税務訴訟資料第２７１号－４７（順号１３５４９）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（東税務署長）
令和３年４月１４日認容・確定
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、令和２年３月１１日判決、本資料２７０号－３４・順号１３３９４）
判決
控訴人（原審被告）国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁東税務署長
田中卓
同訴訟代理人弁護士島崎伸夫
同指定代理人諸岡慎介
同田口敏也
同竹内新
同川野英彦
同能登谷宣仁
同角木渉
同伊藤芳樹
同石田嘉男
同加藤正人
同岡本和宏
同長西研太
同中島佳孝
同上之原誠
同今田勝也
被控訴人（原審原告）Ｅ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士太田洋
同弘中聡浩
同伊藤剛志
同廣田雄一郎
同野田昌毅
同若林元伸
同河野良介
同園浦卓
同中村真由子
同佐藤英典
同沖野文俊
同石井貴大
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決中、控訴人敗訴部分をいずれも取り消す。
２ 上記の部分につき、被控訴人の請求をいずれも棄却する。
第２ 事案の概要等（以下、略語等は、原判決別紙１にあるものも含め、原則として原判決の表記に従う。）
１ 医薬品の製造、販売等を業とする内国法人である被控訴人は、米国所在の法人であるＩ（Ｉ）との間で、医薬品用化合物の共同開発等を行うジョイントベンチャー（本件ＪＶ）を形成する契約を締結し、同契約に基づき、英国領ケイマン諸島（ケイマン）の特例有限責任パートナーシップ法（ＥＬＰＳ法）による特例有限責任パートナーシップであるＦ（Ｆ）を設立し、そのパートナーシップ持分を保有していたが、その後の本件ＪＶの枠組みの変更に伴い、平成２４年１０月３１日、上記Ｆのパートナーシップ持分全部を被控訴人の英国完全子会社であるＬ（Ｌ）に対し、現物出資（本件現物出資）により移転した。
被控訴人は、本件現物出資が法人税法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）２条１２号の１４に規定する適格現物出資に該当し、同法６２条の４第１項の規定によりその譲渡益の計上が繰り延べられるとして、平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度及び課税事業年度（平成２５年３月期）の法人税及び復興特別法人税（法人税等）につき確定申告をし、同確定申告に係る繰越欠損金の額を前提として、平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度及び課税事業年度（平成２６年３月期）の法人税等につき確定申告をしたところ、東税務署長から本件現物出資が適格現物出資に該当しないことなどを理由に平成２５年３月期の法人税等につき各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため、平成２６年３月期の法人税等について、上記各更正処分による繰越欠損金の額の減少等を前提に修正申告をした上で更正の請求をしたが、東税務署長から更正をすべき理由がない旨の各通知処分を受けた。
本件は、被控訴人が、本件現物出資は、法人税法施行令（平成２８年政令第１４６号による改正前のもの）（施行令）４条の３第９項に規定する「国内にある事業所に属する資産」を外国法人に移転するものではなく、適格現物出資に該当すると主張して、上記各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、その後の更正処分及び変更決定処分による減額後のもの）（本件各更正処分等）並びに上記各通知処分（本件各通知処分）の各取消し（本件各更正処分等については、本件現物出資が適格現物出資に該当するとの被控訴人の主張に反する部分の取消し）を求める事案である。
２ 原審は、本件現物出資の対象財産は、「国内にある事業所に属する資産」には該当せず、本件現物出資は、適格現物出資に該当するものと認められるとし、本件各更正処分等の取消しを求める被控訴人の請求は、法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち過少申告加算税の額が１９万１０００円を超えない部分（適格現物出資該当性とは無関係な本税増額部分に対応する部分）の取消しを求める部分を除いて、いずれも理由があり、また、本件各通知処分の取消しを求める被控訴人の請求も理由があるとして、被控訴人の請求を上記部分を除く限度でいずれも認容する判決（原判決）をしたところ、控訴人が、これを不服として、本件控訴を提起した。
３ 関係法令等の定め及び前提事実並びに争点及び当事者の主張は、次項に当審において当事者が敷衍した主張を加えるほかは、原判決の「事実及び理由」の「第２事案の概要」の「１関係法令等の定め」、「２前提事実」、「３争点」及び「４争点に関する当事者の主張の概要」のとおりであるから、これを引用する（なお、原判決中に「別紙２－１」、「別紙２－２」、「別紙２－３」、「別紙２－４」、「別紙３－１及び４－１」及び「別紙３－２及び４－２」とあるのを、いずれも「原判決別紙２－１」、「原判決別紙２－２」、「原判決別紙２－３」、「原判決別紙２－４」、「原判決別紙３－１及び４－１」及び「原判決別紙３－２及び４－２」と読み替える。）。
４ 当審において当事者が敷衍した主張（争点（１）（本件現物出資が適格現物出資に該当するか否か）について）
（控訴人の主張）
（１）本件現物出資の対象資産
ア ＥＬＰＳ法、Ｆや各パートナーの権利義務等に関する有限責任パートナーシップ契約（本件パートナーシップ契約）及び本件現物出資に係る契約（本件現物出資契約）の各定めによれば、本件現物出資の対象資産が、被控訴人の保有するＦのパートナーシップ持分（本件Ｆ持分）自体であることは明らかであり、この点については、原判決も同旨の判示をしている。
イ すなわち、現物出資は出資対象である資産の譲渡であり、法人税法２２条２項及び３項は、実現した所得に担税力を見出して課税するという課税原則に即して、譲渡時における資産の価値の増加益（キャピタル・ゲイン）に課税することを定めたものである。ここで、資産とは、譲渡性のある財産権を全て含み、動産・不動産はもとより、借地権、無体財産権等の各種権利や法的地位などを広く含むものであると解されており、資産には、複数の権利義務を有する一定の法的地位のように、複数の要素から構成され、相互に分離独立することがなく不可分なものとなっているものもあるところ、１個の不可分な資産の価値は、当該資産の全要素が一体となって形成されるものである。したがって、資産の譲渡による収益は、当該資産の全要素から形成される価値全体が具現化したものであって、当該資産のうちの特定の要素・部分から生じていると見ることはできず、例えば、いわゆる営業権やノウハウなどと呼ばれる無形資産の譲渡による収益は、当該無形資産の基となる様々な要素のうち特定の要素の価値（の増加）から生じるものではない。このように、１個の不可分な資産の譲渡から生じる収益は、当該資産の全要素から形成される全体的な価値から生じるものであって、資産の譲渡益課税においては、このような資産の全体的価値（の増加益）が担税力の根拠となっている。
そして、ＥＬＰＳ法上、「パートナーシップ持分」とは、特例有限責任パートナーシップのパートナーが、パートナーシップ契約又はＥＬＰＳ法に基づき保有し又は服する、利益、資本及び議決権その他権利、恩恵又は義務に関する持分をいうとされ、ＬＰ（有限責任パートナー）のパートナーシップ持分の全部又は一部が譲渡されたときは、その譲受人は、当該持分に関して譲渡人の権利義務を承継したＬＰになるとされているほか、ＬＰは、自己のパートナーシップ持分の全部又は一部を譲渡抵当に入れることができるとされている。また、本件パートナーシップ契約においても、他のパートナーの同意があれば、ＬＰのパートナーシップ持分につき売却、質入れ、担保権の設定その他の移転が可能であるとされていた。したがって、本件Ｆ持分は、それ自体が財産的価値を有し、かつ、譲渡可能な資産であることが明らかである。
（２）本件Ｆ持分が被控訴人の「国内にある事業所に属する資産」に該当すること
ア ＥＬＰＳ法上、「パートナーシップ持分」とは、特例有限責任パートナーシップのパートナーが、パートナーシップ契約又はＥＬＰＳ法に基づき保有し又は服する、利益、資本及び議決権その他権利、恩恵又は義務に関する持分をいうとされ、ＬＰのパートナーシップ持分の全部又は一部が譲渡されたときは、その譲受人は、当該持分に関して譲渡人の権利義務を承継したＬＰになるとされている。また、本件パートナーシップ契約によれば、ＬＰである被控訴人は、本件Ｆ持分を保有することで、ＬＰたる地位に基づき、Ｆに係る各種の権利義務を有していたといえる。
したがって、本件Ｆ持分は、ＦのＬＰたる地位に基づく各種権利義務の総体であり、それらは不可分一体のものであるから、このような本件Ｆ持分の資産としての本質（性質）に鑑みれば、その管理が行われていた事業所は、そこに包含される個別の権利（利益の分配を受ける権利等）や事業用財産（の共有持分権）ではなく、各種権利義務の総体たるＬＰとしての法的地位を管理していた事業所がどこかという視点で判断されなければならない。
また、施行令４条の３第９項が定められた趣旨は、国内にある資産の含み益に対する課税を確保することにあるから、本件Ｆ持分の「属する」事業所は、本件Ｆ持分という１個の不可欠な資産の担税力の根拠となる全体的価値が「属する」事業所でなければならない。そして、本件Ｆ持分の財産的価値の所在（担税力の所在）は、同持分を保有することにより利益の分配及び資本勘定からの払戻しを受けられる地位そのものにあったというべきであるから、本件Ｆ持分がいずれの事業所に「属する」かについては、被控訴人が保有する本件Ｆ持分という１個の法的地位について経常的な管理を行っている事業所がどこかという視点で判断すべきである。
イ ある資産が国内にある事業所において経常的に管理されている場合、当該事業所に備え付けられた帳簿に記載されているのが通常であるところ、本件Ｆ持分のような各種権利義務の総体である法的地位は、何かに記録されなければ管理を行うことはできないから、当該事業所の帳簿に記載することが正に当該法的地位を管理することになるのであって、本件Ｆ持分については、その取得から本件現物出資に基づく喪失に至るまでの間、被控訴人本社の有価証券台帳に投資有価証券として記載されていたから、被控訴人本社が経常的に管理していたことは明らかである。
このことは、①本件Ｆ持分の取得及び処分に係る法律行為について、国内にある被控訴人本社において意思決定が行われていたこと、②Ｆの事業に生じた利益を受けるのは被控訴人であり、かつ、その配賦が行われた利益を記帳等によって管理するのは被控訴人本社であること、③被控訴人が行った各出資についても、被控訴人本社で意思決定が行われていた上、その拠出金は、被控訴人本社経理財務事業部により、国内にある銀行の被控訴人名義の当座預金口座からＦ名義の預金口座に送金されるなどし、その内容は、随時、被控訴人本社の経理財務部が管理する上記有価証券台帳に記載されていたこと、④本件Ｆ持分の保有等に伴うリスクを負担・処理する権限を有していたのは、国内にある被控訴人本社であることなどの本件Ｆ持分に係る事実関係からも明らかである。
（３）小括
以上によれば、本件現物出資の対象資産である本件Ｆ持分は、被控訴人の「国内にある事業所に属する資産」に該当するから、本件現物出資は適格現物出資に当たらない。
（４）原判決は施行令４条の３第９項の適用を誤ったものであること
ア 原判決は、本件Ｆ持分を一つの不可分な資産と捉えながら、本件Ｆ持分の価値の包含される事業用財産を管理する個々の事業所をもって同持分を管理する事業所であると判断しているが、各種権利義務の総体である法的地位が全体として不可分な財産的価値を有しているという本件Ｆ持分の資産としての本質に鑑みれば、これを管理する事業所は、本件Ｆ持分の価値に包含される個別の権利や事業用資産を管理する個々の事業所ではなく、同持分の法的地位そのもの（全体）を管理する事業所であるというべきである。仮に、原判決のように、本件Ｆ持分の「価値の源泉」に着目するとしても、その財産的価値の源泉は、その構成要素である個別の権利義務の総体としての資産であり、利益の分配及び資本勘定からの払戻しを受けられるＬＰの契約上の地位そのものにあるというべきであって、本件Ｆ持分を構成する個別の権利や事業用財産の共有持分権にあるわけではない。
原判決は、Ｆの事業用財産のうち、現金、知的財産のライセンス及び治験データが「主要なもの」であるとしているようであるが、なぜこれらが「主要なもの」といえるのかの理由は不明である。また、「主要な」事業用財産が我が国を含む複数国にある事業所でそれぞれ経常的に管理されている場合には、経常的な管理をする事務所を特定することはできないから、「主要な」事業用財産を管理する個々の事業所をもって本件Ｆ持分を管理する事業所と判断するのは誤りである。更に言えば、「主要な」財産とまではいえなくとも、我が国の課税権確保の観点から無視できない程度の価値を有する財産が我が国にある事業所において経常的に管理されていた場合にも、本件Ｆ持分の含み益に対し我が国において課税できない結果を招く上記原判決の解釈は、我が国の課税権確保を目的とする施行令４条の３第９項の趣旨からも到底採り得ない。
イ また、Ｆの事業用財産には、現金、知的財産のライセンス及び治験データのように個別に特定される資産のほか、例えば、営業権やノウハウなどの個別に特定し得ない超過収益力となる無形資産もあるところ、その経常的な管理は、その価値を包含する本件Ｆ持分そのものを経常的に管理する事業所において管理されていたものと判断するべきであるところ、これは、被控訴人本社において経常的に管理されていたといえるから、Ｆの事業用財産のうち主要なものの経常的な管理がＩ／Ｊ側が米国その他の我が国以外の地域に有する事業所において行われていたとする原判決は誤りである。
ウ さらに、ＬＰは、Ｆの事業活動に関して極めて限られた権限を有するに過ぎず、ＬＰである被控訴人が、Ｉ／Ｊ側が米国その他の我が国以外の地域に有する事業所において実際にＦの事業活動を行うことはあり得ないから、同事業所が同事業活動を行う被控訴人の事業所であったということはできない。
（被控訴人の主張）
（１）本件現物出資の対象資産
ア 本件現物出資の対象財産は、Ｆの事業用資産（に対する被控訴人の有する持分割合相当の持分権）であり、適格現物出資該当性の有無を判断するに当たっては、Ｆの事業用財産を経常的に管理する事業所を検討しなければならない。
この点について、原判決は、本件現物出資の対象資産を本件Ｆ持分であると判示しているところ、これについては、当該持分自体をもって抽象的に捉えるのではなく、その内実である事業用財産の共有持分及び契約上の地位を不可分一体とした上で、本件Ｆ持分の経常的な管理が行われていた事業所の判断に当たっては、Ｆの事業用財産という個別の財産を経常的に管理していた事業所に着目すべきことを正当に認識したものであり、極めて妥当である。
イ この点について、控訴人は、本件においてＦ持分を１個の法的地位として捉えた上で、その１個の法的地位が譲渡可能な１つの資産であり、当該１個の法的地位を管理していた事業所を判断すべきであると主張する。これは、ＬＰとしての法的地位を、株式会社における株式や法人に対する出資持分と同様の資産と取り扱うべきとするものである。しかしながら、このような控訴人の主張は、我が国の租税法令の基本的な考え方に反するものである。すなわち、「任意組合等」は、「法人」とは異なり、出資者から独立した権利義務の帰属主体とはならず、「法人」である事業体への出資と「任意組合等」である事業体への出資とでは、その私法上の法的性質は全く異なっており、租税法令上も異なった取扱いを受けているのであり、控訴人の主張は、この基本的な立場を、無視するものである。
ウ また、控訴人は、ＥＬＰＳ法の規定や本件パートナーシップ契約の規定を指摘して「他のパートナーの同意があれば、ＬＰのパートナーシップ持分につき、売却、質入れ、担保権の設定その他の移転が可能であるとされていた」として、本件Ｆ持分自体が財産的価値を有し、譲渡可能な資産であったと主張する。
しかし、ＥＬＰＳ法の条文は、持分を証券取引所に上場するなど持分が譲渡性を有するパートナーシップもあり得るとの前提に立ってその取扱いについて規定したものであって、本件におけるＦのようなパートナーシップには関係がない。実際、本件パートナーシップ契約においては、Ｆについては、ＬＰ持分の譲渡につき全てのパートナー同意が必要と規定されているが、これは、民法上の任意組合においても組合契約で別段の定めがある場合に限り譲渡が可能であることと同様である。したがって、これらの規定は、本件Ｆ持分を株式同様の資産として取り扱うべき理由とはならない。
エ さらに、控訴人は、個々の事業用資産の客観的価値を上回る無形資産があることから、Ｆ持分を株式同様の１個の資産と取り扱うべきであるかのように主張する。
しかし、個々の事業用資産の客観的価値を上回る無形資産が生じる現象は、事業の移転の場合、すなわち、一定の事業目的のため組織化され有機的一体として機能する財産を移転する場合には、常に生じ得る現象であり、任意組合等の出資持分を株式同様の資産と取り扱う根拠となるものではない。
（２）本件Ｆ持分が被控訴人の「国内にある事業所に属する資産」に該当しないこと
ア 原判決は、本件Ｆ持分の「経常的な管理が行われていた事業所」を「Ｆの事業用財産、中でもその主要なものの経常的な管理が行われていた事業所」の場所によって判断するとしているところ、これは、移転されたＦの事業用資産を経常的に管理することにより、その価値を創造・増大させた事業所に着目し、当該事業所が本件Ｆ持分の属する事業所となるというものであって、国内資産の含み益に対する我が国の課税権の適切な行使を図った施行令４条の３第９項の立法趣旨に沿うものであり、また、国際租税法における一般的な課税権の分配ルールである源泉地管轄の理念にも合致するものである。原判決は、本件Ｆ持分の経常的な管理をしていた事業所の認定について、Ｆの事業用財産の総体を一つの財産とした上で同財産の「経常的な管理」の有無を判定することとしているところ、これは、組合形態で営む事業体の特性を正しく認識し、そのような事業体の実態を踏まえた適切な課税準則を示すものとして、正当である。
そして、Ｆは、本件ＪＶにおいて治験（臨床試験）を実施することが相当であるとＪＳＣ（ＪｏｉｎｔＳｔｅｅｒｉｎｇＣｏｍｍｉｔｔｅｅ）が判断する新薬候補の化合物について、被控訴人又はＩ／ＪからＪＶテリトリー（米国、英国、フランス、ドイツ、イタリア、スペイン）において開発・製造・販売する独占的権利のライセンスを受け、新薬を開発する事業を営んでいたものであり、新薬開発の「経常的な管理」をしていた事業所こそが、Ｆの事業用財産の価値を創出・増大させ、ひいては本件Ｆ持分の含み益も生じたものであるところ、本件では、このような「経常的な管理」は、日本国外の事業所で行われていたものである。
イ この点について、控訴人は、本件Ｆ持分は、その取得から本件現物出資に至るまでの間、被控訴人本社の経理財産部が管理する有価証券台帳に投資有価証券として記載されていたから、被控訴人本社が経常的に管理していたなどと主張する。
しかし、そもそも本件Ｆ持分を株式会社における株式と同様の資産と取り扱うことが誤りであることは、前記（１）のとおりであり、また、任意組合等の出資持分の記帳は単なる「過去の投資の記録（歴史的原価）」であるから、任意組合等の出資持分を現物出資した場面において出資持分自体の記帳や経常的な管理を検討することは、施行令４条の３第９項の趣旨に反するものである。
資産又は負債が「属する」事業所とは、当該資産又は負債の法的な帰属主体ではなく、当該資産又は負債の経常的な管理をしていた事業所を意味するのであり、共有持分権ないし「Ｆ持分権」といった抽象的な権利に対する「管理」は観念できない。Ｆの個々の事業用財産の共有持分権、あるいは控訴人の主張するところの本件Ｆ持分について、それらを「管理」していた事業所を検討すべきとする控訴人の主張は、誤りである。また、Ｆ持分の記帳の場所等によって「属する事業所」を判断しようとする控訴人の主張は、海外支店の現地法人化の場面と国外の組合事業の現物出資の場面とで合理的理由なく判断基準を変えるものであり、不合理である。
さらに、控訴人は、本件Ｆ持分の財産的価値の源泉は、その構成要素である個別の権利等の総体としての資産であり、利益の分配及び資本勘定からの払戻しを受けられるＬＰとしての契約上の地位そのものにあるなどと主張し、本件Ｆ持分自体の記帳や経常的な管理をしていた事業所をもって本件Ｆ持分が属していた事業所を判定すべきとするが、本件においては、新薬の開発こそが目的であり、Ｆのパートナーたる地位は、その目的を実現するための手段に過ぎないのであり、本件の事実関係に鑑みれば、本件Ｆ持分の価値が増大し、その含み益が創出された場所は、本件Ｆ持分自体の記帳や経常的な管理をしていた事業所ではあり得ないことが明らかである。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、本件各更正処分等の取消しを求める被控訴人の請求は、法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち過少申告加算税の額が１９万１０００円を超えない部分の取消しを求める部分を除いて、いずれも理由があり、また、本件各通知処分の取消しを求める被控訴人の請求も理由があると判断する。その理由は、次項において当審において当事者が敷衍した主張に対する判断を加えるほかは、原判決の「事実及び理由」の「第３当裁判所の判断」の「１」から「３」までのとおりであるから、これを引用する（なお、原判決中に「別紙５－１～５－４」とあるのを「原判決別紙５－１～５－４」と読み替える。）。
２ 当審において当事者が敷衍した主張について
（１）本件現物出資の対象資産について
ア 本件現物出資の対象資産が本件Ｆ持分であることは、前記引用に係る原判決に判示のとおりである。控訴人も、本件現物出資の対象資産は、本件Ｆ持分自体であると主張するが、控訴人が、本件Ｆ持分は、それ自体が財産的価値を有し、かつ、譲渡可能な資産であることが明らかである、ＦのＬＰたる地位に基づく各種権利義務の総体であるなどと主張していることからすると、控訴人のいう「本件Ｆ持分自体」とは、被控訴人のＦのＬＰとして有する本件パートナーシップ契約上の法的地位ないしそれに基づく各種権利義務の総体を指し、これをＦの事業用資産とは別個の１個の独立した資産であると捉えるものと解される。
イ しかしながら、前記引用に係る原判決判示のとおり、Ｆは我が国の民法上の組合に類似した法人格のない事業体であり、我が国の租税法あるいは私法において、そのような事業体の構成員としての地位、すなわち、本件パートナーシップ契約に基づいて生ずる法的地位について、あたかも株式会社において会社の事業用財産とは別個の財産として観念される株式のように、これを事業体の事業用財産とは別個の財産と捉え、事業用財産とは独立に譲渡することのできる財産として扱うことを明確に規定した法的根拠は見当たらない。また、ＥＬＰＳ法には、パートナーシップ持分が譲渡可能なことを前提とする規定がある（７項（７）（ａ））が、これも「パートナーシップ契約の条件に従い」譲渡された場合についての規定であり、個々のパートナーシップ契約の定めによらずとも、一般的にパートナーシップ持分の譲渡をすることができることを規定しているとは解されず、パートナーシップ契約に基づくパートナーとしての契約上の地位のみが事業用財産とは独立に譲渡の対象となるとする趣旨と解することもできない。もっとも、ＥＬＰＳ法は、個々のパートナーシップ契約の定めによって当該パートナーシップ契約に基づく契約上の地位を独立に譲渡することができるとすることまでを否定するものではないと解される。そこで、本件パートナーシップ契約をみると、これは、被控訴人、Ｉ、Ｇ等が当事者となって締結されたものであるが、ＬＰのパートナーシップ持分を関連者に移転等する場合には、ＧＰ（無限責任パートナー）の同意及び他のパートナーの同意が必要とされている（条項７．２（ａ）（ｂ）ｉｉｉ）。そして、Ｆが、医薬品用化合物の共同開発等を行う本件ＪＶ契約に基づいて設立されたものであり、本件ＪＶの目的である医薬用化合物の共同開発を実行するために設立されたものであることからすると、本件パートナーシップ契約において、Ｆの事業の用に供する事業用財産とは独立にパートナーとしての契約上の地位ないしそれに基づく権利義務の総体を観念し、それに独立の財産的価値を見出すことを想定していたものとみることはできず、上記のようにパートナーシップ持分の移転にＧＰ等の同意が必要とされている基底には、このような考え方があるとみることができる。このような点に鑑みると、本件パートナーシップ契約は、これに基づくパートナーとしての契約上の地位を、Ｆにおいて営む事業の用に供する事業用財産とは独立に譲渡することができる財産であるとする趣旨のものとは解されない。
むしろ、Ｆのパートナーは、本件パートナーシップ契約の内容をなす種々の合意によって、法人格のない事業体であるＦの事業用財産全体、すなわち、その事業に供される有形・無形の財産全体について、出資割合に応じた共有持分（準共有持分を含む。）類似の持分（以下、これを単に「共有持分」という。）を保有することとなっており、本件パートナーシップ契約における契約上の地位とは、パートナーがしたそのような合意の総体を示す概念であって、本件パートナーシップ契約においては、これをＦの事業用財産と別個の財産として観念することはできないというべきである。この意味において、本件パートナーシップ契約における契約上の地位は事業用財産と不可分に結合されたものというべきである。
そうすると、Ｆのパートナーとしての地位ないしそれに基づく各種権利義務の総体を事業用財産とは別個の独立した資産と捉えることは相当でない。そして、本件Ｆ持分とは、パートナーがこのような意味における契約上の地位に基づいて保有する事業用財産の共有持分をその実質とするものであって、本件Ｆ持分が移転する場合には、本件パートナーシップ契約上のパートナーとしての契約上の地位とともに、これにより保有されるＦの事業用財産全体についての共有持分が移転するということができるから、法人税の課税の場面において捉えられる本件現物出資の対象資産も、Ｆの事業用財産の共有持分とＬＰとしての契約上の地位とが不可分に結合されたものというべきである。原判決において本件現物出資の対象資産を「本件Ｆ持分」であると判示しているのも、これと同旨をいうものであると解される。
したがって、控訴人の上記主張は採用できない。
（２）本件現物出資の対象資産の経常的な管理が行われていた事業所が国内にある事業所に当たるか否かについて
ア 控訴人は、本件Ｆ持分は、ＦのＬＰたる地位に基づく各種権利義務の総体であり、それらは不可分一体のものであるから、その管理が行われていた事業所は、そこに包含される個別の権利や事業資産ではなく、各種権利義務の総体たるＬＰとしての法的地位を管理していた事業所がどこかという視点で判断されなければならず、本件Ｆ持分がいずれの事業所に「属する」かについては、被控訴人が保有する本件Ｆ持分という１個の法的地位について経常的な管理を行っている事業所がどこかという視点で判断すべきであり、具体的には、本件Ｆ持分については、その取得から本件現物出資に基づく喪失に至るまでの間、被控訴人本社の有価証券台帳に投資有価証券として記載されていたから、被控訴人本社が経常的に管理していたことは明らかであると主張する。
イ 上記アの控訴人の主張のうち、本件Ｆ持分が、ＦのＬＰたる地位に基づく各種権利義務の総体であり、それらは不可分一体のものであるとする部分は、前記（１）のとおり、採用できないものであるが、その余の主張に鑑み、本件Ｆ持分の経常的な管理が行われていた事業所が国内の事業所であるかについて検討する。
（ア）本件Ｆ持分は、前記（１）のとおり、Ｆの事業用財産の共有持分とＬＰとしての契約上の地位とが不可分に結合された資産であるところ、これを１個の資産とみてその管理が行われていた事業所を特定するのが相当であることは、前記引用に係る原判決の判示するとおりである。
そして、前記（１）のとおり、本件Ｆ持分は、本件パートナーシップ契約における契約上の地位に基づいて保有される事業用財産の共有持分を実質とするものであるというべきであるから、その管理が行われていた事業所とは、Ｆの事業用財産の管理が行われていた事業所であると解するのが相当であり、この事業所が本件Ｆ持分の属する事業所であることとなる。
（イ）そこで、Ｆの事業についてみると、前記引用に係る原判決判示のとおり、Ｆは、医薬品用化合物の共同開発等を行う本件ＪＶ契約に基づき設立されたもので、各パートナーからの出資金をＨ（Ｈ）に提供し、Ｈが、本件運営契約に従い、Ｆの委託を受けてＪＶテリトリー内で特定化合物を開発するものとされていたのであるから、Ｆの事業は、医薬品用化合物の開発及びそれに関連するものを主な内容とするものであったということができる。そして、前記引用に係る原判決判示のとおり、Ｈは、最高執行機関の統治機関である執行委員会の事前同意を得て、開発業務受託機関との間で特定化合物に係る実際の開発活動に関する契約を締結することができるとされていたのであり、Ｆは、その事業を、Ｈやその受託機関を活用して特定化合物の開発をさせるという方法によって遂行していたものであり、ＦないしＨ自体が独自の事業所を有していたとは認められない。他方で、前記引用に係る原判決判示のとおり、Ｆの事業用財産は、①各パートナーからの出資に由来する現金、②被控訴人及びＩ／Ｊから提供された知的財産のライセンス、③新薬向けの化合物についての開発活動によって得られた治験データ等の無形資産、④Ｈへの出資等で構成されており、これらがＦの事業に供されていたところ、これらの事業用財産は、いずれもＩ／Ｊ側が米国その他の我が国以外の地域に有する事業所において経常的に管理されていたと認められる。そうすると、これらの事業用財産の経常的な管理をしていた事業所は、米国その他の我が国以外の地域に所在していたということができ、Ｆの事業用財産の経常的な管理が我が国に所在する事業所において行われていたとは認められない。
（ウ）したがって、本件Ｆ持分の経常的な管理が行われていた事業所が国内の事業所であるということはできない。
なお、原判決は、Ｆのパートナーシップ持分の価値の源泉はＦの事業用財産の共有持分にあるということができ、また、Ｆの事業用財産の共有持分とパートナーとしての契約上の地位との関係は、前者を主とする主物と従たる権利義務との関係に類似する関係にあるものと捉えることが可能であるから、本件Ｆ持分を１個の資産とみた場合のその経常的な管理が行われていた事業所は、Ｆの事業用財産、中でもその主要なものの経常的な管理が行われていた事業所とみるのが相当であるとするところ、その判示するところは、前記（１）及び上記（イ）に判示したところと実質的に異ならないものと解される。
ウ これに対し、控訴人は、本件Ｆ持分については、その取得から本件現物出資に基づく喪失に至るまでの間、被控訴人本社の有価証券台帳に投資有価証券として記載されていたから、被控訴人本社が経常的に管理していたことは明らかであると主張する。そして、被控訴人本社の有価証券台帳（乙１３）には、投資有価証券の勘定科目で、「Ｆ（Ｆ）」との「銘柄名」の下に、被控訴人のＦへの出資、追加出資やＬに対する現物出資の記帳がある。
しかし、前記判示のとおり、本件Ｆ持分をＦの事業用財産の共有持分とＬＰとしての契約上の地位とが不可分に結合された１個の資産と捉えれば、上記の記帳は、被控訴人によるＦへの出資があったことや本件Ｆ持分を現物出資した結果を経理的に記録したに過ぎないものであって、事業用財産の経常的な管理を行っていたということはできず、本件Ｆ持分の管理を行っていたものということはできない。
エ また、控訴人は、原判決が本件Ｆ持分を一つの不可分な資産と捉えながら、本件Ｆ持分の価値に包含される事業用財産を管理する個々の事業所をもって同持分を管理する事業所であると判断しているのは不当である旨主張する。
しかし、原判決も、当審における前記の判断においても、Ｆの事業用財産全体に対する共有持分をもって本件Ｆの実質であるとするものであって、この事業用財産は、個々の財産の集合体である。そして、事業用財産の管理を行っていた事業所を認定するに当たっては、これを構成する個々の財産の管理に着目することは当然であって、その管理の状況から総体としての事業用財産の管理を行っていた事業所を認定することは、本件Ｆ持分を一つの資産と捉えることと何ら矛盾するものではないから、上記主張は正鵠を射ないものである。
オ 原判決は、Ｆの事業用財産のうち主要なものの経常的な管理が行われていた事業所をもって本件Ｆ持分の経常的な管理が行われていた事務所とみるのが相当である旨判示するところ、控訴人は、Ｆの事業用財産のうち、なぜ、現金、知的財産のライセンス及び治験データが「主要なもの」であるといえるのかの理由は不明である、「主要な」財産とまではいえなくとも、我が国の課税権確保の観点から無視できない程度の価値を有する財産が我が国にある事業所において経常的に管理されていた場合にも、本件Ｆ持分の含み益に対し我が国において課税できない結果を招く原判決の解釈は、我が国の課税権確保を目的とする施行令４条の３第９項の趣旨からも到底採り得ないなどとも主張する。Ｆの事業用財産を構成する個々の財産ついて、財産によって異なる複数の事業所において管理が行われているような場合には、事業用財産が全体としてＦの事業に供されるものであることを考慮すれば、その事業に最も主要な寄与をしている財産の経常的な管理が行われている事業所をもって、事業用財産全体の管理を行っている事業所であると解することが合理的であり、上記の原判決の判示もこれと同旨と解される。そして、Ｆの事業が新薬である特定化合物の開発であることに照らせば、原判決が主要な財産として上記財産を挙げたことも首肯できるところである。
もっとも、本件においては、Ｆの事業用財産の管理を行っていた事業所が国内にあると認められるか否かが争点であって、必ずしもいずれの事業所においてその管理を行っていたかを認定することまでを要するものではない。そして、仮に原判決が挙示する事業用財産がＦの事業に最も主要な寄与をしている財産であるかが不明であったとしても、Ｆの事業用財産を構成する財産の一部が国内にある事業所において経常的に管理されていたこと、さらにその財産がＦの事業に最も主要な寄与をしているものであることについてこれを認めるに足りる証拠はないのであって、控訴人の上記主張は前記イの判断を左右するものではない。
また、我が国の課税権の確保の主張については、租税法規の解釈の域を超えるものであって、相当でない。
カ 控訴人は、営業権やノウハウなどの個別に特定し得ない超過収益力となる無形資産についても、Ｆの「主要な」事業用資産として挙げられるが、これらは、その価値を包含する本件Ｆ持分そのものを経常的に管理する事業所において管理されていたものと判断せざるを得ず、それは被控訴人本社において経常的に管理されていたといえるから、Ｆの事業用財産のうち主要なものは、被控訴人の国内にある事業所にも属すると主張する。しかしながら、Ｆの事業用財産として営業権やノウハウが存在することは否定し得ないとしても、それらの性質に照らせば、それらの経常的な管理は、Ｆの他の事業用財産を用いて事業を行う事業所においてされていたというのが相当であって、そのような営業権やノウハウなどの無形財産が、Ｆの事業を離れて、出資元である控訴人の事業所において経常的に管理されていたと解することは困難である。
なお、控訴人は、原判決が、Ｆの事業用財産の経常的な管理は、Ｆの事業活動の一部であり、それを行う事業所がＦの事業所に当たることは明らかであるから、Ｆのパートナーであった被控訴人にとっても、当該事業所はＦの事業活動を行う被控訴人の事業所であったということができると判示したことについて、被控訴人は、自己の名義による国外における支店・営業所等を有していないのであり、また、本件パートナーシップ契約においては、ＬＰは、Ｆの事業活動に関して極めて限られた権限を有するに過ぎないから、被控訴人が行う「Ｆの事業活動」を観念することは誤りであるなどと主張する。しかし、原判決の上記判示は、Ｆの事業用財産の経常的な管理をＦの事業活動の一部と捉えた上で、Ｆのパートナーとして事業用財産の共有持分を有する被控訴人についても、Ｆの事業活動としてその経常的な管理を行うものとし、Ｆの事業所が被控訴人にとっても事業所であったということができるとしたものであって、Ｉ／Ｊ側が米国その他の我が国以外の地域に有する事業所において、被控訴人自らが実際にＦの事業である特定化合物の開発の活動を行うことを意味するものではないと解されるから、控訴人の上記主張は当たらない。
第４ 結論
以上によれば、その余について判断するまでもなく、本件更正処分等の取消しを求める被控訴人の請求は、法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち過少申告加算税の額が１９万１０００円を超えない部分（適格現物出資該当性とは無関係な本税増額部分に対応する部分）の取消しを求める部分を除いて、いずれも理由があり、また、本件各通知処分の取消しを求める被控訴人の請求も理由があるから、被控訴人の請求を上記の限度で認容すべきところ、これと同旨の原判決は相当であるから、本件控訴を棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第２２民事部
裁判長裁判官 白井幸夫
裁判官 中山典子
裁判官 澤村智子
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13549.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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