税務訴訟資料第２６９号－９０（順号１３３１３）
横浜地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（戸塚税務署長）
令和元年９月１８日却下・棄却・確定
判決
原告甲
被告国
同代表者法務大臣河井克行
処分行政庁戸塚税務署長
十文字俊郎
指定代理人伊藤健太郎
同伊藤隆行
同菊地翔太
同内田高城
同横井康平
同月岡憲幸
同金光昭二
同的場将男
主文
１ 本件訴えのうち、別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の取消しを求める部分をいずれも却下する。
２ 原告のその余の各請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
本判決では、別紙１を含め、各所得等の金額、納付すべき税額又は翌年へ繰り越す純損失の金額が増加する方向をプラス、各所得等の金額、納付すべき税額又は翌年へ繰り越す純損失の金額が減少する方向をマイナスと見て、ある金額よりもプラス方向の部分を「超える部分」と表現し、マイナス方向の部分を「超えない部分」（これは、「超えない部分」であるから、ある金額以下の場合を含むことになり、この場合、厳密には「マイナス方向」とはいえないが、便宜上、「マイナス方向」に含めて検討する。）と表現する。
第１ 原告の請求及び被告の答弁
１ 原告の請求
処分行政庁が平成３０年４月２５日付けでした原告の平成２６年分、平成２７年分及び平成２８年分の所得税及び復興特別所得税の各更正処分並びに無申告加算税の各賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 被告の答弁
主文１項及び２項に同じ。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
（１）原告
原告は、冒頭住所地の横浜市栄区に居住する男性であり、「Ａ」の屋号で食材卸業を営む者である。
（２）更正処分及び無申告加算税の賦課決定処分に至る経緯
原告は、平成２６年分、平成２７年分及び平成２８年分の所得税及び復興特別所得税につき、いずれも法定申告期限後に、事業所得を唯一の所得とする内容の確定申告を行ったところ、処分行政庁は、原告に対する税務調査を実施した上、原告には、上記各年分につき、株取引により申告すべき株式等に係る譲渡所得等（平成２８年分については「上場株式等に係る譲渡所得等」）があるとして、原告に対し、上記各年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分及び無申告加算税の賦課決定処分をした。
（３）原告の本件請求の内容
本件は、処分行政庁から上記各処分を受けた原告が、当該各処分に係る税務調査には、①調査の事前通知手続、②提出物件の留置き手続及び③調査の終了の際の手続に関し、それぞれ取消事由となる違法があると主張して、行政事件訴訟法３条２項に基づき、上記各処分の取消しを求める事案である。
２ 法令の定め
本件に関する法令の定めは、別紙２「関係法令の定め」のとおりである。
なお、法令の表記に関しては、平成２８年法律第１５号による改正前の国税通則法を「旧通則法」と、同号による改正後の国税通則法を「通則法」と、国税通則法施行令を「通則法施行令」と、平成２７年法律第９号による改正前の所得税法を「平成２７年改正前所得税法」と、平成３１年法律第６号による改正前の所得税法を「平成３１年改正前所得税法」と、平成２５年法律第５号による改正前の租税特別措置法を「旧措置法」と、同号による改正後の租税特別措置法を「措置法」と、平成２５年政令第１６９号及び平成２７年政令第１４８号による改正前の租税特別措置法施行令を「旧措置法施行令」と、平成３１年政令第１０２号による改正前の租税特別措置法施行令を「措置法施行令」と、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（平成２３年法律第１１７号）を「財特法」と、それぞれ略称する。
３ 前提事実（争いのない事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。以下の事実を引用する場合、単に「前提事実」といい、前提事実記載（１）の事実を「前提事実（１）」のように表記する。）
（１）原告
原告は、冒頭住所地の横浜市栄区に居住する男性であり、「Ａ」の屋号で食材卸業を営む者である。（乙１ないし乙３）
（２）原告による確定申告
原告は、平成２６年分、平成２７年分及び平成２８年分（以下「本件各年分」という。）の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）につき、いずれも法定申告期限（所得税法１２０条１項）後である別表１ないし３の各「確定申告」欄記載の各年月日に、事業所得を唯一の所得とする内容の確定申告書を処分行政庁に提出し、確定申告（以下「本件各確定申告」という。）を行った。（乙１ないし乙３）
なお、原告は、本件各確定申告につき更正の請求（通則法２３条）は行っていない。（弁論の全趣旨）
（３）更正処分等に至る経緯
ア 戸塚税務署個人課税第●部門上席国税調査官乙（以下「乙調査官」という。なお、証人としての証言に関しては、証人乙と表記する。）は、平成２９年１１月１６日、原告に対する税務調査のため原告方に臨場し、原告に対する質問検査等（以下「本件調査」という。）を実施し、同方において原告から提示を受けたＢ証券株式会社（以下「Ｂ証券」という。）及び株式会社Ｃ証券（以下「Ｃ証券」という。）が原告に対して発行した平成２６年分及び平成２７年分の特定口座年間取引報告書（措置法３７条の１１の３第７項）合計４通（以下「本件各取引報告書」という。）を戸塚税務署へ持ち帰った。（乙１４、弁論の全趣旨）
イ 乙調査官は、本件調査後、原告の株式等に係る譲渡所得等（平成２８年分については「上場株式等に係る譲渡所得等」。以下同じ。）の金額を把握するため、補完調査として、Ｂ証券及びＣ証券に対し、本件各年分に係る原告との取引状況の照会を行い、それぞれから、本件各年分に係る特定口座年間取引報告書の提出を受けた。（乙５ないし８、乙１０、乙１１、乙１４）
ウ 処分行政庁は、上記調査を踏まえ、原告には、本件各年分につき、株取引により申告すべき株式等に係る譲渡所得等があるとして、原告に対し、平成３０年４月２５日付けで、別表１ないし３の各「更正処分等」欄記載の内容の更正処分（以下、「本件各更正処分」といい、このうち特定の年分の更正処分については「平成２６年分更正処分」のように表記する。）及び無申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各更正処分」と併せて「本件各処分」という。）をし、本件各処分の理由及び更正前後の税額など通則法２８条２項の事項等を記載した同日付けの更正及び加算税の賦課決定通知書（甲１ないし３）を原告に送達した。（甲１ないし３）
（４）審査請求
原告は、平成３０年４月３０日、東京国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求めて審査請求をした。（甲４、甲５、弁論の全趣旨）
（５）本件訴えの提起
原告は、上記審査請求のあった日から３か月が経過する前に（通則法１１５条１項１号）、平成３０年７月２日、横浜地方裁判所に本件訴えを提起したが、その後、上記３か月が経過した。（顕著な事実）
（６）再更正処分
処分行政庁は、平成３０年９月２６日、平成２６年分の原告の所得税等につき、前年から繰り越された純損失の金額を控除しないで総所得金額を計算されていたため過大であると認められるとして、別表１の「再更正処分」欄記載の内容の再更正処分をし、平成２７年分の原告の所得税等につき、平成２５年分に生じた純損失の金額を翌年へ繰り越す純損失の金額に算入していないと認められるとして、別表２の「再更正処分」欄記載の内容の再更正処分（以下、平成２６年分及び平成２７年分の再更正処分を併せて「本件各再更正処分」という。）をした。（乙４、乙９）
（７）審査請求の取下げ
上記（４）の審査請求に対しては、審査請求の日の翌日から３か月が経過しても裁決がされなかったところ、原告は、平成３０年１０月２日、同審査請求を取り下げた。（乙１６）
（８）被告の本案前の主張
被告は、本件各更正処分のうち、原告が本件各確定申告で申告した課税標準や納付すべき税額等を超えない部分（翌年へ繰り越す純損失の金額については超える部分）については、更正の請求（通則法２３条）をしていないから、上記部分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠き、また、本件各処分の後、平成２６年分及び平成２７年分の所得税等については本件各再更正処分がされたことから、本件訴えのうち、本件各更正処分により変更された部分の取消しを求める部分も、訴えの利益を欠くこととなり、本件訴えのうち、別紙１「訴え却下処分目録」記載の部分は、いずれも不適法であるから、却下すべきである旨主張している（前記第１の２参照）。
４ 主たる争点及びこれに関する当事者の主張
（１）主たる争点
本件調査に本件各処分の取消事由となる違法性があるか否か。
（２）主たる争点に関する当事者の主張
（原告の主張）
ア 調査の事前通知手続について
税務署長等は、実地の調査を行わせるに当たっては、あらかじめ、調査の対象である納税義務者に対し、通則法７４条の９第１項及び通則法施行令３０条の４で定める事項（以下「事前通知事項」という。）を通知する必要がある（以下、この通知を「事前通知」という。）ところ、処分行政庁は、本件調査に際し、原告に対して電話連絡により口頭で調査日時を伝えたにとどまり、その他の事前通知事項を通知しておらず、通則法７４条の９第１項に違反する。さらに、事前通知事項は多岐にわたり、口頭で伝えられても到底記憶することができないものであるから、これを口頭で行うこと自体、憲法３１条の趣旨等に違反する。
したがって、本件調査の事前通知手続には、重大な違法がある。
イ 提出物件の留置き手続について
乙調査官は、本件調査当日、原告の同意なく本件各取引報告書を持ち帰った上、通則法施行令３０条の３第１項の規定による書面の交付もしなかったものであるところ、乙調査官が経験豊富な国税調査官であることにも照らせば、書面の交付の要否について誤信したとは到底考えられず、同人は、意図的に職権を濫用し、書面を交付しないまま本件各取引報告書を持ち帰ったものというべきである。
したがって、本件調査における提出物件の留置き手続には、憲法３５条に違反する重大な違法がある。
ウ 調査の終了の際の手続について
通則法７４条の１１第２項に定める調査結果の内容の説明は、現実に、納税義務者に対して実施されるべきものであるところ、処分行政庁は、本件調査後、原告に対する説明をしないまま、本件各処分を行った違法がある。
この点、被告は、原告に対して電話連絡等を試みるとともに、説明のため来署を求める文書を送付し、原告の説明の実施に向け相応の努力をしたから、それ以上の説明は不要であると主張するが、調査結果の内容の説明は、口頭ではなく、説明文書を送付するなどの方法により行うこともできたはずである。
したがって、それらの方法を尽くすことなく本件各処分を行ったことは違法である。
エ よって、本件調査の手続には、重大な違法があるから、これに基づく本件各処分は違法である。
（被告の主張）
ア 調査手続の違法性が、当該調査に基づく更正又は決定の取消事由となるのは、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分等をしたに等しいものと評価を受ける場合に限られると解すべきである。
イ 調査の事前通知手続について
乙調査官は、平成２９年１１月７日、事前通知を行うため、原告の携帯電話に架電し、事前通知事項が記載された平成２９年１１月１日付けの「調査手続チェックシート（事前通知用）」と題する書面（以下「本件チェックシート」という。）を確認しながら、調査を行う場所、調査の目的、調査の対象となる税目、調査の対象となる期間等、事前通知事項を全て原告に伝えた上、実地の調査を実施する旨通知したのであるから、事前通知が適法に行われていることは明らかである。
ウ 提出物件の留置き手続について
乙調査官は、本件調査の際、原告に対し、本件各取引報告書を確定申告書の添付書類として提出する意思を確認したところ、原告から提出して良い旨の発言があったことから、本件各取引報告書を戸塚税務署に持ち帰ったものであり、本件各取引報告書を持ち帰ることに対しては、原告の了解があった。
なお、本件各取引報告書は、これを確定申告書に添付すべき書類とする法令の規定がないため、留置きの手続を要する物件となり、これを持ち帰るに当たっては、通則法７４条の７に従い、通則法施行令３０条の３第１項の規定による書面を作成、交付する必要があったところ、乙調査官は、本件調査の際、当該書面を作成して原告に交付しなかったのであるから、この点において手続上の過誤があるものの、乙調査官は、本件各取引報告書を確定申告書に添付すべき書類であるものと誤信し、同報告書を持ち帰ったにすぎず、かかる過誤の内容及び態様にも照らせば、これが刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯びるような場合に該当するものではなく、さらに、本件各処分は、補完調査においてＢ証券及びＣ証券から提出を受けた特定口座年間取引報告書に基づいて行われたことにも照らせば、何らの調査なしに更正処分等をしたに等しいものと評価を受ける場合に該当するものでもないから、上記調査手続の過誤は、本件各処分の取消事由に当たらないというべきである。
エ 調査の終了の際の手続について
通則法７４条の１１第２項は、更正処分等の対象となる納税義務者に対しては調査結果の内容を説明するものと定めるところ、かかる説明は、口頭により行うことができ、また、課税庁の職員が説明の実施に向け相応の努力をしたにもかかわらず、納税義務者がこれに応じない場合など、当該説明を行うことができないことにつき合理的な理由がある場合には、現に説明を行わなかったとしても、同項に違反するものではないと解すべきである。
本件調査において、乙調査官は、原告に対して調査結果の内容を説明し、修正申告書の提出の意思を確認するため、原告の自宅の電話に３回、原告の携帯電話に５回それぞれ連絡を行い、自宅に架電した３回については、留守番電話機能を利用し、乙調査官に対して折り返し連絡するようにメッセージを残したものの、いずれも原告からの応答はなかった。そこで、乙調査官は、原告に対して、説明のため戸塚税務署への来署を依頼する連絡票（乙１５の１ないし３）を郵送し、原告の自宅に郵送したにもかかわらず、原告はこれに対しても応答しなかったものである。かかる経緯に照らせば、乙調査官は、原告に対する説明の実施に向け相応の努力をしたというべきであり、原告に対して説明を行うことができなかったことにつき合理的な理由があるから、通則法７４条の１１第２項に違反するものではない。
オ よって、本件調査の手続に取消事由に該当する違法性はなく、本件処分は適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 訴訟要件に関する職権判断
（１）審査請求前置の充足について
前提事実（４）、（５）及び（７）によれば、原告は、平成３０年４月３０日、東京国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求めて審査請求をしたものの、上記審査請求のあった日から３か月が経過する前に横浜地方裁判所に本件訴えを提起し、上記３か月が経過した後、裁決を経ることなく、平成３０年１０月２日になって上記審査請求を取り下げたことが認められる。
国税に関する法律に基づく処分の取消しを求める訴えは、審査請求についての裁決を経る必要があり（通則法１１５条１項本文）、原告は、上記のとおり、この裁決を経ていないのであるが、通則法は、審査請求がされた日の翌日から起算して３か月を経過しても裁決がないときは、裁決を経ることなく上記の訴え提起をすることを例外的に認めているところ（通則法１１５条１項１号）、原告は、上記のとおり、上記３か月が経過する前に本件訴えを提起しており、上記例外的要件を充たさず、本件訴えは、その提起時点では、不適法であったといわざるを得ない。
しかし、本件訴え提起後、３か月が経過したことは、当裁判所に顕著であるから、その時点以降、本件訴えの瑕疵は治癒され、適法になったものと認めるのが相当である。前記のとおり、原告は、上記の瑕疵が治癒されて以降、上記審査請求を取り下げているのであるが、その事実は、上記瑕疵の治癒による効果を覆滅させるものではない。
したがって、本件訴えについて、審査請求前置の点について、特に違法なる点は見当たらない。
（２）原告が本件各確定申告によって確定させた部分及び本件各再更正処分により変更された部分の訴えの利益の有無
申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の錯誤が客観的に明白かつ重大であって法の所定する方法以外にその是正を許さなければ納税義務者の利益を著しく害すると認められるといった特段の事情がない限り、当該更正処分のうち申告に係る所得金額や納付すべき税額等を超えない部分（翌年へ繰り越す純損失の金額については超える部分）については、更正の請求（通則法２３条等）の手続を経ない限り、当該部分の取消しを求めることはできないというべきである。
また、申告に係る税額につき更正処分がされた後、減額再更正処分がされた場合、当初の更正処分の取消しを求める訴えは、再更正により減額された部分（翌年へ繰り越す純損失の金額については増額された部分）については、特段の事情がない限り、訴えの利益が失われるものというべきである（最高裁昭和４６年３月２５日第一小法廷判決・集民１０２号３２９頁、最高裁昭和５６年４月２４日第二小法廷判決・民集３５巻３号６７２頁参照）。
これを本件についてみると、本件訴えのうち、本件各年分の所得税等について、原告が取消しを求める別紙１「訴え却下処分目録」記載の各事項は、本件各確定申告（乙１ないし３）における申告額を超えない（翌年へ繰り越す純損失の金額については超える）ものか、本件各再更正処分により減額（翌年へ繰り越す純損失の金額については増額）された部分かのいずれかの部分であるところ、原告は、更正の請求手続をしておらず（前提事実（２））、また、上記各特段の事情の主張立証をしないから（弁論の全趣旨）、上記各部分は、訴えの利益を欠き、いずれも不適法であるといわざるを得ない。
したがって、本件訴えのうち、別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の取消しを求める部分は、いずれも不適法であり、却下を免れない。
２ 本案に関する判断
そこで、以下、上記却下部分を除くその余の各請求について、本案判断を加えることとする。
前提事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる（証拠等は、認定事実ごとに掲記する。以下の事実を引用する場合、単に「認定事実」といい、認定事実記載（１）の事実を「認定事実（１）」のように表記する。）。
（１）確定申告等
ア 本件各確定申告から本件各再更正処分に至るまでの経緯は、別表１ないし３記載のとおりである。（甲１ないし甲３、乙１ないし乙４、乙９、前提事実（３）ウ）
イ 原告は、本件各年分の所得税等につきいずれも法定申告期限（所得税法１２０条１項）後である別表１ないし３の各「年月日」欄記載の各年月日に、それぞれ確定申告書を処分行政庁に提出して、別表１ないし３の各「確定申告」欄記載のとおり、事業所得を唯一の所得とする内容の本件各確定申告を行った。（乙１ないし乙３、前提事実（２））
（２）本件調査前の手続について
ア 乙調査官の上司であった統括国税調査官は、平成２９年１０月中頃、原告を税務調査の対象として選出した上、乙調査官に対し、原告に対する実地調査の実施を指示した。（乙１４、弁論の全趣旨）
乙調査官は、戸塚税務署個人課税第●部門に勤務する上席国税調査官であり、二十数年にわたる所得税に係る事務の経験を有し、うち１３年間程度は調査事務の担当であった。（証人乙（調書１頁））
イ 乙調査官は、平成２７年分及び平成２８年分の原告の申告所得等を対象として実地調査を行うこととし、事前通知事項等が記載された本件チェックシートを作成し、平成２９年１１月１日、上司の決裁を受けた。（乙１３、乙１４、証人乙（調書３、４頁））
ウ 乙調査官は、平成２９年１１月７日、事前通知を行う目的で原告の携帯電話に架電したところ、原告はこれに応答した。（甲７、乙１４、証人乙（調書２、３頁））
原告は、通話の内容から、少なくとも、国税調査官が税務調査の目的で原告方に臨場すること及び同調査の日時について理解するとともに、原告の株取引による利益に対する課税を狙っているかも知れないと何となく感じ取った。（原告本人（調書１、４頁））
（３）本件調査時の手続について
ア 乙調査官は、平成２９年１１月１６日、原告に対する実地調査（本件調査）を実施するため、原告の自宅に臨場したところ、原告がこれに応対した。（乙１４、証人乙（調書４、５頁））
イ 乙調査官は、原告から提示を受けた原告名義の金融機関の預貯金口座に係る通帳の記載により、原告がＢ証券およびＣ証券を介して株取引を行っていたことを把握したことから、原告に対し、株取引の年間取引報告書の提示を依頼したところ、原告は、これに応じて本件各取引報告書を捜した上、これを乙調査官に提示した。（乙１４、証人乙（調書５、６頁））、原告本人（調書２、３頁））
ウ 乙調査官は、本件各取引報告書の中に平成２６年度の株取引による利益が記載されており、原告には株式等に係る譲渡所得が存在することがうかがわれたことから、同年分の所得税等も調査対象とすることとし、原告にその旨告知した。（乙１４、証人乙（調書６頁））
エ 乙調査官は、原告に対し、本件各取引報告書が株式等に係る譲渡所得を申告する際に確定申告書に添付すべき書類に該当する旨説明した上、本件各取引報告書を戸塚税務署に持ち帰る旨を伝え、これらを持ち帰ったが、原告は、当時、上記説明を受けて「そういうものなのかな」と考えたことから、これに対して特段の異議を述べることもなく、さらに、本件調査後に、通則法の規定等を調べて、本件調査の手続に少しおかしいところがあるのではないかとは考えたものの、処分行政庁等に対して苦情を申し入れる等はしなかった。（乙１４、証人乙（調書７頁））、原告本人（２、３、４、５頁））
オ なお、原告は、源泉徴収選択口座（措置法３７条の１１の４第１項）を選択していなかったことから、本件各取引報告書は、本来、所得税等の確定申告書に添付すべき書類には該当せず（措置法施行令２５条の９第１４項（平成２６年分及び平成２７年分については、旧措置法施行令２５条の８第１３項）により読み替えられた後の平成３１年改正前所得税法１２０条３項４号（平成２６年分及び平成２７年分については、平成２７年改正前所得税法１２０条３項３号））、留置きの手続を要する物件であり、これを持ち帰るに当たっては、通則法７４条の７に従い、通則法施行令３０条の３第１項の規定による書面の作成、交付を行う必要があったところ、乙調査官は、上記書面作成等の手続を行わなかった。（乙１４、証人乙（７、８頁）、弁論の全趣旨）
（４）補完調査について
乙調査官は、本件調査後、原告の株式等に係る譲渡所得等の金額を把握するため、補完調査として、Ｂ証券及びＣ証券に対し、原告との取引状況の照会を行い、それぞれから、本件各年分に係る特定口座年間取引報告書の提出を受けたところ、これらの取引報告書に記載された、株式等に係る譲渡所得等の金額は次のとおりであった。（乙５ないし８、乙１０、乙１１、乙１４）
ア Ｂ証券
（ア）平成２６年分１３４万０６６５円（乙５）
（イ）平成２７年分１５５万８６６４円（乙７）
（ウ）平成２８年分２１３万２３３８円（乙１０）
イ Ｃ証券
（ア）平成２６年分２２万４０９３円（乙６）
（イ）平成２７年分２７万２５６０円（乙８）
（ウ）平成２８年分１０８万７８３６円（乙１１）
（５）調査後の手続について
ア 乙調査官は、上記（３）の本件調査及び（４）の補完調査の後、調査結果を説明するため、原告方及び原告の携帯電話に複数回にわたり架電したが、原告からの応答はなかった。（乙１４、証人乙（調書９頁））
イ そこで、乙調査官は、平成３０年１月１７日、同月２９日及び同年３月１９日の３回にわたり、原告に対して「連絡票」と題する書面（乙１５の１ないし３。以下、単に「連絡票」という。）を特定記録郵便で郵送に付し、それぞれ、同年１月１８日、同月３０日、同年３月２０日に原告方に配達された。（乙１５の１ないし３、乙１８の１ないし３）
ウ 上記連絡票には、いずれも、平成２９年１２月１８日以降、複数回にわたって原告方及び原告の携帯電話に連絡したが、応答がないことから、本件各年分の所得税等の調査の結果を説明するため、戸塚税務署への来署を求める旨の記載があり、さらに、２回目及び３回目に郵送された連絡票には、原告が来署しない場合は、調査結果の説明に応じる意思がないものとして更正処分を行うこととなる旨の記載がある。（乙１５の１ないし３）
エ これに対し、原告は、戸塚税務署に来署せず、上記説明を受けることはなかった。（原告本人（調書５頁））、弁論の全趣旨）
（６）本件各処分
処分行政庁は、以上の調査を踏まえ、原告には、本件各年分につき、株取引により申告すべき株式等に係る譲渡所得等があるとして、原告に対し、平成３０年４月２５日付けで、別表１ないし３の各「更正処分等」欄記載の内容の本件各処分をし、本件各処分の理由及び更正前後の税額など通則法２８条２項の事項等を記載した同日付けの更正及び加算税の賦課決定通知書を原告に送達した。（甲１ないし３、前提事実（３）ウ）
（７）本件各再更正処分
処分行政庁は、平成３０年９月２６日、平成２６年分の原告の所得税等につき、前年から繰り越された純損失の金額を控除しないで総所得金額を計算されていたため過大であると認められるとして、別表１の「再更正処分」欄記載の内容の再更正処分をし、平成２７年分の原告の所得税等につき、平成２５年分に生じた純損失の金額を翌年へ繰り越す純損失の金額に算入していないと認められるとして、別表２の「再更正処分」欄記載の内容の本件各再更正処分をした。（前提事実（６））
３ 本件各処分の処分要件の充足について
まず、本件各処分の処分要件の充足の点から判断するに、認定事実によれば、①原告は、本件各年分の所得税等につきいずれも法定申告期限後である別表１ないし３の各「年月日」欄記載の各年月日に、それぞれ確定申告書を処分行政庁に提出して、別表１ないし３の各「確定申告」欄記載のとおり、事業所得を唯一の所得とする内容の本件各確定申告を行ったこと（認定事実（１）イ）、②処分行政庁は、原告方への本件調査及び補完調査を実施した上、原告には、本件各年分につき、株取引により申告すべき株式等に係る譲渡所得等があるとして、原告に対し、平成３０年４月２５日付けで、別表１ないし３の各「更正処分等」欄記載の内容の本件各処分をし、本件各処分の理由及び更正前後の税額など通則法２８条２項の事項等を記載した同日付けの更正及び加算税の賦課決定通知書を原告に送達したこと（認定事実（３）、（４）及び（６））、③処分行政庁は、平成３０年９月２６日、平成２６年分及び平成２７年分の各原告の所得税等につき、本件各再更正処分をしたこと（認定事実（７））が認められる。
これらの事実に加え、原告は、本件各処分を基礎付ける課税標準額及び税額並びに本件各確定申告が法定申告期限後であったことを積極的に争っていないことも考え合わせると、本件各年分の所得税等についてされた本件各処分は、別紙３のとおり、処分要件を充足する適法なものであると認められる（なお、別紙３の３に記載のとおり、原告は、通則法６６条１項ただし書所定の「期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる場合」に該当する事実を何ら主張立証しない。）。
したがって、本件各処分は、処分要件を充足しているものと認められる。
４ 本件調査に本件各処分の取消事由となる違法性があるか否かについて
次に、原告は、本件調査には、①調査の事前通知手続、②提出物件の留置き手続、③調査の終了の際の手続について取消事由となる重大な違法があり、本件各処分は違法である旨主張するので、以下、この点について、判断する。
（１）調査手続の違法と処分の取消事由について
所得税に関する更正は調査により行うものとされ（通則法２４条）、税務調査を行うこと自体は更正処分の手続的要件と解されるが、かかる税務調査手続は、租税の公平、確実な賦課徴収のため課税庁が課税要件の内容をなす具体的事実の存否を調査する手段として認められた手続であって、当該調査により課税標準の存在が認められる限り課税庁としては課税処分をしなければならないのであり、また、更正処分の取消訴訟においては客観的な課税標準の有無が争われ、これについて完全な審査がされるのであるから、調査手続の瑕疵は原則として更正処分の取消事由とならないと解すべきであり、調査手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、例外的にその処分に取消原因があるものと解するのが相当である。
（２）調査の事前通知手続について
認定事実によれば、①乙調査官は、所得税に係る事務につき二十数年程度の経験を有し、うち１３年間は調査事務を担当してきた上席国税調査官であり、調査事務に関する経験が豊富であること（認定事実（２）ア）、②乙調査官は、本件調査をするに当たり、事前通知事項等が記載された本件チェックシートも作成した上、事前通知を行う目的をもって原告の携帯電話に架電したこと（認定事実（２）イ及びウ）、③現に、原告は、これによって、少なくとも国税調査官が税務調査の目的で原告方に臨場すること及び同調査の日時について理解したこと（認定事実（２）ウ）が認められる。
これらの事実によれば、当該原告への電話において、事前通知事項が告知されなかったと認めることはできず、かえって、乙調査官は、原告に対して事前通知事項を全て通知したものと認められる。
これに対し、原告は、事前通知事項は多岐にわたり、口頭で伝えられても到底記憶することができず、本件における事前通知は違法であると主張する。
しかし、事前通知を書面で行うべきことを定める規定はなく、口頭による通知であっても、事前通知事項につきメモを控えるなどして記録することが十分に可能である上、前記③のとおり、原告は、乙調査官の口頭による説明で、少なくとも国税調査官が税務調査の目的で原告方に臨場すること及び同調査の日時については理解したのであるから、その事前通知の要件に何ら欠けるところはない。
したがって、原告の上記主張は、採用することができない。
よって、本件調査の事前通知手続は適法であり、もとより、これに重大な違法があるとも認められない。
（３）提出物件の留置き手続について
認定事実によれば、①乙調査官は、原告に対し、株取引の年間取引報告書の提示を依頼し、原告がこれに応じて本件各取引報告書を提示したこと（認定事実（３）イ）、②乙調査官は、本件各取引報告書が株式等に係る譲渡所得を申告する際に確定申告書に添付すべき書類に該当する旨説明し、本件各取引報告書を戸塚税務署に持ち帰る旨を伝えたところ、原告は、「そういうものなのかな」と考え、これに対して特段の異議を述べることもなく、さらに、本件税務調査後に、処分行政庁等に対して苦情等を申し入れることもなかったこと（認定事実（３）エ）が認められる。
これらの事実によれば、原告は、本件各取引報告書が税務調査のために必要な書類であることを認識した上、乙調査官の依頼に応じて自らこれを提示し、さらに、乙調査官の上記説明も理解した上、本件各取引報告書を持ち帰ることについて異議を述べなかったというのであるから、原告は、本件調査の際、乙調査官が本件各取引報告書を持ち帰ることについて同意していたものと認められ、提出物件の留置き手続に重大な違法があるものとは認められない。
もっとも、乙調査官は、本件各取引報告書を原告方から持ち帰るに当たっては、通則法施行令３０条の３第１項の規定による書面の作成、交付を行う必要があったところ、乙調査官はこれを行っていないが（認定事実（３）オ）、このような手続の過誤が、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける例外的事情に当たるものとはいえないから、このような手続の過誤をもって、提出物件の留置き手続に重大な違法があるものとは認められないとの前記の判断が左右されるものではない。
（４）調査の終了の際の手続について
認定事実によれば、①乙調査官は、原告に対する調査結果の連絡のため、複数回にわたり原告方及び原告の携帯電話に架電したが、原告の応答はなく（認定事実（５）ア）、②その後、３回にわたって連絡票を郵送し、これらが原告方に配達されたこと（認定事実（５）イ）、③当該各連絡票には、調査結果の説明のために来署を求めることが記載され、さらに、２回目及び３回目に郵送された連絡票には、原告が来署しない場合は、調査結果の説明に応じる意思がないものとして更正処分を行うこととなる旨の記載があること（認定事実（５）ウ）、④それにもかかわらず、原告は、上記連絡票に応じて戸塚税務署に来署することはなったこと（認定事実（５）エ）が認められる。
これらの事実によれば、乙調査官は、調査の結果の内容の説明（通則法７４条の１１第２項）を実施するため相応の努力をしたにもかかわらず、原告は、当該説明を受ける利益を自ら放棄したものと認められるから、原告が、乙調査官から本件調査の内容につき、現に説明を受けていないとしても、その手続に通則法７４条の１１第２項に違反する違法な点があるとは認められない。
これに対し、原告は、本件調査の結果について説明文書を送付するなど書面により説明することもできたのであるから、それらの方法を尽くすこともなく本件各処分をしたことは違法であると主張する。
しかし、本件調査の結果の説明を書面で行うべきことを定める規定はない上、前記のとおり、乙調査官は、調査の結果の内容の説明を実施するため相応の努力をしたにもかかわらず、原告は、当該説明を受ける利益を自ら放棄したものと認められるから、原告の上記主張は、採用することができない。
よって、調査の終了の際の手続に、通則法７４条の１１第２項に違反する違法な点があるとは認められず、もとより、その手続に重大な違法があるとも認められない。
（５）まとめ
以上によれば、本件調査に本件各処分の取消事由に該当するような違法性があるものとは認められない。
５ 結論
よって、本件各処分のうち別紙１「訴え却下処分目録」記載の各処分の部分の取消しを求める本件訴えの部分は、いずれも不適法であるからこれを却下し、本件訴えのその余の部分に係る原告の各請求は、いずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
横浜地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官河村浩
裁判官寺田悠亮
裁判官鈴木章太郎
別紙１
訴え却下処分目録
１ 処分行政庁が平成３０年４月２５日付けでした原告の平成２６年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち、次の（１）ないし（４）の部分
（１）総所得金額８００８円を超えない部分
（２）株式等に係る譲渡所得等の金額０円を超えない部分
（３）納付すべき税額０円を超えない部分及び１６万２９００円から１６万４１００円までの部分
（４）翌年へ繰り越す純損失の金額０円を超える部分
２ 処分行政庁が平成３０年４月２５日付けでした原告の平成２７年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち、次の（１）ないし（４）の部分
（１）総所得金額マイナス５０万７２９８円を超えない部分
（２）株式等に係る譲渡所得等の金額０円を超えない部分
（３）納付すべき税額０円を超えない部分
（４）翌年へ繰り越す純損失の金額０円を超える部分
３ 処分行政庁が平成３０年４月２５日付けでした原告の平成２８年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち、次の（１）ないし（４）の部分
（１）総所得金額マイナス３８万２４３０円を超えない部分
（２）上場株式等に係る譲渡所得等の金額０円を超えない部分
（３）納付すべき税額０円を超えない部分
（４）翌年へ繰り越す純損失の金額０円を超える部分
以上
別紙２
関係法令の定め
１ 通則法
（１）第２条（定義）この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一ないし五（省略）
六納税申告書申告納税方式による国税に関し国税に関する法律の規定により次に掲げるいずれかの事項その他当該事項に関し必要な事項を記載した申告書をいい、国税に関する法律の規定による国税の還付金（以下「還付金」という。）の還付を受けるための申告書でこれらのいずれかの事項を記載したものを含むものとする。
イ 課税標準（国税に関する法律に課税標準額又は課税標準数量の定めがある国税については、課税標準額又は課税標準数量。以下同じ。）
ロ 課税標準から控除する金額
ハ 次に掲げる金額（以下「純損失等の金額」という。）
（１）所得税法（昭和４０年法律第３３号）に規定する純損失の金額又は雑損失の金額でその年以前において生じたもののうち、同法の規定により翌年以後の年分の所得の金額の計算上順次繰り越して控除し、又は前年分の所得に係る還付金の額の計算の基礎とすることができるもの
（以下略）
（２）２３条（更正の請求）
１項納税申告書を提出した者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から５年（中略）以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し次条又は２６条（再更正）の規定による更正（以下この条において「更正」という。）があった場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる。一当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し更正があつた場合には、当該更正後の税額）が過大であるとき。
二前号に規定する理由により、当該申告書に記載した純損失等の金額（当該金額に関し更正があった場合には、当該更正後の金額）が過少であるとき、又は当該申告書（当該申告書に関し更正があった場合には、更正通知書）に純損失等の金額の記載がなかったとき。
三（省略）
２項ないし７項（省略）
（３）２４条（更正）
税務署長は、納税申告書の提出があった場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する。
（４）２８条（更正又は決定の手続）
１項第２４条から第２６条まで（更正・決定）の規定による更正又は決定（中略）は、税務署長が更正通知書又は決定通知書を送達して行なう。
２項更正通知書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。この場合において、その更正が前条の調査に基づくものであるときは、その旨を附記しなければならない。一その更正前の課税標準等及び税額等
二その更正後の課税標準等及び税額等
三その更正に係る次に掲げる金額
イ その更正前の納付すべき税額がその更正により増加するときは、その増加する部分の税額
ロないしホ（省略）
３項（省略）
（５）６６条（無申告加算税）
１項次の各号のいずれかに該当する場合には、当該納税者に対し、当該各号に規定する申告、更正又は決定に基づき第３５条第２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１５の割合（中略）を乗じて計算した金額に相当する無申告加算税を課する。ただし、期限内申告書の提出がなかったことについて正当な理由があると認められる場合は、この限りでない。
一（省略）
二期限後申告書の提出又は第２５条の規定による決定があった後に修正申告書の提出又は更正があった場合
２項ないし７項（省略）
（６）なお、旧通則法６６条１項は、中略部分を除き通則法６６条１項と同様の規定である。
（７）７４条の２（当該職員の所得税等に関する調査に係る質問検査権）
１項国税庁、国税局若しくは税務署（以下「国税庁等」という。）又は税関の当該職員（中略）は、所得税、法人税、地方法人税又は消費税に関する調査について必要があるときは、次の各号に掲げる調査の区分に応じ、当該各号に定める者に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件（中略）を検査し、又は当該物件（中略）の提示若しくは提出を求めることができる。
一所得税に関する調査次に掲げる者
イ 所得税法の規定による所得税の納税義務がある者若しくは納税義務があると認められる者（省略）
ロ及びハ（省略）
二ないし四（省略）
２項ないし４項（省略）
（８）７４条の７（提出物件の留置き）
国税庁等又は税関の当該職員は、国税の調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
（９）７４条の９（納税義務者に対する調査の事前通知等）
１項税務署長等（国税庁長官、国税局長若しくは税務署長又は税関長をいう。以下第７４条の１１（調査の終了の際の手続）までにおいて同じ。）は、国税庁等又は税関の当該職員（以下同条までにおいて「当該職員」という。）に納税義務者に対し実地の調査（中略）において第７４条の２から第７４条の６まで（当該職員の質問検査権）の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求（以下「質問検査等」という。）を行わせる場合には、あらかじめ、当該納税義務者（中略）に対し、その旨及び次に掲げる事項を通知するものとする。
一質問検査等を行う実地の調査（以下この条において単に「調査」という。）を開始する日時
二調査を行う場所
三調査の目的
四調査の対象となる税目
五調査の対象となる期間
六調査の対象となる帳簿書類その他の物件
七その他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項
２項及び３項（省略）
４項第１項の規定は、当該職員が、当該調査により当該調査に係る同項第３号から第６号までに掲げる事項以外の事項について非違が疑われることとなった場合において、当該事項に関し質問検査等を行うことを妨げるものではない。この場合において、同項の規定は、当該事項に関する質問検査等については、適用しない。
５項及び６項（省略）
（10）７４条の１１（調査の終了の際の手続）
１項（省略）
２項国税に関する調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合には、当該職員は、当該納税義務者に対し、その調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む。）を説明するものとする。
３項前項の規定による説明をする場合において、当該職員は、当該納税義務者に対し修正申告又は期限後申告を勧奨することができる。（省略）
４項ないし６項（省略）
（11）１１５条（不服申立ての前置等）
１項国税に関する法律に基づく処分（中略）で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、審査請求についての裁決を経た後でなければ、提起することができない。ただし、次の各号のいずれかに該当するときは、この限りでない。一国税不服審判所長又は国税庁長官に対して審査請求がされた日の翌日から起算して３月を経過しても裁決がないとき。
二及び三（省略）
２項（省略）
２ 通則法施行令
（１）３０条の３（提出物件の留置き、返還等）
１項国税庁、国税局若しくは税務署又は税関の当該職員（以下この条及び次条において「当該職員」という。）は、法第７４条の７（提出物件の留置き）の規定により物件を留め置く場合には、当該物件の名称又は種類及びその数量、当該物件の提出年月日並びに当該物件を提出した者の氏名及び住所又は居所その他当該物件の留置きに関し必要な事項を記載した書面を作成し、当該物件を提出した者にこれを交付しなければならない。２項及び３項（省略）
（２）３０条の４（調査の事前通知に係る通知事項）
１項法第７４条の９第１項第７号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に規定する政令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一調査の相手方である法第７４条の９第３項第１号に掲げる納税義務者の氏名及び住所又は居所
二調査を行う当該職員の氏名及び所属官署（当該職員が複数であるときは、当該職員を代表する者の氏名及び所属官署）
三法第７４条の９第１項第１号又は第２号に掲げる事項の変更に関する事項四法第７４条の９第４項の規定の趣旨
２項法第７４条の９第１項各号に掲げる事項のうち、同項第２号に掲げる事項については調査を開始する日時において質問検査等を行おうとする場所を、同項第３号に掲げる事項については納税申告書の記載内容の確認又は納税申告書の提出がない場合における納税義務の有無の確認その他これらに類する調査の目的を、それぞれ通知するものとし、同項第６号に掲げる事項については、同号に掲げる物件が国税に関する法令の規定により備付け又は保存をしなければならないこととされているものである場合にはその旨を併せて通知するものとする。
３ 所得税法
（１）７０条（純損失の繰越控除）
１項確定申告書を提出する居住者のその年の前年以前３年内の各年（その年分の所得税につき青色申告書を提出している年に限る。）において生じた純損失の金額（この項の規定により前年以前において控除されたもの及び第１４２条第２項（純損失の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となったものを除く。）がある場合には、当該純損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額の計算上控除する。２項ないし５項（省略）
（２）１２０条（確定所得申告）
１項居住者は、その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額が第２章第４節（所得控除）の規定による雑損控除その他の控除の額の合計額を超える場合において、当該総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額からこれらの控除の額を第８７条第２項（所得控除の順序）の規定に準じて控除した後の金額をそれぞれ課税総所得金額、課税退職所得金額又は課税山林所得金額とみなして第８９条（税率）の規定を適用して計算した場合の所得税の額の合計額が配当控除の額を超えるときは、第１２３条第１項（確定損失申告）の規定による申告書を提出する場合を除き、第３期（その年の翌年２月１６日から３月１５日までの期間をいう。以下この節において同じ。）において、税務署長に対し、次に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。（省略）
一その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額並びに第２章第４節の規定による雑損控除その他の控除の額並びに課税総所得金額、課税退職所得金額及び課税山林所得金額又は純損失の金額
二ないし十一（省略）
２項ないし８項（省略）
４ 平成３１年改正前所得税法等
（１）措置法施行令２５条の９により読み替えられた平成３１年改正前所得税法１２０条３項４号は、租税特別措置法第３７条の１１の４（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例）の規定により源泉徴収をされる同法第３７条の１１第１項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等を有する居住者が確定申告書を提出する場合、同法第３７条の１１の３第７項及び第９項ただし書（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）の規定により交付される報告書を当該申告書に添付し、又は当該申告書の提出の際提示しなければならない旨を定める。
（２）旧措置法施行令２５条の８第１３項により読み替えられた平成２７年改正前所得税法１２０条３項３号は、租税特別措置法第３７条の１１の４（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例）の規定により源泉徴収をされる同法第３７条の１０第１項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等を有する居住者が確定申告を提出する場合、同法第３７条の１１の３第７項及び第９項ただし書（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）の規定により交付される報告書を当該申告書に添付し、又は当該申告書の提出の際提示しなければならない旨を定める。
５ 措置法
（１）３７条の１１（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
１項居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、平成２８年１月１日以後に上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（中略）については、（中略）他の所得と区分し、その年中の当該上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（中略）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。（省略）
２項この条において「上場株式等」とは、株式等（中略）のうち次に掲げるものをいう。一株式等で金融商品取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるもの
二ないし十四（省略）
３項ないし５項（省略）
６項前条第６項の規定は、第１項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、同条第６項中「第３７条の１０第１項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」とあるのは「第３７条の１１第１項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」と、「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と、「一般株式等に係る譲渡所得の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得の金額」と、「一般株式等に係る譲渡所得等が」とあるのは「上場株式等に係る譲渡所得等が」と、「第３７条の１０第１項に規定する一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額」とあるのは「第３７条の１１第１項に規定する上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」と、「第３７条の１０第１項の」とあるのは「第３７条の１１第１項の」と読み替えるものとする。
（２）３７条の１１の３（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）１項及び２項（省略）
３項この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一特定口座居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、（中略）金融商品取引業者（中略）の営業所（中略）に、政令で定めるところにより、（中略）届出書（中略）の提出（中略）をして、当該金融商品取引業者等との間で締結した上場株式等保管委託契約又は上場株式等信用取引等契約に基づき設定された上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託又は上場株式等の信用取引等に係る口座（中略）をいう。
二及び三（省略）
４項ないし６項（省略）
７項金融商品取引業者等は、その年において当該金融商品取引業者等に開設されていた特定口座がある場合には、財務省令で定めるところにより、当該特定口座を開設した居住者又は恒久的施設を有する非居住者の氏名及び住所、その年中に当該特定口座において処理された上場株式等の譲渡の対価の額、当該上場株式等の取得費の額、当該譲渡に要した費用の額、当該譲渡に係る所得の金額又は差益の金額、当該特定口座に受け入れた第３７条の１１の６第１項に規定する上場株式等の配当等（中略）の額その他の財務省令で定める事項を記載した報告書二通を作成し、その年の翌年１月３１日（中略）までに、一通を当該金融商品取引業者等の当該特定口座を開設する営業所の所在地の所轄税務署長に提出し、他の一通を当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者に交付しなければならない。
８項ないし１６項（省略）
（３）３７条の１１の４（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例）
１項居住者又は恒久的施設を有する非居住者に対し国内においてその営業所に開設されている特定口座（中略）に係る特定口座内保管上揚株式等の譲渡の対価（中略）に相当する金額の支払をする金融商品取引業者等は、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者から、政令で定めるところにより、その年最初に当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡をする時（中略）までに、当該金融商品取引業者等の当該特定口座を開設する営業所に特定口座源泉徴収選択届出書（中略）の提出があった場合において、その年中に行われた当該特定口座（以下この条から第３７条の１１の６までにおいて「源泉徴収選択口座」という。）に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡（中略）により源泉徴収選択口座内調整所得金額が生じたときは、当該譲渡の対価（中略）に相当する金額の支払をする際、当該源泉徴収選択口座内調整所得金額に１００分の１５の税率を乗じて計算した金額の所得税を徴収し、その徴収の日の属する年の翌年１月１０日（中略）までに、これを国に納付しなければならない。
２項ないし６項（省略）
６ 旧措置法３７条の１０（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
１項居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成１６年１月１日以後に株式等の譲渡（中略）をした場合には、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（中略）については、（中略）他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（中略）の１００の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。（省略）
２項前項に規定する株式等とは、次に掲げるもの（中略）をいう。
一株式（株主又は投資主（中略）となる権利、株式の割当てを受ける権利、新株予約権（中略）及び新株予約権の割当てを受ける権利を含む。）
二ないし六（省略）
３項ないし５項（省略）
６項第１項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一所得税法第２条第１項第３０号から第３４号の４までの規定の適用については、同項第３０号中「山林所得金額」とあるのは、「山林所得金額並びに租税特別措置法第３７条の１０第１項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額（以下「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）」とする。二ないし七（省略）
７ 財特法
（１）１２条（個人に係る復興特別所得税の課税標準）
個人に対して課する復興特別所得税の課税標準は、その個人のその年分の基準所得税額とする。
（２）１３条（個人に係る復興特別所得税の税率）
個人に対して課する復興特別所得税の額は、その個人のその年分の基準所得税額に１００分の２．１の税率を乗じて計算した金額とする。
以上
別紙３
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
原告の本件各年分の納付すべき所得税額等は、以下のとおりである。
なお、以下において、「△」印はマイナスの金額を表す。
（１）平成２６年分について
ア 総所得金額
０円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を控除した金額である。
（ア）事業所得の金額
８００８円
上記金額は、原告が平成２６年度の確定申告書に記載した事業所得の金額である。
（イ）本年分で差し引く繰越損失額
８００８円
上記金額は、原告の平成２３年分ないし平成２５年分の各年において生じた純損失の金額として本年分の総所得金額の計算上控除する金額であり（所得税法７０条１項参照）、最も古い年分である平成２３年分に生じた純損失の金額１１８万１５７８円のうち上記（ア）の事業所得の金額に相当する金額である。
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額
１５６万４７５８円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）譲渡の対価の額
３６４万１３８６円
上記金額は、原告がＢ証券に保有する特定口座を介して行った上場株式の取引（以下「Ｂ証券特定口座取引」という。）に係る平成２６年中の収入金額３１１万３４７６円と、原告がＣ証券に保有する特定口座を介して行った上場株式の取引（以下「Ｃ証券特定口座取引」という。）に係る平成２６年中の収入金額５２万７９１０円との合計額である。
（イ）取得費及び譲渡に要した費用の額
２０７万６６２８円
上記金額は、Ｂ証券特定口座取引に係る平成２６年中の取得費及び譲渡に要した費用の額１７７万２８１１円と、Ｃ証券特定口座取引に係る平成２６年中の取得費及び譲渡に要した費用の額３０万３８１７円との合計額である。
ウ 所得控除の額の合計額
５０万円
上記金額は、原告が、平成２６年度の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額である。
エ 課税総所得金額
０円
上記金額は、上記アの総所得金額と同額である。
オ 課税される株式等に係る譲渡所得等の金額
１０６万４０００円
上記金額は、上記イの株式等に係る譲渡所得等の金額１５６万４７５８円から上記ウの所得控除の額の合計額５０万円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
カ 納付すべき税額
１６万２９００円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額を合計した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
（ア）課税総所得金額に対する税額
０円
上記金額は、上記エの課税総所得金額が０円であることから、０円である。
（イ）課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額
１５万９６００円
上記金額は、上記オの課税される株式等に係る譲渡所得等の金額１０６万４０００円に旧措置法３７条の１０第１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（ウ）復興特別所得税
３３５１円
上記金額は、上記（ア）の課税総所得金額に対する税額及び上記（イ）の課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額の合計１５万９６００円に財特法１３条に規定する税率を乗じて算出した金額である。
キ 翌年へ繰り越す純損失の金額
４０万８０７３円
上記金額は、原告の平成２４年分及び平成２５年分の所得税等の各確定申告により生じた純損失の金額の合計額である（所得税法７０条１項参照）。
（２）平成２７年分について
ア 総所得金額
△４０万７２９８円
上記金額は、原告が平成２７年度の確定申告書に記載した事業所得の金額のマイナス５０万７２９８円に、原告が同確定申告書において措置法２５条の２第１項の規定の適用を誤り青色申告特別控除として差し引いた金額１０万円を加算した金額である。
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額
１８３万１２２４円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）譲渡の対価の額
５５８万７６７７円
上記金額は、Ｂ証券特定口座取引に係る平成２７年中の収入金額４６８万７５２７円と、Ｃ証券特定口座取引に係る平成２７年中の収入金額９０万０１５０円との合計額である。
（イ）取得費及び譲渡に要した費用の額
３７５万６４５３円
上記金額は、Ｂ証券特定口座取引に係る平成２７年中の取得費及び譲渡に要した費用の額３１２万８８６３円と、Ｃ証券特定口座取引に係る平成２７年中の取得費及び譲渡に要した費用の額６２万７５９０円との合計額である。
ウ 所得控除の額の合計額
５０万円
上記金額は、原告が、平成２７年度の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額である。
エ 課税総所得金額
０円
上記金額は、上記アの総所得金額がマイナスの金額であることから０円である。
オ 課税される株式等に係る譲渡所得等の金額
１３３万１０００円
上記金額は、上記イの株式等に係る譲渡所得等の金額１８３万１２２４円から上記ウの所得控除の額の合計額５０万円を控除した後の金額である。
カ 納付すべき税額
２０万３８００円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額を合計した金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額
０円
上記金額は、上記エの課税総所得金額が０円であることから、０円である。
（イ）課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額
１９万９６５０円
上記金額は、上記オの課税される株式等に係る譲渡所得等の金額１３３万１０００円に旧措置法３７条の１０第１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（ウ）復興特別所得税
４１９２円
上記金額は、上記（ア）の課税総所得金額に対する税額及び上記（イ）の課税される株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額の合計１９万９６５０円に財特法１３条に規定する税率を乗じて算出した金額である。
キ 翌年へ繰り越す純損失の金額
７９万７６７８円
上記金額は、上記（１）キにより平成２７年分へ繰り越された純損失の金額４０万８０７３円のうち平成２５年分に生じた純損失の金額３９万０３８０円及び上記アの平成２７年分に生じた純損失の金額４０万７２９８円の合計額である（所得税法７０条１項参照）。
（３）平成２８年分について
ア 総所得金額
△２８万２４３０円
上記金額は、原告が平成２８年度の確定申告書に記載した事業所得の金額のマイナス３８万２４３０円に、原告が同確定申告書において措置法２５条の２第１項の規定の適用を誤り青色申告特別控除として差し引いた金額１０万円を加算した金額である。
イ 上場株式等に係る譲渡所得等の金額
３２２万０１７４円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）譲渡の対価の額
８９３万８０００円
上記金額は、Ｂ証券特定口座取引に係る平成２８年中の収入金額６７６万８８８０円と、Ｃ証券特定口座取引に係る平成２８年中の収入金額２１６万９１２０円との合計額である。
（イ）取得費及び譲渡に要した費用の額
５７１万７８２６円
上記金額は、Ｂ証券特定口座取引に係る平成２８年中の取得費及び譲渡に要した費用の額４６３万６５４２円と、Ｃ証券特定口座取引に係る平成２８年中の取得費及び譲渡に要した費用の額１０８万１２８４円との合計額である。
ウ 所得控除の額の合計額
５０万円
上記金額は、原告が、平成２８年度の確定申告書に記載した所得控除の額の合計額である。
エ 課税総所得金額
０円
上記金額は、上記アの総所得金額がマイナスの金額であることから０円である。
オ 課税される上場株式等に係る譲渡所得等の金額
２７２万円
上記金額は、上記イの上場株式等に係る譲渡所得等の金額３２２万０１７４円から上記ウの所得控除の額の合計額５０万円を控除した後の金額である。
カ 納付すべき税額
４１万６５００円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額を合計した金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額
０円
上記金額は、上記エの課税総所得金額０円であることから、０円である。
（イ）課税される上場株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額
４０万８０００円
上記金額は、上記オの課税される上場株式等に係る譲渡所得等の金額２７２万円に措置法３７条の１１第１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（ウ）復興特別所得税
８５６８円
上記金額は、上記（ア）の課税総所得金額に対する税額及び上記（イ）の課税される上場株式等に係る譲渡所得等の金額に対する税額の合計４０万８０００円に財特法１３条に規定する税率を乗じて算出した金額である。
キ 翌年へ繰り越す純損失の金額
６８万９７２８円
上記金額は、上記（２）キにより平成２８年分へ繰り越された純損失の金額７９万７６７８円のうち平成２７年分に生じた純損失の金額４０万７２９８円及び上記アの平成２８年分に生じた純損失の金額２８万２４３０円の合計額である（所得税法７０条１項参照）。
２ 本件各更正処分の適法性
本件各年分の所得税等の納付すべき税額は、上記１のとおりであるところ、当該金額は本件各更正処分（本件各再更正処分による変更後のもの）の額と同額である。したがって、本件各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件各年分の賦課決定処分の根拠及び適法性
上記２のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、原告は、本件各年分の所得税等ついて期限内申告書を提出しなかったことにつき、通則法（ただし、平成２６年分及び平成２７年分については旧通則法。以下同じ。）６６条１項ただし書における「正当な理由」に該当する事実を何ら主張立証しない。
したがって、本件各年分の賦課決定処分における原告の無申告加算税の額は、次の（１）ないし（３）の金額であり、これらと本件各年分の無申告加算税の額は、いずれも同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
（１）平成２６年分の無申告加算税の額
２万４０００円
上記金額は、通則法６６条１項に基づき、平成２６年分更正処分により原告が新たに納付すべき税額１６万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てたもの。以下同じ。）に１００分の１５の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２７年分の無申告加算税の額
３万円
上記金額は、通則法６６条１項に基づき、平成２７年分更正処分により原告が新たに納付すべき税額２０万円に１００分の１５の割合を乗じて算出した金額である。
（３）平成２８年分の無申告加算税の額
６万１５００円
上記金額は、通則法６６条１項に基づき、平成２８年分更正処分により原告が新たに納付すべき税額４１万円に１００分の１５の割合を乗じて算出した金額である。以上
別表１
平成26年分の所得税等の更正処分等に係る課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
再更正処分
年月日
平成27年
３月20日
平成30年
４月25日
平成30年
４月30日
平成30年
９月26日
事業所得の金額
①
8,008
8,008
8,008
8,008
本年分で差し引く繰越損失額②
－－－
8,008
総所得金額
③
8,008
8,008
8,008
株式等に係る
譲渡所得等の金額
④－
1,564,758
－
1,564,768
所得控除の額の合計額
⑤
500,000
500,000
500,000
500,000
課税総所得金額
⑥
課税される株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑦－
1,072,000
－
1,064,000
課税総所得金額
に対する税額
⑧
課税される株式等に係る
譲渡所得等の金額に対する税額⑨
－
160,800
－
159,600
復興特別所得税額
⑩
3,376
3,351
納付すべき税額
⑪
164,100
162,900
翌年へ繰り越す
純損失の金額
⑫－－－
408,073
無申告加算税の額
⑬
24,000
－
（注１）「課税総所得金額」（⑥）及び「課税される株式等に係る譲渡所得等の金額」（⑦）の各欄の金額は、千円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法118条１項）。
（注２）「納付すべき税額」（⑪）欄の金額は、百円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法119条１項）。（注３）「翌年へ繰り越す純損失の金額」（⑫）欄の「－」は、原告が確定申告において、申告書の記載事項である「翌年以降において総所得金額等の計算上控除することができる純損失の金額」（所得税法120条１項11号（所得税法施行規則47条１項16号）及び所得税法123条２項５号）を記載していなかったことを表す。
別表２
平成27年分の所得税等の更正処分等に係る課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
再更正処分
年月日
平成28年
５月２日
平成30年
４月25日
平成30年
４月30日
平成30年
９月26日
事業所得の金額
①
△ 507,298
△ 407,298
△ 507,298
△ 407,298
本年分で差し引く繰越損失額②
－－－－
総所得金額
③
△ 507,298
△ 407,298
△ 507,298
△ 407,298
株式等に係る
譲渡所得等の金額
④－
1,831,224
－
1,831,224
所得控除の額の合計額
⑤
500,000
500,000
500,000
500,000
課税総所得金額
⑥
課税される株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑦－
1,331,000
－
1,331,000
課税総所得金額
に対する税額
⑧
課税される株式等に係る
譲渡所得等の金額に対する税額⑨
－
199,650
－
199,650
復興特別所得税額
⑩
4,192
4,192
納付すべき税額
⑪
203,800
203,800
翌年へ繰り越す
純損失の金額
⑫－
407,298
－
797,678
無申告加算税の額
⑬
30,000
－
（注１）「事業所得の金額」（①）及び「総所得金額」（③）の各欄の△は、損失の金額を表す。（注２）「課税総所得金額」（⑥）及び「課税される株式等に係る譲渡所得等の金額」（⑦）の各欄の金額は、千円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法118条１項）。
（注３）「納付すべき税額」（⑪）欄の金額は、百円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法119条１項）。（注４）「翌年へ繰り越す純損失の金額」（⑫）欄の「－」は、原告が確定申告において、申告書の記載事項である「翌年以降において総所得金額等の計算上控除することができる純損失の金額」（所得税法120条１項11号（所得税法施行規則47条１項16号）及び所得税法123条２項５号）を記載していなかったことを表す。
別表３
平成28年分の所得税等の更正処分等に係る課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
年月日
平成29年
４月28日
平成30年
４月25日
平成30年
４月30日
事業所得の金額
①
△ 382,430
△ 282,430
△ 382,430
本年分で差し引く繰越損失額②
－－－
総所得金額
③
△ 382,430
△ 282,430
△ 382,430
上場株式等に係る
譲渡所得等の金額
④－
3,220,174
－
所得控除の額の合計額
⑤
500,000
500,000
500,000
課税総所得金額
⑥
課税される上場株式等
に係る譲渡所得等の金額
⑦－
2,720,000
－
課税総所得金額
に対する税額
⑧
課税される上場株式等に係る
譲渡所得等の金額に対する税額⑨
－
408,000
復興特別所得税額
⑩
8,568
納付すべき税額
⑪
416,500
翌年へ繰り越す
純損失の金額
⑫－
689,728
－
無申告加算税の額
⑬
61,500
（注１）「事業所得の金額」（①）及び「総所得金額」（③）の各欄の△は、損失の金額を表す。（注２）「課税総所得金額」（⑥）及び「課税される上場株式等に係る譲渡所得等の金額」（⑦）の各欄の金額は、千円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法118条１項）。
（注３）「納付すべき税額」（⑪）欄の金額は、百円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法119条１項）。（注４）「翌年へ繰り越す純損失の金額」（⑫）欄の「－」は、原告が確定申告において、申告書の記載事項である「翌年以降において総所得金額等の計算上控除することができる純損失の金額」（所得税法120条１項11号（所得税法施行規則47条１項16号）及び所得税法123条２項５号）を記載していなかったことを表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13313.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。