税務訴訟資料第２７０号－３５（順号１３３９５）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（城東税務署長）
令和２年３月１２日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士金喜朝
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁城東税務署長
清良幸久
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 城東税務署長が平成２８年１１月２８日付けで原告に対してした平成２７年８月１日から同年１０月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）に係る消費税の更正処分のうち、納付すべき税額マイナス１２３２万２３３５円を超える部分を取り消す。
２ 城東税務署長が平成２８年１１月２８日付けで原告に対してした本件課税期間に係る地方消費税の更正処分のうち、納付すべき税額マイナス３３２万５０７４円を超える部分を取り消す。
３ 城東税務署長が平成２９年５月１７日付けで原告に対してした本件課税期間に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
４ 城東税務署長が平成２９年５月１５日付けで原告に対してした平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）に係る法人税の更正処分のうち、納付すべき税額１０１０万７０００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
５ 城東税務署長が平成２９年５月１５日付けで原告に対してした平成２７年８月１日から平成２８年７月３１日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）に係る地方法人税の更正処分のうち、納付すべき税額４４万４９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
不動産の売買・賃貸・仲介並びに管理業等を営む法人である原告は、乙（以下「本件売主」という。）との間で、本件売主が所有する別紙２物件目録記載の建物（以下「本件建物」という。）及びその敷地である土地（所有者は大阪市。以下「本件土地」という。）の借地権（以下「本件借地権」といい、本件建物と併せて「本件不動産」という。）の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。
本件は、原告が、本件課税期間に係る消費税等、本件事業年度に係る法人税及び本件課税事業年度に係る地方法人税の各確定申告において、本件売買契約の契約書（以下「本件契約書」という。）に記載された本件建物の代金額に基づいて、法人税及び地方法人税における減価償却資産の取得価額（法人税法施行令５４条１項１号イの「当該資産の購入の代価」）並びに消費税等における課税仕入れに係る支払対価の額（消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）３０条１項柱書きの「課税仕入れに係る支払対価の額」）をそれぞれ算出して確定申告をしたところ、城東税務署長が、本件建物の購入の代価及び課税仕入れに係る支払対価の額について、いずれも、本件契約書に記載された本件建物の代金額ではなく、本件不動産の売買代金と本件建物及び本件借地権の各固定資産税評価額の価額比とを基に算出した価額によるべきであるとして、消費税等、法人税及び地方法人税の各更正処分（以下、順に「本件消費税等更正処分」、「本件法人税更正処分」、「本件地方法人税更正処分」といい、これらを併せて「本件各更正処分」という。）並びに過少申告加算税の各賦課決定処分を行ったことから、原告がこれを不服として、被告を相手に、本件各更正処分のうち確定申告額を超える部分及び上記各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙３「関係法令等の定め」のとおりである（なお、同別紙中において用いた略語は、以下においても同様に用いることとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実のほか、各項掲記の証拠（以下、枝番のあるものは特記なき限り枝番を全て含む。）及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
（１）原告
原告は、昭和５１年２月●日、不動産の売買・賃貸・仲介並びに管理業等を目的として設立された株式会社であり、本店所在地は、大阪市城東区内である。原告の代表取締役である甲（以下「原告代表者」という。）は、昭和６１年１２月１９日、原告の取締役に就任し、平成５年５月２５日、原告の代表取締役に就任した。（乙１）
（２）本件不動産
本件建物は、阪急電鉄Ｂ駅の西改札口から徒歩１分の位置に所在し、駅前商店街内に存在する。同駅は、阪急電鉄の神戸本線、宝塚本線及び京都本線が集結し、１日の乗降人員が延べ約７万人であり、また、上記商店街周辺は、都市銀行の支店や多数の商店等が所在する繁華街であり、その周辺には住宅地が広がっている。（乙３～６）
本件建物は、大阪市が所有する本件土地に、昭和５７年に建築され、本件売買契約当時において築３３年となる鉄骨造の店舗であった（乙７、８）。
（３）本件売買契約の締結
ア 原告及び本件売主は、平成２７年７月３１日、本件不動産を総額２億７５００万円（以下「本件売買代金」という。）で売買する旨の売買契約（本件売買契約）を締結した（乙１２）。
本件土地の所有者である大阪市は、同年８月３日、本件売主に対し、本件建物を原告に譲渡することについて承認した（乙２２）。
イ 本件契約書及び本件売買契約に関する重要事項説明書（以下「本件重要事項説明書」という。）には、いずれも原告の記名押印及び本件売主の署名押印があり、本件売買代金の内訳として、本件借地権の価額を５６００万円（以下「原告主張借地権価額」という。）、本件建物の価額を２億０２７７万７７７８円（以下「原告主張建物価額（税抜金額）」という。）、本件建物の消費税額を１６２２万２２２２円（以下、原告主張建物価額（税抜金額）と上記消費税額との合計額２億１９００万円を「原告主張建物価額（税込金額）」という。）とする旨記載されている（甲１８、乙１２）。
原告主張建物価額（税込金額）である２億１９００万円は、本件売買代金（２億７５００万円）から、本件借地権の価額として原告が財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付直資５６ほか国税庁長官通達。以下同じ。）に定める路線価（以下「相続税路線価」という。）に基づき計算した原告主張借地権価額（５６００万円）を差し引いて算出した金額である。原告主張借地権価額である５６００万円は、下記の計算式によって算出した金額（ただし、１０万円未満切捨て）である。（甲７、乙１２、１３、２３）記
平成２７年分の相続税路線価６０万円×借地面積１１６．８２㎡（ただし、実際は１１６．３２㎡である。）×借地権割合８０％
（４）本件訴訟に至る経緯
ア 確定申告
（ア）原告は、平成２８年９月３０日付けで、本件事業年度に係る法人税及び本件課税事業年度に係る地方法人税について、本件建物の「購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）、すなわち本件建物の取得価額を２億０４２６万３９８６円（税抜金額）と算出し、これに基づいて計算した本件建物に係る減価償却費１９４７万３１６６円を損金の額に算入して、それぞれ別表１―１及び１―２の「確定申告」欄のとおり、法定申告期限内に確定申告をした（乙２）。
なお、上記本件建物の取得価額２億０４２６万３９８６円（税抜金額）は、原告主張建物価額（税抜金額）に、本件不動産の取得のために要した費用である固定資産税の負担精算金４万７６００円及び仲介手数料２００万円を、原告主張建物価額（税込金額）と原告主張借地権価額の比により按分計算して算出したそれぞれの建物部分に係る税抜価額（３万５１００円及び１４５万１１０８円）を加算した金額である（乙２４、２５）。
（イ）また、原告は、平成２７年１２月２８日付けで、本件課税期間に係る消費税等について、原告主張建物価額（税込金額）が本件建物に係る「課税仕入れに係る支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）であることを前提として、別表１―３の「確定申告」欄のとおり、法定申告期限内に確定申告をした（乙２５、３０）。
イ 本件各更正処分等
（ア）城東税務署長は、平成２８年１１月２８日付けで、原告に対し、本件課税期間に係る消費税等について、本件建物の「課税仕入れに係る支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）が、本件売買代金（２億７５００万円）を本件建物の固定資産税評価額（４７３万１０００円）と本件借地権の固定資産税評価額（４１５０万２９７６円）の価額比で按分して算出した２８１４万００２０円（以下「被告主張建物価額（税込金額）」という。）であることなどを理由に、別表１―３の「更正処分等」欄のとおり、本件消費税等更正処分及び本件課税期間に係る消費税等の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分（当初分）」という。）をした（甲１）。
（イ）城東税務署長は、平成２９年５月１５日付けで、本件消費税等賦課決定処分（当初分）について、処分理由の記載に不満があったことを理由に、別表１―３の「過少申告加算税賦課決定処分の取消し」欄のとおり、これを職権により取り消した上で、再度、同月１７日付けで、原告に対し、別表１―３の「過少申告加算税賦課決定処分」欄のとおり、本件課税期間に係る消費税等の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分（再決定文）」という。）をした（甲４、５）。
（ウ）城東税務署長は、平成２９年５月１５日付けで、原告に対し、本件事業年度に係る法人税及び本件課税事業年度に係る地方法人税について、本件建物の取得価額（法人税法施行令５４条１項１号）は、上記（ア）と同様の方法で算出した本件建物の「購入の代価」（同号イ）である２６０５万５５７５円（税抜金額。以下「被告主張建物価額（税抜金額）」という。）に、上記（４）ア（ア）の仲介手数料を同様に按分して算出した１８万９４９６円（税抜金額）及び上記（４）ア（ア）の本件建物に係る固定資産税の負担精算金４万４０７４円（税抜金額）を合計した金額であることなどを理由に、別表１―１及び１―２の「更正処分等」欄のとおり、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分並びに本件事業年度の法人税及び本件課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、それぞれ、「本件法人税賦課決定処分」、「本件地方法人税賦課決定処分」といい、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分と併せて「本件法人税更正処分等」という。）をした（甲２、３）。
ウ 再調査の請求及び再調査の決定
原告は、平成２９年２月２８日、城東税務署長に対し、本件消費税等更正処分及び本件消費税等賦課決定処分（当初分）を不服として再調査の請求をした（乙３１）。城東税務署長は、同年５月２６日付けで、上記請求のうち、本件消費税等更正処分に対する再調査の請求をする部分を棄却し、本件消費税等賦課決定処分（当初分）に対する再調査の請求をする部分につき、上記（４）イ（イ）で同処分が既に取り消されていることを理由として却下した（甲６）。
エ 審査請求
原告は、平成２９年６月２３日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分、本件消費税等賦課決定処分（再決定文）、本件法人税賦課決定処分、本件地方法人税賦課決定処分等（以下「本件各更正処分等」という。）の全部の取消しを求めて審査請求をしたが、同審判所長は、平成３０年５月７日付けで、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同月１７日、同裁決書謄本が原告に送達された（甲７、乙３２、弁論の全趣旨）。
オ 本件訴えの提起
原告は、平成３０年１１月１４日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点
（１）原告と本件売主との間で、本件契約書に記載された本件不動産の内訳価額に関する合意があったか否か
（２）本件建物に係る「購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）が被告主張建物価額（税抜金額）といえるか否か
（３）本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）が被告主張建物価額（税込金額）といえるか否か
４ 当事者の主張
（１）争点（１）（原告と本件売主との間で、本件契約書に記載された本件不動産の内訳価額に関する合意があったか否か）について
（被告の主張）
原告と本件売主の本件不動産に関する価格交渉は、本件不動産の価額の総額を基準として行われたものであり、本件借地権及び本件建物につき、それぞれの資産価値を評価した上で行われたものではない上、総額自体も本件売買契約締結の約１週間前に合意するに至ったものであって、原告が上記前提事実（３）イの方法で算出した本件不動産の内訳価額について、原告がこれを本件売主に直接伝えることも、両者が実質的な協議を行ったこともなかった。本件売主は、原告に対する借入金等の返済が主たる目的で本件売買契約を締結しており、本件売買代金の総額のみに関心があったことから、本件売買契約締結日に、原告から提示された本件不動産の内訳価額を確認しないまま、本件契約書に署名押印をしたものである。
また、本件売主は、本件建物自体にほとんど価値はなく、本件売買契約において主に本件借地権を売却したものと認識していたのであって、本件契約書に記載された２億０２７７万７７７８円（原告主張建物価額（税抜金額））は、本件売主の上記認識と著しくかけ離れたものである。他方で、原告代表者は、本件借地権には価値を見出しておらず、本件売買代金は本件建物の代金だと認識していたとのことである。そうすると、原告と本件売主において、本件売買契約の前後を通じて、本件借地権と本件建物のそれぞれの経済的価値に関する認識がかけ離れているのであるから、本件不動産の内訳価額について、本件契約書に記載されたとおり合意するに至ったとは考えられない。
以上によれば、本件売買契約において、原告と本件売主の間で本件不動産の内訳価額を合意したとは認められない。
（原告の主張）
本件売主は、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額が記載された本件契約書に署名押印をしていることから、本件契約書全体について真正に成立したものと推定される（民事訴訟法２２８条４項）。また、本件売主は、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額が記載された本件重要事項説明書にも署名押印をしている。したがって、本件売買契約において、原告と本件売主の間で本件不動産の内訳価額を合意したものと認められる。
（２）争点（２）（本件建物に係る「購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）が被告主張建物価額（税抜金額）といえるか否か）について
（被告の主張）
ア 「当該資産の購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）の意義
（ア）「当該資産の購入の代価」は、減価償却資産が売買される場合には、原則として、当該資産の売買契約により定められた代金額がこれに当たる。もっとも、減価償却資産の取得価額をその適正な価額をもって算定すべきことを要求する法人税法の性格や、土地（又は借地権）と建物が一括して売買された場合において、それぞれの代金額を定めないときにこれを恣意的な価値とすることで課税を免れるのは租税負担の公平の原則に照らして許されず、また、それぞれの代金額を定めていたとしても、契約当事者が恣意的に割り付けを操作することによりそれぞれの代金額が適正な価額から乖離し得ることになれば、租税負担の公平の原則に反することに鑑みれば、土地（又は借地権）と建物が一括して売買された場合における減価償却資産の「購入の代価」は、それぞれの取得価額が明らかでなかったり、それぞれの内訳額が客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるといった事情があるときには、合理的な基準より算定される当該資産の合理的な価額をいうと解するのが相当である。
（イ）原告は、被告の上記主張は租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものである旨主張する。しかしながら、「当該資産の購入の代価」は、その文理からして、当事者が合意した売買代金額であると一義的に理解できるものではなく、むしろ、法の趣旨、目的を考慮して上記のとおり論理解釈することが可能であるから、憲法８４条に違反するものではないことは明らかである。
イ 原告は、原告主張建物価額（税抜金額）が本件建物に係る「購入の代価」である旨主張するが、以下の各事情によれば、当該主張は認められない。
（ア）争点（１）における被告の主張のとおり、原告と本件売主との間で、本件契約書に記載された本件不動産の内訳価額に関する合意があったとは認められず、本件建物の取得価格は明らかではない。
（イ）仮に、本件売買契約において、本件借地権と本件建物のそれぞれの取得価額が合意によって区分されたと認められるとしても、原告と本件売主が、本件不動産の収益性の高さに着目して、本件不動産にはその固定資産税評価額４６２３万３９７６円（４７３万１０００円＋４１５０万２９７６円）や、財産評価基本通達による評価額６０７３万１０００円（４７３万１０００円＋５６００万円）を大きく上回る経済的価値があると判断して本件売買代金を２億７５００万円とすることで合意したことからすれば、その収益性に係る経済的価値は、本件借地権と本件建物の各価額に合理的に配分されるべきであるにもかかわらず、原告が本件建物の価額を算定するに当たり相続税路線価により求めた本件借地権の価額を本件売買代金から差し引く方法（以下、土地（若しくは借地権）又は建物の価額を算出して代金総額から差し引き、残額を他方の価額とする方法を「差引法」という。）を用いたことで、本件借地権が有する経済的価値が本件建物の価額に不当に反映され、本件売買代金の内訳が原告主張建物価額（税抜金額）に著しく偏り、収益性に係る経済的価値が本件建物にのみ配分されていることなどを踏まえると、本件借地権と本件建物の各価額がその客観的な価値と比較して著しく不合理なものであると認められる。
ウ 本件建物の合理的な価額の算定方法
売主が土地（又は借地権）及び建物の固定資産税評価額等を上回る価額で譲渡する場合、土地（又は借地権）と建物の価額を算出し、その価額比により代金総額を按分して算出する方法（以下「按分法」という。）を用いると、土地（又は借地権）と建物の双方に経済的価値が反映されることになり、土地（又は借地権）と建物を一体として販売する取引の実態に合致するところ、本件売買契約は本件借地権と本件建物を一括して売買するものであり、原告及び本件売主は、本件不動産の価額について、その収益性の高さから、固定資産税評価額等以上の経済的価値があると判断して本件売買代金を合意するに至っているのであって、その経済的価値を本件借地権と本件建物に適切に配分する必要があるから、本件建物に係る「購入の代価」を算出するに当たっては、按分法が最も合理的な方法である（なお、消費税法施行令４５条３項も按分法を採用している。）。そして、固定資産税評価額は、同一の公的機関（各自治体）が同一時期に、土地の場合は路線価と同様に地価公示価額や売買実例等を基に評価し、建物の場合は再建築価額に基づいて評価されているから、いずれも同一時期の価額を反映しているものと認められ、土地（又は借地権）と建物の適正な価額比を把握する上で適当なものである。したがって、本件建物に係る「購入の代価」を算定するに当たっては、土地（又は借地権）と建物の各固定資産税評価額を用いた按分法により算定する方法が最も合理的であり、同方法が合理的な基準であると認められるから、本件建物に係る「購入の代価」は、被告主張建物価額（税抜金額）である。
（原告の主張）
ア 「当該資産の購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）の意義
（ア）「当該資産の購入の代価」とは、その文理上、売買契約における売買代金額を意味するものと解される。原告と本件売主は、本件契約書に記載のとおり、本件不動産の内訳価額について、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額で合意しているにもかかわらず、城東税務署長はこれと異なる金額を「当該資産の購入の代価」としており、本件法人税更正処分等は違法である。
（イ）被告は、「当該資産の購入の代価」の意義について、合理的な基準により算定される当該資産の合理的な価額であると解するのが相当であると主張するが、租税法律主義を定めた憲法８４条に違反する。
租税法は侵害規範であり、法的安定性の要請が強く働くから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈をすることは許されない。「当該資産の購入の代価」の解釈については、法人税法２２条２項や消費税法施行令４５条３項のような規定が設けられていない以上、租税法律主義の観点から、その文言に基づき一義的に解釈すべきである。
被告は租税負担の公平の原則を根拠として挙げているが、これが租税法律主義に優越することはない。
イ 仮に「当該資産の購入の代価」の意義を被告の主張のように解するとしても、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額は合理的に算定されていることは明らかであり、その客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるとはいえない。すなわち、原告主張建物価額（税抜金額）は、相続税路線価を基に算出した更地価額に借地権割合を乗じて原告主張借地権価額を求め、収益還元法に基づき算定した本件売買代金から原告主張借地権価額を差し引いて求めたものであり、合理的である。差引法は、一般に承認された合理的な基準であり、原告主張借地権価額は、国税庁の示した基準（路線価）に基づいて算出したものであるし、本件土地の客観的な時価が相続税路線価から乖離しているのは、国税庁が本件土地の価額を低額に評価していることに起因するものであるから、原告主張建物価額（税抜金額）を著しく不合理であるとされる謂われはない。
また、本件建物の現在の賃料が１年当たり３９６０万円であること、本件建物に過去合計２億円の担保設定がされていたことなどからすれば、原告主張建物価額（税抜金額）は適正であり、また、本件借地権は大阪市からの土地賃借権であり、本件土地の賃貸借契約には、国等において、公用又は公共用に供するため本物件を必要とするときは、中途解約をすることができる旨規定されていることから（同契約書１８条１項（１））、民事法上の借地権と比べて脆弱であること、本件土地の賃借料が１年当たり３２０～３４０万円であることなどからすれば、原告主張借地権価額は適正であり、少なくとも著しく不合理などとはいえない。
ウ 仮に被告が主張するように、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額がそれぞれ客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるとしても、本件建物の価額を被告主張建物価額（税抜金額）とすることは誤りである。
すなわち、被告が主張する「当該資産の合理的な価額」と認められる金額は唯一ではなく、一定の範囲の金額であれば認められるべきであって、「合理的な基準」により価額を算定する場合でも、「合理的な基準」とされる基準は唯一ではなく複数あり、一般に承認された合理的な基準であれば、複数の基準が「合理的な基準」と判断されるべきである。そして、私的自治の原則、契約自由の原則に鑑み、売買契約において売買代金額が定められている場合、その価額を尊重、斟酌し、その価額からどの程度減額すれば「合理的な価額」といえるのかを具体的に検討して「当該資産の購入の代価」を算定すべきである。本件売買契約で定められた本件建物の価額を一切考慮せず、固定資産税評価額にのみ基づいて本件建物の価額を算出して「当該資産の購入の代価」とする被告の主張は誤りであるといわざるを得ない。
（３）争点（３）（本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）が被告主張建物価額（税込金額）といえるか否か）について
（被告の主張）
ア 「課税仕入れに係る支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）の意義（ア）「課税仕入れに係る支払対価の額」は、通常であれば、課税資産の売買契約により定められた代金額がこれに当たる。もっとも、課税資産と非課税資産が一括して譲渡された場合に、その対価の額が合理的に区分されていることを要求する消費税法の性格や、上記場合に契約当事者が恣意的に割り付けを操作することによりそれぞれの代金額が適正な価額から乖離し得ることになれば、租税負担の公平の原則に反することに鑑みれば、建物と土地（又は借地権）が一括して売買された場合における仕入税額控除の「課税仕入れに係る支払対価の額」は、その対価の額が合理的に区分されていないためにそれぞれの取得価額が明らかでなかったり、それぞれの内訳額が客観的な価値と比較して著しく不合理なものであり、当該内訳額とすることについて個々の取引実態や契約に至る経緯等からみて経済合理性がないといった事情があるときには、合理的な基準により算定される当該資産の合理的な価額をいうと解するのが相当である。
（イ）原告は、被告の上記主張は租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものである旨主張する。しかしながら、「課税仕入れに係る支払対価の額」は、その文理からして、当事者が合意した売買代金額であると一義的に理解できるものではなく、むしろ、法の趣旨、目的を考慮して上記のとおりに論理解釈することが可能であるから、憲法８４条に違反するものではないことが明らかである。
イ 上記争点（２）における被告の主張イで述べたところに加え、上記争点（１）で主張した本件売買契約の締結に至る過程や本件不動産の経済的価値に係る当事者の認識の不一致からすれば、本件建物と本件借地権の各価額に経済合理性を認めることができないから、原告主張建物価額（税込金額）が「課税仕入れに係る支払対価の額」に当たる旨の原告の主張は認められない。
また、上記争点（２）における被告の主張ウのとおり、本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」を算定するに当たっては、建物と土地（又は借地権）の各固定資産税評価額を用いた按分法により算定する方法が最も合理的であり、同方法が合理的な基準であると認められるから、本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」は、被告主張建物価額（税込金額）である。
（原告の主張）
争点（２）における原告の主張は、争点（３）についても同様に妥当するものであり、本件消費税等更正処分及び本件消費税等賦課決定処分（再決定分）は違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実のほか、争いのない事実、各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨により、以下の事実を認めることができる。
（１）本件売買契約に至るまでの本件不動産の権利関係
本件不動産はかつて、本件売主（昭和●年●月●日生）及びその姉妹３名が共有する財産であったところ、本件売主は、平成４年９月１日、上記３名との間で、同人らの有する本件借地権の特分を３億円で譲り受ける旨の借地権売買契約を締結した（乙１８、１９）。本件売主は、平成９年２月７日、本件土地上に昭和５７年に建築された本件建物（種類：店舗、構造：鉄骨造陸屋根２階建）の所有権保存登記手続をした（乙７）。その後、本件売主は、本件建物を株式会社Ｃに賃貸し、平成２７年当時の賃料月額は２５７万４０００円であった（乙４、２０、３４）。
（２）本件売買契約を締結するに至った経緯
ア 本件売主は、大阪国税局による本件建物の差押えを解除するために、平成２７年６月３日、原告から４０００万円を借り入れた。その際、本件売主は、原告に対し、本件建物に譲渡担保権及び抵当権を設定するとともに、本件不動産を売却することになった場合における優先交渉権を与えることを合意した。（甲１９、乙７、２０、２１）その後、本件売主は、上記借入金の返済が困難となったことから、同年７月３１日、原告に対し、本件不動産を総額２億７５００万円で売却することとなった（乙１２、２０）。
イ 本件売主は、当初、本件不動産の売買代金額について、本件建物を月額２５０万円で賃貸することを前提に、当該資料の１２か月分である３０００万円を利回り１０％で割り戻した金額として３億円超を希望していたものの、当該賃借予定者との間で賃貸借契約の締結に至らず、他の申込者が月額２００万円の賃料を提示してきている状況であったことなどを踏まえて交渉を重ねた結果、本件売買契約の締結日の約１週間前に、原告との間で、本件売買代金（２億７５００万円）とすることで合意するに至った。その後、原告は、原告の顧問税理士である丙税理士から、本件土地は借地権設定地域であるとして、本件借地権の価額を本件売買代金に計上するように指導を受けた。そこで、原告は、前記前提事実（３）イの方法により本件売買代金の内訳を算出し、その内容を仲介業者である有限会社Ｄ（以下「本件仲介業者」という。）に伝えたものの、本件売主に直接伝えることはなかった。本件仲介業者は、原告が提示した本件売買代金の内訳価額を本件売主に伝え、本件売主はこれを了承した。（以上につき、甲１９、乙３、２０、２６）
ウ 原告及び本件売主は、平成２７年７月３１日、本件仲介業者から、同仲介業者が作成した本件契約書及び本件重要事項説明書に沿って、本件売買代金及びその内訳等の説明を受け、各書類に署名又は記名及び押印をした。（甲１８、１９、乙２０）
（３）本件売買代金の支払及び本件建物の引渡し等
原告と本件売主は、平成２７年７月３１日、本件売買契約の手付金である４０００万円の支払債務と上記（２）アの借入金債務を対当額で相殺した。また、原告は、同年８月２８日、本件売主に対し、本件売買代金の残額である２億３５００万円及び本件建物に係る固定資産税の負担精算金として４万７６００円を支払い、同日、本件仲介業者に対し、仲介手数料として２００万円を支払った。
原告は、本件売主から同日付けで本件建物の所有権移転登記手続を受けるとともに、本件建物の引渡しを受けた。（以上につき、乙７、２０、２４、２５）
（４）本件売買契約締結後の本件不動産の状況
大阪市と原告は、平成２７年９月１６日、本件土地について、賃料を月額２７万１６０８円、賃貸借期間を同日から平成４８年３月３１日までとする賃貸借契約を締結した（以下「本件土地賃貸借契約」という。）。大阪市の運用によれば、同契約は、旧借地法の適用があるものとして賃貸借期間の満了後に更新することが見込まれており、原告は、本件売買契約と同様に、大阪市の承認を得て、本件借地権と共に借地上の建物を譲渡することができるとされている。（甲１６、乙２８、２９）
原告は、平成２７年１１月３０日、株式会社Ｅに対し、賃料及び共益費の合計で月額３３０万円（税抜）、賃貸借期間を２０年間として本件建物を賃貸した（甲１７、乙１４、２０、２３）。
（５）本件不動産の固定資産税評価額等
ア 平成２７年度は固定資産税評価の基準年度であったところ、本件建物の同年度の固定資産税評価額は、４７３万１０００円である（乙９、１６）。
また、本件借地権の同年度の固定資産税評価額に相当する額は、借地権が設定されている土地の固定資産税評価額を算出する場合の一般的な計算式により算出した固定資産税評価額に、借地権割合を乗じることで求めることができるところ、下記の計算式によって算出した金額は、４１５０万２９７６円である。なお、奥行価格補正率については、本件不動産の所在地の用途地区区分が普通商業地区であり、その奥行きが１３～１６ｍ程度であることから、大阪市の固定資産評価の基準に照らし、１．００となる。（以上につき、乙１０～１５）
記
本件土地に係る大阪市の平成２７年度の固定資産税路線価４４万６０００円×本件土地の面積１１６．３２㎡×奥行価格補正率（１．００）×借地権割合８０％（相続税路線価に基づく借地権割合）
イ 本件建物の標準的な建築価額
本件建物の具体的な建築価額は明らかではないところ、国土交通省の建築統計年報によれば、平成２７年当時、昭和５７年建築の鉄骨造の標準的な建築価額は、１㎡当たり９万３９００円であり、これに本件建物の延べ床面積２１５．９㎡を乗じて計算した本件建物の標準的な建築価額は、２０２７万３０１０円（減価償却前）となる（乙７、１７）。
（６）本件売主の本件売買代金に係る所得税及び消費税等の課税状況
ア 豊能税務署の調査担当者は、本件各更正処分等の後、本件売主の平成２７年分の所得税及び消費税等の税務調査を実施し、本件売主は、その調査結果を踏まえて、平成２９年１２月１８日付けで、本件建物の取得価額（減価償却前）を７７８万円と記載した平成２７年分青色申告決算書（不動産所得用）を提出し、平成２７年分の所得税の修正申告をした（乙３３、３４、弁論の全趣旨）。
イ また、本件売主は、消費税等について、平成２９年１２月２２日付けで、本件建物に係る譲渡の対価の額が２８１４万００２０円（被告主張建物価額（税込金額）と同額）であるとして、平成２７年分の消費税等の修正申告をした（乙１９、３４、３５）。
２ 争点（１）（原告と本件売主との間で、本件契約書に記載された本件不動産の内訳価額に関する合意があったか否か）について
（１）前記前提事実（３）イのとおり、本件売主は、本件不動産の内訳価額が記載された本件契約書に署名押印をしているところ、処分証書である本件契約書が真正に成立したことについては、当事者間に争いがない。
もっとも、被告は、原告と本件売主の間で本件不動産の内訳価額に関する実質的な協議がされていないといった本件売買契約の締結に至る過程や、本件不動産の経済的価値に係る当事者の認識の不一致からすれば、本件売買契約において、原告と本件売主の間で本件不動産の内訳価額を合意したとは認められない旨主張するため、本件契約書の記載内容どおりに認定すべきでない特段の事情があるといえるか否かについて、以下検討する。
（２）前記前提事実（３）イのとおり、本件売主は、平成２７年７月３１日、本件不動産の売買代金の内訳価額が記載された本件契約書及び本件重要事項説明書にそれぞれ署名押印をしている。また、本件契約書及び本件重要事項説明書を作成した本件仲介業者において、本件売買契約の締結以前に、本件売主に対し、本件不動産の内訳価額という本件売買契約の本質的要素を確認せずに各書類を作成したとか、本件売買契約締結日当日に本件不動産の内訳価額を説明しなかったなどとは通常考え難い。そして、本件売主は、税務調査時における回答において、本件売買契約の締結以前に、本件契約書に本件不動産の売買代金の内訳価額が記載されることを原告又は本件仲介業者から聞いていたか否かについて、覚えていない、聞いていたかもしれないが、内訳については関心がなかった旨、本件売買契約締結日当日、本件仲介業者から、本件売買代金及びその内訳等の説明を受けたか否かについて、説明していたかもしれないが、よく覚えていない旨述べているにすぎないこと（乙２１）も併せ考慮すれば、上記認定事実（２）イ及びウのとおり、本件売主は、本件売買契約の締結以前に、本件仲介業者を通じて原告が提示した本件不動産の内訳価額を了承していたこと、また、本件売買契約締結日当日に、本件仲介業者から、本件売買代金及びその内訳等の説明を受けたことを認めるのが相当であって、原告と本件売主の間で直接、本件不動産の内訳価額に関する実質的な協議がされていないといった事情も、上記認定を左右する事情であるとはいえない。確かに、本件売主は、本件建物の価値は二束三文であり、本件建物自体に価値があるとは思えず、本件借地権を売却したと思っていた旨述べている一方で（乙２７）、原告代表者は、本件借地権には価値を見出しておらず、本件売買代金の全額が本件建物の代金だと認識していた旨述べていることからすれば（乙２３）、本件不動産の経済的価値に係る当事者の認識が必ずしも合致していたとはいえないものの、上記認定事実（２）ア及び（３）のとおり、本件売主は、本件売買契約を締結するに当たり、原告に対する借入金等の返済を主たる目的としていたことから、本件不動産の売買代金総額にのみ関心を有していたにすぎなかったため、本件売主が考える本件不動産の経済的価値をその内訳価額に反映させる必要がないとして、原告が提示した内訳価額に特段反対の意思を示すことなく、これを了承したものと認めるのが相当である。
そうすると、本件契約書の記載内容どおりに契約当事者の合意の内容を認定すべきでない特段の事情があるとはいえず、本件契約書に記載されたとおり、原告と本件売主との間で、本件不動産の内訳価額に関する合意があったと認められる。
３ 争点（２）（本件建物に係る「購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）が被告主張建物価額（税抜金額）といえるか否か）について
（１）「当該資産の購入の代価」（法人税法施行令５４条１項１号イ）の意義
ア 法人税法施行令５４条１項１号は、購入した減価償却資産の取得価額を、「当該資産の購入の代価（（中略）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）」（同号イ）と「当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額」（同号ロ）の合計額とする旨規定し、同項６号は、同項各号に規定する方法以外の方法（例えば、贈与等）により取得した減価償却資産の取得価額を、「その取得の時における当該資産の取得のために通常要する価額」（同号イ）と「当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額」（同号ロ）の合計額とする旨規定する。
このように、同項６号イによれば、贈与等により取得した減価償却資産の取得価額は、取得時における通常の価額、すなわち適正な価額（時価）とされることからすれば、同項１号イが、購入した減価償却資産の取得価額を「当該資産の購入の代価」と規定しているのは、第三者間で減価償却資産の売買を行う場合、通常であれば、その代金額が当該減価償却資産の適正な価額であるといえるからであって、その代金額が当該減価償却資産の適正な価額と比較して著しく不合理なものである場合にまで「当該資産の購入の代価」に当たると解するのは相当ではない。
イ このように、減価償却資産の取得価額を、その適正な価額というものと解すべきであることは、以下に説示するところからも明らかである。
法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、無償による資産の譲受けも収益の発生原因となることを認めているところ、その趣旨は、法人が資産を無償で譲り受ける場合には、譲受時における資産の適正な価額（時価）に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲受時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲受けの場合にも、当該資産には譲受時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲受けの場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲受けの対価の額のほか、これと同資産の譲受時における適正な価額との差額も含まれるものと解される。そうすると、内国法人が減価償却資産を適正な価額よりも低額で取得した場合、当該適正な価額のうち代金額を超える金額については、受贈益として計上する一方で、当該減価償却資産の取得価額については、当該代金額と当該代金額を超える金額を合計した金額、すなわち、当該減価償却資産の適正な価額と解すべきである。また、内国法人が減価償却資産を適正な価額よりも高額で取得した場合には、その代金額のうち当該適正な価額を超える金額については、実質的に贈与をしたものとして、寄付金に当たると解されるため（同法３７条７項、８項参照）、当該減価償却資産の取得価額については、その代金額のうち当該適正な価額を超える金額を控除した金額、すなわち、当該減価償却資産の適正な価額と解すべきである。
ウ さらに、本件のように、土地（又は借地権）と建物が一括して売買される場合、減価償却資産ではない土地（又は借地権）と減価償却資産である建物の各代金額につき恣意的に割り付けを操作することで、減価償却資産ではない土地（又は借地権）の価額の一部を、容易に減価償却資産である建物の価額に上乗せし、損金である建物の減価償却費を過大に計上することができるため、この建物価額をそのまま「当該資産の購入の代価」と認めることは、租税負担の公平の原則に反する結果となる。
エ したがって、法人税法施行令５４条１項１号イがいう「当該資産の購入の代価」は、その文理に照らし、減価償却資産を売買により取得する場合には、原則として当該売買契約において定められた代金額がこれに当たると考えられるものの、土地（又は借地権）と建物が一括して売買される場合において、その売買契約において定められた土地（又は借地権）と建物それぞれの価額がその客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるといった事情があるときには、合理的な基準により算定される合理的な価額をいうと解するのが相当である。
オ なお、上記解釈は、「当該資産の購入の代価」という文理に照らしても、いかなる場合においても契約当事者間において定められた代金額をいうことが一義的に規定されているわけではないし、上記説示で触れた法人税法及び法人税法施行令の各規定の趣旨目的から導かれるものであって、みだりに規定の文言を離れて解釈したものではないから、租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものではないことは明らかである。
（２）ア原告は、あくまでも本件建物に収益力があるのであって、本件売買代金の全額が本件建物の価額であると考えていたが、丙税理士の指導を受けて本件借地権の価額も内訳として計上し、本件売主との間で、原告主張建物価額（税抜金額）及び原告主張借地権価額を合意したのであって、いずれの価額もその客観的な価値と比較して著しく不合理なものとはいえない旨主張するため、以下検討する。
上記認定事実（２）イのとおり、本件売買代金（２億７５００万円）は、本件不動産の収益性の高さに着目して合意された金額であるところ、その金額は、本件借地権及び本件建物の財産評価基本通達による各評価額の合計額（６０７３万１０００円）の約４．５３倍、本件借地権及び本件建物の各固定資産税評価額の合計額（４６２３万３９７６円）の約５．９５倍という金額であり、これらの公平な不動産評価額と比較して非常に高額であるといえる。
前記前提事実（２）によれば、本件土地は鉄道のターミナル駅の改札口から至近距離で、しかも繁華街内に存在するなどの非常に優れた立地条件を備えていることが認められる。他方で、本件建物は、本件売買契約の締結時において築３３年が経過して老朽化が進み、それ自体に固有の経済的価値が認められるような目立った特徴もない。そうすると、本件不動産につき月額２５０万円を超える賃料が得られるという非常に高い収益性が認められるのは、上記の優れた立地条件に専ら起因するものであると考えられるのであって、本件建物には、収益性に係る経済的価値が帰属するとしても、極めて限定的なものにすぎないと考えるのが相当である。
しかしながら、本件売買代金の内訳額をみると、相続税路線価を基に算出した更地価額に借地権割合を乗じて算出された原告主張借地権価額（５６００万円）は、本件借地権の固定資産税評価額（４１５０万２９７６円）の約１．３５倍にとどまる一方で、本件売買代金から原告主張借地権価額を控除する方法により算出された原告主張建物価額（税抜金額）（２億０２７７万７７７８円）は、本件建物の固定資産税評価額（４７３万１０００円）の約４２．８６倍にも及んでいることからすれば、本件借地権が有する経済的価値が本件建物の価額に不当に過剰に転嫁され、本件売買代金の内訳価額が本件建物の価額に著しく偏り、本件不動産の収益性に係る経済的価値の全て又は大部分が本件建物の価額に配分されているといえる。また、原告主張建物価額（税抜金額）（２億０２７７万７７７８円）は、昭和５７年建築の鉄骨造の標準的な建築価額（２０２７万３０１０円）の約１０倍もの金額であり、本件建物に収益性に係る経済的価値が帰属するとしても、その客観的な価値と比較して著しく高額であるといわざるを得ない。上記認定事実（１）のとおり、現に、本件売主は、平成４年頃、本件売主の姉妹３名との間で借地権売買契約を締結し、上記３名の本件借地権の持分を３億円で譲り受けているし、原告主張建物価額（税抜金額）と原告主張借地権価額で合意したとはいえ、本件売主は本件建物は二束三文でとても価値があるとは思わず、本件売買契約は本件借地権を売却したものとの認識を有していたのであって、本件仲介業者も、本件建物自体に価値はほとんどなく、借地権割合が高い地域であるため、本件売買代金のほとんどが本件借地権の価額である旨述べているところでもある（乙２１、２６、２７）。以上によれば、原告主張建物価額（税抜金額）及び原告主張借地権価額は、その客観的な価値と比較して著しく不合理なものであると認められる。これに反する原告の上記主張は、採用することができない。
イ これに対し、原告は、原告主張建物価額（税抜金額）は、相続税路線価を基に算出した更地価額に借地権割合を乗じて原告主張借地権価額を求め、収益還元法に基づき算定した本件売買代金から原告主張借地権価額を差し引いて求めたものであり、このような差引法は、一般に承認された合理的な基準であることなどを理由に、原告主張建物価額（税抜金額）及び原告主張借地権価額が合理的に算定されていることは明らかであり、その客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるとはいえない旨主張する。しかしながら、仮に、差引法が一般に承認された合理的な基準であったとしても、本件において、相続税路線価を基に算出した更地価額に借地権割合を乗じて本件借地権の価額を求め、収益還元法に基づき算定した本件売買代金から本件借地の価額を差し引いて本件建物の価額を求めることが合理的であるとはいえないことは上記説示のとおりである。
また、原告は、本件建物の現在の賃料が１年当たり３９６０万円であること、本件建物に過去合計２億円の担保設定がされていたことなどからすれば、原告主張建物価額（税抜金額）は適正である旨主張するが、建物の賃料額は、建物の仕様、構造、用途等のほかに、建物が所在する土地の立地条件等の様々な事情を考慮して決定されるものであること、借地権が設定された土地上に建物が存在し、当該建物に抵当権が設定された場合、当該抵当権の効力は当該借地権にも及ぶと解されていること（最高裁判所昭和４０年５月４日第三小法廷判決・民集１９巻４号８１１頁参照）からすれば、原告の上記主張は採用することができない。
さらに、原告は、本件借地権は大阪市からの土地賃借権であり、本件土地賃貸借契約には、国等において、公用又は公共用に供するため本物件を必要とするときは、中途解約をすることができる旨規定されていることから（同契約書１８条１項（１））、民事法上の借地権と比べて脆弱であること、本件土地の賃借料が１年当たり３２０～３４０万円であることなどからすれば、原告主張借地権価額は適正であり、少なくとも著しく不合理などとはいえない旨主張するが、上記認定事実（４）のとおり、大阪市の運用によれば、本件土地賃貸借契約は、賃貸借期間の満了後にも更新されることが見込まれており、原告は、本件売買契約と同様に、大阪市の承認を得て、本件借地権と共に借地上の建物を譲渡することができるとされているのであって、本件借地権は、長期間にわたり安定的に使用収益し得るものとして経済的価値を有するものであると認めるのが相当であるから、原告の上記主張は採用することができない。
（３）次に本件建物に係る「購入の代価」、すなわち、合理的な基準により算定される合理的な価額についてみると、売主が土地（又は借地権）及び建物の固定資産税評価額等を上回る価額で譲渡する場合、按分法を用いることにより、土地（又は借地権）と建物の双方に収益性に係る経済的価値が反映されることになり、土地（又は借地権）と建物が一括して売買される取引の実態に合致するといえる。そして、本件売買契約は本件借地権と本件建物を一括して売買するものであり、原告及び本件売主は、本件不動産の価額について、その収益性の高さから、固定資産税評価額等以上の経済的価値があると判断して本件売買代金を合意するに至っているのであって、その収益性に係る経済的価値を本件借地権と本件建物に適切に配分する必要があるから、本件建物に係る「購入の代価」を算定するに当たっては、按分法を用いることが最も合理的な方法であるといえる。
そして、固定資産税評価額は、固定資産評価基準によってされた不動産の評価に基づき一定の基準時におけるその適正な時価（客観的な交換価値）として決定された価格を登録するものである（地方税法３４１条５号、３４９条、３８８条１項等）ことに照らし、一般的には、土地（又は借地権）及び建物につき当該基準時の前後における適正な時価を反映しているものと解される。したがって、本件建物に係る「購入の代価」の算定に当たっては、本件借地権及び本件建物に係る各固定資産税評価額により本件借地権と本件建物との価額比を求め、当該価額比をもって本件売買代金を按分する方法によるのが相当である。以上によれば、本件建物に係る「購入の代価」は、被告主張建物価額（税抜金額）であると認められる。
４ 争点（３）（本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）が被告主張建物価額（税込金額）といえるか否か）について
（１）「課税仕入れに係る支払対価の額」（消費税法３０条１項柱書き）の意義
ア 消費税法３０条１項は、事業者が、国内において課税仕入れを行った場合、当該課税仕入れを行った日が属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨規定している（いわゆる仕入税額控除制度）。そして、同法２条１項１２号は、当該課税仕入れの定義について、事業者が事業として他の者から資産を譲り受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡したとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるものに限る。）をいう旨規定していることからすれば、「課税資産の譲渡等」（同項９号）と「課税仕入れ」を表裏一体のものとして捉えているものと解される。そうすると、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準の額の計算について規定した消費税法施行令４５条３項は、「課税仕入れに係る支払対価の額」の計算についても同様に妥当すると解するのが相当である。そして、消費税法施行令４５条３項は、事業者が課税資産と非課税資産とを一括して譲渡した場合において、これらの資産の譲渡の対価の額が課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないときは、当該課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、これらの資産の譲渡の対価の額に、これらの資産の譲渡の時における当該課税資産の価額と当該非課税資産の価額との合計額のうちに当該課税資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とする旨規定するところ、同項は単に区分されていないときと規定するのではなく、「合理的に」区分されていないときと規定している。これは、課税資産と非課税資産が一括して売買された場合において、契約当事者が合理的な基準に基づかずに恣意的な割り付けを操作することによりそれぞれの代金額をその客観的な価値から乖離させること、すなわち、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準を過少に計上することを防止し、もって租税負担の公平の原則を確保する趣旨によるものと解される。そうすると、課税資産と非課税資産のそれぞれの譲渡の対価の額がその客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるといった事情があるときには、同項の「合理的に区分されていないとき」に該当すると解すべきである。したがって、消費税法３０条１項柱書きがいう「課税仕入れに係る支払対価の額」は、その文理に照らし、課税資産（建物）を売買により取得する場合には、原則として当該売買契約において定められた代金額がこれに当たると考えられるものの、課税資産である建物と非課税資産である土地（又は借地権）が一括して売買される場合において、その売買契約において定められた建物と土地（又は借地権）それぞれの価額がその客観的な価値と比較して著しく不合理なものであるといった事情があるときには、合理的な基準により算定される合理的な価額をいうと解するのが相当である。
イ なお、上記解釈は、「課税仕入れに係る支払対価の額」という文理に照らしても、いかなる場合においても契約当事者間において定められた代金額をいうことが一義的に規定されているわけではないし、上記説示で触れた消費税法及び消費税法施行令の各規定の趣旨目的から導かれるものであって、みだりに規定の文言を離れて解釈したものではないから、租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものではないことは明らかである。
（２）上記３（２）で説示したところによれば、原告が本件売主との間で合意した原告主張建物価額（税込金額）及び原告主張借地権価額は、その客観的な価値と比較して著しく不合理なものであると認められる。
そして、本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」、すなわち、合理的な基準により算定される合理的な価額は、消費税法施行令４５条３項に即して、課税資産と非課税資産の譲渡の対価の額を、課税資産（本件建物）と非課税資産（本件借地権）の各時価の比により算定すべきである。上記３（３）で説示したとおり、固定資産税評価額は、一般的には、土地（又は借地権）及び建物につき基準時前後における適正な時価を反映しているものと解されることからすれば、本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」の算定に当たっては、本件借地権及び本件建物に係る各固定資産税評価額により本件借地権と本件建物との時価比を求め、当該時価比をもって本件売買代金を按分する方法によるのが相当である。したがって、本件建物の譲受けに係る「支払対価の額」は、被告主張建物価額（税込金額）であると認められる。
５ 本件各更正処分等の適法性
原告は、本件において取消しを求める本件各更正処分等の適法性に係る被告の主張について、上記争点を除いては、争うことを明らかにしないところ、本件記録によっても、被告の上記主張に不合理な点は見当たらない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
大阪地方裁判所第７民事部
裁判長裁判官松永栄治
裁判官森田亮
裁判官渡邊直樹
（別紙１）
指定代理人目録
藤田圭祐、市谷諭史、東正幸、正木昭会、古曽部歩、石田武史
以上
（別紙２）
物件目録
１ 土地
所在大阪市淀川区●●
地番●●
地目宅地
地積１８１４．７７平方メートル
２ 建物
所在大阪市淀川区●●
家屋番号●●
種類店舗
構造鉄骨造陸屋根２階建
床面積１階１０７．９５平方メートル
２階１０７．９５平方メートル
以上
（別紙３）
関係法令等の定め
１ 法人税法等
（１）法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨規定する。
（２）法人税法３１条１項は、内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として同法２２条３項（各事業年度の損金の額に算入する金額）の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額のうち、その取得をした日及びその種類の区分に応じ、償却費が毎年同一となる償却の方法、償却費が毎年一定の割合で逓減する償却の方法その他の政令で定める償却の方法の中からその内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかつた場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額に達するまでの金額とする旨規定する。法人税法３１条６項は、同条１項の選定をすることができる償却の方法の特例、償却の方法の選定の手続、償却費の計算の基礎となる減価償却資産の取得価額、減価償却資産について支出する金額のうち使用可能期間を延長させる部分等に対応する金額を減価償却資産の取得価額とする特例その他減価償却資産の償却に関し必要な事項は、政令で定める旨規定する。
法人税法施行令５４条１項柱書きは、減価償却資産の同施行令４８条から５０条まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する取得価額は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める金額とする旨規定し、同施行令５４条１項１号は、「購入した減価償却資産次に掲げる金額の合計額」を掲げ、同号イは、「当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税（関税法２条１項４号の２（定義）に規定する附帯税を除く。）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）」を、同施行令５４条１項１号ロは、「当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額」をそれぞれ掲げている。また、同項６号は、「前各号に規定する方法以外の方法により取得をした減価償却資産次に掲げる金額の合計額」を掲げ、同号イは、「その取得の時における当該資産の取得のために通常要する価額」を、同号ロは、「当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額」をそれぞれ掲げている。
（３）法人税法３７条７項は、同条前各項に規定する寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきものを除く。）をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨規定する。
法人税法３７条８項は、内国法人が資産の譲渡をした場合において、その譲渡の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、前項の寄附金の額に含まれるものとする旨規定する。
２ 消費税法等
（１）消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）２条１項柱書きは、この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる旨規定し、同項１２号は、「課税仕入れ事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもので、同法７条１項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するもの及び同法８条１項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの以外のものに限る。）をいう。」旨規定する。
（２）消費税法２８条１項本文は、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。）とする旨規定する。
消費税法２８条４項は、同条２項に定めるもののほか、同条１項又は３項に規定する課税標準の額の計算の細目に関し必要な事項は、政令で定める旨規定する。
消費税法施行令（平成２７年政令第１４５号による改正前のもの。）４５条３項は、事業者が課税資産の譲渡等に係る資産（以下この項において「課税資産」という。）と課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等に係る資産（以下この項において「非課税資産」という。）とを同一の者に対して同時に譲渡した場合において、これらの資産の譲渡の対価の額（消費税法２８条１項に規定する対価の額をいう。）が課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないときは、当該課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、これらの資産の譲渡の対価の額に、これらの資産の譲渡の時における当該課税資産の価額と当該非課税資産の価額との合計額のうちに当該課税資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とする旨規定する。
（３）消費税法３０条１項柱書きは、事業者が、国内において行う課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の同法４５条１項２号に掲げる課税標準額に対する消費税額（以下この章において「課税標準額に対する消費税額」という。）から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０８分の６．３を乗じて算出した金額をいう。）及び当該課税期間における保税地域からの引取りに係る課税貨物（他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）につき課された又は課されるべき消費税額（附帯税の額に相当する額を除く。）の合計額を控除する旨規定する。消費税法３０条６項は、同条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額とは、課税仕入れの対価の額（対価として支払い、又は支払うべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、当該課税仕入れに係る資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該課税仕入れに係る役務を提供する事業者に課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額（これらの税額に係る附帯税の額に相当する額を除く。）に相当する額がある場合には、当該相当する額を含む。）をいう旨規定する。
３ 国税通則法
国税通則法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき３５条２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定する。
国税通則法６５条２項は、同条１項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定する。
以上
別表１－１
課税の経緯（法人税）
【単位：円】
区分
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
裁決
本件事業年度
年月日
平成28 年9 月30 日
平成29 年5 月15 日
平成29 年6 月23 日
平成30 年5 月7 日
所得金額
45,295,592
62,262,585
全部取消し
棄却
納付すべき税額
10,107,000
14,162,100
過少申告加算税の額
405,000
別表１－２
課税の経緯（地方法人税）
【単位：円】
区分
項目
確定申告
更正処分等
審査請求
裁決
本件課税事業年度
年月日
平成28 年9 月30 日
平成29 年5 月15 日
平成29 年6 月23 日
平成30 年5 月7 日
課税標準法人税額
10,113,000
14,168,000
全部取消し
棄却
納付すべき税額
444,900
623,300
過少申告加算税の額
17,000
別表１－３
課税の経緯（消費税等）
【単位：円】
区分
項目
確定申告
更正処分等
再調査の請求
過少申告加算税
賦課決定処分の
取消し
過少申告加算税
賦課決定処分
再調査決定
審査請求
裁決
本件課税期間
年月日
平成27年12月28日平成28年11月28日平成29年2月28日
平成29年5月15日
平成29年5月17日
平成29年5月26日
平成29年6月23日
平成30年5月7日
消費税
課税標準額
9,871,000
9,871,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
消費税額
621,873
621,873
控除税額
12,944,208
1,811,274
納付すべき消費税額
△ 12,322,335
△ 1,189,401
地方消費税
課税標準となる
消費税額
△ 12,322,335
△ 1,189,401
納付すべき
地方消費税額
△ 3,325,074
△ 320,949
過少申告加算税の額
2,094,500
全部取消し
2,094,500
却下
（注）「納付すべき消費税額」及び「納付すべき地方消費税額」欄の△印は還付金額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13395.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。