税務訴訟資料第２６７号－４０（順号１２９８９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正等取消請求事件（第１事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正等取消請求事件（第２事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正等取消請求事件（第３事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正等取消請求事件（第４事件）
国側当事者・国（別府税務署長ほか）
平成２９年３月８日認容・確定
判決
株式会社Ｅ訴訟承継人
第１事件原告
株式会社Ｆ
同代表者代表取締役
甲
有限会社Ｇ訴訟承継人
第２事件原告
株式会社Ｆ
同代表者代表取締役
甲
第３事件原告
株式会社Ｆ
同代表者代表取締役
甲
第４事件原告
Ｈ有限会社
同代表者代表取締役
乙
上記４名訴訟代理人弁護士
鈴木敬一
第１ないし第４事件被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
第１、第２事件処分行政庁
別府税務署長事務承継者
大分税務署長
飯星元廣
第３、第４事件処分行政庁
大分税務署長
飯星元廣
同指定代理人
若林美賀子
齋藤誠密
千葉杏奈
亀井勝則
鈴木章義
吉岡啓三
鶴田貴志
鈴木譲
光洋平
主文
１ 別府税務署長が平成２４年７月６日付けで株式会社Ｅに対してした平成１６年８月１日から平成１７年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金額が１億４８９５万３４５５円、所得税額等の還付金額が５万８８０１円をそれぞれ下回る部分を取り消す。
２ 別府税務署長が平成２４年７月６日付けで株式会社Ｅに対してした平成１６年８月１日から平成１７年７月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
３ 別府税務署長が平成２４年７月６日付けで有限会社Ｇに対してした平成１６年８月１日から平成１７年７月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２４年９月２６日付けの再更正処分により一部取り消された後のもの）のうち所得金額が０円、納付すべき税額が０円をそれぞれ超える部分を取り消す。
４ 別府税務署長が平成２４年７月６日付けで有限会社Ｇに対してした平成１６年８月１日から平成１７年７月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
５ 大分税務署長が平成２４年７月６日付けで第３事件原告に対してした平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２４年９月２６日付けの再更正処分により一部取り消された後のもの）のうち所得金額が４６８１万７００７円、納付すべき税額が１３４０万５１００円をそれぞれ超える部分を取り消す。
６ 大分税務署長が平成２４年７月６日付けで第３事件原告に対してした平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
７ 大分税務署長が平成２４年７月６日付けで第４事件原告に対してした平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金額が１９５２万５４６２円を下回り、納付すべき税額が０円を超える部分を取り消す。
８ 大分税務署長が平成２４年７月６日付けで第４事件原告に対してした平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
９ 訴訟費用は第１ないし第４事件被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
主文第１項及び第２項と同旨
２ 第２事件
主文第３項及び第４項と同旨
３ 第３事件
主文第５項及び第６項と同旨
４ 第４事件
主文第７項及び第８項と同旨
第２ 事案の概要
本件は、株式会社Ｅ、有限会社Ｇ、第３事件原告株式会社Ｆ、第４事件原告Ｈ有限会社（以下、それぞれ「Ｅ」、「Ｇ」、「原告Ｆ」、「原告Ｈ」といい、併せて「原告ら」という。）が、原告らの間における土地の売買により売却損が生じたとしてその額を損金の額に算入するなどして、Ｅ、Ｇにおいては平成１６年８月１日から平成１７年７月３１日までの事業年度（以下「平成１７年７月期」という。）の、原告Ｆにおいては平成１６年１０月１日から平成１７年９月３０日までの事業年度（以下「平成１７年９月期」という。）の、原告Ｈにおいては平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度（以下「平成１８年３月期」という。）の各法人税の確定申告をしたところ、各所轄の別府税務署長又は大分税務署長が、上記の売買が架空の取引であるとして、原告らに対し、上記各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税の更正処分及び本件各事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分をしたため、原告らが、これらの処分（Ｇ及び原告Ｆに対する各更正処分については、それぞれ再更正処分により一部取り消された後のもの。以下「本件各処分」といい、このうちの各更正処分を「本件各更正処分」、各承認取消処分を「本件各承認取消処分」という。）に違法がある旨の主張をしてその取消し（本件各更正処分については各申告額を超える部分の取消し）を求める事案である。
１ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実）
（１）原告らについて
ア Ｅは、「パチンコ、遊技場の経営」等を目的として昭和５１年７月●日に設立された株式会社であり、昭和５２年８月１日から昭和５３年７月３１日までの事業年度以降の事業年度について、法人税の青色申告の承認を受けていた（乙Ａ１５の１、乙Ａ３４）。
イ Ｇは、「遊技場の経営」、「不動産の売買、不動産賃貸業」等を目的として平成５年８月●日に設立された有限会社であり、平成６年８月１日から平成７年７月３１日までの事業年度以降の事業年度について、法人税の青色申告の承認を受けていた（乙Ｂ１２の１、乙Ｂ２６）。
ウ 原告Ｆは、「自動車用品及び自動車部品の卸、販売」、「喫茶店、食堂、マージャンクラブ、パチンコ店の経営」等を目的として昭和５２年１１月●日に設立された株式会社であり、平成３年１０月１日から平成４年９月３０日までの事業年度以降の事業年度について、法人税の青色申告の承認を受けていた（乙Ｃ１０の１、乙Ｃ２６）。
エ 原告Ｈは、「不動産売買」等を目的として昭和４５年３月●日に設立された有限会社であり、昭和４６年４月１日から昭和４７年３月３１日までの事業年度以降の事業年度について、法人税の青色申告の承認を受けていた（乙Ｄ１４の１、乙Ｄ２８）。
オ 原告らは、いずれも丙を創始者とし、その平成１７年４月３０日当時の株主の構成は、別表１の「株主構成」の表のとおりであり、役員の構成は、同別表の「役員構成」の表のとおりであって、丙及びその子である丁その他の親族らが発行済株式の全部又は出資の全額を有する同族会社であった（乙Ａ１５の１、２、乙Ｂ１２の１、２、乙Ｃ１０の１、２、乙Ｄ１４の１、２。以下、原告らをまとめて「Ｅグループ」ということがある。）。
なお、Ｅ及びＧは、本件各訴え提起後の平成２８年６月●日、原告Ｆに吸収合併された。
（２）原告らの法人税の確定申告に至る経緯等
ア 丙らによる債務の免除及び債権の贈与
（ア）丙は、平成１７年５月１１日から同月２４日にかけて、別表２の番号１から６までのとおり「債務免除証書」及び「贈与証書」を作成し、Ｅに対しては、同別表の番号５及び６の債務を、原告Ｈに対しては、同別表の番号１及び２の債務をそれぞれ免除し、また、Ｇに対しては、同別表の番号３のＥに対する債権を、原告Ｆに対しては、同別表の番号４のＥに対する債権をそれぞれ贈与した（免除及び贈与の総額は２２億０７６７万５５５７円。乙Ａ１６、１７、乙Ｂ１３、乙Ｃ１１、乙Ｄ１５、１６。以下、同別表の番号１から６までの債務の免除又は債権の贈与を順次「本件債務免除１」、「本件債務免除２」、「本件債権贈与３」、「本件債権贈与４」、「本件債務免除５」及び「本件債務免除６」という。）。
（イ）丁は、平成１７年５月１６日、別表２の番号７のとおり「債務免除証書」を作成し、Ｅに対し、同番号の債務（２億円）を免除した（乙Ａ１８。以下、これを「本件債務免除７」といい、前記（ア）の債務の免除又は債権の贈与と併せて「本件各債務免除等」という。）。
（ウ）丙は、平成１７年５月●日に死亡し、同人の相続人である乙、丁及び戊は、平成１８年３月１４日、丙の相続に係る相続税の申告書を提出しているところ、同申告書には、上記の相続に係る相続財産として、前記（ア）の債権総額２２億０７６７万５５５７円についての記載はない（乙共３）。
イ 不動産売買契約証書の作成等
（ア）原告らは、大分県内に所在する別表３記載の各土地（以下、同別表の「本件各土地」欄記載の略称を用い、併せて「本件各土地」という。）を、本件土地Ａ１及び本件土地Ａ２については平成１７年７月１日当時、その他の土地については同年５月１６日当時、それぞれ同別表の「所有者」欄記載のとおり所有していた（乙Ａ１の１～５、乙Ａ４の１～１６、乙Ｂ２、３の１～３、乙Ｃ２の１～７、乙Ｄ１の１～７、乙Ｄ２の１～４、乙Ｄ５の１～４、乙Ｄ６）。
（イ）原告らは、別表４の「日付」欄記載の日（本件土地Ａ１及び本件土地Ａ２については平成１７年７月１日、その他の土地については同年５月１６日）付けで、同「売主」欄記載の者（上記（ア）の各所有者）を売主とし、同「買主」欄記載の者を買主として、同「目的物」欄記載の本件各土地を同「売買代金（円）」欄記載の代金で売買する旨の「不動産売買契約証書」を作成した（売買代金の総額は１５億０４５８万７８８５円。以下、同別表の番号１から６までの各不動産売買契約証書を順次「本件証書１」などといい、これらを併せて「本件各証書」といい、また、本件各証書に記載されている売買取引を順次「本件取引１」などといい、これらを併せて「本件各取引」という。）。本件各証書には、それぞれ、同別表の「支払日・支払方法」欄、「引渡日」欄及び「特約」欄に記載の事項が記載されていた（甲Ａ１５、１８、甲Ｂ１９、甲Ｃ１３、甲Ｄ１２、１５、乙Ａ２、５、乙Ｂ４、乙Ｃ３、乙Ｄ３、７）。
（ウ）本件各土地については、本件各処分がされるまでの間、本件各証書に売主として記載されている者から買主として記載されている者への所有権の移転の登記はされなかった。
なお、本件土地Ｂ２については、平成２６年５月１５日受付で、「平成１７年５月１６日売買」を登記原因とするＧからＥへの所有権の移転の登記がされた上、平成２６年５月２９日受付で、「平成２６年５月２９日売買」を登記原因とするＥから訴外Ｉ株式会社への所有権の移転の登記がされている。他方、それ以外については、同年７月３１日に至っても、いまだ所有権の移転の登記はされていない（乙Ａ１の１～５、乙Ａ４の１～１６、乙Ｂ２、３の１～３、乙Ｃ２の１～７、乙Ｄ１の１～７、乙Ｄ２の１～４、乙Ｄ５の１～４、乙Ｄ６）。
（エ）本件各証書に買主として記載されている者は、本件各取引につき不動産取得税の申告及び納付を行っておらず、また、大分県知事は、本件各取引につき不動産取得税の賦課決定をしていない（乙共５、６、６の２）。
（オ）本件各土地の一部には建物が存するところ、その所有者や使用状況は別表５のとおりであり、本件各証書作成後も建物の所有者や使用状況に変わりはなかった。なお、原告らは、同別表のとおり、本件各事業年度の法人税の確定申告において、本件各取引により所有者の移転があったことを前提に、地代家賃の収受等があったとして、これらを損金又は益金に算入している（乙Ａ９～１４、乙Ｂ９～１１、乙Ｃ８、９、乙Ｄ１～１３）。
（カ）本件各土地の一部には、本件各証書の作成日付の時点で、別表３の「根抵当権者」欄記載の金融機関を根抵当権者とする根抵当権が設定されていた（乙Ａ１の１～５、乙Ａ４の１～３、乙Ａ４の７～９、乙Ａ４の１５、乙Ａ４の１６、乙Ｂ２、３の１～３、乙Ｃ２の１～７、乙Ｄ２の１～４、乙Ｄ５の１～４）。
ウ 原告らの法人税の確定申告
（ア）Ｅは、平成１７年９月３０日、別府税務署長に対し、平成１７年７月期の法人税について、本件債務免除５、本件債務免除６及び本件債務免除７により、それぞれ３億円、２億円及び２億円（合計７億円）の債務免除益が生じたとして、これらの金額を雑収入として益金の額に算入し、また、本件取引５及び本件取引６により、それぞれ２億９１８８万１０８４円及び４億３４６６万７６１５円（合計７億２６５４万８６９９円）の固定資産売却損が生じたとして、これらの金額を損金の額に算入して、欠損金額を１億４８９５万３４５５円、納付すべき法人税額を０円、所得税額等の還付金額を５万８８０１円とする確定申告書を提出した（甲Ａ１、乙Ａ３、１９）。
（イ）Ｇは、平成１７年９月３０日、別府税務署長に対し、平成１７年７月期の法人税について、本件債権贈与３により６億１８８０万０５４２円の受贈益が生じたとして、この金額を雑収入として益金の額に算入し、また、本件取引１により６億１８８０万０５４２円の固定資産売却損が生じたとして、この金額を損金の額に算入して、所得金額を０円、納付すべき法人税額を０円とする確定申告書を提出した（甲Ｂ１、乙Ｂ５、１４）。
（ウ）原告Ｆは、平成１７年１１月３０日、大分税務署長に対し、平成１７年９月期の法人税について、本件債権贈与４により８億００３６万０７４２円の受贈益が生じたとして、この金額を雑収入として益金の額に算入し、また、本件取引２により８億００３６万０７４２円の固定資産売却損が生じたとして、この金額を損金の額に算入して、所得金額を４６８１万７００７円、納付すべき法人税額を１３４０万５１００円とする確定申告書を提出した（甲Ｃ１、乙Ｃ４、１２）。
（エ）原告Ｈは、平成１８年５月３０日、大分税務署長に対し、平成１８年３月期の法人税について、本件債務免除１及び本件債務免除２により、それぞれ５０００万円及び２億３８５１万４２７３円（合計２億８８５１万４２３７円）の債務免除益が生じたとして、これらの金額を雑収入として益金の額に算入し、また、本件取引３及び本件取引４により、それぞれ１億５４３８万９００２円及び８４１２万５２７１円（合計２億３８５１万４２７３円）の固定資産売却損が生じたとして、これらの金額を損金の額に算入して、欠損金額を１９５２万５４６２円、納付すべき法人税額を０円とする確定申告書を提出した（甲Ｄ１、乙Ｄ４、１７）。
（３）本件における各処分の経緯等
ア Ｅ関係
（ア）別府税務署長は、Ｅに対し、平成２４年７月６日付けで、平成１７年７月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分をするとともに、所得金額を５億７４７１万３８１４円、納付すべき法人税額を１億９１７８万２８００円とする更正処分をした（甲Ａ２、３）。
（イ）Ｅは、別府税務署長に対し、平成２４年８月２９日、異議申立てをしたが、別府税務署長は、同年１１月２２日付けで、異議申立てを棄却する旨の決定をした（甲Ａ１３、乙Ａ６、７）。
（ウ）Ｅは、国税不服審判所長に対し、平成２４年１２月２１日、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２５年１２月１６日付けで、審査請求を棄却する旨の裁決をし、この裁決は、同月２０日頃、Ｅに送達された（甲Ａ１４、乙Ａ８）。
イ Ｇ関係
（ア）別府税務署長は、Ｇに対し、平成２４年７月６日付けで、平成１７年７月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分をするとともに、所得金額を６億１５０１万８３７７円、納付すべき法人税額を２億１３３０万６４００円とする更正処分をした（甲Ｂ２、１６）。
（イ）別府税務署長は、上記（ア）の更正処分につき、平成２４年９月２６日付けで、所得金額を６億１５００万５４７７円、納付すべき法人税額を２億１３３０万１７００円とする再更正処分をした（乙Ｂ１）。
（ウ）Ｇは、別府税務署長に対し、平成２４年８月２９日、異議申立てをしたが、別府税務署長は、同年１１月２２日付けで、異議申立てを棄却する旨の決定をした（甲Ｂ１７、乙Ｂ６、７）。
（エ）Ｇは、国税不服審判所長に対し、平成２４年１２月２１日、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２５年１２月１６日付けで、審査請求を棄却する旨の裁決をし、この裁決は、同月２０日頃、Ｇに送達された（甲Ｂ１８、乙Ｂ８）。
ウ 原告Ｆ関係
（ア）大分税務署長は、原告Ｆに対し、平成２４年７月６日付けで、平成１７年９月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分をするとともに、所得金額を８億５１６８万１１４９円、納付すべき法人税額を２億９７３１万９３００円とする更正処分をした（甲Ｃ２、６）。
（イ）大分税務署長は、上記（ア）の更正処分につき、平成２４年９月２６日付けで、所得金額を８億５１６７万７７４９円、納付すべき法人税額を２億９７３１万７９００円とする再更正処分をした（乙Ｃ１）。
（ウ）原告Ｆは、大分税務署長に対し、平成２４年８月２９日、異議申立てをしたが、別府税務署長は、同年１１月２２日付けで、異議申立てを棄却する旨の決定をした（甲Ｃ１１、乙Ｃ５、６）。
（エ）原告Ｆは、国税不服審判所長に対し、平成２４年１２月２１日、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２５年１２月１６日付けで、審査請求を棄却する旨の裁決をし、この裁決は、同月２０日頃、原告Ｆに送達された（甲Ｃ１２、乙Ｃ７）。
エ 原告Ｈ関係
（ア）大分税務署長は、原告Ｈに対し、平成２４年７月６日付けで、平成１８年３月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分をするとともに、所得金額を２億２１１０万２６４１円、納付すべき法人税額を６５６９万０６００円とする更正処分をした（甲Ｄ２、９）。
（イ）原告Ｈは、大分税務署長に対し、平成２４年８月２９日、異議申立てをしたが、大分税務署長は、同年１１月２２日付けで、異議申立てを棄却する旨の決定をした（甲Ｄ１０、乙Ｄ８、９）。
（ウ）原告Ｈは、国税不服審判所長に対し、平成２４年１２月２１日、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２５年１２月１６日付けで、審査請求を棄却する旨の裁決をし、この裁決は、同月２０日頃、原告Ｈに送達された（甲Ｄ１１、乙Ｄ１０）。
オ 本件各訴えの提起等
原告らは、平成２６年６月１９日、本件各訴えを提起した。
（４）本件各処分に係る計算等について
本件各取引が架空のものであることを前提に計算したときの原告らの本件各事業年度の所得金額及び納付すべき法人税額は、別表６－１から６－４までのとおりとなる。
２ 争点
（１）本件各取引は架空のものであったか
（２）原告らが本件各土地に係る固定資産売却損を総勘定元帳に記載したことは、青色申告の承認の取消しの要件に該当するか
３ 争点に関する当事者の主張
（１）争点（１）（本件各取引は架空のものであったか）について
（被告の主張）
ア 本件各土地につき所有権の移転の登記が行われていないこと
本件各取引においては、本件各土地を取得したとするＥ、Ｇ及び原告Ｆは、いずれも、本件各取引から約７年が経過した本件各処分時に至っても、本件各土地の所有権の移転の登記を経由していなかった。このような対応は、買主の通常の対応とはいい難いから、本件各取引は通常の取引とは認められない。
イ 本件各土地の取得に係る不動産取得税の納付等がされていないこと
Ｅ、Ｇ及び原告Ｆが本件各取引について不動産取得税の申告及び納付を行った事実はなく、また、大分県知事が不動産取得税の賦課決定を行った事実もない。これらの事情は、原告らが行ったとする本件各取引が、外形を整えただけの実体のない架空のものであることを示すものである。
ウ 本件各土地について根抵当権の解除等が行われていないこと
原告らは、いずれも、本件各土地の根抵当権者である金融機関との間で、①担保物件は譲渡しないこと、②譲渡する場合にはあらかじめ金融機関の承諾を得ること、③担保物件に異動が生じた場合には金融機関に速やかに報告すること等を内容とする契約を交わしているにもかかわらず、本件各取引において、各金融機関に対し、本件各土地の売買をする旨の通知を行わず、根抵当権を設定したままで売買を行うという、通常の売買とは異なる不自然な対応をしている。これらの事情は、本件各取引が、外形を整えただけの実体のない架空のものであることを示すものである。
エ 従前の所有者によって新たな根抵当権が設定されていること
Ｇが所有者として登記されている本件土地Ｂ１については、平成１９年１２月１７日にＥに加え原告Ｆを債務者とする根抵当権の追加設定が行われているところ、この根抵当権の追加設定に当たり、Ｇは、自らを所有者として臨時株主総会決議を行い、根抵当権者であるＪ銀行に対し変更契約証書を提出しているのであるから、Ｇが、平成１７年５月１６日、同土地をＥに売却していたということはあり得ない。
また、原告Ｈが所有者として登記されている本件土地Ｄ２については、平成２１年１２月１０日にＧを債務者とする根抵当権の設定が行われているところ、この根抵当権の設定に当たり、原告Ｈは、自らを所有者として臨時株主総会決議を行い、根抵当権の設定を行っているのであるから、原告Ｈが、平成１７年５月１６日、同土地をＥに売却していたということはあり得ない。
したがって、本件取引１及び本件取引３の事実はなく、これらの取引が、外形を整えただけの実体のないものであることは明らかである。そして、本件各取引は、Ｅグループ内で行われた一体とみるべきものであるから、本件各取引全体が実体のない架空のものであることが強く推認される。
オ 架空の借入金及び貸付金を利用して本件各土地の売買代金の清算が行われたこと原告らは、複雑な仕訳を行い、原告らの間で貸付金と借入金を両建てして水増し計上して、取引の実体のない新たな貸付金及び借入金を作出した上、同貸付金及び借入金の計上日を本件各取引の日より前になるよう、遡って入力した。
本件各土地の代金は、買主が、売主に対して有する貸付金を減額する方法により決済されている。このような決済は、本件各取引の日以前に、正常な取引による貸付金が生じていたことを前提として行い得るものであるところ、原告らが使用した貸付金は、上記のとおりに作出された実体のない架空のものである。このことは、原告らに土地の代金を支払う意思がなかったことの表れである。
以上のとおり、原告らは、架空の借入金及び貸付金を利用して、本件各取引の清算を行ったかのような外形を整えてはいるが、そもそも、架空の借入金及び貸付金をもって売買代金の清算をすることはできないから、本件各取引そのものが取引の実体のない架空の取引であるといえる。
カ 丙の相続税対策を巡る経緯等
丙による総額２２億０７６７万５５５７円の債務の免除及び債権の贈与がなく、債権として相続財産であるとした場合には、少なくとも約８億６０００円の相続税が生じるところ、丙は、相続税の課税を懸念し、上記の債務の免除及び債権の贈与を行ったものである。
他方、本件各取引による総額２３億８４２２万４２５６円の固定資産売却損の損金への算入がなかった場合の原告らの法人税額、つまり、本件各更正処分により納付すべき法人税額は、合計７億６８０９万３０００円であり、原告らには、丙らによる債務の免除及び債権の贈与によって、７億円を超える法人税が生じたのである。
そして、原告らがそれぞれ計上した債務免除益又は受贈益の額と固定資産売却損の額とは、同額か極めて近似しており、確固たる目的を持って、金額を意図的に操作したことが強く推認される。
以上のとおり、丙の主導の下に行われた固定資産売却損の計上は、原告らが計上した債務免除益又は受贈益の金額に対応してされたものであり、丙の相続税対策の結果生じた法人税の課税を免れるために行われたものであることが推認される。
キ 本件各土地の使用の状況等について
本件土地Ａ１、本件土地Ｂ２、本件土地Ｃ及び本件土地Ｄ３の各土地については、従前の土地の所有者と土地の使用者が一致していたにもかかわらず、本件各証書によれば、これが相違するに至るもので、売買を行う必要性が認められない。
また、本件土地Ａ２については、本件各証書によれば売主とされ、所有権を失ったとされるＥが、本件各証書作成後の平成１８年１月１７日付けで、所有者として、訴外株式会社Ｋ（以下「Ｋ」という。）との間で土地賃貸借契約を締結している。
さらに、原告らにおいては、本件各証書上の売主が、そのまま納税義務者として、本件各土地の固定資産税を納付し続けている。
以上からすれば、本件各取引は、外形を整えただけの実体のないものであるというべきである。
ク 本件各証書の税金対策を念頭にした特殊な記載
本件各証書には、「譲渡価額が税務上問題がある場合は、互いに税務上不利にならないその適正金額において譲渡されたものとして取り扱う。」との記載がある。この取決めは、税務上の問題いかんによって売買代金を変動させるものであるから、極めて特異な取決めであるといえる。このような特異な特約条項が設けられているということ自体に加え、その内容をみても、売買契約の本質的な要素ではない税務上の利害得失を調整するという正常な売買契約であれば通常考え難い観点からの契約内容の変更を許していることからすれば、上記の特約条項は、本件各取引が丙の相続税対策の結果生じた法人税の課税を免れるという税金対策のためだけに仕組まれた実体のない架空のものであることを如実に示すものである。
ケ 本件に係る税務調査は適法に実施されており、調査において作成された質問応答書には信用性があること
本件に係る税務調査は、その担当者において、丁に対し、Ｅグループの税務調査のために臨場した旨を告げ、調査への理解と協力を要請し、丁から調査について了承を得た上で実施されたものであり、その範囲、程度、時期、場所などをみても、調査が違法に一方的に実施されたということはできない。
また、本件の被告の主張を裏付ける丁に対する質問応答書（乙共２、４）、ＥグループのＬ経理部長（以下「Ｌ経理部長」という。）に対する質問応答書（乙共１３）等の調査において作成された各質問応答書が存するところ、その読み聞かせに係る記載や、割印、署名及び押印の状況に照らせば、これらの各質問応答書には信用性があるといえる。なお、これらとおおむね一致する財務事務官報告書（乙共１）についても十分に信用性が認められる。
コ 以上を総合すると、本件各取引が実際に行われたとした場合、登記関係や金融機関等の対外的な取引相手との契約内容が実体と整合しない結果となる上、現預金の移動のない借入金及び貸付金の入力日から遡っての計上、それら貸付金を利用した本件各取引における現金の移動のない売買代金の相殺処理等、様々な点において不自然、不合理な点がある。一方、本件各取引をＥグループ間内部での帳簿上のみで行われた実体のない架空のものであるとすれば、所有権移転登記を経由せず、不動産取得に係る申告・納税をしていない原告らの行動、対外的な取引相手との契約関係における原告らの対応（従前所有者との契約締結等）も何ら不自然でなく、むしろ、合理的である。すなわち、原告らは、Ｅグループ間内部において、本件各取引の外観ないし形式を整えることで本件各取引から生じたとする固定資産売却損を計上し、本件各債務免除等で生じる債務免除益及び受贈益に係る法人税を免れることができる上、本件各取引が実体のない架空のものとしてＥグループ間内部のみの帳簿上の処理とすることで、所有権移転登記、不動産取得にかかる申告・納税をすることなく、対外的な取引関係も従前どおりに行うことができるという利益もあることになる。
したがって、本件各取引は実体のない架空のものであることが明らかである。（原告らの主張）
ア 所有権の移転の登記がないことについて
民法上は、所有権の移転の登記は売買契約の成立要件ではなく、対抗要件にすぎない。
本件各証書は、印紙が貼付され、作成日付の表示、確定日付の押印、売主及び買主の当事者の表示と押印、売買目的の物件の特定と表示、売買代金額の表示、売買代金の支払時期の表示、引渡時期の表示が明確にされており、当事者間において、本件各取引が確定的な合意に基づいて成立したことの明白で確固たる証拠である。
その上で、本件各取引は、Ｅグループの４社間で行われたものであるところに特徴があり、同一の不動産について二重売買の危険性はなく、したがって、第三者に対する対抗要件である所有権の移転の登記を経由する必要性、必然性がない。加えて、本件各取引による不動産の所有権の移転の登記の手続に要する登録免許税と不動産取得税の合計額は７０００万円から８０００万円程度であり、経営が不振であった原告らからすると、売買契約により所有権を移転させつつも、所有権の移転の登記の手続を行わないことによって、これらの税を節約せざるを得なかった。
したがって、所有権の移転の登記が行われなかったことをもって本件各取引が架空のものであるとする被告の主張は失当である。
イ 不動産取得税の納付等がないことについて
前記アのとおり、本件各取引について所有権の移転の登記の手続を行わなかった理由の一つが、不動産取得税の節約にもあったことから、不動産取得税の申告及び納付が行われなかっただけのことである。世上、不動産取得税の申告及び納付が行われない売買契約はまれではないと思われるところ、そのような売買契約が無効ということはあり得ない。
ウ 本件各土地について根抵当権の解除等が行われていないことについて
根抵当権の解除を行わずに不動産の所有権が移転することは不自然なことではなく、民法にも、抵当権が抹消されないまま所有権が移転されることもあることを前提とした規定がある。
また、金融機関は、原告らについて、Ｅグループとして一括して管理しており、Ｅグループ内での資産の移動があったとしても重要視をしておらず、一旦担保を解除して、新たに担保を設定するなどの意思はない。
さらに、原告らは、本件各取引を前提とした本件各取引後の直近の各決算書を各金融機関に提出し、各金融機関は、原告らの本件各取引に基づく決算を認識しており、もって、原告らは、本件各取引の結果について、各金融機関に報告をしている。
したがって、この点に関する被告の主張も理由がない。
エ 従前の所有者が新たな根抵当権を設定していることについて
本件各取引により真の所有者となった法人が、担保の提供をし、担保の設定をすべきであることは認めるが、所有権の移転の登記を経由していないために、金融機関との間では、金融機関側から求められるままに、売主である登記上の所有者が担保の設定をせざるを得なかっただけであるから、本件各取引の日以後において、従前の所有者を所有者として新たな根抵当権を設定していることがあるからといって、本件各取引が実体のないものであるということはできない。
オ 架空の借入金及び貸付金を利用して本件各土地の売買代金の清算を行ったとの被告の主張について
被告は、本件各取引の決済に使用した貸付金及び借入金の会計ソフトへの入力日が計上日より後（本件各取引の決済より後）であることを理由として、架空の計上であると断定するが、経理の処理をするのに、整理してまとめて後日に会計ソフトに入力することは日常茶飯事であり、被告がこれをもって架空の貸付金及び借入金の作出と主張するのは理解し難い。
Ｅグループ内で不動産の売買契約を実行するに当たって、売買代金の決済をすべき余裕資金たる現金がなかったため、貸付けの処理を行い、その貸付金を使って売買代金の支払につき相殺の処理をすることは必要なことであった。
カ 丙の相続税対策を巡る経緯等に関する被告の主張について
確かに、丙の相続財産の額は、本件債務免除７を除く本件各債務免除等によって減少しているが、その結果から推測して、相続財産の額を減少させる目的を有していたということはできないし、また、これを証明する証拠もない。
丙が本件債務免除７を除く本件各債務免除等をしたのは、丙が代表取締役であった原告Ｈの平成１７年５月１６日付け取締役会議事録（甲Ｄ３２）において、Ｅグループの所有する不動産の時価が簿価を大きく下回り、財務会計上の問題が生じていることは、土地を購入した責任者である自らの責任であることを認識し、この財務会計上の問題を是正するための売買によって生じる売却損の補填のために、債務の免除等による収益を使用すると宣言し、表明したことによるものである。そして、丙による債務の免除等で財務会計上の問題の是正を図ることにしたが、売却損の補填に不足が出たために、丙による債務の免除等だけでなく、丁による債務の免除も動員されたのである。
仮に被告が主張するとおり、本件各取引が丙の相続税対策の結果生じた法人税の課税を免れるために行われたものであるとすれば、丙の相続税対策のための債務の免除等も、その目的は相続税の課税を免れるための仮装の意思表示であり、会社の収益も仮装の収益であると認定されなければならないはずである。そうすると、本来、相続税の更正処分をしなければならないはずであるところ、本件では、時効の壁に阻まれたため、処分行政庁は、恣意的、選択的に、丙による債務の免除等は有効とした上で、本件各取引を仮装であるとして、本件各更正処分をしたのである。しかし、この構成は、相続税の問題を法人税の問題に置き換えて課税を行うものであり、相続税の時効制度を潜脱する課税権の濫用的な行使であるといわざるを得ない。
なお、本件各土地の固定資産売却損の額と本件各債務免除等の額が極めて近似しているのは、本件各取引によって発生する固定資産売却損の填補に見合う金額の債務の免除等を行ったからである。この意味では金額を意図的にしたものであり、不自然なことはない。
キ 本件各土地の使用の状況等について
本件各取引は、本件各土地の所有者と使用者を一致させるほか、当時のＥグループの経営に係る判断の中で、将来の経営の形態なども先取りすること等も踏まえたものであった。すなわち、①本件土地Ａ１は、Ｅ所有の地上の店舗が賃貸物件であったため、不動産管理をしているＧに売却したものであり、②本件土地Ａ２は、原告Ｆを将来的に不動産管理会社に移行させるために、原告Ｆに売却したものであり、③本件土地Ｂ１は、パチンコ店である土地建物の一括管理ができるように、Ｅに売却したものであり、④本件土地Ｂ２は、Ｇ所有の地上の貸ビルを近在の本件土地Ｂ１でパチンコ店を営むＥが従来から管理しており、管理の効率化を図るため、Ｅに売却したものであり、⑤本件土地Ｃは、原告Ｆ所有の地上のパチンコ店の経営を将来的にＥに移行するために、土地部分を先行してＥに売却したものであり、⑥本件土地Ｄ１は、パチンコ店出店予定地として先行取得したものであったため、Ｅに売却したものであり、⑦本件土地Ｄ２は、パチンコ店である土地建物の一括管理ができるように、Ｅに売却したものであり、⑧本件土地Ｄ３は、原告Ｈ所有の地上の貸ビルの管理を人員の減った同社に代わってＧに行わせるため、土地部分を先行してＧに売却したものであり、⑨本件土地Ｄ４は、月極駐車場として実質管理をＧが行っていたため、Ｇに売却したものである。したがって、その土地の使用の状況から、被告が主張するように本件各取引が架空のものであったことが推認されることにはならない。
他方で、本件各取引の売主は、本件各土地の登記上の所有者であるため、固定資産税の納付通知書の送付を受け、これを一旦納付していたものの、各年度末に、本件各取引の買主で真の所有者から同額の金員を受領していた。また、本件各取引の売主は、本件各取引以降も売買の対象の土地を使用するため、本件各取引の買主との間で賃貸借契約を締結し、継続的に賃料を支払ってきた。
なお、本件各土地のうち、本件土地Ａ２の一部については、原告Ｆに売却された後の平成１８年１０月６日付けで、Ｅを賃貸人、Ｋを賃借人とする事業用借地権設定契約公正証書（甲Ａ２２）が作成されているものの、これは、同契約については借地借家法上公正証書によってしなければならなかったため、登記上の所有者であるＥが賃貸人である旨の記載がされたにすぎない。その上で、真の所有者である原告ＦとＥは、同年１月１７日付けで土地賃貸借契約を締結し（甲Ａ２１）、ＥがＫから受領した賃料は、原告Ｆに支払われてきた。
以上のような賃料の処理は、本件各取引が法律的に真正な契約であることを証明するものである。
ク 本件各証書の特約条項について
本件各証書における「譲渡価額が税務上問題がある場合は、互いに税務上不利にならないその適正金額において譲渡されたものとして取り扱う。」との記載は、売買の当事者が、後日税務当局から代金額について税務上の問題点があると指摘又は指導をされるようなことがあるときは、税務上不利にならないよう指摘又は指導に従って売買代金を適正金額にするという遵法精神に基づく趣旨であり、当事者の意思によって自由に売買代金が変動する不確定なものという意味ではない。
ケ 丁及びＬ経理部長に対する質問応答書に信用性がないこと等
本件に係る税務調査において作成された丁及びＬ経理部長に対する質問応答書等は、強引かつ一方的な調査がされる中、誤導や虚偽の説明によって作成されたものであること等からすれば、証拠能力がなく、また、信用性がない。
（２）争点（２）（原告らが本件各土地に係る固定資産売却損を総勘定元帳に記載したことは、青色申告の承認の取消しの要件に該当するか）について
（被告の主張）
本件において、Ｅ及びＧは平成１７年７月期、原告Ｆは平成１７年９月期、原告Ｈは平成１８年３月期の総勘定元帳に、それぞれ、本件各土地に係る固定資産売却損を計上し、損金の額に算入の上、確定申告を行っているが、前記（１）のとおり、本件各取引は、いずれも売買の実体のない架空のものであるから、これらの実体のない本件各土地の売買が実際にあったかのようにして総勘定元帳に記載したことは、法人税法１２７条１項３号に規定する帳簿書類に取引を隠ぺいし又は仮装して記載したことに当たり、青色申告の承認の取消しの要件に該当する。
（原告らの主張）
本件各取引は適法かつ有効であり、法人税法１２７条１項３号に規定する帳簿書類に取引を隠ぺいし又は仮装して記載したことには該当しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前提事実、掲記の証拠及び弁論の前趣旨によれば、以下の事実が認められる。
（１）本件各証書作成後の売主名義の根抵当権の設定等
ア Ｇは、平成１９年１２月１２日付けで、本件土地Ｂ１につき、自らを所有権者、Ｊ銀行を根抵当権者とし、Ｅに加え、原告Ｆを債務者とする旨の根抵当権の追加の設定に関し、臨時株主総会を開催し、これを可決する決議を得た旨の臨時株主総会議事録を作成した上、同月１７日、Ｊ銀行に対し、上記の旨の根抵当権変更契約証書を提出し、同日受付で上記の旨の登記を経由している（乙Ｂ２、乙共７）。
イ 原告Ｈは、平成２１年１２月７日付けで、本件土地Ｄ２につき、自らを所有権者、Ｍ信用組合を根抵当権者とし、Ｇを債務者とする旨の根抵当権の設定に関し、臨時株主総会を開催し、これを可決する決議を得た旨の臨時株主総会議事録を作成した上、同月１０日受付で上記の旨の登記を経由している（乙Ｄ２の１～４、乙Ｄ２０）。
（２）原告らにおける貸付金の作出に係る仕訳及び本件各取引の売買代金の決済の状況について（乙共１３及び以下に掲記する証拠）
ア ＥのＧに対する２億２０００万円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引１の売買代金１億９１１９万９４５８円の決済について
（ア）Ｅは、総勘定元帳への計上日（以下、単に「計上日」という。）を平成１７年４月３０日（仕訳の最初の入力日（以下、単に「入力日」という。）は同年７月２２日）として、Ｇに対する短期貸付金を２億２０００万円増額する仕訳（借方）と、丙に対する会長勘定を２億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ａ２２～２４）。
（イ）Ｇは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年７月２２日）として、丙に対する会長勘定を２億２０００万円減額する仕訳（借方）と、Ｅに対する短期借入金を２億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｂ１５、１７、１８）。
（ウ）Ｅは、計上日を１７年５月１６日（入力日は同年５月２４日）として、Ｇに対する本件取引１に係る売買代金１億９１１９万９４５８円を、Ｇに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ｂ１０７の１、３、９、乙Ａ２１、２２、２５、乙Ｂ１５～１７）。
イ Ｅの原告Ｆに対する４億円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引２の売買代金４億５６３７万１３９９円の決済について
（ア）Ｅは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｆに対する長期貸付金を４億円増額する仕訳（借方）と、丙に対する会長勘定を４億円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ａ２２、２４、２５）。
（イ）原告Ｆは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｈに対する短期貸付金を４億円増額する仕訳（借方）と、Ｅに対する長期借入金を４億円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｃ１３、１６、１７）。
（ウ）原告Ｈは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、丙に対する代表者勘定を４億円減額する仕訳（借方）と、原告Ｆに対する短期借入金を４億円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｄ１８、２１）。
（エ）Ｅは、計上日を１７年５月１６日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｆに対する本件取引２に係る売買代金４億５６３７万１３９９円を、原告Ｆに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ｃ５９の１、２、５、乙Ａ２１、２２、２５、乙Ｃ１３、１４、１６）。
ウ Ｅの原告Ｈに対する４億２０００万円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引３の売買代金１億６５６１万０９９８円の決済について
（ア）Ｅは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｈに対する長期貸付金を４億２０００万円増額する仕訳（借方）と、丙に対する会長勘定を４億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ａ２２、２４、２５）。
（イ）原告Ｈは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、丙に対する代表者勘定を４億２０００万円減額する仕訳（借方）と、Ｅに対する短期借入金を４億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｄ１８、２１）。
（ウ）Ｅは、計上日を１７年５月１６日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｈに対する本件取引３に係る売買代金１億６５６１万０９９８円を、原告Ｈに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ｄ３３の１、４、乙Ａ２１、２２、２５、乙Ｄ１８、１９）。
エ Ｇの原告Ｈに対する２億２０００万円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引４の売買代金２億１５８７万４７２９円の決済について
（ア）Ｇは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｈに対する長期貸付金を２億２０００万円増額する仕訳（借方）と、丙に対する会長勘定を２億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｂ１７～１９）。
（イ）原告Ｈは、計上日を平成１７年４月３０日（入力日は同年５月２４日）として、丙に対する代表者勘定を２億２０００万円減額する仕訳（借方）と、Ｇに対する短期借入金を２億２０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｄ１８、２１）。
（ウ）Ｇは、計上日を１７年５月１６日（入力日は同年５月２４日）として、原告Ｈに対する本件取引４に係る売買代金２億１５８７万４７２９円を、原告Ｈに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ｄ３４の１～３、乙Ｂ１６、１７、１９、乙Ｄ１８、１９）。
オ ＧのＥに対する１億９０００万円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引５の売買代金１億８９８９万８９１６円の決済について
（ア）Ｇは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｅに対する短期貸付金を１億９０００万円増額する仕訳（借方）と、原告Ｆに対する短期借入金を１億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｂ１５、１７、２０）。
（イ）Ｅは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、原告Ｆに対する短期貸付金を１億９０００万円増額する仕訳（借方）と、Ｇに対する短期借入金を１億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ａ２０、２２、２３）。
（ウ）原告Ｆは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｇに対する短期貸付金を１億９０００万円増額する仕訳（借方）と、Ｅに対する短期借入金を１億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｃ１６～１８）。
（エ）Ｇは、計上日を１７年７月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｅに対する本件取引５に係る売買代金１億８９８９万８９１６円を、Ｅに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ａ１４８の１、３、６、乙Ａ２０～２２、乙Ｂ１６、１７、２０）。
カ 原告ＦのＥに対する２億９０００万円の貸付金の作出に係る仕訳及び本件取引６の売買代金２億８５６３万２３８５円の決済について
（ア）原告Ｆは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｅに対する短期貸付金を２億９０００万円増額する仕訳（借方）と、Ｇに対する短期借入金を２億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｃ１６～１８）。
（イ）Ｅは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｇに対する短期貸付金を２億９０００万円増額する仕訳（借方）と、原告Ｆに対する短期借入金を２億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ａ２０、２２、２３）。
（ウ）Ｇは、計上日を平成１７年５月１日（入力日は同年８月５日）として、原告Ｆに対する短期貸付金を２億９０００万円増額する仕訳（借方）と、Ｅに対する短期借入金を２億９０００万円増額する仕訳（貸方）をした（乙Ｂ１５、１７、２０）。
（エ）原告Ｆは、計上日を１７年７月１日（入力日は同年８月５日）として、Ｅに対する本件取引６に係る売買代金２億８５６３万２３８５円を、Ｅに対する貸付金を同額だけ減額する方法により決済した（甲Ａ１４７の１、３、６、乙Ａ２０～２２、乙Ｃ１４、１６、１７）。
２ 争点（１）（本件各取引は架空のものであったか）について
（１）被告は、本件各取引につき本件各証書が作成されているとしても、①本件各土地は、本件各証書の作成後も所有権の移転の登記が経由されていないこと、②原告らが本件各土地を取得したとして不動産取得税の申告及び納付をしていないこと、③本件各土地について、通常、売買に先行して行われるべき根抵当権の解除や、根抵当権者である金融機関への通知等がされていないこと、④原告らが、本件土地Ｂ１及び本件土地Ｄ２につき、本件各証書作成後、本件各証書上の売主を所有者として新たな根抵当権を設定するなどしていること、⑤原告らは、架空の借入金及び貸付金を利用して本件各土地の売買代金の清算を行うという処理をしていること、⑥本件各取引に係る固定資産売却損の計上は、原告らが計上した債務免除益又は受贈益の金額に対応してされたものであり、丙の相続税対策の結果生じた法人税の課税を免れるために行われたものであることが推認されること、⑦本件各土地の使用の状況からして、原告らが本件各土地を売却する必要性は認められず、かえって、本件各証書上の売主が、そのまま納税義務者として、本件各土地の固定資産税を納付し続けており、そのうち、本件土地Ａ２については、本件証書６上の売主であるＥが、引き続き所有者として、Ｋとの間で土地賃貸借契約を締結していること、⑧本件各証書の特約条項には、税金対策を念頭にした特殊な記載があること等からすれば、本件各取引は架空のものであったというべきである旨を主張するので、以下、上記の各点等について検討する。
（２）上記⑥、⑧の点（本件各証書作成の目的及び特約条項）について
この点、前提事実及び弁論の全趣旨によれば、丙の相続人である丁らは、本件債務免除７を除く本件各債務免除等が行われたことにより、丙の相続に関し、８億６０００万円余りの相続税を免れる計算になること、原告らは、法人税の確定申告において、本件各債務免除等の額をそれぞれ益金の額に算入する一方で、これと同額か近似する本件各取引に係る固定資産売却損の額をそれぞれ損金の額に算入しているところ、かかる損金の額の算入が認められれば、本件各更正処分に係る納付すべき法人税額に相当する合計７億５０００万円余りの法人税を免れる計算になることが認められ、以上の事実に照らせば、原告らは、本件各証書を作成するに当たり、被告が指摘するように、丙の相続税対策の結果生じることとなる法人税の課税を避ける目的を有していたものと推認することができる。
しかしながら、原告らがかかる目的を有していたとしても、本件各取引が直ちに架空のものとなるものではない。本件各債務免除等が架空のものではなく（この点は被告も争わない。）、これにより原告らに債務免除益及び受贈益が現実に発生する以上、本件各取引によってこれに見合うだけの固定資産売却損が現実に発生しなければ、上記の目的を達成することができないから、原告らにとっては、本件各取引はむしろ架空のものであってはならないものであったということができる。したがって、原告らが上記目的を有していたことは、本件各取引が架空のものであることを裏付けるものではない。
また、本件各証書の特約条項に「譲渡価格が税務上問題がある場合は、互いに税務上不利にならないその適正金額において譲渡されたものとして取り扱う。」との定めがあることについても、この定めは、税務当局から本件各取引が低額譲渡と認定された場合には、確定申告において適正な譲渡価額を前提とした固定資産売却損等を計上することを取り決めたものと解釈することが可能なものであるから、直ちに本件各取引が架空のものであることを裏付けるものではないというべきである。
なお、本件各取引における本件各土地の売却価額が不相当に低額であったことや、原告らが本件の確定申告において損金の額に算入した固定資産売却損の額が不相当に高額であったことをうかがわせる証拠はないから、本件各土地には元々相当額の含み損が存していたことがうかがわれる。本件各取引は、これらの含み損を当該事業年度において損金として確定させるという意味合いをも有するものであり、また、本件各取引の経営判断上の意義として原告らが主張する内容（前記第２の３（１）（原告らの主張）キ）にも相応の合理性が認められるのであって、本件各取引が専ら法人税の課税を避けることのみを目的として行われたものであると断定することは困難であるから、本件各取引を不当な租税回避と評することは相当ではないというべきである。
（３）前記①、②の点（登記及び不動産取得税の納付の状況等）について
前提事実のとおり、原告らは、本件各土地につき、本件各証書の作成後も所有権の移転の登記を経由しておらず、その不動産取得税の申告及び納付をしていないことが認められる。
しかしながら、かかる事実については、本件各取引が、いずれも同族会社であるＥグループ内でされたもので、所有権に係る対抗要件の具備の要否の観点からは、直ちに登記をすることを要しない状況においてされたものである上、原告らにおいて登記に要する費用や不動産取得税の負担を避けようとする目的があったとみることで了解し得るものであって、直ちに本件各取引が架空のものであったことを推認させるものではない。
（４）前記③、④の点（金融機関との間の根抵当権の設定に係る状況等）について前提事実、前記１（１）の事実、証拠（乙共７～１１）及び弁論の全趣旨によれば、本件各土地については、本件各取引に先行して設定されていた根抵当権の解除はされておらず、原告らにおいて、根抵当権者である金融機関に対し、本件各取引がされたこと自体を、少なくとも正式に書面に明記する形で報告してはおらず、正式にその了承を得たものでもないこと、本件土地Ｂ１及び本件土地Ｄ２につき、本件各証書作成後においても、本件各証書における売主が所有者として、臨時株主総会議事録等を作成した上で、新たな根抵当権を設定するなどしていることが認められる。
しかしながら、原告らの上記の各対応は、原告らにおいて、前記（３）のとおり、本件各証書に対応する所有権の移転の登記を経由していなかったことから、金融機関等の対外的な関係においては、登記上の所有名義を前提に対応するとの方針に基づいて行われたものと捉えることができ、また、証拠（甲Ａ１３、甲Ｂ１７、甲Ｃ１１、甲共１）によれば、根抵当権者である金融機関のうち、Ｊ銀行については、実際にはその関係者において本件取引１、本件取引２、本件取引５及び本件取引６がされたと認識していたことが認められ、一部の金融機関では原告らの上記の各対応を黙認していた事情がうかがわれるから、原告らの上記の各対応が、厳密には契約違反ということで金融機関からの責任追及を受けることがあり得るとしても、そのことが直ちに本件各取引が架空のものであったことを推認させるものではないというべきである。
（５）前記⑤の点（仕訳と売買代金の処理の状況）について
前提事実及び前記１（２）のとおり、原告らは、丙及びＥグループ内で貸付金と借入金の各仕訳をしているところ、この各仕訳は、それら自体でみれば、丙及びＥグループ内で貸付けを循環させるものとなっている上、計上日と入力日が一致していないものとなっている。
しかしながら、そのことで、本件各取引に係る売買代金の決済が売買当事者間の反対貸付金債権との相殺処理の形でされていることが直ちに無効であることにはならない上、証拠（甲Ａ１４７の１～甲Ａ１４９、甲Ｂ１０７の１～甲Ｂ１０８、甲Ｃ５９の１～７、甲Ｄ３３の１～甲Ｄ３５、証人Ｌ）によれば、上記の各仕訳に係るものを含め、丙及びＥグループ内での貸付金については、実際に清算がされたか、清算に向けて支払が継続中のものとして処理されていることが認められ、これによれば、本件各土地の売買代金に相当する額の金銭が最終的には各買主の出捐によって各売主の下に収まることになるから、上記の処理が、本件各取引が架空のものであったことを推認させるものであるとはいえず、むしろ上記の貸付金の清算の事実は、本件各取引が架空のものではなかったことを示す事情であるということができる。
（６）前記⑦の点（本件各土地の使用の状況等）について
ア 前提事実のとおり、本件各土地のうち、本件土地Ａ１、本件土地Ｂ２、本件土地Ｃ及び本件土地Ｄ３については、本件取引の前には各土地上の建物の所有者と土地の所有者が一致していたところ、その後には両者が相違するようになったことが認められる。
しかしながら、本件各取引の経営判断上の意義として原告らが主張する内容（前記第２の３（１）（原告らの主張）キ）には相応の合理性が認められるところ、これによれば上記のように各土地上の建物の所有者と土地の所有者が相違するに至っても、直ちに不自然なものとはいえない上、かえって、証拠（甲Ａ２３、２４の２、２５の２、２６の２、２７の２、２８の２、３、甲Ａ２９の３～甲Ａ８３、甲Ｂ２３～１０６、甲Ｃ１５、１６、１７の２、甲Ｃ１８の１、甲Ｃ１９～３５、３７、３９、４１、４３、甲Ｄ２０～２５）及び弁論の全趣旨によれば、上記各土地の売主（各土地上の建物の所有者）が、その買主に対し、本件各取引の後、土地の賃料（本件土地Ａ１について毎月５０万円、本件土地Ｂ２について毎月３０万円、本件土地Ｃについて当初毎月１００万円、平成１９年１０月以降は毎年１２００万円、本件土地Ｄ３について毎月６０万円）を継続的に支払っていることが認められ、以上からすれば、上記の建物と土地の所有関係は、本件各取引が架空のものであることを推認させるものではなく、むしろ上記の土地の賃料の支払の事実は、当該各取引が架空のものではないことを示す事情であるということができる。
なお、原告らは、上記の賃料の授受に関し、土地賃貸借契約書等（甲Ａ１７、甲Ｂ２２等）も提出するところ、これらは、被告が本件に係る税務調査の際に入手した、同一の土地に係る各賃貸借契約書（乙共１７、１８）とその記載内容等で一致しない点がある上、坪数について整合しない記載があるなどの問題があるものの、上記の賃料の授受がされたこと自体について直ちに疑義が生ずるものではない以上、そのことをもって、本件各取引が架空のものであったことを推認させるものではないというべきである。
イ また、前提事実及び証拠（甲Ａ２２、乙Ａ２７、２８）によれば、本件土地Ａ２の一部（●●の土地の一部及び●●の土地）については、本件取引６の売主であるＥが、本件取引６後の平成１８年１月１７日付けで、所有者として、Ｋとの間で事業用定期借地契約書を作成し、同年１０月６日付けで、同旨の事業用借地権設定公正証書を作成していることが認められる。
もっとも、これも前記（４）の金融機関との関係と同様に、対外的な関係においては、登記上の所有名義を前提に対応するとの方針に基づくものと捉えることができ、かえって、証拠（甲Ａ２４の１、２５の１、２６の１、２７の１、２８の１、２９の１、甲Ａ８４～１４６、甲Ｃ１６、１７の１、甲Ｃ１８の１～甲Ｃ２１、甲Ｃ４４～５８）及び弁論の全趣旨によれば、上記の本件土地Ａ２の一部に関し、Ｅは、一旦、上記契約書等に沿ってＫから賃料（毎月１１５万円。ただし、毎月９０万円、１００万円となっている時期がある。）を受領しているものの、その後、本件取引６の買主である原告Ｆに対し、同額を支払っていることが認められ、以上からすれば、上記の点は、本件各取引が架空のものであることを推認させるものではなく、むしろ上記のＥから原告Ｆへの賃料の支払の事実は、本件取引６が架空のものではないことを示す事情であるということができる。
ウ さらに、証拠（甲Ａ１６の１～６、甲Ａ１９の１～１２、甲Ａ２４の２、２５の２、２６の２、２７の２、２８の２、３、甲Ａ２９の２、甲Ａ４０～５１、５９、６６、６７、７４、８０、甲Ｂ２０の１～６、甲Ｂ２４～２７、２８の２、２９の２、甲Ｂ３８、３９、５３、６４、７７、８９、１０１、１０２、甲Ｃ１４の１～６、甲Ｃ１６、１７の２、１８の１、甲Ｃ１９～２１、２６、３２、３６、３８、４０、４２、甲Ｄ１３の１～１１、甲Ｄ１４の１～５、甲Ｄ１６の１～甲Ｄ１７の６、甲Ｄ１９～２４、２６～３１、乙Ａ３０～３３、乙Ｂ２３～２５、乙Ｃ２２～２５、乙Ｄ２３～２７）及び弁論の全趣旨によれば、原告らにおいては、本件各取引後も、本件各取引の売主が固定資産税の納税義務者として通知を受け、固定資産税を納付し続けていることが認められるものの、これも、原告らにおいて、前記（３）のとおり、本件各証書に対応する所有権の移転の登記を経由していなかったことから、登記名義人が納税義務者となる固定資産税（地方税法３４３条２項）については登記上の所有名義を前提に対応するとの方針に基づくものと解し得る上、上記証拠によれば、原告らにおいては、一旦は、本件各取引の売主が固定資産税を納付するものの、その後、買主が固定資産税相当額を売主に支払っていることが認められ、以上からすれば、固定資産税の納付に係る事情も本件各取引が架空のものであることを推認させるものではなく、むしろ上記の買主から売主への固定資産税相当額の支払の事実は、本件各取引が架空のものではないことを示す事情であるということができる。
（７）丁やＬ経理部長の質問応答書について
ア 丁の平成２４年４月１７日における質問応答書（乙共４）には、前記１（１）の本件土地Ｂ１及び本件土地Ｄ２に係るＧ及び原告Ｈの各臨時株主総会議事録に関し、議事録は実際に株主総会等を開催して作成したもので、その議事録に間違いはないとしつつ、上記各土地の所有者が本件証書１及び本件証書３とは矛盾しており、本件取引１及び本件取引３がなかったと言われても仕方がない旨を供述したとの記載がある。
しかしながら、丁は、上記質問応答書において、全体としては、本件各取引が実際にされたことを前提に供述をしており、上記の記載のような供述をしたとしても、それは、本件土地Ｂ１及び本件土地Ｄ２の所有者につき、上記の各議事録の記載と本件各証書の内容が整合していないことを十分に認識しないまま回答したため、その後矛盾を指摘された際、とっさにその説明をすることができないまま回答したにすぎないと捉えることができる。そして、その後の税務調査や不服申立手続及び本件訴訟においては、実際の所有関係は上記の各議事録の記載とは異なり、本件各証書に記載されたとおり変更されている旨を供述していること（甲共２、乙共１、２０、丁本人）、前記（４）のとおり、上記各議事録の作成自体、直ちに本件各取引が架空のものであったことを推認させるものではないことも踏まえれば、丁が上記の記載のような供述をしたとしても、直ちに本件各取引が架空のものであったことを推認させることにはならないというべきである。
イ また、Ｌ経理部長の平成２４年４月１７日における質問応答書（乙共１３）には、前記１（２）の各仕訳と貸付金の作出に関し、仕訳表の取引は、本件各取引の決済原資捻出のための仕分入力のみの実態のない取引ということで間違いないかとの質問に対し、間違いないと回答した旨の記載がある。
しかしながら、Ｌ経理部長は、上記質問応答書において、Ｅグループ間の貸借勘定をきれいにしたかったので、土地の売却に伴いグループ法人間の資金移動が発生しないよう、仕分処理のみで調整することを社長（丁）に提案し、その承諾を得た旨も供述しているところ、上記の記載のような供述をしたとしても、その「実態のない取引」とは、仕訳の時点で実際に金銭の授受があったわけではないことを指すにとどまると捉えることができる上、その後の税務調査や不服申立手続及び本件訴訟においては、前記１（２）の各仕訳と貸付金の作出に関し、実態がないものではない旨を供述していること（甲共３、乙共１、２１、証人Ｌ）、前記（５）のとおり、前記１（２）の各仕訳と貸付金の作出に関する事実は、本件各取引が架空のものであったことを推認させるものではないことも踏まえれば、Ｌ経理部長が上記の記載のような供述をしたとしても、直ちに本件各取引が架空のものであったことを推認させることにはならないというべきである。
（８）以上のとおり、被告の主張する前記の各点等については、いずれもこれらをもって本件各取引が架空のものであると推認するには足りず、これらを総合しても同様であり、他方で、原告らには本件各取引を架空のものとしてではなく実際に行う理由があり、本件各証書が存し、これを前提とする実質的な売買代金の清算や土地の賃料、固定資産税相当額等の授受がされていること等からすれば、本件各取引が、架空のものであるとはいえないというべきである。
そうすると、本件各取引が架空のものであるとする被告の主張は理由がなく、原告らの申告額を超える所得金額及び納付すべき法人税額についての証明がないことに帰するから、本件各更正処分のうちこれらの金額が各申告額を超える部分は、違法な処分として取消しを免れない。
３ 争点（２）（原告らが本件各土地に係る固定資産売却損を総勘定元帳に記載したことは、青色申告の承認の取消しの要件に該当するか）について
前記２のとおり、本件各取引が架空のものであるといえない以上、原告らが本件各土地に係る固定資産売却損を総勘定元帳に記載したことは、青色申告の承認の取消しの要件である法人税法１２７条１項３号にいう帳簿書類に取引を隠ぺいし又は仮装して記載したことに該当しない。
したがって、本件各承認取消処分は、処分要件に該当する事実がないのに行われた違法な処分として取消しを免れない。
４ 以上によれば、原告の請求はいずれも理由があるから、これらを認容することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官 古田孝夫
裁判官 大畠崇史
裁判官 南宏幸
別表１から別表５まで、別表６－１から別表６－４まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/12989.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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