税務訴訟資料第２７３号（順号１３７９９）
大阪地方裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（彦根税務署長）
令和５年１月１１日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士谷口哲一
松山和徳
山澤祐介
吉野誉文
島俊公
鋸屋好孝
天野伊織
池之昂
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁彦根税務署長
山口雅之
同指定代理人小野悠士
石田隆邦
中村拓史
上田ゆかり
田中貴之
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 彦根税務署長が令和元年６月２６日付けで原告に対してした、
（１）平成２４年２月２１日から平成２５年２月２０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額４億０６３２万６２７６円及び納付すべき税額１億２１８９万６２００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（２）平成２５年２月２１日から平成２６年２月２０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額４億２３６８万６８６３円及び納付すべき税額１億０８０３万８１００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（３）平成２６年２月２１日から平成２７年２月２０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額３億０５１１万７８２９円及び納付すべき税額６８１５万２６００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（４）平成２７年２月２１日から平成２８年２月２０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額４億９３３０万５７２９円及び納付すべき税額１億２２９９万６７００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（５）平成２８年２月２１日から平成２９年２月２０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額５億７８３３万２９４５円及び納付すべき税額１億２８０２万５２００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
をいずれも取り消す。
２ 彦根税務署長が令和元年６月２６日付けで原告に対してした、
（１）平成２５年２月２１日から平成２６年２月２０日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額１億０８０３万９０００円及び納付すべき税額１０８０万３８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（２）平成２６年２月２１日から平成２７年２月２０日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額６８１５万４０００円及び納付すべき税額６８１万５３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
をいずれも取り消す。
３ 彦根税務署長が令和元年６月２６日付けで原告に対してした、
（１）平成２７年２月２１日から平成２８年２月２０日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額１億２２９９万９０００円及び納付すべき税額５４１万１９００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（２）平成２８年２月２１日から平成２９年２月２０日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額１億２８０２万５０００円及び納付すべき税額５６３万３１００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
をいずれも取り消す。
４ 彦根税務署長が令和元年６月２６日付けで原告に対してした、
（１）平成２４年２月２１日から平成２５年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額４１７１万８４００円及び納付すべき地方消費税額１０４２万９６００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（２）平成２５年２月２１日から平成２６年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額４１４５万４０００円及び納付すべき地方消費税額１０３６万３５００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（３）平成２６年２月２１日から平成２７年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額３０１１万２０００円及び納付すべき地方消費税額８４２万９８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（４）平成２７年２月２１日から平成２８年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額７０３４万４２００円及び納付すべき地方消費税額１８９８万３８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（５）平成２８年２月２１日から平成２９年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額７２６９万６５００円及び納付すべき地方消費税額１９６１万７７００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
（６）平成２９年２月２１日から平成３０年２月２０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額９５８６万５４００円及び納付すべき地方消費税額２５８６万９３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分
をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、食品等の製造加工等を営む株式会社である原告が、彦根税務署長（処分行政庁）により令和元年６月２６日付けでされた下記①から④までの各更正処分及び各重加算税賦課決定処分の各取消し（ただし各更正処分については各申告額を超える部分）を求める事案である。
① 法人税及び重加算税（甲１、請求１項）
平成２５年２月期（平成２４年２月２１日から平成２５年２月２０日までの事業年度をいう。以下、他の事業年度、課税事業年度又は課税期間も同様に表記する。）から平成２９年２月期までの各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税に係る各更正処分及び各重加算税賦課決定処分
② 復興特別法人税及び重加算税（甲２、請求２項）
平成２６年２月期及び平成２７年２月期の各課税事業年度（以下「本件復興特別法人税各課税事業年度」という。）の復興特別法人税に係る各更正処分及び各重加算税賦課決定処分
③ 地方法人税及び重加算税（甲３、請求３項）
平成２８年２月期及び平成２９年２月期の各課税事業年度（以下「本件地方法人税各課税事業年度」という。）の地方法人税（以下、法人税、復興特別法人税及び地方法人税を併せて「法人税等」という。）に係る各更正処分及び各重加算税賦課決定処分
④ 消費税及び地方消費税並びに重加算税（甲４、請求４項）
平成２５年２月期から平成３０年２月期までの各課税期間（以下、「本件各課税期間」といい、本件各事業年度、本件復興特別法人税各課税事業年度及び本件地方法人税各課税事業年度と併せて「本件各期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る各更正処分及び各重加算税賦課決定処分（甲４、請求４項）
原告は、食品運搬用コンテナ等の備品の購入金額を製造消耗品費等として損金に計上するなどして申告していた。彦根税務署長は、上記備品が納入された事実がないにもかかわらず、納入されたように仮装した納入伝票に基づいて上記製造消耗品費等が計上されているため、その計上された金額又は同金額から実際に納入された購入金額を差し引いた金額については、法人税に関する損金の額に算入することができず、また、上記の計上された金額については消費税に関する課税仕入れに係る支払対価の額と認めることができないなどとして、令和元年６月２６日付けで、上記①から④までの各更正処分及び各重加算税賦課決定処分（以下、「本件各処分」といい、本件各処分のうち上記各更正処分を「本件各更正処分」といい、本件各処分のうち上記各重加算税賦課決定処分を「本件各賦課決定処分」という。）をした。
原告は、本件各処分（本件各更正処分については各申告額を超える部分）が後記のとおり違法であると主張して、その取消しを求めている。
１ 関係法令等の定め
別紙「関係法令等の定め」記載のとおりである。なお、同別紙において定める略称等は、以下においても用いることとする。
２ 争いのない事実等（証拠等により認定した場合には、当該証拠（枝番号のある書証について特に明記しない限り枝番号を含む。以下同じ。）等を掲記した。）
（１）原告及び株式会社Ｂ
原告は、平成３年１１月●日、株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）の食品加工部門を独立させ、食品等の製造加工（米飯・惣菜の製造、精肉・鮮魚の調理加工等）などを営むことを目的として設立された株式会社であり、その全株式をＣが保有している。
Ｄ株式会社（以下「Ｄ」という。）は、プラスチック物流資材の製造・販売などを営む株式会社である。
（２）原告とＤとの間の取引
ア 通常の取引
原告は、製造加工した商品や材料の運搬等をするために用いるコンテナ、新型コンテナ及び台車（以下「本件コンテナ等」という。）を、Ｄから購入していた（以下、原告とＤとの間の本件コンテナ等に係る取引を「本件取引」という。）。
Ｄから原告に本件コンテナ等が納品された際には、原告は、Ｄからの納品書、運送会社の送り状、Ｄが各欄を記入した納入伝票を照合の上、帳簿に記載するとともに、当該納入伝票記載の代金を毎月２０日締め翌月１０日にＤに支払っていた。
なお、上記のコンテナ及び新型コンテナは、貨物輸送に用いるような大型容器ではなく、ポリプロピレンを材質とし、その多くは外寸が５５７ｍｍ×４５８ｍｍ×１２２ｍｍの容器であり、原告において食肉等の商品等を入れて運搬、保管する際に使用されていた（甲１０、１１、１４、弁論の全趣旨）。
イ 預け金を利用した取引
（ア）原告は、平成１９年１月から、費用計上の平準化等を目的として、Ｄに対し、実際には納入していない本件コンテナ等に係る商品名、数量（個）、単価（税込み）及び金額（税込み）を記載し、発生日付欄のみ空欄とした納入伝票の作成を依頼し、受領した納入伝票に任意の日付を記載することで、納入伝票の記載金額の税抜き価額を製造消耗品費及び備品消耗品費として計上していた（以下、上記の原告がＤに作成を依頼した実際の納入を伴わない納入伝票を「本件納入伝票」といい、上記の原告が本件コンテナ等について費用計上していた製造消耗品費及び備品消耗品費を「本件製造消耗品費等」という。）。
（イ）原告は、本件各期間においても、上記（ア）と同様に本件納入伝票の作成をＤに依頼し、Ｄから本件納入伝票を受領後、任意に当該伝票等の発生日付欄に、日付を記入して承認印を押印し、記載金額（税込み）をＤに対して送金するとともに、記載金額の税抜き価額を本件製造消耗品費等に計上していた。そして、原告は、Ｄに送金した上記金員を預け金として留保させていた（以下、この原告がＤに送金し、留保させていた金員を「本件預け金」という。）。
（ウ）原告は、通常の取引とは別に、本件預け金を使用することを前提に、必要に応じて、Ｄに実際に本件コンテナ等を納入させ、その納入の都度、本件預け金の残高で代金を賄っていた。
原告は、当該納入により取得した本件コンテナ等の検品作業を行った後、その使用を直ちに開始し、納入の事実が確認できる送り状及び納品書（以下、本件コンテナ等の納入に係る運送会社の送り状及びＤからの納品書を「本件納品書等」という。）を破棄していた。
原告は、当該納入に際し、実際に納入された本件コンテナ等に係る経理処理を行わなかった。
（エ）原告は、平成２８年１２月の経営会議において、従来から使用していた型式のコンテナ等の総入替えを決定し、Ｄに対し、新型コンテナを発注することとし、新型コンテナの納入に係る費用を平準化するため、これまでと同様の本件納入伝票による処理を行うこととした。そして、平成２８年１２月から平成３０年２月までの間、Ｄに作成させた本件納入伝票に基づき、当該伝票に記載した新型コンテナの代金の金額の税抜き価額を本件製造消耗品費等に計上するとともに、消費税等の仕入税額控除の対象とし、Ｄに対し、本件納入伝票に記載の金額（税込み）を送金して本件預け金とした。
（オ）前記（ウ）の納入の際、本件納入伝票に記載した商品と、後日実際に納品される商品が異なる場合があったが、原告は、その場合でも帳票類の訂正は行わず、前記（ウ）のとおり、本件納品書等を破棄していたため、当該納入伝票によって実際に納品された商品が何であるかを確認することができない状態にあった。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13799.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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