税務訴訟資料第２７３号（順号１３８８５）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（厚木税務署長）
令和５年９月１９日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役Ｂ
同訴訟代理人弁護士中西康晴
同竹内厚
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁厚木税務署長
中村秀利
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が令和元年１１月２７日付けで原告に対してした以下の各処分をいずれも取り消す。
１ 平成２８年３月１日から平成２９年２月２８日までを課税期間とする消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち、納付すべき消費税額につき２２２万５７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額につき６０万０５００円を超える部分並びにこれに伴う過少申告加算税賦課決定処分
２ 平成３０年３月１日から同年６月３０日までを課税期間とする消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち、還付すべき消費税額につき１０８８万３５１０円を下回る部分及び還付すべき地方消費税額につき２９３万６８２０円を下回る部分並びにこれに伴う過少申告加算税賦課決定処分
３ 平成２８年３月１日から平成２９年２月２８日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、欠損金額が１億７８１７万９６４２円を下回る部分及び翌事業年度に繰り越す欠損金が１億５８４９万７１４６円を下回る部分
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、不動産の賃貸及び管理等を目的とする株式会社である原告が、平成２８年３月１日から平成２９年２月２８日までの事業年度（以下「平成２９年２月期」という。）の法人税並びに平成２８年３月１日から平成２９年２月２８日まで及び平成３０年３月１日から同年６月３０日までの各課税期間（以下、順に「平成２９年２月課税期間」及び「平成３０年６月課税期間」といい、併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下併せて「消費税等」という。）について確定申告をし、その後、平成２９年２月課税期間の消費税等について更正の請求をしたところ、処分行政庁（厚木税務署長のことをいう。以下同じ。）から、上記各確定申告につき更正処分（以下、法人税に係る更正処分を「本件法人税更正処分」というほか、消費税等に係る更正処分を課税期間ごとに「平成２９年２月課税期間更正処分」及び「平成３０年６月課税期間更正処分」といい、後二者を併せて「本件消費税等各更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件消費税等各賦課決定処分」といい、上記の各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けるとともに、上記更正の請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたため、被告を相手に、本件各更正処分等の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
（１）法人税法（昭和４０年法律第３４号）
ア 法人税法（ただし、平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。）２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を規定する。
イ 法人税法２２条４項は、同条２項に規定する当該事業年度の収益の額は、別段の定めがあるものを除き、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を規定する。
（２）消費税法（昭和６３年法律第１０８号）
ア 消費税法４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等には、この法律により、消費税を課する旨を規定する。
イ 消費税法２条１項８号は、資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう旨、また、同項９号は、課税資産の譲渡等とは、資産の譲渡等のうち、同法６条１項の規定により消費税を課さないこと（いわゆる非課税）とされるもの以外のものをいう旨、また、同法２条１項１２号は、課税仕入れとは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けることをいう旨をそれぞれ規定する。
ウ 消費税法３０条（平成２４年法律第６８号の規定による改正前のもの。以下同じ。）１項１号は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。
エ 消費税法３０条２項は、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合（当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちに当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合をいう〔同条６項〕。）が１００分の９５に満たない場合において、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの（以下「課税対応課税仕入れ」という。）、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの（以下「非課税対応課税仕入れ」という。）及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（以下「共通対応課税仕入れ」という。）の区分（以下「用途区分」という。）が明らかにされているときは、控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）は、同条１項の規定にかかわらず、課税対応課税仕入れに係る消費税額に、共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額を加算する方法（以下「個別対応方式」という。）により算出した金額とし（同条２項１号）、また、用途区分が明らかにされている場合以外の場合は、当該課税期間における課税仕入れに係る税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算する方法（以下「一括比例配分方式」という。）により算出した金額とする（同項２号）旨を規定する。
（３）消費税法基本通達（平成７年１２月２５日付け課消２－２５（例規））
ア 消費税法基本通達１１－２－１６は、共通対応課税仕入れとは、原則として課税資産の譲渡等と非課税資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れをいうが、資産の譲渡等に該当しない取引に要する課税仕入れ、すなわち不課税取引のために要する課税仕入れ（例えば、株券の発行に当たって印刷業者へ支払う印刷費、証券会社へ支払う引受手数料等）は、共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うこととしている。
イ 消費税法基本通達１１－２－２０は、個別対応方式により消費税額を計算する場合における課税仕入れの用途区分の判定は、課税仕入れを行った日の状況により行うが、課税仕入れを行った日において区分が明らかにされていない場合で、その日の属する課税期間の末日までに区分が明らかにされたときは、その明らかにされた区分によって消費税法３０条２項１号の規定を適用することとして差し支えないものとしている。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告等
ア 原告は、不動産の賃貸及び管理を主な目的とする株式会社であり、平成２４年１１月２７日に「有限会社Ｃ」から現在の商号に変更した。（乙２）
イ Ｄ（以下「本件取締役」という。）は、原告代表者の夫であり、平成２６年４月２５日、原告の取締役に就任した者である。（甲３２、乙２）
ウ 原告は、平成３０年６月２９日の臨時株主総会において、事業年度を「毎年３月１日から翌年２月末日まで」から「毎年７月１日から翌年６月末日まで」に変更した。これにより、平成３０年３月１日に開始した原告の事業年度は、同年６月３０日までとされた。（乙５）
（２）建物賃貸借契約の締結等
ア 本件取締役は、厚木市●●及び●●に所在する各土地（以下併せて「本件土地」という。）を所有し、原告に対し、本件土地を賃貸していた（この賃貸に係る契約を以下「本件借地契約」という。）。本件借地契約において、原告は、解除等により契約が終了したときは、直ちに本件土地を原状に復して明け渡さなければならないこととされていた。（甲１６の１及び２、乙１０）
イ 原告は、他の共有者（以下、原告も含めて「本件共有者」という。）と共に、本件土地を敷地の一部とする地下１階、地上９階建ての建物（昭和５０年４月２４日新築。以下「本件建物」という。）を共有し（本件建物に係る原告の共有持分割合は１万分の３７７３）、昭和５０年５月１５日、株式会社Ｅ（以下「本件賃借人」という。）に対し、本件建物を賃貸した（以下「本件建物賃貸借契約」という。）。
（甲１４、１５、１６の１ないし２０、乙６ないし８、１１）
ウ 本件賃借人は、本件建物において、ショッピングセンターである「Ｆ店」を営業していた。
（３）本件建物賃貸借契約の終了等
ア 本件賃借人は、平成２８年２月２５日付け書面で、本件共有者に対し、平成２９年２月２８日（以下「本件解約日」という。）をもって本件建物賃貸借契約を解約する旨を通知した。（乙１２）
イ 本件共有者及び本件賃借人は、平成２８年１２月２８日付け解約合意書（以下「本件解約合意書」という。）を作成し、本件建物賃貸借契約を解約する旨を合意した（以下「本件解約合意」という。）。本件解約合意書には、要旨、次のとおり定められていた。（乙１３）
（ア）本件共有者及び本件賃借人は、平成２９年２月２８日（本件解約日）をもって本件建物賃貸借契約を解約する。（１条）
（イ）本件賃借人は、平成２９年２月１９日（予定）に本件建物におけるショッピングセンターの営業を終了した上で、本件解約日までに、本件解約合意書別紙Ⅱに「【乙が撤去等する持込資産の表示】」として記載された以下の各物件（以下「別紙Ⅱ持込資産」という。）を「撤去等し、自己及び第三者による占有のない状態で、」本件共有者に対し、本件建物を明け渡す。（２条１項）
ａ 広告塔看板の板面
ｂ 壁面サイン
ｃ 店内入口テンパードア取手
ｄ ＰＯＳレジ、Ｇ関連資産
ｅ 店内各事務所事務機器・会計機器
（ウ）本件賃借人は、２条１項による本件建物の明渡しに際し、別紙Ⅱ持込資産以外の本件賃借人の持込資産については、本件建物内に原状有姿のまま残置することができる（この持込資産を以下「残置資産」という。）。（２条２項）
（エ）本件賃借人は、残置資産については、その所有権を放棄し、以後本件共有者が任意に処分することに関して異議を述べない。ただし、本件共有者は、将来において残置資産を廃棄する場合、違法な廃棄処理や不法投棄は一切行わない。（２条３項）
（オ）本件共有者は、本件賃借人に対し、本件賃借人が２条１項の定めに従って本件建物を明け渡し、かつ、本件解約日に本件建物の原状回復費用相当金として２１８０万３５４０円を支払うことを条件に、本件建物に係る一切の原状回復義務を免除する。（３条）
なお、上記の原状回復費用相当金のうち、本件建物に係る原告の共有持分割合に従って算定した原告への割当額（以下「本件原状回復費用相当金」という。）は、８２２万６４７６円である。
（カ）本件共有者は、本件賃借人に対し、本件賃借人から預り中である敷金４億円のうち、２１８０万３５４０円を本件解約日に、３億７８１９万６４６０円を平成２９年３月１０日までに返還する。（４条）
なお、上記の３億７８１９万６４６０円のうち、本件建物に係る原告の共有持分割合に従って算定した原告の負担額は、１億４２６９万３５２４円である。
（キ）本件共有者及び本件賃借人は、３条及び４条に基づく相互の支払義務の現実の履行に代えて、本件解約日において、３条に基づき本件共有者が本件賃借人に対して有する以下のａの債権と、４条に基づき本件賃借人が本件共有者に対して有する以下のｂの債権とを対当額で相殺することを合意する。（５条１項）
ａ ３条に定める原状回復費用相当金２１８０万３５４０円
ｂ ４条に定める敷金債権４億円のうち２１８０万３５４０円
（ク）本件共有者及び本件賃借人は、本件解約日まで本件建物賃貸借契約に係る賃料の支払が約定どおり行われることを条件に、本件共有者と本件賃借人との間に、６条までに定めるもののほか、本件建物賃貸借契約に関する一切の債権債務が存在しないことを相互に確認する。（７条）
ウ 原告は、平成２９年３月１日、本件共有者を代表して、本件賃借人との間で、「Ｆ店引渡し確認書」（乙２６・３４頁。以下「本件確認書」という。）を作成した。本件確認書には、本件共有者と本件賃借人との間で、本件賃借人が、本件解約合意書により本件建物を返還したことを確認した旨が記載されていた。（乙２６）
エ 原告は、平成２９年３月８日、本件賃借人に対し、本件建物賃貸借契約に係る敷金の返還として、１億４２６９万３５２４円を支払った。（乙１６）
（４）本件建物の解体等
ア 株式会社Ｈ（以下「Ｈ社」という。）は、本件共有者からの依頼を受けて、平成２８年１１月２４日付けで、本件建物の解体工事（以下「本件解体工事」という。）に係る見積書（以下「本件見積書」という。）を作成した。（甲１２）
イ 本件共有者及びＨ社は、本件解体工事について、平成２９年１月２０日付けで工事請負契約書を作成し、工期を平成２９年３月１日から平成３０年４月３０日まで、請負代金の額（以下「本件解体工事費用」という。）を５億３７８４万円（工事価格４億９８００万円及び消費税等相当額３９８４万円の合計額）とする請負契約（以下「本件解体工事請負契約」という。）を締結した。（乙９）
ウ その後、本件解体工事費用の額は、５億１５９１万６０００円（工事価格４億７７７０万円及び消費税等相当額３８２１万６０００円の合計額）に変更された。
なお、本件解体工事費用のうち、本件建物に係る原告の共有持分割合に従って算定した原告の負担額（以下「本件課税仕入れ」という。）は、１億９４６５万５１０７円（１億８０２３万６２１０円及び消費税等相当額１４４１万８８９７円の合計額）である。（乙１７の１ないし５）
エ 本件解体工事は、補修工事も含め、平成３０年４月２４日に完了した。
（乙１８）
（５）本件借地契約の終了等
ア 原告及び本件取締役は、平成２９年１月２０日付けで合意書（以下「本件土地明渡合意書」という。）を作成し、本件借地契約の解除に係る合意をした（以下「本件土地明渡合意」という。）。（乙１９）
イ 本件土地明渡合意書には、要旨、次のとおり記載されていた。（乙１９）
（ア）原告から、諸般の事情により、本件土地を使用するメリットがなくなったため、本件解体工事の終了時に本件土地を明け渡す旨の申出があり、本件取締役は、この申出を受け入れた。
（イ）原告及び本件取締役は、原告から本件取締役への本件土地の明渡しをもって、本件借地契約を解除することを合意した。
（６）法人税に係る申告及び更正処分等
ア 原告は、平成２９年２月期の法人税について、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、法定申告期限までに確定申告をした。この確定申告において、原告は、本件原状回復費用相当金８２２万６４７６円を益金に計上しなかった。
なお、原告は、平成３０年３月１日から同年６月３０日までの事業年度（以下「平成３０年６月期」という。）の法人税に係る確定申告において、本件原状回復費用相当金８２２万６４７６円を雑収入として益金に計上した。
（甲３、乙２０）
イ 処分行政庁は、令和元年１１月２７日付けで、本件建物賃貸借契約に係る敷金のうち本件原状回復費用相当金と同額の部分は、本件解約合意により、本件解約日に本件原状回復費用相当金と相殺されて消滅し、本件賃借人に対する返還が不要となるため、本件解約日が属する事業年度である平成２９年２月期に雑収入として益金に計上されるべきであるとして、原告に対し、平成２９年２月期の法人税につき、別表１の「更正処分」欄記載のとおり、更正処分をした（本件法人税更正処分）。（甲８）
（７）消費税等に係る申告及び更正処分等
ア 原告は、平成２９年２月課税期間及び平成３０年６月課税期間の各課税期間（本件各課税期間）の消費税等について、それぞれ、別表２の「確定申告」欄記載のとおり、法定申告期限までに確定申告をした。
上記の各確定申告において、原告は、本件原状回復費用相当金８２２万６４７６円の税抜き価格である７６１万７１０７円について、平成２９年２月課税期間の課税標準額には計上せず、平成３０年６月課税期間の課税標準額に計上した。また、原告は、平成３０年６月課税期間の消費税等に係る仕入税額控除の計算において個別対応方式を選択した上で、本件課税仕入れ１億９４６５万５１０７円に係る消費税額の用途区分を課税対応課税仕入れとして仕入税額控除の額を算出した。
（甲１、２、乙２１、２３）
イ 原告は、平成３０年８月３０日、平成２９年２月課税期間の消費税等に係る確定申告につき、仕入税額控除に係る計算の誤り等があったとして、納付すべき消費税額等を別表２の「更正の請求」欄記載のとおりとすべき旨の更正の請求をした。（甲５）
ウ 処分行政庁は、令和元年１１月２７日付けで、本件建物賃貸借契約に係る敷金のうち本件原状回復費用相当金と同額の部分は、本件解約合意により、本件解約日に本件原状回復費用相当金と相殺されて消滅し、本件賃借人に対する返還が不要となるから、本件解約日の属する平成２９年２月課税期間に課税標準額として計上すべきであり、また、本件課税仕入れは、本件土地を本件取締役に返還するために要した費用であり、資産の譲渡等に該当しない取引に要するものと認められるから、共通対応課税仕入れとして控除対象仕入税額を計算すべきであるなどとして、原告に対し、本件各課税期間の消費税等につき、別表２の「更正処分」欄記載のとおり、更正処分及び過少申告加算税賦課処分（本件消費税等各更正処分及び本件消費税等各賦課決定処分）をするとともに、上記イの更正の請求につき、本件消費税等各更正処分の結果として消費税等の額が増額されるため更正をすべき理由がない旨の通知処分をした。（甲６、７）
（８）審査請求及び裁決
ア 原告は、令和２年２月２５日付けで、本件各更正処分等につき、本件原状回復費用相当金及び本件課税仕入れに係る判断を不服として、別表１及び別表２の「審査請求」欄記載のとおり、国税不服審判所長に対して審査請求をした。
イ 国税不服審判所長は、令和３年２月１６日付けで、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。なお、原告は、平成３０年６月期の法人税に係る更正処分についても審査請求をしたが、国税不服審判所長は、同更正処分は欠損金額を増額するものであるから、同審査請求は不服申立ての利益を欠くとして、同審査請求を却下する旨の裁決をした。
（乙２２）
（９）訴訟提起
原告は、令和３年８月１１日、本件訴訟を提起した。
４ 争点
（１）本件原状回復費用相当金を計上すべき事業年度及び課税期間（争点１）
（２）本件課税仕入れの用途区分（争点２）
５ 争点に関する当事者の主張
争点に関する当事者の主張の要旨は、別紙２記載のとおりである。また、被告が主張する課税の根拠及び計算は、別紙３記載のとおりであるところ、原告は、上記４において争点となっている点を除き、これを争うことを明らかにしていない。なお、別紙２で定義した略語は、本文においても用いることとする。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件原状回復費用相当金を計上すべき事業年度及び課税期間）について（１）判断枠組み
ア 法人税法上、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資本等取引以外の取引に係る収益の額とするものとされ（２２条２項）、当該事業年度の収益の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算すべきものとされている（同条４項）。したがって、ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきであり、これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入すべき権利が確定したときの属する事業年度の益金に計上すべきものと考えられる（最高裁平成●●年（○○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁参照）。
イ また、消費税法上、国内において事業者が行った資産の譲渡等には消費税が課されるものとされ（４条１項）、資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいい（２条１項８号）、課税資産の譲渡等とは、資産の譲渡等のうち６条１項の規定により非課税とされるもの以外のものをいうとされている（２条１項９号）ところ、ある課税資産の譲渡等に係る対価の額をどの課税期間に計上すべきかについては、法人税における収益の場合と同様に、当該対価を収入すべき権利が確定したときの属する課税期間の課税標準額に計上すべきものと解される。
ウ 以上によれば、本件原状回復費用相当金は、原告の本件賃借人に対する本件原状回復費用相当金を収入すべき権利が確定したときの属する事業年度又は課税期間において、法人税法上の益金又は消費税法上の課税標準額として計上すべきものと解される。
（２）検討
ア 前記第２の３の前提事実（以下単に「前提事実」という。）（３）イのとおりの本件解約合意の内容によれば、本件賃借人は、本件共有者に対し、本件解約日までに、別紙Ⅱ持込資産の撤去等をした上で本件建物を明け渡すとともに、本件建物の原状回復費用相当金の支払をすれば、本件建物の原状回復義務及びその他一切の本件建物賃貸借契約上の義務を免れるものとされている。そして、本件建物の原状回復費用相当金については、確定額が合意された上で、その支払義務の履行に代えて、本件解約日に預り敷金の一部と相殺することを合意する旨が定められている。
このような本件解約合意の内容を合理的に解釈すると、本件共有者及び本件賃借人は、本件賃借人が行うべき原状回復工事の範囲を特定するとともに、このほかに本件賃借人が負担すべき原状回復義務の履行に要するものと想定される費用の額をあらかじめ合意して確定しておくことにより、本件建物賃貸借契約の終了に当たって本件賃借人が負うべき原状回復義務の範囲及びそれが免除される条件を明確にすることを意図していたものとみるのが相当である。
以上のとおり、本件解約合意は、本件建物賃貸借契約の終了に当たって本件賃借人が負うべき原状回復義務の範囲及びそれが免除される条件を明確にすることを意図して合意されたものであるところ、本件建物の原状回復費用相当金の支払は、本件賃借人が原状回復義務及びその他一切の本件建物賃貸借契約上の義務を免れるための条件の一つとされているのであるから、本件原状回復費用相当金は、本件賃借人の原告に対する本件建物に係る原状回復義務（のうち、別紙Ⅱ持込資産の撤去等をした上でなお残存する部分）を消滅させるための対価に当たるものといえる。
また、本件建物の原状回復費用相当金は、本件解約日に預り敷金の一部と相殺することが合意されているのであるから、原告は、本件解約日において、本件原状回復費用相当金を確定的に収受することができるものといえる。
イ そして、前提事実（３）ウ及びエのとおり、本件解約日の翌日である平成２９年３月１日に、本件共有者を代表した原告と本件賃借人との間において、本件賃借人が本件解約合意に基づいて本件建物を返還したことを確認するとの内容の本件確認書が作成され、また、原告は、同月８日、本件賃借人に対して敷金の残金を支払ったものであるところ、これらはいずれも本件賃借人が本件解約合意の内容に従って本件建物の明渡しを完了したことを前提とする行為であるということができる。
そうすると、本件賃借人は、本件共有者に対し、本件解約日までに、別紙Ⅱ持込資産の撤去等をした上で、本件建物を明け渡したものと認められる。
ウ 以上によれば、原告は、本件解約日において、本件賃借人の原告に対する本件建物に係る原状回復義務を消滅させるための対価である本件原状回復費用相当金を確定的に収受したものと認められる。
したがって、本件原状回復費用相当金を収入すべき権利が確定した日は、本件解約日である平成２９年２月２８日であると認められるから、本件原状回復費用相当金については、法人税の申告においては同日が属する事業年度である平成２９年２月期に益金として計上すべきであり、また、消費税等の申告においては同日が属する課税期間である平成２９年２月課税期間に課税標準額として計上すべきである。
（３）原告の主張について
ア 原告は、本件解約合意における原状回復費用相当金の額は本件見積書における本件②工事の内容を踏まえて決定されたものであり、本件②工事及び本件撤去等工事は一部が重なることなどからすれば、本件解体工事は本件賃借人が行うべき原状回復工事をも対象としており、本件解約合意は上記原状回復工事を本件共有者が代行して行う旨の合意を含んでいたものといえ、本件原状回復費用相当金は当該工事の前受金として受領したものであるなどとして、本件建物の原状回復費用相当金は本件共有者が上記原状回復工事を代行して行うことの対価であり、その工事収益が発生したのは本件解体工事が完了した平成３０年４月２４日であるから、原告には平成２９年２月期又は平成２９年２月課税期間における課税所得等の発生はない旨主張する。
そこで検討するに、原告が指摘するように、本件解体工事の当初見積時における本件②工事の費用及びアスベスト除去費用の合計額（甲１０及び１１に記載された合計額に消費税相当額（８パーセント）を加えた金額）は、本件建物の原状回復費用相当金の額（乙１３）と一致するものである。また、本件見積書には、「②工事」の内訳として「サイン撤去工事」という工事があり、その内容として「屋上広告塔看板撤去」、「壁面看板撤去」等の項目が定められている（甲１２）ところ、本件見積書に先立って作成された本件②工事の範囲を示した図面（甲２３の１ないし３）の記載も考慮すると、上記の各項目に係る工事は、本件撤去等工事の対象物のうち「広告塔看板の板面」及び「壁面サイン」と同じ対象物を撤去する工事であるといえることからすれば、本件解体工事及び本件撤去等工事は、その内容が一部重なるものである。これらの事情によれば、本件解約合意における本件建物の原状回復費用相当金の額は、本件②工事及びアスベスト除去に要するものと見込まれる費用の額を踏まえて、本件共有者及び本件賃借人が協議した上で決定されたものということができる。
しかしながら、本件建物の原状回復費用相当金が上記のような経緯で決定されたものであったとしても、かかる事情は、本件共有者及び本件賃借人が、前記（２）アのとおりの意図で本件解約合意をするに当たって、本件建物の原状回復費用相当金の額をあらかじめ合意して確定するために、Ｈ社による当初見積時の見積額を参考としたという以上の意味を有するものではないというべきである。そうすると、上記の事情は、前記（２）アで検討した本件解約合意の内容を合理的に解釈した結果を左右するものではないというべきである。
また、本件見積書、本件解約合意書及び本件解体工事請負契約に係る契約書の記載内容をみても、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行して行う旨の合意がされたことをうかがわせる記載はなく、その他の書証においても、かかる合意がされたことを裏付けるような記載は見当たらない。かえって、本件解約合意書においては、本件賃借人が撤去等をすべき物件が別紙Ⅱにおいて限定的に列挙され（別紙Ⅱ持込資産）、本件賃借人が行うべき原状回復工事の範囲が特定されているところ、本件解約合意に原告が主張するような代行工事の合意が含まれていたというのであれば、そのような記載内容となることは考え難い。
さらに、仮に、本件解約合意がされた後の経過において、本件撤去等工事を本件共有者が代行することが合意されたというのであれば、本件共有者、本件賃借人及びＨ社の間において、本件建物の原状回復費用相当金の額や本件解体工事費用の額を変更するための協議又は合意がされるのが当然であるといえるが、そのような協議又は合意がされた形跡は見当たらない。
以上によれば、本件解約合意は本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行して行う旨の合意を含むものであったと認めることはできず、また、本件解約合意後にかかる合意がされたものと認めることもできないから、原告が本件原状回復費用相当金を上記原状回復工事の前受金として受領したものであるということはできない。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
イ 原告は、別紙Ⅱ持込資産の撤去等は実際にはＨ社が行ったものである上、本件賃借人が別紙Ⅱ持込資産の一部をシートで覆ったことは本件解約合意書２条１項にいう「撤去等」には当たらないなどとして、本件賃借人は本件解約合意書３条にいう「前条第１項の定めに従った本物件の明渡し」を行っていないから、本件解約日の時点において、本件賃借人の本件共有者に対する原状回復義務は免除されておらず、本件共有者が本件賃借人の原状回復義務の消滅に係る対価を収受した事実はない旨主張する。
そこで検討するに、証拠（乙２６）及び弁論の全趣旨によれば、本件賃借人は、本件解約日までに、別紙Ⅱ持込資産のうち、ＰＯＳレジ、Ｇ関連資産及び事務機器・会計機器は撤去したものの、屋上広告塔看板及び壁面サインについてはシートで覆ったのみであったことが認められる。
しかしながら、前記（２）イで検討したとおり、本件共有者を代表した原告と本件賃借人との間においては、本件賃借人が本件解約合意書に基づいて本件建物を返還したことを確認する旨の内容の本件確認書が作成されているところ、証拠（甲３２、乙２６・３２頁以下、証人Ｄ）及び弁論の全趣旨によれば、本件確認書は、原告代表者及び本件取締役が、本件共有者の一部及び本件賃借人の担当者等と共に本件建物の現地確認を行った上で作成されたものであることが認められる。また、その後の経緯において、本件共有者及び本件解体工事に着手したＨ社が、本件賃借人による明渡作業について、本件解約合意に反する内容であったなどと指摘したなどの事情は存しない。これらの事情によれば、本件共有者、本件賃借人及びＨ社の間においては、本件賃借人が、本件解約日までに、本件解約合意の内容に従った本件建物の明渡しをしたものと認識されていたものというべきである。
上記に関し、本件賃借人の担当者等は、関係者の間において、本件建物賃貸借契約の終了後に本件建物を解体することが決定されたことから、別紙Ⅱ持込資産の全てを物理的に撤去する必要はないものとされ、屋上広告塔看板及び壁面サインについてはシートで覆うこととなったものであり、このような経過があったために本件解約合意書２条１項の文言も「撤去」ではなく「撤去等」とされたものである旨説明しているが（乙２６）、かかる説明内容は、上記のとおりの現地確認及びその後の状況に合致しているものといえるし、その他の本件解約合意がされた前後の経過からしても合理的な内容であるということができるから、信用することができる。
他方で、原告は、上記の現地確認につき、屋上広告塔看板及び壁面サインがシートで覆われていた状況は確認しておらず、本件賃借人の担当者等からもそのような状況であることについての説明はなかった旨主張し、本件取締役もこれに沿う供述をする（甲３２、証人Ｄ）。しかしながら、上記の現地確認は、本件解約日の翌日に、本件賃借人による明渡作業の内容を確認する目的で行われたものであったにもかかわらず、原告代表者及び本件取締役が、本件建物の外部から一見して明らかであるはずの屋上広告塔看板及び壁面サインの状況を全く確認しなかった上、本件確認書を作成するに当たって口頭による確認もしなかったというのは、不自然であるというほかない（しかも、本件確認書を取り交わした本件共有者の中には、株式会社Ｉを含む不動産業者２社も含まれていたのである。甲１４及び１５、証人Ｄ）。また、本件取締役は、屋上広告塔看板及び壁面サインがシートで覆われているのみであることが分かっていれば、本件確認書に署名することを留保したはずであるとも供述するが、それほど重要な事項であったというのであれば、上記のような原告代表者及び本件取締役の行動は、なおさら不自然なものというほかはない。そうすると、本件取締役の上記供述は、信用することができない。
以上検討したところによれば、本件賃借人による上記の明渡作業は、本件解約合意書２条１項に定める「撤去等」に当たるものであり、本件賃借人は、本件解約日までに、本件解約合意書の内容に従って本件建物の明渡しを完了したものと認められる。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
ウ 原告は、仮に、本件原状回復費用相当金について、本件解体工事の着手前に原告に収益が発生したと解するのであれば、本件解体工事費用のうち本件賃借人が行うべき本件②工事及びアスベスト除去に要する費用のうち原告の負担分については損金として認めるべきである旨主張する。
しかしながら、本件解体工事は、本件建物それ自体を解体することを内容とする工事である上、争点２において検討するとおり、本件土地の返還義務の履行のためにされたものであることからすれば、本件建物の原状回復工事とはその内容及び性質を異にするものである。また、本件解約合意により、本件解約日の時点において本件賃借人の原状回復義務は免除されるものであり、その後に原告が原状回復工事に相当する工事を行うか否かはその任意の判断によるものということとなるのであるから、原告が実際に当該工事を行ったとしても、当該工事に要した費用は、本件原状回復費用相当金を得るために支出した原価又は費用に当たるものとはいえないものというべきである。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
エ このほか、原告は、本件原状回復費用相当金に関して種々の主張をするが、いずれも前記の結論を左右するものではない。
（４）小括
以上によれば、本件原状回復費用相当金を計上すべき事業年度及び課税期間に係る処分行政庁の判断に誤りはないものというべきである。
２ 争点２（本件課税仕入れの用途区分）について
（１）判断枠組み
ア 消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため（税制改革法１０条２項）、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとする仕入税額控除の制度を設けている（消費税法３０条１項〔１号に係る部分に限る。〕）。このような仕入税額控除制度の趣旨からすれば、個別対応方式における用途区分の判断については、課税仕入れが行われた日の状況に基づいて、課税仕入れに係る取引が将来におけるどのような取引に要するものであるのかを客観的に判断すべきものと解するのが相当である（なお、消費税法基本通達１１－２－２０も、原則として、課税仕入れを行った日の状況に基づいて用途区分の判定をするものとしている。）。
イ また、消費税は、国内において事業者が行った資産の譲渡等に課されるものであるところ（消費税法４条１項）、資産の譲渡等とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいう（同法２条１項８号）から、このような資産の譲渡等に該当しない取引（いわゆる不課税取引）のために要する課税仕入れは、消費税の課税対象となるものではなく、また、個別対応方式により仕入税額控除を計算する際の用途区分のいずれにも当てはまるものではない。
もっとも、消費税法基本通達においては、個別対応方式により仕入税額控除を計算するに当たって、不課税取引のために要する課税仕入れは共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うものとされている（同通達１１－２－１６）ところ、不課税取引のために要する課税仕入れは、その間接的効果を考えれば資産の譲渡等の全体に寄与するものといえるものであり、非課税資産の譲渡等にのみ要するものともいえないと考えられることからすれば、これを共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うことには相応の合理性があるものということができる。
（２）検討
ア 本件課税仕入れは、本件解体工事費用の一部であるところ、前提事実（４）のとおり、本件解体工事は、本件建物の解体をその内容とするものであり、本件建物賃貸借契約の終了日（本件解約日）の翌日である平成２９年３月１日から平成３０年４月２４日までの間に実施されたものである。また、前提事実（２）によれば、本件土地は、本件建物の敷地の一部であり、本件借地契約においては、原告は契約終了時に本件土地を原状に復して明け渡さなければならないとされていたものである。さらに、前提事実（５）のとおり、本件土地明渡合意は、原告が、本件取締役に対し、本件土地を使用するメリットがなくなったことから本件解体工事の終了時に本件土地を明け渡す旨の申出をしたことを受けて、原告と本件取締役との間で、本件土地の明渡しをもって本件借地契約を解除する旨の合意がされたものである。
これらの事情に加え、本件解体工事請負契約の締結及び本件土地明渡合意は、いずれも平成２９年１月２０日付けでされたものであり、両者は密接な関連性を有すると考えるのが自然であることも考慮すると、本件解体工事は、原告が、本件取締役に対し、本件土地を原状回復した上で返還することを目的として行われたものとみるのが相当である。そして、原告の本件取締役に対する本件土地の返還は、本件借地契約の終了時における土地返還義務を履行する行為にすぎないから、消費税法２条１項８号にいう「資産の譲渡等」に該当するものではない。
したがって、本件課税仕入れは、課税対応課税仕入れ及び非課税対応課税仕入れのいずれにも該当せず、不課税取引のために要する課税仕入れに当たるものというべきである。
イ 以上によれば、本件課税仕入れについては、個別対応方式による仕入税額控除の計算上、共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うのが相当である。
（３）原告の主張について
ア 原告は、本件共有者は様々な検討を重ねた上で平成２８年４月中旬頃に本件建物に係る共同賃貸事業を廃業することとしたものであり、本件解体工事は同事業の残務整理行為等を目的としたものであること、本件共有者全員の合意の下で決定された本件解体工事と本件土地の明渡しとは別個の行為であること、原告は同月中旬頃以降も本件借地契約を維持して独自に賃貸事業を行うことを検討していたことを理由に、本件解体工事は本件取締役に対して本件土地を返還することを目的にしたものではない旨主張する。
しかしながら、仮に、原告が指摘する上記の各事情が存在したとしても、前記（２）アで検討したところに照らせば、本件解体工事が、原告が本件取締役に対して本件土地を原状回復した上で返還することを目的の一つとしていた事実を否定することはできない。そして、上記のように考えた場合、本件課税仕入れについては、本件解体工事が共同賃貸事業の廃業を目的として行われたという側面からは、それまで得ていた賃料収入に対応するものとして、課税資産の譲渡等に該当する取引のために要する課税仕入れに該当するものと解される一方で、本件解体工事が本件土地の返還を目的として行われたという側面からは、前記（２）で検討したとおり、課税対応課税仕入れ及び非課税対応課税仕入れのいずれにも該当せず、不課税取引のために要する課税仕入れに当たることとなる。
しかるところ、個別対応方式における用途区分の判断に関し、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当するものと解される（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・裁判所時報１８１１号６頁参照）ことからすれば、本件解体工事が上記のような二つの側面を有することとなる以上、本件課税仕入れは、課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れに該当するものではなく、共通対応課税仕入れに該当することとなるものと解される。
そうすると、仮に、原告が指摘する上記の各事情が存在したとしても、前記（２）イの結論が左右されるものではないというべきである。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
イ 原告は、建物賃貸事業の終了時における建物の取壊費用は当該事業と密接に関連し、かつ、不可避的に発生するコストであるなどとして、本件課税仕入れは課税対応課税仕入れに該当する旨主張する。
しかしながら、原告の上記主張は、本件課税仕入れが資産の譲渡等に該当する取引のために要する課税仕入れに該当することを前提とするものであるところ、前記（１）イで検討したとおり、本件課税仕入れは、これに該当しない不課税取引のためにも要するものというべきであるから、原告の上記主張は、その前提を欠くものといわざるを得ない。また、上記アで検討したところに照らせば、本件解体工事がそれまでに行われていた本件建物に係る共同賃貸事業と密接に関連するものであるとみたとしても、前記の結論を左右するものではないというべきである。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
ウ 原告は、本件解体工事費用のうち本件賃借人の負担分につき、本件賃借人が行うべき原状回復工事を原告が代行した費用を含むものであるから、課税対応課税仕入れに該当する旨主張する。
しかしながら、争点１において検討したとおり、本件において、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行する旨の合意がされたものと認めることはできないから、原告の上記主張は、その前提を欠くものといわざるを得ない。
したがって、原告の上記主張を採用することはできない。
エ このほか、原告は、本件課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当するとして種々の主張をするが、いずれも前記の結論を左右するものではない。
（４）小括
以上によれば、本件課税仕入れの用途区分に係る処分行政庁の判断に誤りはないものというべきである。
３ 本件各更正処分等の適法性
以上を前提とすると、以下のとおり、本件各更正処分等は、いずれも適法である。
（１）原告の平成２９年２月期の法人税に係る所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、別紙３の１（１）記載のとおりであると認められるところ、前提事実（６）によれば、これらは本件法人税更正処分における所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金額とそれぞれ同額であると認められるから、本件法人税更正処分は、適法である。
（２）原告の本件各課税期間について納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、別紙３の２（１）記載のとおりであると認められるところ、前提事実（７）によれば、これらは本件消費税等各更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額とそれぞれ同額であると認められるから、本件消費税等各更正処分は、いずれも適法である。
（３）本件消費税等各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、別紙３の３（１）記載のとおりであると認められるところ、前提事実（７）によれば、これらは本件消費税等各賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であると認められるから、本件消費税等各賦課決定処分は、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は、理由がないからいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官岡田幸人
裁判官都野道紀
裁判官曽我学
〔PDF 15頁は画像のため本文テキストなし〕
（別紙２）
当事者の主張の要旨
１ 争点１（本件原状回復費用相当金を計上すべき事業年度及び課税期間）について（被告の主張の要旨）
（１）計上すべき事業年度及び課税期間
法人税法上、収益は、その実現があった時、すなわち、その収入すべき権利が確定したときの属する事業年度の益金に計上すべきものと解され、また、消費税法上も同様に、その収入すべき権利が確定したときの属する課税期間に課税資産の譲渡等があったとすべきものと解される。しかるところ、本件解約合意の内容によれば、本件原状回復費用相当金は、本件賃借人の原状回復義務を消滅させるための対価に該当し、原告は、その支払に係る履行期である本件解約日の到来をもって本件原状回復費用相当金を確定的に収受することができるのであるから、本件原状回復費用相当金を収入すべき権利が確定した日は、本件解約日である。
したがって、本件原状回復費用相当金について、法人税に係る所得金額の計算上益金の額に算入すべき事業年度は、本件解約日（平成２９年２月２８日）の属する事業年度である平成２９年２月期であり、消費税に係る課税資産の譲渡等の対価の額に算入すべき課税期間は、同日の属する課税期間である平成２９年２月課税期間である。
（２）本件共有者が原状回復工事を代行したものではないこと
原告は、本件見積書の「②工事」の内訳として記載されている「屋上広告塔看板撤去」等の工事（以下「本件②工事」という。）及び本件解約合意における別紙Ⅱ持込資産の撤去等を行う工事（以下「本件撤去等工事」という。）は同一の工事であり、本件解体工事は本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行したものであるから、本件原状回復費用相当金は本件解体工事に係る前受金である旨主張する。
しかしながら、本件②工事及び本件撤去等工事は、一部が同一の工事ではあるものの、本件解体工事請負契約が締結された経緯によれば、本件②工事は、当初から本件共有者の負担においてＨ社が行うことが予定されていた撤去工事であり、本件解約合意において本件賃借人が行うこととなった本件撤去等工事とは別の工事であることは明らかである。仮に、原告が主張するとおり、本件②工事及び本件撤去等工事が同一の工事であり、本来は本件賃借人が行うべきであった本件撤去等工事を本件共有者が代行したのであれば、本件共有者は、後日、本件賃借人から当該工事に係る費用相当分の支払を受けているはずであるが、そのような支払はされていない。
また、本件解約合意書には、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者がＨ社に発注するとの記載はない上、本件建物の原状回復費用相当金が、本件賃借人が行うべき原状回復工事に必要な代金額をあらかじめ本件賃借人と本件共有者との間で合意したものである旨の記載も存しない。加えて、本件解約合意書２条３項の規定は、本件共有者に対して残置資産の処分権限を付与するものであり、それ以上の意味はないから、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行する合意を含むことの根拠とはならない。仮に、本件解約合意が代行工事の合意を含むものであるとすると、本件賃借人の原状回復義務は消滅していないこととなるが、そうすると本件解約合意書７条の清算条項と整合しない。
さらに、本件賃借人は、本件共有者に対し、本件撤去等工事の代行を依頼したことはなく、自ら第三者に依頼するなどして本件撤去等工事を行ったものであり、本件共有者と本件賃借人との間には、請負契約やそれに類似した法律関係は存在しない。
そして、本件解約合意の内容によれば、本件解約日の時点において、原告の本件原状回復費用相当金を収入すべき権利が確定すると同時に、本件賃借人の本件原状回復費用相当金の支払債務及び一切の原状回復義務も消滅するから、本件建物賃貸借契約に関し、本件賃借人と本件共有者との間には一切の債権債務関係が存在しないこととなった。他方で、本件解体工事は、発注者を本件共有者、受注者をＨ社として、本件建物の解体を目的とするものであり、消滅した本件賃借人の原状回復義務を肩代わりして行ったものではなく、本件原状回復費用相当金との関連性は見受けられない。
以上に加え、原告代表者も本件解約合意書の記載内容に誤りはないことを認めていることからすれば、本件解体工事について、本件賃借人が行うべき本件建物の原状回復工事を本件共有者が代行したものとは認められない。
（３）本件賃借人による本件建物の明渡しが完了していたこと
原告は、本件賃借人は別紙Ⅱ持込資産の撤去等を完了していなかったため、本件建物の明渡しは行われておらず、本件解約合意書３条にいう「前条１項の定めに従っ」たとの条件は満たされなかったので、本件解約日において、本件賃借人の原状回復義務は免除されていない旨主張する。
しかしながら、本件解約合意における合意内容及び本件解約合意書の文言によれば、本件賃借人が本件建物を明け渡す際の別紙Ⅱ持込資産の「撤去等」については、自己及び第三者による占有のない状態にすれば足りるのであって、物理的な撤去が不可欠の要素とされているものではないと解されるから、持込資産をシートで覆う行為も上記の「撤去等」に当たる。
そして、本件共有者と本件賃借人との間で本件確認書が取り交わされたこと、本件解約合意において、敷金についてその一部が原状回復費用相当金と相殺され、その後、その残部が本件賃借人に返還されていること、本件共有者が本件賃借人から本件②工事の撤去工事費用相当分の支払を受けていないことからすれば、本件賃借人が別紙Ⅱ持込資産の撤去等を完了し、本件解約合意書に基づいて本件建物を明け渡したことは明らかである。
（原告の主張の要旨）
（１）本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行したこと
ア 本件解約合意における原状回復費用相当金の額は、本件見積書に記載された本件②工事の内容を踏まえて決定されたものであるところ、本件②工事には「サイン撤去工事」として屋上広告塔看板撤去や壁面看板撤去等が含まれていたものであり、本件賃借人の負担金には本件建物外部の看板や表示物全てに係る撤去工事代金が含まれていたことなどからすれば、本件②工事及び本件撤去等工事は、全く別の工事というわけではなく、一部が重なるものであった。
そして、本件共有者は、本件賃借人とも協議した上で、本件賃借人が行うべき原状回復工事及び本件解体工事を同じ業者に発注することとし、本件賃借人が負担する部分を決めるなどした上で、本件解約合意をしたものである。このように、本件解体工事は、本件建物の解体のみならず、本件賃借人が行うべき原状回復工事をも対象とするものであった。また、本件賃借人が本件解体工事の発注者にならなかったのは、工事代金額に占める本件賃借人の負担割合が僅かであったことから、当該負担部分については本件共有者に支払をする一方で、本件賃借人が行うべき原状回復工事については本件共有者が代行することとしたためである。
以上の経過に加え、本件解約合意書２条３項が、本件共有者に対して本件賃借人の残置資産を適法に廃棄すべき義務を負わせ、本件賃借人に対して将来第三者から不測の損害賠償等がされないよう周到に措置していることや、同項ただし書の規定内容からすれば、本件解体工事は、本件賃借人と無関係に行われたものではなく、本件建物の原状回復費用相当金の支払を受けた本件共有者が、本件解約合意書の定めに従い、本件賃借人の残置資産を撤去し、かつ、適法に処分すべき義務を履行するという側面を併せ持っていたものであり、本件解約合意は、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行して行う旨の合意を含んでいたものといえる。
したがって、本件共有者は、本件賃借人が行うべき原状回復工事を代わって行う責任（本件賃借人の残置資産を撤去し、かつ、適法に廃棄すること）を負う一方で、本件賃借人から、預り敷金の一部との相殺により本件建物の原状回復費用相当金の支払を受けたものであるから、この支払が本件賃借人の原状回復義務を消滅させるための対価に当たるものとみることはできない。
イ 本件共有者は、当初、別紙Ⅱ持込資産の撤去等に要する費用も本件見積書における本件②工事の工事代金に含まれているものと考えていたところ、本件解約合意において、別紙Ⅱ持込資産を本件賃借人が自ら撤去等することになった後も、本件撤去等工事に係る工事代金相当額を本件見積書における見積額から減額するという話が出ず、Ｈ社からも本件解体工事に関して追加工事代金の請求はなかったことから、本件賃借人に対して本件撤去等工事に係る費用を請求する必要はなく、また、その支払も受けなかったものである。
以上のとおり、本件共有者は、本来は本件賃借人が行うべき本件建物の原状回復工事を代行し、その工事代金の支払に代えて預り敷金の一部を工事着手前に前受金として受領したものであるところ、その法的性質は請負であり、本件共有者は原状回復工事の完了をもって役務の提供をしたこととなる。
したがって、本件建物の原状回復費用相当金は、本件賃借人が行うべき原状回復工事を本件共有者が代行して行うことの対価であり、その工事収益については、企業会計原則の第二損益計算書原則中の三のＢ［売上高の計上基準］ただし書の「完成基準」に基づき計上することとなる。しかるところ、本件共有者による原状回復工事が完了したのは、本件解体工事が完了した平成３０年４月２４日であり、本件解体工事が着手もされていない平成２９年２月期には本件解体工事に係る工事収益の発生はなく、課税所得も発生していないから、本件原状回復費用相当金については、法人税の申告においては平成３０年６月期の収益として、消費税等の申告においては平成３０年６月課税期間の雑収入として、それぞれ計上すべきである。
（２）本件賃借人による本件建物の明渡しが完了していなかったこと
ア 上記（１）で主張したとおり、別紙Ⅱ持込資産の撤去は、本件賃借人が行ったものではなく、実際にはＨ社が行ったものである。
イ 本件解約合意書２条１項は、自己及び第三者による占有のない状態による本件建物の明渡しのみを目的とするものではなく、本件賃貸借契約の終了に伴う原状回復義務の履行として別紙Ⅱ持込資産を撤去することをも目的とするものであるところ、撤去対象物をシートで覆う作業は、言葉の通常の用法からいって「撤去」に当たるということはできないし、自己及び第三者による占有のない状態にしたものともいえない。
また、本件確認書においては、別紙Ⅱ持込資産の撤去等について具体的に触れられておらず、本件建物自体の明渡しが行われたことが確認されたにすぎない。なお、原告代表者及び本件取締役は、本件確認書の作成に先立ち、本件建物の内部は見分したものの、屋上や外壁は見ておらず、本件賃借人の担当者からも別紙Ⅱ持込資産の一部についてはシートで覆ったことにより撤去等したことになるとの説明はされなかったものであり、原告代表者は、このような事情が分かっていれば、本件確認書に押印することを留保したはずである。
なお、原告が敷金残額を本件賃借人に返還したのは、本件賃借人が別紙Ⅱの持込資産を完全に撤去したものと誤認したからである。
以上のとおり、本件賃借人は、本件解約合意書３条にいう「前条第１項の定めに従った本物件の明渡し」を行っていないから、本件解約日の時点において、本件賃借人の本件共有者に対する原状回復義務は免除されていなかった。
したがって、本件共有者が、本件賃借人の原状回復義務の消滅に係る対価を収受した事実はない。
（３）予備的主張
仮に、本件原状回復費用相当金につき、本件解約合意に基づく相殺により、本件解体工事の着手前に原告に収益が発生したと解するのであれば、それよりも前に行われた本件解体工事請負契約の締結により発生していた原告の工事代金債務のうち、本件賃借人が行うべき本件②工事及びアスベスト除去に係る費用のうち原告の共有持分に対応する８２２万６４７６円（消費税込み）については、収益を獲得するための原価として、企業会計原則の第二損益計算書原則中の一のＣ「費用収益対応の原則」により損金として認めるべきであり、その結果、原告には法人税に係る課税所得は発生しないこととなる。
２ 争点２（本件課税仕入れの用途区分）について
（被告の主張の要旨）
（１）本件課税仕入れは不課税取引のために要する課税仕入れ等であること
個別対応方式における課税仕入れの用途区分は、当該課税仕入れの目的及び当該課税仕入れに対応する資産の譲渡等がある場合にはその資産の譲渡等の内容等を勘案して判断すべきものと解される。また、資産の譲渡等に該当しない取引（不課税取引）のために要する課税仕入れ等については、直接的には不課税取引のために要するものであっても、その間接的効果を考えれば資産の譲渡等の全体に寄与することには違いはなく、非課税資産の譲渡等にのみ要するものともいえないと考えられるところ、消費税法基本通達１１－２－１６は、このような不課税取引に要する課税仕入れ等について、共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱う旨を定めている。
しかるところ、本件借地契約に係る借地契約書においては、原告は本件借地契約が終了したときは直ちに本件土地を原状に復して明け渡さなければならないとされており、本件土地明渡合意書においても、本件土地の明渡しをもって本件借地契約が解除されるとされているから、本件解体工事は、原告が上記契約書等に基づいて、本件土地を原状回復した後に本件取締役に対して返還することを目的として行われたものと認められる。そうすると、原告から本件取締役への本件土地の返還は、本件借地契約の解除に伴う義務の履行にすぎず、課税資産の譲渡等及びその他の資産の譲渡等のいずれにも該当しない。
したがって、本件課税仕入れは、課税対応課税仕入れには該当せず、また、非課税対応課税仕入れにも該当しないことから、資産の譲渡等に該当しない取引（不課税取引）のために要する課税仕入れ等となり、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合においては、共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うのが相当である。
（２）本件解体工事は残務整理行為等に当たるものではないこと
ア 原告が主張する残務整理行為又は清算残務処理行為の意義は判然としないが、その点を措くとしても、建物賃貸事業における建物取壊費用は、建物賃貸事業が終了するときにのみ発生するものではなく、建物を建て替えて引き続き建物賃貸事業を継続する場合にも発生するから、建物の取壊しにより直ちに賃貸事業の一連の流れが完結するということはできない。
また、本件においては、そもそも本件建物賃貸借契約は終了しているから、仮に、賃貸事業の残務整理行為又は清算残務処理行為と評価される行為があり、それに要する課税仕入れが生じていたとしても、それは課税対応課税仕入れとは認められない。
イ 仮に、本件解体工事が、共同賃貸事業を廃することを直接の目的として行われたものであり、本件建物賃貸借契約の残務整理行為又は清算残務処理行為であると評価される性質があったとしても、同時に、本件借地契約の解除に伴う義務の履行でもあるから、本件課税仕入れは課税対応課税仕入れであるということはできない。
（３）本件解体工事は本件土地の返還を目的とするものであったこと
ア 個別対応方式における課税仕入れの用途区分については、課税仕入れが行われた日である本件解体工事の完了日を基準に、当該課税仕入れの目的及び当該課税仕入れに対応する資産の譲渡等がある場合にはその資産の譲渡等の内容等を勘案して客観的に判断すべきであり、本件解体工事請負契約の締結日にどのような目的を有していたかによって判断するものではない。
そして、本件においては、本件解体工事請負契約及び本件土地明渡合意の締結日が同一であり、本件土地明渡合意書には、原告から本件取締役に対して本件建物の解体工事の終了時に本件土地を明け渡す旨の申出があったとの記載がある上、当該締結日より後に原告が本件土地を利用した独自の賃貸事業を行うことを検討した形跡はうかがわれないことからも、本件解体工事が、本件借地契約に基づいて本件土地を原状回復した後に本件取締役に対して返還する目的で行われたものと客観的に判断することができる。
イ 以上に関し、原告は、本件土地を利用した独自の賃貸事業を行うことを検討していた旨主張するが、平成２８年４月中旬頃の時点において、かかる検討がされていたことを裏付ける証拠は存しない。この点をおくとしても、控除対象仕入税額の控除は、国内において課税仕入れを行った日の属する課税期間において行うものであるから、消費税法基本通達１１－２－２０においても規定されているとおり、そもそも用途区分の判定は、当該課税仕入れが行われた日か、遅くとも当該課税仕入れが行われた日の属する課税期間の末日までに行われるものである。
そうすると、仮に、原告が平成２８年４月中旬頃に本件土地を利用して独自の賃貸事業を行うことを検討していたとしても、その時点において本件解体工事は行われておらず、課税資産の譲渡等（課税仕入れ）は行われていなかったものであり、本件において実際に課税仕入れが行われたのは、本件解体工事が完了した平成３０年４月２４日か、遅くとも平成３０年６月課税期間の末日である同年６月３０日までであるところ、その時点においては、本件借地契約が本件土地の明渡しをもって解除されていることが客観的に明らかになっていたのであるから、本件課税仕入れについては、共通対応課税仕入れに該当するものとして取り扱うのが相当である。
（４）その他の原告の主張に対する反論
ア 争点１において主張したとおり、本件解体工事は、本件賃借人が行うべき本件建物の原状回復工事を原告が代行したものではないから、本件課税仕入れのうち本件賃借人の負担分が課税対応課税仕入れに該当する旨の原告の主張は、その前提に誤りがある。
イ 原告が指摘する平成２８年３月３日付け裁決（以下「平成２８年裁決」という。）は、所得税法上の必要経費である「解体工事費用」の取扱いに関するものであるところ、本件は、消費税法上の仕入税額控除に係る用途区分の問題であって、所得税法上の必要経費とは何ら関係がないし、法人税法上、費用として損金の額に算入されるからといって、消費税法上、最終的に課税資産の譲渡等のコストに入るような課税仕入れであると直ちに認めることはできない。
（原告の主張の要旨）
（１）本件解体工事は共同賃貸事業の残務整理行為等を目的とすること
用途区分の判定をするに当たっては、課税期間の末日までに存在する資料であれば、全ての資料を使用することができ、それには客観的資料と主観的資料の両方があり得るところ、本件共有者は、本件建物賃貸借契約を解約する旨の通知を受けて、本件建物に係る共同賃貸事業をどのようにすべきかについて複数回にわたって協議し、様々な案を検討した上で、平成２８年４月中旬頃、本件建物に係る共同賃貸事業を終了させることを合意した。このように、本件解体工事は、本件建物に係る共同賃貸事業を廃業すべく、その残務整理行為又は清算残務処理行為を直接の目的として行われたものである。
また、本件土地明渡合意は、本件解体工事の実施が確実になったことを受けて合意されたものであって、原告が本件取締役に本件土地を返還するという目的が初めにあってそれを実現するために本件解体工事の実施が合意されたという関係にはない上、そもそも、本件解体工事の実施は、本件共有者全員の合意の下で決定されたのであるから、本件解体工事と本件土地の明渡しとは別個の行為であり、本件土地明渡合意は本件解体工事に何ら影響を及ぼさない。
さらに、原告は、平成２８年４月中旬頃の時点においても、また、同年９月ないし１２月頃においても、本件借地契約を維持して新たに建物を建築し、独自に賃貸事業を行うことも選択肢として検討していたものである。
以上によれば、本件解体工事は、本件建物に係る共同賃貸事業の残務整理行為又は清算残務処理行為を目的としたものであって、本件取締役に本件土地を返還することを目的にしたものでないことは明らかである。
（２）本件課税仕入れは課税対応課税仕入れに該当すること
ア 課税対応課税仕入れとは、直接、間接を問わず、また、実際に使用する時期を問わず、その対価の額が最終的に課税資産の譲渡等のコストに入るような課税仕入れ等だけをいうと解されるところ、建物賃貸業務にあっては、建物の取得、賃借人の募集、賃借人への貸付け及び建物の取壊し・廃業までの一連の流れによって事業が完結するのであるから、本件解体工事は、本件建物の賃貸業務という課税資産の譲渡等のコストに入る課税仕入れである。
また、消費税法基本通達においては、課税対応課税仕入れとは、課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等であるとされており、課税資産の譲渡等を行うために要したものとはされておらず、その課税期間中に課税資産の譲渡等が行われていないとしても、そのことをもって仕入税額控除が認められないものではないと解される。そして、解体工事費用は、解体工事が行われていたその課税期間中に課税資産の譲渡等が行われていないとしても、賃貸コストを構成するのであるから、課税事業である賃貸事業の残務整理行為又は清算残務処理行為として必要な課税仕入れである。
しかるところ、本件解体工事は、本件建物賃貸借契約が終了してから行われたものであり、賃料収入を得るために行われたものではないものの、建物賃貸事業の終了時における建物の取壊費用は、当該事業と密接に関連し、かつ、不可避的に発生するコストであるから、本件課税仕入れは、賃料収入を得るためにのみ必要な課税仕入れに該当するものとして、課税対応課税仕入れとして取り扱われるべきである。
上記のような考え方は、平成２８年裁決においても採用されているところ、平成２８年裁決は、所得税法に係る事案ではあるものの、賃貸物件の解体工事費用を不動産所得の必要経費として認めたものであり、法人税においても同様に考えるべきである。
イ 本件課税仕入れは、本件賃借人の負担分７６１万７１０７円（税抜き）及び賃貸人である原告の負担分１億７２６１万９１０３円で構成されているところ、本件賃借人の負担分は、争点１において主張したとおり、本件賃借人が行うべき原状回復工事を原告が代行した費用を含むものであり、原告は、その代行費用として本件賃借人から同額の本件原状回復費用相当金の支払を受けたものであるから、課税売上げである。そして、原告は、上記の代行工事をそのままＨ社に発注することによって当該工事を完了したものであり、原告がＨ社に支払った代行工事費用は、本件賃借人から原告に支払われた請負工事収入（課税売上げ）に直接対応する課税仕入れであるから、課税対応課税仕入れに該当する。
また、本件解体工事は、本件共有者が共同賃貸事業を終了させるための残務整理行為又は清算残務処理行為として行われたものであるところ、建物賃貸事業が消費税法の課税事業であり、本件建物の建築、本件賃借人との賃貸借契約の締結、本件建物の解体等という一連の流れで構成され、その賃貸損益は、その間の賃貸収入及び解体工事費用までの賃貸コストにより計算されるのであるから、本件解体工事費用を建物賃貸事業に係る賃貸損益の計算から除外するのは相当でない。したがって、賃貸人である原告の負担分は、原告が行ってきた建物賃貸事業に直接関連するものとして、課税対応課税仕入れに該当する。
なお、仮に、本件課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当するものとされたとしても、少なくとも本件賃借人の負担分は、原告が本件賃借人から引き受けた原状回復工事の代行費用であって、合理的な基準により区分された金額であり、かつ、その同額が課税売上げに計上されているのであるから、課税対応課税仕入れに該当することは明らかである。以上
（別紙３）
被告の主張する課税の根拠及び計算
１ 本件法人税更正処分の根拠及び適法性
（１）本件法人税更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２９年２月期に係る法人税の所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金等の額は、それぞれ次に述べるとおりである。
ア 所得金額（別表３「更正処分」の③欄）
△１億６９９５万３１６６円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額である。
（ア）確定申告書における所得金額（別表３「確定申告」の③欄）
△１億７８１７万９６４２円
上記金額は、原告が、平成２９年４月２８日に処分行政庁に対して提出した平成２９年２月期の法人税の確定申告書（以下「本件法人税確定申告書」という。）別表一（一）の「所得金額又は欠損金額」欄（甲３・１枚目「１」欄）に記載された金額と同額である。
（イ）所得金額に加算すべき金額（別表３「更正処分」の②欄）
８２２万６４７６円
上記金額は、本件建物賃貸借契約の解約に伴い本件賃借人が本件解約日に原告に支払うべき本件原状回復費用相当金の額である。
イ 所得税額等の還付金額（別表３「更正処分」の④欄）
１７万３７８２円
上記金額は、所得金額に対する法人税額から控除されるべき金額のうち、控除しきれなかった金額であり、本件法人税確定申告書別表一（一）の「この申告による還付金額」の「所得税額等の還付金」欄（甲３・１枚目「２４」欄）に記載された金額と同額である。
ウ 翌期へ繰り越す欠損金額（別表３「更正処分」の⑨欄）
１億５０２７万０６７０円
上記金額は、法人税法５７条１項により平成２９年２月期の翌期に繰り越される欠損金額であり、本件法人税確定申告書別表一（一）の「翌期へ繰り越す欠損金又は災害損失金」欄（甲３・１枚目「３１」欄）に記載された１億５８４９万７１４６円から本件法人税更正処分に伴う所得金額の増加額（前記ア（イ）の金額）を減算した金額である。
（２）本件法人税更正処分の適法性
原告の平成２９年２月期の法人税に係る所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金は、それぞれ前記（１）のとおりであり、本件法人税更正処分における所得金額及び翌期へ繰り越す欠損金（甲８の「更正又は決定の金額」の「１」及び「２３」欄）は、いずれも前記（１）の各金額と同額であるから、本件法人税更正処分は適法である。
２ 本件消費税等各更正処分の根拠及び適法性
（１）本件消費税等各更正処分の根拠
本件各課税期間に係る消費税等の各課税標準額及び納付すべき消費税等の額は、それぞれ次に述べるとおりである。
ア 平成２９年２月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表４－１の①欄）
９５９４万７０００円
上記金額は、次のａの金額にｂの金額を加算した金額（ただし、国税通則法（以下、平成２９年２月課税期間については平成２９年法律第４号による改正前のもの、平成３０年６月課税期間については令和２年法律第８号による改正前のものを「通則法」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イ（ア）において同じ。）である。
ａ 確定申告書における課税資産の譲渡等の対価の額
８７４１万２７５１円
上記金額は、原告の平成２９年２月課税期間の消費税等の確定申告書（以下「平成２９年２月課税期間確定申告書」という。）の「課税資産の譲渡等の対価の額」欄（甲１・１枚目「⑮」欄）に記載された金額と同額である。
ｂ 課税標準額に加算すべき金額
８５３万４８４５円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の合計金額である。
（ａ）雑収入
７６１万７１０７円
上記金額は、本件建物賃貸借契約の解約に伴い本件賃借人が本件解約日に原告に支払うべき本件原状回復費用相当金８２２万６４７６円の税抜き金額である。
（ｂ）下取り車両の売却金額
９１万７７３８円
上記金額は、原告が、株式会社Ｊから車両を購入した際に受領した下取り車の売却金額２４８万４５１４円の税抜き金額である２３０万０４７５円と車両購入代金１４９万３３５６円の税抜き金額である１３８万２７３７円との差額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表４－１の②欄）
６０４万４６６１円
上記金額は、消費税法２９条の規定により、前記（ア）の金額９５９４万７０００円に１００分の６．３を乗じて算出した金額である。
（ウ）課税売上割合（別表５－１の⑤欄）
７７．６４３９９（以下省略）パーセント
上記の割合（課税売上割合）は、次のａの金額のうち、ｂの金額が占める割合である。
ａ 資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表５－１の④欄）１億２３５７万３７５３円上記金額は、平成２９年２月課税期間確定申告書に添付された付表２（乙２３。なお、原告が甲１の２枚目として提出した「付表２」は、原告が確定申告書に添付して提出したものではなく「更正の請求」の金額を算定する際に作成したものであることがうかがわれる。）の「資産の譲渡等の対価の額（⑤＋⑥）」欄（乙２３・「⑦」欄）の１億１５０３万８９０８円と前記ア（ア）ｂの金額の合計額である。
ｂ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表５－１の①欄）９５９４万７５９６円上記金額は、前記ア（ア）のａの金額とｂの金額の合計額である。
（エ）控除対象仕入税額（別表４－１の④欄）
３４０万３４３２円
平成２９年２月課税期間確定申告書において、原告は控除対象仕入税額を算出するにあたり、一括比例配分方式を選択しており（甲１・１枚目）、平成２９年２月課税期間の控除対象仕入税額は、当該課税期間における課税仕入れに係る税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算することとなる。
上記金額は、次のｃの金額に前記（ウ）の割合を乗じて算出した金額である。
ａ 平成２９年２月課税期間確定申告書の課税仕入れに係る支払対価の額
７２９６万０６８０円
上記金額は、平成２９年２月課税期間確定申告書の付表２の「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」欄（乙２３・「⑧」欄）に記載された金額と同額である。
ｂ 課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき税額
２１８万３０２２円
上記金額は、原告が、社宅を新築するに際し、地盤改良に係る工事代金としてＫ株式会社に対し支払った金額であり、課税仕入れに係る支払対価の額に算入すべき金額である。
ｃ 課税仕入れに係る消費税額（別表５－１の⑦欄）
４３８万３３８２円
上記金額は、前記ａの金額とｂの金額の合計額７５１４万３７０２円に、１０８分の６．３を乗じて算出した金額である。
（オ）合計差引税額（別表４－１の⑩欄）
２６４万１２００円
上記金額は、前記（イ）の金額から（エ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イ（キ）において同じ。）である。
（カ）既に納付の確定した本税額（別表４－１の⑪欄）
２２７万２９００円
上記金額は、平成２９年２月課税期間確定申告書（甲１）の⑪「納付税額」欄に記載された金額と同額である。
（キ）差引納付すべき消費税額（別表４－１の⑫欄）
３６万８３００円
上記金額は、前記（オ）の金額から（カ）の金額を控除した金額である。
（ク）地方消費税の課税標準額（別表４－１の⑭欄）
２６４万１２００円
上記金額は、前記（オ）の金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（ケ）納付すべき譲渡割額（別表４－１の⑱欄）
７１万２７００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記（ク）の金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イ（サ）において同じ。）である。
（コ）既に納付の確定した譲渡割額（別表４－１の⑲欄）
６１万３３００円
上記金額は、平成２９年２月課税期間確定申告書の「納付譲渡割額」欄（甲１・１枚目「㉒」欄）に記載された金額と同額である。
（サ）差引納付すべき譲渡割額（別表４－１の⑳欄）
９万９４００円
上記金額は、前記（ケ）の金額から（コ）の金額を控除した金額である。
（シ）納付すべき消費税等の額（別表４－１の㉑欄）
４６万７７００円
上記金額は、前記（キ）の金額と（サ）の金額との合計額であり、原告が平成２９年２月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
イ 平成３０年６月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表４－２の①欄）
３０万７０００円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した金額である。
ａ 確定申告書における課税資産の譲渡等の対価の額
７９２万４３６６円
原告の平成３０年６月課税期間の消費税等の確定申告書（以下「平成３０年６月課税期間確定申告書」という。）の「課税資産の譲渡等の対価の額」欄（甲２・１枚目「⑮」欄）に記載された金額と同額である。
ｂ 課税標準額から減算すべき金額
７６１万７１０７円
上記金額は、本件建物賃貸借契約の解約に伴い本件賃借人が本件解約日に原告に支払うべき本件原状回復費用相当金の額８２２万６４７６円の税抜き金額であり、平成２９年２月課税期間の課税標準へ計上すべきものであることから、当課税期間の課税標準額（課税資産の譲渡の対価の額）から減算する金額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表４－２の②欄）
１万９３４１円
上記金額は、前記（ア）の金額３０万７０００円に１００分の６．３を乗じて算出した金額である。
（ウ）課税売上割合（別表５－２の⑤欄）
３．０２１７（以下省略）パーセント
上記の割合は、次のａの金額のうち、ｂの金額が占める割合である。
ａ 資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表５－２の④欄）
１０１６万８４００円
上記金額は、平成３０年６月課税期間確定申告書に添付された付表２の「資産の譲渡等の対価の額（⑤＋⑥）」欄（甲２・２枚目「⑦」欄）１７７８万５５０７円から前記（ア）ｂの金額を控除した金額である。
ｂ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表５－２の①欄）
３０万７２５９円
上記金額は、前記（ア）のａの金額からｂの金額を控除した金額である。
（エ）控除対象仕入税額（別表４－２の④欄）
３４万５０４０円
原告の平成３０年６月課税期間確定申告書において、控除対象仕入税額を算出するにあたり、個別対応方式を選択しており、平成３０年６月課税期間における控除対象仕入税額は、個別対応方式で算出することとなる。
上記金額は、次のａの金額（課税対応課税仕入れの税額）４４円と、ｂの金額（共通対応課税仕入れの税額）に前記（ウ）の割合（課税売上割合）を乗じて算出した金額３４万４９９６円の合計額である。
ａ 課税対応課税仕入れの税額（別表５－２の⑧欄）
４４円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を控除した金額である。
（ａ）確定申告書における課税対応課税仕入れの税額（別表５－２の⑨欄）
１１３５万４９２５円
上記金額は、平成３０年６月課税期間確定申告書の付表２の「⑭のうち、課税売上げのみに要するもの」欄（甲２・２枚目「⑯」欄）の金額と同額である。
（ｂ）前記（ａ）の課税対応仕入れの税額から減算すべき金額（別表５－２の⑩欄）１１３５万４８８１円
上記金額は、本件課税仕入れの額１億９４６５万５１０７円の税抜き金額１億８０２３万６２１０円に係る消費税額であり、原告が平成３０年６月課税期間において、課税仕入れに係る消費税額のうち、課税対応課税仕入れに係る税額としていた金額であるが、本件土地を本件取締役に返還するために要した費用に係る税額であることから、共通対応課税仕入れに係る税額となる金額である。
ｂ 共通対応課税仕入れの税額（別表５－２の⑪欄）
１１４１万７２７０円
上記金額は、平成３０年６月課税期間確定申告書に添付された付表２の「⑭のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの」（甲２・２枚目「⑰」欄）の金額６万２３８９円に前記ａの（ｂ）の金額１１３５万４８８１円を加算した合計額である。
（オ）控除不足還付税額（別表４－２の⑧欄）
３２万５６９９円
上記金額は、前記（エ）の金額から（イ）の金額を控除した金額である。
（カ）既に還付の確定した本税額（別表４－２の⑪欄）
１０８８万３５１０円
上記金額は、平成３０年６月課税期間確定申告書の「控除不足還付税額」欄（甲２・１枚目「⑧」欄）に記載された金額と同額である。
（キ）差引納付すべき消費税額（別表４－２の⑫欄）
１０５５万７８００円
上記金額は、前記（カ）の金額から前記（オ）の金額を控除した金額である。
（ク）地方消費税の課税標準額
３２万５６９９円
上記金額は、前記（オ）の金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（ケ）譲渡割額還付額（別表４－２の⑯欄）
８万７８８７円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、前記（ク）の金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額である。
（コ）既に還付の確定した譲渡割額（別表４－２の⑲欄）
２９３万６８２０円
上記金額は、平成３０年６月課税期間確定申告書の「譲渡割額還付額」欄（甲２・１枚目「⑲」欄）に記載された金額と同額である。
（サ）差引納付すべき譲渡割額（別表４－２の⑳欄）
２８４万８９００円
上記金額は、前記（コ）の金額から（ケ）の金額を控除した金額である。
（シ）納付すべき消費税等の額（別表４－２の㉑欄）
１３４０万６７００円
上記金額は、前記（キ）の金額と前記（サ）の金額との合計額であり、原告が平成３０年６月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
（２）本件消費税等各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、それぞれ前記（１）のとおりであり、本件消費税等各更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額（甲４及び甲７・１３欄及び１９欄）といずれも同額であるから、本件消費税等各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件消費税等各賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件消費税等各賦課決定処分の根拠
期限内申告書が提出された場合において、更正がされ、当初の申告に係る税額より更正後の税額が上回ることとなったときには、その更正により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課することとされている（通則法６５条１項）。そして、更正により納付すべき税額が、その国税に係る期限内申告額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算することとされている（通則法６５条２項）。
前記２（２）のとおり、本件消費税等各更正処分はいずれも適法であるところ、本件消費税等各更正処分により、原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実につき、本件消費税等各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件消費税等各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、以下に述べるとおりである。
ア 平成２９年２月課税期間（別表６－１の⑫欄）
４万６０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２９年２月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額４６万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イにおいて同じ。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
イ 平成３０年６月課税期間（別表６－２の⑫欄）
１９８万５０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成３０年６月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１３４０万円に１００分の１０の割合を乗じて算出した１３４万円と同条２項の規定に基づき新たに納付すべき税額１３４０万６７００円のうち５０万円を超える部分に相当する金額１２９０万円に１００分の５の割合を乗じて算出した６４万５０００円との合計額である。
（２）本件消費税等各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件消費税等各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、それぞれ前記（１）ア及びイのとおりであり、本件消費税等各賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲４及び甲７の「賦課した加算税の額の計算明細」の「加算税の額」欄）といずれも同額であるから、本件消費税等各賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
〔PDF 29～36頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13885.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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