税務訴訟資料第２７３号（順号１３８６４）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（日本橋税務署長）
令和５年７月２０日認容・確定
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士金丸和弘
同末岡晶子
同栗原宏幸
同捨田利拓実
同補佐人税理士丸山木綿子
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁日本橋税務署長
梶原忍
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 日本橋税務署長が令和元年９月３０日付けで原告に対してした、原告の被合併法人であるＢ株式会社の平成２６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス３７０６万９４３９円、課税留保金額０円、納付すべき税額０円を各超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額６億２４１０万８０２０円を下回る部分並びに同法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 日本橋税務署長が令和元年９月３０日付けで原告に対してした、原告の被合併法人であるＢ株式会社の平成２６年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき税額０円を超える部分及び同復興特別法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 日本橋税務署長が令和元年９月３０日付けで原告に対してした、原告の被合併法人であるＢ株式会社の平成２７年１月１日から同年１１月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金額６億２４５４万２３９４円を下回る部分を取り消す。
４ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文１項ないし３項と同旨
第２ 事案の概要
Ｂ株式会社は、平成２６年２月１０日付けで、同社が事業に関して有する権利義務の一部を株式会社Ｃに承継させるという吸収分割をする旨の契約を同社との間で締結した上で、同年１２月●日に解散し、平成２７年１２月●日に原告に吸収合併された。
処分行政庁は、原告に対し、原告の被合併法人であるＢ株式会社の平成２６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２６年１２月事業年度」という。）の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をするに際して、上記分割契約においてＢ株式会社が分割承継法人である株式会社Ｃに移転した資産及び負債の分割の時の価額を６億０１３２万円と算定し、同年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の復興特別法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに平成２７年１月１日から同年１１月３０日までの事業年度（以下「平成２７年１１月事業年度」といい、平成２６年１２月事業年度と併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分においても、上記算定を前提とした。
本件は、原告が、①平成２６年１２月事業年度に係る法人税の更正処分の理由付記に不備があり違法である、②処分行政庁が上記各処分をするに際して、上記分割契約においてＢ株式会社が分割承継法人である株式会社Ｃに移転した資産及び負債の分割の時の価額を６億０１３２万円と算定したのは誤りであり、同算定を前提とする上記各処分は違法であると主張し、上記各処分の取消しを求める事案である。
１ 法人税法の定め
別紙２「法人税法の定め」に記載のとおりである。
内国法人が分割により分割承継法人にその有する資産又は負債の移転をしたときは、当該分割承継法人に当該移転をした資産及び負債の当該分割の時の価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得を計算するが（法人税法６２条１項）、適格分社型分割の場合は、同項の規定にかかわらず、当該分割承継法人に当該移転をした資産及び負債の当該適格分社型分割の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算することになる（同法６２条の３）。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか後掲各証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
（１）当事者等
ア 原告は、酒類、加工食品、農産食品、畜産食品、水産食品、冷蔵・冷凍食品、飲料、氷、製造たばこ、その他食料品の製造、販売、輸出入業等を事業目的とする株式会社であり、平成２８年１月１日に現商号に変更する前は「Ｄ株式会社」という商号であった。原告は、平成２５年１２月３１日時点において、Ｂ株式会社（以下「Ｂ社」という。）の発行済株式の全てを保有していた。（甲４、乙１）
イ Ｂ社は、乳製品及び食料品一般卸・小売業並びに陸上一般貨物の運送業等を事業目的とする株式会社である。Ｂ社は、平成２４年１０月１日、Ｅ株式会社に対して卸売事業を分割により譲渡し、それ以降は物流事業のみを行っていた。
Ｂ社の平成２２年１２月３１日時点の貸借対照表における純資産合計額はマイナス１億０３９６万９０６０円、平成２５年１２月３１日時点の貸借対照表における純資産合計額はマイナス４億８８２４万１４３０円であった。
（甲５、９、乙３、４）
ウ 株式会社Ｃは、食料品、飲料水の卸売業、小売業並びに配送センターの管理運営業務等を事業目的とする株式会社であり、平成２６年２月●日に協同組合Ｃの組織を変更して設立された（甲７。以下、同組織変更の前後を問わず「Ｃ社」という。）。
Ｃ社の平成２４年２月２９日時点の貸借対照表における純資産合計額はマイナス２億９５８１万４１５９円であった（甲３２）。
（２）Ｃ社の協同組合から株式会社への組織変更と第三者割当増資
ア 協同組合であるＣ社における平成２４年１２月当時の筆頭出資者は、株式会社Ｆ（以下「Ｆ社」という。）であり、Ｆ社に次ぐ出資者はＢ社であった（乙４、５）。
イ 株式会社としてのＣ社は、上記（１）ウのとおり、平成２６年２月●日、協同組合からの組織変更によって設立された。
Ｂ社、Ｆ社及びＧ株式会社（以下「Ｇ社」という。）の３社は、平成２６年２月３日付けで、Ｃ社に対してそれぞれが有していた各建設協力金（以下「本件各建設協力金」という。）に係る債権の額（Ｂ社１億６２４５万円、Ｆ社９２００万円及びＧ社２３３０万円）を現物出資し、Ｃ社が上記３社に対して第三者割当増資により普通株式を発行するとする、いわゆるデット・エクイティ・スワップ（以下「ＤＥＳ」といい、Ｃ社に関する上記ＤＥＳを「本件ＤＥＳ」という。）を実行し、上記３社は、申込者としてそれぞれ募集株式申込証に署名押印した。Ｃ社は、本件ＤＥＳを実行するに際し、上記３社を含むＣ社の全株主（以下「本件各株主」という。）から上記実行について同意を得ていることから、当該実行を可決する旨の株主総会の決議があったものとみなされたとしている。
（乙６～８。枝番号を含む。）
（３）Ｂ社とＣ社との間の分割契約等
ア 本件分割契約の内容
Ｂ社とＣ社は、平成２６年２月１０日付けで、Ｂ社が事業に関して有する権利義務の一部をＣ社に承継させる旨の吸収分割（以下「本件分割」という。）をする旨の契約を締結した（以下、当該契約を「本件分割契約」という。）。本件分割契約の概要は以下のとおりである。
（甲１０）
（ア）本件分割がその効力を生ずる日（以下「効力発生日」という。）は、平成２６年３月３１日とする（本件分割契約４条本文）。
（イ）Ｂ社は、会社法に定める吸収分割の方法により、効力発生日に、Ｂ社の営む物流事業（以下「本件物流事業」という。）に関して有する権利義務の一部をＣ社に承継させ、Ｃ社はこれをＢ社から承継する（本件分割契約１条）。
（ウ）Ｂ社は、平成２５年１２月３１日現在の貸借対照表、財産目録その他同日現在の計算を基礎とする別紙３「承継する権利義務の明細」（以下「本件明細表」という。甲１０の別紙１）に、効力発生日までの増減を加減した、本件物流事業に関する資産、負債並びに本件明細表に記載の本件事業に関する契約に係る権利、義務及び契約上の地位（以下「本件承継資産負債」という。）を、効力発生日においてＣ社に承継する（本件分割契約５条）。なお、本件承継資産負債に現預金は含まれていない。
（エ）Ｃ社は、Ｂ社に対し、Ｃ社の普通株式９０８３株（以下「本件交付株式」という。）を発行し、その全てを本件承継資産負債に代わり交付する（本件分割契約２条）。
（オ）本件分割により、Ｃ社の資本金の額、資本準備金及び利益準備金の額は増加させない（本件分割契約３条）。
イ 本件分割契約の履行
Ｂ社は、平成２６年３月３１日、本件分割契約に基づき、本件承継資産負債をＣ社に引き継ぎ、本件交付株式を取得した。
（４）本件訴訟に至る経緯
ア Ｂ社及び原告による申告
Ｂ社は、平成２６年１２月事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税について法定申告期限までに申告書を提出した。なお、上記法人税の申告においては、本件分割が法人税法６２条の３第１項の適格分社型分割に該当することを前提として、本件承継資産負債につき分割の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、譲渡損益を計上していなかった。
Ｂ社は、平成２６年１２月●日に株主総会の決議により解散し、平成２７年１２月●日に原告に吸収合併された。同吸収合併によりＢ社の国税の納付義務を承継した原告は、Ｂ社の平成２７年１１月事業年度の法人税について法定申告期限までに申告書を提出した。
（甲１、５）
イ 処分行政庁による更正処分等
処分行政庁は、令和元年９月３０日付けで、原告に対して以下の各処分をした。
（ア）更正処分
ａ 別表１の「更正処分及び賦課決定処分」欄記載の法人税更正処分（以下「平成２６年１２月期法人税更正処分」という。甲１）
処分行政庁は、本件分割は適格分社型分割には該当せず、本件承継資産負債を本件分割時の価額により譲渡をしたものとして譲渡損益を計上する必要があるとし、本件承継資産負債の価額を６億０１３２万円と算定の上で、本件分割の直前の税務上の帳簿価額２５９８万６０９６円を控除した５億７５３３万３９０４円の譲渡利益計上もれがあるとして、平成２６年１２月期法人税更正処分をした（甲１、６の１、乙２８、２９）。
平成２６年１２月期法人税更正処分の更正通知書（以下「本件更正通知書」という。甲１）には、「本件分割は（中略）適格分割に該当しませんので、移転した資産及び負債の本件分割時の価額により譲渡をしたものとして譲渡損益を計算したところ、譲渡利益の額は、本件分割によりＣに移転した資産及び負債の価額６０１，３２０，０００円から次表の移転した資産及び負債の帳簿価額の合計額２５，９８６，０９６円を控除した５７５，３３３，９０４円となりますので、当該金額を当事業年度の所得金額に加算しました。」と記載されており、表には、科目と金額がそれぞれ記載の上で、帳簿価額の合計額が２５９８万６０９６円になる旨記載されている。
ｂ 別表２の「更正処分及び賦課決定処分」欄記載の復興特別法人税更正処分（以下「復興特別法人税更正処分」という。甲２）
ｃ 別表３の「更正処分及び賦課決定処分」欄記載の法人税更正処分（以下「平成２７年１１月期法人税更正処分」といい、平成２６年１２月期法人税更正処分及び復興特別法人税更正処分と併せて「本件各更正処分」という。甲３）
（イ）賦課決定処分
ａ 別表１の「更正処分及び賦課決定処分」欄記載の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件法人税賦課決定処分」という。甲１）
ｂ 別表２の「更正処分及び賦課決定処分」欄記載の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件復興特別法人税賦課決定処分」といい、本件法人税賦課決定処分と併せて「本件各賦課決定処分」といい、本件各賦課決定処分及び本件各更正処分を併せて「本件各処分」という。甲２）
ウ 審査請求手続
原告は、令和元年１１月１３日付けで、国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求めて審査請求をした。国税不服審判所長は、令和３年９月１日付けで、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲１７）
（５）本件訴訟の提起
原告は、令和３年１２月２日、本件訴訟を提起した（当裁判所に顕著な事実）。
（６）課税の根拠及び計算に係る被告の主張
課税の根拠及び計算に係る被告の主張は、後記４（２）のほか、別紙４のとおりである。原告は、争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を争うことを明らかにしていない。
３ 争点
（１）理由付記の不備による違法性の有無
（２）本件承継資産負債の時価
４ 争点に対する当事者の主張
（１）争点（１）（理由付記の不備による違法性の有無）について
（原告の主張）
課税当局の算定した時価に基づいて納税者の帳簿書類に計上されていない所得金額を加算する更正処分を行う場合には、更正の理由として、当該更正処分の基礎となった時価がいかなる根拠、基準に基づいて算出されたものであるのかが示されなければならない。
平成２６年１２月期法人税更正処分は、本件分割が適格分社型分割に該当することを否認しているだけでなく、処分行政庁が算定した本件承継資産負債の価額６億０１３２万円及び譲渡利益の額５億７５３３万３９０４円という各金額は、Ｂ社の帳簿には記載されておらず、当該帳簿に記載されているその他の数値を用いて算出することもできないことからすると、更正の理由として、当該更正処分の基礎となった時価の算定根拠、基準を示すことが不可欠であるにもかかわらず、本件更正通知書の更正の理由にはそのような記載は一切存在しない。
したがって、本件更正通知書の更正の理由には理由付記の不備があるから、本件更正通知書に係る課税処分は違法である。
（被告の主張）
処分行政庁は、Ｂ社において、本件分割が適格分社型分割であることを前提に法人税法６２条の３第１項の規定を適用して、本件承継資産負債を帳簿価額によって譲渡したものとして所得を計算して申告したのに対し、本件分割が適格分社型分割に該当しないとして、同法６２条１項の規定に基づき、平成２６年１２月期法人税更正処分をしたものである。また、本件各更正処分は、帳簿書類に記載されている、本件分割の存在、時期及び当事者間で実際に行われた取引価額自体を否認するものではなく、本件分割契約に基づき、Ｂ社とＣ社との間で実際に行われた取引価額を是認した上で行われたものである。
本件更正通知書に記載されている「本件分割によりＣに移転した資産及び負債の価額６０１，３２０，０００円」は、処分行政庁側が独自に算定したものではなく、原告が、本件承継資産負債の価額を６億０１３２万円と算定し、Ｂ社とＣ社との間において、当該価額とＣ社株式９０８３株（本件交付株式）が客観的な交換価値であるとして、本件各株主の同意を受けた上で形成された取引価格をそのまま本件分割によりＣ社に移転した資産及び負債の価額として採用したものであることから、当該金額を採用するに当たり、処分行政庁の恣意が介入する余地はない。したがって、上記記載は、処分行政庁の判断過程を省略なく記載したものといえるから、帳簿書類の記載について納税者と法的な評価を異にして更正する場合である本件において、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するという理由付記の趣旨を充足するものといえ、不備はない。
（２）争点（２）（本件承継資産負債の時価）について
（被告の主張）
ア 「分割の時の価額」の意義
法人税法６２条１項にいう「分割の時の価額」による譲渡とは、分割による資産等の時価による譲渡をいい、時価とは、正常な取引において形成された価額、すなわち客観的な交換価値をいうものである。
イ 原告がＤＣＦ法によって算定したＢ社の企業価値には合理性があること
本件承継資産負債の時価は、本件分割時のＢ社の企業価値６億０１３２万円と同額であり、同企業価値は、ディスカウント・キャッシュ・フロー法（以下「ＤＣＦ法」という。）により算定されたものである。
ＤＣＦ法は、事業を行うことによって生み出される外部資本提供者（株主、銀行等の債権者）に対して分配可能な将来フリー・キャッシュ・フローを、株主資本と負債の加重平均資本コスト（以下「割引率（ＷＡＣＣ）」という。）で現在価値に割り引くことにより、評価対象企業の事業価値を算定するものであり、利益やキャッシュ・フローに注目して企業を評価するインカム・アプローチにおける代表的な手法であって、企業が生み出すキャッシュ・フローに着目するという点において、財務的には最も理論的な評価手法である。
原告は、本件分割についてＣ社の全株主（本件各株主）から同意を得るために、Ｂ社の事業価値をキャッシュ・フローベースによって算定することを検討していたことがうかがえ、ＤＣＦ法により、Ｂ社について、事業価値が５億９７００万円、企業価値（株主価値）が６億０１３２万円（Ｃ社については、事業価値が４億８０００万円、企業価値（株主価値）が４億７２３６万３０００円）となる旨をＦ社に説明している。そして、当該事業価値の算定を基礎として、本件承継資産負債の客観的な交換価値としてＣ社からＢ社へ交付する株式を９０８３株とする旨の本件分割契約について、本件各株主からの同意を得ている。
原告は、Ｂ社の企業評価について、①Ｂ社の平成２５年から平成２９年までの各年度（以下「本件各年度」という。）に係る予測営業利益及びＢ社の本件各年度に係る予測減価償却費から本件各年度のフリー・キャッシュ・フローを算定した上で（以下、算定の基礎となる別紙５の予測損益等を「本件事業計画」という。乙１２・５枚目）、②本件各年度のフリー・キャッシュ・フローとＣ社の割引率（ＷＡＣＣ）（５．６％）、Ｂ社の割引率（ＷＡＣＣ）（５．７％）及び同業他社の割引率（ＷＡＣＣ）（４．１％）の平均値である５．０％を用いて、予測期間終了後のフリー・キャッシュ・フローの割引現在価値４億８６００万円を算定した。そして、原告は、当該割引現在価値４億８６００万円に本件各年分のフリー・キャッシュ・フローの割引現在価値の合計額１億１１００万円及び平成２５年１１月３０日の現預金残高４３２万円を加算して、Ｂ社の企業価値（株主価値）を６億０１３２万円と算定した（以下、原告の上記算定を「本件価値算定」という。）。
本件事業計画における予測営業利益、予測減価償却費などの各項目については、一般的なＤＣＦ法で用いられる項目であり、項目及び数値に問題はない。期間の予測は最低１０年以上必要とする考え方もあるが、実務上は３年から５年程度を予測することが多いところ、本件における予測した期間も５年間にわたっているので、その期間についても問題はない。
以上によれば、本件価値算定には合理性がある。
ウ 原告が算定したＢ社の企業価値は正常な取引において形成された価額であり、本件承継資産負債の客観的な交換価値であること
原告はＤＣＦ法によりＢ社の企業価値を６億０１３２万円と算定し、Ｂ社は、Ｃ社への本件承継資産負債の譲渡に対し、その対価として、企業価値を基礎に算定した本件交付株式（９０８３株）を取得している。
原告は、Ｆ社に対し、合理的な算定方法であるＤＣＦ法により算定したＢ社及びＣ社の事業価値の説明をしており、Ｃ社の本件各株主は、Ｃ社から送付された本件提案書に対して、株式買取請求権を行使することなく、本件同意書をＣ社に提出し、Ｂ社及びＣ社は、本件同意書の提出日以降となる平成２６年３月３１日付けで本件分割契約を締結している。
ＤＣＦ法による株主価値の算定は、フリー・キャッシュ・フローや割引率（ＷＡＣＣ）が事業の将来性の予測を含むため、その予測次第で算定結果に幅が生ずることを避けられないが、自由な意思決定ができる独立・対等な立場にある当事者（以下「独立当事者」という。）の間で、ＤＣＦ法を用いて現実に取引価格が形成された事実は、事業を手放す側（分割法人）と取得する側（分割承継法人）との間で事業の将来性の予測が一致したことを示すものといえるから、独立当事者の間で一般的に用いられているＤＣＦ法の算定過程に従って現実に形成された取引価格は、客観的な交換価値を示している蓋然性が高い。本件分割契約は、原告、Ｂ社及びＣ社の株主総会において適法な手続を経て締結されており、また、本件分割に先立って行われた本件ＤＥＳの際にＣ社の株主の意向を考慮してＢ社及びＣ社の企業価値が算定されており、本件分割における価値算定も基本的には本件価値算定に沿っていたことからすると、本件承継資産負債の時価は、本件ＤＥＳが形成される前に価格が形成されていたものである。Ｂ社はＣ社の第２順位の株主であり、その株式保有割合も２２．８％程度にとどまっており、支配関係等は認められないことからすれば、Ｂ社とＣ社とが独立当事者であったということができる。そうすると、本件承継資産負債の時価６億０１３２万円は、Ｂ社とＣ社間において、それぞれの立場における経済的合理性に基づき熟考がされた上で決定された価額といえる。
株式会社Ｈ（以下「Ｈ」という。）が算定した本件承継資産負債の時価（甲１５）は、事後的に価値を算定したものであり、分割契約を成立させるための種々の経済性を考慮した調整、すなわち、純資産ベースで評価した場合にＣ社の既存の株主からの反発が予想され、Ｆ社から統合に関する資料としてＢ社及びＣ社の企業評価をした評価明細書類の提出を求められたりするなどの種々の調整を行ったものとはいえず、本件承継資産負債の時価としては相当ではない。
エ 小括
原告が算定し処分行政庁が是認したＢ社の企業価値６億０１３２万円は、客観的資料に基づく合理的な算定方法によって決定されたものであり、取引当事者間における正常な取引において形成された価額、すなわち客観的な交換価値（分割の時における時価）である。
（原告の主張）
ア 法人税法上の「時価」（財産の客観的な交換価値）とは、それぞれの財産の現況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額である。
Ｂ社によるＣ社の株式保有割合２２．８％は、それ自体として相当程度高い割合であること、Ｃ社は、Ｂ社が北海道からの高度化資産導入による物流事業センター事業の展開を図るため、取引先、同業者等に出資を要請して設立した協同組合であること、組織変更までのＣ社の代表理事及び専務理事をＢ社の代表取締役及び取締役がそれぞれ兼任していること、Ｃ社とＢ社との間で本件分割契約の経済条件等に関する交渉がおこなわれていないことからすると、Ｂ社とＣ社とが独立当事者の関係にあったと評価することはできない。
イ 本件価値算定の内容が合理性を欠くこと
本件価値算定は、以下のとおり、その基礎とされた事業計画が合理的・客観的な作成過程を経ておらず、算定過程において相応の論理性・客観性が担保されていないから、合理性を欠く。
（ア）役務収益について
本件事業計画におけるＢ社の役務収益について、初年度である平成２５年度は「受託終了等の影響」による「収益減少見込み」の数値が計上されているものの、翌期以降は具体的な根拠もないまま初年度とほぼ同じ数値が計上されていることからすると、実質的には本件事業計画が作成された平成２５年度の着地見込みだけが予想されているにとどまる。また、Ｃ社の役務収益についても、実質的には平成２５年度及び平成２６年度の役務収益が予想されているにとどまる。
（イ）物流費について
本件事業計画におけるＢ社の物流費は、実質的には平成２５年度及び平成２６年度分の物流費が予想されているにとどまり、Ｃ社の物流費についても同様である。
本件事業計画においては、役務収益（売上げ）から物流費を控除することにより限界利益（売上費から変動費を控除した額）を算定しており、物流費を変動費として扱っているが、直近の実績に加えて今後の変動要因も織り込みつつ、具体的な根拠をもって変動比率を予測するべきであるのに、そのような予測をしていない。
（ウ）販売・管理費について
本件事業計画におけるＢ社の販売・管理費は、定年等による人件費削減及び平成２６年以降のバックオフィス業務（営業やマーケティングなど売上げに直結するフロントオフィス業務を支援する業務を指す。以下同じ。）のグループ内統合により大幅なコスト削減を見込むとされているが、定年等により従業員が退職した場合には、これに代わる新たな従業員を採用する必要があり、また、バックオフィス業務のグループ内統合は、外注先であるグループ会社への業務委託料の発生を伴うものであり、実質的な費用削減効果を減殺するものであったことを考慮すると、大幅な削減を前提とすることは不合理である。
本件事業計画におけるＣ社の販売・管理費は、平成２５年度はバックオフィス業務見直しによるコスト削減を通じて大幅な減少が見込まれるとし、平成２６年度以降は平成２５年予測ベースの経費率で一定との想定の下に数値が据え置かれており、実質的には単年度における費用削減効果を予想しているにすぎず、また、上記のとおり、バックオフィス業務のグループ内統合につき大幅な削減を前提とすることは不合理である。
（エ）予測期間について
企業価値は、評価対象企業の業績が長期的に維持し得る状態にあることを前提にしているから、事業計画に基づいてフリー・キャッシュ・フローを見積もる期間（予測期間）は評価対象企業の業績が長期的に維持し得る状態に達するまでの期間に設定する必要があり、おおむね３年から５年程度を前提とする場合が多い。本件事業計画において、形式上５年間の予測が行われているが、Ｂ社については役務収益は単年度、物流費は２年度、Ｃ社については、役務収益及び物流費は２年度、販売・管理費は単年度の予測が行われているにすぎず、ＤＣＦ法の基礎とするために必要な期間を予測したものとはいえない。
（オ）法人税等の取扱いを誤っていること
本来であれば、フリー・キャッシュ・フローの計算において、法人税等の金額は営業利益の金額から控除されるべきであるが、本件価値算定においては、法人税等の負担を一切考慮していない。
しかし、法人税法上、分割法人の繰越欠損金を分割承継法人に引き継ぐことはできないため（同法５７条２項参照）、分割法人であるＢ社の繰越欠損金による節税効果を本件事業の価値に織り込む余地はないこと、Ｃ社の繰越欠損金についても、繰越欠損金の繰越控除ができる期間は法定されているから（同条１項）、当該期間の経過後は法人税等が生じるものとして扱わなければ実態に合致しないことからすると、法人税等を一切考慮していないことは不合理である。
（カ）設備投資の取扱いを誤っていること
本件事業計画において設備投資は一切考慮されていないにもかかわらず減価償却費が毎年度計上されているが、設備投資を行わずして事業を永久的に継続させることは不可能であり、また、減価償却費は過去の設備投資による支出を、取得した資産の耐用年数にわたり費用として配分することによって計上されるため、設備投資が行われずに減価償却だけが継続されることはあり得ないことから、設備投資の上記取扱いは不合理である。
（キ）割引率（ＷＡＣＣ）に根拠がないこと
ＤＣＦ法においては、将来のフリー・キャッシュ・フローを現在価値に割り引くため、合理的な割引率（ＷＡＣＣ）を採用する必要があり、本件価値算定においては５．０％とされている。しかし、Ｃ社（５．６％）、Ｂ社（５．７％）、同業者（４．１％）の割引率（ＷＡＣＣ）の平均は５．１３％であり、５．０％ではない。各社の割引率（ＷＡＣＣ）の計算過程では小数点以下１桁又は２桁まで算出しているのに、最終的な計算結果だけ小数点以下を切り捨てる合理的な理由はない。その点を措くとしても、割引率（ＷＡＣＣ）は株式資本コストと負債資本コストを加重平均することによって求められるところ、これらのコストは、市場全体に共通する計算要素と会社ごとに異なる計算要素から成るのであり、各社の数値の平均を用いて割引率（ＷＡＣＣ）を求める場合は、各社ごとの差異を生じさせている後者の計算要素のみを平均して計算する必要があり、前者の市場全体に共通する計算要素をも加味した最終的な計算結果である各社の割引率（ＷＡＣＣ）を単純に平均しても正しい計算結果は得られないから、５．０％を割引率（ＷＡＣＣ）として採用したことについて合理的・客観的な根拠は見当たらない。
（ク）加算する必要のない現預金の額を加算していること
ＤＣＦ法による価値評価において、評価時点におけるストックとしての現預金を事業価値に含める必要は原則としてない。そもそも、本件分割契約において、Ｂ社の現預金はＣ社に引き継がれる対象となっていない。したがって、本件事業の実質的な事業価値が、ＤＣＦ法により算定された本来の事業価値に評価時点の現預金を含めた価値（企業価値）であるとはいえない。
ウ 本件価値算定の経緯が合理性を欠くこと
本件価値算定は、価値算定の専門家によるものではなく、また、独立当事者との取引の対価を算出するために行われたものでもなく、原告の北海道支社（以下「原告支社」という。）の当時の部長（以下「原告支社部長」という。）が子会社との取引の対価を算出するために行ったものであり、しかも、その対価は現金ではなく子会社の株式であり、その株式数を算出するために必要なのは分割比率（相対値）であった。また、原告支社部長が本件価値算定の手法として複数の算定手法の中からＤＣＦ法を採用したのは、建設協力金のＤＥＳや吸収分割を含む一連の再編スキームについてＣ社の他の組合員の同意が得られる分割比率を算出しなければならないという政策的な考慮によるものであり、また、Ｆ社のＣ社への出資比率を２０％未満にしたいとの意向も充足する分割比率とする必要があった。
他方で、当時、原告の社内関係者は、Ｂ社のＣ社への吸収分割は、税務上適格分社型分割に当たり、Ｂ社には当該吸収分割による譲渡損益が発生しないため、本件事業の価値がどのような金額であっても、Ｂ社の課税所得には影響しないと考えており、会計上も、本件分割は簿価取引となるため、原告及びＢ社の損益には影響を与えないと考えていた。そのため、原告の社内関係者は、本件事業及びＢ社の価値算定は、飽くまでＣ社の各組合員が納得するような分割比率の算定のために行われるものであると理解しており、本件価値算定の結果が客観的な価値を意味するとの認識は一切なかった。
また、本件価値算定のフリー・キャッシュ・フローの計算において、割引率（ＷＡＣＣ）を５．０％とする根拠は特になかったが、平成２５年８月にＦ社から数値の裏付けを求められたため、継続的に専門的アドバイスを受けていたＩ株式会社（以下「Ｉ社」という。）の担当者に根拠の作成を依頼し、おおむねの平均値を採ったという案を採用して割引率（ＷＡＣＣ）の説明資料を作成したものである。
以上の本件価値算定の経緯は、本件価値算定に合理性が認められないことの裏付けとなる。
エ 本件価値算定の結果と第三者評価機関による算定結果の乖離
本件価値算定により本件承継資産負債の価額として算出された６億０１３２万円は、事業価値の算定に精通している専門家であり、第三者評価機関として国内有数の実績を有するＨが算定した本件事業の価値（０円から１７２９万５０００円の範囲）と大きく乖離している。また、本件価値算定によれば、Ｃ社の株主価格は４億７２３６万３０００円であるとされているところ、Ｈが算定したＣ社の株式価値（０円から１７６０万３０００円の範囲）と大きく乖離している。したがって、本件価値算定は、その内容を検証するまでもなく合理性を欠いている。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前提事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
（１）Ｂ社は、平成１０年２月頃、北海道からの高度化資金導入による物流事業センター事業の展開を図るため、取引先、同業者等に出資を要請してＣ社を協同組合として設立し、Ｂ社が主体となってＣ社の運営をしてきた。協同組合としてのＣ社の組合員の出資金及び建設協力金の金額は別紙６「Ｃ社の出資金及び建設協力金額」のとおりである。（甲２９、乙４）
（２）原告は、平成２１年３月、北海道地域における低温事業の強化を目的としてＢ社を買収した。
原告支社の担当者は、平成２２年４月頃、Ｂ社及びＣ社の今後の取組方針につき、Ｃ社の資金面での問題点（中小企業高度化資金返済７４０万円、銀行借入れ約２５０万円の約定弁済（いずれも月額）が存在しており、Ｃ社単体では銀行等からの追加融資は期待できないことなど）及び組織運営面での問題点（従来、Ｂ社が運営全般を仕切ってきたこともあり、Ｃ社が各組合員に対して厳しい運営状況を十分に伝えずに組合事業を行ってきたため、リスクが顕在化した現時点において各組合員に対して責任履行を要求し難い状況にある等）を指摘した上で、原告によるＣ社支援案を策定した。なお、同支援策の策定の際には、原告のスタンスとして、将来的にＣ社を協同組合として存続させるべきか、株式会社化によりＡとして取り込んでいくべきか、法律上の手続も確認しながら多角的な観点から検討が必要である旨も指摘している。
原告支社の担当者は、上記取組方針につき、原告の経営会議において審議を求めたところ、平成２２年４月２６日、「要件を再整理し、経営企画部と連動の上、再度プランを練り直すとともに、各関係先と交渉結果を踏まえて、再度議案の事」として留保とされた。
（甲２９、３１）
（３）原告支社の担当者は、平成２４年１２月１７日、Ｃ社の組織変更及びＢ社との統合について、①Ｃ社の協同組合としての存続は現時点においてはメリットがなく、他の組合員も原告のグループが主体となっての運営を望む意向が強いことから、応分の責任負担を求めて組合組織を解消して原告のグループ内に取り込むこと、②物流事業の専門会社となったＢ社はメーカー物流、共配事業で一定の事業規模を維持する機能を有しており、Ｃ社の持つ低温庫内物流受託事業と併せ、エリア物流事業としての位置付けを明確にし、事業基盤の拡充を図ることを方向性として目指し、具体的対応策として、㋐Ｃ社の組織変更、㋑他組合員持分の株式集約（㋐の組織変更と同時に他組合員の出資分をＢ社が買い取り、Ｃ社をＢ社の１００％子会社とする。買取価格は債務超過のため実質無価値であるが、組織変更及び買取交渉をスムーズに進める上で出資額の１０分の１を前提に交渉を進める。）、㋒Ｂ社との統合（Ｂ社の１００％子会社化後に、Ｃ社を存続会社とし、Ｂ社を消滅会社とする合併を行い、エリアの低温物流事業会社としての基盤を整える。）をする内容の議案を発議した。上記議案は、同日、原告の経営会議において審議され、「再提議（債務超過を圧縮するスキームについて組合員各社と交渉の上、再度上程とのこと）」となった。（乙４）
（４）上記（３）の審議結果を受け、原告の関係者は、平成２５年１月から２月にかけて更に検討を重ねた。同月１５日付け「協同組合ＣとＢ株式会社統合の件」と題する書面（乙９）には、「表題の件に関し、２０１３年１月３０日の検討会で確認されたストラクチャーは以下のとおり」として、「組織変更」、「債務の株式化（ＤＥＳ）」、「Ｃの株式譲渡」、「Ｂの分割型分割」、「Ｂの清算」という各項目が挙げられているところ、そのうち、「Ｃの株式譲渡」及び「Ｂの分割型分割」の各項目には以下の内容が記載されている。（甲２９、乙９）
ア 「Ｃの株式譲渡」の項目
（ア）内容
「Ｃを北海道エリアにおけるＡ傘下の物流事業会社とするため、その後の手続に先立ちＢが保有しているＣ株式をＡに譲渡する。」
（イ）課題
「Ｃ株式の評価についてどうするか。」
「いずれの評価となっても税務上は、ＢはＡの１００％子会社であるためグループ法人税制により課税関係は発生しない（繰り延べられる）。」
イ 「Ｂの分割型分割」の項目
（ア）内容
「Ｂの物流事業を集約するため、Ｃに分割する。」
「分割型分割であるため、対価となるＣ株式はＢの株主であるＡに配当として渡る。」
「結果、３（注：上記アを指す。）の株式譲渡と合わせて、ＡがＣの株主となる。」
（イ）課題
「分割した事業の評価を如何するか。なお、現状のＢの物流事業は利益を出している。」とし、以下の２つの方法が考えられる旨及びそれぞれのメリット・デメリットの記載がある。
ａ 事業の価値を評価しない方法（収益性を評価せず、資産負債をバランスさせて分割する方法など）
〔メリット〕事業の価値をゼロとするために対価となる株式の発行はなく出資比率が変更しないことから、既存株主から受け入れられやすいこと
〔デメリット〕価値のある事業を対価なしに分割するため、原告以外の株主に対して無償で価値を提供することになること
ｂ 事業の価値を評価する方法
（ａ）純資産を付けて分割する方法（貸借対照表ベースでの価値評価）
〔メリット〕正当な価値評価に基づく対価が原告に割り当てられるため利益の流出がないこと
〔デメリット〕Ｃ社が債務超過状態（価値がゼロ）のため、原告の出資比率が１００％近くなり、既存株主からの反発が予想されること
（ｂ）収益性を評価して分割する方法（キャッシュ・フローベースの価値評価）
〔メリット〕Ｂ社及びＣ社の双方のキャッシュ・フローをベースに評価するため、Ｃ社が債務超過であっても既存株主の出資分に価値が付くこと
〔デメリット〕Ｃ社にキャッシュ・フローがあることが大前提のため、評価方法が純資産評価に比べて面倒であり、かつ、将来のキャッシュ・フローのみを評価する場合、その妥当性の判断が難しいこと
（５）原告支社部長は、平成２５年３月中旬頃、Ｃ社の各組合員の了解を得るため、当時のＣ社の代表幹事兼Ｂ社の代表取締役、Ｃ社の専務理事兼Ｂ社の取締役と協議を行い、原告の考えている方針（①Ｃ社を協同組合として存続させる意義が薄くなっており、原告の北海道エリア政策として、物流事業に特化したＢ社とＣ社の機能を統合し、原告の商流対応のみならず、エリアの様々な業種の低温物流全般を担う組織へ変更することを方向性として持っていること、②上記①の実現のために、Ｃ社を現状の出資比率のまま株式会社化して本件事業を資産負債と共に吸収分割し、残ったＢ社を清算することを考えていること、③Ｃ社の株式会社化のためには組合員全員の了解のもとに進める必要があるが、出資金と建設協力金をどうするかにつき、多額の建設協力金を積んでいるＦ社とＧ社にまず相談することとし、２社から賛同が得られれば他の組合員にも当該スキームの説明をしたいと考えていること）を共有の上、Ｃ社の各組合員への説明を開始することとした（甲２９、３３の１・２）。
なお、「平成２５年５月２１日現在の意見交換状況」と題する書面（甲３４）は、同日時点におけるＣ社の各組合員とのＣ社の株式会社化に係る協議状況を記載した書面であり、筆頭出資者であるＦ社の欄には、①出資金の株式化について「条件付き了承」、「持分法適用会社を避けること。※２０％未満に出来ない場合、優先株の検討。建設協力金株式化含めて２０％未満になれば普通株式転換及び非常勤役員派遣を検討」、②建設協力金の取扱いへの見解について、「条件付き了承」、「持分法適用会社を避けること。」との記載がある。
（６）Ｆ社の担当者が作成した平成２５年７年３０日付け「備忘記録報告書（商談・照会・相談等）」と題する書面（乙１０）には、Ｃ社の株式会社化の進展状況につき、原告支社部長並びにＣ社の理事長及び事務局長から聞き取った内容として、以下の内容が記載されている。（乙１０）
ア 株式会社化の方法
（ア）現在の出資金を平成２６年３月１日株式に転換する。
資本の額７９００万円Ｆ社１９００万円比率２４．０５％
（イ）Ｂ社の建設協力金を株式に転換する。
資本の額２億４１５０万円Ｆ社１９００万円比率７．８８％
Ｂ社の持分については原告に売却予定である。
（ウ）Ｂ社をＣ社に吸収合併し、残りの建設協力金につきＤＥＳを実行する。出資比率はＤＣＦ法で算定する。
原告の試算における企業価値は、Ｃ社４億８０００万円、Ｂ社５億９７００万円（１：１．２４）
イ 特記事項
Ｂ社の吸収合併と、残りの建設協力金のＤＥＳの実行とを同時期に行うことでＦ社の出資比率は２０％未満を保てる。
（７）原告の従業員は、平成２５年９月頃、Ｆ社から事業価値評価の明細を提出するよう求められたため、割引率（ＷＡＣＣ）を５％とする資料を作成した原告支社部長に対して同数値の根拠を確認したところ、何ら根拠はないとの回答を受けた。そこで、原告の上記従業員は、同月３日、Ｉ社の担当者に対し、上記事情を説明した上で、Ｃ社の株式化に係る割引率（ＷＡＣＣ）につき後付けで根拠を付ける必要があるため、Ｉ社がＤＣＦ法で算定する割引率（ＷＡＣＣ）の算定フォーマットで低温物流会社の割引率（ＷＡＣＣ）の算定をすることを依頼し、結果的に５％に近い数値になることを期待する旨申し添える内容のメールを送信した。（甲２９、３８～４０）
（８）原告の担当者は、平成２５年９月１８日、Ｆ社を訪問した際、同社が、Ｇ社、Ｊ及びＫが本件ＤＥＳに応じないという回答をしたことに対する不平等感を指摘したことを受けて、同３社に対し、Ｃ社統合のスキームが破錠した場合のＣ社の運営状況（建設協力金が返済されるような状況ではないこと）を踏まえて再度意思確認をする必要性がある等検討し、その内容を「Ｃ統合の件議事録」と題する書面（乙１２）に記載した。
原告支社部長は、別紙５のとおり、Ｂ社については平成２４年１２月決算期の貸借対照表上の数値を、Ｃ社については平成２５年２月決算期の貸借対照表上の数値をそれぞれ基礎として、予測期間を５年（平成２５年から平成２９年まで）とする本件事業計画を策定した。本件事業計画は、①Ｂ社の役務収益について、「Ｈ２５は受託終了等の影響で収益減少見込み。以降も厳しい状況が続くとの予測からＨ２６年は更に減少させ、その後は一定とした。」との検討結果を踏まえ、㋐役務収益（共配）につき平成２５年度は５億２３００万円、平成２６年度から平成２９年度までは５億２０００万円、㋑役務収益（受託）につき平成２５年度は８億６２００万円、平成２６年度から平成２９年度は８億２０００万円と、②Ｂ社の販売・管理費について、「定年等による人件費減に加え、Ｈ２６年以降バックオフィス業務のグループ内統合により大幅なコスト削減を見込む。」との検討結果を踏まえ、平成２５年度は５２００万円、平成２６年度は３５００万円、平成２７年度及び平成２８年度は３２００万円、平成２９年度は３０００万円と、③Ｃ社の役務収益について「Ａの業務受託増加によりＨ２５年、Ｈ２６年は収益増加を見込む。以降は拠点のキャパシティー上の制約から一定とした。」との検討結果を踏まえ、平成２５年度は６億７８００万円、平成２６年度から平成２９年度までは７億円と、④Ｃ社の販売・管理費について、「Ｈ２５予算はバックオフィス業務見直しによるコスト削減を実行。Ｈ２６以降はＨ２５年予測ベースの経費率で一定とした。」との検討結果を踏まえて、平成２５年は３億９５００万円、平成２６年度から平成２９年度までは４億円と、それぞれ策定された（乙１２・５枚目）。
「Ｃ統合の件議事録」と題する書面及びその添付書類（乙１２・５～７枚目）には、本件事業計画を基に、ＤＣＦ法を用いて本件事業及びＣ社の価値算定をした過程、すなわち、Ｂ社の本件各年度に係る予測営業利益及び予測減価償却費から本件各年度のフリー・キャッシュ・フローを算定した上で、本件各年度のフリー・キャッシュ・フローとＣ社の割引率（ＷＡＣＣ）（５．６％）、Ｂ社の割引率（ＷＡＣＣ）（５．７％）及び同業他社の割引率（ＷＡＣＣ）（４．１％）の平均値である５．０％を用いて、予測期間終了後のフリー・キャッシュ・フローの割引現在価値４億８６００万円を算定し、当該割引現在価値４億８６００万円に本件各年分のフリー・キャッシュ・フローの割引現在価値の合計額１億１１００万円及び平成２５年１１月３０日の現預金残高４３２万円を加算して、Ｂ社の企業価値（株主価値）６億０１３２万円と算定し、上記算定の前提として、Ｂ社及びＣ社共に繰越欠損金を有しているため法人税を考慮しておらず、予測期間中、特段の投資予定はないため、設備維持などの恒常的設備投資については長期的な影響を考慮していない旨が記載されている。
（甲２９、３５の１・２、乙１２）
（９）原告の担当者は、平成２５年１０月３日、Ｇ社を訪問し、本件ＤＥＳの意向について再度検討してもらうこととしたところ、Ｇ社は、同月４日、出資比率が４．５％程度に留まることを条件として本件ＤＥＳに応じる旨の回答をした（甲４３）。
（10）原告の平成２５年１１月５日付け「議案書」と題する書面（乙１３）には、Ｃ社の各組合員の出資金について全額株式化し、建設協力金についてＤＥＳにて全額株式化することとし、①Ｃ社の組織変更、②建設協力金のＤＥＳ（債務の株式化。各組合員の建設協力金を株式化することで組合員に応分の負担を求め、これによりＣ社の債務超過額を大幅に減少させる。）、③Ｂ社との統合（Ｃ社を承継会社とするＢ社の本件事業の吸収分割を行い、エリアの低温物流事業会社としての基盤を整える。）、④Ｃ社株式の原告への売却、⑤Ｂ社の清算（原告がＢ社の未処理欠損金約５億８９００万円を引き継ぐことにより節税効果がある。）旨の実施スキームが記載されている。
また、上記書面には、上記スキームにつき、Ｂ社（建設協力金１億６２４９万円９０００円）、Ｆ社（同９２００万円）及びＧ社（同２３３０万円）は合意し、Ｊ（同８００万円）及びＫ（同６００万円）は拒否し説得にも応じなかったため、同２社の建設協力金についてはＤＥＳをしない形で上記スキームを実施することとし、同２社に対しては、Ｃ社の債務超過額以上の資本蓄積がなされない限り建設協力金の返済を開始しない旨の内容を盛り込んだ契約の締結を交渉する旨が記載されている。
（11）原告支社の担当者は、平成２５年１１月３日、Ｃ社の各組合員の出資金及び建設協力金の全額株式化並びにエリアの低温物流事業会社の整備を目的とする実施スキームとして、①Ｃ社の組織変更、②建設協力金のＤＥＳ、③Ｂ社との統合、④Ｃ社株式の原告への売却、⑤Ｂ社の清算を掲げ、Ｂ社、Ｆ社及びＧ社が上記スキームに合意したためＤＥＳを実施し、上記スキームに合意しなかったＪ及びＫに対しては、Ｃ社の債務超過額以上の資本蓄積がされない限り建設協力金の返済を開始しない旨の内容を盛り込んだ契約の締結を交渉する旨の内容の議案を発議し、同日、原告の経営会議において承認された。なお、同決裁については、平成２６年１月２１日の原告の取締役会において承認された。（乙１３、１５）
（12）原告支社の担当者は、平成２６年１月１４日、Ｃ社の建設協力金の株式化並びに吸収分割によるＣ社及びＢ社のエリア低温物流事業の統合の実施のために、以下の内容の稟議を求めた。（乙１４）
ア 統合形態（ＤＥＳ）の内容
Ｂ社の建設協力金（１億６２４９万９０００円）をＤＥＳにより株式転換することによりＢ社の５０．６％子会社化し、同時にＦ社及びＧ社もＤＥＳに応じ、総額２億７７７９万９０００円を株式化する。また、株式化総額の２分の１（１億３８８９万９５００円）を資本金に組み入れることとする。
イ 統合形態（吸収分割）の内容
Ｂ社を分割会社、Ｃ社を承継会社とし、分割によりＢ社の出資比率は７８．３％となる。また、Ｂ社の本件事業に関わる資産負債を引き継ぐが、売掛債権及び買掛債務は引き継がない。
ウ 稟議に係る添付資料のうち、「株主構成シミュレーション（Ｈ２５年１１月末現在）」と題する書面について
上記書面の「Ｃ株主価値」欄には、「株主価値」の価値額「４７２，３６３」（千円）、「Ｂ株主価値」欄において、「現預金」の価値額「４，３２０」（千円）、「株主価値」の価値額「６０１，３２０」（千円）との記載がある。
（13）原告支社の担当者は、平成２７年７月６日、原告の経営会議において、Ｂ社はＣ社の株式を原告に売却することを前提としていたが、税理士から、Ｃ社の株式の評価額に懸念があるとの指摘を受けたことをもって、原告によるＢ社の吸収合併で対応する内容の議案を発議した。同発議の際に用いた添付資料のうち、「懸念点の指摘事項」と記載のある書面（以下「本件添付書面」という。）には、本件分割の際、Ｂ社及びＣ社それぞれの将来事業計画から以下のとおり企業価値を算定し、Ｃ社の株式の割当数を決めた旨が記載されている。（乙２１）
ア Ｃ社
企業価値４億７２３６万３０００円
発行株式数７１３５株
１株当たりの価値６万６２０４円
イ Ｂ社
企業価値６億０１３２万円
Ｃ社の株式の割当数９０８３株
２ 争点（１）（理由付記の不備による違法性の有無）について
（１）法人税法１３０条２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿書類の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正する場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿書類の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５４年４月１９日第一小法廷判決・民集３３巻３号３７９頁等）、帳簿書類の記載自体を否認することなく更正をする場合においては、上記の更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を上記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
（２）これを本件についてみると、前提事実（４）ア及びイ（ア）ａのとおり、Ｂ社は、本件分割が、法人税法６２条の３第１項の適格分社型分割に該当することを前提として、本件承継資産負債につき分割の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、譲渡損益を計上しなかったところ、処分行政庁が、本件分割は適格分社型分割には該当せず、本件分割時の本件承継資産負債の価額により譲渡をしたものとして譲渡損益を計上する必要があるとして、平成２６年１２月期法人税更正処分をしたものである。そして、前提事実（４）イ（ア）ａのとおり、本件更正通知書には、本件分割は適格分社型分割には該当しないこと、本件承継資産負債の本件分割時の時価は６億０１３２万円であることに加え、控除すべき本件承継資産負債の帳簿価額の各科目と金額、合計額が記載されている。
上記事情からすれば、処分行政庁は、本件分割が適格分社型分割に該当しないと判断し、本件分割が適格分社型分割に該当することを前提としたＢ社の申告内容を更正したものであり、法人税法上、適格分社型分割に該当する場合は「適格分社型分割の直前の帳簿価額による譲渡」をしたものとして所得の金額を計算するが（同法６２条の３第１項）、適格分社型分割に該当しない場合は「分割の時の価額による譲渡」をしたものとして所得の金額を計算する（同法６２条１項）と規定されていることから、本件承継資産負債の時価の算定を必要としたものであり、帳簿の記載を無視して更正を行ったものではない。したがって、本件更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿の記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものでないとしても、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に更正の根拠を具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である。
そこで、本件更正通知書において、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に更正の根拠を具体的に明示するものといえるか否かを検討する。本件更正通知書には、本件承継資産負債の時価の価額として「６０１，３２０，０００円」と記載されているところ、本件更正通知書において同価額の根拠が示されていないことについては、原告の指摘するとおりである。しかしながら、本件更正通知書の上記記載によれば、処分行政庁が本件承継資産負債の時価の価額を上記のとおり評価していることは明らかであり、上記時価の価額自体に不服がある場合には不服申立てをすることができることを踏まえると、不服申立ての便宜という面からの要請に対して必要な材料を提供しているということができる。
また、前提事実（３）のとおり、本件分割契約は、Ｂ社とＣ社との間で締結された、Ｂ社が本件承継資産負債を譲渡する代わりにＣ社の普通株式９０８３株を交付するという内容のものであるところ、認定事実（１２）及び（１３）のとおり、原告の経営会議において本件分割の内容に係る審議で使われた本件添付書面には、Ｃ社について企業価値4 億７２３６万３０００円、発行株式数７１３５株、１株当たりの価値６万６２０４円、Ｂ社について企業価値６億０１３２万円、本件分割におけるＣ社の株式の割当数９０８３株との記載があり、本件分割契約の割当数と同じであること、その他、Ｂ社及びＣ社の企業価値につき他の評価をしたと認めるに足りる証拠及び本件分割契約において本件添付書面に記載された以外の根拠を基にＣ社の株式割当数９０８３株としたと認めるに足りる証拠はないことからすると、本件分割契約は、本件承継資産負債の価額を６億０１３２万円と算定して締結されたものと認めるのが相当である。
以上のとおり、処分行政庁が本件承継資産負債の時価として算定した６億０１３２万円は、原告自身が算出したものであって、このことからすれば、原告はその算出の根拠、基準について当然に把握しているものであり、他方、処分行政庁は上記価額を独自に算定しておらず、算出の過程又は上記数額の選択に処分行政庁の恣意性は介入していない。そうすると、本件更正通知書の記載内容に上記時価の価額の根拠が記載されていないことを踏まえても、本件更正通知書の記載につき、更正処分庁の恣意抑制という理由付記制度の趣旨目的を充足していないとはいうことはできない。
したがって、本件更正通知書の記載に法の要求する更正理由の付記として欠けるところはなく、理由付記の不備による違法性があるとはいえない。
３ 争点（２）（本件承継資産負債の時価）について
（１）法人税法６２条１項の「分割承継法人に当該移転をした資産及び負債の当該（中略）分割の時の価額」とは、分割時における時価をいうものと解すべきところ、時価とは、財産の客観的な交換価値をいうものであり、それぞれの財産の現況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額をいうものと解され、課税の明確性や公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって算定された価額であることが要請されるというべきである。
（２）上記２（２）において判示したとおり、本件分割契約は、本件承継資産負債の価額を６億０１３２万円と算定して締結されたものと認めるのが相当であるところ、当該算定の合理性につき、以下、検討する。
ア 組織再編の対価の価額の合理性を判断するに際して、独立当事者間の交渉により価額が形成された場合においては、各当事者は自己の利益を最大化するために行動することが通常であることから、原則として、当該価額は合理的に形成されたものとして、時価による取引が行われたと解するのが相当である。そこで、本件分割契約に係る対価の価額が独立当事者間の交渉により形成されたものと認められるか否かについて検討する。
認定事実（１）から（１３）までのとおり、本件分割契約は、Ｂ社の１００％親会社であった原告が、Ｂ社とＣ社とを統合することによって北海道地域の低温物流事業会社の整備をすることを目的として、原告がＣ社の組合員等の意向を調整した上で本件ＤＥＳ等を実施し、また、Ｃ社の株式１株当たりの価値を６万６２０４円と算定の上でＣ社の普通株式の割当数を決めるなどの過程を経て締結されたものであること、Ｃ社はもともとＢ社が北海道からの高度化資金導入による物流事業センター事業の展開を図るために、取引先、同業者等に出資を要請して設立した協同組合であり、従前はＢ社が主体となってＣ社の運営をしてきたこと、Ｂ社はＣ社に対して出資金１８００万円（出資金全体の２２．７８％）、建設協力金１億６２４９万９８００円（建設協力金全体の５５．６８％）を支出していること、本件分割契約締結当時のＢ社とＣ社の代表取締役は同一人物であったこと（甲１０）も踏まえると、Ｂ社とＣ社とは独立当事者の関係にあるとはいえない。したがって、本件分割契約に係る取引価額は独立当事者の交渉により形成されたものであると認めることはできない。
イ 関連会社間における組織再編の対価の価額の合理性を判断するに際しても、独立当事者間の組織再編と同程度の公正な手続を経て価格が決定された場合は、原則として、合意された価額を時価として取り扱うのが相当である。そこで、本件において、独立当事者間の組織再編と同程度の公正な手続を経て価格が決定されたと認められるか否かについて検討する。
（ア）認定事実（８）のとおり、原告支社部長は、本件承継資産負債の対価となるＣ社の株価・割当数を定めるに当たって、Ｂ社の平成２４年１２月決算期の貸借対照表上の数値及びＣ社の平成２５年２月決算期の貸借対照表上の数値を基礎としてＤＣＦ法に基づき本件事業の価値とＣ社の価値を算定したものである。
ＤＣＦ法は、事業を行うことによって生み出される外部資本提供者（株主、銀行等の債権者）に対して分配可能な将来フリー・キャッシュ・フローを、株主資本と負債の加重平均資本コスト（割引率（ＷＡＣＣ））で現在価値に割り引くことにより、評価対象企業の事業価値を算定する評価手法であり、①評価対象企業の事業計画を分析して、事業計画の計画期間における債権者と株主に分配可能なフリー・キャッシュ・フローを算定し、②事業計画の期間以降のフリー・キャッシュ・フローを推定して、事業計画期間終了時点の事業の価値（残存価値）を算定し、③フリー・キャッシュ・フローを現在価値に割り引く際に用いる割引率を算定し、④フリー・キャッシュ・フローと残存価値を、上記③の割引率を使って現在価値（事業価値）に割り戻し、⑤非事業用資産価値の加算をし、有利子負債等の減算をすることにより、株主資本価値の算定を行うものである。ＤＣＦ法は、将来キャッシュ・フローを基礎とする点で投資家の合理的投資心理と合致し、また、当該企業に関するリスクも割引率を通じて織り込むことで評価に反映させることができるものであるが、将来キャッシュ・フローの予測や予測期間以降の成長率の見積りを正確に行うことは容易ではなく、経営者や投資家の恣意性が大きく介入する可能性があり、また、割引率も見積りや判断の要素が含まれることから、ＤＣＦ法により算定された株主資本価値をもって適正な時価というためには、その算定過程において論理性と客観性が相応に担保された公正なものである必要がある。
そこで、以下、本件価値算定の過程が、論理性と客観的が相応に担保された公正なものといえるかどうかについて検討する。
（イ）認定事実（８）のとおり、本件価値算定においては、Ｂ社の平成２４年１２月決算期の貸借対照表上の数値を基礎とし、本件事業計画の策定をしてＤＣＦ法を用いた算定をしているものである。
ａ 本件事業計画の策定内容の合理性・客観性の有無
（ａ）役務収入について
認定事実（８）のとおり、本件事業計画は、Ｂ社の役務収益について、平成
２５年度は受託終了等の影響で収益減少見込みとし、平成２６年度は「厳しい状況が続くとの予測から更に減少させ」、それ以降の年度については「その後は一定とした。」旨、Ｃ社の役務収益については、「Ａの業務受託増加によりＨ２５年、Ｈ２６年は収益増加を見込む。以降は拠点のキャパシティー上の制約から一定とした。」ことを考慮の上で策定されたものであるところ、少なくとも、Ｂ社の平成２５年度の役務収益、Ｃ社の平成２５年度及び平成２６年度の役務収益以外の年度に係る予測は、客観的な裏付けに基礎付けられたものとはいい難い。
（ｂ）販売・管理費について
認定事実（８）及び証拠（乙１２）によれば、本件事業計画は、Ｂ社の販
売・管理費について、「定年等による人件費減に加え、Ｈ２６年以降バックオフィス業務のグループ内統合により大幅なコスト削減を見込む。」とし、平成２５年度は５２００万円、平成２６年度は３５００万円、平成２７年度及び平成２８年度は３２００万円、平成２９年度は３０００万円と、各予測値を策定していることが認められる。しかしながら、平成２５年度から平成２６年度にかけて大幅なコスト削減を可能とする客観的な裏付けとなる証拠ないし事情は見当たらず、また、平成２６年度から平成２９年度にかけて断続的な費用の削減が見込まれる具体的な根拠も明確ではない。
（ｃ）予測期間について
認定事実（８）のとおり、本件事業計画において予測期間が５年間と設定さ
れているが、上記（ａ）及び（ｂ）のとおり、少なくとも平成２７年度から平成２９年度までの予測は客観的な数値や論理的な根拠の裏付けがあるとはいい難い。
（ｄ）その他の事情について
本件事業計画につき、Ｂ社又はＣ社の過去の業績の検討を通じて、市場規模、占有率、利益率など、業績に直接的な影響を及ぼし得る主要な変数の将来的な推移を予測して策定したと認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
（ｅ）小括
上記（ａ）ないし（ｄ）からすると、本件事業計画の内容に合理性・客観性
があるとはいい難い。
ｂ 本件価値算定の論理性・客観性の有無
（ａ）法人税が考慮されていないことについて
認定事実（８）のとおり、本件価値算定においては、Ｂ社及びＣ社が繰越欠
損金を有していることを理由に法人税が考慮されていない。
しかしながら、本件分割により、Ｂ社の有していた繰越欠損金をＣ社に引き
継ぐことができないことからすると、本件価値算定において、法人税が一切考慮されていないことは論理性・客観性を欠くものである。
（ｂ）設備投資について
認定事実（８）のとおり、本件価値算定においては、予測期間中の恒常的設
備投資に係る長期的な影響が考慮されていない。
しかし、本件事業計画においては減価償却費が毎年度計上されていること、
本件事業計画において想定されている期間（５年間）は短期間とはいえないことからすると、設備投資が一切ないままに減価償却費のみ計上されるという内容に論理性・客観性があるとはいい難い。
（ｃ）割引率（ＷＡＣＣ）について
本件価値算定において、割引率（ＷＡＣＣ）は５．０％と設定されているが、Ｃ社（５．６％）、Ｂ社（５．７％）、同業者（４．１％）の割引率（ＷＡＣＣ）の平均は約５．１３％であり、本件価値算定における割引率（ＷＡＣＣ）についてのみ小数点以下を切り捨てる合理的な理由はない。また、ＤＣＦ法における割引率（ＷＡＣＣ）は、当該評価対象となっている会社固有の計算要素に基づいて算定されるものであることからすると、単純に他社の割引率（ＷＡＣＣ）の平均値により算定された上記割引率につき論理性・客観性が担保されているということはできない。
また、本件価値算定における割引率（ＷＡＣＣ）の設定経緯からも、上記割
引率につき論理性・客観性が担保されているとはいえない。すなわち、認定事実（７）及び（８）のとおり、割引率（ＷＡＣＣ）を５％と設定したのは原告支社部長であるところ、原告支社部長が企業価値を算定する専門知識を有し中立的な立場で価値算定を行う第三者評価機関と同等の客観性を有するものであると認めるに足りる証拠がないことに加え、原告支社部長は客観的根拠に基づいて割引率を５％と設定したものではなく、また、原告の従業員は、Ｆ社から事業価値評価の明細を求められた際に後付けの根拠をつけるためにＩ社に割引率（ＷＡＣＣ）の算定を依頼の上、５％に近い数値になることを期待する旨申し添えていることも併せ考えると、本件価値算定において設定された５％という数値につき、論理性・客観性が担保されているということはできない。
（ｄ）現預金について
認定事実（８）のとおり、本件価値算定の過程において、平成２５年１１月
３０日の現預金残高４３２万円を加算している。
本件価値算定において算定した価値は、Ｂ社の企業価値、すなわち、本件事
業の価値であり、本件承継資産負債の価額であるところ、前提事実（３）ア
（ウ）のとおり、本件承継資産負債に現預金が含まれていないことからすると、上記４３２万円の加算は合理性を欠く。
（ｅ）その他の事情について
上記アにおいて判示したとおり、本件分割契約は、Ｂ社の１００％親会社で
あった原告が、Ｂ社とＣ社とを統合するために採用したスキームの一つであって、本件分割契約に至る経緯（認定事実（２）～（１３））に鑑みれば、本件分割契約におけるＣ社の価値・割当数を決める前提において実施した本件ＤＥＳにおいて、本件分割は適格分社型分割に該当すること及びＢ社には譲渡損益が発生しないことを前提とした上で、Ｃ社の各組合員の上記スキームに対する協力を得るために原告の従業員が交渉・調整・検討を重ねていたものであり、その過程においてＢ社やＣ社の企業価値について客観的な営業状態や付加価値を基に算定した形跡は見当たらない。
ｃ 小括
以上からすると、本件事業計画の内容に合理性・客観性があるとはいい難く、本件価値算定の過程が論理性・客観性が担保された公正なものであったということはできず、その他、本件承継資産負債の時価を６億０１３２万円と算定したことが合理的であると認めるに足りる証拠はない。また、本件においては鑑定が実施されておらず、本件全証拠によっても、ＤＣＦ法により、本件分割時の本件承継資産負債の価額の算定を行うのに必要な数値を確定することができない。
（３）本件承継資産負債の時価に関する証拠としては、Ｈ作成の意見書（甲１５）があるところ、同意見書は、①本件事業計画は一般的にＤＣＦ法による算定の基礎たり得ないが、物流事業の経営環境は成熟化しており、過去の平均的な利益が将来も維持されるとの想定には一応の合理性が認められること等から、収益還元法及び類似会社比較法による評価結果の重複をもって本件事業の価値算定を行うべきであった、②平成２４年１２月期及び平成２５年１２月期の平均利益を用いた場合の事業価値は１７２９万５０００円であるから、収益還元法による本件事業の評価額は０円から１７２９万５０００円となる、③平成２４年１２月期及び平成２５年１２月期の平均利益を用いた場合の事業価値は、ＥＶ／ＥＢＩＴ倍率を用いた場合が１４２２万２０００円、ＥＶ／ＥＢＩＴＤＡ倍率を用いた場合が２４３８万４０００円となり、適用される倍率の違いを特に考慮しない場合、類似会社比較法による本件事業の評価額は０円から２４３８万４０００円となる、④薄価純資産法により求められる薄価純資産は３万９４２５円となる、⑤収益還元法と類似会社比較法を採用し、それぞれによる評価結果を併用法で総合評価することにより、本件事業の価値は０円から１７２９万５０００円の範囲となり、薄価純資産法による評価額３万９４２５円が同範囲に含まれることからも相当である旨記載されている。
Ｈが第三者評価機関として、本件分割の検討がされた当時の資料に基づき、Ｂ社の平成２４年１２月期及び平成２５年１２月期の平均利益を用いて本件事業の価値算定をしていること、収益還元法及び類似会社比較法のいずれもが企業価値の算定方法として一般的に合理性が認められている手法であるといえるところ、収益還元法及び類似会社比較法を併用したＨの本件事業の価値算定過程につき、特に不合理と認めるに足りる点は見当たらないことからすると、本件事業の価値、すなわち本件承継資産負債の価値が最大で１７２９万５０００円の価値を有するとするＨの意見書にも相応の合理性がある。
被告は、Ｈの上記評価は、本件分割契約を成立させるための種々の経済性を考慮していない旨主張するが、前判示のとおり、時価とは、財産の客観的な交換価値をいうものであるところ、認定事実（４）のとおり、本件承継資産負債の時価を算定するには複数の手法があり、本件分割契約を成立させるための種々の経済性を考慮することは必要不可欠な要素ではないこと、本件価値算定は、ＤＣＦ法を採用の上で本件分割契約を成立させるための種々の経済性を考慮してされたものであるが、前判示のとおり論理性・客観性が担保された公正なものであった等とはいえず採用することはできないことからすれば、被告の上記主張には理由がない。
本件においては、本件で提出されている証拠に鑑み、本件承継資産負債の時価を、Ｈの上記意見書の評価額の上限である１７２９万５０００円と認めるのが相当である。
（４）上記（３）のとおり本件承継資産負債の時価を１７２９万５０００円と認めたことに基づく、本件各事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税の計算は、別紙７のとおりである。
ア 平成２６年１２月期法人税更正処分について
別紙７の１（１）のとおり、平成２６年１２月事業年度の所得金額はマイナス４５７６万０５３５円、課税留保金額及び納付すべき税額はいずれも０円、翌期へ繰り越す欠損金は６億３２７９万９１１６円であるから、平成２６年１２月法人税更正処分のうち、所得金額マイナス３７０６万９４３９円、課税留保金額０円、納付すべき税額０円を各超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額６億２４１０万８０２０円を下回る部分の取消しを求める原告の請求は理由がある。
イ 平成２７年１１月期法人税更正処分について
別紙７の１（２）のとおり、平成２７年１１月事業年度の翌期に繰り越す欠損金額は６億３３２３万３４９０円であるから、平成２７年１１月期更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金額６億２４５４万２３９４円を下回る部分の取消しを求める原告の請求は理由がある。
ウ 復興特別法人税更正処分について
別紙７の２のとおり、本件課税事業年度の復興特別法人税につき、納付すべき税額は０円であるから、復興特別法人税更正処分のうち、納付すべき税額０円を超える部分の取消しを求める原告の請求は理由がある。
エ 本件各賦課決定処分について
上記ア及びウのとおり、平成２６年１２月事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税について、納付すべき税額はいずれも０円であるから、本件各賦課決定処分の取消しを求める原告の請求はいずれも理由がある。
４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由があるからこれを認容することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官品田幸男
裁判官横井靖世
裁判官彦田まり恵
〔PDF 24～27頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙４）
課税の根拠及び計算に係る被告の主張
１ 本件各事業年度更正処分の根拠及び適法性
（１）本件各事業年度更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張するＢ社の平成２６年１２月事業年度の法人税の所得金額、納付すべき法人税額及び翌期に繰り越す欠損金の額並びに平成２７年１１月事業年度の翌期に繰り越す欠損金の額は、次のとおりである。
なお、所得金額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が欠損金額であることを表す。
ア 平成２６年１２月期法人税更正処分の根拠
（ア）所得金額（別表４⑤Ｂ欄）１億０７６５万２８９３円
上記金額は、次のａの金額にｂ及びｃの金額を加算し、ｄの金額を減算した金額である。
ａ 確定申告における所得金額（別表４①Ａ欄）△３７７７万５０９０円
上記金額は、Ｂ社が平成２７年３月２５日に札幌中税務署長に対して提出した平成２６年１２月事業年度の法人税確定申告書（以下「平成２６年１２月事業年度確定申告書」という。）別表一（一）（甲６の１・１枚目）の「所得金額又は欠損金額」（１欄）に記載された金額と同額である。
ｂ 本件承継資産負債の譲渡利益計上もれ（別表４②Ｂ欄）
５億７５３３万３９０４円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を控除した金額であり、法人税法２２条及び同法６２条１項の規定により、平成２６年１２月事業年度のＢ社の所得金額に加算すべき金額である。
（ａ）本件承継資産負債の分割の時の価額６億０１３２万円
上記金額は、本件承継資産負債の本件分割の時の価額である。本件分割は適
格分社型分割に該当しないことから、Ｂ社からＣ社に移転した本件承継資産負債は、法人税法６２条１項の規定により、本件承継資産負債の本件分割の時の価額により譲渡をしたものとして所得金額を計算することとなる。
（ｂ）本件承継資産負債の帳簿価額２５９８万６０９６円
上記金額は、本件承継資産負債の税務上の帳簿価額であり（別表５・合計Ｄ
欄）、次のⅰないしⅲを合計した金額である。
ⅰ本件承継資産負債の会計上の帳簿価額（別表５・合計Ａ欄）３万９４２５円上記金額は、本件承継資産負債の会計上の帳簿価額であり、当該金額は、原
告が作成した「承継する権利義務の明細（平成２６年３月３１日）」（乙２８。なお、「貸倒引当金（固定）」及び「退職給付引当金」はマイナスの金額となる。）に記載された金額の合計額と同額である。
ⅱ本件承継資産負債の税務上の利益積立金額（別表５・合計Ｂ欄）
２５２４万１０２０円
上記金額は、本件承継資産負債に係る税務上の利益積立金額であるが、移転
もれとなっていた金額（甲６の１・５枚目・３の④欄及び４の④欄の合計額）であることから、本件承継資産負債の税務上の帳簿価額に加算すべき金額である。
ⅲ本件承継資産負債に係る期中損金経理額として損金の額に算入されない金額（別表５・合計Ｃ欄）７０万５６５１円
上記金額は、Ｂ社が、本件分割は適格分社型分割に該当するとして、移転資
産等のうち減価償却資産に係る、法人税法３１条２項に規定する損金経理額に相当する金額として、平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入した金額であり、平成２６年４月２日にＢ社が札幌中税務署長に対して提出した、適格分社型分割等による期中損金経理額等の損金算入に関する届出書に記載された金額（乙２９・２枚目「１－３月償却額」欄の最下段の金額）と同額である。
しかしながら、本件分割は適格分社型分割に該当しないことから、当該損金
経理額は平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入されないため移転資産等の税務上の帳簿価額に加算すべき金額である。
ｃ 減価償却費のうち損金の額に算入されない金額（別表４③Ｂ欄）
７０万５６５１円
上記金額は、上記ｂ（ｂ）ⅲに記載のとおり、平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入されない金額であることから、平成２６年１２月事業年度の所得金額に加算すべき金額である。
ｄ 損金の額に算入される欠損金の当期控除額の増加額（別表４④Ｂ欄）
４億３０６１万１５７２円
上記金額は、上記（ア）ａの金額に上記ｂ及びｃを加算した金額の１００分の８０に相当する金額であり、法人税法５７条１項の規定により、平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入される金額である。
（イ）所得金額に対する法人税額（別表４⑥Ｂ欄）２７４５万１２６０円
上記金額は、上記（ア）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項、同条２項及び６項に規定する税率（１００分の２５．５）を乗じて計算した金額である。
（ウ）課税留保金額（別表４⑦Ｂ欄）１３７１万円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ａ 留保金額（別表７⑦欄）５億０２２０万２９８７円
上記金額は、次の（ａ）の金額に（ｂ）の金額を加算し、（ｃ）ないし（ｆ）の金額を控除した金額である。
（ａ）留保所得金額（別表６⑦「留保」欄、別表７①欄）
５億３８０８万１７５７円
上記金額は、平成２６年１２月事業年度確定申告書別表三（一）（甲６の
１・３枚目）の「留保所得金額」（１欄）に記載された金額△３７９５万７７９８円に上記（ア）のｂ及びｃの金額を加算した金額である。
（ｂ）前期末配当等の額（別表７②欄）０円
上記金額は、Ｂ社の平成２５年１２月事業年度に係る利益の配当の額である。
（ｃ）当期末配当等の額（別表７③欄）０円
上記金額は、平成２６年１２月事業年度に係る利益の配当の額である。
（ｄ）控除法人税額（別表７④欄）２７４５万１２６０円
上記金額は、上記（イ）の金額から後記（オ）の金額を控除した金額である。
（ｅ）控除復興特別法人税額（別表７⑤欄）２７４万５１００円
上記金額は、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な
財源の確保に関する特別措置法（平成２６年３月３１日法律第１０号改正後のもの。以下「復興財源確保法」という。）４８条の規定により、上記（ｄ）の金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０を乗じて計算した金額である。
（ｆ）控除住民税額（別表７⑥欄）５６８万２４１０円
上記金額は、法人税法施行令１３９条の１０の規定に基づき、上記（ｄ）の
金額に１００分の２０．７を乗じて計算した金額である。
ｂ 留保控除額（別表７⑲欄）４億８８４９万２１６９円
上記金額は、次の（ａ）ないし（ｃ）の金額のうち最も多い金額（（ｃ））である。
（ａ）所得基準額（別表７⑱欄）２億１５３０万５７８６円
上記金額は、法人税法６７条５項１号に規定する金額であり、平成２６年１
２月事業年度確定申告書別表三（一）（甲６の１・３枚目）の「所得等の金額」（３６欄）に記載された金額△３７７７万５０９０円に、上記（ア）のｂ及びｃ金額を加算した金額の１００分の４０に相当する金額である。
（ｂ）定額基準額（別表７⑬欄）２０００万円
上記金額は、法人税法６７条５項２号に規定する金額である。
（ｃ）積立金基準額（別表７⑫欄）４億８８４９万２１６９円
上記金額は、法人税法６７条５項３号に規定する金額であり、次のⅰの金額
の１００分の２５に相当する金額から、次のⅱの金額を控除した金額である。
ⅰ期末資本金の額（別表７⑧欄）３０００万円
上記金額は、平成２６年１２月事業年度申告書別表三（一）（甲６の１・３
枚目）の「期末資本金の額又は出資金の額」（９欄）に記載された金額と同額である。
ⅱ期末利益積立金額（別表７⑩欄）△４億８０９９万２１６９円
上記金額は、平成２６年１２月事業年度確定申告書別表三（一）（甲６の
１・３枚目）の「期末利益積立金額」（１４欄）に記載された金額と同額である。
（エ）課税留保金額に対する税額（別表４⑧Ｂ欄）１３７万１０００円
上記金額は、上記（ウ）の課税留保金額に、法人税法６７条１項に規定する税率（課税留保金額のうち年３０００万円以下の金額については１００分の１０、年３０００万円を超え、年１億円以下の金額については１００分の１５、年１億円を超える金額については１００分の２０）を乗じて計算した金額である。
（オ）法人税額から控除される所得税額等（別表４⑨Ｂ欄）０円
上記金額は、法人税法６８条１項の規定により法人税の額から控除される金額であり、平成２６年１２月事業年度確定申告書別表一（一）（甲６の１・１枚目）の「控除税額の計算」の「計」（４３欄）欄に記載された金額と同額である。
（カ）納付すべき法人税額（別表４⑩Ｂ欄）２８８２万２２００円
上記金額は、上記（イ）の金額に上記（エ）の金額を加算し、上記（オ）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（キ）既に納付の確定した法人税額（別表４⑪Ｂ欄）０円
上記金額は、平成２６年１２月事業年度確定申告書別表一（一）（甲６の１・１枚目）の「差引所得に対する法人税額」（１３欄）欄に記載された金額と同額である。
（ク）差引納付すべき法人税額（別表４⑫Ｂ欄）２８８２万２２００円
上記金額は、上記（カ）の金額から上記（キ）の金額を差し引いた金額であり、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
（ケ）翌期へ繰り越す欠損金額（別表４⑬Ｂ欄）１億５６４２万７００９円
Ｂ社は、平成２６年１２月事業年度法人税確定申告書において、翌期へ繰り越す欠損金額を、平成２６年１２月事業年度に繰り越された平成２６年１２月事業年度前に生じた欠損金額５億８７０３万８５８１円（甲６の１・７枚目、「控除未済欠損金額」（３欄）の「計」欄）及び平成２６年１２月事業年度の欠損金額３７７７万５０９０円（同「控除未済欠損金額」の「欠損金額」欄）の合計額である６億２４８１万３６７１円（同「翌期繰越額」（５欄）の「合計」欄）と記載しているが、上記（ア）ｄのとおり、本件事業年度前に生じた欠損金額４億３０６１万１５７２円は、平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入され、また、上記（ア）のとおり、平成２６年１２月事業年度の所得金額は１億０７６５万２８９３円であり、当該事業年度に生じた欠損金額はないから、翌期へ繰り越す欠損金額１億５６４２万７００９円である。
イ 平成２７年１１月期法人税更正処分の根拠
翌期に繰り越す欠損金額１億５６８６万１３８３円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額である。
（ア）平成２７年１１月事業年度の青色欠損金額４３万４３７４円
上記金額は、原告が平成２７年１２月２４日に日本橋税務署長に対して提出した平成２７年１１月事業年度法人税確定申告書別表七（一）（甲１１・８枚目「翌期繰越額」（５欄）の「青色欠損金」欄）に記載された金額と同額である。
（イ）平成２７年１１月事業年度に繰り越される欠損金額１億５６４２万７００９円上記金額は、上記ア（ケ）のとおり、平成２７年１１月事業年度に繰り越される欠損金額である。
（２）本件各事業年度更正処分の適法性
ア 平成２６年１２月事業年度
被告が本件訴訟において主張するＢ社の平成２６年１２月事業年度の法人税の所得金額及び納付すべき法人税額並びに翌期へ繰り越す欠損金額は、上記（１）ア（ア）、（ク）及び（ケ）のとおり、平成２６年１２月期法人税更正処分における金額（甲１・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「１」、「２０」及び「２３」欄）と同額であるから、平成２６年１２月期法人税更正処分は適法である。
イ 平成２７年１１月事業年度
被告が本件訴訟において主張する平成２７年１１月事業年度の翌期に繰り越す欠損金額は、上記（１）イのとおり、平成２７年１１月事業年度法人税更正処分における金額（甲３・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「２３」欄）と同額であるから、平成２７年１１月期法人税更正処分は適法である。
２ 本件課税事業年度更正処分の根拠及び適法性
（１）本件課税事業税更正処分の根拠
被告が本件訴訟において主張するＢ社の本件課税事業年度の復興特別法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、次のとおりである。
ア 課税標準法人税額（別表８④欄）２７４５万１０００円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（ア）申告基準法人税額（別表８①欄）０円
上記金額は、Ｂ社が平成２７年３月２５日に札幌中税務署長に対して提出した本件課税事業年度における復興特別法人税確定申告書（以下「本件課税事業年度確定申告書」という。）（甲６の２・１枚目）の「基準法人税額」（１４欄）に記載された金額と同額である。
（イ）基準法人税額に加算される金額（別表８②欄）２７４５万１２６０円
上記金額は、上記（１）アのとおり、平成２６年１２月期法人税更正処分により増加した所得金額に対する法人税額であり、本件課税事業年度の基準法人税額に加算される金額である。
イ 課税標準法人税額に対する復興特別法人税額（別表８⑤欄）２７４万５１００円上記金額は、復興財源確保法４８条の規定により、上記アの課税標準法人税額に１００分の１０の税率を乗じて計算した金額である。
ウ 控除税額（別表８⑥欄）０円
上記金額は、復興財源確保法４９条１項の規定により、課税標準法人税額に対する復興特別法人税額から控除される金額であり、本件課税事業年度確定申告書（甲６の２・１枚目）の「控除税額」（３欄）に記載された金額と同額である。
エ 納付すべき復興特別法人税額（別表８⑦欄）２７４万５１００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額である。
オ 既に納付の確定した復興特別法人税額（別表８⑧欄）０円
上記金額は、本件課税事業年度確定申告書（甲６の２・１枚目）の「差引この申告により納付すべき復興特別法人税額」（４欄）に記載された金額と同類である。
カ 差引納付すべき復興特別法人税額（別表８⑨欄）２７４万５１００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額であり、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき復興特別法人税額である。
（２）本件課税事業年度更正処分の適法性
被告が本件訴訟において主張するＢ社の本件課税事業年度に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、上記（１）ア及びカのとおりであり、本件課税事業年度更正処分における課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額（甲２・１枚目「更正又は決定の金額」の「５」欄及び「１２」欄）と同額であることから、本件課税事業年度更正処分は適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件法人税賦課決定処分の根拠
上記１（２）アのとおり、平成２６年１２月期法人税更正処分は適法であるところ、同更正処分により、原告が新たに納付すべき法人税の額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれを計算の基礎としなかったことに、国税通則法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各事業年度の法人税更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の額は、本件法人税更正処分の差引納付すべき法人税額２８８２万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２８８万２０００円及び当該差引納付すべき法人税額２８８２万２２００円のうち５０万円を超える部分に相当する税額２８３２万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１４１万６０００円の合計額４２９万８０００円となる（同法６５条１項及び２項）。
（２）本件法人税賦課決定処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する本件各事業年度の法人税更正処分に伴って賦課されるべき過少申告加算税の額は、上記（１）のとおり、４２９万８０００円である。そして、上記過少申告加算税の額は、本件法人税賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲１・１枚目「過少申告加算税」欄の「加算税の額」欄）と同額であることから、本件法人税賦課決定処分は適法である。
４ 本件復興特別法人税賦課決定処分の根拠及び適法性について
（１）本件復興特別法人税賦課決定処分の根拠
上記２のとおり、本件課税事業年度の復興特別法人税賦課決定処分は適法であるところ、本件課税事業年度の復興特別法人税賦課決定処分により、原告が新たに納付すべき法人税の額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれを計算の基礎としなかったことに、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件課税事業年度更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の額は、本件課税事業年度更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった復興特別法人税２７４万円（甲２・１枚目「更正又は決定の金額」の区分「１２」欄。ただし、国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２７万４０００円に同条２項の規定に基づき、本件復興特別法人税更正処分により新たに納付すべきこととなった復興特別法人税額２７４万５１００円（同「更正又は決定の金額」の区分「１２」欄）のうち５０万円を超える部分の額２２４万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１１万２０００円を加算した金額３８万６０００円である。
（２）本件復興特別法人税賦課決定処分の適法性
被告が本件訴訟において主張する本件課税事業年度の復興特別法人税賦課決定処分に伴って賦課されるべき過少申告加算税の額は、上記（１）のとおり、３８万６０００円である。そして、上記過少申告加算税の額は、本件復興特別法人税賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額（甲２・１枚目「過少申告加算税」欄の「加算税の額」欄）であることから、本件復興特別法人税賦課決定処分は適法である。
以上
（別紙７）
本件各事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税
１ Ｂ社の平成２６年１２月事業年度の法人税の所得金額、納付すべき法人税額及び翌期に繰り越す欠損金の額並びに平成２７年１１月事業年度の翌期に繰り越す欠損金の額についてなお、所得金額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が欠損金額であることを表す。
（１）平成２６年１２月事業年度の法人税の所得金額、納付すべき法人税額及び翌期に繰り越す欠損金の額について
ア 所得金額（別表４⑤Ｃ欄）
△４５７６万０５３５円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）の金額を減算した金額である。
（ア）確定申告における所得金額（別表４①Ａ欄）
△３７７７万５０９０円
上記金額は、Ｂ社が平成２７年３月２５日に札幌中税務署長に対して提出した平成２６年１２月事業年度の法人税確定申告書（以下「平成２６年１２月事業年度確定申告書」という。）別表一（一）（甲６の１・１枚目）の「所得金額又は欠損金額」（１欄）に記載された金額と同額である。
（イ）減価償却費のうち損金の額に算入されない金額（別表４③Ｃ欄）７０万５６５１円上記金額は、Ｂ社が、本件分割は適格分社型分割に該当するとして、移転資産等のうち減価償却資産に係る、法人税法３１条２項に規定する損金経理額に相当する金額として、平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入した金額であり、平成２６年４月２日にＢ社が札幌中税務署長に対して提出した、適格分社型分割等による期中損金経理額等の損金算入に関する届出書に記載された金額（乙２９・２枚目「１－３月償却額」欄の最下段の金額）と同額である。
しかしながら、本件分割は適格分社型分割に該当しないことから、当該損金経理額は平成２６年１２月事業年度の損金の額に算入されないため移転資産等の税務上の帳簿価額に加算すべき金額である。
（ウ）本件承継資産負債の譲渡損失計上もれ（別表４②Ｃ欄）
８６９万１０９６円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した金額であり、平成２６年１２月事業年度のＢ社の所得金額から減算すべき金額である。
ａ 本件承継資産負債の分割の時の価額
１７２９万５０００円
上記金額は、本件承継資産負債の本件分割時の価額である。
ｂ 本件承継資産負債の帳簿価額
２５９８万６０９６円
上記金額は、次の（ａ）ないし（ｃ）を合計した金額であり、法人税法６２条の３第１項が規定する本件承継資産負債の税務上の帳簿価額である（別表５・合計Ｄ欄）。
（ａ）本件承継資産負債の会計上の帳簿価額（別表５・合計Ａ欄）３万９４２５円上記金額は、本件承継資産負債の会計上の帳簿価額（乙３４）であり、当該
金額は、原告が作成した「承継する権利義務の明細（平成２６年３月３１日）」（乙２８。なお、「貸倒引当金（固定）」及び「退職給付引当金」はマイナスの金額となる。）に記載された金額の合計額と同額である。
（ｂ）本件承継資産負債の税務上の利益積立金額（別表５・合計Ｂ欄）
２５２４万１０２０円
上記金額は、本件承継資産負債に係る税務上の利益積立金額であるが、移転
もれとなっていた金額（甲６の１・５枚目・３の④欄及び４の④欄の合計額）であることから、本件承継資産負債の税務上の帳簿価額に加算すべき金額である。
（ｃ）本件承継資産負債に係る期中損金経理額として損金の額に算入されない金額（別表５・合計Ｃ欄）
７０万５６５１円
上記金額は、上記（イ）に記載のとおり、平成２６年１２月事業年度の損金
の額に算入されない金額であることから、平成２６年１２月事業年度の所得金額に加算すべき金額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４⑥Ｃ欄）
０円
上記金額は、所得金額（上記ア）に対する法人税額である。
ウ 課税保留金額（別表４⑦Ｃ欄）
０円
上記金額は、法人税法６７条３項が規定する留保金額であり、同条１項が規定する特定同族会社の特別税率による税額の基礎となる金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表４⑩Ｃ欄）
０円
上記金額は、上記イ及びウを基礎に算出される平成２６年１２月事業年度の納付すべき法人税額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金額（別表４⑬Ｃ欄）
６億３２７９万９１１６円
Ｂ社が平成２６年１２月事業年度法人税確定申告書において記載した、平成２６年１２月事業年度に繰り越された平成２６年１２月事業年度前に生じた欠損金額５億８７０３万８５８１円（甲６の１・７枚目、「控除未済欠損金額」（３欄）の「計」欄）に上記アの平成２６年１２月事業年度の欠損金額４５７６万０５３５円を加算した金額である。
（２）平成２７年１１月事業年度の翌期に繰り越す欠損金の額
翌期に繰り越す欠損金額
６億３３２３万３４９０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 平成２７年１１月事業年度の青色欠損金額
４３万４３７４円
上記金額は、原告が平成２７年１２月２４日に日本橋税務署長に対して提出した平成２７年１１月事業年度法人税確定申告書別表七（一）（甲１１・８枚目「翌期繰越額」（５欄）の「青色欠損金」欄）に記載された金額と同額である。
イ 平成２７年１１月事業年度に繰り越される欠損金額
６億３２７９万９１１６円
上記金額は、上記（１）オのとおり、平成２７年１１月事業年度に繰り越される欠損金額である。
２ Ｂ社の本件課税事業年度の復興特別法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額について
（１）課税標準法人税額
０円
上記金額は、復興財源確保法４７条、４４条１号により、本件課税事業年度のＢ社の課税標準法人税額となる平成２６年１２月事業年度のＢ社の法人税の額（別表４⑥Ｃ欄）である。
（２）納付すべき復興特別法人税額
０円
以上
〔PDF 38～43頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙３、５、６省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13864.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。