税務訴訟資料第２７４号（順号１３９２０）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号還付金請求事件
国側当事者・国
令和６年１月１２日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士向笠太郎
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、４９９万２７０９円及びうち４９９万円に対する令和４年６月１日から還付のための支払決定の日又は充当の日まで年７．３パーセントの割合又は租税特別措置法９５条に規定する還付加算金特例基準割合のいずれか低い割合による金員（ただし、これに１円未満の端数があるときは、その端数を切り捨てる。）を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、令和３年４月１日から令和４年３月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告につき、課税標準額に対する消費税額から仕入れ等に係る消費税額の合計額を控除してなお不足額があるとして、確定申告書に当該不足額（４９９万２７０９円。以下「本件控除不足額」という。）を記載して提出（以下「本件書面申告」という。）したところ、麹町税務署長において、原告が消費税法４６条の２第２項１号の特定法人に該当し、消費税等の申告は、同条１項の電子情報処理組織を使用する方法として財務省令で定める方法により提供（以下「電子申告」という。）することにより行わなければならないとして、原告に本件控除不足額に相当する消費税等に係る還付金（以下「本件控除不足額に係る還付金」という。）の還付をしなかったため、本件控除不足額に係る還付金及びこれに加算すべき還付加算金の支払を求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定めは別紙２のとおりである。なお、同別紙において用いる略称等は、以下の本文においても用いることとする。
２ 前提事実
以下の事実は、当事者間に争いがないか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認めることができる。
（１）原告
原告は、がん及び生活習慣病等に関する検査の企画、開発、受託及び実施等を目的とする株式会社である。原告の資本金の額は、令和元年１１月３０日から令和４年９月１日までの間、３億３４３０万円であり、この間、原告は、特定法人である事業者（消費税法４６条の２第１項、２項１号）に該当した。
なお、原告の資本金の額は、同日、１０００万円に変更された。（甲１）。
（２）原告による確定申告の状況等
ア 原告は、令和３年６月１６日、麹町税務署長に対し、令和２年４月１日から令和３年３月３１日までの課税期間に係る消費税等、並びに、令和２年４月１日から令和３年３月３１日までの事業年度又は課税事業年度に係る法人税及び地方法人税の各確定申告について、電子申告をした（乙２の１、２の２）。
イ 原告は、令和４年５月３０日、麹町税務署長に対し、本件課税期間に係る消費税等の確定申告につき、消費税等の合計還付税額が４９９万２７０９円（本件控除不足額）である旨を記載した確定申告書（甲２）を提出（本件書面申告）したが、電子申告をしなかった。
なお、原告は、消費税法４６条の３に規定する電子申告が困難である場合の特例の適用について、麹町税務署長の承認を受けていなかった。
ウ 原告は、令和４年６月２０日、麹町税務署長に対し、令和３年４月１日から令和４年３月３１日までの事業年度又は課税事業年度に係る法人税及び地方法人税の確定申告につき、電子申告をした（乙３）。
エ 麹町税務署長は、令和４年６月２３日付けで、原告に対し、本件書面申告につき「申告書の効力のない旨のお知らせ」（甲３）を送付した。
（３）本件訴訟の提起
原告は、令和５年４月２１日、本件訴訟を提起した。
３ 争点
本件の争点は、特定法人である事業者が、仕入れに係る消費税額の控除不足額（消費税法４５条１項５号。以下「控除不足額」という。）に相当する消費税等に係る還付金（以下「控除不足額に係る還付金」という。）の還付を受けるための確定申告を、電子申告の方法により行うことを要するか否かであり、この点に関する当事者の主張は、以下のとおりである。
（原告の主張）
（１）消費税法４６条の２第１項及び２項（以下「本件各規定」という。）が憲法２９条２項に違反すること
以下の点からすれば、電子申告を義務化する本件各規定は、行政手続の電子化という目的達成の手段としての合理性、必要性を欠くことが明らかで、立法府の判断が合理的裁量の範囲を超えていると解するほかない。
ア 行政手続の電子化という目的達成のためには、電子申告を義務化するまでの必要はなく、従来どおり選択制を採りつつ、電子申告を利用しやすくするための制度を充実させることで足りる。
本件各規定は、事業者が電子申告の義務化に対応するためには、有形無形の様々な負担が生じることについて全く配慮していない。また、資本金の額が１億円を超える法人を特定法人としている点（消費税法４６条の２第２項１号）について、上記のような法人が電子申告の義務化に耐え得る程度の財務基盤を有することを裏付ける資料もない。
イ 本件各規定によれば、消費税法４５条１項に従って書面申告を行い、還付金の還付請求権（同法５２条１項）が発生しているにもかかわらず、電子申告をしないという手続上の理由により、還付を合理的な理由なく拒むことを許容することとなる。これは、特定法人である事業者に過度の制限を課すものである。
ウ 本件各規定によれば、特定法人である事業者が書面申告を行った場合にも無申告加算税を課されることとなる。しかし、この場合、当該事業者が適切に納税をしようとしていることは明らかであり、それにもかかわらず、手段の選択を誤っただけで無申告加算税が課されるのでは、納税者の納税意欲をいたずらに削ぐことになる。
（２）消費税法の解釈上、電子申告は、控除不足額に係る還付金の還付を受けるための要件ではないこと
ア 本件各規定は、国税の電子申告の普及のため、官民合わせたコスト削減や企業の生産性向上を推進する観点から、申告データを円滑に電子提供できるよう環境整備を進めることを目的とした規定である。しかし、納税者に対し、還付金の還付請求を行うための要件として電子申告を求めるとする解釈は、前記（１）のとおり、納税者に過度の負担を負わせ、また、その納税意欲を削ぐ結果を生じさせてしまうものであって、本件各規定の目的に沿った解釈とはいえない。
イ 消費税法が、控除不足額に係る還付金の還付請求の要件として確定申告書の提出を求めている理由は、各事業者の申告なくしては、様々な製造物や商品、サービスの提供に際して幅広く発生する消費税額や還付金を広く漏れなく捕捉しきれないことから、還付金額とその請求権の行使の意思の有無を事業者から国に明らかにさせる必要があるという点に求められる。このような同法の仕組みからすれば、確定申告を紙で行うか電子で行うかという態様にかかわらず、納税者が、還付金額及びその請求権の行使の意思を明らかにしさえすれば、上記のような同法の趣旨を満たすものといえる。
現に、消費税法施行令６４条は、消費税法４５条１項５号に掲げる事項の記載のある確定申告書の提出があった場合には、税務署長は、遅滞なく、還付の手続をしなければならない旨規定しており、特定法人である事業者について、電子申告によるのでなければ還付義務が発生しない旨をうかがわせる文言は見当たらない。
（３）小括
したがって、特定法人である事業者であっても、控除不足額に係る還付金の還付を受けるためには書面申告をすれば足り、電子申告によることを要しない。
（被告の主張）
（１）本件各規定は憲法２９条２項に違反するものではないこと
ア 財産権の侵害がないこと
原告が侵害されているとする財産権が本件控除不足額に係る還付金の還付請求権を意味するのであれば、原告は、特定法人である事業者であるにもかかわらず、本件課税期間において、消費税等の確定申告を電子申告により行っていないのであるから、本件控除不足額に係る還付金の還付請求権は発生していない。したがって、本件各規定は、特定法人である事業者の財産権を侵害していないので、財産権侵害を理由として本件各規定の違憲性を主張する前提を欠いている。
イ 本件各規定は、立法府による立法行為の裁量の範囲内であること
租税立法には、国の広範な裁量権が認められるところ、下記（ア）、（イ）のとおり、本件各規定は合理性を有することから、立法府による立法行為の裁量の範囲内であると認められる。
（ア）本件各規定は、官民合わせたコストの削減や企業の生産性向上を推進するという観点から規定されたものであり、かかる立法目的は、「納税義務の適正な履行を確保する」（消費税法１条１項）という目的に沿い、公共の福祉に合致する。
（イ）平成３０年度税制改正において創設された本件各規定の適用開始時期が令和２年４月１日以後に開始する課税期間に係る消費税の申告からとされ、電子申告を導入するために必要な準備期間が十分確保されていたこと、電子申告をすることが困難な事由があれば、税務署長の承認を受けることにより書面申告を認める規定も併せて立法化されたこと（消費税法４６条の３）、本件各規定は、特定法人である事業者に対し、必ずしも負担のみを課すものではない上、その負担も軽微であることからすれば、本件各規定が、前記（ア）のような立法目的を達成するための手段として合理性を有していることは明らかである。
（２）消費税法の解釈上、特定法人である事業者が控除不足額に係る還付金の還付を受けるためには電子申告を行わなければならないこと
控除不足額に係る還付金の還付請求権は、消費税法５２条１項に規定する「消費税法４５条１項の規定による申告」が行われることによって発生する。もっとも、特定法人である事業者については、消費税法４６条の２第１項が適用され、電子申告により確定申告を行わなければ、有効な申告として取り扱われないから、同法５２条１項の規定する「消費税法４５条１項の規定による確定申告」は、文理上、「消費税法４６条の２第１項の規定による確定申告」を意味することは明らかである。したがって、特定法人である事業者については、電子申告をすることが控除不足額に係る還付金の還付請求権の発生要件である。
（３）小括
したがって、特定法人である事業者は、消費税法４６条の３に規定する電子申告が困難である場合の特例の適用について税務署長の承認を受けた場合を除き、控除不足額に係る還付金の還付を受けるためには、電子申告をすることを要する。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件各規定が憲法２９条２項に反し違憲であるかについて
（１）判断の枠組み
租税は、今日では、国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え、所得の再分配、資源の適正配分、景気の調整等の諸機能をも有しており、国民の租税負担を定めるについて、財政・経済・社会政策等の国政全般からの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく、課税要件等を定めるについて、極めて専門技術的な判断を必要とすることも明らかである。したがつて、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的な判断に委ねるほかはなく、裁判所は、基本的にはその裁量的判断を尊重せざるを得ないものというべきである（最高裁昭和６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。
（２）平成３０年度税制改正による電子申告の義務化（甲４）
平成３０年度税制改正により、申告書の電子情報処理組織による提出義務が創設され、特定法人である事業者については、本件各規定により、消費税法４５条１項の規定にかかわらず、確定申告を電子申告により行わなければならない旨規定された。すなわち、経済社会のＩＣＴ（情報通信技術。以下同じ。）化の進展等を踏まえ、行政手続の電子化が推進される中で、税務手続においてもＩＣＴの活用を推進し、データの円滑な利用を進めることにより社会全体のコスト削減及び企業の生産性向上を図るという観点から、また、電子申告に当たってはシステム面での投資を要する法人が存在することも考慮して、まずは、財務基盤が一定程度安定していると考えられる特定法人である事業者について電子申告が義務化されたものである。
上記の電子申告の義務化に関しては、電子申告が困難である場合の特例が設けられ、特定法人である事業者が、電気通信回線の故障、災害その他の理由により電子申告をすることが困難であると認められる場合で、かつ、書面申告をすることができると認められる場合において、所轄税務署長の承認を受けたときは、その税務署長が指定する期間内に行う申告については、書面申告をすることができることとされた（消費税法４６条の３第１項）。
（３）本件各規定の憲法２９条２項適合性
ア 前記（２）のとおり、本件各規定による電子申告の義務化は、税務手続においてもＩＣＴの活用を推進し、データの円滑な利用を進めることにより社会全体のコスト削減及び企業の生産性向上を図ることを目的として規定されたものであり、かかる立法目的は、「納税義務の適正な履行を確保する」（消費税法１条１項）という同法の目的に沿うものであり、公共の福祉に合致する。
また、本件各規定による電子申告の義務化の導入に当たっては、電子申告に必要な準備期間を確保する趣旨から、平成３０年度税制改正において創設された本件各規定の適用開始時期は、令和２年４月１日以後に開始する課税期間に係る消費税の申告からとされた（平成３０年法律第７号附則１条７号ハ、４５条）ほか、前記（２）のとおり、一定の事由により電子情報処理組織を使用することが困難であると認められる場合に例外的に書面申告を行うことができる旨の特例（消費税法４６条の３）も設けられている。一方で、電子申告の導入に伴う経済的負担は、通信費用、電子証明書の利用に伴う費用（電子証明書の取得・更新費用（証明期間が１２か月の場合７９００円）、ＩＣカードリーダライタ等の取得費用（２０００円から６０００円程度）等）及び納税の際のインターネットバンキング等の利用手数料であり（乙５、６）、比較的軽微である。また、電子申告に対応するためには、上記の経済的負担のほかにも、経理担当者の教育、社内マニュアルの整備、情報セキュリティ対策等の一定の負担が生じることも否定し得ないが、ＩＣＴの発展・普及に係る近年の社会経済の構造変化に加えて、電子申告の義務化の対象となる事業者が、資本金の額が１億円を超える法人等であって、一定の財務基盤の安定性を有すると考えられる事業者であることをも踏まえれば、これらの負担も過大なものとは認められない。そうすると、電子申告の義務化が、上記の目的を達成するための手段として必要性もしくは合理性を欠くことが明らかということもできず、立法府の裁量権の範囲を超えるものではない。
イ 原告は、資本金の額が１億円を超える法人等が、電子申告の義務化に耐え得る程度の財務基盤を有することを裏付ける資料はない旨主張する。しかし、電子申告の導入に伴う負担が前記アのようなものであることに照らせば、上記のような法人等が、電子申告の義務化に耐え得る程度の財務基盤を有することを前提として本件各規定を設けた立法府の判断が、裁量権の範囲を超えるものということはできない。
また、原告は、書面申告により、控除不足額に係る還付金の還付請求権が発生していることを前提として、本件各規定は、同請求権に基づく還付を理由なく拒むことを許容するものであって、特定法人である事業者に過度の制限を課すものである旨主張する。しかし、特定法人である事業者については、書面申告によって控除不足額に係る還付金の還付を受けられるものではないことは後記２（１）のとおりであるから、上記原告の主張は、その前提を欠くものであって採用することができない。
さらに、原告は、本件各規定によれば、特定法人である事業者は、書面申告を行った場合であっても無申告加算税を課されることとなり、その納税意欲を削ぐ結果を生じさせる旨主張する。しかし、電子申告の義務化が、納税者のコスト削減及び企業の生産性向上を図ることをも期待し得るものであることも考慮すれば、これが一律に納税者の納税意欲を削ぐものということはできないのであって、この点も、前記アの判断を左右しない。
ウ 以上からすれば、本件各規定が憲法２９条２項に違反する旨の原告の主張は理由がない。
２ 消費税法の解釈上、特定法人である事業者が控除不足額に係る還付金の還付を受けるために電子申告を行うことを要するかについて
（１）消費税法５２条１項の定めについて
一般に、還付金とは、個別の国税に関する法律の規定に基づき発生するものである（国税通則法２条６号）。そして、消費税法５２条１項は、消費税の還付金の一つとして、控除不足額に係る還付金について、その発生根拠を規定するものである（地方税法附則９条の７により、地方消費税（譲渡割）に係る還付金等の還付についても、消費税の還付の例によるものとされている。）。
消費税法５２条１項は、同法４５条１項の規定による申告書の提出があった場合において、控除不足額の記載があるときは、税務署長は、当該申告書を提出した者に対し、当該控除不足額に相当する消費税を還付する旨規定しており、かかる規定によれば、控除不足額に係る還付金の還付請求権は、同法４５条１項の規定による申告書を提出することによって発生することとなる。そして、特定法人である事業者については、本件各規定により、消費税法４５条１項の規定にかかわらず、確定申告を電子申告により行わなければならない旨規定されている。
以上の各規定の文言によれば、特定法人である事業者が、控除不足額に係る還付金の還付を受けるためには、電子申告を行わなければならないことは明らかである。
（２）原告の主張について
原告は、本件各規定について、控除不足額に係る還付金の還付を受けるための要件として電子申告を求めるものと解釈することは、納税者に過度の負担を負わせ、また、その納税意欲を削ぐ結果を生じさせるものであって、本件各規定の目的に沿わない旨主張するが、電子申告の義務化により、このような結果が生じるとはいえないことは、前記１（３）のとおりである。したがって、上記原告の主張は、その前提を欠くものであって採用することができない。
また、原告は、確定申告書の提出を求めることにより消費税等の額や還付金の額を広く漏れなく捕捉することとした消費税法の仕組みからすれば、書面申告がされれば還付金を還付することとして何ら差支えないはずであるなどと主張する。しかしながら、本件各規定は、経済社会のＩＣＴ化の進展等を踏まえ、税務手続においてもＩＣＴの活用を推進し、社会全体のコスト削減及び企業の生産性向上を図ることを目的とするものである。それにもかかわらず、特定法人である事業者について書面申告を許容することは、かえって本件各規定の上記目的を阻害することになりかねないのであって、上記原告の主張は採用することができない。
原告は、消費税法施行令６４条は、税務署長に、控除不足額の記載のある書面申告があったことをもって、還付金を還付する義務を生じさせるものである旨主張する。しかし、前記（１）のとおり、還付金請求権の発生根拠となる規定は消費税法５２条１項であって、消費税法施行令６４条の規定は、その手続を定めるものにすぎないから、上記原告の主張は採用することができない。
３ 小括
原告は、本件課税期間において特定法人である事業者に当たり（前記前提事実（１））、消費税法４６条の３に規定する電子申告が困難である場合の特例の適用について麹町税務署長の承認を受けていなかった（同（２）イ）。したがって、前記１及び２で判示したところによれば、本件控除不足額に係る還付金の還付を受けるためには電子申告をすることを要することとなるところ、原告は、現時点まで、本件事業年度の確定申告について電子申告をしていないから、本件控除不足額に係る還付金の還付請求権は発生しておらず、その還付を受けることはできない。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 鎌野真敬
裁判官 栗原志保
裁判官 都築健太郎
〔PDF 8～11頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13920.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。