１９、２０）。
エ 審査請求
原告は、平成２３年７月１５日、本件更正処分等を不服として、国税不服審判所長に対し、本件更正処分等の全部の取消しを求めて審査請求をしたが、同審判所長は、平成２４年６月２８日、審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（別表１の「審査請求」欄及び「裁決」欄参照）（乙２１）。
なお、原告は、同年１月１３日、所得税の納税地の変更に関する届出書を提出したため、原告の新納税地を所轄する北税務署長は、原告の旧納税地を所轄する東税務署長の事務を承継した（乙１８）。
（５）本件訴えの提起
原告は、平成２４年１１月９日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５に記載するほか、別紙３に記載のとおりである。
４ 争点
（１）平成２１年１１月●日から同年１２月３１日までの本件各居室に係る賃料収入が、原告の「資産の譲渡等の対価」に該当するか否か
（２）仕入税額控除の対象となる本件建物の取得価額の算出方法及びその価額（課税仕入れに係る支払対価の額）
（３）本件コンサルティング契約に係る報酬として支払われた２３００万円（税込み）が「課税仕入れに係る支払対価」に該当するか否か
ア 課税仕入れの存在及びこれに対する消費税の額
イ 仕入税額控除の適用除外要件である「帳簿等を保存しない場合」に該当するか否か
５ 当事者の主張
（１）争点（１）（平成２１年１１月●日から同年１２月３１日までの本件各居室に係る賃料収入が、原告の「資産の譲渡等の対価」に該当するか否か）について
（被告の主張）
ア（ア）原告は、平成２１年１１月１３日、Ｂ・ＳＰＣとの間で、本件売買契約を締結し、同月●日、Ｂ・ＳＰＣに対し、本件売買契約に係る売買代金全額を支払ったことから、Ｂ・ＳＰＣから、本件土地建物に係る信託受益権を取得して本件土地建物の所有権を取得し、Ｉ銀行から本件土地建物の所有権を移転する旨の登記をした。これに伴い、原告は、本件各居室について、Ｇ株式会社（Ｈ株式会社）からその賃貸人たる地位を承継した。そして、原告は、その後、本件土地建物の所有権を第三者に譲渡していない。したがって、原告は、同日以降、本件各居室に係る賃貸人であることは明らかである。
（イ）原告は本件各居室に係る賃貸借契約のうち一部の賃借人の賃料等につき株式会社Ｊ（以下「Ｊ」という。）と保証契約を締結し、同契約において賃貸人たる地位を移転した場合にはＪに通知する旨定めていたにもかかわらず、同通知をしていない。
（ウ）原告は、本件業務委託期間中に自らが賃貸人であるとして、本件建物の８０２号室の賃貸借契約を締結している。なお、原告は、同室に係る賃貸借契約書として、貸主を「Ａ（但し、平成２２年１月３１日まで貸主は（株）Ｄとする。）」と印字され、かつ「貸主（甲）」欄に原告の住所及び氏名の印字並びに押印とともに、Ｄ社の記名押印が存するもの（以下「貸主保有契約書」という。甲１９）を提出するが、貸主保有契約書の貸主欄の記載は、仲介業者が保管していた同一契約に係る契約書（以下「仲介業者保有契約書」という。乙４７）のそれとも、またＣ社において保管していた同一契約に係るコピーの契約書（以下「管理会社保有契約書」という。乙５１）のそれとも異なるものであって、貸主保有契約書には事後の加工がされた可能性を否定できない。
イ（ア）原告は、Ｄ社との間で本件業務委託契約を締結してはいるものの、これによっても本件業務委託期間について本件各居室に係る賃貸人たる地位が移転するものでなく、Ｄ社が本件各居室に係る賃借人から本件賃料等を受領する権限を有することで、原告から受領すべき業務委託料を本件各居室に係る賃借人から直接受領していたにすぎない。
（イ）原告は、Ｄ社との間で賃貸人たる地位の移転を伴う本件業務委託契約を締結したことを、Ｄ社及びＣ社を含む三者の連名で作成した通知書（「Ｅ所有者変更に伴う管理会社等の取扱いについて（ご通知）」と題する書面。以下「原告変更通知書」という。）によって本件各居室に係る賃借人に通知したとし、法人の賃借人には賃貸人変更通知及び管理会社等の取扱いの原告変更通知書（甲２）を郵送し、個人の賃借人については原告変更通知書を交付した旨主張する。しかし、法人の賃借人は、原告変更通知書は受領していない旨供述し、また、個人の賃借人において原告変更通知書を受領したことを裏付けるとされる承諾書（甲６）は、該当する賃借人の賃貸借契約書上の筆跡・印影と全く一致しておらず偽造されたものである。
（ウ）最高裁判例によれば、賃貸人の地位の移転があった場合には敷金は新賃貸人に承継されるところ、原告は平成２１年１１月●日に前貸主から敷金を承継し、平成２１年分所得税の確定申告においても預かり保証金１９０万円を申告しており、Ｄ社に敷金を承継していないことが明らかである。
（エ）原告は、本件業務委託契約によって、本件業務委託期間につき、本件各居室に係る賃貸人たる地位がＤ社に移転していると主張するが、賃貸用不動産を購入した後、一定期間、買主とは別の第三者を賃貸人とする取引慣行はないし、このような期間を設けたとしても賃貸人のリスクが回避できるものでもない。
ウ したがって、原告は、平成２１年１１月●日から同年１２月３１日までの間も、本件各居室に係る賃貸人たる地位を有していたから、上記期間の本件各居室に係る本件賃料等は、原告の事業として行った本件各居室に係る貸付けの対価に相当するものであり、資産の譲渡等の対価に該当する。
（原告の主張）
ア 原告は、Ｄ社との間で、平成２１年１１月２６日付け本件業務委託契約を締結し、原告が本件土地建物を取得した日から平成２２年１月３１日までの間（本件業務委託期間）、本件各居室に係る賃借人と締結されている賃貸借契約についてＤ社が本件賃料等を収受し、費用を負担する旨の合意をしているのであって、このことは本件業務委託契約書においても、原告が本件業務委託期間終了後に「貸主として賃料を収益する」と記載されている部分の反対解釈により容易に導かれるものであるから、これに基づいて本件賃料等はＤ社に帰属することとなる。
イ 原告は、Ｄ社及びＣ社と共に、本件各居室に係る賃借人に対して原告変更通知書を送付し、平成２１年１１月●日から平成２２年１月３１日までの間の貸主がＤ社である旨を通知している。そして、本件建物の管理会社（Ｃ社）における郵便発信簿には原告変更通知書等を送信したことが記録されており、Ｃ社の担当者Ｋ（以下「Ｋ」という。）は、個人の賃借人に対してはこれら通知書をポストに投函し、その際個別訪問をして承諾書を徴求したと説明している。そして、個人の賃借人のうち何名かからは承諾書（甲６）を受領しているところ、これら承諾書に偽造はない。また、本件業務委託期間における本件賃料等についても、新たな賃料振込口座に振り込まれているから、この事実をもってしても、賃借人が賃貸人たる地位の移転を承諾したことは明らかである。
被告は、貸主保有契約書（甲１９）には、これと同一契約について作成された仲介業者保有契約書（乙４７）の記載と齟齬する部分が存在するとして、貸主保有契約書に後刻の加工が施されたかの主張をするが、これは、誤って作成された仲介業者保有契約書を賃借人及び保証人に送付し、それが放置されていたものであって、これもＣ社の担当者による単なる事務的なミスに起因するものにすぎないから、正しい内容のものとして作成された貸主保有契約書の信用性に影響を及ぼすものではない。そして、正しい内容である貸主保有契約書に記載されているとおり、平成２２年１月３１日までの貸主がＤ社である旨の記載があることが重要である。
ウ 収益物件の賃貸人が変更となる場合において、賃借人との間で賃料や費用に関するトラブルが生じやすいことから、一定期間、専門会社である運営管理会社等が賃貸人となり、運営整理をする取扱いが一般に行われており、本件において、収益不動産を取得するのが初めてであった原告においては、引継等のため、一定期間、本件各居室に係る賃貸人をＤ社としておくべき個別的事情が存在した。
被告は、運営整理期間という取引慣行がないと主張し、公益社団法人Ｌ（以下「Ｌ」という。）の事務局長からの聴取内容をその根拠として挙げるが、Ｌは、不動産の売買や賃貸において売り手と買い手を迅速に結び付け成約を促進することを主たる業務としているから、収益不動産の保有や運営、管理の慣行を知る立場になく、証拠価値に乏しい。
エ 被告は、Ｄ社が本件各居室に係る賃借人から本件賃料等を受領していたことをもって原告から受領すべき業務委託料を直接受領していたにすぎないと主張するが、本件業務委託契約にそのような定めもなく、根拠のない憶測にすぎない。
オ したがって、原告は、平成２１年１１月●日から同年１２月３１日までの間、本件各居室に係る賃貸人たる地位を有していないから、その間に対応する本件各居室に係る賃料収入が原告に帰属することはなく、これが原告の「資産の譲渡等の対価」に当たることはない。
（２）争点（２）（仕入税額控除の対象となる本件建物の取得価額の算出方法及びその価額（課税仕入れに係る支払対価の額））について
（被告の主張）
ア 本件土地建物についてその合計額のみが決められ、本件土地及び本件建物の各価額が決められていない場合には、当該合計額を当時の固定資産税評価額に基づいて按分することにより、当該合計額に占める本件建物の価額を算出するのが合理的である（按分法）。
このような按分法は、売主が土地の仕入価額及び建物新築工事原価の合計額に、利益を上乗せした価額で販売する場合、土地と建物の双方に利益が反映されることとなり、土地と建物を一体として販売する取引の実態に合致する点で合理性が高いし、このような課税資産である建物の譲渡の対価の額と非課税資産である土地の譲渡の対価の額とが合理的に区分されていないとき、土地と建物の価額比で代金総額を土地取得価額と建物取得価額に按分して建物取得価額を算出する方法は、消費税法施行令４５条３項においても採用されている。
これに対し、原告が主張する控除法（本件土地及び本件建物の合計額から本件土地の価額を控除した残額をもって本件建物の価額とする方法）は、本件土地に係る適正な利益・経費が全て本件建物に転嫁されるため不合理である。
イ そして、按分法の価格比の基礎となる土地及び建物の価額については、固定資産税評価額によることが租税負担の公平及び納税者の便宜に資するから、土地及び建物の各固定資産税評価額の価額比で代金総額を按分する方法が最も合理的である。
原告は、土地価額控除法を前提として路線価を用いて本件土地の価額を算出すべきとするが、路線価は客観的な時価に比して低額になること、利益、取引価格の上昇等といった主観的・個別的な要素や測量費等の諸経費等が土地に反映しないため不合理である。原告は路線価が公示価格を上回る場合もある旨主張するが、本件土地周辺の路線価は概ね公示価格の８０パーセントに設定されている。
ウ 原告は、社団法人Ｍの会員が作成した不動産鑑定評価書（以下「本件鑑定書」という。）（甲３）をその主張の根拠とするところ、本件鑑定書は、①積算価格（再建築調達費）と収益価格の差額を理由なく全て建物に加算していることや、②収益価格が積算価格を上回る原因は建物の企画・設計の良否・賃貸経営管理の良否であることを控除法の根拠とするが、かかる良否につき具体的な検討はなく、むしろ本件鑑定書による本件建物の個別的要因のうち、設計については「普通」、市場性については「やや優れる」と記載されるにとどまる一方で、本件土地については何ら問題が見当たらないことに照らせば、なぜ増加分全てが建物に帰属することが妥当であるかについて何ら理由が示されていないなど、不合理である。
また、原告は、税務署が発行する「譲渡所得の申告のしかた（記載例）」（甲７）には、土地と建物の価額を区分する方法として、「固定資産税評価額の割合による方法」が記載されていないとして、按分法によることが合理的でないとするが、「譲渡所得の申告のしかた（記載例）」は譲渡所得の計算にかかるものであり、消費税の算定には直接関係がない。この点をおくとしても、「譲渡所得の申告のしかた（記載例）」には、区分されていない場合には購入時の時価で按分する必要があるところ、購入時の時価の把握が困難なケースが多いことから、建物の取得価額を簡便に算定する方法を一般に示したものであって、固定資産税評価額による按分など他に合理的な方法がある場合にこれを排除するものではない。
エ したがって、本件建物の取得価格は、本件土地建物の売買価額（４億２３５０万円）に、売買時（平成２１年）における本件建物と本件土地の各固定資産税評価額の合計額中、本件建物の固定資産税評価額の占める割合を乗じて算定することとなり、平成２１年の固定資産税評価額は、本件土地が９２０６万８０００円であり、本件建物が１億１１４９万２０００円であって、これらの合計額が２億０３５６万円であるから、本件建物の取得価額は２億３１９５万５５０２円（なお、税抜き価額は２億２０９１万０００２円となる。）となる。（ただし、原処分は控除対象額を上回っているが、原告に有利に扱い増額更正をしていない。）（原告の主張）
ア 本件土地建物については、本件建物は、収益物件として、建築時においては、入居者やテナントのニーズにマッチした設計がされ、その後も収益物件としての価値を維持するための設備更新や修繕が実施されるなどしてきたものであって、本件建物部分に相当のコストがかけられているのに対し、本件土地についてはコストをかけたり、あるいは価値を増大させたりといったことはないから、本件建物の価額を算出するためには土地と建物の価値を按分する按分法より本件土地建物の合計額から本件土地の価額を控除する控除法による方が適している（土地価額控除法）。。
これに対し、被告は、消費税法施行令４５条３項（ただし、平成２７年政令第１４５号による改正前のもの。）が按分法を採用していると主張するが、同項は、課税資産と非課税資産の価額を固定資産税評価額によって按分すべきと規定するものではなく、控除法を排除するものではないから、被告の当該主張は失当である。
イ 本件土地建物の価額を評価した本件鑑定書（甲３）は、原告との間に利害関係を有しない専門職業家としての良心に基づいて作成されたものであるから、証拠価値は極めて高いものである。
本件鑑定書によれば本件土地建物全体の収益価格が積算価格を上回るところ、かかる現象は建物の良し悪しに起因するものであるから、その差額は本件建物に帰属させるべきであり、このような理解に基づいている本件鑑定書は合理的である。被告は、不動産鑑定評価基準の建物の部分鑑定評価に係る基準（乙３２）を引き合いに出して本件鑑定を論難するが、本件鑑定書はそもそも部分鑑定評価を行ったものではないから、本件に同基準が妥当するものではない。
ウ 本件土地建物の周辺地域では路線価に近い額で土地の売買が成立していたことからすると、土地価額控除法において用いるべき本件土地の価額は、路線価を用いて算出することが合理的である。
エ 被告は、収益価格と積算価格にかい離がある場合、そのかい離の全てを本件建物に配分する理由がないと主張するが、どのような割合でかい離を分配すべきかについて何ら具体的主張をしていない。また、その点をおくとして、被告は固定資産税評価額を用いてその割合によるべきとするが、被告が発行している「譲渡所得の申告の仕方」（甲７）には土地と建物の価額を区分する方法として固定資産税評価額の割合による方法が記載されていない。
オ したがって、本件建物の価額は、本件土地建物の合計額から、路線価を用いて算出された本件土地の価額を控除して算定すべきであって、４億２３５０万円から本件土地の価額である９０４５万２３７６円を控除し、本件建物の価額は３億３３０４万７６２４円（消費税相当額を含む。）となる。
（３）争点（３）（本件コンサルティング契約に係る報酬として支払われた２３００万円（税込み）が「課税仕入れに係る支払対価」に該当するか否か）について
（被告の主張）
ア 課税仕入れの存在及びこれに対する消費税の額
（ア）原告とＣ社とが締結した本件コンサルティング契約においてＣ社が原告に対して負担する債務として定められている本件コンサルティング業務は、その性質が請負契約（民法６３２条）であるから、本件コンサルティング契約における課税仕入れを行った日は、原則として当該請負契約で約した役務の全部の提供を受けるのが完了した日によるのが相当である。そうすると、原告が、本件コンサルティング契約で約した役務の全部の提供を受けるのは、本件コンサルティング業務が終了する日である平成２２年６月３０日であり、この日が課税仕入れを行った日となる。
（イ）本件コンサルティング契約は、平成２１年１１月１２日に締結され、その後、同月３０日に２３００万円もの報酬を支払うことが定められているが、報酬請求権が発生するのは役務の全部の提供を受けることが完了した時期であるから、同日時点において、本件コンサルティング業務の６５．７パーセントに及ぶ報酬（２３００万円）が発生するだけの役務がされているとは到底考えられない。そして、原告には、仕入税額控除制度における課税売上割合を操作し、課税仕入れに係る消費税額の全額を仕入税額控除の対象とする意図がうかがわれることを併せ考慮すると、原告は、本件課税期間における仕入税額控除の額を増額させるために、本件課税期間の終期である同年１２月３１日までの間に本件コンサルティング契約に係る報酬が発生したものとして、同年１１月３０日に２３００万円を支払ったことがうかがわれる。そうすると、原告が同日に支払った２３００万円については、本件コンサルティング業務が終了したことに基づいてされたものとはいえない。
（ウ）原告は、本件コンサルティング契約には、原告が本件土地建物を取得するか否かの判断のための事前調査等を含むものであったと主張するが、このような調査項目は本件コンサルティング契約書には存しない上に、２３００万円が事前調査に対するものであればその旨が契約書上に記載されるはずである。また、本件コンサルティング契約書には、原告が本件土地建物を取得しなかった場合には本件コンサルティング契約が解除され、報酬が発生しない旨定められていること（１６条）からすると、本件コンサルティング契約には、原告が主張する事前調査業務などはなかったというべきである。
（エ）したがって、原告が平成２１年１１月３０日に支払った２３００万円は、仕入税額控除の対象となる「課税仕入れに係る支払対価」に当たるとはいえない。
イ 仕入税額控除の適用除外要件である「帳簿等を保存しない場合」に該当するか否か仕入税額控除の適用を受けるためには、帳簿及び請求書等の保存が義務付けられているところ（消費税法３０条７項、９項）、原告は同項に定める請求書等を保存していないため、２３００万円は仕入税額控除の対象とならない。
本件コンサルティング契約書は、原告及びＣ社において、契約締結後に契約内容を変更、解除等することができるとされている（１３条、１４条、１６条）から、具体的な債務の発生、確定又はその支払に係る取引の事実を証明する書類には当たらない。また、本件コンサルティング契約書は、取引前に契約当事者双方が締結するものであって、課税資産の譲渡後に取引の相手方から交付される「請求書、納品書」とは異なるし、実際にも、「課税資産の譲渡等を行った年月日」（消費税法３０条９項１号ロ）に相当する役務の提供が完了した年月日の記載が存しない。
（原告の主張）
ア 課税仕入れの存在及びこれに対する消費税の額
（ア）消費税法上「課税仕入れ」については「事業者が、事業として他の者から（中略）役務の提供を受けること」と規定されるのみで（１条１２号）、役務の内容の区別や報酬の確定といったことが要件とはされていない。そうすると、請負契約の当事者が、請負契約の目的である仕事の一部が完成したと認め、その完成した割合に応じ（又はその範囲で）、報酬を支払った場合には、当該報酬の支払は明らかに役務の提供に対する支払として「課税仕入れ」に該当する。
（イ）そして、原告とＣ社は、平成２１年１１月１２日に本件コンサルティング契約を締結しているところ、本件コンサルティング契約は、①原告が本件土地建物を取得するか否かを判断するための事前調査に関する業務、②原告が本件土地建物を取得した後の、賃貸マンション事業の適正かつ効果的遂行のための提案業務に大別され、Ｃ社は、同日に先立ち上記①の業務を開始していたから、原告が本件土地建物を取得した平成２１年１１月●日時点において、Ｃ社が原告に対して負担していた本件コンサルティング契約における中心的な業務の大半は完了していたというべきである。
（ウ）したがって、原告が平成２１年１１月３０日にＣ社に支払った報酬２３００万円は、仕入税額控除の対象としての「課税仕入れに係る支払対価」に当たる。
イ 仕入税額控除の適用除外要件である「帳簿等を保存しない場合」に該当するか否か本件コンサルティング契約書は、消費税法３０条９項にいう「請求書等」の記載要件を満たしているから、「帳簿等を保存しない場合」に該当しない。
被告が主張するように「現実に、具体的な債務の発生、確定又はその支払に係る取引があったことを証する書類であることが必要である」などとして条文に明記されない要件を求めることは租税法律主義に反するというべきであるが、この点をおいたとしても、本件コンサルティング契約書は、原告が、Ｃ社に対して、平成２１年１１月末日までに２３００万円を支払う旨定め、具体的債務負担を生じさせているのであって、その債務が本件コンサルティング契約の調査・監修業務の対価であることも明らかであって、「現実に、具体的な債務の発生、確定又はその支払に係る取引があったことを証する書類」に当たる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）
（平成２１年１１月●日から同年１２月３１日までの本件各居室に係る賃料収入が、原告の「資産の譲渡等の対価」に該当するか否か）について
（１）認定事実
前記前提事実のほか、争いのない事実、各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨により、以下の事実を認めることができる。
ア 原告は、平成２１年１１月１３日、Ｂ・ＳＰＣとの間で本件売買契約を締結しているところ、本件売買契約書に添付された「不動産調査概要書」には、信託受益権移転に伴う賃貸人の地位承継に関する建物の賃借人への通知は、譲渡実行日後、遅滞なく売主及び買主が互いに協力して行うこととされている（乙１０）。
イ（ア）原告は、平成２１年１１月●日、本件売買契約に基づき、Ｂ・ＳＰＣに清算金４億２１９３万１８８２円を支払い、Ｉ銀行から本件土地建物の所有権移転登記を受け、その頃、Ｈ株式会社と連名で、本件各居室に係る賃借人に対し、Ｈ変更通知書を配付し、本件各居室に係る賃貸人がＨ株式会社から原告に変更となる旨通知した。
（イ）平成２１年１１月当時、本件各居室のうち合計１２室の賃借人であった株式会社Ｎ（以下「Ｎ」という。）及び本件各居室のうち合計２室の賃借人であったＯ株式会社（後に商号を「Ｐ株式会社」に変更している。以下「Ｏ」という。）は、同月●日頃、いずれもＨ変更通知書を受領した。
なお、Ｎ及びＯは、大阪国税局長からの照会に対し、いずれもＨ変更通知書のほかに、本件各居室に係る賃貸人の地位の変更に関して受領した書面はなく、貸主変更について同意を求められたことはないと回答した（乙２８、２９、弁論の全趣旨）。
ウ 原告は、平成２１年１１月●日、Ｊとの間で保証基本契約書を作成した（乙３４の１）。同保証基本契約書には、原告とＪが、原告を貸主として、本件各居室のうち１３の居室（対象住戸・２０１号室、２０２号室、２０３号室、３０２号室、４０２号室、５０２号室、５０４号室、６０５号室、８０５号室、９０１号室、９０２号室、９０５号室、１１０５号室）に係る建物賃貸借契約について、Ｊが賃借人からの委託により連帯保証を行う旨が記載されており（以下、当該保証基本契約書に基づく契約を「本件保証基本契約」という。）、更に、概要以下の条項が記載されている。
（ア）本件保証基本契約は、本件各居室のうち同契約の対象とされた物件を対象として賃借人が原告と締結する貸室賃貸借契約において、Ｊが原告に対して、賃借人の委託により賃借人の原告に対する債務を主債務として連帯保証を行うことを目的とする（１条）。
（イ）ａ原告は、賃借人に月額賃料等の滞納が生じた場合には、滞納のあった日から１０日以内に、Ｊに対してその旨を通知しなければならない（８条①）。
ｂ 原告は、賃借人が貸室賃貸借契約に基づく月額賃料等の支払を２か月以上滞納した場合には、２か月分の滞納が発生してから１か月以内に、必要と思われる当該賃借人に対し、内容証明郵便をもって貸室賃貸借契約を解除する旨の通知をしなければならない（８条②）。
ｃ 原告が、賃借人に対し上記ｂの通知をした場合には、解除通知発送の日から１０日以内にＪに対し、その旨を通知するものとする（８条③）。
ｄ 原告が、本件各居室のうち本件保証基本契約の対象とされた物件に係る貸主の地位を第三者へ譲渡、変更しようとする場合は、その３か月前までにＪへ通知しなければならない（８条④）。
エ 本件建物の８０２号室については、Ｑ株式会社（以下「Ｑ」という。）が仲介業者となって平成２１年１２月１０日付けの建物賃貸借契約書が作成され、これを少なくともＱ及び原告においてそれぞれ保有していた（甲１９、乙４７）ところ、Ｑが保有していた契約書（仲介業者保有契約書）には貸主欄に「Ａ」（原告）と記載されるとともに、貸主の記名押印欄には原告の記名押印が存する一方（乙４７）、原告が保有していた契約書（貸主保有契約書）には貸主欄に「Ａ（但し、平成２２年１月３１日まで貸主は（株）Ｄとする）」と記載されるとともに、貸主の記名押印欄には原告の記名押印とともにＤ社の記名押印が存する（甲１９）。
オ 原告は、平成２２年２月２０日、平成２１年分所得税青色申告決算書（不動産所得用）を提出して確定申告しているところ、この中で、平成２１年１２月３１日時点において、預かり保証金１９０万円が存在する旨の申告をしている（乙３９）。
（２）検討
ア 前記前提事実及び上記認定事実によれば、本件売買契約は、Ｂ・ＳＰＣが本件土地建物に係る信託受益権を原告に売り渡す内容であるものの、本件売買契約においては、原告が、上記信託受益権を取得した後に信託契約を解除して本件土地建物の所有権を取得することが予定されており、本件売買契約及びこれに続く信託契約の解除により、原告は本件土地建物の所有権を取得していること（前記前提事実（３）イ、エ及びオ）、原告が本件土地建物の所有権を取得するに伴い、原告が本件各居室に係る賃貸人の地位を承継することが合意されており、賃借人に対してその旨通知されていること（前記前提事実（３）イ、上記認定事実イ）からすれば、本件売買契約に伴って本件各居室に係る賃貸人たる地位は、Ｂ・ＳＰＣから原告に移転したということができる。
イ（ア）そして、原告とＤ社との間において締結された本件業務委託契約によれば、平成２１年１１月●日から平成２２年１月３１日までの間（本件業務委託期間）、Ｄ社が本件各居室に係る賃料を収益し、当該期間終了後に原告が貸主として賃料を収益する旨定められているものの、本件業務委託期間中、Ｄ社が本件各居室に係る賃貸人たる地位を取得する旨の明確な定めはなく、本件業務委託期間も２か月余りと短く（前記前提事実（３）ウ）、後記（３）イのとおり、本件各居室の賃借人に対して賃貸人たる地位がＤ社へ移転したことが周知されているとは認め難い（同時に、各賃借人からの承諾も得られているとは認め難い。）。
（イ）さらに、原告は、本件業務委託期間中である平成２１年１２月３１日時点において、Ｂ・ＳＰＣから精算処理を受けた敷金・礼金と同額の預かり保証金（１９０万円）を有している旨の確定申告をしている（前記前提事実（３）エ、前記認定事実オ）ところ、かかる確定申告の内容は、一般に賃貸人たる地位が移転した場合にはこれに伴って敷金等も承継されるものとされることに沿わないものである。また、本件土地建物の所有権を取得したのと同日付けで、一部の賃借人の賃料等についてＪと保証契約（本件保証基本契約）を締結し、賃貸人たる地位を移転した場合にはＪに３か月前に通知する旨を約している（上記認定事実ウ）ところ、このような原告が通知をする旨の合意は原告が主張するような賃貸人たる地位の移転と齟齬するものであるし、Ｄ社に賃貸人たる地位が移転したことを受けて、Ｊに対してこれに相当する通知がされたことを認めるに足りる事情もない（乙３４の１、弁論の全趣旨）。
（ウ）上記のとおり原告は、本件業務委託期間においてもなお本件各居室の賃貸人たる地位を有することを前提とするものといえる行動に及んでいることに加え、平成２１年１２月１０日付けで自ら貸主として本件建物の８０２号室の建物賃貸借契約書（仲介業者保有契約書）に記名押印していること（上記認定事実エ。なお、原告は、仲介業者保有契約書の貸主欄の記載には誤りがある旨主張するが（この点については後述する。）、押印が原告の意思に基づかずにされた旨の主張はしていない。）からすると、原告は、本件業務委託期間においても本件各居室に係る賃貸人としての地位を自ら確保し、その地位に即した行動をしているということができる。
（エ）上記の諸事情に照らせば、本件業務委託期間においても、原告が本件各居室に係る賃貸人たる地位を有していたものと認められる。
（３）原告の主張について
以上に対し、原告は、①本件業務委託契約を締結し、本件業務委託期間については、本件各居室に係る賃借人からＤ社が賃料を収受し、費用を負担することとしていたのであって、これは、本件業務委託契約書上にも、本件業務委託期間終了後、原告が「貸主として賃料を収益する」という形で表現されているとし、②本件各居室に係る賃借人に対しても、本件業務委託期間については貸主がＤ社となる旨通知し、一部の賃借人からは書面により承諾を得ているし、その後の入金状況からはＤ社が賃貸人となることについての各賃借人による承諾も存したというべきである、③本件業務委託期間中に新たに締結した賃貸借契約においては、本件業務委託期間中の賃貸人がＤ社であることが明記されている、④収益物件の賃貸人が変更となる場合に、一定期間、運営管理会社等が賃貸人となる取扱いは取引慣行として存在するし、収益不動産を初めて取得する原告においては、引継等のため、一定期間、本件各居室に係る賃貸人をＤ社としておくべき個別的事情が存在したと主張する。
ア 上記①の主張について
しかし、本件業務委託契約書に記載された文言は、「運営整理業務を行うに当たり、本物件（本件各居室）の賃借人と締結されている賃貸借契約については、乙（Ｄ社）が賃料を収益し、費用を負担する」「当該期間終了後、甲（原告）は貸主として賃料を収益する」というものであって、この文言自体、本件業務委託期間中はＤ社が本件各居室の賃貸人たる地位を有することについての明記を欠くものであるところ、賃貸人が誰であるか、すなわち賃貸人たる地位の移転がされているか否かは、賃貸借契約に係る一方当事者を画するものとして重要な意味を持つことからすれば、上記のとおり本件業務委託期間についてＤ社が本件各居室に係る賃貸人たる地位を有する旨の明記を欠く本件業務委託契約書をもって、かかる内容の合意がされたものと認めることはできない。
イ 上記②（原告変更通知書）の主張について
（ア）原告は、本件各居室に係る賃借人であるＮ（１２室）及びＯ（２室）に対しては、原告が賃貸人となる旨のＨ変更通知書を送付しているものの（前記認定事実イ（イ））、Ｎ及びＯは、Ｄ社が賃貸人となる旨の原告変更通知書は受領していない（乙２８、２９、３６、３７）。
原告は、この点に関し、法人の賃借人には原告変更通知書を郵送し、個人の賃借人については原告変更通知書を交付したとも主張する。しかし、原告が主張するところによっても、上記のとおり法人賃借人のうち上記２社はいずれも原告変更通知書を受領していない旨回答しており（乙２８、２９、３６、３７）、その他の法人賃借人においても原告変更通知書の受領は確認されていない（乙３８）。また、個人の賃借人において原告変更通知書を受領したことの裏付けとされる５名の承諾書（甲６）は、これらに記載された各人の署名押印部分と同人らが本件各居室に係る賃貸借契約書を締結した際に差し入れた契約書の署名押印部分（乙３４）とを対照すると、いずれの筆跡・印影も相違している上に、承諾書に署名押印したとされる者の中には自ら署名押印したものではないとする回答をした者も存すること（乙３５（ただし、当該者は、後刻、記憶が定かではないと先にした回答を訂正している（甲１０）。）からすると、これらの承諾書の信用性も低いものといわざるを得ない。
（イ）なお、原告は、本件業務委託期間において、本件各居室に係る賃料等の回収に滞りが生じていないことをもって、原告からＤ社に本件各居室に係る賃貸人たる地位の移転について、各賃借人による承諾が存したものとうかがえるとするが、平成２１年１１月●日以降の家賃等の振込先となる金融機関口座についてはＨ変更通知書に記載されており、同金融機関口座が同年１２月１０日付けで締結された本件建物の８０２号室の契約書にも同様に記載されていること（甲１９、乙４７、５１）からすると、賃料等の回収に支障がなかったのはＨ変更通知書によって周知された結果ということができ、上記原告の主張は理由がない。
ウ 上記③（賃貸借契約書上貸主の記載）の主張について
原告は、本件建物の８０２号室の契約に関し、仲介業者保有契約書における貸主欄にはＤ社の記載が欠落しているが、貸主保有契約書の記載の方が正しく、これには本件業務委託期間中の賃貸人がＤ社である旨の記載があると主張し、本件建物の管理会社であるＣ社の社員のＫは、これに沿うものとして、当初、貸主欄に「Ａ」とのみ記載された契約書を作成したが、他の社員から本件業務委託期間の貸主はＤ社であると指摘され、貸主欄に「Ａ」との記載に続けて本件業務委託期間中の貸主はＤ社である旨を括弧書きで記載した契約書を作り直し、作り直した契約書２通をＱに送って賃借人及び連帯保証人の記名押印をもらった上で送り返してもらったところ、２通の契約書のうち１通が貸主欄の記載が当初の記載のもの（貸主欄に「Ａ」とだけ記載されているもの。）であったことに気付き、差し替えミスをしたと思ったが、本件業務委託期間が短期間であったことから、貸主欄の記載に誤りがあることを告げることなく、貸主欄の記載が当初のままのものをＱに送ったなどと証言をする。
しかしながら、Ｋの上記証言によれば、賃貸物件の管理業務を行う同人が、顧客ともいうべき貸主欄の記載を誤った上、契約の成立を証するとともに、その内容を正しく把握するために当該契約の関係者がそれぞれ保有する契約書について、賃貸借契約における一方当事者である貸主の記載に齟齬がある状態に至らしめ、しかも、このような状態に至ったことに気付きながらこれを放置し、仲介業者にさえその旨を伝えなかったというのであって、およそ想定し難い不合理な状況といわざるを得ない。そして、上記Ｋの証言は、Ｑにおいて、本件建物の８０２号室に係る契約の仲介を担当したＲが、当該居室の入居者がＲの知人の親族であったとした上で、その契約の仲介を担当した当時を振り返り、本件建物の新たな所有者である原告が貸主として契約をしたもので、Ｄ社が貸主になるという話は聞いたことがないと陳述していること（乙４７）とも齟齬する。これに加え、上記８０２号室の契約について、貸主である原告が保有する貸主保有契約書の貸主欄には「Ａ」の記載とこれに続く本件業務委託期間においてＤ社が貸主となる旨の括弧書き部分との間に空白が存しないのに対し、管理会社であるＣ社が保有していた写しの契約書（管理会社保有契約書）の貸主欄には「Ａ」の記載とこれに続く同括弧書き部分との間に半角分程度の空白が存するといった相違が認められるところ（乙５１）、Ｋが証言するような内容で賃貸人欄にＤ社が付記された契約書が作成されたというのであれば、貸主保有契約書と管理会社保有契約書との間で上記のような相違が生じているのも不自然といえる。これらからすると、仲介業者保有契約書における貸主欄の記載に誤りがあるとするＫの証言内容の信用性は低く、ひいては、貸主保有契約書の記載の信用性も低いといわざるを得ない。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
エ 上記④（業務委託期間の慣行）の主張について
原告は、収益物件の賃貸人が変更となる場合に一定期間、運営管理会社等が賃貸人となる取扱いが取引慣行として存在するとし、Ｋもこれに沿う証言をする（証人Ｋ）。
しかしながら、一般にそのような取引慣行が存するか否かはさておいても（なお、Ｌの事務局長は、そのような事例は聞いたことがなく、「運営整理期間」という言葉も慣行も把握していないとし、賃料の値上げや管理体制の改悪等の賃貸条件の変更に伴って賃借人から賃貸人に対するクレームがあることはあるものの、これは賃貸条件の変更によるものであって、賃貸人変更そのものにはリスクがあるとは考えられない旨供述している（乙４９）。）、本件業務委託期間においても不動産の管理等を業とするＣ社が管理会社として本件建物の管理を行っていることからすると、そもそも収益物件における賃貸人変更の際のリスクを解消するために原告からＤ社に賃貸人たる地位を移転する必要性は乏しいものといえる上、本件のように僅か２か月余りの期間（本件業務委託期間）、第三者（Ｄ社）を賃貸人とすることによって原告が主張するような収益物件における賃貸人変更の際のリスクが解消されるものとは考え難いし、本件業務委託期間が終了すれば、Ｄ社から原告に賃貸人たる地位が移転するというのであれば、かかる移転に伴うリスクは、同様に存するものといえるのであって、少なくとも、本件において、原告主張のような取引慣行に則って、賃貸人たる地位が原告からＤ社に移転したものと認めることはできない。
（４）小括
したがって、原告は、本件業務委託期間においても、本件各居室に係る賃貸人たる地位を有していたものと認められ、これに反する原告の主張を採用することはできない。
２ 争点（２）（仕入税額控除の対象となる本件建物の取得価額の算出方法及びその価額（課税仕入れに係る支払対価の額））について
（１）認定事実
前記前提事実のほか、争いのない事実、各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨により、以下の事実を認めることができる。
ア 本件売買契約においては、本件土地及び本件建物の個々の価額を示すことなく、本件土地建物の総額が４億２３５０万円とされている（前記前提事実（３）イ（ア））。
イ 本件土地及び本件建物に係る平成２１年度の各固定資産税評価額は、本件土地が９２０６万８０００円、本件建物が１億１１４９万２０００円である（乙２２、２３）。
ウ Ｂ・ＳＰＣは、本件土地及び本件建物の売買価額（税込み）について、平成２１年度の固定資産税評価額の価額比を基に按分する方法を採用し、本件土地の価額を１億８６４４万１５００円、本件建物の価額を２億３７０５万８５００円（うち消費税等の額を１１２８万８５００円）とする経理処理をしていた（乙３１）。
（２）検討
ア 本件売買契約は、原告が本件土地建物に係る信託受益権を取得した後に信託契約を解除することを前提として上記信託受益権を買い受けるものであるから、本件売買契約における上記信託受益権の売買代金は本件土地建物の売買代金と実質的に同視することができる。そして、本件売買契約においては、上記信託受益権の売買代金として、本件土地建物の売買代金額が記載されているのみで、その内訳は記載されておらず（前記前提事実（３）イ（ア））、課税資産と非課税資産とを同一の者に対して同時に譲渡した場合において、これらの資産の譲渡の対価の額が課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないとき（消費税法施行令４５条３項）に当たるから、このような場合における当該課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、これらの資産の譲渡の対価の額に、これらの資産の譲渡の時における当該課税資産の価額と当該非課税資産の価額との合計額のうちに当該課税資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とするとされる（同項）。
そうであるところ、固定資産評価基準に定める土地及び建物の評価方法がその時価を推認する手がかりとして一般的な合理性を有するものであることに照らせば、譲渡の時における当該課税資産の価額と当該非課税資産の価額との合計額のうちに当該課税資産の価額の占める割合を算出するに当たっては、当該譲渡の時における当該建物の固定資産税評価額と当該土地の固定資産税評価額を基礎とすることが相当であると解される。すなわち、課税資産である建物と非課税資産である土地とを同一の者に対して同時に譲渡した場合において、当該土地建物の譲渡の対価の額が建物の譲渡の対価の額と土地の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないときは、建物の譲渡の対価の額について、当該土地建物の譲渡の対価の額に、当該譲渡の時における当該建物の固定資産税評価額と当該土地の固定資産税評価額との合計額のうちに当該建物の固定資産税評価額の占める割合を乗じて算定するのが相当である。このような算定方法は、土地及びその土地上に所在する建物は、当該建物の仕様、構造、用途等のみならず当該建物の所在する土地の立地条件等と相まって全体としての評価が決まるという側面を有するから、この点においても合理性を有しているということができ、実際に、Ｂ・ＳＰＣが本件土地建物の売買価格について、上記のような手法を用いた経理処理をしていること（上記（１）の認定事実ウ）からも、その合理性は裏付けられているものといえる。
イ これに対し、原告は、消費税法施行令４５条３項は建物及びその敷地の合計額から土地の価額を控除して建物の価額を算出する方法を排除していないことを前提として、本件建物は、収益物件として、入居者やテナントのニーズにマッチした設計がされ、その後も設備更新や修繕が実施されているなど相当のコストがかけられているのに対し、本件土地についてはコストがかけられていないことに照らせば、本件建物の価額は、本件土地建物の合計額から本件土地の価額を控除した残額であると解すべきであり（土地価額控除法）、その際の本件土地の価額も路線価によって算出すべきであると主張し、これに沿う証拠として本件鑑定書（甲３）等を提出するので、以下検討する。
（ア）本件鑑定書（甲３）は、①㋐収益価格が積算価格を上回る場合に按分法を用いると、将来建物が滅失した場合にも当該増加分が帳簿上残ることになる上、㋑収益価格と積算価格のかい離が、土地及び建物の積算価格割合に応じて帰属するとは断定できず、対象不動産の個別性に応じた分析ではないとして、按分法を用いることは適切ではないとし、他方、②収益価格が積算価格を上回っているが、この増加分は建物の企画・設計の良否に起因するものであるとし、テナントニーズにマッチした建物の企画設計、ビル管理会社による建物の維持管理、賃貸会社によるテナント募集、良質なテナント入居促進、テナントニーズに応じた情報通信対応設備・空調設備の設置・更新、計画的な修繕計画に基づいた修繕の実施等に基づくことを理由として、土地価格控除法が妥当するとする。
しかし、上記①㋐については、按分法のみならず控除法にも共通に妥当する上、上記①㋑は按分法の一般的な特性を指摘するにとどまるものにすぎず、そのことをもって按分法を用いることの相当性を損なうものということはできない。また、上記②は、本件土地建物における「テナントニーズ」とは何か、これに「マッチした建物の企画設計」やこれに「応じた情報通信対応設備」とは何か、また、「ビル管理会社による建物の維持管理」とはどのようなものであって、これらにどの程度の投資がされているのかといった点は明らかにされていない。さらに、本件鑑定書は、本件建物の設計について「普通」とし、市場性について「対象建物の品等はこの種の建物としては良好であり、市場性はやや優れる」とするにとどまる。そして、本件土地建物のような収益物件は、その立地条件によって収益性が大きく左右されるところ、本件土地建物は、Ｓ線「Ｔ」駅の南東約６００メートル、Ｕ線及びＶ線「Ｗ」駅の南東約７５０メートルに位置し（甲３）、交通の便がよく、その立地条件もよいことに照らせば、本件土地から得られる収益についても評価すべき必要性が存し、本件土地に係る売主の適正な利益等が全て本件建物の価額に転嫁されることに合理性は見いだせない。
そうすると、本件土地建物の合計額から本件土地の価額（これ自体は増価されていない。）を控除し、本件土地建物における積算価格を上回る増価部分を全て本件建物に帰属させることとなる算出方法を採用することの合理的理由が示されているとはいえず、本件鑑定書中の本件建物の評価額をもって、本件建物の価額とみることはできない。
なお、本件鑑定書を作成した不動産鑑定士は、本件鑑定書を作成した後に「意見書」を作成し、本件土地建物について、収益価格が積算価格を上回る部分の差額分が本件建物に帰属することなどについて補足するが（甲１６）、これによっても、本件土地建物について、収益価格が積算価格を上回る場合の差額部分の全てが本件建物に帰属すること（本件土地が本件土地の収益価格の上昇に寄与していないこと）については何ら言及されていないから、上記を左右するものとはいえない。
（イ）次に、原告は、本件土地の価額につき路線価を基にして算出するが、路線価は、公示価格と同水準の価格の８０パーセント程度を目途として設定されている（乙３０）上、土地に係る売主の適正な利益や買い進みによる取引価格の上昇などといった主観的・個別的要因や、測量費及び各種手数料が反映されないものであるから、これに基づいて土地の価格を算出すると客観的な時価に比して低額となるのが通例である。そして、この点は、本件土地建物の所在する大阪市北区●●付近の平成２１年の公示価格に係る標準地の価格とそれぞれの標準地の平成２１年の路線価を対比すると、当該路線価は当該公示価格の８０．８パーセントから８４．７パーセントであって（乙４０ないし４３）、現実に路線価の方が安価であったと認められる。そうすると、本件土地の価額につき路線価を用いて算出することが合理的とはいえない。
ウ 以上によれば、本件売買契約における本件土地建物の売買代金合計額は４億２３５０万円であるところ、本件土地及び本件建物に係る平成２１年度の各固定資産税評価額は、本件土地が９２０６万８０００円、本件建物が１億１１４９万２０００円であるから（上記２（１）の認定事実イ）、本件建物の取得価額は、２億３１９５万５５０２円（税込み）と認めるべきこととなる。
３ 争点（３）（本件コンサルティング契約に係る報酬として支払われた２３００万円（税込み）が「課税仕入れに係る支払対価」に該当するか否か）について
（１）認定事実
前記前提事実のほか、争いのない事実、各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨により、以下の事実を認めることができる。
ア 原告は、平成２１年１１月１２日、Ｃ社との間で、本件コンサルティング契約を締結し、同月●日に、Ｃ社に対し、本件コンサルティング契約に基づく報酬（一部）として２３００万円（税込み）を支払った。
イ 原告は、平成２２年２月２０日、本件課税期間に係る消費税等の確定申告書を提出しているところ、このとき、本件コンサルティング契約に係る報酬（一部）２３００万円は、消費税等に相当する額を控除した残額となる２１９０万４７６２円を繰延資産として記載して申告した（乙１７。なお、原告が保存する帳簿である総勘定元帳の繰延資産勘定科目にも同旨の記載がされている（乙２１）。）。
ウ Ｃ社が平成２２年７月に提出した平成２１年６月１日から平成２２年５月３１日までの事業年度の法人税確定申告書に添付された仮受金（前受金・預り金）の内訳書には、科目欄に「前受金」、相手先欄に原告名、期末現在高欄に「２３，０００，０００円」、取引の内容欄に「コンサルティング契約前受」との記載がある（乙２１）。
（２）検討
ア 前記前提事実（３）アのとおり、本件コンサルティング契約は、原告が取得する本件土地建物について、Ｃ社に対して、調査・監修業務を行うことを委託するものであり、その期間は、本件コンサルティング契約締結の日（平成２１年１１月１２日）から平成２２年６月３０日までとされ、他方、Ｃ社は、調査・監修業務の報酬として３５００万円（税込み）を支払うものとし、平成２１年１１月末日までに２３００万円を、業務完了時までに１２００万円を支払うものとする旨定められているのであって、Ｃ社が行う役務の内容及び報酬の支払時期が明記されている。
しかし、本件コンサルティング契約書には、本件コンサルティング業務の内容について時期や段階を明確に区別する規定は存しない上、原告は、本件土地建物を取得した当日（平成２１年１１月●日）に同月末日までに支払うものとされていた本件コンサルティング契約に係る報酬２３００万円を支払っているものの、当該支払について対応する業務の内容を記載したＣ社による請求書等は見当たらないことからすると、本件コンサルティング契約においては、区分された業務ごとの作業完了の確認が行われた事実は認められない。そして、原告は、Ｃ社に支払った２３００万円のうち消費税等に相当する部分を除いた残額を平成２１年１２月３１日時点における繰延資産として税務申告し（上記３（１）の認定事実イ）、Ｃ社においても、その事業年度末である平成２２年５月３１日時点において、本件コンサルティング契約に係る報酬２３００万円を前受金として処理している（上記（１）の認定事実ウ）。そうすると、本件コンサルティング契約は、前記前提事実（３）ア（イ）のａないしｈ記載の諸調査や改修工事等の提案、事業計画の策定等の本件コンサルティング業務をその内容とするものであるところ、本件コンサルティング業務の内容が合理的に区分され、当該区分された業務に対応するものとして報酬が区分されていたというようなものではなく、また、これに対応する報酬も、本件コンサルティング契約における調査・監修業務全体に係る対価として総額を定めたものであって、当該業務の進捗状況や出来高とは無関係に、契約締結後、早期に報酬総額の概ね３分の２に相当する金額を支払い、残余を業務完了時に支払うことを定めたものと解されるから、原告が本件コンサルティング契約に基づく役務（本件コンサルティング業務）の全部の提供を受ける日である本件コンサルティング契約の終了日（平成２２年６月３０日）をもって課税仕入れを行った日とするのが相当である。
上記によれば、本件コンサルティング契約に基づいて原告が支払った２３００万円は、本件課税期間の仕入税額控除の対象である「課税仕入れに係る支払対価」に当たらないものと解するのが相当である。
イ なお、仕入税額控除の適用除外要件である「帳簿等を保存しない場合」（消費税法３０条９項）に当たるときにも、原告が本件コンサルティング契約に基づいてＣ社に支払った２３００万円は仕入税額控除の対象である「課税仕入れに係る支払対価」に当たらないこととなるところ、後記のコンサルティング契約書のほかにこれに当たり得る書類の保存がされているとはうかがわれないし、本件コンサルティング契約書には役務の提供が完了した年月日の記載がないから、「課税資産の譲渡等を行った年月日」（同項１号ロ）の記載を欠くものとして、本件コンサルティング契約書が同項に定める書類に当たらないことは明らかである。したがって、上記２３００万円の支払は、この点からも、本件課税期間の仕入税額控除の対象である「課税仕入れに係る支払対価」に当たらない。
（３）原告の主張について
以上に対し、原告は、「課税仕入れ」については「事業者が、事業として他の者から（中略）役務の提供を受けること」と規定されるのみで（２７年９号改正前の消費税法２条１項１２号）、役務の内容の区別や報酬の確定が要件とはされていないことを前提として、本件コンサルティング契約は、①原告が本件土地建物を取得するか否かを判断するための事前調査に関する業務、②原告が本件土地建物を取得した後の、賃貸マンション事業の適正かつ効果的遂行のための提案業務に大別され、Ｃ社は、上記①の業務を行ったことにより、原告が本件土地建物を取得した平成２１年１１月●日時点において、Ｃ社が原告に対して負担していた本件コンサルティング契約における中心的な業務の大半は完了していたと主張する。
しかし、上記原告の主張を前提とすれば、原告は、平成２１年１１月１２日に本件コンサルティング契約を締結して、実質的には２３００万円（消費税込み）の対価を支払う代わりに本件土地建物の取得の適否等についての事前調査をＣ社に委託したことになるが、その翌日には本件売買契約を締結しているのであって、不自然であるといわざるを得ない。
４ まとめ（本件各更正処分等の適法性）
以上に説示したところによれば、本件課税期間に係る消費税等の額は別紙３の第１記載のとおりであると認めることができるから、本件更正処分は適法であって（なお、本件建物の仕入税額控除に関し、前記２のとおり、本件建物の価額は２億３１９５万５５０２円（税込み）と認められるが、本件更正処分（原処分）時において前提とされた本件建物の価額（２億３７０５万８５００円（税込み））はこれを上回るから、これを前提としてされた本件更正処分における消費税等の還付税額は、上記説示した本件建物の価額に基づく還付税額を上回ることとなる。同第２の１参照）、これについての原告の取消請求は理由がない。
また、以上に説示したところによれば、本件課税期間に係る過少申告加算税の賦課決定処分（本件決定処分）も適法であると認めることができ（同第２の２参照）、これについての原告の取消請求は理由がない。
５ 結論
以上によれば、原告の各請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。大阪地方裁判所第７民事部
裁判長裁判官田中健治
裁判官新宮智之
裁判官髙津戸朱子
（別紙１）
物件目録
１ 土地
所在大阪市北区
地番●●
地目宅地
地積１９２．７８平方メートル
２ 建物
所在大阪市北区
家屋番号●●
種類共同住宅
構造鉄筋コンクリート造陸屋根１１階建
床面積１階１２１．３６平方メートル
２階１１０．７０平方メートル
３階１１０．７０平方メートル
４階１１０．７０平方メートル
５階１１０．７０平方メートル
６階１１０．７０平方メートル
７階１１０．７０平方メートル
８階１１０．７０平方メートル
９階１１０．７０平方メートル
１０階１１０．７０平方メートル
１１階１１０．７０平方メートル
（別紙２）
消費税法等の定めの概要
１ 事業者の納税義務
（１）事業者は、国内において行った課税資産の譲渡等につき、消費税法により、消費税を納める義務がある（平成２７年法律第９号による改正（以下「２７年９号改正」という。）前の消費税法５条１項（なお、以下、法改正に関し摘示した条文については、以下の記載においても同様とし、特に必要がある場合を除いては、再記しない。）。以下、課税資産の譲渡等に係る資産を「課税資産」という。）。
（２）事業者のうち、その課税期間に係る基準期間における課税売上高が１０００万円以下である者については、上記（１）（消費税法５条１項）の規定にかかわらず、その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等につき、消費税を納める義務を免除する（２７年９号改正前の消費税法９条１項本文）。
２ 課税対象
（１）国内において事業者が行った資産の譲渡等（事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供（代物弁済による資産の譲渡その他対価を得て行われる資産の譲渡若しくは貸付け又は役務の提供に類する行為として政令で定めるものを含む。）をいう。）には、消費税法により、消費税を課する（２７年９号改正前の消費税法４条１項、２条１項８号）。
（２）国内において行われる資産の譲渡等のうち、以下のア及びイに掲げるものには、消費税を課さない（消費税法６条１項）。
ア 土地（土地の上に存する権利を含む。）の譲渡及び貸付け（一時的に使用させる場合その他の政令で定める場合を除く。）（消費税法別表第一第１号）
なお、上記政令で定める場合は、上記土地の貸付けに係る期間が１月に満たない場合及び駐車場その他の施設の利用に伴って土地が使用される場合とする（消費税法施行令８条）。
イ 住宅（人の居住の用に供する家屋又は家屋のうち人の居住の用に供する部分をいう。）の貸付け（当該貸付けに係る契約において人の居住の用に供することが明らかにされているものに限るものとし、一時的に使用させる場合その他の政令で定める場合を除く。）（消費税法別表第一第１３号）
なお、上記政令で定める場合は、上記住宅の貸付けに係る期間が１月に満たない場合及び当該貸付けが旅館業法（昭和２３年法律第１３８号）２条１項（定義）に規定する旅館業に係る施設の貸付けに該当する場合とする（消費税法施行令１６条の２）。
３ 課税標準
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。）とする（２７年９号改正前の消費税法２８条１項本文）。
４ 仕入税額控除制度
（１）仕入税額控除
ア 事業者（前記１（２）（９条１項本文）の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、国内において課税仕入れを行った場合には、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間（消費税法１９条１項３号又は３号の２に掲げるものを除く個人事業者の「課税期間」は、１月１日から１２月３１日までの期間とする（同項１号）。）の４５条１項２号に掲げる課税標準額に対する消費税額（以下「課税標準額に対する消費税額」という。）から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）を控除する（平成２４年法律第６８号による改正（以下「２４年６８号改正」という。）前の消費税法３０条１項１号。この控除される税額を仕入控除税額という。）。
上記において用いる用語の意味は、次の（ア）及び（イ）のとおりとする。
（ア）課税仕入れとは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供（所得税法（昭和４０年法律第３３号）２８条１項（給与所得）に規定する給与等を対価とする役務の提供を除く。）を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもので、消費税法７条１項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するもの及び同法８条１項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの以外のものに限る。）をいう（２７年９号改正前の消費税法２条１項１２号）。
（イ）課税仕入れに係る支払対価の額とは、課税仕入れの対価の額（対価として支払い、又は支払うべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、当該課税仕入れに係る資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該課税仕入れに係る役務を提供する事業者に課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額（これらの税額に係る附帯税の額に相当する額を除く。）に相当する額がある場合には、当該相当する額を含む。）をいう（平成２３年法律第８２号による改正（以下「２３年８２号改正」という。）前の消費税法３０条６項）。
イ（ア）上記ア（消費税法３０条１項）の場合において、上記アに規定する課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たないときは、上記アの規定により控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「課税仕入れ等の税額」という。）は、上記アの規定にかかわらず、以下の（イ）のａ又はｂに掲げる場合の区分に応じそれぞれに定める方法により計算した金額とする（２３年８２号改正前の消費税法３０条２項）。
ここにおいて、課税売上割合とは、当該事業者が当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額（消費税法２８条１項に規定する対価の額をいう。）の合計額のうちに当該事業者が当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合をいう（２３年８２号改正前の消費税法３０条６項）。
上記政令で定めるところにより計算した割合は、次のａ（１号）に掲げる金額のうちに次のｂ（２号）に掲げる金額の占める割合とする（平成２５年政令第５６号による改正前の消費税法施行令４８条１項）。
ａ 当該事業者が、当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額（前記３（消費税法２８条１項）に規定する対価の額をいう。）の合計額から、当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等に係る対価の返還等の金額（資産の譲渡等につき、返品を受け、又は値引き若しくは割戻しをしたことにより、当該資産の譲渡等の対価の額の全部若しくは一部の返還又は当該資産の譲渡等の対価の額に係る売掛金その他の債権の額の全部若しくは一部の減額をした金額をいう。）の合計額を控除した残額（１号）
ｂ 当該事業者が当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額から、（ａ）に掲げる金額から（ｂ）に掲げる金額を控除した金額の合計額を控除した残額（２号）
（ａ）課税期間中に行った２４年６８号改正前の消費税法３８条１項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額（当該課税期間中に行った平成２３年政令第１９８号による改正前の消費税法施行令１９条に規定する輸出取引等に係る対価の返還等の金額を含む。）（イ）
（ｂ）課税期間中に行った２４年６８号改正前の消費税法３８条１項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額に１００の１２５を乗じて算出した金額（ロ）
（イ）ａ個別対応方式（３０条２項１号）
当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものにその区分が明らかにされている場合には、（ａ）に掲げる金額に（ｂ）に掲げる金額を加算する方法とする。
（ａ）課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れの額
（ｂ）課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れの額に課税売上割合を乗じて計算した金額
ｂ 一括比例配分方式（消費税法３０条２項２号）
上記ａに掲げる場合以外の場合には、当該課税期間における課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算する方法とする。
（２）帳簿等の保存
（ア）前記（１）ア（消費税法３０条１項）の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（前記（１）アに規定する課税仕入れに係る支払対価の額の合計額が少額である場合その他の政令で定める場合における当該課税仕入れ等の税額については、帳簿）を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れの税額については、適用しない。ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかつたことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない。（２７年９号改正前の消費税法３０条７項）
（イ）上記（ア）（消費税法３０条７項）に規定する請求書等とは、事業者に対し課税資産の譲渡等（同法７条１項、８条１項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）を行う他の事業者が、当該課税資産の譲渡等につき当該事業者に交付する請求書、納品書その他これらに類する書類で次に掲げる事項が記載されている書類をいう（消費税法３０条９項１号）。
ａ 書類の作成者の氏名又は名称
ｂ 課税資産の譲渡等を行った年月日（課税期間の範囲内で一定の期間内に行った課税資産の譲渡等につきまとめて当該書類を作成する場合には、当該一定の期間）
ｃ 課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容
ｄ 課税資産の譲渡等の対価の額（当該課税資産の譲渡等に係る消費税額及び地方消費税額に相当する額がある場合には、当該相当する額を含む。）
ｅ 書類の交付を受ける当該事業者の氏名又は名称
５ 信託受益権の取得
信託の受益者（受益者としての権利を現に有するものに限る。）は当該信託の信託財産に属する資産を有するものとみなし、かつ、当該信託財産に係る資産等取引は当該受益者の資産等取引とみなして、この法律の規定を適用する（消費税法１４条１項本文）。
（別紙３）
第１ 本件における消費税等の額
１ 本件における課税売上割合・仕入税額控除額について（別表５）
（１）本件課税期間の課税売上高（別表５の③「被告主張額」欄）
１５８３万７４７４円
上記金額は、以下のとおり、原告の事業所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額（後記ア）と不動産所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額（後記イ）の合計額である。
ア 事業所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額（別表５の①「被告主張額」欄）１４７２万４５５９円
上記金額は、原告が平成２１年分所得税の確定申告書提出時に添付した青色申告決算書（一般用）に記載した売上金額と同額であり、全て課税資産の譲渡等の対価の額に該当する（乙２）。
イ 不動産所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額（別表５の②「被告主張額」欄）１１１万２９１５円
上記金額は、以下の（ア）及び（イ）の合計額であり、本件土地建物に係る課税資産の譲渡等の対価の額である（別表４参照）。
（ア）本件賃料等に係る課税資産の譲渡等の対価の額（別表４の③及び④「被告主張額」欄の合計額）
１４万８６３０円
上記金額は、以下のａ及びｂの合計額である。これらは、原告に帰属すると認められる本件賃料等のうち、課税資産の譲渡等に該当するものである。
ａ 水道代９万１９６４円
ｂ 駐車場代５万６６６６円
（イ）屋外広告看板掲出に係る資産の譲渡等の対価の額（別表４の⑧「被告の主張額」欄）９６万４２８５円
上記金額は、本件課税期間に係る屋外広告看板の掲出に係る権利金（以下のａ）と使用料金（以下のｂ）の合計であり（前記前提事実（３）ク）、全額が課税対象である。
ａ 当該屋外広告掲出のための契約に際しての権利金は７５万円（税抜き７１万４２８５円）であり、当該権利金は、返還を要さないものであることから、当該課税期間の課税売上に該当する。
ｂ また、当該屋外広告掲出のための契約期間は、平成２１年１２月１日から平成２２年１１月３０日までとされているから、本件課税期間における屋外広告看板の掲出に係る使用料金は、１か月２６万２５００円（税抜き２５万円）である。
（２）本件課税期間の非課税売上高（別表５の④「被告主張額」欄）
３５４万３８８０円
上記金額は、本件賃料等に係る非課税資産の譲渡等の対価の額である。
本件賃料等は原告に帰属すると認められるところ、本件賃料等のうち、非課税資産の譲渡等に該当するものは次のとおりである（別表４の①及び②「被告主張額」欄）。
ａ 賃料３２２万６９９０円
ｂ 共益費３１万６８９０円
（３）本件課税期間に係る課税売上割合
８１．７１５パーセント（９５パーセント未満）
これは、資産の譲渡等の対価の額の合計額（上記（１）及び（２）の合計額・別表５の⑤「被告主張額」欄）のうちにその課税期間中の課税資産の譲渡等の対価の額（上記（１）の金額・別表５③「被告主張額」欄）の占める割合である。
（４）本件課税期間の控除対象仕入税額について
ア 課税仕入れの対価の額（別表５の⑰「被告主張額」欄）
２億３５３９万０４３４円
上記金額は、以下の（ア）及び（イ）の金額の合計である。
（ア）事業所得に係る課税仕入れの対価の額（別表５の⑪「被告主張額」欄）
７２１万８６３３円
上記金額は、本件明細書（乙１７）に記載された金額（④「課税仕入高」欄）である。
（イ）不動産所得に係る課税仕入れの対価の額（別表５の⑫ないし⑯「被告主張額」欄）２億２８１７万１８０１円
上記金額は、不動産所得に係る必要経費関係の課税仕入れの対価の額（以下のａ）及び不動産所得に係る固定資産等の取得関係の課税仕入れの対価の額（以下のｂ）の合計額である。
ａ 不動産所得に係る必要経費関係の課税仕入れの対価の額（別表５の⑫ないし⑭「被告主張額」欄の合計額）
６６０万６４７６円
上記金額は、原告が本件明細書に記載した課税仕入れの対価の額１２万円（乙１７）に、本件土地建物に係る登記費用２９万６０００円（原告の総勘定元帳（乙２５の１枚目、２枚目）に記載された本件建物に係る登記費用（課税・税込み）の合計３１万０８００円から消費税等を控除した金額。）及びＸ株式会社に係る媒介手数料６１９万０４７６円（仲介料（課税・税込み）の合計６５０万円から消費税等を控除した金額。（乙２５、２６））を加算した金額である。
ｂ 不動産所得に係る固定資産等の取得関係の課税仕入れの対価の額（別表５の⑮及び⑯「被告主張額」欄の合計額）
２億２１５６万５３２５円
上記金額は、本件建物の価額２億２０９１万０００２円（税込み２億３１９５万５５０２円）及び建物に係る固定資産税等相当額の精算金６５万５３２３円（別表２の建物欄の合計額参照）の合計額である。
なお、本件賃料等の資産の譲渡等に対応するＤ社への業務委託報酬相当額に係る課税仕入れの対価の額は、本件課税期間の仕入税額控除の対象にはならない。
イ 控除対象仕入税額（別表５の⑳「被告主張額」欄）
７６９万３９７１円
消費税法２条１項９号及び同法６条１項、別表第一第１３号の規定によれば、住宅の貸付けは課税資産の譲渡等には該当しないが、本件賃料等のうち水道代及び駐車場代並びに屋外広告看板掲出料等は課税資産の譲渡等に該当するから、本件建物の取得及び不動産所得に係る必要経費は、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れに区分され、課税資産の譲渡等のみに要する課税仕入れには該当しない。
したがって、上記金額は、一括比例配分方式による控除対象仕入税額の計算により、上記アで算定した原告の課税仕入れの対価の額に係る消費税額に、上記（３）で算定した課税売上割合を乗じて算出した金額である。
２ 本件課税期間に係る消費税額等の計算（別表６）
（１）消費税
ア 課税標準額（別表６の①「被告主張額」欄）
１５８３万７０００円
上記金額は、上記１（１）の本件課税期間の課税売上高（別表５の③「被告主張額」欄）について、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
イ 課税標準に係る消費税額（別表６の②「被告主張額」欄）
６３万３４８０円
上記金額は、上記アの課税標準額に２４年６８号改正前の消費税法２９条に規定する１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表６の③「被告主張額」欄）
７６９万３９７１円
上記金額は、上記１（４）イで算出した金額である。
エ 控除不足還付税額（別表６の④「被告主張額」欄）
７０６万０４９１円
上記金額は、上記イの課税標準に係る消費税額から上記ウの控除対象仕入税額を控除した金額である。
（２）地方消費税
ア 地方消費税の課税標準となる金額（別表６の⑤「被告主張額」欄）△７０６万０４９１円上記金額は、上記（１）エの金額と同額である（地方税法７２条の８２）。
イ 譲渡割額（還付額）（別表６の⑥「被告主張額」欄）
１７６万５１２２円
上記金額は、上記アの地方消費税の課税標準となる消費税額に、１００分の２５を乗じた金額である（平成２４年法律第６９号による改正前の地方税法７２条の８３）。
第２ 本件更正処分等の適法性
１ 本件更正処分について
本件更正処分は、原告の還付されるべき消費税等の金額を９０５万７９６８円（別表６の⑦「原処分額」欄。消費税と地方消費税の合計）としたものであるが、この金額は上記第１の２で算出した金額８８２万５６１３円（消費税及び地方消費税の還付税額の合計額（第１の２（１）エ、（２）イ）。別表６の⑦「被告主張額」欄）を上回っているから、本件課税期間に係る消費税等の更正処分は適法である。
２ 本件決定処分について
（１）国税通則法６５条１項は、期限内申告書（還付請求申告書を含む。）が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正（以下「更正等」という。）があったときは、当該納税者に対し、その更正等に基づき同法３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定し、さらに、同法６５条２項は、更正等により納付すべき税額（更正等前に当該更正等に係る国税について修正申告書の提出又は更正があったときは、その国税に係る更正等前にされたその国税についての修正申告書の提出又は更正に基づき同法３５条２項の規定により納付すべき税額の合計額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額と５０万円のいずれか多い金額を超えるときは、当該超える税額（更正等により納付すべき税額が当該超える税額に満たないときは、更正等により納付すべき税額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とするとされている。
（２）本件決定処分は、国税通則法６５条１項及び２項の規定により、原告に賦課する過少申告加算税を１１４万８０００円（別表６の⑧「原処分額」欄）としたものである。
この金額は、上記で算出した消費税の控除不足還付税額及び地方消費税の譲渡割額（還付額）の合計額を基に算出される過少申告加算税の額１１８万２５００円（別表６の⑧「被告主張額」欄）を下回っているから、本件決定処分は適法である。
別表１
課税の経緯
（単位：円）
課税
期間
区分
項目
確定申告
本件更正処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
平成
年課税期間
年月日
平成22年2月20日平成23年3月17日平成23年5月3日平成23年6月27日平成23年7月15日平成24年6月28日消費税
課税標準額
①
15,938,000
15,836,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
課税標準額に対する
消費税額
②
637,520
633,440
控除対象仕入税額
③
14,142,936
7,879,815
控除不足還付税額
④
13,505,416
7,246,375
地方消費税
課税標準額となる
消費税額
⑤ △13,505,416
△7,246,375
譲渡割額（還付額）⑥
3,376,354
1,811,593
消費説等の還付金の額
に相当する金額
⑦
16,881,770
9,057,968
過少申告加算税の額
⑧
1,148,000
（注）「地方消費税の課税標準となる消費税額」欄の△印は、消費税の還付金の額に相当する税額を示す。別表２、別表３、別表４及び別表４付表省略
別表５
課税売上割合・仕入税額控除の計算明細
（単位：円）
区分
原告申告額
原処分額
審判所認定額
被告主張額
課税売上割合（③／⑤）
事業所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額
①
14,724,559
14,724,559
14,724,559
不動産所得に係る課税資産の譲渡等の対価の額
②
1,111,872
1,112,915
1,112,915
課税売上高（①＋②）
③
15,938,843
15,836,431
15,837,474
15,837,474
非課税売上高
④
3,477,267
3,543,880
3,543,880
資産の譲渡等の対価の額（③＋④）
⑤
15,938,843
19,313,698
19,381,354
19,381,354
課税資産の譲渡にのみ
要するもの
事業所得に係る課税仕入れの対価の額
⑥
7,218,633
不動産所得に係る必要経費の課税仕入れの対価の額
⑦
120,000
固定資産等の取得価額
⑧
346,234,775
小計
⑨
353,573,408
⑨に係る消費税額
⑩
14,142,936
課税資産の譲渡等とその他の資産の
譲渡等に共通して要するもの
事業所得に係る課税仕入れの対価の額
⑪
7,218,633
7,218,633
7,218,633
不動産所得に係る必要経費の課税仕入れの対価の額
Ｅの登記費用
⑫
296,000
296,000
296,000
本件売買契約に係る媒介手数料
⑬
6,190,476
6,190,476
6,190,476
上記以外その他
⑭
120,000
120,000
120,000
固定資産等の
取得価額
本件建物の取得価額
⑮
225,770,000
220,910,002 220,910,002
本件建物の固定資産税等相当額精算金
⑯
655,323
655,323
655,323
小計（⑪ないし⑯の計）
⑰
240,250,432
235,390,434 235,390,434
⑰に係る消費税額（⑰×４％）
⑱
9,610,017
9,415,617
9,415,617
一括比例配分方式により控除する課税仕入れ等の税額
（⑱×③/⑤）
⑲
7,879,815
7,693,971
7,693,971
控除対象仕入税額（⑩＋⑲）
⑳
14,142,936
7,879,815
7,693,971
7,693,971
別表６
還付される消費税等の計算
（単位：円）
項目
原告申告額
原処分額
審判所認定額
被告主張額
消費税
課税標準額
①
15,938,000
15,836,000
15,837,000
15,837,000
課税標準額に対する消費税額（①×４％）
②
637,520
633,440
633,480
633,480
控除対象仕入税額
③
14,142,936
7,879,815
7,693,971
7,693,971
控除不足還付税額（②－③）
④
13,505,416
7,246,375
7,060,491
7,060,491
地方消費税
課税標準額となる消費税額
⑤
△13,505,416
△7,246,375
△7,060,491
△7,060,491
譲渡割額（還付額）（⑤×25％）
⑥
3,376,354
1,811,593
1,765,122
1,765,122
消費税等の還付金の額に相当する金額
（④＋⑥）
⑦
16,881,770
9,057,968
8,825,613
8,825,613
過少申告加算税の額
⑧
1,148,000
1,182,500
1,182,500
（注）１「控除対象仕入税額」欄の計算明細は、別表５「課税売上割合・仕入税額控除の計算明細」のとおりである。２「地方消費税」の「課税標準となる消費税額」欄の△印は、消費税の還付金の額に相当する税額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12677.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。