税務訴訟資料第２６５号－１８６（順号１２７６９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消請求事件
国側当事者・国（下館税務署長）
平成２７年１２月１１日棄却・控訴
判決
原告Ａ
同訴訟代理人弁護士富岡英次
同佐竹勝一
同松野仁彦
被告国
同代表者法務大臣岩城光英
処分行政庁下館税務署長
神保正
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
下館税務署長が原告に対して平成２３年３月１１日付けでした平成１９年分の所得税の更正処分のうち、分離課税の株式等の譲渡所得の金額１５５９万９４０９円、還付金の額に相当する税額（マイナスの納付すべき税額）５２０万１７３９円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、財団法人Ｂ（以下「本件財団」という。）の設立に際し、同財団に対して株式会社Ｃの株式（以下、この会社を「本件評価対象会社」といい、その株式を「本件株式」という。）５００万株を寄附した（以下「本件寄附」という。）ところ、下館税務署長から、本件寄附は法人に対する贈与により、居住者の有する譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合に該当し、所得税法５９条１項１号の規定により、原告の譲渡所得の金額の計算については、本件寄附の時に、その時における価額に相当する金額により当該資産の譲渡があったものとみなされるとして平成１９年分の所得税に係る更正処分（以下「本件更正処分」という。）を受けたことについて、本件更正処分における本件株式の価額の算定には誤りがあるとして、本件更正処分のうち、原告がした修正申告における税額を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
所得税法５９条１項１号は、法人に対する贈与により、居住者の有する譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合には、その者の譲渡所得の金額の計算については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額により、これらの資産の譲渡があったものとみなす旨定めており、「その時における価額」の評価方法は、所得税基本通達（昭和４５年７月１日付け直審（所）３０。平成２１年６月１７日付け課資３－５ほか２課共同による改正前のもの。以下同じ。）が、財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６・直審（資）１７。平成２０年３月１４日付け課評２－５ほか２課共同による改正前のもの。以下「評価通達」という。）を引用しつつ、定めている。これらの関係法令及び関係通達の定めは、別紙２のとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告等
ア 原告は、金属加工等の製造業、販売・流通業等の多角的な事業を行っているＤグループの会長として、同グループ全体の経営を統括しており、本件財団の理事を務める者である（乙１）。
イ 本件財団は、■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■することを目的とする財団法人である（乙１）。
（２）事実経過
ア 本件寄附等
（ア）原告は、平成１９年１０月１９日、本件財団の設立総会において、本件財団を設立するため、本件評価対象会社の株式（本件株式）５００万株の寄附（本件寄附）を申し入れたところ、本件寄附の申込みが可決、承認された（乙５、６）。
（イ）本件財団は、平成１９年１１月●日（以下「本件贈与日」という。）、茨城県知事から民法３４条の規定に基づく設立の認可を受け、同月●日、設立され（乙１、７）、もって本件寄附を受けた。
（ウ）原告は、平成１９年１２月２８日、Ｅ有限会社、Ｆ有限会社（以下「本件関連２社」という。）及び原告の親族２名に対し、１株当たり１００円の価格により、本件株式各１０万株を譲渡した（以下「本件低額譲渡」という。）。
イ 所得税の非課税の承認の申請
（ア）原告は、平成２２年１１月１９日、国税庁長官に対し、租税特別措置法４０条１項後段に基づき、本件寄附について所得税の非課税の承認を申請した（以下「本件非課税承認申請」という。）（乙２）。
（イ）原告は、平成２３年１月１９日、国税庁長官に対し、（ア）の申請に係る申請書を再提出した。なお、この申請書においては、本件寄附の対象となった本件株式（５００万株）の取得価額は３億２５００万円であると記載されている（１株当たりの取得費は６５円となる。）。（乙３）
（ウ）国税庁長官は、平成２３年３月１１日付けで、本件非課税承認申請につき、不承認とする処分（以下「本件不承認処分」という。）をした。
（エ）原告は、平成２３年５月１０日、本件不承認処分を不服として異議申立てをしたところ、同年１１月２日、国税庁長官がこれを棄却する決定を行ったことから、平成２４年５月２日、東京地方裁判所に本件不承認処分の取消しを求めて訴えを提起した。
東京地方裁判所は、平成２５年９月●日、原告の請求を棄却する判決を言い渡し、これに対して原告が控訴したが、東京高等裁判所は、平成２６年２月●日、原告の控訴を棄却する判決を言い渡した。これに対して原告が上告受理申立てをしたが、平成２７年４月●日に上告審として受理しない旨の決定がされた。（弁論の全趣旨）
ウ 本件訴訟に至る経緯
（ア）原告は、平成２０年３月１３日、下館税務署長に対し、平成１９年分の所得税について、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、確定申告書を提出した（以下「本件確定申告」という。）。
なお、原告は、本件確定申告において、本件低額譲渡に係る譲渡所得の金額等は記載したものの、本件寄附に関する譲渡所得の金額等は記載しなかった。（甲１）
（イ）原告は、下館税務署長に対し、平成２３年３月８日、本件低額譲渡のうち本件関連２社に対するものが所得税法５９条１項２号に規定する「著しく低い価額の対価」による法人への譲渡に該当するとした上で、本件株式の１株当たりの価額を２０３円として、別表１の「修正申告」欄記載のとおり、修正申告書を提出した（甲２）。
（ウ）下館税務署長は、本件不承認処分を受け、本件寄附は、原則どおり、所得税法５９条１項１号に規定する法人に対する贈与による資産の譲渡があった場合に該当し、その時における価額に相当する金額により、資産の譲渡があったものとみなされるとして、本件贈与日における本件株式の１株当たりの価額を２１１円とし、平成２３年３月１１日付けで、別表１の「更正処分」欄記載のとおり、本件更正処分を行った（甲３）。
（エ）原告は、平成２３年５月１０日、本件更正処分を不服として異議申立てをしたところ、関東信越国税局長は、同年１１月８日、これを棄却する決定をした（甲４）。原告は、同年１２月７日、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２５年３月２６日、原告の審査請求を棄却する裁決をした（甲６の２）。
（オ）原告は、平成２５年９月２７日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
（３）本件評価対象会社の状況・資産等
本件評価対象会社は上場しておらず、その株式に取引相場は存在しない。当該株式の価額の評価に関する主要な事情の概要は、以下のとおりである。
ア 発行済株式数等（乙９、弁論の全趣旨）
本件評価対象会社の事業年度は毎年４月１日から翌年３月３１日までであり、本件贈与日及び平成１９年３月３１日現在の発行済株式数は１９０６万１４２４株である。
本件評価対象会社の本件贈与日の株式等の保有状況及び株主らの原告との続柄は別表２のとおりであり、本件評価対象会社の株主である本件関連２社の本件贈与日直前期末日（平成１９年３月３１日）における株主の内訳は、別表３のとおりである。
イ 土地
本件評価対象会社は、本件贈与日において、別表４の「所在地」欄記載の各土地（以下「本件各土地」という。）を所有し、又は借地権を有していた（ただし、別表４順号１５に係る土地を除く。以下、所有地及び借地を併せて「所有地等」といい、別表４順号○の所有地（借地、所有地等）を「順号○所有地（借地、所有地等）」のように表記する。）。本件各土地の地目及び所有地、借地又は所有地等の区分は別表４の「地目」欄の記載のとおりであり（所有地の場合は「宅地」「雑種地」等と記載し、借地の場合は「借地権（宅地）」と記載し、一部が借地で残部が所有地の場合は「借地権宅地」と記載する。）、地積は同別表の「地積」欄の記載のとおりである。
ウ 投資有価証券
本件評価対象会社は、本件贈与日において、Ｇ株式会社（以下「Ｇ」という。）の株式４万株（以下「本件投資有価証券」という。）を保有していた。
エ 物件移転補償契約による補償金等
（ア）本件評価対象会社は、平成１８年８月３０日、東京都との間で、東京都が行う「Ｉ線（第Ｉ）道路整備事業」（以下「Ｉ線整備事業」という。）のため、①建物、工作物等を東京都の事業に支障とならない場所に移転する旨の物件移転補償契約（以下「本件物件移転補償契約」といい、同契約に基づく建物、工作物等の移転債務を「本件物件移転義務」という。）、②同社が所有していた土地を東京都に売り渡す旨の土地売買契約（以下「本件土地売買契約」という。）、③同社が有する借地権を消滅させる旨の借地権消滅補償契約（以下「本件借地権消滅補償契約」という。）及び④同社に生じる損失について、補償金をもって補償する旨の残地及び残借地に関する補償契約（以下「本件残地等補償契約」といい、各契約を併せて「本件移転補償等契約」という。）を締結した（乙１０から１２まで、１４、１６、１８）。
（イ）本件評価対象会社は、平成１８年１０月２０日から同年１１月８日までの間に、本件移転補償等契約に基づく補償金等合計１０億７００４万３１３８円（以下「本件補償金等」という。）のうち８億７１２０万１１３８円の補償金等（以下「本件受領補償金等」といい、未受領分の補償金を「本件物件移転残補償金」という。）を受領した（乙２０）。
３ 被告の主張する本件更正処分の根拠及び適法性
本件更正処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙３のとおりである。本件の争点となっている部分以外の本件更正処分の算定の基礎とされた事実及び争点に関する被告の主張が認められた場合の税額算定過程等については、原告は明らかに争わない。
４ 争点
本件の争点は、本件更正処分の適法性であるが、具体的には次のとおりである。
（１）本件株式の「その時における価額」の評価方法
（２）本件評価対象会社の１株当たり純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）の算定について（上記（１）で類似業種比準価額・純資産価額併用方式を採用するものとした場合）
ア 本件各土地（前提事実（３）イ）のうち、順号１から３まで、５、１３、１４、１６、１７、２０の各所有地又は借地の評価額がいくらか。
イ 本件投資有価証券（前提事実（３）ウ）の評価額がいくらか。
ウ 未発生の厚生年金基金の一括拠出金の支払義務を負債の部に計上すべきか。
エ 順号４所有地等又は本件補償金等（前提事実（３）エ（イ））のいずれを資産の部に計上すべきか。
オ 本件物件移転義務（前提事実（３）エ（ア））の履行に伴う費用の支払義務を負債の部に計上すべきか。（上記エを積極に解した場合）
５ 争点に対する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件株式の「その時における価額」の評価方法）について
（被告の主張の要旨）
ア 本件株式の価額は所得税基本通達２３～３５共－９（４）ニに基づき評価されるべきであること
本件株式に係る「その時における価額」（所得税法５９条１項）について、所得税基本通達５９－６に基づき、同通達２３～３５共－９に準じて合理的に算定する必要があるところ、本件株式は、本件贈与日において、金融商品取引所には上場されておらず、また、気配相場もないことから、所得税基本通達２３～３５共－９（１）から（３）までのいずれにも該当しない。そのため、同通達２３～３５共－９（４）に準ずることとなる。
本件株式については、「適正と認められる価額」による売買実例が存在せず、金融商品取引所が内閣総理大臣に対して株式の上場の届出を行うことを明らかにした事実がなく、また、日本証券業協会が本件株式を登録銘柄として登録することを明らかにした事実もなく、本件評価対象会社と事業の種類、規模、収益の状況が類似する他の法人の株式等の価額があるといった事情も認められない。したがって、本件株式については、所得税基本通達２３～３５共－９（４）イからハまでに該当せず、同ニに該当し、本件贈与日における「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」により評価することとなる。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12769.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。