税務訴訟資料第２６８号－６８（順号１３１７３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号国家賠償請求事件
国側当事者・国
平成３０年７月２６日棄却・確定
判決
原告
一般社団法人Ａ
同代表者代表理事
Ｂ
同訴訟代理人弁護士
山下清兵衛
同
山下功一郎
同
田代浩誠
同
丸地英明
同補佐人税理士
Ｃ
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
同指定代理人
前田佳行
同
高松浩
同
吉留伸吾
同
小西博昭
同
忠平典幸
同
日下部勇帆
同
松本美緒
同
萩庭隆伸
同
岩元亜紀子
同
岡村淳平
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、１億３６２９万０７７０円及びこれに対する平成２９年４月６日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、上越市が開設するＤ病院（以下「本件病院」という。）の指定管理者である原告が、本件病院の管理に関して上越市との間で締結した協定に基づいて同市から支払われた管理委託料のうち、平成１８年４月１日から平成２０年９月３０日までの本件病院の人件費に相当する部分（以下、上記期間の前後を通じて実質的に同人件費に相当する部分を「人件費相当部分」といい、上記期間における同人件費に相当する部分を「本件人件費相当委託料」ということがある。）が消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の課税標準に含まれることを前提として確定申告をし（以下「本件各確定申告」という。）、これを前提とする消費税等（以下「本件消費税等」という。）を納付していたことについて、主位的に、①高田税務署職員が平成１９年から平成２１年になされた税務相談において、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準となるかに係る事実調査を十分にせず、原告の職員等に対して本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とはならないとの判断を示すことなく、更正の請求等の具体的な是正手続を教示しなかったこと、②原告からの更正の請求を受けた高田税務署長が、本件人件費相当委託料には実質的な資産の譲渡性や対価性がないことについて十分な調査を行うことなく、減額の更正処分をせずに減額の更正をしない旨の通知処分をしたこと、③さらに、同署長が、同通知処分に対する異議申立てについて、異議申立時において原告が受領する人件費相当部分が非課税として取り扱われており、上記通知処分に誤りがあることが明らかであったにもかかわらず、同異議申立てを棄却したこと、④国税不服審判所長も、原告の上記通知処分に対する審査請求について、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準となるかを争点化せず、同審査請求を棄却する旨の裁決をしたことが、それぞれ職務上の注意義務違反に当たるなどと主張して、被告に対し、国家賠償法１条１項による損害賠償請求権に基づき、本件消費税等相当額及び弁護士費用の合計１億３６２９万０７７０円の賠償及びこれに対する訴状送達の日の翌日である平成２９年４月６日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求めるとともに、予備的に、本件各確定申告が錯誤によるものであるから無効であり、本件各確定申告に基づいてした本件消費税等の納付はいずれも不当利得に当たるなどとして、被告に対し、不当利得返還請求権に基づき、本件消費税等に相当する金額の返還及びこれに対する同日から支払済みまで同割合による遅延損害金の支払を求める事案である。
１ 関係法令等の定め
本件に関係する法令等の定めは、別紙関係法令等の定め記載のとおりである（同別紙において用いた略称は、以下の本文においても用いることとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記した証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実）
（１）当事者
原告は、Ｅ医師会、Ｆ医師会及びＧ医師会との連携の下、医道の高揚、医学医術の発達普及と公衆衛生の向上を図り、社会福祉の増進に寄与することを目的とし、地域医療の推進発展、地域保健の向上などに関する事業を行う一般社団法人である（甲８、９）。
（２）平成１８年３月３１日までの人件費相当部分に係る確定申告
ア 上越市は、本件病院の前身であるＨ病院を国から移管して本件病院を開設するに当たり、平成１１年９月２７日に上越市病院事業の設置等に関する条例を可決制定し、平成１２年３月●日に本件病院を開設するとともに、同条例１３条に基づき、その運営や施設及び設備の維持管理を原告に委託することとした（甲８、３８、乙１）。
イ 上越市は、本件病院の管理運営の委託に当たり、原告との間で、平成１２年３月●日、平成１５年４月１日及び平成１７年４月１日に、それぞれ各日付けＤ病院運営委託契約書により本件病院の管理運営に関する委託契約を締結した（上記各契約書の内容は基本的に同様であるが、以下、平成１７年４月１日に締結されたものを「本件委託契約」という。）。本件委託契約においては、上越市が原告に対し、本件病院の管理委託に係る委託料及び診療交付金を支払うものと定められていたが（本件委託契約第１０条）、上越市は、本件委託契約に基づいて原告に支払われる費用のうち、本件病院に勤務する医師会の職員の給与の支給及び臨時職員の賃金の支払に要する経費に相当する額については、平成１２年３月●日付けでＤ病院診療交付金交付要綱を定め、これに従い、委託料部分とは別に、地方自治法２３２条の２に基づく「寄付又は補助」となる診療交付金として原告に交付し、原告も診療交付金として請求していた（甲１０、３３、３５）。
ウ 原告は、上記イのとおり、本件病院の管理運営に係る費用のうち、上記人件費相当部分が寄付又は補助に当たる診療交付金として交付されていたことから、人件費相当部分については課税取引に該当しないものとして、原告の課税売上に含めずに確定申告をし、同確定申告に基づく消費税等の納付をしていた（甲３３）。
（３）平成１８年４月１日から平成２０年９月３０日までの人件費相当部分に係る確定申告
ア 上越市は、平成１５年６月１３日法律第８１号による地方自治法の改正により設けられた指定管理者制度の導入に伴い、平成１８年２月２８日、本件病院の指定管理者（地方自治法２４４条の２第３項）として指定された原告との間で、本件病院の管理業務に関して、次の条項を内容に含む協定（以下「本件協定」という。）を締結した（甲１２）。「（委託料等）
第４条甲（引用者注：上越市）は、乙（引用者注：原告）が行う管理業務の対価を委託料として乙に支払うものとする。
２ 前項の委託料は、管理業務の遂行に要する一切の費用（管理業務の遂行のため乙が採用し、及び雇用する役職員（……中略……）の退職に伴い生じる経費並びに消費税額及び地方消費税額を含む。）とする。
３ 第１項の委託料の支払方法等は、毎年度、甲乙別途協議の上定める。
４ （省略）」
イ 上越市は、上記アの本件病院の管理運営に係る費用については、物件費委託料と人件費・超過勤務手当等として摘要で区分して表示するものの、地方自治法２３２条の３の支出負担行為として支出し、原告は、「人件費」「物件費」として区分して請求していた。
ウ 原告は、上記イのとおり、本件病院の管理運営に係る費用のうち人件費相当部分についてもその他の委託料と同様に地方自治法２３２条の３の支出負担行為として支出されていたことを踏まえ、人件費相当部分を含む委託料全額が課税取引となる請負契約に基づく委託料に当たるものとして、これを「課税資産の譲渡等の対価の額」に算入して消費税等の金額を計算した上で、平成１９年５月３０日、高田税務署長に対し、平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの課税期間（以下「平成１９年３月課税期間」という。）に係る消費税等の確定申告をした（以下「本件確定申告１」という。乙２の１）。
エ 原告は、平成２０年５月３０日、高田税務署長に対し、本件確定申告１と同様に人件費相当部分を含む委託料全額を「課税資産の譲渡等の対価の額」に算入して消費税額等の金額を計算した上で、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの課税期間（以下「平成２０年３月課税期間」という。）に係る消費税等の確定申告をした（以下「本件確定申告２」という。乙２の２）。
（４）平成２０年１０月１日以降の人件費相当部分に係る確定申告等
ア 上越市及び原告は、平成２０年１０月１日、本件協定４条を次のとおり変更する旨の協定（以下「本件変更協定」という。）を締結した（甲１４）。
「（管理経費等の負担）
第４条甲（引用者注：上越市）は、乙（引用者注：原告）が行う本業務の対価として、次の各号に掲げる経費の区分に応じ、当該各号に定める委託費を乙に支払うものとする。
（１）診療等に要する人件費（……中略……）診療交付金
（２）前号に掲げる経費以外の一切の経費病院管理運営委託料
２ 前項第１号の診療交付金の支払方法等は、甲が別に定める。
３ 第１項第２号の病院管理運営委託料の支払方法は、毎年度、甲乙協議の上定める。
４ （省略）」
イ 原告は、平成２１年６月１日、高田税務署長に対し、本件確定申告１及び本件確定申告２と同様に平成２０年９月３０日までの人件費相当部分を含む委託料全額及び同年１０月１日から本件変更協定に基づき上越市から受領した病院管理運営委託料を「課税資産の譲渡等の対価の額」に算入して消費税等を計算した上で、平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間（以下「平成２１年３月課税期間」といい、平成１９年３月課税期間及び平成２０年３月課税期間と併せて「本件各課税期間」という。）に係る消費税等の確定申告をした（以下「本件確定申告３」という。乙２の３）。
ウ 原告は、平成２２年６月４日、高田税務署長に対し、本件各課税期間に係る消費税等につき、それぞれ修正申告をしたが、修正申告における「課税資産の譲渡等の対価の額」は、いずれも本件各確定申告における同費目と同額であった（乙３の１～３）。
（５）原告の本件各確定申告に対する更正請求
ア 上越市及び原告は、平成２２年１２月１日、本件協定及び本件変更協定について、上越市が地方自治法等の法令解釈を誤った錯誤があることを理由に、「取り消し、無効であることを確認し」た上で、改めて、原告が地方自治法２４４条の２第３項に規定する指定管理者として行う本件病院の管理業務に関し、管理経費等の負担について本件変更協定と同内容の条項を含む協定（以下「平成２２年協定」という。）を締結し、診療等に要する人件費については、上記（４）イ記載の平成２０年１０月１日以降に係る取扱いと同様に、課税取引に当たらない診療交付金としての経理処理を継続していた（甲１５、３３）。
イ 上越市は、平成２２年１２月２１日、原告との間で、原告が国税不服審判所等への法的手続を行っても、過納した消費税等の返還がなされないことが確定したときは、原告に対する返還請求は取り下げる旨を合意した上で、原告に対し、本件各課税期間において本件協定に基づいて支払った委託料のうち、本件人件費相当委託料に係る消費税等相当額である１億２３９０万０７４９円の返還請求をした（甲２、３）。
ウ 原告は、平成２２年１２月２７日、高田税務署長に対し、上越市との協議の結果、上越市から原告に本件協定４条に基づいて支払われた委託料の一部に上越市の支出行為が無効となる事実があったものとして、本件協定４条に規定する委託料のうち、人件費相当額分を算定基礎とした消費税相当額の委託料についての支出行為及び受領行為が無効となり、同委託料相当額を原告が上越市に返還することとする旨の合意をしたとして、同合意が、本件消費税等に係る消費税基本通達１４－１－１１の課税資産の譲渡等が無効又は取消しとなった場合に当たり、誤納となる本件消費税等につき、通則法２３条２項及び通則法施行令６条２項により、それぞれ更正をすべき旨の請求（以下「本件各更正の請求」という。）をした（甲１の１～４）。
エ 高田税務署長は、平成２３年３月１６日、本件各更正の請求の理由がいずれも通則法２３条２項３号に該当しないことを理由として、更正をすべき理由がない旨を通知する処分（以下「本件各通知処分」という。）をし（甲１６の１～３）、各通知書が、同月１７日、原告に送達された（乙４の１～３）。
オ 原告は、平成２３年５月１６日、高田税務署長に対し、本件各通知処分について、①原告が上越市に人件費相当部分を本件委託契約と同様に交付金として不課税取引とすることを提案したにもかかわらず、上越市が地方自治法の解釈を誤り、指定管理者への委託料は人件費と物件費とを一括した委託料として支払うものとし、交付金による支出を行わなかったことにより、本来不課税であった消費税の納付額が生じたこと、②上越市が本件協定を取り消し、無効としたことにより、原告が委託料として受領した本件人件費相当委託料を交付金収入とし、本件人件費相当委託料に係る消費税等相当額を返還することとしていること、③上越市の錯誤により市民の財産である公金が国に納付される結果となっているとして上越市議会における責任追及及びマスコミ報道がされている状況において、上越市からの求めに応じて原告が返還に係る手続として行ったものであることからすれば、通則法施行令６条１項２号「当該契約の成立後生じたやむを得ない事情」に該当すること、さらに、④消費税法基本通達１４－１－１１に鑑みれば、原告及び上越市が本件協定を取り消し、無効としたことにより課税取引とされた資産の譲渡自体存在しなかったこととなるものとして取り扱われるべきであり、消費税法３８条１項の売上げに係る対価の返還等をした場合の消費税額の控除の規定が適用され、本件消費税等が還付されるものとして更正を求めることに対し、更正をすべき理由がないとする理由はないこと、⑤原告が錯誤したものではなく、取引先である上越市の錯誤により本件協定が取り消され、無効とされたことによるものであり、通則法２３条２項の適用が排除されるものではないことなどを理由に、それぞれ異議申立てをした（甲１８の１～３）。
カ 高田税務署長は、平成２３年８月１１日付けで、①本件人件費相当委託料は管理業務の対価として受領されており、消費税等の課税標準となる（なお、交付金であれば資産の譲渡等の対価に該当しないことになるわけではなく、特定の政策目的の実現を図るための給付金は、反対給付を受けない給付金等であることからこれに該当しないものと解するにすぎない（消費税法基本通達５－２－１５）。本件人件費相当委託料は、本件協定に基づく管理業務の対価として支払われているのであり、資産の譲渡等の対価に該当すると認められる。平成２２年協定における委託料と交付金の区分も、役務の提供の対価の内訳にすぎず、上記の該当性の判断に影響を及ぼすものではない。）、②原告は、平成２２年協定により本件協定及び本件変更協定の無効が確認され、平成２０年９月３０日以前の課税資産の譲渡等（管理業務）が無効なものとなったこと等から、通則法施行令６条１項２号（申告の課税標準等の計算の基礎となった事実に係る契約が、当該契約の成立後生じたやむを得ない事情によって解除され、又は取り消されたこと）に該当し、通則法２３条２項３号のやむを得ない理由があるときとして、これを理由とする更正の請求が可能である旨主張するが、本件協定に基づく役務の提供がされ、平成２２年協定でも役務の内容に変更はなく、役務の提供自体を取り消して平成２２年協定に基づき改めて管理業務を行うものでもないから、平成２２年協定によっても役務の提供がされた事実（管理業務の遂行）に消長を来すものではなく、当事者間においては適正にこれが行われたものと認識されているのであって、通則法施行令６条１項２号には該当しない、③上越市が人件費等を含めて委託料としたことに地方自治法の解釈の誤りがあるわけではなく、平成２２年協定による本件協定及び本件変更協定の取消し及び無効確認は、診療に要する人件費に係る消費税等の課税の有無を動機として取消しや無効確認するものであり、その取消しや無効を租税行政庁に主張できないなどとして、これらの異議申立てをいずれも棄却する旨の決定（以下「本件棄却決定」という。）をし（甲１９）、同決定書謄本が、同日、原告に送達された（乙５）。
キ 原告は、平成２３年９月８日、国税不服審判所長に対し、本件各通知処分について、原告が上越市から受ける診療行為に係る収入は、診療行為の対価として上越市が収受する、本来消費税を課税されない健康保険法等に基づく診療報酬等を原資とするものであり、上越市が本件病院を直接経営する場合と対比すれば明らかなとおり、本件棄却決定によれば、本来課税されるべきではない収入に消費税等が課される結果となり、保険診療に係る診療行為及びその経費負担を非課税とする国策を無視するものであること、原告ではなく上越市の錯誤によるものであることから、通則法施行令６条１項２号の「当該契約の成立後生じたやむを得ない事情」に該当することを理由として、審査請求をした（甲２１）。
ク 国税不服審判所長は、平成２４年５月７日付けで、原告は、平成２２年協定において本件協定及び本件変更協定が錯誤により無効とされたことが通則法２３条第２項第３号に該当する旨主張するが、同項は、納税者において納税申告時には予想し得なかった事態その他やむを得ない事由が後発的に生じ、これにより課税の前提となった私法上の事実関係が変動し、課税標準等又は税額等の計算の基礎に変更を生じる場合に、帰責事由のない納税者に過酷な結果が生じることに対する救済の途を例外的に拡充したものであるところ、錯誤による無効は法定申告期限後に生じたやむを得ない事情に当たるとはいえないし、これをいったん有効に成立した法律行為の取消しと同視することはできない、また、上越市が地方自治法等の解釈の誤りにより診療交付金として支出することができないと判断していたとしても、それは主観的事情を理由とするものであり、これを法定の解除事由がある場合や事情の変更により契約内容に拘束力を認めるのが不当な場合、その他これに類する客観的理由のある場合に該当するとはいえず、通則法施行令６条１項２号の「当該契約の成立後生じたやむを得ない事情」による解除ということもできないなどとして、これらの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をし（甲２２）、この裁決書謄本が、同月９日、原告に送達された（甲２５）。
ケ 原告は、本件裁決後、本件各通知処分について、処分取消しの訴えを提起しても勝訴の見込みは極めて低い旨の助言を複数の弁護士から受けていた上越市との間で協議した上、処分取消しの訴えを提訴しないこととした。このため、同各処分はいずれも確定し、上越市も、上記イの合意に基づき、原告に対する本件消費税等に相当する額の返還請求を取り下げた（甲２３）。
（６）本件訴えの提起に至る経緯
原告は、平成２９年３月２２日、本件訴えを提起した。
３ 争点及び当事者の主張
（１）高田税務署職員の税務相談における回答の違法性
（原告の主張）
ア 税務相談における税務署職員の対応については、税務署職員に裁量があるとしても、税に関する法制度は複雑かつ多岐にわたり、納税者にとって分かりやすいものとはいい難いことなどからすれば、具体的な対象事項に対する消費税の課税判定の相談や照会を受けた税務署職員は、納税者から事実関係を聴取した上で、法解釈や運用を示してその見解を教示すべきであり、具体的な応答をしないとか、事実関係の不十分な確認により誤った教示をするなどした場合には、著しくその裁量の範囲を超えたものとして違法性を帯びることになる。
そして、課税庁職員は、租税法律主義の下、納税者から提出された資料等を踏まえた事実調査の上で事実を認定し、法令を解釈して課税の要否を判断する義務があり、課税に対する説明や減額を求める意思表示があった場合には、事実調査を行わない余地はなく、また、更正の請求の排他性がある以上、納税者からその減額を求める意思表示があった場合、通則法２３条１項か同条２項の更正の請求の方法による必要があり、そうでなければ減額更正を求める嘆願や上申となることを教示する義務があり、これらの義務に違反する場合には、著しくその裁量の範囲を超えたものとして違法となる。
イ これを本件についてみると、消費税法４条１項「資産の譲渡等」は「事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供（……省略……）をいう。」（同法２条１項８号）とされ、消費税基本通達５－２－１は「資産の譲渡」について「資産につきその同一性を保持しつつ、他人に移転させることをいう。」としつつ、同基本通達５－２－１５は「事業者が国又は地方公共団体等から受ける奨励金若しくは助成金等又は補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第２条第１項（……省略……）に掲げる補助金等のように、特定の政策目的の実現を図るための給付金は、資産の譲渡等の対価に該当しないことに留意する。」とし、また、同基本通達５－２－１６は、事業者が外注先に原材料等を有償支給する場合でも、同事業者が当該原材料等を自己の資産として管理するときは、資産の譲渡に該当しないとしている。
そして、本件においては、上越市から原告に対する本件人件費相当委託料を補助金の名目で支出してはいないものの、上越市が国から払下げを受けた本件病院の管理を指定管理者である原告に利益を生じない形態で委託するという「特定の政策目的の実現を図るための給付金」として支出されていることは明らかであるから、譲渡等の対価に該当することはない。また、原告は、名義上雇用契約の主体となっていたにすぎないのであるから、消費税基本通達５－２－１６に照らせば、本件人件費相当委託料の支払はそもそも資産の譲渡に該当するものではない（上越市が属する新潟県の給料表を用いたのは、上越市が病院経営の経験がなかったことによるものにすぎず、原告は自ら給与俸給表を作成することもしていない。）。
このように、原告が上越市のために本件病院の職員らと雇用契約を締結し、給与等の人件費を支払うという業務は、資産の譲渡に当たらず、仮に当たるとしても本件人件費相当委託料は資産の譲渡等の対価には当たらないのであるから、高田税務署職員は、後記の原告等から消費税等の課税に関する相談を受けた際に、①資料の収集など、事実関係の確認や調査をするとともに、消費税法４条１項所定の資産の譲渡等の解釈により本件人件費相当委託料に消費税等が課されないとの判断を示すべきであった。また、②納税者である原告から本件人件費相当委託料に係る消費税等の減額を求める意思表示がなされたのであるから、原告に対し、通則法に基づく更正の請求等に係る手続の流れを具体的に教示すべき職務上の注意義務を負っていた。それにもかかわらず、高田税務署職員は、後記のとおり、上記税務相談時に、①本件人件費相当委託料は消費税等の課税標準であり、還付できないものと判断し、事実調査等を十分に行うことなく、その旨回答し、また、②更正の請求の存在を教示するにとどまり、遅くとも平成２１年６月１日には高田税務署と原告との課税の可否に係る認識の相違が明らかであったのに、更正の請求等の不服申立手続を教示しなかったのであるから、国家賠償法上の違法があることは明らかである。
（ア）高田税務署職員は、平成１９年６月５日、上越市職員から本件人件費相当委託料に消費税が課税されない方法に係る質問に対し、「地方自治法の２３２条の２の規定による非課税対象の人件費に充てることが分かっていればよい」、「目的を設けた交付要綱を受けて協定書に明記する順序となる」として、消費税の課税の可否と関係のない規定に係る回答をするなど、消費税法の解釈が重要であったにもかかわらず、地方自治法に基づく措置が必要であることを誤信させる回答をした。
（イ）高田税務署職員は、平成２０年６月１２日、上越市職員の質問に対し、「補助金、交付金として公益法人に支出するものであれば非課税となる」と回答しているが、地方自治法２３２条の２は、公益法人に支出される場合以外にも適用されるのであるから、同法を正確に回答しているものではない。
（ウ）高田税務署職員は、平成２１年２月２４日、上越市の職員から本件人件費相当委託料が地方自治法上の交付金として支払うことを政策的に決定したものと判断でき、運用は実態が発生した時点からとなる旨の税理士の見解の是非を質問したところ、同職員は、地方自治法や消費税法の規定を引用、指摘することなく、「税理士の見解のとおりである。したがって、還付とはならない」と回答しており、同回答も、上記（ア）と同様、事実に基づいて消費税法の意義を見ることなく、安易に結論を示すものであり、適切な回答とはいえない。
（エ）高田税務署職員は、原告の代理人であるＣ税理士（以下「Ｃ税理士」という。）が平成２１年５月２６日、同年８月５日及び同年１１月１３日付けで、高田税務署職員に対し、本件契約書と本件協定とでは文言が異なるものの実質的な内容に違いがないことや人件費相当部分の実態は同一であるにもかかわらず課税・不課税の結論が異なることに疑問がある旨を照会する書面を提出していたにもかかわらず、平成２１年６月１日付けで、「今後、事実関係が変更されたり、誤りがあれば、その事実関係に係る資料等を整理し個別相談を行っていただきたい」、同年８月７日付けで「やや的外れな記載となっている」「事実関係に変更がないことから、課税上の取扱いについても変更はない」などと、地方自治法に基づく交付金か否かで消費税の課税の可否が決せられる旨の従前の誤った法解釈の下で、事実確認が不十分なまま回答したものにほかならず、著しく裁量の範囲を超えたものとして違法である。
（オ）高田税務署職員は、平成２１年８月２５日、上越市職員による本件人件費相当委託料に係る消費税等の還付を受ける方法の問合せについて、「必ずしも支出科目の名称に関わらず…消費税法基本通達１４－１－１１の適用の道があると理解される。＊交付要綱等で不課税支出特定」として、不課税支出の特定が必要な仕入税額控除の場面ではないにもかかわらず、支出の特定を厳格に行うことを求める不合理な回答をした。
（カ）高田税務署職員は、平成２２年１月４日、Ｃ税理士から上越市の行うべき処理手続の照会について、「書類の提出があれば事前の状態でも国税局に上げます」とのみ回答し、通則法に基づく更正の請求に係る具体的な説明ではない趣旨不明の回答をした。（被告の主張）
ア 一般に税務相談とは、納税申告をする際の参考とするために行政サービスとして一応の判断を示すものであって、この助言どおりの納税申告がなされた場合にその内容を是認することまでを意味するものではなく、最終的にいかなる納税申告をすべきかは、納税義務者の判断と責任に任されていることを考慮すれば、税務相談における回答ないし助言は、税務署長等の権限ある者の公式の表明と解されるような特段の事情がない限り、信頼の基礎となる公的見解というには不十分である。そして、税務相談に関し、担当者が相談者に対して調査又は助言等を行うべき旨や相談に対する回答の法的効果を定めた法令は存しないところであり、日々多数寄せられる税務相談に対する回答の正誤について国家賠償法上の責任を負うこととなれば、税務相談の維持自体が困難となることが容易に推測されることを併せ考えると、税務相談は、法的効果を伴わない行政サービスであり、回答者が個別の国民に対して正確な回答を提供すべき法的義務を負担するものではないといわざるを得ず、税務相談に対する回答が誤ったものであった場合にも、国家賠償法１条１項の適用を基礎付けるに足りる職務上の法的義務の違反があるとはいえない。
イ（ア）高田税務署職員は、相談者である上越市職員等の申立てに基づき、その範囲内で、行政サービスとして、相談者が税務手続をする際の参考とするために一応の判断を示しており、上記アのとおり、税務相談は法的効果を伴わない行政サービスであることからすれば、仮に相談への対応及び回答が不十分であったとしても、回答者が個別の国民に対して正確な回答を提供すべき法的義務を負担するものではない。
（イ）高田税務署職員は、平成２１年３月８日、上越市職員からの問合せに対し、更正の請求ができることを説明しており、さらに、上越市職員から同様の問合せを受けた原告の税理士が「税務署が言われたとおりであるが、請求ができるかとなると厳しいと思われる」などと判断していたのであって、原告は、上記税理士の判断により、本件各更正の請求に至るまで、更正の請求を行わなかったのである。このように、高田税務署職員が更正の請求等の手続を教示しなかったということはない。
（ウ）したがって、原告の主張する高田税務署職員の職務行為には、国家賠償法上の違法性は存しない。
（２）本件各通知処分の違法性
（原告の主張）
ア 高田税務署長は、納税者に係る私法又は公法上の関係を、名目だけでなく実質的に分析し、消費税法を適切に解釈して、課税の可否を判断すべき職務上の注意義務を負う。
イ 通則法２４条からすると、後発的理由による更正の請求であったとしても、課税庁が課税の誤りを発見・確認した場合は、課税の適正・充実を図るという要請に基づき、客観的事実に即した更正決定をすることが義務付けられているところ、前記のとおり、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならないことは明らかであり、原告は従前から高田税務署に対してその旨主張し、同税務署職員の示唆に基づいて後発的理由による更正の請求の手段を執ったことからすれば、高田税務署長は、診療交付金及び本件人件費相当委託料の交付申請又は請求、交付決定又は受理書等及び上越市の支払とこれを受けた原告の職員らに対する支払の流れ等に係る資料等を上越市又は原告に提出させるなどして、本件人件費相当委託料に関する実質的な資産の譲渡性及び対価性についての調査を尽くした上で、消費税法４条１項を適切に解釈し、減額の更正処分をすべきであった。
それにもかかわらず、高田税務署長は、交付金又は委託料といった名目に捉われて、これらをせず、非課税となるべき本件人件費相当委託料への課税を維持し、漫然と本件各通知処分を行ったのであるから、同処分は国家賠償法上違法である。
（被告の主張）
ア 国家賠償法１条１項の違法は、取消訴訟で問題とされる行政処分の違法性とは区別されるものであり、その存否の判断は、公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くさず漫然と処分を行うという職務義務違反性に求められるから、行政処分をするに当たり、公務員が負担すべき職務上の注意義務を果たしたと認められる限り、結果として、行政処分につき取消訴訟上の違法性があったとしても、直ちに国家賠償法上の違法性が認められることにはならない。
イ 本件各更正の請求は、法定申告期限後になされたものであり、通則法２３条２項の後発的理由による更正の請求であると解されるところ、これが認められるためには、①申告に係る税額等が過大となっていることに加え、②通則法２３条２項各号いずれかの要件を満たす必要がある。
高田税務署長は、本件各通知処分をするに当たり、上記②の要件について上越市等に対して質問を行い、その回答及び提出された資料を検討した上で、本件各更正の請求の理由については、本来これを付記すべき法的義務はないものの（通則法７４条の２参照）、通則法２３条２項３号に該当しないという根拠を明らかにして同処分をしている。
したがって、高田税務署長は、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件各通知処分をしたものではないから、国家賠償法上の違法はない。
（３）本件棄却決定の違法性
（原告の主張）
本件棄却決定は、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準となることを是認する判断をしているが、前記のとおり、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならないことは明らかであるし、既に、平成２２年協定に基づいて診療交付金として支出された人件費相当部分については、非課税取引として取り扱われていたことが判明していたことからすると、その誤りが明らかであったといえる。また、更正の請求ができる事由に当たらない旨の本件棄却決定の判断にも根拠がない。さらに、高田税務署長は、納税義務者である原告に対して質問検査をせず、原告から資料の提出を受けていない。
かかる事情からすれば、本件棄却決定は、証拠の採用が恣意的で事実認定に誤りがあり、認定事実に対する法的評価、法令又は通達の解釈及び当てはめに重大な誤りがあり、杜撰なものであって、不十分な事実認定や法令解釈又は審査を行ったものであることは明らかであり、本来は消費税法４条１項を適切に解釈するなどして、本件各通知処分を取り消すべきであったにもかかわらず、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件各通知処分の違法性を看過したものであるから、高田税務署長による本件棄却決定は国家賠償法上違法である。
（被告の主張）
高田税務署長は、本件棄却決定に当たり、上越市等に対して追加質問を行い、その回答及び提出された資料を検討した上で、同決定において、①本件人件費相当委託料が資産の譲渡等の対価に当たり、消費税等の課税標準となること、②通則法２３条２項３号のやむを得ない理由に当たる事情が存しないことについて、それぞれの解釈を明らかにした上で、異議を棄却する旨の同決定をしている。
したがって、高田税務署長は、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件棄却決定をしたものではないから、国家賠償法上の違法はない。
（４）本件裁決の違法性
（原告の主張）
ア 国税不服審判所の判断の違法性については、裁判官の職務行為と同等の厳格さは要求されず、「違法または不当な目的」を持っていた場合に限定されない。裁決機関として行政の終局的な判断を示すための議決を起案するという担当審判官たる地位に照らして尽くすべき注意義務を尽くさない場合には、国家賠償法上違法となるというべきである。
イ 国税不服審判は、職権主義及び真実発見主義を基調とするものであるところ、審査請求書には、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならない旨の記載があり、これを争点化すれば、原告の請求は認容される蓋然性があったのであるから、担当審判官は、本件裁決が依ったところの議決を行うに当たり、この点を争点とするか否かにつき釈明すべきであったのに、これを争点から落とした。さらに、後発的理由による更正の請求の可否についても、単に異議審査庁と同じ事実認定をし、関係法令及びその当てはめを極めて形式的にしか検討しておらず、かえって、本件棄却決定と同じ結論としておけば間違いはないという考えで議決した。
したがって、担当審判官は、裁決機関として行政の終局的な判断を示すための議決を起案するという担当審判官たる地位に照らして尽くすべき注意義務を尽くさなかったといえるから、本件裁決は国家賠償法上違法である。
（被告の主張）
ア 国税不服審判所は、その組織、審理手続等から判断の公正さ確保のために、裁判所に準じた配慮がとられている機関であることからすれば、国税不服審判所長が違法又は不当な目的をもって裁決をしたなど、その付与された権限の趣旨に明らかに背いてこれを行使したと認めるに足りる特別の事情がある場合に限り、国家賠償法上違法となると解すべきである。
イ 国税不服審判所は、原則として、原処分の通知書に記載された処分理由との関係における原処分の適否について審理判断すべきであり、審査請求人が処分理由と関わりのない事実について主張した場合に、直ちにその有無を争点として取り扱わなければならないものではない。
担当審判官らは、本件各通知処分における処分理由を踏まえて、本件協定及び本件変更協定が錯誤により無効とされたことが通則法２３条２項３号に当たるかが争点であると判断し、法令解釈及び事実認定をした上で、同号に該当しない旨判断を示している。そして、国税不服審判所は、「争点の確認表」を作成し、原告及び高田税務署長に交付して、原告にこれについての意見を求めたが、原告は何ら意見を述べなかった。
したがって、担当審判官らの判断および国税不服審判所長がした本件裁決に国家賠償法上の違法はない。
（５）上記（２）ないし（４）に係る国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求権の消滅時効の成否
（被告の主張）
ア 原告の主張する本件消費税等の還付を受けられなかったことに係る損害は、本件各通知処分がなされた時点において生じたものであり、原告は、同処分の送達を受けた平成２３年３月１７日には、上記損害を被ったこと及び加害者が高田税務署長であることを知った。
また、高田税務署長及び国税不服審判所長が、本件各通知処分を取り消すことなく、本件棄却決定及び本件裁決をしたことにより、原告が損害を被ったものと解したとしても、原告は、遅くとも本件裁決の謄本が送達された平成２４年５月９日には、上記損害を被ったこと及び加害者が高田税務署長及び国税不服審判所長であることを知ったというべきである。
したがって、上記（２）ないし（４）に係る原告の国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求権は、平成２７年５月９日に消滅時効が完成しており、被告はこれを援用する旨の意思表示をした（平成２９年６月２９日第２回口頭弁論期日）。
イ 上越市や原告の税理士等は、本件各更正の請求がなされる前から、本件人件費相当委託料に係る消費税等の還付につき様々な検討を重ね、高田税務署に照会をするなどしており、原告は、これらの検討を踏まえ、本件人件費相当委託料には消費税等が課されないものと考えて本件異議申立て及び本件審査請求に及んだのであるから、原告が、平成２７年９月３０日の回答によって違法性を基礎づける事実を知ったなどとは考えられず、同回答により、従前から検討、主張していたことを改めて認識するに至ったにすぎない。
（原告の主張）
ア 民法７２４条前段の「損害及び加害者を知った時」とは、単に取消訴訟の対象となる処分があったことを知っただけでは足りず、全体として、権利行使が可能となる程度の違法性を基礎づける事実をも知った時を意味すると解すべきである。
イ 原告は、本件病院に係る事業性が存しないとの指摘を受けたり、上越市が本件病院を直営病院と同視するかのような言動をとったりする中で、原告事務長が平成２７年９月３０日に総務省自治行政局行政課に問い合せた結果、指定管理者制度における委託料に対する消費税等の課税の可否は、単に委託料という名目だけで判断されるものではないと理解し、本件人件費相当委託料には対価性がなく、本件協定の文言にかかわらず消費税等は課税されないという違法性を基礎づける事実を知った。これにより、原告は、高田税務署長及び国税不服審判所長が、本件委託契約における非課税の診療交付金と実質的に同じであることに鑑みずに本件人件費相当委託料に対する消費税等の課税を維持したことは違法であるとの認識に至り、本件人件費相当委託料に係る消費税等相当額が損害であり、高田税務署長及び国税不服審判所長が加害者であると知った。
したがって、上記（２）ないし（４）に係る国家賠償法１条１項に基づく損害賠償請求権の消滅時効の起算点は、早くとも平成２７年９月３０日であるから、消滅時効は完成してない。
（６）錯誤無効に基づく不当利得返還請求の成否
（原告の主張）
原告は、Ｃ税理士又はＩ税理士（以下「Ｉ税理士」という。）を代理人として本件各確定申告をしているところ、その背景には、高田税務署職員らが本件協定に基づく本件人件費相当委託料には消費税等が課税される旨の事実上の指導があったものであり、同指導により本件人件費相当委託料が役務の提供の対価であり、同委託料は消費税等の課税標準とならざるを得ないという錯誤に陥り、それに基づき、本件各確定申告をした。高田税務署長は、原告がこのような錯誤に陥っていたことを認識しており、これは、本件各確定申告の動機として意思表示の内容となっていた。
すなわち、原告の事務長であるＪ（以下「Ｊ事務長」という。）は、平成１８年１月頃から上越市職員と協議していたところ、本件協定を締結した以降の本件人件費相当委託料について消費税等が課税されることに違和感を抱いていたことから、上越市に対して消費税等が課税されない形態での支出をするよう要請したが、上越市職員らからは、消費税等を上乗せした人件費等を委託料として支払わなければならないという行政指導があった旨説明され、原告はこれに応じなければならなくなったものであり、このような経緯から、原告は、本件人件費相当委託料が役務の提供の対価であるとして本件確定申告をしたものであるし、高田税務署長も、同税務署職員が平成１９年４月１７日、同年５月１７日及び同年６月５日にそれぞれ上越市職員と面会し、本件消費税等に対する照会に対して回答していることからすれば、原告の上記認識を知っていた。そうすると、原告の本件消費税等に係る本件各確定申告における動機については、公法上の意思表示の内容となっていたものといえる。そして、原告は、平成１９年４月１７日には、高田税務署職員から本件人件費相当委託料に係る消費税等が不課税とはならない旨の回答を受けていたものであるし、上越市職員やＩ税理士は平成１８年２月２８日以前に高田税務署職員から原告が運営受託者から指定管理者となるに伴う人件費に充てられる委託料に係る消費税等の課税の可否について、補助金要綱等で使途を特定した上での支出でなく委託料に含まれるのであれば、人件費に相当する部分も消費税等の課税標準となる趣旨の指導を受けていた。
このように、原告は、高田税務署職員の指導等により上記錯誤に陥らなければ、本件人件費相当委託料に係る本件消費税等を含めた本件各確定申告をしておらず、一般人においてあえて消費税等を余計に納税するとも考えられないから、上記錯誤は重要なものである。そして、上記錯誤は、課税要件の根幹に関わる重大なものであり、是正を許さなければ原告の利益を著しく害する特段の事情が存する。
したがって、本件各確定申告における本件消費税等の申告部分は、錯誤により無効であるから、これについて納税義務は発生せず、同消費税等に相当する金額は、法律上の原因なく原告の損失かつ被告の利益となっているから、原告は被告に対し、同金額についての不当利得返還請求権を有する。
（被告の主張）
原告は、上越市と協議した上で、同市の求めに応じて本件協定を締結し、委託料全額が課税となる本件各確定申告をしたのであるから、原告が高田税務署職員の指導によって原告の主張するような錯誤に陥っていたとは考え難い。
（７）上記（６）の不当利得返還請求権の消滅時効の成否
（被告の主張）
租税債務の不存在部分に対応する過納税金は、通則法５６条の過誤納金に当たり、民法の不当利得の規定の適用はなく、これは「還付金等に係る国に対する請求権」（通則法７４条１項）に該当するから、その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって時効により消滅する。
そして、過誤納金の返還について、「その請求することができる日」とは、無効な申告又は賦課処分に基づく納付の場合、その納付のあった日と解すべきである。
したがって、原告は、平成２１年４月２４日までに、本件各確定申告の消費税等を納付し、さらに、平成２２年６月４日には、修正申告による消費税等を納付しているから、本件訴訟が提起された平成２９年３月２２日の時点において、全ての不当利得返還請求権が時効により消滅しており、被告はこれを援用する旨の意思表示をした（平成２９年１２月１４日第５回口頭弁論期日）。
（原告の主張）
原告は、高田税務署との協議を経て、本件各更正の請求、本件各通知処分に対する異議申立て、審査請求を行い、平成２４年５月９日に本件裁決に係る裁決書謄本を受領したが、高田税務署との事実上の協議を除き、本件各更正の請求及び不服申立手続において、本件各確定申告が一応有効であることを前提として主張しており、本件消費税等の納付が原始的に法律上の原因を欠いていると明確に主張していなかった。そもそも、本件各確定申告の一応の有効を前提として本件各処分の取消しを求めることと、本件各確定申告が無効であると主張することは実体法上両立しない。
したがって、不服申立手続による判断が一応確定した日、すなわち、原告が本件裁決の裁決書謄本を受領した日から６か月が経過し、本件各通知処分の取消訴訟を提起することができなくなった平成２４年１１月１０日が、「その請求をすることができる日」であるというべきである。
そうすると、本件訴訟において不当利得返還請求を請求原因として挙げた準備書面を提出した平成２９年８月２９日においても、５年を経過していないから、通則法７４条１項に基づく誤納金返還請求権は時効により消滅していない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（高田税務署職員の税務相談における回答の違法性）について
（１）認定事実
前記前提事実（３）、（４）並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 高田税務署職員による上越市職員の照会に対する回答
（ア）上越市職員は、平成１９年５月１７日、国立病院から移譲を受けた病院等の例を参考に起案した協定案を持参した上で、同条項案について、不課税取引とされる地方自治法２３２条の２「寄付又は補助」に該当するか、役務の対価としての課税取引になるかを照会したところ、高田税務署職員は、上越市職員に対し、上記協定案中、市の政策として支払いをする交付金については不課税取引に、その他の委託料は役務の対価としてのものであり課税取引に該当する旨回答した上で、補助金・交付金の支出は市によってされることから、市がその支出の理由や目的を要綱で定める必要があること、平成１８年３月以前の取引については以前確認したことがあること、原告との間で人件費に充てることを協定等で定めておくべきこと、消費税については単年度ごとにどのような取り決めになって運営されているかを重要視すること、検討しているような方法であれば、人件費相当部分については交付金が充てられるものとして、平成１７年度と同様の取扱いで差支えがないこと、本件協定における委託料に係る規定は、役務の対価に対する委託料としか解釈できないため、全額が課税取引となると解されることを回答した（甲６５）。また、高田税務署長は、上記回答に先立つ同年４月２５日にも、上越市による本件人件費相当委託料に対する消費税等に係る照会について、同様の回答をしていた（甲４０、５２）。
（イ）高田税務署職員は、平成１９年６月５日、上越市職員が協定案を持参した上で、上記（ア）の回答を踏まえて交付金が人件費に充てられるものであることを明確に表現するほか、本件病院の安定的な経営を支えるためという目的を定めることの是非等を照会したところ、上越市が地方自治法２３２条の２の規定による非課税対象の交付金を交付し、医師会がこれを非課税対象の人件費に充てることが分かれば足りることや同目的に問題がない旨回答した（甲３２、６５）。
（ウ）高田税務署職員は、平成２０年６月１２日、上越市職員が、地方自治法２３２条の２では公益上必要があるときは交付金として支出できるとされていることから、指定管理に関する協定で交付金と委託料とに分けて定めれば指定管理者制度移行後も従来の交付金と実質的に差異がなければ、非課税になるか、一括委託料として支払ったことにより課税されて納付した消費税を還付してもらうことは可能かにつき照会したところ、同条の規定による補助金、交付金として公益法人に支出するものであれば非課税となること、納付済みの消費税については返還とはならないことをそれぞれ回答した（甲３２）。
（エ）高田税務署職員は、平成２１年２月２４日、上越市職員が、本件の委託料に係る消費税について、複数の税理士から「市が使途を限定し、その部分を地方自治法に規定された交付金として支払うことを政策的に決定したことと判断できることから、適用は実態が発生した時点からとなる。」とする見解が示されていることにも言及した上で、本件消費税等還付の可否につき照会したところ、税理士の見解のとおり還付とはならない旨回答した（甲３２、３３）。
（オ）高田税務署職員は、平成２１年３月８日、上越市職員が、還付を遡及させるのではなく、平成１８年度以降の処理等が間違っていたとして、訂正することを求めた場合の修正申告の可否につき照会したところ、申告内容に誤りがあり、契約書や会計処理も間違っていたことが明らかであれば、事前協議を経た上で、更正の請求を受理できるが、これまで複数の協議を行った経緯からすれば平成１８年度以降の処理等が間違っていたと認定されるか疑義がある旨回答した。上越市職員は、その後、Ｉ税理士に同様の問合せをし、Ｉ税理士は、税務署の回答を肯定した上で、更正の請求ができるかは厳しいと思われる旨回答した。（甲３３）
（カ）高田税務署職員は、平成２１年８月２５日、上越市職員からの経理処理と訂正方法に係る照会について、支出科目の名称にかかわらず、交付要綱等によって特定することにより、上越市の支出が地方自治法２３２条の２に基づくものであることが確認できるように行政手続がとられたならば、消費税法基本通達１４－１－１１を適用する余地があると理解される回答をした（甲５２）。
イ 高田税務署職員の原告の照会に対する回答
（ア）Ｃ税理士は、平成２１年６月１日、原告の代理人として、「Ｄ病院の指定管理に係る消費税課税の疑義について（照会）」と題する書面を持参し、高田税務署職員に対し、人件費相当部分については本件協定締結の前後を通じ実態に何らの変更もないにもかかわらず、課税・不課税の別が生じたことについて疑義があるとし、その理由について、本件病院における医療従事者の人件費は、本件病院の設置者である上越市の行う医療業務に係る直接人件費であり、原告が行う指定管理業務に含まれることはあり得ないのであって、本件人件費相当委託料に係る消費税申告においては課税客体が存在しない、したがって本件協定には瑕疵があり、瑕疵ある無効な協定書に基づき誤って課税取引としたものであるとして本件人件費相当委託料への課税は取消しの対象となり得るかを照会した。これに対し、同税務署職員は、本件人件費相当委託料に係る消費税については、既に平成１９年４月１７日、同年５月１７日及び同年６月５日に回答済みであり、事実関係について従前の回答時と変更もないこと、上記疑義については仮定の問題であり回答が難しいこと、以後事実関係の変更や誤りがある場合には、資料等を整理した上で個別相談を求められたいことを回答した（甲４０）。
（イ）Ｃ税理士は、高田税務署に対し、平成２１年８月５日付けで「指定管理制度の行政事務手続きの不備に起因する支出項目の誤りを訂正した場合に消費税過大申告の取消の可否について（Ｄ病院の診療交付金に係る消費税）（照会）」と題する書面を提出し、表記の件の原因は、本件協定中の条項の表現の不備により支出科目を誤ったものであり、支出科目を是正することにより消費税課税の取消の申立てを行う予定であるとした上、上記是正の具体的な方法として２案を挙げ、これらの予算・決算訂正処理による誤りの是正という方法での本件人件費相当委託金に係る消費税の課税の取消の可否を照会した。これに対し、高田税務署職員は、上記書面の是正方法に係る記載について、当該消費税が還付され、上越市に同相当額が返還された場合の同市における会計上の受け入れ方法が記載されているのみで、原始契約の取消し・再契約や支出科目の法令上の訂正方法などの具体的な是正方法ではなく、やや的外れな記載になっているなどとした上で、同月７日、同署を訪れたＣ税理士に対し、同時点では事実関係に変更がないことからその課税上の取扱いにも変更がない旨回答するとともに、以後事実関係の変更が生じたり、誤りが判明したりすれば、当該事実関係に係る資料等を整理した上で個別相談をされたい旨回答した（甲４０）。
（ウ）Ｃ税理士は、高田税務署職員に対し、平成２１年１１月１３日付け照会文書を提出して、本件協定には違法性があるものではないことから、消費税法基本通達１４－１－１１（取引が無効又は取消しとなった場合の資産の譲渡等の取扱い）が適用可能となるような状況への是正等は実現不可能と考えていること、本質的な問題は、原告が指定管理者として受託した本件病院の管理委託は実費弁償方式（原告は一切の経営責任を負わず、当該事業における利益も一切求めない）であって、かかる業務については委託者（上越市）自身の取引として消費税を考えることとなるから、人件費相当部分は本質的に消費税の対象外にあると考えられること等を指摘して考え方を照会していたところ、平成２２年１月４日、同署を訪れたＣ税理士に対し、同署職員は、「契約の無効又は取消し」がない状態では、通則法上の契約の解除等に該当する事実がないことから更正請求はできず、課税取引といわざるを得ない旨回答し、原告の実費弁償方式に係る指摘については、私見として、裁判においては主張の趣旨が認められる可能性があるかも知れないが、現状の行政上は、原告が考え方の根拠とした法人税の通達が消費税に及ぼされるものではないと考える旨付言して回答した。さらに同日、Ｃ税理士が、上越市が行うべき処理手続について事前指導を受けたい旨述べたところ、同署職員は、書類の提出があれば、事前の状態でも国税局に上げる旨回答した。（甲４０）
（２）高田税務署職員の税務相談における回答の違法性の有無
ア 国家賠償法１条１項は、国又は公共団体の公権力の行使に当たる公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背して当該国民に損害を与えたときに、国又は公共団体がこれを賠償する責任を負うことを規定するものであり、公権力の行使に当たる公務員の行為が同項の適用上違法というべきものに当たるか否かは、当該公務員の行為が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したか否かによって判断されることになる（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁参照）のであって、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り、上記の違法の評価を受けると解すべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁参照）。
イ そして、申告納税方式の下においては、納税者が自主的に課税標準、税額等について十分な調査をした上で計算し、自己の判断と責任に基づいて、適正な申告をすることが義務付けられていることに加え、税務署職員による税務相談に関し、これに対応する担当者が調査ないし助言等を行うべき義務や相談に対する回答の法的効果を定めた法令は存在しないことからすれば、税務相談における回答は、あくまで、相談者からの一方的な申立てに基づき、その申立ての範囲内で、納税申告方式における納税者の適正な申告を補助するために担当者の一応の判断を行政サービスとして示すものにすぎず、納税者の判断を法的に拘束するものではないのであって、最終的にいかなる納税申告をすべきかは納税者の判断と責任にゆだねられているというべきである。
また、申告納税方式においては、納税者の申告により納税義務の内容は確定し、納税者においては申告税額が過大であったとしても、いったん確定した納税義務の内容の変更を求めるには、通則法２３条の更正の請求によらなければならないのであり、通則法２４条の更正を行うようその職権発動を求められた場合に、税務署長を含む税務署の職員には、その求めに応じた更正を行う義務が発生するものではないし、仮に、当該納税者の課税に係る税務調査を行うとしても、いかなる時期に、いかなる場所で、いかなる者に、いかなる範囲で行うかは、その合理的な裁量にゆだねられているというべきである。
かかる事情からすれば、税務署職員による税務相談における回答は、相談者から提示された事実関係を前提に照会されている事項に対する回答をすれば足り、相談者が提示していない事項についてまで積極的・網羅的に調査した上で、問題点を網羅した正確な回答をしなければ、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしたことにならないものではないというべきである。したがって、仮に回答内容に、事後の網羅的な調査・検討の結果得られる内容とは異なる部分、あるいは不足の部分があったとしても、そのことから直ちに当該回答を行った税務署職員の行為に国家賠償法１条１項の違法があったとの評価を受けるものではない。
ウ これを本件についてみるに、上記認定事実によれば、上記（１）ア（ア）ないし（ウ）の税務相談における上越市職員の照会に対する高田税務署職員の回答（上記（１）ア（ア）の回答については、原告の準備書面等において明示的にその違法性が主張されているものではないが、全体としてこれを主張する趣旨を含むものと善解して判断する。）は、全体として、上越市職員による本件人件費相当委託料に係る課税取扱いや、新たな協定案における人件費相当部分が消費税等の課税標準となり得る課税取引に該当するか否かに関する照会について、提供された協定案や本件協定などの規定に基づいて、上越市が地方自治法２３２条の２「寄附又は補助金」として支出している場合には基本的には不課税取引となることや、交付要綱により交付金が充当される旨を明らかにすることにより不課税取引として消費税等の課税の対象となる取引には当たらなくなる旨を回答しているのであって、その回答自体に誤りがあるとはいえないし、上記照会に基づいて、平成２０年３月課税期間以降、人件費相当部分に消費税等が疑義なく課税されないようにするために考え得る手段を教示、助言していたものといえる。
また、上記（１）ア（エ）及び（オ）の税務相談における高田税務署職員の回答については、前者は上越市の照会に係る税理士の意見に誤りがないことを回答するとともに、本件消費税等の還付に消極的な同税理士の結論と同様に還付に消極である旨回答したものであり、後者は是正手段としての修正申告に消極である旨回答した上で、むしろ更正の請求の手続によって是正される可能性があることを教示するものであるから、高田税務署職員の上記各回答は、いずれも還付や修正申告の可否に係る照会に対しその意見を回答するとともに、一定の事実関係が確認できる場合には更正の請求により救済され得ることについても回答していたものといえる。
さらに、上記（１）ア（カ）の税務相談については、高田税務署職員は、地方自治法２３２条の２「寄附又は補助」としての支出として取り扱われるためには、上越市からの支出方法が交付要綱等により同条項に基づく支出であることが確認できるよう行政手続がなされるべく、交付要綱によりその支出が同条項に基づく支出であると特定する手続を勧めるものであって、交付要綱の変更という特定の行政手続を経なければおよそ本件人件費相当委託料が非課税となることはないなどといった意見を回答しているものではなく、同回答をもって誤った内容を回答したものということもできない。
加えて、上記（１）イ（ア）ないし（ウ）の原告の税務相談に対する高田税務署職員の対応についても、Ｃ税理士から、人件費相当部分が課税の対象となるかの問合せを受けたことから、これに関しては基本的に従前の回答と同様である旨を回答し、事実関係が変更されるなどした場合には改めて具体的・個別的に相談することを促したものである。事実関係について変更が生じていない以上、前記問合せに対する応答として直ちに不十分であるということはできないし、Ｃ税理士が人件費相当部分は本質的に消費税の対象外と解するべきであるとして照会した部分については、基本的に従前と同様の見解（課税取引であって更正請求できない）を示した上で、私見としながらも、裁判手続等においては原告の主張の趣旨が認められる可能性があるかも知れない等として、別途の考え方があり得ること等も付言している。
以上からすれば、上記（１）ア及びイにおいて、高田税務署職員が上越市又は原告からの税務相談（照会）に対する回答について、その職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしていないということはできない。
（３）原告の主張に対する判示
ア 原告は、本件人件費相当委託料は消費税等の課税標準とならないことが明らかであるところ、高田税務署職員は、遅くとも平成１９年６月頃には原告が本件人件費相当委託料に対する消費税等の課税について疑義を有しており、その課税に対する意見が原告と課税庁とで異なることを認識していたのであるから、原告と上越市との間で本件協定を締結する以前の人件費に関する資料を収集するなど、十分な事実関係の確認及び調査をし、実質的には本件人件費相当委託料の支弘が消費税法４条１項所定の資産の譲渡等に該当するものではなく、少なくとも資産の譲渡等が消費税等の課税の対象として必要な対価性を有しない旨の解釈をして、本件人件費相当委託料に対して消費税等は課税されないとの判断を示すべきであった旨主張する。
しかしながら、本件協定に基づく本件人件費相当委託料の支払が消費税等の課税の対象となるか否かは、原告と上越市との間で平成１８年４月１日以降に変更された人件費相当部分の支払に係る実体法上の権利関係を基礎として判断する必要があり、そのためには原告のみならず上越市の契約関係に係る認識のほか、本件協定においてどのように定められているか、当該委託料が、本件病院の管理業務と対価性を有しているかといった事情を総合して判断する必要があるところ、前記前提事実（２）、（３）のとおり、上越市は、平成１８年４月１日以降、本件人件費相当委託料について、本件協定に基づいて管理業務の遂行に要する一切の費用として地方自治法２３２条の３により支出負担行為に基づいて支払うようその取扱いを変更したのであるから、同法２３２条の２「寄附又は補助」として交付していた平成１８年３月以前における人件費相当部分に係る消費税等の取扱いのみから課税の可否を即断できるものではない。そして、上記（２）イのとおり、税務相談においては相談者から提示された事実関係に基づいてその照会の範囲内で一応の判断を回答するものであり、積極的・網羅的調査義務を負うものではないところ、前記（１）ア及びイの認定事実によれば、上越市職員の税務相談は、主として将来の課税取扱いを念頭に、本件協定締結以前と同様の不課税取引としての取扱いを確保するため、高田税務署が指摘した方法（地方自治法２３２条の２の「寄附又は補助」による支出とすること）を具体化し、実現する方法について、新たな協定の定め方や上越市の支出方法について照会をしているものというべきであるから、これらの照会が税理士の関与のもとに行われていることに鑑みても、かかる照会を受けた高田税務署職員において、それ以上に原告が主張するような調査を尽くし、本件人件費相当委託料の実質に照らした「資産の譲渡等」該当性等に係る判断を示すべき義務があったとはいえない。Ｃ税理士については、確かに、人件費相当部分は本質的に消費税等の対象外と解すべきである等として、より実質・実態に即した解釈の可能性を指摘して照会している面もあるものの、税務を専門とする同税理士の照会自体も、その法的な根拠は必ずしも判然としない部分があり、少なくとも原告の主張するような消費税等の課税の対象として必要な対価性等に的確に焦点を当てたものとなっているとはいい難い。かかる照会に対し、高田税務署職員は、基本的に従前と同様とする見解を示した上で、上記のとおり、私見として、原告の主張の趣旨が認められる可能性があるかも知れないなど別途の考え方があり得ること等も付言しているのであって、かかる状況において、同職員が、原告の主張するような調査を尽くし、資産の譲渡該当姓や対価性に係る調査をしなかったとしても、そのことから同税務署職員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該照会に対する回答をしたと認め得るような事情があるということはできず、原告の上記主張は採用できない。
イ また、原告は、更正の請求の原則的排他性の原則が厳格に解されており、納税者である原告から本件人件費相当委託料について納付した消費税等の減額を求める意思表示がなされたのであるから、高田税務署職員は、原告に対し、通則法に基づく更正の請求等の手続を具体的に教示すべき職務上の注意義務を負っていた旨主張する。
しかしながら、上記（１）アの認定事実及び証拠（甲５２）によれば、本件人件費相当委託料に対する消費税等の課税の可否に係る税務相談においては、上越市の職員らとともに、Ｉ税理士が平成１９年４月の開始当初から参加していたものと認められることからすれば、上記税務相談において、既に確定申告して納付した消費税等の是正を求める手段としての更正の請求の存在がその前提として把握されていなかったとは考え難く、また、高田税務署職員は、上記（１）ア及びイのとおり、本件消費税等の還付の可否については、還付に消極的である旨一貫して回答していたのであるから、上記還付に消極的な回答をした上で、殊更に還付に係る具体的な手続を教示すべき義務があったと認めることもできない。
なお、原告は、更正の請求制度の存在自体ではなく、還付に至る具体的な手続教示がなかったことを不備として主張していることからすると、原告が主張する高田税務署職員の手続教示義務違反は、要するに、本件人件費相当委託料が非課税であると判断した上で、原告に対して還付される具体的な手続を教示しなかったことを不備として主張しているものにすぎないといえ、上記アのとおり、上越市及び原告の税務相談における高田税務署職員の回答が、同税務署職員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該照会に対する回答をしたと認め得るような事情があるということもできないのであるから、この点に関する原告の主張も採用することはできない。
ウ 以上によれば、原告の上記主張は採用することができず、高田税務署職員による税務相談への対応は、国家賠償法上違法であるとはいうことはできない。
２ 争点（２）（本件各通知処分の違法性）について
（１）上記１（２）アのとおり、公権力の行使に当たる公務員の行為が国家賠償法１条１項の適用上違法と評価されるためには、当該公務員の行為が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したか否かによって判断されることになるのであって、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り、上記の違法の評価を受けると解すべきであるから（前掲最高裁昭和６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁、前掲最高裁平成５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁参照）、高田税務署長が行った本件各通知処分における認定判断に誤りがあったとしても、そのことから直ちに国家賠償法１条１項にいう違法があったとの評価を受けるものではなく、本件各通知処分のために資料を収集し、これに基づき認定判断をする上において、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と各処分をしたと認め得るような事情がある場合に限り、違法の評価を受けるものと解するのが相当である。
（２）上記（１）を前提に、高田税務署長が、本件各通知処分に当たり職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしたか否かについて検討するに、原告は、課税庁には、通則法２４条により、後発的理由による更正の請求であったとしても、課税の誤りを発見・確認した場合には、客観的事実に即した更正決定をする義務があるところ、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならないことは明らかであるから、高田税務署長は、本件各更正の請求の審理に当たり、上記誤りを発見・確認した上で、同条項に基づく減額の更正処分をすべき義務があった旨主張する。
しかしながら、通則法２４条の更正は、課税庁がもっぱら職権で行うものであるところ、高田税務署長が本件各更正の請求の審理に当たり、本件人件費相当委託料に係る取引が消費税等の課税の対象とならない取引に基づくものであることを基礎づける資料を有していたと認めるに足りる証拠はなく、そうすると、高田税務署長が職権をもって通則法２４条に基づく更正処分をしなかったことをもって、職務上負担する法的義務に違背したと認めることはできない。
また、原告は、高田税務署長が本件協定に基づく本件人件費相当委託料について、実質的に資産の譲渡性又はその対価性がないかどうか調査を尽くすべきことが明らかであったのに、これをしなかったことが職務上負担する法的義務に違背したかのような主張をするが、通則法２４条に基づく更正処分がもっぱら職権でなされることからすれば、税務署長が同更正処分のために調査を行う義務を国民に対して負担するものではなく、その調査を行うとしても、その時期、場所、対象、範囲は、その合理的な裁量にゆだねられているものといえるところ、前記前提事実（５）、前記１（１）ア及びイの認定事実並びに証拠（甲３５）によれば、高田税務署長は、同税務署職員が本件各更正の請求前から数年間にわたり上越市及び原告から本件消費税等の還付に係る税務相談を受けていたのであり、さらに、本件各更正の請求後に、上越市に対し、更正の理由に係る錯誤の内容やその根拠等について質問するとともに、本件各更正の請求に至った経緯に関する資料の提出を求め、上越市からの回答や資料の提出を受けた上で、本件各通知処分に至ったことが認められ、かかる事情からすれば、原告が指摘する事項までも高田税務署長が調査していなかったとしても、その職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件各通知処分をしたと認め得るような事情があるとはいえない。
（３）したがって、高田税務署長が減額の更正処分をすべき注意義務があったとはいえず、高田税務署長による本件各通知処分が国家賠償法上違法であるということはできない。
３ 争点（３）（本件棄却決定の違法性）について
（１）上記１（２）ア及び２（１）のとおり、公権力の行使に当たる公務員の行為が国家賠償法１条１項の適用上違法と評価されるためには、当該公務員の行為が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したか否かによって判断されることになるのであって、当該公務員が職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく、漫然と当該行為をしたと認め得るような事情がある場合に限り、上記の違法の評価を受けると解すべきであるから（前掲最高裁昭和６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁、前掲最高裁平成５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁参照）、高田税務署長が行った本件棄却決定における認定判断に誤りがあったとしても、そのことから直ちに国家賠償法１条１項にいう違法があったとの評価を受けるものではなく、本件棄却決定のために資料を収集し、これに基づき認定判断をする上において、職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と各処分をしたと認め得るような事情がある場合に限り、違法の評価を受けるものと解するのが相当である。
（２）上記（１）を前提に、高田税務署長が本件棄却決定をするに当たり職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしたか否かについて検討するに、原告は、本件棄却決定時においては、平成２２年協定に基づく人件費相当部分が不課税として取り扱われていたのであるから、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならないことは明らかであり、高田税務署長は通則法２４条に基づいて減額更正処分をすべき義務があった旨主張する。
しかしながら、前記前提事実（３）及び（４）のとおり、本件人件費相当委託料は、平成２２年協定に基づく人件費相当部分とは異なる方法により支出されたことからすれば、平成２２年協定に基づく人件費相当部分に係る消費税等の課税取扱いのみから、本件人件費相当委託料が消費税等の課税標準とならないことが明らかであるなどということはできないのであって、その他本件人件費相当委託料が消費税等の課税の対象とならない取引に基づくものであることを基礎づける資料を高田税務署長が有していたと認めるに足りる証拠はなく、そうすると、高田税務署長が職権をもって通則法２４条に基づく更正処分をしなかったことをもって、職務上負担する法的義務に違背したと認めることはできない。
（３）また、原告は、高田税務署長が、原告に対して質問検査をせず、原告から資料の提出を受けていない点をもって職務上通常尽くすべき注意義務を尽くしていない旨主張するようであるが、上記２（２）のとおり、高田税務署においては、原告及び上越市から本件消費税等の還付に係る税務相談等を数年にわたり受け、その事実確認等をしていたことに加え、証拠（甲３７の１・２）によれば、同税務署長は、上越市に対し、本件棄却決定に先立ち、本件協定の締結に至る経緯、交付金を遡及して支払う根拠等に関する追加の質問をし、追加の資料の提出を求め、同質問に対する回答や提出された資料を検討の上、本件棄却決定をしていることが認められるから、原告が指摘する調査を実施していないことをもって、直ちに職務上通常尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と各処分をしたと認め得るような事情があると認めることはできない。
（４）したがって、高田税務署長による本件棄却決定が国家賠償法上違法であるということはできない。
４ 争点（４）（本件裁決の違法性）について
（１）上記１ないし３のとおり、国税不服審判所長による裁決についても、これが国家賠償法１条１項の適用上違法と評価されるためには、当該公務員の行為が個別の国民に対して負う職務上の法的義務に違反してなされたものであることが必要であると解される。
（２）そこで検討するに、原告は、国税不服審判は職権主義及び真実発見主義を基調とするものであり、審査請求書には人件費相当部分が消費税等の課税の対象とならない旨の記載があり、これを争点化すれば原告の請求は認容される蓋然性があったことからすると、担当審判官にはこの点を争点とするか否かについて釈明すべき法的義務があった旨主張する。
しかしながら、証拠（乙６、７）及び弁論の全趣旨によれば、本件裁決の担当審判官は、原告に対し、従前の主張に基づく争点は、本件協定及び本件変更協定が錯誤により無効であることが通則法２３条２項３号のやむを得ない理由に当たるか否かであるとした上で、この点に関する原告と高田税務署長の主張を整理した「争点の確認表」を送付し、その内容に関する意見を求めたこと、同表には、同表が争点を明確にする目的で作成されたものであり、新たに同表と異なる主張をしたり、追加の主張をしたりする場合には、改めて書面で提出する必要がある旨記載されていたが、原告からは追加書面の提出はなかったことが認められ、かかる事情からすれば、担当審判官が、上記表に記載された争点以外の争点について釈明しなかったとしても、そのことがその職務上負担する法的義務に違背しているということはできず、原告の上記主張を採用することはできない。
（３）したがって、国税不服審判所長による本件裁決が、職務上の法的義務に違反してなされたものであると認めることはできず、本件裁決が国家賠償法上違法であると認めることはできない。
５ 争点（６）（錯誤無効に基づく不当利得返還請求の成否）について
（１）消費税法は消費税について申告納税方式を採用しているところ、通則法が、申告書記載事項の過誤の是正について、更正の請求等の特別の規定を設けているのは、課税標準等の決定については、最もその事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるという国家財政上の要請に応じるものであり、納税義務者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと認めたためであると解される。
そうすると、確定申告書の記載内容の過誤の是正を求めるためには、原則として更正の請求によらなければならず、これによらずに記載内容についての錯誤を主張することが許されるのは、その錯誤が客観的に明白かつ重大であって、更正の請求以外にその是正を許さないとすれば納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合に限られると解すべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２２日第二小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。
（２）これを本件についてみると、原告の主張するところは、要するに、平成１８年度の本件協定締結に際し、本件人件費相当委託料が消費税法４条１項の資産の譲渡等に該当せず、仮に該当するとしても消費税が課税される対価性のある資産の譲渡等には該当しないものとして非課税である旨の解釈が可能であったにもかかわらず、上越市から、指定管理者制度の導入後は人件費相当部分の支出は、一括した委託料の支払の形式によらざるを得ず、そのような法律関係に変更せざるを得ないこと（その場合には、人件費相当部分を含む委託料全体が消費税等の課税標準となること）等の説明を受け、その旨誤信したことから、上記のような解釈の余地に気づかず、人件費相当部分を含む委託料全額が消費税等の課税標準に該当するとの前提で本件確定申告を行ったというのであり、これをもって重大な錯誤があった旨主張するものである。
しかしながら、原告の上記主張自体からしても、また前記認定事実及び証拠（甲３８）等からしても、原告は、人件費相当部分を含む本件協定に係る委託料全額が消費税等の課税標準となる前提で本件協定を締結し、これに基づいて本件各確定申告を行っているのであって、その限りにおいて本件各確定申告（公法上の意思表示）に何らかの錯誤があるとは認められない。原告の主張する上記法令解釈に係る「錯誤」は、結局のところ、要するに、本件各確定申告に際し、人件費相当部分について消費税の課税を回避し得るような他の解釈の余地がないと誤解したというにとどまるものといわざるを得ないが、本件に現れた全事情に照らしてみても、原告の主張するかかる「錯誤」が客観的に明白かつ重大であるということはできないことはもちろん、更正の請求以外にその是正を許さないとすれば原告の利益を著しく害すると認められる事情があるともいえない。
原告は、平成１８年２月２８日以前に高田税務署職員が委託料に含まれるのであれば人件費に相当する部分も消費税等の課税標準になる趣旨の指導を受けていたなどとして、高田税務署職員の回答が原告の上記誤解を惹起させたかのような主張をし、更正の請求以外にその是正を許さないとすれば原告の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある旨主張する。しかしながら、高田税務署職員が、平成１８年２月２８日以前に、上越市又は原告の税務相談において、本件人件費相当委託料が消費税法４条１項の「資産の譲渡等」に該当することやその対価性があるなど、その解釈に係る回答をしたことを認めるに足りる的確な証拠は見当たらないことに加え、前記１において判示したとおり、高田税務署職員は、平成１９年５月１７日以降、上越市又は原告の税務相談における照会に対し、その照会の範囲で回答していたものと認められるところ、上越市又は原告から同日以降の税務相談においても、消費税法４条１項の解釈について的確な照会がされていたものとは認められないことは前示のとおりであって、このことからすれば、これに先立つ平成１８年２月２８日に以前の時点において、高田税務署職員が、人件費相当部分について同条項の適用があるとの解釈しか採り得ない旨の断定的な意見を回答していたことは考えにくいといわざるを得ない。したがって、高田税務署職員が同日以前の税務相談において原告が主張する内容の回答をしたと認めることはできず、原告の上記主張はその前提となる事実を欠くものとして採用できない。
（３）したがって、本件各確定申告における本件消費税等の確定申告部分のみが錯誤により無効になる旨の原告の主張には理由がなく、その余の点を判断するまでもなく、原告が被告に対し、上記錯誤を理由に本件消費税等相当額が不当利得になるとして、その返還を請求することはできない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、主位的請求及び予備的請求のいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第１４部
裁判長裁判官 手嶋あさみ
裁判官 小島清二
裁判官 大須賀謙一
（別紙）
関係法令等の定め
第１ 消費税法（平成２２年法律第６号による改正前のもの）の定め
１ 消費税法２条１項８号は、同法において、資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう旨規定し、同項９号は、同法において、課税資産の譲渡等とは、資産の譲渡等のうち、同法６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものをいう旨規定している。
２ 消費税法４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等には、同法により、消費税を課する旨規定している。
３ 消費税法２８条本文は、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。）とする旨規定している。
第２ 消費税法基本通達（平成７年１２月２５日付け課消２－２５（例規）ほか）の定め
１ 消費税法基本通達５－２－１５は、事業者が国又は地方公共団体等から受ける奨励金若しくは助成金等又は補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律２条１項に掲げる補助金等のように、特定の政策目的の実現を図るための給付金は、資産の譲渡等の対価に該当しないことに留意する旨規定している。
２ 消費税法基本通達５－２－１６は、事業者が外注先等に対して外注加工に係る原材料等を支給する場合において、その支給に係る対価を収受することとしているときは、その原材料等の支給は、対価を得て行う資産の譲渡に該当するのであるが、事業者がその支給に係る原材料等を自己の資産として管理しているときは、その原材料等の支給は、資産の譲渡に該当しないことに留意する旨規定している。
３ 消費税法基本通達１４－１－１１は、課税資産の譲渡等を行った後、当該課税資産の譲渡等が無効であった場合又は取消しをされた場合には、当該課税資産の譲渡等はなかったものとする旨、当該課税資産の譲渡等の時が当該無効であったことが判明した日又は取消しをされた日の属する課税期間前の課税期間である場合において、当該判明した日又は取消しをされた日に売上げに係る対価の返還等をしたものとして、消費税法３８条１項の規定を適用しているときは、これを認める旨規定している。
第３ 国税通則法（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下「通則法」という。）の定め
１ 通則法１６条１項は、国税についての納付すべき税額の確定の手続については、申告納税方式（納付すべき税額が納税者のする申告により確定することを原則とし、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長又は税関長の調査したところと異なる場合に限り、税務署長又は税関長の処分により確定する方式をいう。同項１号）又は賦課課税方式（納付すべき税額が専ら税務署長又は税関長の処分により確定する方式をいう。同項２号）のいずれかの方式による旨規定している。
２ 通則法１６条２項は、国税（同法１５条３項各号に掲げるものを除く。）についての納付すべき税額の確定が上記１に掲げる方式のうちいずれの方式によりされるかについては、次に定めるところによる旨規定している。
ア １号納税義務が成立する場合において、納税者が、国税に関する法律の規定により、納付すべき税額を申告すべきものとされている国税申告納税方式
イ ２号上記アに掲げる国税以外の国税賦課課税方式
３ 通則法２３条１項は、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し同法２４条又は２６条の規定による更正〔以下、同法２３条において「更正」という。〕があった場合には、当該更正後の税額）が過大であるとき（同条１項１号）等には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し更正があった場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨規定している。
４ 通則法２３条２項は、納税申告書を提出した者又は同法２５条の規定による決定（以下、同項において「決定」という。）を受けた者は、次の各号の一に該当する場合（納税申告書を提出した者については、当該各号に掲げる期間の満了する日が同条１項に規定する期間の満了する日後に到来する場合に限る。）には、同項の規定にかかわらず、当該各号に掲げる期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）をすることができる旨規定している。
ア １号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決（判決と同一の効力を有する和解その他の行為を含む。）により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき。その確定した日の翌日から起算して２月以内
イ ２号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算に当たってその申告をし、又は決定を受けた者に帰属するものとされていた所得その他課税物件が他の者に帰属するものとする当該他の者に係る国税の更正又は決定があつたとき。当該更正又は決定があつた日の翌日から起算して２月以内
ウ ３号その他当該国税の法定申告期限後に生じた前２号に類する政令で定めるやむを得ない理由があるとき。当該理由が生じた日の翌日から起算して２月以内
５ 通則法２４条は、税務署長は、納税申告書の提出があった場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する旨規定している。
第４ 国税通則法施行令（平成２２年政令第５１号による改正前のもの。以下「通則法施行令」という。）の定め
１ 通則法施行令６条１項は、通則法２３条２項３号に規定する政令で定めるやむを得ない理由を、次の各号に掲げるものとする旨規定している。
ア １号（省略）
イ ２号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に係る契約が、解除権の行使によって解除され、若しくは当該契約の成立後生じたやむを得ない事情によって解除され、又は取り消されたこと。
ウ ３号ないし５号（省略）
２ 通則法施行令６条２項は、更正の請求をしようとする者は、その更正の請求をする理由が課税標準たる所得が過大であることその他その理由の基礎となる事実が一定期間の取引に関するものであるときは、その取引の記録等に基づいてその理由の基礎となる事実を証明する書類を通則法２３条３項の更正請求書に添付しなければならず、その更正の請求をする理由の基礎となる事実が一定期間の取引に関するもの以外のものである場合において、その事実を証明する書類があるときも、また同様とする旨規定している。
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13173.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。