税務訴訟資料第２７４号（順号１４００７）
青森地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（黒石税務署長）
令和６年７月１９日棄却・控訴
判決
原告一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士米屋佳史
山形勝
同訴訟復代理人弁護士大野正裕
同補佐人税理士板垣洋
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁黒石税務署長
村尾正樹
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求（答弁書における用語法を踏まえて表記する。）
黒石税務署長が令和３年１月２６日付けでした次の各処分をそれぞれ取り消す。
１ 原告の平成２３年４月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２３年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち、欠損金額６１９５万７２６３円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金の金額２億８０３２万２０２０円を超える部分
２ 原告の平成２７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２７年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の金額３億１６８８万１３０６円を超える部分
３ 原告の平成２８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２８年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち、翌期へ繰り越す欠損金の金額１億８８８３万６２０３円を超える部分
４ 原告の平成２９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２９年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金の金額３８３６万４７４８円を超える部分及び還付金の額３５０円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分
５ 原告の平成２９年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下「平成２９年１２月課税事業年度」という。）の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額０円を超える部分及び納付すべき税額０円を超える部分
６ 原告の平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成３０年１２月期」という。）の法人税の更正処分のうち、所得金額１２４３万４５６１円を超える部分、納付すべき税額２０１万３４００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分
７ 原告の平成３０年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下「平成３０年１２月課税事業年度」という。）の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額２０１万３０００円を超える部分、納付すべき税額８万８５００円を超える部分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
一般財団法人である原告は、原告が営む看護学校事業が法人税法２条１３号及び法人税法施行令５条１項各号に規定する収益事業に該当すると主張して、原告が営む収益事業である病院事業と合算して所得金額を計算し、平成２３年１２月期、平成２７年１２月期、平成２８年１２月期、平成２９年１２月期及び平成３０年１２月期の事業年度（これらを「本件各事業年度」という。）の法人税並びに平成２９年１２月課税事業年度及び平成３０年１２月課税事業年度（これらを「本件各課税事業年度」という。）の地方法人税（法人税及び地方法人税を併せて「法人税等」という。）の確定申告を行うとともに、代表理事かつ医師であった乙（以下「乙代表理事」という。）の通勤のために原告が負担した通勤費（タクシー代）の全額が所得税法９条１項５号及び所得税法施行令２０条の２に規定する非課税とされる通勤手当に該当すると主張して、平成２７年１２月期ないし平成３０年１２月期の法人税に係る損金に算入して確定申告を行った。これに対し、処分行政庁は、上記看護学校事業は法人税法上の収益事業に該当しないから、当該看護学校事業から生じた収益及び損金の額を原告が営む病院事業（収益事業）から生じた収益及び損金の額と合算して所得金額を計算することはできず、また、乙代表理事の通勤のために原告が負担した通勤費（タクシー代）のうち、非課税限度額を超える部分を役員給与として損金算入することもできないなどとして、原告に対し、法人税等に係る更正処分並びに過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分を行った。本件は上記各処分を不服とする原告がそれらの取消しを求める事案である。
２ 法令の定め等
法人税法、法人税法施行令、法人税法施行規則、所得税法、所得税法施行令、国税通則法（以下「通則法」という。）、学校教育法、保健師助産師看護師法（以下「看護師法」という。）、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下「整備法」という。）のうち、本件に関係する部分は別紙２のとおりである。その他の関係法令は、判決本文中に記載する。
３ 前提事実（争いがない事実、後掲証拠及び弁論の全趣旨により認められる。）
（１）原告について
ア 原告は、昭和５０年２月●日、平成１８年法律第５０号による改正前の民法（以下「旧民法」という。）３４条の規定に基づき、病院及び附属看護学校の運営等を目的として財団法人Ａとして設立され、Ｂ病院（●●市）及びＣ病院（●●市）を運営する（以下、これらの病院を運営する事業を併せて「本件病院事業」という。）とともに、Ｃ病院に併設されたＤ看護専門学校（以下「本件看護学校」という。）を運営する事業（以下「本件看護学校事業」という。）を営む法人である。（争いがない事実、乙２の１・２、弁論の全趣旨）
イ 本件看護学校は、看護師及び准看護師の養成所として青森県知事から認可を受けて開設され、学校教育法及び私立学校法の適用を受ける専修学校であって、看護学科及び准看護学科が設置されている。（争いがない事実、乙２の２、１２、１３の１・２、弁論の全趣旨）
ウ 原告は、平成２３年１２月２６日をもって原告の事業年度を４月１日から３月３１日までから１月１日から１２月３１日までに変更した。これにより原告の事業年度は、平成２３年４月１日から同年１２月３１日まで（平成２３年１２月期）、平成２４年１月１日から同年１２月３１日まで（以下「平成２４年１２月期」といい、平成２５年１月に開始する事業年度についても同様の表記方法を用いる。）となった。（乙１５）
エ 原告は、平成２０年１２月１日に特例民法法人となり、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律（以下「一般社団・財団法人法」という。）の規定による一般財団法人として存続したところ（整備法４０条１項、４２条１、２項）、平成２６年４月１日に一般財団法人に移行した。この移行に伴う経過的取扱いにより、原告の平成２６年の事業年度は、同年１月１日から同年３月３１日まで（以下「平成２６年３月期」という。）、同年４月１日から同年１２月３１日まで（以下「平成２６年１２月期」という。）となった。（乙３、弁論の全趣旨）
オ 特例民法法人は、一般社団・財団法人又は公益法人に移行するまでの間、法人税法上の公益法人等であったところ（平成２０年改正法（平成２０年法律第２３号）附則１０条）、原告は、平成２０年１２月１日から一般財団法人に移行した日の前日である平成２６年３月３１日までの間、法人税法上の公益法人等であった。原告は、同年４月３０日、処分行政庁に対し、同月１日付けで法人区分を特例民法法人から非営利型法人へと変更した旨の届出をした。（乙１８、弁論の全趣旨）
カ 原告は、平成２７年３月から平成３０年１０月までの間、乙代表理事を含むＣ病院に勤務する医師６名（以下「本件医師ら」という。）がタクシー通勤をすることを認め、その費用（以下「本件タクシー通勤費」という。）を負担した（別表７参照）。（甲３、弁論の全趣旨）
キ 株式会社Ｅ（以下「Ｅ社」という。）の代表取締役である丙（以下「丙」という。）は、平成２３年３月１５日から平成２６年３月３１日まで原告の理事、同年４月１日から原告の評議員であったが、平成２９年１２月頃に評議員を退任し、以後は顧問を務めている。（甲２、乙１、３、弁論の全趣旨）
（２）原告の確定申告
原告は、別表２のとおり、処分行政庁に対し、本件病院事業及び本件看護学校事業の収益及び費用を合算した上で、本件各事業年度の法人税の確定申告書及び本件各課税事業年度の地方法人税の確定申告書を、いずれも法定申告期限内に提出した。（甲４の１～５、乙４）
（３）原告に対する更正処分等
ア 処分行政庁は、平成３０年１２月３日、原告の法人税等、復興特別法人税、消費税及び地方消費税（以下、消費税及び地方消費税を「消費税等」という。）の確定申告並びに源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税（以下「源泉所得税等」という。）について、通則法７４条の２に基づく調査（以下「本件調査」という。）に着手した。（弁論の全趣旨）
イ 処分行政庁は、令和３年１月２６日、原告に対し、本件各事業年度の法人税に係る更正処分（以下「本件法人税各更正処分」という。）とともに、平成２４年１２月期ないし平成２６年１２月期の法人税に係る各更正処分を行った。（甲５の１～８・１０）
ウ 処分行政庁は、令和３年１月２６日、原告に対し、本件各課税事業年度の地方法人税に係る更正処分（以下「本件地方法人税各更正処分」といい、本件法人税各更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）を行った。（甲５の９・１１）
エ 処分行政庁は、令和３年１月２６日、原告に対し、平成２９年１２月期及び平成３０年１２月期の各法人税に係る過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分（以下、それぞれ「本件法人税各過少申告加算税賦課決定処分」、「本件法人税各重加算税賦課決定処分」といい、併せて「本件法人税各賦課決定処分」という。）を行った。（甲５の８・１０）
オ 処分行政庁は、令和３年１月２６日、原告に対し、平成３０年１２月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分（以下、それぞれ「本件地方法人税過少申告加算税賦課決定処分」、「本件地方法人税重加算税賦課決定処分」といい、併せて「本件地方法人税賦課決定処分」という。また、本件法人税各賦課決定処分と本件地方法人税賦課決定処分を併せて「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」という。）を行った。（甲５の１１）
カ 原告は、令和２年２月１９日、平成２５年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成２５年１２月課税期間」といい、平成２６年中の課税期間を除く他の課税期間についても同様の表記方法を用いる。上記（１）エの経過的取扱い参照）、平成２６年１月１日から同年３月３１日までの課税期間（以下「平成２６年３月課税期間」という。）、同年４月１日から同年１２月３１日までの課税期間、平成２７年１２月課税期間、平成２８年１２月課税期間、平成２９年１２月課税期間及び平成３０年１２月課税期間（以下「本件消費税等各課税期間」という。）の消費税等の修正申告を行った。（乙２３～２９、弁論の全趣旨）
キ 処分行政庁は、令和３年１月２６日、原告に対し、本件消費税等各課税期間（ただし、平成２６年３月課税期間を除く。）の消費税等の重加算税の賦課決定処分を行った。（乙３０、３１）
ク 原告は、令和２年２月１９日、平成２７年３月分ないし平成３０年１０月分の源泉所得税等についての課税漏れ（争点２で問題とされているＣ病院の本件医師らのタクシー通勤費に関するもの）を指摘され、自主納付を行った。これについて、処分行政庁は、同年３月２４日、原告に対し、不納付加算税の賦課決定処分を行った。（甲３、乙５）
（４）審査請求及び訴訟の提起
ア 原告は、令和３年４月１２日付けで、国税不服審判所に対し、本件各更正処分等及び同年１月２６日付けでされた平成２４年１２月期ないし平成２６年１２月期の各事業年度の法人税に係る各更正処分に不服があるとして、審査請求をした。（甲６の１、乙３２）
イ 原告は、令和３年８月３日付けで、平成２４年１２月期、平成２５年１２月期及び平成２６年１２月期の各事業年度の法人税に係る各更正処分について、上記アの審査請求を取り下げた。（乙３３）
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出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2024/pdf/14007.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。