税務訴訟資料第２６６号－７４（順号１２８５２）
長崎地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（長崎税務署長）
平成２８年５月１０日棄却・確定
判決
原告
Ａ
同代表者代表理事
甲
同訴訟代理人弁護士
吉田良尚
同
岡田雄一郎
同補佐人税理士
Ｂ
（以下「原告補佐人」という。）
被告
国
同代表者法務大臣
岩城光英
処分行政庁
長崎税務署長
身吉英二
被告指定代理人
別紙１記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
長崎税務署長が、原告に対して平成２５年６月２６日付けで、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税について行った更正処分のうち納付すべき法人税額５７６万４６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分、平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税について行った更正処分のうち還付すべき法人税額１０７５万５４１５円を下回る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分、平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度の法人税について行った更正処分のうち納付すべき法人税額３０１５万１４００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分、平成２２年４月１日から平成２３年３月３１日までの事業年度の法人税について行った更正処分のうち納付すべき法人税額１７０５万５４００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税について行った更正処分のうち納付すべき法人税額４４２３万３２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
被告（処分行政庁）は、平成２５年６月２５日付けで原告に対し、原告が確定申告ないし修正申告をした以下の（１）ないし（５）の各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税について、それぞれ更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。
（１）平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日まで（以下「平成２０年３月期」という。）
（２）平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで（以下「平成２１年３月期」という。）
（３）平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日まで（以下「平成２２年３月期」という。）
（４）平成２２年４月１日から平成２３年３月３１日まで（以下「平成２３年３月期」という。）
（５）平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日まで（以下「平成２４年３月期」という。）
本件は、原告が、被告に対し、本件各処分は、①原告が特定機械装置等を用に供した事業は、中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除を定める租税特別措置法（なお、同法及び同法施行令、同法施行規則〈以下、それぞれ「措置法」「措置法施行令」「措置法施行規則」という。〉は、本件各事業年度にわたって数次の改正を経ているが、以下、特記しない限り、平成２４年３月期に適用される規定を記載する。）４２条の６第２項（以下「本件規定」という。）所定の指定事業に該当するのに、法人税額の特別控除を認めなかった違法がある、②税務調査終了時の説明に不備がある（国税通則法７４条の１１第２項違反）、③本件各処分の通知書に記載された更正の理由の提示に不備がある（行政手続法１４条違反）として、本件各更正処分のうち確定申告額を超える部分等及び本件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の概要
別紙２記載のとおり。
２ 前提事実（争いのない事実並びに証拠〈事実の後に掲記〉及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告
原告は、その所属員の事業又は生活に必要な資金の貸付け、貯金又は定期積金の受入れの事業（以下「原告の事業」という。）等を目的とする●●である。
原告は、法人税額の特別控除を定める本件規定の適用対象である「特定中小企業者等」に該当し、本件各事業年度において、各電子計算機又は各ソフトウエア（本件規定が適用対象とする、「その製作の後事業の用に供されたことのない」「特定機械装置等」に該当する。）を取得し（以下「本件各資産」という。）、本件規定の適用対象とする期間（指定期間）内に、原告の事業（金融業）の用に供した。
（２）確定申告等
原告は、処分行政庁（長崎税務署長）に対し、本件各事業年度の法人税について、青色の確定申告書（以下「青色申告書」という。）に、別紙３の「申告額」欄記載のとおり、本件規定（措置法４２条の６第２項）の適用を前提とする法人税額の特別控除額等を記載して、添付書類と共に、それぞれ各提出期限までに提出して申告した。また、原告は、平成２３年１月７日、平成２２年３月期の法人税について、修正申告書（ただし、法人税額の特別控除欄の記載は、当初の青色申告書と同じ。）を提出して申告した。なお、原告は、本件各資産について、本件規定と選択的な関係にある措置法４２条の６第１項の規定（特別償却）の適用を受けていない。
（乙５、６、７の１・２、乙８、９）
（３）税務調査
被告の調査担当者ら（以下「調査担当者ら」という。）は、原告の本件各事業年度の法人税につき調査（以下「本件調査」という。）を行い、調査後である平成２５年６月１７日、原告に対し、更正決定等をすべきと認める場合に当たるとして、国税通則法７４条の１１第２項に基づき、調査結果の内容を説明した。
（甲５、１０の１・２）
（４）本件各処分及びその通知
ア 本件各処分
処分行政庁は、平成２５年６月２６日付けで、原告に対し、原告の本件各事業年度の法人税額等について、別紙３の「本件各処分」欄記載のとおり、本件各処分（長法第１５７１号ないし第１５７５号）をし、そのころ、原告に対し、本件各処分を「法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書」（以下「本件各通知書」という。）により通知した。（甲１の１～５）
イ 本件各通知書の更正の理由の記載
本件各通知書には、更正の理由として、本件規定の「指定事業」を定義する規定として措置法４２条の６第１項、措置法施行令２７条の６第４項及び措置法施行規則２０条の２の３第７項（平成２４年３月期に対するもの。それ以前の事業年度の更正の理由としては、措置法施行規則２０条の２の２第７項。以下、これら本件規定所定の指定事業を定義する規定を併せて「本件規定等」という。）等が摘示されているほか、おおむね以下の内容が記載されている。
貴法人備え付けの帳簿書類を調査した結果、所得金額等又は税額等の計算に誤りがあると認められますから、次のとおり、申告書に記載された所得金額等に加算、減算して更正し又は税額等を更正しました。
貴法人は、当事業年度の法人税確定申告書において、「中小企業者等が機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除に関する明細書」を添付し、貴法人が営む金融業の用に供する器具及び備品ないしソフトウエア（本件各資産）の取得価額の合計額（金額略）の１００分の７（なお、平成２１年３月期においては、そのうち当該事業年度の所得に対する法人税額の１００分の２０〈税額控除限度額〉）に相当する金額（なお、平成２２年３月期においては、前事業年度の繰越税額控除限度超過額との合計額。本件各事業年度ごとの金額は、別紙３の「法人税額の特別控除額」欄記載のとおり。）を中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除額として算出し、法人税額から控除し（また、平成２１年３月期においては、税額控除限度額を超過した金額を翌期繰越分の繰越税額控除限度超過額とし）ています。
法人の営む事業が指定事業に該当するかどうかは、おおむね日本標準産業分類（総務省）の分類を基準として判定することとしています。しかしながら、貴法人は、本件資産を貯金業務や資金貸出業務などの金融業の用に供しているところ、当該金融業は、日本標準産業分類の分類を基準として判定すると指定事業のいずれにも該当しませんので、貴法人は本件資産を対象資産として中小企業者等が機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除を適用することはできません。したがって、当該法人税額の特別控除額を中小企業者等が機械等を取得した場合等の法人税額の特別控除額の過大額として当事業年度の法人税額に加算しました。
（甲１の１～５）
（５）審査請求及び本件訴えの提起
原告は、平成２５年７月１６日、本件各処分を不服として、国税不服審判所長に対し、国税通則法７５条４項１号により、異議申立てを経ないで審査請求をした。国税不服審判所長は、平成２６年７月１５日付けで、同審査請求について、いずれも棄却する旨の裁決をした。
原告は、同年１２月１８日、本件各更正処分のうち確定申告に係る納付すべき法人税額を超える部分（ただし、平成２１年３月期分については、還付すべき法人税額１０７５万５４１５円を下回る部分）及び本件各賦課決定処分の取消しを求めて、本件訴えを提起した。（顕著な事実、甲２）
（６）本件規定の関係通達及び日本標準産業分類（総務省）
中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除を定める措置法４２条の６に関して発出された租税特別措置法関係通達（以下「措置法通達」という。）４２の１２－５（本件規定制定当時〈平成１０年５月〉の通達番号。その後数次の改正がなされた。平成１５年課法２－２２の第３「四」による改正後のものは４２の６－５。改正の主な経過は別紙４「本件通達」欄記載のとおり〈なお、そのうち（Ｂ）欄の「措置法通達４２の１２－５」とあるのを「措置法通達４２の１１－５」と改める。以下同じ。〉。以下、特記しない限り、改正の前後を通じて上記通達番号の通達を「本件通達」という。）は、事業の判定につき、法人の営む事業が指定事業に該当するかどうかを、おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定することとしている。
日本標準産業分類（総務省）（以下「日本標準産業分類」という。）は、統計調査の結果を産業別に表示する場合の統計基準として、事業所において社会的な分業として行われる財及びサービスの生産又は提供に係るすべての経済活動を分類するものであり、統計の正確性と客観性を保持し、統計の相互比較性と利用の向上を図ることを目的として、昭和２４年１０月に設定され、昭和２６年政令第１２７号「統計調査に用いる産業分類並びに疾病、傷害及び死因分類を定める政令」の公布時に法令の根拠を持つこととなった。その後、我が国の産業構造の変化に伴い分類を実情に合致させるため、また、各種統計調査に対し、問題を解消し、無理なく適用できるように逐次改定作業が行われ、平成５年１０月に第１０回改定（以下、第１０回改定後のものを「日本標準産業分類（平成５年）」という。）、平成１４年３月に第１１回改定（以下、第１１回改定後のものを「日本標準産業分類（平成１４年）」という。）、平成１９年１１月に第１２回改定（以下、第１２回改定後のものを「日本標準産業分類（平成１９年）」という。）がされた。
（甲１３、乙４の１、乙１４の１～６）
３ 争点及びこれに対する当事者の主張
（１）原告の事業は措置法４２条の６第２項（本件規定）の指定事業に当たるか（原告）
措置法４２条の６第２項により法人税額の特別控除が認められる指定事業については、本件規定等に定められており、措置法施行規則２０条の２の３第７項（平成２４年３月期に適用される、平成２３年財務省令第８９号による改正前のもの。措置法施行規則は、本件各事業年度にわたって数次の改正を経ており、その改正の経過は別紙２のとおりである。以下、改正の前後を通じて同項の定めを「本件条項」という。）１１号には、指定事業として「サービス業（物品賃貸業及び娯楽業（映画業を除く。）を除く。）」が挙げられている。そして、法令解釈の原則は文理解釈であるところ、辞書等の記載に照らし、日本語の通常の用語例からすれば、サービス業とは「無形の役務を提供する事業」と解するのが正当である。そうすると、原告の事業（金融業）は、同号に定めるサービス業に該当する。なお、通常の用語例によれば、措置法施行令や措置法施行規則において列挙された事業の一部が、サービス業に当たり、本件条項のサービス業と重複して規定されているようにも考えられるが、本件条項のサービス業は、措置法施行令及び措置法施行規則において限定列挙されたものを除いたものと解するのが正当である。
被告は、本件条項の「サービス業」は、日本標準産業分類において大分類「サービス業」に分類されるものをいう旨主張する。しかし、指定事業該当性を日本標準産業分類によって判断することを根拠づける文言は本件規定等には存しない。被告の主張は、租税法律主義から逸脱している。日本標準産業分類は、①統計調査の結果を産業別に表示する場合の統計基準として設定され、個々の産業を定義するものではなく、総務省が事業の定義に用いることを禁止していること、②広く知られておらず日本語の通常の用語例ではないこと、③幾度も改定されており普遍的な産業分類基準ではないこと、④日本標準産業分類の「大分類Ｒサービス業（他に分類されないもの）」以外にもサービス業が分類されていることなどから、日本標準産業分類の分類を基準として指定事業の該当性を判定することに合理性はない。その旨を定める本件通達は、法令解釈を示した解釈通達ではなく、税務官庁の形成的・裁量的判断を規定した創設的通達であって違法である。
また、本件条項は、「サービス業（物品賃貸業及び娯楽業（映画業を除く。）を除く。）」を規定するところ、これは物品賃貸業及び娯楽業はサービス業であるが、これらを除外するという意味であり、日本標準産業分類においては、これらはサービス業に含まれているから、本件規定等における指定事業の分類と日本標準産業分類における事業の分類とは異なっている。
さらに、財務省の公表資料（甲６）によると、金融保険業の業種区分において、３０９の法人が本件規定の適用を受けており、原告補佐人が財務省文書課情報公開室に尋ねたところ、「金融保険業に含まれる業種は、８７銀行・信託業、８８その他の金融、８９証券・商品取引、９０保険・サービス業」との説明があり、「適用額明細書の記載の手引き」（乙１５）によれば、業種区分８７には●●協同組合が含まれている。したがって、立法立案者である財務省は、●●協同組合が本件規定の適用を受けられると考えている。
原告は、平成１６年４月１日ないし平成１７年３月３１日の事業年度（以下「平成１７年３月期」という。）から平成２４年３月期まで、８期連続で本件規定を適用しているが、その間、処分行政庁から本件規定の適用について何ら指摘はなく、処分行政庁は、金融業がサービス業であると判断していた。
（被告）
憲法８４条が租税法律主義の原則を定めており、これは、課税に対する法的安定を図ることと納税者に予測可能性を与えることがその趣旨であることに鑑みると、租税法規の解釈においては、立法の趣旨目的及び経緯、租税負担の公平性、相当性を総合考慮して検討した上で、用語の意味、内容を合理的に解釈することが必要である。本件規定は、バブル経済の崩壊後の長期にわたる景気の低迷等を打開するための総合経済対策の一環として、中小企業の設備投資促進という社会政策を目的とした税制であるから、このような目的を実現するためには、中小企業において、特定機械装置等の設備投資をする際、自らが営んでいる事業が本件規定の適用により特別控除の優遇措置を受けられる指定事業に当たるかを、自ら判定できることが重要である。また、措置法は、担税力においては同様の状況にあるにも関わらず、特定の政策目的の実現のために、特定の要件に該当する場合に税負担を軽減又は加重することを内容とする措置であるから、租税公平主義の要請との調和が求められ、その解釈に当たっては、文理解釈を基本としつつ、立法者意思を踏まえた厳格な解釈が必要となる。このような納税者の予測可能性の観点からすると、本件規定の指定事業の内容は、何らかの普遍的かつ合理的な分類の基準に基づき解釈されることが必要である。
そして、日本標準産業分類は、普遍的で合理的な分類基準であり、日本標準産業分類を基準として事業を判定する旨を定めた通達が多数存在し、課税実務上、日本標準産業分類を基準として事業の該当性を判断することは一般的な取扱いとして定着しており、ほかにも、助成事業等の各種施策や証券取引所に上場する企業に対して付与される証券コードなど産業を分類する手段として多数の事例・分類で活用されている。上記のような解釈上の要請に応えることができる産業の分類基準はほかにないから、指定事業を、日本標準産業分類の分類を基準として判定することが立法の趣旨に適い、法的安定性や納税者の予測可能性も担保するものである。そして、同分類によれば、原告の事業は、大分類－金融業、保険業、中分類－協同組織金融業、小分類－農林水産金融業、細分類－●●、●●（平成２１年３月期ないし平成２４年３月期において用いられる日本標準産業分類〈平成１９年〉による。平成２０年３月期に用いられる日本標準産業分類〈平成１４年〉では、大分類－金融・保険業、中分類－協同組織金融業、小分類－農林水産金融業、細分類－●●、●●に分類される。）であり、日本標準産業分類の分類に従って分類した本件規定等の指定事業のいずれにも該当しない。
原告は、本件規定等の指定事業の分類と日本標準産業分類の分類とが異なっている旨主張する。しかし、本件規定制定時には、本件規定等の指定事業の分類と日本標準産業分類（平成５年）の分類とは一致していた。その後、産業構造の変化により日本標準産業分類が改定されたものの、日本標準産業分類は、あくまで本件規定等の指定事業該当性を判断するための業種分類の基準として位置づけられているにすぎないから、本件規定等に定められた指定事業が日本標準産業分類において改定によりその分類が変更されたとしても、当該事業の指定事業該当性が自動的に改定されるものではない。日本標準産業分類（平成５年）において「大分類－サービス業」に分類されていた各事業は、後の日本標準産業分類の改定により他の分類に属することになった場合でも、本件条項の「サービス業」に該当するのであり、本件通達の注書きもこのことを明らかにしている。
原告は、サービス業について、「代表的な辞書の記載」を踏まえ、日本語の通常の用語例からすれば「無形の役務を提供する事業」と解するのが正当であり、金融業はこれに当たるなどと主張する。しかし、日本国内において最も代表的な辞書である「広辞苑」及び「大辞林」は、「サービス業」の意義について、「日本標準産業分類の（大分類の）一つ」であるとしている。また、原告の主張するサービス業の理解は、措置法施行規則の文理に反し、法令全体の制定構造にそぐわず、不合理である。
また、原告は、財務省の資料（甲６）によれば、金融保険業の業種区分で本件規定により税額控除されている法人が複数認められる旨主張する。しかし、そもそもこの点は本件各処分の適法性に影響を及ぼすものではないし、原告は同資料の理解を誤っている。
さらに、原告は、平成１７年３月期から平成２４年３月期まで、８期連続で本件規定を適用していたのに、処分行政庁から本件規定の適用について何ら指摘がなかったから、処分行政庁は、金融業がサービス業であると判断していた旨主張する。被告は、平成１９年３月期（平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度をさす。）から平成２４年３月期について本件規定の適用について指摘しなかったことは認め、平成１７年３月期については法人税の申告書が保存期間満了により廃棄されているため不知。平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度については本件規定を適用していないので、否認し、主張は争う。
（２）国税通則法７４条の１１第２項に基づく調査終了時の説明に本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべき不備があるか
（原告）
調査担当者らが、税務調査終了時に、原告補佐人からの質問前に行った更正の理由についての説明は、「金融業の事業に供していると認められるので、条文の指定事業に当たらないと考えている。」というもののみで、何故、金融業であるから本件規定所定の「指定事業」（製造業、建設業その他政令で定める事業〈措置法４２条の６第１項参照〉。以下「指定事業」という。）に該当しないかの説明は皆無であった。また、本件通達及び日本標準産業分類の言及はなく、措置法施行規則所定の「サービス業」についての言及もなかった。
国税通則法７４条の１１第２項が、職員に更正決定等の理由を含む調査結果の内容の説明義務を課している趣旨は、納税者が更正処分を受けた際の異議申立て等の便宜を図ることと、更正処分における恣意の抑制を図ることであり、更正処分の理由付記と同程度の説明が要求される。しかし、調査担当者による上記説明は、更正処分の理由を説明しておらず、原告において、原告の事業が何故指定事業に該当しないかを理解しうるものではなかった。被告が本件通達や日本標準産業分類を根拠に更正をするのであれば、調査担当者らはその旨説明すべきであった。また、調査担当者らは、原告に対し、修正申告の慫慂（勧奨）をすべきであったのにこれをしていないし、財務大臣が衆議院・財務金融委員会においてメモ等が必要であればその場で交付するというやり方は今後も必要なときはやっていくことになる旨答弁していたにもかかわらず、メモ等の交付はなかった。
したがって、調査担当者らの上記説明は同項に違反するものであり、瑕疵のある調査手続に基づく本件各処分は取り消されるべきである。
（被告）
調査担当者らは、本件調査終了の際に本件調査に係る調査結果の内容の説明として、原告に対し、更正処分等をすべき理由があると認められること、税目及び課税期間ごとに更正決定等をすべきと認めた額（適用の誤りを認めた法人税額の特別控除額、これにより納付すべき本税の額及び過少申告加算税の額）、法律の根拠である関係法令及び判断の根拠となる事実を説明した上で本件規定を適用することができないと判断した過程について説明したから、国税通則法７４条の１１第２項が定めた税務当局の納税者に対する説明責任を果たしたということができる。
仮に、上記説明の内容では同項が要求する説明の程度には足りず、金融業が指定事業に該当しないとする判断過程についてより詳細な説明が求められるとしても、調査担当者らは、上記説明に続いて、原告の本件各事業年度の確定申告等に関与した税理士（関与税理士）である原告補佐人からの質問に応答する形で、金融業が指定事業に該当するかどうかは措置法通達４２の６－５により、おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定することとしており、同分類においては、金融業はサービス業とは別の分類とされている旨説明をした。
したがって、調査担当者らの説明は、国税通則法７４条の１１第２項に反せず適法である。
また、調査手続において不備があり、同項に反し違法と評価される余地があったとしても、その説明の不備が刑罰法規に触れたり、公序良俗に反したりするなど、およそ税務調査がなされたとはいえないと評価されるほど違法性の程度が著しい場合を除いては、更正処分の取消事由となるものではない。本件において、仮に調査担当者らの調査結果の内容の説明に不備があったとしても、刑罰法規に触れるなどと評価される余地はなく、本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべきものとはならない。
なお、原告は、調査担当者らが原告に対して修正申告の勧奨やメモ等の交付をしなかったことをもって説明に違法がある旨主張する。しかし、原告がその根拠とする国税通則法７４条の１１第３項は、申告納税制度の趣旨に照らし、できるだけ納税者自ら納税義務の内容を確定することが望ましいとの見地から、修正申告を勧奨することができる旨定めた規定であり、勧奨する義務を定めたものではない。さらに、原告の指摘する財務大臣の答弁は、メモ等を交付する義務を述べたものではない。
（３）行政手続法１４条１項に基づき本件各通知書に記載された理由に本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべき不備があるか
（原告）
行政手続法１４条１項の理由の提示の趣旨は、処分行政庁の判断の慎重・合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を相手方に知らせて不服の申立てに便宜を与えるというものであり、理由付記の程度については、結論に至る判断過程・判断根拠が必要とされている。
しかし、本件各通知書の更正の理由の記載は、①結論のみの記載であり、②関係条文のどの文言の解釈から、本件各通知書に記載の法人の営む事業の指定事業該当性を「おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定する」のか記載がなく、③判断過程・判断根拠の記載がない、④本件各通知書の記載のうち「指定事業に該当するかどうかは、おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定する」という部分は、本件通達を根拠とするようであるが、本件通達の番号やその注書きの記載がなく、本件通達の内容を過不足なく説明するものではない。
このように、本件各通知書には、指定事業該当性を判定する際に、日本標準産業分類の分類を基準とする理由について一切記載がない。また、法令のどの文言の解釈から導き出されるのかの記載もない。過去の裁判例に照らしても、本件各通知書の理由の記載は結果のみの記載というべきものであり、更正処分の判断過程が不明で、処分の相手方に異議申立ての便宜を与えるには不十分であり、理由の提示としては不備が明らかである。したがって、本件各処分は取り消されるべきである。
（被告）
理由提示の程度は、事案によって異なるものであり、法の解釈の問題については、結論のみを示せば足り、結論に到達した理由ないし根拠を示す必要はないとの見解もある。
本件各通知書には、原告が本件各事業年度の法人税の確定申告書において、本件規定を適用し、法人税額の特別控除を受けていたこと及びその金額等、本件規定の内容、指定事業について本件規定等に定められていること、法人の営む事業が指定事業に該当するかはおおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定すること、原告は本件各資産を金融業の用に供しており、金融業は、同分類を基準として判定すると指定事業のいずれにも該当しないことから、原告は、本件各事業年度の法人税の確定申告書において、本件規定を適用することはできず、法人税額の特別控除額の過大額は本件各事業年度の法人税の額に加算されることが記載されている。このように、本件各通知書は、法律上の根拠である関係法令等、判断の根拠となる事実、結論に至る判断過程を具体的に明示して記載しているものであって、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由提示制度の趣旨目的を充足しており、不利益処分の理由の提示として何ら欠けるところはない。
原告は、本件各通知書に記載された更正の理由に、本件通達の番号及び注書きが記載されていない旨主張する。しかし、通達は、課税庁内部の法令解釈や判断基準を定めたものであって、納税者を法的に拘束するものではなく、通達番号は、行政庁の法令解釈基準が存在することを示すにすぎない。また、本件通達の注書きは、本件更正処分における指定事業該当性の判断には関係がないから、本件通達の番号及び注書きを記載しなくても不適法ではない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（原告の事業は措置法４２条の６第２項〈本件規定〉の指定事業に当たるか）について
（１）前記前提事実並びに証拠（事実の後に掲記）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 本件規定及び租税特別控除制度創設の沿革
本件規定は、措置法４２条の６第１項とともに、青色申告書を提出する法人で（特定）中小企業者等に該当するものが平成１０年６月１日から平成２４年３月３１日までの間に（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）一定の機械装置等の取得又は製作をして、これを国内にある当該（特定）中小企業者等の営む指定事業の用に供した場合には、初年度において、その取得価額の３０％の特別償却又は取得価額の７％の特別税額控除の選択適用を認めるものである。なお、税額控除については当該事業年度の法人税額の２０％相当額を限度とし、この限度額を超過した部分については１年間の繰越控除が認められる。
本件規定制定当時（平成１０年５月）、日本経済は、バブル経済の崩壊後の長期にわたる景気の低迷等により、極めて厳しい状況に直面しており、こうした状況を一刻も早く打開するため、有効需要を喚起する総合経済対策の一環として、中小企業の設備投資促進という観点から、１年間の時限措置として、措置法４２条の６（平成１０年法律第８４号による制定当時の条番号は４２条の１２）による税額控除制度等が創設された。なお、本件規定は、数次の改正を経て、その適用対象とする期間（指定期間）が延伸された。（乙１１）
イ 本件規定等、本件通達及び日本標準産業分類の改正状況
（ア）本件条項、本件通達及び日本標準産業分類の改正状況
措置法施行規則２０条の２の３第７項（本件条項）、本件通達及び日本標準産業分類の改正状況（抄）は、別紙４記載のとおりである。別紙４の（Ａ）は本件規定及び本件条項制定当時のもの、（Ｂ）は平成１４年財務省令第２７号による本件条項改正後のもの、（Ｃ）は平成２０年財務省令第３０号による本件条項改正後のものである。また、本件通達の本文は上記（Ａ）ないし（Ｃ）を通じて「法人の営む事業が指定事業に該当するかどうかは、おおむね日本標準産業分類（総務庁）の分類を基準として判定する」であり、改正はなく、注書きが別紙４の「本件通達」欄記載のとおり改正された。
なお、平成１０年５月当時の日本標準産業分類（平成５年）は、大分類として「Ｇ電気・ガス・熱供給・水道業」、「Ｈ運輸・通信業」、「Ｉ卸売・小売業、飲食店」、「Ｊ金融・保険業」、「Ｋ不動産業」等のほか「Ｌサービス業」を分類し、「サービス業」の分類の中に、①洗濯・理容・浴場業、駐車場業、その他の生活関連サービス業（特殊浴場業を含む。）、②旅館、その他の宿泊所、娯楽業（⑤の映画・ビデオ制作業を除く。）、③自動車整備業、機械・家具等修理業、④物品賃貸業、⑤映画・ビデオ制作業、放送業、情報サービス・調査業、広告業、専門サービス業、⑥協同組合、その他の事業サービス業、⑦廃棄物処理業、⑧医療業、保健衛生、⑨社会保険、社会福祉、⑩教育、学術研究機関、⑪宗教、政治・経済・文化団体、⑫その他のサービス業、外国公務を分類していた。（乙４の１～３、乙１４の１～６）
（イ）本件規定等（本件条項を除く。）及び日本標準産業分類の改正状況
本件規定等（本件条項を除く。）、日本標準産業分類（平成１４年）及び日本標準産業分類（平成１９年）の改正状況（抄）は、それぞれ別紙５の１・２記載のとおりである。（乙４の１・２）
ウ 辞書・辞典におけるサービス業の用語例
辞書・辞典には、サービス業ないしサービス産業について、以下の用語例が記載されている。
（ア）日本語大辞典（講談社）
無形のサービスを生産・提供する産業の総称。商業・運輸業・金融業・観光業・修理業・興行業・教育産業など。第三次産業。（甲８の１）
（イ）社会科学総合辞典（新日本出版社）
経済学のサービスの規定とは別に、通俗的にはサービスは物を生まない労働をさすとされ、そこから、運輸・保管業、通信業、商業、広告・宣伝業、金融・保険業、不動産業なども、商品としてのサービスを提供するものとされ、政府統計などではこれらがしばしばサービス業に含められている。
（甲８の２）
（ウ）精選版日本国語大辞典２（小学館）及び日本国語大辞典５（小学館・第二版）
物財の生産を主とする業種に対し、消費の対象となる役務を提供する業種。商業、金融、保険、宿泊、修理、医療・保健、教育、運輸、宗教、興行、調査・情報、小売り、飲食などの業種をさす。ほぼ第３次産業に等しい。
（甲８の３・５）
（エ）世界大百科事典（平凡社）
農林水産業を第１次産業、製造業、建設業等を第２次産業とすれば、これらを除く産業がすべて第３次産業に属する。サービス業は、この第３次産業にほぼ等しく、サービス、すなわち物のように手に取ったり触れたりできない対象を提供する産業であり、きわめて多様な業種から成る。
（甲８の４）
（オ）広辞苑（岩波書店・第六版）
日本標準産業分類の大分類の一つ。デザイン・著述・写真業などの専門サービス業、学術・開発研究機関、洗濯・理容・美容・浴場業、その他の生活関連サービス業、娯楽業、廃棄物処理業、自動車整備業、機械等修理業、物品賃貸業、広告業などからなる。（乙２０）
（カ）大辞林（三省堂）
日本標準産業分類の一。宿泊設備貸与業、広告業、修理業、興行業、医療保健業、宗教・教育・法務関係など非物質的生産物（サービス）を生産するあらゆる業務。（乙２１）
エ 日本標準産業分類の利用
日本標準産業分類は、地方自治体が補助金を交付する施策等において、補助対象者該当性ないし事業の定義に用いられているほか、国内の証券取引所に上場する企業の「証券コード」に用いられている。
また、複数の租税関係通達は、個人又は法人の事業が各種租税法規において規定されている「指定事業」に該当するかについて、おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定することとしている。
（乙３の１～８、乙１８の１～３、乙１９）
（２）検討
ア 租税法規の用語の解釈
憲法８４条は「あらたに租税を課し、又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要とする。」として、いわゆる租税法律主義を定め、国民の経済生活に法的安定性と予測可能性を与えることとしている。その趣旨からすれば、納税義務者及び課税標準等の課税要件や租税の徴収手続は法律によって定められていなければならず、また、上記課税要件については、その内容が多義的でなく明確かつ一義的に定まっていることが望ましい。しかし、租税が対象とする納税者の社会生活上の事象は多種多様であり、特に納税者の自由な経済活動により多様な形態の事業、取引等がなされることに鑑みると、それら全てを法律により一義的に規定し尽くすことは不可能であって、その内容の明確性には自ずと限界がある。したがって、租税法規の用語の解釈は、原則として、定義規定がある場合にはこれにより、そうでない場合には日本語の通常の用語例によって文理解釈して規定の意味内容を明確にすべきであるが、それができない場合には、当該規定の趣旨・目的、定め方、経緯、税負担の公平性及び相当性等を総合考慮して、その意味内容を合理的に解釈する必要がある。
イ 本件規定の趣旨目的
前記認定のとおり、本件規定は、有効需要を喚起する総合経済対策の一環として中小企業の設備投資促進という目的から、担税力において同様の状況にあっても、政策的に一定の事業者に対してのみその選択に従い法人税額の特別控除を認めるものである。このような設備投資を促進し有効需要を喚起するという目的を実現するためには、指定事業が明確であって、中小企業において、特定機械装置等の設備投資を判断する際、自らが営んでいる事業が本件規定の適用により特別控除の優遇措置を受けられる指定事業に当たるかを、自ら判定できることが重要である。また、租税負担の公平に配慮する必要があり、曖昧な用語を使用することによって、同一の事業種であるのに特別控除の有無に差異が生じることがないようにする必要がある。
ウ 本件条項の定め方
前記前提事実のとおり、中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除を定める措置法４２条の６は、その適用対象となる指定事業につき、第１項において、「製造業、建設業その他政令で定める事業」とし、措置法施行令２７条の６は第４項において、上記政令で定める事業を「農業、林業、漁業、水産養殖業、鉱業、卸売業、道路貨物運送業、倉庫業、港湾運送業、ガス業その他財務省令で定める事業」とし、さらに本件条項は、上記財務省令で定める事業を次に掲げる事業（性風俗関連特殊営業に該当するものを除く。）とし、各号において、小売業、料理店業その他の飲食店業（料亭、バー、キャバレー、ナイトクラブその他これらに類する事業を除く。）、一般旅客自動車運送業、海洋運輸業及び沿海運輸業、内航船舶貸渡業、旅行業、こん包業、郵便業、通信業、損害保険代理業等と列挙し、併せてサービス業（物品賃貸業及び娯楽業〈映画業を除く。〉を除く。）を定める。
エ 本件条項の「サービス業」の解釈
原告は、原告の事業が指定事業、すなわち、本件条項の定める「サービス業」に該当すると主張するので、以下検討する。
（ア）文理解釈の可否
指定事業を定める本件条項の「サービス業（物品賃貸業及び娯楽業〈映画業を除く。〉を除く。）」の「サービス業」を定義する規定は見当たらないところ、前記認定のとおり、辞書や辞典における「サービス業」の用法は「無形のサービスを生産・提供する産業の総称」、「第３次産業」、「非物質的生産物（サービス）を生産するあらゆる業務」など相当包括的である。さらに、「運輸・保管業、通信業、商業、広告・宣伝業、金融・保険業、不動産業なども、商品としてのサービスを提供するものとされ、政府統計などではこれらがしばしばサービス業に含められている。」とするものがある一方で「サービス業」を「日本標準産業分類の大分類の１つ」として「デザイン・著述・写真業などの専門サービス業、学術・開発研究機関、洗濯・理容・美容・浴場業、その他の生活関連サービス業、娯楽業、廃棄物処理業、自動車整備業、機械等修理業、物品賃貸業、広告業などからなる。」とするものがあり、サービス業に含まれるとされる事業は統一されておらず、日本語の通常の用語例として、「サービス業」の外縁が明確にされているということはできない。
そして、本件条項のサービス業が辞書や辞典の用語例のような包括的な概念であると理解することは、前記のとおり、指定事業を明確にし、中小企業の設備投資を促進する、また、租税負担の公平に配慮し、曖昧な用語を使用することで同一の事業種であるのに特別控除の有無に差異が生じることがないようにする必要があるとの本件規定の趣旨目的からの要請を満たすことができない。
また、措置法施行令２７条の６第４項に規定された事業のうち卸売業、道路貨物運送業、倉庫業、港湾運送業、ガス業や本件条項に列挙された各事業は、上記辞書や辞典の用語例によれば、サービス業に該当する事業であり、別途本件条項において「サービス業」を規定していることからすれば、辞書や辞典の用法によると「サービス業」に該当する事業が、重複して規定されることになり、本件条項の制定構造と適合しない。
そうすると、本件条項について、辞書や辞典に挙げられた用語例のみから文理解釈して、規定の意味内容を明確にし、本件規定の趣旨目的からの要請や本件条項の制定構造に整合するように解釈することはできないというべきである。
したがって、本件において、原告の営む金融業が本件条項にいう「サービス業」に該当するかを判断するにあたっては、本件規定の趣旨目的、定め方のほか、立法経緯、税負担の公平性、相当性等について検討し、総合考慮して、その意味内容を合理的に解釈する必要がある。
（イ）立法の経緯等
前記のとおり、本件規定は、有効需要を喚起する総合経済対策の一環として中小企業の設備投資促進の目的で税額控除制度を創設するものであり、併せて、その適用対象である指定事業を規定するため、政令である措置法施行令２７条の６第４項及び財務省令である本件条項が定められた。そして、課税庁の法令解釈通達として本件通達が制定された。
（ウ）本件通達の定めと日本標準産業分類
前記認定のとおり、本件通達は「法人の営む事業が指定事業に該当するかどうかは、おおむね日本標準産業分類（総務省）の分類を基準として判定する」ことを定めており、その制定当初、注書きにおいて「サービス業」については「日本標準産業分類の『大分類－Ｌサービス業』に分類する事業が該当する。」とされた。そして、本件規定制定当時、本件条項は、「サービス業（物品賃貸業、娯楽業（映画業を除く。）及び特殊浴場業を除く。）」と規定し、他方、日本標準産業分類（平成５年）は、「大分類Ｌ－サービス業」の中に、中分類として「娯楽業（映画・ビデオ制作業を除く）」、「物品賃貸業」、「洗濯・理容・浴場業」（細分類特殊浴場業が含まれる。）を分類していたことが認められる。
このように、本件規定の制定当時、本件条項と日本標準産業分類（平成５年）とは、用語や構造・体系が整合していた。
なお、前記前提事実のとおり、本件規定等の制定以降、日本標準産業分類が我が国の産業構造の変化に伴い、分類を実情に合致させるため、また、各種統計調査に無理なく適用できるように改定作業が行われたことが認められるが、憲法８４条の租税法律主義により課税要件は法令によって定められなければならないから、日本標準産業分類の改定に伴って法令の意味内容が変更されることはなく、日本標準産業分類（平成５年）において「大分類－Ｌサービス業」に分類されていた各事業は、後の日本標準産業分類の改定により他の分類に属することになった場合でも、本件条項の「サービス業」に該当するのであり、別紙４のとおり、本件通達は、日本標準産業分類の改定に合わせて注書きが改正され、そのことを明確にしている。
前記前提事実及び認定事実のとおり、日本標準産業分類は、統計の正確性と客観性を保持し、統計の相互比較性と利用の向上を図ることを目的として昭和２４年に創設された法令の根拠に基づく分類として、一般に公開されている。日本産業標準分類は、事業所において社会的な分業として行われる財及びサービスの生産又は提供に係るすべての経済活動を分類するものであり、地方自治体の各種施策における事業の定義等、証券取引所に上場する企業の「証券コード」、複数の租税関連通達においても事業の判定に用いられているなど、広く利用されていることが認められる。日本標準産業分類は、我が国において、産業を分類する基準ないし指標として、重視されているということができ、前記のとおり、広辞苑や大辞林においてもサービス業の意味・内容を示すものとして記載されている。
また、本件規定等との関係についてみると、前記認定（別紙５の１・２）のとおり、本件規定等の指定事業と日本標準産業分類（平成１４年）及び日本標準産業分類（平成１９年）とは、分類されている事業の用語が一致又は類似しており、別紙５の１・２のような対応関係にある。そして、日本標準産業分類は、事業所において社会的な分業として行われる財及びサービスの生産又は提供に係るすべての経済活動を分類するものであることが認められ、この分類により指定事業の範囲を判定すれば、本件規定等において指定事業とされた事業が、互いに重複あるいは包摂しないこととなり、分類が明確で、かつ、同一事業種であるのに特別控除の有無に差異が生じることを避けることができる。
（エ）本件条項の解釈
以上のとおり、本件規定は、中小企業の設備投資促進という目的から政策的に一定の事業者にのみ法人税の特別控除を認めるもので、適用対象となる指定事業が明確で、また、租税負担の公平に配慮する必要があり、措置法施行令２７条の６第４項及び本件条項は、本件規定と併せて制定され、その定め方は、本件規定の適用対象となる指定事業を個別に列挙するもので、適用対象を明確にし、公平性に配慮したものということができる。本件通達は、本件規定の指定事業の範囲判定の基準として日本標準産業分類を挙げているところ、同分類は、事業所において社会的な分業として行われる財及びサービスの生産又は提供に係るすべての経済活動を分類するもので、他にこれに代わりうる普遍的で合理的な産業の分類基準は見当たらないから、指定事業の範囲の判定に当たり、同分類によることの合理性は否定できない。
同分類は、広く利用され、一般に公開されているものであり、この分類に従えば、本件規定等において、指定事業とされた事業の範囲が明確で互いに重複ないし包摂しないことになるから、本件規定の趣旨目的、本件規定等の定め方と整合し、さらに税負担の公平性、相当性を考慮すると、日本標準産業分類の分類に従って本件条項の意味内容を解釈するのが相当というべきである。
オ 原告の事業は指定事業（本件条項の「サービス業」）に該当するか
以上を前提に原告の事業が指定事業、すなわち、本件条項の「サービス業」に該当するか検討すると、前記のとおり、原告の事業は、金融業であるところ、日本標準産業分類では、「大分類－サービス業」とは別個の大分類として「金融・保険業」を分類しているから（別紙５の１・２参照）、原告の事業（金融業）は、日本標準産業分類上の大分類「サービス業」に当たらない。したがって、同分類と事業の意義を同じくする本件条項の「サービス業」にも該当しないというべきである。
カ 原告の主張について
（ア）以上に対し、原告は、本件条項のサービス業とは辞書や辞典の用法によれば、「無形の役務を提供する事業」であって「租税特別措置法施行令、同法施行規則において列挙されたものを除いたもの」であり、これによれば原告の事業（金融業）は、サービス業に該当する旨主張する。
しかし、辞書や辞典の用法をもって本件規定の意味内容を明確にすることができないことは、前判示のとおりである。また、本件条項のサービス業のほかに措置法施行令２７条の６第４項又は本件条項第１号ないし第１０号において指定事業を列挙していることは、これらが異なるものであるという理解・前提の下、立法がされていると考えるのが合理的であり、原告の上記主張は採用することができない。
（イ）また、原告は、本件規定等の解釈に当たって、日本標準産業分類を参照する根拠はなく、日本標準産業分類は、①総務省が、事業の定義に用いることを禁止していること、②広く知られておらず、日本語の通常の用語例ではないこと、③幾度も改正されており、普遍的な基準ではないこと、④日本標準産業分類の大分類サービス業以外にも産業が分類されていることなどから、日本標準産業分類の分類を基準として指定事業該当性を判定すること及びその旨を定める本件通達に合理性はない、また、本件通達は、創設的通達であって違法である旨主張する。
しかし、指定事業の範囲の判定に当たり、日本標準産業分類の分類によることの合理性は否定できず、本件規定の趣旨目的、本件規定等の定め方、税負担の公平性、相当性等を考慮すると、同分類に従って本件条項の意味内容を解釈するのが相当であることは前判示のとおりであり、本件規定等の指定事業の意味・内容を明らかにすることができる基準ないし指標は、日本標準産業分類のほかに見当たらない。そうすると、本件通達は、上記の法令の解釈に適合するものであり、創設的通達であって違法ということはできない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（ウ）さらに、原告は、財務省が公表した本件規定の適用状況に関する資料によると、金融保険業の業種区分において、多数の法人が本件規定の適用を受けており、立法立案者である財務省は、●●協同組合が本件規定の適用を受けられると考えている、あるいは、原告は、これまで８期連続で本件規定を適用しているが、処分行政庁から何ら指摘はなかったから、処分行政庁は金融業がサービス業であると判断していたと主張する。
しかし、証拠（甲６、乙４の１・２、乙１５）及び弁論の全趣旨によれば、本件規定の適用を受けようとする者は、「租税特別措置法の適用状況の透明化等に関する法律」３条１項に基づき適用額明細書を作成して法人税申告書に添付して税務署に提出しなければならず、財務大臣は、同明細書に記載された租税特別措置法の適用額等を集計して租税特別措置法の適用状況を明らかにし、報告書を作成するところ、適用額明細書には、主たる事業のみを記載するものである。原告の摘示する本件規定の適用状況についての資料は、上記財務大臣による適用状況の報告書とうかがわれるものであり、これには、金融保険業の業種区分があるところ、日本標準産業分類の「大分類Ｊ－金融業、保険業」には「中分類－保険業」、「小分類－保険媒介代理業」が、さらにこれには「細分類－損害保険代理業」が含まれている。これは指定事業である「損害保険代理業」（措置法施行規則２０条の２の３第７項第１０号）と同一であると認められる。
そして、本件規定によれば、特定機械装置等を供した指定事業が、主たる事業であるか従たる事業であるかを問わず本件規定の適用を選択することができるから、主たる事業が金融業であっても、従たる事業が指定事業であれば、本件規定の適用があり、原告が摘示する資料の金融保険業の中には指定事業である損害保険代理業が含まれているから、金融保険業の業種区分において、多数の法人が本件規定の適用を受けていることをもって、財務省が、金融業について本件規定の適用があると考え、金融業ないしそれに含まれる●●協同組合に本件規定を適用していたということはできない。さらに、証拠（乙１４の１～６）によれば、本件規定の制定当時から、本件規定等の指定事業該当性の判定については、おおむね日本標準産業分類の分類を基準とする旨の本件通達が発出されていることが認められ、処分行政庁が、日本標準産業分類と異なり、金融業をサービス業と考えていたということはできない。
キ 小括
以上のとおり、原告の事業は、本件条項の「サービス業」に該当しないというべきであり、原告について本件規定により法人税額の特別控除をすることはできない。
２ 争点（２）（国税通則法７４条の１１第２項に基づく調査終了時の説明に本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべき不備があるか）について
（１）認定事実
証拠（甲５、１０の１・２）及び弁論の全趣旨によれば、調査担当者らが、原告及び原告補佐人に対して行った調査結果の内容の説明は、大要、以下のとおりであったこと、調査担当者らは、原告に対し、修正申告の勧奨を行っておらず、また、メモ等を交付しなかったことがそれぞれ認められる。
ア 原告補佐人による金融業が何故サービス業に当たらないのかという質問の前平成２０年３月期以降、平成２４年３月期までの５事業年度について同様の非違が認められ、更正処分を予定している。（確定）申告書上では、中小企業者等が機械等を取得した場合等の法人税の特別控除がされているものの、法人税の特別控除の適用を受けるためには、措置法４２条の６、措置法施行令２７条の６第４項、措置法施行規則２０条の２（に該当する必要があり）、税務当局としては、原告が本件各資産を金融業の用に供していると考えており、これは、（上記）条文の対象となる事業（指定事業）に当たらず、特別控除することはできないから、法人税額が増加し、その額を基礎として過少申告加算税を賦課する。
（ア）平成２０年３月期については、５０万１９１３円が特別控除にならず、納付すべき本税の額の増加額は５０万１９００円であり、１０％ということで５万円の過少申告加算税を賦課する予定である。
（イ）平成２１年３月期については、同じように１７２万４００８円が控除できないことになり、端数があるので差引納付すべき本税（法人税）額が１７２万４０００円であり、過少申告加算税１７万２０００円を賦課する予定である。
（ウ）平成２２年３月期については、１７６万２９６０円が特別控除額の対象にならないので、納付すべき本税（法人税）の額が１７６万２０００円になり、これの１０％ということで１７万６０００円が過少申告加算税となる。
（エ）平成２３年３月期については、本件規定の適用とならない法人税額の特別控除は４７万９３３０円であり、これにより納付すべきこととなる本税（法人税）の額は４７万９３００円であり、その１０％の４万７０００円を過少申告加算税として賦課する予定である。
（オ）平成２４年３月期については、法人税額の特別控除額１０９万５５１０円について適用ができず、これにより差引納付すべきこととなる本税（法人税）の額は１０９万５５００円であり、１０％の１０万９０００円が過少申告加算税となる。
イ 原告補佐人による金融業が何故サービス業に当たらないのかという質問への回答指定事業として、たとえば旅行業だとかそういったものがあがっているが、原告補佐人のいうサービス業の意味からすると、すべてサービス業になってしまうため、この（条文の）ような列挙の仕方をする必要がない。（金融業がサービス業に含まれないというのは、）通達の解釈ではなく、法律である。
（２）検討
ア 国税通則法７４条の１１は、平成２３年１２月の改正において、税務調査における税務当局の納税者に対する説明責任を強化する観点から、それまでの実務の取扱いを立法化し、平成２５年１月１日に施行されたものである。
イ 同条に基づく説明は、更正決定等の前段階の手続であり、更正決定等を行う際には、更正通知書に、行政手続法１４条に基づく理由の提示（場合によっては、法人税法１３０条２項の理由付記）が予定されているところ、前記のとおり、国税通則法７４条の１１が規定された趣旨は、税務当局の納税者に対する説明責任を強化するというものであることからすれば、調査終了時の説明は、更正決定等の理由の提示と同程度のものが要求されるものではなく、税務調査の結果、更正決定をすべきと認めたこと並びに更正決定すべき額及び賦課決定すべき過少申告加算税額、その理由として、帳簿の記載を否認しないで更正決定等をする場合には、法令の適用関係及びそれに関する税務当局の法解釈等を説明すれば、同条の要請を満たすものというべきである。
ウ 前記認定のとおり、調査担当者らは、本件各事業年度の法人税について、更正決定及び過少申告加算税賦課決定をすること及びその額、その理由として、本件規定等を指摘した上で、原告が本件各資産を供した事業（金融業）は本件規定等の指定事業に当たらないと解釈したから、中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除を受けることはできないことを説明したものであり、前記の説明すべき事項を説明したというべきである。
エ 原告は、被告が本件通達や日本標準産業分類を根拠に更正をするのであれば、調査担当者らはその旨説明すべきであったと主張する。しかし通達や日本標準産業分類は、法源としての性格を有するものではなく、法律に基づかずに、本件通達や日本標準産業分類を根拠に更正決定等をすることはできないから、本件通達や日本標準産業分類を根拠に更正決定等をするとの説明をしなかったことは適切であったということができる。
また、原告は、調査担当者らは修正申告の慫慂（勧奨）をしなかったし、財務大臣が衆議院・財務金融委員会においてメモ等を交付すべきと答弁していたにもかかわらず、メモ等の交付はなかったなどと主張する。しかし、修正申告の勧奨は、申告納税制度の趣旨に照らして、納税者自らその納税義務の内容を確定することが望ましいとの見地から、国税通則法７４条の１１第３項により権限として規定されたものにすぎず、本件において、原告が調査担当者らの説明に納得し、慫慂に応じる状況はうかがわれないから、調査担当者らが修正申告の勧奨しなかったことに違法性はないというべきである。また、メモ等の交付は法的に義務付けられているものではない上、証拠（甲１０の１・２）によれば、税務調査終了時の説明の際、原告の職員が説明内容のメモを行い、更に説明状況を録音していたことが認められ、これらの事情に照らせば、調査担当者らがメモ等を交付する必要があったということもできない。メモ等を交付しなかったことにつき、違法はないというべきである。
なお、原告は、当初の更正の理由書の案文が、実際に原告に交付された本件各通知書の文面と異なる旨主張するが、調査結果の内容の説明の適法性に影響を及ぼすものではない。
オ 以上のとおり、調査終了時の説明は、国税通則法７４条の１１第２項の説明として欠けるところはなく、本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべき不備はないというべきである。
３ 争点（３）（行政手続法１４条１項に基づき本件各通知書に記載された理由に本件各処分（本件各更正処分）を取り消すべき不備があるか）について
（１）行政手続法１４条１項本文が、不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される。そして、同項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該処分の根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきである（最高裁平成２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照）。
この見地に立って本件について検討すると、法人税額の更正（法人税法２条３９号、国税通則法２４条）は、納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときになされるものであるから、本件のように帳簿の記載を否認しないで法の解釈及び適用について処分行政庁と納税者との間で見解を異にする場合の理由の提示に当たっては、処分行政庁が納税者の提出に係る確定申告書の記載に法令適用の誤りがあるとした根拠を明示する必要がある。具体的には、本件規定は、特定機械装置等を指定事業の用に供した中小企業者等にのみ、法人税額の特別控除を認めるものであるから、指定事業に当たらないとして本件規定の適用に誤りがあるとする場合、原告の事業が、本件規定等に定められた指定事業のいずれかに該当するかについて、本件規定等の「指定事業」の解釈及びあてはめが問題となるから、理由の提示に当たっては、結論や更正すべき額、誤りがあるとする原告の確定申告の内容、適用が問題となる本件規定等のほか、処分行政庁が、「指定事業」をどのように解釈し、原告の事業について、前記解釈に係る指定事業へのあてはめを試みたのかという判断過程が示されていれば、行政手続法１４条１項本文が要求する理由の提示の程度として欠けるところはないというべきである。なお、本件通達は、上級庁が処分行政庁に対して、事務の統一的な処理を確保する等の目的から発せられたものであり、処分行政庁自身が定めたものではなく、更正処分の処分基準ではないというべきである。
（２）前記前提事実のとおり、処分行政庁は、本件各通知書において、法律上の根拠である本件規定等、原告が本件各資産を金融業の用に供しており、本件各資産の取得について本件規定を適用して法人税額の特別控除をした確定申告を行っていたこと、法人が営む事業が本件規定等の定める指定事業に該当するかは、おおむね日本標準産業分類の分類を基準として判定することとしており、これによれば、原告の事業は本件規定等の「指定事業」のいずれにも該当しないため本件規定を適用することができず、法人税額の特別控除を受けることはできないから、更正をする旨説明しており、処分行政庁が、本件規定等についてどのような解釈をして、原告の事業にあてはめて、指定事業に該当するかを検討したという判断過程及びその結論を明らかにしたものと評価することができる。また、本件規定の適用があると主張する原告としては、辞書や辞典の用法に従って指定事業ないし本件条項を解釈すれば、原告の事業（金融業）は、本件条項の「サービス業」に当たり、本件各通知書に記載されたように、指定事業の判定に当たって、日本標準産業分類の分類を参照する根拠はないことなど本件規定等ないし本件条項の解釈の誤りを主張するなどして争うことができる。
したがって、本件各通知書に記載された本件各処分の理由の記載に、理由の提示として欠けるところはないというべきである。
（３）原告は、本件各通知書には、本件通達の通達番号や注書きが記載されておらず、行政手続法１４条に違反すると主張する。しかし、通達は、行政機関の内部において拘束力を有するとしても、国民との関係では法源ではないから、本件通達の通達番号等を本件各通知書に記載する必要性はなく、原告主張の上記事実は、上記判断を左右するものではない。
原告は、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁等の判示からすれば、本件各通知書の記載が違法であると主張する。しかし、本件とは事案を異にするもので、採用することはできない。
４ 結論
よって、原告の本件請求はいずれも理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
長崎地方裁判所民事部
裁判長裁判官松葉佐隆之
裁判官富張邦夫
裁判官白井知志
（別紙１）
被告指定代理人目録
被告指定代理人
菊地英理子
同
小倉大助
同
石橋輝明
同
小野勝
同
窄口義博
同
岩永知洋
同
永ノ尾紀幸
同
古賀誠
同
楠窪泰浩
同
久松泰雄
同
大坪正宏
同
森田一也
同
中島和彦
同
出水涼子
以上
（別紙２）
関係法令の概要
１ 租税特別措置法４２条の６
（中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）
（平成２４年３月期に適用される平成２３年法律第１１４号による改正〈引用条文改正〉前のもの。なお、平成２０年３月期については平成１９年法律第６号による改正〈引用条文改正〉前のもの、平成２１年３月期及び平成２２年３月期については平成２２年法律第６号による改正〈引用条文改正及び期間延伸〉前のもの、平成２３年３月期については平成２３年法律第８２号による改正〈引用条文改正〉前のものが適用される。）
１項第４２条の４第６項に規定する中小企業者又は農業協同組合等で、青色申告書を提出するもの（以下この条において「中小企業者等」という。）が、平成１０年６月１日から平成２４年３月３１日までの期間（次項において「指定期間」という。）内に、その製作の後事業の用に供されたことのない次に掲げる減価償却資産（中略。以下この条において「特定機械装置等」という。）を取得し、（中略）これを国内にある当該中小企業者等の営む製造業、建設業その他政令で定める事業の用（第４号に規定する事業を営む法人で政令で定めるもの以外の法人の貸付けの用を除く。以下この条において「指定事業の用」という。）に供した場合には、その指定事業の用に供した日を含む事業年度（中略。以下この条において「供用年度」という。）の当該特定機械装置等の償却限度額は、法人税法第３１条第１項又は第２項の規定にかかわらず、当該特定機械装置等の普通償却限度額と特別償却限度額（中略）との合計額とする。
１号機械及び装置並びに器具及び備品（器具及び備品については、事務処理の能率化等に資するものとして財務省令で定めるものに限る。）
２号ソフトウエア（政令で定めるものに限る。）
３号以下（略）
２項特定中小企業者等（中小企業者等のうち政令で定める法人以外の法人をいう。以下、この項において同じ。）が、指定期間内に、その製作の後事業の用に供されたことのない特定機械装置等を取得し、（中略）これを国内にある当該特定中小企業者等の営む指定事業の用に供した場合において、当該特定機械装置等につき前項の規定の適用を受けないときは、供用年度の所得に対する法人税の額（中略）からその指定事業の用に供した当該特定機械装置等の基準取得価額の合計額の１００分の７に相当する金額（以下この項及び第４項において「租税控除限度額」という）を控除する。この場合において、当該特定中小企業者等の供用年度における税額控除限度額が、当該特定中小企業者等の当該供用年度の所得に対する法人税の額の１００分の２０に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該１００分の２０に相当する金額を限度とする。
３項以下（略）
２ 租税特別措置法施行令２７条の６
（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除）４項法第４２条の６第１項に規定する政令で定める事業は、農業、林業、漁業、水産養殖業、鉱業、卸売業、道路貨物運送業、倉庫業、港湾運送業、ガス業その他財務省令で定める事業とする。
３ 租税特別措置法施行規則２０条の２の３
（中小企業者等が機械等を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除の対象範囲等）（平成２４年３月期に適用される平成２３年財務省令第８９号による改正前のもの。なお、平成２０年３月期については平成２０年財務省令第３０号による改正（７項８号追加）前の措置法施行規則２０条の２の２、平成２１年３月期、平成２２年３月期及び平成２３年３月期については平成２３年財務省令第３５号による改正（条番号の変更）前の措置法施行規則２０条の２の２が適用される。）。
７項施行令第２７条の６第４項に規定する財務省令で定める事業は、次に掲げる事業（風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律第２条第５項に規定する性風俗関連特殊営業に該当するものを除く。）とする。
１号小売業
２号料理店業その他の飲食店業（料亭、バー、キャバレー、ナイトクラブその他これらに類する事業を除く。）
３号一般旅客自動車運送業
４号海洋運輸業及び沿海運輸業
５号内航船舶貸渡業
６号旅行業
７号こん包業
８号郵便業
９号通信業
10号損害保険代理業
11号サービス業（物品賃貸業及び娯楽業（映画業を除く。）を除く。）
４ 国税通則法７４条の１１
（調査の終了の際の手続）
２項国税に関する調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合には、当該職員（税務署の当該職員を含む。）は、当該納税義務者に対し、その調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む。）を説明するものとする。
５ 行政手続法１４条
（不利益処分の理由の提示）
１項行政庁は、不利益処分をする場合には、その名あて人に対し、同時に、当該不利益処分の理由を示さなければならない。（以下略）
以上
別紙３及び別紙４、別紙５の１及び別紙５の２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12852.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。