税務訴訟資料第２６７号－４（順号１２９５３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（潮来税務署長）
平成２９年１月１３日一部認容・棄却・確定
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
鳥飼重和
木山泰嗣
石井亮
木元有香
同訴訟復代理人弁護士
瀧谷耕二
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
潮来税務署長
黒澤博美
同指定代理人
前田佳行
齋藤誠密
国府田隆秀
横山隆
佐々木浩二
小谷野幹人
主文
１ 潮来税務署長が平成２４年７月６日付けで原告に対してした原告の別紙１主文目録記載１（１）ないし（７）の各事業年度の法人税の更正処分のうちアの部分及び重加算税賦課決定処分のうちイの部分をいずれも取り消す。
２ 潮来税務署長が平成２４年７月６日付けで原告に対してした原告の別紙１主文目録記載２（１）ないし（７）の各課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうちアの部分及びイの重加算税賦課決定処分の全部をいずれも取り消す。
３ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
４ 訴訟費用は、これを２分し、それぞれを原告と被告の各負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 青色申告承認取消処分取消請求
潮来税務署長が平成２４年７月６日付けで原告に対してした原告の平成１６年９月１日から平成１７年８月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 法人税更正等処分取消請求
潮来税務署長が平成２４年７月６日付けで原告に対してした、
（１）原告の平成１６年９月１日から平成１７年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス６３７２万７５４４円、還付金額に相当する税額５万３７０５円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金の額９００４万０４４１円を下回る部分及び重加算税の賦課決定処分
（２）原告の平成１７年９月１日から平成１８年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額零円、還付金額に相当する税額７万４８９９円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金の額２４３万２１５９円を下回る部分並びに過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分
（３）原告の平成１８年９月１日から平成１９年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額７４０１万３２０６円、納付すべき税額２１４４万３５００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分
（４）原告の平成１９年９月１日から平成２０年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１７６３万２５４７円、納付すべき税額４４４万５５００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分
（５）原告の平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額３７７１万３３０１円、納付すべき税額１０１６万５７００円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分
（６）原告の平成２１年９月１日から平成２２年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額９８２４万８２３２円、納付すべき税額２８３９万５２００円を超える部分及び重加算税の賦課決定処分
（７）原告の平成２２年９月１日から平成２３年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額３億３０３５万６３０９円、納付すべき税額９８０８万２１００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分
をいずれも取り消す。
３ 消費税及び地方消費税更正等処分取消請求
主文第２項と同旨
第２ 事案の概要
本件は、建設工事用機械のリース業等を目的とする株式会社である原告が、潮来税務署長（処分行政庁）の承認を受けて青色の申告書により平成１６年９月１日から平成１７年８月３１日までの事業年度（以下、各事業年度を事業年度の末月を用いて「平成１７年８月期」のようにいう。）ないし平成２３年８月期の法人税の確定申告書を提出するとともに、平成１６年９月１日から平成１７年８月３１日までの課税期間（以下、各課税期間を課税期間の末月を用いて「平成１７年８月課税期間」のようにいう。）ないし平成２３年８月課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告書を提出し、その際、中古重機等をＢこと乙（以下「Ｂ」又は「乙」という。）に対し売却したとしてその売却価額を収入金額に計上していたところ、処分行政庁が、平成２４年７月６日付けで、これらの重機等の実際の売却先はＤ株式会社（以下「Ｄ」という。）又は株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）であり、その売却価額は原告の申告した売却価額より高く、未計上の売却価額を原告代表取締役の甲（以下「甲」という。）が受領していて、固定資産売却益の計上漏れがあり、また、帳簿書類の取引の一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、その記載又は記録をした事項の全体について、その真実性を疑うに足りる相当の理由があるとして、原告に対し、平成１７年８月期以後の青色申告の承認を取り消す処分をするとともに、法人税及び消費税等について更正及び加算税の賦課決定の処分をしたため、原告が、処分行政庁の所属する被告国に対し、これらの各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）法人税の課税標準
ア 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨を定め、同法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定める。
イ 法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を定める。
ウ 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額のほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額、及び当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものとする旨を定める。
エ 法人税法２２条４項は、イの収益の額及びウの原価の額、費用の額及び損失の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定める。
オ 法人税法５５条１項は、内国法人が、その所得の金額若しくは欠損金額又は法人税の額の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装すること（以下「隠蔽仮装行為」という。）によりその法人税の負担を減少させ、又は減少させようとする場合には、当該隠蔽仮装行為に要する費用の額又は当該隠蔽仮装行為により生ずる損失の額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定める。
（２）法人税の青色申告
ア 法人税法１２１条１項は、内国法人は、納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、中間申告書及び確定申告書並びにこれらの申告書に係る修正申告書を青色の申告書により提出することができる旨を定める。
イ 法人税法１２７条１項３号は、アの承認（以下「青色申告の承認」という。）を受けた内国法人につき、その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度まで遡って、その承認を取り消すことができ、この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす旨を定める。
（３）消費税の課税標準及び税率
ア 消費税法２条１項８号は、同法において、「資産の譲渡等」とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう旨を定め、同項９号は、同法において、「課税資産の譲渡等」とは、資産の譲渡等のうち、同法６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものをいう旨を定める。
同法４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等には、消費税を課する旨を定める。
イ 消費税法２８条１項本文は、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。）とする旨を定める。
ウ 消費税法（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）２９条は、消費税の税率は、１００分の４とする旨を定め、同改正法附則１条本文、２条により、平成２６年４月１日前に国内において事業者が行った資産の譲渡等について、同税率が適用される。
（４）地方消費税の課税標準及び税率
ア 地方税法７２条の７７第２号、消費税法４５条１項４号は、地方消費税について、「譲渡割」とは、課税標準額に対する消費税額からその課税期間において控除をされるべき消費税額の合計額を控除した残額に相当する消費税額を課税標準として課する地方消費税をいう旨を定める。
イ 地方税法（平成２４年法律第６９号による改正前のもの）７２条の８３は、地方消費税の税率は、１００分の２５とする旨を定め、同改正法附則１条本文、２条により、平成２６年４月１日前に国内において事業者が行った課税資産の譲渡等については、同税率が適用される。
（５）加算税の賦課
ア 国税通則法（以下「通則法」という。）６５条１項、２項は、期限内申告書が提出された場合において、更正があったときは、当該納税者に対し、その更正に基づき新たに納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額（当該納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、上記１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額）に相当する過少申告加算税を課する旨を定める。
イ 通則法６８条１項は、上記アに該当する場合において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する旨を定める。
２ 前提事実（おおむね当事者間に争いがなく、後掲各証拠等及び弁論の全趣旨によっても認められる。）
（１）関係者
ア 原告は、茨城県鹿嶋市に本店を置き、建設工事用機械のリース業等を目的とし、中古重機等を売却することも行う株式会社であり、平成６年９月に設立され、甲はその代表取締役である（乙１）。
イ Ｄは、東京都港区に本店を置き、建設機械の国内販売等を目的とする株式会社であったが、千葉県市川市に本店を置く同じ業務等を目的とするＦ株式会社（以下「Ｆ」という。）に平成２３年５月●日に吸収合併されて解散した（乙２、３）。
ウ 丙（以下「丙」という。）は、平成１６年１２月末日限りをもってＤを退職した同社の元取締役である（乙２）。
エ 丁（旧姓戊。以下「丁」という。）は、丙の甥であり、Ｄの従業員であったところ、Ｄを吸収合併したＦを平成２５年２月末日限りをもって退職した。丁は、同合併が予定されていた時期の平成２３年２月●日に東京都中野区に建設機械のリース及びレンタル等を目的として設立されたＥの設立に関与し、平成２５年１１月１日にＥの代表取締役に就任した（乙４、６、７）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/12953.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。