税務訴訟資料第２７４号（順号１３９３６）
千葉地方裁判所令和●●年（○○）第●●号過大に納付した税額還付請求事件
国側当事者・国
令和６年２月６日棄却・確定
判決
原告有限会社Ａ
同代表者代表取締役甲
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
同指定代理人髙橋紀子
岸岡貴子
野城俊行
宗形久美子
青島真由子
佐野孝明
赤城宗和
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
被告は、原告に対し、４２万８１００円を支払え。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
本件は、原告が平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの事業年度の法人税及び同期間の課税事業年度の地方法人税の確定申告をしたところ、市川税務署から誤りを指摘され、市川税務署の指導に従って修正申告書を作成して再提出したが、その修正申告にも誤りがあるため、法人税４１万０１００円及び地方法人税１万８０００円の合計４２万８１００円の過誤納金があると主張して、被告に対し、国税通則法（以下「通則法」という。）５６条１項に基づいて、同額の還付金の支払を求める事案である。
２ 関係法令の定め
別紙関係法令の定めのとおり
３ 前提事実（証拠原因を記載しない事実は当事者間に争いがない。）
（１）当事者
原告は、千葉県市川市に本店を置き、医薬品、化粧品、雑貨の一般販売等を目的とする有限会社である。
（２）本件処分に至る経緯
ア 原告は、令和元年５月２４日、市川税務署長に対し、平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税及び同期間の課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の地方法人税（以下、法人税及び地方法人税を併せて「法人税等」といい、本件事業年度及び本件課税事業年度に係る法人税等を「本件法人税等」という。）の確定申告書（以下「本件各確定申告書」といい、本件各確定申告書に係る申告を「本件各確定申告」という。）を提出した（乙１）。
本件各確定申告書に記載された原告が納付すべき法人税の税額は６７１万１６００円、同地方法人税の税額は２９万５４００円であり、原告は、令和元年５月１６日、上記法人税等の税額を納付した（乙１、２）。
イ 市川税務署の職員（以下「本件担当職員」という。）は、令和２年２月２６日、原告の経理担当者である乙氏（以下「原告経理担当者」という。）に対し、本件法人税等について、本件各確定申告書の記載内容に誤りがある旨及び修正申告が必要になる旨を伝えた（乙３）。
ウ 本件担当職員は、令和２年２月２７日、市川税務署において、原告代表者及び原告経理担当者に対し、本件各確定申告書の記載内容の誤りについて説明（行政指導）し、原告は、同日、市川税務署長に対し、同行政指導に基づいて、本件法人税等の修正申告書（以下「本件各修正申告書」といい、本件各修正申告書に係る申告を「本件各修正申告」という。）を提出した（甲１、乙３、４）。
本件各修正申告により原告が納付すべき法人税の税額は３３万７８００円、同地方法人税の税額は１万４９００円であり、原告は、令和２年２月２８日、上記法人税等の税額を納付した。（乙２、４）。
エ 原告は、令和２年５月１９日、市川税務署長に対し、本件事業年度における事業税等が損金の額に算入されることを前提として、本件各修正申告における所得金額の計算に誤りがあり納付すべき税額が過大であったとして、本件法人税等の更正の請求（以下「本件各更正請求」という。）をした。なお、本件各更正請求において原告が主張していた還付金額は、法人税につき４１万０２００円、地方法人税について１万８０００円である。（乙５）
市川税務署長は、本件法人税等のうち、法人税については令和２年８月１９日付けで、地方法人税については同年１１月２日付けで、本件各更正請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件各通知処分」という。）をした（甲７の１、乙６の１、２）。
オ 原告は、本件各通知処分を不服として、本件法人税等のうち、法人税については令和２年９月１４日に、地方法人税については同年１１月１３日に、国税不服審判所長に対して審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたところ、同所長は、令和３年５月２１日付けで本件審査請求をいずれも棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした（甲７の２、乙７の１、２、乙８）。
原告は、本件各通知処分について、出訴期間内にその取消しを求める訴訟を提起しなかった。
（３）本件訴訟の提起
原告は、令和５年５月２５日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
４ 本件の争点及びこれに関する当事者の主張
原告は、通則法２３条所定の更正の請求をし、本件各通知処分を不服として審査請求をしたものの、本件裁決を受けて本件各通知処分に係る取消訴訟を提起することなく、本件各修正申告書の記載内容の過誤を主張して誤納金の還付を請求するところ、本件の争点は、原告が法定の方法によらずに本件各修正申告書の記載内容の過誤を主張することの適否である。なお、被告は、本件法人税等について過誤納金は生じていないと主張するが、原告が主張する本件各修正申告書の記載内容の過誤の詳細については認否をしていない。
（１）被告の主張
通則法２３条所定の更正の請求によることなく申告書記載の内容の過誤を主張してする過誤納金の還付請求に関して、最高裁判所昭和３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁（以下「昭和３９年最高裁判例」という。）は、所得税法の場合について、「その錯誤が客観的に明白かつ重大であって、所得税法の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情」がある場合でなければ許されない旨判示しているところ、かかる判示は、所得税法と同じく申告納税制度を採用している法人税法や地方法人税法にも当てはまる。また、修正申告も課税標準・税額等に関する納税申告行為である以上、修正申告の過誤の是正の場合についても同様に解すべきである（大阪地方裁判所平成３年３月２９日判決・税務訴訟資料１８２号８７８頁参照）。そして、上記のような例外要件（特段の事情）の存否については、納税申告書の内容の過誤を主張する納税者に主張立証責任があると解される（盛岡地方裁判所平成５年３月２６日判決・税務訴訟資料１９４号１０８０頁参照）。
しかるに、原告は、本件において特段の事情が存在することについて何ら主張立証していないから、主張立証責任を果たしていないといえる。この点を措いて、原告が主張する過誤が存在することを前提としたとしても、本件訴訟において原告が主張する税額と、本件各更正請求において原告が主張していた税額は、原告が用いた端数計算の方法による差異を除いて一致しており、本件訴訟で主張する本件法人税等に係る税額の誤りとするものは本件各更正請求において本件各修正申告に所得金額の誤りがあるとする理由と同一であって、原告は、本件各通知処分に係る取消訴訟によって是正を求めることが可能であった。
原告が出訴期間内に本件各通知処分に係る取消訴訟を提起しなかったことから、現時点においては、もはや同取消訴訟を提起することはできないものの（行政事件訴訟法１４条）、法令上、更正の請求に回数の制限は設けられていないので、更正の請求を再度行うことによって是正を求めることが可能であり、また、更正の請求を行うことができる期間は、納税申告書に係る国税の法定申告期限から５年であるところ、本件各修正申告書に係る法人税等の法定申告期限は、令和元年５月３１日である（法人税法７４条１項、地方法人税法１９条１項）から、原告は、更正の請求を令和６年５月３１日まで行うことができる。このように、原告は、現時点においても、本件各修正申告に係る更正の請求という通則法が定めた方法によって、是正を求めることができる。
以上によれば、本件において、「法の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる」特段の事情はないことは明らかであるから、原告は、更正の請求によることなく、本件各修正申告書の記載内容の過誤を主張することは許されない（なお、「法の定める方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる」といえない場合は、納税者の主張する過誤の有無につき判断するまでもなく、特段の事情は認められないと解すべきである（上記大阪地方裁判所平成３年３月２９日判決参照）。）。
（２）原告の主張
ア 被告は、昭和３９年最高裁判例について主張しているが、所得税法と法人税法は異なる法律であり、昭和３９年最高裁判例が所得税法における過誤の是正に「特段の事情」を要するとしたからといって、最高裁判所が本件訴訟にこれを当てはめ、法人税法における過誤の是正に「特段の事情」が必要であるとするとは限らない。
イ 被告は、通則法２３条所定の更正の請求によることなく本件各修正申告書の記載内容の過誤を主張することは許されないと主張するが、通則法２３条は、「更正をすべき旨の請求をすることができる」と規定するにとどまるから、更正の請求をするかどうかは、納税者の意思によって決めるものであり、更正の請求をしなくてもよく、更に敷衍すると、更正の請求以外の方法でもよいというべきである。
もとより、原告は、法定の方法である通則法２３条に規定された更正の請求を行い、通則法７５条に規定された不服申立ても行っている。しかし、これに対する本件各通知処分及び本件裁決は、税法の規定に基づくものではなく、法律外の法人税基本通達９－５－１に基づくものである。そして、裁決には関係行政庁に対する拘束力（通則法１０２条）があることから、原告は、本件裁決に対する取消訴訟をしても無意味であると判断したほか、仮に、税務署長に再度の更正の請求をしても、再度、更正をすべき理由がない旨の通知を受ける可能性が高いので、本件訴訟を提起したものである。
ウ 昭和３９年最高裁判例にいう「特段の事情」としては、被告が計算した税額が特段に高いことも挙げられる。その原因としては、①被告が法人税法の税率２３．４％を用いて税額の計算を行った誤り、②被告の所得金額の算出方法に誤りがあることである。このように、本件各修正申告書の記載内容の過誤は、客観的に明白かつ重大であるから、法の定めた方法以外によりその是正を許すべきであり、これを許さなければ、納税義務者の利益を著しく害する特段の事情が存在するといえる。
第３ 当裁判所の判断
１ 納税申告書に記載した課税標準額等の計算に誤り等があったときは、①納税申告書を提出した者は、税務署長に更正の請求をすることができ（通則法２３条１項）、②税務署長は、その請求に係る課税標準又は税額等について調査し、更正をし、又は理由がないときは更正をすべき理由がない旨を当該請求をした者に通知し（通則法２３条４項）、③②の税務署長のした処分に不服がある者は、国税不服審判所長に対し、審査請求を行い（通則法７５条１項１号ロ）、④国税不服審判所長のした裁決に不服がある者は、裁決があったことを知った日の翌日から起算して６か月以内又は裁決の日の翌日から１年以内に、上記通知処分に対する取消訴訟を提起する（行政事件訴訟法１４条１項、２項）ことが通則法等の予定するところである。
しかるところ、原告は、本件各修正申告書の記載内容に誤りがあることを前提に、市川税務署長に対して更正の請求（本件各更正請求）をし、市川税務署長から更正をすべき理由がない旨の本件各通知処分を受けて、国税不服審判所長に対して審査請求をしたが、同審査請求を棄却する旨の裁決（本件裁決）を受けた後、本件各通知処分の取消訴訟を提起することなく、本件各更正請求と同旨の理由で、通則法５６条１項に基づいて、過大に納付した税額の還付請求をしているので、通則法等が定める規定によることなく、本件各修正申告書の記載内容の誤りを主張して、過誤納金の直接還付を求める訴えを提起することができるかについて検討する。
２ 法人税法及び地方法人税法は、申告納税制度を採用しているところ、申告納税制度においては、納付すべき税額は納税者のする申告によって確定し（通則法１６条１項１号）、仮に、錯誤により納税申告書に記載された金額が過大であったとしても、租税法律関係を早期に確定させる要請から、その過誤の是正は、原則として是正の手続によるものとし（通則法２３条１項。なお、法人税法及び地方法人税法には更正の特例に関する各規定がある。）、税務署長による減額の更正がない限り、申告した租税は不当利得にならないものと解される。したがって、納税申告書に記載された過誤の是正については、その錯誤が客観的に明白かつ重大であって、法定の更正の手続以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合でなければ、法定の方法によらないで記載内容の錯誤を主張することは、許されないものというべきである（同じく申告納税制度を採用する所得税法の事例であるが、昭和３９年最高裁判例参照。）。
３ そこで、本件についてみると、前記前提事実によれば、原告は、市川税務署に対し、本件法人税等の本件各確定申告書を提出後、市川税務署の職員からの指摘を受けて、本件法人税等の修正申告書（本件各修正申告）を提出したが、本件事業年度における事業税等が損金の額に算入されることを前提として、本件各修正申告における所得金額の計算の誤りがあり納付すべき税額が過大であったとして、本件法人税等の更正の請求（本件各更正請求）をしたこと、これに対して、市川税務署長は、本件各更正請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件各通知処分）をしたこと、原告は、本件各通知処分を不服として、国税不服審判所長に対して審査請求（本件審査請求）をしたが、国税不服審判所長は、本件審査請求をいずれも棄却する旨の裁決（本件裁決）をしたこと、原告は、本件裁決後、取消訴訟の出訴期間内に本件各通知処分の取消訴訟を提起することなく、本件裁決から約２年が経過してから本件訴訟を提起したこと、以上の各事実が認められる。
こうした本件訴訟に至るまでの経緯に鑑みると、本件各通知処分については既に出訴期間が経過しているため、取り消される余地がないことになるが、通則法は、更正の請求は国税の法定申告期限から５年以内にすることができる旨の期間制限を設けている（通則法２３条１項）ものの、回数の制限は設けておらず、しかも、本件各修正申告書に係る法人税等の法定申告期限は、令和元年５月３１日であるから（法人税法７４条１項、地方法人税法１９条１項）、原告は、法定の手続である本件各修正申告書に係る更正の請求を行うことができるものと認められる。
また、前記前提事実、証拠（乙６、７）及び弁論の全趣旨によれば、原告は、本件事業年度における事業税等が損金の額に算入されることを前提として、本件各修正申告における所得金額の計算の誤りがあるとするが、市川税務署長は、法人税基本通達９－５－１（租税の損金算入の時期）の（１）を根拠として、本件事業年度における事業税等は納税申告書が提出された日の属する事業年度の損金の額に算入されるとしており、原告と市川税務署長の間で法的見解が対立していることが認められ、本件各修正申告書に記載された所得金額についての誤りが客観的にみて明白なものといえるものではない。
そうすると、仮に、本件各修正申告書に誤りがあるとしても、その誤りが客観的に明白なものではなく、また、原告は、本件各修正申告書に関して、法定の手続である更正請求の手段によってその是正を求める手段がなお許されているといえるから、更正の請求以外にその是正を許さないならば、納税義務者である原告の利益を著しく害すると認められる特段の事情があるとはいえない。
４ 原告は、前記第２の４（２）イのとおり、税務署長に対して再度の更正の請求をしても、再度、更正すべき理由がない旨の通知を受ける可能性が高いので本件訴訟に及んだ旨主張するが、前示のとおり、更正の請求によって本件各修正申告書の記載内容の過誤の是正を求める手段があり、仮に、税務署所長が、従前と同様の見解をもって、原告の再度の更正の請求について更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたとしても、その処分の取消訴訟を提起することによって裁判所の判断を通じた是正の可能性がある。原告の主張は、要するに、再度の更正請求は迂遠であるという事実上の問題を指摘するものであって、当を得ない。
また、原告は、前記第２の４（２）ウのとおり、法定の手続によらないで過誤納付の還付を請求する「特段の事情」として、①被告が法人税法の税率２３．４％を用いて税額の計算を行った誤り、②被告の所得金額の算出方法に誤りがある旨主張するが、こうした誤りが客観的に明白なものであるとはいえず、また、法定の更正請求以外にその是正を許さないならば、納税義務者である原告の利益を著しく害すると認められる特段の事情があるとはいえないことは前示のとおりであるから、①及び②の主張の当否はさて措いても、こうした事情をもって「特段の事情」があるとはいえない。
５ 以上によれば、原告が、本件各修正申告に係る本件法人税等に関して、更正の請求を経ることなく、本件各修正申告書の記載内容の過誤を主張することはできないから、本件各修正申告書の記載内容について過誤があるかについて判断するまでもなく、原告の請求は理由がないことに帰する。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。千葉地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官 岡山忠広
裁判官 中畑洋輔
裁判官 蟻塚真
〔PDF 7～11頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13936.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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