税務訴訟資料第２６６号－１６０（順号１２９３８）
佐賀地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（佐賀税務署長）
平成２８年１１月２９日棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
本多俊之
甲木美知子
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
佐賀税務署長長井勝己
同指定代理人
別紙指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 佐賀税務署長が平成２４年３月１４日付けでした原告の平成２０年分の所得税の更正処分のうち総所得金額２５２３万６２２６円、納付すべき税額５０５万２８００円を超える部分及び同日付け過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 佐賀税務署長が平成２４年３月１４日付けでした原告の平成２１年分の所得税の更正処分のうち総所得金額２６６４万０３９０円、納付すべき税額６０８万７５００円を超える部分及び同日付け過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 佐賀税務署長が平成２４年３月１４日付けでした原告の平成２２年分の所得税の更正処分のうち総所得金額３１６４万６３８９円、納付すべき税額８１１万９８００円を超える部分及び同日付け過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、被告が、同族会社から土地建物を賃借して診療所を開設している原告が行った平成２０年分から平成２２年分まで（以下「本件各年分」という。）の各所得税の青色確定申告について、原告が支払った賃料は著しく高額であって「所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められる」（所得税法１５７条１項）旨主張して、原告に対し、本件各年分の賃料のうち過大な部分の必要経費算入を否認するなどして事業所得の金額を計算の上、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたところ、原告が、これらの処分は違法であるとして、その取消しを求めた事案である。
２ 前提事実（争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定できる事実）
（１）当事者等
ア 原告は、平成１１年１月から、Ａの名称で、内科等の医業を営むものである。
イ 有限会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）は、同年６月●日に設立された特例有限会社であり、原告の妻である乙が代表取締役を務め、不動産の賃貸等を業としている。
Ｂは、課税対象期間である平成２０年１月１日から平成２２年１２月３１日までの期間において、原告、原告の妻、原告の子２名の合計４名がその発行済株式の総数６０株全てを有する同族会社（法人税法２条１０号、同法施行令４条１項）である。（乙２の１～３）
（２）不動産の取得等
原告は、平成１０年５月●日、有限会社Ｃとともに、佐賀市●●番の土地（６１４．８４平方メートル）を競売手続によって取得し（原告の持分割合は、１８６分の５０）、同年７月２８日、共有物分割により、同土地の一部１６５．２９平方メートル（翌２９日の分筆手続により、同所●●の土地となる。南北約２７．０メートル、東西約６．１メートルの細長い形状をしており、北側で歩道を挟んで市道と接している。以下「本件土地」という。）を単独所有するに至り、その後、平成１１年１月６日、本件土地上に建物（種類：診療所、構造：木造スレート葺２階建、公簿上の床面積：１階６６．５３平方メートル、２階３５．０１平方メートル。以下、「本件診療所」といい、本件土地と併せて「本件各不動産」という。）を新築し、Ａを開設したが、同年７月１日、設立後間もないＢに対し、本件各不動産を代金４９００万円（本件土地につき２９１０万円、本件診療所につき１９９０万円）で売却した。なお、本件土地には、北側歩道に接して、アスファルトで舗装され、自動車が４台駐車可能な駐車スペース（南北９メートル余、東西約６．１メートル。以下「本件駐車場」という。）があるが、本件駐車場には屋根等の構造物は設置されていない。（甲８ないし１１、２５、乙１、原告本人）
（３）不動産賃貸借契約の締結
ア 原告は、上記同日、Ｂから、本件各不動産を賃料月額６０万円で賃借し（以下「本件賃貸借契約」という。乙１２）、同所において診療所経営を継続した。
イ その後、本件賃貸借契約における本件各不動産の賃料の金額は、順次増額され、遅くとも平成２０年１月分以降は月額１００万円となっており、平成２０年５月以降は月額１０５万円に変更された。
原告は、Ｂに対し、本件賃貸借契約に基づき、本件各不動産の平成２０年分の賃料の金額として合計１２４０万円、平成２１年分の賃料の金額として合計１２６０万円及び平成２２年分の賃料の金額として合計１２６０万円（以下、本件各年分の賃料を「本件各賃料」という。）をそれぞれ支払った。
ウ なお、本件土地及び本件診療所の固定資産評価額は、それぞれ、平成２０年度は１１６８万２８６２円及び４０４万１４８５円、平成２１年度は１１５６万２２００円及び３４８万１５７９円、平成２２年度は１０８７万９８８３円及び３４８万１５７９円であった。また、本件土地の路線価は、平成２０年度は１２５６万２０４０円、平成２１年度は１２２３万１４６０円、平成２２年度は１１５７万０３００円（いずれも、借地権割合は４０パーセント）とされていた。（乙２３ないし２５、弁論の全趣旨）
（４）課税の経過等
ア 確定申告
原告は、本件各年分の所得税の確定申告において、各年度に支払った本件各賃料の全額を事業所得の金額の計算上必要経費に算入した上で、別表１の「確定申告」欄記載のとおりの内容を記載した確定申告書をそれぞれ法定申告期限内に処分行政庁に提出した。（乙３の１～３）
イ 税務調査
原告の本件各年分に係る所得税の調査（以下、「本件税務調査」といい、その担当者らを「本件調査担当者」という。）の結果、①仕入金額の過大計上（賃料の過大計上）、②接待交際費の過大計上（Ｄへの募金額の必要経費算入）、③雑所得の計上誤り（非取引所取引による外国為替証拠金取引に係る所得金額の分離課税処理）の各事実が判明した。
ウ 修正申告
本件調査担当者が、原告に対し、本件税務調査の結果に基づき、本件各賃料が同地域に在る類似の不動産の賃料に比して著しく高額であると認めて、所得税法１５７条１項に基づき過大な部分の必要経費算入を否認して本件各年分の事業所得の金額を計算の上、修正申告のしょうようを行ったところ、原告は、平成２４年１月１７日、平成２１年分及び平成２２年分の所得税について、上記イの②及び③の誤りを是正し別表１の「修正申告」欄記載のとおりの内容の修正申告書をそれぞれ処分行政庁に提出した。（乙４の１・２）
エ 更正処分等
佐賀税務署長は、平成２４年３月１４日付けで、原告に対し、本件税務調査の結果に基づき、平成２０年分については、上記イの①ないし③の誤りを是正する内容の、平成２１年分及び平成２２年分については、上記イの①の誤りを是正する内容の別表１の「更正処分等」欄記載の更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び本件各年分についての過少申告加算税の賦課決定処分（以下、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を行い、本件各年分の「所得税の更正・加算税の賦課決定通知書」（以下「本件各更正等通知書」という。）を送付した。（甲１ないし３）
オ 異議申立て及び異議決定
原告は、平成２４年５月１０日、佐賀税務署長に対し、本件各更正処分等を不服として、異議申立てを行った。
異議審理庁である佐賀税務署長は、平成２４年８月７日付けで、原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。（甲７）
カ 審査請求及び裁決
原告は、平成２４年９月４日、福岡国税不服審判所長に対し、審査請求を行った。
同所長は、平成２５年１１月１８日付けで、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした。
（甲４、１３、１４）
キ 訴えの提起
原告は、平成２６年５月２０日、本件各更正処分等の取消しを求め、本件訴えを提起した。
３ 争点
（１）本件賃貸借契約に基づく本件各賃料の支払が「所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められる」（所得税法１５７条１項）か否か。
ア 本件各不動産の適正賃料を算出する際の類似物件選定の基準が合理的か否か（争点①）
イ 上記選定基準に基づき類似物件を抽出し、適正賃料を算出した過程が合理的か否か（争点②）
（２）本件各更正等通知書の理由附記に不備があるか否か（争点③）
４ 争点に関する当事者の主張
（１）本件各不動産の適正賃料を算出する際の類似物件選定の基準が合理的か否か（争点①）について
（被告の主張）
ア 所得税法１５７条１項の規定は、同族関係者が現実に行った具体的行為が、通常の経済人の行為としては経済的合理性を有していないと認められる場合に適用することができる。
イ 本件各更正処分を行う際には、原告の行為が経済的合理性を有する行為か否かを判断するため、本件診療所及び本件駐車場と立地条件、用途、規模等の状況が類似する物件を選定した上で、通常人が支払うであろう適正な賃料金額を算出し、これと本件各賃料を比較する方法を採用した。
そして、被告は、本件訴え提起後に改めて福岡国税局長の指示（以下「本件指示」という。）に基づき、本件各不動産の適正賃料を算出したところ、これらの算出過程における本件診療所及び本件駐車場の各類似物件の選定基準（具体的には別表２及び３記載のとおりである。）は、いずれも地域的要因及び利用状況を考慮し、かつ、類似物件の個性を消去するに足りる合理的な基準である。
（原告の主張）
ア 本件診療所は、その用途が診療所に限定されており、医療行為の動線を確保し、患者の快適性やプライバシーを確保するため、他業種とは異なる間取りが採用されている。また、診療所は、医療法２５条１項所定の立入検査の対象となるため、検査基準や構造設備基準等の多岐にわたる検査項目をクリアするために相応の設備が不可欠となる。したがって、診療所については賃料が高額化する傾向にあり、本件診療所の類似物件を選定するに当たっては、用途の類似性を考慮し、医業用の建物であること（具体的には、診療所であること）を選定基準とすべきであったところ、別表２の選定基準ではこの点を十分に考慮していない。
イ また、原告は本件各不動産を土地建物賃貸借契約（乙１２）に基づいて借り受けており、建物賃貸借契約に基づいて建物を借り受ける場合の賃料より土地建物賃貸借契約に基づいて建物を借り受ける場合の賃料の方が当然割高になることからすれば、類似物件の選定基準においては、建物のみならず、土地についても固定資産評価額の０．５倍以上２倍以下であるという基準（以下「評価額倍半基準」という。）を設けるべきであるところ、別表２の選定基準では、かかる基準が設けられていない。
ウ さらに、適正賃料を算出するにあたっては、不動産所有者（賃貸人）が当該不動産の入手に要した借入金についての返済のありよう（どれだけの借入金につきいつまでに返済するか、毎月いくら返済するか）なども類似物件の選定基準とされるべきである。
加えて、不動産賃貸の場合は、固定資産税等の公租公課や減価償却費、修繕費等の諸経費を負担しなければならないことから、諸経費に見合った賃料が定められるのが通例であるところ、別表２及び３の選定基準は、諸経費の類似性について一切考慮されていない。
エ 以上のとおり、本件各不動産の適正賃料を算出する際の類似物件選定の基準は、明らかに合理性を欠いている。
（２）上記選定基準に基づき類似物件を抽出し、適正賃料を算出した過程が合理的か否か（争点②）
（被告の主張）
ア 類似物件の選定基準が合理的かつ適正なものであり、恣意の介在が認められないものであれば、適正賃料というべきであり、抽出された物件数が少ないことのみを理由に恣意性が排除されていないとはいえない。
イ 原告の調査は合理的な根拠に基づかないもので信用性はなく、抽出結果の合理性に何ら影響しない。
（原告の主張）
ア 本件指示による選定基準により抽出された本件各不動産の類似物件は２、３件にとどまり、この類似物件を元に適正賃料が算出されている。このように、極端に少ないサンプルで確定された税額は、類似物件の個性を消去するに足りるほどの物件数とはいえず、恣意性の排除という要請を満たすことができないことから、適正賃料や処分時における客観的な税額の基礎にはなり得ない。
イ 本件指示における物件の抽出過程について、原告が被告主張の選定基準を満たす物件を独自に調査したところ、被告主張の選定結果よりも相当少数であり、被告主張の類似物件は恣意的に選ばれたか存在しない可能性があるから、被告の調査は信用性がない。ウ（ア）原告は、本件賃貸借契約に基づき、本件診療所及び本件駐車場のみならず、庭もあるポーチやテラスなどの余剰スペースも賃借している。適正賃料の算出にあたり計算の基礎とされた本件診療所の延床面積はあくまで公簿上の延床面積であり、上記の余剰スペースを考慮していないのは合理性を欠く。
（イ）また、本件診療所２階の公簿上の延床面積は、実測値と異なる。
（３）本件各更正等通知書の理由附記に不備があるか否か（争点③）
（被告の主張）
ア 法が、青色申告書に係る更正をする場合に理由の附記を求めたのは、課税庁の判断の慎重・合理性を担保して、その恣意を抑制し、また処分理由を相手方に知らせて不服の申立てに便宜を与えるためであるが、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合には、その更正は、納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正の根拠を更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である。
本件では、帳簿書類の記載を否認するものではないところ、本件各更正等通知書においては、①本件診療所及び本件駐車場に類似する物件の選定過程に加え、②本件各賃料が、上記①を基に算出した適正賃料に比べて著しく高額であること、③本件各賃料を必要経費に算入することによって、原告の所得税の負担を不当に減少させる結果となっていること及び④本件各賃料と適正賃料との差額については、原告の事業所得の計算上必要経費に算入できないものであることが具体的に記載されている。
したがって、本件各更正等通知書は、更正処分庁の評価判断に至った過程について具体的に明示しており、これにより更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の目的を充足するものであることは明らかであるから、所得税法１５５条２項による理由附記の要件を十分に満たす。
イ なお、処分行政庁が、本件各不動産に類似する物件の所在地や延床面積を具体的に明らかにすると、第三者たるこれらの物件所有者の収入状況等を明らかにすることになり、税務職員の負う守秘義務に抵触するとともに、今後は資料提出の協力が得られなくなるなどして、税務行政の遂行が阻害されるおそれもあり、余りにも弊害が大きいから、これらを明らかにしないとしても何ら違法ではない。
（原告の主張）
本件各更正処分等において、具体的に類似物件として選定された物件が選定基準に適合しているのか、そもそも存在しているのかは、その物件の所在地に行ってその用途の類似性、諸経費や負担金の類似性を確認しなければ判断できない。そして、その所在地と延床面積の情報がなければ、その確認すら困難である。したがって、類似物件の所在地、延床面積の記載がなければ、税務署長の判断の慎重・合理性を担保してその恣意を抑制することができず、不服申立ての便宜も与えられないから、理由附記の違法がある。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件各賃料の支払が「所得税の負担を不当に減少させる結果となると認められる」（所得税法１５７条１項）か否かについて（争点①及び②）
（１）ア所得税法１５７条１項の趣旨は、同族会社が少数の株主ないし社員によって支配されているため、当該会社又はその関係者の税負担を不当に減少させるような行為や計算が行われやすいことに鑑み、同族会社と同族関係者との間の取引行為等によって、同族関係者の所得税の負担が一般納税者の同負担より減少して、税負担の不公平を生じさせる結果となると認められるときに、その同族会社の行為等を否認し、それを一般納税者である通常人が行うであろう経済的合理性に則った通常の行為等に引き直して計算して、同族関係者の所得税に係る更正又は決定を行う権限を税務署長に認めることで、税負担の公平を維持する点にある。
イ このような趣旨に照らすと、同族関係者が、同族会社の所有する不動産を賃借した際の賃料について、所得税法１５７条１項を適用すべきか否かを判断し、また、適用すべきと判断した場合における適正な賃料を計算するためには、同一又は類似の用途に供されている不動産を賃借している者が、互いに同族会社とその同族関係者という特殊な関係にない者に対して支払う通常の賃料を比準する方法によって、通常人が支払う標準的な賃料の金額を算出し、これと実際に同族関係者が同族会社に対して支払った賃料を比較検討することが合理的である。
また、このような類似物件を抽出して比準する方法は、一般的に行われている方法であるから、その類似（比準）物件の選定基準が合理的なものであり、恣意の介在が認められないものであれば、これらの１平方メートル当たりの平均賃料に、対象不動産の面積を乗じた賃料が当該不動産の適正賃料であるということができる。
（２）そこで、被告が主張する適正賃料についてみると、前提事実並びに各項末尾掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 本件各更正処分が算出した本件各不動産の適正賃料
（ア）本件診療所の適正賃料額の算出について
ａ 選定基準
本件各更正処分では、別表２のとおり、①本件診療所の所在地を中心とした半径５００メートル内の地域に所在すること、②事業用物件であること、③一戸建てであること、④自己使用物件ではないこと、⑤延床面積が本件診療所の０．５倍以上２倍以内の範囲にあること（以下「床面積倍半基準」という。）、⑥又貸し・無償貸付けではないこと、⑦賃貸人と賃借人のいずれか一方がもう一方の同族会社となっていない物件であること、⑧賃貸人と賃借人の関係が親族でないこと、⑨賃貸人又は賃借人のいずれか一方が青色申告書を提出している物件であることが本件各不動産の類似物件の選定基準とされた。（乙１１、３２）
ｂ 具体的抽出過程
本件では、以下の手順で類似物件を抽出し、それを基に本件診療所の適正賃料額を算出したことが認められる。（乙１１、３７）
（ａ）１次選定
①平成２１年版のブルーマップを利用し、本件診療所の所在地を中心とした半径約５００メートルの円を描いて抽出範囲を設定し、円内の地域から、佐賀税務署で保有する情報、確定申告書及び添付書類並びに税務調査資料等（以下「税務署保有資料」という。）を基に、②事業用として使用されている③一戸建ての物件を抽出した。ただし、この段階では、②事業用物件の基準については、十分に選別できておらず、工場や、事業用として使用されているかどうかの判断ができなかった物件も含まれている。かかる選定作業の結果、１８７件の物件が抽出された。
（ｂ）２次選定
１次選定で抽出された物件の中から、税務署保有資料を基に、上記選定基準④（非自己使用）、同⑤（床面積倍半基準）及び同⑥（非又貸し・無償貸付け）に該当する物件を抽出した上、一部につき本件調査担当者による現地調査を実施した。これにより明らかに比較対象とすべきでないことがこの段階で判明した物件や調査の続行が不可能と判断した物件も除外した結果、５３件の物件が抽出された。なお、この段階において、１次選定で抽出されていた工場４物件は、いずれも、④自己使用物件であるとの理由で除外された。
（ｃ）３次選定
２次選定で抽出された物件の中から、税務署保有資料を基に、上記選定基準⑦（非同族会社）及び同⑧（非親族）に該当する物件を抽出した上、本件調査担当者による再度の現地調査により、２次選定の抽出の際には判明しなかったものの、この段階で明らかに比較対象とすべきでないと判明した物件や調査の続行が不可能と判断された物件が除外された。この作業の結果、１２件の物件が抽出された。
（ｄ）最終選定
３次選定で抽出された物件の中から、税務署保有資料を基に、上記選定基準⑨（青色申告）に該当しない物件を除外した。また、２次選定及び３次選定の際には判明しなかったものの、この段階で、その他明らかに比較対象とすべきでないことが判明した物件を除外した。この作業の結果、別表４ないし６のとおり平成２０年分及び平成２１年分はそれぞれ８件、平成２２年分は７件の類似物件が抽出された。なお、平成２０年分と平成２１年分は同一の８物件であり、平成２２年分の７物件は、いずれも平成２０年分及び平成２１年分の８物件に含まれていた。また、平成２２年分について、平成２０年分及び平成２１年分より物件が１件減少した理由は、その１物件の賃貸借契約が終了したためであった。
ｃ 賃料
（ａ）上記過程を経て抽出された類似物件の１平方メートル当たりの平均月額賃料は、平成２０年分が１９１０円（円未満の端数につき切り上げ。以下同じ。）、平成２１年分が１９１９円、平成２２年分が１９８０円となった。（別表４ないし６参照。甲１ないし３）
（ｂ）当該平均月額賃料により算定した本件診療所の通常取引における年間の賃借料は、本件診療所の延床面積１０１．５４平方メートルに各年分の平均月額賃料と賃借月数を乗じた金額となる。具体的には、平成２０年分が２３２万７３０４円、平成２１年分が２３３万８２７２円、平成２２年分が２４１万２６００円となった。（甲１ないし３。なお、上記（ａ）の１平方メートル当たりの平均月額賃料は、円未満の端数につき切り上げた結果が記載されているところ、上記の本件診療所の適正賃料額の算出に当たっては、これを円未満の端数につき切り上げる前の数値で計算されている。）
（イ）本件駐車場の適正賃料額の算出について
ａ 選定基準
本件各更正処分では、別表３記載のとおり、①本件駐車場の所在地を中心とした半径２００メートル内の地域に所在すること、②月極駐車場であること、③屋根等の構造物がない物件であることを類似物件の選定基準とされた。（乙１１）
ｂ 具体的選定過程
①平成２４年２月１５日時点での最新版のゼンリン住宅地図に、本件各不動産を中心とした半径約２００メートルの円を描き、抽出範囲を特定した上、②同地図上に月極駐車場と表記された物件を機械的に抽出し、その後、本件調査担当者が上記抽出物件について現地調査を行い、③屋根等の構造物がない駐車場を目視等で確認した上で、別表７ないし９記載のとおり１１件を抽出した。なお、抽出された駐車場の賃料は、貸主本人又は当該物件の管理をしている不動産業者等からの聴取等の方法で確認された。（乙１１）
ｃ 賃料
（ａ）上記過程を経て抽出された本件駐車場類似物件の１台当たりの平均月額駐車場料金は、平成２０年から平成２２年分までいずれも８４８２円となった。（甲１～３）
（ｂ）当該平均月額駐車場料金により算定した本件駐車場の通常取引における年間の賃借料は、本件駐車場の駐車スペース（４台）に各年分の平均月額駐車場料金と賃借月数（１２月）を乗じた金額となる。具体的には、平成２０年から平成２２年分までいずれも４０万７１３６円となった。
（ウ）賃料
以上より、本件各更正処分において被告が算出した本件各不動産の適正賃料は、上記（ア）及び（イ）により算出された本件診療所及び本件駐車場の適正賃料の合計額となり、具体的には、平成２０年分が２７３万４４４０円、平成２１年分が２７４万５４０８円、平成２２年分が２８１万９７３６円となった。
イ 本件指示による本件各不動産賃料の再検討の結果
福岡国税局長は、本件訴訟係属後の平成２６年７月７日、通達により、原告の納税地であり、かつ、本件各不動産の所在地でもある佐賀市を所轄する佐賀税務署長に対し、対象年を本件各年分として、次の選定条件に該当する不動産賃料について報告を求めたところ、佐賀税務署長は、同年８月７日付けで、これに関する報告をした。（乙６、７、２７、証人丙、弁論の全趣旨）
（ア）本件診療所の適正賃料額の算出について
ａ 選定基準
本件指示では、①本件診療所の所在地を中心とした半径５００メートル内の地域に所在すること、②事業用の建物であること（工場、倉庫及び居住用を除く。）、③一戸建てであること（２以上に区分して賃貸している物件を除く。）、④自己使用物件ではないこと、⑤延床面積が本件診療所の０．５倍以上２倍以内の範囲にあること（床面積倍半基準）、⑥又貸し・無償貸付けでないこと、⑦賃貸人と賃借人のいずれか一方がもう一方の同族会社となっていないこと、⑧賃貸人と賃借人の関係が親族でないこと、⑨１平方メートル当たりの固定資産税評価額が本件診療所の０．５倍以上２倍以内の範囲にあること（評価額倍半基準）が本件診療所の類似物件の選定基準とされた。
なお、本件診療所の１平方メートル当たりの固定資産評価額は、平成２０年度分は３万９８０２円、平成２１年度分及び平成２２年度分は３万４２８８円であった（前記前提事実（３）ウ参照）。
ｂ 具体的選定過程
佐賀税務署職員は、本件指示の選定基準に従い、以下の手順で類似物件を抽出し、それを基に本件診療所の適正賃料額を算出したことが認められる。（乙３３、３８）
（ａ）１次選定
平成２１年版のブルーマップを利用して、①本件診療所の所在地を中心とした半径５００メートルの円を描いて抽出範囲を設定し、円内の地域から、ブルーマップの表記内容を基に、②事業用として使用されており、③１事業者が使用していることから一戸建ての建物と思われる物件を抽出したが、本件診療所との比較対照が困難な大規模物件や、複数事業者が区分使用していて一戸建てとの評価が困難であるものは除外した。
さらに、税務署保有資料等を基にして、②事業用の建物ではないことが判明した物件、③一戸建てではないことが判明した物件のほか、調査続行が不可能であると判断された物件等を除外したところ、平成２０年分及び平成２１年分については１４９件、平成２２年分については１４８件の物件が抽出された。
（ｂ）２次選定
１次選定で抽出された物件の中から、原処分調査や異議調査で収集した情報を含めた税務署保有資料等を基に、本件指示による上記選定基準④（非自己使用）、同⑤（床面積倍半基準）、同⑥（非又貸し・無償貸付け）、同⑦（非同族会社）及び同⑧（非親族）に該当する物件を抽出した結果、平成２０年分及び平成２１年分については１２件、平成２２年分については１１件の物件が抽出された。
（ｃ）３次選定
２次選定で抽出された物件の中から、本件指示による上記選定基準⑨（評価額倍半基準）に該当する物件を抽出した結果、別表４ないし６記載のとおり平成２０年分については３件、平成２１年分及び平成２２年分については２件の本件診療所の類似物件が抽出された。
（ｄ）なお、３次選定で抽出された類似物件については、佐賀税務署職員が本件指示による選定基準を満たしているかどうかに関する現地調査を行い、いずれも同基準を満たしていることを確認した。
ｃ 賃料
（ａ）本件指示により抽出された類似物件の１平方メートル当たりの平均月額賃料は、平成２０年分が１６０７円、平成２１年分及び平成２２年分が１６１３円となった。
（ｂ）当該平均月額賃料により算定した本件診療所の通常取引における年間の賃借料は、平成２０年分が１９５万８１００円、平成２１年分及び平成２２年分が１９６万５４０８円となった（なお、この算出に当たっては、類似物件の１平方メートル当たりの平均月額賃料について円未満の端数を処理する前の数値で計算されたものと思われる。）。
（イ）本件駐車場の適正賃料額の算出について
ａ 選定基準
本件指示では、①本件駐車場を中心とする同一地域内（半径２００メートル以内）に所在すること、②月極駐車場であること（時間貸しのコインパーキング等を除く。）、③屋根等の構造物がないことが本件駐車場の類似物件の選定基準とされた。
ｂ 具体的選定過程
（ａ）１次選定
①平成２０年ないし平成２２年に発刊されたブルーマップに、本件駐車場を中心とした半径２００メートルの円を描き、抽出範囲を特定した上、ブルーマップの記載上、駐車場として利用されているものと判断される物件を抽出したが、税務署保有資料をもってしても判断が困難な物件が多数存在したため、全てについて現地調査を行い、その結果、５６件の駐車場を抽出した。（なお、証人丙は、この段階では現地調査を実施していない旨供述したが、同人の陳述書〔乙２７〕の方がより早い時期に作成されており、より記憶が鮮明であると推認されること、同作成段階では、資料等に基づく確認が行われているものと推認されること、実際に現地調査を担当したのは他の職員であるから、記憶に齟齬を来しやすいと思われることから、上記陳述書の方が信用性が高いものと判断した。）
（ｂ）２次選定
１次選定で抽出された物件につき、上記現地調査の結果等から②月極駐車場でないと判明した物件（時間貸し等）及び③屋根等の構造物があると判明した物件を除外したところ、２６件の物件が抽出された。
ただし、これらのうち、賃料の確認が困難であった物件が２件、平成２０年当時駐車場として利用されていなかった物件が２件あったことから、別表７ないし９記載のとおり、平成２０年分については２２件、平成２１年分及び平成２２年分については２４件の物件が抽出された。
（ｃ）なお、２次選定で抽出された本件駐車場の類似物件については、佐賀税務署職員が本件指示による選定基準を満たしているかにつき再度現地調査（所有者や不動産管理会社に対する聞き取り調査を含む。）を行い、いずれも同基準を満たしていることを確認した。
ｃ 賃料
（ａ）本件指示により抽出された類似駐車場の１台当たりの平均月額駐車場料金は、平成２０年分が７３８４円、平成２１年分及び平成２２年分がいずれも７３３８円となった（なお、上記の結果は、乙７の別紙記載の各類似選定物件の「１台当たりの月額駐車場賃借料」の平均値を、円未満の端数につき四捨五入した結果であると思われる。）。
（ｂ）当該平均月額駐車場料金により算定した本件駐車場の通常取引における年間の賃借料は、平成２０年分が３５万４４３２円、平成２１年分及び平成２２年分がいずれも３５万２２２４円となった。
（ウ）賃料
以上より、本件指示により算出した本件各不動産の適正賃料は、上記（ア）及び（イ）により算出された本件診療所及び本件駐車場の適正賃料の合計額となり、具体的には、平成２０年分が２３１万２５３２円、平成２１年分及び平成２２年分が２３１万７６３２円となった。
（３）判断
ア 不動産取引において、新規家賃の鑑定評価を行う場合における賃貸事例の選定条件は、㋐事情補正がない又は補正可能な事例であること、㋑賃貸条件（駐車場代・共益費を含むか否か、定期借家か否かなど）が類似していること、㋒地域要因（駅距離や商況等）が類似していること、㋓一棟の建物要因（築年、構造、用途、品等、共用設備等）が類似していること、㋔建物の個別的要因（賃貸部分の規模、室内設備、維持管理等）が類似していることの５つが挙げられる（乙２８）。
これを前提に、本件指示において示された本件診療所の類似物件の選定基準について検討するに、基準①（半径５００メートル以内）は㋒場所的類似性が高く地域要因が類似していること、同②（事業用）及び同③（一戸建て）は㋓構造・用途が類似していること、同⑤（床面積倍半基準）及び同⑨（評価額倍半基準）は㋓規模や建築費・築年数が類似していることにそれぞれ当たり、また、同④（非自己使用物件）・同⑥（非又貸し・無償貸付け）・同⑦（非同族会社）及び同⑧（非親族）は、事情補正がない又は補正可能な事例に当たるから、両者はほぼ同様であり、比較可能性の観点から見て適切な条件であるといえる。
これに対し、本件各更正処分における基準⑨（賃貸人又は賃借人のいずれか一方が青色申告書を提出している物件であること）については、対象物件の賃料額の多寡に影響を与えるものではないから、選定基準としては相当ではない。
他方、本件指示において示された本件駐車場の類似物件の選定基準についても、基準①（半径２００メートル以内）は場所的類似性が高く地域要因が類似していること、同②（月極駐車場）及び同③（屋根等の構造物なし）は、事情補正がなく賃貸条件（投下資本の多寡や回収方法）が類似していることにそれぞれ当たるから、鑑定評価上の選定条件とほぼ同様であって、比較可能性の観点から見て適切な条件であるといえる。
イ そして、本件指示における選定基準の合理性と同基準に基づく類似物件の具体的抽出過程に照らせば、本件指示による本件各不動産の各類似物件の抽出の過程には、恣意の介在を窺わせる事情もなく、抽出された類似物件も比準物件として相当なものということができ、類似物件の平均賃料によって算出された本件各不動産の賃料は適正賃料として正確性が高いものと認めることができる。
したがって、本件各不動産の適正賃料は、前記のとおり平成２０年分が２３１万２５３２円、平成２１年分及び平成２２年分が２３１万７６３２円であると認められる。
（４）本件各不動産の適正賃料を算出する際の類似物件選定基準の合理性に関する原告主張について
ア 用途を診療所に限定することの要否
（ア）原告は、本件診療所は、医療法２５条１項所定の立入検査の対象となることから相応の設備が不可欠となるため、賃料が高額化する傾向にあり、診療所であることが選定基準とされるべきである旨主張する。
（イ）確かに、弁論の全趣旨によれば、佐賀市に所在する本件診療所にも、医療法２５条１項に基づく立入検査に関して定められた広島県健康福祉局作成の検査要綱（甲１５）と同様の内容の検査要綱に基づく立入検査が実施される可能性があることが認められる。
しかしながら、上記検査要綱によっても、医療用建物又は建物付属設備として検査対象とされるのは、「５放射線管理」の項目のみであるとされるところ、本件診療所にはレントゲン室などの放射線装置等は存在しない（甲９、１０、原告本人）から、立入検査の検査項目を満たすために相応の設備が必要であり、そのために賃料が高額化するという原告の前記主張はその前提を欠いている。
なお、仮に、本件診療所の所在地である佐賀市において、立入検査に適合するために放射線管理以外に必要な物的設備が存在するとしても、一般的に、それらは什器又は備品に該当し、賃借人の負担により設置・管理されるべきものであるから、賃料額には影響しない。
（ウ）また、原告は、本件診療所は、その用途が診療所に限定されているところ、医療行為の動線を確保し、患者の快適性やプライバシーを確保するため、他業種とは異なる間取りが採用されているから、賃料が高額化する傾向にあるとも主張するが、事業内容に適した間取りが必要となることは、医業以外の事業用物件でも同様である。加えて、本件診療所は、１階に、待合室、受付・事務、診療室及び処置室が、２階に、休憩・応接、更衣室及び院長室が存在するという一般的な間取りで構成されており、特別な費用が必要になることを認めるに足りる証拠はない。
そして、前記のとおり、本件各更正処分時においても本件指示による調査時においても類似物件の選定基準において、事業用物件であることが基準の一つとして挙げられており、用途の類似性は恣意の介在を許さない程度に考慮されているといえるから、原告の前記主張は採用できない。
イ 土地についての評価額倍半基準の要否
（ア）さらに、原告は本件各不動産を土地建物賃貸借契約に基づき借り受けており、建物賃貸借契約に基づき建物を借り受ける場合の賃料より土地建物賃貸借契約に基づき建物を借り受ける場合の賃料の方が当然割高になることからすれば、類似物件の選定基準においては、建物のみならず、土地についても評価額倍半基準を設けるべきである旨主張する。
（イ）確かに、原告は本件各不動産について、土地建物賃貸借契約に基づき賃借していることが認められる。（乙１２）
しかしながら、建物については、類似物件の選定に当たり、地理的要因以外にも、その構造や築年数等によって賃料が大きく変動する可能性があることから、本件指示のように、これらの要素を踏まえた評価額倍半基準を選定基準とする必要性があるものの、土地については、その地理的要因以外の要素によって賃料が大きく変動することは想定し難いから、地理的条件の類似性が十分に確保されている限りは、評価額倍半基準を類似物件の選定基準に付加する必要性が乏しい。
そして、本件では、本件診療所を中心とする半径５００メートルの円内という選定基準①を設けて地理的条件の類似性を確保しているのであるから、類似物件の選定基準として土地についての評価額倍半基準を設ける必要はない。
（ウ）これに対し、原告は、半径５００メートルの円内という基準を設けていたとしても、建ぺい率や容積率はそれぞれの土地で異なっており、本件各不動産は、建ぺい率（８０％）、容積率（４００％）が格段に高いことから、賃料も高くなると考えられるため、半径５００メートルの円内という基準では地理的条件の類似性が確保されているとはいえないとも主張する。
しかしながら、半径５００メートルの円内という基準により物件を抽出すれば、建ぺい率、容積率といった各物件の個別の事情を平準化できる程度の物件数を確保できることを相当程度期待できると考えられるから、半径５００メートルの円内という基準以外に、土地の建ぺい率や容積率を選定基準としなかったことをもって直ちに本件指示における選定基準が合理性を欠いていることにはならない。また、本件土地の面積に対する本件診療所の１階床面積の比率は約４０％であり、同延床面積の比率も約６１％に過ぎず、建築基準法上の土地利用限度に近い利用がなされているわけでもない。
（エ）したがって、原告の前記主張は認められない。
ウ 借入金及び諸経費の考慮の要否
原告は、適正賃料を算出するにあたっては、不動産所有者（賃貸人）が当該不動産の入手に要した借入金についての返済のありよう（どれだけの借入金につきいつまでに返済するか、毎月いくら返済するか）なども類似物件の選定基準とされるべきである旨も主張する。
しかしながら、不動産の所有者（賃貸人）は、当該不動産取得のための投下資本を回収できる賃料を設定するのが通常であり、投下資本回収を考慮せず賃料を設定する場合は、契約者間に同族関係があるなど特殊事情が介在する場合以外には想定し難い。そして、被告は、本件各更正処分及び本件指示の際のいずれにおいても、同族関係にある者を除外する選定条件を設定しており、これにより抽出される類似物件の平均賃料は、借入金の金利相当分等の投下資本回収を前提とした金額となると考えられる。
そうすると、類似物件の選定基準を定めるに当たり不動産所有者（賃貸人）が当該不動産の入手に要した借入金についての返済のありようを特別に考慮しなくてはならない合理性はない。なお、原告は、本件土地の購入資金以外にもＢが債務を負っていたことから、この返済のために本件各不動産の賃料を定めた旨を主張しているところ（原告準備書面（１）１６頁）、賃貸人による賃貸物件の取得費用以外に高額な借入れを考慮して賃料を設定することは、一般的な経済行為として明らかに合理性を欠くから、この点からしても原告の上記主張を採用することはできない。
また、原告は、選定基準において諸経費の類似性について一切考慮されておらず、不合理である旨主張する。
しかしながら、諸経費の考慮については、これらが一般的に賃料に反映されていると考えられるから、選定された複数の類似物件の賃料の平均額を算出する過程において十分に考慮されているといえるし、本件診療所には、賃貸借目的物としての価値を大きく左右するような諸経費が付加されていたという事情は認められないから、原告の上記主張も採用できない。
エ したがって、類似物件選定基準の合理性に関する原告の主張にはいずれも理由がない。
（５）本件指示に基づく適正賃料の算出過程の合理性に関する原告主張について
ア サンプル数について
原告は、本件指示による選定基準により抽出された本件各不動産の類似物件は２、３件にとどまり、このように、極端に少ないサンプルで算出された税額は、類似物件の個性を消去するに足りるほどの物件数とはいえず、恣意性の排除という要請を満たすことができないから、適正賃料にはなりえない旨主張する。
しかしながら、類似物件の選定基準が合理的かつ適正なものであり、恣意の介在が認められないものであれば、適正賃料と評価できるのであり、仮に同基準によって抽出された物件数が少なかったとしても、それだけを理由に恣意性が排除されていないということはできない。そして、前記のとおり、本件指示に基づく類似物件の選定基準は合理的かつ適正なものであり、その過程において、被告が恣意的に物件を選定したという事情は認められない。
したがって、原告の上記主張は認められない。
イ 原告による独自調査との比較
原告は、本件指示による本件診療所の類似物件の選定基準のうち、本件診療所を中心とする半径５００メートルの円内に所在する物件、事業用の建物である物件、一戸建てである物件の３つ基準を満たす物件について、原告独自の調査を行った結果、上記基準を満たす物件数は２９件にとどまり、被告の主張する抽出過程における抽出物件数と大きな差があるため、本件指示による具体的抽出過程は信用できない旨主張する。
しかしながら、原告の独自調査は、当該建物を利用する者の日常生活を観察して居住用建物か事業用建物かを選別するなど主観的な根拠によって行われており（原告本人）、客観的な裏付けのない調査であるから信用することはできず、本件指示による類似物件の抽出結果の合理性には影響しない。
これに対し、被告による抽出過程は、税務署保有資料や税務署職員らによる現地調査に基づいているものであり、定型的に信用性が高いといえる。なお、原告は、被告が類似物件の所在地や延床面積を明らかにしないことを論難するが、税務職員の負う守秘義務との抵触及び開示により将来的な資料提出への協力が得られなくなり、税務行政の遂行が阻害されるという弊害が認められるから、上記不開示をもって違法理由とはできない。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
ウ 本件土地の余剰スペースについて
（ア）原告は、本件賃貸借契約に基づき、本件駐車場のみならず、庭もあるポーチ（甲８①参照）やテラスなどの余剰スペースも賃借しているのであり、適正賃料の算出にあたり計算の基礎とされた本件診療所の延床面積はあくまで公簿上の延床面積であって余剰スペース部分が含まれておらず、また本件土地の賃料としても考慮されていないのであるから、適正賃料を算出する上で上記の余剰スペースを考慮していないのは合理性を欠く旨主張する。
（イ）まず、原告が指摘する玄関ポーチ（南北２メートル余、東西５メートル余）について、建築基準法施行令２条４項イによれば、自動車の乗降又は自転車の停留の用途に供する部分の床面積は、延べ面積（建築物の容積率の最低限度に関する規制に係る当該容積率の算定の基礎となる延べ面積を除く。）には含まれないとされているから、これを建物延床面積に含めて評価する必要はない。
また、建物に附属する屋外の階段、テラス（南北約９０センチメートル、東西５メートル余で、本件診療所の南側にあり、南側隣地境界線とは約６４センチメートルしか離れていない。）、バルコニー等は公簿上の床面積に算入しないこととされている（不動産登記事務取扱手続準則８２条（７））。
（ウ）そして、本件指示による類似物件選定基準②は「一戸建てであること（２以上に区分して賃貸している物件を除く）」を要求しているところ、通常は、当該建物の賃貸借契約が成立することにより、従たる権利としてその敷地使用権も付されることから、その賃料には敷地使用権の対価部分も評価されているといえる。なお、本件土地の面積は１６５．２９平方メートルに過ぎず、本件診療所（１階床面積は６６．５３平方メートル）の敷地部分及び車両４台分の本件駐車場を除くと、別途加算評価すべき余剰スペースが残されているとは認められない（甲８ないし１１参照）。
そうすると、本件指示においては、原告が主張する余剰スペースを含め、本件土地全体についての賃料が評価され尽くしているというべきであり、この観点からも原告の上記主張は採用できない。
エ 建物の延床面積について
（ア）原告は、本件診療所の公簿上の延床面積は、実測値と異なるのであり、本件各更正処分及び本件指示による適正賃料の各算出過程において、いずれもこの点を無視して適正賃料を算出しているのであるから、合理性を欠く旨主張する。
（イ）確かに、公簿上、本件診療所の１階部分の床面積は６６．５３平方メートルであり、２階部分の床面積は３５．０１平方メートルであるところ（乙１）、原告がＢとの間で本件賃貸借契約を締結する際に実測したとされる「配置図・求積図表」（甲１０）には、１階部分の床面積が７０．３７平方メートル、２階部分の床面積が４０．６０平方メートルと記載され、「土地建物賃貸借契約書」（乙１２）にも、「床面積１１０．９７平方メートル」と記載されていることが認められる。
しかしながら、本件診療所の公簿上の床面積は、原告が自ら法務局に提出した「建物図面・各階平面図」（「平成１１年１月６日作製」、「平成１１年１月１１日登記」の各記載がある。）によるものである（乙２９）一方、原告が実測値の根拠とする「配置図（衛生設備）・１・２Ｆ平面図（空調換気設備）」（甲９）及び「配置図・求積図表」（甲１０）は、２階部分北側の形状が異なっているし、１階南側の外部テラスの面積を建物の床面積に算入するなど、その正確性に疑問がある上、図面の性質としても、完成図ではなく、設計図に過ぎない（甲９には、作製日として「平成１０年」の記載がある。）から、現況と合致していることが担保されておらず、原告の主張は、本件診療所の公簿上の延床面積が実測値と異なっているという前提を欠いており、採用できない。
（ウ）また、本件各更正処分及び本件指示による適正賃料の算出過程においては、建物床面積について公簿面積を用いていることが認められ（乙３２、３３、証人丙）、同算出方法に照らせば、個々の建物の公簿面積と実測面積とが異なるなどの個別事情が存したとしても、その平均賃料を算出する類似物件の選定過程や平均賃料を算定するに当たり、それらの個別事情は平準化されるため、そのような個別事情を捨象する合理性があるといえる。
したがって、仮に本件建物について公簿面積と実測床面積との間に差が認められるとしても、上記方法により算出された平均賃料との関係において、本件建物についてのみ個別事情を特別に考慮しなければならない必要性があるということはできず、いずれにせよ、原告の前記主張は認められない。
（６）以上を総合すると、本件各不動産の適正賃料は、平成２０年分について２３１万２５３２円、平成２１年分及び平成２２年分について２３１万７６３２円と認められ、原告はその範囲で必要経費に算入することができる。
これに対して、原告がＢに支払った本件各賃料は、平成２０年分について１２４０万円、平成２１年分及び平成２２年分について１２６０万円である（前提事実（３）イ）。
両者を比較すれば、原告がＢに支払った賃料が、著しく高額であることは明らかであって、原告の行為は、通常の経済人の行為として極めて不合理であり、原告が同族会社であるＢの株主であるという特殊の関係にあったからこそなしえた同族会社の行為であるといわざるを得ず、そのような行為を許した場合には、原告の所得税の負担を不当に減少させる結果となることは明らかである。
被告による本件各更正処分等は、本件各不動産の適正賃料額を、平成２０年分について２７３万４４４０円、平成２１年分について２７４万５４０８円、平成２２年分について２８１万９７３６円として、原告が必要経費として計上した本件各賃料との差額に関する支払を否認するものであって、当該否認部分は、原告が所得税の負担を不当に減少させた金額の一部にとどまるから、適法であると認められる。
２ 本件各更正等通知書の理由附記に不備があるか否かについて（争点③）
（１）ア所得税法１５５条２項が、青色申告にかかる所得税について更正をする場合に、更正通知書に更正の理由を附記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告にかかる所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨にかんがみ、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に附記すべき理由としては、単に更正にかかる勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、同更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を前記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
イ 本件各更正処分等は、原告が帳簿書類の記載どおりの賃料の金額を支払っていないと判断したのではなく、帳簿書類の記載自体を否定することなく、原告が支払った賃料の金額が必要経費に算入する金額として過大であったことを理由に所得税法１５７条１項を適用して、当該行為又は計算を否認してなされたものであるから、本件各更正等通知書に記載すべき理由附記の程度としては、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものであれば足り、具体的には、税務署長が、当該同族会社等の行為又は計算が所得税の負担を不当に減少させる結果となると判断するに至った過程及び被告において行った計算の根拠、過程を具体的に明らかにすれば足りるというべきである。
（２）本件各更正等通知書の記載内容
証拠（甲１ないし３）によれば、被告が原告に送付した本件各更正等通知書には、本件各更正処分等がなされたこと並びに新たに納付すべき本税及び申告加算税の額等に関する記載があるほか、同処分等に至った理由について、大要以下のとおりの記載があること（金額その他の数値も明記されている。）が認められる。
ア 事業所得の金額に加算する金額
（ア）仕入金額の必要経費不算入額
ａ 原告が仕入金額に計上し、必要金額に算入している金額（本件賃貸借契約に基づきＢに支払われた本件各賃料）の一部を、所得税法１５７条（同族会社等の行為又は計算の否認等）１項の規定により、事業所得の金額に加算すること
ｂ Ｂは、原告及びその家族が出資の総額の５０％を超える出資をしていることから、法人税法２条１０号所定の同族会社に該当すること
ｃ 所得税法１５７条の内容及びこの規定は、同族会社は少数の株主等によって支配されているため、関係者らの税負担を不当に減少させるような行為や計算が行われやすく、税負担の公平を維持するためにこれらの行為等を更正することが認められていること
ｄ 本件診療所と類似する物件、すなわち、①同地域にあり、③一戸建て、⑤床面積倍半基準、⑦非同族会社、⑧非親族といった基準を満たす建物の数、各建物の１平方メートル当たりの月額賃料額、その平均額
ｅ 上記平均額に、本件診療所の延床面積及び賃借月数（１２月）を乗じて得られる適正賃料額
ｆ 本件駐車場と類似する物件、すなわち、①同地域内にあり、③屋根等の構造物がないといった基準を満たす駐車場の数、各駐車場ごとの駐車料金額、その平均額
ｇ 上記平均額に、本件駐車場の駐車台数（４台）及び賃借月数（１２月）を乗じて得られる適正駐車料金額
ｈ 本件各不動産の本件各年分の適正な年間賃料額（ｅとｇの合計額）、原告が必要経費に算入していた賃料額、両金額の差額と比率
ｉ 本件各賃料は、通常取引における賃借料に比して明らかに高額であり、独立・対等で相互に特殊の関係のない当事者間で通常行われる取引と異なっていることから、純経済人の行為として経済的合理性を欠いていると認められること
ｊ 本件各不動産の本件各年分の適正な年間賃料額に基づく申告納税額、原告による申告納税額、両金額の差額（原告が本件各賃料を仕入金額として必要経費に算入することによって、所得税の負担を不当に減少させた額）と比率
ｋ 原告が本件各賃料を仕入金額に計上し、必要経費に算入した行為又は計算は、所得税法第１５７条第１項に該当すること
ｌ 本件各不動産の適正な年間賃料額と本件各賃料額との差額を事業所得の金額に加算し、総所得金額を計算すること
（イ）接待交際費の必要経費不算入額
Ｄへの募金額は、原告の事業所得の収入金額を得るために必要な費用とは認められないから、所得税法３７条１項所定の必要経費に該当しないこと
イ 雑所得の金額に加算する金額
非取引所取引による外国為替証拠金取引に係る所得金額（損失額）は、分離課税の先物取引による雑所得等には当たらず、所得税法３５条所定の雑所得に該当すること（３）判断
ア 前記認定によれば、本件各更正等通知書においては、比準物件の選定基準が具体的に記載され、その結果抽出された類似物件の数及びその１平方メートル当たりの賃料が明らかにされ、これらによる平均賃料の算出及びこれに面積等を乗じて適正賃料を認定している。その上で、原告が支払った本件各不動産の本件各年分の賃料の金額は、適正賃料に比して、高額となっていることから、これらの行為又は計算に基づいて事業所得の金額を計算すると原告の所得税の負担を不当に減少させるものであると認定し、所得税法１５７条１項を適用してその一部を原告の事業所得の金額の計算上必要経費に算入することができないものとしたものであり、当該同族会社等の行為又は計算が所得税の負担を不当に減少させる結果となると判断するに至った過程及び被告において行った計算の根拠、過程を具体的に明らかにしているといえ、理由附記として十分である。
イ これに対し、原告は、類似物件の所在地、延床面積の記載がなければ、具体的に類似物件として選定された物件が選定基準に適合しているのか、そもそも存在しているのかについて確認することができないから、税務署長の判断の慎重・合理性を担保してその恣意を抑制することができず、不服申立ての便宜も与えられないから、理由附記に違法があると主張する。
しかしながら、比準法による適正賃料の不当性を検証するに当たり重要なのは、比準物件を抽出した基準が正当なものであるかどうかであって、比準の過程において個性が消去される個々の物件ではない。
ウ したがって、具体的な比準物件の選定基準を記載した本件更正等通知書の理由附記に不備はない。
３ 平成２０年分の更正処分等のうち、②接待交際費の過大計上、③雑所得の計上誤りを是正する部分（前記前提事実（４）イないしエ参照）について
原告は、上記部分についての違法を主張していないところ、本件証拠によれば、上記部分については適法に更正処分等がなされたものと認められる。
第４ 結論
１ 以上のとおり、本件更正処分等による本件各年分の所得税額は正しく計算されており、本件各年分の更正処分により増加した税額の計算の基礎となった事実には国税通則法６５条４項に規定する過少申告加算税を賦課しない場合の正当な理由があるとは認められず、過少申告加算税の額は、同条１項及び２項の規定に従い正しく計算されているから、本件更正処分等はいずれも適法である。
２ したがって、原告の請求は理由がないからいずれも棄却することとし、訴訟費用の負担については、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条に従い、主文のとおり判決する。佐賀地方裁判所民事部
裁判長裁判官立川毅
裁判官森山由孝
裁判官神本博雅
（別紙）
指定代理人目録
川村孔二、竹本英孝、石橋輝明、豊田勝巳、田中玲子、佐藤ちあき、酒井敏明、久松泰雄、古賀山章、福田雅代、田中一樹、中島和彦、楠瀬聖史
別表１
原告の所得税の課税の経緯
（単位：円）
年分
区分
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
異議申立
異議決定
審査請求
裁決
年月日等
法定申告期限内
平成24年3月14日
平成24年5月10日
平成24年8月7日
平成24年9月4日
平成25年11月18日
総所得金額
25,236,226
34,872,206
事業所得の金額
24,224,930
34,490,990
譲渡所得の金額
381,216
381,216
内訳
雑所得の金額
630,080
△869,954
先物取引に係る雑所得の金額
－
納付すべき税額
5,052,800
8,907,200
平成
年分
過少申告加算税の額
385,000
年月日等
法定申告期限内
平成24年1月17日
平成24年3月14日
平成24年5月10日
平成24年8月7日
平成24年9月4日
平成25年11月18日
総所得金額
25,927,139
26,640,390
36,494,982
事業所得の金額
25,303,046
25,850,139
35,704,731
内訳
雑所得の金額
624,099
790,251
790,251
先物取引に係る雑所得の金額
－－
納付すべき税額
5,802,300
6,087,500
10,029,100
平成
年分
過少申告加算税の額
28,000
394,000
年月日等
法定申告期限内
平成24年1月17日
平成24年3月14日
平成24年5月10日
平成24年8月7日
平成24年9月4日
平成25年11月18日
総所得金額
31,147,294
31,640,389
41,426,653
事業所得の金額
30,524,848
31,026,766
40,807,030
譲渡所得の金額
2,361
2,361
2,361
内訳
雑所得の金額
620,085
617,262
617,262
先物取引に係る雑所得の金額
－－
納付すべき税額
7,920,200
8,119,800
12,031,800
平成
年分
過少申告加算税の額
19,000
391,000
（注）１「雑所得の金額」欄の△印は損失の金額を示す。
２ 平成２０年分及び平成２２年分の「譲渡所得の金額」は、所得税法２２条《課税標準》２項２号の規定による２分の１に相当する金額である。確定申告のとおり
棄却
確定申告のとおり
棄却
修正申告のとおり
棄却
修正申告のとおり
棄却
修正申告のとおり
棄却
修正申告のとおり
棄却
別表２
本件診療所の類似物件の選定基準
（単位：件）
本件各更正処分
本件指示
年分
選定基準
備考
①
対象物件を中心とする同一地域内（半径500メートルの円内）に所在する物件②
事業用の建物である物件
③
一戸建てである物件
①ないし③の
基準を全て満
たす物件
④
自己使用物件でないことが確認された物件
⑤
延べ床面積が対象物件の0.5倍以上２倍以内の範囲である物件
⑥
又貸し・無償貸付でない物件
明らかに比較対象とすべきでないことがこの段階で判明した物件
及び調査の続行が不可能であると判断し、除外した物件
▲26
▲26
▲26
－－－
①ないし⑥の基準すべてに該当し、調査の続行が可能であると判断した物件
⑦
賃貸人と賃借人のいずれか一方が他方の同族会社となっていない物件
⑧
賃貸人と賃借人の関係が親族でない物件
明らかに比較対象とすべきでないことがこの段階で判明した物件
及び調査の続行が不可能であると判断し、除外した物件
▲32
▲32
▲33
－－－
①ないし⑧の基準すべてに該当し、調査の続行が可能であると判断した物件
⑨
賃貸人と賃借人のいずれか一方が青色申告書を提出している物件
選定基準としていない
⑩
１平方メートル当たりの固定資産税評価額が本件建物の0.5倍以上２倍以内の範囲である物件
選定基準としていない
抽出件数
別表３
本件駐車場の類似物件の選定基準
（単位：件）
本件各更正処分
本件指示
年分
選定基準
備考
①
対象物件を中心とする同一地域内（半径200メートルの円内）に所在する物件②
月極駐車場である物件
③
屋根等の構造物がない物件
②及び③の基
準を全て満た
す物件
明らかに比較対象とすべきでないことがこの段階で判明した物件
及び調査の続行が不可能であると判断し、除外した物件
▲2
▲2
▲2
▲4
▲2
▲2
抽出件数
別表４から別表９まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12938.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。