税務訴訟資料第２６６号－１２５（順号１２９０３）
熊本地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税額更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（菊池税務署長）
平成２８年９月２１日棄却・確定
判決
当事者の表示別紙１「当事者目録」記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 菊池税務署長が平成２４年１２月２５日付けでした平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２６年６月２日付け裁決によって一部取り消された後のもの。）のうち所得金額４億６２７４万９５４４円、納付すべき税額１億３６８７万１２００円を超える部分、及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、平成２６年６月２日付け裁決によって一部取り消された後のもの。）のうち納付すべき税額６７万７０００円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 菊池税務署長が平成２４年１２月２５日付けでした平成２１年１２月１日から平成２２年１１月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額２億８１２３万９１８３円、納付すべき税額８２９８万７７００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分の全部をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、①菊池税務署長（以下「処分行政庁」という。）が原告に対してした平成１９年１２月１日から平成２０年１１月３０日までの事業年度（以下「平成２０年１１月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成２０年１１月期更正処分」という。）には、㋐原告が適正な価額でした株式の取得につき受贈益を認めた点、㋑平成１８年１２月１日から平成１９年１１月３０日までの事業年度（以下「平成１９年１１月期」という。）に発生した経費を平成２０年１１月期の損金として算入することを認めるべきであるのに、これを認めなかった点に誤りがあり、違法であると主張して、平成２０年１１月期更正処分のうち、上記㋐の受贈益と認められた額を益金の額に算入せず、かつ、上記㋑の経費を損金に算入して計算した所得金額に対応する法人税額を超える部分の取消し、及び、同更正処分に対応する過少申告加算税の賦課決定処分のうち、上記法人税額に対応する加算税額を超える部分の取消しを求めるとともに、②処分行政庁が原告に対してした平成２１年１２月１日から平成２２年１１月３０日までの事業年度（以下「平成２２年１１月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成２２年１１月期更正処分」という。）は、原告が同年３月に取得した管理型埋立最終処分場から排出された浸出水を処理するための施設（以下「本件浸出水処理施設」という。）及び原告が同年７月に取得した自社給油所及び洗車場（以下「本件給油設備等」という。）のうち、それぞれ一体の減価償却資産として特別償却の対象とすべき資産を、過度に細分化して評価した上、その一部について特別償却を否定した違法があると主張して、平成２２年１１月期更正処分のうち、上記特別償却の対象とすべき資産につき特別償却を適用して計算した所得金額に対応する法人税を超える部分の取消し、及び、同更正処分に対応する過少申告加算税の賦課決定処分のうち、上記法人税額に対応する加算税額を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙２「関係法令」記載のとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実並びに後掲の各証拠及び弁論の全趣旨によって容易に認められる事実）
（１）当事者等
ア 原告
原告は、昭和５１年５月に設立された、産業廃棄物の処理・処分等を業とする株式会社であり、昭和５２年７月１日から昭和５３年６月３０日までの事業年度以降、法人税の青色申告の承認を受けている（甲１）。
また、原告は、租税特別措置法（以下「措置法」という。）第４２条の４第６項に規定する中小企業者に該当し、平成２２年１１月期の確定申告書には、同法４２条の６第７項に規定する明細書を添付していた。
イ Ａ株式会社
Ａ株式会社（以下「Ａ」という。）は、産業廃棄物の収集運搬業を目的として設立された法人であったが、平成２１年４月●日、原告に吸収合併された（乙４９）。
（２）株式の譲受け
ア 平成２０年７月７日にされた後記ウの株式譲渡の直前におけるＡの株主並びにその所有株式数及び持株割合は次のとおりであり、原告、甲及び乙は、財産評価基本通達１８８（１）に定める「同族株主」であり、かつ、同通達１８８（２）に定める「中心的な同族株主」に当たり、丙、丁、戊、Ｂ及びＣ（以下「本件少数株主」という。）は、上記「同族株主」又は「中心的な同族株主」に当たらない株主であった（甲２の１及び２、弁論の全趣旨）。
株主
所有株式数持株割合
原告
４０５株５０．６％
甲
１９０株２３．８％
丙
６５株８．１％
乙
６０株７．５％
丁
２０株２．５％
戊
２０株２．５％
Ｂ
２０株２．５％
Ｃ
２０株２．５％
イ 当時、Ａの代表取締役は甲であり、乙はその妻であった。また、丙及び丁は同社取締役、戊及びＢは同社従業員、Ｃは同社監査役であった（甲２の１及び２、弁論の全趣旨）。
ウ 原告は、平成２０年７月７日、甲、乙及び本件少数株主から、別紙３「原告のＡの株式の取得状況」のとおり、Ａの株式合計３９５株を代金合計１９７５万円（１株当たり５万円）で譲り受け（乙１２、１３）、同社の発行済株式の全部を保有するに至った（以下、原告が本件少数株主から譲り受けたＡの株式を「本件株式」という。）。
なお、平成２０年５月期のＡの純資産額は２億４２６９万３０１６円であり、発行済株式総数は８００株であった（乙１８）。
エ 平成２０年７月７日当時、Ａの株式は証券取引所に上場されておらず、「気配相場のある株式」（財産評価基本通達１６８（２））に当たる株式でもなかった。
オ なお、Ａの株式については過去に取引事例があり、その譲渡日、譲渡者の氏名及び役職等、譲受者の氏名及び役職等、譲渡の対象となった株式の数及び取引金額は、別紙４「Ａの株式の過去の取引」記載のとおりである（乙１９、弁論の全趣旨）。
（３）本件浸出水処理施設について
ア 本件浸出水処理施設は、管理型埋立最終処分場から排出される浸出水の浄化等を目的とした施設である。原告は、①有限会社Ｄに対し、本件浸出水処理施設の新築工事を総額２億０５３２万４７６２円（消費税及び地方消費税の額を除く。以下同じ。）で（乙３２ないし３９）、②Ｅ株式会社（以下「Ｅ」という。）に対し、本件浸出水処理施設の追加工事を４４００万円で、③Ｆ（屋号はＧ）に対し、本件浸出水処理施設の建設工事設計等を３５万円で（乙４２、４３）、④Ｈ株式会社に対し、本件浸出水処理施設の警報設備工事を１２万３８０９円（乙４４）で、⑤Ｅに対し、本件浸出水処理施設の機械設備工事を１億６２２０万円でそれぞれ請け負わせ、平成２２年３月９日、本件浸出水処理施設を取得した。
各工事の施工業者、内訳、概要、金額及び資産分類に関する当事者の主張等は、別紙５「本件浸出水処理施設に係る工事の内訳及び当事者の主張等」記載のとおりである。
イ 原告は、本件浸出水処理施設のうち、対象資産の名称「水処理施設構築物」として減価償却の対象とした部分（２億３９５１万２８５８円）につき、定率法を選択した（甲３、弁論の全趣旨）。
ウ 本件浸出水処理施設の構造等
（ア）本件浸出水処理施設の全体図は別紙６「全体配置図」のとおりであり（なお、同図の①ないし㉕の番号は、別紙９「フローシート」の番号に対応する。）、主要な設備として、貯留槽（幅２１．２ｍ、長さ５６．２５ｍ、高さ７．５ｍ。以下「本件貯留槽」という。）、処理槽（幅２１．７ｍ、長さ３８．３ｍ、高さ６．８５ｍ。以下「本件処理槽」という。）、機械室（幅５ｍ、長さ９．９ｍ、高さ３．５５ｍ）、脱水機室（幅５．４ｍ、長さ７．２ｍ、高さ６．７５ｍ）、薬品タンク（幅３．３ｍ、長さ１３．３ｍ、高さ０．９ｍのものと幅３．３、長さ５．８ｍ、高さ０．９ｍのものがある。）が存在する（甲７）。
本件貯留槽の概要は、別紙７「フローシート図（１）」のとおりであり、鉄筋コンクリート造の半地上半地下式の槽として１個の構造物となっているが、内部を壁で仕切ることで、沈砂槽、原水槽及び８区画の貯留槽等に区分されている（甲７）。区分された各槽には、散気装置、ポンプ等、貯留された浸出水に酸素を送る、浸出水を移送する等の機能をもつ機械が設置されている（乙５８、６０）。
本件処理槽は、本件貯留槽から通路を挟んで反対側に設置された槽であり、水管によって本件貯留槽と繋がっている。その概要は、別紙８「フローシート図（２）」のとおりであるが、本件処理槽も、鉄筋コンクリート造りの半地上半地下式の槽として１個の構造物となっており、内部を壁で仕切ることで、流量調整槽、沈殿槽、曝気槽、脱窒槽、硝化槽等に区分され、区分された各槽には、散気装置、攪拌機、ポンプ等、浸出水に酸素を供給し、攪拌する、浸出水を移送する等の機能をもつ機械が設置されている。これらの機械の働きにより、スクリーニング（排水中の夾雑物の除去）、凝集沈殿処理、生物処理、ろ過処理等を行い、浸出水を浄化する（乙５８、６０）。
（イ）管理型埋立最終処分場からの浸出水の流入方式は自然流入とされているが、流量調整のためにバルブピット（コンクリートで囲まれた枡状の工作物の中に浸出水仕切弁が設置され、これを調節することによって、浸出水が流れ込む量を調整する施設。以下「本件バルブピット」という。）が設置されており、本件バルブピットを経由した浸出水は、地下に埋設された水管（以下「本件流入管」という。）を通って本件貯留槽に流入する（甲７、乙４１）。
（ウ）なお、上記設備のうち、機械室及び脱水機室が「建物」（法人税法施行令１３条２号）として措置法４２条の６に定める特別償却の対象とならないこと、薬品タンクが「機械及び装置」（措置法４２条の６第１項１号）として特別償却の対象となることについては、当事者間に争いがない。
また、原告は、本件処理槽の付近に、埋立最終処分場以外で生じた汚水を貯留し、上澄み部分の雨水のみを外部に流出させ、土砂を流出させないようにするための沈砂池（造成工事費１０２８万５７１３円。以下「本体沈砂池」という。）も保有しているが（乙５７）、これが「構築物」として特別償却の対象とならないことについても、当事者間に争いがない。
（エ）本件浸出水処理施設における処理工程は別紙９「フローシート」のとおりである。処理方式は、「前処理＋凝集沈殿処理＋生物処理（好気・嫌気）＋凝集沈殿処理＋ろ過処理・活性炭処理」とされ、その概要は次のとおりである（甲７）。
ⅰ前処理
夾雑物やＳＳ（浮遊物質）類などをスクリーン及び凝集沈殿処理により除去する。ⅱ生物反応部
活性汚泥の働きによる曝気・接触酸化処理を行い、ＢＯＤ（生物学的酸素要求量により指標される微生物によって分解されやすい有機物による汚れ）を除去する。
微生物の働きによる脱窒・硝化処理を行い、Ｔ－Ｎ（無機態及び有機態の全窒素）が除去される。
ⅲ高度処理部
砂ろ過処理により、微細なＳＳを除去する。
活性炭吸着装置にて、ＣＯＤ（化学的酸素要求量により指標される有機物汚れ）を除去する。
ⅳ汚泥処理
発生した汚泥を濃縮した上、脱水処理を施す。
ⅴ臭気・換気処理部
換気することにより臭気を除去する。
（４）本件給油設備等
ア 本件給油設備等は、原告の自社給油所及び洗車場であり、原告が保有するトラック等に軽油を補給するとともに、高圧洗浄機等によって車両を洗浄する機能を有する設備である（甲１、甲９の４）。
イ その全体像は、別紙１０「配置・平面図」のとおりであり、底面は横幅約９ｍ、縦約２６ｍで、コンクリートにより舗装された路面となっている。中央部分で大きく二つの区画に分けられ、それぞれ、自社給油所、洗車場として使用されている。
洗車場の舗装路面の上には、高圧水によりトラック等を洗浄する機械である高圧洗浄機が独立して設置されており、また、舗装路面の中央部には、地面を掘削して設置されたコンクリート製のＵ字溝があり、同Ｕ字溝に流れ込む排水等は、集水桝及び埋設された水管を通じて油分離槽に流入し、水と油が分離された上で、排水桝、排水管を通じて排出される。
自社給油所の舗装路面の上には、固定式片面高速Ｓ型計量機及び管理機器オートレジスター（以下「本件計量機等」という。）が設置されており、これによってトラック等に給油を行う（甲９の２、９の４ないし６）。また、地下には、軽油を貯留する直径約２．１ｍ、全長６６６８ｍｍのタンク（以下「本件地下タンク」という。）が設置され、油管によって上記計量機と接続している。本件地下タンクの上部はコンクリートで舗装されており、基礎部分はコンクリートで固められ、タンク支柱により支えられている。
また、給油所として使用される部分を囲む形で、油溝が掘られている。（甲９の２、９の４、９の６）
ウ 原告は、Ｉ株式会社に対し、本件給油設備等の設置工事を１５２７万５０００円で請け負わせ、平成２２年７月３１日に同設備を取得した（甲９の１ないし６）。各工事の内訳、概要、金額及び資産分類に関する当事者の主張等は、別紙１１「本件給油設備等に係る工事の内訳及び当事者の主張等」のとおりであり、原告は、建築工事のうち場内コンクリート工事及び外構工事によって上記コンクリートによる舗装路面、油溝、集水桝、油分離槽、Ｕ字溝等を取得し、自家用給油所新設工事のうち地下タンク関連工事により本件地下タンクを取得した。また、建築工事のうちの躯体工事は、本件地下タンクを設置するためのコンクリートの底盤、支柱の設置、タンク設置後の穴の埋戻し等の工事である（甲９の２）。
エ なお、本件浸出水処理施設のうち、給油上屋工事（１０１万５００５円）によって取得された雨よけ用の上屋（取得費合計は１０２万２８０４円）が、耐用年数４５年の「構築物」（法人税法施行令１３条２項）に該当し、特別償却の対象とならないことについては、当事者間に争いがない。
オ なお、本件給油設備等において選択された償却方法は定率法である（甲３、弁論の全趣旨）。
（５）確定申告等
平成２０年１１月期の確定申告等の経緯は、別紙１２「課税の経緯」の事業年度「平成２０年１１月期」、平成２２年１１月期の確定申告などの経緯は、同別紙の事業年度「平成２２年１１月期」各記載のとおりであり、それぞれの概要は以下のとおりである。
ア 平成２０年１１月期
原告は、平成２１年１月２９日、平成２０年１１月期の法人税について、所得金額を４億３６１５万９０５５円、納付すべき税額を１億２８８９万４２００円とする確定申告をし（甲２の１、乙１）、その後に受けた税務調査を踏まえ、平成２１年５月８日、平成２０年１１月期の法人税の所得金額を４億４０１５万５３７５円、納付すべき税額を１億３００９万３０００円とする修正申告をした（甲２の２）。
処分行政庁は、平成２１年５月２６日、国税通則法６５条１項の規定に基づく過少申告加算税１１万９０００円の賦課決定処分をした（乙２）。
イ 平成２２年１１月期
原告は、平成２３年１月３１日、平成２２年１１月期の法人税について、本件浸出水処理施設及び本件給油設備等につき、次の（ア）、（イ）のとおり特別償却を行った上、所得金額を２億８１２３万９１８３円、納付すべき税額を８２９８万７７００円とする確定申告をした（甲３）。
（ア）本件浸出水処理施設の取得費用から本件沈砂池の造成工事に係る１０２８万５７１３円を除いた額のうち、①２億３９５１万２８５８円について、取得等年月日平成２２年３月９日、事業の用に供した年月日同日、特別償却限度額７１８５万３８５７円、対象資産の名称「水処理施設構築物」として、②１億６２２０万円について、取得年月日及び事業の用に供した年月日同日、特別償却限度額４８６６万円、対象資産の名称「水処理施設機械」として、それぞれ措置法４２条の６第１項１号に規定する特別償却を行った。
（イ）本件給油設備等につき、取得等年月日平成２２年７月３１日、事業の用に供した年月日同日、取得価額１５２７万５０００円、特別償却限度額４５８万２５００円の（対象資産の名称）「給油設備」として、措置法４２条の６第１項１号に規定する特別償却を行った。
（６）更正等
処分行政庁は、平成２４年１２月２５日、原告に対し、①平成２０年１１月期分の法人税について、原告が本件株式を取得したことにより４８６７万３６２５円の受贈益が発生しているから、これを益金に算入すべきであるとして、所得金額を４億８８８２万９０００円、納付すべき税額を１億４４６９万５２００円に増額する更正処分（平成２０年１１月期更正処分）及び過少申告加算税１４６万円の賦課決定処分を行い（甲４）、②平成２２年１１月期分の法人税について、原告による確定申告において、本件浸出水処理施設及び本件給油設備等につき、措置法４２条の６第１項に定める「機械及び装置」に該当しない部分を特別償却の対象としており、減価償却超過額が認められるなどとして、所得金額を３億１６１９万５３７０円、納付すべき税額を９３４７万４５００円とする更正処分（平成２２年１１月期更正処分）及び過少申告加算税１０４万８０００円の賦課決定処分を行った（甲５）。
（７）不服申立て等
ア 原告は、平成２５年２月１６日、上記（６）記載の各処分（以下「本件各更正処分等」という。）につき異議申立てをし、その後、次のとおり、平成２０年１１月期、平成２２年１１月期等において経費の計上時期に誤りがあり、各期の所得金額が過大となっている旨申し立てたが、同年５月１６日、処分行政庁は上記異議申立てを棄却する異議決定をした（乙７ないし９）。
① 平成２０年１１月期１０７０万０７３１円
② 平成２２年１１月期８５７万７４６９円
イ 上記異議棄却決定を不服とする原告が国税不服審判所長に対して審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２４年１２月２５日、①平成２０年１１月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分に対する審査請求について、経費の過大計上９２６万８３９６円、経費の計上漏れ１０５２万１５８１円がそれぞれ認められるとして、これらの差額である１２５万３１８５円は所得金額から減算すべきであるから、所得金額は４億８７５７万５８１５円、納付すべき税額は１億４４３１万９０００円と認められるとして、更正処分のうち３７万６２００円、過少申告加算税の賦課決定のうち３万８０００円に当たる部分を取り消し、②平成２２年１１月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分に対する審査請求を棄却する旨の裁決をした（甲６。以下「本件裁決」という。）。
（８）原告は、平成２６年１１月１９日、本件各更正処分等の一部の取消しを求めて本件訴訟を提起した。
３ 被告が主張する原告の法人税額等
被告が本件訴訟において主張する原告の平成２０年１１月期及び平成２２年１１月期の法人税額及び過少申告加算税の算出過程、計算根拠等は、以下のとおりである。なお、原告は、平成２０年１１月期の受贈益計上漏れ及び経費の計上漏れの額、並びに、平成２２年１１月期の減価償却超過額（特別償却）の額を争うものであり、その余の算出根拠となる数額、計算方法等については争っていない。
（１）平成２０年１１月期について
ア 所得金額の計算
（ア）申告所得金額４億４０１５万５３７５円
（イ）受贈益計上漏れ５２３２万２８８５円
原告は、本件株式を低額で取得したことから、１株当たり１３万２４６３円の受贈益があったというべきであり、その額に取得株式数３９５株を乗じて計算した額が受贈益の計上漏れとなる。
（ウ）経費の計上漏れ１２５万３１８５円
原告は、平成１８年１２月１日から平成１９年１１月３０日までの事業年度（以下「平成１９年１１月期」という。）の損金である９２６万８３９６円を平成２０年１１月期分の経費として計上したが、これは経費の過大計上に当たる。したがって、本件裁決において平成２２年１１月期の経費計上漏れとして認定された１０５２万１５８１円から上記過大計上に当たる額を控除した金額が、経費の計上漏れとなる。
（エ）所得金額４億９１２２万５０７５円
申告所得金額（上記（ア））に、受贈益計上漏れの額（上記（イ））を加算し、経費の計上漏れの額（上記（ウ））を減算した金額である。
イ 納付すべき法人税額
（ア）法人税額１億４６７２万７５００円
原告の平成２０年１１月期の所得金額（上記ア（エ））に、国税通則法１１８条１項を適用し、法人税法６６条１項及び２項所定の税率を乗じて算出した金額である。
（イ）控除税額１３１万３４３９円
原告の修正申告書記載の控除税額である。
（ウ）納付すべき法人税額１億４５４１万４０００円
所得金額に対する法人税額（上記（ア））に、所得税額の控除税額（上記（イ））を控除した金額のうち１００円未満を切り捨てた額である。
ウ 過少申告加算税１４２万２０００円
平成２０年１１月期更正処分により新たに納付することとなった税額１４２２万円（１万円未満切り捨て）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２２年１１月期について
ア 所得金額の計算
（ア）申告所得金額２億８１２３万９１８３円
（イ）減価償却超過額（特別償却限度額の計算の誤り）
７０９７万４２１５円
本件浸出水処理施設及び本件給油設備等に含まれる資産の特別償却限度額の合計は５４６万２１４２円であり、損金の額に算入できる金額は同金額が限度というべきであるから、平成２２年１１月期の確定申告において原告が上記資産の特別償却限度額として損金の額に算入した７６４３万６３５７円から５４６万２１４２円を控除した額である７０９７万４２１５円は、特別償却に係る減価償却超過額となり、所得金額に加算される。
（ウ）減価償却超過額（普通償却限度額の計算の誤り）
１３９万３４８４円
原告の確定申告には、法人税法３１条１項に規定する償却限度額（以下「普通償却限度額」という。）に関する計算に誤りがあり、本件浸出水処理施設及び本件給油設備等について原告が普通償却として損金算入した額のうち１３９万３４８４円は損金の額に算入することができないから、普通償却に係る減価償却超過額となり、所得金額に加算すべきである。
なお、本件裁決において、上記減価償却超過額は１３４万６５５３円と認定されており、原告は、本訴においてこれを争っていない。
（エ）修繕費の計上漏れ２０００万円
（オ）保険料の計上漏れ２１５万１０３６円
（カ）保険金積立金の取崩し漏れ１５２１万３５４５円
（キ）経費の過大計上０円
本件裁決においては、平成２２年１１月期の経費の過大計上として８９３万３２２７円、経費の計上漏れとして８４１万１３８４円がそれぞれ認定されているが、原告の所得金額に加算すべき金額又は減算すべき金額はない。
（ク）所得金額３億１６２４万２３０１円
申告所得金額（上記（ア））に、減価償却超過額（上記（イ）（ウ））を加算し、修繕費の計上漏れ（上記（エ））、保険料の計上漏れ（上記（オ））及び保険金積立金の取崩し漏れ（上記（カ））を減算した金額である。
イ 納付すべき税額
（ア）法人税額９３９１万２６００円
原告の平成２２年１１月期の所得金額（上記ア（ク））に、法人税法６６条１項及び２項並びに措置法４２条の３の２（いずれの法律も平成２３年法律８２号による改正前のもの）に基づき、所得金額３億１６２４万２０００円（千円未満切捨て）として計算した金額である。
（イ）控除税額４２万３９２６円
原告の確定申告書記載の控除税額である。
（ウ）納付すべき法人税額９３４８万８６００円
所得金額に対する法人税額（上記（ア））から、所得税額の控除税額（上記（イ））を控除した金額のうち１００円未満を切り捨てた額である。
ウ 過少申告加算税１０４万８０００円
平成２２年１１月期更正処分により新たに納付することとなった税額１０４８万円（１万円未満切り捨て）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
４ 争点
（１）本件株式の取得により原告に発生した受贈益の有無及び額（以下、単に「本件株式取得による受贈益の有無及び額」という。）
（２）平成１９年１１月期の経費を平成２０年１１月期分の損金として算入することの可否（以下、単に「損金算入の可否」という。）。
（３）本件浸出水処理施設及び本件給油設備等のうち、「機械及び装置」として特別償却が認められる資産の範囲（以下、単に「特別償却の範囲」という。）
５ 争点（１）（本件株式取得による受贈益の有無及び額）について
（１）被告の主張
ア 本件少数株主は、いずれもＡ又は原告の役員、従業員等であるから、本件株式の売買が純然たる第三者間での取引であるとはいえない上、１株当たり５万円という価額は、当該売買の直前である平成２０年５月期におけるＡの１株当たり純資産の額を大きく下回ることからしても、本件株式の売買価額が適正な価額であるとはいえない。
イ 法人が株式を譲受時の適正な価額より低い対価で譲り受けた場合、当該対価と譲受時における適正な価額との差額は、受贈益として益金の額に算入すべきであり、このとき、株式の「適正な価額」は、受贈益が発生したとされる時点における時価により評価されるべきである。
法人税基本通達９－１－１３、９－１－１４は、上場有価証券等以外の株式について評価損を計上する場合の期末の時価についての取扱いを定めており、これらの規定は、取引相場のない株式の客観的な取引価額を会社の規模等の実態に即して評価することを目的として定められているものであるから、株式を低額で譲り受けた場合における株式の時価を算定するに当たっても適用することができる。
ウ 本件株式は、証券取引所に上場されておらず、気配相場もない上場有価証券等以外の株式に当たるから、法人税基本通達９－１－１３、９－１－１４に基づき時価を算定することとなる。そして、本件株式は、同通達９－１－１３（１）ないし（３）に定められた株式には該当しないから、同規定の（４）に従い、「事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」を算出すべきである。そこで、同通達９－１－１４の規定に従って時価を算出することとなるが、同規定における「中心的な同族株主」（財産評価基本通達１８８（２）参照）に当たるか否かは、株式の譲受人について判断すべきところ、本件において、譲受人である原告は「中心的な同族株主」に当たるから、Ａが財産評価基本通達１７８に定める「小会社」に該当するものとして、本件株式を評価すべきである。そして、同通達１７９によると、小会社の株式の時価は、純資産価額方式又は純資産価額方式と類似業種比準価額方式との併用方式（以下「併用方式」という。）により評価することとなる。
本件株式を併用方式によって評価すると、１株当たり１８万２４６３円、純資産価額方式のみによって評価すると１株当たり２４万１６２６円となるから、より低額である併用方式により計算した額である１８万２４６３円を本件株式１株当たりの時価とすべきである。
エ なお、原告は、本件株式には、いずれも１株当たりの価額を５万円とする過去の取引事例があるから、本件株式の時価も５万円であったと主張するが、原告の主張する取引事例は、いずれもＡ又は原告の関係者間における取引であって、純然たる第三者間における取引とはいえず、かつ、これらの取引が当時のＡの１株当たりの純資産額（約３０万円）を大きく下回る額での取引であることからすれば、上記の取引事例をもって本件株式の時価を５万円とすることはできない。
オ よって、本件株式１株当たりの時価は１８万２４６３円であり、１株当たりの取得価額である５万円との差額である１３万２４６３円が益金の額に算入されるべきであるから、総額５２５３万２８８５円（１３万２４６３円×３９５株）の受贈益が発生した。
（２）原告の主張
ア 原告は、本件株式をそれぞれ１株当たり５万円で譲り受けたが、Ａの株式については、従前の取引においても１株当たり５万円での取引事例があることに加え、配当還元方式によって算出した額を下回る額でもあることからすれば、１株当たり５万円とする売買は適正な価額での売買である。したがって、原告に受贈益は発生しない。
イ 被告は、財産評価基本通達１７９（３）の計算方法に従い、純資産方式と類似業種比准方式の併用方式により株式を評価すべきと主張する。しかしながら、本件株式が譲渡された当時、Ａの発行済株式の過半数を原告が保有しており、他のＡ株主には、支配権維持の利益がなく、配当期待権程度の利益しかなかったのであるから、そもそも純資産方式を用いて計算するのは誤りである。
ウ また、被告は、法人税基本通達９－１－１３、９－１－１４を適用するべきであるとし、株式の譲受人である原告が同通達９－１－１４の「中心的な同族株主」に当たることを前提に、原告を「小会社」に該当するものとした上、財産評価基本通達１７８、１７９を適用すべきであると主張するが、法人税基本通達９－１－１４は、従前より評価の対象となる株式を保有していた法人について適用されるものであること、株式を譲渡した場合の株式評価を問題にした所得税法基本通達５９－６（１）が、財産評価基本通達１８８の「同族株主」に該当するかどうかを譲渡人側につき判断すべきとしていることからすれば、法人税基本通達９－１－１４の「中心的な同族株主」に当たるか否かは、従前から株式を保有する譲渡人につき判断すべきであり、これを譲受人である原告について判断するのは誤りである。
６ 争点（２）（損金算入の可否）について
（１）被告の主張
ア 法人税法２２条３項により損金の額に算入すべき金額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算される（同条４項）。そして、企業会計原則に従った会計処理は、「一般に公正妥当と認められる会計処理」に適合するといえるところ、同原則によれば、収益とそれを生み出すために要した費用は同一の会計年度に計上されなければならず、費用のうち個別の利益との対応関係が明らかでないものについては、当該費用が発生した年度の損金の額に算入すべきである（発生主義・費用収益対応の原則）。
原告が平成２０年１１月期の損金に算入すべきであると主張する経費は、水道費、光熱費、法定福利費及び通信費であり、いずれも特定の収益との対応関係を明らかにできない費用に該当するから、法人税法２２条３項２号により、「債務の確定」時において損金に算入することになる。
そうすると、上記原告主張に係る経費は、債務確定時である平成１９年１１月期の損金の額に算入すべきであり、同期において損金の額に算入しなかった額を平成２０年１１月期の損金の額に算入することは、発生主義・費用収益対応の原則に反し、その他、法人税法上、ある事業年度に発生した費用について、その後の事業年度の損金の額に算入することを許容する規定もない。
イ なお、申告納税方式の下では、納税義務者による申告が第一義的に要求されるから、原告は、自ら申告の額を誤った以上、税務調査において看過されたからといって、処分行政庁の処分が違法にはならない。
（２）原告の主張
ア 原告は、平成１９年１１月期の経費となる水道費、光熱費、法定福利費及び通信費の合計９２６万８３９６円を、誤って平成２０年度１１月期分の損金の額に算入したが、同額についてはもはや平成１９年１１月期の損金の額に算入することができないから、平成２０年１１月期分の損金の額への算入が許されるべきである。
イ 上記平成１９年１１月期分の経費の計上の誤りは、原告が善意で行ったものであり、平成２１年５月８日付修正申告に先立ち実施された税務調査においても看過され、原告が自主的に年度末の経費計上の誤りを申告したことにより判明したものである。このように、課税庁が上記誤りを看過したことにより、原告は更正の請求ないし更正の申出をする時機を逸し、他方、原告による自主的な申告を契機として上記の誤りが判明したという経緯を踏まえると、上記アの算入を認めないことは正義に反する。
７ 争点（３）（特別償却の範囲）について
（１）被告の主張
ア 本件浸出水処理施設について
（ア）本件浸出水処理施設が全体として浸出水処理のための設備として機能するからといって、本件貯留槽、本件処理槽、本件バルブピット及び本件流入管が、各部分に設置された機械等を含めた全体として一つの「機械及び装置」に当たることにはならず、各資産ごとに「機械及び装置」に該当するか否かを検討すべきである。
（イ）そして、本件貯留槽及び本件処理槽は、いずれも鉄筋コンクリート造の水槽であり、土工事、型枠工事、コンクリート工事、配筋工事などの各工事によって、その主要部分は土地に固定的に付着され、容易に移動できない状態となっているから、「土地に定着する土木又は工作物」（法人税法施行令１３条２号）として「構築物」に該当する。また、これらは一義的には浸出水を貯留するという機能を有しており、本件機械とは別個に修繕可能であり、耐用年数も各別に考えることができるのであるから、各槽に設置された機械と併せて単一の減価償却資産として扱うことはできない。
この点、平成２０年における税制改正（平成２０年４月３０日号外財務省令第３２号。以下「平成２０年改正」という。）前の耐用年数省令は、汚水処理の用に供されている減価償却資産のうち「槽、塔、水路、貯水池」を「機械及び装置」ではなく、「構築物」に分類すべきものとして例示していた。同改正後、上記の例示は削除されたものの、汚水処理の用に供されている減価償却資産の定義・範囲に変更があったわけではないから、同改正後も、上記「槽、塔、水路、貯水池」は「構築物」に当たり、「機械及び装置」には該当しない。そうすると、「槽」に当たる本件貯留槽及び本件処理槽は、いずれも「構築物」であり、上記耐用年数省令別表の沿革からしても、「機械及び装置」に該当しないことは明らかである。
なお、本件貯留槽ないし本件処理槽は「製造工程中にある中間受けそう及びこれに準ずる貯そう」ではなく、その容量や規模の大きさにも照らせば、耐用年数通達１－３－２が定める本件機械の一部と認められる水槽等には当たらない。
（ウ）本件バルブピットは、浸出水仕切弁を備えたコンクリート製の桝から成るとの構造から、「土地に定着する土木設備又は工作物」として「構築物」に該当するというべきであり、個別に修繕ないし取り替えが可能である上、浸出水の流量を調整するという独自の機能を有しているのであるから、本件貯留槽やそこに設置された機械等と一体として「機械及び装置」に当たるということはできない。
なお、本件バルブピットは、コンクリートで囲まれた桝状の工作物の中に仕切弁が設置され、仕切弁を閉じることによって、埋立処分場から本件貯留施設に汚水を導入するための施設であるから、平成２０改正前の耐用年数省令別表第５において「構築物」として例示されていた「水路」に当たり、このことからも、本件バルブピットが「構築物」に当たることは明らかである。
（エ）本件流入管は、汚水を本件バルブピットから本件貯留槽に導入する管であることから、耐用年数省令別表第１における、種類が「構築物」、構造又は用途が「金属製のもの」、細目が「送配管」の「鋼鉄製のもの」として「構築物」に該当する。
また、本件流入管が、本件バルブピットから本件貯留槽に汚水を導入するための施設として、平成２０年改正前の耐用年数省令別表第５において「構築物」とされていた「水路」に当たるものと評価できることからも、「構築物」に該当することは明らかである。
イ 本件給油設備等について
原告は、場内コンクリート工事及び外構工事により、本件給油設備等のコンクリートによる舗装路面、油溝、集水桝、油分離槽、Ｕ字溝等を取得したが、これらの資産は、「土地に定着する工作物」として「構築物」に該当する。また、原告が地下タンク関連工事及び躯体工事により取得した本件地下タンク及びその躯体部分等の資産も、「土地に定着する工作物」として「構築物」に該当する。
なお、原告は、上記の資産がいずれも高圧洗浄機ないし本件計量機等の機械と一体として「機械及び装置」に当たると主張するが、それぞれ構造において異なる上、整地、タンクの設置等の異なる用途があることから、個別に評価することが可能であり、これを上記機械と一体の減価償却資産として「機械及び装置」に該当するということはできない。
（２）原告の主張
ア 本件浸出水処理施設について
（ア）本件貯留槽、本件処理槽、本件バルブピット及び本件流入管と本件貯留槽ないし本件処理槽に設置された機械等は、同時期に、浸出水処理という同一の目的をもって取得され、一体としてその効用を発揮させるため機能する設備であり、全体として一つの「機械及び装置」（措置法４２条の６第１項１号）に当たるというべきであり、そのように解することが、中小企業の設備投資を促進するという同規定の趣旨にも適合する。
（イ）仮に、本件浸出水処理施設を合理的な範囲で一定の機能、処理工程ごとに分解して把握するとしても、次のとおり、分解して把握された各部分がそれぞれ「機械及び装置」に該当する。
ⅰ本件貯留槽及び本件処理槽について
流量調整、曝気、浸出水処理等の各工程において水を貯留する「槽」の部分は、それぞれ、そこに設置されたポンプ、散気装置、攪拌機等の機械と一体として働いてはじめて機能し、効用を発揮するものであり、逆に、これらの機械は、「槽」の部分を取り除くと、浸出水の調整、処理等のための機械として機能しないという関係にある。したがって、各工程に設置された機械から「槽」の部分を切り離して独自の効用を考えることはできず、各工程における「槽」は、それぞれに設置された機械と不可分一体の関係にあり、それぞの工程における機械と一体として「機械及び装置」に当たる。
よって、本件浸出水処理施設を各工程に分解するとしても、各工程における機械から、「槽」の部分を切り離し、独立の減価償却の単位とすることはできない。ⅱ本件バルブピットについて
本件バルブピットは、浸出水処理施設のうち取水の工程を構成するものであって、浸出水取水のために機能する他の機械等と一体として、「機械及び装置」に当たる。ⅲ本件流入管について
本件流入管は、管理型埋立最終処分場から本件浸出水処理施設に浸出水を導入する管として、本件バルブピットや浸出水取水のために機能する他の機械等とともに浸出水取水の工程を構成し、一体となってその効用を発揮するものであるから、「機械及び装置」の一部である。
（ウ）被告は、本件貯留槽、本件処理槽、本件バルブピット及び本件流入管が、それぞれ水を貯留する、送水するなどの独自の機能を有していることから、それぞれが独立した減価償却資産として「構築物」に該当すると主張するが、耐用年数通達１－３－２が生産工程の一部としての機能を有する貯蔵そう、配管施設等は「構築物」に該当せず、「機械及び装置」に該当する旨定めていることからも明らかなように、水を貯留する、送水するといった機能を有していることのみをもって、独立の減価償却資産として「構築物」に該当するということにはならない。
（エ）なお、平成２０年改正により、汚水処理の用に供されている減価償却資産等の耐用年数を定めた耐用年数省令別表第５の「構築物」の細目欄に例示として掲げられていた「槽、塔、水路、貯水池」の文言があえて削除されたことからすると、同省令は、「槽」や「水路」であっても、使用の実態から「機械及び装置」と一体として機能する設備は、「機械及び装置」に当たるものと解していることが明らかである。
イ 本件給油設備等について
本件給油設備等が給油のための設備として機能するためには、高圧洗浄機や本件計量機等の機械のみならず、消防法に従い、軽油取扱いに付随する危険を防止するほか、軽油自体を同法に適合する形で保管等するために、地下タンク、コンクリート舗装された底面や、外溝等の設備が必要不可欠であって、かつ、これらの設備について、上記の機械と離れて独立の効用を認めることはできない。
そうすると、上記の設備等は、いずれも高圧洗浄機、本件計量機等と一体となって一つの効用を有するものとして、「機械及び装置」に該当する。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件株式取得による受贈益の有無及び額）について
（１）法人が、譲受時における適正な価額より低い対価により資産を譲り受けた場合、当該対価の額と上記資産の譲受時における適正な価額との差額は、収益の額を構成し、法人税法２２条２項により当該事業年度の益金の額に算入すべきである。
したがって、原告が本件株式を適正な価額よりも低額の対価で譲り受けたと認められる場合には、当該対価と適正な価額との差額を益金の額に算入する必要があるところ、株式の適正な価額は、本件株式引渡時の時価により算定すべきである。
（２）そこで、１株当たり５万円という本件株式の取引価額が適正な価額といえるか否かにつき検討すると、本件株式の譲渡人である本件少数株主が、いずれも譲渡時においてＡの役員、従業員又は役員の妻であった者であり（前提事実（２）ア、イ）、純然たる第三者ではないことからすれば、本件株式の価額は、当事者間において種々の経済性を考慮して定められた価額であるとは認められない。
また、原告は、過去にいずれも１株当たり５万円の価額での取引事例があるから、同額での取引は適正な価額による取引であると主張するが、その数は８件程度と少数にとどまる上、これらの取引は、①Ａ従業員と原告取締役との取引、②原告取締役間での取引、③原告取締役とＡ取締役の取引、④Ａ取締役と原告の取引、⑤原告従業員と原告の取引又は⑥原告取締役とＡ代表取締役の取引であり、いずれもＡ又はその株主である原告の関係者間での取引であって（前提事実（２）オ）、前示のとおり、純然たる第三者間における取引ではなく、他に、株式の客観的価値を反映して定められたと認めるに足りる証拠もない。
よって、１株当たり５万円という価額が本件株式の適正な価額であるとは認められない。
（３）アそうすると、本件株式の引渡し時における時価をいかなる方法により評価すべきかが問題となるが、上記のとおり、本件株式について純然たる第三者間における取引事例があるとは認められず、Ａと事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式価額があるとも認められないから、これらの取引事例や、具体的な他の法人の株価に基づいて時価を算定することは相当でない。
イ この点、原告が、本件株式を取得することで、Ａの全株式を保有し、同社を完全子会社化したことからすると、原告は、本件株式の取得により、少数株主の利益等を考慮することなく、Ａの存続、会社資産の譲渡、解散、清算等を自由に決することができるようになったのであり、同社の資産は実質的に原告に帰属するに至ったということができる。そうすると、親会社である原告が、完全子会社であるＡの株式を取得する場合の株式の時価を評価する上で、同社の純資産額を考慮することが不可欠であるから、本件株式の適正な価額を算定する方式としては、純資産方式を基本とすべきである。
ウ これに対し、原告は、本件株式が譲渡されるより前から、原告がＡの発行済株式の過半数を保有していたことから、その他の株主には配当期待権程度の利益しかなく、配当還元方式により評価することが適切であると主張する。しかしながら、上記のとおり、原告は、本件株式を取得し、Ａを完全子会社化することによって、業務決定権のみならず、同社の資産自体を実質的に取得したというべきであるから、本件株式の譲渡により原告の得た利益が配当期待権にとどまるとはいえず、原告の主張は採用できない。
エ ところで、処分行政庁は、法人税基本通達９－１－１３、９－１－１４を適用し、原告が「中心的な同族株主」（財産評価基本通達１８８（２））に当たるとした上、純資産価額方式により算出した額よりも低額となる併用方式により算出した額で本件株式の時価を算出している。
同通達９－１－１３は、非上場株式で気配相場のないものにつき法人税法３３条２項の規定を適用する場合の当該株式の価額は、売買実例がない株式で公開の途上になく、当該株式を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額がないときは、「当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」とする旨を定めている。もっとも、このような一般的、抽象的な評価方法の定めに基づいて株式の価額を算定することは困難であり、他方、非上場株式の評価方法については財産評価基本通達に規定があり、その評価方法は相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性を有し、課税実務上も定着しているものであるから、これと著しく異なる評価方法を法人税の課税において導入することは、法人の財産を評価する上で、混乱を招くことになるから、法人税基本通達９－１－１４は、このような混乱を回避するため、財産評価基本通達の定める非上場株式の評価方法を、原則として法人税課税においても採用することを明らかにしつつ、この評価方法が法人税課税の場面に適合しない部分もあることから、一定の条件を付加したものと解される。同規定が、「中心的な同族株主」に該当する株主が保有する株式について、その発行会社が大会社又は中会社であっても、常に「小会社」に該当することとして、純資産方式又は併用方式により株式の時価を算出することとしているのも、上記の条件に含まれるが、これは、法人税課税の場面においては、大会社ないし中会社であっても、完全子会社の株式を評価するに当たっては、親会社にとっての当該株式の価値を当該子会社の純資産の額と切り離して考えることができないと考えられることから、財産評価基本通達を修正したものと解され（乙１６）、前記イで述べたことからすれば、当該修正には合理性がある。
法人税基本通達９－１－１３、９－１－１４のこのような趣旨に加え、低額で株式を譲り受けた場合の株式の適正な価額の算定について定めた規定も他にないことからすると、本件株式の価額の算定に当たって、上記法人税基本通達の各規定により時価を算出することは合理的である。
そこで、本件についてみると、上記のとおり、本件株式は証券取引所に上場されておらず、気配相場もなく、第三者間における適正な取引価額もない、いわゆる上場有価証券以外の株式であり、売買実例のある株式又は公開途上にある株式でもなく、事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額が存在するとも認められないから、本件株式の時価を評価する場合、法人税基本通達９－１－１３（４）により、「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」を株式の価額とすべきであり、法人税基本通達９－１－１４の評価方法を参考にして当該価額を算出するのが相当である。
そして、本件株式を取得した原告は「中心的な同族株主」（財産評価基本通達１８８（２））に当たることから、Ａを同通達１７８に定める「小会社」に該当するものとして、同通達１７９（３）の純資産方式又は併用方式により、その価額を定めるべきこととなり、平成２０年７月７日の株式引渡時における本件株式の時価は、純資産方式により計算すると１株当たり２４万１６２６円、併用方式により計算すると１株当たり１８万２４６３円となり（弁論の全趣旨）、処分行政庁は、このうち、低い方の額である１株当たり１８万２４６３円を採用したのであるから、その判断には合理性があり、適法である。
オ なお、原告は、法人税基本通達９－１－１４を適用する上で、「中心的な同族株主」であるか否かは、従前から株式を保有している譲渡人（本件少数株主）について判定すべきであり、このことは、所得税法上のいわゆる「みなし譲渡」課税（所得税法５９条１項）の基礎となる株式の「その時における価額」について定めた通達であり、法人税基本通達９－１－１４と構成を同じとする所得税基本通達５９－６において、財産評価基本通達１８８（１）の「中心的な同族株主」に該当するかどうかを譲渡人について行うことを明記していることからも明らかであると主張する。
しかしながら、株式の譲受人に発生した受贈益の額を算定する場合、譲受人が当該株式の譲受けによりいかなる利益を得たかを基準とすべきであるから、「中心的な同族株主」に当たるか否かは「譲受人」について判断するのが相当である。所得税基本通達５９－６は、株式の譲渡人において生じた譲渡益に課税する場面における取扱いを示したものであって、場面を異にするから、株式の譲受人である法人の受贈益を算定する場面に類推するのは失当であり、原告の主張は採用できない。
（４）したがって、本件株式の１株当たりの時価を１８万２４６３円と認めた上、原告に総額５２５３万２８８５円の受贈益が発生しているとした処分行政庁の判断は適法であり、同額は、平成２０年１１月期の益金に算入すべきである。
２ 争点（２）（損金算入の可否）について
（１）企業会計においては、期間損益を正確に把握するため、収益とそれを生み出すために要した費用は同一の会計年度に計上する必要があり（費用収益対応の原則）、かかる原則は、一般に公正妥当と会計処理の基準（法人税法２２条４項）として、法人所得の計算についても妥当する。したがって、収益とそれを生み出すために要した費用は同一の会計年度に計上する必要があり、費用のうち、販売費、一般管理費等、特定の収益との対応関係を明らかにできないものは、当該費用が発生した事業年度の費用として計上すべである（法人税法２２条３項２号）。
本件において、原告が平成２０年１１月期の損金に算入すべきであるとして主張する費用は、水道費、光熱費、法定福利費及び通信費であり、いずれも法人税法２２条３項２号所定の費用に該当するところ、これらの費用は、債務の確定を条件に損金の額に算入される（同号かっこ書き）。そして、上記の費用は、いずれも平成１９年１１月期に債務が確定し、同期に発生したものであることについて争いがないのであるから、これを同事業年度における損金の額に算入すべきものであって、平成２０年１１月期の損金の額に算入することはできない。
（２）これに対し、原告は、上記の費用を誤って平成２０年度１１月期分の経費として計上してしまい、もはや平成１９年度１１月期分の損金の額に算入することはできないのであるから、平成２０年度１１月期分の経費として損金の額に算入することが許されるべきであると主張する。しかしながら、ある事業年度に発生した経費を他の事業年度の経費として計上することは、当該事業年度の収益を生み出すことに寄与しない費用の損金計上を認めることとなり、費用収益対応の原則に反し、許されないというべきであり、原告の主張するような修正方法を許容する規定もない。
また、原告は、上記の経費計上の誤りにつき善意であり、税務調査においても看過されたのであるから、原告の自主的な申告により経費計上の誤りが判明した後に、上記経費計上の誤りを理由として加算税を課すことは正義に反するとも主張する。しかしながら、税務調査において経費計上の誤りが看過されたからといって、その経費を計上した計算が正しかったことになるわけではなく、そもそも経費計上の誤りは原告の過失によるものであることからすれば、その後、その誤りが判明した段階で加算税を課すことが正義に反するとはいえず、このことは、過誤の発覚が原告の申告に起因する場合で合っても異なるところがない。
よって、原告の主張はいずれも採用できない。
３ 争点（３）（特別償却の範囲）について
（１）認定事実
ア 本件浸出水処理施設について
（ア）本件バルブピット
本件バルブピットは、コンクリートで囲まれた枡状の工作物の中に浸出水仕切弁が設置され、これで調節することによって、管理型埋立最終処分場から流出する浸出水の量を調整する施設である。本件貯留槽の東側に独立して設置され、本件流入管を通じて同槽に繋がっている。（乙４１、乙５７・４頁）
（イ）本件流入管
本件流入管は、浸出水を本件バルブピットから本件貯留槽へ送水するため地下に埋設された水管である（乙４１、５７・４頁）。
（ウ）本件貯留槽（甲７、乙５７・８頁）
本件貯留槽は、本件処理槽の処理能力（後記のとおり、１日当たり２００㎡）に適した量の浸出水を本件処理槽に送水するため、管理型埋立最終処分場から本件バルブピット及び本件流入管を経由して流入する浸出水を一旦貯留し、送水量を管理する機能を有する槽であり、幅２１．７ｍ、長さ３８．３ｍ、高さ６．８５ｍの鉄筋コンクリート造りの半地上半地下式の槽として一つの構造物となっており、その内部を壁で仕切ることで、次のⅰないしⅲの各槽に区分されている。また、上部は支柱壁によって支えられた上屋根で覆われている。
ⅰ沈砂槽
沈砂槽は、幅２．０ｍ、長さ２．０ｍ、水深２．６ｍであり、本件流入管を通った浸出水が流れ込み、砂等の固形物が沈殿、分離される。内部にはエアーリフト及び散気装置が設置され、浸出水内に酸素が送り込まれる（甲８の６、８の７、乙５８）。ⅱ原水ポンプ槽（甲８の６、８の７）
原水ポンプ槽は、幅６．２ｍ、長さ４．０ｍ、水深１．５ｍであり、内部に設置された散気装置により浸出水内に酸素が供給される。また、浸出水をくみ上げて貯留槽に送水するため、原水ポンプが設置されている。
ⅲ貯留槽（甲８の６、８の７）
貯留槽は、本件処理槽に送水する前の浸出水を貯留しておく槽であり、幅１０．０ｍ、長さ１２．５ｍ、水深５．２ｍの区画が８個存在し、貯留中の浸出水の腐敗を防ぐため、空気の泡を発し汚水中の汚泥を均一化するための散気装置が設置されている。
（エ）本件処理槽（甲７、８の６、８の７、乙２６、５７、５８）
本件処理槽は、鉄筋コンクリート造りの半地上半地下式の槽であり、１個の大きな構造物の内部を壁で仕切ることで、次のⅰないしⅸ及びⅹⅰ、ⅹⅱの各槽に区分されている。その上部には、薬品投入配管、エアー配管（ＳＵＳ、ＳＧＰ、ＰＶＣ製）が設置され、槽内に薬品又は酸素を供給する仕組みとなっている（乙５７（１３頁）、５８）。
本件処理槽の１日当たりの浸出水の処理量（Ｑ）は、２００㎥である（甲７）。ⅰ流量調整槽
流量調整槽は、幅４．０ｍ、長さ７．５ｍ、有効水深４．０ｍの区画であり、本件処理槽内に導入する浸出水を一定量に調整し、過剰な浸出水を本件貯留槽に返送するための槽である。
内部には金属製の散気装置が取り付けられ、上部の配管を通じて槽内に空気が送られる。上部に原水電磁流量計、計量装置が設置され、これを用い浸出水を計量し、流量を調整した上で第１凝集沈殿処理設備に送水する。（甲７（Ｎｏ．１２）、８の６、８の７、乙２６、５７（９頁）、５８）。
ⅱ第１凝集沈殿処理設備
第１凝集沈殿処理設備は、第１凝集反応槽、第１凝集槽、第１凝集沈殿槽、第１ＰＨ調整槽によって構成される。第１凝集反応槽は、幅１．１ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．５ｍ、第１凝集槽は、幅１．０ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．４ｍであり、それぞれ内部に金属製の攪拌機が設置され、また、薬品を投入するための配管が設置されている（甲８の６、８の７）。
第１凝集沈殿槽は、幅３．５ｍ、長さ３．５ｍ、有効水深３．３ｍであり、上部は露天となっており、点検用の歩廊が設置されている。形状はホッパー型であり、内部には、浸出水を分散させるためのセンターウェルが設置され、中央部分には底部に堆積した汚泥を吸い上げる汚泥引抜ポンプが設置されている（甲８の６、８の７、乙５７・１１頁）。
これらの槽では、まず、スクリーンにより夾雑物等を除去した後、第１凝集反応槽、第１凝集槽にＰＡＣ、硫酸バンド、苛性ソーダ、硫酸等の薬品を投入し、攪拌機により攪拌することで、浸出水中の微粒子を結合させて集塊を形成し、沈殿させ、同槽に設置された汚泥引抜ポンプで汚泥を吸い上げて、浸出水内のＳＳ（浮遊物質）類を除去する。
第１ＰＨ調整槽の区画は幅１．０ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．０ｍであり、薬品を投入した上、内部に設置された金属製の攪拌機により攪拌するなどして、浸出水のｐＨ（水素イオン指数）を調整する機能を有している。
ⅲ曝気槽
曝気槽は、幅４．１ｍ、長さ７．５ｍ、水深５．０ｍのものと、幅５．０ｍ、長さ１０．０ｍ、水深５．０ｍのものがあり、合計６個の区画からなる（甲８の６、８の７）。上部に設置された配管から、槽内部の水面に垂直に没する形で吊り下げられたライザー管を通じて送られた酸素が、散気装置によって浸出水内に供給され、浸出水と酸素及び槽内の活性汚泥を混濁、反応させることで、ＢＯＤを除去する。
ⅳ第１沈殿槽
第１沈殿槽は、直径４．５ｍ、有効水深４．２ｍのホッパー型の槽である。内部にはセンターウェルが設置され、流入する浸出水を分散させつつ、活性汚泥を沈降させ、中心部に設置された汚泥掻寄機によって、沈降した活性汚泥を中央部に集め、汚泥ポンプで活性汚泥計量槽に移送する。上部は露天となっており、点検用の歩廊が架けられている。
ⅴ脱窒槽・硝化槽
第１脱窒槽は、幅４．０ｍ、長さ８．５ｍ、水深４．６ｍであり、微生物の働きにより浸出水の脱窒を行う工程である。内部には水中攪拌機、ポンプ等が備え付けられている。（甲８の６、８の７）。
硝化槽は幅３．６ｍ、長さ８．５ｍ、水深４．５ｍであり、その中で微生物の働きにより浸出水の硝化を行う。上部に設置されたエアー配管から、槽内部の水面に垂直に没する形で吊り下げられたライザー管を通じて酸素を送り、金属製の散気装置によって微生物の働きを活性化させる。また、硝化汚泥引抜ポンプで汚泥を上部に吸引し、上部の配管、汚泥計量機を通じて汚泥を除去する（甲８の６、８の７）。
第２脱窒槽は、幅４．５ｍ、長さ７．５ｍ、水深４．４ｍであり、水中攪拌機、ポンプ等が備え付けられ、浸出水の脱窒を行う。
これらの工程を通じて、浸出水からＴ－Ｎ（無機態及び有機態の全窒素）が除去される。
ⅵ再曝気槽
再曝気槽は、幅４．５ｍ、長さ５．７ｍ、水深４．３ｍであり、内部に設置された散気装置により酸素を供給し、活性汚泥の働きによってＢＯＤを除去する。また、剥離汚泥引抜ポンプにより汚泥を上部に吸引し、上部の剥離汚泥計量機を通じて汚泥が除去される（乙５７・１６頁）。
ⅶ中継槽
中継槽は、幅２．３ｍ、長さ４．５ｍ、有効水深３．５ｍであり、再曝気槽を経由した浸出水を貯留する。
ⅷ第２凝集沈殿処理設備
第２凝集沈殿設備は、第２凝集反応槽、第２凝集槽、第２凝集沈殿槽、第２ＰＨ調整槽によって構成される。
第２凝集反応槽は、幅１．０ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．５ｍ、第２凝集槽は、幅１．０ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．４ｍであり、内部に攪拌機が設置されている。第２凝集沈殿槽は、幅３．５ｍ、長さ３．５ｍ、有効水深３．３ｍである。これらの槽において、凝集沈殿処理が施される。
第２ＰＨ調整槽は幅１．１ｍ、長さ３．５ｍ、水深１．０ｍであり、内部で浸出水のｐＨを調整する。
ⅸろ過原水槽
ろ過原水槽は、幅３．０ｍ、長さ３．５ｍ、有効水深４．５ｍであり、内部にろ過ポンプが設置されている。
ⅹ砂ろ過・活性炭吸着装置
砂ろ過装置は、砂ろ過処理により、浸出水から微細なＳＳ（浮遊物質）を除去する装置であり、活性炭吸着装置は、不純物を吸着させることで、浸出水からＣＯＤを除去する装置である。いずれも、本件処理槽の上部（屋上）に設置されており、薬品タンクに制御盤等が備え付けられた構造となっている（乙５７・１８頁、乙５８）。砂ろ過・活性炭吸着装置が「機械及び装置」として独立して特別償却の対象となることについては、当事者間に争いがない。
ⅹⅰろ過逆洗水槽、処理水槽
ろ過逆洗水槽は、幅３．５ｍ、長さ５．１ｍ、有効水深４．３ｍであり、その内部には逆流ポンプが設置されている。
処理水槽は、幅２．０ｍ、長さ８．４ｍ、有効水深４．０ｍであり、処理された浸出水は一旦ここに流入した上、処理水移送ポンプにより外部に圧送される。
ⅹⅱ汚泥濃縮槽、汚泥貯留槽
汚泥濃縮槽は、幅３．０ｍ、長さ４．５ｍ、有効水深５．０ｍであり、ホッパー型となっている。汚泥貯留槽には、幅４．５ｍ、長さ１０．０ｍ、水深５．０ｍのものと、幅２．０ｍ、長さ７．４ｍ、水深５．０ｍのものとがある。
汚泥濃縮槽は、浸出水処理の各過程で排出される汚泥を濃縮し、貯留するための設備であり、脱離液を分離して濃縮した汚泥を汚泥貯留槽に送り、同槽内に設置された攪拌機により汚泥を攪拌しつつ貯留した上、汚泥移送ポンプで脱水機室に移送し、同室において汚泥の脱水を行う。
ⅹⅲ以上のとおり、本件処理槽において、流量調整、汚泥の濃縮、沈殿処理、曝気、活性汚泥の沈殿、脱窒・硝化、ろ過、汚泥の圧縮といった各工程を経て、浸出水の浄化が行われることになるが、これらの工程においては、薬品や微生物を反応・作用させたり、汚泥等を沈降させるために必要な期間、浸出水を貯留しておくことが不可欠であり、そのための本件処理槽内の各槽が、処理工程における主たる効用を担っているといえる。そして、本件処理槽に設置された機械は、上記の各工程において酸素の供給、浸出水の攪拌等を行うことで薬品や微生物の働きを補助したり、汚泥を吸引し、また、各槽間の送水を行うなどして、本件処理槽における浸出水の浄化を補助し、促進する効用を有している。
イ 耐用年数省令別表の改正の経緯
耐用年数省令別表第５の改正の経緯は、別紙１３「公害防止用減価償却資産の耐用年数表の制定と改正の経緯」のとおりであり、平成２０年改正前の別表第５は、「汚水処理用設備」の耐用年数のみを定めており、その種類として「構築物」、「機械及び装置」を掲記した上、「構築物」の細目欄に「槽、塔、水路及び貯水池その他のもの」と記載していたところ、同改正によって、改正前に「ばい煙処理用設備」の耐用年数を定めていた別表第６と改正前の別表第５が統合されて改正後の別表第５となり、「公害防止用減価償却資産」の耐用年数表とされた。その際、「構築物」と「機械及び装置」の区別は維持されたが、細目欄の「槽、塔、水路及び貯水池その他のもの」との記載は削除された。
平成２０年改正の趣旨は、減価償却資産の使用実態を踏まえ、機械及び装置を中心に資産区分の大括り化を図るとともに、法定耐用年数を見直す点にあり、機械及び装置の耐用年数を定めた同省令別表第２の資産区分も同時に改正され、「設備の種類」が大括り化されるなどしている。（甲１１、乙６３）
（２）以上の事実に基づき判断する。
ア 本件では、本件浸出水処理施設及び本件給油設備等を構成する資産のうち、措置法４２条の６第１号に定める「機械及び装置」に該当する資産の範囲が争われているが、同規定に定める「機械及び装置」は、同項柱書の減価償却資産に該当し、措置法２条２５号は、措置法４２条の６を含む第３章における減価償却資産の意義について、法人税法２条２３号に規定する減価償却資産をいうと規定している。
イ 減価償却は、有形固定資産について、その取得原価を資産の利用を通じて達成された各年度の売上収益と対応させる（企業会計原則第３・５参照）ために、その効用が持続する年数、すなわち耐用年数にわたって費用として配分する手法である。耐用年数は、資産の取得時点で将来の利用可能期間を見積もることにより算出されるが、その期間の見積りは、通常の維持・補修を加えつつ資産を正常に使用した場合の物質的な利用可能年数に、通常予想される程度の技術革新に起因した一般的な機能低下を織り込んで行うことになる。もっとも、かかる耐用年数を客観的かつ個別具体的に算定することは困難であるから、画一的処理を図るため、耐用年数省令において法定耐用年数が定められ、同省令１条１号は、法人税法２条２３号に掲記された「機械及び装置」以外の有形減価償却資産についての法定耐用年数を定め（同省令別表第１）、同省令１条２号は、「機械及び装置」の法定耐用年数を別途定めている（同省令別表第２）。このように、「機械及び装置」とそれ以外の有形減価償却資産の法定耐用年数がそれぞれ別に定められているのは、「機械及び装置」とそれ以外の有形減価償却資産とでは、通常、その効用が持続する年数が異なるためであると解される。
かかる減価償却制度の趣旨に照らせば、法人が取得した複合的資産が減価償却資産としての「機械及び装置」に該当するかどうかは、当該資産の構造、素材等に照らし、独立して修理、更新が可能であり、かつ、独自の効用も果たし得ると認められる単位に分解して判断すべきである。
ウ 本件浸出水処理施設について
（ア）これを本件浸出水処理施設についてみると、まず、本件バルブピットは、管理型埋立最終処分場と本件貯留槽の間に設置されたコンクリートで囲まれた枡状の工作物であり（前提事実（３）ウ（イ）、認定事実ア（ウ））、構造上、本件貯留槽、本件処理槽とは独立しており、別個に修理、更新等が可能である。また、内部に設置された浸出水仕切弁を調節することによって、本件貯留槽に流入する浸出水の量を調整するという独自の効用を有していることも考慮すれば、本件バルブピットは独立した減価償却資産であると解される。そして、コンクリート製の工作物として土地に定着した状態にあることからすれば、「土地に定着する工作物」として、「構築物」に当たるというべきである。
（イ）本件流入管は、本件バルブピットから本件貯留槽へ浸出水を導入する水管であり、ともにコンクリート製である本件バルブピット及び本件貯留槽とは独立して修理、更新することが可能であり、浸出水を送水するという独自の効用を有している。したがって、本件流入管は、独立した減価償却資産として減価償却の単位となるというべきであり、土地に埋設、固定された管であることからすれば、「土地に定着する工作物」として、独立して「構築物」に該当するというべきである。
（ウ）本件貯留槽と本件処理槽は、通路を挟んで離れた位置にあり、両槽がそれぞれ同一の水管の両端に繋がっているにすぎないから、構造上、物理的に一体であるとは認め難い上、浸出水を貯留する槽としてそれぞれ独自の機能、構造を有している（前提事実（３）ウ（ア））。また、それぞれ独立して修理、更新することも可能であるから、本件貯留槽と本件処理槽は、別個の減価償却資産であるというべきである。
このうち、本件貯留槽は、幅２１．２ｍ×長さ５６．２５ｍ×高さ７．５ｍの鉄筋コンクリート製の槽であり、内部に沈砂槽、原水ポンプ槽、貯留槽等の区画が存在するが、もともと１個の槽の内部を壁で仕切って区分されているにすぎず（前提事実（３）ウ（ア））、全体として、処理前の浸出水を一旦貯留し、本件処理槽への送水量を管理するという機能を与えられ、１個の効用を果たしているのであるから、本件貯留槽は鉄筋コンクリート製の槽として単一の減価償却資産に当たるというべきである。
また、本件処理槽も、幅２１．７ｍ×３８．３ｍ×高さ６．８５ｍの鉄筋コンクリート製の槽であり、内部で流量調整槽、沈殿槽、曝気槽、脱窒槽、硝化槽等の区画に分けられ、これらの区画において微生物や薬品等の働きにより浸出水の浄化が行われるが、その構造は、複数の独立した槽が組み合わされて浸出水の処理工程を重ねるというものではなく、１個の槽の内部を壁で仕切って各区画の中で異なる処理を行うというものであるから、全体として単一の構造物と評価すべきである（前提事実（３）ウ（ア）、認定事実ア（エ））。そうすると、本件処理槽も、鉄筋コンクリート製の槽として１個の減価償却資産に当たるというべきである。
そして、本件貯留槽及び本件処理槽が、いずれも半地上半地下式のコンクリート製の槽であり、工事によって土地に定着していることからすれば、これらは、それぞれ「土地に定着する工作物」（法人税法施行令１３条２号）として、「構築物」に該当するというべきである。
なお、本件貯留槽及び本件処理槽には、Ｅが行った貯留槽金物類工事ないし処理槽金物類工事により、点検用開口が制作されるとともに、昇降用タラップ、手摺が設置されており、本件貯留槽には、同社がした貯留槽建屋建具等工事によりスチールドア等が設置されているが（乙４１）、これらはいずれも各槽の点検等のための付属設備であるから、それぞれ、本件貯留槽ないし本件処理槽の一部を構成するというべきである。
（エ）ところで、本件貯留槽には、前提事実（３）ウ（ア）、認定事実ア（ア）のとおり、浸出水を貯留する間に酸素を供給する散気装置、浸出水を送水するためのポンプ等の機械が取り付けられており、これらの機械は、酸素を送ることで貯留中の浸出水の腐敗を防止する効用を有する資産であり、本件処理槽に移送されるまでの間浸出水を貯留するという本件貯留槽全体の目的を補助する効用を有しているが、浸出水を貯留するという主たる効用を有するのは本件貯留槽である。
他方、本件貯留槽に設置された機械は、鉄筋コンクリート製の本件貯留槽とは素材や規模の点において異なる上、構造上、機械が槽の各部に取り付けられているにすぎず、各機械を槽から取り外して修理、更新することが可能であり、上記機械が設置されていることによって、槽自体の耐用年数が左右されるものではない。
よって、本件貯留槽に設置された機械と本件貯留槽とは、別個の減価償却資産に当たるというべきである。
（オ）また、前提事実（３）ウ（ア）、認定事実ア（エ）のとおり、本件処理槽には、浸出水の浄化のため、水中に酸素を供給する配管、散気装置、浸出水を攪拌する攪拌機、汚泥や浸出水を吸引、移送するためのポンプ等の機械が取り付けられているが、これらの機械は、本件処理槽内の各槽で行われる流量調整、汚泥の凝縮、沈殿処理、曝気、活性汚泥の沈殿、脱窒・硝化、ろ過、汚泥の圧縮といった一連の工程を効率的に進めるために設置されたものであり、内部に貯留された浸出水を浄化するという本件処理槽全体の目的を達成するための効用を有するから、その意味では、本件処理槽及びその内部の各槽に設置された機械は、いずれも浸出水の浄化という共通の目的を補助、促進する効用を有しているということができる。しかしながら、浄化する対象が液体である関係上、浸出水に薬品や微生物を反応・作用させたり、汚泥等を沈降させて、浸出水を浄化するために必要な時間が経過するまで、浸出水を貯留しておくことが不可欠であるから、本件処理槽で行われる汚水処理において主たる効用を担っているのは槽それ自体であるというべきであり、これに設置された機械の役割は、上記各槽における浸出水の浄化作用を促進するための補助的なものにとどまるとみるのが相当である。
また、本件処理槽に設置された機械は、鉄筋コンクリート製の本件処理槽とは素材や規模の点において異なる上、設置部分から取り外して修理、更新することが可能であるから、上記機械が槽に設置されていることによって、槽自体の耐用年数が左右されることはない。
よって、本件処理槽に設置された機械と本件処理槽とも、別個の減価償却資産に当たるというべきである。
（カ）これに対し、原告は、本件貯留槽、本件処理槽、本件バルブピット及び本件流入管と本件貯留槽ないし本件処理槽に設置された機械等が、浸出水処理という同一の目的をもって取得され、一体として機能する設備であるから、全体として「機械及び装置」に当たるというべきであり、中小企業の設備投資の促進という措置法４２条の６の趣旨にも照らせば、素材、構造や物理的規模に拘泥して、対象資産の範囲を細分化するべきではないと主張する。
しかしながら、措置法４２条の６第１項１号に規定する「機械及び装置」は減価償却資産の分類を指すところ、有形固定資産の効用持続年数がその構造、素材、物理的規模等によって異なることは明らかであるから、減価償却がその取得原価を効用持続年数にわたって費用として配分する手法である以上、「機械及び装置」の対象となる資産の単位は、その構造、素材、物理的規模等も考慮した上で判断するのが相当であり、浸出水処理という同一の目的をもって取得されたことをもって、直ちに減価償却資産として一体であるということはできない。
この点、汚水処理用減価償却資産の耐用年数については、耐用年数省令２条１号を受けた同省令別表第５（公害防止用減価償却資産の耐用年数表）によって法定耐用年数が定められているところ、別表第５は、「機械及び装置」と「構築物」を掲記し、それぞれ異なる法定耐用年数を定めている（認定事実イ）。かかる規定によれば、耐用年数省令においても、汚水処理用減価償却資産の中に「機械及び装置」に該当するものと「構築物」に該当するものがあることが前提とされており、全体として汚水処理の機能を有していることをもって、直ちに一つの減価償却資産に当たると解されるものでないことは明らかである。
さらに、認定事実イのとおり、汚水処理用設備の耐用年数を定めた平成２０年改正前の耐用年数省令別表第５は、「構築物」の細目欄に、「槽、塔、水路及び貯水池その他のもの」を掲記していたところ、同改正によって、上記記載は削除されたが、改正の趣旨は、減価償却資産の使用実態を踏まえ、「機械及び装置」を中心に、資産区分の大括り化を図るとともに、法定耐用年数を見直すというものであって（認定事実イ）、「構築物」や「機械及び装置」といった、法人税法２条２３号に掲げられた資産の分類まで見直すものではないと解される。そうすると、従前「槽」に当たるとされた資産は、改正後も「構築物」に当たるというべきである。そして、本件浸出水処理施設は、汚水処理設備として一般的な構造のものであると考えられるところ（乙５４参照）、同施設において、社会通念上「槽」に該当するものは、本件貯留槽と本件処理槽のほかにはないことからすれば、本件貯留槽及び本件処理槽は、いずれも平成２０年改正前の耐用年数省令別表第５の細目欄に掲記された「槽」に当たり、「構築物」に該当するというべきである。
なお、原告は、上記細目欄の記載が削除されたのは、「槽」であることの一事をもって「構築物」であると断ずることはできず、その実態によっては「機械及び装置」に当たり得ることを確認する趣旨であると主張する。しかしながら、前示のとおり、同改正において「構築物」や「機械及び装置」に該当する資産の分類に変更があったとは解されず、上記細目欄の記載が削除されたのは、「ばい煙処理用設備の耐用年数」を定めた別表第６と「汚水処理用設備の耐用年数」を定めた別表第５（いずれも同改正前のもの）が、改正後の耐用年数省令別表第５として統合されたことに伴うものにすぎないと考えられ、また、本件処理槽、本件貯留槽の構造、素材、効用等に照らし、その使用の実態を考慮したとしても「機械及び装置」に該当するとはいえないことは既に説示したとおりである。
（キ）さらに、原告は、仮に本件浸出水処理施設を各工程ごとに合理的な範囲で分解して把握するとしても、合理的な範囲で分けた各設備（浸出水処理設備、浸出水調整設備、曝気設備、浸出水導入設備、浸出水処理設備等）が、それぞれにおいて、一体となってその効用を発揮するものであるから、それぞれの工程ごとに一体の資産として減価償却の対象になるとも主張する。
そこで検討すると、本件貯留槽、本件処理槽は、内部において、貯留、流量調整、曝気、硝化、脱窒等の各工程ごとに水を貯留するため、貯留槽、流量調整槽、曝気槽、硝化槽、脱窒槽等の各区画に分かれているけれども、その構造は、一つの槽の内部を仕切ることによって各区画に分けたものにすぎないし、本件貯留槽と本件処理槽とが、それぞれ１個の資産として取得されている（前提事実（３）ア）のであるから、前記（ア）で説示したとおり、その構造や機能に照らせば、本件貯留槽、本件処理槽は、減価償却資産としてそれぞれ単一の資産であると考えるほかなく、各工程に分けて、内部で仕切られた各区画がこれに設置された機械等と一体の設備を構成する資産であると評価することはできない。
原告は、各工程において水を貯留する「槽」の部分は、それぞれ、これに設置された機械と一体として働いて初めて機能し、効用を発揮するものであり、逆に、これらの機械は、「槽」の部分を取り除くと、浸出水の調整、処理等のための機械として機能しないのであるから、不可分一体の資産であると主張するが、本件貯留槽ないし本件処理槽に設置された散気装置、攪拌装置、汚泥吸引装置等の機械は、いずれも水処理のために、水に対して作用する機械であるから、水中又は貯留された水の付近に設置されて初めて効用を発揮することは当然であり、そのことをもって直ちに水を貯留する「槽」と一体の資産になるということはできない。
また、本件バルブピット及び本件流入管は、浸出水を導入するための設備ではあるが、前記のとおり、流量を調整する、処理中の浸出水を移送するという独自の一般的効用を有しており、その構造や素材等に照らしても、それぞれ別の資産というべきであるから、浸出水を導入するための機能を有するからといって、本件貯留槽に設置されたポンプ等の機械と一体であるとはいえない。
よって、原告の主張は採用できない。
（ク）なお、耐用年数通達１－３－２は、「生産工程の一部として機能を有しているものは、構築物に該当せず、機械及び装置に該当するとした上、「醸成、焼成等の用に直接使用される貯蔵そう、仕込そう、窯等」（同通達１－３－２（１））、「ガス貯そう、薬品貯そう又は水そう及び油そうのうち、製造工程中にある中間受けそう又は水そう及びこれに準ずるそうで、容量、規模等からみて機械及び装置の一部であるとみとめられるもの」（同（２））、工場薬品、ガス、水又は油の配管施設のうち、製造工程に属するもの」（同（３））を例示として挙げている。しかし、本件貯留槽及び本件処理槽は、いずれも「醸成、焼成」等に直接使用される槽ではなく、その構造に加え、容量、規模等からしても、「機械及び装置の一部」であるとは認められない。また、本件バルブピット及び本件流入管は、本件浸出水処理施設に流入する浸出水の流量を調整し、また、移送するものであるから、「製造工程に属する配管施設」ということもできない。したがって、耐用年数通達１－３－２の規定によっても、上記本件貯留槽等の各資産が「機械及び装置」に該当するとはいえない。
（ケ）以上より、本件浸出水処理施設のうち、本件貯留槽、本件処理槽、本件バルブピット、本件流入管は、いずれも「機械及び装置」に該当せず、措置法４２条の６第１項の特別償却の対象にならない。
エ 本件給油設備等について
（ア）原告が場内コンクリート工事により取得した本件給油設備等のコンクリートによる製舗装路面、油溝、集水桝、油分離槽、Ｕ字溝等の資産は、いずれも基礎工事等によって土地に定着した資産であり、給油設備や洗車場の地面を整地してトラック等の走行を容易にするとともに、流出した水や油を溝に流し込み、排出するという独自の効用を有していることから（前提事実（４）イ）、その構造、機能に照らし、一つの減価償却資産として「構築物」に該当するというべきである。また、本件給油設備等には、軽油の量を調整するなどして、トラックに給油を行うための機械である本件計量機等や、高圧水によりトラックを洗車するための高圧洗浄機といった機械が設置されているが、これらは、コンクリートの舗装路面の上にそれぞれ独立して設置されており、上記場内コンクリート工事によって土地に定着した各資産と構造的に一体であるとは認め難い（前提事実（４）イ）。加えて、個別に修理、更新等が可能であると考えられる上、上記のとおり効用も個別に考えられることからすると、高圧洗浄機又は本件計量機等と上記場内コンクリート工事によって取得された資産が一体として「機械及び装置」に該当するとはいえない。
次に、本件地下タンクは、その構造に照らし、躯体工事により設置された躯体部分等と一体の減価償却資産というべきであり、本件計量機等に供給する軽油を貯留する施設であるものの、構造としては油管を通じて繋がっているにすぎず、素材や規模も異なることからすれば、各別に修理、更新が可能と考えられる上、軽油を貯留するという独自の効用を有しているのであるから、本件計量機等と一体であると解することはできない。
（イ）原告は、本件給油設備等が給油のための設備として、消防法に従って安全に機能するためには、高圧洗浄機や本件計量機等の機械のみではなく、上記の舗装路面、油溝や、本件地下タンク等の資産が必要不可欠であるから、これらは全て一体として「機械及び装置」に該当すると主張するが、上記のとおり、減価償却資産の単位は、その構造や素材から独立して修理、更新が可能であり、また独自の効用を果たし得ると認められるかによって判断すべきであり、本件給油設備が一体として機能していることをもって直ちに一つの減価償却資産に当たるとすることはできない。
よって、原告の主張は採用できない。
（ウ）以上によれば、原告が場内コンクリート工事（３８０万４７１０円）及び外構工事（５６万４０００円）により取得した資産は、耐用年数省令別表第１のうち、種類が「構築物」、構造又は用途が「舗装道路及び舗装路面」、細目が「コンクリート敷のもの」に当たり、耐用年数１５年の構築物となるから、措置法４２条の６第１項の特別償却の対象とならない。また、自家用給油所新設工事のうち地下タンク関連工事（２３４万２５００円）及び躯体工事（１７６万２８８０円）は、本件地下タンクの取得費用であるといえ、本件地下タンクは、耐用年数省令別表第１のうち、種類が「構築物」、構造又は用途が「金属製のもの」、細目が「水そう及び油そう」の「鋼鉄製のもの」に当たり、耐用年数１５年構築物となり、上記特別償却の対象とはならない。
なお、本件計量機等、高圧洗浄機等の機械及び装置に該当する部分は、小売業用設備ではない給油設備ないし洗車設備であるから、耐用年数省令別表第２番号５５の設備の種類「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」、細目「主として金属製のもの」として耐用年数１７年の「機械及び装置」となる。
４ 税額の計算
以上を前提に、平成２０年１１月期、平成２２年１１月期の税額をそれぞれ計算する。
（１）平成２０年１１月期
ア 所得金額の計算
（ア）申告所得金額４億４０１５万５３７５円（甲２の２）
（イ）受贈益計上漏れ５２３２万２８８５円
原告には、本件株式の取得により、１株当たり１３万２４６３円の受贈益があったと認められるから、その額に取得株式数３９５株を乗じて計算した５２３２万２８８５円が、受贈益の計上漏れとして認められる。
（ウ）経費の計上漏れ１２５万３１８５円
上記２のとおり、原告が、平成２０年１１月期分の損金として計上した額のうち９２６万８３９６円は、平成１９年１１月期の損金に当たり、平成２０年１１月期分の損金として計上することはできないから、同額につき経費の過大計上がある。したがって、本件裁決において平成２２年１１月期の経費計上漏れとして認定された１０５２万１５８１円から上記過大計上に当たる額を控除した１２５万３１８５円は、経費の計上漏れに当たる。
（エ）所得金額４億９１２２万５０７５円
申告所得金額（上記（ア））に、受贈益計上漏れの額（上記（イ））を加算し、経費の計上漏れの額（上記（ウ））を減算した金額である。
イ 納付すべき法人税額
（ア）法人税額１億４６７２万７５００円
上記ア（エ）の額から、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満を切り捨てた金額に、所得税法６６条１項及び２項（平成２２年３月３１日号外法律第６号による改正前のもの）に規定する税率（８００万円以下の部分につき１００分の２２，８００万円を超える部分につき１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（イ）控除税額１３１万３４３９円
原告の修正申告書記載の控除税額である。
（ウ）納付すべき法人税額１億４５４１万４０００円
所得金額に対する法人税額（上記（ア））に、所得税額の控除税額（上記（イ））を控除した金額の１００円未満を切り捨てた額である。
ウ 過少申告加算税１４２万２０００円
平成２０年１１月期更正処分により新たに納付することとなった税額１４２２万円（本件裁決において納付すべき税額とされた１億４４３１万９０００円（甲４、６）から修正申告書記載の納付すべき税額１億３００９万３０００円（甲２の２）を控除して、１万円未満を切り捨てたもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である（国税通則法６５条１項）。
エ 平成２０年１１月期更正処分（平成２１年６月２日付け裁決により一部取り消された後のもの）において納付すべきとされた１億４４３１万９０００円は、上記納付すべき法人税額（上記イ（ウ））を上回らず、また、同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分の金額は上記過少申告加算税（上記ウ）の額と同額であるから、これらの処分は適法である。
（２）平成２２年１１月期
ア 所得金額の計算
（ア）申告所得金額２億８１２３万９１８３円（甲３）
（イ）減価償却超過額（特別償却）７０９７万４２１５円
ⅰ上記３（１）のとおり、本件浸出水処理施設のうち、本件処理槽、本件貯留槽、本件バルブピット、本件流入管は、いずれも措置法４６条の２所定の特別償却の対象とならないから、これを前提に特別償却限度額を計算すると、別紙１４「本件浸出水処理施設の資産の分類及び額」のとおりとなり、原告が「水処理施設構築物」として特別償却の対象資産の取得価額とした２億３９５１万２８５８円のうち、特別償却の対象となる資産の取得価額は１２５７万５４７３円である。
ⅱ前提事実（４）ウ、エ及び上記３（２）エによれば、本件給油設備等の資産の分類及び額は別紙１５「本件給油設備等に係る資産の分類及び額」記載のとおりとなり、原告が「給油設備」として特別償却の対象資産の取得価額とした１５２７万５０００円のうち、特別償却の対象となる資産の取得価額は５６３万１６７３円である。ⅲ以上を前提に特別償却限度額を計算すると、別紙１６の１「特別償却限度額及び減価償却超過額の計算」記載のとおりとなり、減価償却超過額は７０９７万４２１５円となる。
（ウ）減価償却超過額（普通償却）１３９万３４８４円
ⅰまた、原告は、本件浸出水処理施設の取得費用のうち、Ｅに請け負わせた機械設備工事（１億６２００万円）及び沈砂池の取得費用（１０２８万５７１３円）を控除した２億３９５１万２８５８円につき、耐用年数１５年の構築物として普通償却をした上、確定申告をしたが、これには、耐用年数３１年の「建物」に該当することについて争いがない機械室及び脱水機室の取得費用である１６３４万２７３８円が含まれている。したがって、普通償却限度額の計算は、別紙１６の２「浸出水処理施設に係る普通償却限度額及び減価償却超過額の計算」記載のとおりとなり、減価償却の超過額は１２９万９２４８円であると認められる。
ⅱ本件給油設備等についても、原告は、耐用年数１５年の構築物として普通償却をした上、確定申告をしたが、これには、耐用年数４５年の構築物である雨よけ用の上屋の取得費用が含まれる上、機械及び装置に当たる部分（取得費用合計５６３万１６７３円）は、耐用年数が１７年となる（上記３（２）エ（ウ））から、普通償却限度額の計算は、別紙１６の３「給油設備及び洗車場に係る普通償却限度額及び減価償却超過額の計算」のとおりとなり、９万４２３６円の償却超過額が認められる。
（エ）修繕費の計上漏れ２０００万円
（オ）保険料の計上漏れ２１５万１０３６円
（カ）保険金積立金の取崩し漏れ１５２１万３５４５円
（エ）ないし（カ）の額については争いがない。
（キ）経費の過大計上０円
なお、本件裁決においては、平成２２年１１月期の経費の過大計上として８９３万３２２７円、経費の計上漏れとして８４１万１３８４円がそれぞれ認定され、その差額が経費の過大計上とされているが、被告自身、経費の過大計上額はないと主張していることに鑑み、経費の過大計上は０円であると認める。
（ク）所得金額３億１６２４万２３０１円
申告所得金額（上記（ア））に、減価償却超過額（上記（イ）（ウ））を加算し、修繕費の計上漏れ（上記（エ））、保険料の計上漏れ（上記（オ））及び保険金積立金の取崩し漏れ（上記（カ））を減算した金額である。
イ 納付すべき法人税額
（ア）法人税額９３９１万２６００円
上記ア（ク）の額から、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満を切り捨てた金額に、所得税法６６条１項、２項、措置法４２条の３の２（いずれも、平成２３年６月３０日号外法律第８２号による改正前のもの）に規定する税率（８００万円以下の部分につき１００分の１８，８００万円を超える部分につき１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（イ）控除税額４２万３９２６円（甲３）
（ウ）納付すべき法人税額９３４８万８６００円
所得金額に対する法人税額（上記（ア））から、所得税額の控除税額（上記（イ））を控除した金額の１００円未満を切り捨てた額である。
ウ 過少申告加算税１０４万８０００円
原告が、平成２２年１１月期更正処分により新たに納付することとなった税額１０４８万円（同更正処分により納付すべきとされた９３４７万４５００円（甲５）から、確定申告書記載の納付すべき税額８２９８万７７００円（甲３）を控除して、１万円未満を切り捨てたもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である（国税通則法６５条１項）。
エ 平成２２年１１月期更正処分において納付すべきとされた９３４７万４５００円は、上記納付すべき法人税額（上記イ（ウ））を上回らず、また、同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分の金額は上記過少申告加算税（上記ウ）の額と同額であるから、これらの処分は適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
熊本地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官一木文智
裁判官永田雄一
裁判官寺田悠亮
別紙１
当事者目録
原告
Ｊ株式会社
同代表者代表取締役
丙
同訴訟代理人弁護士
本田悟士
同補佐人税理士
守田潤一郎
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
菊池税務署長
今村英雄
被告指定代理人
堀田佳輝
同
石橋輝明
同
吉岡啓三
同
光洋平
同
染川洋一郎
同
檜垣拓也
同
鈴木譲
同
平野美穂
同
比嘉陽子
同
小林豊和
同
松村昌則
同
竹本英孝
同
亀井勝則
同
鈴木章義
同
鶴田貴志
別紙２
関係法令
１ 受贈益と株式の評価に関して
（１）法人税法２２条２項は、「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。」と規定している。
（２）法人税基本通達９－１－１３は、「上場有価証券等以外の株式につき法第３３条第２項（資産の評価換えによる評価損の損金算入）の規定を適用する場合の当該株式の価額は、次の区分に応じ、次による。（１）売買実例のあるもの・当該事業年度終了の日前６月間において売買の行われたもののうち適正と認められるものの価額、（２）公開途上にある株式（金融商品取引所が内閣総理大臣に対して株式の上場の届出を行うことを明らかにした日から上場の日の前日までのその株式）で、当該株式の上場に際して株式の公募又は売出し（以下９－１－１３において「公募等」という。）が行われるもの（（１）に該当するものを除く。）・金融商品取引所の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額、（３）売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの（（２）に該当するものを除く。）・当該価額に比準して推定した価額、（４）（１）から（３）までに該当しないもの・当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」と規定している。
（３）法人税基本通達９－１－１４は、「法人が、上場有価証券等以外の株式（９－１－１３の（１）及び（２）に該当するものを除く。）について法第３３条第２項（資産の評価換えによる評価損の損金算入）の規定を適用する場合において、事業年度終了の時における当該株式の価額につき昭和３９年４月２５日付直資５６・直審（資）１７「財産評価基本通達」（以下９－１－１４において「財産評価基本通達」という。）の１７８から１８９－７まで（取引相場のない株式の評価）の例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、次によることを条件としてこれを認める。（１）当該株式の価額につき財産評価基本通達１７９の例により算定する場合（同通達１８９－３の（１）において同通達１７９に準じて算定する場合を含む。）において、当該法人が当該株式の発行会社にとって同通達１８８の（２）に定める「中心的な同族株主」に該当するときは、当該発行会社は常に同通達１７８に定める「小会社」に該当するものとしてその例によること。（２）当該株式の発行会社が土地（土地の上に存する権利を含む。）又は金融商品取引所に上場されている有価証券を有しているときは、財産評価基本通達１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、これらの資産については当該事業年度終了の時における価額によること。（３）財産評価基本通達１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、同通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないこと。」と規定している。
（４）財産評価基本通達１７８は、「取引相場のない株式の価額は、評価しようとするその株式の発行会社（以下「評価会社」という。）が次の表（略）の大会社、中会社又は小会社のいずれに該当するかに応じて、それぞれ次項の定めによって評価する。ただし、同族株主以外の株主等が取得した株式又は特定の評価会社の株式の価額は、それぞれ１８８（同族株主以外の株主等が取得した株式）又は１８９（特定の評価会社の株式）の定めによって評価する。（以下省略）」と規定している。
（５）財産評価基本通達１７９は、「前項により区分された大会社、中会社及び小会社の株式の価額は、それぞれ次による。（１）大会社の株式の価額は、類似業種比準価額によって評価する。ただし、納税義務者の選択により、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価することができる。（２）中会社の株式の価額は、次の算式により計算した金額によって評価する。ただし、納税義務者の選択により、算式中の類似業種比準価額を１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって計算することができる。類似業種比準価額×Ｌ＋１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）×（１－Ｌ）上の算式中の「Ｌ」は、評価会社の前項に定める総資産価額（帳簿価額によって計算した金額）及び従業員数又は直前期末以前１年間における取引金額に応じて、それぞれ次に定める割合のうちいずれか大きい方の割合とする。イ総資産価額（帳簿価額によって計算した金額）及び従業員数に応ずる割合（別表１）、ロ直前期末以前１年間における取引金額に応ずる割合（別表２）（３）小会社の株式の価額は、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価する。ただし、納税義務者の選択により、Ｌを０．５０として（２）の算式により計算した金額によって評価することができる。」と規定している。
（６）財産評価基本通達１８０は、「前項の類似業種比準価額は、類似業種の株価並びに１株当たりの配当金額、年利益金額及び純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）を基とし、次の算式によって計算した金額とする。この場合において、評価会社の直前期末における資本金等の額（法人税法第２条（定義）第１７号に規定する資本金等の額をいう。以下同じ。）を直前期末における発行済株式数（自己株式（会社法第１１３条第４項に規定する自己株式をいう。以下同じ。）を有する場合には、当該自己株式の数を控除した株式数。以下同じ。）で除した金額（以下「１株当たりの資本金等の額」という。）が５０円以外の金額であるときは、その計算した金額に、１株当たりの資本金等の額の５０円に対する倍数を乗じて計算した金額とする。
Ａ×｛〔（Ⓑ÷Ｂ）＋（Ⓒ÷Ｃ）×３＋（Ⓓ÷Ｄ）〕÷５｝×０．７
ア 上記算式中の「Ａ」、「Ⓑ」、「Ⓒ」、「Ⓓ」、「Ｂ」、「Ｃ」及び「Ｄ」は、それぞれ次による。「Ａ」＝類似業種の株価、「Ⓑ」＝評価会社の１株当たりの配当金額、「Ⓒ」＝評価会社の１株当たりの利益金額、「Ⓓ」＝評価会社の１株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）、「Ｂ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの配当金額、「Ｃ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの年利益金額、「Ｄ」＝課税時期の属する年の類似業種の１株当たりの純資産価額（帳簿価額によって計算した金額）（注）類似業種比準価額の計算に当たっては、Ⓑ、Ⓒ及びⒹの金額は１８３《評価会社の１株当たりの配当金額等の計算》により１株当たりの資本金等の額を５０円とした場合の金額として計算することに留意する。
イ 上記算式中の「０．７」は、１７８（取引相場のない株式の評価上の区分）に定める中会社の株式を評価する場合には「０．６」、同項に定める小会社の株式を評価する場合には「０．５」とする。」と規定している。
（７）財産評価基本通達１８８は、（２）において、「『中心的な同族株主』とは、課税時期において同族株主の１人並びにその株主の配偶者、直系血族、兄弟姉妹及び１親等の姻族（これらの者の同族関係者である会社のうち、これらの者が有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の２５％以上である会社を含む。）の有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の２５％以上である場合におけるその株主をいう。」と規定している。
２ 減価償却に関して
（１）法人税法２条（定義）２３号は、減価償却資産とは、「建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却をすべきものとして政令で定めるものをいう。」と規定している。
（２）法人税法３１条（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）（平成２２年法律第６号による改正前のもの）は、「内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として第２２条第３項（各事業年度の損金の額に算入する金額）の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額（以下この条において「損金経理額」という。）のうち、その取得をした日及びその種類の区分に応じ政令で定める償却の方法の中からその内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかつた場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額（次項において「償却限度額」という。）に達するまでの金額とする。」と規定している。
（３）法人税法施行令１３条（減価償却資産の範囲）は、「法人税法２条第２３号（減価償却資産の意義）に規定する政令で定める資産は、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち次に掲げるもの（事業の用に供していないもの及び時の経過によりその価値の減少しないものを除く。）とする。」とし、同条２号には、「構築物（ドック、橋、岸壁、桟橋、軌道、貯水池、坑道、煙突その他土地に定着する土木設備又は工作物をいう。）」が掲記されている。
（４）法人税法施行令４８条の２（平成２２年政令第５１号による改正前のもの）第１項は、「平成１９年４月１日以後に取得をされた減価償却資産（第６号に掲げる減価償却資産にあつては、当該減価償却資産についての所有権移転外リース取引に係る契約が平成２０年４月１日以後に締結されたもの）の償却限度額の計算上選定をすることができる法第３１条第１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）に規定する資産の種類に応じた政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする。」とし、同条１項の各号には次のア及びイが規定されている。
ア 同条１項１号は、「建物（第三号及び第六号に掲げるものを除く。）」は、「定額法（当該減価償却資産の取得価額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。以下この目及び第七目（減価償却資産の償却限度額等）において同じ。）」によると規定している。
イ 同条１項２号は、「第１３条第１号（減価償却資産の範囲）に掲げる建物の附属設備及び同条第２号から第７号までに掲げる減価償却資産（次号及び第６号に掲げるものを除く。）」は、「定額法」又は「定率法（当該減価償却資産の取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額（当該計算した金額が償却保証額に満たない場合には、改定取得価額にその償却費がその後毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた改定償却率を乗じて計算した金額）を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。以下この目から第７目までにおいて同じ。）」によると規定している。
（５）法人税法施行令５４条１項（平成２２年政令第５１号による改正前のもの）は、「減価償却資産の第４８条から第５０条まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する取得価額は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める金額とする。」と規定し、同条１項１号には、「購入した減価償却資産」については、「当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税（関税法第２条第１項第４号の２（定義）に規定する附帯税を除く。）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）」と「当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額」の合計額とする旨規定している。
（６）法人税法施行令５６条は、「減価償却資産の第４８条第１項第１号及び第３号並びに第４８条の２第１項第１号から第３号まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する耐用年数、第４８条第１項第１号並びに第４８条の２第１項第１号及び第２号に規定する耐用年数に応じた償却率、同号に規定する耐用年数に応じた改定償却率、同条第５項第１号に規定する耐用年数に応じた保証率並びに第４８条第１項第１号及び第３号並びに第３項に規定する残存価額については、財務省令で定めるところによる。」と規定している。
（７）耐用年数省令１条（平成２３年財務省令第８１号による改正前のもの）は、「法人税法（昭和４０年法律第３４号）第２条第２３号（定義）に規定する減価償却資産（以下「減価償却資産」という。）のうち鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し又は採取する権利を含む。以下同じ。）及び坑道以外のものの耐用年数は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める表に定めるところによる。」とし、同条１項の各号には次のア及びイが規定されている。
ア 同条１項１号は、「法人税法施行令（昭和４０年政令第９７号）第１３条第１号、第２号及び第４号から第７号まで（減価償却資産の範囲）に掲げる資産（坑道を除く。）」は、「別表第１（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表）」を適用すると規定している。
イ 同条１項２号は、「法人税法施行令第１３条第３号に掲げる資産」は、「別表第２（機械及び装置の耐用年数表）」を適用すると規定している。
（８）耐用年数省令２条は、「次の各号に掲げる減価償却資産の耐用年数は、前条第一項の規定にかかわらず、当該各号に掲げる表に定めるところによる。」と規定している。
同条１号は、「汚水処理（汚水、坑水、廃水又は廃液の沈でん、ろ過、中和、生物化学的方法、混合、冷却又は乾燥その他これらに類する方法による処理をいう。）又はばい煙処理（大気汚染防止法（昭和４３年法律第９７号）第２条第１項若しくは第８項（定義等）に規定するばい煙若しくは粉じん又は同法第１７条第１項（特定物質に関する事故時の措置）に規定する特定物質（ばい煙を除く。）の重力沈降、慣性分離、遠心分離、ろ過、洗浄、電気捕集、音波凝集、吸収、中和、吸着又は拡散の方法その他これらに類する方法による処理をいう。）の用に供されている減価償却資産で別表第五（公害防止用減価償却資産の耐用年数表）に掲げるもの」は、耐用年数省令別表第５（公害防止用減価償却資産の耐用年数表）を適用すると規定している。
（９）措置法４２条の６（平成２３年法律第８２号による改正前のもの）第１項は、「第４２条の４第６項に規定する中小企業者又は農業協同組合等で、青色申告書を提出するもの（以下この条において「中小企業者等」という。）が、平成１０年６月１日から平成２４年３月３１日までの期間（括弧内省略）内に、その製作の後事業の用に供されたことがない次の減価償却資産（第１号又は第２号に掲げる減価償却資産にあっては、政令で定める規模のものに限る。以下この条において「特定機械装置等」という。）を取得し、又は特定機械装置等を製作して、これを国内にある当該中小企業者等の営む製造業、建設業その他政令で定める事業の用（第４号に規定する事業を営む法人で政令で定めるもの以外の法人の貸付けの用を除く。以下この条において「指定事業の用」という。）に供した場合には、その指定事業の用に供した日を含む事業年度（解散、合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この条において「供用年度」という。）の当該特定機械装置等の償却限度額は、法人税法第３１条第１項又は第２項の規定にかかわらず、当該特定機械装置等の普通償却限度額と特別償却限度額（当該特定機械装置等の取得価額（括弧内省略）の１００分の３０に相当する金額をいう。）との合計額とする。」とし、同条１項の各号は次のアないしエを規定している。
ア 「一機械及び装置並びに器具及び備品（器具及び備品については、事務理の能率化等に資するものとして財務省令で定めるものに限る。）」
イ 「二ソフトウエア（政令で定めるものに限る。）」
ウ 「三車両及び運搬具（貨物の運送の用に供される自動車で輸送の効率化等に資するものとして財務省令で定めるものに限る。）」
エ 「四政令で定める海上運送業の用に供される船舶」
（10）措置法施行令２７条の６（平成２４年政令１０５号改正前のもの）第３項は、「法第４２条の６第１項に規定する政令で定める規模のものは、機械及び装置にあっては一台又は一基（通常一組又は一式をもつて取引の単位とされるものにあっては一組又は一式とする。以下この項において同じ。）の取得価額（法人税法施行令第５４条第１項各号の規定により計算した取得価額をいう。以下この項において同じ。）が１６０万円以上のものと（中略）する。」と規定している。
（11）耐用年数通達１－３－２（構築物と機械及び装置の区分）は、「次に掲げるもののように生産工程の一部としての機能を有しているものは、構築物に該当せず、機械及び装置に該当するものとする。」として、次のアないしウを規定している。
ア 醸成、焼成等の用に直接使用される貯蔵そう、仕込そう、窯等
イ ガス貯そう、薬品貯そう又は水そう及び油そうのうち、製造工程中にある中間受そう及びこれに準ずる貯そうで、容量、規模等からみて機械及び装置の一部であると認められるもの
ウ 工業薬品、ガス、水又は油の配管施設のうち、製造工程に属するもの
注タンカーから石油精製工場内の貯蔵タンクまで原油を陸揚げするために施設されたパイプライン等は、構築物に該当する。
（12）耐用年数通達２－８－４（その他の小売業用設備）は、「別表第２の『４５その他の小売業用設備』には、機械及び装置で、日本標準産業分類の中分類『６０その他の小売業』の業種用の設備として通常使用しているものが該当することに留意する。」と規定している。
（13）耐用年数通達２－９－４（汚水処理用減価償却資産に該当する機械及び装置）は、「汚水処理用減価償却資産には、例えば、沈でん又は浮上装置、油水分離装置、汚泥処理装置、ろ過装置、濃縮装置、ばっ気装置、洗浄又は冷却装置、中和又は還元装置、燃焼装置、凝縮沈殿装置、生物化学的処理装置、輸送装置、貯留装置等及びこれらに附属する計測用機器、調整用機器、電動機、ポンプ等が含まれる。」と規定している。
別表１財産評価基本通達１７９
イ 総資産価額（帳簿価額によって計算した金額）及び従業員数に応ずる割合卸売業
小売・サービス業
卸売業、小売・サービス
業以外
割合
14億円以上（従業員数が
5 0 人以下の会社を除
く。）
７億円以上（従業員数が
5 0 人以下の会社を除
く。）
７億円以上（従業員数が
5 0 人以下の会社を除
く。）
0.90
７億円以上（従業員数が
3 0 人以下の会社を除
く。）
４億円以上（従業員数が
3 0 人以下の会社を除
く。）
４億円以上（従業員数が
3 0 人以下の会社を除
く。）
0.75
7,000万円以上（従業員
数が５人以下の会社を
除く。）
4,000万円以上（従業員
数が５人以下の会社を
除く。）
5,000万円以上（従業員
数が５人以下の会社を
除く。）
0.60
（注）複数の区分に該当する場合には、上位の区分に該当するものとする。
別表２ロ直前期末以前１年間における取引金額に応ずる割合
卸売業
小売・サービス業
卸売業、小売・サービス
業以外
割合
50億円以上80億円未満
12億円以上20億円未満
14億円以上20億円未満
0.90
25億円以上50億円未満
６億円以上12億円未満
７億円以上14億円未満
0.75
２億円以上25億円未満
6,000万円以上６億円未
満
8,000万円以上７億円未
満
0.60
別紙３原告のＡの株式の取得状況
（単位：円）
譲渡日
譲渡者
役職等
譲受者
株数
取引金額
甲
Ａ代表取締役
9,500,000
乙
甲の妻
3,000,000
丙
Ａ取締役
3,250,000
丁
Ａ取締役
1,000,000
戊
Ａ従業員
1,000,000
Ｂ
Ａ従業員
1,000,000
平成20年7月7日
Ｃ
Ａ監査役
原告
1,000,000
合計
19,750,000
（注）「役職等」欄は、株式の譲渡が行われた日の譲渡者の役職である。
別紙４省略
別紙５本件浸出水処理施設に係る工事の内訳及び当事者の主張等
施工業者
工事の内訳
概要
番号
金額（単位：円）
原告
被告
証拠
浸出水処理施設新築工事
本件処理槽の新築工事費用
①
機械及び装置
構築物
浸出水貯留施設新築工事
本件貯留槽の新築工事費用
②
195,039,049
機械及び装置
構築物
有限会社Ｄ
沈砂池
本件沈砂池の工事費用
③
10,285,713
構築物（争いなし）
乙３２ない
し３５、
３８、３９
浸出水バルブピット土木
工事
本件バルブピットの工事費用
④
1,000,000 機械及び装置
構築物
浸出水流入管工事
本件流入管の工事費用
⑤
2,135,000 機械及び装置
構築物
機械設備工事
⑥
4,150,000
試運転調整費
⑦
30,000
浸出水流入管
等工事
運搬費
本件処理槽において処理が終了した処理
水を焼却炉まで移送する水中型汚水圧送
ポンプの本体、その設置工事及び試運転
等の費用
⑧
85,000
機械及び装置（争いなし）
薬品タンク及び流量計工事
薬品タンク及び流量計の工事費用
⑨
6,800,000 機械及び装置（争いなし）
土木建築工事
機械室及び脱水機室の建屋部分の工事費
用⑩
14,500,000 建物（争いなし）
処理槽金物類工事
本件処理槽の点検用開口、昇降用タラッ
プ、手摺等の取付工事費用
⑪
4,800,000 構築物（本件処理
槽と一体）
機械及び装置
貯留槽金物類工事
本件貯留槽の点検用開口、昇降用タラッ
プ、手摺等の取付工事費用
⑫
4,600,000 構築物（本件貯留
槽と一体）
機械及び装置
貯留槽建屋建具等工事
本件貯留槽のドア、グラスウール張り等
の費用
⑬
1,000,000 構築物（本件貯留
槽と一体）
機械及び装置
共通仮設費
⑭
600,000
運搬費
⑮
600,000
現場管理費
⑯
1,200,000
Ｅ（追加工事）
一般管理費
④ないし⑬の工事の共通費用
⑰
2,500,000
乙４１
Ｆ
設計料、建築確認業務費
本件処理槽、本件貯留槽、機械室及び脱
水機室の設計に係る費用等
⑱
350,000
乙４２、４３
Ｈ
警報装置
汚水処理の各装置の異常を知らしめる警
報装置の工事費用
⑲
123,809 機械及び装置（争いなし）
乙４４
Ｅ（機械設備工事）
管理型最終処分場浸出水処理施設機械
設備工事
本件処理槽及び本件貯留槽に取り付けら
れた機械等の工事費用
⑳
162,000,000 機械及び装置（争いなし）
乙５８
略称は判決本文中のものによる。
別紙６から別紙１０まで省略
別紙１１本件給油設備に係る工事の内訳及び当事者の主張等
工事の内訳
概要
番号
金額（単位：円）
原告
被告
証拠
給油上屋工事
雨よけ用の屋根の設置費用
①
1,015,005
構築物
躯体工事
本件地下タンクを設置するためのコンクリートの底盤、支柱
等工事、タンク設置後の穴の埋戻し工事等の費用
②
1,762,880 機械及び装置
構築物
場内コンクリート工事
③
3,804,710
建築工事
外構工事
本件給油設備のコンクリートによる舗装路面、油溝、集水桝、
油分離槽、Ｕ字溝等の工事費用
④
564,000
機械及び装置
構築物
電気設備工事
本件計量機等ないし高圧洗浄機に付属する設備の工事費用
⑤
928,528 機械及び装置（争いなし）
給排水工事
ポリエチレン管、ビニル管を地下に埋設するための工事費用
等⑥
1,158,967
被告は構築物に該当すると主張する
が、処分行政庁は「機械及び装置」
としている。
高圧洗浄機
高圧洗浄機の取得・工事費用
⑦
480,000 機械及び装置（争いなし）
地下タンク関連工事
本件地下タンクの取得・工事費用
⑧
2,342,500 機械及び装置
構築物
計量器・機器工事
⑨
1,500,000
油配管工事
⑩
515,000
電気設備工事
⑪
416,000
消防申請作成費
⑫
150,000
消火器（収納ＢＯＸ共）・標示
板
本件計量機等、給油のための自家用の機械及び装置の取得・
工事費用
⑬
55,000
機械及び装置（争いなし）
自家用給油設
備新設工事
その他雑費
⑭
171,500 機械及び装置
⑧ないし⑬の額
に応じて按分し
て配賦
遠隔式油圧計
本件計量機等に付属する設備の工事費用
⑮
220,000
機械及び装置（争いなし）
共通仮設費
⑯
270,000
諸経費
⑰
845,910
設計費及び官庁提出
⑱
300,000
値引き
本件給油設備等の取得のための共通費用
⑲
△1300000
甲９の２
追加工事
現地調査・関係各所打ち合わせ調整及び報告書作成手数料
⑳
75,000
機械及び装置（争いなし）
甲９の３
略称は判決本文中のものによる。
別紙１２課税の経緯
（単位：円）
事業
年度
番号
区分
項目
①確定申告
②修正申告
③更正及び過少申
告加算税賦課決定
④異議申立
て
⑤異議決定
⑥審査請求
⑦裁決
⑧被告主張額
⑨原告主張額
年月日
期限内
平21.5. 8
平21.5.26
平24.12.25
平25.2.16
平25.5.16
平25.6.6
全部取消し
平26.6.2
一部取消し
本訴
本訴
確定申告額
436,159,055
436,159,055
436,159,055
436,159,055
436,159,055
436,159,055
436,159,055
修正申告による増加額
3,996,320
3,996,320
3,996,320
3,996,320
3,996,320
3,996,320
株の受贈益計上漏れ
48,673,625
48,673,625
52,322,885
33,115,750
経費過大計上
9,268,396
9,268,396
経費計上漏れ
△10,700,731
△10,521,581
△10,521,581
△10,521,581
所得金額(2～6計)
436,159,055
440,155,375
488,829,000
429,454,644
487,575,815
491,225,075
462,749,544
法人税額
130,207,700
131,406,500
146,008,700
131,406,500
145,632,500
146,727,500
138,184,700
９ 控除税額
1,313,439
1,313,439
1,313,439
1,313,439
1,313,439
1,313,439
1,313,439
10 納付すべき税額
128,894,200
130,093,000
144,695,200
130,093,000
144,319,000
145,414,000
136,871,200
平成
年
月期
11 過少申告加算税
119,000
1,460,000
全部取消し
棄却
1,422,000
1,422,000
677,000
年月日
期限内
平24.12.25
13 確定申告額
283,534,814
283,534,814
14 保険料損金算入額
△6,094,602
15 事業税損金算入額
△4,672,700
16 所得金額(13～15計)
283,534,814
272,767,512
17 法人税額
84,100,200
80,870,100
18 控除税額
715,304
715,304
19 納付すべき税額
83,384,800
80,154,700
平成
年
月期
20 過少申告加算税
年月日
期限内
平24.12.25
平25.2.16
平25.5.16
平25.6.6
全部取消し
平26.6.2
棄却
本訴
本訴
22 確定申告額
281,239,183
281,239,183
281,239,183
281,239,183
281,239,183
281,239,183
23 減価償却超過額（特別償却）
70,974,215
70,974,215
70,974,215
5,209,663
24 減価償却超過額（普通償却）
1,346,553
1,346,553
1,346,553
1,393,484
1,346,553
25 修繕費
△20,000,000
△20,000,000
△20,000,000
△20,000,000
△20,000,000
26 保険料
△2,151,036
△2,151,036
△2,151,036
△2,151,036
△2,151,036
27 保険積立金等
△15,213,545
△15,213,545
△15,213,545
△15,213,545
△15,213,545
28 経費過大計上
8,933,227
8,933,227
29 経費計上漏れ
△8,577,469
△8,411,384
△8,411,384
所得金額(22～29計)
281,239,183
316,195,370
236,643,686
316,717,213
(316,195,370)
316,242,301
281,239,183
(250,952,661)
法人税額
83,411,700
93,898,500
83,411,700
94,055,100
93,912,600
83,411,700
控除税額
423,926
423,926
423,926
423,926
423,926
423,926
納付すべき税額
82,987,700
93,474,500
82,987,700
93,631,100
93,488,600
82,987,700
平成
年
月期
過少申告加算税
1,048,000
全部取消し
棄却
1,048,000
1,048,000
年月日
期限内
平24.12.25
確定申告額
160,710,829
160,710,829
減価償却費認容
△8,347,925
その他
△5,444,311
所得金額(36～38計)
160,710,829
146,918,593
法人税額
47,253,000
43,115,400
控除税額
193,984
193,984
納付すべき税額
47,059,000
42,921,400
平成
年
月期
過少申告加算税
（注）⑦30欄の括弧書きは、更正金額を表す。
⑨30欄の括弧書きは、原告が本来の所得金額であると主張する額を表す。
別紙１３省略
別紙１４本件浸出水処理施設に係る資産の分類及び額
構築物
施工業者
工事の内訳
概要
番
号金額（単位：円）機械及び装置
本件処理槽及
び本件貯留槽
その他
建物
浸出水処理施設新築工事
本件処理槽の新築工事費用
①
有限会社Ｄ
浸出水貯留施設新築工事
本件貯留槽の新築工事費用
②
195,039,049
195,039,049
浸出水バルブピット土木
工事
本件バルブピットの工事費用
③
1,000,000
1,000,000
浸出水流入管工事
本件流入管の工事費用
④
2,135,000
2,135,000
機械設備工事
⑤
4,150,000
4,150,000
試運転調整費
⑥
30,000
30,000
浸出水流入管
等工事
運搬費
本件処理槽において処理が終了した処理
水を焼却炉まで移送する水中型汚水圧送
ポンプの本体、その設置工事及び試運転
等の費用
⑦
85,000
85,000
薬品タンク及び流量計工事
薬品タンク及び流量計の工事費用
⑧
6,800,000
6,800,000
土木建築工事
機械室及び脱水機室の建屋部分の工事費
用⑨
14,500,000
14,500,000
処理槽金物類工事
本件処理槽の点検用開口、昇降用タラッ
プ、手摺等の取付工事費用
⑩
4,800,000
4,800,000
貯留槽金物類工事
本件貯留槽の点検用開口、昇降用タラッ
プ、手摺等の取付工事費用
⑪
4,600,000
4,600,000
貯留槽建屋建具等工事
本件貯留槽のドア、グラスウール張り等
の費用
⑫
1,000,000
1,000,000
仮計（③ないし⑫の合計額）
39,100,000
11,065,000
10,400,000
3,135,000
14,500,000
共通仮設費
⑬
600,000
169,796
159,591
48,107
222,506
運搬費
⑭
600,000
169,796
159,591
48,107
222,506
現場管理費
⑮
1,200,000
339,591
319,181
96,215
445,013
Ｅ（追加工事）
一般管理費
③ないし⑫の工事の共通費用（③ないし
⑫の合計額の割合に応じて配賦）
⑯
2,500,000
707,481
664,961
200,448
927,110
Ｆ
設計料、建築確認業務費
本件処理槽、本件貯留槽、機械室及び脱
水機室の設計に係る費用等（①ないし⑯
の合計額のうち、本件処理槽及び本件貯
留槽の取得に係る額と、機械室及び脱水
機室に係る額の割合に応じて配賦）
⑰
350,000
324,397
25,603
Ｈ
警報設備工事
汚水処理の各装置の異常を知らしめる警
報装置の工事費用
⑱
123,809
123,809
合計（①～⑱）
239,512,858
12,575,473
210,594,647
16,342,738
略称は判決本文中のものによる。
別紙１５本件給油設備等に係る資産の分類及び額
工事の内訳
概要
番
号金額（単位：円）
機械及び装置
構築物（15年）
構築物（45年）
給油上屋工事
雨よけ用の屋根の設置費用
①
1,015,005
1,015,005
躯体工事
本件地下タンクを設置するためのコンクリートの底盤、支
柱等工事、タンク設置後の穴の埋戻し工事等の費用
②
1,762,880
1,762,880
場内コンクリート工事
③
3,804,710
3,804,710
建築工事
外構工事
本件給油設備のコンクリートによる舗装路面、油溝、集水
桝、油分離槽、Ｕ字溝等の工事費用
④
564,000
564,000
電気設備工事
本件計量機等ないし高圧洗浄機に付属する設備の工事費
用⑤
928,528
928,528
給排水工事
ポリエチレン管、ビニル管を地下に埋設するための工事費
用等
⑥
1,158,967
1,158,967
高圧洗浄機
高圧洗浄機の取得・工事費用
⑦
480,000
480,000
地下タンク関連工事
本件地下タンクの取得・工事費用
⑧
2,342,500
2,342,500
計量器・機器工事
⑨
1,500,000
1,500,000
油配管工事
⑩
515,000
515,000
電気設備工事
⑪
416,000
416,000
消防申請作成費
⑫
150,000
150,000
消化器（収納ＢＯＸ共）・表示
板
本件計量機等、給油のための自家用の機械及び装置の取
得・工事費用
⑬
55,000
55,000
自家用給油設
備新設工事
その他雑費
⑧ないし⑬の共通費用であるから、⑧の額（構築物）と⑨
ないし⑬の合計額（機械及び装置）の割合により按分して
配賦する。
⑭
171,500
90,805
80,695
遠隔式油圧計
本件計量機等に付属する設備の工事費用
⑮
220,000
220,000
仮計（①ないし⑮の合計額）
15,084,090
5,514,300
8,554,785
1,015,005
共通仮設費
⑯
270,000
98,704
153,128
18,168
諸経費
⑰
845,910
309,240
479,749
56,921
設計費及び官庁提出
⑱
300,000
109,671
170,142
20,187
値引き
本件給油設備等の取得のための共通費用であるから、資産
区分ごとの①ないし⑮の合計額の割合により按分して配
賦する。
⑲
1,300,000
475,242
737,281
87,477
追加工事
現地調査・関係各所打ち合わせ調整及び報告書作成手数
料⑳
75,000
75,000
合計（①ないし⑱及び⑳の合計から⑲を控除した額）
15,275,000
5,631,673
8,620,523
1,022,804
略称は判決本文中のものによる。
別紙１６の１から別紙１６の３まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12903.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。