税務訴訟資料第２７３号（順号１３８７５）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税税額等更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
令和５年８月２９日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士志田康雄
同辻井敦
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁麹町税務署長
佐藤寿一
被告指定代理人別紙指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 麹町税務署長が令和２年５月２９日付けで原告に対してした平成２７年６月１日から平成２８年５月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額６３０７万２１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１７０７万５７００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 麹町税務署長が令和２年５月２９日付けで原告に対してした平成２８年６月１日から平成２９年５月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス２６６９万６９１３円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス７１９万０９９７円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 麹町税務署長が令和２年５月２９日付けで原告に対してした平成２９年６月１日から平成３０年５月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額５７３６万７３００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１５４９万１２００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
４ 麹町税務署長が令和３年１月２６日付けで原告に対してした平成３０年６月１日から令和元年５月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス１億０１０６万１２００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス２７２６万５６８４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２８年５月課税期間（平成２７年６月１日から平成２８年５月３１日までの課税期間をいう。以下、他の課税期間についても同様に表記する。）、平成２９年５月課税期間、平成３０年５月課税期間及び令和元年５月課税期間（以下、併せて「本件各課税期間」という。）において、販売又は転売する目的で行った、建物の建設工事、購入又は改修工事に係る各課税仕入れ（以下「本件各課税仕入れ」という）につき、その消費税額の全額を本件各課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除して消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告（以下「本件各申告」という。）をしたところ、麹町税務署長から、その全額を控除することはできないとして更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）消費税法（平成２７年９月３０日以前に行った課税仕入れについては同年法律第９号による改正前のもの、同年１０月１日以降に行った課税仕入れについては同２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等には、この法律により、消費税を課する旨を規定する。
（２）消費税法６条１項は、国内において行われる資産の譲渡等のうち、別表第一に掲げるものには、消費税を課さない旨を規定し、同法別表第一１３号は、住宅（人の居住の用に供する家屋又は家屋のうち人の居住の用に供する部分をいう。）の貸付け（当該貸付けに係る契約において人の居住の用に供することが明らかにされているものに限るものとし、一時的に使用させる場合その他の政令で定める場合を除く。）を掲げる。
（３）消費税法３０条１項１号は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。同条２項１号は、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たない場合において、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの（以下「課税対応課税仕入れ」という。）、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの（以下「非課税対応課税仕入れ」という。）及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（以下「共通対応課税仕入れ」という。）の区分（以下「用途区分」という。）が明らかにされているときは、控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）は、同条１項の規定にかかわらず、課税対応課税仕入れに係る消費税額に、共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額（以下「共通仕入控除税額」という。）を加算する方法（以下「個別対応方式」という。）により計算した金額とする旨を規定する。
（４）消費税法３０条３項本文は、個別対応方式による場合において、課税売上割合に準ずる割合で、当該事業者の営む事業の種類等に応じ合理的に算定されるものであって、かつ、所轄の税務署長の承認を受けたものがあるときは、当該課税売上割合に代えて、当該割合（以下、単に「課税売上割合に準ずる割合」という。）を用いて控除対象仕入税額を計算する旨を規定する。
２ 前提事実（争いのない事実並びに後掲証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告
ア 原告は、不動産の売買、賃貸、仲介、管理及び不動産の利用に関するコンサルタント業等を目的とする株式会社である。
イ 原告は、学生向け賃貸住宅の開発業務の一環として、土地を取得して学生向け賃貸住宅を建設し、又は、中古の賃貸物件を購入してリフォームした後、学生を入居させ、賃貸収入の得られる安定した資産運用物件として、当該物件を法人や個人に売却等する事業（以下「本件事業」という。）を行っていた（乙１）。
（２）本件各課税仕入れ等
ア 本件各新築建物（別表１－１ないし４記載の各建物（「名称」欄に「Ｂ」とある建物を除く。）をいう。以下同じ。）
本件各新築建物は、原告が、本件事業の一環として、他の者から建設工事に係る役務の提供を受けて取得した建物であるところ（原告が当該建設工事に係る役務の提供を受けたことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）、原告が本件各新築建物の引渡しを受けた日（別表１－１ないし４の各「本件各新築建物の建設工事に係る課税仕入日」欄記載の日）より前の時点で、その居室につき、原告を賃貸人とする居住目的の賃貸借契約が締結されていた（乙８～１０、弁論の全趣旨）。
イ 本件中古建物（別表１－２及び３の「名称」欄に「Ｂ」とある建物をいう。以下同じ。）
本件中古建物は、原告が、本件事業の一環として、他の者から購入して取得し、また、他の者から改修工事に係る役務の提供を受けた建物である（原告が本件中古建物を購入したこと及び当該改修工事に係る役務の提供を受けたことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）。
原告は、平成２９年５月３１日、上記購入に係る本件中古建物の引渡しを受けた上で、同年１０月１０日、本件中古建物の改修工事に係る請負契約を締結し、平成３０年２月５日、上記改修工事に係る本件中古建物の引渡しを受けているところ、同年１月１２日には、その居室につき、原告を賃貸人とする居住目的の賃貸借契約が締結されていた。
なお、本件中古建物については、その購入の時点で、賃借人の入居開始に至るまでの一連の流れが予定されていた。（乙１１～１４）
ウ 本件各新築建物及び本件中古建物（以下「本件各建物」という。）に係る賃料の経理処理等
（ア）原告は、前記ア及びイのとおり締結されるなどした本件各建物の居室の賃貸借契約に係る賃料（以下「本件各賃料」という。）を収受し、これを原告の総勘定元帳に「賃貸収入室料」として計上した（乙１５）。
（イ）また、原告は、本件各建物につき、原告の総勘定元帳に「販売用不動産」として計上した（乙１６）。
（３）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式で控除対象仕入税額を計算することを選択した上で、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに区分されることを前提に、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を控除対象仕入税額として、別表２「本件各更正処分等の経緯等」の「確定申告」欄に記載のとおり、法定申告期限までに本件各申告をした（乙２～５）。
イ 麹町税務署長は、原告に対し、令和２年５月２９日付けで、平成２８年５月課税期間、平成２９年５月課税期間及び平成３０年５月課税期間の消費税等について、令和３年１月２６日付けで、令和元年５月課税期間の消費税等について、それぞれ、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分されるべきであり、控除対象仕入税額は、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額ではなく、これに課税売上割合を乗じて計算した金額（共通仕入控除税額）となるなどとして、別表２「本件各更正処分等の経緯等」の「更正処分等」欄に記載のとおり、本件各更正処分等をした（甲１～４）。
ウ 原告は、国税不服審判所長に対し、令和２年８月２５日、平成２８年５月課税期間、平成２９年５月課税期間及び平成３０年５月課税期間の消費税等に係る前記イの更正処分等について、令和３年２月２２日、令和元年５月課税期間の消費税等に係る前記イの更正処分等について、それぞれ審査請求をしたが、同所長は、令和３年８月２日付けで、同各審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲５～７）。
エ 原告は、令和３年１２月２１日、本件訴えを提起した。
第３ 争点及び争点に関する当事者の主張
１ 本件各課税仕入れの用途区分
（被告の主張）
（１）個別対応方式における用途区分の判定基準
ア 個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合には、課税仕入れを、課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ又は共通対応課税仕入れのいずれかに区分する必要があるところ、消費税法３０条２項１号は、用途区分について、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（中略）にのみ要するもの」及び「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定し、いずれも「要したもの」とは規定していないことなどに照らせば、個別対応方式における用途区分の判定は、その後に実際に行われた資産の譲渡等の内容に応じて行われるものではなく、飽くまで、当該課税仕入れを行った日の状況に基づき行われるべきものである。
また、課税仕入れの内容によっては、当該課税仕入れに関し、将来行われる取引ないし用途として多種多様な取引等が想定されるところ、税負担の判断が事業者の恣意に左右されることを防ぎ、課税の適正・公平を確保するためには、個別対応方式における用途区分の判定は、当該課税仕入れが行われた日の状況に基づき、当該課税仕入れが事業者において行う将来の多様な取引のうちどのような取引に要するものであるのか、すなわち、当該課税仕入れにつき将来どのような売上げを生ずる取引が見込まれるのかを客観的に判断する必要がある。
イ そして、①仕入税額控除の趣旨からすれば、本来、控除対象とされるべき仕入税額は、課税資産の譲渡等に対応するもの又は部分であり、控除対象とされるべきでない仕入税額は、その他の資産の譲渡等に対応するもの又は部分であること、②消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、非課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（中略）にのみ要するもの」とそれぞれ限定的に規定し、これと並列して、共通対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定していること、③税負担の累積の排除をいかに実現するかについては立法政策に委ねられているところ、同条の定める仕入税額控除制度の仕組みは、事業者の事業状況に即し、共通仕入控除税額についても、課税売上割合又は課税売上割合に準ずる割合を用いることによって、課税資産の譲渡等に対応する部分の金額がいずれにしても合理的に算出され、税負担の累積の排除を適正に実現する内容となっていることからすれば、同号の定める課税対応課税仕入れとは、同号の文言に即し、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生じる取引と非課税売上げを生じる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されると解するのが相当である。また、客観的にどのような取引が見込まれるかという判断は、将来の事情を想定してせざるを得ないものであるから、当該判断に当たっては、当該課税仕入れを行った日における、事業者における過去の同種の課税仕入れの状況や事業内容、あるいは当該課税仕入れに係る一連の事情等から考察される当該課税仕入れの目的・意図等の事情を考慮することとなる。
（２）本件各課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当すること
ア 原告は、学生向け賃貸住宅の開発業務の一環として、土地を取得して学生向け賃貸住宅を建設し、又は、中古の賃貸物件を購入してリフォームした後、学生を入居させ、賃貸収入の得られる安定した資産運用物件として、当該物件を法人や個人に売却等する事業（本件事業）を行っており、その中で、本件各課税期間において、本件各新築建物の建設工事に係る役務の提供を受けたほか、本件中古建物を購入し、その改修工事に係る役務の提供を受けた。
そして、原告は、本件各新築建物や改修工事完了後の本件中古建物の引渡しを受ける前から、原告が運営するウェブサイトに本件各建物に係る物件情報を掲載するなどの方法によりその入居者の募集を行っており、その結果、本件各建物の居室は、それらの引渡日において、既に賃貸の対象とされ、原告は、その賃貸開始日以降、本件各賃料を収受していたものと認められる。なお、本件中古建物については、その購入に係る引渡日の時点において、その居室の賃貸借契約は締結されていなかったものの、賃借人の入居開始に至るまでの一連の流れは既に予定されていたのであるから、本件中古建物の居室が居住目的の賃貸に供され、原告が本件各賃料を収受すること、すなわち非課税売上げを生ずる取引が客観的に見込まれていたものといえる。
イ 他方、原告は、本件各建物を販売用の不動産として管理し、会計上「販売用不動産」として処理していたものであるから、本件各課税仕入れは、将来、本件各建物の販売という課税売上げを生じる取引も客観的に見込まれていたものである。
ウ 以上によれば、本件各課税仕入れは、本件各課税仕入れが行われた日の状況等に基づいて客観的に判断すれば、将来課税売上げを生じる取引（「課税資産の譲渡等」）と非課税売上げを生じる取引（「その他の資産の譲渡等」）の双方が客観的に見込まれていたのであるから、消費税法３０条２項１号ロに規定する「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ」（共通対応課税仕入れ）に該当する。
（原告の主張）
（１）消費税については、国内で行われる全ての資産の譲渡や役務の提供に係る取引の全ての段階で課税され、非課税品や非課税の役務は消費税法別表第一に列記されているところ、課税資産等か非課税資産等かは二律背反の関係にあるから、同法別表第一に記載されているものが同時に課税資産等であることは論理的にあり得ない。
本件のように、課税資産である居住用の建物を転売目的で仕入れて、その居室を賃貸した場合には、消費税法３０条２項にいう「課税資産の譲渡等」に当たる「課税資産」は居住用の建物そのものであるが、「その他の資産の譲渡等」の「その他の資産」は、居住用の建物そのものではなくその賃貸である。そして、建物の賃貸は当該建物の所有等を前提とするものであるところ、当該建物を転売目的で仕入れていれば、建物の仕入れは終了しており、その後の賃貸は、転売目的で仕入れた居住用の建物を賃貸したというものにすぎず、当該居住用の建物の仕入れとは関係がないのであるから、当該賃貸について仕入れはないものというべきである。このような居住用の建物の性格あるいは所有と賃貸との関係を考慮すれば、転売目的の居住用の建物の仕入を転売用であるとともに賃貸用であるとするのは、申告者の意思や条理に反するし、法的にも成り立たないものである。
（２）また、転売目的で居住用の建物を仕入れて、その居室を賃貸した上で、当該建物をそのまま譲渡した場合、当該譲渡に係る販売代金は当該建物の仕入金額に付加価値（賃借人がいること等による価格上昇分）を加算した金額であるから、仮に、当該建物の仕入れに係る消費税額の全額の控除が認められなければ、仕入金額の一部については、課された消費税に対して譲渡段階で更に消費税が課される結果となり、消費税法の意図する累積課税の排除が実現しないことになる（なお、上記のような場合に当該建物の仕入金額に課されていた消費税額の全額を控除したとしても、当該建物の譲渡の段階でその販売代金の全額について消費税が課されることになるから、消費税の徴収漏れが起きることはない。）。
（３）さらに、消費税法基本通達１１－２－１２（１）は、「そのまま他に譲渡される課税資産」に係る課税仕入れを課税対応課税仕入れに該当する旨を規定するところ、原告が仕入れた本件各建物は、上記の「そのまま他に譲渡される課税資産」に該当するものであるし、課税当局は、従前から、居住用の建物を仕入れてそれを販売する取引については、当該建物が賃貸の用に供されていても当該仕入れを課税対応課税仕入れであるとして、当該仕入れに係る消費税額の全額を控除することを認めてきたこと（甲８）などに鑑みれば、本件各課税仕入れを共通対応課税仕入れとする被告の解釈は恣意的なものといわざるを得ない。
（４）以上によれば、転売目的で居住用の建物を仕入れて賃貸の用に供した場合、その課税仕入れは「課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ」（課税対応課税仕入れ）に該当すると解され、本件各課税仕入れは、いずれも課税対応課税仕入れに該当するというべきである。
２ 国税通則法２４条による更正の可否
（被告の主張）
国税通則法２４条は、納税申告書に記載された課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により更正する旨を定めるところ、同条にいう「調査」とは、課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味し、課税庁による証拠資料の収集、証拠の評価あるいは経験則を通じての課税要件事実の認定、租税法その他の法令の解釈及び認定事実の当てはめなど、更正に至るまでの思考、判断を含む極めて包括的な概念であると解される。
本件において、麹町税務署長は、原告に対する税務調査を実施して、本件各課税仕入れに関する契約書や帳票などといった資料等を収集した上、その資料等を評価しあるいは経験則を通じて課税要件事実を認定し、消費税法の解釈及び認定事実を当てはめることによって、本件各更正処分をしたものであり、この一連の判断過程は国税通則法２４条の「調査」に該当することから、本件各更正処分が同条に違反すると解すべき理由はない。
（原告の主張）
原告は、転売目的で仕入れた本件各建物を賃貸の用に供しているだけであり、転売に加えて賃貸の目的も有しつつ本件各建物を仕入れたのではないとして本件各申告をしているところ、かかる仕入れの目的は原告の内心の問題であって、税務署長には原告の内心を知るすべはないのであるから、本件各課税仕入れに関しては、原告の申告が法令の規定に従っていない場合や税務署長が調査した事実と異なる場合に更正できる権限を定めた国税通則法２４条の対象にはならない。
したがって、本件各更正処分は国税通則法２４条に違反する。
第４ 当裁判所の判断
１ 本件各課税仕入れの用途区分
（１）消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため（税制改革法１０条２項）、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとしている（消費税法３０条１項１号）。もっとも、同法は、所定の場合において当該課税期間中に行った課税仕入れにつき用途区分が明らかにされていないときは、課税仕入れに係る消費税額に、課税売上割合、すなわち、課税期間中の所定の売上げの総額に占める課税資産の譲渡等に係る売上げの割合を乗じて計算する方法により控除対象仕入税額を計算するものとし（同条２項２号）、また、帳簿及び請求書等の保存がない場合には原則として当該課税仕入れに係る消費税額の控除を認めないものとする（同条７項）など、課税の明確性の確保や適正な徴税の実現といった他の目的との調和を図るため、税負担の累積が生じても課税仕入れに係る消費税額の全部又は一部が控除されない場合があることを予定しているものということができる。
そして、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、税負担の累積が生ずる課税資産の譲渡等と累積が生じないその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れにつき一律に課税売上割合を用いることは、課税の明確性の確保の観点から一般に合理的といえるのであり、課税売上割合を用いることが当該事業者の事業の状況に照らして合理的といえない場合には、課税売上割合に準ずる割合を適切に用いることにより個別に是正を図ることが予定されていると解されることにも鑑みれば、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが消費税法の趣旨に沿うものというべきである。このように解することは、課税仕入れを課税資産の譲渡等「にのみ」要するもの（課税対応課税仕入れ）、その他の資産の譲渡等「にのみ」要するもの（非課税対応課税仕入れ）及び両者「に共通して」要するもの（共通対応課税仕入れ）に区分する同条２項１号の文理に照らしても自然であるということができる。
そうすると、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・裁判所時報１８１１号６頁参照）。
以上と異なる原告の主張は採用することができない。
（２）本件各課税仕入れは、原告が、販売又は転売する目的で、本件中古建物を購入し、又は、本件各新築建物の建設工事若しくは本件中古建物の改修工事に係る役務の提供を受けたというものであるが、本件各建物は、その居室につき、建設工事中又は購入後間もなく行われた改修工事中に入居者の募集がされた上で住宅として賃貸され、原告は、その賃料を収受していたというのであるから、本件各課税仕入れは、課税資産の譲渡等である本件各建物の販売又は転売のみならず、その他の資産の譲渡等である本件各建物の住宅としての賃貸にも対応するものであるということができる。
したがって、本件各課税仕入れは、共通対応課税仕入れに該当するというべきである。
（３）なお、原告は、建物の賃貸は当該建物を所有していることを前提とするものであるところ、転売目的で購入し又は建設工事に係る役務の提供を受けて居住用の建物を仕入れていれば、それによって当該建物の仕入れは終了しており、その後の当該建物を賃貸に供したとしても、当該賃貸は当該居住用の建物の仕入れと関係がない旨を主張するが、本件各建物については、購入又は建設工事に係る役務の提供により、これを取得したことを受けて賃貸に供されている以上、本件各建物の購入等に係る課税仕入れは、当該賃貸にも対応するものといわざるを得ず、原告の上記主張は採用することができない。
２ 国税通則法２４条による更正の可否
（１）国税通則法２４条は、納税申告書に記載された課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する旨を規定するところ、同条にいう「調査」とは、課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味し、課税庁による証拠資料の収集、証拠の評価あるいは経験則を通じての要件事実の認定、租税法その他の法令の解釈を経て更正に至るまでの思考、判断を含む極めて包括的な概念であると解される。
証拠（甲１～４）及び弁論の全趣旨によれば、麹町税務署長は、原告に対する税務調査を実施して本件各課税仕入れに関する契約書や帳票などといった資料等を収集した上で、その資料等の評価あるいは経験則を通じての事実の認定、用途区分に係る消費税法の解釈及び当該解釈を踏まえた認定事実の当てはめなどを行い、原告の本件各課税期間に係る消費税等の課税標準等や税額等の認定をしたところ、当該調査に係る税額等が本件各申告と異なるものであったため、本件各更正処分をしたものと認められる。
そして、上記の麹町税務署長による課税標準等や税額等の認定に至るまでの一連の過程は、正に国税通則法２４条所定の「調査」というべきものであるから、本件各更正処分は、国税通則法２４条に従って行われたものであるというべきである。
（２）なお、原告は、本件各課税仕入れの目的は原告の内心の問題であって、税務署長には原告の内心を知るすべはないのであるから、本件各課税仕入れに関しては、申告が法令の規定に従っていない場合や税務署長が調査した事実と異なる場合に更正できる権限を定めた国税通則法２４条の対象にはならない旨を主張する。
しかし、本件各課税仕入れの用途区分については、前記１に説示したとおり、本件各課税仕入れと課税資産の譲渡等及びその他の資産の譲渡等との対応に関する問題であり、原告の内心の問題にとどまるものではないから、原告の上記主張はその前提において採用することができず、その余の原告の主張を踏まえても、本件各更正処分が国税通則法２４条等の規定に違反するとは認められない。
３ 本件各更正処分等の適法性
（１）以上を前提にすると、原告が本件各課税期間において納付すべき消費税等の額は、別表２「本件各更正処分等の経緯等」の「更正処分等」欄の「納付すべき消費税額」及び「納付すべき地方消費税額」欄記載の額と同額になると認められ、本件各更正処分は適法である。
（２）また、前記（１）のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき消費税等の税額について、その基礎となった事実につき、原告がこれを計算の基礎としなかったことに国税通則法（ただし、平成２８年５月課税期間については平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）６５条４項１号（同改正前は同項）に規定する「正当な理由」があるとは認められず、本件各更正処分に基づき納付すべき税額については、国税通則法６５条１項の規定により過少申告加算税が課されることになる。
そして、原告に課される上記過少申告加算税の額は、別表２「本件各更正処分等の経緯等」の「更正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄記載の額と同額になると認められ、本件各賦課決定処分は適法である。
４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 鎌野真敬
裁判官 中畑啓輔
裁判官 池田好英
〔PDF 10～11頁は画像のため本文テキストなし〕
別表１－１～１－４省略
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