税務訴訟資料第２６５号－１３７（順号１２７２０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（目黒税務署長）
平成２７年９月１５日棄却・確定
判決
原告医療法人社団Ａ
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士佐々木寛
同金秀香
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁目黒税務署長
諏方正良
被告指定代理人田原昭彦
同酒井武
同髙橋富士子
同時任英俊
同殖栗健一
同野本寛之
同小西雄貴
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が、原告に対し、平成２３年７月８日付けでした、平成２１年７月１日から平成２２年６月３０日までの事業年度の所得に対する法人税の更正のうち以下の部分及び過少申告加算税の賦課決定を取り消す。
所得金額マイナス８０２８万９０９１円を超える部分
納付すべき税額マイナス３０１万１０７３円を超える部分
翌期へ繰り越す欠損金８０２８万９０９１円を下回る部分
２ 処分行政庁が、原告に対し、平成２３年７月８日付けでした、以下の（１）から（９）までの各処分をいずれも取り消す。
（１）平成１８年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち納付すべき税額６０万０３５５円を超える部分及び不納付加算税の賦課決定
（２）平成１８年７月から同年１２月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち納付すべき税額２３９万９３９６円を超える部分及び不納付加算税の賦課決定
（３）平成１９年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち納付すべき税額１７８万４２７７円を超える部分及び不納付加算税の賦課決定
（４）平成１９年７月から同年１２月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち還付金の額に相当する税額３１万１２７５円を下回る部分及び不納付加算税の賦課決定（５）平成２０年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち納付すべき税額８９万９９７７円を超える部分及び不納付加算税の賦課決定
（６）平成２０年７月から同年１２月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち還付金の額に相当する税額１２１万０２９０円を下回る部分及び不納付加算税の賦課決定（７）平成２１年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち還付金の額に相当する税額１３５万０７８０円を下回る部分及び不納付加算税の賦課決定（８）平成２１年７月から同年１２月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち還付金の額に相当する税額１２５万７９２０円を下回る部分及び不納付加算税の賦課決定（９）平成２２年１月から同年６月までの期間分の源泉徴収に係る所得税の納税の告知のうち納付すべき税額０円を超える部分及び不納付加算税の賦課決定
第２ 事案の概要
１ 本件は、医療法人社団の原告が、処分行政庁から、①平成２１年７月から平成２２年６月までの事業年度の所得に対する法人税に関し、更正及び過少申告加算税の賦課決定を受けるとともに、②平成１８年１月から平成２２年６月までの理事長の給与等について源泉徴収をすべき所得税に関し、納税の告知及び不納付加算税の賦課決定を受けたのに対し、その税額が過大であるから違法であるなどと主張して、上記各処分の取消しを求めている抗告訴訟（処分の取消しの訴え）である。
２ 法令及び通達の定め
別紙１「法令及び通達の定め」のとおりである。以下では、法令及び通達の名称及び用語の表記及び略称は、特に断らない限り、同別紙の定めに従う。
３ 前提事実
以下に掲げる事実は、当事者間に争いのない事実、顕著な事実又は証拠等により容易に認めることのできる事実である。なお、認定に用いた証拠等は、その旨又はその番号（特に断らない限り枝番を含む。）を各事実の末尾に括弧を付して掲げる（後記第４においても同様である。）。
（１）当事者及び関係者
ア 原告は、平成５年７月●日に成立した医療法人社団であり、甲（以下「甲」という。）の所有する建物において、診療所を開設している。（争いのない事実、乙４～９）
イ 甲は、原告の成立時から現在まで、その理事長である。（甲３、乙４、３９、弁論の全趣旨）
ウ 原告の事業年度は、毎年７月１日から翌年の６月３０日までである（以下では、例えば、平成１７年７月１日から平成１８年６月３０日までの事業年度を「平成１８年６月期」と表記し、他の事業年度の表記もこれに従う。）。（乙１１～１９、弁論の全趣旨）
（２）原告の甲に対する貸付け等
ア 原告は、その成立以来、随時、甲に対して金銭を貸し付けてきた（以下、この貸付金を「本件貸付金」という。）。なお、本件貸付金に関しては、契約書は作成されていない。（甲３、乙５～１９、２９～３１、弁論の全趣旨）
イ 本件貸付金の利息は、原告の総勘定元帳の「受取利息」勘定及び「未収入金」勘定（以下では、原告の総勘定元帳については、単に「受取利息」勘定などと勘定科目のみをもって表記する。）において、以下の表のとおり計上された（以下では、この計上金額を「本件計上利息」という。）。（乙２９～３１）
計上日
金額
利率
平成１８年６月３０日
１０万４１６５円
年０．０１％
平成１９年６月３０日
１１万７３１２円
年０．０１％
平成２０年６月３０日
１１万７３１２円
年０．０１％
平成２１年６月３０日
１０２７万４４６６円
年２．０％
平成２２年６月３０日
８３７万６４３５円
年２．０％
（注）平成２２年６月３０日の８３７万６４３５円は、帳簿上、当初は９１８万９８３５円と記載されていた。
ウ 原告は、平成１８年６月期以後の各事業年度の末日において、借入金債務を有していない。（乙１５～１９）
（３）有価証券の取得及び保有
ア 別表１「有価証券一覧」順号１から８までの各有価証券（以下では、同別表の有価証券は「有価証券１」などと「有価証券」の文言に同別表の順号を付して表記する。）は、同表の「約定日」欄の日に、Ｂ証券株式会社自由が丘支店に開設された甲名義の証券口座（以下「本件証券口座」という。）において取得された。（乙２１、弁論の全趣旨）
イ 有価証券１から８までは、平成２２年６月３０日時点において、本件証券口座で保有されていた。（乙２１、２２、弁論の全趣旨）
（４）原告の経理処理
ア 原告は、平成２１年６月期（別表１「有価証券一覧」の「経理処理日」欄の日付）において、有価証券１から７までに関し、同別表の各「資産計上額」欄の金額を「投資有価証券」勘定に計上するとともに、その金額を「短期貸付金」勘定から減額する経理処理をした。（乙１０の８、乙２０の１）
イ 原告は、平成２２年６月３０日付けで、有価証券１に関し、８３６３万円（別表１「有価証券一覧」の「資産計上額」欄参照）を「投資有価証券」勘定から減額するとともに、同額を「短期貸付金」勘定に計上する経理処理をした。また、原告は、同日付けで、有価証券８に関し、１億２２３０万円（同別表の「資産計上額」欄参照）を「投資有価証券」勘定に計上するとともに、同額を「短期貸付金」勘定から減額する経理処理をした。（乙１０の９、乙２０の２）
ウ 原告は、平成２２年６月３０日付けで、有価証券２から８までの評価損として、１億５３０６万円（別表１「有価証券一覧」の「雑損失計上額」の「合計」欄参照）を「雑損失」勘定に計上する経理処理をした。（乙１９、３２、弁論の全趣旨）
（５）基準割引率及び貸出平均金利
ア 平成５年から平成２２年まで（１１月３０日時点）における日本銀行法１５条１項１号に基づく商業手形の基準割引率（以下「基準割引率」という。）は、別表２－１「基準割引率一覧」のとおりであった。（乙３８）
イ 平成５年から平成２２年まで（６月３０日時点）おける全国銀行総合新規貸出約定平均金利（以下「貸出平均金利」という。）は、別表２－２「平均金利一覧」のとおりであった。（甲２）
（６）法人税に関する処分の経緯
ア 原告は、平成２２年８月３１日、処分行政庁に対し、平成２２年６月期（以下「本件事業年度」という。）の所得に対する法人税（以下「本件法人税」という。）について、別表３「本件更正等の経緯」の「確定申告」欄のとおり、青色の確定申告書を提出した。同確定申告書における所得金額は、有価証券２から８までの評価損（上記（４）ウ参照）を損金の額に算入することを前提に計算されたものであった。（争いのない事実、甲１、乙１９、３２、弁論の全趣旨）
イ 原告は、平成２２年１１月９日、処分行政庁に対し、本件法人税について、別表３「本件更正等の経緯」の「修正申告」欄のとおり、修正申告書を提出した。同修正申告書においても、有価証券２から８までの評価損の取扱いは、上記アの確定申告書と同様であった。（争いのない事実、甲１、乙３、弁論の全趣旨）
ウ 処分行政庁は、平成２３年７月８日付けで、原告に対し、本件法人税に関し、別表３「本件更正等の経緯」の「本件更正等」欄のとおり、法人税の更正（以下「本件更正」という。）及び過少申告加算税の賦課決定（以下ではこの決定と本件更正とを併せて「本件更正等」という。）をした。（争いのない事実）
その主な理由は、有価証券２から８までは原告の有する資産でないから、その評価損（上記（４）ウ参照）を原告の損金の額に算入することはできないというものであった。（甲１、弁論の全趣旨）
（７）源泉所得税に関する処分の経緯
ア 処分行政庁は、平成１６年６月２８日付けで、原告に対し、源泉徴収に係る所得税（以下「源泉所得税」という。）の納期について、所得税法２１６条による特例の承認をした。（乙１）
イ 原告は、平成１８年１月から平成２２年６月までの各期間（各期間の単位は、各年の１月から６月までと７月から１２月まで。以下「本件各期間」という。）において、別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の②欄のとおり、甲の給与等について所得税の源泉徴収をした。（乙２、５～９、弁論の全趣旨）
ウ 処分行政庁は、平成２３年７月８日付けで、原告に対し、本件各期間に係る甲の給与等についての源泉所得税（以下「本件源泉所得税」という。）に関し、別表４－２「本件納税告知等の内容」の「納付すべき源泉所得税額」欄及び「不納付加算税」欄のとおり、納税の告知（以下「本件納税告知」という。）及び不納付加算税の賦課決定（以下ではこの決定と本件納税告知とを併せて「本件納税告知等」という。）をした。（争いのない事実）
その主な理由は、①有価証券１から８までは原告の有する資産でないから、本件計上利息（上記（２）イ参照）の計算に当たり、本件貸付金の額から上記各有価証券の額（上記（４）ア、イ参照）を減額することはできない上、②本件計上利息の利率が通常の利率よりも低く、本件貸付金の通常の利率により計算した利息（以下「通常利息」という。）の額と本件計上利息の額との差額に相当する経済的利益（以下「本件経済的利益」という。）の供与が、原告の甲に対する給与等の支払に当たるというものであった。（甲１、弁論の全趣旨）
（８）本件訴えに至る経緯
ア 原告は、平成２３年９月７日、国税不服審判所長に対し、本件更正等についての審査請求をした。（争いのない事実）
イ 原告は、平成２３年９月７日、処分行政庁に対し、本件納税告知等についての異議申立てをし、同年１１月７日、この異議申立てを審査請求として取り扱うことに同意した。そのため、国税通則法８９条１項により、同日に国税不服審判所長に対して審査請求がされたものとみなされた。（争いのない事実、甲１）
ウ 国税不服審判所長は、平成２４年８月３１日付けで、上記ア及びイの各審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。同裁決は、同年９月５日頃、原告に対して通知された。（争いのない事実）
エ 原告は、平成２５年３月５日、本件更正等及び本件納税告知等の各取消しを求める本件訴えを提起した。（顕著な事実）
４ 被告が主張する課税処分の根拠
被告が主張する本件更正等及び本件納税告知等の根拠（本件法人税及び本件源泉所得税に関する課税標準及び税額の計算）は、別紙２「課税標準及び税額の計算」のとおりである。
５ 争点
（１）本件更正等及び本件納税告知等の各適法性に影響する争点
有価証券２、３、４（持分２分の１）及び８（以下これらを併せて「本件各有価証券」という。）は、その取得時から平成２２年６月３０日までの間、原告の有する資産であったか否か。（争点①）
この点、上記期間において本件各有価証券が原告の有する資産であったとすれば、①本件法人税の課税標準（原告の本件事業年度の所得金額）の計算上、本件各有価証券の評価損（前提事実（４）ウ参照）を、損金の額に算入することができるか否かについて検討を要することになる（法人税法３３条２項、上記４、別紙２「課税標準及び税額の計算」第１の１（１）参照）とともに、②本件源泉所得税の課税標準（甲の給与所得である本件経済的利益、すなわち、原告の甲に対する本件貸付金の通常利息の額と本件計上利息の額との差額）の計算上、本件各有価証券の価額（前提事実（４）ア、イ参照）を、元本である本件貸付金の額から控除することができると解する余地がある（上記４、別紙２第２の１（１）参照）ことになる。
（２）本件納税告知等の適法性に影響する争点
ア 本件貸付金の通常利息の基礎となる元本の額は、原告の甲に対する未払給与及び未払家賃（以下「未払給与等」という。）の額を控除した額であるか否か。より具体的には、原告と甲との間で、平成１８年１月以前において、甲の原告に対する給与及び賃料（以下「給与等」という。）の各支払請求権が発生する都度、これらと本件貸付金の返還請求権とを対当額で相殺する旨の包括的な合意（以下「本件相殺合意」という。）があったか否か。（争点②）
イ 本件各期間における本件貸付金の通常の利率はいくらか。（争点③）。
第３ 争点に関する当事者の主張の要旨
１ 本件各有価証券の帰属（争点①）について
（１）原告の主張
本件各有価証券は、その取得時から平成２２年６月３０日までの間、原告の有する資産であった。
ア 原告は、その設立当初から、余裕資金の運用として証券等を取得したいと考えていたが、東京都から、医療法人は資産を有価証券に投資してはならないとの指導を受けていた。そのため、既に証券口座を開設していた理事長の甲が、原告から資金を借り入れ、甲名義で証券を購入していた。しかし、「病院会計準則の改正について」（平成１６年８月１９日厚生労働省医政局長各都道府県知事宛通達。以下「本件通達」という。）が発出されたことから、原告は、医療法人も証券投資が可能であると判断し、有価証券の取引を開始した。そして、原告と甲は、医療法人経営の手引（東京都福祉保険局医療政策部医療安全課医療法人係が発行）に準じ、より安全性の高い投資は原告が行い、ハイリスク・ハイリターンの投資は甲が行うこととした。
イ 原告は、それまでの取引経緯もあって、形式的には甲名義で有価証券を購入していたが、その購入資金は拠出しており、その経理処理としては、同資金を原告が甲に貸し付ける形をとった。しかし、原告は、平成２１年６月頃の税務調査で指摘を受けたことを契機に、平成２１年６月期、実態に即する形で、本件各有価証券を含む各有価証券を原告に帰属させる経理処理をした。この経理処理については、目黒税務署も同意していた。
なお、上記の点について、法的には、有価証券の購入時に、甲から原告に対して購入価格に相当する本件貸付金の返済（有価証券の現物による代物弁済）があったものと解される。
ウ 以上によれば、甲名義で購入された本件各有価証券は、その実質としては、その購入の当初から原告の資産であったというべきである。
（２）被告の主張
本件各有価証券は、その取得時から平成２２年６月３０日までの間、原告の有する資産ではなかった。
ア 本件各有価証券は、一貫して甲名義の証券口座で取得及び保有され、その権利者として表示されているのは甲である上に、原告は、甲に対し、その購入依頼や購入資金の拠出をしていない。加えて、有価証券１、６及び７に関して、平成２１年６月期に生じた配当金等の収益が、原告の収益として計上されていない。また、原告は、合理的な根拠もないのに、税務調査、審査請求及び本件訴えの各段階で、本件各有価証券の帰属に関する主張を変遷させている。
これらの事情を総合すると、本件各有価証券は、その実質に即してみても、その取得時から平成２２年６月３０日までの間、一貫して甲の有する資産であったと認められる。
イ 原告は、本件通達により有価証券の保有が可能になった旨を主張するが、本件通達による病院会計準則（昭和５８年８月２２日付け医発第８２４号、厚生省医務局長通知。以下同じ。）の改正の前後で、有価証券の評価基準及び評価方法に関する定めに大きな違いはない。
２ 本件相殺合意の存否（争点②）について
（１）原告の主張
平成１８年１月以前に本件相殺合意があったと認められるから、本件貸付金の通常利息の元本の額は、原告の甲に対する未払給与等が発生した段階（実際の計算上は各事業年度末）において、本件貸付金からその未払給与等を控除した額である。
ア 原告と甲は、原告の設立以来、本件相殺合意をしていたところ、これを解消したことはない。
イ 原告は、従前、本件相殺合意を経理処理にも反映し、甲に対する未払給与等が発生した場合には、これらと本件貸付金とを相殺する取扱いをしていた。しかし、平成１３年７月に事務局長であった乙が入院したことから、同月以降は、本件相殺合意を経理処理に反映しなくなり、誤った処理が見過ごされ、それを前提に確定申告をすることもあった。そして、原告は、平成２１年７月頃の税務調査で指摘を受けたことを契機に、自己の認識と申告との間に相違があることを知り、経理処理を実態に合わせることとした。
したがって、原告が、経理処理上、本件貸付金と未払給与等とを相殺していなかったのは、あくまでもミス（計上漏れ）にすぎず、この事実（帳簿上の記載）から直ちに本件相殺合意がなかったとはいえない。
（２）被告の主張
平成１８年１月以前に本件相殺合意があったとは認められないから、本件貸付金の通常利息の計算に当たり、本件貸付金から原告の甲に対する未払給与等の額を控除することはできない。
ア 原告は、本件計上利息の計算に当たり、甲に対する未払給与等と本件貸付金とを相殺する経理処理をしていない場合には「短期貸付金」勘定の残高を基礎とし、実際にそのような経理処理をした場合には同処理後の残高を基礎としている。加えて、原告は、後者の場合には、甲に対する未払給与について所得税を源泉徴収しているから、当該経理処理をもって給与等の支払債務が減少したことを認識した。
そうすると、原告と甲との間に生じた給与等の支払債務と本件貸付金の返還債務は、実際に相殺等の経理処理がされるまでの間は、消滅することなく存在していたと認められる。
イ 原告は、事務局長の乙が入院した平成１３年７月以降は、本件相殺合意が経理処理に反映されなくなったと主張する。
しかし、原告は、同月以降においても、未払給与については平成１４年６月期及び平成１５年６月期において、未払家賃については平成１４年６月期から平成１７年６月期までにおいて、それぞれ本件貸付金と相殺する経理処理をしている。
また、原告の代表者である甲は、原告の確定申告書に署名押印しているところ、その添付書類である「買掛金（未払金・未払費用）の内訳書」には、原告の甲に対する未払給与等の額が明記されているから、原告及び甲において、相殺の経理処理がされていない未払給与等の存在を認識していたことは明らかである。
３ 本件貸付金の通常の利率（争点③）について
（１）被告の主張
本件各期間における本件貸付金の通常の利率は、基本通達３６－４９を適用した利率によるべきであり、具体的には、別表５「利息計算書（被告主張）」の「適用利率」のとおりである。
ア 本件貸付金の通常の利率は、基本通達３６－４９に基づき、利子税の特例基準割合、すなわち、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における基準割引率（前提事実（５）ア、別表２－１「基準割引率一覧」参照）に年４％を加算した利率によるべきである。
イ 課税に当たっては、納税者の予測可能性を高めるとともに、執行の統一性を確保する必要がある。しかるところ、①利子税の割合は、税法上の基準金利（国から延納税金に相当する金銭を借り入れた場合の約定利率に相当するもの）と考えられ、客観性を有すること、②利子税の特例基準割合は、国民に最も分かりやすく、かつ、変動要素を持った基準割引率を基準としている上、現在の超低金利の状況を踏まえていることなどからすれば、基本通達３６－４９は合理的であると認められる。
ウ 原告は、本件貸付金の通常の利率は、貸出平均金利によるべきであると主張する。しかし、本件貸付金は、法人がその役員に対して特に使途を定めずにその余裕資金を随時貸し付けるというものであって、このような取引が銀行と個人との間で一般に行われているとは認め難いから、本件貸付金の通常の利率として貸出平均金利を適用するのは適当でない。そして、基本通達３６－４９所定の利率の他に、比準すべき合理的な市場金利は見当たらない。
（２）原告の主張
本件各期間における本件貸付金の通常の利率は、各事業年度の期末現在における貸出平均金利（前提事実（５）イ、別表２－２「平均金利一覧」参照）によるべきである。
被告は、本件貸付金の通常の利率は、基本通達３６－４９によるべきであると主張する。しかし、同通達は、法律上の根拠を有するものではない上、その定めを本件貸付金の通常利息の算定に当たって適用することは、原告が医療法人であるという実態を無視することにもなる。
第４ 当裁判所の判断
１ 本件各有価証券の帰属（争点①）について
（１）認定事実
前提事実、証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 本件各有価証券（有価証券２、３、４（持分２分の１）及び８）を含む有価証券１から８までは、別表１「有価証券一覧」の「約定日」欄に記載された日に、甲名義の本件証券口座で取得された。このうち、本件各有価証券については、平成１９年２月から平成２０年７月までの間に取得されている。（前提事実（３）ア）
イ 平成１８年７月１日から平成２１年６月３０日までの間において、原告の「短期貸付金」勘定に計上された金額（残高が増額したもの）は、平成１９年７月５日計上の７０００円、同年１２月１０日計上の７１８０円のみであった。（乙１０の６～８）
ウ 原告は、平成２１年６月期（別表１「有価証券一覧」の「経理処理日」欄の日付）において、有価証券１から７までを「投資有価証券」勘定に計上した。（前提事実（４）ア）
また、原告は、平成２２年６月３０日付けで、有価証券１を「投資有価証券」勘定から除外するとともに、有価証券８を「投資有価証券」勘定に計上した。（前提事実（４）イ）
エ 原告は、平成２２年６月３０日付けで、有価証券１から８までの収益分配金（ただし平成２１年６月期に生じたもの）として、１０８９万４９２２円を「雑収入」勘定に計上した。また、原告は、同日付けで、有価証券２から８までの評価損として、１億５３０６万円を「雑損失」勘定に計上した。（前提事実（４）ウ、乙１９、３３、３４）
オ もっとも、本件各有価証券は、平成２２年６月３０日時点において、甲名義の本件証券口座で保有されていた。（前提事実（３）イ）
（２）検討
ア 法人税又は所得税の課税標準の計算上、課税物件の帰属を判定するに当たっては、いわゆる実質所得者課税の原則を定める規定（法人税法１１条、所得税法１２条）を踏まえて判断すべきであり、本件各有価証券が帰属する者が誰であるかについては、その取得及び管理に関する名義という形式に加え、購入資金の負担、配当金等の収益又は損失の帰属、名義人と実質的な所有者とを異にする理由の有無等、その取得及び管理に関する諸般の事情を考慮し、その実質をも踏まえて総合的に検討するのが相当である。
イ 上記認定事実によれば、本件各有価証券は、甲名義の本件証券口座で取得され、その後も平成２２年６月３０日時点に至るまで、引き続き同口座で保有・管理されていたことが認められる（認定事実ア、エ参照）。
また、本件各有価証券が取得された時期を含む平成１８年７月から平成２１年６月までの間において、原告の「短期貸付金」勘定（すなわち原告の甲に対する本件貸付金）の残高にほとんど増加が見られないこと（認定事実イ参照）からすれば、原告が、本件各有価証券の名義人となった甲にその購入資金を貸し付けるなど、同資金を拠出したとは認め難く、甲において購入資金を負担したことが推認される。
ウ 原告は、本件各有価証券が名義人（甲）ではなく原告に帰属すると解すべき理由として、病院会計準則を改正する本件通達の発出前は、医療法人が証券取引をすることが許されておらず、そのような経緯から上記改正後も甲名義での取引を継続していたところ、平成２１年６月頃の税務調査を契機として上記（１）ウ及びエの経理処理をした旨を主張する（上記第３の１（１）参照）。
しかし、証拠（乙３５、３６）によれば、そもそも、病院会計準則のうち有価証券に関する規定は、貸借対照表に記入する有価証券の区分及び価額といった帳簿の記載方法を定めたものにすぎず、医療法人による有価証券の取引を規制する内容のものではないから、本件通達に基づく病院会計準則の改正により原告の証券取引の可否が実質的に左右されることになったとは認め難い。そうすると、原告の上記主張はその前提において失当であり、採用することができない。
エ 以上を総合考慮すれば、本件各有価証券は、その取得から平成２２年６月３０日までの間、法人税又は所得税の課税標準の計算上においても、甲が有する資産であり、原告の有する資産ではなかったものと認められる。
（３）原告のその余の主張について
原告は、本件各有価証券が自己の有する資産であったことの根拠として、原告が名義人の甲に対する本件貸付金という形でその購入資金を拠出していたことを挙げた上、法的には、甲から有価証券の現物をもって代物弁済があった旨を主張する（上記第３の１（１）参照）。
しかし、本件各有価証券の現物をもって本件貸付金の代物弁済があったという主張は、本件各有価証券が、その取得の当初、名実共に甲の有する資産であったことを前提とするものであって、その購入当初から原告の有する資産であったという主張内容と明らかに矛盾し、原告の主張全体の合理性を失わせるものというほかない。
２ 本件相殺合意の存否（争点②）について
（１）認定事実
前提事実、証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 平成１８年６月期から平成２２年６月期までの各事業年度の末日の時点において、原告が有していた短期貸付金（「短期貸付金」勘定の残高）は、全て本件貸付金であった。（乙１０～１９、弁論の全趣旨）
イ 本件計上利息の額（前提事実（２）イ参照）は、一部の時期（平成１８年１月、平成１９年７月から平成２０年６月まで、平成２１年３月から同年６月まで）を除き、平成１８年１月から平成２２年６月までの各月の末日における「短期貸付金」勘定の残高を元本として計算された。なお、上記の一部の時期における計算では、その直前の時期に発生した「短期貸付金」勘定の増加又は減少（ただし、未払給与又は未払家賃との相殺は含まない。）が反映されていない。（乙１０の５～９、乙３０、弁論の全趣旨［被告準備書面（２）別表］）
ウ 原告は、平成２０年７月１日付けで、「未払給与」勘定に計上されていた甲の平成１８年分ないし平成２０年分の給与（源泉所得税を控除した後のもの）の合計額３９６５万０４００円を、「短期貸付金」勘定から減額する経理処理をした（以下「本件相殺処理」という。）。（乙１０の８、乙２５の４、弁論の全趣旨）
エ 原告は、平成２０年７月４日、本件相殺処理を経た平成１８年分及び平成１９年分の甲の給与に関し、源泉所得税を納付した。また、原告は、平成２１年１月２０日、本件相殺処理を経た平成２０年分の甲の給与に関し、源泉所得税を納付した。（乙１０の８、乙２５の４、乙２６）
オ 平成１８年６月期から平成２２年６月期までの原告の各事業年度において、甲に対する未払給与等に相当する額を「短期貸付金」勘定から減額（相殺）する経理処理がされたことは、本件相殺処理を除いて存在しない。（乙１０の５～９、乙２５、２７、２８）
（２）検討
ア 原告は、平成１８年１月以前において、原告と甲との間には、甲の原告に対する給与等の支払請求権が発生する都度、これらと本件貸付金の返還債務とを対当額で相殺する旨の包括的な合意（本件相殺合意）があったから、本件貸付金の通常利息の計算の基礎となる元本は、原告の甲に対する未払給与等の額を控除した額であると主張し（上記第３の２（１）参照）、甲はこれに沿う内容の供述をしている（甲３参照）。
イ しかし、上記認定事実によれば、原告の経理上、平成１８年１月から平成２２年６月までの間、甲の原告に対する給与等の支払請求権と本件貸付金の返還債務との間で相殺する経理処理がされたのは、平成２０年７月１日付けでされた本件相殺処理のみであり、それ以前もそれ以降も定期的な相殺の経理処理が行われていないことからすると、明示的に行われた本件相殺処理の他に、原告の主張するような本件相殺合意が存在していたのかどうかは疑わしいといわざるを得ない。
この点、原告は、平成１３年に事務局長が入院したことから、本件相殺合意が経理処理に反映されなくなっていたが、その後、税務調査を契機として経理処理を実態に合わせることとした旨主張する。しかし、上記のとおり、本件相殺処理がされた後の平成２１年分の給与等については、再び、相殺の経理処理がされなくなっていることに照らすと、上記の原告の主張は必ずしも事態を合理的に説明するものとはいえない。そして、他に本件相殺合意の存在を裏付けるに足りる証拠はない。
ウ 以上のとおりであるから、平成１８年１月以前に本件相殺合意があったとする原告の上記主張は採用することができない。
３ 本件貸付金の通常の利率（争点③）について
（１）役員等への貸付けと経済的利益の供与
使用者が役員又は従業員（以下「役員等」という。）に対して金銭の貸付けをした場合、当該貸付けに係る利率が、使用者以外の第三者から金銭の貸付けを受けるとした場合の通常の利率（以下「第三者利率」という。）よりも低いときには、使用者が、当該役員等に対し、上記の各利率の差額により算出される利子の金額に相当する経済的利益を供与したこととなり、この経済的利益は、所得税法２８条１項、３６条１項により、当該役員等の給与所得（同法２８条１項にいう「給与等」）に当たると解される。
上記の第三者利率の算定方法を具体的に定めた法令はないが、個々の納税者が得た経済的利益の評価をするものである以上、借主の属性、担保の有無とその種類、貸付け期間、時々の経済実態など、利率に関わる個別的な要素を一切無視して決することは適切ではない一方、課税の公平性や安定性の要請に配慮すると、特に個別的な要素がない場合には、法定利率等の一定の水準の利率をもって通常適用すべき第三者利率とすることにも合理性があるということができる。
（２）基本通達３６－４９の合理性
ア 上記の点に関し、基本通達３６－４９は、使用者の役員等に対する貸付金の通常の利率として、当該貸付金が使用者の他からの借入れに基づくものであることが明らかでない限りは、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における基準割引率に年４％の利率を加算した利率によるべきであると定めている（上記第２の２、別紙２「法令及び通達の定め」３参照）。この利率は、平成２５年法律第５号による改正前の租税特別措置法９３条１項が定める割合（以下「利子税の特例基準割合」という。）と同じ割合である。
しかるところ、利子税は、納税者が国から延納に係る国税に相当する額の金銭を借り入れたとした場合における約定利息に相当するものである（国税通則法６４条１項、所得税法１３１条３項参照）。そして、利子税の特例基準割合は、基準割引率（日本銀行法１５条１項１号、３３条１項１号参照）に基づいて定められ、その基準割引率は、日本銀行の政策委員会が通貨及び金融の調節のために決定するものである（同法１５条１項柱書、１条、２条）から、経済情勢等を反映して変動することが予定されたものである（乙３８参照）。また、使用者の役員等に対する貸付金は、一般に、使用者と役員等との特殊な関係を反映して、担保権を設定せず、その使途及び返済期限も特に定めない形態をとることも少なくないということができ、客観的にみれば貸倒れのリスクが比較的高い類型のものであるところ、そのような類型の貸付けにおける金利は一般に必ずしも低廉なものとはいえず、金融機関が上記の利子税の特例基準割合（後記（３）のとおり、平成１３年以降は４％台で推移している。）に近似する水準の利率を設定することも十分に考えられる。以上の諸点を勘案すると、特に個別的な要素がない場合において、利子税の特例基準割合を適用することには、一応の合理性がないわけではない。
イ これに対し、原告は、第三者利率としては、全国の銀行（銀行法２条１項参照）等が行った多数の貸付けにおける金利（利率）の平均値である貸出平均金利（前提事実（５）イ、別表２－２「平均金利一覧」、甲２参照）を採用することが適切である旨主張する（上記第３の３（２）参照）。
しかしながら、上記の平均値の基礎とされた貸付けの中には、①会社又は地方公共団体等の法人に対する貸付けに加え、②個人に対する貸付けであっても、詳細に返済期限を定め、貸付金の使途を特定の目的に限定し、確実な担保を徴するなどの合理的な方策を講じることにより、元本の回収が相当に確実であると見込まれる貸付け（典型的には住宅ローン）が相当数含まれているものと考えられる。そうすると、そのような方策を講じていない個人に対する貸付金の利率についてまで、上記金利を採用することが合理的であるとはいい難い。現に、本件貸付金は、貸付額が合計で十数億円に上る多額のもの（別表５「利息計算書（被告主張）」の⑫欄、乙１０参照）であるが、担保権を設定せず、その使途及び返済期限も特に定めていない（乙１１～１９、弁論の全趣旨）。
ウ 以上を総合考慮すれば、基本通達３６－４９が利子税の特例基準割合をもって利率として定めている点は、少なくとも、本件貸付金についてこれを適用する限度においては、経済的利益の供与の額の算定方法として必ずしも不合理ではないというべきである。
したがって、本件各期間における本件貸付金の通常の利率は、基本通達３６－４９の定める利率によることができると解される。
（３）本件への当てはめ
前提事実（２）ウによれば、原告は、平成１８年６月期以後の各事業年度の末日において、借入金債務を有していないから、基本通達３６－４９により、本件貸付金の通常の利率は、個々の本件貸付金の発生日の前年１１月３０日経過時における基準割引率（前提事実（５）ア、別表２－１「基準割引率一覧」参照）に年４％を加算した利率、具体的には、以下の①から⑤までのとおりの利率になると認められる（別表５「利息計算書（被告主張）」の「適用利率」欄参照）。
① 平成１３年以前に発生したもの年４．５％
なお、本件貸付金に平成７年以前に発生したもの（通常の利率５．７５％）が含まれているかが明らかでないことから、平成１３年以前に発生したものは、全て、その期間における最も低い利率である年４．５％によるべきである。
② 平成１４年から平成１８年までに発生したもの年４．１％
③ 平成１９年に発生したもの年４．４％
④ 平成２１年に発生したもの年４．５％
⑤ 平成２２年に発生したもの年４．３％
４ 本件更正等及び本件納税告知等の適法性について
以上によれば、本件法人税及び本件源泉所得税に関し、被告が主張する税額の計算方法（上記第２の４参照）は相当であるから、原告が納付すべき税額は、それぞれ、別紙２「課税標準及び税額の計算」（第１の１（６）、２（３））及び別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」（⑨、⑩欄）のとおりとなる。
しかるところ、これらの金額は、本件更正等（前提事実（６）ウ参照）及び本件納税告知等（前提事実（７）ウ参照）で納付すべき税額とされた金額（別表３「本件更正等の経緯」の「本件更正等」区分における「納付すべき法人税額」欄及び「過少申告加算税」欄、別表４－２「本件納税告知等の内容」の「納付すべき源泉所得税額」欄及び「不納付加算税」欄参照）を下回るものではない。
したがって、本件更正等及び本件納税告知等は、いずれも適法である。
第５ 結論
よって、原告の各請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用の上、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官工藤哲郎
裁判官和久一彦
（別紙１）
法令及び通達の定め
１ 法人税法
（実質所得者課税の原則）
１１条資産又は事業から生ずる収益の法律上帰属するとみられる者が単なる名義人であって、その収益を享受せず、その者以外の法人がその収益を享受する場合には、その収益は、これを享受する法人に帰属するものとして、この法律の規定を適用する。
（資産の評価損の損金不算入等）
３３条
１項内国法人がその有する資産の評価換えをしてその帳簿価額を減額した場合には、その減額した部分の金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
２項内国法人の有する資産につき、災害による著しい損傷により当該資産の価額がその帳簿価額を下回ることとなつたことその他の政令で定める事実が生じた場合において、その内国法人が当該資産の評価換えをして損金経理によりその帳簿価額を減額したときは、その減額した部分の金額のうち、その評価換えの直前の当該資産の帳簿価額とその評価換えをした日の属する事業年度終了の時における当該資産の価額との差額に達するまでの金額は、前項の規定にかかわらず、その評価換えをした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
３項以下略
２ 所得税法（平成２４年法律第１６号による改正前のもの。以下同じ。）
（実質所得者課税の原則）
１２条資産又は事業から生ずる収益の法律上帰属するとみられる者が単なる名義人であって、その収益を享受せず、その者以外の者がその収益を享受する場合には、その収益は、これを享受する者に帰属するものとして、この法律の規定を適用する。
（給与所得）
２８条
１項給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（以下…「給与等」という。）に係る所得をいう。
２項以下略
（収入金額）
３６条
１項その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもって収入する場合には、その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とする。
２項前項の金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額は、当該物若しくは権利を取得し、又は当該利益を享受する時における価額とする。
３項略
（源泉徴収義務）
１８３条
１項居住者に対し国内において第２８条第１項（給与所得）に規定する給与等…の支払をする者は、その支払の際、その給与等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない。
２項略
（源泉徴収に係る所得税の納期の特例）
２１６条居住者に対し国内において第２８条第１項（給与所得）に規定する給与等…の支払をする者…は、当該支払をする者の事務所、事業所その他これらに準ずるものでその支払事務を取り扱うもの（給与等の支払を受ける者が常時十人未満であるものに限る。以下この章において「事務所等」という。）につき、当該事務所等の所在地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、１月から６月まで及び７月から１２月までの各期間（当該各期間のうちその承認を受けた日の属する期間については、その日の属する月から当該期間の最終月までの期間）に当該事務所等において支払った給与等…について第２章から前章まで（給与所得等に係る源泉徴収）の規定により徴収した所得税の額を、これらの規定にかかわらず、当該各期間に属する最終月の翌月１０日までに国に納付することができる。
３ 所得税基本通達（昭和４５年７月１日付け直審（所）第３０号。平成２５年課法９－７、課個２－１６、課審５－３２による改正前のもの。以下「基本通達」という。）
３６－１５所得税法第３６条第１項かっこ内に規定する「金銭以外の物又は権利その他経済的な利益」（以下３６－５０までにおいて「経済的利益」という。）には、次に掲げるような利益が含まれる。
（１）、（２）略
（３）金銭の貸付け又は提供を無利息又は通常の利率よりも低い利率で受けた場合における通常の利率により計算した利息の額又はその通常の利率により計算した利息の額と実際に支払う利息の額との差額に相当する利益
（４）以下略
３６－２８使用者が役員又は使用人に対し金銭を無利息又は３６－４９により評価した利息相当額に満たない利息で貸し付けたことにより、その貸付けを受けた役員又は使用人が受ける経済的利益で、次に掲げるものについては、課税しなくて差し支えない。
（１）略
（２）役員又は使用人に貸し付けた金額につき、使用者における借入金の平均調達金利（例えば、当該使用者が貸付けを行った日の前年中又は全事業年度中における借入金の平均残高に占める当該前年中又は前事業年度中に支払うべき利息の額の割合など合理的に計算された利率をいう。）など合理的と認められる貸付利率を定め、これにより利息を徴している場合に生じる経済的利益
（３）略
３６－４９使用者が役員又は使用人に貸し付けた金銭の利息相当額については、当該金銭が使用者において他から借り入れて貸し付けたものであることが明らかな場合には、その借入金の利率により、その他の場合には、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における日本銀行法第１５条第１項第１号の規定により定められる商業手形の基準割引率に年４％の利率を加算した利率（その利率に０．１％未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）により評価する。
（別紙２）
課税標準及び税額の計算
第１ 本件法人税
１ 法人税（本税）
（１）所得金額
６１８７万５９８７円
次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額。
ア 修正申告における所得金額
△８０２８万９０９１円
本件法人税の修正申告書（前提事実（５）イ参照）に記載された金額
イ 所得金額に加算すべき金額
１億９３１１万６３４５円
以下の①と②の合計金額。
① 受取利息の計上漏れ
４００５万６３４５円
甲から受け取るべき本件貸付金の利息４８４３万２７８０円（別表５「利息計算書（被告主張）」の「H21.7.31」から「H22.6.30」までの⑬欄の金額の合計。後記第２の１（１）参照）と本件計上利息８３７万６４３５円（前提事実（２）イの「平成２２年６月３０日」欄参照）との差額４００５万６３４５円は、法人税法２２条２項により、益金の額に算入される。
② 損金の額に算入されない雑損失
１億５３０６万００００円
有価証券２から８までの評価損として雑損失に計上された１億５３０６万００００円（前提事実（４）ウ、別表１「有価証券一覧」の「雑損失計上額」の「合計」欄参照）は、上記各有価証券が原告の有する資産でない（本文第３の１（１）参照）から、損金の額に算入されない。
ウ 所得金額から減算すべき金額
５０９５万１２６７円
以下の①と②の合計金額。
① 損金の額に算入される役員給与
４００５万６３４５円
原告が甲に供与した経済的利益（上記イ①）は、法人税法３４条１項１号の給与に該当し、損金の額に算入される。
② 益金の額に算入されない雑収入
１０８９万４９２２円
有価証券６及び７に係る収益分配金として雑収入に計上された１０８９万４９２２円は、上記各有価証券が原告の有する資産でない（本文第３の１（１）参照）から、益金の額に算入されない。
（２）所得金額に対する法人税額
１７６０万２５００円
上記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項により、１０００円未満の端数金額を切り捨てる。）のうち、８００万円については１００分の１８の税率を、それを超える金額（５３８７万５０００円）については１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した金額（平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法６６条１項、２項、平成２３年法律第１２号による改正前の租税特別措置法４２条の３の２第１項参照）。
（３）控除所得税額等
２３７３円
本件法人税の修正申告書（前提事実（５）イ参照）に記載された金額と同額であり、法人税法６８条１項により法人税の額から控除される。
（４）納付すべき税額
１７６０万０１００円
上記（２）から上記（３）を差し引いた金額。ただし、１００円未満の端数金額を切り捨てる（国税通則法１１９条１項参照）。
（５）修正申告における還付金額
２３７３円
本件法人税の修正申告書（前提事実（５）イ参照）に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額
１７６０万２４００円
上記（４）に上記（５）を加算した金額（ただし、国税通則法１１９条１項により、１００円未満の端数金額を切り捨てる。）であり、本件更正により新たに納付すべき法人税額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金の額
０円
本件法人税の修正申告書（前提事実（５）イ参照）には８０２８万９０９１円と記載されているが、上記（１）のとおり本件事業年度の所得金額は６１８７万５９８７円であり、本件事業年度に繰り越される欠損金の額もないため、翌期へ繰り越す欠損金の額はない。
２ 過少申告加算税
（１）通常の税額
１７６万００００円
上記１（６）の本件更正により新たに納付すべき法人税額（ただし、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数金額を切り捨てる。）である１７６０万００００円に、１００分の１０の割合を乗じて計算した金額（同法６５条１項参照）。
（２）加重される税額
８５万５０００円
上記１（６）の本件更正により新たに納付すべき法人税額のうち５０万円を超える金額（ただし、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数金額を切り捨てる。）である１７１０万００００円に、１００分の５の割合を乗じて計算した金額（同法６５条２項参照）。
（３）納付すべき過少申告加算税額
２６１万５０００円
上記（１）に上記（２）を加算した金額。
第２ 本件源泉所得税
１ 源泉所得税（本税）
別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の⑨欄のとおり
（１）原告の甲に対する経済的利益の供与
ア 本件貸付金の発生
原告の貸借対照表上の「短期貸付金」は全て本件貸付金であり、平成１７年１２月３１日において、「短期貸付金」勘定の残高は１１億０２４７万４２２５円であった。しかるところ、平成１４年６月期以降の「短期貸付金」勘定の推移からすると、平成１３年以前に発生した本件貸付金の額は５億１４４７万６１７９円（別表５「利息計算書（被告主張）」の②欄。ただし、発生の古いものから順に返済を受けたものと仮定する。）、平成１４年から平成１７年までに発生した本件貸付金の額は５億８７９９万８０４６円（同別表の④欄）である。
そして、「短期貸付金」勘定の推移からすると、本件各期間の各月末における本件貸付金の残高は、同別表の⑫欄（発生時期ごとで見ると、同別表の②、④、⑥、⑦及び⑩の各欄）のとおりとなる。
なお、有価証券１から８までは原告の有する資産でない（本文第３の１（１）参照）から、その評価損（前提事実（４）ウ、別表１「有価証券一覧」の「雑損失計上額」の「合計」欄参照）は、本件貸付金の残高から控除されない。
イ 本件貸付金に関して供与された経済的利益の額
本件貸付金の残高を貸付金が発生した年分で区分し、当該年分ごとの残高に基本通達３６－４９所定の利率を乗じて算出した額（月額に換算）の合計額は、別表５「利息計算書（被告主張）」の⑬欄のとおりとなる。
本件貸付金に関し、甲が原告に支払ったとされる本件計上利息（前提事実（２）イ参照）の利率（０．０１％、２．０％）は、通常の利率よりも低い。したがって、本件貸付金の通常利息の月別内訳額（別表５「利息計算書（被告主張）」の⑬欄、別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の③欄）と、本件計上利息の月別内訳額（同別表の④欄）との差額（本件経済的利益。同別表の⑤欄）は、原告が甲に供与した経済的利益として「給与等」に当たる（所得税法２８条１項、３６条１項参照）。
なお、原告には他からの借入金がなく、また、本件計上利息の利率は合理的でないから、本件経済的利益について課税しないとすることはできない（基本通達３６－２８（２）参照）。
（２）納付すべき源泉徴収税の額
甲の給与所得に対する所得税源泉徴収簿には、社会保険料等控除後の給与等として別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の①欄の金額が記載されているが、本件経済的利益の額（同別表の⑤欄。上記（１）参照）は、これに含まれていない。
そうすると、納付すべき源泉所得税の額は、別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の①欄に同別表の⑤欄を加算した金額（同別表の⑥欄）に、所得税法１８５条１項１号イ、別表第二甲欄（ただし、平成１８年１月１日から同年１２月３１日までに支払うべきものについては、「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律」（平成１１年法律第８号。平成１８年法律第１０号による廃止前のもの）１１条、別表第一甲欄）を適用した金額（別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の⑦欄）となる。
したがって、原告は、上記金額（同別表の⑦欄）と既に納付した源泉所得税額（同別表の②欄）との差額を、本件各期間に区分して納付しなければならない（同別表の⑨欄）。
２ 不納付加算税
別表６「源泉所得税額計算書（被告主張）」の⑩欄のとおり
上記１（２）の新たに納付すべき源泉所得税額（ただし、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数金額を切り捨てる。）に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額（同法６７条１項参照）。
以上
（別表１）
有価証券一覧
（単位：円）
順号
銘柄
約定日
資産計上額
雑損失計上額
経理処理日
Ｃ
平16・７・９
83,630,000
平20・７・１
Ｄ
平19・２・５
140,570,000
100,110,000
平20・７・１
Ｅ
平20・７・11
98,730,000
8,110,000
平20・７・11
Ｅ
平20・８・７
189,390,000
15,540,000
平20・８・７
Ｅ
平20・９・22
111,900,000
9,190,000
平20・９・22
Ｆ
平21・１・14
20,660,000
△4,620,000
平21・１・14
Ｆ
平21・３・24
29,330,000
△6,570,000
平21・３・24
Ｇ
平19・６・８
122,300,000
31,300,000
平22・６・30
合計
順号１～７
674,210,000
153,060,000
順号２～８
712,880,000
（別表２）
１ 基準割引率一覧
（単位：年％）
２ 平均金利一覧
（単位：年％）
年度
率
年度
率
平成5年
1.75
平成5年
データなし
平成6年
1.75
平成6年
3.469
平成7年
0.50
平成7年
2.701
平成8年
0.50
平成8年
2.028
平成9年
0.50
平成9年
1.913
平成10年
0.50
平成10年
1.869
平成11年
0.50
平成11年
1.723
平成12年
0.50
平成12年
1.739
平成13年
0.10
平成13年
1.588
平成14年
0.10
平成14年
1.606
平成15年
0.10
平成15年
1.611
平成16年
0.10
平成16年
1.606
平成17年
0.10
平成17年
1.395
平成18年
0.40
平成18年
1.448
平成19年
0.75
平成19年
1.682
平成20年
0.50
平成20年
1.675
平成21年
0.30
平成21年
1.431
平成22年
0.30
平成22年
1.229
（注）１１月３０日時点の数値である。
（注）６月３０日時点の数値である。
（別表３）
本件更正等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り
越す欠損金
過少申告
加算税
確定申告
平22・８・31
△86,889,091
△3,011,073
86,889,091
－
修正申告
平22・11・９
△80,289,091
△3,011,073
80,289,091
－
本件更正等
平23・７・８
61,875,987
17,602,400
2,615,000
異議申立て
－
（直接審査請求）
同上決定
－
審査請求
平23・９・７
（本件更正処分等の一部取消請求）
同上裁決
平24・８・31
（棄却）
（注）１「所得金額」欄の△印は欠損金額を示す。
２「納付すべき法人税額」欄の△印は、所得税額及び中間納付額の還付額を示す。（別表４）
１ 本件各納税告知等の経緯
（単位：円）
年月分
区分
年月日
納付すべき
源泉所得税額
不納付加算税
平成18年１月
本件納税告知等
平23・７・８
61,010,589
6,096,000
～６月分
異議申立
平23・９・７
（同意によるみなす審査請求）
ないし
同上決定
－
平成22年１月
審査請求
平23・11・７
（本件各納税告知等の一部取消請求）
～６月分
同上裁決
平24・８・31
（棄却）
（注）本件納税告知等の内容は後記２のとおりである。
２ 本件納税告知等の内容
（単位：円）
期間
納付すべき
源泉所得税額
不納付加算税の
基礎となる税額
不納付加算税
平成18年 1～ 6月
6,456,056
6,450,000
645,000
平成18年 7～12月
8,104,926
8,100,000
810,000
平成19年 1～ 6月
8,237,190
8,230,000
823,000
平成19年 7～12月
7,853,254
7,850,000
785,000
平成20年 1～ 6月
7,853,304
7,850,000
785,000
平成20年 7～12月
5,246,319
5,240,000
524,000
平成21年 1～ 6月
5,586,516
5,580,000
558,000
平成21年 7～12月
6,175,164
6,170,000
617,000
平成22年 1～ 6月
5,497,860
5,490,000
549,000
合計
61,010,589
－
6,096,000
別表５及び別表６省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12720.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。