税務訴訟資料第２６７号－１２６（順号１３０７５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（北税務署長事務承継者南税務署長ほか）
平成２９年１０月１２日却下・棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
（以下「原告Ａ」という。）
同代表者代表取締役
甲
原告
株式会社Ｂ
（以下「原告Ｂ」という。）
同代表者代表取締役
甲
原告
合同会社Ｃ
（以下「原告Ｃ」という。）
同代表者代表社員
株式会社Ａ
同職務執行者
甲
原告ら訴訟代理人弁護士
別紙１代理人目録記載のとおり
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
北税務署長事務承継者
南税務署長
佐々木民弥
処分行政庁
東京上野税務署長
三森清
同指定代理人
別紙１代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告Ａの本件訴えのうち、以下の部分をいずれも却下する。
（１）北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、欠損金額１億８３０６万０４９８円、翌期へ繰り越す欠損金額２６億０４８２万６９１４円を上回る部分の取消しを求める部分
（２）北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、翌期へ繰り越す欠損金額３億５４４１万０７０５円を上回る部分の取消しを求める部分
（３）北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの連結事業年度の法人税の更正のうち、連結欠損金額１億９７６４万１４３２円を上回る部分の取消しを求める部分
２ 原告Ａのその余の請求、原告Ｂの請求及び原告Ｃの請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者が求めた裁判
１ 請求の趣旨
（１）原告Ａの請求
ア 北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度以降の法人税青色申告承認取消処分を取り消す。
イ 北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、欠損金額２億１００６万４７５６円、還付金の額に相当する税額１８万０６８６円及び翌期へ繰り越す欠損金額２６億３１８３万１１７２円を下回る部分並びに重加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
ウ 北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額０円を超える部分、還付金の額に相当する税額１７６３円及び翌期へ繰り越す欠損金額３億７０１２万１２５７円を下回る部分並びに過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
エ 北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ａに対してした、同原告の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの連結事業年度の法人税の更正のうち、連結欠損金額３億８２０９万５０４２円及び翌期へ繰り越す欠損金額７億４３６０万８３２５円を下回る部分を取り消す。
（２）原告Ｂの請求
ア 東京上野税務署長が、平成２５年４月３０日付けで原告Ｂに対してした、同原告の被合併法人である株式会社Ｄの平成２０年８月１日から平成２１年７月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち、欠損金額７億２２７０万７０１４円及び翌期へ繰り越す欠損金７億２２７０万７０１４円を下回る部分を取り消す。
イ 東京上野税務署長が、平成２５年４月３０日付けで原告Ｂに対してした、同原告の被合併法人である株式会社Ｄの平成２１年８月１日から同年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、欠損金額３１６万１００５円及び翌期へ繰り越す欠損金７億２５８６万８０１９円を下回る部分を取り消す。
ウ 東京上野税務署長が、平成２５年４月３０日付けで原告Ｂに対してした、同原告の被合併法人である株式会社Ｄの平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額０円を超える部分、還付金の額に相当する税額１３８円及び翌期へ繰り越す欠損金３４１８万７８４０円を下回る部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
エ 東京上野税務署長が、平成２５年４月３０日付けで原告Ｂに対してした、同原告の平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、欠損金額１億１６１４万４２２９円及び翌期へ繰り越す欠損金１億１６１４万４２２９円を下回る部分を取り消す。
（３）原告Ｃの請求
北税務署長が、平成２５年４月２６日付けで原告Ｃに対してした、同原告の平成２０年１２月８日から平成２１年９月３０日までの事業年度の法人税の更正のうち、所得金額７８４０万２１２２円及び納付すべき税額２２７２万０５００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 本案前の答弁
主文第１項と同旨
３ 本案の答弁
原告らの請求をいずれも棄卸する。
第２ 事案の概要
本件のうち、原告Ａに係る事案は、北税務署長が、①原告Ａは、自己を出資者とし、原告Ｃを営業者とする匿名組合契約に基づく分配益を収益に計上すべきであると認識していたにもかかわらず、故意にこれを計上しなかったこと、②原告Ａは法人税法６７条１項（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する特定同族会社に該当し、課税されるべき留保金額が生じていること及び③原告Ａの連結子法人であった株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）に貸倒引当金の計算等の対象となる債権が存在しないにもかかわらず貸倒引当金繰入額を損金の額に算入していたことなどを理由として、法人税の更正及び過少申告加算税賦課決定処分、また、上記①の事実から、重加算税賦課決定処分及び法人税の青色申告承認の取消処分を行ったことに対し、原告Ａが、上記更正の一部、過少申告加算税賦課決定処分、重加算税賦課決定処分及び青色申告承認取消処分の各取消しを求める事案である。
本件のうち、原告Ｃに係る事案は、原告Ｃが原告Ａからの短期借入金に係る支払利息を計上したところ、北税務署長が、当該短期借入金は、原告Ａとの間の匿名組合契約に基づき、出資金に振り替えられて消滅しているにもかかわらず、原告Ｃは、故意に同振替に係る経理処理を行わずに、当該短期借入金に係る支払利息を計上したなどとして、法人税の更正、過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分を行ったことに対し、原告Ｃが、上記更正の一部及び重加算税賦課決定処分の各取消しを求める事案である。
本件のうち、原告Ｂに係る事案は、Ｄが、株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）に対して借入債務を負っている各債務者からそれぞれが所有する不動産を譲り受けた上、その代金債務につき、当該各債務者がＥに対して負う借入債務のうち、当該各不動産の売買代金に相当する額について免責的に債務を引き受け、それにより取得した求償権と当該各債務者の売買代金債権を対当額にて相殺した旨の経理処理を行って法人税の確定申告をしたところ、東京上野税務署長が、Ｄは、当該各債務者から当該各不動産を譲り受ける前に、既にＥの当該各債務者に対する貸付債権を譲り受けていたから、当該各不動産の売買において当該各債務者のＥに対する借入債務について免責的債務引受けをすることはできず、当該各不動産の売買代金と当該各債務者に対する各債権の取得価額との差額は買取債権回収益として益金の額に算入されるなどとして法人税の更正及び過少申告加算税賦課決定処分を行ったことに対し、Ｄの地位を承継した原告Ｂが、上記更正及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 法人税法の定め
本件に関係する法人税法の定めは、別紙２「法人税法の定め」のとおりである（いずれの条文も、平成２２年法律第６号による改正前のもの）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告ら
（ア）原告Ａは、不動産の売買・賃貸・管理及び利用等を目的とする株式会社である。
原告Ａの資本金の額は、平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度（以下「Ａ平成２１年９月期」といい、他の事業年度についても同様に表記する。）、Ａ平成２２年９月期及びＡ平成２３年９月連結期（以下、これらを併せて「Ａ各事業年度」という。）を通じて、３億８９６５万円であった（甲Ａ３、乙Ａ１）。
原告Ａの株式は、オランダ王国に所在するＦ（以下「Ｆ社」という。）によって１００％保有され、Ｆ社は、Ｇ（以下「Ｇ」という。）によってその株式又は出資（以下「株式等」という。）を１００％保有され、Ｇは、Ｈ（以下「Ｈ社」という。）によってその株式等を１００％保有されている。
Ｈ社の株式等は、３人の個人のみにより保有され、そのうち乙（以下「乙」という。）が６０％の持分を有している。
（イ）Ｄは、信用調査業務等を目的とする株式会社である（乙Ｂ１）。Ｄの株式は、Ｄの平成２０年８月１日から平成２１年７月３１日までの事業年度（以下「Ｄ平成２１年７月期」といい、他の事業年度についても同様に表記する。）、Ｄ平成２１年９月期及びＤ平成２２年９月期（以下、これらを併せて「Ｄ各事業年度」という。）におけるそれぞれ末日において、原告Ａにより全て保有されていた（乙Ｂ２ないし４）。
原告Ｂは、平成２１年８月●日にＤが資産運用事業及び不動産管理事業に関して有する権利義務を引き継ぎ、新設分割により設立された株式会社であり（甲Ｂ７、乙Ｂ５）、原告Ｂの平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度（以下「Ｂ平成２２年９月期」という。）末日において、その株式はＤにより全て保有されていた（乙Ｂ６）。
原告Ｂは、平成２５年１月●日付けで原告Ｂを吸収合併後存続する会社として、Ｄを吸収合併し、これによりＤは解散し、消滅した。
（ウ）原告Ｃは、平成２０年１２月●日に、原告Ａの全額出資により、信用調査業務等を目的として資本金の額１０万円で設立された合同会社であり、代表社員及び業務執行社員は、原告Ａである（甲Ｃ３、弁論の全趣旨）。
（エ）以上のとおり、原告Ａは、Ｄ及び原告Ｃを含む資本関係を有する法人グループ（以下「Ｊグループ」という。）を形成していた。
イ Ｅ等
（ア）Ｅは、貸金業等を行う株式会社であり、平成２１年２月●日、民事再生手続開始決定を受けたが、同年３月●日、再生手続廃止決定を受け、同年４月●日、破産手続開始決定を受けた（乙全１、２）。
（イ）株式会社Ｋ（以下「Ｋ」という。）は、有価証券の保有及び運用、子会社の経営管理業等を主たる目的とする株式会社であり、Ｅの筆頭株主であった（乙全２、３）。
（ウ）株式会社Ｌ（以下「Ｌ」という。）は、子会社管理業を主たる目的とする株式会社である（乙全２、４）。
（エ）Ｅは、Ｋ及びＬを含む資本関係を有する法人グループ（以下「Ｅグループ」という。）を形成していた。
（２）ＥのＤに対する債権譲渡
ア ＥとＤとの間の債権譲渡契約
（ア）Ｅは、平成２０年９月２６日付けで、Ｄとの間で、Ｅが有する３７件の貸金債権（不動産担保付債権）を９億１０３２万１６２２円で譲渡する旨の契約（以下、「本件債権譲渡契約」といい、これに係る契約書を「本件債権譲渡契約書」という。乙Ｂ７）をした。
本件債権譲渡契約書には、譲渡対象債権として、Ｍ有限会社（以下「Ｍ」という。）、Ｎ有限会社（以下「Ｎ」という。）、株式会社Ｏ（以下「Ｏ」という。）及び株式会社Ｐ破産管財人弁護士丙（以下「Ｐ」といい、４社を併せて「本件各債務者」という。なお、Ｐについては破産手続開始決定前の同社を指してＰと表記することがある。）に対する以下の各債権（以下「本件各債権」という。）の記載がある。なお、Ｐは、平成２０年６月●日、破産手続開始決定を受けた（乙Ｂ２２）。
ａ Ｍに対する債権（以下「Ｍ債権」という。）
貸付日平成１９年１１月１３日
債権残高１億３５００万円
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13075.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。