税務訴訟資料第２６６号－３４（順号１２８１２）
長崎地方裁判所平成●●年（○○）第●●号国家賠償請求事件
国側当事者・国
平成２８年２月２９日棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
植木博路
被告
国
同代表者法務大臣
岩城光英
被告指定代理人
早崎裕子
同
古賀誠
同
楠窪泰浩
同
久松泰雄
同
大坪正宏
同
出水涼子
同
森田一也
同
中島和彦
同
岩元和男
同
藤本啓介
同
小倉大助
同
藤山雄二
同
石橋輝明
同
永ノ尾紀幸
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、４８９万９７００円及び
①内１９４万２５００円に対する平成１９年９月７日から、
②内６７万２０００円に対する平成１９年１０月１日から、
③内１０１万３５００円に対する平成１９年１０月１６日から、
④内７８万７１００円に対する平成１９年１０月２４日から、
⑤内４２万０８００円に対する平成１９年１０月３１日から、
⑥内６万３８００円に対する平成１９年１１月３０日から、
各支払済みまで、年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、被告に対し、国税調査官乙（以下「乙」という。）が原告に対して平成１４年分ないし平成１８年分の所得税並びに消費税及び地方消費税（以下、消費税と地方消費税を併せて「消費税等」といい、所得税と消費税等を併せて「所得税等」という。）に係る修正申告等の慫慂（しょうよう）をする際に説明義務に違反し、また、調査義務を怠って誤った内容の修正申告等を慫慂した結果、本来納付する義務がなかった所得税等を納付して損害を受けたとして、国家賠償法１条１項に基づく損害賠償を求める事案である。
１ 前提事実
以下の事実は、当事者間に争いがないか、証拠（甲５３、乙１９、証人乙、原告本人、後掲各証拠）及び弁論の全趣旨により容易に認められる。
（１）当事者
原告は、長崎県南島原市Ａ町（以下「Ａ町」ということがある。）において、妻・丙（以下「丙」という。）とともに農業（ビニールハウスでのきゅうり栽培等）を営む者である。
（２）確定申告
原告は、島原税務署長に対し、平成１４年分ないし平成１８年分の所得税（課税期間は各年の１月１日から１２月３１日）に係る青色の確定申告書（乙５の１ないし４。以下併せて「本件確定申告書」という。）を法定申告期限内に提出した（以下併せて「本件確定申告」という。）。
原告は、本件確定申告において、各年分の所得金額を別紙１の「確定申告」の項中の「事業所得の金額」欄記載の各金額とし、課税所得金額及び納税額を０円として申告した。本件確定申告における各年分の収入金額及び必要経費の合計及びその内訳は、別紙２の「調査前の額」の項中の「収入金額」及び「必要経費」欄記載のとおりであり、所得控除の額は、別紙１の「確定申告」の項中の「所得控除の額」欄記載のとおりである。
なお、原告は、平成１４年分ないし平成１８年分の消費税等の確定申告書及び消費税課税事業者届出書は提出しなかった。
（３）税務調査
当時、島原税務署個人課税第●部門の上席国税調査官であった乙は、平成１９年７月下旬から同年９月初め頃の間に、原告方を複数回訪問し、原告の平成１８年分以前の所得税等に係る税務調査（以下「本件税務調査」という。）を行った。
乙は、本件税務調査により、原告が、本件確定申告において、妻・丙名義の取引に係る売上金額及び架空人名義の取引に係る売上金額を収入金額から除外している事実などを把握した。
（４）修正申告
ア 乙は、税務調査の結果を踏まえ、別紙１の「修正申告」の項及び別紙２の「調査後の額」の項欄記載のとおり、原告が納付すべき税額を算出し、その内容に従って平成１４年分ないし平成１８年分の所得税の修正申告書案（甲１ないし３、５。以下「本件修正申告書案」という。）及び平成１７年分の消費税等の確定申告書案（甲４。以下、本件修正申告書案と併せて「本件修正申告書案等」という。）を作成した。
イ 乙は、最後の訪問の際、原告に対し、本件修正申告書案等の内容に従って修正申告及び期限後申告を慫慂（納税者の申告に誤りがあると認められた場合に、納税義務者に対して修正申告又は期限後申告〔以下「修正申告等」という。〕を勧奨すること）した（以下「本件慫慂行為」という。）。
原告は、本件修正申告書案等に署名押印し、これを乙に提出して本件確定申告に係る修正申告等をした（以下「本件修正申告」という。）。
ウ 島原税務署長は、本件修正申告の内容をもとに、平成１９年９月２８日、原告に対し、平成１５年分、平成１７年分及び平成１８年分の所得税の重加算税賦課決定処分（乙６の１ないし３）並びに平成１７年分の消費税等の重加算税賦課決定処分（乙６の４）を行った。
また、本件修正申告の結果、原告には、平成１８年分以前の市県民税、国民健康保険税の増額分を納付する義務が生じた。
エ 原告は、①平成１９年９月７日、平成１４年分ないし平成１８年分の所得税（増額分）合計１８７万２４００円（平成２０年１月２２日に還付された１３万５０００円を除く。甲３８、３９、４２、４３、４９）及び平成１７年分の消費税等（増額分）７万０１００円（甲４６）、②平成１９年１０月１日、平成１５年分、平成１７年分、平成１８年分の所得税の重加算税及び平成１７年分の消費税等の重加算税合計６７万２０００円（平成２０年１月２２日に還付された４万９０００円を除く。甲４１、４５、４８、５１）、③平成１９年１０月１６日、平成１４年分から平成１７年分の市県民税（増額分）合計１０１万３５００円（甲９の１ないし４）、④平成１９年１０月２４日、平成１５年分、平成１７年分、平成１８年分の所得税の延滞税合計１５万５９００円（甲４０、４４、５０）、平成１７年分の消費税等の延滞税４２００円（甲４７）及び平成１４年分ないし平成１７年分の国民健康保険税（増額分）合計６２万７０００円（甲１０の１ないし４）、⑤平成１９年１０月３１日、平成１８年分の市県民税（増額分）４２万０８００円（平成２０年９月３０日までに還付された１５万０５００円を除く。甲９の５）、⑥平成１９年１１月３０日、平成１８年分の国民健康保険税（増額分）６万３８００円（甲１０の５）をそれぞれ支払った（上記①ないし⑥の合計４８９万９７００円）。
（５）本件訴訟
原告は、平成２５年１１月８日、本件訴訟を提起した。
２ 原告の主張（請求原因等）
（１）慫慂行為の違法性その１－説明義務違反
一般に、税務職員には、修正申告等を慫慂する際、条理上、修正申告等の内容、法的効果、更正との相違等について、説明すべき義務がある。そして、原告は税務申告に関する知識・経験が著しく乏しかったこと、本件修正申告は、乙が予め作成していた本件修正申告書案等に原告が署名押印する方法で行われたことからすると、乙には、本件慫慂行為の際、原告に対し、上記の各点について具体的に説明する義務があった。
しかし、乙は、本件慫慂行為の際、上記義務に違反して、原告に対し、修正申告等の内容や法的効果を具体的に説明しなかったほか、更正処分についての説明を全くしなかった。
（２）慫慂行為の違法性その２－誤った内容の修正申告等を慫慂したこと
乙は、次のとおり、職務上の義務に違反して経費等を正確に反映しない誤った内容の本件修正申告書案等を作成して、原告に対し、誤った内容の修正申告等を慫慂した。
ア 慫慂行為の違法性その２のア－経費率の誤り
原告は、本件当時は帳簿をつけておらず領収書も保存していなかったが、従前から、農家の申告は所得が２００～３００万円になるようにしておけばよいと聞いており、実際に毎年手元に残る金額も同程度であったため、そのように申告していた。他方、原告は、平成１９年分から税理士に依頼して正確な収入と経費を申告するように努めているところ、平成１９年分から平成２１年分までの期間の収入に対する経費の割合（経費率）は約７５％で、納税額はゼロ円であった。同じ商売を続けていれば、収入と経費の割合は毎年ほとんど同じになるのであるから、平成１４年分から平成１８年分までの期間の経費率も、正しくは約７５％であったはずであるところ、本件修正申告書案では、同期間の経費率は、約５０％となっている。乙は、経費に関する調査を怠った結果、上記期間中の経費率を誤って約５０％として本件修正申告書案等を作成し、誤った内容の修正申告等を慫慂した。
イ 慫慂行為の違法性その２のイ－推計課税の方法によらなかったこと
本件税務調査の当時、原告は、経費に関する資料（帳簿や領収書）を保管しておらず、実際の経費をもとに正確な所得額を算出することはできなかったから、原告の所得税については、推計課税の方法、①具体的には、Ａ町の耕作面積１０アール当たりの農業所得金額に原告の耕作面積４４アールを乗じて算出する方法で算出すべきであった。そして、上記方法に基づき、原告の所得額を計算すると、原告が当初行った本件確定申告上の所得額よりも低い金額になり、原告が納税すべき所得税等はゼロになる。なお、②耕作面積及び生産額を作物（畑）に係るものに限定して算出したＡ町の耕作面積１０アール当たりの生産農業所得をもとに推定した原告の所得額、③山形県置賜地域の昭和６０年及び昭和６１年における耕地（畑）１０アール当たりの生産農業所得額に対する農業所得標準表における普通畑の農業所得標準の平均額の割合（約５３％）を、Ａ町の耕地１０アール当たりの生産農業所得額に乗じて算出したＡ町の普通畑の農業所得標準の平均額をもとに推定した原告の所得額は、いずれも上記①の方法によって計算した原告の所得額よりも低くなる。
しかし、乙は、推計課税の方法によらずに算定した金額で本件修正申告書案等を作成して、誤った内容の修正申告等を慫慂した。
ウ 慫慂行為の違法性その２のウ－個々の経費を正しく計上しなかったこと
乙は、次のとおり、職務上の義務に反して必要な調査を怠って個々の経費を正しく計上しなかった結果、原告に対し、誤った内容の修正申告等を慫慂した。
（ア）原告は、乙に、平成１８年分の経費に係る領収書（肥料、ガソリン、重油代等）を交付したのに、乙は、購入先に対する反面調査をして平成１４年から平成１８年分の経費を把握することをせず、それらの経費を計上しなかった。
（イ）原告は、上記期間に、ビニールハウスや自動車、農業用設備の更新を行った（古い資産を処分した。）のに、乙は、除却損の確認・調査を怠ったため、平成１８年に処分した軽トラックについて除却損を計上したのみで、その他の除却損を計上しなかった。
（ウ）原告は、乙に、原告所有の自宅建物（木造。昭和６３年築）の固定資産税課税明細書を交付したところ、木造建物の耐用年数は、店舗用・住宅用２２年、車庫用・格納庫用１７年、倉庫用・作業場用１５年であるから、耐用年数を２２年と考えれば減価償却費を計上しなければならないのに、乙は、原告所有建物の減価償却費を計上しなかった。
（エ）原告は、平成７年に建築したビニールハウス（工事代金は補助金込みで約１０００万円）と平成１６年１０月２０日に建築したビニールハウス（工事代金は補助金込みで約９３４万円。以下「本件ビニールハウス」という。）を所有しているところ、これらのビニールハウスは「構築物」として耐用年数１５年とすべきであるのに、乙は、「器具及び備品」として耐用年数１０年と誤ったり、工事代金を誤って把握したりして、減価償却費や除却損を正しく計上しなかったし、平成１６年建築の本件ビニールハウスを平成１７年建築と誤って把握して、あるいは悪意で平成１７年建築として、平成１６年分の減価償却費を計上せず、平成１７年分の減価償却費を正しく計上しなかった。
なお、質問てん末書（乙３）の「５年くらい前にハウスを広くした」との記載は、そうであればビニールハウスの減価償却費を計上すべきことを認識したはずであるのに、これを計上していないことなどからすれば、虚偽であり、乙が考えた作文である。
（オ）乙は、原告の作業場にトラクターや耕運機などの農業用設備があることを目にしていたのであるから、原告が所有する農業用設備を全てリストアップし、一つ一つ耐用年数が残っているかを確認する必要があったのに、これをせず、農業用設備の減価償却費や除却損を計上しなかった。
（カ）原告は、平成１６年に台風による臨時支出約１１０万円があったのに、乙は、これを計上しなかった。
（キ）平成１７年分の消費税等の確定申告書案（甲４、５４）において、課税売上額約１３６１万円（消費税額５４万４４００円）、課税仕入れに係る支払対価の額約１２８１万円（控除対象仕入税額４８万８２４５円）、差引税額５万６１００円などとされているが、平成１６年建築の本件ビニールハウスが平成１７年に建築されたものと仮定して、その課税仕入額約９３４万円や他の課税仕入額を正しく考慮すれば、課税仕入額は合計約１８８３万円となり、消費税を納付する必要はなかったのに、乙は、課税仕入額を正しく計上しなかった。
（３）原告の損害
ア 原告は、本件慫慂行為の際、乙が、本件修正申告書案等の内容や修正申告の意味、更正処分との相違について説明せず、それらを理解していなかったこと、税務署の作成するものに誤りはないだろうと考えていたこと、乙に、税務署長から７年遡るように言われたが、原告が正直に認めたので５年分（平成１４年分ないし平成１８年分）に抑えておいた旨を言われ、これに応じなければ７年分遡って修正申告を求められると恐怖を感じたことから、本件修正申告書案に署名押印して、本件修正申告をしたにすぎない。
原告は、乙の説明義務違反がなければ、本件修正申告をすることはなく、所得税等の納税義務を負うことはなかった。
イ また、原告は、乙が職務上の義務に違反して誤った内容の修正申告等を慫慂しなければ、すなわち、平成１４年分ないし平成１８年分についても経費率を約７５％としていれば、あるいは推計課税の方法により算定していれば、納付すべき所得税等はゼロとなり、納税義務を負うことはなかった。
ウ したがって、乙の義務違反による原告の損害は、原告が所得税等として納付した合計４８９万９７００円全額である。
（４）被告の抗弁（消滅時効）について
被告の消滅時効の主張は争う。
原告が平成１９年１１月３０日に本件損害賠償請求権に係る損害及び加害者を知っていたなら、平成１４年分ないし平成１８年分の所得税等の納税をするはずはないから、同日の時点で、損害及び加害者を知らなかった。
また、原告は、平成１９年分の所得税の確定申告をした平成２０年３月１４日当時、税務上の知識を欠いていて、本件慫慂行為の違法性及びそれによって受けた損害を現実に認識していなかった。
（５）本件請求
よって、原告は、被告に対し、国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求として、上記損害合計４８９万９７００円及び内前提事実（４）エ①ないし⑥の各納税金額に対する各納税日から支払済みまで、民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払いを求める。
３ 被告の主張（認否反論等）
（１）慫慂行為の違法性その１－説明義務違反について
一般に、税務職員には、修正申告を慫慂する際に、修正申告の内容や法的効果などを説明すべき義務があることは争わない。
しかし、乙は、本件慫慂行為の際に上記説明義務を果たした。すなわち、乙は、原告に対して、本件修正申告書案等の内容について、調査後の金額を示す資料を参照しながら、売上げ除外の加算や経費等の追認を含めて、各項目を説明した後、「修正申告等について」と題する書面（乙８と類似のもの。以下「本件説明書面」という。）を交付した上、同書面記載の内容（修正申告書等を提出したときは、その修正申告等により納付すべき税額のほか、所得税及び消費税等について重加算税及び延滞税が課され、後日、納付書及び通知書が送付される旨や、修正申告書等に対して不服申立てはできないが、重加算税の賦課決定処分については不服申立てができる旨など）の説明を行った。
（２）慫慂行為の違法性その２－誤った内容の修正申告等を慫慂したことについて原告の主張は、否認ないし争う。乙は、原告の営む農業に関する経費等についても必要な調査を実施して本件修正申告書案等を作成したものであり、職務上の義務違反はなかった。
ア 慫慂行為の違法性その２のア－経費率の誤りについて
（ア）原告は、平成１４年分ないし平成１８年分の期間の売上に係る経費率は平成１９年分以降と同様に約７５％（納税額はゼロ円）であると主張するが、平成１９年分以降の所得税については、原告が確定申告を税理士に依頼したこと、従前は計上されていなかった経費（荷造運賃手数料や会議研修費、丙に対する給与等）が計上されたことなど、平成１８年分以前の所得税とは事情が異なるから、上記期間の経費率が、平成１９年分以降の確定申告に係る経費率と同じであったとはいえない。
（イ）また、原告は、乙の経費に関する調査がずさんであったと概括的に主張するのみで、どの年分のいかなる項目についていくらの経費が認定されるべきであったのかなどといった具体的な主張をしていない。
なお、乙は、本件税務調査時、原告が本件確定申告で除外した売上を指摘するだけでなく、売上げ除外に相当する経費について、経費に関する領収書等の提示を受けたり、更なる提示を求めたり、他に未計上の経費や所得控除はないかを繰り返し確認したりした上、客観的な資料がなくても疑義がない場合には、原告の申出どおりに経費等を認定して、本件修正申告書案等を作成したものであり、経費等について必要かつ十分な調査を実施した。
そもそも、必要経費の申告及び立証は、最もよく知り得る立場にある納税者自身が行うべきものであり、税務当局において、税務調査時に納税者が申し出ない経費等についてまで全て調査すべき義務はない。本件ビニールハウスについても、乙は、平成１７年１０月に４００万円で建築したという本件税務調査時の原告の申出に従ってその経費を算出し、本件修正申告書案等に計上したもので、仮にその建築時期や建築費が事実と異なるとしても、乙に過失や義務違反があったということはできない。
イ 慫慂行為の違法性その２のイ－推計課税の方法によらなかったことについて推計課税は、納税者の申告した所得金額等に誤りがあり、課税庁が課税処分（更正・決定）を行う場合の税額確定方法である（所得税法１５６条）ところ、本件で、課税庁（担当乙）は、原告の本件修正申告を相当と認めて更正決定をしなかったから、上記方法によるべき場合に当たらない。
また、所得税は申告納税が原則であり、推計課税はその必要性がある場合に行うことができるところ、本件では、乙が原告に対する聞き取りや反面調査等の調査を行って、平成１４年分ないし平成１８年分の原告の事業所得の実額を認定しており、推計課税の必要性は認められない。
さらに、推計の計算は実際の所得に最も近似した数値を算出できる合理的な方法によるものでなくてはならないところ、原告の主張する推計計算の方法は、原告の耕地面積が４４アールであるかは不明であること、過去の裁判例において採用された方法（農業所得標準を基礎に所得額を推定する効率法等）とは異なること、耕地１０アール当たりの農業所得は、農家の栽培品目・方法、事業規模、耕作面積等を考慮しないもので、原告の所得にそのままあてはめることのできないものであることからして、不合理なものである。
ウ 慫慂行為の違法性その２のウ－個々の経費を正しく計上しなかったことについて否認ないし争う（この点に関する原告の主張は、弁論準備手続を終結し人証調べも終えた後の弁論終結予定期日の直前に初めて提出されたものであるため、被告から具体的な認否反論はされていないが、弁論の全趣旨からして、否認ないし争うものと解される。）。
（３）原告の損害について
否認ないし争う。
なお、乙が、本件慫慂行為の際に、原告に対して強圧的な態度をとったことはないし、修正申告の慫慂の対象が平成１４年分から平成１８年分となったのは、原告が不正を認めたのが平成１４年分以降であったこと、架空人名義による売上げ除外が確認されたのが同年分以降であったことによるものである。乙が、税務署長から７年遡るように言われたが、原告が正直に認めたので５年分に抑えておいた旨の発言をしたことはない。
（４）抗弁（消滅時効）
原告は、本件慫慂行為時に、本件損害賠償請求権に係る加害者を知り、遅くとも本件修正申告に係る納税を完了して自己の納税額を知った平成１９年１１月３０日には、本件損害賠償請求権に係る損害を知った。
そうでなくても、原告は、税理士に依頼して平成１９年分の確定申告をした平成２０年３月１４日までには、加害者に対する損害賠償が事実上可能な状況の下で可能な程度に損害及び加害者を知ったといえるし、遅くとも原告が税理士に依頼をして３年目の平成２１年分の確定申告をした平成２２年３月１２日には、損害及び加害者を知ったといえる。
そして、原告が損害及び加害者を知った日から３年が経過したから、被告が消滅時効を援用したことにより、本件損害賠償請求権は時効消滅した。
第３ 当裁判所の判断
１ 事実経過の概要
前提事実に加え、証拠（甲５３、乙１９、証人乙、原告本人。ただし後記認定に反する部分を除く。）、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
（１）原告の事業等
原告（昭和●年生）は、昭和６０年頃以降、Ａ町において、事業主として農業を営んでいたところ、遅くとも平成１４年頃以降、架空人名義や妻・丙名義でＢや長崎市内の公設市場に農作物の出荷を行い、上記架空人名義や丙名義での取引による売上を収入に計上せずに確定申告を行っていた。
原告は、本件税務調査以前、自己の営む農業の収入や支出について、帳簿をつけておらず、領収書等もきちんと保存していなかった。
（２）１回目の訪問
ア 乙は、平成１９年７月１９日、原告に所得税等に係る税務調査を行う旨の事前通知をし、同月２４日、原告方を訪問し（１回目の訪問）、原告及びその妻・丙に対して税務調査を実施した。
原告は、当初、出荷先はＢのみであると述べていたところ、原告が提示した平成１８年分の販売精算明細表（Ｂ作成のもの。乙１）には、原告が出荷用段ボールを６４９１箱使用したこと等が記載され、同年分の購買品供給明細一覧表（Ｂ作成のもの。乙２）には、原告が出荷用段ボールを１万１２２０箱仕入れたことが記載されていたことから、乙が、上記仕入数量が上記使用数量よりも多い理由を質問したところ、原告は、Ｂ以外に長崎市内の公設市場に架空人名義（丁）で農産物を出荷していることや、当該取引分は全て現金で決済し売上金額から除外していることを話した。また、原告は、乙に対し、帳簿をつけていないことや、領収書等もきちんと保存していないことを話した。
イ 乙は、１回目の訪問後、Ｂや公設市場に対する反面調査を実施し、原告が本件確定申告上の売上金額から、丙名義でＢと行った取引の売上を除外している事実、「丁」「戊」などの架空人名義を用いてＢ以外の取引先と行った取引の売上を除外している事実を確認したほか、原告の事業の経費に関する資料として平成１７年分以前の販売精算明細表や購買品供給明細一覧表（乙９、１２）を入手した。他方、平成１２年分及び平成１３年分については、架空人名義で取引していた事実は確認されなかった。
（３）２回目の訪問
乙は、平成１９年８月１３日、原告方を訪問し（２回目の訪問）、税務調査を実施した。
その際、乙が上記反面調査の結果等を踏まえて説明を求めたところ、原告は、以前から一部売上を抜いて確定申告をしていたこと、本件確定申告において丙名義及び架空人名義での取引の売上を除外したことを認めた。
また、乙が未計上の必要経費について質問したととろ、原告は、毎年、資材代として８万円、鶏フン代として６万円を支出しているほか、平成１８年は、人夫代（工事費用）として２万８０００円を支出し、きゅうりのビニールハウスに係る工事代金、農舎・農道・農地の工事費用、車両購入費用、車両関係費用（車検代等）及び携帯電話費用等を支出したが、それらの支出について本件確定申告では計上していないことや、平成１８年に従前使用していた軽トラックを処分したことなどを話し、上記支出の一部についての裏付資料を提示した。乙は、原告に対し、他に経費やその領収書等の資料があれば、後日提出するよう求めた。
（４）３回目の訪問
乙は、平成１９年８月２９日、原告方を訪問し（３回目の訪問）、原告及び丙に対し、税務調査を実施した。
その際、原告は、乙に対し、２回目の訪問時に話した車両関係費等の支出に関する領収書を提示したほか、本件確定申告において、平成１８年分の医療費及び平成１４年分ないし平成１８年分の長期損害保険料を計上していないことを話した。乙は、原告に対し、他に申告漏れの経費等はないか尋ねたが、原告から申出はなかった。
乙は、同日までの調査結果をもとに、同日付の質問てん末書（乙３。以下「本件質問てん末書」という。）を、問と答を繰り返す形で誤字を訂正しながらその場で作成し、原告は、その内容に誤りはないとして、これに署名押印した。本件質問てん末書には、Ｂに対する原告及び丙名義での出荷による売上の一部及びそれ以外の名義での出荷による売上を除外して申告したこと、売上げ除外をした理由は少しでも税金を安くしたかったからであること、売上げ除外をするようになったのは５年くらい前からであることなどが記載されていた。
乙は、一通りの税務調査を終えることとし、原告に対し、次回訪問時に修正申告の慫慂を行うことになると言い、他に経費等があれば次回までに申し出るよう伝えた。
（５）本件修正申告書案等の作成
ア 乙は、３回目の訪問後、それまでの税務調査の結果をふまえて、調査前の金額と調査後の金額の対査表（別紙２と同様のもの）を作成して、原告が納付すべき所得税等の金額を算出し、本件修正申告書案等（甲１ないし５）を作成した。
イ 乙は、上記対査表及び本件修正申告書案（収入金額、必要経費、所得金額、所得控除金額、納税額などが記載されている。）において、本件税務調査時に新たに把握した収入及び経費について、本件税務調査時に取得した資料や原告の申出内容等をふまえて、未計上の金額を各年分に追認して計上し（詳細は、別紙２の各年分の「③差引（②－①）」項中の「収入金額」欄及び「必要経費」欄記載のとおり）、３回目の調査の際に原告が申し出た医療費及び長期損害保険料を保険料控除の対象として計上した（詳細は、別紙１の各年分の「修正申告」の項の「所得控除の額」欄記載のとおり）。乙は、上記経費等の一部については、原告から領収書等の提示がなく、その支出を裏付ける資料がなかったものの、原告の申出内容に不合理な点や収集した資料と相反する点がなかったため、結局、原告が申し出た経費等については、そのまま認めた。
乙は、税務調査の結果や本件修正申告書案等の内容で修正申告等の慫慂を行うことについて、上司に報告し、島原税務署長の決裁も得た。
ウ なお、３回目の訪問後、原告から、新たな経費等の申出はなかった。
また、本件修正申告案における経費率は、４０数％から６０数％であった。
（６）４回目の訪問
乙は、平成１９年９月６日、原告方を訪問（４回目の訪問）した際、原告に対し、上記対査表を手元に置き、本件修正申告書案等を示して、修正申告等を慫慂した（本件慫慂行為。なお、この際の説明の有無や説明内容については、後記２（２）で検討する。）。
原告は、本件修正申告書案等について、税務署職員が作成したものであるから間違いはないだろうと思ったことや、調査前と調査後の金額や納税額などについてもおかしいとは思わなかったため、更なる説明を求めたり異論を述べたりすることなく、これに応じ、本件修正申告書等案に署名押印して乙に提出して、本件修正申告を行った。
そして、本件修正申告書案等に同日付の受付印が押印され、原告は翌７日に本件修正申告に係る所得税等を納付した。
（７）本件税務調査後
ア 原告は、平成１９年１２月３日、島原税務署長に対し、本件修正申告のうち平成１８年分について、障害者控除の申告漏れを理由として更正の請求（乙１０）をした。
イ 本件税務調査後、原告は、税理士に依頼して、平成１９年分から平成２１年分の確定申告書（甲６ないし８）を作成した。原告は、島原税務署長に対し、平成２０年３月１４日に平成１９年分の確定申告書を、平成２１年３月１４日に平成２０年分の確定申告書を、平成２２年３月１２日に平成２１年分の確定申告書を提出した。
原告は、上記期間分の確定申告について、税理士の指示に従い、従前のやり方を変えて、経費等に関する資料を保存し、妻・丙が原告の事業を手伝ったことに対して給料（専従者給与）を支払った。
原告の平成１９年分ないし平成２１年分の確定申告における経費率（丙に対する専従者給与は除く。）は約７５％であり、納税額はゼロ円であった。他方、売上や経費の計上の仕方について、平成１８年分以前は、荷造運賃手数料を控除した後の金額が売上として計上されていたのに対し、平成１９年分以降は、年二百数十万円の荷造運賃手数料を含めた金額が売上として計上された上で、荷造運賃手数料が経費として計上されるなどの相違があった。
（８）修正申告等の慫慂に関する通達等
ア 国税庁長官は、修正申告等の慫慂に関して、平成１２年１２月１１日付けで、「実地調査終了前において実施すべき事項について（指示）」と題する通達（甲２４。以下「本件通達」という。）を発した。
本件通達には、実地検査において非違を把握した場合には、納税者等に対して、非違の内容及びその金額を十分に説明すること、原則として、非違を把握した全ての実地調査事案について、納税者に対して修正申告等の慫慂を行うこと、修正申告等の慫慂を行う際は、「修正申告等について」と題する書面（本件説明書面）を交付し、修正申告等に伴う法的効果について確実に教示することなどが記載されていた。また、本件説明書面（乙８と類似のもの）には、修正申告書等を提出したときは、その修正申告書等により納付すべき税額のほか、所得税等について重加算税及び延滞税が課され、後日納付書及び通知書が送付されることや、修正申告書に対して不服申立はできないが、重加算税の賦課決定処分については不服申立ができることなどが記載されていた。
平成１９年当時、島原税務署では、税務職員が、修正申告の慫慂を行う際には、本件説明書面を交付する運用がとられていた。
イ 修正申告の慫慂の内容及び方法等について、平成１９年当時、国税通則法等の法令上の規定はなかったが、平成２３年法律第１１４条に基づく改正により、現行の国税通則法７４条の１１第２項及び３項において、税務職員は、税務調査後、更正決定等をすべきと認める場合には、納税義務者に対して調査結果の内容を説明し、修正申告又は期限後申告を勧奨する場合は、納税申告書を提出した場合には不服申立てをすることはできないが更正の請求をすることはできることを説明するとともに、その旨を記載した書面を交付しなければならないことが規定された。
２ 慫慂行為の違法性その１（説明義務違反）について
原告は、乙が、本件慫慂行為の際、原告に対し、修正申告等の内容、その法的効果及び更正との相違等について、具体的に説明しなかった旨や、乙の説明義務違反がなければ本件修正申告をすることはなく、所得税等の納税義務を負うことはなかった旨を主張し、原告本人も同旨を供述するので、以下検討する。
（１）平成１９年当時、修正申告等の慫慂の方法について、国税通則法上の規定はなかったものの、修正申告は法律上提出を義務付けられていない任意的な申告（これを行わない場合には更正処分がされることになるもの）であって、修正申告等をしたときは不服申立てはできないこと、本件慫慂行為時に通用していた本件通達では、税務職員が修正申告の慫慂を行う際、本件説明書面を交付し、修正申告等に伴う法的効果を確実に教示するとされていたこと、現行の国税通則法７４条の１１第２項及び３項は、租税実務において、従前行われていた運用を法制化したものと解されることなどからすると、乙には、本件慫慂行為の際、納税者である原告が自ら修正申告を行うかどうかについて自己決定できるように、修正申告等の内容やその法的効果（不服申立てをすることができないことを含む。）について説明する義務があったというべきである。
（２）そうであるところ、本件慫慂行為時の状況について、原告本人（甲５３を含む。）は、本件修正申告書案等の内容（本件確定申告からの変更点等）について説明を受けなかった、乙から本件説明文書を受け取っても見せられてもいない、更正との違いについて説明を受けたことはない、説明がなかったため売上がどのくらいかを聞いたが教えてくれなかったなどと供述するのに対し、証人乙（乙１９を含む。）は、４回目の訪問の際、原告に対し、本件修正申告書案等の各項目の金額を明示してその内容を説明し、各項目の調査前の金額と調査後の金額も説明し、未計上の経費及び所得控除について本件税務調査で収集した資料や原告の申立てを踏まえて追認したことを伝え、本件説明書面を交付し、修正申告の法的効果や不服申立てができないことなどを説明したと供述する。
ア まず、乙の上記供述内容は、本件税務調査の結果、本件確定申告で除外されていた売上の存在が判明したことから、上記売上のほか、本件確定申告で計上されていなかった経費等も計上した内容の修正申告を慫慂したという経緯に照らして、自然かつ合理的なものである。また、乙の上記供述のうち、本件説明書面を交付し、その内容を口頭で説明したとの点は、本件通達の内容や島原税務署における運用に合致したものである。原告は、本件修正申告のうち、平成１８年分に係る障害者控除の申告漏れについて、本件修正申告の約３か月後に更正の請求をしているのであって、修正申告の効果ないし更正処分との相違（不服申立はできないが、更正の請求はできること）についても理解していたことが窺われる。さらに、原告において売上げ除外を認め、乙において原告が申し出た経費等をそのまま認め、原告において修正申告をすることに何ら異論を述べていない状況で、乙が、修正申告等の慫慂の一般的運用に反して、敢えて本件修正申告書案等の内容を説明せず、本件説明書を交付してその内容を説明することもしなかったなどとは考えにくい。本件証拠上、乙の上記供述内容に整合しない客観的な証拠資料は見当たらないことも考慮すれば、乙の上記供述内容は、十分信用できるというべきである。
イ 他方、原告本人の上記供述内容を裏付ける客観的な証拠資料は見当たらない。また、原告本人は、売上を聞いたのに教えてくれなかったと供述するが、乙が、原告が売上げ除外を認め、収集した資料により収入（売上）金額も把握できている状況で、原告から質問されたのに敢えて説明しなかったなどとは考え難い。原告本人（甲５３を含む。）は、例えば、乙が原告方を訪問した回数は記憶では３回であり、本件質問てん末書に署名押印したのと本件修正申告書案等に署名押印したのは同じ日であった旨の供述や、本件質問てん末書は乙が事前に書いてきたものを見せられて読まれたものである旨の供述もしているところ、これらは前記認定事実に反するものであり、乙の訪問時の具体的な状況について、記憶が薄れたり変容したりしていることが窺われる。前記認定のとおり、本件慫慂行為当時、原告は、本件修正申告書案等について、税務署職員の作成したものに間違いはないだろうと思っていたことや、その内容（納税額など）もおかしいと思うようなものではなかったことなども考え併せれば、乙の行った説明に特に留意していなかったため、きちんと覚えていないにすぎない可能性が高いと考えられる。したがって、原告本人の上記供述内容を信用することはできない。
（３）そうすると、乙は、本件慫慂行為の際、原告に対し、売上げ除外があったことや原告が申し出た経費等をそのまま認めたことも伝えて、本件修正申告書案等の内容（収入金額や必要経費、所得金額、所得控除金額、納税額など）や調査前の金額と調査後の金額との相違を説明した上、本件説明書面を交付して修正申告の法的効果を不服申立てができないことを含めて一通り説明したものと認められるから、乙に説明義務違反があったとはいえない。
なお、原告は、更正との相違も説明すべきであると主張するところ、本件証拠上、本件慫慂行為の際に、乙が更正処分に言及した様子は窺われない。しかし、申告納税において、納税者が申告した税額等に誤りがある場合、（納税者が自ら修正申告等をしない限り）税務署長において更正処分を行うことは、税法上当然のことであり、その程度のことは、納税者においても周知の事柄といえる。更正処分と修正申告との最も大きな相違は、修正申告の場合には不服申立をすることができないことであるといえ、それ故に、修正申告等を慫慂する際には、この点を説明することが義務的なものとなると解されるほか、納税者において自ら修正申告をするか、しない（更正処分がされた場合には不服申立をして争うことにする）かの判断に迷っているとか、納税者が更正処分との相違について更なる説明を求めているなど、場合によっては、納税者が自ら自己決定できるように、修正申告と更正処分との相違をより細かく説明する必要が生じる状況もあり得るが、本件は、納税者である原告において、妻名義や架空人名義を用いるなどして意図的に売上げを除外していたという事案であり、原告においてこれを認め、修正申告等をすることに何ら異論を述べず、更なる説明を求めることもなかったものである。したがって、乙において、修正申告書については不服申立をすることができないという以上に、更正処分との相違をより細かく説明する義務があったとまではいえない。
また、原告は、修正申告等の内容について具体的に説明すべきであると主張するが、前記認定のとおり、乙は、本件修正申告書案等の内容や調査前の金額との相違などを説明したものであり、原告において自ら修正申告を行うかどうかを自己決定できるようにするために、義務的に説明すべき事柄として、欠けるところはないというべきである。もとより、場合によっては、それらの内訳等をより具体的に説明する必要が生じる状況もあり得ることは、前同様であるが、本件において、そのような状況にあったとは認められず、より具体的な説明が必要であったとまではいえない。
したがって、乙に説明義務違反があったとは認められない。
（４）また、この点に関する原告の主張は、以下のとおり、損害論の観点からしても採用できない。
ア まず、本件慫慂行為の当時、原告は、売上げ除外をしていたことを認め、申し出た経費はそのまま認めてもらっていたことや、本件修正申告書案等についても何ら異論を述べたり更なる説明を求めたりすることなく署名押印したことなどに照らせば、原告は、当然、修正申告等をしよう、あるいはせざるを得ないと考えていたものと推認できるのであり、乙の説明義務違反の有無いかんと、原告が修正申告等をして納税義務を負ったこととの間に、相当因果関係があるとは認められない。
この点に関し、原告は、乙に、税務署長から７年分遡るよう言われたが原告が正直に認めたので５年分に抑えた旨を言われ、これに応じなければ７年分遡られると恐怖を感じたから、本件修正申告書案等に署名押印したにすぎないと主張するが、本件証拠上、乙がそのような発言をしたことを認めるに足りる的確な証拠はない（７年分調査したが架空人名義使用を確認できたのは５年分だったので５年分修正する必要がある旨の発言をしたことが窺われるのみである。）し、乙が７年分遡って修正申告等を慫慂していたら原告がこれに応じなかったというような様子も全く窺われないのであって、この点に関する乙の発言と原告が修正申告等に応じたこととの間に相当因果関係があるともいえないから、原告の上記主張は採用できない。
イ また、本件では、税務署側（担当乙）において、一通りの税務調査を終えて、売上げ除外を把握し、原告が申し出た経費等はそのまま認めて、納付すべき所得税等の金額を算出し、原告に修正申告等を慫慂するに至っていたことや、その当時、原告において、更なる資料提出や合理的な反論主張を行うことが予定されていた様子は全くないことなどに照らせば、仮に原告が本件修正申告をしなかったとしても、税務署側によって同内容の更正処分が行われて、同様の納税義務を負うこととなった蓋然性が高いと考えられるのであり、乙の説明義務違反の有無いかんと、原告が納税義務を負ったこととの間に、相当因果関係があるとは認められない。
（５）以上のとおり、原告の、乙の説明義務違反を理由とする損害賠償請求は、いずれの観点からしても、理由がない。
３ 慫慂行為の違法性その２のア（経費率の誤り）について
原告は、平成１４年分ないし平成１８年分の経費率について、正しくは平成１９年から平成２１年分と同様に約７５％であるのに、乙が経費に関する調査を怠った結果、誤って約５０％として本件修正申告書案等を作成したため、本来は所得税等はゼロ円であったはずなのに、納税義務を負うこととなった旨を主張する。
（１）しかし、一般に、事業における収入及び経費の内容や金額は、年ごとに異なる上、原告は、平成１９年分以降の確定申告について、従前のやり方を変えたことからすると、経費率が、平成１９年分から平成２１年分が平均約７５％であったからといって、平成１８年分以前も毎年約７５％であったはずであるということはできない。また、経費率が約７５％というだけで、当然に所得税等がゼロ円となるわけでもない（例えば、平成１５年分は、その収入金額に照らせば、経費率を約７５％とするのみならず、専従者給与の計上もしなければ、ゼロ円とはならない。）。
（２）仮に、平成１９年分以降の経費率と平成１８年以前の経費率が実際には似たようなものであったとしても、そもそも、本件税務調査の当時、平成１９年分以降の確定申告の内容（経費率等）がどのようなものかは知りようのないものである。平成１８年分以前については、帳簿はなく領収書もきちんと保存されていなかったもので、平成１９年分以降とは状況が異なることは明らかであるところ、本件証拠上、そのような当時の状況において、乙において、原告の事業の経費率を約７５％と把握することができたことを認めるに足りる証拠はない。
（３）したがって、原告の、経費率の誤りを理由とする損害賠償請求も、理由がない。
４ 慫慂行為の違法性その２のイ（推計課税の方法によらなかったこと）について原告は、推計課税の方法で所得税を算出すべきであったのに、乙がこれをせずに誤った内容の本件修正申告書案等を作成したため、本来は所得税等はゼロ円であったはずなのに、納税義務を負うこととなった旨を主張する。
（１）しかし、法令上、修正申告等の慫慂をする際、所得の算定方法について、推計課税の方法によるべき義務を定めた規定は見当たらない（所得税法１５６条は、税務署長が、所得税につき更正又は決定をする場合に、各年分の各種所得の金額又は損失の金額を推計することができる旨を定めた規定であって、修正申告等の慫慂をする場合の規定ではない。）。
（２）また、所得税法（１５６条）上、青色申告に対して更正を行う場合には、推計課税の方法によることはできないところ、本件では、原告は青色申告をしていたもので、更正処分をする場合でも推計課税の方法によることはできなかったものである。更正処分の場合に推計課税の方法によることができないのに、修正申告の慫慂の場合には推計課税の方法によることができるなどとは解されない。
（３）さらに、たとえ法令上推計課税が許容される場合であっても、申告納税制度のもとでは、実額課税が原則であることからすると、推計課税による所得の算定は、その必要性（推計の必要性）がある場合にのみ用いることができると解される。本件において、乙は、本件確定申告の内容と、本件税務調査時に収集した資料や原告からの聞き取り、及び、資料のない原告の申出についても内容の合理性等からそのまま経費等として認めることにより、原告の収入（売上等）及び支出（経費等）を具体的に算出することができる状況にあった（経費等の捕捉漏れがあったとしても、それは、本来支出について最もよく知るはずの原告の申出漏れに由来するものにすぎない。）から、推計課税の方法による必要性があったとはいえない。
（４）以上によれば、乙に、推計課税の方法で所得額を算出すべき義務があったとはいえない。
したがって、原告の、推計課税の方法によらなかったことを理由とする損害賠償請求も、理由がない。
５ 慫慂行為の違法性その２のウ（個々の経費を正しく計上しなかったこと）について原告は、乙が、必要な調査を怠って個々の経費を正しく計上しなかったとし、具体的な義務違反として、前記第２（原告の主張）の２（２）ウの（ア）ないし（キ）を主張する。
（１）しかし、本件訴訟において、原告は、乙の義務違反ないし原告の損害額に関して、当初は、慫慂行為の違法性その１（説明義務違反）及びその２のア（経費率の誤り）を主張していたこと、裁判所から、仮に原告主張の義務違反がなかった場合に、当時（帳簿はなく領収書もきちんと保存されておらず一部しかないなどの状況において）行われるはずであったあるべき修正申告ないし更正処分等の内容について、主張立証を補充するよう求められたのに対し、この点について主張立証の補充はないとし、慫慂行為の違法性その２のイ（推計課税の方法によらなかったこと）の主張を追加したこと、原告が、上記の慫慂行為の違法性その２のウの主張立証を提出したのは、弁論準備手続を終結し、人証調べも終えた後の、弁論終結予定期日の直前であったこと、原告の上記主張について、被告から、具体的な認否反論等はされていないこと、上記人証調べにおいても、原告の上記主張に関する内容についてはほとんど触れられていないことは、当裁判所に顕著である。また、原告の上記主張の内容は、当時の状況において行われるはずであったあるべき修正申告の内容を主張するものにほかならない。
したがって、原告の上記主張立証については、時機に後れた攻撃防御方法であるといわざるを得ないものである上、この点の審理も行う場合は、訴訟の完結を遅延させることになることが明らかであるから、民事訴訟法１５７条１項により、職権で却下する。
（２）なお、原告の上記主張については、以下のとおり、その内容自体も採用できるものではない。
ア まず、原告は、修正申告等の慫慂や更正処分を行う場合、未計上の経費等について、納税者から具体的な申出がなくとも、税務署側において、考えられ得る全ての調査を尽くした上で正確に計上すべき義務があるかのように主張する。
（ア）しかし、申告納税方式のもとでは、納付すべき税額は、課税の前提となる事実関係を最もよく熟知している納税者の申告（確定申告や修正申告）により確定されることが原則であり、行政庁の処分（更正又は決定）はあくまで二次的、補助的なものである（国税通則法１６条１項１号）。また、税額の確定に必要な情報確保についても、納税者側の協力を得て行われるのが原則であり、税務職員の調査権（質問検査権。同法７４条の２）も、具体的事情に応じて必要があるときに行使できるものであって、その調査の範囲、程度、方法等は権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられていると解される（最判昭和４８年７月１０日参照）。そして、確定申告後に行われる修正申告の慫慂は、確定申告の内容を前提に、税務職員が、税務調査の結果、その申告内容に誤りがあると認めた場合に、その誤りを自ら修正するように勧めるものである。
（イ）したがって、法制度上は、納税申告（修正申告を含む。）の内容の正確性については、基本的に、課税の前提となる事実関係（売上げや経費等）を最もよく熟知している納税者の責任において確認すべきものであり、税務職員において、納税額に影響を与え得る事情全般について逐一調査を行う義務、あるいは、考えられ得る全ての収入（売上等）や支出（経費等）について、考えられ得る全ての調査を尽くした上で正確に計上しなければならない義務はないというべきである。税務調査においては、通常、納税額を過少に申告していないか（収入を過少に申告したり、支出を過大に申告したりしていないか）が主な調査事項になると考えられることや、実際の売上や経費等については、税務職員よりも当該事業を現に営んでいる納税者の方がよく知っているはずである上、納税者において、敢えて経費等を過少に申告するという事態は想定しにくいことからしても、税務職員において、納税者の申告や税務調査等によって把握するに至った経費等のみならず、考えられ得る全ての項目・金額について積極的・主体的に調査を尽くした上で正確に計上しなければならない義務があるとはいい難い。
（ウ）そして、前記認定のとおり、乙は、４回にわたる本件税務調査において、原告に対し、未計上の経費等についても複数回質問したり申出を促したりした上、収集した資料によって把握した経費等や原告から申出のあった経費等については、領収書等の資料のないものも含めてそのまま認めたのであって、乙において、経費等についても通常必要とされる程度の調査は行ったものといえる。本件証拠上、乙が、本件税務調査において把握した経費等ないし原告が申し出た経費等を敢えて本件修正申告書案に計上しなかったとか、上記調査によって把握した内容とは異なる内容を計上したといった事実は認められないのであり、乙に調査義務違反があったとはいい難い。
（エ）なお、原告は、乙が、本件ビニールハウスが平成１６年１０月に建築されたことを知っていたのに、敢えて平成１７年建築としたかのような主張もするが、本件証拠上、乙が本件ビニールハウスの実際の建築時期を把握していたことを認めるに足りる的確な証拠はない（かえって、証拠（乙２０）によれば、乙は、原告からの聞き取りによって、本件ビニールハウスは平成１７年１０月に建築されたものと認識していたことが窺われる。）。原告は、本件質問てん末書（乙３）の記載も指摘するが、本件質問てん末書は、その記載内容からして、原告が意図的に売上げ除外をしたことを明確にするために作成されたものであって、経費等を確認するために作成されたものではない上、指摘の記載内容は、売上げを除外していたのは「５年くらい前からです」「ハウスを広くして収入が上がったので驚いて抜くようになりました」というものであって、ハウスを広くしたのが５年前であると直ちに認識できるものではないのであり、証人乙の、ビニールハウスの減価償却費と結びつけて考えていなかった旨の供述も、不自然不合理なものとはいえない。したがって、乙が、本件ビニールハウスが平成１６年建築と知りながら、敢えて平成１７年建築としたなどとは認められない。
イ また、本件請求は、不法行為に基づく損害賠償請求であり、その損害主張としては、原告主張の個々の経費に関する調査の懈怠がなかった場合に、当時の状況において、行われるはずであったあるべき修正申告ないし更正処分等の内容について、具体的に主張立証することが必要である（原告の上記主張を前提としても、その個々の調査懈怠の内容からして、納税額が当然にゼロ円となるものではない以上、個々の調査懈怠がなかった場合には、結局、各年の経費や納税額はいくらであったはずなのかについて、具体的に主張立証する必要がある。）ところ、この点について具体的な主張立証がない。
なお、この点に関する原告の主張（キ）は、消費税等がゼロ円であったことを主張するものではあるが、原告の主張によれば、本件ビニールハウスは平成１６年建築であるから、平成１７年分の消費税等の確定申告書案において、本件ビニールハウスの建築費が課税仕入額として計上されていないことは、本来あるべき内容としては正しいのであり、原告に損害が生じたものということはできない。
６ 消滅時効について
仮に、原告主張のとおり、乙に説明義務違反その他の義務違反があったとしても、原告主張の本件損害賠償請求権は、以下のとおり、時効消滅したものといわざるを得ない。
（１）まず、国賠法１条１項に基づく損害賠償請求権の期間制限については、同法４条により民法７２４条が適用されるところ、同条にいう「損害及び加害者を知った時」とは、被害者において、加害者に対する賠償請求が事実上可能な状況の下に、その可能な程度にこれらを知った時を意味するものと解され、同条にいう損害を知った時とは、被害者が損害の発生を現実に認識した時をいうと解される。
（２）そうであるところ、原告の主張によれば、乙が本件修正申告書案等の内容等を説明しなかった（のみならず、乙が修正申告等の慫慂に応じなければ７年分遡るかのような言動をしたため、原告は恐怖を感じた。）というのであるから、また、乙がさしたる調査をせずにあるいは推計課税の方法によらずに誤った内容の修正申告等を慫慂したというのであるから、原告は、本件慫慂行為時に、加害者（乙）の不法行為に該当する事実を認識していたことになる。
また、原告は、平成１９年１１月３０日に本件修正申告によって納税義務が生じた分の納税を終えたから、遅くとも同日までに、上記納税額の支出を余儀なくされたことを認識していたものである。そして、原告の主張によれば、原告は、平成１８年分以前は実際に毎年手元に残る金額は２００～３００万円程度（所得控除の結果、納税額は毎年ゼロ円）であったといい、税理士に依頼して正確な収入と経費を申告するようにした平成１９年分も納税額はゼロ円であったというのであるから、原告が平成１９年分の確定申告書を提出した平成２０年３月１４日までには、合計約１８７万円もの所得税の申告漏れがあったとする本件修正申告の内容が誤ったものであったことも認識したものといわざるを得ない（原告が平成１９年分から平成２１年分の３年分の経費率や納税額との比較を主張していること、あるいは原告本人が税理士に頼んで２、３年後に本件修正申告の金額がおかしいと思ったと供述していることを前提にしても、遅くとも、原告が平成２１年分の確定申告書を提出した平成２２年３月１２日までには、本件修正申告の内容が誤ったものであったことも認識したものといわざるを得ない。）。
したがって、原告は、平成１９年１１月３０日（遅くとも平成２０年３月１４日あるいは平成２２年３月１２日）までには、本件損害賠償請求が事実上可能な程度に損害の発生及び加害者を現実に認識したというべきである。
（３）以上によれば、平成１９年１１月３０日から３年が経過した平成２２年１１月３０日（遅くとも平成２３年３月１４日あるいは平成２５年３月１２日）には、本件損害賠償請求権の消滅時効が完成したことになるところ、被告が、平成２６年１１月６日の本件第４回弁論準備手続期日において、上記消滅時効を援用する旨の意思表示をしたことは、当裁判所に顕著である。
したがって、原告主張の本件損害賠償請求権は、時効消滅したものと認められる。
７ 小括
以上のとおり、原告の本件請求は、乙の義務違反の有無のほか、それによる原告の損害の有無及び額、消滅時効の成否のいずれの観点からしても、理由がない。
なお、原告は、①報告書等本件税務調査の経過を記載した資料、②本件修正申告に係る青色申告決算書、③平成１４年分ないし平成１７年分の当初申告に係る青色申告決算書、④平成１４年から平成１８年までの農業所得標準表、⑤本件修正申告に係る調査事項等兼チェックシート、⑥本件修正申告に係る計画兼事績表（指令表）、⑦原告の平成１２年分及び平成１３年分の確定申告についての税務調査の内容が記載された資料、⑧原告の平成１２年及び平成１３年の販売精算明細票及び購買品供給明細一覧表について、文書提出命令を申し立てているが、原告の本件請求に対する判断は前記のとおりであって、その必要性が認められないから、これを却下する。
第４ 結論
よって、原告の本件請求は理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。
長崎地方裁判所民事部
裁判長裁判官田中俊行
裁判官吉岡透
裁判官武富一晃
別紙１の１
課税及び訴訟に至る経緯
（単位：円）
年分
区分
確定申告
修正申告
申告・処分等年月日
法定申告期限内
平成19年9月6日
事業所得の金額
①
2,556,786
4,098,499
総所得金額①
②
2,556,786
4,098,499
医療費控除
③
社会保険料控除
④
713,040
713,040
生命保険料控除
⑤
50,000
50,000
損害保険料控除
⑥
15,000
障害者控除
⑦
配偶者控除
⑧
380,000
380,000
配偶者特別控除
⑨
380,000
380,000
扶養控除
⑩
2,170,000
2,170,000
所得控除
の額
基礎控除
⑪
380,000
380,000
③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪
⑫
4,073,040
4,088,040
課税所得金額②－⑫
⑬
10,000
算出税額
⑭
1,000
定率減税額
⑮
源泉徴収税額
⑯
納付すべき税額⑭－⑮－⑯
⑰
加算税の基礎となる税額
⑱
平成
年分
重加算税
加算税の額
⑲
年分
区分
確定申告
修正申告
申告・処分等年月日
法定申告期限内
平成19年9月6日
事業所得の金額
①
2,622,319
9,317,109
総所得金額①
②
2,622,319
9,317,109
医療費控除
③
社会保険料控除
④
705,540
705,540
生命保険料控除
⑤
50,000
50,000
損害保険料控除
⑥
15,000
障害者控除
⑦
配偶者控除
⑧
380,000
380,000
配偶者特別控除
⑨
380,000
380,000
扶養控除
⑩
1,160,000
1,160,000
所得控除
の額
基礎控除
⑪
380,000
380,000
③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪
⑫
3,055,540
3,070,540
課税所得金額②－⑫
⑬
6,246,000
算出税額
⑭
919,200
定率減税額
⑮
183,840
源泉徴収税額
⑯
納付すべき税額⑭－⑮－⑯
⑰
735,300
加算税の基礎となる税額
⑱
730,000
平成
年分
重加算税
加算税の額
⑲
255,500
別紙１の２
課税及び訴訟に至る経緯
（単位：円）
年分
区分
確定申告
修正申告
申告・処分等年月日
法定申告期限内
平成19年9月6日
事業所得の金額
①
2,442,740
2,834,818
総所得金額①
②
2,442,740
2,834,818
医療費控除
③
社会保険料控除
④
688,740
688,740
生命保険料控除
⑤
50,000
50,000
損害保険料控除
⑥
15,000
障害者控除
⑦
配偶者控除
⑧
380,000
380,000
配偶者特別控除
⑨
扶養控除
⑩
1,160,000
1,160,000
所得控除
の額
基礎控除
⑪
380,000
380,000
③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪
⑫
2,658,740
2,673,740
課税所得金額②－⑫
⑬
161,000
算出税額
⑭
16,100
定率減税額
⑮
3,220
源泉徴収税額
⑯
納付すべき税額⑭－⑮－⑯
⑰
12,800
加算税の基礎となる税額
⑱
10,000
平成
年分
重加算税
加算税の額
⑲
年分
区分
確定申告
修正申告
申告・処分等年月日
法定申告期限内
平成19年9月6日
事業所得の金額
①
2,110,162
7,893,736
総所得金額①
②
2,110,162
7,893,736
医療費控除
③
社会保険料控除
④
673,840
673,840
生命保険料控除
⑤
50,000
50,000
損害保険料控除
⑥
15,000
障害者控除
⑦
配偶者控除
⑧
380,000
380,000
配偶者特別控除
⑨
扶養控除
⑩
1,160,000
1,160,000
所得控除
の額
基礎控除
⑪
380,000
380,000
③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪
⑫
2,643,840
2,658,840
課税所得金額②－⑫
⑬
5,234,000
算出税額
⑭
716,800
定率減税額
⑮
143,360
源泉徴収税額
⑯
納付すべき税額⑭－⑮－⑯
⑰
573,400
加算税の基礎となる税額
⑱
570,000
平成
年分
重加算税
加算税の額
⑲
199,500
別紙１の３
課税及び訴訟に至る経緯
（単位：円）
年分
区分
確定申告
修正申告
申告・処分等年月日
法定申告期限内
平成19年9月6日
事業所得の金額
①
2,491,339
8,528,813
総所得金額①
②
2,491,339
8,528,813
医療費控除
③
389,462
社会保険料控除
④
696,760
696,760
生命保険料控除
⑤
50,000
50,000
損害保険料控除
⑥
15,000
障害者控除
⑦
配偶者控除
⑧
380,000
380,000
配偶者特別控除
⑨
扶養控除
⑩
1,160,000
1,160,000
所得控除
の額
基礎控除
⑪
380,000
380,000
③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩＋⑪
⑫
2,666,760
3,071,222
課税所得金額②－⑫
⑬
5,457,000
算出税額
⑭
761,400
定率減税額
⑮
76,140
源泉徴収税額
⑯
4,170
納付すべき税額⑭－⑮－⑯
⑰
681,000
加算税の基礎となる税額
⑱
680,000
平成
年分
重加算税
加算税の額
⑲
238,000
別紙２の１及び別紙２の２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12812.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。