税務訴訟資料第２６５号－１０２（順号１２６８５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（安芸税務署長）
平成２７年６月３０日棄却・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士遠藤幸子
同中田好泰
同宇野康枝
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁安芸税務署長
宮西敏之
同指定代理人早田祐介
ほか別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
安芸税務署長が原告に対して、平成２４年３月１日付けでした平成２０年分の所得税更正処分のうち、分離長期譲渡所得金額２２９万８４７９円、これに対する税額３４万４７００円、申告納税額マイナス９６万０１７０円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 原告は、原告の父である乙（以下「乙」という。）から相続するなどして取得した土地（Ａ宅地）を譲渡し、当該土地の譲渡所得を含め平成２０年分の所得税に係る確定申告をしたところ、安芸税務署長は、①乙は当該土地につき事業の用に供するなどした買換資産として租税特別措置法（昭和４９年法律第１７号による改正前のもの。以下「旧措置法」という。）３７条１項に規定する特例（以下「本件買換特例」という。）の適用を受けた者であり、課税の繰り延べがされているから、当該土地の譲渡所得については同法３７条の３第１項に基づいて取得価額を算定すべきであるとし、また、②原告が買主から受領した当該土地に係る固定資産税及び都市計画税相当額（当該土地の引渡日からその年の１２月３１日までの期間に対応するもの。以下「本件未経過固定資産税等相当額」という。）を譲渡所得に係る総収入金額に算入すべきであるなどとして、更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をした。
本件は、原告が、被告に対し、①乙は本件買換特例の適用を受けた者ではないこと、②本件未経過固定資産税等相当額は譲渡所得に係る総収入金額に算入すべきではないことを主張して、本件更正処分等の取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定めについて
（１）譲渡所得について
所得税法３３条１項は、譲渡所得とは資産の譲渡による所得をいう旨規定し、同条３項は、譲渡所得の金額は、その年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨規定する。
（２）贈与等により取得した資産の取得費等について
所得税法６０条１項１号は、居住者が、相続（限定承認に係るものを除く。）により取得した譲渡所得の基因となる資産を譲渡した場合における譲渡所得の金額の計算については、その者が引き続きこれを所有していたものとみなす旨規定する。
（３）本件買換特例について
ア 旧措置法３７条１項は、個人が、昭和４５年１月１日から昭和５０年１２月３１日までの間に、首都圏整備法２条３項に規定する既成市街地内にある土地（棚卸資産その他これに準ずる資産で政令で定めるものを除く。）（譲渡資産、表の１号イ上欄）のうち事業（事業に準ずるものとして政令で定めるものを含む。以下旧措置法３７条の４までにおいて同じ。）の用に供しているものの譲渡をした場合において、当該譲渡の日の属する年の１２月３１日までに、既成市街地以外の地域内にある土地の取得をし、かつ、当該取得の日から１年以内に、当該取得をした資産（買換資産、表の１号イ下欄）を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該個人の事業の用に供したとき、又は供する見込みであるときは、①当該譲渡による収入金額が当該買換資産の取得価額以下である場合にあっては、当該譲渡に係る資産の譲渡がなかったものとし、②当該収入金額が当該取得価額をこえる場合にあっては、当該譲渡に係る資産のうちそのこえる金額に相当するものとして政令で定める部分の譲渡があったものとして、旧措置法３１条若しくは３２条又は所得税法３３条の規定を適用する旨規定する。
租税特別措置法施行令２５条２項は、旧措置法３７条１項に規定する事業に準ずるものとして政令で定めるものは、事業と称するにいたらない不動産又は船舶の貸付けその他これに類する行為で相当の対価を得て継続的に行なうものとする旨規定する。
イ 旧措置法３７条４項は、同条１項の規定は、昭和４５年１月１日から昭和５０年１２月３１日までの間に首都圏整備法２条３項に規定する既成市街地内にある土地（譲渡資産）で事業の用に供しているものの譲渡をした個人が、当該譲渡をした日の属する年の翌年中に既成市街地以外の地域内にある土地の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日から１年以内に当該取得をした資産（買換資産）を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該個人の事業の用に供する見込みである場合において、大蔵省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときについて準用する。
ウ 旧措置法３７条６項は、同条１項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする者の同項の譲渡をした日の属する年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、当該譲渡をした資産の譲渡価額、買換資産の取得価額又はその見積額に関する明細書その他大蔵省令で定める書類の添附がある場合に限り、適用する旨規定する。
（４）特定の事業用資産の買換えの場合の更正の請求、修正申告等について
ア 旧措置法３７条の２第１項は、旧措置法３７条１項の規定の適用を受けた者は、買換資産の取得をした日から１年以内に、当該買換資産を同項の表の各号の下欄に規定する地域内にある当該個人の事業の用に供しない場合又は供しなくなった場合には、これらの事情に該当することとなった日から４月以内に同項に規定する譲渡の日の属する年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない旨規定する。
イ 旧措置法３７条の２第２項は、旧措置法３７条４項において準用する同条１項の規定の適用を受けた者は、買換資産の取得をした場合において、その取得価額が税務署長の承認を受けた取得価額の見積額に対して過不足額があるとき（１号）に該当する場合で、それが過大となったときにあっては、当該買換資産の取得をした日から４月以内に同条４項に規定する譲渡の日の属する年分の所得税についての更正の請求をすることができるものとし、１号に該当する場合で不足額を生ずることとなった場合、又は、旧措置法３７条４項に規定する譲渡の日の属する年の翌年中に買換資産の取得をせず、又は同項に規定する取得の日から１年以内に、買換資産を同項に規定する事業の用に供せず、若しくは供しなくなった場合（２号）にあっては、当該買換資産の取得をした日又は２号に該当する事情が生じた日から４月以内に同項に規定する譲渡の日の属する年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならないものとする旨規定する。
ウ 旧措置法３７条の２第３項は、上記アの場合において、修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該申告書に記載すべきであった所得金額、所得税の額その他の事項につき国税通則法２４条又は２６条の規定による更正を行なう旨規定する。
エ 国税通則法２４条は、税務署長は、納税申告書の提出があった場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する旨規定し、同法２６条は、税務署長は、同法２４条の規定による更正をした後、その更正をした課税標準等又は税額等が過大又は過少であることを知ったときは、その調査により、当該更正に係る課税標準等又は税額等を更正する旨規定する。
オ 平成１６年法律第１４号による改正前の国税通則法７０条１項は、更正に係る国税の法定申告期限から３年を経過した日以後においては更正することができない旨規定する。
（５）買換資産に引き継がれる取得価額について
旧措置法３７条の３第１項は、旧措置法３７条１項（同条３項及び４項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定の適用を受けた者（旧措置法３７条の２第１項若しくは２項の規定による修正申告書を提出し、又は同条３項の規定による更正を受けたため、旧措置法３７条１項の規定による特例を認められないこととなった者を除く。）の買換資産に係る所得税法４９条１項の規定による償却費の額を計算するとき、又は当該買換資産の取得の日以後その譲渡（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。）、相続、遺贈若しくは贈与があった場合において、譲渡所得の金額を計算するときの当該買換資産の取得価額（取得価額の引継ぎ）を各号において規定し、その３号において、旧措置法３７条１項の譲渡による収入金額が買換資産の取得価額に満たない場合においては、当該譲渡をした資産の取得価額等にその満たない額を加算した金額に相当する金額とする旨規定する。
（６）個人の譲渡所得の課税の特例に関する経過措置について
昭和６２年法律第９６号附則４６条２項は、昭和６２年法律第９６号により改正された租税特別措置法３７条１項及び３項並びに同法３７条の３第１項の規定は、個人が昭和６２年１０月１日以後に同法３７条１項に規定する資産の譲渡をした場合について適用し、同日前に旧措置法３７条１項に規定する資産の譲渡をする場合については、なお従前の例による旨規定する。
（７）固定資産税について
ア 地方税法３４３条１項は、固定資産税は、固定資産の所有者に課する旨規定し、同条２項は、当該所有者とは、土地又は家屋については、登記簿又は土地補充課税台帳若しくは家屋補充課税台帳に所有者として登記又は登録されている者をいう旨規定する。
イ 地方税法３５９条は、固定資産税の賦課期日は、当該年度の初日の属する年の１月１日とする旨規定する。
（８）都市計画税について
ア 地方税法７０２条１項は、市町村は、都市計画法に基づいて行う都市計画事業又は土地区画整理法に基づいて行う土地区画整理事業に要する費用に充てるため、当該市町村の区域で都市計画法５条の規定により都市計画区域として指定されたもの（以下「都市計画区域」という。）のうち同法７条１項に規定する市街化区域（当該都市計画区域について同項に規定する区域区分に関する都市計画が定められていない場合にあっては、当該都市計画区域の全部又は一部の区域で条例で定める区域）内に所在する土地及び家屋に対し、その価格を課税標準として、当該土地又は家屋の所有者に都市計画税を課することができる旨規定し、地方税法７０２条２項は、当該所有者とは、当該土地又は家屋に係る固定資産税について同法３４３条において所有者とされ、又は所有者とみなされる者をいう旨規定する。
イ 地方税法７０２条の６は、都市計画税の賦課期日は、当該年度の初日の属する年の１月１日とする旨規定する。
３ 前提事実（当事者間に争いがないか、文中記載の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実）
（１）本件土地等の取得、売却等について
ア 乙による本件土地等の取得
（ア）乙は、株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）との間で、昭和４８年４月６日付けで、神奈川県逗子市●●（平成５年２月１日に町名を変更した後は「神奈川県逗子市●●」である。）●●に所在する宅地（３７４．０４平方メートル。以下「本件土地１」という。）、同所●●に所在する宅地（８２．３１平方メートル。以下「本件土地２」という。）、神奈川県逗子市●●に所在する宅地（１５．８１平方メートル。以下「本件土地３」という。）及び神奈川県逗子市●●（平成５年２月１日に町名を変更した後は「神奈川県逗子市●●」である。）●●に所在する宅地（３．３６平方メートル。以下「本件土地４」といい、本件土地１ないし本件土地４を併せて「本件土地」という。）を、契約締結時に５７０万円、昭和４８年６月７日に８００万円、同年８月７日に１４８３万１２００円（旧公道路敷の付け替え手続が完了しない場合は、同日に１３６８万１０００円、旧公道路敷の所有権移転可能時期に１１５万０２００円）を支払う旨のＡ宅地売買契約（以下「Ａ宅地売買契約」という。）を締結し、本件土地を２８５３万１２００円で取得した（甲１０、乙５）。
（イ）乙は、本件土地のうち本件土地１及び本件土地２を昭和４８年６月●日付けで、本件土地３及び本件土地４を昭和４９年２月●日付けでそれぞれ乙名義とする所有権移転登記手続をした。
（ウ）本件土地は、昭和４８年４月６日当時、旧措置法３７条１項の買換資産の表の１号イに規定する既成市街地以外の土地であった。
また、本件土地は、第一種低層住居専用地域であり、本件土地に係る地域は昭和３１年１月２７日建設省告示第１４８号により風致地区の指定を受けており、建築基準法６９条の規定による逗子市建築協定条例に基づき制定されたＡ地区建築協定の建築協定区域内に位置することから、本件土地における建物の用途は一戸建専用住宅に限定されており、長屋建住宅及び共同住宅は建築できず、その旨売買契約書に明記されている。
イ 本件４８年譲渡土地
（ア）乙は、Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。なお、昭和５４年３月１４日にＤ株式会社と商号を変更した。）と昭和４８年６月３０日付けで、横浜市港南区●●（昭和６０年７月２２日に町名を変更した後は「横浜市港南区●●」である。）●●所在の土地（１５５．３０平方メートル）及び同所●●所在の土地（１８６．０４平方メートル。以下、両土地を併せて「本件４８年譲渡土地」という。）を、契約締結時に８８３万１２００円、所有権移転登記時に３１６万８８００円、残額１４００万円を分割払い（昭和４８年６月末日から昭和５８年１月末日まで毎月１２万円、昭和５８年２月末日に８万円）として、同社に売り渡す旨の不動産売買契約（以下「本件４８年譲渡土地売買契約」という。）を締結し、本件４８年譲渡土地を２６００万円で譲渡した。
（イ）Ｃは、本件４８年譲渡土地について、昭和４８年６月３０日の売買を原因とし、昭和５１年３月●日付けでＣ名義とする所有権移転登記手続をした。
（ウ）本件４８年譲渡土地は、昭和４８年６月３０日当時、旧措置法３７条１項の譲渡資産の表の１号イに規定する既成市街地内にある土地であった。
ウ 本件建物の新築
乙は、昭和５３年３月１８日付けでＥ株式会社と工事請負契約を締結し、昭和５３年１１月●日に神奈川県逗子市●●（平成５年２月１日に町名を変更した後は「神奈川県逗子市●●」である。）●●及び同所●●に所在する建物（家屋番号●●。以下「本件建物」という。）を新築したとして建物の所有権保存登記手続をした。
（２）確定申告書等の存否
ア 乙の昭和４８年分の所得税に係る確定申告（以下「昭和４８年分確定申告」という。）に関しては、税務署に提出された確定申告書又は修正申告書（それらの控えも含む。）が現存せず、また、本件買換特例に関する更正処分がされたことを示す処分書は存在しない。
イ 本件買換特例の事務に関しては、税務署の資産課税部門において処理する事務についての具体的な事務処理手順を定めた「資産税事務提要」に基づき、「取引価額引継整理票」を作成すべきこととされている（乙１２）。本件更正処分当時において、本件土地及び本件４８年譲渡土地に係る取得価額引継整理票の原本（昭和５１年２月２１日付けのもの３枚。乙２の１枚目及び２枚目、乙２１。以下「本件引継整理票原本」という。）が存在していた。
（３）その後の経緯
ア 昭和６１年２月●日、乙が死亡し、乙の相続が開始した。
乙の法定相続人は、原告、原告の母である丙（以下「丙」という。）及び原告の姉である丁（以下「丁」という。）であるところ、原告は本件土地持分の２分の１及び本件建物持分の３分の１を相続し、丙は本件土地持分の２分の１及び本件建物持分の３分の１を相続し、丁は本件建物持分の３分の１を相続した。
イ 平成６年８月●日、丙が死亡し、丙の相続が開始した。
丙の法定相続人は、原告及び丁であるところ、原告は本件土地持分の１０分の４を相続し、丁は本件土地持分の１０分の１及び本件建物持分の３分の１を相続した。その結果、原告は本件土地持分の１０分の９（後記４のとおり原告の平成２０年分の所得税の算定において分離長期譲渡所得の対象とされている。以下「本件土地長期譲渡所得持分」という。）及び本件建物持分の３分の１（同上。以下「本件建物長期譲渡所得持分」という。）を所有し、丁は本件土地持分の１０分の１（後記４のとおり原告の平成２０年分の所得税の算定において分離短期譲渡所得の対象とされている。以下「本件土地短期譲渡所得持分」という。）及び本件建物持分の３分の２（同上。以下「本件建物短期譲渡所得持分」という。）を所有することなった。
ウ 原告は、平成７年３月１８日、丁との間で、丁から本件土地持分の１０分の１（本件土地短期譲渡所得持分）及び本件建物持分の３分の２（本件土地短期譲渡所得持分）を平成１８年４月１日付けで譲渡価額３０００万円として買い取る旨の売買契約を締結し、同日、同契約に基づき本件土地短期譲渡所得持分及び本件建物短期譲渡所得持分を取得した。
エ 丁は、平成１９年３月頃、平成１８年分の所得税に係る確定申告において、本件土地短期譲渡所得持分及び本件建物短期譲渡所得持分の上記ウの譲渡に係る譲渡所得について、収入金額３０００万円、必要経費９５３万３７５６円及び特別控除額２０４６万６２４４円として租税特別措置法３５条（居住用財産の譲渡所得の特別控除）の適用を受けようとする旨の記載をした所得税確定申告書を鎌倉税務署長に提出した（甲１４）。
（４）本件土地及び本件建物の譲渡について
ア 原告は、平成２０年５月１６日、株式会社Ｆ（以下「Ｆ」という。）に対し、本件土地及び本件建物を６５００万円で売り渡す旨の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結し、平成２０年６月１３日に引き渡した。
イ 本件売買契約の第１０条は、本件土地及び本件建物に賦課される公租公課は、平成２０年１月１日を起算日として、本件土地及び本件建物の引渡日の前日までの分を売主である原告が負担し、引渡日以降の分を買主であるＦが負担する旨定めているところ、原告は、平成２０年６月１３日、本件土地及び本件建物の引渡日である同日から同年１２月３１日までの期間に対応する本件土地及び本件建物に賦課される固定資産税及び都市計画税（以下「固定資産税等」という。）相当額（本件未経過固定資産税等相当額）として１３万２０１７円を受領した。
（５）本件訴訟に至る経緯について
ア 課税処分等の経緯は、別紙２「課税処分等の経緯」のとおりである。
イ 高知県安芸郡に住所を有する原告は、平成２１年３月１２日、平成２０年分の所得税について、譲渡資産の譲渡価額を６５００万円、取得価額を実際の取得価額２８５３万１２００円として譲渡所得の金額の計算を行い、安芸税務署長に平成２０年分の所得税の確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を法定申告期限内に提出した。
ウ 原告は、平成２３年１２月７日、平成２０年分の所得税について、譲渡費用の一部に誤りがあるとして、安芸税務署長に修正申告書（以下「本件修正申告書」という。）を提出した。
エ 安芸税務署長は、譲渡所得の金額の計算においては本件買換特例により引き継がれた取得価額を基に計算すべきであり、また、譲渡資産に係る所有権移転日以降の期間に対応する固定資産税等相当額が買主から売主である原告に支払われた金員（本件未経過固定資産税等相当額）は譲渡所得に係る総収入金額に算入すべきであるとして、平成２４年３月１日、原告に対し、平成２０年分の所得税について、総所得金額９５３万２０００円から所得控除額の合計額１９２万７５２０円を差し引いた課税総所得金額７６０万４０００円、これに対する税額を１１１万２９２０円、課税分離長期譲渡所得金額２３０７万７０００円、これに対する税額を３４６万１５５０円、納付すべき税額を２５５万２８００円とする更正処分（本件更正処分）及び過少申告加算税を４９万９０００円とする賦課決定処分（本件賦課決定処分）を行った。
オ 原告は、平成２４年４月５日、安芸税務署長に対し、本件更正処分等を不服として異議申立てを行ったところ、安芸税務署長は、平成２４年６月２９日、棄却の異議決定を行った。
カ 原告は、平成２４年７月２４日、高松国税不服審判所長に対し、上記異議決定を経た後の本件更正処分等を不服として審査請求を行ったところ、高松国税不服審判所長は、平成２５年３月２２日、棄却の裁決を行った。
キ 原告は、上記裁決を経た後の本件更正処分等を不服として、平成２５年９月１８日、本件訴訟を提起した。
４ 被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性
別紙３「被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性」のとおり。なお、原告は、本件訴訟において、後記５の争点に関する部分のほかに、本件更正処分等の根拠及び適法性を争っていない。
５ 争点及び争点についての当事者の主張
本件の争点は、本件更正処分等の適法性であり、具体的には、①乙が、本件４８年譲渡土地を譲渡資産とし、本件土地を買換資産とする本件買換特例の適用を受けた者かどうか（争点１）、②本件未経過固定資産税等相当額を譲渡所得に係る総収入金額に算入することの適否（争点２）である。
（１）争点１（乙が本件買換特例の適用を受けた者かどうか）について
（被告の主張の要旨）
ア 乙が昭和４８年分確定申告書において本件買換特例の適用を受けようとする旨の記載をしたこと
（ア）本件引継整理票原本は、乙が本件買換特例の適用を受けようとする旨の記載をした確定申告書及びその添付書類を所轄横浜南税務署に提出しなければ作成されないものであり、かつ、本件引継整理票原本は、これらが提出されていなければ、同署において資産税事務を担当していた戊（以下「戊」という。）において記載することができない事項が記載されている。
すなわち、その記載内容についてみるに、まず、買換資産について、本件引継整理票原本に記載された「譲渡者」、「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」の「所在地番」、「種類」、「数量」、「買換資産等の実際の取得価額等」及び「引き継いだ取得時期」と、Ａ宅地売買契約の売買契約書に記載された買主、所在地、面積、売買代金及び本件土地の不動産登記簿における所在、地番、地目、地積、所有権移転登記の受付年月日とが一致することからすれば、本件引継整理票原本に記載された買換資産である土地は、本件土地と同一であると認められる。次に、譲渡資産について、本件引継整理票原本に記載された「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」の「所在地番」、「種類」、「数量」、「譲渡年月日」、「譲渡価額」と、本件４８年譲渡土地売買契約の売買契約書における所在地、地目、面積、契約年月日、売買代金及び本件４８年譲渡土地の契約における譲受人への所有権移転登記原因の売買年月日とが、本件引継整理票原本の所在地番に字名が記載されていないこと及び譲受人であるＣが「Ｇ（株）」と誤って記載されていることを除いては一致することからすれば、本件引継整理票原本に記載された譲渡資産である土地も、本件４８年譲渡土地と同一のものであることが認められる。
（イ）乙は、本件土地について、昭和４８年４月６日にＢとの間でＡ宅地売買契約を締結し、契約時に５７０万円、同年６月７日に８００万円、同年８月７日に１４８３万１２００円を支払うこととして、同年６月●日付けで本件土地１及び本件土地２を乙名義とする所有権移転登記手続を行い、同日に債務者を乙とする１４００万円の金銭消費貸借契約を原因として、抵当権者をＨ連合会とする抵当権設定登記手続を行い、昭和４９年２月●日付けで本件土地３及び本件土地４の所有権移転登記手続を行った後、昭和５３年３月１８日付けで本件建物の工事請負契約を締結するまでの間、本件土地に自宅を建てる工事を行うなどせず、「当該個人の事業の用に供したとき、又は供する見込みであるとき」との要件を充足させるに当たって支障となることを行っていない。
乙は、本件４８年譲渡土地について、昭和４８年６月３０日にＣとの間で本件４８年譲渡土地売買契約を締結し、契約時に８８３万１２００円、所有件移転登記時に３１６万８８００円、残金１４００万円を分割払い（同月から昭和５８年１月までは毎月末日に１２万円、昭和５８年２月末日には８万円）として受領することとした。本件４８譲渡土地は、ＣのＩ工場敷地として使用されていたところ、乙は、本件４８年譲渡土地売買契約が締結されてから約２年９か月間は所有権移転登記手続をすることなく、昭和５１年３月●日付けで乙からＣへの所有権移転登記手続をしており、本件４８年譲渡土地の使用状況は変更されなかったことが窺われる。
本件４８年譲渡土地売買契約は、売主が乙、買主がＣであり、乙が売買時期及び売買代金を相当程度自由に決定することができたと認められるところ、売買契約の時期及び所有権移転登記の時期からすれば本件土地の取得と本件４８年譲渡土地の譲渡は関連性があるとみるのが自然であり、売買代金の価額からすれば本件４８年譲渡土地の譲渡による収入金額が買換資産である本件土地の取得価額以下である場合には本件４８年譲渡土地の譲渡がなかったものとされる本件買換特例の適用を目指して設定した価額である。
（ウ）したがって、本件４８年譲渡土地及び本件土地のかかる取引状況等に照らすと、本件買換特例の要件を充足すべく行われたものであることが明白である。
イ 乙から本件買換特例を受けようとする確定申告書の提出を受けた税務署が本件買換特例を適用したこと
（ア）取得価額引継整理票は、租税特別措置法又は所得税法に規定する譲渡所得に関する課税の繰延べの特例の適用を受け、譲渡資産の取得価額の引継ぎが行われた買換資産等について、その取得価額の引継事績を明らかにし、じ後に買換資産等が譲渡された場合に、譲渡所得等の計算が適正に行われているかどうかについて確認することを目的として作成されるものである。
そして、作成された取得価額引継整理票は、昭和５１年頃は当時の資産税事務提要（以下「旧事務提要」という。）に基づいて買換資産の所在地を所轄する税務署において保管管理することとされていたが、平成１２年頃から現行の資産税事務提要（以下「現行事務提要」という。）に定められているとおり特例適用者の住所地又は事業所の所在地の所轄署で保管管理するよう変更された。
（イ）本件引継整理票原本の作成経緯及び保管状況については、次のとおりであり、適正に保管管理されていたことは明らかである。
ａ 乙は、昭和４８年４月６日付けで、ＢとＡ宅地売買契約を締結し、本件土地を２８５３万１２００円で取得し、他方、同年６月３０日付けで、本件４８年譲渡土地をＣに２６００万円で売り渡す旨の本件４８年譲渡土地売買契約を締結した。
ｂ 乙は、昭和４９年３月頃、昭和４８年分確定申告において、本件４８年譲渡土地の譲渡所得に関し、本件買換特例の適用を受けようとする旨及び本件買換特例の適用を受けた税額等を記載した確定申告書を作成し、所轄横浜南税務署長に提出した。
ｃ 横浜南税務署において資産税事務を担当していた戊は、昭和５１年２月２１日、本件土地及び本件４８年譲渡土地に係る取得価額引継整理票（本件引継整理票原本）を作成した。
昭和５１年当時、取得価額引継整理票は、買換資産の所在地を所轄する税務署において保管管理することとされていたところ、本件引継整理票原本は、買換資産である本件土地の所在地（神奈川県逗子市）を所轄する鎌倉税務署に送付され、これ以降、同署内で取得価額引継整理票つづりにつづられて保管されていた。
ｄ 平成１２年頃、取得価額引継整理票は、買換資産の所有者の住所地又は事業所の所在地を所轄する税務署において保管管理するとして、従来の保管管理の方法から変更されたことに伴い、鎌倉税務署は、順次、取得価額引継整理票に記載された買換資産の所有者の住所地等を住民票等で確認するなどの事務手続を行った。
ｅ その中で、鎌倉税務署は、平成１２年ないし平成１４年頃、本件引継整理票原本１枚目及び２枚目並びに本件引継整理票原本３枚目の写し（以下「原告分本件引継整理票」という。）と本件引継整理票原本１枚目の写し及び２枚目の写し並びに本件引継整理票原本３枚目（以下「丁分本件引継整理票」という。）を作成し、本件引継整理票原本及び本件引継整理票原本の写しをそれぞれ原告分本件引継整理票と丁分本件引継整理票に分けた。
平成１４年頃、原告が高知県安芸郡に異動していたことが判明したため、鎌倉税務署は、安芸税務署に対して原告分本件引継整理票を送付し、丁分本件引継整理票を引き続き保管管理していた。
その送付を受けた安芸税務署は、平成１４年以降、安芸税務署個人課税部門内の取得価額引継整理票つづりにつづって、原告分本件引継整理票を保管管理していた。
ｆ 原告分本件引継整理票が作成されてから安芸税務署に送付されるまでの間である平成１２年ないし平成１４年頃の間に、本件引継整理票原本の３枚目及び原告分本件引継整理票の３枚目に×印が付された。
ｇ 平成１０年ないし平成１４年頃、国税総合管理システムが導入され、安芸税務署及び鎌倉税務署は、本件土地に関し、原告分本件引継整理票及び丁分本件引継整理票が保管されている旨のデータを入力した。
ｈ 丁は、平成１８年４月１日付けで、原告に対して本件土地短期譲渡所得持分及び本件建物短期譲渡所得持分を譲渡し、平成１９年３月頃、その譲渡に係る譲渡所得について、租税特別措置法３５条（居住用不動産の譲渡所得の特別控除）の適用を受けようとする旨の記載をした所得税確定申告書を所轄鎌倉税務署長に提出した。
ｉ 安芸税務署個人課税部門は、平成２０年１２月頃、登記情報から本件土地が譲渡されたことを把握し、安芸税務署担当者が、国税総合管理システムから本件土地に係る譲渡所得資料カードを出力し、当該譲渡所得資料カードを確認したところ、本件土地に関して原告分本件引継整理票が同部門において保管管理されていることが判明し、同部門内にあった取得価額引継整理票を確認したところ、原告分本件引継整理票がつづられていた。
ｊ 安芸税務署担当者は、平成２３年１１月、本件確定申告書の調査を行った際、原告分本件引継整理票の３枚目が写しであったことから、その調査の一環として、その当時、鎌倉税務署に保管されていた丁分本件引継整理票の３枚目（本件引継整理票原本の３枚目）の送付を受け、以降、丁分本件引継整理票の３枚目を安芸税務署において保管管理していた。
（ウ）本件引継整理票原本は、公務員である本件引継整理票原本作成者である戊がその権限に基づき職務上作成した文書であり、その記載内容から、昭和５１年２月２１日時点で、昭和４８年分確定申告において本件買換特例の適用を受けたことを証明するものである。
ウ 昭和４８年分確定申告後に、本件買換特例を適用しない旨の義務的修正申告等又は更正処分がなされなかったこと
（ア）買換資産を取得した上で確定申告書において本件買換特例の適用を受けようとする旨を記載して申告をしたものの、結局、当該買換資産をその取得の日から１年以内に個人の事業の用に供しないか、又は供しなくなった場合には、これらの事情が生じた日から４月以内（買換資産の取得をした日から最長１年４月以内）に旧措置法３７条の２第１項の規定による修正申告（以下「義務的修正申告」という。）をしなければならず、義務的修正申告がなされなければ、税務署長は、その調査に基づきその申告書に係る課税標準等又は税額等を更正することとなるところ、その更正に係る国税の法定申告期限から３年を経過した日以後において更正をすることはできなかった。
また、義務的修正申告ではない一般の修正申告（以下「修正申告」といい、義務的修正申告と併せて「義務的修正申告等」という。）についても、国税の徴収権の消滅時効が絶対的効力を持つとされていることなどから、法定納期限から５年を経過すると、修正申告を含む納税申告をすることができなくなる。
以上からすれば、特定の事業用資産の買換えの場合の義務的修正申告等の手続については、義務的修正申告は最長で１年４か月、修正申告は法定納期限から５年、更正処分は法定申告期限から３年が経過することによって、これらを行うことができなくなるところ、昭和４８年分確定申告に関し、義務的修正申告については乙が本件土地を取得した昭和４９年２月２５日から１年４月を経過した日である昭和５０年６月２６日以降、修正申告については法定納期限である昭和４９年３月１５日から５年を経過した日である昭和５４年３月１６日以降、更正処分については法定申告期限から３年を経過した日である昭和５２年３月１６日以降はすることができなくなり、昭和５４年３月１６日以降にはいずれの方法によっても本件買換特例の適用を否認することはできない。
（イ）税務署においては、本件買換特例の適用を受けようとする旨が記載された所得税確定申告書が提出された場合、その申告書について申告審理を行い、必要に応じて実地調査や確認調査を行った結果、本件買換特例の適用を認めたものについて、取得価額引継整理票を作成することとなり、他方で、税務署において、本件買換特例の適用を認めない場合には、取得価額引継整理票を作成することはなく、このような場合、まず、当該納税者に対し、本件買換特例の適用を受けない税額等による修正申告を促し、当該納税者がこれに応じなかったときは、税務署が本件買換特例の適用を否認する更正処分を行うこととなる。
昭和５１年２月２１日当時、所轄横浜南税務署において、昭和４８年分確定申告に本件買換特例の適用を認めていたことからすれば、少なくとも乙が昭和４８年分確定申告をした昭和４９年３月頃から、本件引継整理票原本作成者である戊が昭和５１年２月２１日に本件引継整理票原本を作成するまでの間には、乙による義務的修正申告等も、横浜南税務署長による更正処分もなされていなかったことは明らかである。
（ウ）仮に、本件買換特例の適用を受けた後に、納税者が義務的修正申告等を行い、又は所轄税務署長が更正処分を行い、本件買換特例の適用が否認されれば、取得価額引継整理票は、譲渡所得実地調査書等に添付されて譲渡所得実地調査書つづりにつづられることになるところ、乙が修正申告をすることができた昭和５４年３月１５日まで、鎌倉税務署内の取得価額引継整理票つづりにつづられて保管管理されていたことは明らかであり、本件引継整理票原本の存在自体から、昭和５１年２月２１日から昭和５４年３月１５日までの間にも、本件買換特例の適用を否認する義務的修正申告等又は更正処分がなされていないことは明らかである。
エ 以上によれば、本件買換特例の適用を受けた乙の昭和４８年分確定申告に関して義務的修正申告等又は更正処分がなされたとは認められず、昭和４８年分確定申告による租税債務は確定しており、原告は、旧措置法３７条の３第１項に規定する同法３７条１項の規定の適用を受けた者に該当することから、同法３７条の３第１項の規定により本件土地の取得価額を計算することとなる。
（原告の主張の要旨）
ア 乙が昭和４８年分確定申告書において本件買換特例を受けようとする記載をしていたとは考えられないこと
（ア）本件４８年譲渡土地売買契約に伴う所有権移転登記手続がされたのは昭和５１年であり、所有権を有さず、所有権移転登記もなく、使用状況は同じで、売買の事実が外部からわからない状態の昭和４８年に、不動産売却の確定申告をするかについては疑問がある。
（イ）乙が本件買換特例を受けるためには、本件４８年譲渡土地を譲渡した日の属する年分の確定申告書に、本件買換特例の適用を受けようとする旨等の記載や資料の添付が必要であるところ、原告は、確定申告書の控えを有しておらず、買換特例の話を聞いたこともない。
（ウ）以下のとおり、取引の内容や本件土地の現況等からみて、本件４８年譲渡土地の譲渡については本件買換特例の適用が受けられない状況にあった。
ａ 本件４８年譲渡土地について
乙は、昭和４８年６月３０日、Ｃに対し、本件４８年譲渡土地を売却する旨の契約（本件４８年譲渡土地売買契約）を締結しているところ、本件４８年譲渡土地はＣのＩ工場敷地であり、乙が賃貸していたものをＣに売却したものである。
本件４８年譲渡土地売買契約における売買代金は２６００万円、契約締結と同時に８８３万１２００円を支払い、さらに３１６万８８００円を支払った時に所有権移転登記手続をするとされ、残金１４００万円は昭和４８年６月から昭和５８年２月まで１０年間の分割払いで金利も８．７パーセントと約定されており、Ｃは乙が社長を務める会社であること、所有権移転登記手続は昭和５１年３月●日にされること、１４００万円について貸付金の性質を窺わせることなどの点は通常の不動産売買と異なるものである。
ｂ 本件土地について
乙は、昭和４８年４月６日、造成中であり、旧公道路敷の付け替えが完了していない本件土地を買い受ける契約（Ａ宅地売買契約）を締結しているところ、かかる契約において、所有権移転登記手続は売買代金２８５３万１２００円の完済の時とされ、昭和４８年６月●日と昭和４９年２月●日の２回に分けて登記手続をされている。
また、本件土地は、庭園邸宅地として売却されており、建築協定において、建築の用途は一戸建て専用住宅とすることと決められており、長屋建住宅や共同住宅を建築することはできないとされており、原告は、自宅しか建築できない土地であることから、昭和５３年３月１８日に必要な手続を経て本件建物の建築工事請負契約を締結している。
ｃ 本件買換特例の要件に該当しないこと
事業の用に供する資産とは、営利を目的とし、自らの危険と計算で継続的に行う事業のために使用する資産をいい、原則として譲渡当時に現実かつ継続的に事業の用に供されている資産をいうところ、本件土地の利用管理については、第一種低層住居専用地域の用途であり、貸し駐車場などの収益事業の用に供されたことはないことからすれば事業の用に供することはできないし、本件建物の着工は昭和５３年であり、取得の日から１年以内に、個人の事業の用に供したとき、又は供する見込みがあるとはいえない。
また、本件４８年譲渡土地売買契約の締結は昭和４８年であるものの、所有権移転登記手続がなされたのは、昭和５１年であり、仮に所有権移転登記時を基準として申告していれば本件買換特例の時期にあたらない。
さらに、Ａ宅地売買契約は昭和４８年であるが、所有権移転登記手続がされたのは昭和４８年及び４９年の２回であり、本件４８年譲渡土地が昭和４８年に譲渡されたとするしても、期間制限に適合しない部分がある。
ｄ 以上のとおり、本件４８年譲渡土地の売却と本件土地の購入は、本件買換資産の特例が適用される事案ではない。
イ 本件引継整理票原本の存在をもって、税務署が本件買換特例を適用したとはいえないこと（ア）本件引継整理票原本は、以下のとおり、不自然な記載が散見され、信用性が低い。
ａ 「特例適用条文」の記載について
本件引継整理票原本には、措置法を丸で囲み、条文として３７と記載されているだけであり、旧措置法３７条１項各号の場所や用途などの区別が不明であることからすれば、本件引継整理票原本は作成途中の書面にすぎない可能性がある。
ｂ 「Ｇ（株）」の記載について
本件引継整理票原本には、「低額譲受者」として「Ｇ（株）」と記載されており、譲受人であるＣの記載を誤っており、単純な誤りの確認がなされる状況にすらなかったものであり、記載内容は信用できない。
ｃ ×印の記載について
本件引継整理票原本には、１年８月の実務経験しか有しない戊の捺印があるのみであり、戊だけでなく上席が確認した形跡はないし、原告分本件引継整理票の３枚目に赤色のラインマーカーで大きく×印がつけられていることからすれば、税務署内部で確認手続を受け決裁を経て内部書類として完成したものではないことが窺われ、統括官に全部又は一部を否決され、統括官に提出されず反故にされた紙である可能性がある。
ｄ 「引き継いだ取得価額」の記載について
本件引継整理票原本に従って本件土地１ないし本件土地４の引き継いだ取得価額を合計すると、４筆で５４８万９１９７円であり、被告主張額と近似するも同一ではなく、被告の計算額は本件引継整理票原本に基づいて算定されたものではない。
ｅ 「低額譲受者」の記載について
本件引継整理票原本には、「低額譲受者」という記載があるところ、本件４８年譲渡土地の売買は、契約締結時に８８３万１２００円、さらに３１６万８８００円を支払った時に所有権移転登記手続をするとされ、残金１４００万円は昭和４８年６月から昭和５８年２月までの分割払いとして金利８．７パーセントと約定しているという変形の売買契約であることからすれば、かかる契約を不動産売買と金銭消費貸借とに分けて、個人から法人への土地の低額譲渡であるとして本件引継整理票原本を作成したものであり、本件土地について本件買換特例の適用を受けていなかった可能性がある。
（イ）上記の点に加え、以下の諸点からすると、本件引継整理票原本は、乙の本件買換特例を受けようとする確定申告書を受けて作成され、内部書類として完成したものとは考えられない。
ａ 丁持分の譲渡の際の取扱いについて
本件引継整理票原本には、共有者については写しを作成している旨の記載があり、共有者と考えられる丁は、本件土地の持分を譲渡した際の譲渡所得について、譲渡内容の内訳書を鎌倉税務署に提出しているところ、かかる内訳書によれば、本件土地の持分に係る取得費において本件買換特例を適用しないで計算しており、鎌倉税務署から更正処分等もされていないことからすれば、本件土地について本件買換特例の適用を受けていなかったことが窺われる。
ｂ 本件土地の調査について
本件引継整理票原本は、昭和５１年２月２１日に作成されたものであるところ、本件４８年譲渡土地の所有権移転登記手続がなされた昭和５１年３月●日まで登記上所有者は変更されていないのであるから、所有権移転登記前に譲渡を認定したのか不明である上、Ａ宅地売買契約の売買契約書からは居住用宅地であることは明らかであり、本件建物の建築が着工された昭和５３年３月１８日まで本件土地は更地であったのであることからすれば、本件土地が事業の用に供していないことは明白であったにもかかわらず、書面による確認調査しかすることなく作成されることは現実的ではなく、本件土地について確認調査が無事完了した上で本件買換特例が適用されたとは考えがたい。
ｃ 本件引継整理票には作成者欄に新人職員の印が一つあるのみで、上席が確認した形跡はない。とすれば、当時、内部書類として決裁を経て完成したものではなかった可能性がある。
ｄ 旧事務提要においては、取得価額引継整理票のうち、その作成後１０年を経過したものは、除却した上廃棄するものとしているところ、本件引継整理票原本は、昭和４８年という約４０年前のものであり、旧事務提要の取り扱いに反した結果、たまたま残っていたものである。
ｅ 旧事務提要の取り扱いでは、取得価額引継整理票が作成された後、かかる作成の基礎となった裏付け資料が保管されないため、後日、担当者以外の者が基礎資料にあたってその正誤を確認することはできないところ、現行事務提要の取り扱いでは、取得価額引継整理票に譲渡所得の内訳書と登記簿事項証明書の写しを添付して保管することとされていることからすれば、譲渡所得の内訳書等で正誤を確認のできない本件引継整理票原本は信用できない。
ウ 本件引継整理票原本の保管管理には以下のような問題があり、仮に乙が本件買換特例の適用を受ける旨の申告をしていたとすれば、むしろ、その後に修正申告等を行ったと解すべきであること
（ア）本件引継整理票原本は、写しを作成し、原告分本件引継整理票と丁分本件引継整理票に分けて保管されているところ、原告分本件引継整理票及び丁分本件引継整理票は写しと原本が混ざったものであり、かかる保管方法は一般的なものではないし、共有者のそれぞれについて同じものを保管するという管理となっているのであれば、丁分本件引継整理票を安芸税務署に移す必要がないことからすれば、本件引継整理票原本について杜撰な管理がされていた可能性がある。
（イ）取得価額引継整理票は、取得価額引継整理票つづりにつづられて保管管理され、修正申告などがあったときに、その取得価額引継整理票つづりから外し、譲渡所得実地調査書つづりにつづられるとすると、丁は、本件土地の持分について、平成１８年に譲渡していることからすれば、かかる時点で丁分本件引継整理票は譲渡所得実地調査書につづられることになるにもかかわらず、丁分本件引継整理票に譲渡済み等の記載がされておらず、原告分本件引継整理票についても既に義務的修正申告等がなされて用済みのものが取得価額引継整理票つづりから外されずにそのままつづり間違えられた可能性がある。
エ 小括
以上のとおり、乙は本件買換特例の適用を受けようとする申告をしたとは認められないことから本件買換特例の適用を受けておらず、仮にその適用を受けていたとしても、実体的にはその適用を受けることができないにもかかわらず適正な確認審査をすることなく適用を認めており、それに基づいて課税することは不当であるから、本件更正処分等は違法である。（被告の再反論）
ア 乙が昭和４８年分確定申告書で本件買換特例を受けようとする記載をしていたとは考えられないという主張について
（ア）原告は、①本件４８年譲渡土地売買契約の締結は昭和４８年中に行われているが、同土地の所有権移転登記手続がされたのは昭和５１年になってからであるから、売買の事実が外部からわからない状態の昭和４８年分として同土地の売却に係る譲渡所得に関する確定申告をするかについては現実的に疑問であり、②仮に所有権移転登記時を基準とし、昭和５１年分として確定申告したとするならば、本件買換特例が適用される時期には該当せず、③本件土地に係る売買契約の締結は昭和４８年中にされているものの、所有権移転登記手続がされたのは昭和４８年と昭和４９年の２回であるから、本件買換特例が適用される期間制限に適合しない部分があるとも主張する。
しかしながら、所得税は申告納税方式を採用しており、納税者の選択により譲渡所得の基因となった資産の譲渡に関する契約の効力発生の日によることもでき、乙が本件４８年譲渡土地の売買契約を締結した昭和４８年分の所得として申告したとしても不自然ではないし、昭和５１年分として申告されたとすると、乙は昭和５２年２月１６日から同年３月１５日の間に申告したことになるところ、本件引継整理票原本が昭和５１年２月２１日に作成されていることからすれば、申告もされていない段階において本件引継整理票原本の各項目の具体的事項を記載することなど不可能であるといえ、本件４８年譲渡土地に係る所得が昭和５１年分として申告されたことを前提とする主張に理由はない。
（イ）本件土地の現況等からみて、本件買換特例の適用が受けられない状況等にあったという主張について
原告は、本件土地は、その取得の日から１年以内に、個人の事業の用に供したとき、又は供する見込みがあるとはいえないとも主張する。
しかしながら、買換資産を事業の用に供することとは、事業と称するに至らない不動産の貸付けその他これに類する行為で、相当の対価を得て継続的に行うものもこれに含まれ、本件土地が更地であっても、一戸建て専用住宅が建築されていたとしても、本件土地を第三者に相当の対価を得て継続的に賃貸した場合には事業の用に供したと認められるものであるところ、本件土地について、Ａ地区建築協定書には、長屋建住宅や共同住宅を建築することはできないとする建物に関する規制はあるものの、第三者に賃貸してはならないとするなどの使用に関する規制はないことから、更地の状態で第三者に賃貸して事業の用に供することは可能であったことからすれば、乙がかかる賃貸借契約を証する証書を作成し、提示するなどすれば、本件土地が事業の用に供されたと判断しても何ら不自然なものではなく、職員の書類審査をもって確認調査は完了することになるし、仮に１年以内に個人の事業の用に実際に供されていなかったとしても、本件買換特例の適用を受けた者に該当する。
イ 本件引継整理票原本に不自然な記載が散見されるという主張について
（ア）「特例適用条文」の記載について
原告は、取得価額引継整理票に根拠条項を記載することは不可欠であり、本件引継整理票原本においては、措置法を丸で囲み、条文として「３７」と記載されているにすぎず、不十分であると主張する。
しかしながら、本件買換特例の適用を受ける場合には、確定申告書の記載において「措法３７条」というように該当条項を記載すれば足り、旧措置法３７条１項においては、どの号に該当したとしても、また他の項に該当したとしても、引き継ぐべき取得価額の計算は同じであり、項及び号まで記載する必要がないことからすれば、買換資産に引き継がれる取得価額の引継事績を明らかにするためには、本件引継整理票原本に記載のとおり、条文のみ記載すれば十分である。
（イ）「Ｇ（株）」の記載について
原告は、本件引継整理票原本の「低額譲受者」欄に記載されている「Ｇ（株）」がＣの誤りであるから、本件引継整理票原本の信用性に問題がある旨主張するが、「機材」を「機械」と書き誤っただけであり、その他の記載事項が不動産売買契約や登記簿謄本に記載されている事項と一致することからすれば、単純な誤記だけをもって、本件引継整理票原本の信用性に影響を及ぼすものではない。
（ウ）×印の記載について
原告は、本件引継整理票原本には作成者欄に新人職員の印が一つあるのみで、上席が確認したという形跡がないことから、税務署内部で確認手続を経て内部書類として完成したものではなかった可能性もある旨主張するが、昭和５１年当時においても、現行事務提要と同様に、取得価額引継整理票を作成した際は、譲渡所得申告審理事績書等に添付して、事案の処理に併せて決裁を受けることとされていたことからすれば、本件引継整理票原本は、これを作成した際に、確認調査書に添付した上で、併せて決裁を受けて適正に作成されたものであることに何ら疑いの余地はない。
また、原告は本件引継整理票原本に×印が記載されていることをもって、不要、無価値、無意味な書類であり、課税の根拠にはできないと主張するが、原告分本件引継整理票の３枚目は本件引継整理票原本の写しであり、当該写しは平成１２年の管理方法の変更時に行った所有者及び住所地等の確認の際に、鎌倉税務署において作成されたものであるから、原告分本件引継整理票に×印が付されたのは平成１２年以降であるといえ、本件引継整理票原本の決裁過程において統括官が×印を記載したものではないことは明らかであり、本件買換特例が適用されたことに関する証明力を減殺するものではない。
（エ）「引き継いだ取得価額」の記載について
原告は、本件引継整理票原本において筆ごとに計算された「引き継いだ取得価額」欄の合計額が被告主張額と同一ではないと主張するが、取得価額引継整理票においては物件ごとに記載する必要があるため、その面積按分による計算過程において生じた１円未満の端数を切り捨てて算出しており、他方で本件更正処分においては面積按分を行う必要がないため、１円未満の端数処理をしていないところ、かかる１円未満の端数処理により、本件引継整理票原本の金額の合計額と本件における被告の主張と間に開差が３円生じていることからすれば、かかる開差は合理的に説明ができるものである。
（オ）「低額譲受者」の記載について
原告は、本件引継整理票原本の「低額譲受者」欄に法人名が記載されていることからすれば、個人から法人への土地の低額譲渡に該当するとして申告しており、本件買換特例の適用を受けていない旨主張するが、本件４８年譲渡土地の譲渡が低額譲渡に該当する場合には、資産を譲渡した個人に対して時価に相当する金額により譲渡所得が課されることとなるところ、本件引継整理票原本における譲渡資産の譲渡価額の欄には、時価に相当する金額ではなく、売買契約の金額２６００万円が記載されていることからすれば、低額譲渡に該当するとして申告したとは認められず、本件引継整理票原本の「低額譲受者」欄に便宜上譲受人の法人名を記載したにすぎない。
また、原告は、本件買換特例に専用の用紙を用いず、低額譲渡のものを使用する理由が不明であると主張するが、当時の所得税法及び旧措置法における課税の繰延べの特例が適用される場合に作成することとされていた取得価額引継整理票については、本件引継整理票原本の様式が兼用されることとされており、その特例ごとの異なる様式は存在していなかったのであるし、１種類の様式をもって所得税法や旧措置法等に定める様々な特例に対応することができたため、その文言を訂正する理由も必要性もなかったものであり、原告の主張には理由がない。
ウ 丁に対しては、本件買換特例の適用がない前提で課税されているという主張について原告は、丁が平成１８年分の譲渡所得について、旧措置法３７条の３第１項を適用しないで計算した譲渡所得の内訳書等を鎌倉税務署に提出しており、鎌倉税務署は丁に対して更正処分等をしていないと主張する。
しかしながら、丁は、原告に対して譲渡した本件土地持分の１０分の１（本件土地短期譲渡所得持分）及び本件建物持分の３分の２（本件建物短期譲渡所得持分）に係る譲渡所得について、租税特別措置法３５条（居住用財産の譲渡所得の特別控除）の適用を受けており、譲渡所得金額は、譲渡価額（３０００万円）から必要経費（９５３万３７５６円）を控除し、その残額（２０４６万６２４４円）から同条の規定による３０００万円を限度とした特別控除額を控除して算出した結果、譲渡所得金額は０円となったと認められているところ、丁の譲渡所得の金額は本件と同様に買換資産であるとして取得価額を引き継いだとしても変わることがなく、更正処分をする理由とならないのであり、本件土地が本件買換特例の適用を受けた買換資産に該当しないとする根拠となるものではない。
エ 本件引継整理票原本の保管管理に問題があるという主張について
（ア）原告は、取得価額引継整理票が、旧事務提要に従って作成される書類であれば、保存期間についても従うことは当然であり、本件引継整理票原本は旧事務提要の取り扱いに反したものである旨主張するが、取得価額引継整理票は、本件買換特例の適用を受け、譲渡資産の取得価額を引き継いだ買換資産について、その取得価額の引継事績を明らかにし、じ後における譲渡所得等の計算の資料とするために使用するものであるから、その趣旨目的からして当然に、取得価額を引き継いだ買換資産が譲渡され、繰り延べられた譲渡益部分についての課税が実現されるまでの間は保管管理されるべきものであるし、本件引継整理票原本が作成された当時も、取得価額引継整理票は、高松国税局管内及び東京国税局管内において永年保存とされていたものであるから、原告の主張に理由はない。
（イ）原告は、旧事務提要の取り扱いでは、じ後において、本件引継整理票原本の記載内容の正誤を確認することができないから、本件引継整理票原本の信用性は低いと主張するが、本件引継整理票原本の記載内容については、本件土地及び本件４８年譲渡土地に係る不動産売買契約書及び登記簿謄本の基礎資料によって、その記載内容が事実であることが確認できるのであり、一部に軽微な誤記はあるものの、本件引継整理票原本の記載内容と基礎資料の事実関係が一致することからすれば、本件引継整理票原本は事実に基づき適正に作成されたものであることが明らかである。
（ウ）原告は、原告分本件引継整理票と丁分本件引継整理票に原本と写しが混在していることについて、一方に原本、他方に写しというように原本と写しが混ざった保管方法は一般的ではないと主張するが、原告分本件引継整理票と丁分本件引継整理票作成の経緯は前記（被告の主張の要旨）イ（イ）ｅのとおりであり、このことをもって本件買換特例の適用の有無についての証明力を減殺するものではない。
また、原告は、丁分本件引継整理票について、共有者のそれぞれについて同じものを保管することとしていたにもかかわらず、安芸税務署に移されたことからすれば、杜撰な管理が行われている可能性がある旨主張するが、丁分本件引継整理票が鎌倉税務署から安芸税務署に送付されたのは、平成２３年であるし、安芸税務署が原告の平成２０年分の所得税の調査を行うに当たり、原告分本件引継整理票の３枚目の原本を確認するために送付を受けたものであるから、合理的な理由があって安芸税務署において保管されることとなったものである。
（エ）原告は、用済みである丁分本件引継整理票との外観上の違いがないことを根拠に、原告分本件引継整理票についても用済みのものである可能性がある旨主張するが、前記（被告の主張の要旨）ウのとおり、義務的修正申告等又は更正処分により本件買換特例の適用を否認したとは認められないし、本件引継整理票原本作成者が作成したものの決裁を受けられなかったものが取得価額引継整理票つづりに紛れ込んでつづられてしまったなどという事務手続上のミスによって、本件買換特例の適用を受けていないのに本件引継整理票原本が保管されてしまったという可能性については、単なる憶測の域を超えるものではない。
オ 以上からすれば、原告の主張はいずれも理由がなく、本件引継整理票原本は、その記載内容から、昭和５１年２月２１日時点で、本件買換特例の適用を受けたことを証明するものである。
（２）争点２（本件未経過固定資産税等相当額を譲渡所得に係る総収入金額に算入することの適否）について
（被告の主張の要旨）
ア 固定資産税は、固定資産の所有の事実に担税力を認めて課税される一種の財産税であり、都市計画税は、都市計画事業等によって土地又は家屋の所有者がそれらの利用価値の増大、価格の上昇等の利益を受けることに着目して課される税であって、いずれもその賦課期日における土地又は家屋の所有者を納税義務者として賦課されるものであるから、当該年度の賦課期日後に所有者の異動が生じたとしても、新たに所有者となった者が当該賦課期日を基準として課される固定資産税等の納税義務を負担することはない。
すなわち、固定資産税等は、賦課期日後に所有者の異動が生じた場合であっても、課税関係に変動が生じることを予定していないのであって、賦課期日後に資産の所有者となった者が、当該資産のその年の固定資産税等の納税義務を負うことはないから、不動産売買契約等において、固定資産税等の未経過部分について取引慣行又は契約上の履行として、当該売買契約当事者間で金員の授受をしたとしても、それはあくまでも固定資産税等の納税義務者として支払ったものではなく、当該売買契約当事者間の合意によって生じた債権債務関係に基づいて行われたものであり、当該授受は、実質的には売買契約の履行にすぎず、また、その授受が行われなければ、当該契約の解除原因ともなり得るものであることからすれば、譲渡人が受け取ることとなった固定資産税等相当額は、当該固定資産税等相当額を受け取るべき基因となった資産を譲渡する際にして受け取った金員であって、実質的には当該資産の代価を構成すべきものである。
これを本件についてみると、原告は、本件土地及び本件建物の譲渡に当たり、買主であるＦから本件未経過固定資産税等相当額を受領しているところ、当該金員は、本件売買契約に係る一つの条件として、本件土地及び本件建物の売買代金の一部として受領したものであるから、本件未経過固定資産税等相当額は、資産の譲渡に基因し、実質的には当該資産の代価を構成する給付と認められるのであり、原告の譲渡所得の金額の計算上、総収入金額に算入すべきものである。
イ 原告の主張に対する反論
（ア）固定資産税等は、その賦課期日である毎年１月１日現在における固定資産の所有者として登録されている者に対してその全部が課税される税であり、その年の途中でほかの者に譲渡したからといって、譲渡者の固定資産税等の納付額に何らの影響も及ぼすものではない。
（イ）未経過固定資産税相当額を支払うことを合意した場合、かかる合意は、固定資産の売買契約における新たな債権債務を発生させる売買条件の一つにほかならず、資産の譲渡に基因した給付そのものであり、その合意に基づいて授受された未経過固定資産税等相当額は、単なる預り金ではなく、実質的には、当該固定資産の売買代金の一部である。
ウ 以上のとおり、原告の譲渡所得の金額の計算上、本件未経過固定資産税等相当額を総収入金額に算入し、本件土地を買換資産に該当するものとして、旧措置法３７条の３第１項の規定に基づき、その取得価額を算定して行った本件更正処分等は適法である。
（原告の主張の要旨）
ア 取引通念上、未経過固定資産税という概念が一般的に用いられ、固定資産税が時間の経過に伴って発生すると取り扱われていることからすれば、未経過固定資産税は今後その固定資産を所有することになる新所有者が負担するのが公平にかなうところ、賦課決定日の所有者が納税義務を負担するという制度になっているため、やむなく未経過固定資産税相当額を旧所有者に交付し預けて、旧所有者がその年間は支払を代行しているものである。
また、不動産売買における売買金額は、売買当事者が合意したその不動産の客観的交換価値であるのに対し、固定資産税は契約金額にかかわらず課されるものであり、売買代金や資産の譲渡との因果関係がないことは明らかである。
イ したがって、本件未経過固定資産税等相当額の性質は預り金であり、資産の譲渡に基因しそれと因果関係のある給付とはいえないから、資産価値に包含される金額ではなく、譲渡価額に加算すべきものではない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（乙が本件買換特例の適用を受けた者かどうか）について
（１）認定事実
前記前提事実、争いのない事実、文中記載の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 取得価額引継整理票の作成と保管一般について
（ア）取得価額引継整理票は、租税特別措置法又は所得税法に規定する課税の繰延べの特例の規定を受け譲渡資産の取得価額を引き継いだ事案について、その取得価額の引継事績を明らかにし、じ後における譲渡所得等の金額の計算の資料とするために作成するものであり、その作成、管理方法、様式、記載要領等は、税務署の資産課税部門において処理する事務についての具体的な事務処理手順を定めた資産税事務提要に規定されている（乙１２）。
（イ）取得価額引継整理票作成者は、税務署に課税の繰延べの特例を適用した確定申告があった場合に、申告審理を経て実地調査や確認調査をしないとした事案及び実地調査や確認調査を行った後に課税の繰延べの特例の適用を認めた事案において、取得価額引継整理票を作成する（乙１２）。
取得価額引継整理票作成者は、本件買換特例の適用に係る確認調査において、売買契約書、登記事項証明書等により取得の有無及び取得価額を確認し、賃貸借契約書、不動産所得の確定申告書等により事業の用に供したかなどを確認する（乙１２、２３）。
（ウ）取得価額引継整理票作成者は、確認調査を経て取得価額引継整理票を作成した場合、確認調査事績書に取得価額引継整理票を添付して決裁を受ける（乙１２、１９、２３）。
（エ）取得価額引継整理票は、課税の繰延べの特例の適用を受けた資産を譲渡するまで取得価額引継整理票つづりにつづって保管する（乙１６、２３）。
当該資産が譲渡されて納税された場合、課税の繰延べの特例に該当しない事実が判明して修正申告書が提出された場合、作成した取得価額引継整理票について統括官の決裁を受けることができない場合等により取得価額引継整理票の保管が不要になると、取得価額引継整理票は取得価額引継整理票つづりから抜き出して、譲渡所得実地調査書つづりにつづられる。（乙２３）
取得価額引継整理票は、旧事務提要においては、取得価額引継整理票のみを買換資産の物件所在地の所轄署において管理していたが、平成１２年頃から、本件買換特例適用者の住所地又は事業所の所在地の所轄署において、市区町村別５０音順に名寄せし、内訳書及び登記事項証明書の写しを添付の上、取得価額引継整理票つづりに編てつして管理するよう変更された（乙１２）。
イ 本件引継整理票原本の作成と保管について
（ア）横浜南税務署の職員であった戊は、昭和５１年２月２１日、本件引継整理票原本（乙２、２１）を作成した。本件引継整理票原本は、旧事務提要において取得価額引継整理票を管理することとなっていた買換資産の所在地を所轄する鎌倉税務署に送付され、これ以降同署内で取得価額引継整理票つづりにつづられて保管されていた（乙１２）。
（イ）平成１２年頃、取得価額引継整理票の保管が買換資産の所在地を所轄する税務署から現行事務提要に定められている本件買換特例適用者の住所地又は事業所の所在地の所轄署で管理するように変更されたことに伴って、鎌倉税務署は、取得価額引継整理票に記載された買換資産の所有者の住所地を住民票等で確認するなどの事務手続を行い、平成１２年１０月２６日に原告の住所地を確認し、平成１３年２月１４日に丁の住所地を確認した上で、本件引継整理票原本については、その写しを作成し、原告分本件引継整理票と丁分本件引継整理票に分けた上で、原告分本件引継整理票は平成１４年に原告の納税地を所轄する安芸税務署に引き継がれ、安芸税務署個人課税部門内の取得価額引継整理票つづりにつづられて保管管理されており、丁分本件引継整理票は、引き続き鎌倉税務署に保管されていた（乙２、１２、２１ないし２４）。
（ウ）安芸税務署個人課税部門は、平成２０年１２月頃、登記情報から本件土地が譲渡されたことを把握し、当時の安芸税務署担当者が、国税総合管理システムから本件土地に係る譲渡所得資料カードを出力し、当該譲渡所得資料カードを確認したところ、本件土地に関して原告分本件引継整理票が同部門において保管管理されていることが判明し、同部門内にあった取得価額引継整理票を確認したところ、原告分本件引継整理票がつづられていた（乙２４）。
（エ）安芸税務署担当者は、平成２３年１１月、本件確定申告書の調査を行った際、原告分本件引継整理票の３枚目が写しであったことから、その調査の一環として、その当時、鎌倉税務署に保管されていた丁分本件引継整理票の３枚目の送付を受け、以降、丁分本件引継整理票の３枚目を安芸税務署において保管していた（乙２６）。
ウ 本件引継整理票原本の記載内容
本件引継整理票原本は、次のとおりの記載内容を含むものである（乙２、２１）。
（ア）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「非事業用」、「事業用」及び「併用」の記載には、いずれも「事業用」の記載を丸で囲んでいる。
（イ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「譲渡者（特例適用者）」欄には、いずれも乙の氏名、住所及び職業が記載されている。
（ウ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「低額譲受者」欄には、いずれも「Ｇ（株）」の会社名及び住所が記載されている。
（エ）本件引継整理票原本の１枚目の「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」の「所在地番」欄には「逗子市●●」、その横に赤字で「⇒●●」、同「種類」欄には「宅地」、同「数量欄」には「３７４．０４㎡」、同「買換資産等の実際の取得価額等」欄には「２８，５３１，２００×３７４．０４／４７５．５２＝２２，４４２，３９９円」、同「引き継いだ取得時期」欄には「４８年６月●日」、同「引き継いだ取得価額」欄には「４，３１７，７５７円」と記載されている。
（オ）本件引継整理票原本の２枚目の「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」の「所在地番」欄には「逗子市●●」、同「種類」欄には「宅地」、同「数量欄」には「８２．３１㎡」、同「買換資産等の実際の取得価額等」欄には「２８，５３１，２００×８２．３１／４７５．５２＝４，９３８，５９９円」、同「引き継いだ取得時期」欄には「４８年６月●日」、同「引き継いだ取得価額」欄には「９５０，１５１円」と記載されている。
（カ）本件引継整理票原本の３枚目の「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」の「所在地番」欄左部分には「逗子市●●」、右部分には「逗子市●●」、同「種類」欄左部分及び右部分には「宅地」、同「数量欄」左部分には「１５．８１㎡」、右部分には「３．３６㎡」、同「買換資産等の実際の取得価額等」欄左部分には「２８，５３１，２００×１５．８１／４７５．５２＝９４８，５９９円」、右部分には「２８，５３１，２００×３.３６／４７５．５２＝２０１，６０３円」、同「引き継いだ取得時期」欄左部分及び右部分には「４９年２月●日」、同「引き継いだ取得価額」欄左部分には「１８２，５０３円」、同「引き継いだ取得価額の計算根拠」欄右部分には計算結果として「３８，７８６」と記載されている。
（キ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」の「所在地番」欄左部分には「横浜市南区●●」、右部分には「同左●●」、同「種類」欄左部分及び右部分には「宅地」、同「数量」欄左部分には「１５５.３０㎡」、右部分には「１８６．０４㎡」、同「譲渡年月日」欄左部分及び右部分には「４８年６月●日」、同「譲渡価額」欄には「２６，０００，０００円」といずれも記載されている。
（ク）本件引継整理票原本の３枚目の「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」及び「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」欄の右部分には、ピンク色のラインマーカーにより×印が記載されている。
また、本件引継整理票原本の３枚目写しの「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」及び「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」欄の左部分には、ピンク色のラインマーカーにより×印が記載されている。
（ケ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「特例適用条文」欄の「所」、「法」及び「措」の記載の「措」をいずれも丸で囲み、「３７条」といずれも記載されている。
（コ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「申告等のあった税務署」欄には、いずれも「横浜南署」と記載されている。
（サ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「整理票作成年月日」欄には、いずれも「５１．２．２１」と記載されている。
（シ）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「作成の基となった簿書名」欄には、いずれも「４８年分」の「確認調査書」である旨記載されている。
（ス）本件引継整理票原本の１ないし３枚目の「作成者」欄には、いずれも「戊」の判子が押印されている。
（２）検討
ア 乙が昭和４８年分確定申告書において本件買換特例を受けようとする旨の記載をしたか否かについて
（ア）前提事実（１）ア及びイ並びに上記認定事実ウによれば、①乙が実際に譲渡した本件４８年譲渡土地と、本件引継整理票原本に「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」として記載された各土地とは、同一のものであり、かつ、本件４８年譲渡土地売買契約の契約日（昭和４８年６月３０日）と代金額（２６００万円）が、本件引継整理票原本上の記載と一致していること、②乙がＡ宅地売買契約により実際に取得した本件土地と、本件引継整理票原本に「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」として記載された各土地とは、同一のものであり、かつ、Ａ宅地売買契約における売買代金額（２８５３万１２００円）及び所有権移転登記手続の日（昭和４８年６月●日及び昭和４９年２月●日）が、本件引継整理票原本上の記載と一致していることが認められる。そして、上記認定事実イ（ア）によれば、本件引継整理票原本は、横浜南税務署において資産税事務を担当していた戊が、昭和５１年２月２１日付けで作成したことが認められる。
以上のとおり、税務署の職員が作成した本件引継整理票原本には、昭和４８年に契約がされた２つの不動産取引について、本件買換特例の適用に必要な具体的な事実関係がおおむね正確に記載されており、その事実関係は、納税者からの申告と資料の提供がなければ当該署員がおよそ知り得ない性質のものであることからすると、乙は、昭和４８年分確定申告において、本件４８年譲渡土地の譲渡所得を算定するに当たり、本件４８年譲渡土地を譲渡資産、本件土地を買換資産として本件買換特例の適用を受けようとする旨の記載をし、確定申告をしたことが推認される。
（イ）これに対し、原告は、上記推認を妨げる事情として、本件土地は、第一種低層住居専用地域にある上、庭園邸宅地として売却されており、建築協定で建築の用途は一戸建て専用住宅に限定され、共同住宅を建築することはできないとされていて、実際にも乙は昭和５３年に自宅を建築しており、それまでの間、貸し駐車場などの収益事業の用に供したこともないことからすると、本件土地については、「取得の日から１年以内に…個人の事業の用に供したとき（…）、又は供する見込みがある」土地に当たるとはいえず、本件買換特例が適用される事案ではない旨を主張する。
しかしながら、本件買換特例にいう「個人の事業」とは、事業と称するにいたらない不動産又は船舶の貸付けその他これに類する行為で相当の対価を得て継続的に行なうものを含むとされており（旧措置法３７条１項、租税特別措置法施行令２５条２項）、相当の所得を得る目的で継続的に対価を得て買換資産を賃貸する行為であれば、事業と称するに至らないものであってもこれに当たるものと解される。そして、証拠（甲１０ないし１３）及び弁論の全趣旨によれば、本件建物の建築を開始するまで更地であった本件土地について、本件土地が所在するＡ地区の建築協定書には、建築の用途として一戸建て専用住宅とし、長屋建住宅や共同住宅を建築できないとの規制はあるが、第三者に賃貸してはならない規制はないことからすると、本件土地については、これを第三者に賃貸し、あるいは、一戸建ての住宅を建築して当該住宅を第三者に賃貸する方法等により、相当の対価を得て継続的に不動産の貸付け等を行うことができる状況にあったことが認められる（甲１０、１１、１７）。また、前記（１）アの認定のとおり、取得価額引継整理票作成者は、本件買換特例の適用に係る確認調査において、売買契約書、登記事項証明書等により取得の有無及び取得価額を確認し、賃貸借契約書、不動産所得の確定申告書等により事業の用に供したかなどを確認することになっており、本件引継整理票原本には、作成の基礎となった名簿名が「確認調査書」である旨の記載があるところ、作成者である戊は、本件の確認調査について具体的な記憶はないものの、現地調査はしておらず、納税者か関与税理士に書類等の提出を求めて確認するにとどまっていたと考えられる旨の供述をしており（乙１２）、単なる書面上の審査にとどまっていたことがうかがわれる。以上の点を勘案すれば、原告の主張する上記の事情を勘案しても、本件は、本件買換特例が適用される事案ではないとまではいえないと解されるところである。
（ウ）また、原告は、本件４８年譲渡土地については、本件４８年譲渡土地売買契約に係る所有権移転登記手続が昭和５１年３月●日にされており、同日をもって譲渡の日とすれば、本件買換特例が適用される事案ではない旨主張する。
しかし、そもそも、本件買換特例は、昭和４５年１月１日から昭和６２年９月３１日までの間にされた資産の譲渡について適用されるものであるし（旧措置法３７条１項、昭和６２年法律第９６号附則４６条２項）、また、譲渡所得の総収入金額の収入すべき時期は、譲渡所得の基因となる資産の引渡しがあった日によるものとしつつ、納税者の選択により、当該資産の譲渡に関する契約の効力発生の日により総収入金額に算入して申告があったときは、課税実務上、これを認める扱い（所得税基本通達３６－１２）とされているところ（乙１７）、前記前提事実のとおり、本件４８年譲渡土地の譲渡に関する本件４８年譲渡土地売買契約の効力発生日は昭和４８年６月３０日であることからすれば、昭和５１年３月●日付けで本件４８年譲渡土地売買契約に伴う本件４８年譲渡土地の所有権移転登記手続がされているとしても、本件買換特例の適用を受けることは、課税実務上、可能であったと認められる。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（エ）さらに、原告は、Ａ宅地売買契約に伴う本件土地の所有権移転登記の最終的な時期は昭和４９年２月●日であり、同日をもって本件土地の取得があったとされれば、本件４８年譲渡土地の譲渡がされた昭和４８年中の取得ではないことになるから、本件買換特例の適用を受けることができる事案ではないと主張する。
しかし、譲渡所得算定における他から取得した資産に係る取得の日については、課税実務上、上記の所得税基本通達３６－１２に準じて判定した日とする扱い（所得税基本通達３３－９（１））とされているところ（弁論の全趣旨）、前記前提事実のとおり、本件土地の譲渡に関するＡ宅地売買契約の効力発生日は昭和４８年４月６日であることからすれば、同年６月●日付けでＡ宅地売買契約に伴う本件土地１及び本件土地２の所有権移転登記手続、昭和４９年２月●日付けで同契約に伴う本件土地３及び本件土地４の所有権移転登記手続がそれぞれされているとしても、本件買換特例の適用を受けることは、課税実務上、可能であったと認められる。したがって、原告の上記主張は採用できない。
イ 乙から本件買換特例を受けようとする確定申告書の提出を受けた税務署が、本件買換特例を適用したかについて
（ア）上記認定事実アによれば、一般に、①取得価額引継整理票は、租税特別措置法又は所得税法に規定する譲渡所得に関する課税の繰延べの特例の適用を受け、譲渡資産の取得価額の引継ぎが行われた買換資産等について、その取得価額の引継事績を明らかにし、じ後に買換資産等が譲渡された場合に、譲渡所得等の計算が適正に行われているかどうかについて確認することを目的として作成されるものであること、②取得価額引継整理票作成者は、事務手続上、税務署に課税の繰延べの特例を適用を受けようとする旨の確定申告があり、確認調査を行った後に課税の繰延べの特例の適用を認めた事案において取得価額引継整理票を作成し、確認調査事績書に取得価額引継整理票を添付して決裁を受け、その後、課税の繰延べの特例の適用を受けた資産を譲渡するまで取得価額引継整理票つづりにつづって保管するものとされていること、③取得価額引継整理票作成者は、本件買換特例の適用を受けようとする旨の申告があれば、確認調査を行って、売買契約書、登記事項証明書等により取得の有無及び取得価額を確認し、賃貸借契約書、不動産所得の確定申告書等により事業の用に供したかなどの特例の要件充足を確認するものであることが認められる。
そして、上記認定事実イ及びウ並びに証拠（乙１２、２３）によれば、横浜南税務署の職員であった戊は、上記②の職務上定められた手順どおり、本件買換特例の適用について一定の確認調査を行い、本件土地を事業の用に供したかなどを確認して、本件引継整理票原本を作成し、確認調査事績書に本件引継整理票原本を添付して統括官の決裁を受けたものと認められる。
そうすると、乙は、昭和４８年分確定申告において、本件４８年譲渡土地を譲渡資産、本件土地を買換資産とする本件買換特例の適用を受けた者に当たると認められる。
（イ）これに対し、原告は、本件引継整理票原本には、不自然な記載が散見され、確定申告書を受けて作成されたとは考えられない旨主張するので、その点について検討する。
ａ 「特例適用条文」の記載について
本件引継整理票原本において「措」を丸で囲み、条文として「３７条」と記載されていること（前記（１）ウ（ケ））については、本件引継整理票原本の作成の基因となった旧措置法の特例に関する条項を記載しており、旧措置法３７条の適用を認める趣旨の記載がされていることは明らかというべきである。そして、譲渡資産に係る本件４８年譲渡土地売買契約を昭和４８年６月３０日、買換資産に係るＡ宅地売買契約を同年４月６日にそれぞれ締結しており（前記前提事実（１）ア及びイ）、かかる契約の効力発生日をそれぞれ譲渡所得の総収入金額の収入すべき時期及び資産の取得日とする扱いとされていること（上記ア（ウ）及び（エ）参照）からすれば、乙は昭和４８年分確定申告の確定申告書において旧措置法３７条１項の適用を受けようとする旨の記載をしていたと認めることができる。
ｂ 「Ｇ（株）」の記載について
本件引継整理票原本において「Ｇ（株）」と記載されていること（上記認定事実ウ（ウ））については、「Ｃ（株）」の単純な誤記であることは明らかである。
ｃ ×印の記載について
原告分本件引継整理票の３枚目にピンク色のラインマーカーによる×印が記載されていることについては、上記認定事実イ（イ）及びウ（ク）のとおり、かかる×印が記載された原告分本件引継整理票の３枚目は本件引継整理票原本の写しであり、当該写しが作成されたのは、本件取得価額引継整理票原本が作成された後である平成１２年ないし１３年頃であることからすれば、かかる×印の記載をもって本件引継整理票原本について統括官の決裁を受けることができなかったと認めることはできない。
ｄ 「引き継いだ取得価額」の記載について
上記認定事実ウ（エ）、（オ）及び（カ）によれば、本件土地１ないし本件土地４に係る本件引継整理票原本の「引き継いだ取得価額」欄記載の各金額の合計額は、５４８万９１９７円であるところ、被告の主張する本件土地の取得価額は、５４８万９２００円とされており（別紙３）、両者の間には３円の開差が生じている。これについては、本件引継整理票原本における本件土地１ないし本件土地４の引き継いだ取得価額は、これらの土地の面積によって按分することで筆ごとに取得価額を計算し、１円未満の端数を切り捨てる計算方法によって算出されていることが認められるところ、本件更正処分においては、本件土地１ないし本件土地４を併せて引き継いだ取得価額を計算しているものであり（別紙３）、本件引継整理票原本における取得価額と本件更正処分における取得価額に上記開差は合理的に説明できる範囲内というべきである。
ｅ 「低額譲受者」の記載について
本件引継整理票原本に「低額譲受者」欄の記載があることについては、証拠（乙２３）によれば、昭和５１年当時、取得価額引継整理票は、当時の所得税法及び旧措置法における課税の繰延べの特例が適用される場合に兼用されている様式であったことが認められ、このことからすれば、「低額譲受者」の記載をもって、乙が本件買換特例の適用を受けていなかったと認めることはできない。
ｆ 以上によれば、原告の上記主張は、前記（ア）の判断を左右するものとはいえず、他に、本件引継整理票原本が本件買換特例を適用する内部的決裁を受けていないにもかかわらず取得価額引継整理票つづりに紛れ込んでつづられたものであることを窺わせる具体的な事情もうかがわれない。
（ウ）原告は、丁に対しては、本件買換特例の適用がない前提で課税されているのに、原告に対しては、その適用がある前提で課税されているのは不当であると主張する。
しかしながら、丁の有していた本件土地の持分（本件土地短期譲渡所得持分）の譲渡に係る譲渡所得において本件買換特例による取得価額の引継ぎを理由とする更正処分がされていないことについては、丁は、原告に対して譲渡した本件土地持分の１０分の１（本件土地短期譲渡所得持分）及び本件建物持分の３分の２（本件建物短期譲渡所得持分）に係る譲渡所得について、租税特別措置法３５条（居住用財産の譲渡所得の特別控除）の適用を受けているところ、譲渡所得金額は、譲渡価額である３０００万円から必要経費である９５３万３７５６円を控除し、その残額である２０４６万６２４４円から同条規定による３０００万円を限度とした特別控除額を控除して算出した結果、譲渡所得金額は０円となる（甲１４）ため、本件土地短期譲渡所得持分の譲渡について、買換資産であるとして取得価額を引き継いだものとして譲渡所得金額の計算を行ったとしても当該特別控除額の控除によりいずれにしても譲渡所得金額は０円となるため、本件土地短期譲渡所得持分の譲渡について更正処分をする必要はなく、本件土地が本件買換特例の適用を受けた買換資産に該当しないことを前提として丁に対して課税されたものではない。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
（エ）原告は、本件引継整理票原本が作成された昭和５１年２月２１日当時、本件買換特例の適用の要件の有無につき確認調査していたのであれば、本件買換特例の適用がないことが明白となっていたはずであり、本件引継整理票原本が決裁を経て完成したものではなかった可能性がある旨主張する。
しかしながら、前記ア（イ）及び（ウ）で判示したとおり、当時における確認調査は、単なる書面上の審査にとどまっていたというのであり、また、本件４８年譲渡土地の所有権移転登記手続の日が本件引継整理票原本の作成の日の後になっていたとしても実務的には本件買換特例の適用が可能とされていたことに照らすと、原告の上記主張は採用することができない。
（オ）小括
以上のとおりであるから、乙は、本件４８年譲渡土地を譲渡資産とし、本件土地を買換資産として、本件買換特例の適用を受けた者に当たると認めることができる。
ウ 本件買換特例を適用しない旨の義務的修正申告等又は更正処分の有無について（ア）旧措置法３７条１項の規定の適用を受けた者は、買換資産の取得をした日から１年以内に、当該買換資産を同項の各号の下欄に規定する地域内にある当該個人の事業の用に供しない場合又は供しなくなった場合には、これらの事情に該当することとなった日から４月以内に修正申告（義務的修正申告）をしなければならず（旧措置法３７条の２第１項）、義務的修正申告をすることができるのは買換資産の取得をした日から１年４月以内に限られるところ、前記（１）イの認定のとおり、本件引継整理票原本は、昭和５１年２月２１日に横浜南税務署において作成された後、鎌倉税務署に送付されて取得価額引継整理票つづりに保管されていたことからすれば、本件土地の取得の日から１年４月以上経過した昭和５１年２月２１日時点において、本件買換特例の適用を受けているものとして本件引継整理票原本が作成されていたことが認められる。そうすると、乙が義務的修正申告をしたと認めることはできない。
（イ）また、義務的修正申告がされない場合における昭和４８年分確定申告に係る更正については、更正に係る国税の法定申告期限から３年を経過した日以後においてすることができない（旧措置法３７条の２第３項、国税通則法２４条、平成１６年法律第１４号による改正前の国税通則法７０条１項）ところ、上記同様に、本件引継整理票原本は、昭和４８年分確定申告の法定申告期限である昭和４９年３月１５日から３年以上を経過した平成１２年ないし平成１３年頃まで、鎌倉税務署内において取得価額引継整理票につづられて管理されていたことが認められる。そうすると、鎌倉税務署は、乙が本件買換特例の適用を受けているものとして本件引継整理票原本を保管していたというべきであり、乙が更正処分を受けたと認めることはできない。
（ウ）さらに、更正又は再更正の処分がない場合における修正申告については、国税の徴収権が法定納期限後５年で時効により消滅することとされ、かかる消滅時効は絶対的効力を有する（国税通則法７２条１項、２項）ことからすれば、かかる時効完成後は修正申告書を提出することができないというべきであるところ、上記同様に、本件引継整理票原本は、昭和４８年分確定申告の法定納期限である昭和４９年３月１５日から５年以上を経過した平成１２年ないし平成１３年頃まで、鎌倉税務署内において取得価額引継整理票につづられて管理されていたことが認められる。そうすると、鎌倉税務署は、乙が本件買換特例の適用を受けているものとして本件引継整理票原本を保管して、乙が更正又は再更正の処分がない場合における修正申告をしたと認めることはできない。
（エ）他に、乙がした昭和４８年分確定申告について、義務的修正申告等及び更正がされたと認めるに足りる証拠はない。
（オ）これに対し、原告は、本件引継整理票原本については、原告分と丁分とが、それぞれ写しと原本が混ざったものとなっているなど、保管管理方法が杜撰であり、修正申告等がされて用済みになったにもかかわらず、取得価額引継整理票つづりから外されずにいた可能性がある旨主張する。
しかしながら、上記認定事実イ（イ）のとおり、本件引継整理票原本が原告分と丁分とに分離されたのは、平成１３年頃であるところ、この時点では既に修正申告や更正処分がされる可能性は皆無であったことは上記判示のとおりであるから、上記の分離の方法の当否については、本件とは直接の関係のないものといわざるを得ず、管理が杜撰であるとの原告の主張は当を得ないというべきである。
（カ）小括
以上のとおり、乙が、昭和４８年分確定申告について、義務的修正申告等をしたことにより、又は更正処分を受けたことにより本件買換特例の適用を受けなくなったと認めることはできない。
（３）争点１のまとめ
以上によれば、乙は、本件４８年譲渡土地を譲渡資産とし、本件土地を買換資産とする旧措置法３７条１項所定の本件買換特例の適用を受けていたと認められる。そうすると、個人である乙が、昭和４８年６月３０日に本件４８年譲渡土地売買契約を締結し、既成市街地内にあり、事業の用に供している本件４８年譲渡土地を売買代金２６００万円で譲渡し、昭和４８年４月６日に既成市街地以外の地域内にある本件土地を売買代金２８５３万１２００円で取得しており、本件土地取得の日から１年以内に当該個人の事業の用に供する見込みがある（旧措置法３７条１項）として、本件買換特例の適用を受けたことが認められるところ、乙は、旧措置法３７条の２第１項による修正申告書を提出し、又は同条３項の規定による更正を受けたとは認められないため、買換資産の譲渡所得の金額を計算する際に取得価額の引継ぎがされることとなる（旧措置法３７条の３第１項）。
よって、旧措置法３７条の３第１項に基づいて本件土地長期譲渡所得持分の取得価額を計算することができるというべきである。
なお、原告は、乙が本件買換特例の適用を受けていたとしても、実体的にはその適用を受けることができないにもかかわらず適正な確認審査をすることなく適用が認められたのであるから、それに基づいて課税することは不当である旨主張する。しかしながら、上記（２）ア（イ）ないし（エ）で判示したとおり、本件においては、納税者等が提出した資料に基づき、本件買換特例の適用について一定の確認調査が行われたことがうかがわれ、その適用の基礎を全く欠くとまでの事情は認め得ないことからすると、原告の主張はその前提において採用できない。
２ 争点２（本件未経過固定資産税等相当額を譲渡所得に係る総収入金額に算入することの適否）について
（１）固定資産税は、固定資産の所有の事実に担税力を認めて課される一種の財産税であり、都市計画税は、都市計画事業等によって土地又は家屋の所有者がそれらの利用価値の増大、価格の上昇等の利益を受けることに着目して課される目的税であって、いずれも、各年ごとに、その賦課期日（当該年度の初日の属する年の１月１日）における土地又は家屋の所有者を納税義務者として課されるもの（地方税法３４３条１項、２項、３５９条、７０２条、７０２条の６）であり、当該年度の賦課期日後に所有者の異動が生じたとしても、新たに所有者となった者が当該賦課期日を基準として課される固定資産税等の納税義務を負担することはない。
したがって、賦課期日とは異なる日をもって固定資産の売買契約を締結するに際し、買主が売主に対し、売主が納税義務を負担することになる固定資産税等の税額のうち売買契約による所有権移転後の期間の部分に相当する金額を支払うことを合意した場合、この合意に基づく金額の支払は、固定資産税等に係る買主の納税義務に基づくものではないことが明らかである。そして、この合意は、固定資産の売買契約を締結するに際し、売主が１年を単位として納税義務を負う固定資産税等につき買主がこれを負担することなく当該固定資産を購入するという期間があるという状況を調整するために個々的に行われるものであることからすると、この合意に基づく金額は、実質的には、当該固定資産の購入の代価の一部を成すものと解することが相当である。
（２）この点に関し、原告は、本件未経過固定資産税等相当額の性質は預り金であり、資産の譲渡に基因しそれと因果関係のある給付とはいえないから、資産価値に包含される金額ではなく、譲渡価額に加算すべきものではない旨主張する。
しかしながら、前記前提事実のとおり、本件売買契約において、本件土地及び本件建物に賦課される固定資産税等のうち本件土地及び本件建物の引渡日以降の分をＦが負担するとされているため、原告は本件未経過固定資産税等相当額として１３万２０１７円を取得しているところ、本件土地及び本件建物に係る平成２０年分の固定資産税等の課税客体ではないＦが、同課税客体である原告に対し、本件売買契約の締結の際になされた合意に基づいて、本件未経過固定資産税等相当額を支払っているものであることからすれば、本件未経過固定資産税等相当額は、実質的には本件土地及び本件建物の資産の購入の代価の一部であると解すべきであり、原告の主張を採用することはできない。
（３）以上によれば、本件未経過固定資産税等相当額は、実質的には資産の購入の代価の金額の一部であると解されるから、原告の譲渡所得の金額の計算上、総収入金額に算入すべきものである。
３ 本件更正処分等の適法性について
（１）原告は、本件訴訟において、争点に関する部分のほかに本件更正処分の根拠及び適法性を争っていないところ、上記１及び２によれば、平成２０年分所得税について原告の納付すべき税額は、別紙３の１（６）のとおり２５６万６４００円であると認められ、本件更正処分における原告の納付すべき税額は２５５万２８００円は、上記金額の範囲内であるから、本件更正処分は適法である。
（２）上記（１）のとおり、本件更正処分は適法であるところ、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額に基づいて計算した過少申告加算税の額は、別表１の㉒「被告の主張額」欄のとおり４９万９０００円であるところ、本件賦課決定処分における過少申告加算税の金額４９万９０００円と同額であることから、本件賦課決定処分は適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないからいずれも棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官工藤哲郎
裁判官大西正悟
（別紙１）
指定代理人目録
長倉哲也髙橋富士子泰田憲賢磯部剛熊田利彦松本博文大矢根寛
以上
（別紙２）
課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
確定申告
修正申告
更正処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成21年3月12日平成23年12月7日平成24年3月1日平成24年4月5日平成24年6月29日平成24年7月24日平成25年3月22日所得金額
配当所得
7,922,800
7,922,800
7,922,800
全部の取消し
棄却
全部の取消し
棄却
給与所得
1,609,200
1,609,200
1,609,200
計（総所得）
9,532,000
9,532,000
9,532,000
分離短期譲渡所得
分離長期譲渡所得
1,983,184
2,207,421
23,077,238
所得金額から差し引かれる金額
医療費控除
173,820
173,820
173,820
社会保険料控除
943,700
943,700
943,700
生命保険料控除
50,000
50,000
50,000
配偶者控除
380,000
380,000
380,000
基礎控除
380,000
380,000
380,000
所得控除額の計
1,927,520
1,927,520
1,927,520
課税される所得金額
総所得
7,604,000
7,604,000
7,604,000
分離短期譲渡所得
分離長期譲渡所得
1,983,000
2,207,000
23,077,000
算出税額
課税される総所得
金額に対する税額
1,112,920
1,112,920
1,112,920
課税される分離短期譲渡
所得金額に対する税額
課税される分離長期譲渡
所得金額に対する税額
297,450
331,050
3,461,550
計
1,410,370
1,443,970
4,574,470
配当控除
792,280
792,280
396,140
源泉徴収税額
1,625,510
1,625,510
1,625,510
申告納税額
△1,007,420
△973,820
2,552,800
過少申告加算税
－－
499,000
（注）申告納税額欄の△は、還付金の額に相当する税額を示す。
（別紙３）
被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が、主張する原告の平成２０年分の所得税の納付すべき税額等の算定根拠は別表１ないし８のとおりであり、その根拠は次のとおりである。
（１）総所得金額（別表１の③欄）
９５３万２０００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 配当所得の金額（別表１の①欄）
７９２万２８００円
上記金額は、Ｄ株式会社（以下「Ｄ」という。なお、変更前の商号は「Ｃ株式会社」である。）からの平成２０年分の株式配当であり、本件修正申告書に記載された金額と同額である（甲２）。
イ 給与所得の金額（別表１の②欄）
１６０万９２００円
上記金額は、有限会社Ｊ（以下「Ｊ」という。）が発行した平成２０年分給与所得者の源泉徴収票の給料等２２５万６０００円及びＤが発行した平成２０年分給与所得者の源泉徴収票の給料等３０万円の合計額２５５万６０００円について、給与所得控除後の金額であり、本件修正申告書に記載された金額と同額である（甲２）。
（２）分離長期譲渡所得の金額（別表２の⑭欄）
２３１６万８２９６円
上記金額は、次のアの金額から、イないしエの各金額の合計額を控除した後の金額である。
ア 譲渡価額（別表２の③Ａ欄）
５８６１万８８１５円
上記金額は、本件売買契約の売買代金のうち本件土地に係る売買代金６５００万円及び本件未経過固定資産税等相当額１３万２０１７円のうち、相続により取得した１０分の９の持分（本件土地長期譲渡所得持分）に相当するそれぞれの金額５８５０万円（別表２の①Ａ欄）及び１１万８８１５円（別表２の②Ａ欄）の合計額である。
イ 取得費（別表２の⑪Ａ欄）
９６０万６５０１円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から、（ウ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）取得価額（別表２の⑥Ａ欄）
２０００万２２９１円
上記金額は、次のａ及びｂの各金額の合計額である。
ａ 本件土地の取得価額（別表２の④Ａ欄、別表３の⑮欄）
５９６万２９０６円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）引き継いだ取得価額（別表３の③欄）
４９４万０２８０円
上記金額は、乙が昭和４８年分の所得税の確定申告において本件土地につき本件買換特例の適用を受けていたとして、本件引継整理票原本に記載された「引き継いだ取得価額」に基づいて、本件４８年譲渡土地の取得価額等２９５万８０００円と、本件土地の購入価額２８５３万１２００円から本件４８年譲渡土地の譲渡価額２６００万円を控除した２５３万１２００円の合計額である５４８万９２００円（別表３の①欄）のうち、相続により取得した１０分の９の持分（本件土地長期譲渡所得持分）に相当する金額である。
（ｂ）その他取得等に要した費用（別表３の⑭欄）
１０２万２６２６円
上記金額は、契約書印紙代５０００円（別表３の④欄）、登録免許税３９万５３００円（別表３の⑤欄）、不動産取得税２３万７２００円（別表３の⑥欄）及び一次登録免許税１０万５４００円（別表３の⑦欄）の合計額である７４万２９００円（別表３の⑧欄）のうち、相続により取得した１０分の９の持分（本件土地長期譲渡所得持分）に相当する金額６６万８６１０円（別表３の⑨欄）と二次登録免許税２３万３６００円（別表３の⑩欄）及び登記費用２０万８９２０円（別表３の⑪欄）の合計額である４４万２５２０円（別表３の⑫欄）のうち、相続により取得した５分の４の持分に相当する金額３５万４０１６円（別表３の⑬欄）の合計額である。
ｂ 本件建物の取得価額（別表４の⑱欄、別表２の⑤Ａ欄）
１４０３万９３８５円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）取得価額（別表４の⑭欄）
１４０２万４５１８円
上記金額は、新築代金４１０６万円（別表４の①欄）、契約書印紙代１万円（別表４の②欄）、地鎮祭費２万２０００円（別表４の③欄）、建築確認申請費用１７万２２００円（別表４の④欄）、水道引込工事代金等８万９０００円（別表４の⑤欄）、工事管理契約金２５万円（別表４の⑥欄）、ガス工事代１４万０４５５円（別表４の⑦欄）、上棟式費用４万５０００円（別表４の⑧欄）、登記費用９万９４００円（別表４の⑨欄）、建物浄装代５万９４００円（別表４の⑩欄）、登録免許税３万８５００円（別表４の⑪欄）及び不動産取得税８万７６００円（別表４の⑫欄）の合計額である４２０７万３５５５円（別表４の⑬欄）のうち、相続により取得した３分の１の持分（本件建物長期譲渡所得持分）に相当する金額である。
（ｂ）相続に要した費用（別表４の⑰欄）
１万４８６７円
上記金額は、一次登録免許税４万４６００円（別表４の⑮欄）のうち、相続により取得した３分の１（本件建物長期譲渡所得持分）の持分に相当する金額である。
（イ）設備費及び改良費（別表２の⑨Ａ欄）
１０８万３３３３円
上記金額は、本件土地の整地造園工事１００万円のうち相続により取得した１０分の９の持分（本件土地長期譲渡所得持分）に相当する金額９０万円（別表２の⑦Ａ欄）及び本件建物の改修工事代金５５万円のうち相続により取得した３分の１の持分（本件建物長期譲渡所得持分）に相当する金額１８万３３３３円（別表２の⑧Ａ欄）の合計額である。
（ウ）減価償却費相当額（別表２の⑩Ａ欄、別表５の⑤欄）
１１４７万９１２３円
上記金額は、本件建物分の減価償却費相当額３４０４万１７１３円（別表５の①欄）、登録免許税分の減価償却費相当額２万７３７５円（別表５の②欄）及び設備・改良分の減価償却費相当額３６万８２８０円（別表５の③欄）の合計額である。
ウ 譲渡費用（別表２の⑫Ａ欄）
２２５万７９６５円
上記金額は、測量費用２５万円、仲介料・印紙代２０９万２５００円及びその他の費用１６万６３５０円の合計額である合計２５０万８８５０円（甲２）のうち、相続により取得した１０分の９の持分（本件土地長期譲渡所得持分）に相当する金額である。
エ 分離短期譲渡欠損金額（別表２の⑬Ｂ欄）
２３５８万６０５３円
上記金額は、後記（３）における分離短期譲渡における欠損金額であり、当該損失の金額は、租税特別措置法３１条１項の規定により、分離長期譲渡所得の金額から控除する。
（３）分離短期譲渡所得の金額
０円
上記金額は、次のアの金額から、イ及びウの各金額の合計額を控除すると２３５８万６０８３円の欠損となるが、上記（２）エのとおり、分離長期譲渡所得の金額から控除することから０円となる。
ア 譲渡価額（別表２の③Ｂ欄）
６５１万３２０２円
上記金額は、本件売買契約における本件土地の売買代金６５００万円のうち、売買により取得した１０分の１の持分（本件土地短期譲渡所得持分）に相当する金額６５０万円（別表２の①Ｂ欄）及び本件未経過固定資産税等相当額１３万２０１７円のうち、売買により取得した１０分の１の持分（本件土地短期譲渡所得持分）に相当する１万３２０２円（別表２の②Ｂ欄）の合計金額である。
イ 取得費（別表２の⑪Ｂ欄）
２９８４万８３７０円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から、（ウ）の金額を控除した金額である。
（ア）土地の取得価額（別表２の④Ｂ欄、別表６の⑤欄）
２３０４万９１１９円
上記金額は、次のａ及びｂの各金額の合計額である。
ａ 本件土地の取得価額（別表６の①欄）
２２９２万４７２４円
上記金額は、平成７年３月１８日付けで丁との間において締結した本件土地の持分１０分の１（本件土地短期譲渡所得持分）及び本件建物の持分３分の２（本件建物短期譲渡所得持分）の売買代金３０００万円から、後記（イ）ａの建物の取得価額７０７万５２７６円を控除した金額である。
ｂ 取得に要した費用
１２万４３９５円
上記金額は、登録免許税２万９２００円（別表６の②欄）、不動産取得税５万４７００円（別表６の③欄）及び登記費用４万０４９５円（別表６の④欄）の合計額である。
（イ）建物の取得価額（別表２の⑤Ｂ欄、別表７の⑤欄）
７２０万１０７１円
上記金額は、次のａ及びｂの各金額の合計額である。
ａ 本件建物の取得価額（別表７の①欄）
７０７万５２７６円
上記金額は、別表７の注２のとおり、本件建物の平成１８年４月１日時点における減価償却費相当額控除後の金額のうち、売買により取得した本件建物の持分３分の２（本件建物短期譲渡所得持分）に相当する金額である。
ｂ 取得に要した費用
１２万５７９５円
上記金額は、登録免許税３万３１００円（別表７の②欄）、不動産取得税５万５２００円（別表７の③欄）及び登記費用３万７４９５円（別表７の④欄）の合計額である。
（ウ）減価償却費相当額（別表２の⑩Ｂ欄、別表８）
４０万１８２０円
ウ 譲渡費用（別表２の⑫Ｂ欄）
２５万０８８５円
上記金額は、測量費用２５万円、仲介料・印紙代２０９万２５００円及びその他の費用１６万６３５０円の合計額である合計２５０万８８５０円（甲２）のうち、売買により取得した持分１０分の１（本件土地短期譲渡所得持分）に相当する金額である。
（４）所得控除の額の合計額
１９２万７５２０円
上記金額は、医療費控除１７万３８２０円（別表１の⑥欄）、社会保険料控除９４万３７００円（別表１の⑦欄）、生命保険料控除５万円（別表１の⑧欄）、配偶者控除３８万円（別表１の⑨欄）及び基礎控除３８万円（別表１の⑩欄）の合計額である。
（５）課税される所得金額
ア 課税総所得金額（別表１の⑫欄）
７６０万４０００円
上記金額は、上記（１）の総所得金額９５３万２０００円から、上記（４）の所得控除の額の合計額１９２万７５２０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
イ 課税分離長期譲渡所得金額（別表１の⑭「被告の主張額」欄）
２３１６万８０００円
上記金額は、上記（２）の分離長期譲渡所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
（６）納付すべき税額（別表１の㉑「被告の主張額」欄）
２５６万６４００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計金額からウ及びエの各金額を控除した後の金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
ア 課税総所得金額に対する税額（別表１の⑮欄）
１１１万２９２０円
上記金額は、上記（５）アの課税総所得金額７６０万４０００円に所得税法８９条１項所定の税率を乗じて算出した金額である。
イ 課税分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表１の⑰「被告主張額」欄）
３４７万５２００円
上記金額は、上記（５）イの課税分離長期譲渡所得金額２３１６万８０００円に平成２２年法律第６号による改正前の租税特別措置法３１条１項所定の税率を乗じて算出した金額である。
ウ 配当控除の額（別表１の⑲欄）
３９万６１４０円
上記金額は、上記（１）アの配当所得金額７９２万２８００円に所得税法９２条１項３号イ所定の税率を乗じて算出した金額である。
エ 源泉徴収税額（別表１の⑳欄）
１６２万５５１０円
上記金額は、Ｄが発行した平成２０年分給与所得者の源泉徴収票の源泉徴収税額９０００円、Ｊが発行した平成２０年分給与所得者の源泉徴収票の源泉徴収税額３万１９５０円並びにＤが発行した平成２０年分配当、剰余金の分配及び基金利息の支払調書の源泉徴収税額１５８万４５６０円（甲２）の合計額である。
２ 本件更正処分の適法性
被告が主張する原告の平成２０年分所得税の納付すべき税額は、上記１（６）のとおり２５６万６４００円であるところ、本件更正処分における原告の納付すべき税額は２５５万２８００円（別表１の㉑「本件更正処分等」欄）であり、上記被告主張額の範囲内であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
上記２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告は平成２０年分所得税を過少に申告していたものであり、原告に対しては、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額を基礎として、国税通則法６５条１項及び２項に基づき過少申告加算税が賦課されることになる。
原告に対して課される過少申告加算税の額は、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額３５２万円（ただし、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）である３５２万円に、国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じた金額３５万２０００円と、国税通則法６５条２項の規定に基づき、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額３５２万６６００円と本件修正申告書の提出によって増加した税額３万３６００円の合計額３５６万０２００円のうち、期限内申告税額６１万８０９０円を超える部分に相当する税額２９４万円（ただし、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じた金額１４万７０００円の合計金額４９万９０００円（別表１の㉒「被告の主張額」欄）であるところ、本件賦課決定処分における過少申告加算税の金額４９万９０００円（別表１の㉒「本件更正処分等」欄）と同額であることから、本件賦課決定処分は適法である。
以上
別表１
本件更正処分等及び被告の主張額
（単位：円）
区分
本件更正処分等
被告の主張額
所得金額
配当所得の金額
①
7,922,800
7,922,800
給与所得の金額
②
1,609,200
1,609,200
小計（総所得）（①＋②）
③
9,532,000
9,532,000
分離短期譲渡所得
④
分離長期譲渡所得
⑤
23,077,238
23,168,296
所得金額から差し引かれる金額
医療費控除
⑥
173,820
173,820
社会保険料控除
⑦
943,700
943,700
生命保険料控除
⑧
50,000
50,000
配偶者控除
⑨
380,000
380,000
基礎控除
⑩
380,000
380,000
所得控除額の計
（⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩）
⑪
1,927,520
1,927,520
所得金額
課税される
課税総所得
⑫
7,604,000
7,604,000
課税分離短期譲渡所得
⑬
課税分離長期譲渡所得
⑭
23,077,000
23,168,000
納付すべき税額
課税総所得金額に対する税額⑮
1,112,920
1,112,920
課税分離短期譲渡
所得金額に対する税額
⑯
課税分離長期譲渡
所得金額に対する税額
⑰
3,461,550
3,475,200
小計（⑮＋⑯＋⑰）
⑱
4,574,470
4,588,120
配当控除の額
⑲
396,140
396,140
源泉徴収税額
⑳
1,625,510
1,625,510
納付すべき税額
（⑱－⑲－⑳）
㉑
2,552,800
2,566,400
過少申告加算税
㉒
499,000
499,000
注１課税総所得及び課税分離長期譲渡所得は1000円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
２ 納付すべき税額は100円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
３ 納付すべき税額欄の△は、還付金の額に相当する税額を示す。
別表２
譲渡所得の金額の計算
（単位：円）
区分
順号分離長期譲渡所得(Ａ)
分離短期譲渡所得(Ｂ)
譲渡価額
売買価額
①
58,500,000
6,500,000
未経過固定資産税等相当額
②
118,815
13,202
小計(①＋②)
③
58,618,815
6,513,202
取得費
取得価額
土地
④
5,962,906
23,049,119
建物
⑤
14,039,385
7,201,071
計(④＋⑤)
⑥
20,002,291
30,250,190
設備費
及び
改良費
土地
⑦
900,000
建物
⑧
183,333
計(⑦＋⑧)
⑨
1,083,333
減価償却費相当額
⑩
11,479,123
401,820
小計(⑥＋⑨－⑩)
⑪
9,606,501
29,848,370
譲渡費用
⑫
2,257,965
250,885
分離(長期及び短期)譲渡所得金額(③－⑪－⑫)
⑬
46,754,349
△23,586,053
分離長期譲渡所得の金額（⑬の(Ａ)＋(Ｂ)）
⑭
23,168,296
注１原告とＦの間において締結された本件土地建物の売買契約書において本件建物の代金額が零円と記載されており、本件建物が引渡の翌月には取り壊されていることから、当該売買契約の売買代金は、全て土地に係るものとして算定した。
２ 上記順号①、②及び⑫欄の各金額は、それぞれ全体の価額を本件土地について原告が相続により取得した持分(１０分の９)に相当する部分を分離長期譲渡所得と、丁から売買により取得した持分（１０分の１）に相当する部分を分離短期譲渡所得として、持分の割合により按分して算定した。
３ 上記順号⑬の「分離短期譲渡所得（Ｂ）」欄の△印は、損失金額を示す。
別表３から別表８まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12685.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報63巻1号21頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。