税務訴訟資料第２７３号（順号１３８３２）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
令和５年３月１６日棄却・確定
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士岩品信明
同訴訟復代理人弁護士藤森翔太
同芥川詩門
同補佐人税理士藤澤鈴雄
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁麹町税務署長
芦田眞一
同指定代理人髙橋紀子
同青木雄弥
同今中暉
同平山陽子
同淺野三保子
同赤岩剛広
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 麹町税務署長が平成３０年６月２９日付けで原告に対してした次の（１）から（８）までの処分をいずれも取り消す。
（１）平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１億８９９７万３１７６円及び納付すべき税額４５５２万５８００円を超える部分（２）平成２６年２月１日から平成２７年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額４億２２６７万６０２６円及び納付すべき税額１億０４９７万１６００円を超える部分
（３）平成２７年２月１日から平成２８年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額７億２５１２万２１９６円及び納付すべき税額１億８１００万９３００円を超える部分
（４）平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１億０６６９万７７００円及び納付すべき税額２０８９万０７００円を超える部分（５）平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき税額４６８万８１００円を超える部分
（６）平成２６年２月１日から平成２７年１月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき税額１０６３万２６００円を超える部分
（７）平成２７年２月１日から平成２８年１月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき税額８０９万８９００円を超える部分
（８）平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき税額１０９万０６００円を超える部分
２ 麹町税務署長が平成３０年１０月３０日付けで原告に対してした次の（１）から（８）までの処分をいずれも取り消す。
（１）平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（２）平成２６年２月１日から平成２７年１月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（３）平成２７年２月１日から平成２８年１月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（４）平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（５）平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（６）平成２６年２月１日から平成２７年１月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（７）平成２７年２月１日から平成２８年１月３１日までの課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
（８）平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分
第２ 事案の概要
本件は、内国法人である原告が、法人税、復興特別法人税及び地方法人税の確定申告をしたところ、麹町税務署長から、原告が５０％の株式を保有するシンガポール共和国（以下「シンガポール」という。）の外国法人が租税特別措置法（平成２９年法律第４号による改正前のもの）６６条の６第１項の特定外国子会社等に該当するとして、法人税、復興特別法人税及び地方法人税に係る各更正処分並びにこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分を受けたことから、上記の各更正処分のうち確定申告において申告した納付すべき税額を超える部分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（ただし、当初の各賦課決定処分が麹町税務署長によって取り消された後に同署長によってされたもの）の各取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する租税特別措置法（平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日まで、同年２月１日から平成２７年１月３１日まで及び同年２月１日から平成２８年１月３１日までの各事業年度については平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの事業年度については平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下「措置法」という。）及び租税特別措置法施行令（平成２８年政令第１５９号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）の規定は、別紙１のとおりである（同別紙中で定義した用語は、以下の本文においても同様に用いる。）。
これらの規定が定める軽課税国にある子会社等の所得の益金算入に係る制度（外国子会社合算税制）の概要は、次のとおりである。
（１）特定外国子会社等の所得の益金への算入
発行済株式等の総数又は総額のうち居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者（後記（２））が有する直接又は間接保有の株式等の数の合計数又は合計額の占める割合が５０％を超える外国法人を、「外国関係会社」という（措置法６６条の６第２項１号）。また、内国法人の有する外国関係会社の直接又は間接保有の株式等の数が当該外国関係会社の発行済株式等の総数又は総額のうちに占める割合が１０％以上であり、かつ、当該外国関係会社の本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が、我が国における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める条件に該当する場合、当該外国関係会社を当該内国法人の「特定外国子会社等」という（措置法６６条の６第１項１号）。
そして、内国法人の特定外国子会社等が、各事業年度において所得の金額に基づいて計算された適用対象金額（措置法６６条の６第２項２号）を有する場合、同金額のうち政令で定めるところにより計算された課税対象金額に相当する金額は、当該内国法人の収益の額とみなされ、各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入される（同条１項柱書き）。
（２）特殊関係非居住者
前記（１）においてその有する株式等が外国関係会社の該当性の判断において考慮される「特殊関係非居住者」とは、居住者又は内国法人と一定の関係にある非居住者であり、居住者の親族、居住者と事実上婚姻関係と同様の事情にある者、居住者の使用人、内国法人の役員等がこれに該当する（措置法６６条の６第２項１号、措置法施行令３９条の１４第３項）。
（３）適用除外規定
外国法人が特定外国子会社等に該当する場合であっても、次のアからエまでの要件（以下「適用除外要件」という。）を満たした場合には、前記（１）の課税対象金額に相当する金額の益金の額への算入はされない（措置法６６条の６第３項。以下、同項の規定を「適用除外規定」という。）。
ア 主たる事業が株式等又は債権の保有、工業所有権等の提供等でないこと
イ 本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において、主たる事業を行うに必要と認められる事業所、店舗、工場その他の固定施設を有していること
ウ 主たる事業の管理、支配及び運営を自ら行っていること
エ 各事業年度において行う主たる事業の種類に応じて次の（ア）又は（イ）に該当すること
（ア）主たる事業が卸売業、銀行業、信託業、金融商品取引業、保険業、水運業又は航空運送業のいずれかに該当する場合、その事業を主として当該特定外国子会社等に係る措置法６６条の６第１項各号等に掲げる者（関連者）以外の者（非関連者）との間で行っている場合に該当すること
（イ）主たる事業が前記（ア）以外の事業である場合、その事業を主として本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において行っている場合に該当すること
（４）非関連者基準
前記（３）エ（ア）の基準（以下「非関連者基準」という。）については、原則として、各事業年度の収入金額等の合計額のうちに占める非関連者から収入するもの等の合計額の割合が５０％を超える場合にこれを満たすものとされている（措置法施行令３９条の１７第８項）。
特定外国子会社等の主たる事業が卸売業の場合は、当該各事業年度の棚卸資産の販売に係る収入金額の合計額のうちに非関連者との間の取引に係る販売取扱金額の合計額の占める割合が５０％を超える場合、又は当該各事業年度において取得した棚卸資産の取得価額の合計額のうちに非関連者との間の取引に係る仕入取扱金額の合計額の占める割合が５０％を超える場合、非関連者基準を満たす（措置法施行令３９条の１７第８項１号）。
特定外国子会社等の主たる事業が水運業の場合は、当該各事業年度の船舶の運航及び貸付けによる収入金額の合計額のうちに当該収入金額で非関連者から収入するものの合計額の占める割合が５０％を超える場合、非関連者基準を満たす（同項６号）。
２ 前提事実（当事者間に争いのない事実のほか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実。以下、書証の枝番号を省略することがある。）
（１）原告及びその関係者
ア 原告は、海上運送事業等を目的とする株式会社であり、日本に本店を有する法人である。原告は、全ての議決権を有するパナマ共和国法人に所有させたケミカルタンカー（化学品を含む多種類の貨物を同時に積載することができる船舶）を使用して外航海運業を営んでいる。
原告の事業年度は、２月１日から翌年１月３１日までである（以下、平成２６年１月３１日、平成２７年１月３１日、平成２８年１月３１日及び平成２９年１月３１日を末日とする原告の各事業年度を併せて「本件各事業年度」といい、それぞれの事業年度については「平成２６年１月期」のようにその終期に応じて表記する。）。
イ 乙（以下「乙」という。）は、Ｂ株式会社（現在の株式会社Ｃ）に入社して航海士等として勤務した後、平成６年にシンガポールに移住し、海事及び海運のコンサルティング、船舶売買の仲介、海事港湾局への各種申請の代行等を業務とするＤを設立した。乙は、平成１２年１月に同国の永住権者（ＰｅｒｍａｎｅｎｔＲｅｓｉｄｅｎｔ）の資格を取得し、同国の国民登録番号を付与されている。
乙は、日本国籍を有するが、上記のとおり平成６年以降シンガポールに居住しており、措置法２条１項１号の２の非居住者に該当する。
（甲２、４６）
ウ 平成１６年６年●日に設立されたＥ（以下「Ｅ社」という。）は、シンガポールに本店又は主たる事務所を有する外国法人である。Ｅ社の事業年度は、１０月１日から翌年９月３０日までである（以下、平成２５年９月３０日、平成２６年９月３０日、平成２７年９月３０日及び平成２８年９月３０日を末日とするＥ社の各事業年度を併せて「Ｅ社各事業年度」といい、それぞれの事業年度については「Ｅ社平成２５年９月期」のようにその終期に応じて表記する。）。
原告及び英国領バージン諸島法人であるＦ（以下「Ｆ社」という。）は、Ｅ社各事業年度の末日において、Ｅ社の発行済株式総数のうち５０％ずつを保有していた。また、乙は、Ｅ社各事業年度の末日において、Ｆ社の全ての株式を保有していた。
（２）確定申告及び更正処分等
ア 原告は、麹町税務署長に対し、本件各事業年度の法人税の確定申告、平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの課税事業年度（以下「平成２６年１月課税事業年度」という。）及び平成２６年２月１日から平成２７年１月３１日までの課税事業年度（以下「平成２７年１月課税事業年度」という。）の復興特別法人税の確定申告、並びに平成２７年２月１日から平成２８年1 月３１日までの課税事業年度（以下「平成２８年１月課税事業年度」という。）及び平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日までの課税事業年度（以下「平成２９年１月課税事業年度」という。）の地方法人税の確定申告を、いずれも法定申告期限内に行った（以下、これらの申告に係る確定申告書を「平成２６年１月期法人税確定申告書」、「平成２６年1 月期復興税確定申告書」、「平成２８年１月期地方法人税確定申告書」などという。）。原告は、上記の各確定申告において、Ｅ社の課税対象金額に相当する金額を益金の額に算入していなかった。
原告は、上記の本件各事業年度の法人税の確定申告において、いずれも適用除外規定の適用がある旨を記載した書面（措置法６６条の６第７項。以下「適用除外記載書面」という。）を確定申告書に添付していなかったが、本件訴訟提起後の令和４年１１月１７日、麹町税務署長に対し、本件各事業年度の適用除外記載書面を提出した。
（甲１１２、乙５ないし１０）
イ 麹町税務署長は、Ｅ社は原告の特定外国子会社等に該当するところ、Ｅ社の事業は水運業（船舶貸渡業）であり非関連者基準を充足しないこと、確定申告書に適用除外記載書面が添付されていないことから、適用除外規定は適用されず、したがってＥ社の課税対象金額に相当する金額を原告の益金の額に算入すべきであるとして、平成３０年６月２９日、原告に対し、本件各事業年度の法人税に係る各更正処分（以下、併せて「本件法人税各更正処分」といい、それぞれの更正処分については「平成２６年１月期法人税更正処分」などと表記する。）、平成２６年１月課税事業年度及び平成２７年１月課税事業年度の復興特別法人税に係る各更正処分（以下「平成２６年１月期復興税更正処分」及び「平成２７年１月期復興税更正処分」といい、併せて「本件復興税各更正処分」という。）、並びに平成２８年１月課税事業年度及び平成２９年１月課税事業年度の地方法人税に係る各更正処分（以下「平成２８年１月期地方法人税更正処分」及び「平成２９年１月期地方法人税更正処分」といい、併せて「本件地方法人税各更正処分」という。また、本件法人税各更正処分、本件復興税各更正処分及び本件地方法人税各更正処分を併せて「本件各更正処分」という。）をするとともに、本件各更正処分に伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、併せて「本件旧各過少申告加算税処分」という。）をした。
本件各更正処分において納付すべき税額とされた金額は、①法人税は、平成２６年１月期が５００１万９６００円、平成２７年１月期が１億６２７８万５９００円、平成２８年１月期が２億８１８５万３８００円、平成２９年１月期が１億４８５８万１２００円であり、②復興特別法人税は、平成２６年１月課税事業年度が５８０万７１００円、平成２７年１月課税事業年度が１６５１万４７００円であり、③地方法人税は、平成２８年１月課税事業年度が１２５０万６１００円、平成２９年１月課税事業年度が６６３万６８００円であった。また、本件旧各過少申告加算税処分の額は、①法人税に係るものは、平成２６年１月期が４４万９０００円、平成２７年１月期が５７８万１０００円、平成２８年１月期が１００８万４０００円、平成２９年１月期が１７９１万４０００円であり、②復興特別法人税に係るものは、平成２６年１月課税事業年度が１１万１０００円、平成２７年１月課税事業年度が５８万８０００円であり、③地方法人税に係るものは、平成２８年１月課税事業年度が４４万円、平成２９年１月課税事業年度が７７万６５００円であった。
（３）審査請求及び本件訴訟の提起
ア 原告は、平成３０年９月２７日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分及び本件旧各過少申告加算税処分の各取消しを求める審査請求をした。
麹町税務署長は、同年１０月３０日、本件旧各過少申告加算税処分に理由の不備があるとしてこれを取り消し、同日、理由を補充した上で従前と同額の過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、併せて「本件新各過少申告加算税処分」という。）をした。これを受けて、原告は、同年１２月１２日、上記審査請求のうち、本件旧各過少申告加算税処分の各取消しを求める部分を取り下げ、本件新各過少申告加算税処分の各取消しを求める審査請求をした。
国税不服審判所長は、令和元年８月５日、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
本件の法人税、復興特別法人税及び地方法人税に係る確定申告、更正処分、審査請求、裁決等の経緯は、それぞれ別表１ないし３のとおりである。
イ 原告は、令和２年１月３１日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 争点
（１）乙が「特殊関係非居住者」に該当するか否か（争点１）
（２）確定申告書に適用除外記載書面を添付することが適用除外規定の適用を受けるための要件であるか否か（争点２）
（３）原告が確定申告書に適用除外記載書面を添付しなかったことについて「やむを得ない事情」があると認められるか否か（争点３）
（４）Ｅ社が非関連者基準を充足するか否か（争点４）
（５）本件の税務調査（以下「本件調査」という。）の違法性（争点５）
なお、被告が本件訴訟において主張する原告の法人税、復興特別法人税、地方法人税及び過少申告加算税の税額の根拠は、別紙２「被告主張の納付すべき税額等」のとおりである。原告は、後記のとおり、外国子会社合算税制の適用の有無を争うとともに、本件調査に違法があった旨も主張するが、これらの主張が認められなかった場合に被告主張の税額の計算方法を採ることについては争っていない。
上記争点１ないし５に関する当事者の主張は、次の４ないし８のとおりである。
４ 争点１（乙が「特殊関係非居住者」に該当するか否か）
（被告の主張）
（１）措置法施行令３９条の１４第３項１号は、「居住者の親族」を特殊関係非居住者と定めるところ、この「親族」の意義について、民法上の親族である６親等内の血族、配偶者及び３親等内の姻族（同法７２５条）と別異に解すべき特段の理由はない。そして、乙は、Ｅ社各事業年度の末日において非居住者に該当し、かつ、複数の居住者との関係で民法上の親族に当たるから、特殊関係非居住者に該当する。
（２）ア租税法律主義の原則に照らせば、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきではなく、また、侵害規範である租税法規の解釈に当たっては法的安定性の要請が強く働くから、原則として文理解釈によるべきである。そして、措置法施行令３９条の１４第３項１号は、文理解釈によって意味内容が明らかであり、原告が主張するように「居住者の民法上の親族のうち、居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの」と限定して解釈する余地はない。
イ 外国子会社合算税制の立法当初、課税要件を明確にし、執行面でも安定性を確保することが必要であると認識されたことから、外国関係会社の判定においても客観的かつ明確な基準が定められたところ、措置法施行令３９条の１４第３項１号の「親族」について原告が主張する意義に解釈することは、「親族」の通常の意味内容から乖離し、納税義務者の予測可能性や法的安定性を欠くこととなるから、上記立法趣旨に反する。
また、外国子会社合算税制は、居住者又は内国法人が、軽課税国に所在する外国法人に対する資本関係を通じた経済実質的な支配力を利用して租税負担を不当に軽減することに対処することを目的とするところ、居住者が保有する発行済株式等によってのみ外国関係会社を判定すると、国外に居住する親族等に株式等を分散保有させることが懸念されたことから、居住者と特殊の関係にある非居住者の発行済株式等の保有割合も考慮することとしたものであり、措置法施行令３９条の１４第３項において、株式等の保有を分散させて支配するおそれのある形態が類型化されて形式的に定められている。そして、同項１号は、居住者と親族関係にある非居住者を、居住者等から金銭等を受けているか否かにかかわらず、形式的に特殊関係非居住者に含めることで外国子会社合算税制の適用の潜脱を防止しようとするものであるから、原告が主張する限定解釈は、同項の趣旨目的に反するものである。
ウ 措置法施行令３９条の１４第３項４号は、「居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの」を特殊関係非居住者と定めているところ、同項１号の「親族」の意義を原告が主張するように限定する趣旨であれば、同項４号と同様の文言でその旨を規定するのが自然であり、そのように規定することが困難な事情はない。また、仮に同項１号を原告が主張するように解釈すると、同号をあえて同項４号と別個に規定する必要がなくなるから、この点からも原告の解釈は誤りである。
エ 原告が主張するジョイントベンチャーに係る弊害については、居住者の民法上の親族である非居住者が特殊関係非居住者に該当することをもって直ちに生ずるものではなく、外国子会社合算税制の適用を受けるか否かは、当該ジョイントベンチャーである外国関係会社が特定外国子会社等に該当するか否かや、適用除外要件の充足の有無等によって決まるから、原告の主張には論理の飛躍がある。
また、適用除外規定に規定されていない事情は、外国子会社合算税制の適用の有無を検討するに当たって考慮すべきではなく、ジョイントベンチャーの持分を保有する非居住者等又は内国法人の正常な経済活動を阻害するなどの事情を理由として、「居住者の親族」の意義を限定すべきではない。
（原告の主張）
（１）ア（ア）法が特殊関係非居住者の株式等の保有割合を考慮することとした趣旨は、非居住者を経由した当該外国法人に対する支配を捕捉することにあるところ、措置法施行令３９条の１４第３項各号において類型化された支配形態が存在するだけでは、当該居住者等は、株式の保有を通じて、又は株式の保有を分散させて当該外国法人を支配することはできない。本件で問題となっている同項１号が規定する居住者とその親族である非居住者との関係は事実関係にすぎず、同項が捕捉しようとしている支配形態には当たらない。
したがって、同号が規定する「居住者の親族」の意義については、我が国の法人又は居住者が株式の保有を通じて支配している者を利用して租税回避をする可能性のある場合、すなわち、「居住者の民法上の親族のうち、居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの」と限定して解釈すべきである。
（イ）乙には、居住者である親族が複数存在するが、これらの者との人間関係は希薄であり、金銭その他の資産によって生計を維持される関係にない。したがって、乙は、いずれの親族との関係においても「居住者の親族」に該当せず、特殊関係非居住者に当たらない。
イ 仮に措置法施行令３９条の１４第３項１号の「親族」の意義を民法上の親族と同義と解釈すると、次に述べる不都合が生ずるから、そのような解釈は妥当ではない。
（ア）日本国籍の非居住者が内国法人と５０対５０の割合でジョイントベンチャーを組成する場合、当該非居住者には通常親族関係のある居住者がいるから特殊関係非居住者に該当し、当該内国法人に外国子会社合算税制が適用される。他方、特殊関係非居住者ではない外国籍の非居住者が内国法人とジョイントベンチャーを組成する場合は、当該内国法人には外国子会社合算税制は適用されない。そうすると、日本国籍の非居住者は内国法人からジョイントベンチャーの相手方として選定されず、その正常な経済活動が阻害される結果となって、外国子会社合算税制の趣旨に反する。
（イ）令和２年６月末現在で外国籍の居住者（日本在住の外国人）の数は２８８万人であり、これらの者との関係での特殊関係非居住者は１０００万人超に上るところ、これらの特殊関係非居住者は外国法人の株式をいくらか保有していると推測される。そうすると、そのような特殊関係非居住者が株式を保有する外国法人と内国法人が出資割合を５０対５０とするジョイントベンチャーを組成すると、当該内国法人は外国子会社合算税制の適用を受けることになるところ、そのようなジョイントベンチャーを外国子会社合算税制の適用を受けることなく組成することができないとなると、日本企業の海外における正常な経済活動を阻害する結果となり、外国子会社合算税制の趣旨に反する。また、多数存在する外国法人との間の５０対５０の出資割合のジョイントベンチャーの税務関係を全て見直す必要が生ずることになりかねない。
（２）原告には、租税回避の目的はなく、客観的に租税回避の事態が生じていると評価すべき事情もないため、乙は特殊関係非居住者に該当しない。
５ 争点２（確定申告書に適用除外記載書面を添付することが適用除外規定の適用を受けるための要件であるか否か）
（被告の主張）
（１）措置法６６条の６第７項は、確定申告書に適用除外記載書面を添付するなどした場合に限り適用除外規定が適用される旨規定するところ、これは、当該内国法人に適用除外規定の適用を受ける旨の意思を明らかにさせるとともに、課税庁が適用除外要件の該当性に係る判断の根拠となる資料を早期かつ確実に収集し、同要件の充足の有無について適正かつ迅速に判断することを可能にするために設けられたものである。そして、措置法６６条の６第７項の規定の文言並びに適用除外要件の該当性に係る判断のための資料収集等の必要性及び重要性に鑑みれば、確定申告書への適用除外記載書面の添付は、適用除外規定の適用を受けるための要件であると解すべきである。
（２）特殊関係非居住者に該当するか否かは措置法施行令の文言から明白であり、特定外国子会社等に該当するか否かも客観的な資本関係及び外国法人の租税負担割合から容易に判断できるから、独自の見解によってこれらに該当しないと判断して適用除外記載書面を添付しなかった者を救済する必要はない。
仮に、内国法人が確定申告書を提出する時点において特殊関係非居住者や特定外国子会社等に該当する者がいないと判断して適用除外記載書面を添付しなかった場合であっても適用除外規定の適用を受けられるとすると、適用除外記載書面の添付の有無を内国法人が自由に決定できることになって措置法６６条の６第７項の規定が意味をなさなくなり、課税要件を明確化して課税執行面における安定性を確保しつつ税負担の実質的な公平を図るという外国子会社合算税制の目的に反する結果となる。
（原告の主張）
（１）本件のように、内国法人において確定申告書提出時点で特定外国子会社等に該当する法人が存在するものと認識していなかった場合、当該内国法人は、確定申告書提出時点では適用除外要件の充足について検討していないため、適用除外記載書面を添付することは不可能である。したがって、特定外国子会社等に該当する法人が存在するとしても適用除外要件を満たしているときは、確定申告書の提出時点で適用除外記載書面を添付することは、適用除外規定の適用を受けるための要件ではないと解すべきである。
（２）外国子会社合算税制は、当該内国法人とは別個の法人格を有する外国法人の所得を益金に算入する異例の措置であり、法人税法の特例であるから、課税対象が過度に拡張しないよう範囲を限定すべきであるところ、適用除外記載書面の添付を適用除外規定の適用を受けるための要件とすることは、外国子会社合算税制の趣旨を没却し、課税対象範囲を過度に拡張しながらこれを是正しないものであって、違法である。
（３）適用除外記載書面の添付を適用除外規定の適用を受けるための要件とすると、実体的に適用除外要件を充足していても特定外国子会社等の収益について合算課税されることになるが、そのような課税を正当化することはできない。また、適用除外記載書面を添付しないことをもって収益の額を増加させることは、原則として取引から実現した利益によって構成されるものである「収益」（法人税法２２条２項）の概念と矛盾する。さらに、適用除外規定は、適用除外要件を満たす場合は合算課税をしないという趣旨で制定されたものであり、適用除外記載書面を添付する場合は合算課税をしないという趣旨で制定されたものではない。
したがって、適用除外記載書面の添付は適用除外規定の適用を受けるための要件ではないと解すべきである。
（４）適用除外要件の該当性に係る判断の根拠となる資料を早期にかつ確実に収集することが目的なのであれば、添付しない場合や添付が遅延した場合の罰則を設けるべきであり、上記目的と収益を増加させるという効果との間には関連性がない。したがって、適用除外記載書面の添付は、適用除外規定の適用を受けるための要件ではないと解すべきである。
（５）平成２７年度税制改正により、適用除外記載書面の添付等がなかったことについてやむを得ない事情があるときは適用除外規定の適用を認める宥恕規定が設けられ、平成２９年度税制改正により、適用除外記載書面の添付は不要となった。このように、近年の税制改正は、書類の不備による課税をすべきではないという方針を採っているところ、本件においても、同方針に従い、適用除外記載書面の添付がなくとも適用除外規定を適用すべきである。
６ 争点３（原告が確定申告書に適用除外記載書面を添付しなかったことについて「やむを得ない事情」があると認められるか否か）
（原告の主張）
平成２９年１月期の確定申告については、措置法６６条の６第８項により、適用除外記載書面の添付等がなかったことについて「やむを得ない事情」があると認められるときは、適用除外規定が適用される。
原告は、Ｅ社が外国関係会社に該当しないものと認識しており、本件訴訟でもその旨主張しているところ、適用除外記載書面を提出することにより、平成２９年以前の事業年度も含め、乙が特殊関係非居住者に該当することを自ら認めたと受け取られるおそれがあるから、確定申告書に適用除外記載書面を添付しなかったことについて「やむを得ない事情」があるといえる。
（被告の主張）
原告が確定申告書に適用除外記載書面を添付しなかったことについて、「やむを得ない事情」があるとはいえない。
７ 争点４（Ｅ社が非関連者基準を充足するか否か）
（被告の主張）
（１）以下の事情からすれば、Ｅ社における船舶の売却に係る業務は、定期用船に係る業務との関係で、独自の目的、内容、機能等を有しておらず、定期用船事業に付随し、又は包含されるものであって、Ｅ社各事業年度におけるＥ社の事業は定期用船事業のみであるから、主たる事業は同事業である。そして、Ｅ社は、定期用船事業を関連者との間でのみ行っているから、非関連者基準を充足しない。
ア（ア）日本標準産業分類は、事業所において社会的な分業として行われる財貨及びサービスの生産又は提供に係る全ての経済活動を分類するものであり、産業構造の変化等に応じて繰り返し改訂がされ、一般の社会通念を反映したものとして我が国において広く用いられているから、これを基準として主たる事業を判断することが合理的であり、課税の公平の見地からも相当である。したがって、日本標準産業分類から離れて主たる事業の判断を行うことが許されるのは例外的な場合に限られるところ、原告が主張する「船舶投資業」が外国子会社合算税制の適用上事業として認められるべき例外的事情はない。
（イ）特定外国子会社等が非関連者基準を満たすか否かは、各事業年度における主たる事業が措置法６６条の６第３項各号に掲げるいずれの事業に該当するかに応じて判断されるから、主たる事業の判定は事業年度ごとに行うべきである。
原告は、複数の事業年度をまとめて主たる事業を判定すべき旨主張するが、同主張によれば抽出する事業年度によって主たる事業が異なることになり、恣意的な選定を排除できないから、明確性、公平性が要求される租税法規の解釈として許されない。
イ 基本定款と位置付けられるＭｅｍｏｒａｎｄｕｍｏｆＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ及び登記によれば、Ｅ社は、船舶運航、用船業務等を主な目的として活動することを認識し、これを対外的に表明している。
Ｅ社の事業目的は、中古船舶を相当程度長時間（５年程度）保有した後に売却することで、船舶の売却益に対する課税を免れることにある。
ウ Ｅ社は、定期用船によって継続的に収入が得られることを前提に事業計画を策定し、船舶を購入した後、数年間にわたってその船舶を定期用船に供して収入を得て、これによって借入金を返済し、その後定期用船に供した船舶のうち売却できるものを売却するという一連の経済活動を行っているところ、これを全体としてみれば、Ｅ社の経済活動の実態は、定期用船を事業として行うものにほかならない。船舶の売買は、定期用船に供するための船舶の購入及び定期用船に供し終えた後の船舶の売却であり、定期用船に付随する業務である。
Ｅ社は、継続的に定期用船を行う一方で、Ｅ社各事業年度に売却した船舶は４隻のみであり、売却がされなかった事業年度もあったのであるから、船舶の売却は、定期用船と比較すれば不定期かつ単発のものであった。
Ｅ社は、財務諸表において主たる事業が定期用船であることを明らかにしており、定期用船の収入が主たる営業収入となっている。また、Ｅ社は、財務諸表上、船舶を、売却目的で保有する棚卸資産（商品）ではなく事業の用に供するための固定資産（減価償却資産）として計上しており、減価償却費も計上しているが、売却目的で船舶を購入していたのであれば、財務諸表上固定資産ではなく棚卸資産として計上すべきであり、粗利益の計算においても、船舶の減価償却による費用の計上及びこれに伴う帳簿価額の減額が生じない計算方法を用いるべきである。
エ Ｅ社は定期用船に係る船舶管理業務を他社に委託して行わせていたところ、Ｅ社各事業年度における委託費用は、船舶の売却に係る業務に要した人的費用を大きく上回る。
オ Ｅ社は、シンガポールにおける納税申告において、定期用船に係る所得がシンガポール所得税法１３Ａ条（１）の免税の対象となる「海運会社の所得」に当たる旨を明らかにしている。また、同法上、船舶の売買事業から生ずる所得は「海運会社の所得」に含まれないこととされているところ、Ｅ社は、Ｅ社各事業年度において生じた船舶の売却益を課税の対象として申告していない。
（２）原告は、仮にＥ社の主たる事業が水運業（定期用船事業）であったとしても、措置法施行令３９条の１７第８項６号の「船舶の運航及び貸付けによる収入金額の合計額」に船舶の売却代金も含まれる旨主張するが、同号の規定の文理に反する。また、付随業務から生ずる臨時的、偶発的な収入金額も含めて非関連者基準の充足の有無を判断すると、関連者を相手として定期用船を行いながら船舶の売却先のみを非関連者とすることによって容易に同基準を充足することが可能となり、同基準の趣旨を没却する。
（原告の主張）
（１）Ｅ社は、保有する船舶が売却されるまでの間、これを用いて原告のグループ会社に対して定期用船を行っているから、船舶投資業及び水運業を並行して営んでいるものである。そして、以下の事情からすれば、Ｅ社の主たる事業は船舶投資業であり、同事業は非関連者との間でのみ行われているから、Ｅ社は非関連者基準を充足する。
ア（ア）船主業の事業分類は、船舶貸渡業と船舶投資業とに区分することが適切であるところ、Ｅ社の事業区分は船舶投資業に該当する。
被告は、日本標準産業分類から離れて特定外国子会社等の事業の判定をすることが許容されるのは例外的な場合に限られる旨主張するが、同分類は、調査統計資料相互間の統一性と比較性のために作成されたものであり、租税を目的として作成されたものではないから、一般的に同分類から離れた判定をすることは許容される。
仮に日本標準産業分類に当てはめるとしても、Ｅ社におけるケミカルタンカーの売却事業は、「運輸業…の産業用使用者に商品を…多額に販売するもの」として、輸送用機械器具卸売業に分類される。
（イ）船舶投資業のように長期間にわたって計画的に行われる事業については、一貫した事業計画に基づいて事業を遂行しているにもかかわらず、船舶を売却した事業年度と売却しなかった事業年度との間で主たる事業が異なるのは相当でないから、複数の事業年度をまとめて主たる事業を判定すべきである。
イ（ア）Ｅ社各事業年度の船舶投資の売上は全体の５２．０％、粗利益は全体の８８．３％を占め、定期用船の売上及び粗利益を上回る。事業年度ごとに比較しても、Ｅ社平成２５年９月期以外は、船舶投資の売上及び粗利益が定期用船の売上及び粗利益を上回る。
船舶への投資額の回収割合という点に着目しても、船舶の譲渡対価による回収割合が用船収入による回収割合を上回る。
（イ）被告は、船舶投資業であれば対象となる資産は固定資産（減価償却資産）ではなく棚卸資産として計上すべきである、粗利益の計算において減価償却による費用を計上すべきでないなどと主張する。しかし、資産の賃貸と売買とを兼ねる混合的事業では、当該資産は貸付けによって減価するから、減価分を期間損益計算及び課税所得計算において控除することは当然である。Ｅ社は、法人税法上の償却限度額内で減価償却を行っており、主たる事業の判定のため所得金額の状況を勘案する際、減価償却について別途検討する必要はない。
ウ（ア）Ｅ社における船舶投資に係る業務は、業界紙や専門誌の分析、シンガポールの海運海事関係者、日本や外国の海運会社の役職員及び売船仲介業者との面談等を通じた日々の情報収集、売却益のシミュレーション、契約書の作成及び契約の締結、売却先候補や船舶売買仲介業者との交渉、入金や船舶引渡しへの立会いなどがある。他方、定期用船については、用船先はグループ会社であるから、用船先を探す手間はかからず、信用等の検討、交渉、クレーム対応なども不要である。また、Ｅ社は、他社に船舶管理を委託しているから、定期用船中は、用船料に係る請求書の作成、請求及び着金確認、船舶管理費の支払程度の業務しかない。したがって、Ｅ社の役員及び従業員は、定期用船に係る業務には労力を割いておらず、ほぼ全員が船舶投資業に従事しているものである。
Ｅ社の固定施設は、事務所と什器程度しか存在しないが、いずれも船舶投資業に用いられている。
（イ）被告は、Ｅ社が他社に委託して行わせている定期用船の管理業務に係る費用が船舶売却業務に係る人的費用を上回る旨主張するが、他社の人員及び固定施設に委託している業務はＥ社自身が行っているものではないから、主たる事業の判定において考慮することはできない。
エ Ｅ社は、船舶投資を主たる事業とし、定期用船は付随的なものにすぎないから、時機を逃さず船舶を売却するため、全ての定期用船先を中途解約のしやすいグループ会社としている。また、ケミカルタンカーは、売価が長期間の周期で変動する上、一般的に３０年近く使用されるため、Ｅ社による５年程度の保有期間は相当短期間であるといえるところ、これは、船舶の売却のために用船期間を短く設定していることによる。
Ｅ社は、船舶をグループ会社から購入することにより、ブローカーに支払う仲介手数料や検船費用の負担がなく、低額で購入することができる。
オ Ｅ社は、船舶の購入資金の融資を受ける際、定期用船料債権に譲渡担保を設定していないが、これは、融資をする金融機関が、Ｅ社が定期用船ではなく船舶の売却を主たる事業とする会社であると認識しているためである。
カ 被告は、Ｅ社が定期用船をすることにより船舶の売却益に対する課税を免れるという事業目的を有していた旨主張するが、税負担の軽減を図るのは、売却益を最大化させるという目的に基づく当然の行動である。
（２）仮に特定外国子会社等の事業は一つしかないとの見解を採るとしても、前記（１）のとおり、Ｅ社の事業目的は船舶投資であって、収入、損益及び事業活動の比重の点からして実際に船舶投資業を中心に営んでおり、定期用船は船舶を売却するまでの間行っていたにすぎないから、Ｅ社の事業は船舶投資業であり、船舶の貸渡しは船舶投資業に付随する業務である。
（３）仮にＥ社の事業が船舶貸渡業（水運業）であったとしても、現実の事業において純粋に船舶の貸渡しのみを行う業態は観念することができず、船舶の売買損益が当該事業の重要な構成要素になっていることからすれば、船舶の売買は定期用船事業の一部であるといえる。そうすると、措置法施行令３９条の１７第８項６号の「船舶の運航及び貸付けによる収入金額の合計額」は、Ｅ社の事業においては、定期用船料収入と船舶売却代金の合計額と解すべきであるところ、Ｅ社の船舶売却代金は全て「関連者以外の者から収入するもの」であるから、非関連者からの収入の割合は５０％を超え、非関連者基準を充足する。
８ 争点５（本件調査の違法性）
（原告の主張）
（１）国税通則法（平成２９年法律第４号による改正前のもの）７４条の２第１項の定める調査に係る質問検査権は、全くの自由裁量による権限ではなく、当該職員は、更正処分をするか否かを判断するために必要な事項について調査をすべき義務を負っている。そして、適用除外要件の該当性を判断するための前提となる主たる事業は、事業活動の具体的かつ客観的な内容から判定すべきであるから、税務署職員は、事業活動の具体的かつ客観的な内容に関する事項を調査すべき義務を負っている。
しかし、本件調査において、担当職員は、原告に対し、Ｅ社の実態について一切質問せず、事業活動の具体的かつ客観的な内容を調査しないまま更正処分の金額を提示し、修正申告を打診した。原告は、平成３０年１月１８日以降、Ｅ社の事業活動を具体的かつ客観的に説明したが、全く取り合われなかった。
上記対応は、事業活動の具体的かつ客観的な内容について調査すべき義務を怠ったものであり、この懈怠に基づいて本件各更正処分がされたから、本件調査には重大な違法があり、これに基づいてされた本件各更正処分も違法である。
（２）国税通則法７４条の１１第２項は、調査結果の内容の説明について定めるところ、同項の規定が導入された趣旨が調査手続の透明性と納税義務者による予見可能性を高める点にあること等に照らせば、税務署職員は、納税義務者に対し、当該調査における主要な争点について、課税要件に該当する事実関係を説明した上、反論の機会を設けなければならない。
本件調査においては、乙が特殊関係非居住者に該当するか否かは最も重要な争点の一つであるから、原告において、乙との関係における「居住者」が誰であるかを把握し、その者から事情を聴取して租税回避のおそれがないことについて反論することが不可欠であった。しかし、原告は、平成３０年６月２７日の調査結果の内容の説明の際、「居住者」が誰であるか説明を受けたが、反論の機会を与えられることなく、一方的に本件各更正処分を受けた。原告は、反論の機会を奪われ、不透明な手続に基づいて不意打ちのように処分を受けたものであるから、本件調査には国税通則法７４条の１１第２項に違反する重大な違法があり、これに基づいてされた本件各更正処分も違法である。
（被告の主張）
（１）アＥ社の事業活動の内容についていかなる範囲及び程度で調査をするかについては、担当職員の合理的な選択に委ねられているところ、担当職員は、財務諸表等を検討するなどして本件各更正処分をするために必要な範囲で適法に質問検査を行ったのであり、本件調査に瑕疵はない。
イ 原告の税務代理人である丙税理士（以下「丙税理士」という。）が平成２９年１１月３０日付けで作成して麹町税務署長に提出した意見書には、Ｅ社の財務諸表等からＥ社が原告の特定外国子会社等に当たる旨を指摘されたことや、当該指摘に対する丙税理士の意見が記載されているところ、同意見書の内容からすると、Ｅ社が特定外国子会社等に当たるか否かについて本件調査の担当職員が財務諸表等を検討するなどして適法に質問検査を行ったことや、原告においてＥ社が特定外国子会社等に当たるか否かにつき十分に検討して反論したことがうかがえる。
したがって、本件調査において、担当職員の質問検査は適法に行われたものである。
（２）ア国税通則法７４条の１１第２項その他の規定において、調査結果の説明の前又は説明の際、当該調査における主要な争点について納税義務者に反論の機会を与えることは定められていない。また、平成２３年度の国税通則法の改正の趣旨及び調査結果の説明について規定する同項の趣旨に鑑みても、調査結果の説明の前又は説明の際、納税義務者に対して反論の機会を与えることまで求められているものではない。
イ 原告が反論する必要があったとする「居住者に租税回避のおそれがないこと」は、本件の課税要件事実とは関連性がない。また、前記（１）イの丙税理士の意見書によれば、原告は、乙に居住者の親族がいるとの麹町税務署長からの指摘に対して反論しているのであるから、反論の機会を奪われた旨の主張には理由がない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（乙が「特殊関係非居住者」に該当するか否か）について
（１）措置法６６条の６第２項１号は、「特殊関係非居住者」を、居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある非居住者と定め、措置法施行令３９条の１４第３項１号は、この「特殊の関係のある非居住者」の一つとして、「居住者の親族」を掲げる。そして、本件において、乙が「非居住者」に該当すること及び乙と民法７２５条の親族の関係にある「居住者」が存在することについては、当事者間に争いがない。
（２）ア租税法規については、租税法律主義（憲法８４条）の下、原則として当該規定の文言からみだりに離れて解釈すべきでないところ、措置法施行令３９条の１４第３項１号の文言からすれば、「居住者の親族」とは、居住者と民法７２５条が定める親族（６親等内の血族、配偶者及び３親等内の姻族）の関係にある者を意味すると解することが、文理に沿った解釈というべきであり、同項が対象とする者を更に限定する手掛かりとなるような文言ないし規定は存在しない。
イ また、証拠（乙４７）によれば、外国子会社合算税制は、居住者又は内国法人が、軽課税国に所在する外国法人に対する資本関係を通じた経済実質的な支配力を利用して租税負担を不当に軽減することに対処することを目的とするところ、単に居住者が保有する当該外国法人の発行済株式等によって上記支配力の有無を判断すると、居住者が国外に居住する親族等に株式等を分散保有して支配力を及ぼす場合を捕捉することができなくなることから、居住者と一定の関係（特殊の関係）がある非居住者が直接的又は間接的に保有する当該外国法人の発行済株式等も考慮することとし、措置法施行令３９条の１４第３項各号がこの「特殊の関係」の内容を具体的に定めたものである。非居住者が株式等を分散保有する場合を捕捉して外国子会社合算税制の潜脱を回避するという上記立法趣旨に照らすと、「特殊の関係」を定めた措置法施行令３９条の１４第３項各号の規定をその文言から離れて限定的に解釈することは相当でない。
ウ したがって、措置法施行令３９条の１４第３項１号の文言及び立法趣旨からすれば、「居住者の親族」とは、居住者と民法７２５条が定める親族の関係にある者をいうものと解することが相当である。
（３）ア原告は、「居住者の親族」につき、「居住者の民法上の親族のうち、居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの」と限定して解釈すべきである旨主張する。
イ しかしながら、措置法施行令３９条の１４第３項１号は「居住者の親族」と規定するのみであり、原告が主張するような限定を付す趣旨を読み取ることのできる文言は存在しないから、原告の解釈は文理上無理がある。また、同項の構造をみても、４号において「前３号に掲げる者以外の者で居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持しているもの」を定めていることからすれば、１号の「居住者の親族」については、「居住者から受ける金銭その他の資産によって生計を維持している」などの限定を付さない趣旨で規定されたものと解することが自然である。
ウ 加えて、「居住者の親族」に原告の主張するような限定を付すと、居住者が、生計を維持する関係にない親族である非居住者を利用して当該外国法人の株式等を分散保有する場合、当該株式等を特定外国子会社等の該当性に係る判断に当たって考慮することができなくなるところ、このような結果は、前記（２）イで説示した特殊関係非居住者が定められた立法趣旨に反するものといえる。
エ（ア）原告は、「居住者の親族」に原告が主張するような限定を付さないと、日本国籍の非居住者がジョイントベンチャーの相手方として選定されず、正常な経済活動が阻害される旨主張する。
しかしながら、措置法６６条の６第１項等の規定の文言及び前記（２）イで説示した外国子会社合算税制の趣旨からすれば、措置法は、日本国籍の非居住者が出資するジョイントベンチャーも含め、居住者と措置法施行令３９条の１４第３項各号の関係にある非居住者が一定の支配力を有する外国法人を同税制の対象としているものと解するほかなく、原告が主張するような特定の状況を想定して特殊関係非居住者の要件に明文上規定されていない限定を加えることは、かえって同税制の適用範囲を前記趣旨に反して狭める結果を招来することになりかねない。原告が指摘するようなジョイントベンチャーが特定外国子会社等に該当するとしても、その本店又は主たる事務所の所在する国において実体のある経済活動を行っている場合は、適用除外要件を満たすことで外国子会社合算税制の適用を免れるのであって、このことも考慮すれば、「居住者の親族」に限定を加えないことが同税制の趣旨に反して対象を不当に拡大するものとはいえず、原告の上記主張は理由がない。
（イ）原告は、「居住者の親族」に原告が主張するような限定を付さないと、内国法人と外国法人が５０対５０の割合で出資して組成するジョイントベンチャーの多くが外国子会社合算税制の対象となり、日本企業の海外における経済活動に対する支障、税務関係の見直しによる混乱などの問題が生ずる旨主張する。
しかしながら、内国法人と外国法人が組成するあらゆるジョイントベンチャーについて、当該内国法人が外国子会社合算税制の適用を受けるものではなく、飽くまで、居住者と措置法施行令３９条の１４第３項各号の関係にある非居住者（特殊関係非居住者）が内国法人と併せて一定の割合の株式等を保有する場合のみ特定外国子会社等に該当し、かつ、当該ジョイントベンチャーがその本店又は主たる事務所の所在する国において実体のある経済活動を行っている場合は適用除外要件を満たすことで外国子会社合算税制の適用を免れることからすれば、一定のジョイントベンチャーが同税制の対象となり、これを組成する内国法人の活動に一定の負担ないし支障が生ずるとしても同税制が想定する範囲内のものというほかなく、原告が挙げる事情は、「居住者の親族」に明文にない限定を加えるべき理由とはならない。
したがって、原告の上記主張はいずれも理由がない。
オ 原告は、原告には租税回避の目的がなく、客観的に租税回避の事態が生じていると評価すべき事情もないから、乙は特殊関係非居住者に該当しないと主張するが、当該内国法人に租税回避の目的や実態があることは特殊関係非居住者の要件とは無関係であるから、原告の主張には理由がない。
カ その他「居住者の親族」を限定的に解釈すべき旨をいう原告の主張は、いずれも採用することができない。
（４）以上によれば、乙は、措置法施行令３９条の１４第３項１号の「居住者の親族」に該当し、措置法６６条の６第２項１号の「特殊関係非居住者」に当たる。
２ 争点２（確定申告書に適用除外記載書面を添付することが適用除外規定の適用を受けるための要件であるか否か）について
（１）措置法６６条の６第７項は、確定申告書に適用除外規定の適用がある旨を記載した書面（適用除外記載書面）を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を保存している場合に限り、適用除外規定を適用する旨規定しており、同項の文言上、適用除外規定の適用を受けるためには確定申告書への適用除外記載書面の添付が必要とされることが明示されている。
また、措置法６６条の６第７項の趣旨は、適用除外規定の適用を受けることについて内国法人の意見を明らかにさせるとともに、その根拠となる資料を保存させることで、課税庁が適用除外要件の該当性を適正かつ迅速に判断することができるようにして、租税法律関係を早期に確定させることにあるものと解される。
上記の措置法６６条の６第７項の文言及び趣旨からすれば、同項は、確定申告書への適用除外記載書面の添付及び資料の保存を、適用除外規定の適用を受けるための前提としての手続的要件として規定したものと解することが相当である。したがって、内国法人が同要件を満たさない場合は、適用除外要件の充足の有無にかかわらず、適用除外規定の適用を受けることができないことになる。
（２）ア原告は、内国法人において、確定申告書の提出時点で特定外国子会社等に該当する法人が存在するものと認識していなかった場合、当該内国法人は適用除外記載書面を添付することが不可能である旨主張する。しかしながら、措置法６６条の６第１項及び２項１号の各規定並びに同規定を受けて定められた措置法施行令３９条の１４第３項各号の規定からすれば、当該非居住者が特殊関係非居住者に該当するか否かや、当該外国法人が特定外国子会社等に該当するか否かは、居住者と当該非居住者との関係や内国法人及び特殊関係非居住者が保有する株式の割合等によって客観的に判断することができるのであり、内国法人がこの判断を怠り、又は誤った場合に適用除外規定の適用を受けられなくなることが不当な結果であるとはいえず、原告の主張には理由がない。
イ 原告は、適用除外記載書面の添付を適用除外規定の適用を受けるための要件とすると、外国子会社合算税制の趣旨を没却する、実体的に適用除外要件を充足していながら合算課税されることになる、法人税法２２条２項の「収益」の概念と矛盾するなどと主張する。
しかしながら、前記（１）で説示したとおり、措置法６６条の６第７項は、租税法律関係の早期確定の趣旨の下、適用除外規定の適用を受けるための前提となる手続的要件として適用除外記載書面の添付等を規定したものであり、これは、同条１項や３項が定める外国子会社合算税制に係る実体的要件とは異なる趣旨の下で規定された独立の手続的要件である。したがって、適用除外記載書面の添付を適用除外規定の適用を受けるための要件と解しても、外国子会社合算税制自体の趣旨を没却することにはならないし、同税制の実体的部分である適用除外要件との関係や「収益」の概念との矛盾はそもそも問題とならない。
したがって、原告の上記主張はいずれも理由がない。
ウ 原告は、適用除外要件の該当性に係る判断の根拠となる資料を早期にかつ確実に収集するという措置法６６条の６第７項の目的と収益を増加させるという効果との間に関連性がない旨主張する。しかしながら、適用除外記載書面の添付を懈怠すると適用除外規定の適用を受けられなくなる旨を規定することにより、内国法人に対して適用除外記載書面の添付を促す効果があるといえるから、同項の目的と効果に関連性がないとはいえず、原告の主張には理由がない。
エ 原告は、宥恕規定を設けた平成２７年度税制改正及び適用除外記載書面の添付を不要とした平成２９年度税制改正の方針に従い、適用除外記載書面の添付がなくとも適用除外規定を適用すべきである旨主張するが、いずれの改正経緯も、本件の各申告における適用除外記載書面の添付の要否に係る措置法６６条の６第７項の解釈に影響するものではなく、原告の主張は採用することができない。
オ その他、原告が適用除外記載書面の確定申告書への添付を適用除外規定の適用を受けるための要件とすべきでない理由として主張するところは、いずれも採用することができない。
（３）以上によれば、内国法人は、措置法６６条の６第７項の規定の文言どおり、確定申告書に適用除外記載書面を添付しなければ適用除外規定の適用を受けることができないところ、前提事実（２）アのとおり、原告は、本件各事業年度の法人税の確定申告に係る各確定申告書に適用除外記載書面を添付していなかったのであるから、適用除外規定の適用を受けることができない。
３ 争点３（原告が確定申告書に適用除外記載書面を添付しなかったことについて「やむを得ない事情」があると認められるか否か）について
（１）措置法６６条の６第８項は、確定申告書に適用除外記載書面の添付がない場合においても、その添付がなかったことについて「やむを得ない事情」があると認めるときは、適用除外記載書面の提出があった場合に限り、適用除外規定を適用することができる旨を定める。
前記２（１）で説示したとおり、確定申告書への適用除外記載書面の添付を求める措置法６６条の６第７項の趣旨が、課税庁が適用除外要件の該当性を適正かつ迅速に判断することができるようにして租税法律関係を早期に確定させる点にあることからすれば、適用除外記載書面の添付がないにもかかわらず適用除外規定の適用を許容する同条８項は、例外的な規定と解すべきである。したがって、同項の「やむを得ない事情」とは、本人の責めに帰することのできない客観的事情をいうものと解すべきであり、当該内国法人による法の不知や事実誤認等の主観的事情はこれに当たらないものというべきである。
（２）原告は、Ｅ社が外国関係会社に該当しないものと認識していた旨主張するが、前記１で判示したところによれば、措置法施行令３９条の１４第３項１号の解釈を誤ったものにすぎず、本人の責めに帰することのできない客観的事情とはいえないから、「やむを得ない事情」に該当しない。
また、原告は、適用除外記載書面を提出すると乙が特殊関係非居住者に該当することを自ら認めることになる旨も主張する。しかしながら、前記２（２）アで判示したとおり、乙が特殊関係非居住者に該当することは措置法施行令３９条の１４第３項１号の規定から明らかである上、乙が特殊関係非居住者に該当しない旨を主張することと並行して、確定申告の際に適用除外記載書面を添付した上で予備的に適用除外規定の適用を主張することは何ら禁止されるものでないことはもとより、矛盾する挙動と評価されるものでもないから、原告において上記主張をすることが困難であったとはいえない。したがって、原告が主張する事情は、原告の責めに帰することのできない客観的事情とはいえず、「やむを得ない事情」に該当しない。
以上によれば、原告の平成２９年１月期の法人税の申告について、措置法６６条の６第８項は適用されない。
４ 争点５（本件調査の違法性）について
（１）掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 原告は、本件調査において、麹町税務署の担当職員から、次の事項を指摘された（乙５０）。
（ア）Ｅ社の株式は、原告とＦ社が５０％ずつ保有しており、Ｆ社の株式は乙が全て保有しているところ、乙は日本国内に親族がいて特殊関係非居住者に該当するから、Ｅ社は外国関係会社に該当する。
（イ）Ｅ社のシンガポールにおける税の負担は、措置法６６条の６第１項の「本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低い」場合に該当するので、Ｅ社は特定外国子会社等に該当する。
（ウ）Ｅ社の財務報告書の記載、現実に船舶を保有して定期用船をしていること、保有船舶の譲渡は定期用船事業に付随する行為にすぎず、同譲渡の収入及び利益を考慮する必要はないことなどからすれば、Ｅ社の主たる事業は措置法６６条の６第３項１号の水運業である。
（エ）Ｅ社は、定期用船取引を原告及びその１００％子会社との間で行っているところ、両社はいずれもＥ社の関連者（措置法施行令３９条の１７第１０項）に該当するから、非関連者基準を充足しない。
（オ）以上によれば、原告は、Ｅ社に係る課税対象金額に相当する金額を益金の額に算入する必要がある。
イ 本件調査における原告の税務代理人であった丙税理士は、平成２９年１１月３０日、前記アの指摘に対し、次の内容の意見書を提出した（乙５０）。
（ア）平成１７年度の税制改正の経緯からすると、同改正によって非居住者の範囲に変更がなかったといえること、特殊関係非居住者につき外国法人の株式の保有の有無を問わないと解すると、外国人である特殊関係非居住者に対して執行ができず、租税公平主義又は租税平等主義に反することなどからすれば、特殊関係非居住者とは、外国法人の株式等を有する居住者又は内国法人との間に特殊な関係を有する非居住者を意味するのであり、乙はこれに該当しないから、Ｅ社は外国関係会社に当たらない。
（イ）Ｅ社の設立経緯、会社定款において売船事業を事業目的とする旨が表示されていること、過去５年の売船による利益が全利益の９５％を占めていることなどからすれば、Ｅ社の主たる事業は卸売業というべきであるところ、同事業は全て非関連者との間で行っているから、Ｅ社は非関連者基準を充足し、適用除外要件を満たしている。
ウ 原告は、平成３０年１月から６月にかけて、麹町税務署に対し、丙税理士及び丁弁護士作成の５通の意見書を提出し、乙が特殊関係非居住者に該当しないこと、Ｅ社の主たる事業は卸売業であって非関連者基準を充足し、他の適用除外要件も満たすこと、適用除外規定の適用を受けるために確定申告書への適用除外記載書面の添付は不要であることなどを主張した。これに対し、本件調査の担当職員は、原告の主張に反論する内容の指摘をした。（甲４１の１ないし５）
エ 本件調査の担当職員は、平成３０年６月２７日、原告に対し、国税通則法７４条の１１第２項の調査結果の内容の説明をした。同職員は、乙が居住者と親族関係にあることから特殊関係非居住者に該当すること、原告と乙の保有する株式からすれば、Ｅ社が原告の特定外国子会社等に該当することなどを説明した。（甲４１の６）
（２）原告は、本件調査において、麹町税務署長がＥ社の事業活動の具体的かつ客観的な内容を調査しないまま更正処分の金額を提示して修正申告を打診し、原告がＥ社の事業活動を説明したのに対して取り合わなかった旨主張する。
しかしながら、前記（１）アないしウの認定のとおり、本件調査の担当職員は、Ｅ社の事業内容等を踏まえて非関連者基準を充足しないと判断して原告にその旨を指摘し、これを受けて原告が代理人作成の複数の意見書を提出して反論しており、これらの意見書に対しても担当職員は再反論する内容の指摘をしているのであって、両者の見解は対立しているものの、少なくとも担当職員がＥ社の事業活動について調査をしなかったり、同活動についての原告の主張を受け付けなかったりしたなどの事情は見当たらない。そして、税務調査における担当職員の質問検査の範囲、程度等については、原則として当該職員の合理的な選択に委ねられているものと解されるところ、上記の税務調査の過程において、担当職員の質問検査権の行使ないし不行使が不合理なものであったと認めるに足りる証拠はなく、原告の上記主張は採用することができない。
（３）原告は、本件調査に係る調査結果の内容の説明の際、乙の特殊関係非居住者の該当性について反論の機会を与えられなかった旨主張する。
しかしながら、調査結果の内容の説明（国税通則法７４条の１１第２項）は、税務調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合に行われるものであるところ、同説明の際に納税義務者に対して反論する機会を与えることを法的に義務付ける根拠はなく、これを与えなかったことによって直ちに当該調査が違法と評価されるものではない。また、前記（１）アないしエの認定のとおり、原告は、調査結果の内容の説明に至るまでの間、本件調査の担当職員から乙が特殊関係非居住者に該当することにつき理由の付された説明を受け、同該当性を否定すべき旨を記載した複数の意見書を提出しているのであるから、この争点について反論の機会を与えられていたといえるし、調査結果の内容の説明の際に反論することができなかったとしても、そのことをもって本件調査が違法と評価されるものではない。
なお、原告は、乙との関係における「居住者」が誰であるかを把握し、その者から事情を聴取して租税回避のおそれがないことについて反論する必要があった旨主張するが、乙に民法上の親族である居住者がいること自体に争いはなく、租税回避のおそれの有無は乙の「居住者の親族」該当性を左右するものではないから、調査結果の内容の説明に先立って「居住者」が誰であるか知らされていなかったことをもって、本件調査が違法となるものではない。
（４）その他本件調査が違法であったことを認めるに足りる証拠はなく、本件調査が違法であることを理由に本件各更正処分が違法である旨をいう原告の主張は、採用することができない。
５ 本件各更正処分及び本件新各過少申告加算税処分の適法性
前記１ないし３で判示したところによれば、争点４（Ｅ社が非関連者基準を充足するか否か）について判断するまでもなく、原告に外国子会社合算税制を適用したことは適法であり、また、前記４で判示したとおり、本件調査は違法とはいえない。そうすると、別紙２の被告主張のとおりの計算により、原告が納付すべき税額は、次表のとおりとなる。
（単位：円）
平成26 年
１月期
平成27 年
１月期
平成28 年
１月期
平成29 年
１月期
法人税
50,019,600
162,785,900
281,853,800
148,581,200
復興特別法人税
5,807,100
16,514,700
－－
地方法人税
－－
12,506,100
6,636,800
過少申告加算税
法人税
復興特別法人税
地方法人税
449,000
111,000
―
5,781,000
588,000
―
10,084,000
―
440,000
17,914,000
―
776,500
そして、上記の各金額は、本件各更正処分又は本件新各過少申告加算税処分において納付すべきとされた税額（前提事実（２）イ、（３）ア）と同額であるから、本件各更正処分及び本件新各過少申告加算税処分はいずれも適法である。
第４ 結論
以上のとおりであり、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官品田幸男
裁判官片瀬亮
裁判官下道良太
（別紙２）
被告主張の納付すべき税額等
第１ 法人税
１ 平成２６年１月期
（１）所得金額２億３２４４万１９２１円
次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 確定申告における所得金額１億８９９７万３１７６円
平成２６年１月期法人税確定申告書に記載された所得金額と同額である。
イ 特定外国子会社等の課税対象金額の益金算入額４２４６万８７４５円
原告の特定外国子会社等であるＥ社のＥ社平成２５年９月期に係る課税対象金額に相当する金額であり、措置法６６条の６第１項の規定に基づき、原告の収益の額とみなして平成２６年１月期の益金の額に算入すべき金額である。
（２）所得金額に対する法人税額５８４３万２４５５円
（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条1 項及び２項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）並びに措置法４２条の３の２（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５の割合）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税の額等８４１万２７８９円
次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 確定申告における法人税額から控除される所得税の額等２０７万７２７６円法人税額から控除される所得税の額（法人税法６８条１項（平成２９年法律第４号による改正前のもの。以下同じ。））及び外国税額（同法６９条１項（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。））の合計額として、平成２６年１月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
イ 法人税額から控除される所得税の額等に新たに加算すべき金額６３３万５５１３円Ｅ社に係る課税対象金額に相当する金額を原告の所得金額に加算したこと（前記（１）イ）に伴い、法人税法６９条１項の規定に基づき、平成２６年１月期の法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額に新たに加算すべき外国税額である。
（４）納付すべき法人税額５００１万９６００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
２ 平成２７年１月期
（１）所得金額６億５２３４万７７８８円
次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額４億２２６７万６０２６円
平成２７年１月期法人税確定申告書に記載された所得金額と同額である。
イ 特定外国子会社等の課税対象金額の益金算入額２億３３７４万５６６２円原告の特定外国子会社等であるＥ社のＥ社平成２６年９月期に係る課税対象金額に相当する金額であり、措置法６６条の６第１項の規定に基づき、原告の収益の額とみなして平成２７年１月期の益金の額に算入すべき金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（事業税等の損金算入額）４０７万３９００円平成２６年１月期法人税更正処分に伴い増加した所得金額に対応する事業税及び地方法人特別税に相当する額として、平成２７年１月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額１億６５５０万８４８５円
前記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）並びに措置法４２条の３の２（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５の割合）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税の額等２７２万２５００円
次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 確定申告における法人税額から控除される所得税の額等１９７万０７０３円法人税額から控除される所得税の額（法人税法６８条１項）及び外国税額（同法６９条１項）の合計額として、平成２７年１月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
イ 法人税額から控除される所得税の額等に新たに加算すべき金額７５万１７９７円Ｅ社に係る課税対象金額に相当する金額を原告の所得金額に加算したこと（前記（１）イ）に伴い、法人税法６９条１項の規定に基づき、平成２７年１月期の法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額に新たに加算すべき外国税額である。
（４）納付すべき法人税額１億６２７８万５９００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
３ 平成２８年１月期
（１）所得金額１１億１７９２万８７２７円
次にアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額７億２５１２万２１９６円
平成２８年１月期法人税確定申告書に記載された所得金額と同額である。
イ 特定外国子会社等の課税対象金額の益金算入額４億１４８３万８８３１円原告の特定外国子会社等であるＥ社のＥ社平成２７年９月期に係る課税対象金額に相当する金額であり、措置法６６条の６第１項の規定に基づき、原告の収益の額とみなして平成２８年１月期の益金の額に算入すべき金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（事業税等の損金算入額）２２０３万２３００円平成２７年１月期法人税更正処分に伴い増加した所得金額に対応する事業税及び地方法人特別税に相当する額として、平成２８年１月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額２億８４２３万１６４０円
前記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）並びに措置法４２条の３の２（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５の割合）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税の額等２３７万７８３３円
次のアの金額からイの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における法人税額から控除される所得税の額等３０５万６７８９円法人税額から控除される所得税の額（法人税法６８条１項）及び外国税額（同法６９条１項）の合計額として、平成２８年１月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
イ 法人税額から控除される所得税の額等から減算すべき金額６７万８９５６円平成２６年１月期法人税更正処分及び平成２７年１月期法人税更正処分において控除される外国税額が増加したことに伴い、法人税法６９条１項の規定に基づいて、平成２８年１月期の法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額から減算すべき金額である。
（４）納付すべき法人税額２億８１８５万３８００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
４ 平成２９年１月期
（１）所得金額６億３４１０万０６７８円
次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における所得金額１億０６６９万７７００円
平成２９年１月期法人税確定申告書に記載された所得金額と同額である。
イ 特定外国子会社等の課税対象金額の益金算入額５億６５０９万０３７８円原告の特定外国子会社等であるＥ社のＥ社平成２８年９月期に係る課税対象金額に相当する金額であり、措置法６６条の６第１項の規定に基づき、原告の収益の額とみなして平成２９年１月期の益金の額に算入すべき金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額（事業税等の損金算入額）３７６８万７４００円平成２８年１月期法人税更正処分に伴い増加した所得金額に対応する事業税及び地方法人特別税に相当する額として、平成２９年１月期の損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額１億５０８３万７９００円
前記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）並びに措置法４２条の３の２（平成２９年法律第４号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２３．９の割合）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額から控除される所得税の額等２２５万６６８７円
次のアの金額からイの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における法人税額から控除される所得税の額等３８９万７８０５円法人税額から控除される所得税の額（法人税法６８条１項）及び外国税額（同法６９条１項）の合計額として、平成２９年１月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
イ 法人税額から控除される所得税の額等から減算すべき金額１６４万１１１８円平成２６年１月期法人税更正処分及び平成２７年１月期法人税更正処分において控除される外国税額が増加したことに伴い、法人税法６９条１項の規定に基づいて、平成２９年１月期の法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額から減算すべき金額である。
（４）納付すべき法人税額１億４８５８万１２００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
第２ 復興特別法人税
１ 平成２６年１月課税事業年度
（１）課税標準法人税額５８４３万２０００円
東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財確法」という。）４７条１項に規定する課税標準法人税額であり、次のアの金額にイの金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ア 確定申告における基準法人税額４７６０万３１１５円
平成２６年１月期復興税確定申告書に基準法人税額として記載された金額と同額である。
イ 課税標準法人税額に加算すべき金額１０８２万９３４０円
平成２６年１月期法人税確定申告書に記載された法人税額４７６０万３１１５円と前記第１の１（２）により算出された法人税額５８４３万２４５５円との差額であり、平成２６年１月課税事業年度の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算すべき金額である。
（２）課税標準法人税額に対する復興特別法人税額５８４万３２００円
前記（１）の課税標準法人税額に復興財確法４８条に規定する税率（１００分の１０）を乗じて計算した金額である。
（３）復興特別法人税額から控除される復興特別所得税の額等３万６０５６円次のアの金額からイの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における復興特別法人税額から控除される税額７万２１０５円
復興特別法人税額から控除される復興特別所得税（復興財確法４９条１項）及び外国税額（同法５０条１項）として、平成２６年１月期復興税確定申告書に記載された各金額の合計額と同額である。
イ 復興特別法人税額から控除される税額から減算すべき金額３万６０４９円原告の平成２６年１月期法人税更正処分に伴い、復興財確法５０条１項の規定に基づき復興特別法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額から減算すべき金額である。
（４）納付すべき復興特別法人税額５８０万７１００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
２ 平成２７年１月課税事業年度
（１）課税標準法人税額１億６５５０万８０００円
復興財確法４７条１項に規定する課税標準法人税額であり、次のアの金額にイの金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ア 確定申告における基準法人税額１億０６９４万２３８０円
平成２７年１月期復興税確定申告書に基準法人税額として記載された金額と同額である。
イ 課税標準法人税額に加算すべき金額５８５６万６１０５円
平成２７年１月期法人税確定申告書に記載された法人税額１億０６９４万２３８０円と前記第１の２（２）により算出された法人税額１億６５５０万８４８５円との差額であり、平成２７年１月課税事業年度の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算すべき金額である。
（２）課税標準法人税額に対する復興特別法人税額１６５５万０８００円
前記（１）の課税標準法人税額に復興財確法４８条に規定する税率（１００分の１０）を乗じて計算した金額である。
（３）復興特別法人税額から控除される復興特別所得税の額等３万６０４１円次のアの金額からイの金額を減算した金額である。
ア 確定申告における復興特別法人税額から控除される税額６万１５０５円
復興特別法人税額から控除される復興特別所得税（復興財確法４９条１項）及び外国税額（同法５０条１項）として、平成２７年１月期復興税確定申告書に記載された各金額の合計額と同額である。
イ 復興特別法人税額から控除される税額から減算すべき金額２万５４６４円原告の平成２７年１月期法人税更正処分に伴い、復興財確法５０条１項の規定に基づき、平成２７年１月課税事業年度の復興特別法人税額から控除される外国税額を再計算した結果、控除額から減算すべき金額である。
（４）納付すべき復興特別法人税額１６５１万４７００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
第３ 地方法人税
１ 平成２８年１月課税事業年度
（１）課税標準法人税額２億８４２３万１０００円
地方法人税法９条１項に規定する課税標準法人税額であり、次のアの金額にイの金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ア 確定申告における基準法人税額１億８４０６万６１１０円
平成２８年１月期地方法人税確定申告書に基準法人税額として記載された金額と同額である。
イ 課税標準法人税額に加算すべき金額１億００１６万５５３０円
平成２８年１月期法人税確定申告書に記載された法人税額１億８４０６万６１１０円と前記第１の３（２）により算出された法人税額２億８４２３万１６４０円との差額であり、平成２８年１月課税事業年度の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算すべき金額である。
（２）課税標準法人税額に対する地方法人税額１２５０万６１６４円
前記（１）の課税標準法人税額に地方法人税法１０条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する税率（１００分の４．４）を乗じて計算した金額である。
（３）納付すべき地方法人税額１２５０万６１００円
前記（２）の金額における１００円未満の端数金額を国税通則法１１９条１項の規定に基づき切り捨てた後の金額である。
２ 平成２９年１月課税事業年度
（１）課税標準法人税額１億５０８３万７０００円
地方法人税法９条１項に規定する課税標準法人税額であり、次のアの金額にイの金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ア 確定申告における基準法人税額２４７８万８５８３円
平成２９年１月期地方法人税確定申告書に基準法人税額として記載された金額と同額である。
イ 課税標準法人税額に加算すべき金額１億２６０４万９３１７円
平成２９年１月期法人税確定申告書に記載された法人税額２４７８万８５８３円と前記第１の４（２）により算出された法人税額１億５０８３万７９００円との差額であり、平成２９年１月課税事業年度の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算すべき金額である。
（２）課税標準法人税額に対する地方法人税額６６３万６８２８円
前記（１）の課税標準法人税額に地方法人税法１０条１項に規定する税率（１００分の４．４）を乗じて計算した金額である。
（３）納付すべき地方法人税額６６３万６８００円
前記（２）の金額における１００円未満の端数金額を国税通則法１１９条１項の規定に基づき切り捨てた後の金額である。
第４ 過少申告加算税
１ 本件法人税各更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額（１）平成２６年１月期４４万９０００円
平成２６年１月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額４４９万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２７年１月期５７８万１０００円
平成２７年１月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額５７８１万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（３）平成２８年１月期１００８万４０００円
平成２８年１月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額１億００８４万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（４）平成２９年１月期１７９１万４０００円
平成２９年１月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額１億２７６９万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１２７６万９０００円に、同条２項の規定に基づき、平成２９年１月期法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった法人税額１億２７６９万０５００円のうち、同条３項に規定する期限内申告税額に相当する金額２４７８万８５０５円と５０万円とのいずれか多い金額である２４７８万８５０５円を超える部分の額１億０２９０万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額５１４万５０００円を加算した金額である。
２ 本件復興税各更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額（１）平成２６年１月課税事業年度１１万１０００円
平成２６年１月期復興税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった復興特別法人税額１１１万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２７年１月課税事業年度５８万８０００円
平成２７年１月期復興税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった復興特別法人税額５８８万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
３ 本件地方法人税各更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額（１）平成２８年１月課税事業年度４４万円
平成２８年１月期地方法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった地方法人税額４４０万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２９年１月課税事業年度７７万６５００円
平成２９年１月期地方法人税更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった地方法人税額５５４万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額５５万４０００円に、同条２項の規定に基づき、平成２９年１月期地方法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった地方法人税額５５４万６２００円のうち、同条３項に規定する期限内申告税額に相当する金額１０９万０６００円と５０万円とのいずれか多い金額である１０９万０６００円を超える部分の額４４５万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額２２万２５００円を加算した金額である。
以上
〔PDF 38～40頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13832.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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