税務訴訟資料第２６６号－６５（順号１２８４３）
札幌地方裁判所小樽支部平成●●年（○○）第●●号損害賠償請求事件
国側当事者・国
平成２８年４月１５日棄却・確定
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
森川正治
被告
国
同代表者法務大臣
岩城光英
被告指定代理人
原啓晋
同
瀬川潤
同
梶昌宏
同
山之内誠二
同
佐藤誠一
同
阪本智也
同
野口一郎
同
髙橋久一
同
山崎真嗣
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
被告は、原告に対し、１５７万７７８８円及びこれに対する平成２６年６月１３日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、法人税の確定申告をした原告が、被告に対して、余市税務署長から平成２３年７月４日付けで受けた平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）に係る法人税額の更正処分（以下「本件更正処分」という。）等は、前原告代表者である乙（以下「乙」という。）と株式会社Ｂ（以下「本件売却先会社」という。）との間のコンサルティング契約に基づく代金を原告の本件売却先会社に対する不動産の売買契約についての代金として固定資産売却益金に算入すべきであるとしたなどの違法があるものであり、余市税務署長が職務上通常尽くすべき注意義務を怠ったと主張して、国家賠償法１条１項の規定に基づき、本件更正処分に引き続いて行われた公売により所有権を喪失した不動産の価額である１５７万７７８８円及び上記不動産の所有権を喪失した日である平成２６年６月１３日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による金員の支払を求めた事案である。
１ 関係法令等の定め
本件の関係法令等の定めは別紙のとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実並びに各項末尾掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者等
原告は、スキーロッヂ及びホテルの経営業等を目的とする株式会社であり、平成２０年４月当時、北海道虻田郡●●番●●、同●●番●●所在のホテル（以下「本件ホテル」という。）及び北海道積丹郡所在の民宿（以下「本件民宿」という。）を営んでいたものである。原告は、本件事業年度において、乙の親族がその発行済株式である３００株の全てを保有する同族会社であった。（乙６、１２、１８）
（２）本件売買契約等の締結
原告は、平成２０年４月８日、本件売却先会社との間で、北海道虻田郡●●番●●、同●●番●●、同●●番●●、同●●番●●、同●●番●●の各土地及び本件ホテルを什器備品、温泉権その他これらに付属する物件とともに（以下これら売買契約の対象を併せて「本件売却不動産」という。）４億円で売る旨の売買契約を締結した（以下「本件売買契約」といい、これにかかる契約書を「本件売買契約書」という。）。
乙、原告及び本件売却先会社は、平成２０年４月８日、本件売却先会社を委託者、乙を受託者、原告を参加者として、本件売買契約の売買価額を補完すること及び乙が本件売却先会社の事業の販売促進、利益の拡大・増進に協力することを目的として、コンサルティング契約を締結した（以下「本件コンサルティング契約」といい、これにかかる契約書を「本件コンサルティング契約書」という。）。（乙１の１、２、１６の１ないし乙１９）
（３）更正処分等の経緯
ア 確定申告書の提出
原告は、平成２０年１２月２日、倶知安税務署長に対し、本件事業年度の法人税の確定申告書を提出して、確定申告をした（以下「本件確定申告」といい、これにかかる申告書を「本件確定申告書」という。）。原告は、同申告書において、本件売却不動産を本件売買契約書記載の４億円で譲渡したとして、当該譲渡価格から本件売却不動産の帳簿価額合計を控除した残額を固定資産売却益として益金の額に算入し、本件コンサルティング契約書２項に記載されたコンサルティング料（以下「本件コンサルティング料」という。）、５０００万円をその固定資産売却益から除外し、代表取締役を退任し監査役に就任した乙に対する退職金（以下「本件退職金」という。）１億６９６５万円を損金に算入して、本件確定申告をした。（甲１、乙１２）
イ 質問検査権の行使
（ア）原告に対する税務調査（以下「本件調査」という。）を担当した調査担当官（以下「本件調査担当官」という。）は、平成２２年８月１７日、原告及び本件確定申告書を作成した丙税理士（以下「丙税理士」という。）に対して事前に通知することなく、本件民宿及び乙の妻である甲（以下「甲」という。）の居宅に臨場して本件調査をした（以下、この本件民宿及び甲の居宅に臨場してした本件調査を「本件調査１」という。）。（乙４の１及び２）
（イ）本件調査担当官は、平成２２年１２月２日、昭和５６年から平成２２年７月までの間に原告の従業員であった丁（以下「丁元従業員」という。）の居宅を訪問し、本件調査をした（以下、この丁元従業員の居宅を訪問してした本件調査を「本件調査２」という。）。（乙５の１及び２）
ウ 更正処分等の内容及びその更正通知書の具体的記載
（ア）余市税務署長は、平成２３年７月４日付けで、原告に対し、本件更正処分、平成２１年９月期事業年度の法人税、平成２２年９月期事業年度の法人税、平成２１年９月期課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分、本件事業年度の法人税についての重加算税及び過少申告加算税賦課決定処分並びに平成２１年９月期事業年度の法人税についての過少申告加算税賦課決定処分をした（以下、これらの平成２３年７月４日付けの処分のうち、本件更正処分並びに本件事業年度の法人税についての重加算税及び過少申告加算税賦課決定処分を「本件更正処分等」という。）。（甲１、乙２８）
（イ）本件更正処分等の更正通知書（以下「本件更正通知書」という。）には、その更正の理由として次のとおり記載（以下「本件記載」という。）がある。
本件コンサルティング契約書記載の目的（上記（２））、本件コンサルティング料の支払が本件売買契約に基づく売買価額を補完するための支払であることを交互に認め、この理由により乙のコンサルティションの有無に関わりなく支払うものとされていること及びコンサルティションの具体的な事実が認められないことに照らして、本件コンサルティング料も、本件売買契約の代金の一部であると認めることができ、本件事業年度の所得金額に加算した（以下、この本件コンサルティング料を益金に算入する更正部分を「本件更正部分１」という。）。
乙が代表取締役を退任した後同日に監査役に就任し、引き続き役員として在職していることから退職したと認めることができないこと、並びに、乙が原告の発行済株式の２分の１以上を保有する筆頭株主であり、実質的に原告の経営上主要な地位を占めていること、監査役に就任した後も従前と変わらず原告の経営に従事し、重要事項の決定権を有していたと認めることができることから、実質的にも退職したと同様の事情を認めることはできないことに照らして、法人税法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）３４条１項に規定する損金の額に算入することはできず、当該事業年度の所得金額に加算した（以下、この本件退職金を損金に算入することができないとする更正部分を「本件更正部分２」という。）。（甲１）
（４）不服申立ての経緯
原告は、平成２３年９月５日付けで、余市税務署長に対し、本件更正処分等並びに平成２１年９月期事業年度の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分について異議申立てをした。余市税務署長は、平成２３年１１月３０日付けで、上記異議申立てに対し、これを棄却する決定をした。原告は、平成２３年１２月２８日付けで、国税不服審判所長に対し、上記異議申立てを棄却する決定を不服として、審査請求をしたが、平成２４年３月６日付けで、これを取り下げた。（甲２、７、８、乙１３）
３ 争点
本件の争点は、余市税務署長に職務上通常尽くすべき注意義務の違反があるか否か（争点１）及び損害（争点２）の２点である。原告は、争点１について、その前提として、本件更正処分等が違法であるとし、本件コンサルティング料を益金に算入する必要がないこと（争点１の１）、本件退職金を損金に算入することができること（争点１の２）、本件理由付記に不備があること（争点１の３）、本件調査１において必要な事前通知をしなかったこと（争点１の４）、本件調査２が不必要かつ不相当であること（争点１の５）を主張するとともに、税務署長は、違法であるにもかかわらず本件更正処分等をしたのであって、職務上通常尽くすべき注意義務の違反がある（争点１の６）と主張する。
４ 当事者の主張
（１）争点１の１（本件コンサルティング料の益金への算入の要否）について（原告の主張）
本件コンサルティング契約書によれば、この契約には、本件売却不動産の売買代金の補完以外に目的があることが明確に記載されており、本件コンサルティング料が本件売却不動産の売買代金の一部であったということはできない。また、売買代金の一部であったか否かは、文言にとらわれることなく経済的実体に即して判断すべきものであるところ、まず、売買代金の支払と同時履行の関係にある所有権移転登記手続は本件コンサルティング料の支払前に行われており、本件コンサルティング料の支払が確保されないこと、及び本件コンサルティング料の支払先が原告ではなく乙であることからすると、本件コンサルティング料が本件売買契約の代金の一部ではないことが明らかである。
本件売却先会社は、コンドミニアムの建設用地としての利用及びホテル営業を目的として本件売却不動産を取得しており、元プロスキーヤーであり、長年ホテル業を営んで地元の観光事業において確たる地位を築いてきた乙の力を有形無形に借りることについての対価として、本件コンサルティング料を支払ったものであるから、本件コンサルティング料がコンサルティションの有無に関わりなく支払われることになっていたことをもって、本件コンサルティング料が本件売買契約の代金の一部であるとする理由とはならない。
（被告の主張）
本件コンサルティング契約書によれば、本件コンサルティング料は本件売却不動産の売買代金を補完するために、コンサルティションの有無に関わりなく支払うものとされていることに加え、本件売却先会社は、乙が、本件売却先会社の事業に資する有意義な情報の提供等をすることを条件として、本件コンサルティング料とは別に年額１０００万円を限度としてコンサルティング料を支払う旨の条項が設けられていることにも照らせば、本件コンサルティング料は本件売却不動産の対価の一部であると考えるのが自然である。本件売却先会社の代表者が、値上げ交渉が行われて本件コンサルティング契約書を作成したこと、乙がコンサルティングをすることを予定していなかったことを供述していることも、本件コンサルティング料が本件売却不動産の売買代金の一部であることを裏付けるものである。
原告は、本件コンサルティング料が乙に直接支払われることになっていたことを指摘するが、乙は、本件売買契約の当時、原告の唯一の代表取締役であり、原告に帰属する売買代金を受領する権限を有する上、その送金先は債権者である原告が指定することができるのであるから、本件コンサルティング料の受取人が乙であることをもって、その経済的利益が乙に帰属するということはできない。原告は、乙が唯一の代表取締役を務める同族会社である上、平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度末において、３７４１万１２７３円の代表者勘定があり、原告は、金融機関等からその代表者勘定の残高を上回る借入れをしていたもので、乙は、原告の経営を取り仕切り、経済的合理性なく上記多額の資金の融通を受け、原告から継続的に多額の資金を個人的な使途に流用していたことがうかがわれること、原告が負担する代金債務を乙の口座から出金して支払っていること、及び乙は、他の役員とは異なり、原告の利益に応じて多額の役員報酬を得ていることからすれば、原告と乙の経済的利益はほぼ一致していたというべきである。さらに、原告が、本件調査が開始される以前である平成２２年４月１２日、原告の平成２１年９月期事業年度の法人税について、本件コンサルティング料５０００万円のうち第１回目に支払われた１０００万円を雑収入計上もれとして自主的に修正申告をして、本件コンサルティング料に係る債権の帰属主体が乙ではなく原告であることを自認していたことからすれば、本件コンサルティング料は、乙に対して支払われたとしても、本件売買代金の一部である。
（２）争点１の２（本件退職金の損金への算入の可否）について
（原告の主張）
実質的に退職したと同様の事情にあると認められるか否かは具体的な事情に基づいて判断されるべきものであるところ、乙については、実質的に退職したと同様の事情がある。
乙が代表取締役を退任し監査役に就任したのは、乙が取り仕切ってきた本件ホテルが売却され、原告の営業として残ったのは甲の兄である戊（以下「戊」という。）が長年取り仕切ってきた本件民宿のみとなり、乙が代表取締役を務める必要がなくなったためである。乙は、原告の筆頭株主であるが、株式会社では所有と経営が分離されていることから、筆頭株主であることが経営に従事して重要事項の決定権を有していたことを基礎付けるものということはできない。乙は、本件民宿の改装工事に際し、工事担当者や舗装工事の担当者らと相談したが、本件民宿の土地建物の所有権を有し、原告にこれを賃貸していたものであるから、乙が相談をすることが、原告の経営に従事して重要事項の決定権を有していたことを裏付けるものということもできない。甲が乙から代表取締役としての業務の引継ぎを受けていないことについては、もともと本件民宿は戊が全て取り仕切っており、経理も税理士が行っているので、甲が特別に行う業務がないからにすぎない。
（被告の主張）
原告の後任の代表取締役である甲は、業務を引き継いでおらず、経営に関する業務に従事していない。本件ホテル売却後本件民宿における営業が原告の唯一の営業であったこと、本件民宿の改装工事で築造された改築部分及び社員寮は、原告の固定資産台帳に原告の資産として計上され、原告の所有として登記されていることからすると、乙は、原告の営業に必要かつ不可欠な建物及び原告が所有する社員寮の工事について意思決定等をしていたといえる。そうすると、乙が本件民宿の所有者であったとしても、上記意思決定は、建物所有者としてのものではなく、原告の経営に関する意思決定であり、乙は原告の経営に関する重要な決定権を有していたというべきである。また、戊は、上記改装工事の重要な事項について乙の判断を仰いでおり、戊の給与が従業員であったころと取締役となったころとで変動がなかったことに照らすと、あくまで乙が原告の経営に係る重要な意思決定をしていたもので、乙は、実質的に退職したのと同様の状況にあるものとはいえない。
（３）争点１の３（本件理由付記の適否）について
（原告の主張）
本件更正部分１は、本件売却不動産の売買代金を４億５０００万円と認定しているところ、本件記載では、本件コンサルティング料が売買代金の一部であると認めることはできないもので、その判断過程を知ることはできない上、乙に対する支払が原告に対する支払とみなされる理由は記載されていない。また、本件更正部分２は、乙が従前と変わらず原告の経営に従事し重要事項の決定権を有していたと認定しているところ、認定根拠となった具体的な事実の記載はなく、判断過程を知ることはできない。本件更正部分１及び２のいずれについても理由付記の程度として不十分である。
（被告の主張）
更正処分に理由を付記すべきものとされているのは、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものであるから、帳簿書類の記載自体を否認して更正する場合は、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力ある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正する場合には、更正の根拠を上記の理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解される。
本件記載によれば、本件売却不動産の売買代金については、本件コンサルティング契約書に記載された金員が乙ではなく原告に帰属すべき利益であると認定した根拠が、具体的に契約条項の内容を引用して明らかにされている。また、本件記載によれば、本件退職金については、支給金額及び支給時期等について原告の帳簿書類の記載をそのまま肯定した上で、その受給者である乙には実質的に退職したと同様の事情がないとして損金の額に算入できないと判断したものであるところ、本件記載は、その判断を基礎付ける事実関係を摘示している。以上、本件更正部分１及び２のいずれについても、理由付記制度の趣旨目的に照らし必要な記載がされている。
（４）争点１の４（質問検査権行使における事前通知の要否）について
（原告の主張）
国税庁の通達（事務運営指針。別紙の３参照）に照らしても、事前通知なくして行った本件調査１は違法である。
事務運営指針は、業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されることから、事前通知を行わない調査により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容等に係る事実の把握が困難であると想定される場合、事前通知することにより、調査に対する忌避・妨害、あるいは帳簿書類等の隠ぺい等が予想される場合には、事前通知を行わないこととしている。
本件調査担当官が考慮した内容は、原告の業態の特色として、取引に継続性がなく、現金決済が行われるのが一般であり、かつ、多額の不動産代金を得ながら、他方、多額の退職金を計上するなど、不動産売却益を圧縮しようとしている疑いがあったので、在りのままの事業実態を確認しなければ事実の把握が困難であると想定されたこと及び資料情報であるという。しかし、取引に継続性がなく現金決済が一般的であることは、上記疑いがある場合に事前通知を行わない理由とはならず、多額の不動産売却益を得たこと及び多額の退職金を計上したこと自体は本件売買契約書や本件確定申告書等で明らかとなっており、これも事前通知を行わない理由とはならない。資料情報については、その内容が明らかとなっていない以上これも理由とならない。
以上より、事前通知なくしてした本件調査１は、国税庁が策定する通達に反するものであって、違法である。
（被告の主張）
事務運営指針は法令ではないから、これに沿わなかったとしても直ちに国家賠償法上違法となるものではないが、本件調査１における質問検査権の行使は、事務運営指針のいう、業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されることから、事前通知を行わない調査により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容等に係る事実の把握が困難であると想定される場合に当たる。
原告には、本件売却不動産の売買により多額の不動産売却益を得ながら、他方で多額の退職金を計上するなど、所得金額を圧縮しようとしているという嫌疑があり、申告内容が適正であるか否かを確認する必要があった。そのためには、売上げについても申告内容が正確か否かを確認する必要があったところ、原告のような民宿等の経営という業態では、その顧客との取引は一回的なものが多く、料金の決済は現金で行われることが一般的であり、原告のような同族会社では、経営者や身内の者によって売上げ及び現金の管理が行われ、内部統制が機能しにくいことが多いことが一般的であって、経営者等が、現金の入金をレジスター等で記録することなく、売上げから除外することも容易である。これらの事情から、申告内容の適正を判断するために質問検査権を行使して調査する必要性があった。
そして、上記嫌疑についての申告内容の適正を判断するためには、本件売買契約に至る経緯や同契約等に係る代金の流れ及び代表取締役退任後の乙の経営への関与状況等について把握する必要があり、売上げについての申告内容の正確性を判断するためには、その売上げの計上状況、現金入金の記録状況及びそれらの記録に基づく現金残高と実際の現金残高等の現況を把握し、これらを比較対照する必要があった。これらの事情については原告指摘の資料からは明らかではなかったところ、事前通知をして調査を行うとすると、上記の嫌疑や原告の業種及び業態の性質にも照らせば、例えば、原告が、本件売買契約の関係者や乙の関与状況を知る者に対して、原告に不利益な供述をしないような通謀が行われるなどして、真実の供述が得られないおそれ、及び、現金売上げの除外が行われていたとしても、調査日時に合わせて実際の現金残高を調整し又は帳簿書類を修正して不適正な経理が隠ぺいされるおそれがあった。
以上の諸事情及び資料情報を総合考慮した結果、本件調査担当官は、事務運営指針に沿って事前通知を行うことが適当でないと認められる場合に当たると判断して、事前通知をせずに本件調査１に着手したものである。また、原告らの協力が得られる範囲で行われたにとどまり、社会通念上相当性を欠く点はないから、本件調査１が違法であるということはできない。
（５）争点１の５（本件調査２の適否）について
（原告の主張）
ア 本件調査２は、甲の申述内容の信用性を確認する必要性に基づいてされたということであるが、同申述内容は被告に有利な内容であって、その確認の必要性は低い。
また、質問検査権行使の相手方は、原則として法人であり、次に、金銭の支払若しくは物品の譲渡をする義務があると認められる者又は金銭の支払若しくは物品の譲渡を受ける権利があると認められる者とされており（法人税法１５４条１項）、これは質問検査権行使の相手方の範囲を恣意的に広げられることを防ぐ趣旨であり、質問検査を拒否した場合の刑罰（法人税法１６２条２号）も設けられているから、質問検査の相手方は慎重に選んで行わなければならないところ、元従業員は、上記法人税法１５４条１項に規定するいずれにも該当しないから、丁元従業員は質問検査権行使の対象とされるべきものではない。さらに、丁元従業員は、平成２２年９月２日、舌癌治療のために舌の３分の２を切除する手術を受け、同年１２月２日の本件調査２の時点で、未だ満足に話すことができない状況にあったところ、本件調査担当官は、そのことを丁元従業員の妻であるＣ（以下「Ｃ」という。）から聞かされ、調査に応じることを断られており、丁元従業員の様子や話し方を見聞すれば、丁元従業員が調査に耐えられないことは容易に認識し得たはずであるにもかかわらず、２時間１１分もの長時間に及ぶ調査をした。なお、被告は、丁元従業員及びＣから承諾を得て任意に聴取したと主張するが、上記の事情によれば、真に承諾したといえるものではない。
イ 以上、本件調査２は、質問検査権行使の対象とされるべき者ではない元従業員に対して行ったこと自体違法であり、加えて、調査の必要性が低く、丁元従業員の受ける不利益が過大であったのであるから、社会通念上相当な範囲を逸脱した違法があるのであって、憲法３１条の理念に照らせば、本件更正処分等もまた違法であるということができる。（被告の主張）
税務職員の質問検査権は、質問検査の必要性があり、社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的な裁量の範囲内の行為であって、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と行為をしたということはできない。
本件調査２当時、甲から、乙が代表取締役退任後も引き続き原告の経営に参画している旨の申述が得られたことから、その申述の信用性を確かめるために、乙の原告における経営への関与状況等原告の内部事情を把握する関係者に対して事情を聴取する必要性があった。そして、法人税調査は、調査時点よりも過去の事業年度について行われることが通常であることからすれば、法人税法１５３条及び１５４条に規定する質問検査の対象となる者は、法人税調査の対象となる事業年度において納税義務者と権利又は義務があると認められる者をいうのであり、そうすると、本件調査時点で既に退職していた丁元従業員も、本件調査の対象となった事業年度内に原告の業務に従事して金銭の支払を受ける権利のあった者であるから、質問検査の対象となる。丁元従業員は、原告を退職した者であることから、当時の原告の従業員よりも相対的に中立な証言が得られやすいとして調査の対象者として選択された。また、本件調査２の実施にあたっては、丁元従業員及びＣからの承諾を得た上、任意に聴取を実施した。本件調査２について税務職員の判断として合理的な裁量の範囲を逸脱したところはなく、社会通念上相当な限度を逸脱したものでもない。
（６）争点１の６（本件更正処分等が違法であることを理由として税務署長に職務上通常尽くすべき注意義務の違反があるか否か）について
（原告の主張）
余市税務署長がした本件更正処分等が違法であることを基礎付ける各事実は、いずれも、通常尽くすべき注意義務を尽くさずにされたことを基礎付けるものであり、被処分者である原告との関係において国家賠償法１条１項の違法がある。
（被告の主張）
国家賠償法１条１項の違法は、本件更正処分等の取消訴訟における違法性とは異なるものであるが、原告は、本件調査における手続の違法や本件更正処分自体の違法について主張するものの、公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を特定した上で、その注意義務を尽くさず漫然と行為したことを主張していない。そもそも、（１）ないし（５）の被告の主張に述べたとおり、本件調査及び本件更正処分等は適法に行われたもので、余市税務署長に職務上の注意義務違反はない。
（７）争点２（損害）について
（原告の主張）
原告は、本件更正処分等により、新たに納付すべきこととなった法人税の額６０７８万２２００円、過少申告加算税の額６８４万２０００円及び重加算税の額５２５万円の合計７２８７万４２００円の債務を負担することとなったところ、札幌国税局長は、原告所有の不動産である、北海道積丹郡●●番●●、同●●番●●及び同●●番●●の各不動産について公売を実施し、売却代金を札幌国税局長に配当して、上記法人税の滞納国税に充当した。そのため、原告は、上記各不動産の所有権を喪失し、これらの不動産の売却決定価額は、それぞれ、５２万１０００円、９９万９９９９円及び５万６７８９円であったから、合計１５７万７７８８円の経済的損害を被った。原告は、本件更正処分等によって債務を負担することとなった７２８７万４２００万円が損害であると主張するものの、そのうち、所有権を喪失した上記各不動産の価額相当額である１５７万７７８８円を本件において請求する。
国家賠償請求の制度は、更正処分についての異議申立て、審査請求及び取消訴訟の提起という一連の制度とは目的及び効果を異にする別の制度であるから、原告が本件更正処分等について異議申立て、審査請求を取り下げ又は本件更正処分等の取消訴訟を提起せず、本件更正処分等の有効性が確定した後であっても、国家賠償請求に係る訴えを提起することが許される。原告が本件において審査請求を取り下げたことをもって、本件更正処分等と損害との間の因果関係があるとはいえないという被告の主張には理由がない。
（被告の主張）
原告は、本件更正処分等について異議申立てをして棄却決定を受けたが、これに対する審査請求をした上で自ら取り下げ、本件更正処分等の有効性を確定させたにもかかわらず、これに基づく租税を納付しなかったために公売に至り、各不動産の所有権を喪失したものである。そうすると、本件更正処分等と公売による不動産の所有権の喪失との間には、原告の故意行為である審査請求の取下げが介在しており、その原告の故意行為により各不動産の所有権を喪失して損害が発生したのであるから、本件更正処分等と損害との間に相当因果関係があるとはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１の１（本件コンサルティング料の益金への算入の要否）について
（１）ア前提事実、証拠（乙１の１、２、９、２７）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
（ア）乙及び本件売却先会社の代表者は、平成１９年１０月ころまでの間には、代金を４億１０００万円とすることで交渉をしていたが、乙が値上げを要求したことからさらに交渉を重ね本件売却先会社は値上げに応じることとし、本件売買契約書及び本件コンサルティング契約書が作成された。
（イ）本件コンサルティング契約書の１項には、本件コンサルティング契約の意義及び目的として、本件売買契約の売買価額を補完すること及び本件売却先会社の事業の販売促進、利益の拡大・増進に乙が協力することが、２項には、本件コンサルティング料の支払が本件売却不動産の代金の価額を補完するための支払であることを互いに認め、本件売却先会社が、乙とのコンサルティションの有無に関わりなく、本件コンサルティング料を支払うことが、４項には、乙が本件売却先会社の事業に資する情報提供、販売促進、利益の拡大及び増進等に協力することを条件として、本件売却先会社は、乙に対し、本件コンサルティング料とは別に、コンサルティング料を支払うことが、それぞれ記載されている。
（ウ）本件売却先会社の代表者は、本件売買契約書及び本件コンサルティング契約書の作成当時、本件コンサルティング料金は本件売却不動産の代金の一部と考えており、乙が、コンサルティング等を行うことを予定していなかった。
（エ）乙は、本件コンサルティング契約書の４項に記載された本件売却先会社の事業の販売促進等に協力せず、本件売却先会社の代表者は、乙に対し、同項に記載されたコンサルティング料を支払わなかった。
（オ）原告は、平成２１年９月期事業年度の法人税の申告において、本件コンサルティング料の一部９５２万３８１０円を「雑収入計上もれ」として修正申告した。
イ 上記ア（イ）の本件コンサルティング契約書の文言及び上記ア（ウ）の本件売却先会社代表者の本件売買契約当時の意思によれば、原告、乙及び本件売却先会社は、乙がコンサルティションをすることを予定しておらず、仮に乙がコンサルティションをした場合には、本件売却先会社は、乙に対し、本件コンサルティング料とは別にコンサルティング料を支払うこととされていることに鑑みれば、本件コンサルティング料を乙のコンサルティションの対価であるとして合意したと認めることはできない。そして、上記ア（ア）の本件売買契約書及び本件コンサルティング契約書の作成の経緯並びに上記ア（エ）及び上記ア（オ）の各契約書の作成後における関係者の行動等にも照らすと、原告、乙及び本件売却先会社は、乙に本件コンサルティング料の経済的利益を帰属させることではなく、本件売買契約の売買価額を補完することを目的として、本件コンサルティング料を本件売却不動産の対価の一部として合意したものと認めるのが相当である。
原告は、本件コンサルティング料の受領前に、本件売却不動産の所有権移転登記手続がされていたことを指摘する。しかし、証拠（乙１の１、２、９）及び弁論の全趣旨によれば、原告は、本件コンサルティング契約において、本件売却不動産のうち原告が所有する温泉権を本件売買契約上の譲渡物件から除外し、本件コンサルティング料が支払われるまでの間、温泉権についての所有権、名義変更の届出等を留保していたが、誤って本件コンサルティング料の完済前に所有権移転手続をしたことから、本件コンサルティング料の支払を確保するために別途原告の所有物件に抵当権を設定したことが認められ、そうすると本来本件売却不動産の一部であったものの所有権移転等が本件コンサルティング料の支払の担保として予定されていたといえるから、原告の上記指摘は上記認定判断を覆すものではない。その他原告はるる主張するも、いずれも上記認定を左右するに足りるものではない。
（２）以上より、本件コンサルティング料を本件売却不動産の対価の一部として、固定資産売却益金に算入することを要するとしてした本件更正部分１が違法であるということはできない。
２ 争点１の２（本件退職金の損金への算入の可否）について
（１）法人税法３４条１項によれば、役員に対する退職給与は、損金の額に算入することができるものとされているところ、ここにいう退職給与とは、本来退職しなかったならば支払われなかったもので、退職に基因して支払われる給与をいうと解するのが相当である。また、役員が実際に退職した場合でないとしても、分掌変更等によりその役員としての地位又は職務の内容が激変し、実質的に退職したと同様の事情にあると認められるときは、当該事情に基因して支払われる給与も、退職給与として損金に算入することが相当であり、法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５（例規））９－２－３２（別紙の２参照）は、これと同様の趣旨を規定したものとして合理的なものと解される。以下、乙が代表取締役を退任し監査役に就任したことで、原告を実質的に退職したと同様の事情にあると認められるか否かについて検討する。
（２）前提事実に加えて、後記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の各事実を認めることができる。
ア 原告の業務及び財産等
（ア）原告は、本件ホテル及び本件民宿を経営していたものであるところ、平成２０年４月８日付けで、本件売却先会社に対し、同年７月末日を期限として、本件ホテル及びその敷地等を売却し、同月８日付けで本件売買契約を原因とする所有権移転登記手続をしたことから、本件民宿を経営することが原告の主たる営業となった。（乙１の１、１６の１ないし乙１９）
（イ）原告は、平成２１年３月ころ、株式会社Ｄ（以下「本件改築工事請負業者」という。）に対し、本件民宿の建物及び庭の改修工事（以下「本件改修工事」という。）並びに社員寮の築造工事（以下、「本件築造工事」といい、本件改修工事と併せて「本件改築工事」という。）を注文し、原告の固定資産台帳において、同年４月７日から同年７月１０日までの間に本件改修工事によって築造された部分（以下「本件改修部分」という。）を原告の資産として計上し、同年９月５日から同年１２月１０日までの間に本件築造工事によって築造された社員寮（以下「本件築造部分」という。）を原告の所有物として保存登記手続をした。
原告は、平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度当時、固定資産総額約７１３５万円を保有していたところ、そのうち本件改修部分は約１８２９万円、本件築造部分は約９４５万円であった。（乙１０、２９、３０）
イ 原告の株主及び役員等
（ア）原告は、本件事業年度において、乙の親族がその発行済株式である３００株の全てを保有する同族会社であったところ、乙がその半数である１５０株、甲が８０株、乙の長男であるＥ（以下「Ｅ」という。）が５０株、及び、戊が２０株を保有していた。（乙６、１２）
（イ）原告の登記簿には、平成２１年４月２３日付けで、平成１４年１２月３１日にそれまで代表取締役であった乙並びに取締役であった甲及びＦが退任した旨、平成２０年９月１５日に甲、Ｅ及び戊が取締役に就任するとともに、甲が代表取締役に、乙が監査役にそれぞれ就任した旨の登記がされているところ、原告の臨時株主総会議事録には、原告が、平成２０年９月１５日、臨時株主総会を開催し、乙及びＦが取締役を辞任し、新たにＥ及び戊を選任し、Ｇが監査役を辞任し、新たに乙を選任した旨の記載がある。また、同議事録には、原告が、乙に対して退職慰労金を贈呈する旨並びにその具体的金額、支払時期及び方法等を取締役会に一任する旨の決議があった旨の記載があり、原告の取締役会議事録には、原告が、同日付けで、取締役会を開催し、甲を代表取締役に選任し、原告が乙に対して本件退職金１億６９６５万円を現金の口座振込による方法で平成２０年９月末日限り支払う旨の決議があった旨の記載がある。（乙６ないし８）
ウ 乙による原告の業務に対する関与等
（ア）乙は、上記イ（イ）のとおり、平成２０年９月１５日付けで原告の取締役及び代表取締役を辞任し、監査役に就任した（以下、この分掌の変更を「本件分掌変更」という。）。（乙３１の３及び４）
（イ）乙は、本件分掌変更後も、甲に何ら業務を引き継ぐことはなく、会社の資金繰りや銀行対策等の経理、会社の運営といった会社の経営に重大な影響を及ぼす事項について、自ら決定していた。（乙４の１）
（ウ）乙は、平成２１年６月ころ本件民宿の駐車場の舗装工事を請け負ったＨ有限会社の専務取締役及び従業員からは社長と呼ばれ、本件分掌変更の前後を通じ、本件改築工事請負業者及び本件改築工事のプロデューサーである株式会社Ｉの社長及び社員からはオーナーと呼ばれていたほか、原告の従業員からも社長と呼ばれていた。また、上記本件民宿の舗装工事について、請負業者との打合せに対応したのは乙であった。本件改築工事についても、その追加・変更、金額変更等重要事項について、戊では決定できず、戊は「上の者と相談する」、「上の者は漁に出ている」などと言っており、本件改築工事請負業者は、「上の者」とは船舶に乗船していた乙であると理解していた。本件改築工事請負業者の代表取締役は、同年１１月ころ、急を要し、工事代金３３０万円の増額を伴う本件築造部分の仕様変更について打合せをするため、乙がいた北海道松前郡に赴いて、乙と打合せをしたことがあった。（乙５の１、乙１０、１１）
エ 乙以外の者による原告の業務に対する関与等
（ア）甲は、上記イ（イ）のとおり、本件分掌変更の際、原告の代表取締役に就任したが、平成１７年ころから平成２２年１月末ころまでの間、札幌市所在のＪで働いてベッドメイキングを担当し、本件民宿については、繁忙時にのみ接客、レジ打ちを手伝っていたが、原告の代表取締役に就任した平成２１年夏ころから、毎週土曜日及び日曜日、祝日並びにお盆休みに、接客、レジ打ち、掃除及び皿洗い等の業務を行うようになった上、一週間の売上の日計表を見るようになった。しかし、甲は、乙から原告の経営に関する業務の引継ぎを受けておらず、代表取締役就任前後を通じて、取締役会にも出席したことがなかった。甲は、平成２０年９月１５日、本件分掌変更があった臨時株主総会及び取締役会に出席せず、上記Ｊで勤務をしていたが、同日付けの臨時株主総会議事録及び取締役会議事録には甲が出席した旨の記載、甲の記名及び甲名下の印影がある。
甲は、本件分掌変更の前後を通じて、本件改築工事請負業者との間で、本件改築工事について、本件築造部分のカーテンや壁紙の色の打合せをした程度で、追加及び変更工事や本件改修工事についての打合せをしたことはなかった。（乙４の１、５の１、１０、１５）
（イ）戊は、本件分掌変更の前後を通じて、本件民宿の支配人であり、仕入れやその他の日常業務に係る支出、現金管理、アルバイトの採用等の業務をしていた。戊は、本件改築工事において、原告の窓口として、本件改築工事請負業者の担当者と打合せ等をしたが、上記のとおり重要事項について自ら決定することはなかった。
戊の役員報酬は、本件分掌変更の前後を通じて、年額３１２万円のままであった。（乙４の１、３１の１ないし４）
（ウ）丁元従業員は、昭和５６年から平成２２年７月までの間、原告の従業員であった者であり、平成２０年４月までの間は冬期に本件ホテルにおいて除雪を担当し、同月から平成２２年７月までの間は本件民宿において皿洗いや布団敷きなどの雑務を担当した。丁元従業員は、平成２２年２月ころまでの間、甲が代表取締役に就任したことを知らず、同月、失業保険の書類に記載されていたものを見て初めて知った。乙、甲及び戊は、丁元従業員に対し、本件分掌変更の後、代表取締役の交代について告げることはなかった。丁元従業員は、本件分掌変更の前後を通じ、戊の指示に従って業務を遂行したものであり、乙及び甲から指示を受けることはなかった。（乙４の１、乙５の１）
（３）上記認定の事実によれば、乙は、本件分掌変更により、代表取締役から監査役となったが、本件民宿の経営は、平成２０年４月以降、原告の唯一の営業であったこと、建物を宿泊客等に利用させることで経済的利益を計上するという民宿経営の性質に加え、本件築造部分及び本件改修部分は、それぞれ約９４５万円及び約１８２９万円と財産の価額それ自体が高額であって、それらが平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日の事業年度当時原告が保有する固定資産のうちに占める割合は約２６％及び約１３％、合計約３９％にのぼり、それら工事の重要事項の打合せには乙が対応していたことに照らすと、乙は、原告の重要な財産である本件民宿の改修及び社員寮の築造に関し、実質的な判断をすることができる地位にあったということができる。加えて、取締役であり本件民宿の日常業務を行う戊は、本件分掌変更によって役員としての地位又は職務に変更がなく、本件民宿にかかる重要な事項について乙の判断を仰いでいること、本件分掌変更によって代表取締役に就任した甲は、自分が代表取締役に選任され、前代表取締役である乙に対して１億６９６５万円という高額の退職金を支払う議案について決議がされた取締役会に出席しておらず、その他の原告の経理及び運営にも関与していないこと、本件分掌変更によって新たに取締役に就任したＥが原告の経営に関与したこともうかがわれないことからすれば、乙は、本件分掌変更の後においても、実質的に原告の経営上主要な地位を占めていたものと認められるものであって、役員としての地位又は職務の内容が激変し、実質的に退職したと同様の事情にあると認めることはできないというべきである。
原告は、乙は、本件民宿を所有していたことから、本件改築工事についての指示をしていたもので、戊が本件民宿の営業を行っていたと主張する。しかし、上記認定のとおり、本件改修部分が原告の固定資産台帳に記載され、本件築造部分について原告の所有物として保存登記手続をしていることからすれば、乙の本件改築工事について指示は、建物所有者として行ったものというより、むしろ原告の実質的な経営上の地位にあるものとして行ったものとみるのが合理的であって、原告の指摘は上記認定判断を覆すものではない。また、戊が本件民宿の日常業務をしていたことも、上記のとおり、戊が本件分掌変更後も、乙に対して、本件民宿の経理及び運営に関する重要事項について判断を仰いでいたことからすれば、上記認定及び判断を覆すに足りるものではない。
（４）以上より、乙は、本件分掌変更等の後においてもその法人の経営上主要な地位を占めていると認められるのであって、実質的に退職したと同様の事情にあると認めることはできないから、本件退職金を損金に算入することができないとしてした本件更正部分２が違法であるということはできない。
３ 争点１の３（本件理由付記の適否）について
（１）法が行政処分に理由を附記すべきものとしているのは、処分行政庁の判断の慎重及び合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を相手方に知らせて不服の申立に便宜を与える趣旨に出たものであり、どの程度の記載をなすべきかは、処分の性質と理由附記を命じた各法律の規定の趣旨及び目的に照らしてこれを決定すべきである（最高裁判所昭和３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁参照）。法人税法１３０条２項が青色申告にかかる法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を附記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告にかかる所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨にかんがみ、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがつて、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に附記すべき理由としては、単に更正にかかる勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要する。他方で、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、その更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を前記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁判所昭和６０年４月２３日第二小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
（２）ア本件についてこれをみると、本件更正部分１は、本件コンサルティング料を本件売買契約の代金の一部であるとしたものであって、帳簿上の記載を否認するものであるところ、その理由は、本件コンサルティング契約書記載の目的、本件コンサルティング料の支払が乙のコンサルティションの有無に関わりなく支払うものとされていること及びコンサルティションの具体的な事実が認められないことであり、その旨本件更正通知書に記載されている（前記前提事実（３）ウ（イ））。上記理由の記載は、本件コンサルティング契約書の記載内容からして、本件コンサルティング料が本件売却不動産の代金を補完するものであって、コンサルティションとの間で対価性がなく、それ以外にコンサルティションが実際に行われたことを認めるに足りる事情も窺われないことから、本件売却不動産の代金の一部であると判断した旨を記載したものと解され、そうすると、上記理由の記載は、本件更正処分を行った余市税務署長の判断過程を省略することなく記載したものといえ、同税務署長としては、上記理由の記載をすることによって、本件更正処分における自己の判断過程を逐一検証することができるのであるから、その判断の慎重、合理性を確保するという点について欠けるところはなく、上記理由の程度の記載でも処分行政庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的を損なうことはないというべきである。また、上記認定の資料である本件コンサルティング契約書の記載は原告にとって明らかであり、その余の理由は、コンサルティションの具体的な事実が認められないとして、認めるに足りる資料がないことをいうにすぎないのであるから、上記理由の判断過程及び認定資料を前提として、原告が本件更正部分１について不服申立てをするか否かを判断する上で十分な資料の摘示があり、不服申立ての便宜という面からの要請に対しても、必要な材料を提供するものであるということができる。
イ 本件更正部分２は、本件更正通知書において、更正処分をした根拠についての資料の摘示がないことは否定することができないが、原告が乙に対して本件退職金を退職金として支払ったという帳簿上に記載された事実を覆すことなくそのまま肯定したうえで、本件退職金を損金として算入することができないとした理由が記載されているのであるから、更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要しない。そして、その理由は、乙が代表取締役を退任した後同日役員に就任しており退職したと認めることはできないこと、並びに乙が原告の発行済株式の２分の１以上を保有する筆頭株主であり、実質的に原告の経営上主要な地位を占めていること、監査役に就任した後も従前と変わらず原告の経営に従事し、重要事項の決定権を有していたと認めることができることから、実質的にも退職したと同様の事情を認めることはできないというものであり、その旨本件更正通知書に記載されている（前記前提事実（３）ウ（イ））。以上のとおり、本件更正処分は、乙が実質的に退職したと同様の事情を認めることができないことを理由とするもので、本件更正通知書にはそのように判断する根拠となった具体的事実関係も記載しているものと認められ、そうすると、本件更正処分を行った余市税務署長としては、上記理由の記載をすることによって、本件更正処分における自己の判断過程を逐一検証することができるのであるから、その判断の慎重、合理性を確保するという点について欠けるところはなく、上記理由の程度の記載でも処分行政庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的を損なうことはないもので、本件処分について不服申立てをするか否かを判断する上で十分な資料の摘示があり、不服申立ての便宜という面からの要請に対しても、必要な材料を提供するものであるということができる。
（３）以上より、本件更正部分１及び本件更正部分２は、いずれも理由付記に不備があるということはできず、これを前提とする原告の主張には理由がない。
４ 争点１の４（質問検査権行使における事前通知の要否）及び争点１の５（本件調査２の適否）について
（１）税務署その他の税務官署による一定の処分のなされるべきことが法令上規定され、そのための事実認定と判断が要求される事項があり、これらの事項については、その認定判断に必要な範囲内で職権による調査が行なわれることは法の当然に許容するところと解すべきものであるところ、法人税法１５３条、１５４条の規定は、国税庁、国税局または税務署の調査権限を有する職員において、当該調査の目的、調査すべき事項、申請、申告の体裁内容、帳簿等の記入保存状況、相手方の事業の形態等諸般の具体的事情にかんがみ、客観的な必要性があると判断される場合には、上記職権調査の一方法として、各項規定の者に対し質問し、またはその事業に関する帳簿書類その他当該調査事項に関連性を有する物件の検査を行なう権限を認めた趣旨であって、この場合の質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、上記の質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまるかぎり、権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解すべきであり、実施の日時場所の事前通知、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知等も、質問検査を行う上で法律上必要な要件とされているものではない（最高裁昭和４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁参照）。「税務調査の際の事前通知について」と題する通達（平成１３年３月２７日課総５－１他７課共同（別紙の２参照））によれば、税務調査に際しては納税者に対し事前通知することを原則としつつ、業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されることから、事前通知を行わない調査（無予告調査）により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容等に係る事実の把握が困難であると想定される場合（①）、事前通知により、調査に対する忌避又は妨害、あるいは帳簿書類等の破棄及び隠ぺい等が予想される場合（②）など、事前通知を行うことが適当でないと認められる場合には、事前通知を行わないこととしているところ、この事前通知は、法が求める一般的要件ではなく、上記通達に違反したからといって、直ちにその調査が違法となるというものではないが、適正及び妥当な課税のための調査の実施と、税務調査における納税者の権利保護との調整の観点から定められたものとして、合理的な定めであると解される。そうすると、上記①、②の場合など、適正及び妥当な課税のための調査の実施と、税務調査における納税者の権利保護との調整の観点から社会通念上相当といえる限度を逸脱する場合でない限り、質問検査権の行使が違法ということはできない。
（２）そこで本件について検討するに、前提事実に加えて、後記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実を認めることができる。
ア 本件調査１の経緯
（ア）札幌西税務署の財務事務官であったＫ及びＬ（なお、いずれも余市税務署職員の身分を併有する者）ら本件調査担当官は、取引内容及び役員の従事状況等について実態を確認する必要があると判断して、平成２２年８月１７日、原告及び丙税理士に対して事前に通知することなく、本件民宿及び甲の居宅に臨場して本件調査１をしたところ、丙税理士が所属する丙税理士事務所のＭ税理士（以下「Ｍ税理士」という。）から、本件調査１をする際に事前に通知がなかったことについて抗議を受けた。本件調査担当官は、Ｍ税理士の要請により、本件調査１を中止して、税理士が立ち会うことのできる日程を調整して調査をすることとし、本件民宿及び甲の居宅から引き上げた。本件調査担当官は、甲の居宅から退室する際、甲に対して、取引先や金融機関等の反面調査を行うことを告げた。（乙４の１、２）
（イ）本件調査担当官は、本件調査１において、甲から事業概況等を調査したところ、甲は、本件調査担当官に対し、上記２（２）ウ（イ）及びエ（ア）のとおり、乙が、会社の資金繰りや銀行対策等の経理、会社の運営といった会社の経営に重大な影響を及ぼす事項について、自ら決定し、本件分掌変更後も、甲にこれを引き継ぐことをしなかったこと、甲は、平成１７年頃から平成２２年１月末までの間、札幌市所在のＪで働いており、平成２１年夏ころから、毎週土・日・祝日及びお盆休みに、本件民宿において、接客、レジ打ち、掃除等の業務を行うようになり、原告の代表取締役に就任後、繁忙時にのみ手伝っていた接客等を定期的に行い、売上の日計表を見るようになったこと、甲は、代表取締役就任の前後を通じて、取締役会にも出席したことがなく、役員報酬の支給を受けていなかったことなどを供述した。（乙４の１、乙１５）
イ 反面調査
本件調査担当官は、平成２２年８月２４日、本件改築請負業者の代表取締役に対して、本件改築工事についての乙の原告における役割等について調査し（乙１０）、同年９月３日、本件売却先会社の代表取締役に対して、本件売買契約及び本件コンサルティング契約の経緯等について調査し（乙９）、同月１０日、平成２１年に原告から本件民宿の駐車場の舗装工事等を請け負ったＨ有限会社の専務取締役に対して、乙の原告における役割等について調査した（乙１１）。
ウ 本件調査２の経緯
（ア）本件調査担当官は、原告の代表取締役を退任し監査役に就任した乙に対して支払われた退職金の損金への算入について、乙が実質的に退職したと同様の事情があるか否かを確認する必要があると判断し、乙の本件分掌変更前後の稼働状況につき現職の従業員よりも相対的に中立な供述を得ることができると考えて、平成２２年１２月２日、昭和５６年から平成２２年７月までの間に原告の従業員であった丁元従業員の居宅を訪問し、本件調査２をした。（乙５の１及び２、２０、２１、３２、証人Ｋ（以下「証人Ｋ」という。））
（イ）丁元従業員の居宅は、４階建ての公営住宅の３階にある一室であり、各部屋の入口は各階の廊下に並んでいて、各部屋の入口の間に仕切りはなかった。
本件調査担当官は、インターホンを鳴らし、応答したＣに対して、税務署に所属する職員であり、丁元従業員の話を伺いたいことを告げた。これに対し、Ｃは、丁元従業員が少しの時間であれば対応することができると言っていることを告げて、本件調査担当官を玄関の中に入れたところ、本件調査担当官は、税務署に所属する職員であることを告げて身分証明書を示し、丁元従業員が原告に勤務していたころの話を聴きたいということを説明した。Ｃは、本件調査担当官を居間に案内した。（甲１３、乙５の２、２０、２１、３２、証人Ｃ（以下証拠の掲記において「証人Ｃ」という。）、証人Ｋ）
（ウ）丁元従業員は、居間において、トレーナー上下を着用したまま、本件調査担当官と応対をし、Ｃは、本件調査担当官に対して、座布団とお茶を用意した。
本件調査担当官は、丁元従業員及びＣに対して、丁元従業員が原告に勤務していた当時の、丁元従業員の担当業務の内容及び乙の勤務状況を聴取し、聴取した内容を調書にまとめ、その調書を丁元従業員に対して読み聞かせた上で、内容に誤りがなければ署名押印をしてもらいたいと考えており、それら一連の作業には時間が掛かることを説明した。丁元従業員は、舌を手術したことから、滑舌が悪いと告げた上、聴取について承諾し、Ｃも承諾した。
本件調査担当官は、丁元従業員に対する聴取を開始したところ、丁元従業員は、氏名、生年月日、職業について回答したほか、前記２（２）エ（ウ）のとおり、昭和５６年から平成２２年７月までの間、原告に勤務していたこと、昭和５６年から平成２０年４月までの冬期に、本件ホテルにおいて、除雪を担当し、同月から平成２２年７月までの間に、本件民宿において、皿洗い等の雑務を担当したこと、甲の代表取締役就任について、乙、甲及び戊から告げられたことはなく、平成２２年２月ころ失業保険の書類の記載を見て初めて知ったこと、本件分掌変更の前後を通じ、戊の指示に従って業務を遂行し、乙及び甲から指示を受けることはなかったこと、原告の他の従業員も含めて、乙を社長、甲を奥さんと呼んでいたことなどを供述した。
聴取には約１時間を要したが、本件調査担当官は、丁元従業員の話を支障なく聴取することができ、丁元従業員は、本件調査担当官に対して、聴取をやめてほしいと申し出ることはなかった。聴取後約１時間かけて申述録取書が作成され、丁元従業員は、自ら回答した内容が申述録取書に記載されていることを確認した上、署名押印をした。（甲１３、乙５の１及び２、２０、２１、３２、証人Ｃ、証人Ｋ）
（３）前提事実（３）ア、上記１（１）及び上記（２）の認定事実のとおり、本件確定申告には、本件売却不動産を本件売買契約書記載の４億円で譲渡したとして、当該譲渡価格から本件売却不動産の帳簿価額合計を控除した残額を固定資産売却益として益金の額に算入し、本件コンサルティング料５０００万円をその固定資産売却益から除外して、本件退職金１億６９６５万円を損金に算入した旨の記載があるが、本件調査１の開始時において、原告には、本件不動産の売買代金の一部を本件コンサルティング料として上記益金から除外し、損金として計上することができる退職金には当たらない本件退職金を損金として計上した嫌疑があった。上記嫌疑の調査をするため、本件売買契約及び本件コンサルティング契約の締結の経緯、各契約における代金の流れ、乙の経営への関与状況、売上げの計上及び記録状況等を調査する必要があったこと、原告が同族会社であり、本件ホテル及び本件民宿の経営という業務の形態であったことなどからすると、事前通知を行わない調査により在りのままの事業実態等を確認しなければ、上記調査すべき事項を正確に把握することが困難であることが想定されるとともに、帳簿書類等の改ざん等が予想される。加えて、上記（２）ア（ア）のとおり、Ｍ税理士の要請に応じて本件調査１を中止したことも併せ考慮すると、本件調査担当官が事前に連絡することなく調査に赴いてした本件調査１は、税務職員の裁量に委ねられた権限の範囲内の行為であって、社会通念上相当な限度を逸脱した行為であるということはできず、本件全証拠によるも、事前通知なしに本件調査１が開始されたことによって、本件調査１が違法となるような事情は窺われない。
（４）丁元従業員は、上記２（２）エ（ウ）のとおり、本件事業年度において原告の従業員であった者であり、原告に対し、金銭の支払を受ける権利があると認められる者であるから、法人税法１５４条１項に該当する。そうすると、税務職員が丁元従業員に対して本件調査２の対象としたことのみをもって、違法であるということはできない。
Ｃは、本件調査２について、本件調査担当官が来た当初、丁元従業員の調子が悪いから今日は無理ですと回答したが断りきれないと思ったと述べるが、他方で、本件調査担当官から、聴取に応じないと不利益があるなどと示唆されたことはないこと、本件調査担当官から、丁元従業員が原告において就労していたときのことについて事情を聴いて調書の形でまとめたいと告げられ、その旨を丁元従業員に伝えたところ、丁元従業員が、うんとかはいとかだけだったら、ちょっとだけならいいと言い、その旨を本件調査担当官に伝えて、本件調査担当官を居宅に上げたこと、本件調査担当官から、聴取の開始前の当初から、ちょっと時間が掛かりますということは聴いていたこと、丁元従業員が途中で聴取をやめてほしいと述べたことはなかったこと、丁元従業員がまだですかと述べた後まもなく本件調査担当官が話を切り上げたことをそれぞれ供述している。上記Ｃの供述によっても、本件調査担当官が脅迫をした事実は認められない上、上記（２）の認定事実のとおり、本件調査２が丁元従業員の意向を無視し、強要にわたるような方法で行われたと認めるに足りる事情はない。原告は、丁元従業員に対して事情を聴取する必要性が低いと主張するが、甲は、上記認定のとおり、本件調査２の当時、乙が、本件分掌変更の後も、原告の経営に参画していることを供述していることからすれば、その信用性を吟味するとともに、乙の原告における活動の実態を把握する必要性が低いということはできない。
（５）以上より、事前通知をしなかったことをもって本件調査１が違法であるということはできず、本件調査２が不必要かつ不相当であるということもできない。本件調査の手続に違法があることを前提とする原告の主張には理由がない。
５ まとめ
上記１ないし４のとおり、本件更正処分等が違法であるということはできず、これを前提として余市税務署長が職務上尽くすべき注意義務に違反したという原告の主張は採用することができないのであるから、その余の点について判断するまでもなく、原告の請求は理由がない。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないから、これを棄却することとし、訴訟費用の負担につき民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
札幌地方裁判所小樽支部
裁判長裁判官 間史恵
裁判官 奥俊彦
裁判官北島睦大は差支えにより署名押印することができない。
裁判官 間史恵
（別紙）
関係法令等の定め
１ 法人税法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）
（１）３４条１項
内国法人がその役員に対して支給する給与（退職給与・・・を除く。）のうち次に掲げる給与のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
（各号省略）
（２）１３０条２項
税務署長は、内国法人の提出した青色申告書・・・に係る法人税の課税標準又は欠損金額・・・の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第２８条第２項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。
（３）１５３条１項
・・・法人の納税地の所轄税務署・・・の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人・・・に質問し、又はその帳簿書類・・・その他の物件を検査することができる。
（４）１５４条１項
・・・法人の納税地の所轄税務署・・・の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人・・・に対し、金銭の支払若しくは物品の譲渡をする義務があると認められる者又は金銭の支払若しくは物品の譲渡を受ける権利があると認められる者に質問し、又はその事業に関する帳簿書類を検査することができる。
２ 法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５（例規））９－２－３２（役員の分掌変更等の場合の退職給与）（乙３４）
法人が役員の分掌変更又は改選による再任等に際しその役員に対し退職給与として支給した給与については、その支給が、例えば次に掲げるような事実があったことによるものであるなど、その分掌変更等によりその役員としての地位又は職務の内容が激変し、実質的に退職したと同様の事情にあると認められることによるものである場合には、これを退職給与として取り扱うことができる。
（１）常勤役員が非常勤役員（常時勤務していないものであっても代表権を有する者及び代表権は有しないが実質的にその法人の経営上主要な地位を占めていると認められる者を除く。）になったこと（１号）
（２）取締役が監査役（監査役でありながら実質的にその法人の経営上主要な地位を占めていると認められる者及びその法人の株主等で令７１条１項５号〔使用人兼役員とされない役員〕に掲げる要件のすべてを満たしている者を除く。）になったこと（２号）
（３）分掌変更等の後におけるその役員（その分掌変更等の後においてもその法人の経営上主要な地位を占めていると認められる者を除く。）の給与が激減（おおむね５０％以上の減少）したこと（３号）
３ 税務調査の際の事前通知について（事務運営指針）（平成１３年３月２７日課総５－１他７課共同）（乙３の２）
税務調査に際しては、原則として、納税者に対し調査日時をあらかじめ通知（事前通知）する。ただし、事前通知を行うことが適当でないと認められる次のような場合については、事前通知を行わない。
（１）業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されることから、事前通知を行わない調査（無予告調査）により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容等に係る事実の把握が困難であると想定される場合（①）
（２）事前通知することにより、調査に対する忌避・妨害、あるいは帳簿書類等の破棄・隠ぺい等が予想される場合（②）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12843.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。