税務訴訟資料第２７１号－１９（順号１３５２１）
松江地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（大東税務署長）
令和３年２月８日棄却・確定
判決
原告医療法人Ａ
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士金山孝治
同補佐人税理士金山知明
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁大東税務署長
齋藤英男
同指定代理人久冨木大輔
福本吉秀
川合康之
廣兼昌久
釜谷和雄
重永一樹
加藤正志
阿井賢二
安藤直人
柳屋孝太
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 大東税務署長が原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税について平成３０年５月８日付けでした更正のうち、欠損金額５６６７万２３１１円を超える部分を取り消す。
２ 大東税務署長が原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税について平成３０年５月８日付けでした更正のうち、納付すべき税額７３５万７９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
３ 大東税務署長が原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税について平成３０年５月８日付けでした更正のうち、納付すべき税額３８０６万９４００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
４ 大東税務署長が原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税について平成３０年５月８日付けでした更正（ただし、平成３０年９月１１日付け再更正処分により一部取り消された後のもの）のうち、納付すべき税額３３３２万０９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
５ 大東税務署長が原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税について平成３０年５月８日付けでした更正のうち、納付すべき税額７３万７６００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
６ 大東税務署長が原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税について平成３０年５月８日付けでした更正のうち、納付すべき税額１４６万７２００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
医療法人である原告は、平成２５年３月期（平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度をいい、他の事業年度又は課税事業年度も同様に表記する。）から平成２８年３月期までの各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税、平成２６年３月期の課税事業年度の復興特別法人税及び平成２８年３月期の課税事業年度の地方法人税について、原告の理事である甲（以下「甲院長」という。）に支給した当該年度に係る土曜日直手当、年末年始手当、早出手当及び回数手当（以下「本件宿日直手当等」という。）の全部ないし一部を損金の額に算入して確定申告ないし修正申告をした。これに対し、大東税務署長（処分行政庁）は、本件宿日直手当等を損金の額に算入することはできないとして、平成３０年５月８日付けで、原告に対し、本件各事業年度にかかる法人税の各更正処分（以下「本件法人税各更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（平成２５年３月期を除く。以下「本件法人税各賦課決定処分」という。）、平成２６年３月期の課税事業年度に係る復興特別法人税の更正処分（以下「本件復興特別法人税更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件復興特別法人税賦課決定処分」といい、本件法人税各賦課決定処分と併せて「本件各賦課決定処分」という。）並びに平成２８年３月期の課税事業年度に係る地方法人税の更正処分（以下「本件地方法人税更正処分」といい、本件法人税各更正処分及び本件復興特別法人税更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）をした。本件は、原告が、被告を相手に、本件各更正処分の一部及び本件各賦課決定処分（平成２８年３月期の法人税更正処分及びこれに伴う賦課決定処分については、平成３０年９月１１日付け大東税務署長の再更正処分後のもの。以下「本件各処分」という。）の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
本件に適用される法人税法（以下、改正前のものを含めて、本件に適用される法人税法を「法人税法」という。）の定めは別紙１の１、本件に適用される法人税法施行令（以下、同様に「法人税法施行令」という。）の定めは別紙１の２、法人税基本通達の定めは別紙１の３、税理士法の定めは別紙１の４、平成１８年法律第１０号による改正（以下「平成１８年度税制改正」という。）前の法人税法（以下「旧法人税法」という。）の定めは別紙２の１、平成１８年度税制改正前の法人税法基本通達（以下「旧基本通達」という。）の定めは別紙２の２のとおりである。
法人税法３４条１項は、「内国法人がその役員に対して支給する給与のうち次に掲げる給与のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。」と規定し、同項１号は、「その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与（以下「定期給与」という。）で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるもの（以下「定期同額給与の類型①」という。）その他これに準ずるものとして政令で定める給与」（以下「定期同額給与」という。）と規定し、同号の委任を受けた法人税法施行令６９条１項は、「法３４条１項１号に規定する政令で定める給与は、次に掲げる給与とする。」と規定し、１号は、「定期給与で、次に掲げる改定（イ通常改定、ロ臨時改定事由による改定、ハ業績悪化改定事由による改定）がされた場合における当該事業年度開始の日又は給与改定前の最後の支給時期の翌日から給与改定後の最初の支給時期の前日又は当該事業年度終了の日までの間の各支給時期における支給額が同額であるもの」（以下「定期同額給与の類型②」という。）と規定し、２号は、「継続的に供与される経済的な利益のうち、その供与される利益の額が毎月おおむね一定であるもの」（以下「定期同額給与の類型③」という。）と規定している（このほかに、損金の額に算入されるものとして、法人税法３４条１項２号は事前確定届出給与、同項３号は利益連動給与について規定しているが、本件宿日直手当等がこれらに該当しないことは当事者間に争いがないから、内容の記載を省略する。）。
３ 前提事実（争いがないか、後掲証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定できる事実）
（１）原告
ア 原告は、平成元年４月●日に設立された、病院及び介護老人保健施設を運営する医療法人であり、肩書住所地において、「Ｂ病院」（以下「本件病院」という。）及び介護老人保健施設「Ｃ」（以下「本件施設」という。）を運営している。（乙５の１）
イ 甲院長は、平成２年６月３０日から平成２５年２月２７日まで原告の副理事長を務め、同月２８日以降、原告の理事長を務めている。（乙５の２、乙６）
（２）甲院長に対する役員給与の支給
原告は、平成２５年３月期から平成２８年３月期の各事業年度の開始前に開催された理事会において、甲院長の翌事業年度の理事報酬を別紙３のとおりとする旨決定した。（乙７ないし１０、弁論の全趣旨）
原告が平成２５年３月期から平成２８年３月期において甲院長に対して支給した役員給与の額は、別表１のとおりである。（乙１１ないし１５の各枝番１ないし３）このうち、本件宿日直手当等の内訳は、別表２－１ないし２－４のとおりである。（乙１１ないし１５の各枝番３）
「土曜日直手当」とは、土曜日の日直勤務を命ぜられた医師（常勤）に対し、その勤務１回につき１万円が支給されるものであり、「年末年始の手当」とは、年末年始の期間中の休診日に日直ないし宿直として勤務した医師に対し、その勤務１日につき４０００円が支給されるものであり、「早出手当」とは、月曜日の午前７時３０分から午前８時３０分までの間勤務した医師に対し、その勤務１回につき５０００円が支給されるものであり、「回数手当」とは、宿直ないし祝祭日の日直勤務を命ぜられた医師（常勤）に対し、その勤務１回につき２万５０００円が支給されるものである。このうち、「土曜日直手当」及び「回数手当」は、原告の「医療法人Ａ給与規程」に支給の定めがあるが、「年末年始の手当」及び「早出手当」は同規程に支給の定めがない。（乙１６、弁論の全趣旨）
（３）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、本件各事業年度の法人税について、別表４の「確定申告」欄記載のとおり、法定申告期限までに申告を行った。（乙１７ないし２０）
また、原告は、平成２６年３月期の復興特別法人税について、上記申告に係る平成２６年３月期の法人税額を課税標準として、別表５の「確定申告」欄記載のとおり、平成２８年３月期の地方法人税について、上記申告に係る平成２８年３月期の法人税額を課税標準として、別表６の「確定申告」欄記載のとおり、いずれも法定申告期限までに申告した。（乙２０、２１）
イ 本件各処分に係る調査を担当した調査官は、平成３０年１月１７日、原告に対する税務調査を開始し、調査の過程において、原告及びその関与税理士に対して、本件宿日直手当等は法人税法３４条１項１号に規定する定期同額給与には該当せず、損金算入は認められない旨指摘した。
ウ これを受けて、原告は、平成３０年３月１４日、大東税務署長に対し、平成２５年３月期ないし平成２７年３月期の法人税及び平成２６年３月期の課税事業年度の復興特別法人税につき、それぞれ別表４及び５の「修正申告」欄記載のとおり、修正申告書を提出した。（甲２ないし５の各枝番）
上記申告書には、原告の関与税理士が作成した税理士法３３条の２第１項に規定する書面が添付されており、同書面には、本件各事業年度における本件宿日直手当等の手当ごとの各月の支給額のうち最も少ない金額に、各事業年度の月数を乗じて算出した金額（以下「本件最低月額部分」という。）は定期同額給与の額に該当し、これを超える部分のみが定期同額給与の額に該当せず損金不算入となると判断した旨などが記載されていた。（甲２の２・３、甲３の２、甲５の２）
エ 大東税務署長（処分行政庁）は、本件宿日直手当等の全部について損金の額に算入されないとして、平成３０年５月８日付けで、原告に対し、本件各事業年度の法人税について、別表４の「更正処分等」欄記載のとおり、本件法人税各更正処分及びこれらに伴う本件法人税各賦課決定処分を行うとともに、平成２６年３月期の課税事業年度の復興特別法人税について、別表５の「更正処分等」欄記載のとおり、本件復興特別法人税更正処分及びこれに伴う本件復興特別法人税賦課決定処分並びに平成２８年３月期の課税事業年度の地方法人税について、別表６の「更正処分」欄記載のとおり、本件地方法人税更正処分を行った。（甲６ないし１１）
その際、大東税務署長は、原告の関与税理士に対し、税理士法３５条２項本文に基づく意見を述べる機会を与えなかった。
オ 原告は、上記各処分を不服として、平成３０年８月２日、国税不服審判所長に対して審査請求をした。（甲１２）
カ 大東税務署長（処分行政庁）は、平成３０年９月１１日付けで、原告に対し、平成２８年３月期の法人税について、別表４の区分「平成２８年３月期」の「再更正処分」欄記載のとおり、減額再更正処分を行った。（甲１２）
キ 国税不服審判所長は、令和元年５月３０日付けで、別表４ないし６の「裁決」欄記載のとおり、原告の審査請求をいずれも棄却する裁決をし、同年６月１日以降に上記裁決書謄本の送達を受けた。（甲１２、弁論の全趣旨）
ク 原告は、令和元年１２月１日、本件訴訟を提起した。
（４）課税処分の根拠
本件において被告の主張する本件各更正処分の課税の根拠及び計算は、別紙４のとおりであり、本件各賦課決定処分の課税の根拠及び計算は、別紙５のとおりである。
４ 争点及びこれに関する当事者の主張
（１）本件宿日直手当等のうち本件最低月額部分につき損金算入の可否
（被告の主張）
ア 本件宿日直手当等は、法人税法３４条１項１号に定める「定期同額給与」（定期同額給与の類型①ないし③）のいずれにも該当しないから、その全部につき、損金の額に算入されない。
イ 原告は、甲院長に対し、本件最低月額部分のみを宿日直手当等として支給したわけではなく、本件最低月額部分は本件宿日直手当等の一部でしかないことからすれば、同部分について「各支払時期における支給額が同額であるもの」（定期同額給与の類型①）と解するのには無理がある。
ウ 各事業年度終了後において結果的に最低額であった金額を「定期同額給与」として損金の額に算入することを認めるとすれば、各事業年度末において、支給額を調整することで恣意的に損金算入額を設定することが可能となり、ひいては法人の所得金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれが顕著である。
エ 原告は、平成１８年度税制改正の趣旨からすると、旧法人税法３４条において損金算入が認められていた「役員報酬」と、法人税法３４条１項１号において損金算入が認められる「定期同額給与」とは、その射程を同じくするものである旨主張するが、平成１８年度税制改正には、従来損金算入が認められていた定期の給与（報酬）に相当するものは、「定期同額給与」として引き続き損金算入を認めるという趣旨は含まれていない。（原告の主張）
ア 旧法人税法は、賞与及び退職給与以外の役員に対する給与（報酬）は、損金の額に算入し、役員に対する賞与は、損金の額に算入しないとしていた。また、旧基本通達９－２－１３（定期の給与の意義）は、「定期の給与とは、あらかじめ定められた支給基準に基づいて、（中略）月以下の期間を単位として規則的に反復又は継続して支給される給与をいう。ただし、これらの給与であっても、（中略）特定の月だけ増額支給された場合における当該給与については、当該特定の月において支給された額のうち各月において支給される額を超える部分の金額は臨時的な給与とする。」としており、月々の支給額に変動がある場合には、事業年度を通して月々変動しない最低額までを報酬として損金の額に算入し、これを超える部分を賞与として損金の額に算入しないものと理解されていた。（甲１６【４頁】）
イ 役員給与の損金算入に関する規定は、平成１８年度税制改正において大きな改正が行われたが、立法担当者による同改正の趣旨説明等によれば、従来損金算入が認められていた定期の給与（報酬）に相当するものは、「定期同額給与」として引き続き損金算入を認めるというものであり、改正前の役員報酬の損金算入範囲より狭めるという方向性は示されていなかった。
ウ 役員給与に対する損金算入の規制の目的は、恣意性と利益調整性の排除にあると考えられるところ、本件宿日直手当等は、本件病院の医療体制を維持するうえで必要不可欠な業務として甲院長が宿日直等を行ったことに対する所定の基準に基づく手当であり、月による大きな変動もなく継続的に支給されていたものであるから、その支給に恣意性や利益調整性は全くない。よって、その全部につき損金算入を否定すべき理由はない。
エ 上記立法趣旨に基づいて解釈すれば、本件宿日直手当等のうち一定の支給基準により毎月支給された結果生じた本件最低月額部分については、法人税法３４条１項１号の「支給額が同額であるもの」として損金算入を認めるべきである。
オ なお、国税庁は、「役員給与に関するＱ＆Ａ」において、法人税法施行令６９条１項１号イないしハの要件に該当しない役員給与の増額改定が行われた場合、その年度における定期給与の全額を損金不算入とするのではなく、改定による差額部分のみを損金不算入とする解釈を示している。そうであるなら、本件宿日直手当等のように、あらかじめ定められた支給基準に基づき毎月支給される給与の最低月額部分を損金に算入するとの解釈も可能であるはずであり、上記立法趣旨にも沿うものである。
カ 「継続的に供与される経済的な利益」については、その供与される利益の額が毎月おおむね一定であるものは定期同額給与として損金算入される（定期同額給与の類型③）。本件宿日直手当等は、「継続的に供与される経済的な利益」そのものには当たらないが、役員としての地位と責任に基づく報酬ではなく他の医師と同一の基準により支給されるものであるため、純然たる役員給与とは性質を異にし、宿日直等に必要な実費弁償の性質も含む付加的な給付という意味においてむしろ「継続的に供与される経済的な利益」の性質に近いものといえる。よって、その全部を損金不算入とすることは著しく均衡を欠き、不合理である。
キ そもそも担税力に応じた課税（応能負担原則）の観点からは、役員給与は法人から金銭の支出という形で流出し、法人内に留保されるものではないため、その支出金額と同額の法人所得が減額されるのが原則であるはずである。そして、法人税法３４条が、恣意性排除と損金算入する役員給与の範囲の制限という目的を達成するためにその例外を定めたものであることからすれば、支給に恣意性のない職務対価である本件宿日直手当等についてまで、厳格な文理解釈を推し進め、その全部につき損金不算入とするのは、税の中立性を害し極めて不合理な結果をもたらすというべきである。応能負担原則に立ち返り、上記立法趣旨を重視した目的論的解釈をすべきである。
（２）平成２８年３月期につき土曜日直手当及び早出手当の損金算入の可否
（被告の主張）
平成２７年４月及び５月の土曜日直手当及び早出手当は、支給額が同額であるが、これはたまたま当該手当の支給額の基礎となる業務に甲院長が従事した回数が同じであったことによるものであり、単に支給額が同額ということのみで定期同額給与の類型①に該当するとはいえない。
そもそも本件宿日直手当等は、いずれも甲院長の労働の成果に応じて支給されるものであるから、歩合給等と同様、定期同額給与に該当しないと解すべきである。
（原告の主張）
平成２８年３月期においては、土曜日直手当及び早出手当につき、平成２７年４月及び５月に同額支給され、６月より、法人税法施行令６９条１項１号に定める定時改定により０円となっているから、上記４月及び５月分全部が定時同額給与に該当し、損金の額に算入される。
（３）本件各処分の手続違法
（原告の主張）
本件では、修正申告書に原告の関与税理士が作成した税理士法３３条の２第１項に規定する書面が添付されていたのに、大東税務署長は、当該税理士に対し、税理士法３５条２項本文に基づく「当該事実に関し意見を述べる機会」を与えることなく更正を行ったから、適正手続を欠いたものであり、税理士法３５条２項、憲法３１条に反する手続違法がある。（被告の主張）
ア 上記（１）の被告の主張のとおり、本件宿日直手当等が「定期同額給与」に該当しないことは明らかであったから、「申告書及びこれに添付された書類の調査により課税標準等の計算について法令の規定に従っていないことが明らかであることにより更正を行う場合」（税理士法３５条２項ただし書）に当たり、「当該事実に関し意見を述べる機会」を与える必要はなく、違法はない。
イ また、仮に、当該税理士に対し、税理士法３５条２項本文に基づき「当該事実に関し意見を述べる機会」を与える必要があったとしても、同条４項は、「更正の効力に影響を及ぼすものと解してはならない。」と規定しているから、上記違法が本件各処分の取消事由となることはない。
（被告の主張に対する原告の反論）
ア 平成１８年度税制改正の趣旨等を踏まえると、本件各手当の全額が損金不算入になるという解釈、特にその損金不算入の額の範囲には議論の余地があり、税理士法３５条２項ただし書に該当しない。
イ 税理士法３５条４項の規定を奇貨として意見聴取が省略されるとすれば、意見聴取制度そのものを形骸化させることにほかならず、憲法３１条による適正手続の要請を満たすとはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件宿日直手当等のうち本件最低月額部分につき損金算入の可否）について（１）定期同額給与の類型②、③について
本件宿日直手当等の内訳は別表２－１ないし２－４のとおりであり、本件各事業年度の各支給時期における各手当の支給額は同額ではないところ、平成２８年３月期を除き、給与改定がされた場合ではないから、「定期同額給与の類型②」には当たらない（平成２８年３月期については、後述する。）。
また、定期同額給与の類型③の「経済的な利益」とは、法人が行為をしたことにより実質的にその役員等に対して給与を支給したと同様の経済的効果をもたらすものをいうと解されるところ、本件宿日直手当等は給与の支給そのものであって、「経済的な利益」ではないから、「定期同額給与の類型③」にも当たらない。
（２）定期同額給与の類型①について
ア 本件宿日直手当等は、上記のとおり、本件各事業年度の各支給時期における各手当の支給額が同額ではないから、本件宿日直手当等は「定期同額給与の類型①」に当たらない。
イ 原告は、各支給時期における各手当の支給額に変動がある場合であっても、当該事業年度における本件宿日直手当等の手当ごとの各月の支給額のうち最も少ない金額に各事業年度の月数を乗じて算出した金額（本件最低月額部分）を定期同額給与として損金算入し、これを超える部分のみを損金不算入とすべきと主張するので、この点につき検討する。
（ア）旧法人税法は、役員に対する給与を「賞与」「退職給与」「報酬」に区分し、「賞与」は損金の額に算入せず（同法３５条１項）、「退職給与」「報酬」は不相当に高額な部分などを除き損金の額に算入するものとしていた。
また、「賞与」と「報酬」の区分については、まず、「臨時的な給与」か否かを基準とし、「臨時的な給与」のうち他に「定期の給与」を受けていない者（たとえば非常勤取締役など）に対する給与（利益に連動することなく、規定により継続して毎年所定の時期に支給されるものに限る。）及び退職給与以外のものを「賞与」とし（同条４項）、賞与及び退職給与以外のものを「報酬」としていた（同法３４条３項）。そして、「臨時的な給与」や「定期の給与」についての明確な定義規程はおいていなかったが、通達において「『定期の給与』とは、あらかじめ定められた支給基準に基づいて、（中略）月以下の期間を単位として規則的に反復又は継続して支給される給与をいう。ただし、これらの給与であっても、通常行われる給与の増額以外において特定の月だけ増額支給された場合における当該給与については、当該特定の月において支給された額のうち各月において支給される額を超える部分の金額は『臨時的な給与』とする。」（旧基本通達９－２－１３）として、月々の支給額に変動がある場合には、事業年度を通して月々変動しない最低限までは報酬として損金の額に算入し、これを超える部分のみを賞与として損金の額に算入しないものと扱われていた。（甲１６【４頁】）
（イ）上記の役員給与の損金算入に関する規定は、平成１８年度税制改正において改正され、法人税法は、法人が役員に対して支給する給与につき、次に掲げるもの以外は損金の額に算入しないとし、損金の額に算入するものとして、ａ定期同額給与（定期同額給与の類型①ないし③）、ｂ事前確定届出給与（法人税法３４条１項２号）、ｃ利益連動給与（法人税法３４条１項３号）（不相当に高額な部分の金額等を除く。）を規定した。
このうち「定期同額給与」は旧法人税法における「報酬」に相当するものとして規定されたものではあるが、法人税法３４条１項１号は、定期同額給与の類型①について、「その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるもの」と定めており、旧法人税法下で「報酬」とされていたもののうち各支給時期における支給額が同額でないもの（たとえば歩合給や能率給など）が定期同額給与の類型①に含まれないことは文言上明らかであって、平成１８年度税制改正に、旧法人税法において損金算入が認められていた「報酬」をそのまま「定期同額給与」とするという趣旨は含まれていないというべきである。
（ウ）ところで、法人段階において損金算入される役員給与の範囲を制限する法人税法３４条の趣旨は、適正な課税を実現する観点から役員給与の支給の恣意性を排除することにある。（乙２８）
しかしながら、租税法律主義のもと、役員給与のうちいかなるものを類型的に恣意性が排除されたものとして損金算入することを認めるかは、まさに法律が定めるところであり、原告の主張するように、本件宿日直手当が本件病院の医療体制を維持するうえで必要不可欠な業務として甲院長が宿日直等を行ったことに対する所定の基準の基づく手当であり、月による大きな変動もなく継続的に支給されていたものであって、その支給に恣意性はないとしても、各支給時期における支給額が同額でない以上、上記立法趣旨から法律の文言に反して定期同額給与の類型①に当たると解することはできない。
（エ）この点につき、原告は、法人税法施行令６９条１項１号に掲げる改定（イ通常改定、ロ臨時改定事由による改定、ハ業績悪化改定事由による改定）以外の増額改定において改定後の各支給時期における支給額が同額であるときは、増額改定前の定期給与の額に相当する部分を引き続き定期同額給与として支給されているものとして同部分の損金算入が認められていることから、定期同額給与の類型①についても、本件最低月額部分を定期同額給与として損金算入する解釈が可能であるはずである旨主張する。
しかしながら、法人税法施行令６９条１項１号に掲げる改定以外の増額改定の場合に上記のような解釈が可能であるのは、増額改定前の支給額に改定による増額分を上乗せして支給することとしたものみることが可能であるからである。これに対し、本件宿日直手当等は、甲院長が宿直や日直等をした日数や回数等に応じて支給されたものであり、各支給時期において当該事業年度における各手当ごとの最低額に増額分を上乗せして支給したとみる余地はないから、原告主張の解釈は法人税法３４条１項１号の文言に反するというべきである。
（オ）原告は、「継続的に供与される経済的な利益」についてはその供与される利益の額が毎月「おおむね一定」であるものが損金の額に算入されるとされていること（定期同額給与の類型③）との均衡や、担税力に応じた課税（応能負担原則）の観点からしても、本件宿日直手当等の全部を損金不算入とするのは極めて不合理である旨主張する。
しかしながら、法人税法３４条１項によれば、役員に対して支給する給与のうち、使用人としての職務を有する役員に対して支給する当該職務に対するものについては、不相当に高額な部分等を除き損金の額に算入するとされていること、役員に対して支給する給与について各支給時期における支給額を同額とするよう給与体系を見直すことは比較的容易であると考えられることからすれば、役員に対して支給する給与のうち本件宿日直手当等のように各支給時期における支給額が同額でないものについてその全部を損金の額に算入しないものとすることが極めて不合理であるなどとは到底いえない。
（カ）以上のとおり、本件宿日直手当等は、法人税法３４条１項１ないし３号のいずれにも該当しないところ、その一部である本件最低月額部分について損金算入を認める法的根拠は見当たらないことからすれば、本件宿日直手当等の全部について損金の額に算入することはできない。
２ 争点（２）（平成２８年３月期につき土曜日直手当及び早出手当の損金算入の可否）について
平成２８年３月期について、原告は、同事業年度の開始前である平成２７年３月１７日に開催された理事会において、甲院長の同事業年度の理事報酬について、平成２７年３月期まで支給されていた「勤務実績手当（宿日直手当等）」の支給を取りやめ、「手当としては定額を支給する」旨改定した。（前記前提事実（２））
しかしながら、同事業年度において甲院長に支給された給与の額は別表１の「平成２８年３月期」欄記載のとおりであり、上記改定後である当該事業年度開始の日から当該事業年度終了の日までの間の各支給時期における各手当の支給額は同額でないから、「定期同額給与の類型②」には当たらず、前述したとおり、定額同額給与の類型①、③にも当たらないから、損金の額に算入することはできない。
この点につき、原告は、平成２８年３月期の土曜日直手当及び早出手当は、平成２７年４月及び５月に同額支給され、６月より法人税法施行令６９条１項１号に定める定時改定により０円となっているから、上記４月及び５月分全部が定時同額給与に該当し、損金の額に算入される旨主張する。しかしながら、上記のとおり、同改定は平成２７年６月からではなく平成２８年３月期の開始の時（平成２７年４月）からなされたものであるから、上記主張はその前提を欠き、採用することはできない。
３ 争点（３）（本件各処分の手続違法の有無）について
前記１のとおり、本件最低月額部分を定期同額給与として損金の額に算入することができないことは明らかであるから、本件は、税理士法３５条２項ただし書が規定する「申告書及びこれに添付された書類の調査により課税標準等の計算について法令の規定に従っていないことが明らかであること（中略）により更正を行う場合」に該当する。
よって、同更正に際し関与税理士に対し当該事実に関し意見を述べる機会を与えなかったことに手続違法はない。
４ 本件各処分の適法性
（１）本件各更正処分について
上記１ないし３の判断によれば、本件各更正処分について被告が主張する課税の根拠及び計算（別紙４）は相当であって、平成２５年３月期の原告の欠損金額並びに平成２６年３月期ないし平成２８年３月期の原告の所得金額及び納付すべき法人税額は、別紙４記載１のとおりとなり、平成２６年３月期の課税事業年度における原告の課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、別紙４記載２のとおりとなり、平成２８年３月期の課税事業年度における原告の課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額は、別紙４記載３のとおりとなる。そして、これらの金額は、いずれも本件各更正処分における金額（平成２８年３月期の法人税更正処分及びこれに伴う賦課決定処分については、平成３０年９月１１日付け大東税務署長の再更正処分後のもの。）と同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
（２）本件各賦課決定処分について
上記（１）のとおり、本件各更正処分が適法であることからすれば、本件各賦課決定処分について被告が主張する課税の根拠及び計算（別紙５）はいずれも相当であって、被告の主張する本件各更正処分に伴って原告に課される過少申告加算税の額は、いずれも本件各賦課決定処分における金額と同額となるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
松江地方裁判所民事部
裁判長裁判官三島恭子
裁判官山中耕一
裁判官海野泰信
（別紙１）
関連法令等
（適用法令）
１ 法人税法
（１）法人税法２２条（乙第１号証・２３ページ）
ア １項
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。
イ ３項
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。
（ア）１号
当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（イ）２号
前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（ウ）３号
当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
（２）法人税法３４条（乙第１号証・３２ページ）
ア １項（ただし、平成２８年３月法律第１５号により一部改正される前のもの。）内国法人がその役員に対して支給する給与（退職給与及び第５４条１項（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等）に規定する新株予約権によるもの並びにこれら以外のもので使用人としての職務を有する役員に対して支給する当該職務に対するもの並びに３項の規定の適用があるものを除く。以下この項において同じ。）のうち次に掲げる給与のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
（ア）１号（ただし、平成２９年３月法律第４号により一部改正される前のもの。）その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与（次号において「定期給与」という。）で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるものその他これに準ずるものとして政令で定める給与（次号において「定期同額給与」という。）
（イ）２号及び３号
省略
イ ４項（ただし、平成１８年３月法律第１０号により新設された後のもの。）前３項に規定する給与には、債務の免除による利益その他の経済的な利益を含むものとする。
２ 法人税法施行令
法人税法施行令６９条１項（ただし、平成１８年３月政令第１２５号により全部改正された後のもの。乙第１号証・２７６及び２７７ページ）
法３４条１項１号（役員給与の損金不算入）に規定する政令で定める給与は、次に掲げる給与とする。
（１）１号（ただし、平成２８年３月政令第１４６号により一部改正される前のもの。）法３４条１項１号に規定する定期給与（以下この条において「定期給与」という。）で、次に掲げる改定（以下この号において「給与改定」という。）がされた場合における当該事業年度開始の日又は給与改定前の最後の支給時期の翌日から給与改定後の最初の支給時期の前日又は当該事業年度終了の日までの間の各支給時期における支給額が同額であるもの
ア イ
当該事業年度開始の日の属する会計期間（中略）開始の日から３月を経過する日（中略）まで（中略）にされた定期給与の額の改定
イ ロ
当該事業年度において当該内国法人の役員の職制上の地位の変更、その役員の職務の内容の重大な変更その他これらに類するやむを得ない事情（中略）によりされたこれらの役員に係る定期給与の額の改定（後略）
ウ ハ
当該事業年度において当該内国法人の経営の状況が著しく悪化したことその他これに類する理由（中略）によりされた定期給与の額の改定（後略）
（２）２号（ただし、平成１９年３月政令第８３号により同項３号から同項２号として移記された後のもの。）
継続的に供与される経済的な利益のうち、その供与される利益の額が毎月おおむね一定であるもの
３ 法人税基本通達
（１）法人税基本通達９－２－９（ただし、平成２２年６月３０日付課法２－１ほか１課共同「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）により一部改正された後のもの。乙第３０号証・７７５ないし７７７ページ）
法３４条４項（役員給与）及び法３６条（過大な使用人給与の損金不算入）に規定する「債務の免除による利益その他の経済的な利益」とは、次に掲げるもののように、法人がこれらの行為をしたことにより実質的にその役員等（役員及び同条に規定する特殊の関係のある使用人をいう。以下９－２－１０までにおいて同じ。）に対して給与を支給したと同様の経済的効果をもたらすもの（明らかに株主等の地位に基づいて取得したと認められるもの及び病気見舞、災害見舞等のような純然たる贈与と認められるものを除く。）をいう。
ア（１）
役員等に対して物品その他の資産を贈与した場合におけるその資産の価額に相当する金額
イ（２）
役員等に対して所有資産を低い価額で譲渡した場合におけるその資産の価額と譲渡価額との差額に相当する金額
ウ（３）
役員等から高い価額で資産を買い入れた場合におけるその資産の価額と買入価額との差額に相当する金額
エ（４）
役員等に対して有する債権を放棄し又は免除した場合（貸倒れに該当する場合を除く。）におけるその放棄し又は免除した債権の額に相当する金額
オ（５）
役員等から債務を無償で引き受けた場合におけるその引き受けた債務の額に相当する金額
カ（６）
役員等に対してその居住の用に供する土地又は家屋を無償又は低い価額で提供した場合における通常取得すべき賃貸料の額と実際徴収した賃貸料の額との差額に相当する金額キ（７）
役員等に対して金銭を無償又は通常の利率よりも低い利率で貸し付けた場合における通常取得すべき利率により計算した利息の額と実際徴収した利息の額との差額に相当する金額
ク（８）
役員等に対して無償又は低い対価で（６）及び（７）に掲げるもの以外の用役の提供をした場合における通常その用役の対価として収入すべき金額と実際に収入した対価の額との差額に相当する金額
ケ（９）
役員等に対して機密費、接待費、交際費、旅費等の名義で支給したもののうち、その法人の業務のために使用したことが明らかでないもの
コ（10）
役員等のために個人的費用を負担した場合におけるその費用の額に相当する金額サ（11）
役員等が社交団体等の会員となるため又は会員となっているために要する当該社交団体の入会金、経常会費その他当該社交団体の運営のために要する費用で当該役員等の負担すべきものを法人が負担した場合におけるその負担した費用の額に相当する金額シ（12）
法人が役員等を被保険者及び保険金受取人とする生命保険契約を締結してその保険料の額の全部又は一部を負担した場合におけるその負担した保険料の額に相当する金額（２）法人税基本通達９－２－１１（ただし、平成１９年１２月７日付課法２－１７ほか１課共同「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）により一部改正された後のもの。乙第３０号証・７７７ないし７７９ページ）
令６９条１項２号（定期同額給与の範囲等）に規定する「継続的に供与される経済的な利益のうち、その供与される利益の額が毎月おおむね一定であるもの」とは、その役員が受ける経済的な利益の額が毎月おおむね一定であるものをいうのであるから、例えば、次に掲げるものはこれに該当することに留意する。
ア（１）
９－２－９の（１）、（２）又は（８）に掲げる金額でその額が毎月おおむね一定しているもの
イ（２）
９－２－９の（６）又は（７）に掲げる金額（その額が毎月著しく変動するものを除く。）
ウ（３）
９－２－９の（９）に掲げる金額で毎月定額により支給される渡切交際費に係るものエ（４）
９－２－９の（10）に掲げる金額で毎月負担する住宅の光熱費、家事使用人給料等（その額が毎月著しく変動するものを除く。）
オ（５）
９－２－９の（11）及び（12）に掲げる金額で経常的に負担するもの
（３）法人税基本通達９－２－１２（ただし、平成２８年６月２８日付課法２－１１ほか１課共同「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）により一部改正される前のもの。乙第３０号証・７７９ないし７８１ページ）
法３４条１項１号（定期同額給与）の「その支給時期が１月以下の一定の期間ごと」である給与とは、あらかじめ定められた支給基準（慣習によるものを含む。）に基づいて、毎日、毎週、毎月のように月以下の期間を単位として規則的に反復又は継続して支給されるものをいうのであるから、例えば、非常勤役員に対し年俸又は事業年度の期間俸を年１回又は年２回所定の時期に支給するようなものは、たとえその支給額が各月ごとの一定の金額を基礎として算定されているものであっても、同号に規定する定期同額給与には該当しないことに留意する。
（注）非常勤役員に対し所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する年俸又は期間俸等の給与のうち、次に掲げるものは、法３４条１項２号（事前確定届出給与）に規定する給与に該当する。
ア（１）
同族会社に該当しない法人が支給する給与
イ（２）
同族会社が支給する給与で令６９条２項（事前確定届出給与の届出）に定めるところに従って納税地の所轄税務署長に届出をしているもの
４ 税理士法
（１）税理士法３３条の２第１項（乙第２６号証・９７３及び９７４ページ）税理士又は税理士法人は、国税通則法１６条１項１号に掲げる申告納税方式又は地方税法１条１項８号若しくは１１号に掲げる申告納付若しくは申告納入の方法による租税の課税標準等を記載した申告書を作成したときは、当該申告書の作成に関し、計算し、整理し、又は相談に応じた事項を財務省令で定めるところにより記載した書面を当該申告書に添付することができる。
（２）税理士法３５条（乙第２６号証・９７４ページ）
ア １項
税務官公署の当該職員は、３３条の２第１項又は２項に規定する書面（以下この項及び次項において「添付書面」という。）が添付されている申告書を提出した者について、当該申告書に係る租税に関しあらかじめその者に日時場所を通知してその帳簿書類を調査する場合において、当該租税に関し３０条の規定による書面を提出している税理士があるときは、当該通知をする前に、当該税理士に対し、当該添付書面に記載された事項に関し意見を述べる機会を与えなければならない。
イ ２項
添付書面が添付されている申告書について国税通則法又は地方税法の規定による更正をすべき場合において、当該添付書面に記載されたところにより当該更正の基因となる事実につき税理士が計算し、整理し、若しくは相談に応じ、又は審査していると認められるときは、税務署長（当該更正が国税庁又は国税局の当該職員の調査に基づいてされるものである場合においては、国税庁長官又は国税局長）又は地方公共団体の長は、当該税理士に対し、当該事実に関し意見を述べる機会を与えなければならない。ただし、申告書及びこれに添付された書類の調査により課税標準等の計算について法令の規定に従っていないことが明らかであること又はその計算に誤りがあることにより更正を行う場合には、この限りでない。
ウ ４項
前３項の規定による措置の有無は、これらの規定に規定する調査に係る処分、更正又は審査請求についての裁決の効力に影響を及ぼすものと解してはならない。
（別紙２）
関連法令等
（平成１８年度税制改正前のもの）
１ 法人税法
（１）旧法人税法３４条（乙第２号証・１６ページ）
ア １項
内国法人がその役員に対して支給する報酬の額（次項の規定の適用があるものを除く。）のうち不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
イ ３項
前２項に規定する報酬とは、役員に対する給与（債務の免除による利益その他の経済的な利益を含む。）のうち、次条４項に規定する賞与及び退職給与以外のものをいう。
（２）旧法人税法３５条（乙第２号証・１６ページ）
ア １項
内国法人がその役員に対して支給する賞与の額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
イ ４項
前３項に規定する賞与とは、役員又は使用人に対する臨時的な給与（債務の免除による利益その他の経済的な利益を含む。）のうち、他に定期の給与を受けていない者に対し継続して毎年所定の時期に定額（利益に一定の割合を乗ずる方法により算定されることとなっているものを除く。）を支給する旨の定めに基づいて支給されるもの及び退職給与以外のものをいう。
２ 法人税基本通達
（１）旧基本通達９－２－１０（乙第３号証・６７０ないし６７２ページ）
法３４条３項（役員報酬）、法３５条４項（賞与）及び法３６条の２（過大な使用人給与の損金不算入）に規定する「債務の免除による利益その他の経済的な利益」とは、次に掲げるもののように、法人がこれらの行為をしたことにより実質的にその役員等（役員及び同条に規定する特殊関係使用人をいう。以下９－２－１１までにおいて同じ。）に対して給与を支給したと同様の経済的効果をもたらすもの（明らかに株主等の地位に基づいて取得したと認められるもの及び病気見舞、災害見舞等のような純然たる贈与と認められるものを除く。）をいう。
ア（１）
役員等に対して物品その他の資産を贈与した場合におけるその資産の価額に相当する金額
イ（２）
役員等に対して所有資産を低い価額で譲渡した場合におけるその資産の価額と譲渡価額との差額に相当する金額
ウ（３）
役員等から高い価額で資産を買い入れた場合におけるその資産の価額と買入価額との差額に相当する金額
エ（４）
役員等に対して有する債権を放棄し又は免除した場合（貸倒れに該当する場合を除く。）におけるその放棄し又は免除した債権の額に相当する金額
オ（５）
役員等から債務を無償で引き受けた場合におけるその引き受けた債務の額に相当する金額
カ（６）
役員等に対してその居住の用に供する土地又は家屋を無償又は低い価額で提供した場合における通常取得すべき賃貸料の額と実際徴収した賃貸料の額との差額に相当する金額キ（７）
役員等に対して金銭を無償又は通常の利率よりも低い利率で貸付けをした場合における通常取得すべき利率により計算した利息の額と実際徴収した利息の額との差額に相当する金額
ク（８）
役員等に対して無償又は低い対価で（６）及び（７）に掲げるもの以外の用役の提供をした場合における通常その用役の対価として収入すべき金額と実際に収入した対価の額との差額に相当する金額
ケ（９）
役員等に対して機密費、接待費、交際費、旅費等の名義で支給したもののうち、その法人の業務のために使用したことが明らかでないもの
コ（10）
役員等のために個人的費用を負担した場合におけるその費用の額に相当する金額サ（11）
役員等が社交団体等の会員となるため又は会員となっているために要する当該社交団体の入会金、経常会費その他当該社交団体の運営のために要する費用で当該役員等の負担すべきものを法人が負担した場合におけるその負担した費用の額に相当する金額シ（12）
法人が役員等を被保険者及び保険金受取人とする生命保険契約を締結してその保険料の額の全部又は一部を負担した場合におけるその負担した保険料の額に相当する金額（２）旧基本通達９－２－１３（乙第３号証・６７３ないし６７５ページ）
法３５条４項（賞与）に規定する「定期の給与」とは、あらかじめ定められた支給基準（慣習によるものを含む。）に基づいて、毎日、毎週、毎月のように月以下の期間を単位として規則的に反復又は継続して支給される給与をいう。ただし、これらの給与であっても、通常行われる給与の増額以外において特定の月だけ増額支給された場合における当該給与については、当該特定の月において支給された額のうち各月において支給される額を超える部分の金額は臨時的な給与とする。
（注）１例えば毎月支給される役員報酬の額が前月の売上高に応じて増減するように定められているような場合には、その役員報酬として支給する給与の額のうち売上高のいかんにかかわりなく支給されることとされている金額を超える部分の金額は、定期の給与に該当しない。
２ 例えば役員に対して支給する報酬の額を年額又は半年額等として定め、その範囲内で、各月ごとにおおむね定額の報酬を支給するほか、特定の月だけ増額して支給した場合には、たとえその年額等として定められた金額が当該役員に対する報酬の額として相当な金額の範囲内のものであるとしても、その特定の月において支給された額のうち各月において支給される額を超える部分の金額は、定期の給与に該当しない。
（３）旧基本通達９－２－１４（乙第３号証・６７５ページ）
法第３５条第４項（賞与）に規定する「他に定期の給与を受けていない者に対し継続して毎年所定の時期に定額を支給する旨の定めに基づいて支給されるもの」とは、例えば、非常勤役員に対し年俸又は事業年度の期間棒を年１回又は年２回所定の時期に支給するようなものをいうのであるから、定期の給与の他に盆、暮に支給される給与は、たとえその支給時期及び金額が一定していても同項に規定する臨時的な給与に該当することに留意する。
（４）旧基本通達９－２－１５（乙第３号証・６７５及び６７６ページ）
法人がその役員に対して月俸、年俸等の固定給のほかに歩合給若しくは能率給又は超過勤務手当（使用人兼務役員に対する超過勤務手当に限る。）を支給している場合において、これらの支給が使用人に対する支給基準と同一の基準によっているときは、これらの給与は法３５条４項（賞与）に定める臨時的な給与としないで定期の給与とする。
（５）旧基本通達９－２－１６（乙第３号証・６７６及び６７７ページ）
法人がその役員に対して支給した給与が報酬となるか賞与となるかは、当該給与が定期の給与に該当するかどうかにより判定するのであるから、経済的な利益のうち次に掲げるものは報酬となることに留意する。
ア（１）
９－２－１０の（１）、（２）又は（８）に掲げる金額でその額が毎月おおむね一定しているもの
イ（２）
９－２－１０の（６）又は（７）に掲げる金額
ウ（３）
９－２－１０の（９）に掲げる金額で毎月定額により支給される渡切交際費に係るものエ（４）
９－２－１０の（10）に掲げる金額で毎月負担する住宅の光熱費、家事使用人給料等オ（５）
９－２－１０の（11）及び（12）に掲げる金額で経常的に負担するもの
（別紙４）
被告の主張する本件各更正処分の課税の根拠及び計算
１ 本件法人税各更正処分の根拠及び計算
（１）平成２５年３月期の法人税の更正処分の課税の根拠及び計算
ア 欠損金額
５３４３万２３１１円
平成２５年３月期に支給した本件宿日直手当等４０４万０５２８円から既に修正申告により損金不算入とされた８０万０５２８円を控除した金額３２４万００００円を申告欠損金額５６６７万２３１１円から減算した金額
イ 還付所得税額等
２万８８３７円
ウ 当期欠損金額
５３４３万２３１１円
（２） 平成２６年３月期の法人税の更正処分の課税の根拠及び計算
ア 所得金額
３８４２万４２９０円
申告所得金額３２２４万４２９０円に①平成２６年３月期に支給した本件宿日直手当等４６５万５４４４円から既に修正申告により損金不算入とされた１７１万５４４４円を控除した金額２９４万００００円と②申告繰越欠損金５６６７万２３１１円と前記（１）記載の翌期へ繰り越す欠損金５３４３万２３１１円との差額３２４万００００円とを加算した金額
イ 所得金額に対する法人税額
８９５万８１２０円
ウ 控除所得税額等
２万４２８６円
エ 納付すべき法人税額
８９３万３８００円
上記イの金額から同ウの金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた金額）
（３） 平成２７年３月期の法人税の更正処分の課税の根拠及び計算
ア 所得金額
１億５５５６万７７０１円
申告所得金額１億５２６７万７７０１円に①平成２７年３月期に支給した本件宿日直手当等４２６万７９４４円から既に修正申告により損金不算入とされた８１万７９４４円を控除した金額３４５万００００円を加算し、②事業税の認容額５６万００００円を減算した金額
イ 所得金額に対する法人税額
３８８２万９５８５円
ウ 控除所得税額等
２万３１８９円
エ 納付すべき法人税額
３８８０万６３００円
上記イの金額から同ウの金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた金額）
（４） 平成２８年３月期の法人税の更正処分の課税の根拠及び計算
ア 所得金額
１億４２８６万７５８１円
申告所得金額１億４２５０万６３８１円に①平成２８年３月期に支給した本件宿日直手当等６０万２５００円を加算し、②事業税の認容額２４万１３００円を減算した金額
イ 所得金額に対する法人税額
３３４３万３２１３円
ウ 控除所得税額等
２万５９５７円
エ 納付すべき法人税額
３３４０万７２００円
上記イの金額から同ウの金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた金額）
２ 本件復興特別法人税更正処分の根拠及び計算
（１）法人税額
８９５万８１２０円
上記１（２）イの金額
（２）課税標準法人税額
８９５万８０００円
上記（１）の金額につき、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた金額
（３）復興特別法人税額
８９万５８００円
（４）控除税額
５０５円
（５）納付すべき復興特別法人税額８９万５２００円
上記（３）の金額から同（４）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた金額）
３ 本件地方法人税更正処分の根拠及び計算
（１）法人税額
３３４３万３２１３円
上記１（４）イの金額
（２）課税標準法人税額
３３４３万３０００円
上記（１）の金額につき、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた金額
（３）地方法人税額
１４７万１０５２円
（４）控除税額
０円
（５）納付すべき地方法人税額
１４７万１０００円
上記（３）の金額から同（４）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた金額）
（別紙５）
本件各賦課決定処分の課税の根拠及び計算
１ 本件法人税各賦課決定処分の課税の根拠及び計算
（１）平成２６年３月期の法人税賦課決定処分の課税の根拠及び計算
ア 加算税の基礎となる税額
１５７万円
納付すべき法人税額８９３万３８００円から本件各法人税更正処分直前における納付すべき法人税額７３５万７９００円を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた金額）
イ 過少申告加算税の額
１５万７０００円
上記アに１００分の１０を乗じて算出した金額
（２）平成２７年３月期の法人税賦課決定処分の課税の根拠及び計算
ア 加算税の基礎となる税額
７３万円
納付すべき法人税額３８８０万６３００円から本件各法人税更正処分直前における納付すべき法人税額３８０６万９４００円を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた金額）
イ 過少申告加算税の額
７万３０００円
上記アに１００分の１０を乗じて算出した金額
（３）平成２８年３月期の法人税賦課決定処分の課税の根拠及び計算
ア 加算税の基礎となる税額
８万円
納付すべき法人税額３３４０万７２００円から本件各法人税更正処分直前における納付すべき法人税額３３３２万０９００円を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた金額）
イ 過少申告加算税の額
８０００円
上記アに１００分の１０を乗じて算出した金額
２ 本件復興特別法人税賦課決定処分の課税の根拠及び計算
（１）加算税の基礎となる税額
１５万円
納付すべき復興特別法人税額８９万５２００円から本件復興特別法人税更正処分直前における納付すべき復興特別法人税額７３万７６００円を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた金額）
（２）過少申告加算税の額
１万５０００円
上記（１）に１００分の１０を乗じて算出した金額
別表４
本件各法人税更正処分及び本件各法人税賦課決定処分の経過
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
再更正処分
審査請求
裁決
平成
年
月期
年月日
平成25 年5 月29 日
平成30 年3 月14 日
平成30 年5 月8 日
平成30 年8 月2 日
令和元年5 月30 日
欠損金額
57,472,839
56,672,311
53,432,311
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
△ 28,837
△ 28,837
△ 28,837
当期欠損金額
57,472,839
56,672,311
53,432,311
平成
年
月期
年月日
平成26 年5 月29 日
平成30 年3 月14 日
平成30 年5 月8 日
平成30 年8 月2 日
令和元年5 月30 日
所得金額
29,730,518
32,244,290
38,424,290
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
6,716,800
7,357,900
8,933,800
欠損金の当期控除額
57,472,839
56,672,311
53,432,311
過少申告加算税の額
157,000
平成
年
月期
年月日
平成27 年5 月28 日
平成30 年3 月14 日
平成30 年5 月8 日
平成30 年8 月2 日
令和元年5 月30 日
所得金額
151,866,257
152,677,701
155,567,701
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
37,862,600
38,069,400
38,806,300
過少申告加算税の額
73,000
平成
年
月期
年月日
平成28 年5 月27 日
平成30 年5 月8 日
平成30 年9 月11 日
平成30 年8 月2 日
令和元年5 月30 日
所得金額
142,506,381
142,870,081
142,867,581
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
33,320,900
33,407,900
33,407,200
過少申告加算税の額
8,000
注：「納付すべき税額」欄の△印は、所得税額等の還付金額を示す。
別表５
本件復興特別法人税更正処分及び本件復興特別法人税賦課決定処分の経過
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
審査請求
裁決
平成
年
月課税事業年度
年月日
平成26年5月29日
平成30年3月14日
平成30年5月8日
平成30年8月2日
令和元年5月30日
課税標準法人税額
6,741,000
7,382,000
8,958,000
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
673,500
737,600
895,200
過少申告加算税の額
15,000
別表６
本件地方法人税更正処分の経過
（単位：円）
区分
項目
確定申告
更正処分
審査請求
裁決
平成
年
月課税事業年度
年月日
平成2 8 年5 月2 7 日
平成3 0 年5 月8 日
平成3 0 年8 月2 日
令和元年5 月3 0 日
課税標準法人税額
33,346,000
33,433,000
全部の取消し
棄却
納付すべき税額
1,467,200
1,471,000
別紙３、別表１～３省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13521.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。