税務訴訟資料第２６５号－１４２（順号１２７２５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（土浦税務署長）
平成２７年９月２５日棄却・控訴
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士増田英敏
同訴訟復代理人弁護士大山勉
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁土浦税務署長
鈴木秀也
被告指定代理人大津由香
同齋藤誠密
同大森幸子
同杉山泰久
同馬田茂喜
同長澤聡子
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 土浦税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度（以下「平成２１年３月期」という。）に係る法人税の更正処分（ただし、平成２４年８月２１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。以下「本件法人税更正処分」という。）のうち所得の金額０円を超える部分、納付すべき税額につきマイナス３２８１円を超える部分及び翌事業年度に繰り越す欠損金額につき７７万４３５１円を下回る部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２４年８月２１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。以下、「本件法人税賦課決定処分」といい、本件法人税更正処分と併せて「本件法人税更正処分等」という。）をいずれも取り消す。
２ 土浦税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間（以下「平成２１年３月課税期間」という。）に係る消費税の更正処分（ただし、平成２４年８月２１日付け異議決定により一部取り消された後のもの）のうち納付すべき税額１６８万４０００円を超える部分及び上記課税期間に係る地方消費税の更正処分（ただし、平成２４年８月２１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。以下、上記の消費税の更正処分と地方消費税の更正処分を併せて「本件消費税等更正処分」という。）のうち納付すべき譲渡割額４２万１０００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２４年８月２１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。以下「本件消費税等賦課決定処分」といい、本件消費税等更正処分と併せて「本件消費税等更正処分等」という。また、本件法人税更正処分等及び本件消費税等更正処分等を併せて「本件各処分」という。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
本件は、一般小型貨物自動車運送事業を営む原告が、平成２１年３月期の法人税について、Ｂ株式会社（以下「本件外注先」という。）に対する過年分の外注費９８０万２２６０円（以下「本件外注費」という。）を損金の額に算入して確定申告を行ったところ、土浦税務署長が、本件外注費は平成２１年３月期の損金の額に算入することはできないとして、本件法人税更正処分等を行ったのに対し、本件法人税更正処分には理由付記の不備があって違法であり、また、本件外注費を損金に算入する処理は法人税法上違法なものではないと主張して、本件法人税更正処分等の取消しを求めるとともに、平成２１年３月課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について、本件外注費に係る消費税相当額につき消費税法３０条１項（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）に規定する課税仕入れに係る消費税額の控除（以下「仕入税額控除」という。）をして確定申告を行ったところ、土浦税務署長が、本件外注費に係る消費税相当額につき仕入税額控除をすることはできないとして、平成２４年３月２７日付けで本件消費税等更正処分等を行ったのに対し、本件消費税等更正処分には理由付記の不備があって違法であり、また、本件外注費に係る消費税相当額について仕入税額控除をする処理は違法ではないなどと主張して、本件消費税等更正処分等の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
関係法令の定めについては、別紙１「関係法令の定め」に記載のとおりである。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、後掲の証拠又は弁論の全趣旨により容易に認められる事実及び当裁判所に顕著な事実）
（１）原告の業務等
ア 原告は、昭和３３年９月●日に設立された一般小型貨物自動車運送事業を営む有限会社であり、資本金の額は３００万円である（乙２）。
イ 原告は、昭和５５年５月３１日付けで、本件外注先との間でトラック乗務員業務に係る請負契約を締結し、以後、本件外注先からトラック乗務員の派遣を受けていた。
ウ 原告の本件外注先に対する外注費は、毎期、本件外注先が原告に派遣した従業員に支払った給与を１．４倍した金額であり、原告は、毎月、給与に相当する額を支払い、本件外注先の決算期である１０月に、同額の４割に相当する額の１年間分（前年の１１月から当年の１０月まで）をまとめて支払っていた（乙１）。
本件外注費は、本件外注先の給与台帳に記載された給与のうち、本件外注先が平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間に原告に派遣した従業員に係る給与の合計額に０．４を乗じて算出した金額である。
（２）原告の確定申告
ア 原告は、法定申告期限までに、土浦税務署長に対し、平成２１年３月期の法人税について、本件外注費を損金の額に算入した確定申告書を提出した。
イ 原告は、法定申告期限までに、土浦税務署長に対し、平成２１年３月課税期間の消費税等について、本件外注費に係る消費税相当額につき仕入税額控除をした確定申告書を提出した（甲１）。
（３）本件各処分の経緯
ア 土浦税務署長は、平成２４年３月２７日付けで、原告に対し、平成２１年３月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をし、その通知書（以下「本件通知書」という。）を原告に送付した。同通知書の「更正の理由」欄には「貴法人は、Ｂ株式会社に対する過年度の外注費に計上漏れがあったとし、平成２１年３月３１日付で外注費勘定に『Ｈ１３計上漏れＢ』として９，８０２，２６０円を計上し、当事業年度の損金の額に算入しています。しかしながら、当該金額は、平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までのＢ株式会社に対する外注費であると認められることから、当事業年度の損金の額に算入されませんので所得金額に加算しました。」などの記載がある（甲２）。
イ 土浦税務署長は、平成２４年３月２７日付けで、原告に対し、平成２１年３月課税期間に係る消費税の更正処分及び上記課税期間に係る地方消費税の更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をし、その通知書を原告に送付した（甲３）。
ウ 原告は、平成２４年５月２４日、土浦税務署長に対し、前記ア及びイの各処分を不服として異議申立てをした（甲４）。
エ 土浦税務署長は、上記ウの異議申立てについて、平成２４年８月２１日付けで別表１及び別表２の各「異議決定」欄記載のとおり、前記ア及びイの各処分それぞれについて一部を取り消し、その他の異議申立てを棄却する旨の決定をした（甲５）。
オ 原告は、平成２４年９月２１日付けで、本件各処分に不服があるとして、国税不服審判所長に対し審査請求をした（甲６）。
カ 国税不服審判所長は、平成２５年４月２３日付けで、前記オの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲７）。
（４）訴えの提起
原告は、平成２５年１０月２３日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 本件各処分の根拠及び適法性
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５の「争点に関する当事者の主張」に掲げるほか、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」のとおりである。
４ 争点
（１）本件外注費は、平成２１年３月期の損金の額に算入されるか否か（争点１）
（２）本件法人税更正処分に理由付記の不備があり違法があるか否か（争点２）
（３）本件外注費に係る消費税相当額について、平成２１年３月課税期間において仕入税額控除をすることができるか否か（争点３）
（４）本件消費税等更正処分に理由付記の不備があり違法があるか否か（争点４）
５ 争点に関する当事者の主張
（１）本件外注費は、平成２１年３月期の損金の額に算入されるか否か（争点１）について（被告の主張の要点）
ア 費用の帰属時期について
（ア）法人税法は、法人の収益及び費用・損失等をどの年度において計上すべきかについて、一般的な規定をおいていない。そのため、収益及び費用・損失等の帰属時期は専ら解釈に委ねられることになるが、法人税法２２条４項が、「第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする。」と規定していることから、ある収益及び費用・損失等をどの事業年度に計上すべきかは、同項にいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」（以下「公正処理基準」という。）に従うこととなる。
（イ）企業会計上、法人の収益及び費用・損失等をどの年度において計上すべきかについては、現実の支出及び収入がなくても所得が発生した時点を基準とする「発生主義」によって損益を認識すべきものとされている。
また、企業会計では損益計算を企業活動の成果（収益）と努力（費用）を対応させた差引計算として性格付けており、このような対応関係を満足するように計算することを要求する会計原則（費用収益対応の原則）が存在する。
したがって、発生主義により認識した費用は、費用収益対応の原則により各会計期間に割り当てられ計上されることとなる。
（ウ）そして、法人税法において、損金の額は、公正処理基準に従って計算するものとされているから、損金の額をどの事業年度に算入すべきかについては、企業会計上の発生主義及び費用収益対応の原則が妥当するものと解され、同法２２条３項１号の売上原価、完成工事原価等については、個別的対応によりその収益が計上された事業年度に、同項２号の販売費、一般管理費等については、期間的対応により発生した事業年度に、同項３号の損失については、発生した事業年度に、それぞれ損金の額として算入されることになる。
イ 本件外注費は平成２１年３月期の損金の額に算入すべきではないこと
本件外注費は、本件外注先からトラック乗務員の派遣を受けたことに対する対価であり、これは、原告が営む一般小型貨物自動車運送事業の収益を獲得するために直接要する費用であり、当該運送事業に係る売上原価等の原価に該当するものである。
原告が本件外注先から本件外注費に係る役務の提供等を受けた時期は、平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間であり、平成２１年３月期において、本件外注先から本件外注費に係る役務の提供等を受けた事実は認められないし、本件外注費に対応する収益が同事業年度で発生した事実も認められず、また、原告が本件外注費に対応する収益を平成２１年３月期の益金の額に算入した事実も認められない。
以上のことから、本件外注費は、平成２１年３月期の事業年度における収益に係る売上原価に該当せず、平成２１年３月期の損金の額に算入すべき法人税法２２条３項１号に規定する「当該事業年度の収益に係る売上原価」には当たらないのであって、本件外注費は、平成２１年３月期の事業年度の損金の額に算入されない。
ウ 企業会計上の前期損益修正と公正処理基準の関係
原告は、過年度の計上漏れを修正するための前期損益修正は、会計慣行として確立し、公正処理基準に該当しているから、本件外注費は、平成２１年３月期の事業年度の損金の額に算入されるべきである旨主張するが、以下のとおり理由がない。
（ア）公正処理基準について
公正処理基準（法人税法２２条４項）とは、客観的に規範性を持つ公正かつ妥当と認められる基準という意味であり、確立した会計慣行を広く含むと解されているが、企業会計原則の内容や確立した会計慣行が必ずしも公正処理基準となるとは限らない。
会計慣行を含む企業会計は、ゴーイング・コンサーン（企業活動が将来にわたって継続するという継続企業の原則）としての企業の成果、収益力、将来性等を予測させる情報の提供を目的とするのに対して、法人税法の目的は、歳入の公平な徴収、つまり負担の公平な配分であると同時に、国庫の歳入を保障することにあり、両者は目的を異にしている。
したがって、公正処理基準は、客観的な規範性をもつ公正妥当な会計処理の基準であると認められる方式に基づいて所得計算がされている限り認めようとするものと解され、法人税法の企図する公平な所得計算という要請に反するもの、あるいは適正公平な税収の確保という観点から弊害がある会計処理方式は公正処理基準に該当せず、法人が収益等の額の計算に当たって採った会計処理の基準が公正処理基準に該当するといえるか否かについては、法人税の適正な課税及び納税義務の履行の確保を目的とする法人税法独自の観点から判断されるものと解するのが相当である。
（イ）企業会計における前期損益修正について
企業会計上の損益計算は、決算期ごとに、当期において生じた収益の額と当期において生じた費用・損失の額とを対応させ、その差額として当期純利益（又は当期純損失）の額を測定することとなっている。ただ、いったん計上した損益が何らかの理由により過大又は過少であったことがその後になって明らかになった場合、これを修正しなければならないことになるが、その修正を一般に「前期損益修正」という。
前期損益修正事項が生じた場合、本来であれば、当初の決算に遡ってその損益計算を修正し、決算のやり直しをするというのが理想的であるが、当初の決算が既に株主総会等の承認を受け、その損益が対外的にも確定し、これに基づいた株主の配当請求権も法的に具体化していることから、これを遡って訂正することは通常極めて困難であるため、企業会計においては、修正すべきことが明確になった決算期において、前期損益修正益又は前期損益修正損を計上することによりその修正を行うというのが実務慣行となっている。
（ウ）単なる計上漏れに係る前期損益修正は公正処理基準と認められないこと
前記（ア）で述べたとおり、法人税法の企図する公平な所得計算という要請に反するもの、又は適正公平な税収の確保という観点から弊害がある会計処理方式は公正処理基準に該当しないものと解されるところ、企業会計における前期損益修正の処理は、前記（イ）で述べたとおり、当初の決算が既に株主総会等の承認を受け、その損益が対外的にも確定し、これに基づいた株主の配当請求権も法的に具体化していることから、これを遡って訂正することが極めて困難であるという、専ら企業会計固有の問題に由来するものである。そして、本件のように事実誤認による単なる計上漏れに係る前期損益修正を、公正処理基準に該当するとして課税所得の計算上容認すると、発生主義及び費用収益対応の原則に基づき、発生した事業年度の費用及び損失として計上すべきものが、同時にその漏れが判明した事業年度に前期損益修正損として計上するのも正しいということになるが、かかる事態は、課税所得の計算に混乱を生じ、ひいては法人の恣意の介入する余地を生ずることになるのであって、法人税の適正な課税及び納税義務の履行の確保を目的とする同法の企図する公平な所得計算という要請に反するから、公正処理基準の解釈として不合理といわざるを得ない。
したがって、事実誤認による計上漏れについて、それが判明した決算期に前期損益修正として会計上処理することが慣行として広く受け入れられているとしても、これを公正処理基準に該当するものとして認めることはできない。
（エ）法人税法における前期損益修正の取扱いについて
法人税の課税所得は、企業会計上の当期純利益と同じように、継続企業の原則にのっとり、当期の益金（収益）の額と当期の損金（費用・損失）の額との対応計算の結果算定されるものであるところ（法人税法２２条１項ないし４項）、この益金となるべき収益の額及び損金となるべき費用・損失の額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度に帰属するものを計上すべきことになる。すなわち、企業会計上の発生主義を踏まえつつ、前記ア（ウ）のとおり、法人税法２２条３項１号の売上原価等については、個別的対応によりその収益が計上された事業年度に、同項２号の販売費、一般管理費等については、期間的対応により発生した事業年度に、同項３号の損失については、損失の発生した事業年度に、それぞれ損金の額として算入されることになる。そして、これらの金額は、その決算期末の現況により、可能な限り合理的に、かつ事実に即して計算されなければならない。したがって、仮に当初申告に係る益金又は損金の額に関し、事実と異なる経理を行った場合、すなわちその全部又は一部が事実に反しており、あるいはその計算が合理的でないと認められる場合には、常に当初に遡って正当な金額に修正し、課税所得を修正するというのが原則である。
このように、法人税法は、企業会計を尊重するとしても、過年度の課税所得に計算誤りがあった場合には、修正申告や更正処分（更正の請求に基づくものを含む。）によって遡及して修正することを制度的に予定しているのである。
（オ）原告の主張について
原告は、過年度の計上漏れを修正するための前期損益修正は、会計慣行として確立しているから、そのような処理を法人税法上違法であるとするためには、同法の別段の定めとして明確に定められていなければならないなどと主張する。
しかし、法人税法２２条２項及び３項の「別段の定め」は、公正処理基準を修正するための規定であり、ある会計処理が別段の定めにより修正されるというためには、かかる会計処理が公正処理基準に該当することが前提となる。本件外注費のような過年度の費用を当期の費用に計上し損金の額に算入するような処理は公正処理基準に該当するものではないから、原告の主張はその前提を欠くものであって失当である。
また、原告は、前期損益修正は、過年度の損益の計上漏れに対応する処理法として会計慣行として広く認められているから、そのような処理は公正処理基準に該当するなどと主張するが、本件において、原告は、過年度に発生した本件外注費を平成２１年３月期の総勘定元帳の外注費勘定の摘要欄に「Ｈ１３計上漏れＢ」と記載した上で、同勘定の借方に９８０万２２６０円を計上し、平成２１年３月期の損金の額に算入して確定申告をしており、特別損益としての前期損益修正として計上し、申告しているのではない。そのため、更正処分庁は、本件外注費が、法人税法２２条３項１号に規定する「当該事業年度の収益に係る売上原価」には当たらず、平成２１年３月期の損金の額に算入されないとして本件法人税更正処分を行ったのであって、原告が主張するように、企業会計上の前期損益修正が同条４項の公正処理基準に該当しないとして本件法人税更正処分を行ったのではない。
したがって、原告の上記主張は理由がないというべきである。
（カ）以上のとおり、本件外注費は、平成２１年３月期の損金の額に算入されない。（原告の主張の要点）
ア 法人税法２２条４項は、当該事業年度の収益及び損金の額は、公正処理基準に従って計算されるものとする旨規定している。公正処理基準とは、企業会計原則に定められた会計処理の基準はもちろん、企業会計上広く受け入れられている会計慣行を含む会計処理の基準であると解される。
民法上の考え方によれば契約の解除や取消しがあった場合には契約当初に遡及してその契約の効力を失うことになるが、企業会計上は後発的理由に基づいて生じた損失については当該会計年度に遡及して決算修正することはせず、その解除や取消し等の事実が生じた決算期に当該損失を「前期損益修正損」として当期損失に計上することが、会計慣行として一般に受け入れられている。
本件のように、過年度（平成１３年度）の外注費として計上すべきところを、何らかの原因により外注費の計上漏れが生じた場合、計上漏れを認識した事業年度（平成２１年度）の前期損益修正項目として費用計上する処理についても企業会計上の会計慣行として広く受け入れられ、確立している。
会計慣行として確立した会計処理の基準を法人税法上違法というためには、同法の別段の定めに「前期損益修正」を認めないことが明確に定められていなければならないが、そのような定めはない。
したがって、本件外注費を平成２１年３月期において、外注費の額として帳簿に記載し、前期損益修正損として損金の額に算入することは、法人税法上、何ら違法なものではない。
イ 被告の主張について
（ア）被告は、本件のように単なる計上漏れに係る前期損益修正を公正処理基準に該当するとして容認すると、課税所得の計算に混乱を生じ、ひいては法人の恣意の介入する余地を生ずることになるなどとし、公正処理基準の解釈として不合理である旨主張する。
（イ）しかし、法人の所得の測定に恣意性が介入し、法人税法の目的である課税の公平が歪められることを阻止するために、あえて同法は、２２条２項及び３項において、「別段の定めがあるものを除き」と規定した上で、「別段の定め」を具体的に規定している。
そして、法人税法２２条４項は、商事法令や商慣習として用いられている計算基準は、「別段の定め」として規定されている例外を除き、所得計算の原則的な通則の領域につき適用されることを定めている。
つまり、会計慣行として反復して実施されていれば、それが規範化してくるので、規範性をもつ会計処理の基準が法人税法上の所得計算における原則規定となるのであり、法人税法２２条４項の規定は、会計慣行化している会計処理の基準があれば、それは法的規準として扱うということを定めた規定と解すべきである。
「公正妥当」とは規範性を意味し、それは慣行、すなわち「事実たる慣習」として行なわれている限りにおいて意味をもつ。しかして、税法は強行法規であるが故に、法に別段の規定のない領域について、制定法によらずに効力を認めるための規定を明らかにする必要があるとして、明文化したのが法人税法２２条４項の本質なのである。
被告は、事実誤認に基づく前期損益修正は法人税法上排除されると主張するが、前期損益修正の原因の大部分は事実誤認に基づくものである。誤りを発見した時点で是正することはかえって課税の公平に寄与することといえる。
意図的に所得を操作して前期損益修正を利用したというのであれば、租税回避として法人税法１１条を適用すべきであり、公正処理基準に反するとして排除すべきではない。
（２）本件法人税更正処分に理由付記の不備の違法があるか否か（争点２）について（被告の主張の要点）
ア 本件法人税更正処分の理由付記は適法なものであること
（ア）青色申告に係る更正の態様は、①帳簿の記載自体を認めないで更正をする場合、②事実に対する法的評価につき納税者と見解を異にして更正をする場合など様々であるところ、②の場合の理由付記の程度について、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁（以下「最高裁昭和６０年判決」という。）は、「法人税法１３０条２項が青色申告にかかる法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を附記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告にかかる所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨にかんがみ、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであ」るとした上で、「帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、右の更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を前記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である」と判示している。
（イ）これを本件についてみると、本件法人税更正処分は、帳簿書類の記載自体を否認するものではなく、本件外注費の損金算入時期についての法的評価の違いにより行われたものである。そして、本件通知書に記載された更正の理由（以下「本件付記理由」という。）には、更正の対象となった事実として、原告が本件外注費を平成２１年３月期の外注費として計上したこと、及びこれに対する法的評価として、「当該金額は、平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までのＢ株式会社に対する外注費であると認められることから、当事業年度の損金の額に算入されません」と記載され、更正の対象となった事実及び具体的な理由が記載されており、このことによって納税義務者は、本件法人税更正処分における更正処分庁の判断過程を検証することができることになるのであるから、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するという趣旨目的を充足するものといえる。
また、本件付記理由の記載内容から、更正処分庁がなぜその結論に至ったのかということが十分読み取ることができ、原告は、更正処分庁の判断の当否を検討するのに必要な更正処分庁の判断根拠を了知し得るということができ、不服申立ての便宜を与える趣旨目的も充足するものといえる。
そうすると、本件付記理由は、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示されているといえ、法が要求する理由付記として欠けるところはない。
イ 原告の主張について
（ア）原告は、本件付記理由では、本件法人税更正処分が帳簿の記載を否認しないでしたものであるのか、そうでないのかが不明であるから、この点で既に違法であるなどと主張するが、本件付記理由と原告が作成した帳簿書類の記載をみれば、帳簿の記載を否認したものではないことは明白であり、原告の主張は失当である。
（イ）原告は、本件法人税更正処分の理由として、企業会計上の慣行として広く受け入れられている前期損益修正損としての本件外注費が、法人税法上なぜ前期損益修正として損金算入できないのかについて、その結論に至る判断過程を明示すべきであるなどと主張する。
しかしながら、更正の理由とは、①更正の原因となる事実、②事実に対する法の適用及び③その結論の三つをいうものと解されるところ、上記②に関連して生ずる法の解釈の問題や収入・支出の法的評価ないし法的判断の問題については、結論のみを示せば足り、結論に到達した理由ないし根拠を示す必要はないと解すべきである。
本件において、原告は、本件外注費を「外注費」として会計処理していたものであるところ、本件外注費が平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までの間の売上原価等であったという事実を前提に、更正処分庁は、「貴法人は、Ｂ株式会社に対する過年度の外注費に計上漏れがあったとし、平成２１年３月３１日付で外注費勘定に『Ｈ１３計上漏れＢ』として９，８０２，２６０円を計上し、当事業年度の損金の額に算入しています。」と記載し（上記①）、当該事実に対する法の適用として、「当該金額は、平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までのＢ株式会社に対する外注費であると認められることから、当事業年度の損金の額に算入されません」と記載し（上記②）、その結論として、「所得金額に加算しました」と記載した（上記③）のであり、本件付記理由は更正の理由の記載として十分である。
（原告の主張の要点）
ア 本件法人税更正処分は、その更正通知書に付記すべき理由を欠くものであるといわざるを得ず、手続法上の瑕疵があるから違法であり、取り消されるべきである。
イ 本件法人税更正処分が帳簿の記載を否認しないでしたものであるか否か不明であること本件通知書の「更正の理由」欄には、帳簿の記載を否認してする更正であるとも、そうでないとも記載がなく、「貴法人備え付けの帳簿書類を調査した結果、所得金額等の計算に誤りがあると認められますから、次のように申告書に記載された所得金額等に加算、減算して更正しました。」とあるだけで、その記載自体からは、帳簿に記載がないのか、帳簿にある費用を否認して当該年度の所得に加算したのかが明らかでない。
青色申告書に係る更正がされた場合の付記理由が、帳簿の記載に誤りがあったという趣旨か、あるいは租税実体法規を適用した結果なのかが不明な場合は、理由付記は違法であって、その更正は取り消されるべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４７年３月３１日第二小法廷判決・民集２６巻２号３１９頁参照）。
そして、本件付記理由からは、帳簿の記載に誤りがあるというのか、法の適用の結果であるのかが不明であるから、本件法人税更正処分は、この点で違法であり、取り消されるべきである。
ウ 帳簿の記載を否認しないでする更正の理由としてみても不十分であること
仮に、本件付記理由が帳簿の記載を否認しないでしたものとみても、次の（ア）ないし（ウ）のとおり、理由として不十分なものであって違法である。
（ア）法人税法１３０条２項が定める理由付記の趣旨とその背景について
法人税法が青色申告に係る更正に対し、手続上の要件として、①調査の要件（同法１３０条１項）と、②理由付記（同法１３０条２項）の要件を課した趣旨は、全ての取引記録を記帳した帳簿を備え付け、かつ帳簿保存義務を履行する納税者に対してのみ青色申告を承認し、そのような青色申告には高い信頼性が付与されているものとし、信頼の表れとして、種々の特典が与えられ、税務署長が青色申告に係る更正をする場合には、更正の合理的理由が開示される合理的手法によることが求められるというものである。
青色申告に係る更正の要件を定めた背景にはシャウプ勧告があり、その内容は、納税者の記帳による申告納税制度の実効性を担保するため、適正な記帳義務を履行する納税者の申告を青色申告として特別に承認して特別に扱うことを約し、実地の調査をしない限り青色申告に係る更正はできず、更正をする場合には明確な理由を表示することを要件とするとともに、推計課税も禁じるなどの特典を付与するというものである。
そして、上記のとおりの理由付記等の趣旨は、昭和２５年の所得税法及び法人税法の改正の際における衆議院大蔵委員会における政府委員からの説明によっても確認することができる。
（イ）判例法理の到達点を確認する近時の判決例
理由付記の判例法理の現時点の到達点として、大阪高裁平成●●年（○○）第●●号同２５年１月１８日判決（判例時報２２０３号２５頁）を位置付けることができ、同判決は、法人税においての青色申告に係る更正をする場合の理由付記の程度について、これまでの判例法理の到達点を確認しながら、立法趣旨及び青色申告制度の機能を十分しんしゃくした基準を明示している。
同判決は、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合について、「帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、その更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することは要しないが、更正の根拠を、上記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の制度目的を充足する程度に具体的に明示するものであることを要すると解され、更正処分庁が当該評価判断に至った過程を検証しうる程度に記載する必要があるというべきである」（最高裁昭和６０年判決）とし、更正処分庁が当該評価判断に至った過程を検証し得る程度に記載する必要があるとした。
また、「更正の理由付記は、単に納税者に更正の理由を示すに止まらず、更正の妥当公正を担保する趣旨をも含むものであるから、更正の理由を納税者が推知できる場合であっても、その理由を納税義務者が推知できると否とにかかわりがなく、付記すべき理由の程度が緩和されるものではないというべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３８年１２月２７日第二小法廷判決・民集１７巻１２号１８７１頁参照）とし、更正の理由を納税者が推知できるか否かは、理由付記の程度に影響しないし、緩和されないとした。
（ウ）立法資料やシャウプ勧告が示す立法の背景を検証すると、最高裁昭和６０年判決が、付記理由として更正処分庁の判断過程を省略することなしに記載し、更正処分庁が自己の判断過程を逐一検証できることが、更正処分庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的に合するところであるとしており、帳簿の記載を否認しない更正の理由付記においても、更正処分庁の判断過程すなわち下位法規の検討結果や適用条文についても記載することが必要との前提をとっていることは、妥当な解釈といえる。
したがって、本件法人税更正処分の付記理由としては、企業会計上の慣行として広く受け入れられている前期損益修正損としての本件外注費が、法人税法上損金算入できないことについて、その法的根拠を明示すべきこととなる。
更正処分庁の反復継続性の行政負担を考慮しても、処分の根拠規定とその規定の解釈から導き出された要件について、少なくともその判断の論旨が示されるべきである。
本件付記理由には、結論のみが記載され、その検討判断過程と法的根拠、適用条文が明示されていない。
また、理由付記は、更正処分庁の判断過程を省略することなしに記載し、自己の判断過程を逐一検証できるものでなければならないところ、本件付記理由には、損金不算入となる結論に至る判断過程について何の記載もなく、更正処分庁が自己の判断過程を逐一検証することは不可能であるといわざるを得ない。
本件付記理由は、更正の根拠を更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示されているものと評価することができず、最高裁昭和６０年判決の判示からみても、法人税法１３０条２項の要求する理由付記として不備があり、違法であるといわざるを得ない。
（３）本件外注費に係る消費税相当額について、平成２１年３月課税期間において仕入税額控除をすることができるか否か（争点３）について
（被告の主張の要点）
消費税法３０条１項は、事業者が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の同法４５条１項２号に掲げる課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）の合計額を控除（仕入税額控除）する旨を規定している。
そして、消費税法２条１項１２号は、課税仕入れとは、事業者が事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けることをいう旨規定している。
したがって、原告が、本件外注費に係る消費税相当額について、平成２１年３月課税期間において仕入税額控除をするためには、本件外注先から役務の提供を受けた日が当該課税期間に属することが必要である。
本件についてみると、本件外注費は、原告が本件外注先から平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間に役務の提供を受けた費用であると認められ、平成２１年３月課税期間中において、原告が本件外注先から本件外注費に係る役務の提供を受けたとする事実は認められないことから、本件外注費は当該課税期間に係る課税仕入れに該当しない。
したがって、本件外注費に係る消費税相当額について、平成２１年３月課税期間に仕入税額控除をすることはできない。
（原告の主張の要点）
本件外注費は、過年度の費用計上漏れとして前期損益修正損として帳簿上処理しているので、帳簿方式を採用する我が国の消費税法上は、当然に帳簿に費用計上されることにより反射的に仕入税額控除要件を充足していることになる。すなわち、前期損益修正損であっても消費税法上は仕入税額控除額に算入できるはずである。
我が国の消費税は、事業者が消費者に転嫁を予定した多段階付加価値税であり、もともと仕入税額控除による転嫁が大前提とされているから、本件において仕入税額控除が否認されると、原告は、消費税の転嫁が遮断され、転嫁されるべき消費税を負担するという不利益を負うことになる。
（４）本件消費税等更正処分に理由付記の不備があり違法があるか否か（争点４）について（被告の主張の要点）
ア 消費税等についての更正に理由付記は要しないこと
消費税等についての更正について更正の理由を付記すべき旨を定めた法令の規定はなく、消費税等についての更正について、理由付記がないことを理由に違法であるとはいえない。
イ 消費税等についての更正には法人税法１３０条２項は適用されないこと
原告は、消費税等についての更正に法人税法１３０条２項が適用される旨主張するが、法人税法１３０条２項は、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合の規定であり、消費税等の課税標準や税額の更正を行う場合には適用されない。
このことは、消費税法の法構造が、我が国において青色申告制度が定着することを前提としているとしても、変わりはない。
また、原告は、法人税法１３０条２項は、理由付記が当然に認められる青色申告者の権利であることを確認した確認規定であるから、消費税等の申告者が青色申告者である限りにおいて、消費税等の更正処分にも当然に理由付記が求められる旨主張する。
しかしながら、法人税法が、青色申告の承認につき一定の要件を課していること（法人税法１２２条、１２６条）や、その承認の却下、取消しについて定めを置いていること（同法１２３条、１２７条）に照らせば、法人税の青色申告の承認を受けた者に対して特典を付与する規定は、特に定められた創設的なものというべきであり、少なくとも「青色申告者の権利であることを確認した確認規定」であるということはできない。したがって、原告の主張は理由がない。
（原告の主張の要点）
ア 消費税等において、仕入税額控除を行う方法として、帳簿及び請求書等によって行う帳簿方式が採用された背景には、青色申告制度の普及により納税者の多くが帳簿を完備していることがあるといえる。
そして、一定の帳簿書類を備え付けている者に限り青色申告書による申告を認め、そのような者に特典を与えることにより、帳簿書類の完備による申告納税制度の定着を図ることに青色申告制度の趣旨は存在する。その特典の一つが青色申告者に対する更正における理由付記制度であって、青色申告者に対する更正に際しては、法人税や消費税等の区別なく理由が付記されるべきである。
イ 青色申告制度の目的は、適正に記帳して自ら所得を計算し申告納税するという制度を我が国に確立させることにあったのである。
そして、これが憲法の「納税の義務」及び主権者としての国民の地位と結び付くことによって、青色申告こそ、まさに国民主権主義の現われである「納税者主権主義」の具体的表象といえるとともに、青色申告は、憲法の国民主権主義と基底において深く結び付き、法令の定めた帳簿を備え付けることによって、違法な賦課処分から自己を守るという防禦的機能をも有しつつ、違法な税務行政を是正させることとなるのであるから、理由付記の問題も青色申告制度の本質を踏まえて理解すべきである。
理由付記の立法目的が、恣意的な課税処分の抑止と納税者の不服申立て（権利救済）の便宜に寄与することにあることを軽視すべきではなく、「違法な課税処分から青色申告者を守る防御的機能」を考慮すると、青色申告者に対する課税処分には理由付記は必然的に求められている。
よって、青色申告者は、その申告が否定・是正されるなど、不利益な課税処分を受ける場合には、処分理由の付記を求める権利を当然に有するのであり、消費税等の課税処分に際しても、法は理由付記を当然に予定しているものと解すべきである。
ウ 法人税法１３２条の同族会社の行為計算否認規定の射程が非同族会社にも及ぶとされ、法人税法１２条の実質帰属者課税の原則が所得の帰属の問題だけではなく、法人税法の解釈適用の前提とされる事実認定の一般原則として受け入れられてきたように、青色申告に係る更正の理由付記を定めた法人税法１３０条２項も、創設的規定ではなく確認的規定であると位置付けることができる。なぜならば、青色申告と申告納税制度の関係を正確に理解すれば、青色申告者に対する不利益処分には理由付記を当然の権利として法は付与していると理解することができるからである。
そうすると、法人税法１３０条２項により、申告者が青色申告者である限りにおいて、消費税等についての更正にも理由付記が求められる。
エ したがって、理由付記の不備がある本件消費税等更正処分は違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件外注費は、平成２１年３月期の損金の額に算入されるか否か）について（１）法人税法２２条は、１項において、法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定め、３項において、法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（１号）、②①に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（２号）、③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（３号）とする旨を定め、４項において、上記の損金の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準（公正処理基準）に従って計算されるものとする旨を定めている。
また、同条４項は、同法における所得の金額の計算に係る規定及び制度を簡素なものとすることを旨として設けられた規定であると解されるところ、「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」との規定の文言にも照らすと、現に法人のした収益等の額の計算が、法人税の適正な課税及び納税義務の履行の確保を目的（同法１条参照）とする同法の公平な所得計算という要請に反するものでない限りにおいては、法人税の課税標準である所得の金額の計算上もこれを是認するのが相当であるとの見地から定められたものと解され（最高裁平成●●年（○○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁参照）、法人が収益等の額の計算に当たって採った会計処理の基準がそこにいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」（公正処理基準）に該当するといえるか否かについては、上記に述べたところを目的とする同法の独自の観点から判断されるものと解するのが相当である。
そして、このような見地から法人税法の課税所得における損金の計算についてみると、一般に、同法２２条３項１号に規定する、特定の収益との対応関係を明らかにできる売上原価等については、その収益が計上された事業年度に、同項２号に規定する販売費、一般管理費等については、発生した事業年度に、同項３号の損失については、損失の発生した事業年度に、それぞれ損金の額として算入されるべきものと解するのが相当である。
（２）以上を前提として本件についてみると、前記前提事実（１）アないしウのとおり、原告は、一般小型貨物自動車運送事業を営む法人であり、本件外注費は、本件外注先からトラック乗務員の派遣を受けたことに対する対価であるから、これは、原告の営む運送事業の収益を得るために直接要する費用であって、当該運送事業の収益に係る売上原価等の原価に該当するものと認められる。
そして、証拠（乙１）によれば、本件外注費は、平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間に本件外注先が原告に派遣した従業員に係る給与の合計額に基づいて算定されており、原告の平成２１年３月期の総勘定元帳には、本件外注費を計上した上で、その摘要欄に「Ｈ１３計上漏れＢ」と記載されていることが認められることからすると、原告が本件外注費に係る役務の提供等を受けたのは、平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間であると認められる。
したがって、本件外注費は、平成２１年３月期において、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（法人税法２２条３項１号）に該当するということはできない。
（３）これに対し、原告は、本件外注費のように、過年度の外注費として計上すべきところ、何らかの原因により計上漏れとなったような場合、計上漏れを認識した決算期において、前期損益修正項目として費用計上する処理が企業会計上の慣行として広く受け入れられているから、そのような処理は、公正処理基準に該当し、法人税法上も前期損益修正損として損金の額に算入することとしても違法なものではないなどと主張するので、以下検討する。
ア 前記（１）で述べたような法人税法２２条４項の趣旨に照らすと、企業会計の慣行として広く行われている処理であっても、適正な課税及び納税義務の履行の確保を目的とする同法の所得計算という要請に反する場合には、公正処理基準に該当するということはできず、公正妥当であるとはいえないものとして、法人税法上採用することができないものというべきである。
イ そして、企業会計においては、会計方針の変更や誤謬の発見などにより、翌期以後になってから過去の利益計算を修正した方がよいと考えられる場合でも、遡って決算をやり直すのではなく、前期損益修正として、過去の損益を特別損益項目に計上して処理することが慣行として広く行われてきたとしても（乙７、８の１及び２、１６、１７。企業会計原則第二の六、同注解１２参照）、このような企業会計上の慣行は、当初の株主総会での承認や報告を経て確定した財務諸表は、配当制限その他の規制や各種の契約条件の遵守の確認及び課税所得の計算に利用されているから、過去の財務諸表を遡って修正処理することになれば、利害調整の基盤が揺らぐことになるという企業会計固有の問題に基づくものであると考えられる。
ウ これに対し、ある事業年度に損金として算入すべきであったのにそれを失念し、それを後の事業年度に発見したという単なる計上漏れのような場合において、企業会計上行われている前期損益修正の処理を法人税法上も是認し、後の事業年度で計上することを認めると、本来計上すべきであった事業年度で計上することができるほか、計上漏れを発見した事業年度においても計上することが可能となり、同一の費用や損失を複数の事業年度において計上することができることになる。こうした事態は、恣意の介在する余地が生じることとなり、事実に即して合理的に計算されているともいえず、公平な所得計算を行うべきであるという法人税法上の要請に反するものといわざるを得ないのであって、法人税法がそのような事態を容認しているとは解されない。
エ また、法人税法上、修正申告や更正の制度があり、後に修正すべきことが発覚した場合、過去の事業年度に遡って修正することが予定されているのであって、企業会計上固有の問題に基づき行われているにすぎない前期損益修正の処理を、それが企業会計上広く行われているという理由だけで採用することはできないというべきである。
オ そうすると、単なる計上漏れのように、本来の事業年度で計上すべきであった損益を、後の事業年度において、前期損益修正として計上するような処理を公正処理基準に該当するものとして認めることはできないといわざるを得ない。
（４）以上によれば、本件において、本件外注費は、平成１２年１１月から平成１３年１０月までの役務の提供等を受けた対価であって、これを原価として生じた収益を計上した事業年度に損金として計上しておくべきであったことは明らかであり、平成２１年３月期において損金として計上することを、公正処理基準に該当するものとして認めることはできないから、本件外注費を平成２１年度３月期において損金として算入することは、法人税法上認められないものといわざるを得ない。
２ 争点２（本件法人税更正処分に理由付記の不備があり違法があるか否か）について（１）法人税法１３０条２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合に更正通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、同法が、青色申告制度を採用し、青色申告書に係る所得の金額の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿書類の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み（同条１項本文参照）、更正をする処分行政庁の判断の慎重さや合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものと解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５４年４月１９日第一小法廷判決・民集３３巻３号３７９頁等参照）。そして、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、更正通知書記載の更正の理由が、更正の根拠を上記の理由付記の制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正の理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和６０年判決参照）。
（２）本件通知書には、更正の理由として、前記前提事実（３）アのとおりの記載があり、原告が平成２１年３月期の確定申告において損金として計上していた本件外注費は、平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までの外注費であると認められ、そのため平成２１年３月期における損金に算入されないと評価したということが十分に読み取れるものであり、結論に至る判断過程が示されているといえる。そうすると、本件付記理由は、更正をする処分行政庁の判断の慎重さや合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与えるという理由付記の制度の趣旨を充足する程度に具体的なものであるということができ、理由付記として不備はないというべきである。
したがって、本件付記理由については、法人税法１３０条２項が求めるものとして欠けるところはないというべきである。
（３）これに対し、原告は、本件付記理由では、本件法人税更正処分が帳簿の記載を否認しないでしたものであるのか、そうでないのかが不明であるから、この点で違法である旨主張する。
しかしながら、本件通知書には、更正の理由として、前記前提事実（３）アのとおりの記載があり、その記載によれば、原告の帳簿に記載されている本件外注費があったことを前提にした上で、それは、平成１２年１１月分から平成１３年１０月分までの外注費であると認められ、よって平成２１年３月期における損金の額に算入されないと判断したということが容易に読み取れるというべきであり、また、そこに記載された「平成２１年３月３１日」、「外注費」、「Ｈ１３計上漏れＢ」及び「９，８０２，２６０」円の各記載は原告の帳簿の記載と同一であり、そのまま引用したものであることは明らかであるから、帳簿の記載を否認することなく更正をしたものであることは明らかといえ、原告の上記主張は理由がない。
また、原告は、更正の理由として、法規の検討結果や適用条文についても記載すべきであるなどと主張するが、本件において、結論に至る判断過程が示されており、理由付記として求められる程度の記載があるといえることは、前記のとおりであり、原告の上記主張も、採用することはできない。
３ 争点３（本件外注費に係る消費税相当額について、平成２１年３月課税期間において仕入税額控除をすることができるか否か）について
消費税法３０条１項は、事業者が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を定め、消費税法２条１項１２号は、課税仕入れとは、事業者が事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けることをいう旨を定めているところ、これらの規定によれば、原告が平成２１年３月課税期間において本件外注費に係る消費税額を控除するためには、本件外注費に係る課税仕入れを行った日が同期間に属することが必要であると解される。
ところが、前記１（２）で認定したとおり、原告が本件外注費に係る役務の提供等を受けたのは、平成１２年１１月から平成１３年１０月までの間であると認められるから、本件外注費について、平成２１年３月課税期間において仕入税額控除をすることはできないということになる。
この点について、原告は、消費税法が帳簿方式を採用しており、本件外注費を帳簿上で処理しているなどから、本件外注費について仕入税額控除をすることができる旨主張するが、上記のとおりの消費税法上の規定に照らし、採用することはできない。
４ 争点４（本件消費税等更正処分に理由付記の不備があり違法があるか否か）について（１）本件消費税等更正処分がされた当時において、消費税等の更正処分における更正通知書に更正の理由を付記すべきことを定める法令の規定は見当たらない。
（２）これに対し、原告は、法人税についての青色申告書等に係る更正について理由付記を定めた法人税法１３０条２項は、確認的に規定されたものであり、消費税等についての更正にも適用され、青色申告者に対しては、消費税等についての更正にも理由が付記されるべきである旨主張する。
しかしながら、国税通則法は、７４条の２第１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）において、行政手続法第２章及び第３章の規定は適用しないものとし、それらの規定には、不利益処分をする場合に処分理由を示さなければならない旨を定めた規定（同法１４条）が含まれている。そして、法人税法１３０条は、一定の帳簿書類を備え付け、それを基礎として申告を行う青色申告者を優遇し、種々の特典を与えることをその趣旨として定められたものであると解されるところ、消費税法には青色申告に関する規定は存在しない。
これらの規定をみると、法人税法１３０条２項は、確認的に規定されたものとみることはできず、同規定が消費税等について類推適用されると解することはできないというべきである。
この点について、原告は、消費税法上、仕入税額控除を行う方法として帳簿方式が定められていることなどを理由に、法人税法における青色申告者に対する規定を消費税等にも類推適用すべきであるとも主張するが、上記に述べたところに照らし、採用することができないことは明らかである。
（３）そうすると、消費税等に係る更正について、理由付記を要する規定が存在しない以上、理由付記を求めることはできないのであって、本件消費税等更正処分について、理由付記の不備を理由に違法であるということはできない。
５ 本件処分等の適法性について
これまで述べたところに加えて、本件全証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分の根拠及びその適法性については、別紙２に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
第４ 結論
以上の次第であって、原告の請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官舘内比佐志
裁判官荒谷謙介
裁判官宮端謙一
（別紙１）
関係法令の定め
第１ 法人税法の定め
１ 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めている。
２ 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、同項１号ないし３号に掲げる額とする旨を定め、同項１号は、当該事業年度の収益に係る売上原価等の額を掲げ、同項２号は、同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額を掲げ、同項３号は、当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものを掲げている。
３ 法人税法２２条４項は、同条２項に規定する当該事業年度の収益の額及び同条３項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定めている。
４ 法人税法１３０条２項は、税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法２８条２項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない旨を定めている。
第２ 消費税法の定め
１ 消費税法３０条１項（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）は、事業者が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）を控除する旨を定めている。
２ 消費税法３０条７項は、同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れの税額については、適用しない旨を定め、ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない旨を定めている。
第３ 国税通則法の定め
国税通則法７４条の２（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）は、行政手続法３条１項に定めるもののほか、国税に関する法律に基づき行われる処分その他公権力の行使に当たる行為（酒税法第２章の規定に基づくものを除く。）については、行政手続法第２章及び第３章の規定は適用しない旨を定めている。
第４ 行政手続法の定め
行政手続法１４条は、行政庁が不利益処分をする場合には、その名あて人に対し、同時に、当該不利益処分の理由を示さなければならない（ただし、当該理由を示さないで処分をすべき差し迫った必要がある場合は、この限りでない。）旨を定めている。
以上
（別紙２）
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
１ 本件法人税更正処分の根拠
原告の平成２１年３月期の法人税に係る所得の金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金の額は、それぞれ次のとおりである（別表３参照。なお、所得の金額の△印は、欠損金額であることを示す。以下同じ。）。
（１）所得の金額（別表３・順号⑥）
７３５万３４５９円
上記の金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウ及びエの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額（別表３・順号①）
０円
上記の金額は、平成２１年３月期の法人税の確定申告書（甲１の１）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 本件外注費の損金不算入額（別表３・順号②）
９８０万２２６０円
上記の金額は、原告が、平成２１年３月期において、外注費として損金の額に算入した金額であるが、当該金額は、当該事業年度に発生したものではないことから、損金の額に算入されない。
ウ 外注費の損金算入額（別表３・順号③）
１６７万４４５０円
上記の金額は、原告が、平成２１年３月期において、過年度に外注費を過大に計上したとして、当該事業年度の外注費を減額した結果、当該事業年度の損金の額に算入されなかった金額である。過年度における外注費の過大計上額は、その過大計上を行った事業年度において過大に損金の額に算入されたものであり、平成２１年３月期において過大に損金の額に算入されたものではないから、これを当該事業年度において減額する必要はない。減額された金額相当額は、当該事業年度の損金の額に算入される。
エ 繰越欠損金の当期控除額の増加額（別表３・順号④）
７７万４３５１円
上記の金額は、平成２１年３月期の法人税の確定申告書に記載された翌期へ繰り越す欠損金の額であるが、前記アないしウの金額を加減算した結果、当事業年度の所得金額が増加したことに伴い、損金の額に算入されることとなる金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表３・順号⑦）
１６１万７６６０円
上記の金額は、前記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、法人税法６６条１項及び２項（平成２２年法律第６号による改正前のもの）の規定により１００分の２２の税率を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税額（別表３・順号⑧）
３２８１円
上記の金額は、法人税法６８条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得税額であり、平成２１年３月期確定申告書の「控除税額の計算」欄の「計」欄に記載された金額と同額である。
（４）納付すべき法人税額（別表３・順号⑨）
１６１万４３００円
上記の金額は、前記（２）の金額から同（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（５）既に納付の確定した法人税額（別表３・順号⑩）
△３２８１円
上記の金額は、平成２１年３月期確定申告書の「所得税額等の還付金額」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表３・順号⑪）
１６１万７５００円
上記の金額は、前記（４）の金額から同（５）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）であり、本件法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金額（別表３・順号⑫）
０円
前記（１）エのとおり、翌期へ繰り越す欠損金額が平成２１年３月期の損金の額に算入されたことから、翌期へ繰り越す欠損金額はない。
２ 本件法人税更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２１年３月期における納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、納付すべき法人税額が１６１万４３００円（前記１（４））及び翌期へ繰り越す欠損金額が０円（前記１（７））であり、本件法人税更正処分における納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額（別表１の異議決定欄の「納付すべき税額」欄及び「翌期へ繰り越すべき欠損金」欄参照）は、いずれも上記各金額と同額であるから、本件法人税更正処分は適法である。
３ 本件法人税賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件法人税更正処分は適法であるところ、本件法人税更正処分に基づき新たに納付すべき法人税額の計算の基礎となった事実について、当該更正処分前の法人税額の計算の基礎とされていなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件法人税更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、国税通則法６５条の規定に基づき次のとおり計算した金額２１万６５００円である。
上記の金額２１万６５００円は、国税通則法６５条２項の規定に基づき、同条１項の規定により本件法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額１６１万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１６万１０００円に、同条２項により上記新たに納付すべき法人税額１６１万４３００円のうち５０万円を超える部分の金額１１１万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額５万５５００円を加算した金額である。
４ 本件法人税賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件法人税更正処分に伴い原告に課される過少申告加算税の額は、前記３のとおりであり、本件法人税賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表１の異議決定欄の「過少申告加算税の額」欄参照）は、上記の金額と同額であるから、本件法人税賦課決定処分は適法である。
５ 本件消費税等更正処分の根拠
原告の平成２１年３月課税期間の消費税の課税標準額及び納付すべき消費税等の額は、次のとおりである（別表４参照）。
（１）課税標準額（別表４・順号①）
９８０５万５０００円
上記の金額は、課税資産の譲渡等の対価の額（消費税法２８条）（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）であり、平成２１年３月課税期間に係る消費税等の確定申告書（甲第１号証の２）の「課税標準額」欄に記載された金額と同額である。
（２）課税標準額に対する消費税額（別表４・順号②）
３９２万２２００円
上記の金額は、前記（１）の課税標準額に、消費税法２９条（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）の規定により１００分の４の税率を乗じて算出した金額であり、平成２１年３月課税期間に係る消費税等の確定申告書（甲第１号証の２）の「消費税額」欄に記載された金額と同額である。
（３）控除対象仕入税額（別表４・順号③）
１９２万８４７８円
上記の金額は、平成２１年３月課税期間に係る消費税等の確定申告書（甲第１号証の２）に添付された「付表２課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」の「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）⑧」欄の金額５８７５万０３８０円から、本件外注費の金額９８０万２２６０円を減算し、前記１（１）ウの外注費の金額１６７万４４５０円を加算した金額に、消費税法３０条１項の規定により１０５分の４を乗じて算出した金額である。
本件外注費は、前記第５の３のとおり、平成２１年３月課税期間中に役務の提供を受けたものではないことから、これに係る消費税相当額は当該課税期間に係る控除対象仕入税額ではない。また、上記１（１）ウの過年度における外注費の過大計上額については、当該課税期間の確定申告において、これに係る消費税相当額が当該課税期間に係る控除対象仕入税額から差し引かれているところ、当該消費税相当額は、当該課税期間中に役務の提供等を受けた外注費に係る消費税相当額の過大額とは認められないので、当該課税期間に係る控除対象仕入税額から差し引く必要はないから、当該課税期間に係る控除対象仕入税額に加算する。
（４）納付すべき消費税額（別表４・順号④）
１９９万３７００円
上記の金額は、前記（２）の金額から同（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（５）既に納付の確定した消費税額（別表４・順号⑤）
１６８万４０００円
上記の金額は、平成２１年３月課税期間に係る消費税等の確定申告書（甲第１号証の２）の「差引税額」欄に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき消費税額（別表４・順号⑥）
３０万９７００円
上記の金額は、前記（４）の金額から同（５）の金額を差し引いた金額であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
（７）地方消費税の課税標準額となる消費税額（別表４・順号⑦）
１９９万３７００円
上記の金額は、地方税法７２条の８２の規定により、地方消費税（譲渡割）の課税標準額とされる消費税額であり、前記（４）の金額と同額である。
（８）納付すべき譲渡割額（別表４・順号⑧）
４９万８４００円
上記の金額は、前記（７）の地方消費税の課税標準額となる消費税額に地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号による改正前のもの）の規定により１００分の２５の税率を乗じて算出した金額である。
（９）既に納付の確定した譲渡割額（別表４・順号⑨）
４２万１０００円
上記の金額は、平成２１年３月課税期間に係る消費税等の確定申告書（甲第１号証の２）の「譲渡割額納税額」欄に記載された金額と同額である。
（10）差引納付すべき譲渡割額（別表４・順号⑩）
７万７４００円
上記の金額は、前記（８）の金額から同（９）の金額を差し引いた金額であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
（11）差引納付すべき消費税等の合計額（別表４・順号⑪）
３８万７１００円
上記の金額は、前記（６）の金額と同（10）の金額との合計額であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額と譲渡割額との合計額である。
６ 本件消費税等更正処分の適法性
原告の平成２１年３月課税期間における消費税の納付すべき税額及び地方消費税の納付すべき譲渡割額は、納付すべき消費税額が１９９万３７００円（前記５（４））及び納付すべき譲渡割額が４９万８４００円（前記５（８））であるところ、本件消費税等更正処分における納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額（別表２の異議決定欄の「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき譲渡割額」欄参照）は、いずれも上記各金額と同額であるから、本件消費税等更正処分は適法である。
７ 本件消費税等賦課決定処分の根拠
前記６のとおり、本件消費税等更正処分は適法であるところ、本件消費税等更正処分に基づき新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実について、当該更正処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件消費税等更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、国税通則法６５条の規定に基づき次のとおり計算した金額３万８０００円である。
上記の金額３万８０００円は、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額及び譲渡割額の合計額３８万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）を基礎として、国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
８ 本件消費税等賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件消費税等更正処分に伴い原告に賦課される過少申告加算税の額は、前記７のとおりであり、本件消費税等賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表２の異議決定欄の「過少申告加算税の額」欄参照）は、上記の金額と同額であるから、本件消費税等賦課決定処分は適法である。
以上
（別表１）
法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り越
すべき欠損金
過少申告
加算税の額
平成
年
月期
確定申告
期限内
△3,281
1,660,066
774,351
更正処分等
平成24年3月27日
9,027,909
2,064,800
2,434,417
284,000
異議申立て
平成24年5月24日
全部取消し
異議決定
平成24年8月21日
7,353,459
1,614,300
2,434,417
216,500
審査請求
平成24年9月21日
全部取消し
審査裁決
平成25年4月23日
棄却
（注）１「更正処分等」は、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいう。２「納付すべき税額」欄の「△」印は、還付金額を示す。
（別表２）
消費税等の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
消費税額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
納付すべき
譲渡割額
過少申告
加算税の額
平成
年
月課税期間
確定申告
期限内
98,055,000
3,922,200
2,238,109
1,684,000
421,000
更正処分等平成24年3月27日 98,055,000
3,922,200
1,864,690
2,057,500
514,300
46,000
異議申立て平成24年5月24日
全部取消し
異議決定平成24年8月21日 98,055,000
3,922,200
1,928,478
1,993,700
498,400
38,000
審査請求平成24年9月21日
全部取消し
審査裁決平成25年4月23日
棄却
（注）「更正処分等」は、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいう。（別表３）
原告の法人税の所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
順号
金額
申告所得金額
①
加算
本件外注費の損金不算入額
②
9,802,260
減算
外注費の損金算入額
③
1,674,450
繰越欠損金の当期控除額の増加額
④
774,351
減算計（③＋④）
⑤
2,448,801
所得金額
（①＋②－⑤）
⑥
7,353,459
所得金額に対する法人税額
⑦
1,617,660
法人税額から控除される所得税額
⑧
3,281
納付すべき法人税額（⑦－⑧）
⑨
1,614,300
既に納付の確定した法人税額
⑩
△3,281
差引納付すべき法人税額（⑨－⑩）
⑪
1,617,500
翌期へ繰り越す欠損金額
⑫
過少申告加算税の額
⑬
216,500
（別表４）
原告の消費税及び地方消費税の納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
金額
消費税
課税標準額
①
98,055,000
課税標準額に対する消費税額
（①×4/100）
②
3,922,200
控除対象仕入税額
③
1,928,478
納付すべき消費税額
（②－③）
④
1,993,700
既に納付の確定した消費税額
⑤
1,684,000
差引納付すべき消費税額
（④－⑤）
⑥
309,700
地方消費税
地方消費税の課税標準額
となる消費税額（④）
⑦
1,993,700
納付すべき譲渡割額
（⑦×25/100）
⑧
498,400
既に納付の確定した譲渡割額
⑨
421,000
差引納付すべき譲渡割額
（⑧－⑨）
⑩
77,400
差引納付すべき消費税等の合計額
（⑥＋⑩）
⑪
387,100
過少申告加算税の額
⑫
38,000
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12725.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。