税務訴訟資料第２７４号（順号１３９３８）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（下館税務署長）
令和６年２月９日棄却・確定
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士増田英敏
同復代理人弁護士大山勉
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁下館税務署長
小川健一
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 下館税務署長が令和３年３月２６日付けで原告に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額１４９２万０７００円及び納付すべき地方消費税額４０２万６２００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 下館税務署長が令和３年３月２６日付けで原告に対してした平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額１５１２万４３００円及び納付すべき地方消費税額４０８万１１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 下館税務署長が令和３年３月２６日付けで原告に対してした平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額１３３２万７４００円及び納付すべき地方消費税額３５９万６２００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、処分行政庁から、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間（以下「平成２９年３月課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記する。）、平成３０年３月課税期間及び平成３１年３月課税期間（以下、併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について、原告が指定管理者として行った公の施設の管理業務に関して下妻市から支払を受けた金員（以下「本件各支払金」という。）が、役務提供の「対価」（消費税法４条１項、２条１項８号）に当たるとして、本件各課税期間の消費税等の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、本件各更正処分等の各取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する消費税法の定めは、以下のとおりである。
（１）２条（定義）１項
この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
８号資産の譲渡等
事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供（括弧内略）をいう。
９号課税資産の譲渡等
資産の譲渡等のうち、６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものをいう。
その余の号略
（２）４条（課税の対象）１項
国内において事業者が行った資産の譲渡等（中略）には、この法律により、消費税を課する。
（３）２８条（課税標準）１項本文
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。（中略））とする。
２ 前提事実
以下の事実は、当事者間に争いがないか、各項末尾の証拠（枝番号のある書証は、特に記載しない限り全ての枝番号を含む。以下同じ。）及び弁論の全趣旨により容易に認められる。
（１）原告の設立等
ア 原告は、下妻市が、公の施設（地方自治法２４４条１項）であるＥ（以下「本件施設」という。）等の管理運営のため、一部出資をして、平成１０年６月●日に設立した株式会社である（甲１３）。
イ（ア）原告は、下妻市公の施設に係る指定管理者の指定手続等に関する条例（平成１７年下妻市条例第１１７号。以下「本件条例」という。）５条１項に基づき、本件施設の指定管理者の指定を受け（指定期間は平成２５年４月１日から平成２８年３月３１日まで）、平成２５年４月１日付けで、Ｅの管理に関する基本協定書を締結した。同協定書において、指定管理料は無料とされていた（２１条）。（乙２７）
（イ）原告は、下妻市から、下妻市補助金等交付規則（昭和５１年下妻市規則第１７号。以下「本件補助金規則」という。）に則り、「●●補助金」として、平成２６年度は１億円の、平成２７年度は１億１６００万円（以下、併せて「平成２６年度補助金等」という。）の交付を受けた。なお、原告は、平成２７年度に交付を受けた上記補助金のうち３６００万円を下妻市に返還した。（甲４、乙２９、３０）
（２）基本協定書等の締結及び本件各支払金の支払等
ア 指定管理者の指定
下妻市は、平成２８年３月１８日、本件条例５条１項に基づき、原告を本件施設の指定管理者に指定した（指定期間は平成２８年４月１日から平成３１年３月３１日まで）（乙４）。
イ 基本協定書の締結
原告は、平成２８年４月１日付けで、下妻市との間で、本件施設の管理及び運営に関する業務について、Ｅの管理に関する基本協定書（乙４。以下「本件基本協定書」という。）を締結したところ、本件基本協定書には、下記の内容の条項が含まれていた。
（ア）７条１項
管理業務の範囲は、①管理施設の使用許可に関する業務、②管理施設の使用に係る利用料金の徴収に関する業務、③管理施設等の維持管理に関する業務、及び、④上記①から③までのほか、下妻市又は原告が必要と認める業務（以下、併せて「本件管理業務」という。）とする。
（イ）１１条１項
原告は、本件基本協定書、年度協定、仕様書、条例及び関係法令等のほか、施設指定管理者運営業務事業計画書並びに収支計画書に従い、本件管理業務を実施するものとする。
（ウ）２１条（指定管理料）
１項下妻市は、本件管理業務の実施の対価として、原告に対して指定管理料を支払う。
２項下妻市が原告に対して支払う指定管理料の詳細については、別途「年度協定」に定めるものとする。
３項原告は、指定管理料の支払に関する請求書を下妻市に送付するものとし、下妻市は、当該請求書を受領してから３０日以内に原告に対して指定管理料を支払うものとする。
ウ 年度協定書の締結
原告及び下妻市は、本件基本協定書２１条２項（前記イ（ウ））に基づき、平成２８年４月１日付け、平成２９年４月１日付け及び平成３０年４月１日付けで、それぞれＥの施設管理に関する年度協定書（乙５。以下、上記のうち平成２８年４月１日付けのものを「平成２８年度協定書」といい、他の協定書についても同様に表記する。また、これらの協定書を併せて「本件各年度協定書」という。）を締結した。本件各年度協定書には、第３条として、平成２８年度から平成３０年度までの各指定管理料について、下妻市が、原告に対し、本件管理業務の「実施の対価として、金６０、０００、０００円（消費税及び地方消費税を含む。）を支払うものとする。ただし、４月から３月までの対価とする。」と記載されていた。
エ 本件各支払金の支払（乙１１ないし２２、弁論の全趣旨）
（ア）下妻市は、原告から、平成２８年４月２５日付けで、平成２８年度の本件施設の指定管理料として６０００万円を請求する旨の記載のある請求書の送付を受け、「平成２８年度Ｅ指定管理料」として支出負担行為に係る市長の決裁を経た上で、同年５月１３日、原告に対して６０００万円（以下「平成２８年度支払金」という。）を支払った。下妻市議会は、平成２８年度支払金に関し、一般会計予算の歳出として、区分を「委託料」とする「Ｅ指定管理料」６０００万円が計上された平成２８年度下妻市一般会計予算議案を可決し、また、一般会計の歳出として、区分を「委託料」とする「Ｅ指定管理料」６０００万円が支出済額に計上された平成２８年度下妻市一般会計歳入歳出決算書を認定した。
（イ）下妻市は、原告に対し、平成２９年４月２５日及び平成３０年５月２日、各６０００万円（以下、それぞれ「平成２９年度支払金」、「平成３０年度支払金」という。これらと平成２８年度支払金と併せたものが本件各支払金である。）を支払ったところ、これらの支払に係る手続も、前記（ア）と同様である。
（３）本件各更正処分等
ア 原告は、本件各課税期間の消費税等について、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、それぞれ法定申告期限までに確定申告をした（なお、処分行政庁は、上記のうち平成３１年３月課税期間の消費税等について、原告から更正の請求を受け、別表１の「更正（減額）処分」欄記載のとおり、減額更正処分（以下「本件減額更正処分」という。）をした。）（乙３、２４）。
イ 処分行政庁は、令和３年３月２６日付けで、別表１の「更正処分」欄記載のとおり、本件各更正処分等（以下、本件各更正処分等のうち、平成２９年３月課税期間に係る更正処分を「平成２９年３月課税期間更正処分」といい、他の課税期間に係るものについても同様に表記する。）をした（甲１０）。
ウ 原告は、令和３年６月２３日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等を不服として審査請求をし、令和４年５月１１日付けで、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決を受けた（甲１１、１２）。
（４）本件訴えの提起
原告は、令和４年１１月８日、本件訴えを提起した。
３ 本件各更正処分等に係る課税の根拠及び計算
被告が主張する本件各更正処分等に係る課税の根拠及び計算は、別紙２記載のとおりであり、原告は、後記４において争点となっている点を除き、これを争うことを明らかにしない。
４ 争点
（１）本件各支払金が資産の譲渡等の「対価」（消費税法２条１項８号）に当たるか（争点⒈）
（２）本件各更正処分に係る理由の提示に不備があるか（争点２）
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点１（本件各支払金が資産の譲渡等の「対価」（消費税法２条１項８号）に当たるか）
（被告の主張）
ア 事業者が収受する経済的利益が、消費税の課税要件としての「資産の譲渡等」の「対価」に当たるためには、事業者が行った当該個別具体的な役務提供との間に、少なくとも対応関係がある、すなわち当該具体的な役務提供があることを条件として、当該経済的利益が収受されるといい得ることを必要とするものの、それ以上の要件は要求されていない。
イ 原告は、下妻市との間で、本件基本協定書を締結したところ、ここには、下妻市は、本件管理業務の実施の対価として指定管理料を支払う旨の定めがあり、本件各年度協定書には、下妻市は、本件管理業務の実施の対価として「金６０、０００、０００円（消費税及び地方消費税含む。）を支払う」旨の定めがある。また、下妻市は、本件各支払金を「委託料」として予算及び決算に計上し、「施設管理運営委託料」として支払っている。
以上からすれば、原告は、本件基本協定書に基づいて本件管理業務という具体的な役務の提供をすることを条件として、下妻市から本件各支払金を収受したものであって、本件各支払金と本件管理業務との間に対応関係があることは明らかである。
ウ したがって、本件各支払金は、本件管理業務の「対価」に当たる。
（原告の主張）
ア 本件各支払金は、指定管理料の名目で支払がされているが、後記イのとおり、その実質は、赤字補填目的の補助金であって、「対価」には当たらない。
イ（ア）下妻市議会の定例会や予算特別委員会等において、「Ｅ指定管理料」として計上された６０００万円が、実質的には原告の赤字を補填するものであるとの趣旨の発言がされている。
また、原告の総勘定元帳の普通預金勘定においても、平成２８年度支払金及び平成２９年度支払金は、いずれも相手科目を「雑収入」、相手補助科目を「補助金収入」として計上されている。平成３０年度支払金については、相手科目を「未収入金」、相手補助科目を「その他」として計上され、摘要欄に「指定管理料」と記載されているが、これは、補助金の支出に対する市民の批判を回避するための記載にすぎない。
（イ）平成３１年度以降、本件施設の指定管理者に指定された株式会社Ｆ（以下「Ｆ」という。）に対しては、１年当たり１０００万円の指定管理料が支払われていることに照らし、本件各支払金（１年当たり６０００万円）は、本件管理業務の対価としては不相当に高額であって経済的合理性がない。
（ウ）原告は、下妻市から、平成２６年度補助金等の交付を受けていたところ、平成２８年度以降、指定管理料の名目で支払われることにはなったが、これは、補助金による赤字補填に対する市民の批判に対応するものにすぎず、本件各支払金の趣旨と性質は、平成２６年度補助金等と変わりはない。
（２）争点２（本件各更正処分に係る理由の提示に不備があるか）について
（被告の主張）
本件各更正処分に係る通知書（甲１０。以下「本件各処分通知書」という。）には、本件各更正処分の根拠として、本件各支払金が、消費税法上の「資産の譲渡等」の「対価」に当たり、本件各課税期間の課税標準額に算入されるとした判断過程が具体的に明示されており、かかる更正の理由の記載は、「行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える」という行政手続法１４条１項の趣旨を充足するのに十分な記載である。
したがって、本件各更正処分に係る理由の提示に何ら不備はない。
（原告の主張）
本件各処分通知書には、原告が、本件各支払金が赤字補填のための補助金であると主張する根拠を否定する理由が記載されておらず、理由付記の制度趣旨を充足する程度の理由が示されていないから、違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件各支払金が資産の譲渡等の「対価」（消費税法２条１項８号）に当たるか）について
（１）消費税法に基づく消費税は、消費に広く薄く負担を求めるという観点から、課税の対象を広く設定し、その税額は、事業者が提供する物品やサービスの価格に上乗せ（転嫁）され、最終的に消費者が負担することが予定されている税である。このため、事業者が収受する経済的利益が消費税の課税要件としての資産の譲渡等の「対価」（同法２条１項８号）に当たるといえるためには、事業者が収受する経済的利益と事業者が行った個別具体的な資産の譲渡等との間に、少なくとも対応関係があることが必要である。換言すると、当該個別具体的な資産の譲渡等があることを条件として当該経済的利益が収受されるといい得る対応関係があることが必要であるが、それ以上の要件は要求されていないものと解するのが相当である。
（２）本件基本協定書及び本件各年度協定書において、下妻市は、本件管理業務の実施の対価として６０００万円を支払うとされているのであって（前記前提事実（２）イ（ウ）、ウ）、これによれば、原告と下妻市は、平成２８年度から平成３０年度までの本件管理業務の対価として、各年６０００万円の指定管理料を支払う旨合意したものと認められる。また、本件各支払金の支払に関し、原告は、本件施設の指定管理料として６０００万円を請求する旨の記載のある請求書を下妻市に送付し、下妻市は、本件各支払金を「委託料」と区分した一般会計予算議案及び一般会計歳入歳出決算書を議会に提出してその議決又は認定を経るとともに、本件各支払金の支出に当たり「Ｅ指定管理料」として支出負担行為に係る市長の決裁を受けている（前記前提事実（２）エ）。以上の各事実によれば、本件各支払金は、本件管理業務の履行という役務提供がされたことを条件として支払われた指定管理料であり、本件管理業務の「対価」であると認められる。
（３）ア原告は、下妻市議会の定例会等において、実質的な赤字補填であるとの趣旨の発言があったことや、原告の総勘定元帳に「補助金収入」との記載があることからすれば、本件各支払金は補助金である旨主張する。
しかし、後記ウのとおり、本件各支払金が、本件管理業務に係る経費と本件施設の利用料金との差額（原告の主張するところの赤字）を補填する目的で支払われたものであったとしても、それは、必ずしも本件各支払金が本件管理業務の対価たる指定管理料であることと矛盾するものではない。そして、前記（２）記載の各事実に加えて、下妻市において、平成２８年度から平成３０年度までの間、本件各支払金の支払に当たり、本件補助金規則に則った手続が何ら行われていない（前記前提事実（２）エ）ことも考慮すれば、本件各支払金が補助金であるとは認められず、上記のとおり原告が指摘する事実のみをもって、前記（２）の判断を覆すには足りない。
イ 原告は、本件各支払金の額は、本件管理業務の対価としては不相当に高額であるとも主張する。
しかし、前記（１）のとおり、事業者が収受する経済的利益が「対価」（消費税法２条１項８号）に当たるといえるためには、事業者が収受する経済的利益と事業者が行った個別具体的な役務提供との間に、少なくとも対応関係があることが必要であるが、それ以上の要件は要求されておらず、当該経済的利益と当該役務提供とが等価であることを要するものでもない。
そもそも、本件全証拠を検討しても、Ｆと下妻市との間の本件施設に係る基本協定書や仕様書等と、原告と下妻市との間の本件基本協定書や仕様書等とで、それぞれ合意された管理業務の具体的内容及び経費の負担割合や、予定されている本件施設の利用料金の額などの異同は明らかではないから、Ｆに対する指定管理料と本件各支払金との間に開きがあることのみをもって、本件各支払金が不相当に高額であると認めることもできない。
したがって、上記原告の主張は理由がない。
ウ 原告は、本件各支払金は赤字補填を目的とするものであるから、その趣旨及び性質は平成２６年度補助金等と変わりはない旨主張する。
しかし、指定管理者制度においては、指定管理者たる民間事業者が当該公の施設の管理を通じ適正な利潤を上げることも想定される一方で、当該公の施設の提供するサービスの内容や性質によっては、住民に対する適正なサービスの提供という観点から、利用料金を収受しないことやその金額を低く抑えることが適当である場合も当然に想定されるものである（地方自治法２４４条の２第９項参照。乙３５、３６）。このことからすれば、指定管理者制度の下において、指定管理者による管理の対価としての指定管理料により、利用料金によって賄うことのできない経費を補填する場合があることは、当然に予定されているというべきである。そうすると、仮に、本件各支払金が、本件管理業務に係る経費と本件施設の利用料金との差額（原告の主張するところの赤字）の補填に充てられたとしても、それは、本件各支払金の性質が、本件管理業務の対価たる指定管理料であることと何ら矛盾するものではない。
したがって、上記原告の主張は理由がない。
（４）以上からすれば、本件各支払金は、本件管理業務の「対価」であって、消費税法２８条１項本文の消費税の課税標準の基礎をなすものに当たると認められる。
２ 争点２（本件各更正処分に係る理由の提示に不備があるか）について
（１）行政手続法１４条１項本文が、行政庁が不利益処分をする場合にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照）。そして、提示すべき理由の内容及び程度は、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものでなければならず、単に処分の根拠規定を示すだけでは、それによって当該規定の適用の原因となった具体的な事実関係をも当然に知り得るような例外の場合を除いては、同項の要求する理由の提示として十分ではないというべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４９年４月２５日第一小法廷判決・民集２８巻３号４０５頁参照）。
（２）本件各処分通知書には、更正の理由として、本件各支払金は、消費税法４条１項の資産の譲渡等の対価に当たると認められるため、そこから所定の金額を控除した額を本件各課税期間の課税標準額に算入したと記載され、その理由として、①本件基本協定書及び本件各年度協定書が、原告と下妻市との間で合意の上締結されており、有効に成立していること、②原告は、本件管理業務を、本件基本協定書に基づいて実施し、その対価として本件基本協定書及び本件各年度協定書に記載されている指定管理料を受領していること、③本件各年度協定書には「本業務の実施の対価として、金６０，０００，０００円（消費税及び地方消費税含む。）を支払うものとする。」と記載されていることが挙げられている（甲１０）。
以上のとおり、本件各処分通知書には、本件各支払金が、消費税法４条１項の資産の譲渡等の「対価」に当たり、本件各課税期間の課税標準額に算入されるとした上で、その根拠となる具体的な事実関係が明示されており、前記（１）のような理由付記の趣旨に照らして十分な記載があるというべきである。
（３）したがって、本件各更正処分に係る理由の提示に違法はない。
３ 本件各更正処分等の適法性
以上を前提とすると、以下のとおり、本件各更正処分等は、いずれも適法である。
（１）原告の本件各課税期間について納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、別紙２の１記載のとおりであると認められるところ、前記前提事実（３）イによれば、これらは本件各更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額とそれぞれ同額であると認められるから、本件各更正処分は、いずれも適法である。
（２）本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、別紙２の３記載のとおりであると認められるところ、前記前提事実（３）イによれば、これらは本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であると認められるから、本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 鎌野真敬
裁判官 栗原志保
裁判官 都築健太郎
〔PDF 9～22頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/13938.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。