税務訴訟資料第２６９号－１０（順号１３２３３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税等更正処分等取消請求事件（第１事件）、平成●●年（○○）第●●号更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件（第２事件）
国側当事者・国（西新井税務署長）
平成３１年１月２５日却下・棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士鳥飼重和
同北口建
同訴訟復代理人弁護士山田重則
被告国
同代表者法務大臣山下貴司
処分行政庁西新井税務署長
中村直樹
被告指定代理人森智也
同小澤信彦
同渋川佐紀子
同植山昌文
同山元智晶
同関口元気
主文
１ 本件訴えのうち第２事件に係る部分を却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
（１）西新井税務署長が平成２８年６月２８日付けで原告に対してした原告の平成２５年１０月１日から平成２６年９月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）に係る法人税の更正の処分（以下「本件法人税更正処分」という。）のうち法人税の額１億１７０２万９０００円を上回る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件法人税賦課決定処分」という。）を取り消す。
（２）西新井税務署長が平成２８年６月２８日付けで原告に対してした原告の平成２５年１０月１日から平成２６年９月３０日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の復興特別法人税の更正の処分（以下「本件復興税更正処分」といい、本件法人税更正処分と総称して「本件各更正処分」という。）のうち法人税額１１７０万３９００円を上回る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件復興税賦課決定処分」といい、本件法人税賦課決定処分と総称して「本件各賦課決定処分」という。また、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を総称して「本件各更正処分等」という。）を取り消す。
２ 第２事件
（１）西新井税務署長が平成２９年１１月２７日付けで原告に対してした本件事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知の処分を取り消す。
（２）西新井税務署長が平成２９年１１月２７日付けで原告に対してした本件課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求（以下、前記（１）の更正の請求と総称して「本件各更正の請求」という。）に対する更正をすべき理由がない旨の通知の処分（以下、前記（１）の通知の処分と総称して「本件各通知処分」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
原告が、西新井税務署長に対し、①本件事業年度の法人税の確定申告をした際、租税特別措置法４２条の１２の４第１項（ただし、平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）が規定する法人税額の特別控除（以下「本件特別控除」という。）について、雇用者給与等支給増加額を４９０４万１０１１円、これを基礎として計算した法人税額の特別控除額を４９０万４１０１円等と記載した明細書（法人税法施行規則別表六（二十）。ただし、平成２７年財務省令第４６号による改正前のもの。以下「本件明細書」という。）を添付した確定申告書（以下「本件法人税確定申告書」といい、本件法人税確定申告書に添付された明細書を「本件原告明細書」という。）を提出するとともに、②本件課税事業年度の復興特別法人税の確定申告をした際、本件法人税確定申告書及び本件原告明細書の記載を前提とした確定申告書（以下「本件復興税確定申告書」といい、本件法人税確定申告書と総称して「本件各確定申告書」という。）を提出したところ、西新井税務署長は、平成２８年６月２８日付けで、本件特別控除に基づいて法人税の額から控除される金額は、同条４項（ただし、平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により本件原告明細書に記載された金額に限られるとして、本件各更正処分等をしたため、原告が、法人税及び復興特別法人税の各申告に係る税額につき更正をすべき旨の請求（本件各更正の請求）をしたものの、西新井税務署長は、平成２９年１１月２７日付けで、本件各通知処分をした。
本件は、原告が、本件原告明細書の記載は明らかな転記ミスによるものであり、本件各更正処分等は違法であるとして、本件各更正処分等の一部の取消しを求める事案（第１事件）と、本件各更正処分等が違法であることによれば、本件各更正の請求にはいずれも理由があるとして、本件各通知処分の取消しを求める事案（第２事件）である。
１ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」のとおりである（同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提となる事実関係（当事者の間に争いがない又は当裁判所に顕著な事実である。）
（１）当事者等
ア 原告は、平成２年１２月●日、薬局の経営等を目的として設立された株式会社である。
イ Ｂ税理士法人（以下「本件税理士法人」という。）は、平成２６年１１月２８日当時、原告のいわゆる顧問税理士に就任していた法人である。
（２）本件各更正処分等に至る経緯
ア 本件税理士法人の従業員は、平成２６年１１月頃、本件事業年度の法人税の確定申告の準備をするため、体系別給与統計表（甲１２の１・２）を参照した上で、表計算のソフトウェアであるエクセルのいわゆるワークシート（甲１３。以下「本件エクセルシート」という。）を作成したが、短時間労働者（いわゆるパートタイマー）に対する課税支給額を上記の体系別給与統計表から転記しようとした際、課税支給額ではない非課税の通勤手当の額を本件エクセルシートの課税支給額の欄に転記した。同従業員は、誤ったデータが入力された本件エクセルシートのデータを前提として、本件原告明細書を作成し、これを添付した確定申告書（本件法人税確定申告書）を作成した。
本件税理士法人は、平成２６年１１月２８日、西新井税務署長に対し、所得の金額を５億１８５１万８５１６円、納付すべき法人税の額を１億３１３８万２０９０円、法人税の額から控除される法人税額の特別控除の額を５０２万１７０１円（本件特別控除の額が４９０万４１０１円、その余の法人税額の特別控除の額が１１万７６００円）等とする原告が法人税法の規定に基づいてする本件事業年度の法人税の確定申告につき原告を代理し、本件法人税確定申告書を提出するとともに、課税標準法人税額を１億２６３６万円、納付すべき復興特別法人税の額を１２６３万５７００円等とする本件課税事業年度の復興特別法人税の確定申告につき原告を代理し、本件復興税確定申告書を提出した。
イ 西新井税務署の職員は、平成２７年２月頃、原告の法人税に関する調査を行ったところ、本件税理士法人は、上記の調査に先立ち、同税務署の職員に対し、あらかじめ、本件原告明細書に誤りがあることを伝えていた。
（３）本件各更正処分等とその後の経緯等
ア 西新井税務署長は、平成２７年７月３１日付けで原告に対し、別表１－１及び１－２のうち「年月日」欄に「２７・７・３１」との記載がある部分に対応する「区分」欄中「更正処分」欄にそれぞれ記載があるとおり、原告の本件事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税の各更正の処分をした。
イ 西新井税務署長は、平成２８年６月２８日付けで原告に対し、別表１－１及び１－２のうち「年月日」欄に「２８・６・２８」との記載がある部分に対応する「区分」欄中「更正処分」欄にそれぞれ記載があるとおり、本件各更正処分等をした。
ウ 原告は、平成２８年８月２９日、本件各更正処分等を不服として国税不服審判所長に対して審査請求をそれぞれしたが、国税不服審判所長は、平成２９年４月１４日、上記の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
エ（ア）原告は、平成２９年８月２８日、西新井税務署長に対し、別表１－１及び１－２のうち「年月日」欄に「２９・８・２８」との記載がある部分に対応する「区分」欄中「更正の請求」欄にそれぞれ記載があるとおり、本件各更正の請求をそれぞれした。
（イ）西新井税務署長は、平成２９年１１月２７日、原告に対し、本件各通知処分をそれぞれした。
（ウ）原告は、平成２９年１２月２１日、本件各通知処分を不服として国税不服審判所長に対して審査請求をそれぞれしたが、国税不服審判所長は、平成３０年６月１１日、上記の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
（４）本件訴えの提起
原告は、平成２９年１０月２３日、第１事件に係る訴えを、平成３０年４月１２日、第２事件に係る訴えを、それぞれ提起した。
３ 本件各更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
後記５に記載するもののほか、別紙２「本件各更正処分等の根拠及び適法性」に記載のとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
４ 争点
（１）本案前の争点－第２事件に係る訴えの訴えの利益の有無（争点１）
（２）本案の争点－本件特別控除について雇用者給与等支給増加額を事後的に修正することの可否（争点２）
５ 争点に対する当事者の主張の要点
（１）争点１（本案前の争点－第２事件に係る訴えの訴えの利益の有無）について事案に鑑み、被告の主張の要点から先に記載する。
（被告の主張の要点）
いわゆる増額更正処分といわゆる更正をすべき理由がない旨の通知処分が相前後してされた場合において、更正をすべき理由がない旨の通知処分は、納税者のした更正の請求に対して処分行政庁が当該更正の請求に係る税額等について調査したものの、当該更正の請求に応ずる更正（減額の更正）をしない旨を確認する効果を持つ処分であって、新たに税額を確定する効果は有していないが、更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟における審理の対象は、総額主義の下では、税額全体を見直して納税者がした申告額を下回るか否かを判断することになるため、増額更正処分の取消訴訟における審理の対象と重なり合うこととなる。
そうすると、増額更正処分と更正をすべき理由がない旨の通知処分が相前後してされた場合において、上記の各処分の取消訴訟がいずれも提起された場合には、当該更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟は、訴えの利益を欠くものと解すべきである。
したがって、第２事件に係る訴えは、訴えの利益を欠くものとして、却下を免れないというべきである。
（原告の主張の要点）
原告は、第１事件に係る訴えにおいて、本件各確定申告書において原告が申告した法人税の額及び復興特別法人税の額を下回る部分についての取消しを求めることができることは明らかであって、これと別個の手続で本件各通知処分の適法性を争う必要はないから、第２事件に係る訴えの訴えの利益がない旨の被告の主張は、積極的には争わない。
（２）争点２（本案の争点－本件特別控除について雇用者給与等支給増加額を事後的に修正することの可否）について
（被告の主張の要点）
ア（ア）租税特別措置法の関係規定の文言及び文理からすると、本件特別控除の適用により法人税額から控除される金額は、飽くまで、中間申告書及び確定申告書（以下「確定申告書等」という。）に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限られることが明らかである。
そして、同法４２条の１２の４第４項は、確定申告書等に、控除の対象となる雇用者給与等支給増加額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、本件特別控除の適用を受けることができる（いわゆる当初申告要件）旨を定めているところ、この当初申告要件は、本件特別控除が、税法上の優遇措置（いわゆるインセンティブ措置）の１つとして、企業の労働配分の増加を促すという特定の政策誘導を図ることを目的として、一定の要件を満たした法人に対してその法人税額から特別の控除を認める趣旨のものであることから、更正の請求を含めて実質的にその事後的な選択及び適用を認めることが税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという本件特別控除の制度趣旨そのものを没却するおそれがあることを考慮して規定されている要件であって、納税者である法人が、中間申告及び確定申告（以下「確定申告等」という。）において本件特別控除の適用を受けることを選択しなかった以上、後になってこれを覆し、本件特別控除の適用を受けることを追加的に選択する趣旨で更正の請求等をすることは許されないというべきである。
また、同項は、本件特別控除の額については、当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る旨（いわゆる適用額の制限）を定めているところ、この適用額の制限は、修正申告や減額更正において、本件特別控除の適用を受ける雇用者給与等支給増加額を増加させること等ができないことを明らかにするものであり、確定申告等の際、納税者である法人において、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算した上でそれを確定申告書等に記載することにより本件特別控除の適用を受ける範囲を明確にする意思を示すことを要求するものであって、上記の当初申告要件と同様、その適用の範囲を事後に追加的に拡張することが、本件特別控除の趣旨そのものを没却するおそれがあることを考慮して定められているものであるから、納税者である法人が、確定申告等において、本件特別控除の適用を受けることを選択しなかった範囲について、後になってこれを覆し、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨で更正の請求等をすることは許されない。
さらに、租税法律主義の原則に照らし、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきであり（最高裁平成２２年３月２日第三小法廷判決・民集６４巻２号４２０頁）、殊に、特則又は例外規定というべき優遇措置（インセンティブ措置）に係る規定は、租税負担における一般納税者との公平及び中立という租税負担公平の原則から、解釈の狭義性及び厳格性が要請されるというべきであるから、本件特別控除の適用に当たっては、租税特別措置法４２条の１２の４の規定をその文言及び文理に従って、厳格に解釈すべきである。
そうすると、同条４項の規定は、確定申告等の際、納税者である法人において本件特別控除の適用の選択に係る意思を、また、適用を受ける意思を示す場合には、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算した上で、それを確定申告書等に添付した書類に記載することによって本件特別控除の適用を受ける範囲に係る意思、すなわち、本件特別控除の額の計算の基礎となる雇用者給与等支給増加額の金額を、それぞれ示すことを要求するものであると解すべきであるから、自らが本件特別控除の適用を受ける範囲として確定申告書に添付した書類に記載した雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限って、本件特別控除の適用を受けることができるというべきであり、事後において、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を超えて本件特別控除の適用が受けられるとは解されないというべきである。
（イ）原告は、確定申告書に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を事後に修正することを原因として、本件特別控除の額を事後的に修正することが認められるべきである旨主張する。
しかし、前記（ア）のとおり、租税特別措置法４２条の１２の４の文言及び文理からすれば、本件特別控除の額は、飽くまで、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限られることは明らかである。仮に、この点をおくとしても、適用額の制限が定められた趣旨が、前記（ア）のとおり、納税者である法人が、確定申告等において、本件特別控除の適用を受けることを選択しなかった範囲について、後にこれを覆して本件特別控除の適用を受けることを追加的に選択する趣旨で更正の請求等をすることを許さない点にあり、本件特別控除においては、本件特別控除の適用を受ける範囲を示す雇用者給与等支給増加額以外の事項（例えば、当期の所得に対する法人税の額）に限って事後にその金額の修正が許される。原告も、特定の事項を事後に増減させることによりインセンティブ措置の趣旨を没却することから、特定の事項について適用額の制限が設けられたことは認めているところである。
したがって、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額の事後の修正を原因とする本件特別控除の額の事後的な修正が認められないことは、租税特別措置法４２条の１２の４の文言及び文理並びに制度の趣旨から明らかであるから、これに反する原告の主張は、失当である。
（ウ）ａ原告は、本件特別控除の額の計算過程に誤りがあった場合に本件特別控除の額の計算の基礎となる雇用者給与等支給増加額を正当な金額に是正することはインセンティブ措置の趣旨に適合する旨主張する。
しかし、本件特別控除は、租税特別措置法４２条の１２の４が規定する要件を満たした法人に対し、例外的に、極めて優遇した措置を与えるものであるところ、このような措置は、担税力の観点においては同様の状況にあるにもかかわらず、何らかの政策目的の実現のために特定の要件に該当する場合に税負担を軽減又は加重することを目的とするもので、租税法規の基本原則である公平の要請に正面から抵触するものであり、立法者は、自らの政策的判断に基づいて政策目的と租税公平主義のバランスを図りつつ、当該措置の要件を定立しているから、このような措置の要件の解釈に当たっては、厳格な文理解釈を基本とすべきものであって、当該措置による政策目的の実現を強調する余り、その要件を拡張解釈することは、立法者が予定した範囲を超えて租税公平主義を阻害することになる。
そうすると、本件特別控除の適用について、あえて規定の文言及び文理を離れ、事後に確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用が受けられると解すべき理由はなく、確定申告書等に添付した書類に当該納税者が自ら記載した雇用者給与等支給増加額を事後に増額すること又は確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載を基礎として雇用者給与等支給増加額を判断することは、本件特別控除の適用の範囲を事後に追加的に拡張することに他ならず、適用額の制限の例外を広く認めることを意味するものでもあって、適用額の制限を設けた趣旨を没却し、文理にも反するものといえる。また、本件特別控除は、その適用が納税者の選択に委ねられており、その適用を受けることを選択した納税者に対して恩恵的に与えられるものにすぎず、納税者である法人が自らその適用を受けることを選択しなかった額については、本件特別控除を適用する必要性が減殺されているものといえる。
したがって、原告の主張は、失当である。
ｂ 原告は、インセンティブ措置においても、規定の趣旨及び目的に照らして柔軟に解釈することは許容されるべきであり、適用額の制限についても、「誤りのない正当な雇用者給与等支払増加額を基礎として計算された金額に限る」ものと解すべきであるから、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨でされたものでない限り、本件特別控除の額の計算過程の誤りを正すための更正の請求は許容されるべきである旨主張する。
しかし、原告の主張は、法令の明文を無視するものであって租税法律主義に反するものであるから、主張自体失当である。また、本件特別控除における適用額の制限の趣旨は、前記（ア）のとおりであり、当該趣旨から原告の主張する解釈が導き出し得るものではない。仮に、これらの点をおくとしても、原告の主張を前提とすると、租税特別措置法４２条の１２の４第４項にいう「当該確定申告書等に添付された書類に記載された」を「誤りのない正当な」と解釈すべきことになり、確定申告の内容から看取可能な客観的事情のみに基づいて控除金額を特定することが不可能となって、同項が死文化することになるから、このような解釈を法が許容していないことは、明らかである。
したがって、原告の主張は、失当である。
ｃ 原告は、本件特別措置が税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図る趣旨のものであることに照らせば、その判断の基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はなく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から正確に判断される方が望ましい旨主張する。
しかし、本件特別控除における適用額の制限の趣旨は、確定申告等の際に納税者である法人において、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算した上で、それを確定申告書等に添付した書類に記載することにより、本件特別控除の適用を受ける範囲（雇用者給与等支給増加額）に係る意思を示すことを要求するものであり、原告が主張する税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るものではないから、原告の主張は、その前提を誤るものである。この点をおき、原告が、本件特別控除がインセンティブ措置であることの趣旨を前提として主張しているものとしたとしても、税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという趣旨をもって、なぜ、その判断の基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はないということができるのか、また、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から正確に判断される方が望ましいのかについて、具体的な理由を何ら主張していない。さらに、原告の主張は、税務署長に対し、納税者が確定申告に際して作成したあらゆる書類を前提にその内心の意思内容等を探求すべき旨の実現不可能な義務を負わせるに等しく、その判断基準は極めて不明確かつ曖昧で、判断も事案ごとに区々となり、大量かつ回帰的に発生する同種事案の画一的処理が要請される国税関係諸法の体系にも適合しない。
したがって、原告の主張は、失当である。
（エ）ａ原告は、雇用者給与等支給増加額を正当な金額に是正する機会が一切与えられないとすれば、計算誤りの有無により税負担に著しい差異が生じ、税負担の公平性を害する結果となる旨主張する。
しかし、前記（ウ）ａのとおり、本件特別控除は、政策目的の実現のために特定の要件を満たした法人に対して例外的に税負担を軽減することを内容とするものであって、当該政策目的と租税公平主義は元々異質の価値である以上、これを理論的に比較衡量することは不可能であるから、税負担の公平性を論ずる原告の主張は、失当である。仮に、この点をおくとしても、原告が本件特別控除の適用を受けられないこと自体は、当該部分について、原則どおり、法人税法の規定により本来納付すべき税額の納付義務を負うこととなったことを意味するにすぎないから、原告と担税力を同じくするにもかかわらず、本件特別控除の適用の対象とならない他の納税者に比較して原告が税負担において不利益を受けたとはいえないのであり、税負担の公平性を害するとはいえない。また、本件特別控除の適用を受ける他の納税者と比較しても、原告の主張は、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算してそれを確定申告書に添付した書類に記載するという租税特別措置法４２条の１２の４第４項が規定する手続を適正に履践した納税者との間で、原告に有利な方向での差別的取扱いを求めるものであって、租税法律主義及び租税公平主義に反する結果を招くものである。
したがって、原告の主張は、失当である。
ｂ 原告は、法人税法６８条３項（ただし、平成２９年法律案４号による改正前のもの）の適用においては、単純なミスがあった場合であっても、修正申告や更正の請求により、税額の控除の額を増額することが可能となったから、インセンティブ措置について適用額の制限があることを理由として一切の事後の増額ができないと解すると、著しく不均衡かつ不公平である旨主張する。
しかし、法人税法６８条３項（ただし、平成２９年法律第４号による改正前のもの）には、当初申告要件及び適用額の制限のいずれも、規定されていないのに対し、本件特別控除には、どちらも規定されているのであって、取扱いの違いは、法律の明文の規定が異なることに起因するものであるにすぎないから、何ら不均衡はない。
したがって、原告の主張は、失当である。
（オ）原告は、申告納税方式においては、納税者が税額計算の全てにおいて正確に計算することが前提であり、本件特別控除に係る計算のみ殊更に正確に計算することが要求されているわけではないから、租税特別措置法４２条の１２の４第４項が、確定申告等の際、納税者である法人において本件特別控除の適用の選択に係る意思を、また、適用を受ける意思を示す場合には、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算した上で、それを確定申告書等に添付した書類に記載することによって本件特別控除の適用を受ける範囲に係る意思、すなわち、本件特別控除の額の計算の基礎となる雇用者給与等支給増加額の金額を、それぞれ示すことを要求するものであると解すべきである旨の被告の主張は、本件特別控除において計算誤り等のある雇用者給与等支給増加額を正当な金額に是正する機会を否定する根拠とはならない旨主張する。
しかし、同項において本件特別控除の適用を受ける範囲に係る意思を示すことが要求されていると解すべきであることと、申告納税方式において納税者が税額計算の全てにおいて正確に計算することが前提とされていることとの間には、直接の関連性がないから、原告の主張は、失当である。
イ（ア）本件においては、本件原告明細書の「雇用者給与等支給増加額の計算」欄中の「雇用者給与等支給増加額」欄（順号３）には、「４９，０４１，０１１」と記載されており、これを基礎として租税特別措置法４２条の１２の４第１項の規定に基づいて計算される本件特別控除の額は、４９０万４１０１円（雇用者給与等支給増加額である４９０４万１０１１円の１００分の１０に相当する金額）である。そして、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額は４９０４万１０１１円であるから、これを基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用を受けることはできず、本件事業年度における本件特別控除の額は、当該雇用者給与等支給増加額（４９０４万１０１１円）を基礎として計算した４９０万４１０１円に限られるというほかない。
（イ）原告は、本件において、本件特別控除の額を修正することは、その適用を受ける範囲を事後に追加的に拡張しようとするものではない旨主張する。
しかし、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額は、正に、納税者である原告自身が確定申告において自ら本件特別控除の適用を受けるものとして選択した範囲を示すものであり、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給額、基準雇用者給与等支給額、雇用者給与等支給増加額及び法人税額の特別控除額の各金額は、相互に矛盾がなく、正しい計算がされているから、原告が、本件原告明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思があったことを本件原告明細書の記載からは何ら見て取れない。
したがって、本件において、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額を事後に修正することは、本件特別控除の適用を受ける範囲を事後に追加的に拡張することに他ならないから、原告の主張は、失当である。
ウ（ア）原告は、被告の主張が、法人税法６８条１項の規定の適用について判示した判例（最高裁平成２１年７月１０日第二小法廷判決・民集６３巻６号１０９２頁。以下「最高裁平成２１年判決」という。）に反する旨主張する。
最高裁平成２１年判決は、法人税法６８条１項に基づき配当等に係る所得税額を控除するに当たり、その計算を誤ったために控除を受けるべき金額を過小に記載したとしてされた更正の請求が、当該事案の事実関係の下では、所得税額の控除の制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨のものではなく、同条３項（ただし、平成１５年法律第８号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）の趣旨に反するということはできず、国税通則法２３条１項１号（ただし、平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）所定の要件を満たす旨を判示したものである。
その上で、平成２３年度の税制改正（平成２３年法律第１１４号による改正）において、従前、当初申告要件及びいわゆる控除額の制限が定められていた所得税法、法人税法等の措置について見直しがされ、一部の措置については当初申告要件が廃止され、そのうち更に一部の措置については控除額の制限が見直されるに至った。他方、当初申告要件及び控除額の制限が定められていた租税特別措置法上の各措置については、当初申告要件は引き続き存続されたものの、控除額の制限については、控除額を計算するに当たって基礎とする事項が確定申告書等に記載された全ての事項とされていた点を特定の事項とする見直しがされ（適用額の制限への見直し）、確定申告書等に記載された特定の事項以外の事項として記載された金額に変動がある場合には、修正申告や更正の請求により、その金額を是正してその適用を受ける金額を増額させることができるようになった。
このように、最高裁平成２１年判決は、平成２３年法律第１１４号によって当初申告要件及び控除額の制限が見直される前の制度についてのものであり、その後に創設された本件特別控除が前提とする当初申告要件及び適用額の制限について判示したものではないから、最高裁平成２１年判決をもって直ちに、原告の主張が裏付けられるものではない。また、最高裁平成２１年判決は、制度の趣旨の違いによってその射程が異なると解されるところ、本件特別控除の制度は、所得税額の控除の制度（法人税法６８条１項）とは制度の趣旨が大きく異なることが明らかであるから、その意味においても、最高裁平成２１年判決の射程範囲には入っていない。さらに、最高裁平成２１年判決は、当該事案の個別の事実関係（所得税額の控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことが確定申告書の記載から見て取れると認められる。）を前提とした事例判断であるところ、本件法人税確定申告書に記載された金額は、相互に矛盾がなく、正しい計算がされているから、原告が本件原告明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思があったことを確定申告書の記載から見て取れるとはいえないのであり、最高裁平成２１年判決とは事実関係を異にしている。
したがって、最高裁平成２１年判決を根拠とする原告の主張は、失当である。
（イ）原告は、最高裁平成２１年判決は、平成２３年法律第１１４号による改正後に創設されたインセンティブ措置である本件特別控除についても妥当するから、計算過程の誤りを正当な金額に修正する趣旨での修正は許容される旨主張する。
しかし、前記（ア）のとおり、最高裁平成２１年判決後に平成２３年法律第１１４号による改正がされ、最高裁平成２１年判決の判旨は、上記の改正に反映されているのであって、当該改正後の規定の文理を超えて更に広範に納税者の更正の請求等が許されると解すべき理由はない。そして、本件特別控除についても、租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、事後的にその金額の修正を理由とした更正の請求等が許されるのは、雇用者給与等支給増加額以外の事項に限られる旨を規定しているものと解すべきである。
したがって、原告の主張は、失当である。
（ウ）原告は、最高裁平成２１年判決の事案が、計算の誤りが確定申告書に現れた計算過程の上からは明白であるとはいえないものであり、最高裁平成２１年判決が、申告書の記載から誤記が明らかでない場合においても修正を認めているとして、これを前提としても、本件特別控除の額の是正が認められるために、本件明細書の記載上から計算の誤りが明白に見て取れるという事情は必要ない旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決が、計算の誤りが確定申告書に現れた計算過程の上からは明白であるとはいえないとした「計算の誤り」は、所得税額の控除の制度の適用を受ける範囲に係る計算の誤りではなく、その適用を受ける範囲を基礎として控除を受ける所得税額を算出する過程における計算の誤りであったところ、本件において原告が主張する計算の誤りは、本件特別控除の適用を受ける範囲である本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額に係るものであるから、最高裁平成２１年判決の事案とは、事案を異にするものである。すなわち、最高裁平成２１年判決は、所得税額の控除の制度の適用範囲の選択に係る納税者の意思が、確定申告書及びその別表に記載された控除を受ける所得税額ではなく、確定申告書の別表に記載された銘柄、配当等の収入金額及びこれに係る所得税額をもって示されていることを前提に、飽くまでも、確定申告の内容から看取可能な客観的事情に基づいてその適用範囲選択に係る意思を判断した上で、選択された適用範囲を基礎として所要の計算により算出される額（控除を受ける所得税額）の計算過程における誤りは、上記の適用範囲の選択に係る意思が確定申告書の別表の記載と異なると解すべき事情ではない旨を判断したものであるのに対し、本件における誤記又は計算の誤りは、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額の計算過程における誤記又は計算誤りであって、当該雇用者給与等支給増加額は、原告が確定申告において自ら本件特別控除の適用を受けるものとして選択した範囲を示すものであり、制度の適用範囲に係る誤記又は計算の誤りであるから、最高裁平成２１年判決の事案と本件とは事案が異なっているというべきである。
したがって、最高裁平成２１年判決が、申告書の記載から誤記が明らかでない場合においても修正を認めたものであるとしても、本件とは事案が異なり、原告の主張の根拠とはなり得ないから、原告の主張は、失当である。
（原告の主張の要点）
ア（ア）ａ本件特別控除における雇用者給与等支給増加額のような特定の事項については、事後的にこれを増減させることによりインセンティブ措置の趣旨を没却することから、適用額の制限が設けられていると解されるが、本件特別控除のようなインセンティブ措置の適用に関して計算の誤りがある場合には、制度の趣旨に反する態様でされた更正の請求でない限り、更正の請求をすることが認められるべきである。
ｂ 平成２３年法律第１１４号による改正後の所得税額の控除の制度（法人税法６８条３項（ただし、平成２９年法律第４号による改正前のもの）の適用によるもの）においては、単純なミスがあった場合であっても、修正申告や更正の請求により、税額の控除の額を増額することが可能となったところ、インセンティブ措置について適用額の制限があることを理由として一切の事後の増額ができないと解すると、所得税額の控除の制度においては単純ミスが誤りとして修正が認められ（なお、所得税額の控除の場合、配当収入金額に誤りがあったとしても、帳簿書類の記載、ＩＲ情報等から当該誤りが判明することから、当然に更正の請求をすることが認められている。）、インセンティブ措置については誤った金額が当該額を控除額として選択したと認定されて一切の修正が認められないこととなるが、これは、著しく不均衡かつ不公平であって、制度の内容という理由だけでは合理的な説明が付かない。
したがって、平成２３年法律第１１４号による改正後においても、計算の誤りを正すための更正の請求が排除されているとまでは解されない。
ｃ 更正の請求をする上で計算の誤り等が確定申告書等の記載から客観的に看取することが可能であるという要件は、法令上課されていない。また、一般的に、納税者が更正の請求をする際には、税務署長において確認すべき書類が限定されておらず、納税者が確定申告に際して作成したあらゆる書類を前提に計算の誤り等が存在したかを調査して判断することが予定されている。また、確定申告書等の記載から客観的に看取することができる限度でしか是正が認められないとすると、正当な金額とは異なる金額の範囲でしか是正が認められないという弊害が生じ、更正の請求の趣旨が没却される。
したがって、更正の請求をすることができるための要件として、計算の誤り等が確定申告書等の記載から客観的に看取することが可能であることは要求されていないというべきである。
（イ）租税特別措置法４２条の１２の４にいう「雇用者給与等支給額」は、当該事業年度において、本件特別控除の適用要件を満たす場合であれば、損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を本件明細書に記載すべきであって、損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額のうち納税者が任意に申告する金額を選択することは予定されていないと解すべきであるから、本件明細書に記載された雇用者給与等支給額が損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等よりも過大又は過少である場合には、それは選択ではなく、計算の誤りである。
仮に、本件特別控除の制度上、雇用者給与等支給額の金額を任意に選択する余地が認められるとしても、本件特別控除を受けようとする法人は、正当に支出した所得の金額の計算上損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を雇用者給与等支給額に算入するのが当然であり、雇用者給与等支給額の一部をあえて除外することを選択して過少に算出する合理的理由はないから、雇用者給与等支給額が正当な金額に対して過少である場合には、選択ではなく計算の誤りであると推認されるべきである。
（ウ）ａ被告は、①本件特別控除に当初申告要件及び適用額の制限が設けられているのは、更正の請求を含めて実質的にその事後的な選択及び適用を認めることが税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという本件特別控除の趣旨そのものを没却するおそれがあることを考慮したからである、②事後において、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を超えて本件特別控除の適用が受けられるとは解されない、③租税特別措置法４２条の１２の４第４項の趣旨は、納税者である法人が、確定申告等において、本件特別控除の適用を受けることを選択しなかった範囲について、後にこれを覆して本件特別控除の適用を受けることを追加的に選択する趣旨で更正の請求等をすることを許さない点にあり、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額の事後の修正を原因とする本件特別控除の額の事後的な修正が認められないことは、同条の文言及び文理並びに制度の趣旨から明らかであるなどと主張する。
しかし、当初からインセンティブ措置の規定に基づき正当に計算された金額に基づいた金額の控除を受ける意思があった納税者が、計算の誤り等による金額の誤りを正当な金額に正す場合には、インセンティブ措置の税負担の軽減を通じ政策目的の達成を図るという趣旨が没却される余地はない。むしろ、誤った金額を法令に基づく正当な金額に正すことは、上記の趣旨に適合するといえる。
したがって、租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、インセンティブ措置の適用を受けることを当初選択しなかった納税者や、一定額の範囲で適用を受けることを選択した納税者が、確定申告をした後に翻意して新たに適用を受けることや適用額の範囲を拡張することを禁止した規定であり、計算に誤りがあった場合に法令に基づき正当な金額に正すことを排斥した規定ではないと解すべきである。
ｂ 被告は、適用額の制限を定めた趣旨について、確定申告等の際に、納税者である法人において、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算した上で、それを確定申告書等に記載することにより、本件特別控除の適用を受ける範囲（雇用者給与等支給増加額）に係る意思を示すことを要求するものである旨主張する。
しかし、申告納税方式においては、納税者は、税額計算の全てにおいて正確に計算することが前提となっており、インセンティブ措置に係る計算のみ殊更に正確に計算することが要求されているわけではないから、被告の主張は、計算の誤りを正当な金額に正す余地を否定する論拠になり得ない。また、本件特別控除の適用を受ける範囲（雇用者給与等支給増加額）に係る意思を示すというのは、究極的には、適用額の事後的な拡張を防止することによって税負担の軽減を通じ政策目的の達成を図るという当該措置の趣旨を没却することを防止することを目的とするものであるところ、計算の誤りを正して本件特別控除の額を正当な金額へ是正するために更正の請求をすることは、適用額を事後的に拡張する趣旨ではないから、適用額の制限の趣旨を没却しない。また、確定申告書の内容から誤りが看取可能であれば、税務署長が納税者に恣意がないことを判断する契機とはなるが、その程度のものにすぎず、税務署長は、更正の請求がされた場合、納税者の計算の誤りを正すものか、恣意的な変更なのかを判断する際、確定申告書の内容を超えて確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載を確認する必要があるから、これらの文書を基礎として本件特別控除の適用を受ける範囲（雇用者給与等支給増加額）を判断することは、適用額の制限を定めた趣旨に反しない。
したがって、被告の主張は、失当である。
ｃ 被告は、租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、同条１項の規定により控除される額は、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る旨を定めている以上、租税法律主義の原則に照らし、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではなく、殊に、インセンティブ措置に係る規定は解釈の狭義性及び厳格性が要請されるというべきである旨主張する。
しかし、政策税制において租税法規の文言は規定の趣旨及び目的に応じて解釈すべきであり、特に最近の判例では、租税法の規定の立法趣旨や制度趣旨に照らして柔軟に拡張又は縮小解釈が認められている。
したがって、課税庁に更正をする権限が与えられていることとの均衡から、納税者において税額の計算の間違いや誤記があった場合には更正の請求をする必要があること、インセンティブ措置においても計算過程に誤りがあった場合に正当な金額へ正すことが制度趣旨に合致すること、誤った特別控除の額を正当な金額へ正す機会が一切与えられないとすればかえって税負担の公平性を害することからその是正を認める必要があることに鑑みれば、同項にいう「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る」との規定は、「誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額を基礎として計算された金額に限る」ものと解釈すべきであり、これは、「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額」との文言に当然に内在された解釈である。そして、このように解したとしても、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用が受けられるのは、あくまで特別控除の計算の基礎となる数値に誤りがあった場合に限られるのであってインセンティブ措置の適用を受けることを当初選択しなかった納税者や、一定額の範囲で適用を受けることを選択した納税者が確定申告後に翻意して新たに適用を受けることや適用額の範囲の拡張をすることまで認めるものではないから、同条４項の趣旨を没却することにもならず、同項を死文化させるものでもない。
（エ）ａ被告は、本件特別控除の適用について、あえて規定の文言及び文理を離れ、事後に確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用が受けられると解すべき理由はなく、確定申告書等に添付した書類に当該納税者が自ら記載した雇用者給与等支給増加額を事後に増額すること又は確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載を基礎として雇用者給与等支給増加額を判断することは、本件特別控除の適用の範囲を事後に追加的に拡張することに他ならず、適用額の制限の例外を広く認めることを意味するものでもあって、適用額の制限を設けた趣旨を没却し、文理にも反するものといえる上、本件特別控除は、その適用が納税者の選択に委ねられており、その適用を受けることを選択した納税者に対して恩恵的に与えられるものにすぎず、納税者である法人が自らその適用を受けることを選択しなかった額については、本件特別控除を適用する必要性が減殺されているものといえる旨主張する。
しかし、本件特別控除は、租税特別措置法４２条の１２の４第１項が詳細な適用要件を定め、同項の規定に基づいて正しく計算された額で税額の控除を受けるべきことを要求しているから、同条４項にいう「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額」とは、当然に、「誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額」を前提としているし、これは、確定申告書から看取可能な内容ではなく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から判断されるべきものである。そして、その計算過程に誤りがある場合に正当な金額に是正する趣旨で修正することが、企業の労働分配の増加を促し、給与等支給額を増加させた場合におけるその増加額について、一定の割合の税額の控除を可能にすることによって個人所得の拡大を図り、所得水準の改善を通じた消費喚起による経済成長を達成するという同条の趣旨を没却するとはいえない。むしろ、企業が労働分配として労働者に実際に支給した給与等を基準として、法令に基づき正当に計算された金額の税額の控除を享受できることが企業の労働分配のインセンティブにも資するし、当該インセンティブ措置が本来予定したものでもある。本件特別控除の適用があることを認識しつつ給与等の支給額を増加させたものの、申告の際に特別控除の計算の基礎となる数値を誤った納税者については、自ら本来の特別控除の額よりも少ない額についてのみその適用を受けるとの選択をしたわけではないから、本件特別控除の適用の必要性は減殺されていない。そして、本件特別控除の適用を踏まえて給与等の支給額を増加させた法人のうち、その申告の際に誤りがあった法人は、本来の特別控除の額を控除してもらえないことになるが、このような法人だけを他の法人と比べて不利益に取り扱うことは合理的でなく、申告の際に計算の誤りをした法人も給与等の支給額を増加させた点では他の法人と異なるところがないから、特別控除の額においても等しく取り扱われるべきであって、同項の規定を厳格に解釈すれば、租税公平主義を阻害するものということができる。
したがって、計算の誤りを正して本件特別控除の額を正当な金額へ是正するために更正の請求を行うことが、上記の趣旨を没却するとはいえず、また、同項の文言にも当然に内在されている解釈であるから、被告の主張は、失当である。
ｂ 被告は、特定の要件を満たした法人に対して例外的に税負担を軽減することを内容とする本件特別控除の政策目的と租税公平主義は元々異質の価値であり、これを理論的に比較衡量することは不可能であるから、税負担の公平性を論ずる原告の主張は、失当である旨主張する。
しかし、立法者は、自らの政策的判断に基づいて政策目的と租税公平主義のバランスを図りつつ本件特別控除の要件を定立しているのであり、理論的に両者を比較衡量することが不可能であるとはいえないし、あらゆる法規範の解釈の際に考慮されるべき公平性の原則が本件特別控除の要件の解釈においてのみ妥当しないのは不自然である。
したがって、被告の主張は、失当である。
ｃ 被告は、原告が本件特別控除の適用を受けられないこと自体は、当該部分について、原則どおり、法人税法の規定により本来納付すべき税額の納付義務を負うこととなったことを意味するにすぎないから、原告と担税力を同じくするにもかかわらず、本件特別控除の適用の対象とならない他の納税者に比較して原告が税負担において不利益を受けたとはいえないのであり、税負担の公平性を害するとはいえず、また、自ら正確に雇用者給与等支給増加額を計算してそれを確定申告書に添付した書類に記載するという租税特別措置法４２条の１２の４第４項が規定する手続を適正に履践した納税者との間では、原告に有利な方向での差別的取扱いを求めるものであって、租税法律主義及び租税公平主義に反する結果を招く旨主張する。
しかし、雇用者給与等支給増加額の一部について本件特別控除の適用を受けられない者とそもそも本件特別控除の対象とはならない者とでは、その立場が大きく異なっているから、両者を比較して公平性を論ずること自体に意味がない。また、誤った特別控除の額を申告した納税者と正確な特別控除の額を申告した納税者は、いずれも本件特別控除の制度を踏まえて給与等の支給額を増加させた点で同一であって、原告は、そのような同一の立場にある者を同一に取り扱うように求めているにすぎないから、差別的な取扱いを求めているものとはいえない。本件特別控除の制度は、企業の労働分配の増加を促す措置として創設されたものであって、労働分配の増加をした企業に対して等しく適用されるべきであるから、申告の際の計算の誤りの有無によって両者の取扱いを区別することこそ、差別的な取扱いである。
したがって、被告の主張は、失当である。
（オ）ａ被告は、原告が、税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという趣旨をもって、なぜ、その判断の基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はないということができるのか、また、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から正確に判断される方が望ましいのかについて、具体的な理由を何ら主張していない旨主張する。
しかし、企業が労働分配として労働者に実際に支給した給与等を基準として、法令に基づき正当に計算された正当な税額の控除を受けさせることこそ、当該インセンティブ措置が本来予定したものでもある。また、企業は、法令に基づき、労働者に支給した給与等を基準として算定した正当な税額の控除を受けられると期待して給与等を支給しているから、計算過程の誤りがあった場合に正当な税額の控除を受けられることは、企業にとって労働分配をするインセンティブとなる。
そうすると、税額の控除の額は、法令に基づき正当に計算された税額であるべきであるから、その基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はなく、むしろ、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載を基に正当に計算された税額か否かが判断されるべきである。
したがって、被告の主張は失当である。
ｂ 被告は、原告の主張は、税務署長に対し、納税者が確定申告に際して作成したあらゆる書類を前提にその内心の意思内容等を探求すべき旨の実現不可能な義務を負わせるに等しい旨主張する。
しかし、一般に納税者が更正の請求をする際においても、税務署長において確認すべき書類が限定されておらず、納税者が確定申告に際して作成したあらゆる書類を前提にその内心の意思内容等を探求することが予定されているから、本件特別控除の更正の請求をすることが税務署長に実現不可能な義務を負わせるものとはいえず、他の更正の請求をすることと同様に等しく生ずる事象であるにすぎない。
したがって、被告の主張は、失当である。
ｃ 被告は、租税特別措置法４２条の１２の４第４項において本件特別控除の適用を受ける範囲に係る意思を示すことが要求されていると解すべきであることと、申告納税方式において納税者が税額計算の全てにおいて正確に計算することが前提とされていることとの間には、直接の関連性がない旨主張する。
しかし、申告納税方式においては、納税者が、税額計算の全てを正確に計算した上で、その課税標準及び税額の内容を示すことを求められているのであって、インセンティブ措置に係る計算のみを殊更に正確に計算した上で、本件特別控除の適用を受ける範囲に係る意思を示すことが要求されているわけではないから、インセンティブ措置において、計算の誤りを正当な金額へ正す余地を否定する理由にはならない。
したがって、被告の主張は、失当である。
イ（ア）本件においては、原告は、本件各確定申告書に必要事項を記載した本件原告明細書を添付して当初申告要件を満たしており、本件特別控除の適用を受ける意思を明らかにしている。また、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額に誤りがあったが、これは、本件エクセルシートを作成する際の単純な転記ミスが原因であることが明白であり、西新井税務署長も、本件原告明細書の記載に誤りがあることを認めている。また、短時間労働者に対する課税支給額（１億１８２５万０９６３円）のうち３１３万５７５５円を超える部分が雇用者給与等支給額に含まれていないが、上記の課税支給額のうち当該部分のみを雇用者給与等支給額からあえて控除する選択をする合理的な理由はない（なお、当該部分は、基準雇用者給与等支給額には含まれているのであり、その意味においても、控除する合理的な理由はない。）。このように、原告が、本件原告明細書に記載された過小な本件特別控除の金額をあえて選択したと認めるべき事情は、一切存在しないから、原告は、本件各確定申告書を提出した当時、法令に基づき正当に計算された金額に基づいた本件特別控除による税額控除を受けようとする意図があったことは明らかである。
したがって、本件における本件特別控除の金額の修正は、本件特別控除を受ける範囲を事後に追加的に拡張しようとしたものではなく、本件特別控除の趣旨に反しないから、これを認めなかった本件各更正処分等は、違法であって、取り消されるべきである。
（イ）本件原告明細書に記載された本件特別控除の金額が過小となった理由は、本件税理士法人の従業員による本件エクセルシートへの単純な転記ミスに起因していることは明らかであり、雇用者給与等支給額の一部のみを選択したものとは認められないから、原告は、当初から、本件事業年度において、所得の金額の計算上損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を雇用者給与等支給額として、それを前提として計算される雇用者給与等支給増加額を基礎とする本件特別控除の適用を受ける意思を有していたことは明らかである。また、西新井税務署長も、原告の帳簿書類を調査した結果、転記ミスによるものであることを是認していたものである。
したがって、本件においては、原告が本件特別控除を受ける範囲を限定する選択をした事実はなく、本件特別控除の金額の修正は、その適用を受ける範囲を事後的に拡張する趣旨でないことは明白であって、許容されるべきである。
（ウ）被告は、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給額、基準雇用者給与等支給額、雇用者給与等支給増加額及び法人税額の特別控除額の各金額は、相互に矛盾がなく、正しい計算がされており、原告が、本件原告明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思があったことを本件原告明細書の記載からは何ら見て取れないから、本件において、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額を事後に修正することは、本件特別控除の適用を受ける範囲を事後に追加的に拡張することに他ならない旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決を前提とすると、本件特別控除の適用を受けるために、本件原告明細書の記載上から計算の誤りが明白に見て取れるという事情は必要ではないと解すべきであり、また、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨を排除するためには、必ずしも本件原告明細書の記載上から明白に計算の誤りが読み取れる必要はなく、確定申告書の別表の作成の過程や確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類から計算の誤りがあることが明確であれば、当該修正が適用範囲の追加的な拡張ではないことは明らかになる。さらに、上記の被告の主張を前提とすると、本件原告明細書上で明白となる計算の誤りは、雇用者給与等支給増加額の算出過程の場合等に限られ、雇用者給与等支給額を算出する前段階の単純ミスが一切救済されないこととなるが、これは、所得税額の控除の制度においては単純ミスが誤りとして修正が認められることと著しく均衡を失し、不公平（ミスの性質に変わりがないのに、一方は救済され、他方は救済されない。）である。
したがって、被告の主張は、失当である。
ウ（ア）最高裁平成２１年判決は、当初申告要件及び適用額の制限について、所得税額の控除の制度の趣旨に反する更正の請求（当初申告当時には所得税額の控除の適用を受けない選択をしたにもかかわらず、事後的にこれを覆して同制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張するような更正の請求）に当たらない限り、納付額に誤りがある場合に更正の請求を認めたものであり、所得税額の控除の制度の趣旨に沿って法人税法６８条３項にいう「当該金額として記載された金額を限度とする」との文言を柔軟に解釈したものである。
（イ）被告は、最高裁平成２１年判決は、平成２３年法律第１１４号によって当初申告要件及び控除額の制限が見直される前の制度についてのものであり、その後に創設された本件特別控除が前提とする当初申告要件及び適用額の制限について判示したものではないから、最高裁平成２１年判決をもって直ちに、原告の主張が裏付けられない旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決は、法人税の確定申告において、計算の誤りが明白でなくても、法令に基づき正当に算出された金額につき、所得税額の控除の制度を受けることを選択する意思であったことが読み取れる場合には、所得税額の控除の制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨のものではなく、法人税法６８条３項の趣旨に反しないとして、更正の請求を認めたものである。そして、平成２３年法律第１１４号による改正の趣旨は、正に事後的に制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨で更正の請求を排斥した最高裁平成２１年判決の判旨と共通しているし、最高裁平成２１年判決の判旨が平成２３年法律第１１４号による改正後の制度に一切及ばないという論理的関係もない。
したがって、最高裁平成２１年判決は、平成２３年法律第１１４号による改正後のインセンティブ措置についても妥当し、事後的に制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨ではなく、単なる計算の誤りを正当な金額に正す趣旨での修正をすることは許容されていると解すべきである。
（ウ）被告は、最高裁平成２１年判決は、制度の趣旨の違いによってその射程が異なると解されるところ、本件特別控除の制度は、所得税額の控除の制度（法人税法６８条１項）とは制度の趣旨が大きく異なることが明らかであるから、最高裁平成２１年判決の射程範囲には入っていない旨主張する。
しかし、法令解釈の誤りや計算過程の誤りの結果、誤った税額を法令に基づく正当な金額に正す機会を設けることは、過大な納税額を適正な税額に是正することで納税者の権利を救済し、税負担の公平を図るという更正の請求の制度の趣旨に正に適合するものであるし、税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという本件特別控除の制度の趣旨にも適合するから、最高裁平成２１年判決が、所得税額の控除の制度のみに妥当し、それ以外に一切及ばないと解する理由はない。
したがって、被告の主張は、失当である。
（エ）被告は、最高裁平成２１年判決は、当該事案の個別の事実関係（所得税額の控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことが確定申告書の記載から見て取れると認められる。）を前提とした事例判断であるところ、本件法人税確定申告書に記載された金額は、相互に矛盾がなく、正しい計算がされているから、原告が本件原告明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思があったことを確定申告書の記載から見て取れるとはいえないのであり、本件が、最高裁平成２１年判決とは事実関係を異にしている旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決が判示するとおり、本件特別控除の額の是正の可否は、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨か否かで判断されるべきであるところ、税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという本件特別控除の制度の趣旨に照らすと、その判断の基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はなく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から正確に判断される方がむしろ望ましい。
そうすると、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨か否かについて、必ずしも本件明細書の記載上から、本件明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思が明確に読み取れることまでは必要なく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から、更正の請求等が本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨でないことが明確であれば足りると解すべきである。
したがって、本件明細書の記載が誤っていた場合に、本件明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思が明確に読み取れることまでは必要ではなく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から計算の誤りがあることが明確である場合には、正しい金額へ是正することができると解すべきである。
（オ）被告は、最高裁平成２１年判決は、選択された所得税額の控除の制度の適用範囲を基礎として所要の計算により算出される額（控除を受ける所得税額）の計算過程における誤りは、所得税額の控除の制度の適用範囲の選択に係る意思が確定申告書の別表の記載と異なると解すべき事情ではない旨を判断したものであるのに対し、本件における誤記又は計算の誤りは、本件原告明細書に記載された雇用者給与等支給増加額の計算過程における誤記又は計算誤りであって、当該雇用者給与等支給増加額は、原告が確定申告において自ら本件特別控除の適用を受けるものとして選択した範囲を示すものであり、制度の適用範囲に係る誤記又は計算の誤りであるから、最高裁平成２１年判決の事案と本件とは事案が異なっている旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決は、更正の請求が認められるか否かを、所得税額の控除の制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨か否かで区別したものであり、計算の誤りがいかなる過程で発生したかを問題にしていないし、法人税法６８条３項の趣旨に照らしても、計算の誤りがいかなる過程で発生したかによって区別する合理的理由は存在しない。また、最高裁平成２１年判決は、その判示に照らし、確定申告書の記載から明らかではない計算の誤りが、適用範囲を追加的に拡張する趣旨に該当するか否かのレベルで問題になり得ることを前提としており、確定申告書の記載から明らかではない計算の誤りを理由とする更正の請求が認められる余地があることを前提としているといえる。
したがって、被告の主張は、最高裁平成２１年判決を正解したものではなく、失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本案前の争点－第２事件に係る訴えの訴えの利益の有無）について原告は、本件訴えにおいて、本件各更正処分等の取消しを求めるとともに、本件各通知処分の取消しをも求めている。
更正の処分は、納税者の提出した納税申告書について、税務署長において、課税標準、税額等が、その調査した結果と異なる場合に、徴税権者の立場から、その課税標準、税額等を更正する処分であり、調査により得た資料等に基づき、課税の要件に係る事実を全体的に見直し、申告された税額をも含め、納税義務の総額を確定することを目的とするものであり、増額更正処分は、単に、申告された税額に対し、更正された税額との差額分の税額を追加するだけのものではなく、申告により一応確定した税額を変更し、申告された税額を含めて納税者の納税額の総額を確定するものと解される。他方、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、納税者の申告による税額の減額等を求める更正の請求に対し、その税額等の減額を拒否する旨の処分であり、これにより、申告された税額等について減額を認めないことを確定させる効果を有するものである。
そうすると、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分は、手続的には別個独立の処分であるが、いずれも所得税の納税義務の確定に関わる処分であるところ、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、申告された税額の減少のみに関わるのに対し、増額更正処分は、課税要件事実を全体的に見直し、申告に係る税額を含めて、全体としての納付すべき税額の総額を確定するものであって、実質的には申告に係る税額を減額しないという趣旨も含むものであるから、両者が同一の法人税の納税義務について行われた場合、増額更正処分の内容が更正の請求に理由がない旨の通知処分の内容を包摂する関係にあるということができる。
したがって、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分がされた場合、税額等を争う納税者は、これらの処分の前後を問わず、増額更正処分の取消しを求める訴えを提起して更正の請求に理由がない旨の通知処分の違法も併せて主張して争うことにより、更正の請求に係る税額を超える部分の取消しを求めることができるものと解され、税額の全体を争うことができるのであって、これと別個に更正の請求に理由がない旨の通知処分を争う利益を有しないものと解すべきである。そして、このように解することが、同一の法人税の納税義務に関わる２つの処分の訴訟が別個に係属することにより生ずる審理及び判断の重複又は抵触を避けるためにも相当である。
したがって、本件訴えのうち第２事件に係る部分（本件各通知処分の取消しを求める部分）は、訴えの利益がなく、不適法であるというべきである。
２ 争点２（本件特別控除について雇用者給与等支給増加額を事後的に修正することの可否）について
（１）本件特別控除及びそれに係る更正の請求について
ア 租税特別措置法４２条の１２の４第１項の柱書きは、青色申告書を提出する法人が、平成２５年４月１日から平成３０年３月３１日までの間に開始する各事業年度（中略）において国内雇用者に対して給与等を支給する場合において、当該法人の雇用者給与等支給増加額の当該基準雇用者給与等支給額に対する割合が増加促進割合以上であるとき（同項１号及び２号に掲げる要件をいずれも満たす場合に限る。）は、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額（同法４２条の４第６項２号に規定する調整前法人税額のこと）から、当該雇用者給与等支給増加額（中略）の１００分の１０に相当する金額（税額控除限度額）を控除するが（前段）、この場合において、当該税額控除限度額が、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の１００分の１０（中略）に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該１００分の１０に相当する金額を限度とする（後段）旨を定め、同法４２条の１２の４第４項は、同条１項の規定は、確定申告書等、修正申告書又は更正請求書に同項の規定による控除の対象となる雇用者給与等支給増加額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用し（前段）、この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限るものとする（後段）旨を定めている。
これらの規定の文言及び文理によれば、租税特別措置法４２条の１２の４の規定により法人税額から控除される金額は、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限られるものと認めるのが相当である。
イ 前記アを前提とすると、仮に、真実の雇用者給与等支給増加額と確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額が異なっていたとしても、当該事実は、国税通則法２３条１項１号にいう「当該計算に誤りがあったこと」には該当しないこととなるから、上記の確定申告書等を提出した者は、税務署長に対し、真実の雇用者給与等支給増加額と確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額が異なっていたことを理由として、同項の規定に基づく更正の請求をすることも許されないというべきである。
（２）原告の主張に対する判断
ア（ア）原告は、当初からインセンティブ措置の規定に基づき正当に計算された金額に基づいた金額の控除を受ける意思があった納税者が、計算の誤り等による金額の誤りを正当な金額に正す場合には、インセンティブ措置の税負担の軽減を通じ政策目的の達成を図るという趣旨が没却される余地はなく、むしろ、誤った金額を法令に基づく正当な金額に正すことは、上記の趣旨に適合するといえるから、租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、インセンティブ措置の適用を受けることを当初選択しなかった納税者や、一定額の範囲で適用を受けることを選択した納税者が、確定申告をした後に翻意して新たに適用を受けることや適用額の範囲を拡張することを禁止した規定であり、計算に誤りがあった場合に法令に基づき正当な金額に正すことを排斥した規定ではないと解すべきであって、制度の趣旨に反する態様でされた更正の請求でない限り、更正の請求をすることが認められるべきであるところ、計算の誤りを正して本件特別控除の額を正当な金額へ是正するために更正の請求をすることは、適用額を事後的に拡張する趣旨ではなく、適用額の制限の趣旨も没却しない旨主張する。
しかし、上記の「計算に誤りがあった場合に法令に基づき正当な金額に正すこと」又は「計算の誤りを正して本件特別控除の額を正当な金額へ是正するために更正の請求をすること」と、「適用額の範囲を事後的に拡張すること」とでは、いずれも、雇用者給与等支給増加額の額に変更を加えるという修正の手法も、本件特別控除の額を増加させるという結果も同一であって、「当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る」との同項の文言との関係では、両者の間に明確な違いはなく、前者が後者に包括される関係にあると認められるから、前者に限って上記の文言の意味するところと異なる取扱いをすべき法令上の根拠があるとは認められない。また、本件特別控除の制度の趣旨に照らしても、「当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額」の限度では、既に税負担の軽減が図られているのであり、本件特別控除の制度が、上記の限度を超えて、実際の雇用者給与等支給増加額の１００分の１０に相当する金額を法人税額から必ず控除することをその趣旨とするものであると認めるに足りる法令上の根拠も見当たらない（仮に、そのような趣旨であれば、同項のような規定が設けられることはあり得ないところである。）から、本件特別控除の制度の趣旨との関係でも、原告が主張するように解すべきものとは認め難い。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（イ）原告は、課税庁に更正をする権限が与えられていることとの均衡から、納税者において税額の計算の間違いや誤記があった場合には更正の請求をする必要があること、インセンティブ措置においても計算過程に誤りがあった場合に正当な金額へ正すことが制度趣旨に合致すること、誤った特別控除の額を正当な金額へ正す機会が一切与えられないとすればかえって税負担の公平性を害することからその是正を認める必要があることに鑑みれば、租税特別措置法４２条の１２の４第４項にいう「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る」との規定は、「誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額を基礎として計算された金額に限る」ものと解釈すべきである旨主張する。
しかし、仮に、同項にいう「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る」との規定を、原告が主張するように解釈すべきであるとすれば、明文でその旨を正面から規定すべきものであって、同項の文言が原告が上記に主張するようなものとなっていないこと自体から、同項について原告の主張する解釈を採用すべきものとは解し難いということができる上、他に、同項にいう「確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額」を「誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額」と解すべき法令上の根拠も見当たらない。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（ウ）原告は、確定申告書等の記載から客観的に看取することができる限度でしか是正が認められないとすると、正当な金額とは異なる金額の範囲でしか是正が認められないという弊害が生じ、更正の請求の趣旨が没却される旨主張する。
しかし、原告が指摘する「正当な金額」は、誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額を基礎として計算された金額を意味するものと解されるところ、租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、「当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額」と規定しているのであり、「誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額」とは規定していないから、同項の文言及び文理に照らすと、同条が、誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額を基礎として計算された金額（雇用者給与等支給増加額の１００分の１０に相当する金額）を法人税額から必ず控除する趣旨の規定であるとまでは解し難い。その上で、前記（イ）に判示したところも踏まえると、原告の主張は、その前提を異にするものというべきである。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（エ）原告は、平成２３年法律第１１４号による改正後の所得税額の控除の制度（法人税法６８条３項（ただし、平成２９年法律第４号による改正前のもの）の適用によるもの）においては、単純なミスがあった場合であっても、修正申告や更正の請求により、税額の控除の額を増額することが可能となったところ、インセンティブ措置について適用額の制限があることを理由として一切の事後の増額ができないと解すると、所得税額の控除の制度においては単純ミスが誤りとして修正が認められ（なお、所得税額の控除の場合、配当収入金額に誤りがあったとしても、帳簿書類の記載、ＩＲ情報等から当該誤りが判明することから、当然に更正の請求をすることが認められている。）、インセンティブ措置については誤った金額が当該額を控除額として選択したと認定されて一切の修正が認められないこととなるが、これは、著しく不均衡かつ不公平であって、制度の内容という理由だけでは合理的な説明が付かないから、平成２３年法律第１１４号による改正後においても、計算の誤りを正すことが排除されているとまでは解されない旨主張する。
しかし、平成２３年法律第１１４号により、法人税法６８条３項（ただし、平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）について、確定申告書に同条１項の規定による控除を受けるべき金額及びその計算に関する明細の記載を要せず、かつ、控除を受ける金額が確定申告書に記載された事項に限られることもない旨の改正がされ、確定申告書における単純な記載ミスが誤りとして修正が認められることが明文の規定からも明らかとなっているのに対し、本件特別控除においては、租税特別措置法４２条の１２の４第１項の規定により控除される金額は、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る旨が明文で定められ、雇用者給与等支給増加額については、事後的に修正することが許されない旨が明確となっているから、原告の指摘する違いは、法令の定める要件及びそれに伴う制度の違いに由来するものであり、制度が異なることに当然に内在する取扱いの相違にとどまるものである。そして、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的な判断に委ねられていると解すべきこと（最高裁昭和６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）にも照らすと、上記の取扱いの相違があることをもって直ちに、法人税法上の取扱いと租税特別措置法上の取扱いとの間に、不均衡又は不公平があるということもできないというべきである。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（オ）原告は、本件特別控除の適用があることを認識しつつ給与等の支給額を増加させたものの、申告の際に特別控除の計算の基礎となる数値を誤った納税者については、自ら本来の特別控除の額よりも少ない額についてのみその適用を受けるとの選択をしたわけではないから、本件特別控除の適用の必要性は減殺されておらず、本件特別控除の適用を踏まえて給与等の支給額を増加させた法人のうち、その申告の際に誤りがあった法人は、本来の特別控除の額を控除してもらえないことになるが、このような法人だけを他の法人と比べて不利益に取り扱うことは合理的でなく、申告の際に計算の誤りをした法人も給与等の支給額を増加させた点では他の法人と異なるところがないから、特別控除の額においても等しく取り扱われるべきであって、租税特別措置法４２条の１２の４第４項の規定を厳格に解釈すれば、租税公平主義を阻害する旨主張する。
しかし、同項は、同条１項の規定により控除される金額は、当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る旨を定めているのであり、この規定の文言及び文理を前提とすると、納税者は、自らが提出した確定申告書等に添付した書類に雇用者給与等支給増加額を記載することによって、同条４項の規定による控除の範囲を自ら決定することが求められていることになるから、少なくとも国との関係においては、納税者は、当該記載によって当該記載に係る金額についてのみ同項の規定による控除の適用を受ける旨の選択をしたことを示したものと取り扱われることになるというべきである。
したがって、自ら本来の特別控除の額よりも少ない額についてのみその適用を受けるとの選択をしたわけではない旨の原告の主張は、その前提を異にするものであり、それを前提とするその余の主張も同様であるから、原告の主張は、採用することができない。
（カ）原告は、本件特別控除の制度は、企業の労働分配の増加を促す措置として創設されたものであって、労働分配の増加をした企業に対して等しく適用されるべきであるから、申告の際の計算の誤りの有無によって両者の取扱いを区別することは、差別的な取扱いであって、租税特別措置法４２条の１２の４第４項の規定を厳格に解釈することは、租税公平主義を阻害する旨主張する。
しかし、これまでに判示したとおり、同項は、同条１項の規定により控除される金額は、当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限る旨を定めており、誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額を基礎として計算された金額（誤りのない正当な雇用者給与等支給増加額の１００分の１０に相当する金額）を法人税の額から必ず控除する旨を定めているわけではないから、申告の際の計算の誤りがあることによって申告の内容に差異が生じたことを原因として、その取扱いを区別したとしても、それは、法令の定める要件及びそれに伴う制度の違いに由来するものにすぎず、租税公平主義とも抵触しない。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
イ（ア）原告は、租税特別措置法４２条の１２の４にいう「雇用者給与等支給額」は、当該事業年度において、本件特別控除の適用要件を満たす場合であれば、損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を本件明細書に記載すべきであって、損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額のうち納税者が任意に申告する金額を選択することは予定されていないと解すべきであるから、本件明細書に記載された雇用者給与等支給額が損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等よりも過大又は過少である場合には、それは選択ではなく、計算の誤りである旨主張する。
しかし、同条には、本件特別控除の適用要件を満たす場合であれば、損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を本件明細書に記載しなければならない旨の定めは見当たらず、他に、同条を原告が主張するように解すべき法令上の根拠も見当たらない。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（イ）原告は、本件特別控除を受けようとする法人は、正当に支出した所得の金額の計算上損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を雇用者給与等支給額に算入するのが当然であり、雇用者給与等支給額の一部をあえて除外することを選択して過少に算出する合理的理由はないから、雇用者給与等支給額が正当な金額に対して過少である場合には、選択ではなく計算の誤りであると推認されるべきである旨主張する。
しかし、雇用者給与等支給額について、いかなる理由又は根拠をもってそれを記載すべきかについては、法令上は何ら定めるところがなく、支出した所得の金額の計算上損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額の全額を雇用者給与等支給額に算入しなければならない旨を定める法令上の根拠も見当たらないから、仮に、本件明細書に記載された雇用者給与等支給額と現実の雇用者給与等支給額との間にずれが生じていたとしても、そのことのみをもって直ちに、本件明細書に記載された雇用者給与等支給額に計算の誤りが存すると推認することもできないというべきである。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
ウ（ア）原告は、最高裁平成２１年判決は、法人税の確定申告において、計算の誤りが明白でなくても、法令に基づき正当に算出された金額につき、所得税額の控除の制度を受けることを選択する意思であったことが読み取れる場合には、所得税額の控除の制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨のものではなく、法人税法６８条３項の趣旨に反しないとして、更正の請求を認めたものであり、平成２３年法律第１１４号による改正の趣旨は、正に事後的に制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨で更正の請求を排斥した最高裁平成２１年判決の判旨と共通しているし、最高裁平成２１年判決の判旨が平成２３年法律第１１４号による改正後の制度に一切及ばないという論理的関係もないから、最高裁平成２１年判決は、平成２３年法律第１１４号による改正後のインセンティブ措置についても妥当し、事後的に制度の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨ではなく、単なる計算の誤りを正当な金額に正す趣旨での修正をすることは許容されている旨主張する。
しかし、最高裁平成２１年判決の事案は、当該事案の原告が、確定申告書に添付した法人税法施行規則所定の明細書にその所有する株式の全銘柄を記載し、配当等として受け取った収入金額及びこれに対して課された所得税の額を各銘柄別に全て記載したことから、その所有する株式の全銘柄に係る所得税の額の全部を対象として、法令に基づき正当に計算される金額につき、所得税額の控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことを見て取れる事案であった（当裁判所に顕著な事実）のに対し、本件は、原告が、本件原告明細書には短時間労働者に対する課税支給額を含む雇用者給与等支給額自体、実際に支給したとされる金額の一部しか記載していないというのであるから、本件原告明細書の記載からは、原告が雇用者に対して給与等として支給した金額の全額を対象として、法令に基づき正当に計算される金額につき、本件特別控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことを見て取れるとは認め難いから、最高裁平成２１年判決の事案が単純な誤りに起因したとされる事案であり、本件が本件原告明細書を作成する過程で生じた単純な転記ミスに起因するとされる事案であることと共通性があること等を勘案したとしても、本件と最高裁平成２１年判決の事案とは、事案を異にしていると認めるのが相当である。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（イ）原告は、最高裁平成２１年判決が判示するとおり、本件特別控除の額の是正の可否は、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨か否かで判断されるべきであるところ、税負担の軽減を通じて政策目的の達成を図るという本件特別控除の制度の趣旨に照らすと、その判断の基礎資料を本件明細書の記載事項に限定する理由はなく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から正確に判断される方がむしろ望ましいから、本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨か否かが、必ずしも本件明細書の記載上から、本件明細書に記載された金額を超えて本件特別控除の適用を受ける意思が明確に読み取れることまでは必要なく、確定申告書提出日以前に存在していた帳簿書類や確定申告書の作成書類の記載から、計算の誤りがあることが明確であって、更正の請求等が本件特別控除の適用を受ける範囲を追加的に拡張する趣旨でないことが明確であれば足りると解すべきである旨主張する。
しかし、前記（ア）のとおり、最高裁平成２１年判決の事案は、確定申告書に添付された書類の記載から、その所有する株式の全銘柄に係る所得税の額の全部を対象として、法令に基づき正当に計算される金額につき、所得税額の控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことを見て取れる事案であることがその前提となっていることに照らすと、確定申告書等及びそれに添付された書類からは申告者の意思が明確ではなく、それ以外の書類を参照しない限り申告者の意思が確定できないという場合にも、その判示の趣旨が及ぶものとは解し難いから、最高裁平成２１年判決の判示を前提とする限り、確定申告書等及びそれに添付された書類の記載自体から、実際に支給した雇用者給与等支給額の全額を対象として、法令に基づき正当に計算される金額につき、本件特別控除の制度の適用を受けることを選択する意思が明確になっていることを要するものというべきである。
したがって、原告の主張は、その前提を異にするものであって採用することができない。
（ウ）原告は、最高裁平成２１年判決は、その判示に照らし、確定申告書の記載から明らかではない計算の誤りが、適用範囲を追加的に拡張する趣旨に該当するか否かのレベルで問題になり得ることを前提としており、確定申告書の記載から明らかではない計算の誤りを理由とする更正の請求が認められる余地があることを前提としているといえる旨主張する。
しかし、仮に、最高裁平成２１年判決の判示について、確定申告書の記載から明らかではない計算の誤りを理由とする更正の請求が認められる余地があると解することを前提としたとしても、前記（ア）のとおり、最高裁平成２１年判決は、確定申告書に添付された書類の記載から、その所有する株式の全銘柄に係る所得税額の全部を対象として、法令に基づき正当に計算される金額につき、所得税額の控除の制度の適用を受けることを選択する意思であったことを見て取れる事案であり、前記（イ）のとおり、本件とは事案を異にしているから、原告がした本件各更正の請求が認容されることを裏付けることにはならないというべきである。
したがって、原告の主張は、採用することができない。
（３）まとめ
以上によれば、納税者は、自らが本件特別控除の適用を受ける範囲として確定申告書に添付した書類に記載した雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限って、本件特別控除の適用を受けることができるというべきであり、事後において、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用を受けることはできず、確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額の事後的な修正を原因とする本件特別控除の額の変動について、計算に誤りがあったことを理由とする更正の請求（国税通則法２３条１項１号）をすることも許されないというべきである。
本件においては、本件原告明細書の「雇用者給与等支給増加額の計算」欄中の「雇用者給与等支給増加額」欄（順号３）には、「４９，０４１，０１１」と記載されているから、これを基礎として計算した金額を超えて本件特別控除の適用を受けることはできず、租税特別措置法４２条の１２の４第１項の規定に基づいて計算される本件特別控除の額は、４９０万４１０１円（雇用者給与等支給増加額である４９０４万１０１１円の１００分の１０に相当する金額）であると認められる。
３ 本件各更正処分等の適法性
これまで述べたところに加えて、本件全証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件各更正処分等の根拠及びその適法性については、別紙２に記載のとおり認めることができ、この認定判断を左右するに足りる証拠はない。
したがって、本件各更正処分等は、適法である。
４ 結論
よって、本件訴えのうち第２事件に係る部分は、不適法であるから、これを却下し、原告のその余の請求は、いずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官朝倉佳秀
裁判官福渡裕貴
裁判官獅子野裕介
別紙１
関係法令の定め
１ 租税特別措置法４２条の１２の４（雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除）の定め
（１）租税特別措置法４２条の１２の４第１項の定め
租税特別措置法４２条の１２の４第１項の柱書きは、青色申告書を提出する法人が、平成２５年４月１日から平成３０年３月３１日までの間に開始する各事業年度（中略）において国内雇用者に対して給与等を支給する場合において、当該法人の雇用者給与等支給額から基準雇用者給与等支給額を控除した金額（以下、「雇用者給与等支給増加額」という。）の当該基準雇用者給与等支給額に対する割合が１００分の５（平成２７年４月１日前に開始する事業年度にあっては１００分の２とし、同日から平成２８年３月３１日までの間に開始する事業年度にあっては１００分の３とする。）以上であるとき（次に掲げる要件を満たす場合に限る。）は、当該法人の当該事業年度の所得に対する法人税の額（中略）から、当該雇用者給与等支給増加額の１００分の１０に相当する金額（以下、「税額控除限度額」という。）を控除する（前段）が、当該税額控除限度額が、当該法人の当該事業年度の所得に対する法人税の額の１００分の１０（当該法人が中小企業者等（中略）である場合には、１００分の２０）に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該１００分の１０に相当する金額を限度とする（後段）旨を定めている。
一・二（略）
（２）租税特別措置法４２条の１２の４第４項の定め
租税特別措置法４２条の１２の４第４項は、同条１項の規定は、確定申告書等、修正申告書又は更正請求書に、同項の規定による控除の対象となる雇用者給与等支給増加額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用するが（前段）、この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該確定申告書等に添付された書類に記載された雇用者給与等支給増加額を基礎として計算した金額に限るものとする（後段）旨を定めている。
２ 法人税法６８条（所得税額の控除）の定め
（１）法人税法６８条１項（ただし、平成１５年法律第８号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）の定め
法人税法６８条１項は、内国法人が各事業年度において所得税法１７４条各号に規定する利子等、配当等、給付補てん金、利息、利益、差益、利益の分配、報酬若しくは料金又は賞金（以下この条において「利子及び配当等」という。）の支払を受ける場合には、これらにつき同法の規定により課される所得税の額は、政令で定めるところにより、当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除する旨を定めている。
（２）法人税法６８条３項の定め
ア 平成１５年法律第８号による改正前のもの
法人税法６８条３項は、同条１項の規定は、確定申告書に同項の規定による控除を受けるべき金額及びその計算に関する明細の記載がある場合に限り、適用するが（前段）、この場合において、同項の規定による控除をされるべき金額は、当該金額として記載された金額を限度とする（後段）旨を定めている。
イ 平成２９年法律第４号による改正前のもの
法人税法６８条３項は、同条１項の規定は、確定申告書、修正申告書又は更正請求書に同項の規定による控除を受けるべき金額及びその計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用するが（前段）、この場合において、同項の規定による控除をされるべき金額は、当該金額として記載された金額を限度とする（後段）旨を定めている。
以上
別紙２
本件各更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
（１）本件法人税更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税の所得の金額及び納付すべき法人税の額は、次のとおりである。
ア 所得の金額（別表２－１・順号④）
５億２７１２万０３５０円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）の金額を減算した後の金額である。
（ア）申告に係る所得の金額（別表２－１・順号①）
５億１８５１万８５１６円
上記金額は、原告が平成２６年１１月２８日に西新井税務署長に対して提出した本件事業年度の法人税の青色の確定申告書（甲２、乙４。本件法人税確定申告書）の「所得金額又は欠損金額」欄（順号１）に記載した所得の金額と同額である。
（イ）所得の金額に加算すべき金額（別表２－１・順号②）
９０８０万４９０１円
上記金額は、原告が、調剤薬品の仕入れのうち、本件事業年度において売上原価の額として損金の額に算入した金額と、本件事業年度の年度末までに確定した売上原価の額との差額であり、法人税法２２条３項１号にいう売上原価の額として損金の額に算入することができない金額である。
（ウ）所得の金額から減算すべき金額（別表２－１・順号③）
８２２０万３０６７円
上記金額は、原告が、本件事業年度における棚卸資産の額として申告した４億６７０３万４３０５円（本件法人税確定申告書添付「たな卸資産の計算内訳」の「決算額」欄中「合計」欄。甲２・６５枚目）のうち、調剤薬品に係る計上額４億５９９９万６４３６円と、当該調剤薬品について、原告が棚卸資産の評価方法として、あらかじめ税務署長に対して届け出た評価方法である売価還元法による原価法を使用して評価した額である３億７７７９万３３６９円との差額である。同額は、原告の本件事業年度の売上原価の額から過大に減算されて損金の額に算入されていないことから、本件事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
イ 所得の金額に対する法人税の額（別表２－１・順号⑤）
１億３３５７万５６００円
上記金額は、前記アの所得の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、法人税法６６条１項（ただし、平成２７年法律第９号による改正前のもの）及び同条２項並びに租税特別措置法４２条の３の２第１項（ただし、平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（所得の金額のうち８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５）を乗じて計算した後の金額である。
ウ 法人税額の特別控除の額（別表２－１・順号⑧）
５０２万１７０１円
上記金額は、所得の金額に対する法人税の額から控除される金額として、原告が、本件法人税確定申告書の「法人税額の特別控除額」欄（順号３）に記載した金額と同額であって、次の（ア）の金額と（イ）の金額を合計した後のものである。
（ア）中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除の額（別表２－１・順号⑥）
１１万７６００円
上記金額は、平成２７年法律第９号による改正前の租税特別措置法４２条の６の規定により法人税の額から控除されるものとして、原告が本件法人税確定申告書の別表六（十二）の「法人税額の特別控除額」欄（甲２・８枚目・順号３０）に記載した額と同額である。
（イ）雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除の額（別表２－１・順号⑦）
４９０万４１０１円
上記金額は、租税特別措置法４２条の１２の４の規定により法人税の額から控除されるものとして、原告が本件法人税確定申告書の別表六（二十）の「法人税額の特別控除額」欄（甲２・９枚目・順号１３）に記載した額と同額である。
エ 所得税額の控除（別表２－１・順号⑨）
１万３３１２円
上記金額は、平成２９年法律第４号による改正前の法人税法６８条（ただし、同条２項については、平成２０年法律第２３号による改正前のもの）の規定により法人税の額から控除される所得税の額として、原告が本件法人税確定申告書の「控除税額」欄（順号１２）に記載した金額と同額である。
オ 納付すべき法人税の額（別表２－１・順号⑩）
１億２８５４万０５００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額と前記エの金額を加算した後の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
カ 既に納付の確定した法人税の額（別表２－１・順号⑪）
１億１６４７万１９００円
上記金額は、西新井税務署長が平成２７年７月３１日付けで原告に対してした原告の本件事業年度の法人税の更正の処分における法人税の額である（甲４の「更正又は決定の金額」欄中「差引合計税額」欄（順号１８））。
キ 差引納付すべき法人税の額（別表２－１・順号⑫）
１２０６万８６００円
上記金額は、前記オの金額から前記カの金額を差し引いた金額である。
（２）本件更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件事業年度の法人税に係る所得の金額及び納付すべき法人税の額は、それぞれ前記（１）ア及びオのとおりであり、本件法人税更正処分における所得の金額及び納付すべき法人税の額（甲６の「更正又は決定の金額」欄中「所得金額又は欠損金額」欄（順号１）及び「差引合計税額」欄（順号１８））は、いずれも前記（１）ア及びオの各金額と同額であるから、本件更正処分は適法である。
（３）本件復興税更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件課税事業年度の復興特別法人税の課税標準法人税額及び原告が納付すべき復興特別法人税の額は、それぞれ次に述べるとおりである。
ア 課税標準法人税額（別表２－２・順号④）
１億２８５５万３０００円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した後の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（ア）申告に係る基準法人税額（別表２－２・順号①）
１億２６３６万０３８９円
上記金額は、原告が平成２６年１１月２８日に西新井税務署長に提出した本件課税事業年度の復興特別法人税の青色の確定申告書（甲３、乙７。本件復興税確定申告書）の「基準法人税額」欄（順号１４）に記載した基準法人税額と同額である。
（イ）基準法人税額に加算すべき金額（別表２－２・順号②）
２１９万３５１０円
上記金額は、本件事業年度の所得の金額に加算及び減算をすべき各金額により増加した所得の金額である８６０万１８３４円（前記（１）ア（イ）の９０８０万４９０１円（別表２－１・順号②）から同（ウ）の８２２０万３０６７円（別表２－１・順号③）を減算した後の金額）に対する法人税の額（前記（１）イの１億３３５７万５６００円（別表２－１・順号⑤）と、原告が本件法人税確定申告書の「法人税額」欄（順号２）に記載した法人税の額である１億３１３８万２０９０円との差額）であり、本件課税事業年度の基準法人税額に加算される金額である。
イ 課税標準法人税額に対する復興特別法人税の額（別表２－２・順号⑤）１２８５万５３００円
上記金額は、前記アの課税標準法人税額に東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財源確保法」という。）４８条に規定する税率（１００分の１０）を乗じて計算した後の金額である。
ウ 復興特別所得税額の控除（別表２－２・順号⑥）
２７３円
上記金額は、復興財源確保法４９条１項の規定により復興特別法人税の額から控除される復興特別所得税の額として、原告が本件復興税確定申告書の「控除税額」欄（順号３）に記載した金額と同額である。
エ 納付すべき復興特別法人税の額（別表２－２・順号⑦）
１２８５万５０００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した復興特別法人税の額（別表２－２・順号⑧）１１６４万８２００円上記金額は、西新井税務署長が平成２７年７月３１日付けで原告に対してした原告の本件課税事業年度の復興特別法人税の更正の処分における復興特別法人税の額である（甲５の「更正又は決定の金額」欄中「差引合計税額」欄（順号１０））。
カ 差引納付すべき復興特別法人税の額（別表２－２・順号⑨）
１２０万６８００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
（４）本件復興税更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件課税事業年度の課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税の額は、それぞれ前記（３）ア及びエのとおりであり、本件復興税更正処分における課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税の額（甲７の「更正又は決定の金額」欄中「課税標準法人税額」欄（順号５）及び「差引合計税額」欄（順号１０））は、いずれも前記（３）ア及びエの各金額と同額であるから、本件復興税更正処分は適法である。
２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件法人税賦課決定処分について
ア 本件法人税賦課決定処分の根拠
前記１（２）のとおり、本件法人税更正処分は適法であるところ、原告が本件法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった法人税の額（１２０６万８６００円。前記１（１）キ）のうち、西新井税務署長が平成２７年７月３１日付けで原告に対してした原告の本件事業年度の法人税の更正の処分において「減少する法人税額」とした９８７万５１００円（甲４の「更正又は決定の金額」欄中「差引納付すべき又は減少（－印）する法人税額」欄（順号２０））に達するまでの金額については、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるが、その余の部分は、過少に申告したことについて、同項にいう「正当な理由」は存しない。
したがって、本件法人税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、本件法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった税額（前記１（１）キ）である１２０６万８６００円から、上記の「減少する法人税額」である９８７万５１００円を差し引いた金額（ただし、同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である２１９万円に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である２１万９０００円となる（同法６５条１項）。
イ 本件法人税賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件法人税更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、前記アのとおりであり、本件法人税賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表１－１の「年月日」欄に「２８・６・２８」との記載がある部分に対応する「区分」欄中「更正処分」欄参照）と同額であるから、本件法人税賦課決定処分は適法である。
（２）本件復興税賦課決定処分について
ア 本件復興税賦課決定処分の根拠
前記１（４）のとおり、本件復興税更正処分は適法であるところ、原告が本件復興税更正処分により新たに納付すべきこととなった復興特別法人税の額１２０万６８００円のうち、西新井税務署長が平成２７年７月３１日付けで原告に対してした原告の本件課税事業年度の復興特別法人税の更正の処分において「減少する復興特別法人税額」とした９８万７５００円（甲５の「更正又は決定の金額」欄中「差引納付すべき又は減少（－印）する復興特別法人税額」欄（順号１２））に達するまでの金額については、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるが、その余の部分は、過少に申告したことについて、同項にいう「正当な理由」は存しない。
したがって、本件復興税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、本件復興税更正処分により新たに納付すべきこととなった税額（前記１（３）カ）である１２０万６８００円から、上記の「減少する復興特別法人税額」である９８万７５００円を差し引いた金額（ただし、同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である２１万円に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である２万１０００円となる（同法６５条１項）。
イ 本件復興税賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件復興税更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、前記アのとおりであり、本件復興税賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表１－２の「年月日」欄に「２８・６・２８」との記載がある部分に対応する「区分」欄中「更正処分」欄参照）と同額であるから、本件復興税賦課決定処分は適法である。
以上
別表１－１本件事業年度に係る法人税の課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告
加算税の額
確定申告
26・11・28
518,518,516
126,347,000
－
更正処分
27・７・31
527,120,350
116,471,900
－
更正処分
28・６・28
527,120,350
128,450,500
219,000
審査請求
28・８・29
更正処分及び加算税賦課決定処分の全部取消し
裁決
29・４・14
棄却
更正の請求
29・８・28
527,120,350
117,029,000
－
別表１－２本件課税事業年度に係る復興特別法人税の課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準法人税額
納付すべき
復興特別法人税額
過少申告
加算税の額
確定申告
26・11・28
126,360,000
12,635,700
－
更正処分
27・７・31
116,485,000
11,648,200
－
更正処分
28・６・28
128,553,000
12,855,000
21,000
審査請求
28・８・29
更正処分及び加算税賦課決定処分の全部取消し
裁決
29・４・14
棄却
更正の請求
29・８・28
117,042,000
11,703,900
－
別表２－１から別表２－２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13233.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。