税務訴訟資料第２７１号－６５（順号１３５６７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消請求事件
国側当事者・国（武蔵野税務署長）
令和３年５月２１日一部認容・棄却・確定
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士平良明久
同訴訟復代理人弁護士細田隆
高柴将太
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁武蔵野税務署長
十文字武夫
同指定代理人淵政博
伊藤芳樹
大野隆太
永井房子
三原翔
主文
１ 処分行政庁が乙に対して平成２９年６月３０日付けでした丙の平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち株式等に係る譲渡所得等の金額６億７４２４万５８６９円、納付すべき税額８０５２万８９００円を超える部分を取り消す。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が乙に対して平成２９年６月３０日付けでした乙の平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち株式等に係る譲渡所得等の金額６億７４２４万５８６９円、納付すべき税額８０５２万８５００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、丙（以下「丙」という。）が、株式会社Ａ（以下「本件法人」という。）に対し、遺言により、①丙が保有していた本件法人の株式及び②丙の本件法人に対する貸付金債権を遺贈し、丙の配偶者であって相続人である乙（以下「乙」という。）が、丙の平成２５年分の所得税及び復興特別所得税（以下「本件平成２５年分所得税等」という。）につき準確定申告をした後に更正の請求をしたところ、処分行政庁から更正処分（以下「本件更正処分」という。）を受けたことについて、本件更正処分の後に死亡した乙の妹であって相続人である原告が、本件更正処分のうち株式等に係る譲渡所得等の金額６億７４２４万５８６９円、納付すべき税額８０５２万８５００円を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令及び通達の定め
別紙１のとおり
なお、上記別紙において用いた略語は本文及びその他の別紙においても用いる。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実）
（１）当事者等
ア 丙は、乙の配偶者であり、平成２５年５月●日に死亡した。
イ 乙は、平成３１年２月●日に死亡した。丙と乙との間に子はなく、乙が死亡した当時、乙の両親も死亡していた。
ウ 原告は、己の妹であり、乙の相続人である。
エ 本件法人（平成２３年７月２５日にＢ株式会社から株式会社Ａへ商号が変更された。）は、その子会社及びこれに準ずる事業体の株式を保有することにより、当該会社の事業活動の支配及び管理をすることを目的とする株式会社である。
（２）丙による遺贈の経緯
ア 丙は、平成２２年９月９日付け遺言公正証書により、その相続の開始時に保有する次の財産を本件法人に遺贈する旨の遺言をした。
（ア）本件法人の株式に関する一切の権利
（イ）本件法人に対する貸付金債権の全部
イ 丙は平成２５年５月●日に死亡し、これにより上記遺贈の効力が生じ、丙がその相続の開始時に保有していた次の財産が本件法人に移転した（以下「本件遺贈」という。）。
（ア）本件法人の株式４８万７０６６株（普通株式４８万人７０６５株、Ａ種株式１株。以下「本件株式」という。）
（イ）本件法人に対する貸付金債権１６億０６１１万５８００円（以下「本件貸付金債権」といい、本件貸付金債権に係る債務を「本件貸付金債務」という。）
（３）本件法人の概要
ア 本件法人は、その発行する全部の株式の内容として、本件法人の株式を譲渡するには取締役会の承認を受けなければならない旨の定款の定めを設けている（乙５の１）。
イ 丙の死亡の直前における本件法人の発行済株式の総数は１４４万株であり、その内訳は普通株式１０５万１９９９株（うち本件法人が保有する自己株式２０万株）、優先株式３８万８０００株及びＡ種株式１株である。
なお、優先株式を保有する株主は、法令に別段の定めがある場合を除き、株主総会において議決権を行使することができない。
ウ 丙の死亡の直前における本件法人の議決権の総数は、発行済株式の総数１４４万株から優先株式３８万８０００株及び自己株式２０万株を差し引いた後の８５万２０００個である。
エ 丙の死亡の直前における丙の議決権の数は４８万７０６６個であり、本件法人の議決権の総数に対するその割合は５７．２％（小数点以下第２位を四捨五入。以下同じ。）である。
（４）本件更正処分の経緯
ア 乙は、平成２５年９月１２日、評価通達１８５の本文に基づいて本件株式の１株当たりの純資産価額を算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上せずに、同価額を３５３９円（評価通達１８７の（１）による修正後の価額を３５３４円）と算定して、別紙２の「本件準確定申告」欄記載のとおり、本件平成２５年分所得税等につき所得税法１２５条１項に基づく準確定申告（以下「本件準確定申告」という。）をした。
イ 乙は、平成２７年２月６日、評価通達１８５の本文に基づいて本件株式の１株当たりの純資産価額を算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上し、同価額を１３３１円（評価通達１８７の（１）による修正後の価額を１３２６円）と算定して、別紙２の「本件更正請求」欄記載のとおり、本件平成２５年分所得税等につき更正の請求をした。
ウ 処分行政庁は、乙に対し、平成２９年６月３０日付けで、評価通達１８５の本文に基づいて本件株式の１株当たりの純資産価額を算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上せずに、同価額を２１９７円（評価通達１８７の（１）による修正後の価額を２１９２円）と算定して、別紙２の「本件更正処分」欄記載のとおり、本件平成２５年分所得税等につき更正処分（本件更正処分）をした。
（５）本件訴訟の提起の経緯
ア 乙は、平成２９年８月２８日、本件更正処分を不服として、別紙２の「本件審査請求」欄記載のとおり、国税不服審判所長に審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたところ、平成３０年７月９日付けで、本件審査請求を棄却する旨の裁決を受けた。上記裁決に係る裁決書の謄本は、同月２６日、本件審査請求に係る乙の代理人である税理士法人Ｃに送達された（乙１）。
イ 乙は、平成３１年２月●日、死亡した。
ウ 原告は、平成３１年３月２５日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。なお、本件訴訟は、本件更正処分の取消訴訟に係る出訴期間（平成３０年７月２７日から平成３１年１月２８日まで〔行政事件訴訟法１４条３項本文〕）を経過した後に提起された。
３ 当事者が主張する本件株式の１株当たりの価額及び本件平成２５年分所得税等の税額被告は、本件訴訟において、本件株式の１株当たりの純資産価額の算定に当たっては、本件貸付金債務は本件法人の負債として計上されず、同価額は２１９７円（評価通達１８７の（１）による修正後の価額は２１９２円）となることを前提として、本件平成２５年分所得税等に係る納付すべき税額は別紙３のとおり１億４０６２万１９００円である旨主張する。これに対し、原告は、本件株式の１株当たりの純資産価額の算定に当たっては、本件貸付金債務は本件法人の負債として計上され、同価額は１３４９円（評価通達１８７の（１）による修正後の価額は１３４４円）となることを前提として、本件平成２５年分所得税等に係る納付すべき税額は８０５２万８５００円である旨主張する
４ 争点
（１）本案前の争点
出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」の有無（争点（１））
（２）本案の争点
本案の争点は、本件更正処分の適法性であるが、具体的には、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上することの適否である（争点（２））。
５ 当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」の有無）（原告の主張）
原告訴訟代理人弁護士は、平成３０年１２月２１日、原告の夫と面談した際、乙に重篤な認知症の症状が出ていること等を聞き、乙が意思能力を有しない可能性が高いと判断して、乙から委任を受けて本件更正処分の取消訴訟を提起することを断念した。実際に、乙は、平成３１年１月１５日、意思能力を有しない旨の医師の診断を受けた。こうして、原告訴訟代理人弁護士は、乙の後見開始の審判に係る手続を進めるなど乙の法定代理人を選任した上で同訴訟を提起する準備をしていたが、乙が同年２月●日に死亡したため、乙の相続人の一人である原告が本件訴訟を提起するに至った。
このような経緯に照らせば、出訴期間内に本件更正処分の取消訴訟を提起することができなかったことにつき、乙及び原告の責めに帰すことができず、また、原告は、訴訟を提起することができない障害が解消された後、遅滞なく本件訴訟を提起したといえるから、出訴期間を徒過したことについて「正当な理由」（行政事件訴訟法１４条３項ただし書）がある。
したがって、本件訴訟は適法である。
（被告の主張）
「正当な理由」とは、出訴期間内に出訴しなかった（できなかった）ことについて社会通念上相当と認められる理由を意味し、少なくとも本人の事務の繁忙、病気、出張不在、法律の不知等はこれに当たらないと解される。
仮に乙が平成３１年１月１５日時点において意思能力を有しなかったとしても、そのことは同日になって初めて乙が訴訟を提起することが困難となる事情が生じたことを意味するものではない。乙が、平成１３年に認知症を発症し、平成２３年９月にアルツハイマー型認知症と診断されていること等に鑑みれば、乙は、既に平成２８年４月８日以降は意思能力を有しなかった可能性が極めて高い。このようなことからすれば、原告は、遅くとも裁決書の送達を受けた平成３０年７月２６日には、乙につき後見開始の審判の申立ての準備を行うことは十分に可能であったといえる。
しかし、原告は、乙につき後見開始の審判の申立てをしておらず、特別代理人（民事訴訟法３５条１項）の選任の申立てもしていない。このことに照らせば、出訴期間を徒過したことについて「正当な理由」はない。
したがって、本件訴訟は不適法である。
（２）争点（２）（本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上することの適否）（被告の主張）
ア 譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益（キャピタル・ゲイン）を所得として、その資産が所有者の支配を離れてほかに移転するのを機会に、これを清算して課税する趣旨のものであるところ、所得税法５９条１項は、キャピタル・ゲインに対する無限の課税繰延べを防止するため、対価を伴わない資産の移転の場合においても、その資産につき既に生じている増加益は、移転当時の資産の時価に照らして具体的に把握することができることから、上記と同じくこの増加益を課税の対象とすることを認めたものである。
以上の趣旨に照らせば、同項柱書き所定の「その時における価額」は、当該資産の譲渡の直前に譲渡人が当該資産を有している状態に基づいて算定すべきものと解される。
イ 本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定する場合においても、本件遺贈の直前の状態に基づいて行うべきである。
もっとも、遺言はいつでも撤回することできるもの（民法１０２２条）ではあるが、本件遺贈の直前においてはもはや丙により遺言の一部が撤回されることは考えられず、本件貸付金債権が本件法人に移転することが確実な状況であったといえるから、本件遺贈により本件貸付金債務が混同（同法５２０条）により消滅することも、本件遺贈の直前において確実なものであったといえる。
そうすると、本件株式の「その時における価額」を１株当たりの純資産価額によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきではない。
ウ また、仮に本件貸付金債務を本件法人の負債として計上した場合には、本件遺贈により生ずる本件株式の価額の増加部分は本件株式の「その時における価額」に反映されないこととなる。
しかし、本件遺贈がされた後の本件株式は、本件法人において自己株式の数のみの増加として処理されることとなり、将来において本件法人が当該自己株式を譲渡し、金銭等の払込みを受けた場合には、その払込みに係る金額は資本金等の増加として扱われ、自己株式を譲渡したことに伴う譲渡損益は本件法人の損益として認識されないこととなる。そうすると、上記増加部分については、将来においてキャピタル・ゲインに対する課税がされないこととなり、無限の課税繰延べを防止するという所得税法５９条１項の前記趣旨を没却し、不合理な結果を招来することとなる。
エ 以上によれば、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たっては、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきではない。
（原告の主張）
ア 譲渡所得に対する課税の趣旨及び所得税法５９条１項の趣旨（前記（被告の主張）ア）によれば、同項による課税の対象となるのは、飽くまで資産の所有者が所有していた期間に発生するキャピタル・ゲインである。
本件遺贈の効力が生じたことによる本件株式の価値の増加部分は、丙が本件株式を保有していた期間に発生したキャピタル・ゲインには当たらないから、同項による課税の対象にはならない。
イ また、遺言は、遺言者の死亡の時からその効力を生ずること（民法９８５条１項）、遺贈は、遺言者の死亡以前に受遺者が死亡したときは、その効力を生じないこと（同法９９４条１項）、遺言者は、いつでも遺言の全部又は一部を撤回することができること（同法１０２２条）からすれば、受遺者とされた者は、遺言者の生存中は、何らかの権利を取得するものではなく、単に将来遺言が効力を生じたときは遺贈の目的物である権利を取得することができる事実上の期待を有する地位にあるにすぎない。
このことからすれば、被告が主張するように本件遺贈の直前において本件貸付金債務が本件法人に移転することが確実であったとは、到底いえない。
ウ さらに、本件遺贈によって、本件法人が本件株式（自己株式）を取得するとともに、本件貸付金債務が消滅することになるが、これらに伴って丙以外の株主が保有する株式の価値が増加することになるから、本件株式の価値は自己株式以外の他の本件法人の株式に移転し、丙以外の株主全員がその保有する株式の数に応じてキャピタル・ゲインを取得する。そして、丙以外の株主がその保有する株式を譲渡した際に、その株式の上記キャピタル・ゲインに対して課税がされる。
したがって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上した場合であっても、被告が主張するような不合理な結果を招来するとはいえない。
エ 以上によれば、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たっては、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（出訴期間を徒過したことについて「正当な理由」の有無）について（１）認定事実
前記前提事実、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 乙は平成２７年４月１４日からⅮ病院（以下「本件病院」という。）に入院していたところ、平成３０年１１月１６日、乙につき、悪寒の訴え、発熱等が見られた（甲１４、１９）。
イ 本件病院の医師は、平成３０年１１月２０日、原告及びその家族らと面談し、乙の病状について、乙は肺炎にかかっており、点滴による輸液をしている旨、輸液のみを継続した場合には、乙の余命は２～３か月である旨の説明をした（甲１４、１９）。この頃から、乙は経口摂取が不能となり、点滴による輸液が継続された（甲９）。
ウ 乙は、平成３１年１月１５日、本件病院の医師から、①アルツハイマー型認知症である旨、②乙の判断能力は自己の財産を管理・処分することができないもの（後見相当）であり、回復する可能性はない旨の診断を受けた（甲９）。
エ 乙は、平成３１年２月●日、死亡した（当時８４歳）。
（２）検討
ア 本件訴訟は本件更正処分の取消訴訟の出訴期間を経過した後に提起された（前記前提事実（５）ウ）ところ、原告は、乙が、出訴期間満了直前において意思能力を有しなかったこと等からすれば、出訴期間を徒過したことにつき「正当な理由」がある旨主張する。
イ 行政事件訴訟法１４条３項本文は、処分につき審査請求をすることができる場合において、審査請求があったときは、処分に係る取消訴訟は、その審査請求をした者については、これに対する裁決があったことを知った日から６か月を経過したときは、提起することができない旨を定めるとともに、同項ただし書は、正当な理由があるときは、この限りでない旨を定めている。
同項ただし書所定の「正当な理由」とは、出訴期間内に取消訴訟を提起しなかったことにつき社会通念上相当と認められる理由をいうものと解される。
ウ 民事訴訟法２８条は、訴訟能力及び訴訟無能力者の法定代理は、同法に特別の定めがある場合を除き、民法その他の法令に従う旨を定めている。
意思能力とは自己の行為の結果を判断し得る精神的能力をいい、訴訟能力とは自己の訴訟上の利益を擁護して訴訟を遂行するのに必要な能力をいうから、意思能力を有しない者は訴訟能力を有しないと解される。
これを本件についてみると、乙は、平成３１年１月１５日、本件病院の医師から、①アルツハイマー型認知症である旨、②乙の判断能力は自己の財産を管理・処分することができないもの（後見相当）であり、回復する可能性はない旨の判断を受けたこと（前記認定事実ウ）からすれば、乙は、同日当時、精神上の障害により事理を弁識する能力を欠く常況にあり、意思能力を有しなかったものと認められる。そうすると、乙は、遅くとも同日頃以降は訴訟無能力者であり、本件更正処分の取消訴訟に係る出訴期間の末日である同月２８日（前記前提事実（５）ウ）が経過するまで、自ら又は訴訟代理人を選任して本件更正処分の取消訴訟を提起することができなかったものと認められる。そして、乙は同年２月●日に死亡し（前記認定事実エ）、これにより、原告が、相続により乙の法的地位を承継し、本件更正処分の取消訴訟を提起することについての障害がなくなったといえるところ、原告は同年３月２５日に本件訴訟を提起したこと（前記前提事実（５）ウ）からすれば、原告は上記障害がなくなってから遅滞なく本件訴訟を提起したと認められる。
以上の事情に鑑みれば、出訴期間を徒過したことについて「正当な理由」があると認められる。
エ 被告は、乙は既に平成２８年４月８日以降は意思能力を有しなかった可能性が極めて高く、原告は、遅くとも裁決書の送達を受けた平成３０年７月２６日には、乙につき後見開始の審判の申立ての準備を行うことは十分に可能であったが、後見開始の審判の申立てや特別代理人の選任の申立てをしていないことを踏まえれば、出訴期間を徒過したことについて「正当な理由」がない旨主張する。
証拠によれば、乙は、平成１３年に認知症を発症し、平成２３年９月にアルツハイマー型認知症と診断され、平成２７年４月１４日に本件病院に入院した後も認知症は進行し（甲９、１６）、平成２８年１月１５日頃の時点では中等度の認知症と診断され、同年４月８日頃以降は重度の認知症と診断されていた（甲１５）こと、乙には、遅くとも同日頃以降、徘徊、他動、易怒性が見られていたこと（甲１５、１９）が認められ、これらの事情からすれば、乙は平成３１年１月１５日よりも前から精神上の障害である認知症であったことが認められる。しかし、これらの事情を踏まえても、乙が平成２８年４月８日頃以降から意思能力を有しなかったと直ちに認めることはできず、これを認めるに足りる証拠もない。
また、原告は、乙が死亡するまでの間、乙の相続人となる可能性があったにとどまり、本件更正処分との関係においては事実上の利害関係しか有していなかったことを踏まえれば、原告が乙の生存中に乙につき後見開始の審判の申立てや特別代理人の選任の申立てをしなかったとしても、そのことが、出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」の有無の判断において、原告に殊更不利に働く事情であるとはいえない上、乙が、平成３１年１月１５日、本件病院の医師から、①アルツハイマー型認知症である旨、②乙の判断能力は自己の財産を管理・処分することができないもの（後見相当）であり、回復する可能性はない旨の診断を受けてから、同年２月●日に死亡するまでの期間が１か月にも満たないことに鑑みれば、原告において上記各申立てをする十分な時間的余裕があったともいい難い。
したがって、被告の上記主張は採用することができない。
（３）小括
以上によれば、本件訴訟は適法である。
２ 争点（２）（本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上することの適否）について（１）基本通達及び評価通達における本件株式の評価方法について
ア 所得税法５９条１項１号は、法人に対する遺贈により譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合には、譲渡所得の金額の計算については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額により、これらの資産の譲渡があったものとみなす旨を定めているところ、同項柱書き所定の「その時における価額」とは当該譲渡の時における客観的交換価値、すなわち、それぞれの資産の現況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立する価額をいうものと解される。
イ 課税実務上、取引相場のない株式の所得税法５９条１項柱書所定の「その時における価額」については、基本通達５９－６、２３～３５共－９の（４）ニにより、「１株又は１口当たりの純資産価値等を参酌して通常取引されると認められる価額」に準じて算定した価額によるとされ、また、同価額は、原則として、基本通達５９－６の（１）～（４）によることを条件に、評価通達の１７８から１８９－７まで（取引相場のない株式の評価）の例により算定した価額とするという評価方法が採用されている。このような取扱いがされている趣旨は、上記評価方法の対象となる取引相場のない株式の客観的交換価値を的確に把握することが容易ではないことに鑑みて、その客観的交換価値の算定方法を評価通達の例によるものに原則として統一し、課税庁における個別的な判断が区々になることを避け、課税事務の迅速な処理を期するとともに、納税者間の公平、納税者の便宜等を図ることにあると解される。
このような趣旨に照らせば、基本通達及び評価通達の定める上記評価方法が、取引相場のない株式の当該譲渡の時における客観的交換価値を算定する方法として一般的な合理性を有するものといえる場合においては、上記評価方法に従って算出された価額は、上記評価方法によっては上記客観的交換価値を適切に算定することができない特別の事情の存しない限り、上記客観的交換価値を超えるものではないと推認され、上記価額に基づく課税処分は適法であると認めるのが相当である。
そこでまず、基本通達の定める取引相場のない株式の評価方法（基本通達５９－６、２３～３５共－９）の合理性についてみると、上記評価方法は、取引相場のない株式については、大量かつ反復継続的な取引は行われず、また、仮に売買実例が存在したとしても、その取引価格が当事者間の主観的事情に左右されることが避け難く、その取引価格をもって当該株式の客観的交換価値を反映したものとは直ちにいえないことに鑑みて、適正な価額による売買実例がある場合等を除き、その取引価格に依拠せずに評価するものと解され、当該株式の性質に即した評価を可能とするものとして、一般的な合理性を有するものということができる。
ウ 次に、評価通達の定める取引相場のない株式の評価方法（評価通達１７８～１８９－７）の合理性についてみると、評価通達１７８は、取引相場のない株式の価額について、評価会社の規模に応じて、評価通達１７９に定める方法によって評価するとした上で、評価通達１８９の（２）の定める株式保有特定会社を含む特定の評価会社の株式の価額については、評価通達１８９の定める例外的な方法によって評価するものとし、評価通達１８９－３は、株式保有特定会社の株式の価額は、納税義務者が「Ｓ₁の金額」と「Ｓ₂の金額」との合計額によって評価する旨の選択をしない場合、評価通達１８５の本文の定めにより計算した１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価するものとする。
上記評価方法は、資産構成が類似業種比準方式における標本会社に比して著しく株式等に偏っている評価会社の株式の価額の評価について、このような評価会社の株式の価額はその保有する株式等の価額に依存する割合が一般に高いものと考えられることを考慮した上で、当該会社の有する資産の価値を的確に反映し得る評価方式である純資産価額方式によるべきこととしたものであって、合理的かつ実態に即した評価を行うための株式の価額の評価方式として、一般的な合理性を有するものということができる。
エ そして、基本通達５９－６は、「１株又は１口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」を評価通達１７８から１８９－７までの例により算定する場合には、原則として、基本通達５９－６の（１）～（４）によることを条件としているところ、このような条件を設けた趣旨は、価額の評価の対象が譲渡所得の基因となる資産であることを踏まえ、中心的な同族株主の保有する株式の価値はその会社財産に対する持分としての価値と切り離して考えられないことや個人の株式の取引実態に鑑みて、相続税及び贈与税の課税における財産の評価に関するものである評価通達１７８から１８９－７までの例による価額の算定に一定の条件を設けたものと解され、一般的な合理性を有するものということができる。
（２）本件における基本通達及び評価通達の適用関係
上記（１）のとおり一般的な合理性を有すると認められる基本通達及び評価通達の各規定に基づいて、本件株式の所得税法５９条１項柱書き所定の「その時における価額」を算定する場合には、上記各通達の適用関係は次のとおりとなる。
ア 本件株式は、取引相場のない株式に当たり、また、適正な価額による売買実例のある株式には該当しない（弁論の全趣旨）から、本件株式の「その時における価額」は、本件法人の１株又は１口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額によることとなり、この価額は、原則として、基本通達５９－６の（１）～（４）によることを条件に、評価通達１７８から１８９－７までの例により算定し価額となる（基本通達５９－６、２３～３５共－９）。
丙は、本件遺贈の直前において、本件法人の議決権の総数の５７．２％の議決権を有しており（前期前堤事実（３）エ）、「中心的な同族株主（評価通達１８８の（２））に該当するから、本件株式の「その時における価額」を算定する場合には、本件法人が「小会社」（評価通達１７８）に該当するものとして、その例によることとなる（基本通達５９－６の（２））。
イ 本件遺贈の直前において本件法人の有する各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額は８７億３９９１万４０００円であり、このうち株式及び出資の価額の合計額は５０億３６０６万６０００円である（弁論の全趣旨）ところ、後者が前者に占める割合は５７．６％である。
そうすると、本件法人は株式保有特定会社に該当し（評価通達１８９の（２））、乙が評価通達１８９－３の（１）の「Ｓ₁の金額」と（２）の「Ｓ₂の金額」との合計額によって評価することの選択をしたことはうかがわれないから、本件株式の価額は、評価通達１８５の本文の定めにより計算した１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価することとなる（評価通達１７８、１８９－３）。
ウ 評価通達１８５の本文の定めにより計算した１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）は、課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額であるところ、本件では、本件株式の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）の算定に当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきか否かが争点である。
なお、本件貸付金債務を負債として計上することの適否を除く本件法人の各負債の金額には、当事者間に争いがない。
（３）本件貸付金債務を本件法人の負債として計上することの適否
ア 譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会に、これを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭和●●年（〇〇）第●●号同４３年１０月３１日第一小法廷判決・裁判集民事９２号７９７頁、最高裁昭和●●年（〇〇）第●●号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁等参照）。すなわち、譲渡所得に対する課税においては、資産の譲渡は課税の機会にすぎず、その時点において所有者である譲渡人の下に生じている増加益に対して課税されることとなるところ、所得税法５９条１項は、同項各号に掲げる事由により譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合に当該資産についてその時点において生じている増加益の全部又は一部に対して課税できなくなる事態を防止するため、「その時点における価額」に相当する金額により資産の譲渡があったものとみなすこととしたものと解される（最高裁平成●●年（〇〇）第●●号令和２年３月２４日第三小法廷判決・裁判集民事２６３号６３頁参照）。
イ 評価通達１８９－３は、前記（１）ウのとおり、株式保有特定会社のような評価会社の株式の価額がその保有する株式等の価額に依存する割合が一般に高いものと考えられることを考慮して、株式保有特定会社の株式の価額は、評価通達１８５の本文の定めにより計算した１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価するとし、評価通達１８５の本文は、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）は、課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額に相当する金額を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とするものとする。評価通達は、相続税及び贈与税の課税における財産の評価に関するものであり、株式保有特定会社の各資産及び各負債の評価の基準時となる上記課税時期とは、相続、遺贈又は贈与により取得した財産の価額の評価の基準時となる当該財産の取得の時（相続税法２２条）をいうものと解される。
これに対し、譲渡所得に対する課税の上記趣旨に照らせば、本件のような株式保有特定会社の株式の譲渡に係る譲渡所得に対する課税においては、譲渡人が当該株式を保有していた当時における株式保有特定会社の各資産及び各負債の価額に応じた評価方法を用いるべきものと解され、そうすると、株式保有特定会社の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）の計算は、当該譲渡の直前におけるその各資産及び各負債の価額に基づき行うべきであると解するのが相当である。
ウ 被告は、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって評価するに当たって、本件遺贈の直前の状態に基づいて行うべきであるとした上で、①本件遺贈の直前においてはもはや丙により遺言の一部が撤回されることは考えられず、本件貸付金債権が本件法人に移転することが確実な状況であったといえる、②仮に本件貸付金債務を本件法人の負債として計上した場合には、本件遺贈により生ずる本件株式の価額の増加部分については、本件株式が自己株式となることとの関係で、将来においてキャピタル・ゲインに対する課税がされないこととなり、無限の課税繰延べを防止するという所得税法５９条１項の趣旨を没却し、不合理な結果を招来するとして、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額によって算定するに当たっては、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきではない旨主張する。
エ 被告の主張のうち上記①について検討すると、遺言は遺言者の死亡により初めてその効力が生ずるものであり（民法９８５条１項）、遺言者はいつでも既にした遺言を取り消すことができ（同法１０２２条）、遺言者の死亡以前に受遺者が死亡したときには遺贈の効力は生じない（同法９９４条１項）のであるから、遺言者の生存中は遺贈を定めた遺言によって何らの法律関係も発生しないのであって、受遺者とされた者は、何らの権利を取得するものではなく、単に将来遺言が効力を生じたときは遺贈の目的物である権利を取得することができる事実上の期待を有する地位にあるにすぎない（最高裁昭和●●年（〇〇）第●●号同３１年１０月４日第一小法廷判決・民事１０巻１０号１２２９頁、最高裁平成●●号（〇〇）第●●号同１１年６月１１日第二小法廷判決・裁判集民事１９３号３６９頁）。このような遺贈の性質に鑑みれば、遺言が作成されてからその効力が発生するまでの間において、遺贈の目的である権利が受遺者とされた者に移転することが確実であるとは通常は考え難いというべきである。
また、被告は、本件遺贈の直前において、丙が遺言の一部（本件貸付金債権を遺贈する旨の部分）を撤回することがおよそ考えられなかったこと、及び丙が死亡して本件遺贈の効力が生じた時に本件貸付金債権が本件法人に移転して混同により消滅することが確実であったことを基礎付ける具体的な事実を主張していない上、本件においてかかる事実はうかがわれない。
オ 次に、被告の主張のうち前記②について検討すると、前記イで説示したとおり、本件のような株式保有特定会社の株式の譲渡に係る譲渡所得に対する課税において、株式保有特定会社の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）を計算する場合には、当該譲渡の直前におけるその各資産及び各負債の価額に基づき行うべきであるであると解するのが相当であるところ、本件貸付金債務が本件遺贈の直前においていまだ存在していた以上、被告が主張する本件株式の価額の増加部分は、そもそも本件遺贈の時点において譲渡人である丙の下に生じている増加益ではないから、譲渡所得に対する課税の対象にはならないものである。
また、本件遺贈がされた後においては、①本件貸付金債務の消滅により本件法人の負債が減少することになるから、本件株式以外の本件法人の株式の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）が増加すること、②評価通達１８５の本文の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）の計算においては発行済株式の総数から自己株式の数を控除するものと解されるところ、本件法人の発行済株式の総数から自己株式となった本件株式の数が控除されることにより、本件株式を含む自己株式以外の本件法人の株式の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）が増加することからすれば、本件遺贈がされたことによる本件法人の株式の価額の増加部分は、本件株式を含む自己株式以外の本件法人の株式において生ずるといえる。そうすると、本件株式を含む自己株式以外の本件法人の株式が譲渡された場合には、その時のその価額に応じて、上記増加部分に対する課税がされる可能性があるから、本件遺贈に伴う本件貸付金債務の消滅により生ずる価額の増加部分について譲渡所得に対する課税の機会が失われるとはいえない。
カ 以上によれば、被告の前記主張は採用することができず、本件株式の「その時における価額」をその１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきである。
（４）基本通達及び評価通達所定の評価方法によっては本件株式の客観的交換価値を適切に算定することができない特別の事情の有無
被告は、仮に基本通達及び評価通達所定の評価方法によれば、本件株式の「その時における価値」をその１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって算定するに当たって、本件貸付金債務を本件法人の負債として計上すべきであるとしても、①被告の主張する評価方法と原告の主張する評価方法による各本件株式の「その時における価額」に相当の乖離があること、②本件遺贈の直前においては、本件株式と本件貸付金債権が本件法人に移転することが客観的に確実であったことからすれば、本件において基本通達及び評価通達所定の評価方法を画一的に適用すると、本件株式の客観的交換価値を適切に算定することが困難となり、かえって納税者間の実質的な租税負担の公平を著しく害するといえるから、本件においては上記評価方法によっては本件株式の客観的交換価値を適切に算定することのできない特別の事情がある旨主張する。
しかし、上記①については上記特別の事情に当たるとはいえず、上記②については、前記（３）エで説示したとおり、本件遺贈の直前においては、本件株式と本件貸付金債権が本件法人に移転することが客観的に確実であったとは認められない。
したがって、被告の上記主張は採用することができない。
３ 本件更正処分の適法性
以上を前提として、本件平成２５年分所得税等の金額を計算すると、別紙４のとおり、株式等に係る譲渡所得等の金額は６億７４２４万５８６９円、納付すべき税額は８０５２万８９００円であると認められる。
そうすると、本件更正処分のうち上記各金額を超える部分は違法であると認められる。
４ 結論
よって、原告の請求は、本件更正処分のうち株式等に係る譲渡所得等の金額６億７４２４万５８６９円、納付すべき税額８０５２万８９００円を超える部分の取消しを求める限度で理由があるからその限度で認容し、その余は棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条、６４条ただし書を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官永田大貴
裁判官西村康夫は、転官のため、署名押印することができない。
裁判長裁判官市原義孝
別紙１関係法令及び通達
１ 所得税法（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）
（１）所得税法３３条１項は、譲渡所得とは、資産の譲渡による所得をという旨を定めている。
（２）所得税法５９条１項柱書きは、次に掲げる事由により居住者の有する譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合には、その者の譲渡所得の金額の計算については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額により、これらの資産の譲渡があったものとみなす旨を定め、同項１号は、贈与（法人に対するものに限る。）又は相続（限定承認に係るものに限る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものに限る。）を掲げている。
２ 租税特別措置法（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。）措置法３７条の１０第１項前段は、居住者が、平成１６年１月１日以後に株式等の譲渡をした場合には、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（株式等に係る譲渡所得等の金額をいう。）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する旨を定めている。
３ 所得税基本通達（平成２５年６月２７日付け課個２－８ほかによる改正前のもの。以下「基本通達」という。乙９）
（１）基本通達２３～３５共－９は、株式を取得する権利の価額の算定の基礎となる株式の価額に関して、（４）ニにおいて、これらの権利の行使により取得する株式が金融商品取引所に上場されているもの等（（１）～（３））以外のもののうち、適正な価額による売買実例のある株式等（（４）イ～ハ）に該当しないもの（取引相場のない株式）については、その株式の発行法人の１株又は１口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額とするものとする。
（２）ア基本通達５９－６は、所得税法５９条１項の規定の適用に当たって、譲渡所得の基因となる資産が株式である場合の同項に規定する「その時における価額」とは、基本通達２３～３５共－９に準じて算定した価額によるとした上で、この場合、基本通達２３～３５共－９の（４）ニに定める「１株又は１口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」とは、原則として、基本通達５９－６の（１）～（４）によることを条件に、財産評価基本通達（平成２５年５月２７日付け課評２－２０ほかによる改正前のもの。以下「評価通達」という。）の１７８から１８９－７まで（取引相場のない株式の評価）の例により算定した価額とするものとする。
イ 基本通達５９－６の（１）は、評価通達１８８の（１）に定める「同族株主」に該当するかどうかは、株式を譲渡又は贈与した個人の当該譲渡又は贈与直前の議決権の数により判定するものとする。
ウ 基本通達５９－６の（２）は、当該株式の価額につき評価通達１７９の例により算定する場合において、株式を譲渡又は贈与した個人が当該株式の発行会社にとって評価通達１８８の（２）に定める「中心的な同族株主」に該当するときは、当該発行会社は常に評価通達１７８に定める「小会社」に該当するものとしてその例によるものとする。
エ 基本通達５９－６の（３）は、当該株式の発行会社が土地（土地の上に存する権利を含む。）又は金融商品取引所に上場されている有価証券を有しているときは、評価通達１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、これらの資産については、当該譲渡又は贈与の時における価額によるものとする。
オ 基本通達５９－６の（４）は、評価通達１８５の本文に定める「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、評価通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないものとする。
４ 評価通達（乙１１）
（１）評価通達１７８は、取引相場のない株式（上場株式及び気配相場等のある株式以外の株式をいう。以下同じ。）の価額は、評価しようとするその株式の発行会社（以下「評価会社」という。）が所定の大会社、中会社又は小会社のいずれに該当するかに応じて、それぞれ評価通達１７９の定めによって評価するとした上で、特定の評価会社の株式の価額は、評価通達１８９の定めによって評価するものとする。
（２）評価通達１７９は、評価通達１７８により区分された大会社、中会社及び小会社の株式の価額は、それぞれ次によるとした上で、（３）において、小会社の株式の価額は、１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価するとし、納税義務者の選択により、類似業種批准方式と純資産価額方式とを併用する方式により計算した金額によって評価することもできるものとする。
（３）評価通達１８５の本文は、評価通達１７９の「１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」は、課税時期における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額から課税時期における各負債の金額の合計額及び評価通達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とするものとする。
（４）評価通達１８７は、評価通達１７９の定めにより取引相場のない株式を評価した場合において、その株式が次に掲げる場合に該当するものであるときは、その価額を、それぞれ次の算式により修正した金額によって評価するとした上で、（１）において、課税期間が配当金交付の基準日の翌日から、配当金交付の効力が発生する日までの間にある場合には、評価通達１７９の定めにより評価した価額から株式１株に対して受ける予想配当の金額を控除するものとする。
（５）ア評価通達１８８は、評価通達１７８の「同族株主以外の株主等が取得した株式」は、（１）～（４）のいずれかに該当する株式をいい、その株式の価額は、評価通達１８９の定めによるものとする。
イ 評価通達１８８の（１）は、同族株主のいる会社の株主のうち、同族株主以外の株主の取得した株式を掲げた上で、この場合における「同族株主」とは、課税時期における評価会社の株主のうち、株主の一人及びその同族関係者（法人税法施行令４条に規定する特殊の関係のある個人又は法人をいう。以下同じ。）の有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の３０％以上（その合計数が最も多いグループの有する議決権の合計数が、その会社の議決権総数の５０％超である会社にあっては、５０％超）である場合におけるその株主及びその同族関係者をいうものとする。
ウ 評価通達１８８の（２）は、中心的な同族株主のいる会社の株主のうち、中心的な同族株主以外の同族株主で、その者の株式取得後の議決権の数がその会社の議決権総数の５％未満であるものの取得した株式を掲げた上で、この場合における「中心的な同族株主」とは、課税時期において同族株主の１人並びにその株主の配属者、直系血族、兄弟姉妹及び１親等の姻族の有する議決権の合計数がその会社の議決権総数の２５％以上である場合におけるその株主をいうものとする。
（６）ア評価通達１８９は、評価通達１７８の「特定の評価会社の株式」とは、評価会社の資産の保有状況、営業の状態等に応じて定めた（１）～（６）に掲げる評価会社の株式をいい、その株主の価額は、これらに掲げる区分に従い、それぞれこれらに掲げるところによるものとする。
イ 評価通達１８９の（２）は、課税時期において評価会社の有する各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計数のうちに占める株式及び出資の価額の合計額の割合が２５％以上（評価通達１７８に定める小会社については、５０％以上）である評価会社（以下「株式保有特定会社」という。）の株式の価額は、評価通達１８９－３の定めによるものとする。
（７）評価通達１８９－３は、評価通達１８９の（２）の「株式保有特定会社の株式」の価額は、評価通達１８５の本文の定めにより計算した１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）によって評価するとした上で、上記株式保有特定会社の株式の価額は、納税義務者の選択により、評価通達１８９－３の（１）の「Ｓ₁の金額」と（２）の「Ｓ₂の金額」との合計額によって評価することができるものとする。
以上
別紙２
別表１課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
本件準確定申告
本件更正請求
本件更正処分
本件審査請求
本件裁決
平成25 年9 月12 日
平成27 年2 月6 日
平成29 年6 月30 日付平成29 年8 月28 日平成30 年7 月9 日付総所得金額①
3,422,362
3,422,362
3,422,362
3,422,362
棄却
株式等に係る譲渡所得等の金額
（⑤＋⑥）
②
1,687,586,682
665,917,041
1,066,626,239
674,245,869
内訳未公開株式等
本件株式
に係る分
譲渡価額
③
1,721,291,244
645,849,516
1,067,648,672
654,616,704
取得費
④
86,064,562
32,292,475
53,382,433
32,730,835
差引金額
（③－④）
⑤
1,635,226,682
613,557,041
1,014,266,239
621,885,869
上場株式等に係る分
⑥
52,360,000
52,360,000
52,360,000
52,360,000
分離課税の上場株式等に係る
配当所得の金額
⑦
20,936,470
20,936,470
20,936,470
20,936,470
所得から差し引かれる
金額の合計額
⑧
1,952,679
1,952,679
1,952,679
1,952,679
本年分で差し引く上場株式等に係る
繰越損失の金額
⑨
91,234,636
91,234,636
91,234,636
91,234,636
課税される所得金額
①対応分
（①－⑧）
⑩
1,469,000
1,469,000
1,469,000
1,469,000
②対応分
（⑫＋⑬）
⑪
1,596,352,000
574,682,000
975,391,000
583,011,000
未公開株式等に係る分
（⑤－⑨）
⑫
1,543,992,000
522,322,000
923,031,000
530,651,000
上場株式等に係る分
（⑥）
⑬
52,360,000
52,360,000
52,360,000
52,360,000
⑦対応分
⑭
20,936,000
20,936,000
20,936,000
20,936,000
算出税額
⑩に対する税額
⑮
73,450
73,450
73,450
73,450
⑪に対する税額
（⑰＋⑱）
⑯
235,264,000
82,013,500
142,119,850
83,262,850
⑫に対する税額
⑰
231,598,800
78,348,300
138,454,650
79,597,650
⑬に対する税額
⑱
3,665,200
3,665,200
3,665,200
3,665,200
⑭に対する税額
⑲
1,465,520
1,465,520
1,465,520
1,465,520
小計（⑮＋⑯＋⑲）
⑳
236,802,970
83,552,470
143,658,820
84,801,820
復興特別所得税額
（⑳× 2.1％）
㉑
4,972,862
1,754,601
3,016,835
1,780,838
源泉徴収税額
㉒
6,054,102
6,054,102
6,054,102
6,054,102
申告納税額
（⑳＋㉑－㉒）
㉓
235,721,700
79,252,900
140,621,500
80,528,500
予定納税額
㉔
納付すべき税額
（㉓－㉔）
㉕
235,721,700
79,252,900
140,621,500
80,528,500
別紙３
別表２所得税額等の計算
（単位：円）
（注）１⑩ないし⑭欄の金額は、1000円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
２ ㉓欄の金額は、100円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。区分
金額
総所得金額
①
3,422,362
株式等に係る譲渡所得等の金額
（⑤＋⑥）
②
1,066,626,239
内訳未公開株式等
本件株式
に係る分
譲渡価額
③
1,067,648,672
取得費
④
53,382,433
差引金額
（③－④）
⑤
1,014,266,239
上場株式等に係る分
⑥
52,360,000
分離課税の上場株式等に係る配当所得の金額
⑦
20,936,470
所得から差し引かれる金額の合計額
⑧
1,952,679
本年分で差し引く上場株式等に係る繰越損失の金額
⑨
91,234,636
課税される所得金額
課税総所得の金額
（①－⑧）
⑩
1,469,000
株式等に係る課税譲渡所得等の金額
（⑫＋⑬）
⑪
975,391,000
未公開株式等に係る分
（⑤－⑨）
⑫
923,031,000
上場株式等に係る分
（⑥）
⑬
52,360,000
分離課税の上場株式等に係る課税配当所得の金額
⑭
20,936,000
算出税額
課税総所得の金額に対する税額
⑮
73,450
株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
（⑰＋⑱）
⑯
142,119,850
未公開株式等に係る分
⑰
138,454,650
上場株式等に係る分
⑱
3,665,200
分離課税の上場株式等に係る
課税配当所得の金額に対する税額
⑲
1,465,520
小計
（⑮＋⑯＋⑲）
⑳
143,658,820
復興特別所得税額
（⑳× 2.1％）
㉑
3,016,835
源泉徴収税額
㉒
6,053,742
申告納税額
（⑳＋㉑－㉒）
㉓
140,621,900
予定納税額
㉔
納付すべき税額
（㉓－㉔）
㉕
140,621,900
別紙４本件平成２５年分所得税等の金額の計算
１ 総所得金額３４２万２３６２円
上記金額は、不動産所得、給与所得及び雑所得の各金額の合計額であり、本件準確定申告における金額と同額である（甲４）。
２ 分離課税の株式等に係る譲渡所得等の金額６億７４２４万５８６９円
上記金額は、次の（１）及び（２）の金額の合計額である。
（１）未公開株式等に係る譲渡所得等の金額６億２１８８万５８６９円
上記金額は、丙が本件法人に対して本件株式４８万７０６６株を遺贈したこと（本件遺贈）についての株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額であり、次のアの金額からイの金額を控除した後の金額である。
ア 収入金額６億５４６１万６７０４円
上記金額は、本件遺贈の時における本件株式の１株当たりの価額１３４４円に本件遺贈に係る本件株式の数４８万７０６６株を乗じた金額である。
上記本件遺贈の時における本件株式の１株当たりの価額１３４４円の算定過程は、別紙５のとおりである。
イ 取得費３２７３万０８３５円
上記金額は、上記アの収入金額６億５４６１万６７０４円に１００分の５を乗じた後の金額である（乙１０）。
（２）上場株式等に係る譲渡所得等の金額５２３６万円
上記金額は、本件準確定申告における金額と同額である（甲４）。
３ 分離課税の上場株式等に係る配当所得の金額２０９３万６４７０円
上記金額は、本件準確定申告における金額と同額である（甲４）。
４ 所得から差し引かれる金額の合計額１９５万２６７９円
上記金額は、本件準確定申告における金額と同額である（甲４）。
５ 本年分で差し引く上場株式等に係る繰越損失の金額９１２３万４６３６円上記金額は、丙の平成２４年分の所得税の確定申告において翌年に繰り越された上場株式等に係る譲渡損失の金額であって、丙の平成２５年分の株式等に係る譲渡所得の金額から差し引く繰越損失であり、本件準確定申告における金額と同額である（甲４）。
６ 課税される所得金額
（１）課税総所得の金額１４６万９０００円
上記金額は、前記１の総所得金額３４２万２３６２円から前記４の所得から差し引かれる金額の合計額１９５万２６７９円を控除した後の金額（国税通則法〔平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「通則法」という。〕１１８条１項により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（２）株式等に係る課税譲渡所得等の金額５億８３０１万１０００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 未公開株式等に係る課税譲渡所得等の金額５億３０６５万１０００円
上記金額は、措置法３７条の１２の２第６項により、前記２（１）の未公開株式等に係る譲渡所得等の金額６億２１８８万５８６９円から前記５の本年分で差し引く上場株式等に係る繰越損失の金額９１２３万４６３６円を差し引いた後の金額（通則法１１８条１項により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
イ 上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額５２３６万円
上記金額は、前記２（２）の金額である。
（３）分離課税の上場株式等に係る課税配当所得の金額２０９３万６０００円上記金額は、前記３の金額（通則法１１８条１項により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
７ 申告納税額・納付すべき税額８０５２万８９００円
上記金額は、次の（１）ないし（４）の各金額の合計額から、（５）の金額を差し引いた後の金額（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法〔平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「復興財源確保法」という。〕２４条２項により、１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（１）課税総所得の金額に対する税額７万３４５０円
上記金額は、前記６（１）の課税総所得金額１４６万９０００円に所得税法８９条１項所定の税率を乗じて算出した金額である。
（２）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額８３２６万２８５０円上記金額は、次のア及びイの各税額の合計額である。
ア 未公開株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額７９５９万７６５０円上記金額は、前記６（２）アの未公開株式等に係る課税譲渡所得等の金額５億３０６５万１０００円に措置法３７条の１０第１項所定の税率１００分の１５を乗じて算出した金額である。
イ 上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額３６６万５２００円上記金額は、前記６（２）イの上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額５２３６万円に措置法３７条の１０第１項及び所得税法等の一部を改正する法律（平成２０年法律第２３号）附則（以下「平成２０年改正法附則」という。）４３条２項に基づく税率１００分の７を乗じて算出した金額である。
（３）分離課税の上場株式等に係る課税配当所得の金額に対する税額１４６万５５２０円上記金額は、前記６（３）の分離課税の上場株式等に係る課税配当所得の金額２０９３万６０００円に措置法８条の４第１項及び平成２０年改正法附則３２条１項に基づく税率１００分の７を乗じて算出した金額である。
（４）復興特別所得税額１７８万０８３８円
上記金額は、上記（１）ないし（３）の各金額の合計額８４８０万１８２０円に復興財源確保法１３条所定の１００分の２．１の税率を乗じて算出した金額である。
（５）源泉所得税額６０５万３７４２円
上記金額は、次のア及びイの金額の合計額である。
ア 給与所得に係る源泉徴収税額７８万００４０円
上記金額は、平成２５年分の給与所得の源泉徴収票に記載された源泉徴収額である（甲４）。
イ その他の源泉徴収税額５２７万３７０２円
上記金額は、本件準確定申告における金額（上記アの給与所得に係る源泉徴収額を除いたもの）と同額である（甲４）。
以上
別紙５本件遺贈の時における本件株式の１株当たりの価額
１ 本件法人の資産の評価額８７億３９９１万４０００円
上記金額は、本件法人の本件遺贈の直前における各資産を評価通達に定めるところにより評価した価額の合計額である（弁論の全趣旨）。
２ 本件法人の負債の評価額７０億６７０６万１０００円
上記金額は、本件貸付金債務１６憶０６１１万５８００円を含む本件法人の本件遺贈の直前における各負債の金額の合計額である（弁論の全趣旨）。
３ 本件法人の純資産価額１６億７２８５万３０００円
上記金額は、上記１の金額から上記２の金額を控除した後の金額である。
４ 発行株式数１２４万株
上記株式数は、本件法人の本件遺贈の直前における発行済株式の総数１４４万株から自己株式の数２０万株を控除した後の株式数である（前記前提事実（３）イ）。
５ 本件株式の１株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）１３４９円上記金額は、上記３の金額を上記４の発行株式数で除した後の金額である。
６ 本件遺贈の時における本件株式の１株当たりの価額１３４４円
上記金額は、評価通達１８７の（１）により、上記５の金額から本件株式の１株当たりの予想配当の金額５円（乙７・１６枚目）を控除した後の金額である。
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13567.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。