税務訴訟資料第２７１号－５２（順号１３５５４）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号過誤納金返還請求事件
国側当事者・国（本郷税務署長）
令和３年４月２２日却下・確定
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁本郷税務署長
横矢寿彦
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 本件訴えを却下する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 本郷税務署長が平成３０年９月２６日付けで原告に対してした平成２７年３月１日から平成２８年２月２９日までの事業年度の法人税に係る更正の請求に理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 本郷税務署長が平成３０年１２月２５日付けで原告に対してした平成２７年３月１日から平成２８年２月２９日までの課税事業年度の地方法人税に係る更正の請求に理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告が、平成２７年３月１日から平成２８年２月２９日までの事業年度又は課税事業年度（併せて以下「本件事業年度」という。）に係る法人税及び地方法人税（併せて以下「法人税等」という。）の納税申告について、更正の請求（以下、法人税に係るものを「本件更正請求１」、地方法人税に係るものを「本件更正請求２」といい、両者を併せて「本件各更正請求」という。）をしたところ、本郷税務署長（処分行政庁）から、本件更正請求１について更正すべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分１」という。）を受け、次いで、本件更正処分２について更正すべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分２」といい、本件通知処分１と併せて「本件各通知処分」という。）を受けたため、被告を相手に、本件各通知処分の取消しを求める事案である。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記証拠〔書証は特記しない限り枝番を含む。以下同じ。〕及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者等
ア 原告は、飲食業、不動産の賃貸借及びその管理等の事業を行うことを目的とする特例有限会社である。なお、原告は、平成２８年１２月１日、その商号を「有限会社Ｂ」から現商号に変更した。（甲１７、乙４）
イ 乙（以下「乙」という。）は、平成１３年１０月２日から平成１５年６月１２日まで原告の代表取締役を務めていた者であり、その妻である甲（以下「甲」という。）は、同月１８日以降現在に至るまで原告の代表取締役を務めている者である（乙４）。
（２）本件抵当権の設定等
ア 乙は、平成２７年１月２７日当時、原告に対し、以下の貸金債権（以下「本件貸金債権」といい、これに対応する原告の債務を「本件貸金債務」という。）を有していた（甲１、乙５）。
（ア）元金１５００万円
（イ）弁済期平成２６年１２月３１日
（ウ）利息無利息
（エ）損害金年１４．６％（年３６５日日割計算）
イ 原告、乙及び甲は、平成２７年１月２７日、乙の原告に対する本件貸金債権を担保するため、原告又は甲が所有する別紙２物件目録記載１から８までの各建物（以下「本件各建物」という。）に抵当権を設定する旨合意し（以下「本件抵当権設定契約」という。）、同月２８日、本件各建物について本件抵当権設定契約に基づく抵当権（以下「本件抵当権」という。）の設定登記を経由した。なお、本件抵当権設定契約及び後記（３）アの担保不動産競売開始決定の時点において、本件各建物のうち、同目録記載１、３、４、５及び６の各建物（併せて以下「本件原告建物」という。）は、原告が所有し、同記載２、７及び８の各建物（併せて以下「本件甲建物」という。）は、甲が所有していた。（甲１、乙５）
（３）本件抵当権の実行等
ア 東京地方裁判所は、平成２７年２月１８日、乙の申立てに基づき、本件貸金債権（遅延損害金債権を含む。）の弁済に充てるため、本件抵当権に基づき、本件各建物について担保不動産競売開始決定をした（東京地方裁判所平成●●年（◯◯）第●●号。以下、同事件に係る担保不動産競売手続を「本件競売手続」という。）（甲１）。
イ 本件各建物は、平成２８年１月２５日、競売により、合計２億０８０２万２２９３円（本件原告建物につき合計１億８７５６万７５７１円〔以下「本体売却代金」という。〕、本件甲建物につき合計２０４５万４７２２円。）で株式会社Ｃ（以下「訴外会社」という。）に売却され（このうち、本件原告建物に係る部分を以下「本件譲渡」という。）、乙は、本件競売手続において、上記の売却代金から、本件貸金債権につき１７４７万７２１３円（元金１５００万円及び遅延損害金２４７万７２１３円の合計額）の配当を受けた。なお、この配当金のうち、本件売却代金に係る按分額は１５７５万８６８８円であり、本件甲建物の売却代金に係る按分額は１７１万８５２５円である。（乙３）
ウ 原告は、本件競売手続において、平成２８年２月１９日頃、本件原告建物に係る剰余金として１億７０５２万９２１１円の支払を受けた（甲２、乙３）。
（４）訴訟に至る経緯等
ア 原告は、平成２８年４月２７日、本件事業年度の法人税について、欠損金額を７２７万３９４６円、納付すべき税額を０円とする確定申告を、また、本件事業年度の地方法人税について、課税標準法人税額を０円、納付すべき税額を０円とする確定申告（併せて以下「本件当初申告」という。）をした（乙１）。
イ 原告は、平成２８年７月４日、本件事業年度の法人税について、課税標準たる所得金額を１億１５３９万９５２４円、納付すべき税額を２８５８万６７００円とする修正申告を、また、本件事業年度の地方法人税について、課税標準法人税額を２８５８万６０００円、納付すべき税額を１２５万７７００円とする修正申告（併せて以下「本件修正申告」という。）をした（甲４）。
ウ 原告は、平成３０年６月８日、本郷税務署長に対し、本件事業年度の法人税に関し、原告の所得金額から本件貸金債務の返済に係る１５００万円を減算し、納付すべき法人税額を３７１万５７９０円減額するという更正をすべき旨の請求（本件更正請求１）をするとともに、本件事業年度の地方法人税に関し、課税標準法人税額から３７１万５７９０円減額し、納付すべき地方法人税額を１６万３４７９円減額するという更正をすべき旨の請求（本件更正請求２）をした（甲６、弁論の全趣旨）。
なお、本件事業年度の法人税等に係る更正の請求については、平成２７年法律第９号による改正前の国税通則法２３条１項が適用される（平成２７年法律第９号附則５３条１項参照）。
エ 本郷税務署長は、平成３０年９月２６日付けで、原告に対し、本件更正請求１について更正をすべき理由がない旨の通知処分をした（甲７。本件通知処分１）。
オ 原告は、平成３０年１１月１９日、国税不服審判所長に対し、本件通知処分１を不服として審査請求をした（甲８）。
カ 本郷税務署長は、平成３０年１２月２５日付けで、原告に対し、本件更正請求２について更正をすべき理由がない旨の通知処分をした（甲９。本件通知処分２）。
キ 原告は、平成３１年２月１３日、国税不服審判所長に対し、本件通知処分２を不服として審査請求をした（甲１０）。
ク 国税不服審判所長は、令和元年６月１１日付けで、上記オ、キの各審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同月１５日、同裁決に係る裁決書謄本が原告に送達された（甲１２、弁論の全趣旨）。
ケ 原告は、令和元年６月２８日、本件事業年度の法人税について、課税標準たる所得金額を１億２０６２万３５１７円、納付すべき税額を２９９１万８８００円とする修正申告を、また、本件事業年度の地方法人税について、課税標準法人税額を２９９１万８０００円、納付すべき税額を１３１万６３００円とする修正申告（併せて以下「本件再修正申告」という。）をした（乙２）。
コ 原告は、令和元年１２月１０日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点及び当事者の主張
本件の争点は、①本件訴えの適法性（本案前の争点）及び②本件各通知処分の適法性（本案の争点）であり、争点に関する当事者の主張の要旨は、別紙３記載のとおりである。なお、同別紙で使用した略称は本文においても用いる。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所は、本件訴えは、訴えの利益を欠く不適法な訴えであるから却下すべきものと判断する。その理由の詳細は、後記２のとおりである。
２ 争点①（本件訴えの適法性〔本案前の争点〕）について
（１）申告納税方式を採用する法人税等（国税通則法１６条２項１号、法人税法７４条１項、地方法人税法１９条１項）については、納付すべき税額は、納税者のする申告により確定することを原則としているところ（国税通則法１６条１項１号）、ここにいう「申告」には、期限内申告（同法１７条）及び期限後申告（同法１８条）のほか、修正申告（同法１９条１項）も含まれるものと解される。したがって、納税者が、いったん納税申告をした後、申告に係る課税標準等（同条１項柱書に規定する課税標準等をいう。以下同じ。）又は税額等（同項柱書に規定する税額等をいう。以下同じ。）を増額（課税標準等のうち純損失等の金額〔同法２条６号ハ〕及び税額等のうち還付金の額に相当する税額については、減額。以下同じ。）する内容の修正申告をした場合には、この修正申告によって、その申告書に記載された納付すべき税額の全部が確定するものというべきであり、そうすると、これに伴って、当初の納税申告（以下「当初申告」という。）は消滅し、その効力は修正申告に吸収されることとなるものと解するのが相当である。また、このことは、修正申告の後にさらに課税標準等又は税額等を増額する修正申告（以下「再修正申告」という。）がされた場合についても同様である。
以上説示したところによれば、当初申告の後、修正申告がされ、さらにその後に再修正申告がされた場合においては、当初申告はその後の修正申告に、修正申告はその後の再修正申告にそれぞれ吸収されて順次消滅することとなる。そうすると、納税者において、上記再修正申告に先立ち、上記修正申告に係る課税標準等又は税額等を減額（課税標準等のうち純損失等の金額及び税額等のうち還付金の額に相当する税額については、増額。以下同じ。）する旨の更正を求める請求（更正の請求）をしているときには、当該更正の請求や、これについてされた更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「通知処分」ということがある。）は、当該更正の請求が対象としていた修正申告がその後の再修正申告に吸収されて消滅することに伴い、その効力を失うに至るものというべきである。
（２）上記の観点から本件各通知処分について検討すると、前記前提事実（４）によれば、原告は、本件事業年度の法人税等に関し、平成２８年４月２７日に本件当初申告をしたが、その後、同年７月４日には課税標準等及び税額等をいずれも本件当初申告より増額する本件修正申告をし、さらに、令和元年６月２８日には課税標準等及び税額等をいずれも本件修正申告より増額する本件再修正申告をしたことが認められ、このような申告の経過に照らすと、本件当初申告は本件修正申告に、本件修正申告は本件再修正申告にそれぞれ吸収されて順次消滅するに至ったものである。また、そうすると、本件修正申告についてされた本件各更正請求及びこれに対してされた本件各通知処分についても、本件修正申告が本件再修正申告に吸収されて消滅したことに伴い、その効力を失ったものである。
以上によれば、本件各通知処分は、本件再修正申告がされたことによりその効力を失ったものであって、原告は、もはや本件各通知処分の取消しによって回復すべき法律上の利益を有しないから、本件各通知処分の取消しを求める訴えの利益は失われたものというべきである。
（３）原告の主張について
ア これに対し、原告は、本件再修正申告における納付すべき税額は、増額された部分を含む全部の税額から本件修正申告に基づいて既に納付した税額を差し引いた１３３万２１００円であり、これは本件修正申告における納付すべき税額（２８５８万６７００円）を上回っていないから、本件修正申告は消滅していない旨主張する。
しかしながら、修正申告による課税標準等又は税額等の増加の有無は、当該修正申告前の課税標準等及び税額等（国税通則法１９条４項１号）と当該修正申告後におけるそれら（同項２号）とを対比して決すべきものであり（なお、同条は、課税標準等及び税額等を減少させる修正申告は予定しておらず、これらの減少を求める場合には、更正の請求によるべきものである。）、本件再修正申告における原告の本件事業年度に係る法人税等の課税標準及び納付すべき税額は、いずれも本件修正申告におけるそれらを上回っているから（前提事実（４）イ、ケ）、原告の上記主張は採用することができない。
イ また、原告は、本件修正申告は、固定資産売却益計上漏れとしての修正申告であり、本件再修正申告は、欠損金の繰越控除期間の錯誤による過大控除によるものであって、これらの修正申告は別異に解すべきであり、そうであれば、本件修正申告に係る本件各更正請求及びこれについてされた本件各通知処分の取消しを求める訴えの利益も存続すると解すべきである旨主張する。
しかしながら、修正申告を含む納税申告によって確定されるのは納付すべき税額であり、これによって課税標準等を構成する個々の課税要件事実の有無及びその内容までもが確定されるものではない（そのため、国税通則法２４条に基づく更正も、その対象は、申告に係る個々の課税要件事実の有無及び範囲等ではなく、あくまで課税標準等又は税額等に限られている。）。したがって、修正申告における課税標準等又は税額等が当初申告におけるそれらを上回るものである以上、課税標準等を構成する個々の課税要件事実がこれらの申告に共通するか否かにかかわらず、当初申告は修正申告に吸収されて消滅するものと解すべきである。
そして、当初申告に係る更正の請求に対し更正をすべきであるか否かも、客観的な課税標準等及び税額等が当初申告に係るそれらを下回るか否かによって定まるものであり、更正の請求の理由とされた個々の課税要件事実の有無及び内容のいかんによって定まるものではない。
以上によれば、当初申告について更正の請求がされている場合において、その後に修正申告がされたときは、更正の請求の理由とされた事由と修正申告の理由とされた事由とが共通するものであるか否かにかかわらず、上記更正の請求及びこれに対してされた通知処分はその効力を失うものと解するのが相当であって、この点についての原告の主張は採用することができない。
（４）以上によると、本件訴えは、訴えの利益を欠く不適法な訴えであるから、却下すべきものである。
３ 争点②（本件各通知処分の適法性〔本案の争点〕）について
なお、事案に鑑み、念のため、争点②についても検討すると、次のとおり、原告の本件事業年度の法人税に係る所得の金額の計算上、本件売却代金のうち本件貸金債務への配当に充てられた部分について、これを益金の額に算入されるべき本件譲渡に係る収益から控除し、又は損金の額に算入することはできないから、このことを前提とする本件各通知処分は適法である。
（１）法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨規定し、同法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨規定し、同条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨規定している。
しかるところ、前記前提事実（３）イのとおり、原告は、本件競売手続において、自己が所有する本件原告建物につき、代金合計１億８７５６万７５７１円で訴外会社に譲渡しており（本件譲渡）、このうち、本件貸金債務の弁済に充てられた部分についても、これにより本件貸金債務の消滅という経済的利得が生じているから、本件売却代金は、その全額が、原告の資産の譲渡による収益に当たるというべきである。そして、この本件譲渡に係る収益につき、これを益金の額に算入しないこととする別段の定めはないから、その全額が、益金の額に算入されるべきものである。
（２）また、法人税法２２条３項柱書は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、同項各号に掲げる額とする旨規定し、同項１号は、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額を、同項２号は、同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額を、同項３号は、当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものをそれぞれ掲げている。
しかるところ、本件売却代金のうち、本件貸金債務の弁済に充てられた部分に係る支出の額については、これが法人税法２２条３項各号に規定する原価、費用又は損失のいずれにも該当せず、また、これを損金の額に算入することができることとする別段の定めはないから、上記支出の額を損金の額に算入することはできない。
（３）これに対し、原告は、本件売却代金による本件貸金債務の弁済は金銭債務の弁済に代えてする代物弁済であるところ、措置法６５条の７第１６項１号ロ、措置法施行令３９条の７第１９項は代物弁済（金銭債務の弁済に代えてするものに限る。）は譲渡に含まれないものとしているから、これらの規定は、法人税法２２条２項所定の特段の定めに当たり、本件譲渡に係る収益のうち、代物弁済である本件貸金債務の弁済に係る部分は益金の額に算入されない旨主張する。
しかしながら、措置法６５条の７第１６項は、同条及び同法６５条の８における「譲渡」その他の用語の意義を定める規定であるところ、これら各条は、一定の資産の買替に伴う資産の譲渡について、いわゆる圧縮記帳の方法等により当該譲渡に係る利益に対する課税を繰り延べることを可能とするための特例を定める規定であって、原告の主張する措置法６５条の７第１６項１号ロ、措置法施行令３９条の７第１９項が、一般に、金銭債務の弁済に代えてする代物弁済としてする資産の譲渡に係る収益の額につき、これを所得の金額の計算上益金の額に算入しないこと又は損金の額に算入すべきことを定める規定ではないことは明らかである。
また、そもそも、前記前提事実（３）のとおり、本件原告建物は、同建物について設定された本件抵当権の実行としての担保不動産競売（民事執行法１８０条１号参照）により売却されたものであり、債権者である乙は、本件売却代金を原資とする配当により本件貸金債権についてその本来の給付（金銭の支払）を受けたものであって、本件原告建物の訴外会社への譲渡（本件譲渡）は、本件貸金債務についてその本来の給付に代わるものとして債権者（乙）に対してされたものではないから、これが代物弁済（民法４８２条参照）に当たらないことは明らかである。
以上のとおりであるから、この点についての原告の上記主張は採用することができない。
（４）以上説示したところに照らせば、原告の本件事業年度の法人税の所得の計算上、本件譲渡に係る収益のうち、本件貸金債務の弁済に充てられた部分に相当する額を益金の額から控除し、又は損金の額に算入すべきことを前提とする本件更正請求１及びこれを前提とする本件事業年度の地方法人税に係る本件更正請求２はいずれも理由がないから、これらについて更正すべき理由がない旨を通知した本件各通知処分はいずれも適法である。
４ 結論
よって、本件訴えは不適法であるからこれを却下することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官清水知恵子
裁判官釜村健太
裁判官川山泰弘は、異動のため署名押印することができない。
裁判長裁判官清水知恵子
（別紙１）
指定代理人目録
齋藤章隆、角木渉、若狭圭悟、池田龍太郎、武内大介、上田貴大、赤木留梨
以上
（別紙２）
物件目録
１（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類店舗
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積１階部分６８．３８平方メートル
所有者有限会社Ｂ
２（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類居宅
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積２階部分８７．２４平方メートル
所有者甲
３（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類事務所
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積３階部分８７．２４平方メートル
所有者有限会社Ｂ
４（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類事務所
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積４階部分８７．２４平方メートル
所有者有限会社Ｂ
５（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類事務所
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積５階部分８７．２４平方メートル
所有者有限会社Ｂ
６（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類事務所
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積６階部分８７．２４平方メートル
所有者有限会社Ｂ
７（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類居宅
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積８階部分１６．３７平方メートル
（附属建物）
符号１
種類居宅
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積８階部分３．６０平方メートル
所有者甲
８（一棟の建物の表示）
所在港区●●
構造鉄骨鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付８階建
床面積１階１１０．５２平方メートル
２階１１７．３６平方メートル
３階１１７．３６平方メートル
４階１１７．３６平方メートル
５階１１７．３６平方メートル
６階１１７．３６平方メートル
７階１０７．９１平方メートル
８階３９．７０平方メートル
地下１階１０４．６４平方メートル
（専有部分の建物の表示）
家屋番号●●
種類居宅
構造鉄骨鉄筋コンクリート造１階建
床面積地下１階部分６６．３０平方メートル
所有者甲
（別紙３）
争点に関する当事者の主張の要旨
１ 争点①（本件訴えの適法性〔本案前の争点〕）について
（被告の主張の要旨）
（１）申告納税方式を採る法人税等においては、納付すべき税額は、納税者の申告により、税務署長において更正しない限り、確定するのであり、これは、先にされた申告に係る税額を増額する内容の修正申告がされた場合も同様である。そうすると、納税者が上記のような増額の修正申告をした場合には、その納付すべき税額は増額された部分を含む全額について改めて納税申告がされたのと同視すべきであり、その限りで先にされた申告は修正申告に吸収されて消滅するから、先にされた申告に係る更正の請求もその目的を失うというべきである。このような場合、先にされた申告に係る更正の請求に理由がない旨の通知処分の取消しを求める訴えは、修正申告によって訴えの利益を欠くに至ったと解すべきである。
（２）上記（１）に述べたところは、当初の納税申告がされた後にされた修正申告と、更にその後にされた修正申告との関係について別異に解すべき理由はないから、修正申告の後に更に修正申告がされた場合についても、先にされた修正申告はその後の修正申告に吸収され消滅すると解され、そうすると、先にされた修正申告に係る更正の請求もその目的を失うというべきであり、先にされた修正申告に係る更正の請求に対してその更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠くこととなる。
（３）これを本件についてみると、本件再修正申告に係る申告書に記載された課税標準の額及び納付すべき税額は、本件修正申告に係る申告書に記載された課税標準の額及び納付すべき税額を上回るものであるから、原告が本件再修正申告を行ったことにより、本件事業年度に係る法人税等の課税標準の額及び納付すべき税額は、増額された部分を含む全額について改めて納税申告されたものとみるべきこととなり、本件再修正申告に係る申告書に記載された法人税等に係る課税標準の額及び納付すべき税額が同申告書の提出とともに確定したこととなって、本件修正申告は本件再修正申告に吸収されて消滅することとなる。したがって、本件修正申告に対してされた本件各更正請求はもはやその目的を失うこととなり、本件各更正請求に対する応答としての本件各通知処分を取り消すことによって回復する法律上の利益は存在しないから、本件各通知処分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠き不適法である。（原告の主張の要旨）
（１）本件再修正申告は、本件修正申告の数字を基礎とするものであり、また、本件再修正申告における納付すべき税額１３３万２１００円は、本件修正申告における納付すべき税額２８５８万６７００円を上回っていないから、本件修正申告が消滅していることにはならない。したがって、本件各更正請求の目的は失われておらず、本件各通知処分の取消しを求める訴えの利益は消滅していない。
（２）被告は、本件修正申告は、その後の本件再修正申告に吸収され消滅する旨主張するが、本件修正申告は、固定資産売却益計上漏れを理由とするものであり、欠損金の繰越控除期間の錯誤による過大控除を理由とする本件再修正申告とは別異に解すべきである。そして、増額修正申告に伴う税額の変更に連動して、更正請求金額を変更・訂正すれば、吸収されることなく消滅しないところ、本件でも、本件各更正請求において更正を求める金額等を訂正しているから、本件各通知処分の取消しを求める訴えの利益は消滅していない。
２ 争点②（本件各通知処分の適法性〔本案の争点〕）について
（原告の主張の要旨）
（１）原告の本件事業年度の所得の金額の計算においては、以下のとおり、本件譲渡による収益の額から本件貸金債務の返済に係る１５００万円を控除すべきところ、原告はこれを控除することなく本件修正申告を行ったから、原告の本件事業年度の所得の計算上、所得の額から本件貸金債務の返済に係る１５００万円を減算し、これを前提に納付すべき法人税等の税額を計算すべき旨を求める本件各更正請求は理由がある。
（２）本件貸金債務の弁済は代物弁済に当たること
原告は、乙に対し本件貸金債務を負っていたが、これを返済することができず、乙が競売の手続をとったため、本件原告建物は競売により売却され、執行裁判所は、買受人から納入された代金を原資として債権者に配当したものである。そして、原告は、本件貸金債務を返済するために支出した金銭はないから、本件貸金債務の弁済は、金銭債務の弁済に代えて本件原告建物をもって返済された代物弁済に当たる。
被告は、本件貸金債務の弁済は、原告が債権者の承諾を得て金銭に代えて他の給付をしたものではないから、代物弁済に当たらない旨主張するが、原告は、「債務承認及び担保権付弁済契約公正証書」によって１５００万円の本件貸金債務を承認してその弁済等を約しており、同公正証書には、その金銭債務を履行しないときは強制執行に服する旨を原告が承認し、債権者もこれを承認した記載がある。すなわち、原告は、債権者の承諾を得て代物弁済を承諾したのであるから、本件譲渡が平成２９年法律第４４号による改正前の民法（以下単に「民法」という。）４８２条の規定に基づく代物弁済であることは明らかである。
（３）本件貸金債務の金額は益金の額から控除されるべきこと
租税特別措置法（以下「措置法」という。）６５条の７第１６項１号は、譲渡には、同号イ、ロに掲げる場合を含まないものとしているところ、同号ロは、贈与、交換、出資又は所定の現物分配による譲渡その他政令で定める譲渡を掲げ、同規定を受けた租税特別措置法施行令（以下「措置法施行令」という。）３９条の７第１９項は、同号ロに規定する政令で定める譲渡は、代物弁済（金銭債務の弁済に代えてするものに限る。）としての譲渡とする旨規定する。
これらの規定によれば、金銭債務の弁済に代えてする代物弁済は、譲渡に含まれないこととなるから、上記（２）のとおり、本件譲渡は金銭債務の弁済に代えてする代物弁済である以上、原告の本件事業年度の益金の額の計算上、本件譲渡に係る収益の額から本件貸金債務の額を控除すべきこととなる。
被告は、所得の金額の計算上、本件譲渡に係る収益の額は、別段の定めがある場合を除き益金の額に算入すべき旨を主張するが、上記措置法及び措置法施行令の各規定は、ここにいう別段の定めに当たる。
（４）以上のとおり、原告の本件事業年度の所得の計算上、所得の額から本件貸金債務の返済に係る１５００万円を減算し、これを前提に納付すべき法人税等の税額を計算すべき旨を求める本件各更正請求は理由があるから、更正すべき理由がないとする本件各通知処分は違法である。
（被告の主張の要旨）
（１）原告は、本件貸金債務の返済は金銭の弁済に代えてした代物弁済であり、措置法６５条の７第１６項１号ロ及び措置法施行令３９条の７第１９項により譲渡に含まれないから、本件原告建物に係る譲渡益が過大である旨主張する。
しかしながら、資産の譲渡等に係る収益の額は、法人税法２２条２項により益金の額に算入すべき金額であるから、本件原告建物という資産の譲渡による収益の額は益金の額に算入されるべきものである。原告が主張する措置法６５条の７の規定は、資産の譲渡益から借入金の返済額を控除すべきとする規定ではなく、借入金の返済額を損金の額に算入すべきとする規定でもないから、原告の上記主張は理由がない。すなわち、措置法６５条の７第１６項は、措置法６５条の７及び同法６５条の８に規定する用語の意義を定めたものであるところ、これらいずれの規定も、本件原告建物に係る譲渡益の額を算定する場面で、借入金の返済額を益金の額から控除したり、損金の額に算入することを認めるような規定ではない。
また、原告は、本件貸金債務の返済は金銭の弁済に代えてした代物弁済であると主張するが、金銭消費貸借契約における代物弁済は、債務者が債権者の承諾を得て債権者に対して金銭に代えて他の給付をすることにより債権を消滅させるものである（民法４８２条）。本件では、本件原告建物が競売により売却され、その譲渡代金の一部をもって債権者に対する弁済が行われたものであって、原告が債務者の承諾を得て金銭に代えて他の給付をしたものではないから、代物弁済は行われておらず、原告の主張は前提を欠く。したがって、措置法６５条の７第１６項及び措置法施行令３９条の７第１９項を根拠として売却益が過大であるとする原告の主張には理由がない。
（２）また、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の譲渡等に係る当該事業年度の収益の額とされているところ（法人税法２２条２項）、競売による本件原告建物の譲渡に係る収益の額は、正しく資産の譲渡等に係る収益の額であるから、原告の本件事業年度の法人税に係る所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額であり、譲渡代金から借入金の返済を行った場合に、当該借入金の返済額を益金の額から除くこととするような別段の定めもない。さらに、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①原価の額、②販売費・一般管理費等の費用の額及び③損失の額とされているところ（同条３項）、借入金の返済に係る支出額は、上記①から③までのいずれにも該当せず、また、借入金の返済に係る支出額を損金の額に算入するものとする別段の定めもない。これらによれば、本件原告建物の譲渡に係る対価の額については、その全額が益金の額に算入されるべきものであり、一方、本件貸金債務の返済に係る支出額は所得の金額の計算上損金の額に算入することができない。
（３）以上のとおり、原告が本件貸金債務の返済として支出した金額は、原告の法人税に係る所得の金額の計算上損金の額に算入されるものではないし、これを本件譲渡に係る収益の額から控除すべきとする規定もないため、益金の額に算入されないものにも該当しない。したがって、本件において、国税通則法２３条１項１号に規定する課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大であるという事情は認められないから、本件各更正請求について更正すべき理由がないとしてされた本件各通知処分は適法である。以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13554.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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