税務訴訟資料第２７０号－４７（順号１３４０７）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号、令和●●年（○○）第●●号更正請求棄却処分取り消し請求事件（以下、順に「第１事件」、「第２事件」という。）
国側当事者・国（北沢税務署長ほか）
令和２年４月７日却下・棄却・控訴
判決
第１事件原告甲
（以下「原告甲」という。）
第２事件原告乙
（以下「原告乙」という。）
第１事件被告兼第２事件被告国
同代表者法務大臣三好雅子
第１事件処分行政庁北沢税務署長
佐野崇之
第２事件処分行政庁世田谷税務署長
加藤千博
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 第１事件及び第２事件に係る各訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分をいずれも却下する。
２ 原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
（１）北沢税務署長が、平成３０年４月２０日付けで原告甲に対してした同原告の平成２７年分所得税及び復興特別所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
（２）北沢税務署長は、原告甲に対し、同原告の平成２７年分所得税及び復興特別所得税につき、株式等に係る譲渡所得等の金額を「１３８６万４８５６円」、還付金の額に相当する税額を「７４３万３９０８円」とする更正処分をせよ。
２ 第２事件
（１）世田谷税務署長が、平成３０年４月２０日付けで原告乙に対してした同原告の平成２７年分所得税及び復興特別所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
（２）世田谷税務署長は、原告乙に対し、同原告の平成２７年分所得税及び復興特別断得税につき、株式等に係る課税譲渡所得等の金額を「１５４万９０００円」、還付金の額に相当する税額（ただし、確定申告における還付金の額に相当する税額に加算すべき金額として計算したもの）を「３４６万０５９０円」とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告らが、北沢税務署長又は世田谷税務署長に対し、平成２７年分の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）に係る更正の請求（以下、原告甲の請求を「原告甲に係る更正の請求」、原告乙の請求を「原告乙に係る更正の請求」といい、両者を併せて「本件各更正の請求」という。）をしたところ、更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたことから（以下、原告甲に係る通知処分を「原告甲に係る通知処分」、原告乙に係る通知処分を「原告乙に係る通知処分」といい、両者を併せて「本件各通知処分」という。）、上場株式等の譲渡所得の金額の計算上、租税特別措置法（平成３０年法律第７号による改正前のもの）３９条１項を適用しないのは違法であるなどと主張して、各自、本件各通知処分の取消しを求めるとともに、更正処分の義務付けを求める事案である（以下、後者の訴えを「本件各義務付けの訴え」という。）。
２ 関連法令の定め
本件に関連する法令の定めは、別紙２のとおりである（なお、同別紙における略語は、本文においても用いることがある。）。
３ 前提事実
次の各事実は、当事者間に争いがないか、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨により、容易に認められる。
（１）本件相続及び相続税の申告
ア 原告らの母である丙（以下「亡母丙」という。）は、平成２７年１月●日に死亡した。原告乙は亡母丙の長男、原告甲は二男である（甲５・１、２枚目、乙２・１、２枚目）。
イ 原告らは、同年３月７日、亡母丙の死亡に伴う相続（以下「本件相続」という。）について遺産分割を行い、各自、亡母丙の相続財産のー部である上場株式等（以下「本件各上場株式等」という。）を取得した（乙２・５～７枚目）。
ウ 原告らは、同年７月２１日、本件相続に係る相続税申告書を北沢税務署長に提出した（乙２）。
（２）本件名特定口座の開設等及び特定口座源泉徴収選択届出書の提出
原告らは、平成２７年３月１９日、各自、Ａ証券株式会社秋葉原支店に、措置法３７条の１１の３が規定する上場株式等保管委託契約に基づく特定口座を開設し（以下「本件各特定口座」という。）、その後、本件各特定口座に本件各上場株式等を預け入れた（乙３～６）。
原告らは、各自、本件各特定口座について、措置法３７条の１１の４第１項が規定する特定口座源泉徴収選択届出書を提出した（乙３、４）。
（３）本件各譲渡
原告らは、平成２７年中に、各自、本件各上場株式等の全部又は一部を譲渡し（以下「本件各譲渡」という。）、これにより、原告甲につき６１７１万６５８４円、原告乙につき２４１４万５１１１円の譲渡益を得た（乙３、４。以下「本件各譲渡益」という。）。本件各譲渡益については、措置法３７条の１１の４第１項に基づき、原告甲につき９４５万１８８７円、原告乙につき３６９万７８１９円の所得税の源泉徴収がされた（乙３、４、弁論の全趣旨）。
（４）本件各確定申告
ア 原告乙は、平成２８年２月９日、世田谷税務署長に対し、別表２「確定申告」欄のとおり、平成２７年分の所得税等の確定申告をした（乙７。以下「原告乙確定申告」という。）。
原告甲は、同年３月２日、北沢税務署長に対し、別表１「確定申告」欄のとおり、平成２７年分の所得税等の確定申告をした（乙８。以下「原告甲確定申告」といい、原告乙確定申告と併せて「本件各確定申告」という。）。
イ 原告らは、本件各確定申告において、本件各譲渡に係る譲渡所得を含めなかった（乙７、８）。
（５）本件各通知処分及び本件訴訟の提起
ア 本件各通知処分
（ア）原告甲は、平成２９年１１月１７日、北沢税務署長に対し、別表１「更正の請求」欄のとおり、原告甲に係る更正の請求をしたところ、北沢税務署長は、平成３０年４月２０日付けで、更正をすべき理由がない旨の通知処分（原告甲に係る通知処分）をした（甲１、３）。
原告乙は、平成２９年１１月２０日、世田谷税務署長に対し、別表２「更正の請求」欄のとおり、原告乙に係る更正の請求をしたところ、世田谷税務署長は、平成３０年４月２０日付けで、更正をすべき理由がない旨の通知処分（原告乙に係る通知処分）をした（甲２、４）。
（イ）原告らは、上記（４）イのとおり、本件各確定申告において本件各譲渡に係る譲渡所得を含めなかったところ、本件各更正の請求において、本件各譲渡に係る譲渡所得の金額を含めることとした上で、その所得金額につき措置法３９条１項に基づいて計算されるべきであると主張していた。これに対し、北沢税務署長又は世田谷税務署長は、本件各更正の請求は通則法２３条１項の更正の請求の要件を満たさないなどとして、本件各通知処分をしたものである。
イ 審査請求に対する裁決
原告らは、平成３０年５月２８目、各自、本件各通知処分を不服として、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成３１年４月１０日付けで、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした（乙９の１・２）。
ウ 本件訴訟の提起
原告らは、令和元年７月５日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
４ 争点
本件の主な争点は、本件各更正の請求が通則法２３条１項の更正の請求の要件を満たしているかであり、具体的には、本件各更正の請求で措置法３９条１項の規定の適用を求めることができるか否かである。
（原告らの主張）
（１）原告らの主張の骨子
原告らは、平成２７年分の所得税等の確定申告において、本件各譲渡に係る譲渡所得（売買益）につき、措置法３９条１項に基づきその株式に相当する相続税額を取得費として控除した金額を申告すべきであったが、本件各確定申告の当時、措置法３９条１項の規定を知らなかったために、措置法３７条の１１の５の規定に従って本件各譲渡に係る譲渡所得の全額を除外して確定申告を行い、その結果、過大な税額を支払うこととなった。本件各更正の請求は、平成２７年分の所得税等の申告に本件各譲渡に係る譲渡所得を含め、その取得費に相続税額のうち本件各譲渡の対象となった株式等に相当する分を含めることを求めるものであるところ、これは、本件各確定申告が、措置法３９条１項の規定及び所得税法９条１項１６号の規定に従っておらず、これによって過大な税額を納めることとなっているのを是正するものであるから、通則法２３条１項の更正の請求の要件を満たす。
（２）措置法３９条１項の趣旨及び適用範囲
ア 税の公平性を保つために、二重課税は避けるべきものであり、そのため、所得税法９条１項１６号は、相続により取得する所得について所得税を課さないと規定している。本件各特定口座における原告甲の譲渡益５８６２万７８３７円のうち４６６７万９７００円、原告甲の譲渡益２４１４万５１１１円のうち９６８万７９６１円は本件相続時点での含み益であり、本件相続に係る相続税はこれらの含み益に対して課税していることから、本件各譲渡に係る譲渡所得についての所得税の源泉徴収のうち当該含み益に対する部分は、二重課税に当たる。
このような違法な二重課税を解消するための方法としては、①所得税について、相続時以降の値上がり益のみに課税し、相続時点での含み益には課税しない、②相続税について、含み益を含む時価ではなく被相続人の取得価格に課税すること、③相続時点での含み益に対する所得税は本来的には被相続人が支払うべきものであることから、相続時点での含み益に対する所得税を被相続人の相続財産から徴収することとし、相続財産から当該所得税額を差し引いたものに相続税を課税することが考えられるが、①は所得税法６０条、②及び③は相続税法２２条に違反するものであり、③については相続税の還付が必要になるという難点がある。
措置法３９条１項は、相続税を取得費として譲渡所得から控除することにより、当該財産の譲渡時に二重課税を解消するための規定である。
イ このように、措置法３９条１項は、二重課税を回避するための重要な規定であることから、不適用があれば、むしろ率先して更正されるべきものである。本件各通知処分は、二重課税が生じているにもかかわらず、これを還付しないとするものであり、憲法２９条で保障されている財産権を侵害する違法な処分である。
（３）納税者は、更正の請求において、措置法３９条１項の適用を求めることができること
ア 被告は、措置法３９条１項は当初申告要件が設けられた特例措置であって、当初申告時に選択した場合に限って適用が可能になると主張するが、措置法３９条１項は当然に適用されるべきであり、これが適用されていないのは「法律の規定に従っていない」といえることからすると、更正の請求において措置法３９条１項の適用を求めることは認められるべきである。
イ また、措置法３９条３項は、税務署長は、確定申告書の提出の際に所定の記載又は添付がなかった場合であっても、やむを得ない事情がある場合には、同条１項を適用することができる旨定めているところ、本件各確定申告が所得税法９条１項１６号に違反していることはやむを得ない事情に当たるといえる。
さらに、原告らは、本件各確定申告の際、措置法３９条１項の規定を知らなかったのであるが、税務当局は措置法３９条１項の周知をほとんどしていなかったことからすると、この点もやむを得ない事情に当たるといえる。被告は、国税庁のウェブサイトに措置法３９条１項についての記載があると主張するが、納税者が株式等の譲渡所得を有することをもってこの記載を発見することは困難である。また、被告は、「平成２７年分株式等の譲渡所得等の申告のしかた（記載例）」という冊子に措置法３９条１項についての記載があると主張するが、納税者は株式の取引で損をしない限りこの冊子を参照することはなく、さらに、この冊子には措置法３９条１項に関する記載はあるものの、取得費の項に相続税額が取得費に含まれる旨の言及はなく、誤解が助長されることとなっている。このように、税務当局による措置法３９条１項の周知が不足していることからすると、原告らが措置法３９条１項の規定を知らなかったことについて、やむを得ない事情に当たるといえるのであって、本件各更正の請求において、措置法３９条１項の適用が認められるべきである。
（４）原告らの平成２７年分の所得税等の還付金額等について
原告らの平成２７年分の所得税等の申告に、本件各譲渡に係る譲渡所得を含めた上で、その所得金額につき措置法３９条１項に基づいて計算すると、原告甲につき、株式等に係る譲渡所得の金額が１３８６万４８５６円、還付金の額に相当する税額が７４３万３９０８円（確定申告における１０万５２９３円に７３２万８６１５円を加算したもの）、原告乙につき、株式等に係る課税譲渡所得の金額が１５４万９０００円、還付金の額に相当する税額が３９２万００５８円（確定申告における４５万９４６８円に３４６万０５９０円を加算したもの）となる。
（被告の主張）
（１）本件各更正の請求は通則法２３条１項の要件を満たさないこと
原告らは、自ら本件申告不要制度の適用を選択し、本件各譲渡益を所得金額の計算に含めずに本件各確定申告を行っているところ、このような場合には、本件各譲渡益を所得金額に含めた申告があることを前提とする本件特例の適用を問題とする余地はない。したがって、本件各確定申告は、措置法３７条の１１の５第１項の規定に従って計算された適法なものであり、当該計算に誤りもないから、本件各更正の請求は、通則法２３条１項の「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったこと」の要件を満たさない。
（２）更正の請求によって事後的に措置法３９条１項の適用を受けることは認められないこと
ア 更正の請求の制度は、法律が特に認めた場合に限って申告の過誤の是正を認めることにより、租税関係を早期に安定させる趣旨であると解され、一定事項の申告書への記載等を適用条件としている特例措置（当初申告要件が設けられている特例措置）については、当初申告時に選択した場合に限りその適用が可能であり、当初申告時に選択がなされていない場合には、更正の請求によって、事後的に当該措置を適用することはできないこととされる。本件特例は、当初申告要件が設けられているのであって、法は更正の請求による是正を認めていない。
イ この点、納税者は、確定申告時に本件申告不要制度の選択権が付与されており、本件申告不要制度の適用を受けるか否かにつきいずれの選択も自由であって、いずれの選択が有利であるかを検討する機会が与えられている。そこで、納税者は、確定申告時に、本件申告不要制度の適用を受けずに本件特例の適用を受ける方法を選択することが、税負担等の面で有利であるかの判断を行うことも可能である。
このような事情があるにもかかわらず、更正の請求によって事後的に本件申告不要制度の適用の選択の是正を認めることは、事後的な事情を踏まえて最も納税者有利とすることができる選択権を納税者に付与することとなり、課税の公平の観点や租税関係の早期安定の趣旨に反して相当でない。また、納税者に本件申告不要制度を自由に選択する機会があり、納税者が自らその選択したにもかかわらず、後になってこれを覆し、その選択の誤りを理由とする更正の請求を認めることは、税の確定が納税者の意思に左右されることにもなり、許されないというべきである。
そうすると、納税者が、本件申告不要制度を自ら選択して上場株式等の譲渡に係る譲渡所得を所得金額に含めることなく確定申告をした場合には、たとえ同制度を利用せず当該所得を含めた場合に比べて、税額が大きくなるとしても、納税者としては、納付すべき税額が過大であるとして、通則法２３条１項に基づく更正の請求により、本件申告不要制度の適用の選択を是正し、本件特例の適用を受けることはできないと解すべきである。
（３）原告らの主張に対する反論
ア 原告らは、本件特例を知らなかったと主張するが、納税者がある租税法規を知っているか否かはその者の内心に属する主観的な事情であり、そのような事情は更正の請求の要件になっていない。
また、原告らは、本件特例を知らなかったのは、税務当局がその存在を知り得る機会を提供していなかったことに起因すると主張するが、国税庁が本件特例の周知のためにその当時行っていた具体的な施策として、①国税庁ホームページで公開しているタックスアンサー（税に関する代表的な質間についての回答及び解説を掲載したもの）、②紙媒体での確定申告に関する手引（「平成２７年分株式等の譲渡所得等の申告のしかた（記載例）」）等の記載があり、このほかに全国の各税務署や各国税局の電話相談センターで、年間を通じて、納税者の税に関する質問・相談を受け付けていた。原告らは、このような行政サービス等を通じて本件特例を知る機会が与えられていたにもかかわらず、これらを利用しなかったにすぎないのであり、本件特例を知らなかった責任を国に転嫁するような主張には理由がない。
イ 原告らは、本件相続時点で本件各上場株式等には含み益が生じており、当該含み益に対する部分に所得税等を課すことは二重課税に当たる旨主張する。
しかしながら、相続により取得した資産を譲渡した場合に、被相続人の保有期間中に生じた含み益を含めて譲渡所得の課税の対象とされるのは、所得税法６０条１項１号が、贈与、相続又は遺贈により取得した資産を譲渡した場合の譲渡所得の金額の計算については、その者が引き続きこれを所有していたものとみなす旨、同条２項が当該資産を譲渡した場合における譲渡所得等の金額の計算については、その者が当該資産をその取得の時における価額に相当する金額により取得したものとみなす旨規定しているからであるところ、当該規定の趣旨は、被相続人等に課されるべき譲渡所得の課税の繰延べであると解されている（最高裁平成１７年２月１日第三小法廷判決・裁判集民事２１６号２７９項〔以下「最高裁平成１７年判決」という。〕）。
したがって、被相続人の保有期間中に生じた含み益に対する課税については、原告らが主張するように、相続税で既に課税されたものについて、相続人が譲渡した際に更にその譲渡所得に課税するものではなく、被相続人において清算されるべきであった被相続人の保有期間に係る含み益（キャピタル・ゲイン）に対する課税が繰り延べられた結果、相続人が譲渡した際に、相続人の保有期間中に生じた含み益（キャピタル・ゲイン）と合わせて課税の対象とするものであるから、相続により取得した資産について、その取得の時における時価を基準に相続税が課されるとともに、被相続人の保有期間中に生じていた含み益（キャピタル・ゲイン）について、相続人が譲渡した際に譲渡所得を課税の対象とすることは、二重課税に当たるものではない。
また、本件特例は、相続により取得した上場株式等の譲渡に係る譲渡所得に所得税を課すことは、相続税との二重課税に当たるものではないことを前提として、相続人の税の負担感に配慮し、当該相続人が相続財産を処分した場合においては、譲渡所得の計算上、その相続財産に係る相続税額を取得経費に準じて差し引くという調整措置が講じられた結果設けられた規定であって、原告らが主張するような二重課税を排除するための規定ではない。
（４）原告らが本件各譲渡に係る譲渡所得の取得費に加算すべきと主張する相続税額の計算方法について
原告らは、本件各更正の請求における本件特例の計算について、本件各譲渡では複数の銘柄の株式等を譲渡しているにもかかわらず、譲渡した全ての株式等を一括して計算をしている。
しかしながら、本件特例により譲渡所得の取得費に加算する相続税額は、「譲渡をした資産ごとに計算する」と規定されており（措置法３９条８項）、ここでいう「譲渡をした資産」とは、これが株式等であれば株式等の銘柄を指し、譲渡の都度、当該譲渡をした株式等の銘柄ごとに加算する相続税額を計算することとなる。その上で、譲渡をした株式等の銘柄ごとに、当該銘柄に相当する相続税額を取得費に加算することとなるが、その計算の際は、租税特別措置法施行令２５条の１６第１項ただし書によって加算する相続税額の上限が定められていることから、当該相続税額が全額加算されるものではない。原告らが本件各譲渡において譲渡した株式等について個別の銘柄の譲渡損益をみると、銘柄によっては、譲渡金額が所得金額を下回っていることから、同項ただし書によって「ないもの」とされるべき金額が生じているところ、原告らの計算では、これらが取得費に加算する相続税額に含まれることとなっている。
したがって、原告らが本件各譲渡に係る譲渡所得の取得費に加算すべきと主張する相続税額は、本来加算することができない金額を含むものであって、措置法３９条８項及び租税特別措置法施行令２５条の１６第１項ただし書の規定に基づき計算された金額とはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件各通知処分の違法性について
当該判所は、本件各更正の請求は、通則法２３条１項の更正の請求の要件を満たさず、原告らは本件各更正の請求で措置法３９条１項の規定の適用を求めることはできないというべきであって、本件各通知処分に違法な点はないと判断する。その理由は次のとおりである。
（１）更正の請求の要件該当性について
ア 更正の請求は、納税申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことが必要とされるところ（通則法２３条１項）、本件各確定申告は、いずれも、本件申告不要制度について定めた措置法３７条の１１の５の規定に基づき、本件各譲渡に係る譲渡所得の金額を除外してされたものであり、また、これを前提とした計算に誤りがあるとは認められない。
イ 原告らは、本件各確定申告が、措置法３９条１項が規定する相続財産に係る譲渡所得の課税の特例（本件特例）に従っておらず、「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」に当たると主張するところ、同項は、その適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載等がある場合に適用することとされ（同条２項）、確定申告書に当該相続財産に係る譲渡所得の金額を記載することを前提にすると解されることからすると、原告らの主張は、本件各確定申告で本件各譲渡に係る譲渡所得の金額を除外したことについて、「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」に当たると主張するものと解される。
そこで検討するに、措置法３７条の１１の５は、個人投資家の確定申告等の事務の負担の軽減に配慮する観点から、源泉徴収選択口座において生じた上場株式等の譲渡所得について、申告不要の特例を設けたものであるところ、申告不要の特例を選択するか、あるいは、これを選択せずに当該源泉徴収選択口座において生じた上場株式等の譲渡所得を除外することなく申告するかは、確定申告時の納税者の自由な選択に委ねられており、このことは、同条１項が、当該上場株式等の譲渡所得の金額について「除外したところにより、所得税法１２０条（中略）の規定を適用することができる」と規定していることからも明らかといえる（乙１３・７２５９の３５２、３５４頁参照）。納税者にとってみれば、源泉徴収選択口座において生じた上場株式等の譲渡所得について、確定申告時に、税額に及ぼす影響や事務の負担等を勘案して、申告不要の特例を選択するか否かを検討することが求められるものといえるが、これが納税者にとって過度な負担を強いるものとはいえず、このことは、上場株式等が一定の期間における相続財産である場合に、申告不要の特例を選択せず、当該源泉徴収選択口座において生じた上場株式等の譲渡所得を除外せずに申告することで、更に措置法３９条１項の適用を求めることができることを踏まえても、同様といえる。
このことからすると、仮に、納税者が申告不要の特例を選択したことによって、これを選択せずに当該源泉徴収選択口座において生じた上場株式等の譲渡所得を除外することなく申告をした場合と比べて納付すべき税額が過大となったり、又は、還付金の額に相当する税額が過少となったりしたとしても、これをもって「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」に当たるとはいえず、したがって、本件各確定申告で本件各譲渡に係る譲渡所得の金額を除外したことについて「国税に関する法律の規定に従っていなかったこと」に当たるとはいえない。
ウ また、原告らは、本件各譲渡の対象となった株式等には相続税が課されているところ、本件各譲渡に係る譲渡所得について、措置法３９条１項の適用を認めないと二重課税を容認することとなり、二重課税排除のために設けられた所得税法９条１項１６号や措置法３９条１項に違反するなどと主張する。
そこで検討するに、相続税は、相続財産に対して課税されるもので、その価額は相続時点における時価によって評価するものとされる（相続税法２２条）。これに対し、相続人が相続により取得した資産を譲渡した場合における譲渡所得の金額を計算するときの取得価額については、被相続人の保有期間も含めて相続人が引き続きこれを所有していたものとみなすとされ（所得税法６０条１項１号）、被相続人の保有期間に係る増加益も含めて相続人に課税されることとなるところ、所得税法６０条１項１号の趣旨は、相続の時点では資産の増加益が具体的に顕在化せず、その段階で被相続人の保有期間に係る増加益の課税を行うことについては納税者の納得を得るのが難しいとされたことから、これを留保することとし、その後に相続人が資産を譲渡することでその増加益が具体的に顕在化した時点において、これを清算して課税することとしたものであって、被相続人に対する課税の繰延べをしたものと解される（最高裁平成１７年判決参照）。このように、相続人が相続財産を譲渡した場合における譲渡所得への課税については、相続税との二重課税が生じるとは解されるものではない。そして、措置法３９条１項は、相続人が相続により取得した資産を譲渡した場合における譲渡所得への課税について、納税者が、相続税と譲渡所得税の二重課税を受けるとの印象をもつことがしばしば指摘されていたこと、相続税の納税のために相続財産の一部を処分しなければならないことがあり、相続人の負担が重いという意見があったことなどを踏まえて創設された調整措置であって（乙１３・７３２５、７３２５の２頁参照。このことは、同項の適用が、相続税申告期限の翌日以後３年を経過する日までの間に相続財産が譲渡された場合に限られていることにも表れているといえる。）、その適用を受けるためには、確定申告書に、その適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、譲渡所得の金額の計算に関する明細書等の書類の添付が必要とされているのであって（同条２項）、これについても二重課税が生じることを前提にそれを排除するための規定と解することは困難である。したがって、本件各譲渡に係る譲渡所得について、相続税との二重課税が生じているということはできないことから、原告らの主張には理由がない（このことから、本件各通知処分が憲法２９条で保障されている財産権を侵害する違法な処分であるとの主張にも理由がないことは明らかである。）。
エ 以上によると、本件各更正の請求が、通則法２３条１項の要件を満たすとはいえない。
（２）原告らについて措置法３９条３項のやむを得ない事情は認められないこと
ア 措置法３９条１項の規定については、その適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項の規定による譲渡所得の金額の計算に関する明細書等の添付がある場合に限って適用するとされるほか（同条２項）、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときには、当該記載をした書類等の提出があった場合に限り、同条１項を適用することができるとされている（同条３項）。これらの規定によると、上記（１）の説示を前提としても、やむを得ない事情がある場合には、更正の請求を認める余地があると解されることから、以下、この点につき検討する
イ 上記アのとおり、措置法３９条１項の適用を受けるか否かについても、納税者の選択に委ねられており、その選択は確定申告時にすることが求められていることからすると、やむを得ない事情があるというためには、確定申告時に当該選択をしなかったことについて、納税者の責めに帰することのできないような客観的な事情があることを要すると解するのが相当である。
原告らは、本件各確定申告の当時、措置法３９条１項について認識しておらず、このことは、税務当局が適切な周知措置を採っていなかったことによるものであることから、やむを得ない事情があるといえる旨主張する。
しかしながら、原告らが主張する事情は、税法について不知であったというにとどまるところ、原告らがその当時、調査を尽くしたような事情は見当たらず、また、国税庁において、本件各確定申告がされた当時、ウェブサイト上で「相続税が取得費に加算される特例（相続財産を譲渡した場合の取得費の特例）」として、措置法３９条１項についての説明がされており（乙１７）、国税庁作成の「平成２７年分株式等の譲渡所得等の申告のしかた（記載例）」という冊子（乙１８）においても、同項についての説明がされていることなども考慮すると、原告らが同項の内容を知らなかったことについて責めに帰することのできないような客観的な事情があったとはいえず、同条３項のやむを得ない事情があるということはできない（なお、原告らは、本件では、所得税法９条１項１６号にも違反することから、やむを得ない事情があるなどとも主張するが、このような主張に理由がないことは上記（１）で説示したとおりである。）。
（３）小括
以上によると、本件各更正の請求は、通則法２３条１項の更正の請求の要件を満たしておらず、原告らは本件各更正の請求で措置法３９条１項の規定の適用を求めることはできないというべきであって、本件各更正の請求に理由がないとした本件各通知処分に違法な点はない。
２ 本件各義務付けの訴えの適法性について
本件各義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号に規定するいわゆる申請型の義務付けの訴えと解されるところ、申請型の義務付けの訴えは、処分又は裁決がされた場合においては、「当該処分又は裁決が取り消されるべきものであり、又は無効若しくは不存在であること」に該当するときに限り、提起することができるとされている（同法３７条の３第１項２号）。
本件においては、上記１のとおり、本件各通知処分に違法な点があるとは認められず、「当該処分又は裁決が取り消されるべきものであり、又は無効若しくは不存在であること」には該当しないから、本件各義務付けの訴えは、いずれも不適法である。
第４ 結論
以上のとおり、第１事件及び第２事件に係る各訴えのうち、更正処分の義務付けに係る訴え（本件各義務付けの訴え）はいずれも不適法であることから却下することとし、原告らのその余の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官網田圭亮
裁判官野村昌也
（別紙１）
指定代理人目録
河合陽介、大谷和志、伊藤隆行、倉田将幸、猪股翔太、月岡憲幸、金光昭二、森西ひとみ
以上
（別紙２）
関連法令の定め
１ 譲渡所得についての定め
所得税法３３条（譲渡所得）１項は、譲渡所得とは、資産の譲渡（括弧内省略）による所得をいう旨定める。
所得税法３３条３項は、譲渡所得の金額は、同項各号に掲げる所得（１号は、資産の譲渡〔同条２項の規定に該当するものを除く。〕でその資産の取得の日以後５年以内にされたものによる所得〔ただし、政令で定めるものを除く。）、２号は、資産の譲渡〔同条２項の規定に該当するものを除く。〕による所得で１号に掲げる所得以外のものを掲げる。）につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（〔中略〕以下「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨定める。
２ 株式等に係る譲渡所得の課税の特例の定め
（１）租税特別措置法（以下「措置法」という。）３７条の１０（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）第１項（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下同じ。）は、居住者（中略）が、平成１６年１月１日以後に株式等の譲渡（括弧内省略）をした場合には、当該株式等の譲渡による（中略）譲渡所得（中略）については、（中略）他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る（中略）譲渡所得の金額（中略）として政令で定めるところにより計算した金額（以下「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（株式等に係る譲渡所得等の金額〔括弧内省略〕をいう。）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する旨定める。
（２）措置法３７条の１１の３（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）第１項（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下同じ。）は、居住者（中略）が、上場株式等保管委託契約に基づき特定口座（括弧内省略）に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は特定口座に保管の委託がされている同条２項に規定する上場株式等（以下「特定口座内保管上場株式等」という。）の譲渡をした場合には、政令で定めるところにより、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による（中略）譲渡所得の金額（中略）と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等（括弧内省略）の譲渡による（中略）譲渡所得の金額（中略）とを区分して、これらの金額を計算するものとする旨定める。
そして、特定口座の意義について、措置法３７条の１１の３第３項（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）１号は、居住者（中略）が、同条１項（中略）の規定の適用を受けるため、（中略）金融商品取引業者等の営業所（括弧内省略）に、政令で定めるところにより、その口座の名称、当該金融商品取引業者等の営業所の名称及び所在地、その口座に設ける勘定の種類、その口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又はその口座に保管の委託がされている上場株式等の譲渡（中略）による（中略）譲渡所得の金額（中略）の計算につき同条１項（中略）の規定の適用を受ける旨その他の財務省令で定める事項を記載した届出書（以下「特定口座開設届出書」という。）の提出（括弧内省略）をして、当該金融商品取引業者等との間で締結した上場株式等保管委託契約（中略）に基づき設定された上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託（中略）に係る口座（括弧内省略）をいう旨定める。また、上場株式等保管委託契約の意義について、同条３項２号は、同条１項の規定の適用を受けるために同項の居住者（中略）が金融商品取引業者等と締結した上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録又は保管の委託に係る契約（括弧内省略）で、その契約書において、上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録又は保管の委託は当該記載若しくは記録又は保管の委託に係る口座に設けられた特定保管勘定（当該契約に基づき当該口座に記載若しくは記録又は保管の委託がされる上場株式等につき、当該記載若しくは記録又は保管の委託に関する記録を他の取引に関する記録と区分して行うための勘定をいう。）において行うこと、当該特定保管勘定においては当該居住者（中略）の同号イ～ハに掲げる上場株式等（政令で定めるものを除く。）のみを受け入れること、当該特定保管勘定において振替口座簿への記載若しくは記録又は保管の委託がされている上場株式等の譲渡は当該金融商品取引業者等への売委託による方法、当該金融商品取引業者等に対してする方法その他政令で定める方法によりすることその他政令で定める事項が定められているものをいう旨定める。
（３）措置法３７条の１１の４（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例）第１項（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）は、居住者（中略）に対し国内においてその営業所に開設されている特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価（中略）の支払をする金融商品取引業者等は、当該居住者（中略）から、政令で定めるところにより、その年最初に当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡をする時（中略）までに、当該金融商品取引業者等の当該特定口座を開設する営業所に特定口座源泉徴収選択届出書（括弧内省略）の提出があった場合において、その年中に行われた当該特定口座（以下「源泉徴収選択口座」という。）に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡（中略）により源泉徴収選択口座内調整所得金額が生じたときは、当該譲渡の対価（中略）の支払をする際、当該源泉徴収選択口座内調整所得金額に１００分の１５の税率を乗じて計算した金額の所得税を徴収し、その徴収の日の属する年の翌年１月１０日（政令で定める場合にあっては、政令で定める日）までに、これを国に納付しなければならない旨定める。
（４）措置法３７条の１１の５（確定申告を要しない上場株式等の譲渡による所得）第１項（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下同じ。）１号は、その年分の所得税に係る源泉徴収選択口座を有する居住者（中略）で、当該源泉徴収選択口座につき、その年中にした源泉徴収選択口座（括弧内省略）に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡につき指置法３７条の１１の３第１項の規定に基づいて計算された当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による（中略）譲渡所得の金額（中略）を有するものは、その年分の所得税については、措置法３７条の１０第１項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額（中略）の計算上上記譲渡所得の金額（括弧内省略）を除外したところにより、所得税法１２０条（引用者注：確定所得申告についての定め）（中略）の規定を適用することができる皆定める（以下「本件申告不要制度」ともいう。）。
３ 相続財産に係る譲渡所得の課税の特例の定め
（１）措置法３９条（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例）１項（平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。）は、相続（中略）による財産の取得（括弧内省略）をした個人で当該相続（中略）につき相続税法の規定による相続税額があるものが、当該相続の開始があった日の翌日から当該相続に係る同法２７条１項（引用者注：相続税の申告書についての定め）（中略）の規定による申告書（〔中略〕以下「相続税申告書」という。）の提出期限（以下「相続税申告期限」という。）の翌日以後３年を経過する日までの間に当該相続税額に係る課税価格（括弧内省略）の計算の基礎に算入された資産の譲渡（括弧内省略）をした場合における譲渡所得に係る所得税法３３条３項の規定の適用については、同項に規定する取得費は、当該取得費に相当する金額に当該相続税額のうち当該譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額とする旨定める（以下「本件特例」ともいう。）。
（２）措置法３９条２項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）は、同条１項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書（中略）に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項の規定による譲渡所得の金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する旨定める。
（３）措置法３９条３項は、税務署長は、確定申告書（中略）の提出がなかった場合又は同条２項の記載若しくは添付がない確定申告書（中略）の提出があった場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があった場合に限り、同条１項の規定を適用することができる旨定める。
４ 更正の請求に関する定め
国税通則法（以下「通則法」という。）２３条１項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）３号は、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書に記載した還付金の額に相当する税額（括弧内省略）が過少であるとき（中略）に該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から５年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（括弧内省略）につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨定める。
以上
別表１
原告甲通知処分の経緯
(単位：円)
項目
確定申告
更正の請求
通知処分
審査請求
審査裁決
年月日
平成28年３月２日
平成29年11月17日
平成30年４月20日
平成30年５月28日
平成31年４月10日
総所得金額
（②＋③＋④＋⑤＋⑥）①
6,872,619
6,872,619
更正をすべき理由がない旨の通知通知処分の全部取消し棄却内訳
事業所得の金額
②
不動産所得の金額
③
209,127
209,127
配当所得の金額
④
1,942,742
1,942,742
給与所得の金額
⑤
雑所得の金額
⑥
4,720,750
4,720,750
株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑦―
13,864,856
所得控除の額の合計額
⑧
1,044,714
1,044,714
課税総所得金額
⑨
5,827,000
5,827,000
株式等に係る
課税譲渡所得等の金額
⑩―
13,864,000
⑨に対する税額
⑪
737,900
737,900
⑩に対する税額
⑫―
2,079,600
配当控除
⑬
194,275
194,275
政党等寄附金等特別控除⑭
8,400
8,400
基準所得税額
（⑪＋⑫－⑬－⑭）
⑮
535,225
2,614,825
復興特別所得税
（⑮×2.1％）
⑯
11,239
54,911
源泉徴収税額
⑰
651,757
10,103,644
納付すべき税額
（⑮＋⑯－⑰）
⑱
△105,293
△7,433,908
（注１）「課税総所得金額」及び「株式等に係る課税譲渡所得等の金額」（上記⑨及び⑩）欄は、千円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法118条1項）。
（注２）「納付すべき税額」⑱欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。別表２
原告乙通知処分の経緯
(単位：円)
項目
確定申告
更正の請求
通知処分
審査請求
審査裁決
年月日
平成28年２月８日
平成29年11月20日
平成30年４月2日
平成30年５月28日平成31年４月10日
総所得金額
（②＋③）
①
4,856,225
―更正をすべき理由がない旨の通知通知処分の全部取消し棄却内訳
配当所得の金額
②
2,901,192
―
雑所得の金額
③
1,955,033
―
株式等に係る
譲渡所得等の金額
④――
所得控除の額の合計額
⑤
703,807
―
課税総所得金額
⑥
4,152,000
―
株式等に係る
課税譲渡所得等の金額
⑦―
1,549,000
⑥に対する税額
⑧
402,900
―
⑦に対する税額
⑨―
232,350
配当控除
⑩
290,119
―
基準所得税額
（⑧＋⑨－⑩）
⑪
112,781
―
復興特別所得税
（⑪×2.1％）
⑫
2,368
4,879
源泉徴収税額
⑬
574,617
―
納付すべき税額
（⑪＋⑫－⑬）
⑭
△459,468
△3,460,590
（注１）「課税総所得金額」及び「株式等に係る課税譲渡所得等の金額」（上記⑥及び⑦）欄は、千円未満の端数を切り捨てた後の金額である（国税通則法118条1項）。
（注２）「納付すべき税額」⑭欄の△は、還付金の額に相当する税額を表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13407.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。